Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C 517/2009

Urteil vom 12. November 2010
II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Zünd, Präsident,
Bundesrichter Merkli, Bundesrichter Karlen, Bundesrichterin Aubry Girardin, Bundesrichter Donzallaz,
Gerichtsschreiber Wyssmann.

Parteien
Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV), Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Beschwerdeführerin,

gegen

X.________ AG in Nachlassliquidation,
Beschwerdegegnerin, vertreten durch den Liquidator, Rechtsanwalt Prof. Dr. Franco Lorandi.

Gegenstand
Mehrwertsteuer 4. Quartal 2001 (Behandlung des Vorsteuerabzugs im Nachlassverfahren; Verrechnung
mit der Umsatzsteuerforderung),

Beschwerde gegen das Urteil vom 22. Juni 2009
des Bundesverwaltungsgerichts, Abteilung I.

Sachverhalt:

A.
Mit Verfügung vom 19. Dezember 2001 bewilligte der Nachlassrichter des Bezirksgerichts Y.________ der X.________ AG die provisorische und am 15. Februar 2002 die definitive Nachlassstundung. Gleichzeitig wurde der Sachwalter ernannt resp. bestätigt. Mit Publikation vom 8. März 2002 wurden die Gläubiger aufgefordert, ihre Forderungen mit Wert per 19. Dezember 2001 anzumelden.
Auf Verlangen der Eidgenössischen Steuerverwaltung reichte die Nachlassschuldnerin ihr am 27. März 2002 die Mehrwertsteuer-Abrechnung für das 4. Quartal 2001 (Umsätze vom 1. Oktober bis 19. Dezember) mit einer geschuldeten Steuer von Fr. 789'506.90, einem Vorsteuerabzug von Fr. 1'383'082.65 und einem daraus resultierenden Vorsteuerguthaben von Fr. 593'575.75 ein. Die Eidgenössische Steuerverwaltung lehnte den Vorsteuerabzug ab. Sie begründete das in einem Schreiben vom 16. April 2002 damit, dass Firmen vor dem Konkurs oder der Nachlassstundung erfahrungsgemäss ihre Lieferanten nicht oder nicht mehr vollumfänglich bezahlen, weshalb der Vorsteuerabzug nicht zu gewähren sei. Sollte sich im Laufe des Nachlassverfahrens ergeben, dass die Lieferanten ganz oder teilweise bezahlt wurden, könne die Abrechnung korrigiert werden.
Dementsprechend setzte sie die Steuerforderung für die betreffende Steuerperiode - ohne Berücksichtigung eines Vorsteuerguthabens - auf Fr. 789'506.90 fest und korrigierte die von ihr im Nachlassverfahren eingegebene Mehrwertsteuerforderung. Diese enthielt auch die Mehrwertsteuer-Forderung des 3. Quartals 2001 von Fr. 421'127.70 gemäss Mehrwertsteuer-Abrechnung der Steuerpflichtigen vom 23. Oktober 2001. Für dieses Quartal anerkannte die Eidgenössische Steuerverwaltung den geltend gemachten Vorsteuerabzug.
Nachdem die Nachlassschuldnerin die Bezahlung eines Teils der Lieferantenrechnungen betreffend das 4. Quartal 2001 anhand von Belegen nachgewiesen hatte, stellte die Eidgenössische Steuerverwaltung eine Gutschrift für Vorsteuern in der Höhe von Fr. 156'550.-- aus und korrigierte ihre Forderungseingabe im Nachlassverfahren um diesen Betrag.

B.
Am 20. August 2002 bestätigte das Bezirksgericht Y.________ den Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung (Art. 317 ff
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 317 - 1 Le concordat par abandon d'actifs peut conférer aux créanciers le droit de disposer des biens du débiteur, ou peut consister dans le transfert à un tiers de tout ou partie de ces mêmes biens.
1    Le concordat par abandon d'actifs peut conférer aux créanciers le droit de disposer des biens du débiteur, ou peut consister dans le transfert à un tiers de tout ou partie de ces mêmes biens.
2    Les créanciers exercent leurs droits par l'intermédiaire de liquidateurs et d'une commission des créanciers, élus par l'assemblée qui se prononce sur le concordat. Les commissaires au sursis peuvent être liquidateurs.
. SchKG) und ernannte den Sachwalter als Liquidator.
Am 7. November 2003 informierte der Liquidator die Gläubiger anhand des Kollokationsplans, dass die Nachlassdividende auf den Drittklassforderungen voraussichtlich 33 % betrage.
Mit Eingabe vom 23. Januar 2004 ersuchte der Liquidator die Eidgenössische Steuerverwaltung um:
1. eine Bestätigung, dass der Schuldnerin ein Anspruch auf Rückerstattung der Vorsteuern zustehe, soweit mit Abschlagszahlungen und Schlusszahlung (Dividende) an die Nachlassgläubiger vorsteuerbelastete Rechnungen beglichen werden;
2. einen Vorschlag für eine "pragmatische Lösung" des Problems, welches sich daraus ergebe, dass die Höhe der Schlussdividende von der Höhe der Vorsteuerrückerstattung und diese wiederum von der Höhe der Schlussdividende abhänge ("Zirkelrechnung");
3. eine Bestätigung, dass die Eidgenössische Steuerverwaltung ihre Steuerforderung nicht mit dem Vorsteuerguthaben der Nachlassschuldnerin verrechnen könne, weil der Anspruch auf Rückforderung der Vorsteuer erst zum Zeitpunkt der Abschlagszahlungen und der Schlusszahlung an die Nachlassgläubiger entstehe.
Mit Schreiben vom 26. April 2004 teilte die Eidgenössische Steuerverwaltung dem Liquidator mit, dass die Dividendenzahlungen an die Nachlassgläubiger die Schuldner nicht zum Abzug zusätzlicher Vorsteuern berechtigten. Dies bestätigte sie mit förmlichem Entscheid vom 4. April 2005.
Im Einspracheverfahren änderte die Eidgenössische Steuerverwaltung ihre Rechtsauffassung und anerkannte einen Anspruch auf Rückerstattung der Vorsteuer im Umfang der im Nachlassverfahren geleisteten Abschlagszahlungen (Dividenden). Die abziehbare Vorsteuer setzte sie aufgrund einer Schätzung über die im Nachlassverfahren voraussichtlich insgesamt zu leistenden Dividenden fest: Ausgehend von einem maximal möglichen Vorsteuerabzug von Fr. 1'436'876.45 auf allen im Nachlassverfahren eingegebenen Forderungen und einer voraussichtlichen Dividende von 35 % berechnete sie einen Vorsteuerabzug von Fr. 502'906.76. Dementsprechend korrigierte sie ihre im Nachlassverfahren eingegebene Mehrwertsteuer-Forderung per 19. Dezember 2001 auf Fr. 980'057.40. Nach Ansicht der Eidgenössischen Steuerverwaltung wäre der auf dieser Schätzung beruhende Vorsteuerabzug definitiv und entstünde auch dann kein weiterer Anspruch auf Vorsteuerabzug, wenn die Nachlassschuldnerin eine Gesamtdividende von mehr als 35 % ausschütten würde (Einspracheentscheid vom 9. Juni 2006).

C.
Hiergegen führte die Nachlassschuldnerin Beschwerde bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission mit den Hauptanträgen:
- es sei der Vorsteuerrückerstattungsanspruch aufgrund der tatsächlich bezahlten und noch zu bezahlenden Nachlassdividende neu zu berechnen (Antrag 1a) und
- es sei festzustellen, dass die Eidgenössische Steuerverwaltung die Vorsteuerguthaben in bar auszuzahlen habe und ihr kein Recht zur Verrechnung mit der Mehrwertsteuerforderung zustehe (Antrag 1b).
Mit Urteil vom 22. Juni 2009 hiess das Bundesverwaltungsgericht, welches das Verfahren von der Eidgenössischen Steuerrekurskommission übernommen hatte, die Beschwerde hinsichtlich des Beschwerdeantrags 1a weitgehend gut. Es wies die Sache antragsgemäss an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurück, damit diese die Steuerforderung und das Vorsteuerguthaben nach Massgabe der am Ende des Nachlassverfahrens vorhandenen Aktiven und Passiven und den daraus resultierenden Abschlags- und Dividendenzahlungen ermittle (und nicht schätze). Der Vorsteuerabzug wäre demnach noch insoweit zu berücksichtigen, als die Lieferantenrechnungen im Nachlassverfahren mittels Abschlags- resp. Dividendenzahlungen noch beglichen werden. Die Vorinstanz brachte einzig den Vorbehalt an, dass wegen der "Zirkelrechnung" - die Dividendenzahlungen beeinflussen die Höhe des Vorsteuerabzugs, dieser wiederum beeinflusst die Höhe der Dividende usf. - die schlussendlich resultierende Vorsteuer nicht mathematisch exakt, sondern nur annäherungsweise bestimmt werden könne.
In Bezug auf den Beschwerdeantrag 1b gab das Bundesverwaltungsgericht der Beschwerde teilweise statt. Nicht bestätigt wurde vom Gericht die Auffassung des Liquidators, wonach der Anspruch auf Vorsteuerabzug erst zum Zeitpunkt der Abschlagszahlungen und Schlusszahlung entstehe und als Masseforderung zu qualifizieren sei. Es erwog indes, dass die Eidgenössische Steuerverwaltung die Verrechnung (Art. 213 Abs. 1
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 213 - 1 Le créancier a le droit de compenser sa créance avec celle que le failli peut avoir contre lui.
1    Le créancier a le droit de compenser sa créance avec celle que le failli peut avoir contre lui.
2    Toute compensation est toutefois exclue:384
1  lorsque le débiteur du failli est devenu son créancier postérieurement à l'ouverture de la faillite, à moins qu'il ait exécuté une obligation née antérieurement ou qu'il ait dégrevé une chose mise en gage pour la dette du failli et qu'il possède sur cette chose un droit de propriété ou un droit réel limité (art. 110, ch. 1, CO386);
2  lorsque le créancier du failli est devenu son débiteur ou celui de la masse postérieurement à l'ouverture de la faillite;
3  ...
3    La compensation avec des créances découlant de titres au porteur peut avoir lieu si et dans la mesure où le créancier établit qu'il a acquis les titres de bonne foi avant l'ouverture de la faillite.388
4    En cas de faillite d'une société en commandite, d'une société anonyme, d'une société en commandite par actions, d'une société à responsabilité limitée ou d'une société coopérative, le montant non libéré de la commandite ou du capital social ou les arrérages de contributions statutaires de la société coopérative ne peuvent pas être compensés.389
in Verbindung mit Art. 297 Abs. 4
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 297 - 1 Aucune poursuite ne peut être exercée contre le débiteur pendant la durée du sursis, sauf s'il s'agit d'une poursuite en réalisation de gage en raison de créances garanties par gage immobilier; un tel gage ne peut toutefois en aucun cas être réalisé.
1    Aucune poursuite ne peut être exercée contre le débiteur pendant la durée du sursis, sauf s'il s'agit d'une poursuite en réalisation de gage en raison de créances garanties par gage immobilier; un tel gage ne peut toutefois en aucun cas être réalisé.
2    L'art. 199, al. 2, s'applique par analogie aux biens saisis.
3    Les créances concordataires ne peuvent pas faire l'objet d'un séquestre ni d'autres mesures conservatoires.
4    La cession de créance future conclue avant l'octroi d'un sursis concordataire ne déploie pas d'effets si la créance cédée prend naissance après l'octroi du sursis.
5    Sauf en cas d'urgence, le sursis concordataire a pour effet de suspendre les procès civils et les procédures administratives portant sur les créances concordataires.
6    Les délais de prescription ou de péremption cessent de courir.
7    Le sursis arrête à l'égard du débiteur le cours des intérêts de toute créance qui n'est pas garantie par gage si le concordat ne prévoit pas de disposition contraire.
8    La compensation est régie par les art. 213 et 214. L'octroi du sursis tient lieu d'ouverture de la faillite.
9    L'art. 211, al. 1, est applicable par analogie dès que le commissaire communique au contractant la conversion de la créance.
SchKG) erst im Einspracheentscheid und damit verspätet erklärt habe. Mit der Bestätigung des Nachlassvertrags sei der über die Nachlassdividende hinausgehende Teil der Steuerforderung untergegangen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung könne nur noch die auf die Steuerforderung entfallende Dividende mit dem Vorsteuerguthaben verrechnen.

D.
Hiergegen führt die Eidgenössische Steuerverwaltung Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen:
1. Es sei festzustellen, dass die vor dem 19. Dezember 2001 entstandenen Umsatzsteuerforderungen der Eidgenössischen Steuerverwaltung mit den vor dem 19. Dezember 2001 entstandenen Vorsteuerguthaben der Nachlassschuldnerin verrechnet werden müssen.
2. Es sei zu erkennen, dass die Nachlassschuldnerin der Eidgenössischen Steuerverwaltung, unter Berücksichtigung der an die Nachlassgläubiger (ohne Eidgenössische Steuerverwaltung) zu bezahlenden Nachlassdividenden per 19. Dezember 2001, den Betrag von Fr. 902'902.60 schulde.
3. Es sei festzustellen, dass die Forderungseingabe der Eidgenössischen Steuerverwaltung in einem Nachlassverfahren auch die gemäss Art. 40 aMWSTG vorzunehmende und zu schätzende Vorsteuerkorrektur zu enthalten habe.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei; eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid an die Beschwerdeführerin zurückzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtete auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:

1.
1.1 Am 1. Januar 2010 trat das Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer vom 12. Juni 2009 (MWSTG; SR 641.20) in Kraft. Auf die vor diesem Datum eingetretenen Tatsachen und entstandenen Rechtsverhältnisse bleibt das bisherige Recht anwendbar (Art. 112 Abs. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 112 Application de l'ancien droit - 1 Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
1    Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
2    L'ancien droit est applicable aux prestations fournies avant l'entrée en vigueur de la présente loi ainsi qu'aux importations de biens pour lesquelles la dette au titre de l'impôt sur les importations est née avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    Les prestations fournies en partie avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément à l'ancien droit pour cette partie. Les prestations fournies en partie après l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément au nouveau droit pour cette partie.
und 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 112 Application de l'ancien droit - 1 Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
1    Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
2    L'ancien droit est applicable aux prestations fournies avant l'entrée en vigueur de la présente loi ainsi qu'aux importations de biens pour lesquelles la dette au titre de l'impôt sur les importations est née avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    Les prestations fournies en partie avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément à l'ancien droit pour cette partie. Les prestations fournies en partie après l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément au nouveau droit pour cette partie.
MWSTG). In materieller Hinsicht gelten hier somit noch das Mehrwertsteuergesetz vom 2. September 1999 (aMWSTG; AS 2000 1300) und die zugehörigen Ausführungsbestimmungen.

1.2 Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Anwendung der Mehrwertsteuer-Gesetzgebung können mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden (Art. 82 lit. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
, Art. 86 Abs. 1 lit. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
BGG). Das Beschwerderecht steht auch der Eidgenössischen Steuerverwaltung zu (Art. 89 Abs. 2 lit. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
BGG in Verbindung mit Art. 45b Abs. 2 aMWSTGV [SR 641.201] und Art. 5 und 17 der Organisationsverordnung für das Eidgenössische Finanzdepartement vom 11. Dezember 2000 [SR 172.215.1]).
Der angefochtene Entscheid schliesst zwar das Verfahren nicht ab, sondern weist die Sache für weitere Abklärungen und zu neuem Entscheid an die Beschwerdeführerin zurück. Es handelt sich um einen Zwischenentscheid, der nur unter den Voraussetzungen der Art. 92
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 92 Décisions préjudicielles et incidentes concernant la compétence et les demandes de récusation - 1 Les décisions préjudicielles et incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation peuvent faire l'objet d'un recours.
1    Les décisions préjudicielles et incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation peuvent faire l'objet d'un recours.
2    Ces décisions ne peuvent plus être attaquées ultérieurement.
und 93
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 93 Autres décisions préjudicielles et incidentes - 1 Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
1    Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
a  si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou
b  si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse.
2    En matière d'entraide pénale internationale et en matière d'asile, les décisions préjudicielles et incidentes ne peuvent pas faire l'objet d'un recours.88 Le recours contre les décisions relatives à la détention extraditionnelle ou à la saisie d'objets et de valeurs est réservé si les conditions de l'al. 1 sont remplies.
3    Si le recours n'est pas recevable en vertu des al. 1 et 2 ou qu'il n'a pas été utilisé, les décisions préjudicielles et incidentes peuvent être attaquées par un recours contre la décision finale dans la mesure où elles influent sur le contenu de celle-ci.
BGG selbständig anfechtbar ist, namentlich wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 93 Autres décisions préjudicielles et incidentes - 1 Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
1    Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
a  si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou
b  si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse.
2    En matière d'entraide pénale internationale et en matière d'asile, les décisions préjudicielles et incidentes ne peuvent pas faire l'objet d'un recours.88 Le recours contre les décisions relatives à la détention extraditionnelle ou à la saisie d'objets et de valeurs est réservé si les conditions de l'al. 1 sont remplies.
3    Si le recours n'est pas recevable en vertu des al. 1 et 2 ou qu'il n'a pas été utilisé, les décisions préjudicielles et incidentes peuvent être attaquées par un recours contre la décision finale dans la mesure où elles influent sur le contenu de celle-ci.
BGG). Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil wird bejaht, wenn die Beschwerde führende Behörde infolge des Rückweisungsentscheids gezwungen wäre, einen nach ihrer Ansicht rechtswidrigen Entscheid zu erlassen, den sie mangels eigener Beschwer nicht anfechten könnte (BGE 133 V 477 E. 4.2. und 5.2.4; Urteil 2C 258/2008 vom 27. März 2009 E. 3.6.1 in: StE 2009 B 96.21 Nr. 14).
So verhält es sich hier. Die Vorinstanz hiess im angefochtenen Entscheid den Beschwerdeantrag 1a (Rückweisung der Sache an die Eidgenössische Steuerverwaltung zur Festsetzung des Vorsteuerguthabens der Nachlassschuldnerin mit Berücksichtigung der "gesamten Nachlassdividende") gut (vgl. E. 7 in Verbindung mit E. 4.2.5 des angefochtenen Urteils). Das läuft der Ansicht der Beschwerdeführerin zuwider, wonach die Steuerforderung per 19. Dezember 2001 ausgehend von einer Nachlassdividende von 35 % zu berechnen sei und eine höhere Schlussdividende keinen Anspruch auf Vorsteuerabzug begründe.
Zudem gab die Vorinstanz dem Beschwerdeantrag 1b (Feststellung, dass die Eidgenössische Steuerverwaltung nicht berechtigt ist, die Vorsteuerforderung mit ihrem Mehrwertsteuer-Guthaben zu verrechnen) teilweise statt, indem sie die Verrechnung des Vorsteuerguthabens mit der Steuerforderung per 19. Dezember 2001 nur bis zur Höhe der der Beschwerdeführerin zustehenden Dividende zuliess (vgl. angefochtenes Urteil E. 6.3 in fine und E. 7). Auch damit unterlag die Beschwerdeführerin im vorinstanzlichen Verfahren und müsste gegen ihren neuen Entscheid Beschwerde führen. Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil, den der Entscheid bewirken kann, ist daher zu bejahen.

1.3 Rechtsbegehren sind nur zulässig, soweit an ihnen ein schutzwürdiges Interesse, das rechtlicher oder tatsächlicher Natur sein kann, aber aktuell und praktisch sein muss, besteht (Art. 89 Abs. 1 lit. c
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
BGG; BGE 123 II 285 E. 4 S. 286 f.). Das gilt auch für Feststellungsbegehren. An einem unmittelbaren und schutzwürdigen Interesse am Erlass eines Feststellungsentscheids fehlt es namentlich, wenn das Rechtsschutzinteresse durch ein rechtsgestaltendes Urteil gewahrt werden kann (BGE 128 V 41 E. 3a S. 48; 126 II 300 E. 2c S. 303 mit weiteren Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin verlangt eine Feststellung darüber, dass sie das Steuerguthaben mit Wert per 19. Dezember 2001 mit dem Anspruch der Gegenpartei auf Rückerstattung der Vorsteuer verrechnen könne (Beschwerdeantrag 1). Sie beantragt ferner festzustellen, dass ihre Forderungseingabe im Nachlassverfahren auch bereits die schätzungs- resp. ermessensweise vorzunehmende Vorsteuerkorrektur aufgrund von Art. 40 aMWSTG enthalten müsse (Beschwerdeantrag 3). Die Beschwerdeführerin begründet ihr praktisches und aktuelles Rechtsschutzinteresse damit, dass die Vorinstanz gegenteilig entschieden habe, wobei die entsprechenden Feststellungen lediglich in den Urteilserwägungen - nicht im Urteilsdispositiv - enthalten seien. Da die Motive eines Entscheids nicht aufgehoben werden können, sei deren Bestreitung nur mit einem Feststellungsbegehren möglich.
Dieser Ansicht kann nicht gefolgt werden. Die Beschwerdeführerin beantragt mit dem Leistungsbegehren die Festsetzung der Steuerforderung im Nachlassverfahren auf Fr. 902'902.60 (vgl. Beschwerdeantrag 2). Dieses Rechtsbegehren enthält bereits das, was die Beschwerdeführerin mit ihren Feststellungsbegehren bezweckt (Verrechnung des Vorsteuerguthabens mit der Steuerforderung per 19. Dezember 2001; Festsetzung der "Vorsteuerkorrektur" aufgrund einer Schätzung). Ein darüber hinausgehendes Feststellungsinteresse ist nicht dargetan. Auf die Feststellungsbegehren ist nicht einzutreten.

1.4 Die Beschwerdegegnerin sieht eine Ausweitung des Verfahrensgegenstandes darin, dass die Beschwerdeführerin verlange, die Mehrwertsteuerschuld auf Fr. 902'902.60 festzusetzen. Hierbei bringe die Beschwerdeführerin eine "Reihe neuer Sachumstände" (Berichtigung des maximal möglichen Vorsteuerabzugs; Korrektur der Nachlassforderungen; Neuberechnung des Vorsteuerguthabens) vor, wozu sie nicht berechtigt sei.
Gemäss Art. 99
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
BGG dürfen neuen Tatsachen und Beweismittel nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Abs. 1); neue Begehren sind überhaupt unzulässig (Abs. 2). Im vorinstanzlichen Verfahren verlangte die Beschwerdegegnerin und damalige Beschwerdeführerin, dass die Mehrwertsteuerschuld bzw. das Vorsteuerguthaben "gestützt auf die noch zu leistende gesamte Nachlassdividende" neu beurteilt werde. Im angefochtenen Entscheid hiess die Vorinstanz dieses Rechtsbegehren "weitgehend" gut und wies die Sache zur Neubeurteilung an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurück (vgl. angefochtenes Urteil E. 7 in Verbindung mit E. 4.2.5). Damit das Vorsteuerguthaben aufgrund der "(...) noch zu leistenden Nachlassdividenden" im Sinne von E. 4.2.4 und 4.2.5 des angefochtenen Entscheids bestimmt werden kann, muss aber die Eidgenössische Steuerverwaltung den neu eingetretenen und noch eintretenden Tatsachen Rechnung tragen können.
Wenn daher die Eidgenössische Steuerverwaltung in der vorliegenden Beschwerde die im Nachlassverfahren erfolgte zweite Abschlagszahlung (Beschwerde S. 34) berücksichtigt, neue Berechnungen anstellt und in diesem Zusammenhang die weiteren Sachumstände vorbringt, ist dies durch den angefochtenen Entscheid bedingt. Ohnehin beziffert die Beschwerdeführerin ihr Steuerguthaben per 19. Dezember 2001 aufgrund der seit dem Einspracheentscheid eingetretenen Verhältnisse (vgl. Beschwerde S. 33 ff.) auf Fr. 902'902.60 und verlangt damit nicht mehr (oder anderes), als was sie schon im Einspracheentscheid statuiert hat (Steuerforderung per 19. Dezember 2001 Fr. 980'057.40). Weder handelt es sich um unzulässige Noven im Sinne von Art. 99 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
BGG noch um eine Ausdehnung des Streitgegenstandes durch ein neues Rechtsbegehren (Art. 99 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
BGG).

1.5 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
BGG). In der Beschwerdebegründung ist darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
BGG). Die Sachverhaltsfeststellung, soweit rechtserheblich, kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
BGG beruht (Art. 97 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
BGG). Das ist dann der Fall, wenn der Sachverhalt willkürlich ermittelt worden ist (Art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
BV) oder die Sachverhaltsfeststellungen unter Verletzung verfassungsmässiger Rechte und Grundsätze zustandegekommen sind, was nach Art. 106 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
BGG ausdrücklich vorzubringen und zu begründen ist (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.2.2 und 1.4.3; 133 III 393 E. 7.1).

2.
Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, den Sachverhalt offensichtlich falsch festgestellt zu haben. Diese habe sowohl bezüglich des Zeitpunkts, wann die Verrechnung von Steuerforderung und Vorsteuerguthaben erfolgt sein soll, wie auch bezüglich der Person, welche die Verrechnung vorgenommen habe, falsche Feststellungen getroffen. Steuerforderung und Vorsteuerguthaben seien bereits zum Zeitpunkt der Nachlassstundung (19. Dezember 2001) fällig und zu verrechnen gewesen. Die Verrechnung erfolge im Übrigen von Gesetzes wegen, wenn der Mehrwertsteuerschuldner in der Quartalsabrechnung vom Steuerbetrag die Vorsteuer abziehe (Art. 38 Abs. 1 aMWSTG).
Dabei geht es offensichtlich um Fragen der Gesetzesinterpretation und richtigen Anwendung von Rechtsvorschriften und nicht um Sachverhaltsfeststellungen. Die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, die Vorinstanz habe in den Akten liegende Dokumente übersehen oder deren Inhalte offensichtlich falsch wiedergegeben oder Beweise falsch gewürdigt.
Es scheint vielmehr, dass die Beschwerdeführerin durch ihr zum Teil widersprüchliches Verhalten (und möglicherweise ihre noch wenig gefestigte Praxis, was die Handhabung des Vorsteuer-Rückerstattungsanspruchs im Nachlassverfahren betrifft) selbst zu einer gewissen Verunsicherung, was nach ihrer Praxis gelten soll, beigetragen hat. So teilte die Beschwerdeführerin im Schreiben vom 26. April 2004 dem Liquidator noch mit, dass sie die Mehrwertsteuerforderung im Nachlassverfahren korrekt eingegeben habe und Dividendenzahlungen an Nachlassgläubiger zu keinem Vorsteuerabzug berechtigen würden. Im Entscheid vom 4. April 2005 (E. 3.7 S. 11 und 3.8 S. 12) begründete sie das sinngemäss damit, dass sie insbesondere für das 3. Quartal 2001 auf eine Vorsteuerkorrektur verzichtet habe, obschon die im Nachlassverfahren eingegebenen mehrwertsteuerrelevanten Forderungen, die unbezahlt geblieben seien, auch dieses Quartal betreffen würden (s. auch Kollokationsplan, Auflage 15. August - 4. September 2003, unversicherte Forderungen 3. Klasse). In der Folge anerkannte die Beschwerdeführerin, dass im Umfang der Dividendenzahlungen (Abschlagszahlungen) an die Nachlassgläubiger ein Recht auf Vorsteuerabzug begründet sei, wobei dann allerdings Streit
darüber entstand, bis zu welchem Zeitpunkt Steuer- und Vorsteuerguthaben verrechnet werden könnten bzw. ob die Verrechnung von Gesetzes wegen eintrete. Das sind indessen Rechtsfragen, nicht Fragen des Sachverhalts.
Die "Sachverhaltsrügen" der Beschwerdeführerin (eine eigentliche Rüge im Sinne von Art. 106 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
BGG, s. oben E. 1.5, ist nicht zu sehen) erschöpfen sich insoweit im Vorwurf der Verletzung von (einfachem) Bundesrecht (Art. 95 lit. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
BGG) und gehen darüber nicht hinaus. Die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen sind für das Bundesgericht verbindlich (Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
BGG).

3.
3.1 Beim Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs (SchKG; SR 281.1) und beim Mehrwertsteuergesetz handelt es sich um Erlasse gleicher Stufe. Das Nachlassverfahren als Institut der Zwangsvollstreckung untersteht den Bestimmungen des SchKG, soweit nicht andere Bundesgesetze (betreibungs- und vollstreckungsrechtliche) Spezialbestimmungen enthalten. Das Verhältnis zwischen der steuerpflichtigen Person und der Eidgenössischen Steuerverwaltung wird demgegenüber durch das Mehrwertsteuergesetz geregelt.
Daran ändert auch die Bewilligung der Nachlassstundung nichts. Während des Nachlassverfahrens bleibt die Steuerpflicht bestehen. Sie endet bei der Vermögensliquidation und insbesondere beim Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung erst mit dem Abschluss des Liquidationsverfahrens (Art. 29 lit. a aMWSTG). Das gilt sowohl in Bezug auf die objektive und subjektive Steuerpflicht wie auch die Steuerforderung und den Vorsteuerabzug oder die Pflicht zur periodischen Abrechnung der Steuer. Bereits der Warenumsatzsteuerbeschluss sah die Besteuerung von Grossistenlieferungen im Konkurs oder anlässlich eines Nachlassvertrages mit Vermögensabtretung vor (Art. 13 Abs. 2 WUStB [BS 6 178]; BGE 107 Ib 303 E. 2c; 96 I 244 E. 1; vgl. BLUMENSTEIN/LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl. 2002, S. 497).
Zuständig zum Entscheid über Bestand und Umfang der Umsatzsteuer ist im Konkurs- oder Nachlassverfahren die Steuer- oder Steuerjustizbehörde und nicht die Konkursverwaltung bzw. der Liquidator (vgl. BGE 120 III 147 E. 4a, 153 E. 2a für Steuerforderungen im allgemeinen; BGE 107 Ib 303 E. 1a für die Warenumsatzsteuer; s. auch BGE 125 III 293). Ist die Steuerforderung bestritten und noch nicht rechtskräftig festgesetzt, so unterbleibt nach ausdrücklicher Bestimmung in Art. 69 Abs. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 69 Droit d'obtenir des renseignements - L'AFC renseigne dans un délai raisonnable l'assujetti qui demande par écrit à être informé des conséquences, en matière de TVA, d'une situation concrète décrite avec précision. Le renseignement donné est contraignant pour l'assujetti qui a formulé la question et pour l'AFC; il ne peut se rapporter à aucune autre situation.
aMWSTG (jetzt Art. 89 Abs. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 89 Poursuite - 1 Si l'impôt, les intérêts, les frais ou les amendes ne sont pas versés, l'AFC engage une poursuite et prend les mesures nécessaires prévues par le droit civil et le droit de l'exécution forcée.
1    Si l'impôt, les intérêts, les frais ou les amendes ne sont pas versés, l'AFC engage une poursuite et prend les mesures nécessaires prévues par le droit civil et le droit de l'exécution forcée.
2    Si une créance fiscale qui n'est pas encore entrée en force est contestée, l'AFC rend une décision. La collocation définitive n'a lieu que lorsque cette décision est entrée en force.154
3    En faisant opposition, l'assujetti ouvre la procédure de mainlevée. La mainlevée de l'opposition relève de l'AFC.
4    ...155
5    L'AFC doit produire la créance fiscale dans les inventaires officiels ou suite à un appel aux créanciers.156
6    Les montants d'impôt échéant dans le cadre d'une procédure d'exécution forcée constituent des frais de réalisation.
7    Lorsque la situation le justifie, l'AFC peut renoncer à recouvrer l'impôt si l'introduction d'une poursuite n'a aucune chance de succès.
MWSTG) ihre endgültige Kollokation (Art. 321
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 321 - 1 Pour déterminer les personnes qui participeront à la répartition du produit de la liquidation et fixer leur rang, les liquidateurs dresseront - sans procéder à un nouvel appel aux créanciers et en se référant simplement aux livres et aux productions - un état de collocation qui sera mis à la disposition des créanciers.
1    Pour déterminer les personnes qui participeront à la répartition du produit de la liquidation et fixer leur rang, les liquidateurs dresseront - sans procéder à un nouvel appel aux créanciers et en se référant simplement aux livres et aux productions - un état de collocation qui sera mis à la disposition des créanciers.
2    Les art. 244 à 251 s'appliquent par analogie.
SchKG), bis ein rechtskräftiger Entscheid vorliegt. Das zeigt, dass die Steuerforderung auch während eines Konkurs- oder Nachlassverfahrens im Steuerverfahren festzusetzen ist. Davon gehen auch die Vorinstanz und die Parteien aus.

3.2 Während der Dauer der Nachlassstundung bleibt der Schuldner grundsätzlich über sein Vermögen verfügungsberechtigt und zur Fortführung des Geschäfts berechtigt, sofern der Nachlassrichter nichts weiter anordnet (vgl. Art. 298 Abs. 1
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 298 - 1 Le débiteur peut poursuivre son activité sous la surveillance du commissaire. Le juge du concordat peut cependant prescrire que certains actes ne pourront être valablement accomplis qu'avec le concours du commissaire, ou autoriser le commissaire à poursuivre l'activité de l'entreprise à la place du débiteur.
1    Le débiteur peut poursuivre son activité sous la surveillance du commissaire. Le juge du concordat peut cependant prescrire que certains actes ne pourront être valablement accomplis qu'avec le concours du commissaire, ou autoriser le commissaire à poursuivre l'activité de l'entreprise à la place du débiteur.
2    Sauf autorisation du juge du concordat ou de la commission des créanciers, il est interdit, sous peine de nullité, d'aliéner ou de grever l'actif immobilisé, de constituer un gage, de se porter caution et de disposer à titre gratuit pendant la durée du sursis.
3    Les droits des tiers de bonne foi sont réservés.
4    Si le débiteur contrevient à cette disposition ou aux injonctions du commissaire, le juge du concordat peut, sur le rapport de celui-ci, retirer au débiteur le pouvoir de disposer de ses biens ou ouvrir d'office la faillite.
SchKG). Der Schuldner kann insbesondere sämtliche Geschäfte abschliessen und Rechtshandlungen vornehmen, soweit sie zum täglichen Geschäftsbetrieb gehören, wobei er unter Aufsicht des Sachwalters steht (PIERRE-ROBERT GILLIÉRON, Poursuite pour dettes, faillite et concordat, 4. Aufl. 2005, Rz. 3120 S. 476; ALEXANDER VOLLMAR, in: Basler Kommentar, Schuldbetreibung und Konkurs, 1998, N. 1 zu Art. 298
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 298 - 1 Le débiteur peut poursuivre son activité sous la surveillance du commissaire. Le juge du concordat peut cependant prescrire que certains actes ne pourront être valablement accomplis qu'avec le concours du commissaire, ou autoriser le commissaire à poursuivre l'activité de l'entreprise à la place du débiteur.
1    Le débiteur peut poursuivre son activité sous la surveillance du commissaire. Le juge du concordat peut cependant prescrire que certains actes ne pourront être valablement accomplis qu'avec le concours du commissaire, ou autoriser le commissaire à poursuivre l'activité de l'entreprise à la place du débiteur.
2    Sauf autorisation du juge du concordat ou de la commission des créanciers, il est interdit, sous peine de nullité, d'aliéner ou de grever l'actif immobilisé, de constituer un gage, de se porter caution et de disposer à titre gratuit pendant la durée du sursis.
3    Les droits des tiers de bonne foi sont réservés.
4    Si le débiteur contrevient à cette disposition ou aux injonctions du commissaire, le juge du concordat peut, sur le rapport de celui-ci, retirer au débiteur le pouvoir de disposer de ses biens ou ouvrir d'office la faillite.
SchKG). Mit Ermächtigung des Nachlassrichters können in diesem Stadium auch bereits Vermögenswerte oder Unternehmensteile veräussert werden (Art. 298 Abs. 2 e
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 298 - 1 Le débiteur peut poursuivre son activité sous la surveillance du commissaire. Le juge du concordat peut cependant prescrire que certains actes ne pourront être valablement accomplis qu'avec le concours du commissaire, ou autoriser le commissaire à poursuivre l'activité de l'entreprise à la place du débiteur.
1    Le débiteur peut poursuivre son activité sous la surveillance du commissaire. Le juge du concordat peut cependant prescrire que certains actes ne pourront être valablement accomplis qu'avec le concours du commissaire, ou autoriser le commissaire à poursuivre l'activité de l'entreprise à la place du débiteur.
2    Sauf autorisation du juge du concordat ou de la commission des créanciers, il est interdit, sous peine de nullité, d'aliéner ou de grever l'actif immobilisé, de constituer un gage, de se porter caution et de disposer à titre gratuit pendant la durée du sursis.
3    Les droits des tiers de bonne foi sont réservés.
4    Si le débiteur contrevient à cette disposition ou aux injonctions du commissaire, le juge du concordat peut, sur le rapport de celui-ci, retirer au débiteur le pouvoir de disposer de ses biens ou ouvrir d'office la faillite.
contrario SchKG). Das ist namentlich dann von Bedeutung, wenn sich die Verkaufsverhandlungen bereits in einem fortgeschrittenen Stadium befinden und von einer sofortigen Veräusserung ein besseres Ergebnis für die Gläubiger zu erwarten ist (vgl. VOLLMAR, a.a.O., N. 17, 19 f., 23 ff. zu Art. 298
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 298 - 1 Le débiteur peut poursuivre son activité sous la surveillance du commissaire. Le juge du concordat peut cependant prescrire que certains actes ne pourront être valablement accomplis qu'avec le concours du commissaire, ou autoriser le commissaire à poursuivre l'activité de l'entreprise à la place du débiteur.
1    Le débiteur peut poursuivre son activité sous la surveillance du commissaire. Le juge du concordat peut cependant prescrire que certains actes ne pourront être valablement accomplis qu'avec le concours du commissaire, ou autoriser le commissaire à poursuivre l'activité de l'entreprise à la place du débiteur.
2    Sauf autorisation du juge du concordat ou de la commission des créanciers, il est interdit, sous peine de nullité, d'aliéner ou de grever l'actif immobilisé, de constituer un gage, de se porter caution et de disposer à titre gratuit pendant la durée du sursis.
3    Les droits des tiers de bonne foi sont réservés.
4    Si le débiteur contrevient à cette disposition ou aux injonctions du commissaire, le juge du concordat peut, sur le rapport de celui-ci, retirer au débiteur le pouvoir de disposer de ses biens ou ouvrir d'office la faillite.
SchKG; einschränkend: JAEGER/WALDER/KULL/KOTTMANN, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 4. Aufl. 1997/2001, N. 11 und 13 zu Art. 298
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 298 - 1 Le débiteur peut poursuivre son activité sous la surveillance du commissaire. Le juge du concordat peut cependant prescrire que certains actes ne pourront être valablement accomplis qu'avec le concours du commissaire, ou autoriser le commissaire à poursuivre l'activité de l'entreprise à la place du débiteur.
1    Le débiteur peut poursuivre son activité sous la surveillance du commissaire. Le juge du concordat peut cependant prescrire que certains actes ne pourront être valablement accomplis qu'avec le concours du commissaire, ou autoriser le commissaire à poursuivre l'activité de l'entreprise à la place du débiteur.
2    Sauf autorisation du juge du concordat ou de la commission des créanciers, il est interdit, sous peine de nullité, d'aliéner ou de grever l'actif immobilisé, de constituer un gage, de se porter caution et de disposer à titre gratuit pendant la durée du sursis.
3    Les droits des tiers de bonne foi sont réservés.
4    Si le débiteur contrevient à cette disposition ou aux injonctions du commissaire, le juge du concordat peut, sur le rapport de celui-ci, retirer au débiteur le pouvoir de disposer de ses biens ou ouvrir d'office la faillite.
SchKG). Nach
rechtskräftiger Bestätigung des Nachlassvertrages mit Vermögensabtretung (Art. 317
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 317 - 1 Le concordat par abandon d'actifs peut conférer aux créanciers le droit de disposer des biens du débiteur, ou peut consister dans le transfert à un tiers de tout ou partie de ces mêmes biens.
1    Le concordat par abandon d'actifs peut conférer aux créanciers le droit de disposer des biens du débiteur, ou peut consister dans le transfert à un tiers de tout ou partie de ces mêmes biens.
2    Les créanciers exercent leurs droits par l'intermédiaire de liquidateurs et d'une commission des créanciers, élus par l'assemblée qui se prononce sur le concordat. Les commissaires au sursis peuvent être liquidateurs.
SchKG) ist das vom Nachlassvertrag erfasste Vermögen abzutreten bzw. zu liquidieren (zum Ganzen AMONN/WALTHER, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 8. Aufl. 2008, S. 503 ff., 524 ff.).
3.2.1 Soweit nach Bewilligung der Nachlassstundung und auch noch im Rahmen der Verwertung bis zur Beendigung der Liquidation Vermögenswerte im Inland gegen Entgelt veräussert oder abgetreten werden, handelt es sich grundsätzlich um steuerbare Umsätze (Art. 5 aMWSTG) und unterliegt das Entgelt der Mehrwertsteuer. Es handelt sich um Umsätze, welche mit Einwilligung des Sachwalters (und des Nachlassrichters) erfolgen, weshalb die daraus erwachsenen Steuerforderungen die Masse belasten. Die Vorsteuer kann abgezogen werden (Art. 38 aMWSTG). Ein allfälliges Vorsteuerguthaben (ein "Vorsteuerüberschuss") steht der Masse zu.
Solche Umsätze tätigte auch die Beschwerdegegnerin während des Nachlassverfahrens. Im Gesuch um Gewährung der provisorischen Nachlassstundung beabsichtigte sie, einen Teil ihrer Geschäftsbereiche aus Liquiditätsgründen zu veräussern und den Kernbereich weiterzuführen. Bereits während der provisorischen Nachlassstundung veräusserte sie ihre drei Hauptgeschäftsbereiche. Da sie nicht in der Lage war, auch den Kernbereich weiter zu betreiben, und um einen Wertzerfall zu verhindern, veräusserte sie die Bereiche Q.________, R.________ sowie S.________ an verschiedene Offerenten. Der Nachlassrichter erteilte seine Zustimmung zu diesen Verträgen am 3. Februar bzw. 25. Februar 2002. Diese Umsätze betreffen den Zeitraum nach Bekanntgabe der Nachlassstundung und berechtigen und belasten die Masse. Solche Umsätze sind hier nicht streitig.
3.2.2 Im vorliegenden Fall geht es allein um Umsätze aus Lieferungen und Dienstleistungen, welche die Beschwerdegegnerin bis zum Datum der Nachlassstundung (19. Dezember 2001) bezogen hatte und die unbezahlt geblieben oder erst im Nachlassverfahren bezahlt worden sind. Der Liquidator reichte diesbezüglich eine Aufstellung über die Kreditoren (Leistungserbringer) ein. Er unterschied dabei drei Gruppen: a) Kreditoren per 19. Dezember 2001, b) Kreditoren für Leistungen vor dem 19. Dezember 2001, welche die Rechnung nach dem 19. Dezember 2001 stellten und c) Kreditoren per 19. Dezember 2001, die nach dem 19. Dezember 2001 bezahlt wurden.

4.
4.1 Art. 40 aMWSTG bestimmt:
"Sind die von der steuerpflichtigen Person aufgewendeten Entgelte niedriger als die vereinbarten oder sind ihr Entgelte zurückerstattet worden, so ist die Vorsteuer entweder nur vom tatsächlich geleisteten Entgelt zu berechnen oder in der Abrechnung über die Periode, in der die Entgeltsminderung eintritt, herabzusetzen."
Die Vorschrift ist im Zusammenhang mit Art. 44 Abs. 2 aMWSTG zu lesen. Danach kann der Erbringer einer Lieferung oder Dienstleistung einen Abzug beim steuerbaren Umsatz vornehmen, wenn das Entgelt aus irgend einem Grund geringer ausfällt, als es vereinbart oder in Rechnung gestellt worden ist. Da der Leistungserbringer eine geringere Steuer abführt, vermindert sich dadurch automatisch auch die Vorsteuer beim Leistungsempfänger. Daher bestimmt Art. 40 aMWSTG, dass der Leistungsempfänger in der Steuerabrechnung die Vorsteuer herabzusetzen hat, wenn die von ihm aufgewendeten Entgelte niedriger sind als die vereinbarten.

4.2 Mit Recht hat die Vorinstanz erkannt, dass mit der Bewilligung der Nachlassstundung gegenüber der Beschwerdegegnerin ein Fall von Entgeltsminderung im Sinne von Art. 40 aMWSTG eingetreten ist:
Ein Schuldner, der um Nachlassstundung ersucht, wird in der Regel schon einige Zeit vor dem Gesuch Rechnungen nicht mehr bezahlt haben. Mit dem Gesuch um Nachlassstundung gibt er zu erkennen, dass er überschuldet oder zumindest illiquid ist (HANS ULRICH HARDMEIER, in: Basler Kommentar, a.a.O., N. 1 zu Art. 309
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 309 - Lorsque le concordat n'est pas homologué, le juge du concordat prononce la faillite d'office.
SchKG). Die Lieferanten und Leistungserbringer des Schuldners werden daher in der Regel spätestens zu diesem Zeitpunkt ihre Forderungen als uneinbringlich abschreiben. Sie können gemäss Art. 44 Abs. 2 aMWSTG in der Periode, in welcher die Entgeltsminderung verbucht wird, einen Abzug vom steuerbaren Umsatz vornehmen. Weil in diesem Umfang die Steuer entfällt, hat auch der Nachlassschuldner mangels Vorsteuerbelastung den Vorsteuerabzug im gleichem Betrag herabzusetzen (Art. 40 aMWSTG; s. auch CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2. Aufl. 2003, Rz. 1433 ff. S. 487 f.). Eine gleichartige Regelung enthält beispielsweise auch das deutsche Umsatzsteuerrecht (vgl. HELGA SCHLOSSER-ZEUNER, in: Bunjes/Geist, Umsatzsteuergesetz, 9. Aufl. 2009, N. 41 ff. zu § 17 D-UStG).
Mit der Bewilligung der Nachlassstundung durfte daher die Beschwerdegegnerin die Vorsteuer nur noch vom tatsächlich geleisteten Entgelt berechnen und hatte sie den Vorsteuerabzug zu korrigieren. Das hat die Vorinstanz zutreffend erwogen. Aus dem gleichen Grund verlangt auch die Beschwerdeführerin in ihrer Praxis im Falle eines Konkurses oder Nachlasses per Datum der Konkurseröffnung bzw. Nachlassstundung eine Umstellung von der Abrechnung nach vereinbarten Entgelten zur Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten (vgl. Art. 44 Abs. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 44 Cession et mise en gage de la créance fiscale - 1 Conformément aux dispositions du droit civil, l'assujetti peut céder sa créance fiscale ou la mettre en gage.
1    Conformément aux dispositions du droit civil, l'assujetti peut céder sa créance fiscale ou la mettre en gage.
2    En cas de cession ou de mise en gage, les droits de l'AFC, notamment ses exceptions et les mesures visant à garantir l'impôt, demeurent intacts.82
und 4
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 44 Cession et mise en gage de la créance fiscale - 1 Conformément aux dispositions du droit civil, l'assujetti peut céder sa créance fiscale ou la mettre en gage.
1    Conformément aux dispositions du droit civil, l'assujetti peut céder sa créance fiscale ou la mettre en gage.
2    En cas de cession ou de mise en gage, les droits de l'AFC, notamment ses exceptions et les mesures visant à garantir l'impôt, demeurent intacts.82
aMWSTG, jetzt Art. 39 Abs. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 39 Modes de décompte - 1 Le décompte est établi sur la base des contre-prestations convenues.
1    Le décompte est établi sur la base des contre-prestations convenues.
2    L'AFC autorise l'assujetti qui en fait la demande à établir son décompte sur la base des contre-prestations reçues.
3    Le mode de décompte choisi doit être appliqué pendant au moins une période fiscale.
4    Dans les cas suivants, l'AFC peut obliger l'assujetti à établir son décompte sur la base des contre-prestations reçues:
a  une grande partie des contre-prestations lui sont versées avant qu'il n'ait fourni la prestation ou établi les factures s'y rapportant;
b  il est soupçonné d'utiliser abusivement le décompte selon les contre-prestations convenues pour en retirer un avantage illicite ou pour procurer un tel avantage à un tiers.
und 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 39 Modes de décompte - 1 Le décompte est établi sur la base des contre-prestations convenues.
1    Le décompte est établi sur la base des contre-prestations convenues.
2    L'AFC autorise l'assujetti qui en fait la demande à établir son décompte sur la base des contre-prestations reçues.
3    Le mode de décompte choisi doit être appliqué pendant au moins une période fiscale.
4    Dans les cas suivants, l'AFC peut obliger l'assujetti à établir son décompte sur la base des contre-prestations reçues:
a  une grande partie des contre-prestations lui sont versées avant qu'il n'ait fourni la prestation ou établi les factures s'y rapportant;
b  il est soupçonné d'utiliser abusivement le décompte selon les contre-prestations convenues pour en retirer un avantage illicite ou pour procurer un tel avantage à un tiers.
MWSTG), wie ihrer Vernehmlassung an die Vorinstanz zu entnehmen ist.

4.3 Über die Steuer und Vorsteuer hat die steuerpflichtige Person gegenüber der Eidgenössischen Steuerverwaltung unaufgefordert in der vorgeschriebenen Form abzurechnen (Art. 46 aMWSTG). Dementsprechend hat sie bei einer Entgeltsminderung im Sinne von Art. 40 aMWSTG auch ohne weiteres den Vorsteuerabzug in ihrer Abrechnung zu korrigieren. Nachdem die Beschwerdegegnerin in der Abrechnung für das vierte Quartal 2001 den Vorsteuerabzug nicht berichtigt hatte, nahm die Beschwerdeführerin die entsprechende Korrektur selbst vor und meldete die gesamte noch offene Steuerforderung per 19. Dezember 2001 - ohne Berücksichtigung des Vorsteuerabzugs für die Abrechnungsperiode des 4. Quartals 2001 - zur Kollokation im Nachlassverfahren an.
Gegen dieses Vorgehen ist nichts einzuwenden. Aus den Steuerabrechnungen, welche der Steuerpflichtige der Eidgenössischen Steuerverwaltung periodisch einzureichen hat, geht nicht hervor, ob im Falle eines nicht solventen Schuldners die Leistungserbringer das Entgelt erhalten haben oder nicht und ob ein Anspruch auf Vorsteuerabzug besteht. Zu genaueren Abklärungen über allenfalls erfolgte Zahlungen an Lieferanten und Leistungserbringer mit entsprechender Korrektur beim Vorsteuerabzug war die Beschwerdeführerin zum damaligen Zeitpunkt nicht in der Lage. Es kann von ihr auch nicht verlangt werden, dass sie diese Abklärungen vornimmt. Das ist vielmehr Sache der Steuerpflichtigen bzw. des Sachwalters im Nachlassverfahren (Art. 40 und 46 aMWSTG).
Insofern handelt es sich bei der Forderungseingabe der Beschwerdeführerin zur Kollokation im Nachlassverfahren ohne Berücksichtigung der Vorsteuerabzugs für das 4. Quartal 2001 um eine pauschale Festsetzung der Steuer und Vorsteuer, um eine Einschätzung nach pflichtgemässem Ermessen, wie sie nach Art. 60
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 60 Remboursement pour cause de réexportation - 1 Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
1    Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
a  les biens non modifiés sont réexportés sans avoir été préalablement remis à un tiers dans le cadre d'une livraison sur le territoire suisse et sans avoir été utilisés auparavant;
b  les biens ont été utilisés sur le territoire suisse mais sont réexportés en raison de l'annulation de la livraison; dans ce cas, le remboursement ne comprend ni l'impôt calculé sur la contre-prestation due pour l'utilisation des biens ou sur la perte de valeur subie du fait de leur utilisation, ni l'impôt sur le montant non remboursé des droits de douane à l'importation et des redevances dues en vertu de lois fédérales autres que douanières.
2    L'impôt est remboursé uniquement aux conditions suivantes:
a  la réexportation a lieu dans les cinq ans à compter de la fin de l'année civile pendant laquelle l'impôt a été perçu;
b  il est prouvé que le bien réexporté est celui qui avait été importé.
3    Dans certains cas, le remboursement peut dépendre d'une déclaration faite en bonne et due forme dans le pays étranger où le bien a été importé.
4    Les demandes de remboursement doivent être présentées lorsque les biens sont déclarés pour le régime de l'exportation. Les demandes de remboursement ultérieures peuvent être prises en considération si elles sont remises par écrit à l'OFDF dans les 60 jours qui suivent l'établissement du document d'exportation avec lequel les biens ont été taxés selon le régime de l'exportation (art. 61 LD108).
aMWSTG (jetzt Art. 79
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
MWSTG) zulässig ist, wenn "keine oder nur unvollständige Aufzeichnungen vorliegen". Der Nachlassschuldnerin muss aber die Möglichkeit offenstehen, den Nachweis über erfolgte Abschlagszahlungen zu erbringen. Die Beschwerdeführerin stellte im Nachlassverfahren denn auch zu Recht in Aussicht, den Vorsteuerabzug zuzulassen, falls Zahlungen erfolgt sein sollten. Nachdem die Beschwerdegegnerin die Bezahlung eines Teils der Lieferantenrechnungen anhand von Belegen nachgewiesen hatte, anerkannte die Beschwerdeführerin hierfür den Vorsteuerabzug, indem sie ihre im Nachlassverfahren eingegebene Forderung entsprechend korrigierte.

5.
Nach dem Gesagten ist das Vorgehen der Beschwerdeführerin bei der Eingabe ihrer Forderung im Nachlassverfahren - und namentlich die "pauschale" Kürzung des Vorsteuerabzugs - nicht zu beanstanden. Zu prüfen ist im Folgenden, wie Abschlags- und Dividendenzahlungen im Nachlassverfahren mehrwertsteuerrechtlich zu behandeln sind.

5.1 Die Verteilung des Liquidationserlöses an die Gläubiger erfolgt im Nachlassverfahren mit Vermögensabtretung in Form von Abschlags- und Dividendenzahlungen, soweit den Gläubigern nicht einzelne Vermögenswerte unter Anrechnung an ihre Forderungen abgetreten werden (Art. 317 Abs. 1
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 317 - 1 Le concordat par abandon d'actifs peut conférer aux créanciers le droit de disposer des biens du débiteur, ou peut consister dans le transfert à un tiers de tout ou partie de ces mêmes biens.
1    Le concordat par abandon d'actifs peut conférer aux créanciers le droit de disposer des biens du débiteur, ou peut consister dans le transfert à un tiers de tout ou partie de ces mêmes biens.
2    Les créanciers exercent leurs droits par l'intermédiaire de liquidateurs et d'une commission des créanciers, élus par l'assemblée qui se prononce sur le concordat. Les commissaires au sursis peuvent être liquidateurs.
SchKG). Aus der gestützt auf den Kollokationsplan erstellten Verteilungsliste (Art. 326
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 326 - Avant toute répartition, même provisoire, les liquidateurs établiront un tableau de distribution, dont ils adresseront un extrait à chacun des créanciers. Ils tiendront ce tableau à leur disposition pendant dix jours. Dans ce délai, ledit tableau peut faire l'objet d'une plainte à l'autorité de surveillance.
SchKG) ergibt sich, welcher Anteil jedem Gläubiger aus dem Erlös der Verwertung der Aktiven zukommt. Umsatzsteuerrechtlich sind Abschlags- und Dividendenzahlungen, soweit sie an mehrwertsteuerpflichtige Gläubiger für Leistungen im Sinne von Art. 5 aMWSTG erfolgen, als Leistungsentgelt nach Art. 33 aMWSTG zu qualifizieren.
Der Lieferant oder Leistungserbringer, der aufgrund der Insolvenz des Leistungsempfängers nach Art. 44 Abs. 1 aMWSTG einen Abzug beim steuerbaren Umsatz vorgenommen hat (vgl. vorn E. 4.2), muss daher die Bemessungsgrundlage erneut berichtigen, wenn er im Nachlassverfahren eine Abschlags- oder Dividendenzahlung erhält. Diese Berichtigung ist analog Art. 44 Abs. 3 aMWSTG in derjenigen Periode vorzunehmen, in der die Abschlagszahlung oder Dividende vereinnahmt wird. Die Vorschrift betrifft zwar ihrem Wortlaut nach den Fall, wo das bezahlte Entgelt höher ist als das vereinbarte Entgelt. Die sinngemässe Anwendung von Art. 44 Abs. 3 aMWSTG im vorliegenden Fall entspricht jedoch dem Gesetzeszweck, wie er in dieser Norm zum Ausdruck kommt (so auch die ausdrückliche Regelung im deutschen Umsatzsteuergesetz [D-UStG], § 17 Abs. 1 Satz 8 in Verbindung mit Abs. 2 Ziff. 1, und dazu SCHLOSSER-ZEUNER, a.a.O., § 17 D-UStG N. 41 f., besonders N. 42 in fine).

5.2 Andererseits entsteht beim steuerpflichtigen Nachlassschuldner von Gesetzes wegen ein Anspruch auf Vorsteuerabzug, wenn im Nachlassverfahren vorsteuerbelastete Kreditorenrechnungen beglichen werden. Der Vorsteuerabzug muss auch im Nachlassverfahren zugelassen werden, soll er den Entlastungseffekt erfüllen; es geht um die Vorsteuer, die durch den Gläubiger bezahlt und auf den Nachlassschuldner überwälzt worden ist (vgl. auch WOLFRAM BIRKENFELD, in: Birkenfeld, Das grosse Umsatzsteuer-Handbuch, 1996 ff., Stand: Juli 2009, § 209a Rz. 171 ff., besonders Rz. 211 ff. und Rz. 241). Der Anspruch auf Vorsteuerabzug ist an die geschuldete Steuer anzurechnen, ein allfälliger Überschuss auszuzahlen (Art. 48 Abs. 1 aMWSTG).
Sofern bei der Beschwerdegegnerin der Vorsteuerabzug gekürzt wurde (Art. 40 aMWSTG), ist daher der Vorsteuerabzug erneut zu korrigieren. Das betrifft allerdings nur die per 19. Dezember 2001 offenen Kreditorenrechnungen des 4. Quartals 2001. Für das 3. Quartal 2001 nahm die Eidgenössische Steuerverwaltung nach dem Stand der Akten keine Vorsteuerkorrektur vor.

5.3 Fraglich und umstritten ist, ob die Beschwerdeführerin dieser erneuten Vorsteuerkorrektur genügend Rechnung getragen hat.
Nachdem die Beschwerdeführerin im Entscheid vom 4. April 2005 einen Anspruch auf Vorsteuerabzug bei Abschlags- und Dividendenzahlungen noch ganz verneint hatte, räumte sie im Einspracheentscheid ein, dass ein Vorsteuerabzugsrecht der Beschwerdegegnerin grundsätzlich bestehe, soweit die vorsteuerbelasteten Kreditorenrechnungen im Nachlassverfahren noch bezahlt werden. Für die Berechnung des Vorsteuerabzugs ging sie von einer Gesamtdividende aus, die sie durch Schätzung auf 35 % festsetzte.
An dieser Schätzung hält sie auch in der vorliegenden Beschwerde fest. Sie begründet dies damit, dass im Nachlassverfahren die Nachlassdividende nicht exakt ermittelt werden könne. Sie gehe daher in einem Konkurs- oder Nachlassverfahren in der Weise vor, dass sie gemäss Art. 40 aMWSTG einen Teil der zum Abzug geltend gemachten Vorsteuern eines Quartals oder mehrerer Quartale zurückbelaste. Auf diese Weise werde zwar der Vorsteuerabzug nur ungenügend korrigiert (da der Beginn der Liquiditätsprobleme nicht mit den berücksichtigten Mehrwertsteuerperioden zusammenfallen muss und u.U. weiter in die Vergangenheit zurückreicht). Doch werde dies durch die mit den Dividendenzahlungen neu entstehenden Vorsteueransprüchen kompensiert. Es könne daher für diese Dividendenzahlungen nicht erneut der Vorsteuerabzug gewährt werden, ansonsten die Vorsteuer zweimal abgezogen würde.
Es handelt sich aus der Sicht der Beschwerdeführerin um ein vereinfachtes Verfahren, eine Schätzung (die der Steuerpflichtige auch widerlegen könne), die aber in der Handhabung effizient sei und erfahrungsgemäss dem effektiven Ergebnis sehr nahe komme, auch wenn sie "verfahrenstechnisch (...) nicht ganz korrekt" erscheinen möge. Die Beschwerdeführerin macht vor allem erhebungswirtschaftliche Gründe geltend.
Demgegenüber bestreitet die Beschwerdegegnerin sowohl die Zulässigkeit der Schätzung in grundsätzlicher Hinsicht wie auch deren Höhe. Im angefochtenen Entscheid hat die Vorinstanz eine Pflicht der Beschwerdeführerin, die Vorsteuer aufgrund der resultierenden Abschlags- und Dividendenzahlungen zu ermitteln, bejaht (vgl. E. 4 und 4.2.3 des angefochtenen Entscheids).

5.4 Dazu ist zu bemerken, dass die Korrektur des Vorsteuerabzugs in der Steuerabrechnung (über eine oder mehrere zurückliegende Abrechnungsperioden) durch die Beschwerdeführerin auf einer nicht weiter begründeten Annahme beruht: Ob der Vorsteuerabzug für einen Teil des Quartals, das ganze Quartal oder mehre Quartale zu korrigieren sei, ist weitgehend dem Zufall (oder der Willkür) überlassen. Die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, dass sie sich in diesem Bereich auf gesicherte Erkenntnisse, auf Praxiserfahrung oder Rechnungsmodelle stützen könne. Es bleibt aufgrund der Eingaben der Beschwerdeführerin auch unklar, nach welchen Richtlinien oder Kriterien sie entscheidet, wann Dividendenzahlungen zum erneuten Vorsteuerabzug berechtigen und wann nicht.
Diese Unsicherheiten zeigen sich im vorliegenden Verfahren besonders deutlich: Mit Schreiben vom 26. April 2004 teilte die Beschwerdeführerin dem Liquidator kategorisch mit, dass die Dividendenzahlungen an die Nachlassgläubiger die Schuldner nicht zum Abzug zusätzlicher Vorsteuern berechtige. Nachdem die Beschwerdeführerin dies mit Entscheid vom 4. April 2005 noch bekräftigt hatte, korrigierte sie ihre Haltung im Einspracheentscheid vom 9. Juni 2006 und gewährte neu einen Vorsteuerabzug für eine geschätzte Gesamtdividende von 35 %. In der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten anerkennt sie offenbar dann auch die zweite Abschlagszahlung als für den Vorsteuerabzug anspruchsbegründend (vgl. S. 34 f. der Beschwerde und die dortigen Berechnungen). Aufgrund welcher Umstände die Beschwerdeführerin ihre Ansicht änderte, ist aber nicht zu erkennen, zumal sie von Anfang an aufgrund der Angaben des Liquidators von einer Dividende in etwa der gleichen Grössenordnung ausging.

5.5 Diese Praxis braucht hier aber nicht weiter untersucht zu werden. Wenn die Beschwerdeführerin geltend macht, die Vorsteuerkorrektur und die erneute Berichtigung des Vorsteuerabzugs beruhe auf einer Schätzung und dürfe ermessensweise vorgenommen werden, so ist dies nur unter den Voraussetzungen des Artikels 60 aMWSTG (jetzt Art. 79
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
MWSTG) richtig, das heisst, wenn die steuerpflichtige Person ihren Obliegenheiten zur Mitwirkung und Feststellung der Steuerschuld nicht nachkommt und die Verwaltung eine Schätzung nach pflichtgemässem Ermessen vornehmen muss. Ein auf Schätzung beruhendes Verfahren mag allenfalls auch statthaft sein, wenn sich daraus eine wesentliche Vereinfachung ergibt und die Betroffenen - namentlich die Gläubiger - damit einverstanden sind.
Diese Voraussetzungen sind hier offensichtlich nicht erfüllt. Der Liquidator hat zuhanden der Eidgenössischen Steuerverwaltung die offenen Kreditoren per 19. Dezember 2001 bekannt gegeben. Ebenfalls lässt sich im Fall der späteren Befriedigung der Lieferanten und Dienstleistungserbringer durch Abschlags- und Dividendenzahlungen der Anspruch auf Rückerstattung der Vorsteuer auf entsprechenden Nachweis hin grundsätzlich konkret bestimmen und bedarf es keiner Schätzung im Sinne von Art. 60 aMWSTG. Es steht auch ausser Frage, dass sich die Beschwerdegegnerin mit der Vorgehensweise der Eidgenössischen Steuerverwaltung zu keinem Zeitpunkt einverstanden erklärt hat.

5.6 Wenn daher die Vorinstanz im angefochtenen Erkenntnis (E. 4.2.4 f.) die Beschwerdeführerin verpflichtet hat, die abziehbare Vorsteuer anhand der "gesamten Nachlassdividende" bzw. aufgrund des "Ergebnisses des Nachlassverfahrens" zu bestimmen, verletzt dies Bundesrecht nicht. Zu ergänzen ist lediglich, dass Dividendenleistungen an Kreditoren des 3. Quartals 2001, für welche der Vorsteuerabzug nicht korrigiert wurde, kein zusätzliches Vorsteuerabzugsrecht begründen (s. oben E. 5.2 in fine). In diesem Punkt ist den vorinstanzlichen Erwägungen beizupflichten und erweist sich die Beschwerde als unbegründet.

5.7 Ein Vorbehalt ist nur insofern anzubringen, dass wegen der "Zirkelrechnung" - die Dividendenzahlung beeinflusst die Höhe des Vorsteuerabzuges, dieser wiederum wirkt sich auf die Höhe der Dividende aus usf. - die schliesslich resultierende Vorsteuer nicht mathematisch exakt, sondern nur annäherungsweise bestimmt werden kann. Insofern muss der Vorsteuerabzug in der Tat geschätzt werden, wobei die Wahl der dabei anzuwendenden, sachgerechten Methode der Eidgenössischen Steuerverwaltung zu überlassen ist. Auch hierin ist der vorinstanzliche Entscheid zu bestätigen (vgl. E. 4.2.5 des angefochtenen Urteils).

6.
Zwischen den Parteien ist weiter umstritten, ob und gegebenenfalls in welchem Umfang die Beschwerdeführerin ihre im Nachlassverfahren eingegebene Umsatzsteuerforderung mit dem Vorsteuerguthaben der Beschwerdegegnerin (Nachlassschuldnerin) verrechnen darf.

6.1 Die Vorinstanz erklärte die Verrechnung grundsätzlich als zulässig, jedoch nur bis zur Höhe der Dividende, welche der Beschwerdeführerin für die im Nachlassverfahren eingegebene Mehrwertsteuerforderung zustehe. Sie begründet dies damit, dass der Gläubiger mit der rechtskräftigen Bestätigung des Nachlassvertrags mit Vermögensabtretung auf den durch die Liquidationsdividende nicht gedeckten Teil der Forderung definitiv verzichte. Der nicht gedeckte Teil der Forderung gehe in diesem Umfang unter, es verbleibe keine Restschuld, und die Gläubiger erhielten keine Verlustscheine (Art. 318 Abs. 1 Ziff. 1
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 318 - 1 Le concordat doit contenir des dispositions sur:
1    Le concordat doit contenir des dispositions sur:
1  la renonciation des créanciers à la part de la créance qui n'est pas couverte par le produit de la liquidation des biens, ou par le prix du transfert de ces biens à un tiers ou la réglementation précise des droits réservés à ce sujet;
2  la désignation des liquidateurs et le nombre des membres de la commission des créanciers, ainsi que la délimitation de leurs attributions;
3  le mode de liquidation des biens, en tant qu'il n'est pas réglé par la loi, ainsi que le mode et les garanties d'exécution de la cession si les biens sont cédés à un tiers;
4  les organes autres que les feuilles officielles dans lesquels les publications destinées aux créanciers doivent être faites.572
1bis    Le dividende concordataire peut se composer, en tout ou partie, de droits de participation ou de droits sociaux que le créancier peut exercer à l'égard de la société débitrice ou d'une société reprenante.573
2    Lorsque le concordat ne porte pas sur la totalité des biens du débiteur, il indiquera exactement toutes les distinctions nécessaires.
SchKG). Nach Publikation des Nachlassvertrags sei daher eine Verrechnung nur noch im Betrag der Dividende zulässig. Aus den Akten ergebe sich, dass die Beschwerdeführerin Verrechnung erstmals im Einspracheentscheid (im Jahre 2006) und damit lange nach Bestätigung des Nachlassvertrags vom 20. August 2002 geltend gemacht habe. Eine Verrechnung des Vorsteuerguthabens mit der gesamten im Nachlassverfahren eingegebenen Steuerforderung sei unzulässig.
Dem hält die Beschwerdeführerin entgegen, dass wohl die bis 19. Dezember 2001 (Datum der Nachlassstundung) aufgelaufenen Umsatzsteuerforderungen in den Nachlass fielen, dass jedoch für die Festsetzung von Umsatzsteuerforderung und Vorsteuerguthaben gleichwohl die besonderen Vorschriften der Mehrwertsteuergesetzgebung Anwendung fänden. Die Verrechnung von Umsatzsteuerforderung mit dem Vorsteuerguthaben trete von Gesetzes wegen ein, eine Verrechnungserklärung sei hierfür nicht erforderlich. Massgebend sei vielmehr der Zeitpunkt der Entstehung von Forderung und Gegenforderung. Dieser Zeitpunkt sei hier schon vor der Nachlassstundung eingetreten.
Die Beschwerdegegnerin stimmt der Vorinstanz im Ergebnis zu, wenn auch mit abweichender Begründung: Weil das Vorsteuerguthaben aufgrund der Dividendenzahlungen erst im Nachlassverfahren entstehe, handle es sich um eine Masseforderung, welche nur mit Masseschulden, namentlich der Dividende, verrechnet werden könne (Ziffer 95 der Vernehmlassung).
Die hier zu entscheidende Frage lautet somit, ob der durch die Dividendenzahlungen bewirkte Anspruch auf Rückerstattung der Vorsteuer unter den Nachlassvertrag fällt, ob es um eine Masseforderung geht oder ob die Verrechnung nach anderen (mehrwertsteuerrechtlichen) Grundsätzen zu erfolgen habe.

6.2 Gemäss Art. 46 aMWSTG gilt, wie bereits erwähnt, das Selbstveranlagungsprinzip. Es besagt, dass die steuerpflichtige Person über die geschuldete Steuer selbst abrechnen muss und die alleinige Verantwortung für die umsatzsteuerlich richtige Behandlung der Geschäfte trägt. Die Selbstveranlagung beinhaltet nicht nur die richtige und vollständige Berechnung der Steuerforderung, sondern auch des Vorsteuerguthabens (CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, a.a.O., Rz. 1579 ff. S. 531 f.; RIVIER/ROCHAT/PAUCHARD, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, 2000, S. 167; s. auch Urteil 2A.546/2000 vom 31. Mai 2002 E. 6b, in: ASA 72 S. 727 = StR 58/2003 S. 209).
Abzurechnen ist in der Regel vierteljährlich (Art. 45 Abs. 1 lit. a aMWSTG), wobei die steuerpflichtige Person der Eidgenössischen Steuerverwaltung die Abrechnung innert 60 Tagen nach Ablauf der Abrechnungsperiode einzureichen hat (Art. 46 Satz 1 aMWSTG). Doch entsteht die Steuerforderung bereits zu einem früheren Zeitpunkt. Bei der Abrechnung nach dem vereinbarten Entgelt, was den Normalfall darstellt, entsteht die Steuerforderung bei Lieferungen und Dienstleistungen mit der Rechnungsstellung (Art. 43 Abs. 1 lit. a Ziff. 1 aMWSTG). Im Falle der Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten ist der Zeitpunkt der Vereinnahmung des Entgelts massgebend (Art. 43 Abs. 1 lit. b aMWSTG). Der Anspruch auf Vorsteuerabzug entsteht nach Art. 38 Abs. 7 lit. a aMWSTG entweder am Ende der Abrechnungsperiode, in welchem die steuerpflichtige Person die Rechnung erhalten (Abrechnung nach vereinbartem Entgelt) oder in welcher sie die Rechnung bezahlt hat (Abrechnung nach vereinnahmtem Entgelt).

6.3 Steuerforderung und Vorsteuerguthaben entstehen somit von Gesetzes wegen und unabhängig davon, ob Steuer und Vorsteuerabzug durch die steuerpflichtige Person rechtzeitig und richtig abgerechnet werden. Die Mehrwertsteuer ist eine Allphasensteuer mit Vorsteuerabzug auf allen Stufen. Vom Steuerbetrag des Bruttoumsatzes wird der auf die Vorleistung entfallende Teil der Steuer - die Vorsteuer - abgezogen. Als Zahllast (Steuerschuld) erscheint die Differenz zwischen Bruttosteuer und Vorsteuer (vgl. CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, a.a.O., Rz. 98 S. 48 f.). Diese Festsetzung erfolgt im Rahmen der Selbstveranlagung durch den Steuerpflichtigen in der Steuerabrechnung (Art. 46 aMWSTG). Die Folgen treten aber von Gesetzes wegen ein. Einer ausdrücklichen Verrechnungserklärung der Eidgenössischen Steuerverwaltung bedarf es daher, entgegen der Ansicht der Vorinstanz, nicht. Die Eidgenössische Steuerverwaltung ermittelt die Steuer anstelle des Steuerpflichtigen nur dann, wenn dieser seiner Abrechnungspflicht nicht nachkommt (Art. 60 aMWSTG; CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, a.a.O., Rz. 1580 S. 532).

6.4 Die Vorinstanz beruft sich für ihre gegenteilige Ansicht auf Art. 213 Abs. 2 Ziff. 2
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 213 - 1 Le créancier a le droit de compenser sa créance avec celle que le failli peut avoir contre lui.
1    Le créancier a le droit de compenser sa créance avec celle que le failli peut avoir contre lui.
2    Toute compensation est toutefois exclue:384
1  lorsque le débiteur du failli est devenu son créancier postérieurement à l'ouverture de la faillite, à moins qu'il ait exécuté une obligation née antérieurement ou qu'il ait dégrevé une chose mise en gage pour la dette du failli et qu'il possède sur cette chose un droit de propriété ou un droit réel limité (art. 110, ch. 1, CO386);
2  lorsque le créancier du failli est devenu son débiteur ou celui de la masse postérieurement à l'ouverture de la faillite;
3  ...
3    La compensation avec des créances découlant de titres au porteur peut avoir lieu si et dans la mesure où le créancier établit qu'il a acquis les titres de bonne foi avant l'ouverture de la faillite.388
4    En cas de faillite d'une société en commandite, d'une société anonyme, d'une société en commandite par actions, d'une société à responsabilité limitée ou d'une société coopérative, le montant non libéré de la commandite ou du capital social ou les arrérages de contributions statutaires de la société coopérative ne peuvent pas être compensés.389
SchKG, der gemäss Art. 297 Abs. 4
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 297 - 1 Aucune poursuite ne peut être exercée contre le débiteur pendant la durée du sursis, sauf s'il s'agit d'une poursuite en réalisation de gage en raison de créances garanties par gage immobilier; un tel gage ne peut toutefois en aucun cas être réalisé.
1    Aucune poursuite ne peut être exercée contre le débiteur pendant la durée du sursis, sauf s'il s'agit d'une poursuite en réalisation de gage en raison de créances garanties par gage immobilier; un tel gage ne peut toutefois en aucun cas être réalisé.
2    L'art. 199, al. 2, s'applique par analogie aux biens saisis.
3    Les créances concordataires ne peuvent pas faire l'objet d'un séquestre ni d'autres mesures conservatoires.
4    La cession de créance future conclue avant l'octroi d'un sursis concordataire ne déploie pas d'effets si la créance cédée prend naissance après l'octroi du sursis.
5    Sauf en cas d'urgence, le sursis concordataire a pour effet de suspendre les procès civils et les procédures administratives portant sur les créances concordataires.
6    Les délais de prescription ou de péremption cessent de courir.
7    Le sursis arrête à l'égard du débiteur le cours des intérêts de toute créance qui n'est pas garantie par gage si le concordat ne prévoit pas de disposition contraire.
8    La compensation est régie par les art. 213 et 214. L'octroi du sursis tient lieu d'ouverture de la faillite.
9    L'art. 211, al. 1, est applicable par analogie dès que le commissaire communique au contractant la conversion de la créance.
SchKG auch bei der Nachlassstundung Anwendung findet. Danach ist die Verrechnung ausgeschlossen, wenn ein Gläubiger des Gemeinschuldners erst nach der Konkurseröffnung Schuldner desselben oder der Konkursmasse wird. Im Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung tritt an die Stelle der Konkurseröffnung die Bekanntmachung der Nachlassstundung (Art. 297 Abs. 4
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 297 - 1 Aucune poursuite ne peut être exercée contre le débiteur pendant la durée du sursis, sauf s'il s'agit d'une poursuite en réalisation de gage en raison de créances garanties par gage immobilier; un tel gage ne peut toutefois en aucun cas être réalisé.
1    Aucune poursuite ne peut être exercée contre le débiteur pendant la durée du sursis, sauf s'il s'agit d'une poursuite en réalisation de gage en raison de créances garanties par gage immobilier; un tel gage ne peut toutefois en aucun cas être réalisé.
2    L'art. 199, al. 2, s'applique par analogie aux biens saisis.
3    Les créances concordataires ne peuvent pas faire l'objet d'un séquestre ni d'autres mesures conservatoires.
4    La cession de créance future conclue avant l'octroi d'un sursis concordataire ne déploie pas d'effets si la créance cédée prend naissance après l'octroi du sursis.
5    Sauf en cas d'urgence, le sursis concordataire a pour effet de suspendre les procès civils et les procédures administratives portant sur les créances concordataires.
6    Les délais de prescription ou de péremption cessent de courir.
7    Le sursis arrête à l'égard du débiteur le cours des intérêts de toute créance qui n'est pas garantie par gage si le concordat ne prévoit pas de disposition contraire.
8    La compensation est régie par les art. 213 et 214. L'octroi du sursis tient lieu d'ouverture de la faillite.
9    L'art. 211, al. 1, est applicable par analogie dès que le commissaire communique au contractant la conversion de la créance.
SchKG).
Art. 213
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 213 - 1 Le créancier a le droit de compenser sa créance avec celle que le failli peut avoir contre lui.
1    Le créancier a le droit de compenser sa créance avec celle que le failli peut avoir contre lui.
2    Toute compensation est toutefois exclue:384
1  lorsque le débiteur du failli est devenu son créancier postérieurement à l'ouverture de la faillite, à moins qu'il ait exécuté une obligation née antérieurement ou qu'il ait dégrevé une chose mise en gage pour la dette du failli et qu'il possède sur cette chose un droit de propriété ou un droit réel limité (art. 110, ch. 1, CO386);
2  lorsque le créancier du failli est devenu son débiteur ou celui de la masse postérieurement à l'ouverture de la faillite;
3  ...
3    La compensation avec des créances découlant de titres au porteur peut avoir lieu si et dans la mesure où le créancier établit qu'il a acquis les titres de bonne foi avant l'ouverture de la faillite.388
4    En cas de faillite d'une société en commandite, d'une société anonyme, d'une société en commandite par actions, d'une société à responsabilité limitée ou d'une société coopérative, le montant non libéré de la commandite ou du capital social ou les arrérages de contributions statutaires de la société coopérative ne peuvent pas être compensés.389
SchKG muss aber seiner ratio legis entsprechend ausgelegt werden. Dessen Absatz 1 erklärt die Verrechnung grundsätzlich als zulässig. Das Verrechnungsverbot von Absatz 2 will lediglich verhindern, dass sich ein Gläubiger des Gemeinschuldners nach Konkurseröffnung durch neu erworbene Verrechnungsmöglichkeiten Deckung verschafft (BGE 107 III 139 E. 3 S. 143 f. mit Hinweisen). Die Vorschrift ist offensichtlich auf die Verrechnung nach dem Obligationenrecht zugeschnitten.
Vorliegend geht es indessen um eine Kompensation öffentlich-rechtlicher Forderungen, die von Gesetzes wegen eintritt. Die spezialgesetzliche Ordnung, insbesondere Art. 69 Abs. 2 aMWSTG, der die rechtskräftige Erledigung des Mehrwertsteuerverfahrens in dem dafür vorgesehenen Verfahren vorbehält, geht dem Konkurs- oder Nachlassverfahren vor. Das hat die Vorinstanz nicht in Betracht gezogen und daher zu Unrecht die Verrechnung auf den Betrag der Dividende, welche der Beschwerdeführerin zusteht, beschränkt.

6.5 Zu prüfen bleibt, ob es sich beim Vorsteuerguthaben, das sich aus Abschlags- und Dividendenzahlungen im Konkurs oder Nachlassverfahren ergibt, um eine Masseforderung handelt, wie die Beschwerdegegnerin geltend macht. Denn Masseforderungen können, wie die Beschwerdegegnerin mit Recht bemerkt, nur mit Masseschulden, insbesondere mit der Konkursdividende, verrechnet werden (vgl. AMONN/ WALTHER, a.a.O., § 40 Rz. 59 S. 370).
In der Tat stellt ein allfälliges Vorsteuerguthaben eine Masseforderung dar. Dies aber erst, wenn Mehrwertsteuerforderung und Vorsteuerabzug nach den Vorgaben des Mehrwertsteuerrechts verrechnet worden sind. Erst dann ist die Steuerforderung gemäss spezialgesetzlicher Bestimmung definitiv zu kollozieren (Art. 69 Abs. 2 aMWSTG) und fällt ein allfälliges Vorsteuerguthaben, ein "Vorsteuerüberschuss", in die Masse. Es bleibt somit bei der gesetzlichen Ordnung, wonach das Mehrwertsteuerverfahren vorab rechtskräftig erledigt werden muss.

6.6 Es kann auch offenbleiben, ob der durch die Nachlassdividende bewirkte Anspruch auf Vorsteuerabzug bereits zum Zeitpunkt der Bekanntgabe der Nachlassstundung bestand und durch die Dividendenzahlung wieder auflebt, wie die Vorinstanz annimmt (vgl. E. 4.1.3 des angefochtenen Urteils), oder ob er zum Zeitpunkt der Dividendenzahlung neu entsteht, welche Ansicht die Beschwerdegegnerin verficht. So oder so bildet dieser Anspruch hier keine Masseforderung. Es entspricht einem in der bundesgerichtlichen Rechtsprechung feststehenden Grundsatz, dass Steuerforderungen dann eine Verbindlichkeit der Masse darstellen, wenn sich die für ihre Entstehung massgebenden Tatsachen nach der Konkurseröffnung bzw. nach Bewilligung der Stundung verwirklicht haben (so bereits für die Warenumsatzsteuer: BGE 107 Ib 303 E. 2, 96 I 244 E. 3; ferner BGE 120 III 153 E. 2b; 120 III 128; je für die Grundstückgewinnsteuer; BGE 122 II 221 E. 4c und d betreffend die Liquidationsgewinnsteuer nach Art. 53
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 213 - 1 Le créancier a le droit de compenser sa créance avec celle que le failli peut avoir contre lui.
1    Le créancier a le droit de compenser sa créance avec celle que le failli peut avoir contre lui.
2    Toute compensation est toutefois exclue:384
1  lorsque le débiteur du failli est devenu son créancier postérieurement à l'ouverture de la faillite, à moins qu'il ait exécuté une obligation née antérieurement ou qu'il ait dégrevé une chose mise en gage pour la dette du failli et qu'il possède sur cette chose un droit de propriété ou un droit réel limité (art. 110, ch. 1, CO386);
2  lorsque le créancier du failli est devenu son débiteur ou celui de la masse postérieurement à l'ouverture de la faillite;
3  ...
3    La compensation avec des créances découlant de titres au porteur peut avoir lieu si et dans la mesure où le créancier établit qu'il a acquis les titres de bonne foi avant l'ouverture de la faillite.388
4    En cas de faillite d'une société en commandite, d'une société anonyme, d'une société en commandite par actions, d'une société à responsabilité limitée ou d'une société coopérative, le montant non libéré de la commandite ou du capital social ou les arrérages de contributions statutaires de la société coopérative ne peuvent pas être compensés.389
BdBSt; s. auch BGE 100 III 30 für Sozialversicherungsbeiträge). In Bezug auf die hier in Frage stehende Vorsteuerrückerstattung ist das nicht der Fall. Sie betrifft nicht die mit Zustimmung des Sachverwalters nach der Stundung fortgeführten Geschäfte (Art. 298
Abs. 1
SR 281.1 Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)
LP Art. 298 - 1 Le débiteur peut poursuivre son activité sous la surveillance du commissaire. Le juge du concordat peut cependant prescrire que certains actes ne pourront être valablement accomplis qu'avec le concours du commissaire, ou autoriser le commissaire à poursuivre l'activité de l'entreprise à la place du débiteur.
1    Le débiteur peut poursuivre son activité sous la surveillance du commissaire. Le juge du concordat peut cependant prescrire que certains actes ne pourront être valablement accomplis qu'avec le concours du commissaire, ou autoriser le commissaire à poursuivre l'activité de l'entreprise à la place du débiteur.
2    Sauf autorisation du juge du concordat ou de la commission des créanciers, il est interdit, sous peine de nullité, d'aliéner ou de grever l'actif immobilisé, de constituer un gage, de se porter caution et de disposer à titre gratuit pendant la durée du sursis.
3    Les droits des tiers de bonne foi sont réservés.
4    Si le débiteur contrevient à cette disposition ou aux injonctions du commissaire, le juge du concordat peut, sur le rapport de celui-ci, retirer au débiteur le pouvoir de disposer de ses biens ou ouvrir d'office la faillite.
SchKG) resp. die Verwertung von Vermögenswerten im Rahmen der Liquidation (vgl. oben E. 3.2 f.). Der Anspruch auf Vorsteuerabzug ist hier vielmehr die Folge der Verteilung des Liquidationserlöses und steht in Verbindung mit Lieferungen und Dienstleistungen, die ihren Rechtsgrund vor Bekanntgabe der Nachlassstundung haben. Sie gehören in die Abrechnung über die Mehrwertsteuerforderung per Datum der Nachlassstundung und sind in dem dafür vorgesehenen Verfahren rechtskräftig festzusetzen, bevor die Steuerforderung definitiv kolloziert werden kann (Art. 69 Abs. 2 aMWSTG) und ein allfälliger Vorsteuerüberschuss an die Masse fällt.

7.
Zusammengefasst ergibt sich, dass die Beschwerde begründet und der angefochtene Entscheid aufzuheben ist, soweit die Vorinstanz statuiert hat, dass das Vorsteuerguthaben der Beschwerdegegnerin in Nachlassliquidation nicht mit der gesamten im Nachlassverfahren eingegebenen Mehrwertsteuerforderung für das 3. und 4. Quartal 2001 verrechnet werden kann (oben E. 6). In Bezug auf die Art und Weise der vorzunehmenden Vorsteuerkorrektur ist die Beschwerde hingegen unbegründet und abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, und ist der angefochtene Entscheid zu bestätigen (oben E. 5.6 f.). Die Sache ist zum Abschluss des Mehrwertsteuerverfahrens im Sinne der bundesgerichtlichen und der vorinstanzlichen Erwägungen an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurückzuweisen.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen (Art. 65
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 65 Frais judiciaires - 1 Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
1    Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
2    L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière.
3    Son montant est fixé en règle générale:
a  entre 200 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 200 et 100 000 francs dans les autres contestations.
4    Il est fixé entre 200 et 1000 francs, indépendamment de la valeur litigieuse, dans les affaires qui concernent:
a  des prestations d'assurance sociale;
b  des discriminations à raison du sexe;
c  des litiges résultant de rapports de travail, pour autant que la valeur litigieuse ne dépasse pas 30 000 francs;
d  des litiges concernant les art. 7 et 8 de la loi du 13 décembre 2002 sur l'égalité pour les handicapés24.
5    Si des motifs particuliers le justifient, le Tribunal fédéral peut majorer ces montants jusqu'au double dans les cas visés à l'al. 3 et jusqu'à 10 000 francs dans les cas visés à l'al. 4.
, 66 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
und 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 4 Siège - 1 Le siège du Tribunal fédéral est à Lausanne.
1    Le siège du Tribunal fédéral est à Lausanne.
2    Une ou plusieurs cours siègent à Lucerne.
BGG). Die Kosten des Verfahrens vor dem Bundesverwaltungsgericht von Fr. 7'000.-- werden der Beschwerdegegnerin dem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens entsprechend anteilmässig zur Hälfte auferlegt (Art. 67
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 67 Frais de la procédure antérieure - Si le Tribunal fédéral modifie la décision attaquée, il peut répartir autrement les frais de la procédure antérieure.
BGG i.V. mit Art. 37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA57, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
VGG und Art. 63 Abs. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
VwVG). Der Eidgenössischen Steuerverwaltung können für das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht keine Kosten auferlegt werden (Art. 63 Abs. 2
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
VwVG).
Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat die Beschwerdegegnerin für ihr teilweises Obsiegen in den beiden Verfahren zudem angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
, 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
und 5
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
BGG in Verbindung mit Art. 37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA57, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
VGG und 64 VwVG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 22. Juni 2009 aufgehoben, soweit danach die Beschwerdeführerin ihre im Nachlassverfahren eingegebene Mehrwertsteuerforderung nicht vollumfänglich mit dem Vorsteuerguthaben der Beschwerdegegnerin aus Abschlags- und Dividendenzahlungen verrechnen kann. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts bestätigt. Die Angelegenheit wird zum Abschluss des Mehrwertsteuerverfahrens im Sinne der Erwägungen an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurückgewiesen.

2.
Die Gerichtskosten im Betrag von Fr. 12'000.-- werden der Eidgenössischen Steuerverwaltung und der X.________ AG in Nachlassliquidation mit je Fr. 6'000.-- auferlegt.

3.
Die Kosten des Verfahrens vor dem Bundesverwaltungsgericht werden der X.________ AG in Nachlassliquidation anteilmässig mit Fr. 3'500.-- auferlegt und mit ihrem Kostenvorschuss von Fr. 7'000.-- verrechnet. Die Restanz von Fr. 3'500.-- ist zurückzuerstatten.

4.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat die X.________ AG in Nachlassliquidation für das bundesgerichtliche Verfahren und das Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht mit insgesamt Fr. 12'000.-- zu entschädigen.

5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 12. November 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:

Zünd Wyssmann