Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
8C 983/2010

Arrêt du 9 novembre 2011
Ire Cour de droit social

Composition
MM. et Mmes les Juges Ursprung, Président,
Leuzinger, Frésard, Niquille et Maillard.
Greffière: Mme Hofer.

Participants à la procédure
Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL),
Station 7, 1015 Lausanne,
représentée par Me John-David Burdet, avocat,
Rue Etraz 10, 1003 Lausanne,
recourante,

contre

L.________,
représenté par Me Inès Feldmann, avocate,
intimé.

Objet
Droit de la fonction publique (effet suspensif; restitution du salaire),

recours contre le jugement du Tribunal administratif fédéral, Cour I, du 25 octobre 2010.

Faits:

A.
A.a L.________, né en 1957, a été engagé en mars 2000 par contrat de durée indéterminée comme collaborateur technique au Centre X.________ de l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (ci-après: EPFL). Le 28 août 2007, l'EPFL a rendu une décision de résiliation du contrat de travail de L.________, pour le 31 décembre 2007. Elle a en outre libéré l'intéressé de son obligation de travailler, avec effet immédiat, et a retiré l'effet suspensif à un éventuel recours.

L.________ a déclaré à son employeur qu'il tenait pour nulle la décision de résiliation du contrat de travail. Parallèlement, il a recouru devant la Commission de recours interne des EPF (ci-après: la CRIEPF) pour lui demander de constater cette nullité. Il a également demandé la restitution de l'effet suspensif au recours et qu'ordre soit donné à l'EPFL, à titre de mesure provisionnelle, de le réintégrer dans ses fonctions ou de l'employer à un poste équivalent.

Pour sa part, l'EPFL a adressé à la CRIEPF, le 29 octobre 2007, une demande en constatation de la validité de la décision de résiliation des rapports de travail du 28 août 2007.

Par décision du 13 novembre 2007, la CRIEPF a rétabli l'effet suspensif au recours de L.________, en ce sens que l'EPFL était tenue de continuer à lui verser son salaire pendant la durée de la procédure; elle n'était en revanche pas tenue de le réintégrer dans ses fonctions ou à un poste de travail équivalent. L'EPFL a déposé un recours contre cette décision, qui a été rejeté par jugement du 21 février 2008 du Tribunal administratif fédéral.

Le 1er juillet 2008, la CRIEPF a constaté la nullité de la décision de résiliation des rapports de travail du 28 août 2007. Elle a ordonné la réintégration de L.________ dans ses fonctions ou, en cas d'impossibilité, dans une autre activité. L'EPFL a recouru contre cette décision devant le Tribunal administratif fédéral. Pendant la durée de la procédure, elle a continué à verser le salaire de l'employé, mais ne l'a pas réintégré dans ses fonctions. Le 5 décembre 2008, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours de l'EPFL.

A.b L'EPFL a interjeté un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire contre ce jugement auprès du Tribunal fédéral.

Par ordonnance du 14 avril 2009, le juge instructeur a partiellement admis la requête d'octroi de l'effet suspensif au recours, en ce sens qu'il a dispensé l'EPFL de réintégrer L.________ dans ses fonctions ou de lui proposer une autre activité pendant la durée de la procédure devant le Tribunal fédéral. L'EPFL était toutefois tenue de continuer à lui verser son salaire.
Par arrêt du 26 octobre 2009 (8C 102/2009) le Tribunal fédéral a déclaré le recours constitutionnel subsidiaire irrecevable. Il a admis le recours en matière de droit public, en ce sens que la décision du Tribunal administratif fédéral du 5 décembre 2008 a été annulée, la cause lui étant renvoyée pour complément d'instruction au sens des considérants et nouveau jugement.

B.
Par un nouveau jugement du 25 octobre 2010, le Tribunal administratif fédéral a partiellement admis le recours de l'EPFL du 8 juillet 2008, en ce sens qu'il a annulé la décision de la CRIEPF du 1er juillet 2008 et confirmé la décision de résiliation de l'EPFL du 28 août 2007. En bref, il a retenu que le licenciement de l'intéressé était principalement justifié par son comportement, pouvant être qualifié de harcèlement sexuel envers une assistante-doctorante (notamment des déclarations amoureuses répétées et insistantes sur le lieu de travail ayant été propres à porter atteinte à la personnalité de l'assistante). En revanche, le tribunal a rejeté une conclusion de l'EPFL visant à la restitution par L.________ des salaires versés pendant la durée de l'effet suspensif.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'EPFL demande au Tribunal fédéral, principalement, de réformer partiellement l'arrêt du Tribunal administratif fédéral en ce sens que L.________ doit restituer les salaires perçus depuis le 1er janvier 2008 "jusqu'à ce jour", soit 299'881 fr. 80, subsidiairement dans la mesure que justice dira, et de confirmer l'arrêt du 25 octobre 2010 pour le surplus. Très subsidiairement, elle demande le renvoi de l'affaire pour nouvelle instruction et jugement dans le sens des considérants.

L.________ conclut au rejet du recours. En outre, il sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire.

D.
En date du 19 août 2011 le Tribunal fédéral a demandé à la CRIEPF le dossier de l'affaire entre les mêmes parties qui a conduit à l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 5 décembre 2008.

L.________ s'est déterminé le 16 septembre 2011. L'EPFL s'est exprimé le 22 septembre 2011. L.________ a de nouveau pris position le 20 octobre 2011.

Considérant en droit:

1.
1.1 Selon l'art. 83 let. g
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF, en matière de rapports de travail de droit public (lorsque, comme en l'espèce, la question de l'égalité des sexes n'est pas en cause), le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions qui concernent une contestation non pécuniaire. Une affaire doit être considérée comme pécuniaire dès lors qu'elle a un but économique et que son objet peut être apprécié en argent, ce qui est à l'évidence le cas en l'espèce. Le motif d'exclusion de l'art. 83 let. g
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF n'entre donc pas en considération.

1.2 Pour que le recours soit recevable, il faut encore, en principe, que la valeur litigieuse minimale de 15'000 fr. soit atteinte (art. 85 al. 1 let. b
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 85 Valeur litigieuse minimale - 1 S'agissant de contestations pécuniaires, le recours est irrecevable:
1    S'agissant de contestations pécuniaires, le recours est irrecevable:
a  en matière de responsabilité étatique si la valeur litigieuse est inférieure à 30 000 francs;
b  en matière de rapports de travail de droit public si la valeur litigieuse est inférieure à 15 000 francs.
2    Même lorsque la valeur litigieuse n'atteint pas le montant déterminant, le recours est recevable si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF). En cas de recours contre une décision finale - c'est-à-dire une décision qui met fin à la procédure (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) - la valeur litigieuse est déterminée par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (art. 51 al. 1 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 51 Calcul - 1 La valeur litigieuse est déterminée:
1    La valeur litigieuse est déterminée:
a  en cas de recours contre une décision finale, par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente;
b  en cas de recours contre une décision partielle, par l'ensemble des conclusions qui étaient litigieuses devant l'autorité qui a rendu cette décision;
c  en cas de recours contre une décision préjudicielle ou incidente, par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité compétente sur le fond;
d  en cas d'action, par les conclusions de la demande.
2    Si les conclusions ne tendent pas au paiement d'une somme d'argent déterminée, le Tribunal fédéral fixe la valeur litigieuse selon son appréciation.
3    Les intérêts, les fruits, les frais judiciaires et les dépens qui sont réclamés comme droits accessoires, les droits réservés et les frais de publication du jugement n'entrent pas en ligne de compte dans la détermination de la valeur litigieuse.
4    Les revenus et les prestations périodiques ont la valeur du capital qu'ils représentent. Si leur durée est indéterminée ou illimitée, le capital est formé par le montant annuel du revenu ou de la prestation, multiplié par vingt, ou, s'il s'agit de rentes viagères, par la valeur actuelle du capital correspondant à la rente.
LTF). Devant l'instance précédente, l'EPFL a conclu à la restitution par l'employé de la somme de 255'790 fr. 40 pour les salaires perçus pendant la durée de la procédure. Le seuil requis de la valeur litigieuse est largement dépassé.

1.3 Pour le surplus, interjeté en temps utile et dans les formes requises contre une décision finale prise par le Tribunal administratif fédéral, le recours respecte les exigences des art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
, 86 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
let. a, 90 et 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF. Le recours en matière de droit public est par conséquent en principe recevable.

2.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF (art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF).

3.
Le Tribunal administratif fédéral est arrivé à la conclusion que la résiliation des rapports de travail n'était pas nulle au sens de l'art. 14 al. 1 let. a
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 14 Personnes nommées pour une durée de fonction - 1 Les personnes nommées pour une durée de fonction sont soumises aux dispositions des lois spéciales et aux dispositions d'exécution de ces lois.
1    Les personnes nommées pour une durée de fonction sont soumises aux dispositions des lois spéciales et aux dispositions d'exécution de ces lois.
2    En l'absence de dispositions fixées dans la loi spéciale, les dispositions de la présente loi sont applicables sous réserve des dérogations suivantes:
a  les rapports de travail sont fondés sur une décision soumise à l'accord de la personne nommée;
b  les dispositions de la présente loi et du CO48 concernant la résiliation ordinaire ne sont pas applicables;
c  l'autorité de nomination peut renoncer à reconduire des rapports de travail pour des motifs objectivement suffisants; si l'autorité de nomination n'a pas pris de décision de non-reconduction au moins six mois avant la fin de la durée de fonction, la personne concernée est considérée comme reconduite dans ses fonctions; dans la procédure de recours, les art. 34b, al. 1, let. a, et 2 et 34c, al. 1, let. a, b et d, et 2 sont applicables;
d  la personne nommée peut demander la résiliation de ses rapports de travail pour la fin d'un mois, en respectant un délai de préavis de trois mois.
3    Les rapports de travail peuvent être résiliés avec effet immédiat pour de justes motifs.
et b de la loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers; RS 172.220.1) ni abusive ou discriminatoire au sens de l'art. 336 al. 1 let. b
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 336 - 1 Le congé est abusif lorsqu'il est donné par une partie:
1    Le congé est abusif lorsqu'il est donné par une partie:
a  pour une raison inhérente à la personnalité de l'autre partie, à moins que cette raison n'ait un lien avec le rapport de travail ou ne porte sur un point essentiel un préjudice grave au travail dans l'entreprise;
b  en raison de l'exercice par l'autre partie d'un droit constitutionnel, à moins que l'exercice de ce droit ne viole une obligation résultant du contrat de travail ou ne porte sur un point essentiel un préjudice grave au travail dans l'entreprise;
c  seulement afin d'empêcher la naissance de prétentions juridiques de l'autre partie, résultant du contrat de travail;
d  parce que l'autre partie fait valoir de bonne foi des prétentions résultant du contrat de travail;
e  parce que l'autre partie accomplit un service obligatoire, militaire ou dans la protection civile, ou un service civil, en vertu de la législation fédérale, ou parce qu'elle accomplit une obligation légale lui incombant sans qu'elle ait demandé de l'assumer.
2    Est également abusif le congé donné par l'employeur:
a  en raison de l'appartenance ou de la non-appartenance du travailleur à une organisation de travailleurs ou en raison de l'exercice conforme au droit d'une activité syndicale;
b  pendant que le travailleur, représentant élu des travailleurs, est membre d'une commission d'entreprise ou d'une institution liée à l'entreprise et que l'employeur ne peut prouver qu'il avait un motif justifié de résiliation.
c  sans respecter la procédure de consultation prévue pour les licenciements collectifs (art. 335f).
3    Dans les cas prévus à l'al. 2, let. b, la protection du représentant des travailleurs dont le mandat a pris fin en raison d'un transfert des rapports de travail (art. 333) est maintenue jusqu'au moment où ce mandat aurait expiré si le transfert n'avait pas eu lieu.197
, c et d CO et des art. 3
SR 151.1 Loi fédérale du 24 mars 1995 sur l'égalité entre femmes et hommes (Loi sur l'égalité, LEg) - (Loi sur l'égalité
LEg Art. 3 Interdiction de discriminer - 1 Il est interdit de discriminer les travailleurs à raison du sexe, soit directement, soit indirectement, notamment en se fondant sur leur état civil ou leur situation familiale ou, s'agissant de femmes, leur grossesse.
1    Il est interdit de discriminer les travailleurs à raison du sexe, soit directement, soit indirectement, notamment en se fondant sur leur état civil ou leur situation familiale ou, s'agissant de femmes, leur grossesse.
2    L'interdiction de toute discrimination s'applique notamment à l'embauche, à l'attribution des tâches, à l'aménagement des conditions de travail, à la rémunération, à la formation et à la formation continue, à la promotion et à la résiliation des rapports de travail.5
3    Ne constituent pas une discrimination les mesures appropriées visant à promouvoir dans les faits l'égalité entre femmes et hommes.
ou 4
SR 151.1 Loi fédérale du 24 mars 1995 sur l'égalité entre femmes et hommes (Loi sur l'égalité, LEg) - (Loi sur l'égalité
LEg Art. 4 Harcèlement sexuel; discrimination - Par comportement discriminatoire, on entend tout comportement importun de caractère sexuel ou tout autre comportement fondé sur l'appartenance sexuelle, qui porte atteinte à la dignité de la personne sur son lieu de travail, en particulier le fait de proférer des menaces, de promettre des avantages, d'imposer des contraintes ou d'exercer des pressions de toute nature sur une personne en vue d'obtenir d'elle des faveurs de nature sexuelle.
de la loi fédérale du 24 mars 1995 sur l'égalité entre femmes et hommes (Loi sur l'égalité, LEg; RS 151.1). L'EPFL avait résilié à bon droit le contrat de travail de son employé et les motifs retenus à l'appui de la décision du 28 août 2007 étaient suffisants pour justifier une résiliation ordinaire au sens de l'art. 12 al. 6 let. a
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 12 Délai de résiliation - 1 Le délai de résiliation qui suit la fin de la période d'essai est de 6 mois au plus en cas de résiliation ordinaire des rapports de travail.
1    Le délai de résiliation qui suit la fin de la période d'essai est de 6 mois au plus en cas de résiliation ordinaire des rapports de travail.
2    Les dispositions d'exécution définissent la durée du délai de résiliation.
et b LPers. Ce point n'est plus litigieux en dernière instance.

4.
4.1 Dans son recours (sur le fond) du 8 juillet 2008 au Tribunal administratif fédéral contre la décision du 1er juillet 2008 de la CRIEPF, l'EPFL avait conclu non seulement à la validité de la résiliation des rapports de travail, mais aussi à la restitution des salaires versés pendant la durée de l'effet suspensif et dans l'hypothèse où la réintégration de l'employé devait être confirmée, à ce qu'elle soit transformée en l'attribution d'une indemnité, car les rapports de confiance étaient irrémédiablement rompus. Dans sa prise de position du 15 février 2010, l'EPFL a renouvelé sa demande tendant à la restitution des salaires perçus par l'employé pendant la procédure.

4.2 D'après les constatations du Tribunal administratif fédéral, les rapports de travail ont été résiliés avec effet au 31 décembre 2007. Le salaire devait donc être versé jusqu'à cette date. Après la fin des rapports de travail le salaire avait été versé sans contre-prestation de l'employé. L'instance précédente a considéré, bien que la logique voulût qu'un tel salaire soit sujet à restitution par l'employé, il n'en était pas ainsi dans le cas d'espèce. L'employé s'est tenu à la disposition de son employeur, mais il a été empêché de fournir sa prestation dès le moment où l'EPFL l'a libéré de son obligation de travailler. De surcroît, la CRIEPF, par ses décisions, a fait perdurer la relation de travail entre les parties. Cette situation a été maintenue successivement par le Tribunal administratif fédéral, puis par le Tribunal fédéral. Selon l'arrêt attaqué, dans de telles circonstances, il n'y a pas de raison de traiter différemment l'employé qui fournit une prestation de celui qui en est empêché par son employeur. Dès lors, à l'instar de l'employé qui fournit une prestation, l'employé libéré de son obligation de travailler ne peut pas non plus se voir demander la restitution des salaires perçus après la fin du contrat de travail.
Aussi bien l'intimé ne devait-il pas rembourser les salaires perçus au delà du 31 décembre 2007 et pendant la durée de l'effet suspensif.

5.
5.1 Selon la recourante, les premiers juges tiennent un raisonnement arbitraire et méconnaissent la nature de la mesure provisionnelle. D'après elle, on ne peut assimiler la situation de l'intimé, qui s'est rendu coupable de harcèlement sexuel à l'encontre d'une collègue de travail, à celle d'un employé qui a fourni de bonne foi sa prestation de travail. Malgré les offres de service de l'intimé, sa réintégration était impossible, vu la menace qu'il représentait pour les autres collaborateurs. Les salaires lui ont été versés sans cause et l'intimé se trouverait enrichi au terme de la procédure si le jugement attaqué devait être confirmé. De l'avis de la recourante, les versements ne se faisaient qu'à titre provisionnel, sans créer une situation de fait irréversible, prohibée par l'essence même des mesures provisionnelles.

La recourante reproche en outre à l'autorité précédente d'avoir violé le principe de la légalité, son jugement n'étant fondé sur aucune base légale pour considérer que la restitution des salaires payés durant la procédure ne peut pas être exigée. Selon elle, la LPers ne prévoit pas la possibilité pour l'employé de conserver des salaires versés à titre provisoire pour la durée de la procédure. Si lacune il y avait dans le texte de la loi, la volonté du législateur n'était certainement pas de protéger l'employé dans un cas de figure comme celui qui fait objet du présent litige.

5.2 Pendant la litispendance, le sort de la relation entre la personne licenciée et l'employeur dépend de l'effet qui est donné au recours. Ainsi, la question du maintien ou non du rapport de travail et du versement du salaire au-delà du délai de congé jusqu'à la fin de la procédure de recours peuvent faire l'objet d'une réglementation provisoire par voie d'ordonnance relative à l'effet suspensif au recours ou d'ordonnance de mesures provisionnelles (art. 55 s
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 55 - 1 Le recours a effet suspensif.
1    Le recours a effet suspensif.
2    Sauf si la décision porte sur une prestation pécuniaire, l'autorité inférieure peut y prévoir qu'un recours éventuel n'aura pas d'effet suspensif; après le dépôt du recours, l'autorité de recours, son président ou le juge instructeur a la même compétence.95
3    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur peut restituer l'effet suspensif à un recours auquel l'autorité inférieure l'avait retiré; la demande de restitution de l'effet suspensif est traitée sans délai.96
4    Si l'effet suspensif est arbitrairement retiré ou si une demande de restitution de l'effet suspensif est arbitrairement rejetée ou accordée tardivement, la collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité a statué répond du dommage qui en résulte.
5    Sont réservées les dispositions d'autres lois fédérales prévoyant qu'un recours n'a pas d'effet suspensif.97
. PA; art 103 s
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 103 Effet suspensif - 1 En règle générale, le recours n'a pas d'effet suspensif.
1    En règle générale, le recours n'a pas d'effet suspensif.
2    Le recours a effet suspensif dans la mesure des conclusions formulées:
a  en matière civile, s'il est dirigé contre un jugement constitutif;
b  en matière pénale, s'il est dirigé contre une décision qui prononce une peine privative de liberté ferme ou une mesure entraînant une privation de liberté; l'effet suspensif ne s'étend pas à la décision sur les prétentions civiles;
c  en matière d'entraide pénale internationale, s'il a pour objet une décision de clôture ou toute autre décision qui autorise la transmission de renseignements concernant le domaine secret ou le transfert d'objets ou de valeurs;
d  en matière d'assistance administrative fiscale internationale.
3    Le juge instructeur peut, d'office ou sur requête d'une partie, statuer différemment sur l'effet suspensif.
. LTF; SUSANNE KUSTER ZÜRCHER, Aktuelle Probleme des provisorischen Rechtsschutzes bei Kündigungen nach Bundespersonalrecht, in Droit public de l'organisation - responsabilité des collectivités publiques - fonction publique, Annuaire 2007, p. 156).

5.3 Lorsque le recours est rejeté ou déclaré irrecevable ou encore que l'affaire est radiée du rôle, il convient de déterminer si la fin de l'effet suspensif qui découle de la décision sur recours déploie un effet ex tunc ou ex nunc. Autrement dit la question est de savoir si la décision paralysée par la mesure provisionnelle renaît au jour où elle a été prononcée ou au contraire si elle ne déploie ses effets qu'au jour de la décision qui met fin à l'effet suspensif (arrêt 2A.660/2004 du 14 juin 2005 consid. 5.2; HANSJÖRG SEILER, in Praxiskommentar zum VwVG, 2009, no 68 ad art. 55
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 55 - 1 Le recours a effet suspensif.
1    Le recours a effet suspensif.
2    Sauf si la décision porte sur une prestation pécuniaire, l'autorité inférieure peut y prévoir qu'un recours éventuel n'aura pas d'effet suspensif; après le dépôt du recours, l'autorité de recours, son président ou le juge instructeur a la même compétence.95
3    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur peut restituer l'effet suspensif à un recours auquel l'autorité inférieure l'avait retiré; la demande de restitution de l'effet suspensif est traitée sans délai.96
4    Si l'effet suspensif est arbitrairement retiré ou si une demande de restitution de l'effet suspensif est arbitrairement rejetée ou accordée tardivement, la collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité a statué répond du dommage qui en résulte.
5    Sont réservées les dispositions d'autres lois fédérales prévoyant qu'un recours n'a pas d'effet suspensif.97
PA; ISABELLE HÄNER, Vorsorgliche Massnahmen im Verwaltungsverfahren und Verwaltungsprozess, RDS 116/1997 II n. 179 ss, p. 384 ss).

5.4 D'après la jurisprudence du Tribunal fédéral, il faut déterminer dans chaque cas particulier la portée qui peut raisonnablement être attribuée à une décision relative à l'effet suspensif (ATF 112 V 74 consid. 2a p. 76; 106 Ia 155 consid. 5 p. 159; arrêt 2A.660/2004, précité, consid. 5.2). D'une manière générale, il faut partir du principe que la partie recourante qui succombe ne doit pas retirer sur le fond un avantage injustifié d'un recours mal fondé. Car le droit de la procédure doit permettre l'accomplissement du droit matériel et non en empêcher la réalisation (ATF 112 V 74 consid. 2b p. 77; SEILER, op. cit., no 68 s. ad art. 55
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 55 - 1 Le recours a effet suspensif.
1    Le recours a effet suspensif.
2    Sauf si la décision porte sur une prestation pécuniaire, l'autorité inférieure peut y prévoir qu'un recours éventuel n'aura pas d'effet suspensif; après le dépôt du recours, l'autorité de recours, son président ou le juge instructeur a la même compétence.95
3    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur peut restituer l'effet suspensif à un recours auquel l'autorité inférieure l'avait retiré; la demande de restitution de l'effet suspensif est traitée sans délai.96
4    Si l'effet suspensif est arbitrairement retiré ou si une demande de restitution de l'effet suspensif est arbitrairement rejetée ou accordée tardivement, la collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité a statué répond du dommage qui en résulte.
5    Sont réservées les dispositions d'autres lois fédérales prévoyant qu'un recours n'a pas d'effet suspensif.97
PA; THOMAS MERKLI, Vorsorgliche Massnahmen und die aufschiebende Wirkung bei Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und subsidiären Verfassungsbeschwerden, ZBl 109/2008, p. 422; XAVER BAUMBERGER, Aufschiebende Wirkung bundesrechtlicher Rechtsmittel im öffentlichen Recht, 2006, n. 220 ss, p. 65 et n. 344, p. 100; GEROLD STEINMANN, Vorläufiger Rechtsschutz im Verwaltungsbeschwerdeverfahren und im Verwaltungsgerichtsverfahren, ZBl 94/1993 p. 149; voir aussi PIERRE BROGLIN, Questions choisies en procédure administrative: effet suspensif, mesures provisionnelles, élargissement de l'accès
au juge et féries, Revue jurassienne de jurisprudence 2009/1, p. 6). La situation est différente, quand une correction après coup de la prestation en argent n'est en pratique pas exigible (SEILER, op. cit., n° 72 ad art. 55
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 55 - 1 Le recours a effet suspensif.
1    Le recours a effet suspensif.
2    Sauf si la décision porte sur une prestation pécuniaire, l'autorité inférieure peut y prévoir qu'un recours éventuel n'aura pas d'effet suspensif; après le dépôt du recours, l'autorité de recours, son président ou le juge instructeur a la même compétence.95
3    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur peut restituer l'effet suspensif à un recours auquel l'autorité inférieure l'avait retiré; la demande de restitution de l'effet suspensif est traitée sans délai.96
4    Si l'effet suspensif est arbitrairement retiré ou si une demande de restitution de l'effet suspensif est arbitrairement rejetée ou accordée tardivement, la collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité a statué répond du dommage qui en résulte.
5    Sont réservées les dispositions d'autres lois fédérales prévoyant qu'un recours n'a pas d'effet suspensif.97
PA).

5.5 Selon un principe général, les versements qui ont été faits en exécution d'une obligation privée de cause valable, ou fondés sur une cause qui ne s'est pas réalisée ou qui a cessé d'exister, doivent être restitués, si la loi ne le prévoit pas autrement. Codifiée à l'art. 62 al. 2
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 62 - 1 Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
1    Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
2    La restitution est due, en particulier, de ce qui a été reçu sans cause valable, en vertu d'une cause qui ne s'est pas réalisée, ou d'une cause qui a cessé d'exister.
CO pour le droit privé, cette règle vaut aussi dans le cadre du droit public (ATF 135 II 274 consid. 3.1 p. 276; PIERRE MOOR/ETIENNE POLTIER, Droit administratif, vol. II, 3ème éd., 2011, n. 1.5.3 p. 168; HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6ème éd. 2010, n. 760 ss p. 176; HÄNER, op. cit., n. 188 p. 390; SEILER, op. cit., n° 70 ad art. 55
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 55 - 1 Le recours a effet suspensif.
1    Le recours a effet suspensif.
2    Sauf si la décision porte sur une prestation pécuniaire, l'autorité inférieure peut y prévoir qu'un recours éventuel n'aura pas d'effet suspensif; après le dépôt du recours, l'autorité de recours, son président ou le juge instructeur a la même compétence.95
3    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur peut restituer l'effet suspensif à un recours auquel l'autorité inférieure l'avait retiré; la demande de restitution de l'effet suspensif est traitée sans délai.96
4    Si l'effet suspensif est arbitrairement retiré ou si une demande de restitution de l'effet suspensif est arbitrairement rejetée ou accordée tardivement, la collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité a statué répond du dommage qui en résulte.
5    Sont réservées les dispositions d'autres lois fédérales prévoyant qu'un recours n'a pas d'effet suspensif.97
PA).

5.6 L'effet suspensif signifie que les conséquences juridiques de la décision attaquée n'entrent provisoirement pas en force. De manière générale, l'effet suspensif est indivisible. Dans le domaine du droit du personnel de la Confédération, il a pour conséquence que les effets de la résiliation du contrat de travail prononcée par l'employeur sont suspendus jusqu'à droit jugé. Si la personne licenciée est (provisoirement) réintégrée pendant la procédure dans sa fonction antérieure ou dans une autre fonction au service de l'employeur, il va de soi qu'elle n'est pas enrichie et il n'y a évidemment pas matière à restitution du salaire versé jusqu'à chose jugée, même si la validité de la résiliation du contrat de travail est ultérieurement confirmée (KUSTER ZÜRCHER, op. cit., p. 161; WOLFGANG PORTMANN, Überlegungen zum bundespersonalrechtlichen Kündigungsschutz, in «jusletter» du 25 mars 2002, n. 8; HARRY NÖTZLI, Die Beendigung von Arbeitsverhältnissen im Bundespersonalrecht, 2005, n. 330 p. 203). Il n'en va pas différemment si l'employé a été empêché sans sa faute de travailler, notamment si l'employeur, en dépit de son obligation, ne l'a pas réintégré dans l'emploi qu'il occupait jusqu'alors ou si un autre travail raisonnablement
exigible ne lui a pas été proposé.

5.7 En l'espèce, la situation est pour le moins complexe.
5.7.1 Lorsqu'elle a été saisie d'un recours de l'intimé, la CRIEPF, par sa décision du 13 novembre 2007, a rétabli l'effet suspensif retiré par l'EPFL, en ce sens que celle-ci était tenue de continuer à lui verser son salaire pendant la durée de la procédure. Selon la CRIEPF, il eût été loisible à l'EPFL, afin de parer à tout risque de dommage, d'exiger de l'intimé qu'il travaille. Dans la pesée des intérêts, l'intérêt personnel de l'intimé à préserver ses droits durant la procédure et à maintenir son statut apparaissait, selon la CRIEPF, manifestement supérieur à l'intérêt public de l'EPFL à ne plus devoir verser le salaire. L'intimé avait aussi demandé à être réintégré immédiatement par voie de mesures provisionnelles urgentes et par voie de mesures provisionnelles. Sur ce point, la CRIEPF a considéré que l'intimé n'était pas menacé d'un préjudice sérieux et irrémédiable et a rejeté sa requête. En conclusion, la CRIEPF a décidé de restituer l'effet suspensif au recours et de condamner l'EPFL à verser le traitement de l'intimé jusqu'au terme de la procédure devant elle. Le ch. 2 du dispositif de cette décision du 13 novembre 2007 était ainsi libellé:
"Les requêtes de mesures provisionnelles (...) tendant à réintégrer L.________ à un poste de travail sont rejetées. Par conséquent, la libération de l'obligation de travailler (ch. 2 de la décision du 28 août 2007) est confirmée."
5.7.2 L'EPFL a recouru devant le Tribunal administratif fédéral contre cette décision incidente. Celui-ci a rejeté le recours par jugement du 21 février 2008. Il a reconnu l'importance qu'il convenait de donner à l'intérêt personnel de l'employé à maintenir son statut et son salaire par rapport au risque de l'administration de subir un dommage au cas où le recours devait être rejeté. Selon le Tribunal administratif fédéral, l'EPFL n'avait apporté aucun élément convaincant propre à démontrer que l'intimé ne serait pas en mesure de rembourser les salaires indûment perçus, au cas où sa décision du 28 août 2007 serait confirmée.
5.7.3 Dans sa décision ultérieure au fond du 1er juillet 2008, la CRIEPF a constaté la nullité de la décision de résiliation des rapports de travail du 28 août 2007 et a ordonné la réintégration de l'intéressé dans ses fonctions ou dans une autre activité pouvant être raisonnablement exigée. Le ch. 2 du dispositif prévoyait ceci:

"La décision de la CRIEPF du 13 novembre 2007 sur l'effet suspensif déploie ses effets jusqu'à l'entrée en force de la présente décision."
5.7.4 Dans ses observations du 1er octobre 2008, l'intimé a demandé au Tribunal administratif fédéral, à titre de mesures provisionnelles, que l'EPFL soit condamnée à verser le salaire pendant la procédure. Dans sa prise de position sur la demande de mesures provisionnelles, la CRIEPF a rappelé que la décision du 13 novembre 2007 sur l'effet suspensif déployait des effets jusqu'à l'entrée en force de la décision du 1er juillet 2008. Elle indiquait que le chiffre 2 de la décision du 13 novembre 2007 (libération de l'obligation de travailler de l'intimé) aurait dû être formellement annulée par la décision du 1er juillet 2008, ce qui n'avait pas été fait par erreur. Aussi bien la CRIEPF déclarait-elle confirmer sa décision du 1er juillet 2008 tendant à la réintégration de l'intimé et au paiement régulier de son salaire et des charges sociales qui sont liées jusqu'à son entrée en force. Quant à l'EPFL, elle a exprimé l'avis que la demande de mesures provisionnelles formulée par l'employé était dénuée de sens étant donné que le salaire était invariablement versé au plus tard le 25 de chaque mois pour le mois courant et le serait jusqu'à droit connu sur le sort de la procédure en cours.
5.7.5 Dans son arrêt du 5 décembre 2008, qui rejette le recours de l'EPFL, le Tribunal administratif fédéral déclarait la demande de mesures provisionnelles sans objet et se référait à la prise de position de la CRIEPF et à la décision de celle-ci du 1er juillet 2008. Dans sa décision incidente du 14 avril 2009, le Tribunal fédéral a pris acte de l'état de choses existant sans le modifier.

5.8 Les premiers juges n'ont pas fait une analyse de la situation à l'aune de cette situation procédurale. Ils n'ont pas vraiment examiné si, au regard de celle-ci, on se trouvait ou non dans une situation où l'employeur était en demeure de fournir un travail à l'intimé pendant la procédure (cf. consid. 5.6 in fine). Les éléments qu'ils invoquent pour justifier un non-remboursement (l'intimé s'est toujours tenu à disposition de l'employeur; la CRIEPF, en accordant l'effet suspensif au recours a fait perdurer la relation de travail) ne suffisent pas pour retenir que l'intimé devait être réintégré pendant la procédure et que l'employeur se trouvait en demeure d'accepter son travail. On note par ailleurs que le Tribunal administratif semblait admettre, dans un premier temps tout au moins, une obligation de rembourser à la charge de l'intimé (supra consid. 5.7.2).

6.
A ce stade, la question soulevée n'a toutefois pas à être examinée plus avant.

Dans la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, l'existence d'une voie de droit présuppose un objet dont la validité est en cause. En droit fédéral c'est la décision. Il n'y a pas de recours en l'absence d'une décision (cf. art. 44
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 44 - La décision est sujette à recours.
PA; MOOR/POLTIER, op. cit., n. 5.6.1.1 p. 704; ANDRÉ MOSER/MICHAEL BEUSCH/LORENZ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2008, n. 2.1). Ainsi l'art. 34 al. 1
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 34 Litiges liés aux rapports de travail - 1 Si, lors de litiges liés aux rapports de travail, aucun accord n'intervient, l'employeur rend une décision.
1    Si, lors de litiges liés aux rapports de travail, aucun accord n'intervient, l'employeur rend une décision.
1bis    Les décisions portant sur le transfert d'employés et les autres instructions de service adressées aux personnes soumises à la discipline des transferts en vertu de l'art. 21, al. 1, let. a et cbis, ne constituent pas des décisions susceptibles de recours.107
2    La procédure de première instance et la procédure de recours visées à l'art. 36 sont gratuites, sauf en cas de recours téméraire.108
3    Les personnes dont la candidature à un poste a été rejetée ne peuvent exiger qu'une décision susceptible de recours soit rendue.109
LPers prévoit-il qu'une décision est rendue par l'employeur si, lors de litiges liés aux rapports de travail, aucun accord n'intervient. Cette règle est impérative. Un recours peut être formé auprès de l'organe interne de recours (art. 35 al. 1
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 35
LPers), sous réserve d'exceptions qui n'entrent pas en considération ici (art. 35 al. 2
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 35
LPers). Il ne saurait en aller autrement dans le cas de la répétition de l'indu (cf. LUZIUS MÜLLER, Die Rückerstattung rechtswidriger Leistungen als Grundsatz des öffentlichen Rechts, 1978, p. 82), la LPers ne prévoyant pas de règle spéciale à ce sujet. Dans le cas particulier, une éventuelle restitution du salaire pendant la procédure portait sur un objet distinct de la question de la résiliation qui était soumise au Tribunal administratif fédéral. Celui-ci n'aurait donc pas dû entrer en
matière sur la conclusion de l'EPFL tendant au remboursement du salaire perçu pendant la procédure. Cela se justifiait d'autant moins que l'organe interne de recours (en l'occurrence la CRIEPF) ne s'était pas prononcé au préalable sur la question de la restitution par voie de décision. Enfin, l'extension du litige au-delà de son objet (résiliation des rapports de service) peut avoir pour effet de priver les parties de la possibilité de trouver un accord comme le prévoit l'art. 34 al. 1
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 34 Litiges liés aux rapports de travail - 1 Si, lors de litiges liés aux rapports de travail, aucun accord n'intervient, l'employeur rend une décision.
1    Si, lors de litiges liés aux rapports de travail, aucun accord n'intervient, l'employeur rend une décision.
1bis    Les décisions portant sur le transfert d'employés et les autres instructions de service adressées aux personnes soumises à la discipline des transferts en vertu de l'art. 21, al. 1, let. a et cbis, ne constituent pas des décisions susceptibles de recours.107
2    La procédure de première instance et la procédure de recours visées à l'art. 36 sont gratuites, sauf en cas de recours téméraire.108
3    Les personnes dont la candidature à un poste a été rejetée ne peuvent exiger qu'une décision susceptible de recours soit rendue.109
LPers. On note à ce propos que le législateur accorde une importance toute particulière à un règlement amiable des litiges, la voie de la décision unilatérale ne devant être prise qu'en dernier ressort, comme une ultima ratio (Message concernant la LPers du 14 décembre 1998, in: FF 1999 p. 1421 ss, p. 1451). Par conséquent, c'est à tort que les premiers juges se sont saisis de la question de la restitution. Le jugement attaqué doit ainsi être annulé en tant qu'il constate que l'intimé n'a pas à rembourser les salaires perçus au-delà du 31 décembre 2007. Dans cette mesure, le recours est bien fondé. A ce stade, la conclusion de la recourante tendant au remboursement de salaires est irrecevable.

7.
Cela étant, il appartiendra à l'EPFL, si aucun accord n'intervient, de rendre une décision motivée, conformément à l'art. 34
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 34 Litiges liés aux rapports de travail - 1 Si, lors de litiges liés aux rapports de travail, aucun accord n'intervient, l'employeur rend une décision.
1    Si, lors de litiges liés aux rapports de travail, aucun accord n'intervient, l'employeur rend une décision.
1bis    Les décisions portant sur le transfert d'employés et les autres instructions de service adressées aux personnes soumises à la discipline des transferts en vertu de l'art. 21, al. 1, let. a et cbis, ne constituent pas des décisions susceptibles de recours.107
2    La procédure de première instance et la procédure de recours visées à l'art. 36 sont gratuites, sauf en cas de recours téméraire.108
3    Les personnes dont la candidature à un poste a été rejetée ne peuvent exiger qu'une décision susceptible de recours soit rendue.109
LPers.

8.
8.1 Il s'ensuit que le recours doit être partiellement admis.

8.2 La recourante, qui succombe partiellement, doit supporter la moitié des frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). En revanche, elle n'a pas droit à des dépens (arrêt 8C 151/201 du 31 août 2010 consid. 6.2). L'intimé, qui obtient partiellement gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens partiels à la charge de l'EPFL (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
et 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

8.3 L'intimé a demandé l'assistance judiciaire. Les conditions de son octroi étant réalisées (art. 64 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 64 Assistance judiciaire - 1 Si une partie ne dispose pas de ressources suffisantes et si ses conclusions ne paraissent pas vouées à l'échec, le Tribunal fédéral la dispense, à sa demande, de payer les frais judiciaires et de fournir des sûretés en garantie des dépens.
1    Si une partie ne dispose pas de ressources suffisantes et si ses conclusions ne paraissent pas vouées à l'échec, le Tribunal fédéral la dispense, à sa demande, de payer les frais judiciaires et de fournir des sûretés en garantie des dépens.
2    Il attribue un avocat à cette partie si la sauvegarde de ses droits le requiert. L'avocat a droit à une indemnité appropriée versée par la caisse du tribunal pour autant que les dépens alloués ne couvrent pas ses honoraires.
3    La cour statue à trois juges sur la demande d'assistance judiciaire. Les cas traités selon la procédure simplifiée prévue à l'art. 108 sont réservés. Le juge instructeur peut accorder lui-même l'assistance judiciaire si les conditions en sont indubitablement remplies.
4    Si la partie peut rembourser ultérieurement la caisse, elle est tenue de le faire.
et 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 64 Assistance judiciaire - 1 Si une partie ne dispose pas de ressources suffisantes et si ses conclusions ne paraissent pas vouées à l'échec, le Tribunal fédéral la dispense, à sa demande, de payer les frais judiciaires et de fournir des sûretés en garantie des dépens.
1    Si une partie ne dispose pas de ressources suffisantes et si ses conclusions ne paraissent pas vouées à l'échec, le Tribunal fédéral la dispense, à sa demande, de payer les frais judiciaires et de fournir des sûretés en garantie des dépens.
2    Il attribue un avocat à cette partie si la sauvegarde de ses droits le requiert. L'avocat a droit à une indemnité appropriée versée par la caisse du tribunal pour autant que les dépens alloués ne couvrent pas ses honoraires.
3    La cour statue à trois juges sur la demande d'assistance judiciaire. Les cas traités selon la procédure simplifiée prévue à l'art. 108 sont réservés. Le juge instructeur peut accorder lui-même l'assistance judiciaire si les conditions en sont indubitablement remplies.
4    Si la partie peut rembourser ultérieurement la caisse, elle est tenue de le faire.
LTF), celle-ci lui sera accordée. L'intimé est toutefois rendu attentif au fait qu'il devra rembourser la caisse du Tribunal, s'il retrouve ultérieurement une situation financière lui permettant de le faire (art. 64 al. 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 64 Assistance judiciaire - 1 Si une partie ne dispose pas de ressources suffisantes et si ses conclusions ne paraissent pas vouées à l'échec, le Tribunal fédéral la dispense, à sa demande, de payer les frais judiciaires et de fournir des sûretés en garantie des dépens.
1    Si une partie ne dispose pas de ressources suffisantes et si ses conclusions ne paraissent pas vouées à l'échec, le Tribunal fédéral la dispense, à sa demande, de payer les frais judiciaires et de fournir des sûretés en garantie des dépens.
2    Il attribue un avocat à cette partie si la sauvegarde de ses droits le requiert. L'avocat a droit à une indemnité appropriée versée par la caisse du tribunal pour autant que les dépens alloués ne couvrent pas ses honoraires.
3    La cour statue à trois juges sur la demande d'assistance judiciaire. Les cas traités selon la procédure simplifiée prévue à l'art. 108 sont réservés. Le juge instructeur peut accorder lui-même l'assistance judiciaire si les conditions en sont indubitablement remplies.
4    Si la partie peut rembourser ultérieurement la caisse, elle est tenue de le faire.
LTF). Dans la mesure où les dépens sont partiellement à la charge de la recourante, sa demande d'assistance judiciaire est sans objet.

La mandataire de l'intimé a déposé un décompte de ses heures de travail et de ses frais. Le Tribunal fédéral fixe les honoraires et les dépens d'après le dossier en chiffres ronds (art. 10 et 12 du règlement du 31 mars 2006 sur les dépens alloués à la partie adverse et sur l'indemnité pour la représentation d'office dans les causes portées devant le Tribunal fédéral (RS 173.110.210.3). L'honoraire de l'avocat d'office peut être réduit d'un tiers au maximum (art. 10 du règlement). Dans les contestations portant sur des affaires pécuniaires, les honoraires sont, en règle générale, proportionnels à la valeur litigieuse et fixés dans les limites du tableau figurant à l'art. 4, d'après l'importance de la cause, ses difficultés, l'ampleur du travail et le temps employé par l'avocat (art. 3 al. 1 du règlement). Il n'y a pas de raison de s'en écarter dans la présente cause (cf. art. 8 al. 1 du règlement). L'état de frais déposé ne doit donc pas être discuté plus en détail (cf. art. 12 al. 2 du règlement).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable. Le jugement du Tribunal administratif fédéral, Cour I, du 25 octobre 2010 est annulé en tant qu'il constate que l'intimé n'a pas à rembourser les salaires perçus au-delà du 31 décembre 2007. Le recours est rejeté pour le surplus.

2.
L'assistance judiciaire est accordée à l'intimé.

3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis pour 1'500 fr. à la charge de la recourante et pour 1'500 fr. à la charge de l'intimé. La part de frais mise à la charge à l'intimé est toutefois supportée provisoirement par la caisse du Tribunal.

4.
La recourante versera à l'intimé la somme de 3'200 fr. à titre de dépens partiels pour la dernière instance.

5.
Me Inès Feldmann est désignée en tant qu'avocate d'office de l'intimé et une indemnité de 3'200 fr. lui est allouée à titre d'honoraires, supportée par la caisse du Tribunal.

6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.

Lucerne, le 9 novembre 2011

Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Ursprung

La Greffière: Hofer