Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
6B 586/2011, 6B 587/2011

Arrêt du 7 février 2012
Cour de droit pénal

Composition
MM. les Juges Mathys, Président, et Denys et Schöbi.
Greffière: Mme Cherpillod.

Participants à la procédure
6B 586/2011
X.________,
représenté par Mauro Poggia, avocat,
recourant,

contre

1. Ministère public du canton de Genève, route de Chancy 6B, 1213 Petit-Lancy,
2. Y.________ SA
représentée par Alain Macaluso, avocat,

et

6B 587/2011
Y.________ SA,
représentée par Alain Macaluso, avocat,
recourante,

contre

1. Ministère public du canton de Genève, route de Chancy 6B, 1213 Petit-Lancy,
2. X.________,
représenté par Mauro Poggia, avocat,
intimés.

Objet
6B 586/2011
Gestion déloyale aggravée,

6B 587/2011
Prétentions civiles; droit d'être entendu, formalisme excessif,

recours contre l'arrêt de la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève du 4 juillet 2011.

Faits:

A.
Par jugement du 7 octobre 2010, le Tribunal de police du canton de Genève a condamné X.________ pour gestion déloyale aggravée (art. 158 ch. 1 al. 1
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 158 - 1. Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
1    Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
2    Quiconque, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, abuse du pouvoir de représentation que lui confère la loi, un mandat officiel ou un acte juridique et porte ainsi atteinte aux intérêts pécuniaires du représenté est puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
3    La gestion déloyale au préjudice des proches ou des familiers n'est poursuivie que sur plainte.
et 3
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 158 - 1. Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
1    Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
2    Quiconque, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, abuse du pouvoir de représentation que lui confère la loi, un mandat officiel ou un acte juridique et porte ainsi atteinte aux intérêts pécuniaires du représenté est puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
3    La gestion déloyale au préjudice des proches ou des familiers n'est poursuivie que sur plainte.
CP) à une peine pécuniaire de 360 jours-amende, à 100 fr. le jour, avec sursis et délai d'épreuve de 4 ans. X.________ a également été astreint à verser à Y.________ SA 117'409 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juillet 2004 et 13'409 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juillet 2005 ainsi qu'à l'Etat de Genève une créance compensatrice de 130'818 fr., créance que le Tribunal a allouée à Y.________ SA. Cette autorité a également ordonné le séquestre du compte n° *** dont X.________ est titulaire auprès de la banque A.________ et de l'immeuble n° ** sis en la commune de B.________ dont il est propriétaire, ce en garantie de la créance compensatrice.

B.
Par arrêt du 4 juillet 2011, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a annulé ce jugement. Statuant à nouveau, elle a condamné X.________ pour gestion déloyale aggravée (art. 158 ch. 1 al. 1
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 158 - 1. Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
1    Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
2    Quiconque, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, abuse du pouvoir de représentation que lui confère la loi, un mandat officiel ou un acte juridique et porte ainsi atteinte aux intérêts pécuniaires du représenté est puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
3    La gestion déloyale au préjudice des proches ou des familiers n'est poursuivie que sur plainte.
et 3
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 158 - 1. Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
1    Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
2    Quiconque, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, abuse du pouvoir de représentation que lui confère la loi, un mandat officiel ou un acte juridique et porte ainsi atteinte aux intérêts pécuniaires du représenté est puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
3    La gestion déloyale au préjudice des proches ou des familiers n'est poursuivie que sur plainte.
CP) à une peine privative de liberté de 15 mois assortie du sursis et d'un délai d'épreuve de 3 ans. Elle l'a en outre astreint à verser à l'Etat de Genève une créance compensatrice de 521'304 fr. et a ordonné, en garantie de cette créance, le séquestre du compte et de l'immeuble précités.
Cet arrêt se fonde en substance sur les faits suivants:
B.a La société anonyme de droit français C.________, à la tête d'un groupe de sociétés actives dans la production et la distribution de meubles, notamment de cuisine, a constitué une société de commercialisation de ses produits en Suisse, sous la raison sociale D.________ SA, le **** 1985.
B.b En 1996, à la suite d'une procédure de redressement judiciaire, C.________ a cédé ses actifs, dont les titres de D.________ SA, à une société dont la raison sociale est devenue Y.________ SA.
Y.________ SA détenait 75% des actions de D.________ SA. Elle ne pouvait toutefois exercer les droits sociaux attachés à ses actions, faute d'avoir obtenu de D.________ SA l'approbation prévue par ses statuts du transfert à elle-même des titres. Y.________ SA était également la principale créancière de D.________ SA. Elle assurait la cession, la production et la commercialisation de meubles de cuisine de plusieurs marques et à ce titre fournissait D.________ SA. Elle tenait également sa comptabilité. X.________ détenait quant à lui 25% des actions de D.________ SA. Il en était le directeur puis, dès le 10 août 1994, l'administrateur unique avec signature individuelle.
B.c A la suite de plusieurs agissements de X.________ au nom de D.________ SA - agissements pour lesquels ce dernier a été poursuivi mais non condamné -, Y.________ SA a cessé d'approvisionner D.________ SA à la fin de l'année 2002. Le 27 février 2003, elle a précisé aux clients de D.________ SA que cette dernière n'était plus autorisée à livrer ses produits et qu'ils devaient s'acquitter de leurs paiements sur les comptes bancaires de Y.________ SA. Les activités commerciales de D.________ SA ont progressivement diminué pour totalement cesser depuis l'exercice 2003. Pour l'année 2003, D.________ SA a toutefois réalisé un chiffre d'affaires de 187'422 francs, bien moins important que celui réalisé entre 1999 et 2001 qui oscillait entre 3'500'000 fr. et 4'200'000 francs. Elle n'a réalisé aucun chiffre d'affaires en 2004 ou 2005.
B.d Des montants ont continué à être prélevés des comptes de D.________ SA pour les années 2003, 2004 et 2005, à savoir des frais de personnel, comprenant notamment la rémunération de X.________, des loyers, des frais de déplacement, administratifs et de représentation, notamment la prise en charge du véhicule de X.________, pour un total de 521'304 francs.
La Chambre d'appel a estimé que la distraction de ces montants était injustifiée et avait porté atteinte aux intérêts pécuniaires de D.________ SA, sur lesquels X.________ avait l'obligation de veiller. Elle l'a par conséquent jugé coupable de gestion déloyale aggravée du fait de ces prélèvements, ce alors que l'autorité de première instance n'avait retenu comme constitutifs d'infractions que les prélèvements opérés pour les années 2004 et 2005. Considérant que Y.________ SA n'avait pas établi son dommage, elle a débouté cette dernière de ses conclusions civiles.

C.
X.________ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut à son acquittement ainsi qu'à l'annulation de la créance compensatrice et du séquestre prononcés, subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance cantonale pour nouvelle décision.

D.
Y.________ SA forme également un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Elle conclut à ce que X.________ soit condamné à lui verser 521'304 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 30 juin 2006, à ce que la créance compensatrice prononcée lui soit allouée et à ce qu'il lui soit donné acte qu'elle a déclaré céder à l'Etat de Genève sa créance en dommages et intérêts à l'encontre de X.________ à concurrence de la créance allouée. Subsidiairement, Y.________ SA conclut à l'annulation de l'arrêt et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Elle sollicite également l'octroi de l'effet suspensif.

E.
Interpellés sur le recours de X.________, l'autorité précédente s'est référée à l'arrêt attaqué, le Ministère public et Y.________ SA ont conclu à son rejet. X.________ puis Y.________ SA ont déposé des observations.

Considérant en droit:

1.
Les deux recours, dirigés contre la même décision, portent sur les mêmes faits et sur des questions de droit qui se chevauchent. Il se justifie de les joindre et de statuer par un seul arrêt (art. 71
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 71 - Lorsque la présente loi ne contient pas de dispositions de procédure, les dispositions de la PCF31 sont applicables par analogie.
LTF et 24 PCF).

2.
Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 136 II 470 consid. 1 p. 472).
L'autorité précédente a statué aussi bien sur l'aspect pénal que sur les prétentions civiles. Dans cette configuration et quand bien même le recours de Y.________ SA porte uniquement sur les conclusions civiles et ses conséquences, soit notamment l'allocation de la créance compensatrice, c'est la voie du recours en matière pénale qui est ouverte (art. 78 al. 2 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 78 Principe - 1 Le Tribunal fédéral connaît des recours contre les décisions rendues en matière pénale.
1    Le Tribunal fédéral connaît des recours contre les décisions rendues en matière pénale.
2    Sont également sujettes au recours en matière pénale:
a  les décisions sur les prétentions civiles qui doivent être jugées en même temps que la cause pénale;
b  les décisions sur l'exécution de peines et de mesures.
LTF; ATF 133 III 701 consid. 2.1 p. 702-703).
Les pièces produites par les parties, en tant qu'elles ne résultent pas de l'arrêt attaqué, sont irrecevables (art. 99 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
LTF).

3.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits retenus par l'arrêt attaqué (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF. La partie recourante ne peut ainsi les critiquer que s'ils ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. (sur la notion d'arbitraire, cf. ATF 137 I 1 consid. 2.4 p. 5; 58 consid. 4.1.2 p. 62), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF).
Conformément à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, le Tribunal fédéral n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux ou de dispositions de droit cantonal que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise. L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits violés et préciser en quoi consiste la violation (ATF 136 II 489 consid. 2.8 p. 494; 134 II 349 consid. 3 p. 351).
Faute de grief d'arbitraire, qui plus est soulevé conformément aux exigences posées par l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, la Cour de céans s'en tiendra aux faits retenus par l'autorité précédente, sans égard à ceux présentés librement sur plusieurs pages par les recourants.

4.
Le recourant se plaint que la qualité de partie civile ait été reconnue à la recourante.

4.1 Le jugement de première instance a été rendu avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2011, du Code de procédure pénale suisse (CPP; RS 312.0). Conformément à l'art. 454 al. 2
SR 312.0 Code de procédure pénale suisse du 5 octobre 2007 (Code de procédure pénale, CPP) - Code de procédure pénale
CPP Art. 454 Décisions rendues après l'entrée en vigueur du présent code - 1 Le nouveau droit est applicable aux recours formés contre les décisions rendues en première instance après l'entrée en vigueur du présent code.
1    Le nouveau droit est applicable aux recours formés contre les décisions rendues en première instance après l'entrée en vigueur du présent code.
2    L'ancien droit est applicable aux recours contre les décisions rendues en première instance selon l'ancien droit, après l'entrée en vigueur du présent code, par une autorité judiciaire supérieure à celle de première instance.
CPP, c'est donc à l'aune du Code de procédure pénale genevois du 29 septembre 1977 (CPP/GE), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010, que les questions de procédure soulevées par le recourant doivent être tranchées.

4.2 Le recourant n'expose pas dans quelle mesure l'une ou l'autre des dispositions de ce code, notamment l'art. 12 al. 1 CPP/GE qu'il mentionne, aurait été appliquée de manière insoutenable. Son grief d'arbitraire dans l'application du droit cantonal est partant irrecevable (cf. supra consid. 3 2e par.). Quant aux moyens soulevés en rapport avec l'art. 115
SR 312.0 Code de procédure pénale suisse du 5 octobre 2007 (Code de procédure pénale, CPP) - Code de procédure pénale
CPP Art. 115 - 1 On entend par lésé toute personne dont les droits ont été touchés directement par une infraction.
1    On entend par lésé toute personne dont les droits ont été touchés directement par une infraction.
2    Sont toujours considérées comme des lésés les personnes qui ont qualité pour déposer plainte pénale.
CPP, ils sont sans pertinence, cette disposition n'étant pas applicable au cas d'espèce. Enfin, l'art. 30
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 30 - 1 Si une infraction n'est punie que sur plainte, toute personne lésée peut porter plainte contre l'auteur.
1    Si une infraction n'est punie que sur plainte, toute personne lésée peut porter plainte contre l'auteur.
2    Si le lésé n'a pas l'exercice des droits civils, le droit de porter plainte appartient à son représentant légal. Si l'ayant droit est sous tutelle ou sous curatelle de portée générale, le droit de porter plainte appartient également à l'autorité de protection de l'adulte.20
3    Le lésé mineur ou placé sous curatelle de portée générale a le droit de porter plainte s'il est capable de discernement.21
4    Si le lésé meurt sans avoir porté plainte ni avoir expressément renoncé à porter plainte, son droit passe à chacun de ses proches.
5    Si l'ayant droit a expressément renoncé à porter plainte, sa renonciation est définitive.
CP ne traite que de la personne légitimée à porter plainte. Il n'est donc pas déterminant pour décider qui peut ou non être reconnu partie civile, question relevant en l'espèce du droit de procédure cantonale alors applicable.

5.
Le recourant invoque une violation des art. 32 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 32 Procédure pénale - 1 Toute personne est présumée innocente jusqu'à ce qu'elle fasse l'objet d'une condamnation entrée en force.
1    Toute personne est présumée innocente jusqu'à ce qu'elle fasse l'objet d'une condamnation entrée en force.
2    Toute personne accusée a le droit d'être informée, dans les plus brefs délais et de manière détaillée, des accusations portées contre elle. Elle doit être mise en état de faire valoir les droits de la défense.
3    Toute personne condamnée a le droit de faire examiner le jugement par une juridiction supérieure. Les cas où le Tribunal fédéral statue en instance unique sont réservés.
Cst. et 6 par. 2 CEDH "en tant que sa présomption d'innocence a été violée par une reformatio in pejus par la Cour de justice".

5.1 L'autorité précédente a certes condamné le recourant pour une période pénale plus longue, à une peine et à une créance compensatrice plus importantes que celles prononcées en première instance. Le recourant n'explicite toutefois pas, conformément aux exigences posées par l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, en quoi de telles modifications violeraient la présomption d'innocence. Son grief est dès lors irrecevable.

5.2 Au surplus, l'interdiction de la reformatio in pejus n'est pas une garantie de rang constitutionnel. Ce sont les règles cantonales de procédure, alors applicables, qui pouvaient l'admettre ou la rejeter et qui en déterminaient la portée. Le recourant n'invoque toutefois aucune disposition cantonale de procédure, dont, à plus forte raison, il ne démontre pas d'application arbitraire. Le grief de violation de l'interdiction de la reformatio in pejus est pour ce motif déjà irrecevable. Au demeurant, en droit genevois, l'interdiction de la reformatio in pejus était consacrée à l'art. 246 al. 2 CPP/GE qui prévoyait que la cour cantonale ne pouvait, sur le seul appel du condamné, aggraver le sort de l'appelant (cf. arrêt 6P.7/2007 du 4 mai 2007 consid. 3). En l'occurrence, non seulement le condamné mais également la partie civile ont fait appel, celle-ci contestant la libération du recourant de certains chefs d'accusation en première instance. Une application arbitraire de l'art. 246 al. 2 CPP/GE n'aurait dès lors pu dans ces circonstances être retenue.

6.
Le recourant conteste sa condamnation pour gestion déloyale aggravée au sens de l'art. 158 ch. 1 al. 1
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 158 - 1. Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
1    Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
2    Quiconque, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, abuse du pouvoir de représentation que lui confère la loi, un mandat officiel ou un acte juridique et porte ainsi atteinte aux intérêts pécuniaires du représenté est puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
3    La gestion déloyale au préjudice des proches ou des familiers n'est poursuivie que sur plainte.
et 3
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 158 - 1. Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
1    Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
2    Quiconque, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, abuse du pouvoir de représentation que lui confère la loi, un mandat officiel ou un acte juridique et porte ainsi atteinte aux intérêts pécuniaires du représenté est puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
3    La gestion déloyale au préjudice des proches ou des familiers n'est poursuivie que sur plainte.
CP du fait des prélèvements effectués sur les avoirs de D.________ SA pour les années 2003, 2004 et 2005, tels qu'exposés sous chiffre I.2 de la feuille d'envoi.

6.1 L'art. 158
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 158 - 1. Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
1    Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
2    Quiconque, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, abuse du pouvoir de représentation que lui confère la loi, un mandat officiel ou un acte juridique et porte ainsi atteinte aux intérêts pécuniaires du représenté est puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
3    La gestion déloyale au préjudice des proches ou des familiers n'est poursuivie que sur plainte.
CP punit celui qui, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, aura porté atteinte à ces intérêts ou aura permis qu'ils soient lésés (ch. 1 al. 1). La gestion déloyale est qualifiée d'aggravée lorsque l'auteur a agi dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime (ch. 1 al. 3).

6.2 A juste titre, le recourant, directeur et administrateur unique avec signature individuelle de D.________ SA au moment des prélèvements litigieux, ne conteste plus qu'il occupait une position de gérant au sein de cette société et avait par conséquent un devoir de gérer et de sauvegarder les intérêts de cette dernière.
Selon la jurisprudence, le gérant d'une filiale a également un devoir de veiller sur les intérêts de la société mère lorsqu'une telle obligation résulte de l'organisation et du but de la société fille (ATF 109 IV 111 consid. 2 p. 113, cité par l'arrêt attaqué, ch. 3.2 p. 20). L'application de cette jurisprudence au cas d'espèce présuppose notamment que D.________ SA ait été, au moment des prélèvements litigieux, la filiale de Y.________ SA, c'est-à-dire ait été soumise à la direction unique de cette société (cf. ATF 130 III 213 consid 2.2.1 p. 217). Les faits constatés par l'autorité précédente ne permettent toutefois pas de retenir que Y.________ SA ait, après "la rupture des relations entre les parties" (arrêt, p. 23), soit notamment durant la période pendant laquelle les différents prélèvements litigieux ont été opérés, exercé un contrôle sur la gestion de D.________ SA. Y.________ SA admet d'ailleurs que le recourant contrôlait de fait seul D.________ SA (recours de Y.________ SA, ch. 5 p. 5). Dans ces circonstances et en l'absence d'autre élément, un devoir du recourant de veiller aux intérêts de Y.________ SA au moment des prélèvements litigieux ne peut être retenu.

6.3 La condamnation du recourant pour gestion déloyale présuppose ensuite que ce dernier ait violé son devoir de gestion envers D.________ SA.
6.3.1 L'autorité précédente a estimé que cette condition était réalisée, le recourant ayant continué à prélever pour les années 2003, 2004 et 2005 des "frais personnels, administratifs et de représentation" qui n'étaient alors plus justifiés (arrêt, ch. 3.2.3, p. 23). On comprend qu'elle a déduit le caractère injustifié de ces prélèvements du fait que l'activité commerciale de D.________ SA avait "cessé à la fin de l'année 2002" (arrêt, ch. 3.2.3, p. 23).
6.3.2 Cette appréciation ne saurait être suivie. Tout d'abord, l'arrêt attaqué constate que D.________ SA a réalisé un chiffre d'affaires de 187'422 fr. en 2003 et que le 27 février 2003 encore Y.________ SA donnait son accord à un abandon de créances en faveur d'une société cliente de D.________ SA de 172'421.19 (arrêt, p. 22). Durant l'exercice 2003, D.________ SA avait ainsi encore quelques activités, d'encaissement notamment, qui impliquaient nécessairement des frais, de personnel en particulier. L'arrêt attaqué ne permet toutefois pas de savoir quels frais le chiffre d'affaires réalisé en 2003 impliquait, respectivement justifiait.
De plus, le seul fait qu'une société n'ait plus d'activité de vente, au motif que son unique fournisseur a cessé de l'approvisionner, n'implique pas nécessairement que tout paiement de frais ou de salaire soit automatiquement injustifié. Il convient au contraire s'agissant de "frais de personnel" d'examiner, d'une part, si les relations contractuelles à la base de ces frais devaient être maintenues, modifiées ou résiliées au vu notamment de l'activité prévisible future de la société et, d'autre part, si un changement de ces relations s'imposait, dans quel délai il pouvait être opéré, le délai en question dépendant notamment de la qualification juridique desdites relations. Le seul fait que D.________ SA n'ait plus eu d'activité de revente ne la libérait par exemple pas de ses obligations d'employeur relatives aux salaires et aux frais prévus contractuellement, tout au moins jusqu'à la date où une résiliation des rapports aurait été possible.
Les faits tels que constatés par l'arrêt attaqué ne permettent pas de répondre à ces questions et ainsi de déterminer, en droit, si les différents frais, notamment de personnel, dont le prélèvement est reproché au recourant étaient justifiés ou non. On ignore en particulier sur quelle base contractuelle D.________ SA était initialement astreinte à verser ces différents montants, par ailleurs non détaillés dans l'arrêt. De même, il n'est pas possible, faute de savoir sur quel fondement étaient dues les commissions perçues par le recourant, de déterminer si leur versement pour 2003 ou 2004 était justifié. Enfin, l'arrêt attaqué est muet quant au caractère injustifié des loyers prélevés, à hauteur d'un total de 64'675 francs. On ne sait ainsi rien de la relation contractuelle liant le recourant à D.________ SA et prévoyant ce loyer, en particulier la durée du bail prévue et le délai dans lequel ce bail aurait été résiliable.
Il résulte de ce qui précède que l'état de fait de l'arrêt attaqué ne permet pas de confirmer le caractère injustifié des différents prélèvements retenus à la charge du recourant, tels qu'exposés en page 3 de cet arrêt. Celui-ci doit dès lors être annulé en ce qui concerne la condamnation du recourant pour les faits reprochés sous chiffre I.2 de la feuille d'envoi et la cause renvoyée à l'autorité cantonale afin qu'elle détermine, pour chaque frais dont le prélèvement est reproché au recourant, si ce prélèvement, au vu de son fondement juridique, se justifiait.
6.3.3 Une fois, ces questions résolues, l'autorité cantonale devra à nouveau examiner si les conditions de dommage, de lien de causalité, d'intention et de dessein d'enrichissement illégitimes, nécessaires pour admettre la commission de l'infraction de gestion déloyale aggravée au sens de l'art. 158 ch. 1
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 158 - 1. Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
1    Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
2    Quiconque, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, abuse du pouvoir de représentation que lui confère la loi, un mandat officiel ou un acte juridique et porte ainsi atteinte aux intérêts pécuniaires du représenté est puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
3    La gestion déloyale au préjudice des proches ou des familiers n'est poursuivie que sur plainte.
et 3
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 158 - 1. Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
1    Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
2    Quiconque, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, abuse du pouvoir de représentation que lui confère la loi, un mandat officiel ou un acte juridique et porte ainsi atteinte aux intérêts pécuniaires du représenté est puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
3    La gestion déloyale au préjudice des proches ou des familiers n'est poursuivie que sur plainte.
CP, sont réunies.
Pour ce qui concerne les prélèvements "pour 2003" (cf. arrêt, let. bc p. 3), le recourant avait été libéré en première instance et condamné pour gestion déloyale qualifiée uniquement par l'arrêt du 4 juillet 2011. Le délai de prescription pour cette infraction ainsi que pour celle de gestion déloyale simple au sens de l'art. 158 ch. 1 al. 1
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 158 - 1. Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
1    Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
2    Quiconque, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, abuse du pouvoir de représentation que lui confère la loi, un mandat officiel ou un acte juridique et porte ainsi atteinte aux intérêts pécuniaires du représenté est puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
3    La gestion déloyale au préjudice des proches ou des familiers n'est poursuivie que sur plainte.
CP a donc cessé de courir ce jour-là (cf. art. 97 al. 3
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 97 - 1 L'action pénale se prescrit:
1    L'action pénale se prescrit:
a  par 30 ans si la peine maximale encourue est une peine privative de liberté à vie;
b  par quinze ans si la peine maximale encourue est une peine privative de liberté de plus de trois ans;
c  par dix ans si la peine maximale encourue est une peine privative de liberté de trois ans;
d  par sept ans si la peine maximale encourue est une autre peine.139
2    En cas d'actes d'ordre sexuel avec des enfants (art. 187) et en cas d'infractions au sens des art. 111, 113, 122, 124, 182, 189 à 191, 193, 193a, 195 et 197, al. 3, dirigées contre un enfant de moins de 16 ans, la prescription de l'action pénale court en tout cas jusqu'au jour où la victime a 25 ans.140
3    La prescription ne court plus si, avant son échéance, un jugement de première instance a été rendu.
4    La prescription de l'action pénale en cas d'actes d'ordre sexuel avec des enfants (art. 187) et des mineurs dépendants (art. 188), et en cas d'infractions au sens des art. 111 à 113, 122, 182, 189 à 191 et 195 dirigées contre un enfant de moins de 16 ans commis avant l'entrée en vigueur de la modification du 5 octobre 2001141 est fixée selon les al. 1 à 3 si elle n'est pas encore échue à cette date.142
CP; 70 al. 3 aCP). S'il devait toutefois s'avérer qu'aucun dessein d'enrichissement illégitime au sens de l'art. 158 ch. 1 al. 3
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 158 - 1. Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
1    Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
2    Quiconque, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, abuse du pouvoir de représentation que lui confère la loi, un mandat officiel ou un acte juridique et porte ainsi atteinte aux intérêts pécuniaires du représenté est puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
3    La gestion déloyale au préjudice des proches ou des familiers n'est poursuivie que sur plainte.
CP ne pouvait être retenu, le recourant ne pourrait être condamné que pour gestion déloyale simple au sens de l'art. 158 ch. 1 al. 1
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 158 - 1. Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
1    Quiconque, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, porte atteinte à ces intérêts ou permet qu'ils soient lésés est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
2    Quiconque, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, abuse du pouvoir de représentation que lui confère la loi, un mandat officiel ou un acte juridique et porte ainsi atteinte aux intérêts pécuniaires du représenté est puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
3    La gestion déloyale au préjudice des proches ou des familiers n'est poursuivie que sur plainte.
CP. Cette infraction se prescrivant par sept ans (art. 97 ch. 1 let. c
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 97 - 1 L'action pénale se prescrit:
1    L'action pénale se prescrit:
a  par 30 ans si la peine maximale encourue est une peine privative de liberté à vie;
b  par quinze ans si la peine maximale encourue est une peine privative de liberté de plus de trois ans;
c  par dix ans si la peine maximale encourue est une peine privative de liberté de trois ans;
d  par sept ans si la peine maximale encourue est une autre peine.139
2    En cas d'actes d'ordre sexuel avec des enfants (art. 187) et en cas d'infractions au sens des art. 111, 113, 122, 124, 182, 189 à 191, 193, 193a, 195 et 197, al. 3, dirigées contre un enfant de moins de 16 ans, la prescription de l'action pénale court en tout cas jusqu'au jour où la victime a 25 ans.140
3    La prescription ne court plus si, avant son échéance, un jugement de première instance a été rendu.
4    La prescription de l'action pénale en cas d'actes d'ordre sexuel avec des enfants (art. 187) et des mineurs dépendants (art. 188), et en cas d'infractions au sens des art. 111 à 113, 122, 182, 189 à 191 et 195 dirigées contre un enfant de moins de 16 ans commis avant l'entrée en vigueur de la modification du 5 octobre 2001141 est fixée selon les al. 1 à 3 si elle n'est pas encore échue à cette date.142
CP et 70 ch. 1 let. c aCP), elle devrait être considérée comme prescrite pour les prélèvements opérés "pour 2003" avant le 4 juillet 2004, à moins qu'une unité d'actions puisse être retenue, ce qu'il appartiendra cas échéant à l'autorité précédente d'établir. La question de la prescription ne se pose en revanche pas pour les prélèvements effectués "pour" 2004 et 2005, le recourant ayant fait l'objet d'une condamnation à cet égard en première instance déjà.
6.3.4 Le recourant se plaint de la créance compensatrice prononcée à son encontre en faveur de l'Etat de Genève, à hauteur de 521'304 francs.
Les conditions permettant d'ordonner une telle mesure ont été définies par la jurisprudence (arrêt 1B 185/2007 du 30 novembre 2007 consid. 10.1 et arrêts cités), à laquelle on peut se référer. La confiscation, respectivement la créance compensatrice, ne peut être prononcée qu'à l'encontre de la personne qui a obtenu les montants visés par les art. 71
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 71 - 1 Lorsque les valeurs patrimoniales à confisquer ne sont plus disponibles, le juge ordonne leur remplacement par une créance compensatrice de l'État d'un montant équivalent; elle ne peut être prononcée contre un tiers que dans la mesure où les conditions prévues à l'art. 70, al. 2, ne sont pas réalisées.
1    Lorsque les valeurs patrimoniales à confisquer ne sont plus disponibles, le juge ordonne leur remplacement par une créance compensatrice de l'État d'un montant équivalent; elle ne peut être prononcée contre un tiers que dans la mesure où les conditions prévues à l'art. 70, al. 2, ne sont pas réalisées.
2    Le juge peut renoncer totalement ou partiellement à la créance compensatrice s'il est à prévoir qu'elle ne serait pas recouvrable ou qu'elle entraverait sérieusement la réinsertion de la personne concernée.
3    ...117
et 73
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 73 - 1 Si un crime ou un délit a causé à une personne un dommage qui n'est couvert par aucune assurance et s'il y a lieu de craindre que l'auteur ne réparera pas le dommage ou le tort moral, le juge alloue au lésé, à sa demande, jusqu'à concurrence des dommages-intérêts ou de la réparation morale fixés par un jugement ou par une transaction:
1    Si un crime ou un délit a causé à une personne un dommage qui n'est couvert par aucune assurance et s'il y a lieu de craindre que l'auteur ne réparera pas le dommage ou le tort moral, le juge alloue au lésé, à sa demande, jusqu'à concurrence des dommages-intérêts ou de la réparation morale fixés par un jugement ou par une transaction:
a  le montant de la peine pécuniaire ou de l'amende payées par le condamné;
b  les objets et les valeurs patrimoniales confisqués ou le produit de leur réalisation, sous déduction des frais;
c  les créances compensatrices;
d  le montant du cautionnement préventif.
2    Le juge ne peut ordonner cette mesure que si le lésé cède à l'État une part correspondante de sa créance.
3    Les cantons instituent une procédure simple et rapide pour le cas où il n'est pas possible d'ordonner cette allocation dans le jugement pénal.
CP.
En l'espèce, l'autorité précédente a prononcé une créance compensatrice dont le montant correspond à la somme de tous les prélèvements reprochés au recourant, tels qu'ils ressortent du chiffre I.2 de la feuille d'envoi (arrêt, ch. 6.4 p. 28 in fine renvoyant au ch. 3.2.3 p. 23 in fine). Les faits retenus par cette autorité ne permettent toutefois pas de retenir que l'ensemble de ces prélèvements auraient profité au recourant. Tout d'abord, la feuille d'envoi, citée dans l'arrêt attaqué, indique "des frais de personnel comprenant notamment ses [celles du recourant, ndlr] propres rémunérations et commissions" à hauteur de 285'766 fr. pour 2003 et de 46'003 fr. pour 2004 (arrêt, let. bc p. 3). Ce "notamment" laisse à penser que le recourant ne serait pas le seul bénéficiaire de ces montants. L'autorité précédente ne tranche toutefois pas la question, se bornant à indiquer qu'il est "établi que des valeurs patrimoniales provenant de la commission d'une infraction ont été intégrées au patrimoine [du recourant, ndlr]" (arrêt, ch. 6.4 p. 28). Au surplus, cette autorité indique que le recourant touchait jusqu'à fin 2002 un "salaire" mensuel d'environ 10'000 fr. (arrêt, ch. 3.2.3 p. 22). Elle a également relevé, sans toutefois prendre
position sur la portée des déclarations, que le recourant avait indiqué n'avoir plus touché de salaire dès la fin de l'année 2003 et plus de commissions au-delà de février 2003 (arrêt, ch. 3.2.3 p. 23). De tels éléments ne permettaient pas de retenir que le recourant aurait profité, à titre de "rémunérations et commissions" de 285'766 fr. pour 2003 et de 46'003 fr. pour 2004.
Dans le cadre de la nouvelle décision à rendre, il appartiendra donc à l'autorité cantonale d'analyser, si elle devait confirmer la condamnation pénale du recourant, pour chaque prélèvement jugé constitutif de gestion déloyale, à qui il a profité et si, pour ce prélèvement, il est possible de prononcer à l'encontre du bénéficiaire, que ce soit le recourant ou un tiers, une confiscation, subsidiairement une créance compensatrice.

7.
La recourante Y.________ SA se plaint du rejet de ses conclusions en paiement et en allocation de la créance compensatrice prononcée.

7.1 L'autorité précédente a estimé que le dommage subi par la recourante ne correspondait pas forcément à celui subi par D.________ SA, les sommes litigieuses ayant été prélevées dans le patrimoine de cette société et non dans celui de la recourante. Celle-ci devait dès lors faire valoir son propre préjudice en le décrivant et en l'étayant au lieu de se borner à invoquer celui subi par D.________ SA. Faute d'y procéder conformément à l'art. 42 al. 1
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 42 - 1 La preuve du dommage incombe au demandeur.
1    La preuve du dommage incombe au demandeur.
2    Lorsque le montant exact du dommage ne peut être établi, le juge le détermine équitablement en considération du cours ordinaire des choses et des mesures prises par la partie lésée.
3    Les frais de traitement pour les animaux qui vivent en milieu domestique et ne sont pas gardés dans un but patrimonial ou de gain font l'objet d'un remboursement approprié, même s'ils sont supérieurs à la valeur de l'animal.25
CO, elle devait être déboutée de ses conclusions civiles (arrêt, ch. 5 p. 24-25).

7.2 La recourante estime que l'autorité précédente a violé l'art. 42
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 42 - 1 La preuve du dommage incombe au demandeur.
1    La preuve du dommage incombe au demandeur.
2    Lorsque le montant exact du dommage ne peut être établi, le juge le détermine équitablement en considération du cours ordinaire des choses et des mesures prises par la partie lésée.
3    Les frais de traitement pour les animaux qui vivent en milieu domestique et ne sont pas gardés dans un but patrimonial ou de gain font l'objet d'un remboursement approprié, même s'ils sont supérieurs à la valeur de l'animal.25
CO en retenant qu'elle n'avait pas établi son dommage.
7.2.1 Aux termes de l'art. 8
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 8 - Chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit.
CC, chaque partie doit, si la loi ne prescrit pas le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit. En vertu de l'art. 42 al. 1
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 42 - 1 La preuve du dommage incombe au demandeur.
1    La preuve du dommage incombe au demandeur.
2    Lorsque le montant exact du dommage ne peut être établi, le juge le détermine équitablement en considération du cours ordinaire des choses et des mesures prises par la partie lésée.
3    Les frais de traitement pour les animaux qui vivent en milieu domestique et ne sont pas gardés dans un but patrimonial ou de gain font l'objet d'un remboursement approprié, même s'ils sont supérieurs à la valeur de l'animal.25
CO, la preuve du dommage incombe au demandeur.
Consistant dans la diminution involontaire de la fortune nette, le dommage correspond à la différence entre le montant actuel du patrimoine du lésé et le montant que ce même patrimoine aurait si l'événement dommageable ne s'était pas produit. Il peut survenir sous la forme d'une diminution de l'actif, d'une augmentation du passif, d'une non-augmentation de l'actif ou d'une non-diminution du passif (ATF 133 III 462 consid. 4.4.2 p. 471; 132 III 359 consid. 4 p. 366; 321 consid. 2.2.1 p. 323/324).
7.2.2 A l'appui de son grief, la recourante soutient que la reconnaissance de sa qualité de partie civile comportait nécessairement celle qu'elle subissait directement le préjudice pénal identifié et chiffré au cours de l'instruction, soit le montant de 521'304 francs. La qualité de partie civile relève du droit de procédure cantonale (cf. supra consid. 4.1). Sa reconnaissance signifiait uniquement, à lire l'arrêt attaqué, ch. 2 p. 17, que la recourante avait été lésée par les actes du recourant. Elle n'impliquait en revanche rien quant à la matérialisation et la quotité du dommage subi, que la recourante se devait d'établir conformément à l'art. 42 al. 1
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 42 - 1 La preuve du dommage incombe au demandeur.
1    La preuve du dommage incombe au demandeur.
2    Lorsque le montant exact du dommage ne peut être établi, le juge le détermine équitablement en considération du cours ordinaire des choses et des mesures prises par la partie lésée.
3    Les frais de traitement pour les animaux qui vivent en milieu domestique et ne sont pas gardés dans un but patrimonial ou de gain font l'objet d'un remboursement approprié, même s'ils sont supérieurs à la valeur de l'animal.25
CO. La reconnaissance de la qualité de partie civile n'exonérait donc pas la recourante de son obligation d'apporter la preuve de son dommage.
7.2.3 L'arrêt attaqué ne contient aucun élément permettant de retenir que les montants litigieux, prélevés par le recourant dans les avoirs de D.________ SA, auraient dû revenir, qui plus est dans leur entier, à Y.________ SA. Le seul fait que celle-ci ait été titulaire de 75% du capital-actions de D.________ SA ou sa principale créancière ne suffit en particulier pas pour établir l'étendue des droits éventuels de Y.________ SA sur ces sommes. Dans ces circonstances, c'est à juste titre et sans violation de l'art. 42
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 42 - 1 La preuve du dommage incombe au demandeur.
1    La preuve du dommage incombe au demandeur.
2    Lorsque le montant exact du dommage ne peut être établi, le juge le détermine équitablement en considération du cours ordinaire des choses et des mesures prises par la partie lésée.
3    Les frais de traitement pour les animaux qui vivent en milieu domestique et ne sont pas gardés dans un but patrimonial ou de gain font l'objet d'un remboursement approprié, même s'ils sont supérieurs à la valeur de l'animal.25
CO, que l'autorité précédente a considéré que Y.________ SA n'avait pas apporté la preuve que les prélèvements opérés lui auraient causé une non-augmentation de son patrimoine d'un montant égal et partant qu'elle aurait subi un dommage de cette importance.

7.3 La recourante invoque ensuite une violation de son droit d'être entendue, l'autorité précédente n'ayant pas précisé en quoi le préjudice subi par elle ne serait pas équivalent à celui subi par D.________ SA.
7.3.1 Le droit d'être entendu impose au juge de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse en saisir la portée et, le cas échéant, l'attaquer en connaissance de cause. Pour répondre à cette exigence, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision. Il n'est pas tenu de discuter tous les arguments soulevés par les parties, mais peut se limiter à ceux qui lui apparaissent pertinents (ATF 137 II 266 consid. 3.2 p. 270; 136 I 229 consid. 5.2 p. 236). La motivation peut d'ailleurs être implicite et résulter des différents considérants de la décision (arrêt 6B 118/2009 du 20 décembre 2011 consid. 6.1 et arrêt cité).
7.3.2 A l'appui de son moyen, la recourante invoque que l'autorité précédente a retenu qu'elle était titulaire du patrimoine atteint par les actes de gestion déloyale commis dans le cadre de la gestion de D.________ SA (recours de Y.________ SA, ch. 34 p. 10). On cherche en vain dans l'arrêt attaqué pareille assertion. On comprend en outre de la motivation de l'autorité précédente (cf. supra consid. 7.1), que cette autorité a considéré, à raison, que les patrimoines des sociétés D.________ SA et Y.________ SA étaient distincts, si bien que la lésion de l'un n'impliquait pas nécessairement la lésion de l'autre, qui plus est dans les mêmes proportions. Cette motivation est suffisamment claire pour exclure la violation du droit d'être entendu invoquée par la recourante.
7.3.3 Celle-ci se plaint également que l'autorité précédente ne l'ait pas avertie qu'elle entendait faire porter son examen sur un préjudice différent que celui qui avait été retenu par l'autorité de première instance et ne lui ai pas donné l'occasion de s'exprimer à ce sujet.
La recourante ne démontre pas que son droit d'être entendue aurait imposé à l'autorité précédente de l'avertir qu'elle allait réexaminer le bien-fondé de ses prétentions, en particulier l'existence d'un dommage. Son grief est partant irrecevable. Au demeurant, le recourant avait fait appel du jugement de première instance, sa contestation portant notamment sur les prétentions civiles. La recourante avait également fait appel de ce jugement afin en particulier d'obtenir l'octroi d'un montant plus important que celui prononcé par le Tribunal de police (arrêt, p. 3 et 4). L'autorité précédente statuait avec une pleine cognition en fait et en droit. Il était donc évident qu'elle allait réexaminer, qui plus est librement, le bien-fondé des prétentions de Y.________ SA. Celle-ci n'avait partant pas à être rendue attentive sur ce point.
Il ressort de l'arrêt attaqué que la recourante a pu s'exprimer durant l'audience d'appel (arrêt, p. 4). En l'absence d'autres éléments, dont la recourante n'invoque d'ailleurs pas l'existence, une violation de son droit d'être entendue du fait qu'elle n'aurait pas eu l'occasion de s'exprimer sur la question du préjudice ne peut dans ces circonstances être admise.

7.4 La recourante estime qu'il appartenait à l'autorité précédente d'examiner avec moins de formalisme et de rigueur la question de la preuve du dommage et invoque qu'en ne le faisant pas cette autorité a fait preuve d'un formalisme excessif.
7.4.1 Le formalisme excessif, que la jurisprudence assimile à un déni de justice contraire à l'art. 29 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst., est réalisé lorsque des règles de procédure sont appliquées avec une rigueur que ne justifie aucun intérêt digne de protection, au point que la procédure devient une fin en soi et empêche ou complique de manière insoutenable l'application du droit. L'excès de formalisme peut résider dans la règle de comportement qui est imposée au plaideur ou dans la sanction qui est attachée à cette règle (ATF 132 I 249 consid. 5 p. 253 et arrêts cités).
7.4.2 La recourante confond ici le niveau de preuve requis pour admettre l'existence et la quotité d'un dommage et les conséquences découlant du fait que ce niveau de preuve n'a pas été atteint. S'agissant du premier, on ne saurait considérer qu'exiger comme le prévoit l'art. 42 al. 1
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 42 - 1 La preuve du dommage incombe au demandeur.
1    La preuve du dommage incombe au demandeur.
2    Lorsque le montant exact du dommage ne peut être établi, le juge le détermine équitablement en considération du cours ordinaire des choses et des mesures prises par la partie lésée.
3    Les frais de traitement pour les animaux qui vivent en milieu domestique et ne sont pas gardés dans un but patrimonial ou de gain font l'objet d'un remboursement approprié, même s'ils sont supérieurs à la valeur de l'animal.25
CO que le demandeur prouve son dommage, constitue, même dans une procédure pénale, un formalisme excessif. La référence à l'art. 126 al. 2 let. b
SR 312.0 Code de procédure pénale suisse du 5 octobre 2007 (Code de procédure pénale, CPP) - Code de procédure pénale
CPP Art. 126 Décision - 1 Le tribunal statue également sur les conclusions civiles présentées:
1    Le tribunal statue également sur les conclusions civiles présentées:
a  lorsqu'il rend un verdict de culpabilité à l'encontre du prévenu;
b  lorsqu'il acquitte le prévenu et que l'état de fait est suffisamment établi.
2    Il renvoie la partie plaignante à agir par la voie civile:
a  lorsque la procédure pénale est classée;
abis  lorsqu'une décision sur les conclusions civiles ne peut être prise par voie d'ordonnance pénale;
b  lorsque la partie plaignante n'a pas chiffré ses conclusions de manière suffisamment précise ou ne les a pas suffisamment motivées;
c  lorsque la partie plaignante ne fournit pas les sûretés en couverture des prétentions du prévenu;
d  lorsque le prévenu est acquitté alors que l'état de fait n'a pas été suffisamment établi.
3    Dans le cas où le jugement complet des conclusions civiles exigerait un travail disproportionné, le tribunal peut traiter celles-ci seulement dans leur principe et, pour le surplus, renvoyer la partie plaignante à agir par la voie civile. Les prétentions de faible valeur sont, dans la mesure du possible, jugées par le tribunal lui-même.
4    Dans les causes impliquant des victimes, le tribunal peut juger en premier lieu la question de la culpabilité et l'aspect pénal; la direction de la procédure statuant en qualité de juge unique statue ensuite sur les conclusions civiles indépendamment de leur valeur litigieuse, après de nouveaux débats entre les parties.
CPP est à cet égard sans pertinence. Outre que cette disposition n'est pas ici applicable (cf. supra consid. 4.1), elle ne traite en effet que des suites à donner aux conclusions civiles lorsque la partie plaignante ne les a pas chiffrées de manière suffisamment précise ou ne les a pas suffisamment motivées. Elle ne saurait en revanche être interprétée comme une volonté du législateur d'alléger le fardeau de la preuve incombant à une partie au seul motif qu'elle procède devant une autorité pénale.
La recourante a choisi d'intenter l'action civile devant les autorités pénales. Elle a formulé des conclusions en paiement devant ces autorités. Elle a donc pris le risque que celles-ci statuent sur ses prétentions et notamment les rejettent. Une décision en ce sens ne saurait dès lors être taxée de formalisme excessif.

7.5 La recourante estime que divers motifs du jugement seraient en contradiction irréductible, ce qui constituerait une violation de son droit d'être entendue.
La recourante n'explicite pas en quoi ce droit serait ici violé, ce conformément aux exigences de motivation posées par l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF. Son grief est irrecevable.

7.6 Il résulte de ce qui précède que la décision de l'autorité précédente de rejeter la conclusion en paiement formulée par la recourante ne prête pas flanc à la critique. Dans ces conditions et faute de dommages-intérêts fixés par un jugement (art. 73 al. 1
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 73 - 1 Si un crime ou un délit a causé à une personne un dommage qui n'est couvert par aucune assurance et s'il y a lieu de craindre que l'auteur ne réparera pas le dommage ou le tort moral, le juge alloue au lésé, à sa demande, jusqu'à concurrence des dommages-intérêts ou de la réparation morale fixés par un jugement ou par une transaction:
1    Si un crime ou un délit a causé à une personne un dommage qui n'est couvert par aucune assurance et s'il y a lieu de craindre que l'auteur ne réparera pas le dommage ou le tort moral, le juge alloue au lésé, à sa demande, jusqu'à concurrence des dommages-intérêts ou de la réparation morale fixés par un jugement ou par une transaction:
a  le montant de la peine pécuniaire ou de l'amende payées par le condamné;
b  les objets et les valeurs patrimoniales confisqués ou le produit de leur réalisation, sous déduction des frais;
c  les créances compensatrices;
d  le montant du cautionnement préventif.
2    Le juge ne peut ordonner cette mesure que si le lésé cède à l'État une part correspondante de sa créance.
3    Les cantons instituent une procédure simple et rapide pour le cas où il n'est pas possible d'ordonner cette allocation dans le jugement pénal.
CP), la recourante ne saurait non plus se voir attribuer la créance compensatrice prononcée en vertu de l'art. 73 ch. 1 let. c
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 73 - 1 Si un crime ou un délit a causé à une personne un dommage qui n'est couvert par aucune assurance et s'il y a lieu de craindre que l'auteur ne réparera pas le dommage ou le tort moral, le juge alloue au lésé, à sa demande, jusqu'à concurrence des dommages-intérêts ou de la réparation morale fixés par un jugement ou par une transaction:
1    Si un crime ou un délit a causé à une personne un dommage qui n'est couvert par aucune assurance et s'il y a lieu de craindre que l'auteur ne réparera pas le dommage ou le tort moral, le juge alloue au lésé, à sa demande, jusqu'à concurrence des dommages-intérêts ou de la réparation morale fixés par un jugement ou par une transaction:
a  le montant de la peine pécuniaire ou de l'amende payées par le condamné;
b  les objets et les valeurs patrimoniales confisqués ou le produit de leur réalisation, sous déduction des frais;
c  les créances compensatrices;
d  le montant du cautionnement préventif.
2    Le juge ne peut ordonner cette mesure que si le lésé cède à l'État une part correspondante de sa créance.
3    Les cantons instituent une procédure simple et rapide pour le cas où il n'est pas possible d'ordonner cette allocation dans le jugement pénal.
CP.

8.
Le recours de X.________ doit par conséquent être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Les avoirs actuellement saisis le resteront jusqu'à ce que l'arrêt à intervenir soit définitif et exécutoire. Les frais judiciaires sont mis pour moitié à la charge de l'intimée Y.________ SA, le canton de Genève n'ayant pas à en supporter (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
et 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Le recourant peut prétendre à une indemnité de dépens, à la charge du canton de Genève et de l'intimée Y.________ SA pour moitié chacun (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
et 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).
Le recours de Y.________ SA doit en revanche être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. La recourante supportera les frais de justice (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimé X.________, qui n'a pas été invité à se déterminer sur ce recours, ni au Ministère public (art. 68 al. 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF). Le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau sur la culpabilité de X.________ ne saurait profiter à la recourante afin qu'elle complète la motivation à l'appui de ses prétentions civiles. Celles-ci doivent dès lors être considérées comme définitivement rejetées.
La cause étant tranchée, la requête d'effet suspensif formulée par la recourante devient sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Les recours 6B 586/2011 et 6B 587/2011 sont joints.

2.
Le recours 6B 586/2011 est admis et l'arrêt du 4 juillet 2011 est annulé. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle instruction et nouvelle décision au sens des considérants.

3.
Le recours 6B 587/2011 est rejeté dans la mesure où il est recevable.

4.
Les frais judiciaires pour le recours 6B 586/2011 sont mis pour moitié, soit 2'000 francs, à la charge de Y.________ SA.

5.
Les frais judiciaires pour le recours 6B 587/2011, arrêtés à 4'000 francs, sont mis à la charge de Y.________ SA.

6.
Les dépens de X.________, arrêtés à 3'000 fr., sont mis pour moitié à la charge du canton de Genève et pour moitié à la charge de Y.________ SA.

7.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève.

Lausanne, le 7 février 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Mathys

La Greffière: Cherpillod