Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

1C 125/2018

Arrêt du 8 mai 2019

Ire Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Chaix, Président,
Merkli, Karlen, Kneubühler et Muschietti.
Greffier : M. Alvarez.

Participants à la procédure
Transports publics de la région lausannoise SA,
représentée par Me Alain Thévenaz, avocat,
recourante,

contre

1. A.________,
2. B.________ SA,
3. C.________ SA,
4. D.________ Sàrl,
5. E.________ Sàrl,
toutes représentées par Me Jacques Micheli, avocat,
intimées,

Office fédéral des transports.

Objet
Approbation de plans ferroviaires,

recours contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, Cour I, du 2 février 2018 (A-2465/2016).

Faits :

A.
Au début des années 2000, le canton de Vaud, les associations régionales et les communes concernées ont élaboré un concept de Projet d'agglomération Lausanne-Morges (ci-après: PALM). Le 22 février 2007, une convention liant le canton de Vaud, les associations régionales et les communes concernées a été signée et remise à la Confédération. Au mois de mai 2008, le Conseil d'Etat vaudois a retenu des investissements comprenant la construction du tram Renens-Flon et de plusieurs tronçons de trolleybus en site propre (en d'autres termes, un site réservé à l'installation de transport concernée, à l'exclusion de tout autre mode de transport). Après avoir été évalué par la Confédération, le PALM (1 ère génération) a reçu le soutien financier des Chambres fédérales en 2010.

B.
Par acte du 15 mars 2010 adressé à l'Office fédéral des transports (ci-après: OFT), la société des Transports publics de la Région Lausannoise SA (ci-après: les TL ou encore la société de transports) a requis, auprès du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC), l'octroi d'une concession pour la construction et l'exploitation de l'infrastructure ferroviaire de la ligne de tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon" (ci-après: tramway ou "t1").
En cours de procédure, les TL ont demandé d'intégrer à la concession une nouvelle liaison routière entre la rue de la Vigie et l'avenue Jules-Gonin (ci-après : liaison Vigie-Gonin). Après consultation des autorités fédérales, cantonales et communales, dite liaison routière a été intégrée à la concession.
Par décision du 16 septembre 2011, le Conseil fédéral a octroyé aux TL la concession n o 5146 pour construire et exploiter la ligne de tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon". Cette concession a pris effet le 1 er janvier 2012; elle est valable jusqu'au 31 décembre 2061. Les plans d'ensemble devaient être remis à l'OFT jusqu'au 31 décembre 2013 et la construction débuter après l'entrée en force de la décision d'approbation des plans, mais au plus tard le 31 décembre 2016, et se terminer avant le 31 décembre 2018.
Le Conseil fédéral a en substance estimé que la demande de concession répondait aux conditions de l'intérêt public et de la couverture des coûts de l'art. 6 al. 1
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 6 Octroi, modification et renouvellement de la concession - 1 Le Conseil fédéral octroie la concession dans les cas suivants:
1    Le Conseil fédéral octroie la concession dans les cas suivants:
a  la construction et l'exploitation de l'infrastructure concernée sont d'intérêt public;
b  on peut s'attendre à ce que l'exploitation couvre ses coûts.
2    De plus, l'octroi de la concession présuppose:
a  qu'aucun intérêt public prépondérant ne s'y oppose, notamment en matière d'aménagement du territoire, de protection de l'environnement, de la nature et du paysage ou de coopération en matière de sécurité nationale;
b  que l'exploitation d'un chemin de fer sans fonction de desserte remplit les conditions requises par l'art. 11 de la loi du 20 mars 2009 sur le transport des voyageurs24;
c  que l'entreprise est inscrite au registre du commerce.
3    Avant d'octroyer la concession, le Conseil fédéral consulte les cantons concernés.
4    En ce qui concerne les tramways, l'autorisation requise par le droit cantonal pour l'utilisation de la voie publique doit avoir été délivrée ou garantie.
5    La concession est octroyée pour une durée maximale de 50 ans. Elle peut être modifiée et renouvelée.
6    Le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC) est compétent pour:
a  modifier les concessions, extensions mises à part;
b  renouveler les concessions.25
de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF; RS 742.101). Il a de même estimé qu'aucun intérêt public prépondérant ne s'opposait au projet, notamment en matière d'aménagement du territoire, de protection de l'environnement, de la nature et du paysage ou de coopération en matière de sécurité nationale (art. 6 al. 2
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 6 Octroi, modification et renouvellement de la concession - 1 Le Conseil fédéral octroie la concession dans les cas suivants:
1    Le Conseil fédéral octroie la concession dans les cas suivants:
a  la construction et l'exploitation de l'infrastructure concernée sont d'intérêt public;
b  on peut s'attendre à ce que l'exploitation couvre ses coûts.
2    De plus, l'octroi de la concession présuppose:
a  qu'aucun intérêt public prépondérant ne s'y oppose, notamment en matière d'aménagement du territoire, de protection de l'environnement, de la nature et du paysage ou de coopération en matière de sécurité nationale;
b  que l'exploitation d'un chemin de fer sans fonction de desserte remplit les conditions requises par l'art. 11 de la loi du 20 mars 2009 sur le transport des voyageurs24;
c  que l'entreprise est inscrite au registre du commerce.
3    Avant d'octroyer la concession, le Conseil fédéral consulte les cantons concernés.
4    En ce qui concerne les tramways, l'autorisation requise par le droit cantonal pour l'utilisation de la voie publique doit avoir été délivrée ou garantie.
5    La concession est octroyée pour une durée maximale de 50 ans. Elle peut être modifiée et renouvelée.
6    Le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC) est compétent pour:
a  modifier les concessions, extensions mises à part;
b  renouveler les concessions.25
LCdF; cf. décision ch. 1 p. 5). Enfin, le Conseil fédéral a imposé certaines conditions à l'octroi de la concession, notamment en matière de défrichement (cf. décision p. 9 s.).

C.
Le 22 mai 2012, les TL ont soumis à l'OFT une demande d'approbation des plans contenant trois volets. Le premier concernait l'axe du tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon" ("t1"), y compris la requalification de l'avenue du 14-Avril (Renens) et la liaison Vigie-Gonin (Lausanne). Le deuxième volet traitait de l'axe du trolleybus à haut niveau de service "Prélaz-les-Roses - St-François" (ci-après: BHNS). Le troisième volet portait enfin sur le garage atelier du tramway "Perrelet" (GAT).
Le 30 mai 2012, l'OFT a ouvert une procédure d'approbation des plans (ci-après également: PAP) ordinaire et invité, d'une part, les communes concernées et le canton de Vaud et, d'autre part, les autorités fédérales à se déterminer jusqu'au 30 août 2012. L'OFT a également chargé le canton de procéder à la mise à l'enquête publique pendant 30 jours.
L'enquête publique s'est déroulée du 12 juin au 12 juillet 2012. Elle a suscité 126 oppositions. Au nombre des opposants figurent notamment la société F.________ SA, G.________ SA, la société H.________ SA et A.________, B.________ SA, C.________ SA, D.________ Sàrl et E.________ Sàrl. I.________ et J.________, K.________, L.________, M.________ et N.________, copropriétaires d'étages de la parcelle no 488 de la Commune de Crissier (PPE "Mont 1"), proche de la gare de Renens, se sont également op posés au projet.
Le 15 novembre 2012, le canton de Vaud a remis à l'OFT ses déterminations ainsi que celles de l'ensemble des services compétents. Ne remettant pas en cause la conformité du projet à son plan directeur cantonal, le canton de Vaud a cependant demandé que la construction de la bibliothèque communale (Maison du livre et du Patrimoine, ci-après également: MLP), prévue sous la liaison Vigie-Gonin, soit retirée de la PAP, estimant qu'une telle autorisation ne se justifiait pas sous l'angle de l'art. 18
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18 Principe - 1 Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1    Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1bis    L'adjonction d'une construction non ferroviaire à une installation ferroviaire est également considérée comme une modification d'une installation ferroviaire, dans la mesure où l'ensemble de l'installation continue à servir principalement à la construction ou à l'exploitation d'un chemin de fer.102
2    L'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT.103
3    L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral.
4    Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis. Le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire.
5    En règle générale, l'approbation des plans des projets ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement présuppose qu'un plan sectoriel conforme à la loi du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire104 ait été établi.
6    Font également partie des installations ferroviaires, lorsqu'ils sont situés à proximité immédiate de l'installation projetée et qu'ils lui sont directement utiles, les chantiers ferroviaires, les installations nécessaires à la desserte des chantiers en rapport avec la construction ou l'exploitation d'un chemin de fer ainsi que les sites destinés au recyclage et à l'entreposage des matériaux produits par la construction.
LCdF. Les TL ont en conséquence été invités, le 19 novembre 2012, à examiner une variante au projet et, le cas échéant, à soumettre une modification de celui-ci à l'OFT.
Le 20 mars 2013, l'OFT a transmis aux TL les préavis fédéraux des 14 juin 2012 (Caisse nationale d'assurances [CNA ou SUVA]), 11 et 17 décembre 2012 (Office fédéral des routes [OFROU]), 21 décembre 2012 (Inspection fédérale des installations à courant fort [ESTI] et Office fédéral de la culture [OFC]), 21 janvier 2013 (Office fédéral de l'environnement [OFEV]) et 12 mars 2013 (Office fédéral du développement territorial [ARE]).

D.
Le 25 septembre 2013, la société de transports a demandé une modification du projet en retirant la Maison du livre et du Patrimoine de la procédure d'approbation. Cette modification a fait l'objet d'une enquête publique; A.________, B.________ SA, C.________ SA, D.________ Sàrl et E.________ Sàrl ont nouvellement formé opposition. Répétant notamment leur argumentation développée dans leurs observations précédentes du 9 septembre 2013, les opposants contestaient la compétence de l'OFT d'approuver la liaison Vigie-Gonin et le défrichement rendu nécessaire par cet aménagement routier.
Le 7 juillet 2014, les TL ont indiqué à l'OFT envisager une nouvelle modification du projet visant à minimiser l'impact du terminus du tram sur la place de l'Europe. Par envois des 3 et 13 février 2015, les TL ont remis à l'OFT le dossier définitif de la procédure d'approbation des plans complémentaires pour le réaménagement de la place de l'Europe et les reprises dans le secteur Vigie-Gonin. Ces modifications ont été mises à l'enquête publique du 25 février au 27 mars 2015. Le 25 mars 2015, A.________, B.________ SA, C.________ SA, D.________ Sàrl et E.________ Sàrl se sont également opposés à cette modification. Le canton de Vaud et ses services ont préavisé favorablement cette demande.

E.
Le 29 mai 2015, une séance de conciliation a eu lieu avec G.________ SA. Celle-ci a notamment fait valoir un droit d'accès à ses propriétés - situées à la rue du Grand-Pont 4 et 12 (parcelles nos 10149 et 10156), au centre-ville de Lausanne - tant pendant qu'après les travaux. A cette occasion, l'opposante a par ailleurs indiqué que les points de son opposition liés à l'expropriation ou aux droits de voisinage avaient été réglés de gré à gré.
Une séance de conciliation s'est déroulée le 2 juin 2015 avec A.________, B.________ SA, C.________ SA, D.________ Sàrl et E.________ Sàrl; celle-ci n'a pas abouti à un accord.
Une telle séance a également été organisée le 11 juin 2015 avec les membres de la PPE "Mont 1".
Le 16 juin 2015 a enfin été mise sur pied une séance de conciliation avec l'opposante F.________ SA. A la suite de cette séance, le 1er octobre 2015, les TL ont fourni des garanties écrites quant à l'accessibilité au commerce de l'opposante pendant la durée des travaux; F.________ SA les a jugées insuffisantes.

F.
Par décision du 7 mars 2016 [ci-après: décision d'approbation ou encore DAP), l'OFT a approuvé le projet des TL du 22 mai 2012, modifié les 25 septembre 2013, 3 février et 20 août 2015 et complété une ultime fois le 4 février 2016.
En substance, et en ce qui concerne la présente cause, l'OFT s'est estimé compétent pour approuver les plans de la liaison Vigie-Gonin. L'office fédéral a déclaré irrecevable l'opposition de A.________; il a en outre rejeté les oppositions formées par B.________ SA, C.________ SA, D.________ Sàrl et E.________ Sàrl. L'OFT a également écarté les oppositions de G.________ SA, de F.________ SA et de H.________ SA.
L'OFT a par ailleurs partiellement admis l'opposition de I.________ et J.________, K.________, L.________, M.________ et N.________ (PPE "Mont 1"); l'office fédéral a prononcé l'expropriation de la parcelle (proche de la gare de Renens) pour une emprise définitive de 187 m 2et pour une emprise provisoire de 169 m 2et imposé aux TL une charge concernant l'aménagement de places de stationnement sur la parcelle concernée.

G.
Ont notamment recouru contre la décision d'approbation les opposants suivants: F.________ SA; G.________ SA; H.________ SA; A.________, B.________ SA, C.________ SA, D.________ Sàrl et E.________ Sàrl; I.________ et J.________, K.________, L.________, M.________ et N.________ (PPE "Mont 1").
Par ordonnance du 27 mai 2016, le Tribunal administratif fédéral a joint les causes.
Le 8 septembre 2017, le Tribunal administratif fédéral s'est déplacé à Lausanne (place de l'Europe et quartier du Flon) pour procéder à une inspection locale en présence de F.________ SA, de G.________ SA, de A.________, de B.________ SA, C.________ SA, D.________ Sàrl ainsi que E.________ Sàrl.
Par arrêt du 2 février 2018, le Tribunal administratif fédéral a rejeté les recours formés par F.________ SA, G.________ SA et H.________ SA. Le Tribunal administratif fédéral a également rejeté les recours interjetés par I.________ et J.________, K.________, L.________, M.________ et N.________ (PPE "Mont 1").
Le tribunal a enfin déclaré sans objet les recours de A.________, B.________ SA, C.________ SA, D.________ Sàrl et E.________ Sàrl en tant qu'ils portaient sur l'incompétence de l'OFT pour approuver la liaison routière Vigie-Gonin (ch. 1.2 du dispositif); à cet égard, l'instance précédente a considéré que les plans relatifs à cette liaison n'avaient pas été formellement approuvés, faute, notamment, d'apparaître dans le dispositif de la décision de l'OFT et de revêtir un tampon d'approbation. En revanche, en tant qu'ils traitaient de l'approbation par l'office fédéral du défrichement forestier nécessaire à cette liaison routière, lesdits recours ont été admis et la décision d'approbation partiellement annulée (ch. 1.3 du dispositif). L'instance précédente a en particulier jugé que l'OFT n'était pas compétent pour approuver ce défrichement, celui-ci devant faire l'objet d'une procédure cantonale; il a également annulé les expropriations prononcées en lien avec la réalisation de la liaison routière Vigie-Gonin.

H.
Par acte du 9 mars 2018, la société des Transports publics de la Région Lausannoise SA forme un recours en matière de droit public: elle demande principalement au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du Tribunal administratif fédéral en ce sens que le recours déposé par A.________, B.________ SA, C.________ SA, D.________ Sàrl et E.________ Sàrl contre la décision d'approbation du 7 mars 2016 est entièrement rejeté. Subsidiairement, les TL concluent à l'annulation des chiffres 1.2 et 1.3 première phrase du dispositif et au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Tribunal administratif fédéral renonce dans un premier temps à se prononcer; aux termes de déterminations subséquentes, il maintient cependant, en résumé, que les plans relatifs à la liaison routière Vigie-Gonin n'ont pas fait l'objet de l'approbation de l'office fédéral. L'OFT persiste en substance dans l'opinion que cette liaison constitue une mesure d'accompagnement qui, à l'instar des autres mesures routières, doit être englobée dans la PAP. L'OFEV renonce à se prononcer; il précise cependant que, indépendamment de la compétence de l'OFT, l'étude d'impact répond au principe d'approche globale (cf. art. 8
SR 814.01 Loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (Loi sur la protection de l'environnement, LPE) - Loi sur la protection de l'environnement
LPE Art. 8 Évaluation des atteintes - Les atteintes seront évaluées isolément, collectivement et dans leur action conjointe.
de la loi fédérale sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 [LPE; RS 814.01]), celle-ci tenant compte des deux installations, à savoir non seulement du tramway, mais également de la liaison routière. A.________, B.________ SA, C.________ SA, D.________ Sàrl et E.________ Sàrl (ci-après: A.________ et consorts) concluent au rejet du recours; ils maintiennent en particulier que la compétence de l'OFT pour l'approbation des plans de la liaison Vigie-Gonin ne serait en l'occurrence pas donnée.
L'OFT ainsi que les intimés se sont encore exprimés à deux reprises, persistant dans leurs conclusions respectives.
La Cour de céans a délibéré sur le recours en séance publique.

Considérant en droit :

1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) émanant du Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
LTF) et rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF, aucune exception de l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF n'étant réalisée.
La société de transport recourante, auteur du projet composé notamment des infrastructures ferroviaires de la ligne "t1" et titulaire d'une concession pour sa réalisation et son exploitation (cf. art. 5 ss
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 5 - 1 Quiconque veut construire et exploiter une infrastructure ferroviaire doit disposer d'une concession d'infrastructure (concession).19
1    Quiconque veut construire et exploiter une infrastructure ferroviaire doit disposer d'une concession d'infrastructure (concession).19
2    L'entreprise ferroviaire concessionnaire a l'autorisation et l'obligation de construire et d'exploiter l'infrastructure ferroviaire conformément à la législation ferroviaire et à la concession.
3    L'exploitation de l'infrastructure comprend l'aménagement et l'entretien des installations ainsi que la gestion des systèmes d'alimentation en courant de traction, de sécurité et de régulation du trafic.
4    Un agrément de sécurité est en outre nécessaire pour exploiter l'infrastructure. Le Conseil fédéral peut prévoir des dérogations pour les entreprises qui opèrent sur le plan régional.20
5    Une concession d'infrastructure au sens de la présente loi n'est pas considérée comme un marché public au sens de l'art. 9 de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics21.22
LCdF) est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué: celui-ci exclut de la PAP un ouvrage qu'elle estime nécessaire à l'exploitation de la ligne "t1". Dite société bénéficie par conséquent de la qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF.

2.
La société de transports recourante se plaint d'un état de fait lacunaire en lien avec la réalisation de la liaison Vigie-Gonin et le défrichement qu'elle suppose. Elle demande au Tribunal fédéral de le compléter.

2.1. Conformément à l'art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF, le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente. L'art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF lui permet cependant de rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à l'arbitraire (cf. ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF, et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF).

2.2. La société de transports recourante reproche à l'instance précédente d'avoir nié qu'il existait un lien suffisant entre la liaison litigieuse et le tramway, lien qui justifierait que l'ensemble du projet fasse l'objet d'une unique procédure fédérale d'approbation des plans. Ce faisant le Tribunal administratif fédéral se serait écarté des rapports versés au dossier, sans en rapporter les détails dans son arrêt. Les TL mentionnent en particulier le rapport de synthèse du 10 mai 2012 (dossier général, pièce A-5); il ressort en résumé du passage cité par la recourante, que la liaison litigieuse constitue l'une des mesures liées à l'insertion des axes forts de transports publics urbains dans le centre-ville, qui entraîneront des augmentations notables du trafic sur la petite ceinture lausannoise (avenue de Beaulieu, pont Chauderon, avenue Ruchonnet) (rapport de synthèse A-5, p. 21). La société recourante pointe encore le rapport de synthèse relatif à l'accessibilité au centre ville du 27 mai 2013 (rapport DRPJ-NO-081+04, dossier OFT, pièce 49). On peut notamment y lire que la liaison routière Vigie-Gonin apparaît comme nécessaire pour garantir le fonctionnement du barreau Ouest de la petite ceinture de Lausanne. S'agissant du
carrefour au sud de Chauderon, le rapport fait état d'une capacité utilisée (CU) de 100% avec les mesures d'accompagnement, dont la liaison Vigie-Gonin, et d'une CU de 115%, voire de 120%, sans celles-ci (cf. rapport accessibilité 081+04m, p. 22 s.); une note subséquente fait état d'une CU dudit carrefour de 90% avec les mesures d'accompagnement (note DRPJ-NO-116 du 21 juillet 2014 sur l'accessibilité au centre-ville de Lausanne: analyses trafic sans la liaison Vigie-Gonin, de variantes d'aménagement et du gabarit de cette liaison routière, p. 7 dossier OFT, pièce 97). S'agissant enfin de la question du défrichement, la société recourante se réfère à la décision d'approbation de l'OFT, en particulier aux ch. 3.4.5 ss relatifs à la protection de la forêt (décision d'approbation, p. 50 ss), dont elle demande au Tribunal fédéral de tenir compte en complétant l'état de fait.

2.3. Il est vrai que les éléments ainsi avancés par les TL ne sont en tant que tels pas intégralement repris dans l'arrêt attaqué. Ceux-ci figurent cependant au dossier sur la base duquel l'instance précédente a statué. Le Tribunal administratif fédéral a d'ailleurs tenu compte du fait - comme le reconnaît au demeurant la recourante - que la liaison routière litigieuse vise à absorber le trafic individuel motorisé (ci-après: TIM) qui ne pourra plus circuler par la rue de Genève, en raison de la mise en site propre du tramway; il a du reste constaté que la liaison routière présentait indubitablement un certain lien avec le projet ferroviaire (cf. arrêt attaqué, consid. 3.1.6.4 p. 26).
En définitive, dès lors que les différents éléments ainsi mis en exergue ressortent sans conteste du dossier, plus particulièrement des différents rapports versés en cause, et dans la mesure où ceux-ci n'ont pas été formellement écartés ou réfutés par l'instance précédente, la recourante demeure libre de s'en prévaloir. Il n'y a dès lors pas lieu de compléter l'état de fait; le grief apparaît partant mal fondé. Autre est en revanche la question de savoir si le lien établi entre la mise en site propre du "t1" et l'engorgement de certains axes et croisements routiers suffit à qualifier la liaison Vigie-Gonin d'installation servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer au sens de l'art. 18 al. 1
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18 Principe - 1 Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1    Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1bis    L'adjonction d'une construction non ferroviaire à une installation ferroviaire est également considérée comme une modification d'une installation ferroviaire, dans la mesure où l'ensemble de l'installation continue à servir principalement à la construction ou à l'exploitation d'un chemin de fer.102
2    L'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT.103
3    L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral.
4    Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis. Le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire.
5    En règle générale, l'approbation des plans des projets ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement présuppose qu'un plan sectoriel conforme à la loi du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire104 ait été établi.
6    Font également partie des installations ferroviaires, lorsqu'ils sont situés à proximité immédiate de l'installation projetée et qu'ils lui sont directement utiles, les chantiers ferroviaires, les installations nécessaires à la desserte des chantiers en rapport avec la construction ou l'exploitation d'un chemin de fer ainsi que les sites destinés au recyclage et à l'entreposage des matériaux produits par la construction.
LCdF; cette problématique relève cependant du fond et sera examinée ultérieurement (cf. consid. 4).

2.4. Le grief est par conséquent rejeté.

3.
La société de transports recourante estime que c'est à tort que l'instance précédente a considéré que les plans relatifs à la liaison routière Vigie-Gonin n'avaient pas été approuvés par l'OFT. Elle reproche au Tribunal administratif fédéral d'avoir ainsi jugé que cette liaison excédait l'objet du litige. Les TL y voient également une motivation insolite sur laquelle les parties n'ont pas été interpellées en violation de leur droit d'être entendues (art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst.).
Quant à A.________ et consorts, ils partagent le point de vue de la recourante sur cette question.
S'agissant enfin de l'OFT, celui-ci maintient que les pièces définissant la portée générale du viaduc Vigie-Gonin sont mentionnées dans le dispositif de sa décision d'approbation. Se référant à l'ordonnance sur la procédure d'approbation des plans des installations ferroviaires du 2 février 2000 (OPAPIF; RS 742.142.1) ainsi qu'à la directive OFT y relative, l'office fédéral précise que les pièces à dominantes techniques n'avaient en revanche pas à figurer dans le dispositif de sa décision.

3.1. En procédure juridictionnelle administrative, ne peuvent être examinés et jugés, en principe, que les rapports juridiques à propos desquels l'autorité administrative compétente s'est prononcée préalablement, d'une manière qui la lie sous la forme d'une décision. Dans cette mesure, la décision détermine l'objet de la contestation qui peut être déféré en justice par la voie d'un recours (cf. ATF 134 V 418 consid. 5.2.1 p. 426; 131 V 164 consid. 2.1 p. 164; 125 V 413 consid. 1a p. 414). Le juge n'entre donc pas en matière, en règle générale, sur des conclusions qui vont au-delà de l'objet de la contestation (cf. ATF 134 V 418 consid. 5.2.1 p. 426; 125 V 413 consid. 1a p. 414). L'objet du litige dans la procédure de recours est le rapport juridique qui - dans le cadre de l'objet de la contestation déterminé par la décision - constitue d'après les conclusions du recours, l'aspect de la décision effectivement attaqué (cf. ATF 125 V 413 consid. 1b p. 414 ss). L'objet de la contestation et l'objet du litige sont identiques lorsque la décision administrative est attaquée dans son ensemble. En revanche, les rapports juridiques non litigieux sont certes compris dans l'objet de la contestation, mais non pas dans l'objet du litige. En
principe, seul le dispositif d'une décision peut être attaqué par un recours, et non pas ses motifs. Lorsque le dispositif se réfère aux motifs, ceux-ci en deviennent partie intégrante et acquièrent force matérielle, dans la mesure où ils font partie de l'objet du litige (arrêt 9C 105/2010; cf. ATF 120 V 233 consid. 1a p. 237; 140 I 114 consid. 2.3.2 p. 120 et les arrêts cités; THIERRY TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2e éd. 2018, n. 1264 s. p. 431 s.).
L'autorité qui ne statue pas ou n'entre pas en matière sur un recours ou un grief qui lui est soumis dans les formes et délais légaux, alors qu'elle était compétente pour le faire, commet un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. (ATF 142 II 154 consid. 4.2 p. 157; 135 I 6 consid. 2.1 p. 9; arrêt 2C 309/2016 du 10 septembre 2018 consid. 3.1).

3.2. Le Tribunal administratif fédéral a souligné que l'OFT avait, dans le dispositif de sa décision d'approbation, énuméré tous les documents et plans formellement approuvés. Or, les plans relatifs à la liaison Vigie-Gonin (cote TW1) ne figuraient pas au nombre de ces documents. La version papier de ces plans n'arborait en outre pas le tampon (humide) d'approbation de l'OFT, contrairement à d'autres documents du dossier. En outre, dès lors que le dispositif ne contenait aucun renvoi aux considérants de la décision d'approbation, il était sans conséquence que ceux-ci renferment une motivation portant non seulement sur la compétence de l'OFT d'approuver cet ouvrage, mais également s'agissant de la nécessité de réaliser celui-ci. Sur cette base, l'instance précédente a en définitive jugé que la liaison routière n'avait pas fait l'objet d'une approbation par l'OFT; l'office fédéral n'avait, en d'autres termes, pas délivré l'autorisation de construire cet ouvrage, aspect excédant ainsi l'objet du litige.

3.3. Le dossier soumis à l'approbation par les TL contient de nombreux rapports et plans détaillés relatifs à la liaison Vigie-Gonin. Cet ouvrage figurait non seulement dans le projet initialement présenté à l'office fédéral (cf. partie faits, let. C), mais il a de plus fait l'objet d'une procédure d'approbation des plans complémentaire, également soumise à enquête publique (cf. partie faits, let. D). Les actes d'instructions réalisés par l'OFT dans ce contexte ont d'ailleurs porté sur cette liaison routière. A la lumière de l'arrêt attaqué, il convient en outre de relever qu'aucune des parties n'a prétendu que la liaison routière n'aurait pas été approuvée: les critiques émises portaient exclusivement sur la compétence de l'OFT pour procéder à cette approbation (art. 18 al. 1
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18 Principe - 1 Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1    Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1bis    L'adjonction d'une construction non ferroviaire à une installation ferroviaire est également considérée comme une modification d'une installation ferroviaire, dans la mesure où l'ensemble de l'installation continue à servir principalement à la construction ou à l'exploitation d'un chemin de fer.102
2    L'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT.103
3    L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral.
4    Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis. Le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire.
5    En règle générale, l'approbation des plans des projets ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement présuppose qu'un plan sectoriel conforme à la loi du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire104 ait été établi.
6    Font également partie des installations ferroviaires, lorsqu'ils sont situés à proximité immédiate de l'installation projetée et qu'ils lui sont directement utiles, les chantiers ferroviaires, les installations nécessaires à la desserte des chantiers en rapport avec la construction ou l'exploitation d'un chemin de fer ainsi que les sites destinés au recyclage et à l'entreposage des matériaux produits par la construction.
LCdF; cf. arrêt attaqué, consid. 3.1.1). Dans ces circonstances, on peut se demander si les parties pouvaient s'attendre aux motifs finalement retenus pour exclure cet ouvrage de la procédure et si leur droit d'être entendues ne s'en est pas trouvé violé, sous cet angle déjà (art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst.; cf. ATF 129 II 497 consid. 2.2 p. 504 s.; 130 III 35 consid. 5 p. 39; arrêt 1C 161/2015 du 22 décembre 2015 consid. 3.1).
Cette problématique peut cependant demeurer indécise. En effet, l'office fédéral confirme céans que sa décision d'approbation englobe également l'ouvrage routier Vigie-Gonin; il maintient au demeurant que cette liaison est nécessaire à la réalisation du projet ferroviaire, en particulier sous l'angle de l'accessibilité du centre ville. Par ailleurs, en introduction, le dispositif de sa décision précise que l'approbation porte sur "le projet des TL du 22 mai 2012, modifié/complété une ultime fois le 4 février 2016, consistant en la création d'une nouvelle ligne de tramways, accompagnée d'une nouvelle ligne de trolleybus à haut niveau de service ainsi que d'un nouveau garage-atelier dans l'ouest lausannois (...) ". A la lumière du dossier, le projet ainsi désigné comprend aussi l'ouvrage de Vigie-Gonin (cf. notamment rapport de synthèse, pièce A5; libellé de la publication officielle, dossier OFT, pièce 7). De surcroît, comme le soulignent l'ensemble des parties, de même que l'OFT, les plans essentiels de la liaison Vigie-Gonin figurent dans le dispositif de la décision d'approbation; sont en particulier mentionnés: le plan de situation de la liaison (TW-C1-8), le rapport d'impact sur l'environnement relatif à cet ouvrage et au
défrichement que suppose sa réalisation (k-1 à K-1.3), ainsi que le rapport de synthèse référençant l'ensemble des mesures routières (A5, p. 21). Le plan du défrichement (TW-K-4.4) y figure du reste également, à l'instar du plan et du tableau des expropriations nécessaires à la réalisation de l'ouvrage (TW-L-2.8). Or, dès lors que ces dernières opérations ne poursuivent d'autre fin que la réalisation de la liaison Vigie-Gonin, force est de reconnaître que leur approbation n'a de sens que pour autant que cet ouvrage routier soit lui-même autorisé. Par ailleurs, il ressort des motifs de sa décision, que l'OFT a analysé de manière détaillée cet aspect du dossier, en particulier dans le traitement des oppositions dirigées contre cette liaison routière (cf. notamment décision d'approbation n. 3.4.5.4.1 p. 53 s. ou encore n. 7.25.3 p. 110). Aussi ne fait-il pas de doute que la PAP diligentée par l'OFT comprend aussi la liaison routière Vigie-Gonin.

3.4. En définitive, par trop formaliste, la position adoptée par le Tribunal administratif fédéral doit être écartée et le grief admis. Il n'est partant pas nécessaire de déterminer si l'absence de certains plans du dispositif ou le défaut de cachet humide sur leur version papier procèdent d'un oubli ou du caractère technique que revêtent ces documents, comme le soutient l'OFT.

4.
Dès lors que la liaison routière Vigie-Gonin est englobée dans la décision d'approbation du 7 mars 2016, il convient, à ce stade, d'examiner si l'OFT était compétent pour en approuver les plans en application de l'art. 18 al. 1
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18 Principe - 1 Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1    Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1bis    L'adjonction d'une construction non ferroviaire à une installation ferroviaire est également considérée comme une modification d'une installation ferroviaire, dans la mesure où l'ensemble de l'installation continue à servir principalement à la construction ou à l'exploitation d'un chemin de fer.102
2    L'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT.103
3    L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral.
4    Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis. Le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire.
5    En règle générale, l'approbation des plans des projets ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement présuppose qu'un plan sectoriel conforme à la loi du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire104 ait été établi.
6    Font également partie des installations ferroviaires, lorsqu'ils sont situés à proximité immédiate de l'installation projetée et qu'ils lui sont directement utiles, les chantiers ferroviaires, les installations nécessaires à la desserte des chantiers en rapport avec la construction ou l'exploitation d'un chemin de fer ainsi que les sites destinés au recyclage et à l'entreposage des matériaux produits par la construction.
LCdF. Le Tribunal fédéral procédera à cette analyse, qui relève de l'application du droit fédéral (art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF); l'instance précédente a par ailleurs formellement statué sur ce point - essentiellement en lien, il est vrai, avec le défrichement (cf. arrêt attaqué, consid. 3.1.6) -, bien qu'elle ait préalablement jugé que la PAP n'englobait pas cet ouvrage.
Devant le Tribunal fédéral et en substance, la société de transports recourante soutient que cette mesure routière servirait principalement à l'exploitation du projet ferroviaire, au sens de l'art. 18 al. 1
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18 Principe - 1 Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1    Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1bis    L'adjonction d'une construction non ferroviaire à une installation ferroviaire est également considérée comme une modification d'une installation ferroviaire, dans la mesure où l'ensemble de l'installation continue à servir principalement à la construction ou à l'exploitation d'un chemin de fer.102
2    L'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT.103
3    L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral.
4    Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis. Le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire.
5    En règle générale, l'approbation des plans des projets ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement présuppose qu'un plan sectoriel conforme à la loi du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire104 ait été établi.
6    Font également partie des installations ferroviaires, lorsqu'ils sont situés à proximité immédiate de l'installation projetée et qu'ils lui sont directement utiles, les chantiers ferroviaires, les installations nécessaires à la desserte des chantiers en rapport avec la construction ou l'exploitation d'un chemin de fer ainsi que les sites destinés au recyclage et à l'entreposage des matériaux produits par la construction.
LCdF (et du trolleybus à haut niveau de service; cf. art. 11 al. 1
SR 744.21 Loi fédérale du 29 mars 1950 sur les entreprises de trolleybus (Loi sur les trolleybus, LTro) - Loi sur les trolleybus
LTro Art. 11 - 1 Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'une ligne de trolleybus (installations de trolleybus) ne peuvent être mises en place ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité de surveillance.
1    Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'une ligne de trolleybus (installations de trolleybus) ne peuvent être mises en place ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité de surveillance.
2    La procédure d'approbation des plans est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer13.
de la loi fédérale sur les entreprises de trolleybus du 29 mars 1950 [LTro; RS 744.21], dont la teneur est voisine de celle de l'art. 18 al. 1
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18 Principe - 1 Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1    Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1bis    L'adjonction d'une construction non ferroviaire à une installation ferroviaire est également considérée comme une modification d'une installation ferroviaire, dans la mesure où l'ensemble de l'installation continue à servir principalement à la construction ou à l'exploitation d'un chemin de fer.102
2    L'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT.103
3    L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral.
4    Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis. Le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire.
5    En règle générale, l'approbation des plans des projets ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement présuppose qu'un plan sectoriel conforme à la loi du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire104 ait été établi.
6    Font également partie des installations ferroviaires, lorsqu'ils sont situés à proximité immédiate de l'installation projetée et qu'ils lui sont directement utiles, les chantiers ferroviaires, les installations nécessaires à la desserte des chantiers en rapport avec la construction ou l'exploitation d'un chemin de fer ainsi que les sites destinés au recyclage et à l'entreposage des matériaux produits par la construction.
LCdF), celle-ci visant à absorber le TIM exclu de la rue de Genève et de l'axe Chauderon - St-François, fermés au trafic par la mise en sites propres des voies de transports projetées.
En réponse au recours, A.________ et consorts contestent ce dernier point de vue. Selon eux, il n'existerait ni lien fonctionnel ni lien géographique entre la rampe routière litigieuse et le projet de tramway; le Tribunal administratif fédéral aurait ainsi à bon droit nié la compétence de l'OFT pour approuver cet ouvrage.
Quant à l'OFT, il soutient en premier lieu que le retrait du viaduc Vigie-Gonin remettrait en question la nature même du projet de transports publics, à savoir une amélioration de l'accessibilité du centre-ville. L'office fédéral relève ensuite que le projet approuvé par l'instance précédente ne correspond ainsi plus à celui mis à l'enquête ni aux variantes examinées en cours d'instruction. L'OFT maintient que cet ouvrage routier vise à endiguer l'augmentation du TIM générée par la fermeture d'axes routiers existants pour les besoins du "t1" et du BHNS, augmentation que le réseau existant n'est pas en mesure d'absorber. L'avenue Jules Gonin serait enfin le tronçon routier le plus proche pour rediriger le TIM directement depuis la portion de route réservée au tramway.

4.1. Aux termes de l'art. 18 al. 1
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18 Principe - 1 Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1    Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1bis    L'adjonction d'une construction non ferroviaire à une installation ferroviaire est également considérée comme une modification d'une installation ferroviaire, dans la mesure où l'ensemble de l'installation continue à servir principalement à la construction ou à l'exploitation d'un chemin de fer.102
2    L'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT.103
3    L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral.
4    Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis. Le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire.
5    En règle générale, l'approbation des plans des projets ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement présuppose qu'un plan sectoriel conforme à la loi du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire104 ait été établi.
6    Font également partie des installations ferroviaires, lorsqu'ils sont situés à proximité immédiate de l'installation projetée et qu'ils lui sont directement utiles, les chantiers ferroviaires, les installations nécessaires à la desserte des chantiers en rapport avec la construction ou l'exploitation d'un chemin de fer ainsi que les sites destinés au recyclage et à l'entreposage des matériaux produits par la construction.
LCdF, les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente, à savoir l'OFT (cf. art. 18 al. 2
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18 Principe - 1 Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1    Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1bis    L'adjonction d'une construction non ferroviaire à une installation ferroviaire est également considérée comme une modification d'une installation ferroviaire, dans la mesure où l'ensemble de l'installation continue à servir principalement à la construction ou à l'exploitation d'un chemin de fer.102
2    L'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT.103
3    L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral.
4    Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis. Le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire.
5    En règle générale, l'approbation des plans des projets ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement présuppose qu'un plan sectoriel conforme à la loi du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire104 ait été établi.
6    Font également partie des installations ferroviaires, lorsqu'ils sont situés à proximité immédiate de l'installation projetée et qu'ils lui sont directement utiles, les chantiers ferroviaires, les installations nécessaires à la desserte des chantiers en rapport avec la construction ou l'exploitation d'un chemin de fer ainsi que les sites destinés au recyclage et à l'entreposage des matériaux produits par la construction.
LCdF; avant le 1er janvier 2016 également le DETEC s'agissant de grands projets; à ce sujet cf. Message du Conseil fédéral du 4 septembre 2013 relatif à la modification du droit des entreprises de transport routier et du droit pénal des transports, in FF 2013 6466 ch. 2.4). L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral (art. 18 al. 3
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18 Principe - 1 Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1    Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1bis    L'adjonction d'une construction non ferroviaire à une installation ferroviaire est également considérée comme une modification d'une installation ferroviaire, dans la mesure où l'ensemble de l'installation continue à servir principalement à la construction ou à l'exploitation d'un chemin de fer.102
2    L'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT.103
3    L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral.
4    Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis. Le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire.
5    En règle générale, l'approbation des plans des projets ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement présuppose qu'un plan sectoriel conforme à la loi du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire104 ait été établi.
6    Font également partie des installations ferroviaires, lorsqu'ils sont situés à proximité immédiate de l'installation projetée et qu'ils lui sont directement utiles, les chantiers ferroviaires, les installations nécessaires à la desserte des chantiers en rapport avec la construction ou l'exploitation d'un chemin de fer ainsi que les sites destinés au recyclage et à l'entreposage des matériaux produits par la construction.
LCdF). Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis; le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire (art. 18 al. 4
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18 Principe - 1 Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1    Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1bis    L'adjonction d'une construction non ferroviaire à une installation ferroviaire est également considérée comme une modification d'une installation ferroviaire, dans la mesure où l'ensemble de l'installation continue à servir principalement à la construction ou à l'exploitation d'un chemin de fer.102
2    L'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT.103
3    L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral.
4    Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis. Le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire.
5    En règle générale, l'approbation des plans des projets ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement présuppose qu'un plan sectoriel conforme à la loi du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire104 ait été établi.
6    Font également partie des installations ferroviaires, lorsqu'ils sont situés à proximité immédiate de l'installation projetée et qu'ils lui sont directement utiles, les chantiers ferroviaires, les installations nécessaires à la desserte des chantiers en rapport avec la construction ou l'exploitation d'un chemin de fer ainsi que les sites destinés au recyclage et à l'entreposage des matériaux produits par la construction.
LCdF). Par opposition, l'établissement et la modification de constructions ou d'installations ne servant pas exclusivement ou principalement à l'exploitation ferroviaire (installations annexes) sont régis par le droit cantonal; l'accord de l'entreprise ferroviaire ou la
consultation de l'OFT sont toutefois nécessaires dans certains cas (art. 18m al. 1
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18m Installations annexes - 1 L'établissement et la modification de constructions ou d'installations ne servant pas exclusivement ou principalement à l'exploitation ferroviaire (installations annexes) sont régis par le droit cantonal. Ils ne peuvent être autorisés qu'avec l'accord de l'entreprise ferroviaire si l'installation annexe:
1    L'établissement et la modification de constructions ou d'installations ne servant pas exclusivement ou principalement à l'exploitation ferroviaire (installations annexes) sont régis par le droit cantonal. Ils ne peuvent être autorisés qu'avec l'accord de l'entreprise ferroviaire si l'installation annexe:
a  affecte des immeubles appartenant à l'entreprise ferroviaire ou leur est contiguë;
b  risque de compromettre la sécurité de l'exploitation.
2    Avant d'autoriser une installation annexe, l'autorité cantonale consulte l'OFT:
a  à la demande d'une des parties, lorsqu'aucun accord entre le maître de l'ouvrage et l'entreprise ferroviaire n'a été trouvé;
b  lorsque l'installation annexe peut empêcher ou rendre considérablement plus difficile une extension ultérieure de l'installation ferroviaire;
c  lorsque le terrain à bâtir est compris dans une zone réservée ou touché par un alignement déterminés par la législation ferroviaire.
3    L'OFT est habilité à user de toutes les voies de recours prévues par les droits fédéral et cantonal contre les décisions rendues par les autorités cantonales en application de la présente loi ou de ses dispositions d'exécution.
et 2
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18m Installations annexes - 1 L'établissement et la modification de constructions ou d'installations ne servant pas exclusivement ou principalement à l'exploitation ferroviaire (installations annexes) sont régis par le droit cantonal. Ils ne peuvent être autorisés qu'avec l'accord de l'entreprise ferroviaire si l'installation annexe:
1    L'établissement et la modification de constructions ou d'installations ne servant pas exclusivement ou principalement à l'exploitation ferroviaire (installations annexes) sont régis par le droit cantonal. Ils ne peuvent être autorisés qu'avec l'accord de l'entreprise ferroviaire si l'installation annexe:
a  affecte des immeubles appartenant à l'entreprise ferroviaire ou leur est contiguë;
b  risque de compromettre la sécurité de l'exploitation.
2    Avant d'autoriser une installation annexe, l'autorité cantonale consulte l'OFT:
a  à la demande d'une des parties, lorsqu'aucun accord entre le maître de l'ouvrage et l'entreprise ferroviaire n'a été trouvé;
b  lorsque l'installation annexe peut empêcher ou rendre considérablement plus difficile une extension ultérieure de l'installation ferroviaire;
c  lorsque le terrain à bâtir est compris dans une zone réservée ou touché par un alignement déterminés par la législation ferroviaire.
3    L'OFT est habilité à user de toutes les voies de recours prévues par les droits fédéral et cantonal contre les décisions rendues par les autorités cantonales en application de la présente loi ou de ses dispositions d'exécution.
LCdF).
Selon la jurisprudence, est considéré comme une installation servant exclusivement ou principalement le chemin de fer le projet qui présente, d'un point de vue matériel et spatial, un rapport nécessaire et étroit avec l'exploitation ferroviaire (ATF 127 II 227 consid. 4 p. 234; 111 Ib 38 consid. 6c p. 44; arrêt 1C 32/2017 du 6 mars 2018 consid. 6.1). Servent toutefois simultanément l'exploitation ferroviaire et la circulation routière notamment les carrefours entre rail et route; il s'agit de constructions mixtes qui contiennent régulièrement des éléments en lien avec l'exploitation ferroviaire et d'autres étrangers à ce domaine. En principe, une procédure unique d'approbation doit être suivie (cf. ATF 127 II 227 consid. 4a p. 234; 122 II 265 consid. 3 p. 269; arrêt 1C 463/2010 du 24 janvier 2011 consid. 2.2, publié in RtiD 2011 II 228). Selon l'objectif principal poursuivi par l'installation en cause, celle-ci devra faire l'objet d'une procédure d'approbation relevant du droit ferroviaire ou, au contraire, être autorisée par le biais de la procédure cantonale applicable (cf. ATF 127 II 227 consid. 4 p. 234 s.). Dans ce cadre, il ne s'agit pas seulement de se fonder sur l'ampleur des modifications projetées, sur le plan
respectivement routier ou ferroviaire, mais essentiellement sur l'objectif principal poursuivi par le projet; en d'autres termes, il convient, dans chaque cas particulier, de déterminer si la construction ou l'installation répond au premier chef aux besoins de l'exploitation ferroviaire ou à ceux de la circulation routière (cf. ATF 127 II 227 consid. 5 p. 236 s.; arrêts 1C 32/2017 précité consid. 6.1; 1C 463/2010 du 24 janvier 2011 consid. 2.2, publié in RtiD 2011 II 228, et les arrêts cités; 1A.117/2003 du 31 octobre 2003 consid. 2.3, publié in ZBl 105/2004 p. 497).

4.2. L'instance précédente a reconnu que pour parvenir à des cadences d'exploitation suffisantes, le "t1" devait être mis en site propre, ce qui requerrait la fermeture de la rue de Genève au trafic. Elle a également constaté que la liaison routière Vigie-Gonin visait à absorber le report du TIM entraîné par cette fermeture. Le tribunal en a tout d'abord déduit que cet ouvrage présentait indubitablement un lien avec le projet ferroviaire. Dans un deuxième temps, il a cependant estimé que ce lien n'était pas suffisant pour inclure le viaduc dans la procédure d'approbation ferroviaire au sens des art. 18 ss
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18 Principe - 1 Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1    Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1bis    L'adjonction d'une construction non ferroviaire à une installation ferroviaire est également considérée comme une modification d'une installation ferroviaire, dans la mesure où l'ensemble de l'installation continue à servir principalement à la construction ou à l'exploitation d'un chemin de fer.102
2    L'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT.103
3    L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral.
4    Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis. Le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire.
5    En règle générale, l'approbation des plans des projets ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement présuppose qu'un plan sectoriel conforme à la loi du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire104 ait été établi.
6    Font également partie des installations ferroviaires, lorsqu'ils sont situés à proximité immédiate de l'installation projetée et qu'ils lui sont directement utiles, les chantiers ferroviaires, les installations nécessaires à la desserte des chantiers en rapport avec la construction ou l'exploitation d'un chemin de fer ainsi que les sites destinés au recyclage et à l'entreposage des matériaux produits par la construction.
LCdF. D'un point de vue spatial, l'instance précédente a émis des doutes quant à l'existence d'un rapport étroit, la liaison Vigie-Gonin étant éloignée d'environ 150 m du tracé ferroviaire et nullement reliée à l'infrastructure du "t1" ou du BHNS (cf. arrêt attaqué, consid. 3.1.6.3). Sur le plan matériel, pour exclure l'existence d'un tel lien, le tribunal s'est essentiellement fondé sur le fait que l'ouvrage litigieux ne servira pas exclusivement à absorber le report du TIM émanant des axes fermés à la circulation (cf. arrêt attaqué consid. 3.1.6.4) : l'utilisation de la rampe sera en effet ouverte à tout citoyen, qu'il s'agisse
de conducteurs de véhicules à moteur, de cyclistes ou encore de piétons (cf. Convention d'utilisation du viaduc Vigie-Gonin TW-J-1.1, p. 4). Il a également relevé que le fonctionnement du carrefour de Chauderon-Sud ne pouvait être garanti sans cette liaison. Le Tribunal administratif fédéral en a conclu que le trait prédominant du viaduc était ainsi de servir les besoins de la circulation routière. L'instance précédente a partant jugé que l'OFT n'était pas compétent pour approuver les plans du viaduc Vigie-Gonin. Dans le prolongement de cette première conclusion, le tribunal a - en toute logique - estimé que l'approbation des plans du défrichement et des expropriations nécessaires à la réalisation de cet ouvrage routier ne devait pas non plus être englobée dans la procédure fédérale d'approbation (cf. arrêt attaqué, consid. 3.1.7 et 3.1.8).

4.3.

4.3.1. Il faut certes concéder à l'instance précédente que le viaduc Vigie-Gonin présente des aspects routiers indéniables, celui-ci pouvant être emprunté indistinctement par l'ensemble des usagers du réseau routier. Il n'en demeure pas moins que la réalisation de cette liaison est exclusivement dictée par la mise en sites propres des lignes de transports en commun projetées. Comme le souligne l'OFT dans sa décision d'approbation (cf. DAP, ch. 1.2 p. 15), la mise en site propre constitue une exigence fixée par la concession octroyée aux TL (cf. décision du Conseil fédéral du 16 septembre 2011 p. 8 s.). Or, à la lumière du dossier, il apparaît - ce qui n'est pas discuté - que le réseau routier actuel n'est pas en mesure d'absorber de manière satisfaisante le report du TIM entraîné par la fermeture des axes dédiés aux "t1" et au BHNS (rue de Genève et rue des Terreaux), entraînant un risque de saturation en particulier au niveau du carrefour de Chauderon-Sud (cf. rapport accessibilité 081+04, p. 22 s.; note DRPJ-NO-116 du 21 juillet 2014 sur l'accessibilité au centre-ville de Lausanne: analyses trafic sans la liaison Vigie-Gonin, de variantes d'aménagement et du gabarit de cette liaison routière, p. 7; observations de l'OFT du 24
avril 2018 p. 2; voir également consid. 2.2 ci-dessus). Or, la réalisation de la rampe Vigie-Gonin constitue l'une des mesures routières d'accompagnement préconisées pour assurer le maintien - en phase d'exploitation du "t1" et du BHNS - d'un fonctionnement satisfaisant du réseau existant. Ainsi, en tant qu'il constitue une réponse aux inconvénients générés par la mise en sites propres des axes réservés au "t1" ainsi qu'au BHNS, le viaduc Vigie-Gonin présente un lien étroit avec le projet ferroviaire au sens de l'art. 18 al. 1
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18 Principe - 1 Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1    Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1bis    L'adjonction d'une construction non ferroviaire à une installation ferroviaire est également considérée comme une modification d'une installation ferroviaire, dans la mesure où l'ensemble de l'installation continue à servir principalement à la construction ou à l'exploitation d'un chemin de fer.102
2    L'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT.103
3    L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral.
4    Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis. Le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire.
5    En règle générale, l'approbation des plans des projets ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement présuppose qu'un plan sectoriel conforme à la loi du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire104 ait été établi.
6    Font également partie des installations ferroviaires, lorsqu'ils sont situés à proximité immédiate de l'installation projetée et qu'ils lui sont directement utiles, les chantiers ferroviaires, les installations nécessaires à la desserte des chantiers en rapport avec la construction ou l'exploitation d'un chemin de fer ainsi que les sites destinés au recyclage et à l'entreposage des matériaux produits par la construction.
LCdF. Cela est d'autant plus vrai que, dans la situation présente, le réseau routier existant (en particulier les axes et carrefour concernés par le report du TIM) permet de gérer les charges de trafic actuelles (cf. note DRPJ-NO-116 précitée, p. 7). La réalisation du viaduc n'apparaît ainsi pas comme une mesure directement imposée par des impératifs routiers, mais comme une mesure nécessaire à la réalisation de l'élément principal du projet, à savoir la création de deux lignes de transports publics en sites propres (cf. ATF 127 II 227 consid. 5 p. 236 s.; arrêt 1C 32/2017 du 6 mars 2018 consid. 6.3.1).

4.3.2. La liaison litigieuse présente par ailleurs un lien spatial avec le projet ferroviaire. Il est certes établi que celle-ci sera localisée à 150 m du tracé ferroviaire. Néanmoins, comme le souligne l'OFT, il n'y a pas d'axe "plus proche que l'avenue Jules Gonin pour rediriger le TIM directement depuis le tronçon de route qui sera réservé au "t1"". Il apparaît en effet, à la lumière des plans versés au dossier, que cette avenue constitue un axe routier parallèle à la rue de Genève et à la rue des Terreaux, toutes deux fermées au TIM pour les besoins du projet. Ces trois axes, de même que le viaduc litigieux, ainsi que les tronçons routiers et le carrefour soulagés par la réalisation de cet ouvrage, s'inscrivent au demeurant dans un périmètre restreint du centre-ville de Lausanne et présentent ainsi un lien de proximité évident. Au regard de la localisation de ces différents éléments du projet, force est de reconnaître que le viaduc Vigie-Gonin aura pour vocation première d'accueillir le TIM déplacé par la fermeture des rues de Genève et des Terreaux. Les axes fermés à la circulation étant des routes publiques, il n'est du reste guère pertinent de tirer argument - comme le fait l'instance précédente - de la possible utilisation
de cette rampe par tout usager du réseau routier, pour en exclure tout caractère ferroviaire.

4.3.3. Pour des motifs liés à la coordination, il s'impose enfin également de soumettre l'ensemble du projet, y compris la liaison Vigie-Gonin, à une procédure d'approbation unique. En effet, il apparaît qu'en l'état actuel du projet la suppression de cette liaison conduirait à une saturation du réseau routier (cf. consid. 4.3.1). Le projet ferroviaire ne saurait partant être approuvé - comme l'a pourtant fait le Tribunal administratif fédéral - sans également inclure, dans l'examen, les mérites et inconvénients de cette mesure d'accompagnement. A défaut, on court le risque non seulement d'alourdir inutilement le processus d'approbation, mais également - et surtout - d'aboutir, selon le résultat de procédure routière cantonale, à des décisions inconciliables, ce que le législateur a précisément entendu éviter en adoptant les art. 18 ss
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18 Principe - 1 Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1    Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1bis    L'adjonction d'une construction non ferroviaire à une installation ferroviaire est également considérée comme une modification d'une installation ferroviaire, dans la mesure où l'ensemble de l'installation continue à servir principalement à la construction ou à l'exploitation d'un chemin de fer.102
2    L'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT.103
3    L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral.
4    Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis. Le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire.
5    En règle générale, l'approbation des plans des projets ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement présuppose qu'un plan sectoriel conforme à la loi du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire104 ait été établi.
6    Font également partie des installations ferroviaires, lorsqu'ils sont situés à proximité immédiate de l'installation projetée et qu'ils lui sont directement utiles, les chantiers ferroviaires, les installations nécessaires à la desserte des chantiers en rapport avec la construction ou l'exploitation d'un chemin de fer ainsi que les sites destinés au recyclage et à l'entreposage des matériaux produits par la construction.
LCdF (ainsi que l'art. 11
SR 744.21 Loi fédérale du 29 mars 1950 sur les entreprises de trolleybus (Loi sur les trolleybus, LTro) - Loi sur les trolleybus
LTro Art. 11 - 1 Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'une ligne de trolleybus (installations de trolleybus) ne peuvent être mises en place ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité de surveillance.
1    Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'une ligne de trolleybus (installations de trolleybus) ne peuvent être mises en place ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité de surveillance.
2    La procédure d'approbation des plans est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer13.
LTro; cf. Message du Conseil fédéral du 25 février 1998 relatif à la loi fédérale sur la coordination et la simplification des procédures d'approbation des plans, FF 1998 2227; voir également art. 25a
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 25a Principes de la coordination - 1 Une autorité chargée de la coordination est désignée lorsque l'implantation ou la transformation d'une construction ou d'une installation nécessite des décisions émanant de plusieurs autorités.
1    Une autorité chargée de la coordination est désignée lorsque l'implantation ou la transformation d'une construction ou d'une installation nécessite des décisions émanant de plusieurs autorités.
2    L'autorité chargée de la coordination:
a  peut prendre les dispositions nécessaires pour conduire les procédures;
b  veille à ce que toutes les pièces du dossier de requête soient mises en même temps à l'enquête publique;
c  recueille les avis circonstanciés relatifs au projet auprès de toutes les autorités cantonales et fédérales concernées par la procédure;
d  veille à la concordance matérielle ainsi que, en règle générale, à une notification commune ou simultanée des décisions.
3    Les décisions ne doivent pas être contradictoires.
4    Ces principes sont applicables par analogie à la procédure des plans d'affectation.
LAT; arrêt 1C 32/2017 du 6 mars 2018 consid. 6.3.3). Une telle concentration des procédures se justifie en outre particulièrement dans le cadre de projets d'envergure
(simplification et accélération des procédures d'approbation des "grands projets d'équipement", cf. Message, FF 1998 2224) - à l'instar du projet litigieux - qui soulèvent de nombreuses problématiques tant techniques qu'environnementales, et mettent en présence de nombreux intérêts privés et publics divergents.

4.4. En définitive, à la lumière de l'agencement du projet soumis à l'OFT par les TL, l'instance précédente a violé le droit fédéral en excluant de la PAP la mesure d'accompagnement Vigie-Gonin; le grief est admis. Il s'ensuit que c'est également à tort que le Tribunal administratif fédéral a exclu de son examen les problématiques liées au défrichement et aux expropriations nécessaires à la réalisation de cet ouvrage. Pour ces motifs, l'arrêt attaqué doit être annulé et la cause renvoyée à l'instance précédente afin qu'elle procède à l'examen du projet tel qu'approuvé par l'OFT, en d'autres termes, en incluant dans son analyse l'ensemble des aspects liés à la réalisation de la liaison Vigie-Gonin et le traitement des griefs dirigés contre cet ouvrage. Si les inquiétudes affichées par la société de transports recourante en lien avec le retard engendré par un tel renvoi sont compréhensibles, le Tribunal fédéral ne saurait cependant statuer sur la base du projet incomplet approuvé par l'instance précédente (art. 107 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF; cf. BERNARD CORBOZ, Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, n. 10 ss ad art. 107
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF).

5.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours et à l'annulation partielle de l'arrêt attaqué en tant qu'il exclut de la procédure d'approbation la liaison routière Vigie-Gonin (art. 107 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF; au sujet de l'étendue de l'annulation, cf. arrêt 1C 36/2011 du 8 février 2012 consid. 6; CORBOZ, op. cit., n. 11 ad art. 107
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF). En d'autres termes, les ch. 1.2, 1.3, 2.4, 2.5 et 3.4 du dispositif de l'arrêt attaqué sont annulés. La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle instruction et décision au sens des considérants. Ceci fait, il statuera nouvellement sur les frais et dépens.
Les frais de justices sont mis à la charge des intimés, qui succombent (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
et 5
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Exerçant une tâche de droit public, l'intimée ne saurait prétendre à des dépens (art. 68 al. 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est partiellement annulé dans le sens des considérants. La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision dans le sens des considérants.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de A.________, B.________ SA, C.________ SA, D.________ Sàrl et E.________ Sàrl, solidairement entre eux.

3.
Il n'est pas alloué de dépens.

4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, à l'Office fédéral des transports, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, et à l'Office fédéral de l'environnement.

Lausanne, le 8 mai 2019

Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Chaix

Le Greffier : Alvarez