Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Abteilung I
A-1576/2006 und A-1577/2006
{T 0/2}

Urteil vom 6. November 2008

Besetzung
Richter Markus Metz (Vorsitz), Richter Pascal Mollard, Richterin Claudia Pasqualetto Péquignot,
Gerichtsschreiberin Sonja Bossart.

Parteien
X._______ AG, ...,
vertreten ...,
Beschwerdeführerin,

gegen

Eidgenössische Steuerverwaltung,
Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz.

Gegenstand
Mehrwertsteuer (1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 sowie 1. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2002).
Leistungen einer Tochter- an die Muttergesellschaft im Zusammenhang mit der Führung des Konzerns; Ermittlung des Drittpreises (3 Promill-Pauschale); Leistungsaustausch.

Sachverhalt:

A.
Die X. AG ist seit dem 1. Januar 1995 als Steuerpflichtige im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen. (...) Die Y. Holding AG hält neben weiteren Beteiligungen sämtliche Aktien der X. AG. Ihr Hauptzweck lautet: Erwerb, Verwaltung und Veräusserung von Beteiligungen sowie Anlage der Erträge.

B.
Im Anschluss an eine Kontrolle machte die ESTV gegenüber der X. AG mit Ergänzungsabrechnungen (EA) vom 31. März 2003 für die Steuerperioden 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 eine Steuerforderung von Fr. ... (EA Nr. 237'491) und für die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2002 eine solche von Fr. ... (EA Nr. 237'492) (je inkl. Verzugszins) geltend. Die Forderungen beruhten auf verschiedenen Gründen, unter anderem auf nicht fakturierten und nicht aufgezeichneten Buchführungsarbeiten der X. AG an die ihr nahestehende Y. Holding AG. Mit Schreiben vom 19. Mai 2003 forderte die ESTV die X. AG zum Zweck der Überprüfung ihrer Nachbelastungen zur Einreichung der Abschlüsse auf. Nach Eingang des Verlangten korrigierte die ESTV am 25. Juni 2003 die vorgenannten EA betreffend den Posten "Leistungen an nahestehende Personen" und forderte zusätzliche Steuern im Umfang von Fr. ... für die Steuerperioden 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 (EA Nr. 237'508) und Fr. ... für die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2002 (EA Nr. 237'509) (je inkl. Verzugszins). Mit diesen Nachträgen wurde wegen fehlenden Aufzeichnungen der Wert der Leistungen der X. AG für die "Verwaltung des Holdingvermögens" anhand einer Pauschalmethode (2 Promill des durchschnittlichen Holdingvermögens abzüglich Drittleistungen) ermittelt. Die Steuerforderungen aus diesen EA wurden am 1. September 2003 unter Vorbehalt bezahlt.

C.
Mit Entscheiden vom 17. November 2003 bestätigte die ESTV die Steuerforderungen aus allen vier vorgenannten EA.
In der Einsprache vom 2. Januar 2004 wurde im Wesentlichen geltend gemacht, die X. AG habe einzig den Buchhaltungsabschluss der Holding erstellt, was bereits durch die ersten beiden EA Nr. 237'491/2 vom 31. März 2003 erfasst worden sei. Gegenstand der Einsprache seien einzig die Aufrechnungen aus den späteren EA Nr. 237'508/9 vom 25. Juni 2003. Ferner wurde der ESTV vorgehalten, dass anlässlich der Akteneinsicht nicht sämtliche Akten vorgelegt worden seien, weswegen Einsicht in die vollständigen Akten und allfällige Gelegenheit zur Ergänzung der Einsprache verlangt werde.

D.
Mit zwei Einspracheentscheiden vom 8. März 2006 erkannte die ESTV neben der Feststellung der Rechtskraft der Entscheide im Umfang von Fr. ... bzw. von Fr. ... (betreffend EA Nr. 237'491/2) auf teilweise Gutheissung der Einsprachen und stellte fest, die Einsprecherin schulde der ESTV folgende Beträge und habe diese zu Recht bezahlt: für die Steuerperioden 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 Fr. ... Mehrwertsteuer und Fr. ... Verzugszins und für das 1. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2002 Fr. ... Mehrwertsteuer plus Fr. ... Verzugszins. Zudem wies die ESTV den Antrag auf Vereinigung der beiden Verfahren ab.
Die ESTV begründete die Aufrechnungen im Wesentlichen damit, jede Holding habe unabhängig von den ihr konkret zugeteilten Aufgaben einen gewissen Minimalaufwand, wie etwa den Unterhalt eines Büros mit allem was dazu gehöre. Finanzielle Transaktionen seien zu entscheiden, zu veranlassen und zu kontrollieren. Das Rechnungswesen sei zu erledigen, die Generalversammlung zu organisieren und die Veröffentlichungspflichten einschliesslich der Konsolidierung seien zu erfüllen. Weiter seien die "Kosten aus Anteilseignertätigkeit" im Normalfall von der Holding zu tragen und dürften nicht an die Tochtergesellschaften verrechnet werden, was e contrario zum Schluss führe, dass bei einer Holding ohne Personal jemand die diese Kosten verursachenden Leistungen zwingend für die Holding zu erbringen habe (hierzu Verweis auf OECD-Verrechnungspreisgrundsätze). Die Einsprecherin mache geltend, der grösste Teil der Arbeit werde vom Verwaltungsrats-Präsidenten selbst geleistet. Über die Art dieser Arbeiten und deren Zeitbeanspruchung bestünden keine Unterlagen, womit auch nicht überprüft werden könne, ob effektiv alle zwingend von der Holding zu tragenden Aufgaben darunter fielen. Mangels rechtsgenüglicher Aufzeichnungen habe die ESTV zu Recht eine Schätzung vorgenommen und die 3 Promill-Formel gemäss Ziff. 7.6.3 Bst. a der Spezialbroschüre Nr. 06 "Kürzung des Vorsteuerabzugs bei gemischter Verwendung" vom September 2000 angewendet, wobei der Satz auf 2 Promill gesenkt worden sei, womit berücksichtigt worden sei, dass sie als Familiengesellschaft einen geringeren Kostenaufwand habe. Die Einsprecherin bringe keine detaillierten Unterlagen bei und erbringe den Nachweis der Unrichtigkeit der Schätzung damit nicht. Dennoch erscheine es glaubwürdig, dass der Verwaltungsrat einen Teil der Aufgaben selber wahrgenommen habe, dies namentlich auf Grund der Struktur, der stabilen Beteiligungsverhältnisse und des Aktionärskreises der Holding. Daher senke die ESTV in teilweiser Gutheissung der Einsprache den angewendeten Prozentsatz auf 1,5 Promill.

E.
Mit Eingabe vom 10. April 2006 lässt die X. AG (Beschwerdeführerin) Beschwerde an die Eidgenössische Steuerrekurskommission (SRK) führen mit dem Antrag, die Einspracheentscheide seien unter Kosten- und Entschädigungsfolge aufzuheben, eventualiter sei die Sache zum neuen Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Weiter sei die ESTV anzuweisen, die von der Beschwerdeführerin vorsorglich geleisteten Zahlungen zuzüglich Vergütungszinses zurückzuerstatten. Zudem seien die beiden Verfahren zu vereinigen bzw. eventualiter sei das eine Verfahren zu sistieren. In formeller Hinsicht wird die Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör gerügt, da die ESTV nicht auf die Rüge mangelnder Akteneinsicht eingegangen sei.
Zum Sachverhalt wird insbesondere erläutert, die Y. Holding AG stünde im Eigentum des Ehepaars B. und habe ihr Domizil an deren Privatadresse, wo sich auch die für die Verwaltung der Gesellschaft erforderliche Infrastruktur befinde. Das Ehepaar bilde den Verwaltungsrat der Holding, Herr B. sei Verwaltungsratspräsident. Er sei auch im Verwaltungsrat aller Tochtergesellschaften vertreten. Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen die Aufrechnung anhand der späteren EA Nr. 237'508/9, indem sie geltend macht, einzige Aktivität, welche die Beschwerdeführerin zugunsten der Holding erbringe, sei das Erstellen des Buchhaltungsabschlusses, was in den ersten beiden (und nicht mehr strittigen) EA Nr. 237'491/2 vom 31. März 2003 erfasst worden sei. Die Führung der Buchhaltung im Verlaufe des Jahres (Ablage, Kontierung der Belege, Ausführung der Zahlungen usw.) erfolge durch den Verwaltungsratspräsidenten persönlich. Für die einzelnen von der ESTV (in Ziff. 7.6.2 der Spezialbroschüre Nr. 06) aufgezählten Leistungen (strategische Führung, Aktionariat, Betreuung und Unterstützung der Tochtergesellschaften, Verwalten der Beteiligungen) habe die Holding, deren einziger Zweck im Halten der Beteiligungen liege, gar keinen Bedarf. Die Verwaltung der Beteiligungen erfolge durch Herrn B.. Die Holding verfolge aufgrund der divergierenden Ausrichtungen der einzelnen Tochtergesellschaften keine eigentliche Konzernstrategie. Soweit eine Strategie verfolgt würde, nähme der Verwaltungsratspräsident der Holding, welcher auch im Verwaltungsrat jeder Tochtergesellschaft die massgebliche Person sei, diese Aufgabe wahr. Betreffend das "Aktionariat", das einzig aus dem Ehepaar B. bestehe, sei offensichtlich, dass die Beschwerdeführerin keine Leistungen zu erbringen habe. Auch die Durchführung der Generalversammlung könne relativ formlos erfolgen. Ferner habe die Holding neben den Beteiligungen keine nennenswerten Aktiven (wie Wertschriften oder Immobilien), die einer aufwändigen Verwaltung bedürften. Mit den beiden späteren EA Nr. 237'508/9 seien also fiktive, von der Beschwerdeführerin nie erbrachte Leistungen aufgerechnet worden. Die ESTV vermute bloss, dass die Beschwerdeführerin der Holding steuerbare Leistungen erbracht habe, erbringe aber dafür weder einen Beweis noch ein Indiz. Trotzdem versuche sie, durch eine Schätzung die Beweislast umzukehren, was nicht statthaft sei. Über die Tatsache, dass der Verwaltungsrat Herr B. sämtliche Geschäfte führe, existierten keine Aufzeichnen, weswegen einzig eine Einvernahme von Herrn B. als Beweismittel in Frage käme. Eine Ablehnung des Zeugenbeweises würde gegebenenfalls eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör darstellen. Sodann wendet sich die Beschwerdeführerin - falls
entgegen ihrer Ansicht die von der ESTV unterstellten Leistungen bejaht würden - gegen die angewendete Bemessungsmethode.

F.
In ihren beiden Vernehmlassungen vom 22. Mai 2006 schliesst die ESTV auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit auf diese eingetreten werde. Neben einer Stellungnahme zu den materiellen Vorbringen in der Beschwerde, erläutert die ESTV betreffend Akteneinsicht, die Beschwerdeführerin habe ein umfassendes Akteneinsichtsrecht erhalten, wie sich aus dem Verzeichnis der Akten (act. 14) ergebe. Folglich bestehe auch keine Gehörsverletzung.

G.
Auf die weiteren Ausführungen in den Eingaben der Parteien wird - soweit entscheidrelevant - in den nachstehenden Erwägungen eingegangen.

Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:

1.
1.1 Auf dem Gebiet der Mehrwertsteuer konnten Einspracheentscheide der ESTV nach Art. 65
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 65 - 1 L'AFC est compétente en matière de détermination et de perception de l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse et de l'impôt sur les acquisitions.
1    L'AFC est compétente en matière de détermination et de perception de l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse et de l'impôt sur les acquisitions.
2    Elle arrête les décisions nécessaires à une détermination et à une perception de l'impôt conformes à la loi dans la mesure où ces décisions ne sont pas réservées expressément à une autre autorité.
3    Elle publie sans délai les nouvelles pratiques, excepté celles qui ont un caractère exclusivement interne.
4    Les actes de l'administration doivent être exécutés sans retard.
5    La charge administrative que la perception de l'impôt entraîne pour l'assujetti ne doit pas aller au-delà de ce qui est nécessaire à l'application de la présente loi.
des Mehrwertsteuergesetzes vom 2. September 1999 (MWSTG, SR 641.20) bzw. Art. 53
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 53 Préparation et service chez le client - (art. 25, al. 3, LTVA)
1    Valent par exemple préparation le fait de cuire, chauffer, mixer, éplucher et de mélanger des denrées alimentaires64. Le simple fait de maintenir la température de denrées alimentaires prêtes à la consommation ne vaut pas préparation.
2    Valent par exemple service le fait de présenter des mets sur assiettes, de préparer des buffets chauds ou froids, de servir des boissons, de dresser le couvert et desservir, de servir les hôtes, la conduite ou la surveillance du personnel de service ainsi que le fait de s'occuper d'un buffet self-service et de veiller à son approvisionnement.
der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV, AS 1994 1464) mit Beschwerde bei der SRK angefochten werden. Die SRK ist per 31. Dezember 2006 aufgelöst worden und das Bundesverwaltungsgericht hat am 1. Januar 2007 unter Übernahme der bei der SRK hängigen Fälle seine Tätigkeit aufgenommen. Gemäss Art. 31
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 31 Principe - Le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)20.
des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG, SR 173.32) beurteilt dieses Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 5 - 1 Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
1    Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a  de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b  de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c  de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
2    Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
3    Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021), sofern keine Ausnahme nach Art. 32
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre:
1    Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b  les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c  les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d  ...
e  les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:
e1  l'autorisation générale des installations nucléaires;
e2  l'approbation du programme de gestion des déchets;
e3  la fermeture de dépôts en profondeur;
e4  la preuve de l'évacuation des déchets.
f  les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g  les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h  les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i  les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j  les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
2    Le recours est également irrecevable contre:
a  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
VGG gegeben ist. Im Bereich der Mehrwertsteuer liegt eine solche Ausnahme nicht vor. Das Bundesverwaltungsgericht ist für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde zuständig. Es wendet das neue Verfahrensrecht an (Art. 53 Abs. 2
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 53 Dispositions transitoires - 1 La procédure de recours contre les décisions qui ont été rendues avant l'entrée en vigueur de la présente loi et qui, selon l'ancien droit, pouvaient faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral ou le Conseil fédéral est régie par l'ancien droit.
1    La procédure de recours contre les décisions qui ont été rendues avant l'entrée en vigueur de la présente loi et qui, selon l'ancien droit, pouvaient faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral ou le Conseil fédéral est régie par l'ancien droit.
2    Les recours qui sont pendants devant les commissions fédérales de recours ou d'arbitrage ou devant les services de recours des départements à l'entrée en vigueur de la présente loi sont traités par le Tribunal administratif fédéral dans la mesure où celui-ci est compétent. Ils sont jugés sur la base du nouveau droit de procédure.
VGG). Auf die Beschwerde ist einzutreten.

1.2 Am 1. Januar 2001 sind das MWSTG sowie die zugehörige Verordnung in Kraft getreten. Der zu beurteilende Sachverhalt bezieht sich auf die Jahre 1998 bis 2002, so dass auf die vorliegende Beschwerde betreffend den Sachverhalt bis Ende 2000 noch damaliges Recht und für die restliche Zeit neues Recht anwendbar ist (Art. 93
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 93 Sûretés - 1 L'AFC peut demander dans les cas suivants des sûretés pour l'impôt, les intérêts ou les frais, même lorsqu'ils ne sont pas fixés et entrés en force ni exigibles:
1    L'AFC peut demander dans les cas suivants des sûretés pour l'impôt, les intérêts ou les frais, même lorsqu'ils ne sont pas fixés et entrés en force ni exigibles:
a  le recouvrement dans les délais paraît menacé;
b  le débiteur prend des dispositions pour abandonner son domicile, son siège ou son établissement stable sur le territoire de la Confédération, ou pour se faire radier du registre du commerce suisse;
c  le débiteur est en demeure;
d  l'assujetti reprend tout ou partie d'une entreprise tombée en faillite;
e  l'assujetti remet des décomptes mentionnant des montants manifestement inférieurs à la réalité.
2    Si l'assujetti renonce à être libéré de l'assujettissement (art. 11) ou s'il opte pour l'imposition de prestations exclues du champ de l'impôt (art. 22), l'AFC peut exiger qu'il fournisse des sûretés conformément à l'al. 7.
3    La demande de sûretés doit indiquer le motif juridique de la garantie, le montant demandé et l'institution auprès de laquelle la garantie doit être déposée; elle est considérée comme une ordonnance de séquestre au sens de l'art. 274 LP159. Aucune réclamation ne peut être déposée contre la demande de sûreté.
4    La demande de sûreté peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral.
5    Le recours contre les demandes de sûretés n'a pas d'effet suspensif.
6    La notification de la décision relative à la créance fiscale vaut ouverture d'action au sens de l'art. 279 LP. Le délai d'introduction de la poursuite court à compter de l'entrée en force de la décision relative à la créance fiscale.
7    Les sûretés doivent être fournies sous forme de dépôts en espèces, de cautionnements solidaires solvables, de garanties bancaires, de cédules hypothécaires ou d'hypothèques, de polices d'assurance sur la vie ayant une valeur de rachat, d'obligations cotées, libellées en francs, de débiteurs suisses, ou d'obligations de caisse émises par des banques suisses.
und 94
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 94 Autres mesures relatives aux sûretés - 1 Un excédent résultant du décompte de l'impôt en faveur de l'assujetti peut être utilisé dans les buts suivants:
1    Un excédent résultant du décompte de l'impôt en faveur de l'assujetti peut être utilisé dans les buts suivants:
a  pour compenser des dettes fiscales résultant des périodes fiscales antérieures;
b  pour compenser des dettes fiscales ultérieures, si l'assujetti est en retard dans le paiement de l'impôt ou si la créance fiscale paraît menacée pour d'autres motifs; le montant mis en compte est crédité d'un intérêt au taux de l'intérêt rémunératoire pour la période allant du 61e jour après la réception du décompte d'impôt par l'AFC jusqu'au moment de la compensation;
c  pour compenser une sûreté exigée par l'AFC.
2    Si l'assujetti n'a pas de domicile ni de siège sur le territoire de la Confédération, l'AFC peut en outre demander le dépôt de sûretés selon l'art. 93, al. 7, pour garantir de futures dettes fiscales.
3    En cas de retard répété dans le paiement de l'impôt, l'AFC peut obliger l'assujetti à verser des acomptes tous les mois ou deux fois par mois.
MWSTG).

1.3 Grundsätzlich bildet jeder vorinstanzliche Entscheid ein selbständiges Anfechtungsobjekt und ist deshalb einzeln anzufechten. Es ist gerechtfertigt, von diesem Grundsatz abzuweichen und die Anfechtung in einem gemeinsamen Verfahren zuzulassen, wenn die einzelnen Sachverhalte in einem engen inhaltlichen Zusammenhang stehen und sich in allen Fällen gleiche oder ähnliche Rechtsfragen stellen (vgl. BGE 123 V 215 E. 1; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts [BVGer] A-1435/2006 und A-1584/2006 vom 8. Februar 2007 E. 1.2; André Moser, in Moser/Uebersax, Prozessieren vor eidgenössischen Rekurskommissionen, Basel und Frankfurt am Main 1998, Rz. 3.12). Diese Voraussetzungen sind vorliegend erfüllt, ist in beiden Fällen doch dasselbe Steuersubjekt betroffen und stellen sich dieselben Rechtsfragen. Entsprechend wurden die beiden Einspracheentscheide mit einer einzigen Beschwerde angefochten. Die Verfahren A-1576/2006 und A-1577/2006 können antragsgemäss vereinigt werden. Der eventualiter gestellte Sistierungsantrag ist damit hinfällig.

2.
Die Veranlagung und Entrichtung der Mehrwertsteuer erfolgt nach dem Selbstveranlagungsprinzip (Art. 37 f
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 37
. MWSTV; Art. 46 f
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 46 Calcul de l'impôt et taux de l'impôt - Les art. 24 et 25 s'appliquent au calcul et aux taux de l'impôt.
. MWSTG; vgl. Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des Steuerrechts, 6. Auflage, Zürich 2002, S. 421 f.). Dies bedeutet, dass der Steuerpflichtige selbst und unaufgefordert über seine Umsätze und Vorsteuern abzurechnen und innerhalb von 60 Tagen nach Ablauf der Abrechnungsperiode den geschuldeten Mehrwertsteuerbetrag an die ESTV abzuliefern hat. Der Mehrwertsteuerpflichtige hat seine Mehrwertsteuerforderung selbst festzustellen; er ist allein für die vollständige und richtige Versteuerung seiner steuerbaren Umsätze und für die korrekte Ermittlung der Vorsteuer verantwortlich. Die Verwaltung ermittelt die Höhe des geschuldeten Mehrwertsteuerbetrags nur dann an Stelle des Mehrwertsteuerpflichtigen, wenn dieser seinen Pflichten nicht nachkommt (Art. 48
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 48 Taxes cantonales destinées à des fonds pour l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets - (art. 24, al. 6, let. d, LTVA)
1    L'AFC fixe pour chaque fonds les pourcentages de la déduction applicable à chaque établissement affilié qui assure l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets.
2    Elle tient en l'occurrence compte du fait que:
a  le fonds ne reverse pas toutes les taxes encaissées, et que
b  les acquéreurs assujettis ont déduit entièrement, au titre de l'impôt préalable, l'impôt qui leur a été facturé sur les prestations d'approvisionnement en eau, de traitement des eaux usées ou de gestion des déchets.
MWSTV bzw. Art. 60
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 60 Remboursement pour cause de réexportation - 1 Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
1    Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
a  les biens non modifiés sont réexportés sans avoir été préalablement remis à un tiers dans le cadre d'une livraison sur le territoire suisse et sans avoir été utilisés auparavant;
b  les biens ont été utilisés sur le territoire suisse mais sont réexportés en raison de l'annulation de la livraison; dans ce cas, le remboursement ne comprend ni l'impôt calculé sur la contre-prestation due pour l'utilisation des biens ou sur la perte de valeur subie du fait de leur utilisation, ni l'impôt sur le montant non remboursé des droits de douane à l'importation et des redevances dues en vertu de lois fédérales autres que douanières.
2    L'impôt est remboursé uniquement aux conditions suivantes:
a  la réexportation a lieu dans les cinq ans à compter de la fin de l'année civile pendant laquelle l'impôt a été perçu;
b  il est prouvé que le bien réexporté est celui qui avait été importé.
3    Dans certains cas, le remboursement peut dépendre d'une déclaration faite en bonne et due forme dans le pays étranger où le bien a été importé.
4    Les demandes de remboursement doivent être présentées lorsque les biens sont déclarés pour le régime de l'exportation. Les demandes de remboursement ultérieures peuvent être prises en considération si elles sont remises par écrit à l'OFDF dans les 60 jours qui suivent l'établissement du document d'exportation avec lequel les biens ont été taxés selon le régime de l'exportation (art. 61 LD108).
MWSTG, Ermessenseinschätzung; statt vieler: Urteile des BVGer A-1348/2006 vom 30. Mai 2007 E. 2; A-838/2007 vom 9. November 2007 E. 2.4.1, je mit Hinweisen).

3.
3.1 Gemäss Art. 26 Abs. 2
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 26 Prestations fournies à des personnes étroitement liées - (art. 18, al. 1, LTVA)
Satz 3 MWSTV sowie Art. 33 Abs. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 33 Réduction de la déduction de l'impôt préalable - 1 Sous réserve de l'al. 2, les montants qui, en vertu de l'art. 18, al. 2, ne sont pas considérés comme faisant partie de la contre-prestation, ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable.
1    Sous réserve de l'al. 2, les montants qui, en vertu de l'art. 18, al. 2, ne sont pas considérés comme faisant partie de la contre-prestation, ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable.
2    L'assujetti doit réduire le montant de la déduction de l'impôt préalable en proportion des fonds relevant de l'art. 18, al. 2, let. a à c, qu'il reçoit.
Satz 3 MWSTG gilt im Fall einer Lieferung oder Dienstleistung an eine nahestehende Person als Entgelt der Wert, der unter unabhängigen Dritten vereinbart würde. Dieser sogenannte Dritt(vergleichs)preis oder auch Fremdpreis entspricht in aller Regel dem Marktwert (ausführlich: Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 3.1, 3.3, 4.4.1 mit zahlreichen Hinweisen). Der Drittpreis bzw. Fremdpreis (als Marktwert) ist in den meisten Fällen ein Schätz- bzw. Vergleichswert, der nicht exakt, sondern nur annäherungsweise bestimmt werden kann. Hat die ESTV diesen Wert zu schätzen, sind die für die Ermessensveranlagung im Sinn von Art. 48
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 48 Taxes cantonales destinées à des fonds pour l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets - (art. 24, al. 6, let. d, LTVA)
1    L'AFC fixe pour chaque fonds les pourcentages de la déduction applicable à chaque établissement affilié qui assure l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets.
2    Elle tient en l'occurrence compte du fait que:
a  le fonds ne reverse pas toutes les taxes encaissées, et que
b  les acquéreurs assujettis ont déduit entièrement, au titre de l'impôt préalable, l'impôt qui leur a été facturé sur les prestations d'approvisionnement en eau, de traitement des eaux usées ou de gestion des déchets.
MWSTV bzw. Art. 60
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 60 Remboursement pour cause de réexportation - 1 Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
1    Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
a  les biens non modifiés sont réexportés sans avoir été préalablement remis à un tiers dans le cadre d'une livraison sur le territoire suisse et sans avoir été utilisés auparavant;
b  les biens ont été utilisés sur le territoire suisse mais sont réexportés en raison de l'annulation de la livraison; dans ce cas, le remboursement ne comprend ni l'impôt calculé sur la contre-prestation due pour l'utilisation des biens ou sur la perte de valeur subie du fait de leur utilisation, ni l'impôt sur le montant non remboursé des droits de douane à l'importation et des redevances dues en vertu de lois fédérales autres que douanières.
2    L'impôt est remboursé uniquement aux conditions suivantes:
a  la réexportation a lieu dans les cinq ans à compter de la fin de l'année civile pendant laquelle l'impôt a été perçu;
b  il est prouvé que le bien réexporté est celui qui avait été importé.
3    Dans certains cas, le remboursement peut dépendre d'une déclaration faite en bonne et due forme dans le pays étranger où le bien a été importé.
4    Les demandes de remboursement doivent être présentées lorsque les biens sont déclarés pour le régime de l'exportation. Les demandes de remboursement ultérieures peuvent être prises en considération si elles sont remises par écrit à l'OFDF dans les 60 jours qui suivent l'établissement du document d'exportation avec lequel les biens ont été taxés selon le régime de l'exportation (art. 61 LD108).
MWSTG geltenden Grundsätze zu beachten, namentlich in Bezug auf die Pflichten der ESTV bei der Vornahme der Schätzung, die Möglichkeiten des Steuerpflichtigen, eine solche Schätzung anzufechten und die Zurückhaltung des Bundesverwaltungsgerichts in der Überprüfung der Schätzung (Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.3 mit Hinweisen).

3.2 Steuerbare Umsätze unter Konzerngesellschaften als nahestehende Personen sind zum Drittpreis nach Art. 26 Abs. 2
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 26 Prestations fournies à des personnes étroitement liées - (art. 18, al. 1, LTVA)
Satz 3 MWSTV bzw. Art. 33 Abs. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 33 Réduction de la déduction de l'impôt préalable - 1 Sous réserve de l'al. 2, les montants qui, en vertu de l'art. 18, al. 2, ne sont pas considérés comme faisant partie de la contre-prestation, ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable.
1    Sous réserve de l'al. 2, les montants qui, en vertu de l'art. 18, al. 2, ne sont pas considérés comme faisant partie de la contre-prestation, ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable.
2    L'assujetti doit réduire le montant de la déduction de l'impôt préalable en proportion des fonds relevant de l'art. 18, al. 2, let. a à c, qu'il reçoit.
Satz 3 MWSTG zu fakturieren. In Bezug auf die sachgerechte Verrechnung der steuerbaren Leistungen einer Tochter- an die Holdinggesellschaft hat die ESTV mit Inkrafttreten des MWSTG eine - bereits unter dem Geltungsbereich der MWSTV ohne Publikation geübte - Praxis veröffentlicht (Ziff. 7.6.3 der Spezialbroschüre Nr. 06 "Kürzung des Vorsteuerabzugs bei gemischter Verwendung" vom September 2000 [SB Kürzung]). Für den Fall, dass über die Leistungserbringung detaillierte Aufzeichnungen fehlen und unter der Voraussetzung, dass die Holding über kein eigenes Personal verfügt oder das eigene Personal die Leistungen nicht selbst erbringt, sind zwei Berechnungsmethoden zur annäherungsweisen Bestimmung der Leistungen vorgesehen:
3.2.1 Bst. a der Ziff. 7.6.3 der SB Kürzung (3 Promill-Pauschale) lautet wie folgt:
Annäherungsweise Ermittlung des Werts der Leistungen im Zusammenhang mit der Führung des Konzerns (strategische Führung, Aktionariat, Betreuung und Unterstützung der Tochtergesellschaften, Verwalten der Beteiligungen usw.):
3? des durchschnittlichen Holdingvermögens (Total Aktiven)
- von konzernfremden Unternehmen bezogenen Verwaltungsleistungen *
= Total der von einer Tochtergesellschaft erbrachten Dienstleistungen **.
* nur die regelmässigen, ordentlichen Leistungen von konzernfremden Unternehmen für die Konzernführung, die bei der Holdinggesellschaft direkt angefallen sind,
** Wert, der von der Tochtergesellschaft zu versteuern ist; die Holdinggesellschaft darf andererseits keinen Vorsteuerabzug vornehmen, da die Leistungen für nicht der Steuer unterliegende Zwecke verwendet werden.
Damit werden nur die regelmässigen, ordentlichen Leistungen für die Konzernführung berücksichtigt. Ausserordentliche Leistungen wie z.B. im Zusammenhang mit dem Neuaufbau einer Gesellschaft im Ausland oder mit Umstrukturierungen sind darin nicht enthalten.
Auch mit der neusten, ab 1. Januar 2008 geltenden Version der SB Kürzung (im Folgenden SB Kürzung 2008) wird diese Praxis weitergeführt (Ziff. 7.4.3.1). Zudem wird (was schon zuvor von der ESTV praktiziert wurde) festgehalten, in begründeten Fällen könne betreffend den Prozentsatz von 3 Promill nach oben oder nach unten abgewichen werden, z.B. werde bei Familiengesellschaften eine Pauschale von 2 Promill angewendet, da der Aufwand verglichen mit Publikumsgesellschaften normalerweise wesentlich geringer sei (Fn. 15).
Diese Praxis wurde vom Bundesverwaltungsgericht in Bezug auf einen konkreten Anwendungsfall bereits geschützt (Urteil A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.4).
3.2.2 Die zweite Methode zur Bestimmung des Drittpreises für Leistungen von Tochter- an Holdinggesellschaften ist in Bst. b der Ziff. 7.6.3 SB Kürzung niedergelegt:
Annäherungsweise Ermittlung des Werts der Leistungen im Zusammenhang mit den Managementdienstleistungen resp. Lizenzen (allgemeine Verwaltung sowie Erarbeitung des Know-Hows):
Einnahmen der Holdinggesellschaft für Managementdienstleistungen und Lizenzen (105%)
abzüglich Wertschöpfung der Holdinggesellschaft (5%)
= erbrachte Leistungen der Tochtergesellschaften im Zusammenhang mit den von der Holdinggesellschaft vereinnahmten Entgelten (100%) **.
** Wert, der von der leistungserbringenden Gesellschaft zu versteuern ist (...).

3.3 Im Hinblick auf die je unter die beiden Pauschalen zu subsumierenden Leistungen kann das Folgende festgehalten werden:
3.3.1 Die beiden Praxisfestlegungen definieren die Art der jeweils erfassten Leistungen nicht abschliessend. Ein Abgrenzungsmerkmal ergibt sich aber aus der folgenden Unterscheidung der ESTV: Im Fall der Leistungen im Zusammenhang mit der Führung des Konzerns (3 Promill Pauschale) sind Aufwendungen angesprochen, welche die Holdinggesellschaft zu tragen hat und die sie nicht an die Tochtergesellschaften weiterfakturieren darf (Ziff. 7.6.3 Bst. a, Ziff. 7.6.2 mit Bsp. 1 der SB Kürzung; vgl. auch Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.5.2). Dies ergibt sich auch explizit aus der seit Januar 2008 geltenden Version der SB Kürzung (Ziff. 7.4.3.1 Fn. 16). Bei der zweiten Methode betreffend Managementleistungen resp. Lizenzen geht es um Aufwendungen der Holding, welche über Management Fees auf die Tochtergesellschaften überwälzt werden können (Bst. b der Ziff. 7.6.3 und Bsp. 2 in Ziff. 7.6.2 SB Kürzung). Die ESTV unterscheidet damit für die Frage, welche der beiden Methoden zur Anwendung gelangt, danach, ob die Muttergesellschaft die von einer Tochter bezogenen Leistungen sodann aufgrund eines weiteren steuerbaren Austauschverhältnisses an die Tochtergesellschaften weiterfakturieren kann (zur Entstehung eines steuerbaren Umsatzes bei Weiterfakturierung vgl. statt vieler: Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 7.2 mit Hinweisen).
3.3.2 Zur Beantwortung der Frage, welche Leistungen weiterfakturierbar sind und welche nicht, kann hilfsweise auf die für die direkten Steuern geltenden Abgrenzungen Bezug genommen werden (wenn auch aufgrund der andersartigen Steuersysteme mit der gebotenen Vorsicht, vgl. ausführlich: BVGE 2007/23 E. 2.3.3 mit Hinweisen).
Die Verrechenbarkeit an Tochtergesellschaften wird bei der Gewinnsteuer bejaht, wenn eine entgeltliche Leistung der Muttergesellschaft an jene besteht (Leistungsaustausch), d.h. wenn der empfangenden Tochtergesellschaft ein direkter wirtschaftlicher oder kommerzieller Wert verschafft wird (sog. "Benefit test"). Demgegenüber erfolgen bei den sogenannten Shareholder bzw. Stewardship Activities (auch Aktionärs-/Gesellschafterleistungen) keine entgeltlichen Leistungen der Mutter- an die Tochtergesellschaften. Die entsprechenden Kosten sind bei der Muttergesellschaft betrieblich veranlasst, von ihr zu tragen und nicht verrechenbar; dies gilt namentlich auch, wenn eine Konzerngesellschaft diese Leistungen an die Muttergesellschaft erbringt (je mit Hinweisen auf die Verrechnungspreisgrundsätze der OECD 1995/1996 für multinationale Unternehmen: Richard Allemann, Die Gestaltung der Konzernspitze unter steuerlichen Aspekten, Bern/Stuttgard/Wien 1997, S. 221-224; Daniel Lehmann/Martin Arzethauser, Bausteine einer steuereffektiven Internationalen Konzernstruktur, Teil 2, Steuer Revue [StR] 2006 S. 603, 605, 621 f.; Urs Brügger/Nicolas Bonvin, Kreisschreiben Nr. 4 der ESTV vom 19. März 2004 zur Besteuerung von Dienstleistungsgesellschaften: Konsequente Anwendung des Arm's Length-Prinzips, StR 2004 S. 340; ebenso betr. Mehrwertsteuer: Willi Leutenegger, Schweizer MWST bei Holdinggesellschaften, Der Schweizer Treuhänder [ST] 2006 S. 460 f.). Als Shareholder Activities bezeichnet werden unter anderem: Tätigkeiten im Zusammenhang mit der juristischen Struktur der Obergesellschaft, z.B. das Abhalten ihrer Generalversammlungen, die Ausgabe ihrer Aktien, die Tätigkeit ihres Verwaltungsrats; die Erfüllung der Veröffentlichungspflichten der Muttergesellschaft einschliesslich Erstellen der konsolidierten Jahresrechnung; die Leitung und Organisation des Konzerns, Konzernstrategie; der Konzernspitze dienende Kontrollen und Revisionen; Verwaltung der Beteiligungen usw. (Allemann, a.a.O., S. 225 und [betr. Konzernleitung] S. 34, 304 f.; Brügger/Bonvin, a.a.O., S. 340; Leutenegger, a.a.O., S. 460, je mit Verweis auf die OECD-Richtlinien; Lehmann/Arzethauser, a.a.O., S. 621 f. und Fn. 170).
Die soeben aufgezählten Leistungen (Shareholder Activities) sind, da es zu keinen keinen mehrwertsteuerlichen Leistungen der Mutter- an die Tochtergesellschaften kommt, auch in mehrwertsteuerlicher Hinsicht weitgehend nicht an die Tochtergesellschaften (weiter-)fakturierbar (die Prüfung im Einzelfall vorbehalten). Wenn die Muttergesellschaft solche Leistungen durch eine Tochtergesellschaft erbringen lässt, wird die Mutter folglich regelmässig (letzte) Empfängerin sein (zur Bestimmung des Leistungsempfängers nach wirtschaftlichen, tatsächlichen Kriterien vgl. Urteile des Bundesgerichts 2A.202/2006 vom 27. November 2006 E. 3.2, 4.2; 2A.304/2003 vom 14. November 2003 E. 3.6.1; Entscheid der SRK vom 20. März 2006 [CRC 2005-021], E. 3b, 4b). Solche Leistungen im Sinn von Shareholder Activities können - da nicht weiterfakturierbar (E. 3.3.1) - folglich grundsätzlich unter die 3 Promill Pauschale subsumiert werden (so auch Leutenegger, a.a.O., S. 460 f., 462; ebenso offenbar die ESTV: Einspracheentscheide S. 9 f. betr. die sog. "Kosten aus Anteilseignertätigkeit" und mit Verweis auf die OECD-Verrechnungspreisgrundsätze). Sie können denn auch weitgehend den in der Praxis zur 3 Promill Pauschale umschriebenen Leistungen (oben E. 3.2.1) zugeordnet werden. Zu präzisieren ist allerdings zweierlei. Erstens ist bei der Konzernleitung, die auch als Shareholder Activity genannt wird, zu beachten, dass Konzernleitungsaktivitäten auch entgeltliche Leistungen der Muttergesellschaft an die Töchter beinhalten können (vgl. Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 7.2; Allemann, a.a.O., S. 34, 304 f.) und die 3 Promill Pauschale insofern nicht zum Tragen käme (E. 3.3.1). Zweitens können die Leistungen des Verwaltungsrats der Muttergesellschaft nicht unter die - Leistungen einer Tochtergesellschaft erfassende - Pauschale fallen. Die Tätigkeit des Verwaltungsrats ist im Übrigen mehrwertsteuerlich als unselbständige Erwerbstätigkeit zu qualifizieren und der Muttergesellschaft selbst zuzurechnen (siehe Urteil des Bundesgerichts 2A.326/2002 vom 2. Juni 2003, Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA] 74 679 E. 4.3, 5.3.1). Soweit eine Tochtergesellschaft hingegen im Zusammenhang mit der Tätigkeit des Verwaltungsrats Leistungen erbringt, ist eine Subsumtion unter die Pauschale wiederum denkbar (vgl. auch SB Kürzung 2008 Ziff. 7.4.3.1 S. 63).
3.3.3 Daneben ist davon auszugehen, dass von der 3 Promill Formel - soweit sie nicht ohnehin unter die Umschreibung der Shareholder Activities fallen - auch Leistungen erfasst sind, die eine Tochter- der Muttergesellschaft für deren Selbstverwaltung und die Führung ihres eigenen Betriebs erbringt. Entsprechende Kosten kann die Holding ebenfalls nicht weiterfakturieren, weil diesbezüglich keine steuerbaren Leistungen der Mutter- an die Tochtergesellschaften erfolgen (E. 3.3.1). Genannt werden können für den Betrieb der Holdinggesellschaft nötige administrative Arbeiten, Buchhaltung der Holding (vgl. auch SB Kürzung 2008 Ziff. 7.4.3.1 S. 63) sowie die Verwaltung des (auch über die Beteiligungen hinausgehenden) Vermögens, insbesondere etwa der Wertschriften des Umlaufvermögens (vgl. hierzu auch Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.5.2/3). Ferner stellt auch die Vermögensanlage am Kapitalmarkt eine nur der Holding selbst dienende Tätigkeit dar. Unter die 3 Promill Formel kann dabei allerdings nur fallen, was nicht nach Art. 14 Ziff. 15 Bst. e
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 14 Prestations entrepreneuriales d'une collectivité publique - (art. 12, al. 4, LTVA)
1  les prestations de services dans les domaines de la radiodiffusion, de la télévision, des télécommunications et de l'informatique;
10  les activités commerciales d'agences publicitaires;
11  les activités d'agences de voyages;
12  les prestations de cantines d'entreprises, de restaurants du personnel, de points de vente et d'établissements analogues;
13  les activités de notaires publics;
14  les activités de bureaux de mensuration cadastrale;
15  les activités dans le secteur de la gestion des déchets et du traitement des eaux usées;
16  les activités financées par les taxes d'élimination anticipées fondées sur l'art. 32abis de la loi du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE)24;
17  les activités liées à la construction d'infrastructures destinées au trafic;
18  le contrôle des installations de combustion;
19  les prestations publicitaires.
2  la distribution d'eau, de gaz, d'électricité, d'énergie thermique, d'éthanol, de dénaturants et de biens analogues;
3  le transport de biens et de personnes;
4  les prestations de services portuaires et aéroportuaires;
5  la livraison de produits finis neufs destinés à la vente;
6  ...
7  l'organisation de foires et d'expositions à caractère commercial;
8  l'exploitation d'installations sportives comme les piscines et les patinoires artificielles;
9  l'entreposage de biens;
MWSTV bzw. Art. 18 Ziff. 19 Bst. e
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 18 Principe - 1 Sont soumises à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse les prestations fournies sur le territoire suisse par des assujettis moyennant une contre-prestation; ces prestations sont imposables pour autant que la présente loi ne l'exclue pas.
1    Sont soumises à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse les prestations fournies sur le territoire suisse par des assujettis moyennant une contre-prestation; ces prestations sont imposables pour autant que la présente loi ne l'exclue pas.
2    En l'absence de prestation, les éléments suivants, notamment, ne font pas partie de la contre-prestation:
a  les subventions et autres contributions de droit public, même si elles sont versées en vertu d'un mandat de prestations ou d'une convention-programme au sens de l'art. 46, al. 2, Cst.;
b  les recettes provenant exclusivement de taxes touristiques de droit public engagées par les offices du tourisme et les sociétés de développement touristique en faveur de la communauté, sur mandat d'une collectivité publique;
c  les contributions cantonales versées par les fonds pour l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets aux établissements qui assurent ces tâches;
d  les dons;
e  les apports faits à une entreprise, notamment les prêts sans intérêts, les contributions d'assainissement et l'abandon de créances;
f  les dividendes et autres parts de bénéfices;
g  les indemnités compensatoires versées aux acteurs économiques d'une branche en vertu de dispositions légales ou contractuelles par une unité d'organisation, notamment par un fonds;
h  les consignes, notamment sur les emballages;
i  les montants versés à titre de dommages-intérêts ou de réparation morale ainsi que les indemnités de même genre;
j  les indemnités versées pour une activité exercée à titre salarié telles que les honoraires de membre d'un conseil d'administration ou d'un conseil de fondation, les indemnités versées par des autorités ou la solde;
k  les remboursements, les contributions et les aides financières reçus pour la livraison de biens à l'étranger, exonérée en vertu de l'art. 23, al. 2, ch. 1;
l  les émoluments, les contributions et autres montants encaissés pour des activités relevant de la puissance publique.
MWSTG von der Steuer ausgenommen ist.

4.
4.1 In einem Konzern fasst eine Gesellschaft durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise mehrere Gesellschaften unter einheitlicher Leitung zusammen (Art. 663e
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 18 Principe - 1 Sont soumises à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse les prestations fournies sur le territoire suisse par des assujettis moyennant une contre-prestation; ces prestations sont imposables pour autant que la présente loi ne l'exclue pas.
1    Sont soumises à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse les prestations fournies sur le territoire suisse par des assujettis moyennant une contre-prestation; ces prestations sont imposables pour autant que la présente loi ne l'exclue pas.
2    En l'absence de prestation, les éléments suivants, notamment, ne font pas partie de la contre-prestation:
a  les subventions et autres contributions de droit public, même si elles sont versées en vertu d'un mandat de prestations ou d'une convention-programme au sens de l'art. 46, al. 2, Cst.;
b  les recettes provenant exclusivement de taxes touristiques de droit public engagées par les offices du tourisme et les sociétés de développement touristique en faveur de la communauté, sur mandat d'une collectivité publique;
c  les contributions cantonales versées par les fonds pour l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets aux établissements qui assurent ces tâches;
d  les dons;
e  les apports faits à une entreprise, notamment les prêts sans intérêts, les contributions d'assainissement et l'abandon de créances;
f  les dividendes et autres parts de bénéfices;
g  les indemnités compensatoires versées aux acteurs économiques d'une branche en vertu de dispositions légales ou contractuelles par une unité d'organisation, notamment par un fonds;
h  les consignes, notamment sur les emballages;
i  les montants versés à titre de dommages-intérêts ou de réparation morale ainsi que les indemnités de même genre;
j  les indemnités versées pour une activité exercée à titre salarié telles que les honoraires de membre d'un conseil d'administration ou d'un conseil de fondation, les indemnités versées par des autorités ou la solde;
k  les remboursements, les contributions et les aides financières reçus pour la livraison de biens à l'étranger, exonérée en vertu de l'art. 23, al. 2, ch. 1;
l  les émoluments, les contributions et autres montants encaissés pour des activités relevant de la puissance publique.
des Obligationenrechts vom 30. März 1911 [OR, SR 220]). Die tatsächlich ausgeübte einheitliche Leitung gilt dabei als zwingend notwendiges Merkmal für das Vorliegen eines Konzerns (Karin Beyeler, Konzernleitung im schweizerischen Privatrecht, Zürich 2004, S. 23, 117; Eric Homburger, Zürcher Kommentar, Teilband V 5b, Der Verwaltungsrat, Art. 706
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 706 - 1 Le conseil d'administration et chaque actionnaire peuvent attaquer en justice les décisions de l'assemblée générale qui violent la loi ou les statuts; l'action est dirigée contre la société.
1    Le conseil d'administration et chaque actionnaire peuvent attaquer en justice les décisions de l'assemblée générale qui violent la loi ou les statuts; l'action est dirigée contre la société.
2    Sont en particulier annulables les décisions qui:
1  suppriment ou limitent les droits des actionnaires en violation de la loi ou des statuts;
2  suppriment ou limitent les droits des actionnaires d'une manière non fondée;
3  entraînent pour les actionnaires une inégalité de traitement ou un préjudice non justifiés par le but de la société;
4  suppriment le but lucratif de la société sans l'accord de tous les actionnaires.564
3    et 4 ...565
5    Le jugement qui annule une décision de l'assemblée générale est opposable à tous les actionnaires, et chacun d'eux peut s'en prévaloir.
-726
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 726 - 1 Le conseil d'administration peut révoquer en tout temps les comités, délégués, directeurs, ainsi que tous fondés de procuration et mandataires nommés par lui.
1    Le conseil d'administration peut révoquer en tout temps les comités, délégués, directeurs, ainsi que tous fondés de procuration et mandataires nommés par lui.
2    De même, il peut en tout temps suspendre dans l'exercice de leurs fonctions les fondés de procuration et mandataires désignés par l'assemblée générale, il convoquera alors immédiatement cette dernière.
3    Demeure réservée l'action en dommages-intérêts des personnes révoquées ou suspendues dans l'exercice de leurs fonctions.
OR, Rz. 539 zu Art. 716a-A).
Wird eine solche einheitliche Leitung ausgeübt, ist konzernleitende Gesellschaft häufig die Gesellschaft, die die massgeblichen Beteiligungen an den Tochtergesellschaften innehat und somit eine einheitliche Leitung durchsetzen kann (sog. aktive Holdinggesellschaft; vgl. auch Art. 663e
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 18 Principe - 1 Sont soumises à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse les prestations fournies sur le territoire suisse par des assujettis moyennant une contre-prestation; ces prestations sont imposables pour autant que la présente loi ne l'exclue pas.
1    Sont soumises à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse les prestations fournies sur le territoire suisse par des assujettis moyennant une contre-prestation; ces prestations sont imposables pour autant que la présente loi ne l'exclue pas.
2    En l'absence de prestation, les éléments suivants, notamment, ne font pas partie de la contre-prestation:
a  les subventions et autres contributions de droit public, même si elles sont versées en vertu d'un mandat de prestations ou d'une convention-programme au sens de l'art. 46, al. 2, Cst.;
b  les recettes provenant exclusivement de taxes touristiques de droit public engagées par les offices du tourisme et les sociétés de développement touristique en faveur de la communauté, sur mandat d'une collectivité publique;
c  les contributions cantonales versées par les fonds pour l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets aux établissements qui assurent ces tâches;
d  les dons;
e  les apports faits à une entreprise, notamment les prêts sans intérêts, les contributions d'assainissement et l'abandon de créances;
f  les dividendes et autres parts de bénéfices;
g  les indemnités compensatoires versées aux acteurs économiques d'une branche en vertu de dispositions légales ou contractuelles par une unité d'organisation, notamment par un fonds;
h  les consignes, notamment sur les emballages;
i  les montants versés à titre de dommages-intérêts ou de réparation morale ainsi que les indemnités de même genre;
j  les indemnités versées pour une activité exercée à titre salarié telles que les honoraires de membre d'un conseil d'administration ou d'un conseil de fondation, les indemnités versées par des autorités ou la solde;
k  les remboursements, les contributions et les aides financières reçus pour la livraison de biens à l'étranger, exonérée en vertu de l'art. 23, al. 2, ch. 1;
l  les émoluments, les contributions et autres montants encaissés pour des activités relevant de la puissance publique.
OR). Dies ist aber nicht zwingend, die Konzernleitung kann (als Ganzes) auch bei einer Management- oder Betriebsgesellschaft angesiedelt sein (Beyeler, a.a.O., S. 16 f., 18 f., 23; Allemann, a.a.O., S. 30 f.; Leutenegger, a.a.O., S. 458). Die Holding hat in einem solchen Konzern nur den Zweck, die Beteiligungen zu halten, ohne sie aktiv zu verwalten (sog. passive Holdinggesellschaft) (Leutenegger, a.a.O., S. 458 f.; vgl. auch Beyeler, a.a.O., S. 23 f.).
Einheitliche Leitung (Konzernleitung oder Konzernführung) bedeutet im Normalfall insbesondere die Oberleitung, d.h. die Festlegung der Konzernpolitik, der Konzernstrategie und der Konzernziele sowie die Überprüfung der von der Konzernleitung gemachten Zielvorgaben, die Übernahme operationeller Aufgaben (Geschäftsführung im Konzern), die Bestimmung der Konzernorganisation und der Konzernstruktur, die Finanzplanung, -führung und das Controlling, die personelle Führung hinsichtlich der obersten Managementebenen und schliesslich die Überwachung des Konzerns im Sinn der Oberaufsicht (PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 3. Aufl., Bern 2004, S. 1169 f., BEYELER, a.a.O., S. 118 ff.).

4.2 In Bezug auf die Frage, wer die einheitliche Leitung des Konzerns ausübt, ist folgendes zu beachten:
Dem Verwaltungsrat einer Aktiengesellschaft kommen zwingend die unübertragbaren und unentziehbaren Aufgaben nach Art. 716a Abs. 1
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 716a - 1 Le conseil d'administration a les attributions intransmissibles et inaliénables suivantes:
1    Le conseil d'administration a les attributions intransmissibles et inaliénables suivantes:
1  exercer la haute direction de la société et établir les instructions nécessaires;
2  fixer l'organisation;
3  fixer les principes de la comptabilité et du contrôle financier ainsi que le plan financier pour autant que celui-ci soit nécessaire à la gestion de la société;
4  nommer et révoquer les personnes chargées de la gestion et de la représentation;
5  exercer la haute surveillance sur les personnes chargées de la gestion pour s'assurer notamment qu'elles observent la loi, les statuts, les règlements et les instructions données;
6  établir le rapport de gestion590, préparer l'assemblée générale et exécuter ses décisions;
7  déposer la demande de sursis concordataire et aviser le tribunal en cas de surendettement;
8  lorsque les actions de la société sont cotées en bourse, établir le rapport de rémunération.
2    Le conseil d'administration peut répartir entre ses membres, pris individuellement ou groupés en comités, la charge de préparer et d'exécuter ses décisions ou de surveiller certaines affaires. Il veille à ce que ses membres soient convenablement informés.
OR zu (zu diesen Aufgaben im Einzelnen: Böckli, a.a.O., S. 1533 ff.). Gleichermassen obliegen dem Verwaltungsrat einer konzernleitenden Gesellschaft die nicht delegierbaren Aufgaben nach Art. 716a Abs. 1
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 716a - 1 Le conseil d'administration a les attributions intransmissibles et inaliénables suivantes:
1    Le conseil d'administration a les attributions intransmissibles et inaliénables suivantes:
1  exercer la haute direction de la société et établir les instructions nécessaires;
2  fixer l'organisation;
3  fixer les principes de la comptabilité et du contrôle financier ainsi que le plan financier pour autant que celui-ci soit nécessaire à la gestion de la société;
4  nommer et révoquer les personnes chargées de la gestion et de la représentation;
5  exercer la haute surveillance sur les personnes chargées de la gestion pour s'assurer notamment qu'elles observent la loi, les statuts, les règlements et les instructions données;
6  établir le rapport de gestion590, préparer l'assemblée générale et exécuter ses décisions;
7  déposer la demande de sursis concordataire et aviser le tribunal en cas de surendettement;
8  lorsque les actions de la société sont cotées en bourse, établir le rapport de rémunération.
2    Le conseil d'administration peut répartir entre ses membres, pris individuellement ou groupés en comités, la charge de préparer et d'exécuter ses décisions ou de surveiller certaines affaires. Il veille à ce que ses membres soient convenablement informés.
OR in Bezug auf den Gesamtkonzern (Böckli, a.a.O., S. 1171, 1534; Allemann, a.a.O., S. 300; Beyeler, a.a.O., S. 129 ff.). Soweit nicht Kernkompetenzen nach Art. 716a Abs. 1
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 716a - 1 Le conseil d'administration a les attributions intransmissibles et inaliénables suivantes:
1    Le conseil d'administration a les attributions intransmissibles et inaliénables suivantes:
1  exercer la haute direction de la société et établir les instructions nécessaires;
2  fixer l'organisation;
3  fixer les principes de la comptabilité et du contrôle financier ainsi que le plan financier pour autant que celui-ci soit nécessaire à la gestion de la société;
4  nommer et révoquer les personnes chargées de la gestion et de la représentation;
5  exercer la haute surveillance sur les personnes chargées de la gestion pour s'assurer notamment qu'elles observent la loi, les statuts, les règlements et les instructions données;
6  établir le rapport de gestion590, préparer l'assemblée générale et exécuter ses décisions;
7  déposer la demande de sursis concordataire et aviser le tribunal en cas de surendettement;
8  lorsque les actions de la société sont cotées en bourse, établir le rapport de rémunération.
2    Le conseil d'administration peut répartir entre ses membres, pris individuellement ou groupés en comités, la charge de préparer et d'exécuter ses décisions ou de surveiller certaines affaires. Il veille à ce que ses membres soient convenablement informés.
OR betroffen sind, kann der Verwaltungsrat die Geschäftsführung (unter Einhaltung bestimmter Formvorschriften) delegieren (Art. 716b
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 716b - 1 Si les statuts n'en disposent pas autrement, le conseil d'administration peut déléguer tout ou partie de la gestion à un ou plusieurs de ses membres ou à des tiers (direction) sur la base d'un règlement d'organisation.
1    Si les statuts n'en disposent pas autrement, le conseil d'administration peut déléguer tout ou partie de la gestion à un ou plusieurs de ses membres ou à des tiers (direction) sur la base d'un règlement d'organisation.
2    Pour les sociétés cotées en bourse, la gestion peut être déléguée à un ou plusieurs membres du conseil d'administration ou à d'autres personnes physiques. La gestion de fortune peut également être déléguée à une personne morale.
3    Le règlement d'organisation fixe les modalités de la gestion, détermine les postes nécessaires, en définit les attributions et règle en particulier l'obligation de faire rapport.
4    À la requête d'actionnaires ou de créanciers de la société qui rendent vraisemblable l'existence d'un intérêt digne de protection, le conseil d'administration les informe par écrit ou par voie électronique sur l'organisation de la gestion.
5    Lorsque la gestion n'a pas été déléguée, elle est exercée conjointement par tous les membres du conseil d'administration.
OR). Dies gilt auch im Konzern; so können etwa operationelle Aufgaben an eine "Konzernleitung" innerhalb der Muttergesellschaft oder an Dritte, etwa eine Managementgesellschaft, übertragen werden (Böckli, a.a.O., S. 1169, N. 244 f., S. 1615 f.; Allemann, a.a.O., S. 12 ff., 298). Als nicht delegierbar gelten hauptsächlich die Grundsatzentscheide betreffend die verschiedenen in Art. 716a Abs. 1 Ziff. 1
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 716a - 1 Le conseil d'administration a les attributions intransmissibles et inaliénables suivantes:
1    Le conseil d'administration a les attributions intransmissibles et inaliénables suivantes:
1  exercer la haute direction de la société et établir les instructions nécessaires;
2  fixer l'organisation;
3  fixer les principes de la comptabilité et du contrôle financier ainsi que le plan financier pour autant que celui-ci soit nécessaire à la gestion de la société;
4  nommer et révoquer les personnes chargées de la gestion et de la représentation;
5  exercer la haute surveillance sur les personnes chargées de la gestion pour s'assurer notamment qu'elles observent la loi, les statuts, les règlements et les instructions données;
6  établir le rapport de gestion590, préparer l'assemblée générale et exécuter ses décisions;
7  déposer la demande de sursis concordataire et aviser le tribunal en cas de surendettement;
8  lorsque les actions de la société sont cotées en bourse, établir le rapport de rémunération.
2    Le conseil d'administration peut répartir entre ses membres, pris individuellement ou groupés en comités, la charge de préparer et d'exécuter ses décisions ou de surveiller certaines affaires. Il veille à ce que ses membres soient convenablement informés.
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SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 716a - 1 Le conseil d'administration a les attributions intransmissibles et inaliénables suivantes:
1    Le conseil d'administration a les attributions intransmissibles et inaliénables suivantes:
1  exercer la haute direction de la société et établir les instructions nécessaires;
2  fixer l'organisation;
3  fixer les principes de la comptabilité et du contrôle financier ainsi que le plan financier pour autant que celui-ci soit nécessaire à la gestion de la société;
4  nommer et révoquer les personnes chargées de la gestion et de la représentation;
5  exercer la haute surveillance sur les personnes chargées de la gestion pour s'assurer notamment qu'elles observent la loi, les statuts, les règlements et les instructions données;
6  établir le rapport de gestion590, préparer l'assemblée générale et exécuter ses décisions;
7  déposer la demande de sursis concordataire et aviser le tribunal en cas de surendettement;
8  lorsque les actions de la société sont cotées en bourse, établir le rapport de rémunération.
2    Le conseil d'administration peut répartir entre ses membres, pris individuellement ou groupés en comités, la charge de préparer et d'exécuter ses décisions ou de surveiller certaines affaires. Il veille à ce que ses membres soient convenablement informés.
OR genannten Bereiche (Oberleitung) und die Oberaufsicht. Der Verwaltungsrat braucht hingegen nicht selber die Aufsicht auszuüben und die Beschlüsse vorzubereiten; er muss etwa nicht selbst die Entwürfe und Varianten für die Organisation, die Unterlagen für eine strategische Umorientierung, die Ausgestaltung des Rechnungswesens und der Finanzplanung zusammenstellen (Böckli, a.a.O., S. 1574, S. 1533 ff.).

5.
Die Beweiswürdigung endet mit dem richterlichen Entscheid darüber, ob eine rechtserhebliche Tatsache als erwiesen zu gelten hat oder nicht. Bei der Beweiswürdigung ist auch die Sorgfalt der Steuerbehörde bei der Abklärung der tatsächlichen Verhältnisse und ebenso die Art und das Mass der Mitwirkung des Steuerpflichtigen zu werten (Entscheid der SRK vom 4. Januar 2005, veröffentlicht in Verwaltungspraxis der Bundesbehörden [VPB] 69.61 E. 2b; Martin Zweifel, Die Sachverhaltsermittlung im Steuerveranlagungsverfahren, Zürich 1989, S. 109). Der Beweis ist geleistet, wenn das Gericht gestützt auf die freie Beweiswürdigung zur Überzeugung gelangt ist, dass sich der rechtserhebliche Sachumstand verwirklicht hat (BGE 130 III 321 E. 3.2; Urteil des Bundesgerichts 2A.110/2000 vom 26. Januar 2001 E. 3c; FRITZ GYGI, Bundesverwaltungsrechtspflege, Bern 1983, S. 279 f.; Zweifel, a.a.O., S. 109 f.). Gelangt das Gericht nicht zu diesem Ergebnis, so fragt sich, ob zum Nachteil der Steuerbehörde oder des Steuerpflichtigen zu entscheiden ist, wer also die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen hat. Nach der objektiven Beweislastregel ist bei Beweislosigkeit zu Ungunsten desjenigen zu urteilen, der die Beweislast trägt (GYGI, a.a.O., S. 279 f.; ZWEIFEL, a.a.O., S. 109 f.). Die Steuerbehörde trägt die Beweislast für die steuerbegründenden und steuererhöhenden Tatsachen und der Steuerpflichtige für die steueraufhebenden und -mindernden Tatsachen (Urteil des Bundesgerichts vom 14. Juli 2005, ASA 75 S. 495 ff. E. 5.4; statt vieler: Urteile des BVGer A-1418/2006 vom 14. Mai 2008 E. 5.1; A-1354 vom 24. August 2007 E. 2, je mit zahlreichen Hinweisen). Die Beweislast für das Bestehen eines Steuerobjekts und namentlich eines mehrwertsteuerlichen Leistungsaustauschs kommt damit - als steuerbegründende Tatsache - der ESTV zu (Urteil des Bundesgerichts 2A.264/2006 vom 3. September 2008 E. 4.1; Urteile des BVGer A-1385/2006 vom 3. April 2008 E. 7.2; A-1354 vom 24. August 2007 E. 7.2.4, 8.2.2 in fine).

6.
6.1 Im vorliegenden Fall sind Leistungen zwischen der Beschwerdeführerin und der Y. Holding AG (im Folgenden auch nur "Holding") Urteilsthema. Die Holding bezweckt gemäss Handelsregisterauszug den Erwerb, die Verwaltung und Veräusserung von Beteiligungen und die Anlage der Erträge. Sie hat kein Personal angestellt. Im fraglichen Zeitraum war sie an einer Gesellschaft zu gut 50% beteiligt, und an drei bzw. ab 2002 vier Gesellschaften, wozu auch die Beschwerdeführerin gehört, zu 100%. Neben diesen vier bzw. fünf Mehrheitsbeteiligungen hielt sie eine Minderheitsbeteiligung von 20%. Abgesehen von den Beteiligungen verfügte die Holding über praktisch keine Aktiven. Entsprechend erzielte sie im Wesentlichen nur Beteiligungserträge (zum Ganzen: Geschäftsberichte in act. 5). Den Verwaltungsrat der Holding bildete das Ehepaar B., welches zusammen nach Angaben der Beschwerdeführerin auch alle Aktien der Holding hielt. Auch in allen übrigen Konzerngesellschaften war Herr B. Mitglied des Verwaltungsrats, zumeist wie in der Holding sowie der Beschwerdeführerin als Präsident mit Einzelunterschrift.
Mit den vorliegend strittigen EA Nr. 237'208/9 hat die ESTV die ihrer Ansicht nach von der Beschwerdeführerin an die Holding erbrachten Leistungen unter Anwendung der Pauschale nach Ziff. 7.6.3 Bst. a SB Kürzung (E. 3.2.1) annäherungsweise ermittelt. Im Sinn von Drittleistungen wurde der Verwaltungsaufwand gemäss Buchhaltung der Holding abgezogen (vgl. Beilage zu den EA). Diese Abzüge wurden von den Parteien nicht thematisiert und sind damit nicht strittig. Der auf das Holdingvermögen anzuwendende Satz von gemäss Praxis 3 Promill wurde in den EA auf 2 Promill und in den Einspracheentscheiden in teilweiser Gutheissung der Einsprachen zusätzlich auf 1,5 Promill reduziert.

6.2 Zu prüfen ist, ob die Beschwerdeführerin der Holding - was sie bestreitet - Leistungen der von der ESTV angenommenen Art erbracht hat. Müssten steuerbare Leistungen als erstellt betrachtet werden, hätte die ESTV zu Recht eine Drittpreisaufrechnung nach Art. 26 Abs. 2
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 26 Prestations fournies à des personnes étroitement liées - (art. 18, al. 1, LTVA)
Satz 3 MWSTV und Art. 33 Abs. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 33 Réduction de la déduction de l'impôt préalable - 1 Sous réserve de l'al. 2, les montants qui, en vertu de l'art. 18, al. 2, ne sont pas considérés comme faisant partie de la contre-prestation, ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable.
1    Sous réserve de l'al. 2, les montants qui, en vertu de l'art. 18, al. 2, ne sont pas considérés comme faisant partie de la contre-prestation, ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable.
2    L'assujetti doit réduire le montant de la déduction de l'impôt préalable en proportion des fonds relevant de l'art. 18, al. 2, let. a à c, qu'il reçoit.
Satz 3 MWSTG vorgenommen (E. 3.1). Mangels Fakturierung, Verbuchung oder anderweitiger Aufzeichnung der Leistungen wäre überdies eine Schätzung der Bemessungsgrundlage zulässig gewesen (E. 2, 3.1).
Irrelevant sind vorliegend im Übrigen die konzerninternen Leistungen, welche die Beschwerdeführerin nach eigenen Angaben den Tochtergesellschaften zu deren Betreuung und Unterstützung erbracht und diesen auch direkt, mit Mehrwertsteuer, fakturiert hat (sog. "Managementleistungen", siehe Rz. 13 und 45 i.V.m. Rz. 41 Beschwerde; ferner act. 23 ff., 35 f. betr. entsprechende Management Fees). Diese Managementleistungen gehören nicht zu den vorliegend aufgerechneten Leistungen (solches macht auch die ESTV nicht geltend) und sie sind hier nicht strittig. Solche Leistungen fallen auch nicht unter die 3 Promill Pauschale (hierzu E. 3.3.2).

6.3 Die Zulässigkeit der Schätzung anhand der 3 Promill Pauschale (unter Anwendung eines reduzierten Satzes von 1,5 Promill) bedingt, dass der Holding überhaupt Leistungen der von der 3 Promill Pauschale erfassten Art (hierzu E. 3.3.2/3) erbracht worden sind und die Beschwerdeführerin Leistungserbringerin war.

6.4 Die fragliche Praxis betrifft Leistungen von einer Tochter- an die Holdinggesellschaft "im Zusammenhang mit der Führung des Konzerns", z.B. der "strategischen Führung" (siehe Ziff. 7.6.3 Bst. a SB Kürzung, vorn E. 3.2.1). Vorab gilt es abzuklären, ob überhaupt ein Konzern mit einheitlicher Leitung gegeben ist (E. 4.1) und ob die vorliegende Holdinggesellschaft konzernleitende Gesellschaft war. Andernfalls könnten die genannten, von der Praxis anvisierten Leistungen von vornherein nicht erbracht worden sein.
Entgegen dem Dafürhalten der Beschwerdeführerin, die Holding verfolge keine eigentliche Konzernstrategie (Rz. 40 f. Beschwerde), ist vorliegend von einem Konzern mit einer zumindest minimalen einheitlichen Leitung auszugehen. Bereits die Tatsache, dass die Holding an den Tochtergesellschaften Mehrheits- bzw. 100%-ige Beteiligungen hält und sie diese damit beherrschen und eine einheitliche Leitung durchsetzen kann, lässt vermuten, dass eine solche auch ausgeübt wurde. Auch dass Herr B. im Verwaltungsrat aller Tochtergesellschaften Einsitz hatte, und mehrheitlich zudem Verwaltungsratspräsident mit Einzelunterschriftsberechtigung war (siehe E. 6.1), ist als Indiz für eine tatsächlich ausgeübte einheitliche Leitung zu werten (s.a. Allemann, a.a.O., S. 4-6). Ein Hinweis auf einen Konzern liegt auch in der Tatsache der Unterstützung und Betreuung der Tochtergesellschaften durch gewisse "Managementleistungen" der Beschwerdeführerin (soeben E. 6.2 in fine). Ist von einem Konzern auszugehen, kommt vorliegend nur die Holding als konzernleitende Gesellschaft in Betracht. Dies ergibt sich aus den Angaben der Beschwerdeführerin, die einheitliche Strategie würde - falls eine solche anzunehmen wäre - durch den Verwaltungsrat der Holding bestimmt und der Verwaltungsratspräsident der Holding könne durch seine Vertretung im Verwaltungsrat aller Tochtergesellschaften seine Interessen direkt geltend machen (Beschwerde Rz. 42). Es besteht also ein Konzern mit der Y. Holding AG als konzernleitender Gesellschaft und es wurde eine gewisse (wenn auch nicht notwendigerweise intensive) einheitliche Leitung des Konzerns ausgeübt.

6.5 Zu eruieren ist als Nächstes, ob die Beschwerdeführerin der Holding Leistungen im Sinn der 3 Promill Methode erbracht hat (E. 6.3). Die Beschwerdeführerin räumt einzig die Erbringung von Buchhaltungsleistungen ein (welche grundsätzlich auch unter die Pauschale fallen würden, E. 3.3.2/3). Weitere Leistungen von ihr an die Holding bestünden nicht.
6.5.1 Vorab ist auf die im Verlauf des Verfahrens gemachten Feststellungen der ESTV bezüglich der erbrachten Leistungen einzugehen:
Anlässlich der Kontrolle und bei Erlass der ersten beiden EA Nr. 237'491/2 (welche vorliegend nicht mehr Streitgegenstand bilden) wurde zuerst angenommen, die Leistungen der Beschwerdeführerin hätten sich auf Buchhaltungsarbeiten beschränkt. Deren Wert wurde ohne Rückgriff auf die Pauschale auf Fr. ....-- pro Jahr geschätzt. Erst nach einer internen Überprüfung erfolgten mittels den vorliegend strittigen Nachträgen in EA Nr. 237'508/9 Aufrechnungen anhand der fraglichen Pauschale. In diesen EA bezeichnete die ESTV die von ihr angenommenen Leistungen nicht näher, es war nur die Rede von "Vermögensverwaltungsleistungen". In den Entscheiden vom 17. November 2003 wurde ausgeführt, es habe sich ergeben, dass die Buchführungsarbeiten anlässlich der Kontrolle (mithin den ersten EA) wertmässig zu tief geschätzt worden seien, weswegen in den EA Nr. 237'508/9 eine zusätzliche Aufrechnung erfolgt sei. Sodann nahm die ESTV Bezug auf die angewendete 3 Promill-Formel, jedoch ohne konkret zu behaupten, solche Leistungen habe die Beschwerdeführerin erbracht. Geschlossen wurde, vorliegend sei die Ermittlung mit dem herabgesetzten Promillesatz von 2 Promill vorgenommen worden, um der Tatsache Rechnung zu tragen, dass eine Familienholding bestehe und die Beschwerdeführerin dieser gegenüber "nur gerade Buchführungsarbeiten" erbringe.
Die ESTV unterstellte im Prinzip erstmals in den Einspracheentscheiden explizit, die Beschwerdeführerin habe Leistungen der von der Pauschale erfassten Art erbracht. Die Angaben der ESTV zu den angeblich erbrachten Leistungen weisen also gewisse Widersprüchlichkeiten und Unklarheiten auf. Dies ist im Rahmen der Beweiswürdigung zu berücksichtigen und zudem angesichts der der ESTV obliegenden Beweislast für die Existenz steuerbarer Leistungen problematisch (E. 5). Hervorzuheben ist insbesondere die Tatsache, dass die ESTV noch anlässlich des Erlasses der Erstentscheide vom 17. November 2003 (wie bei Erlass der ersten beiden EA Nr. 237'491/2) davon ausging, die Beschwerdeführerin habe "nur gerade Buchführungsarbeiten" erbracht, was sich mit der Darstellung der Beschwerdeführerin deckt.
In den Einspracheentscheiden begründete die ESTV ihre Annahme, es sei eine ganze Reihe von Leistungen erbracht worden, unter Hinweis auf die "Kosten aus Anteilseignertätigkeit" hauptsächlich damit, dass jede Holding einen gewissen Minimalaufwand habe und die entsprechenden Leistungen ihr von irgend wem erbracht werden müssten. Es trifft zwar zu, dass die mit der fraglichen Pauschale zu erfassenden sogenannten Shareholder Activities (E. 3.3.2) sowie - falls nicht schon unter Letztere zu subsumieren - die weiteren oben genannten Aktivitäten zur Sicherstellung des Betriebs der Holding und Verwaltung ihres Vermögens (E. 3.3.3) im Prinzip bei jeder Muttergesellschaft, wenn auch - je nach Grösse und Struktur des Konzerns, Höhe des Vermögens, Stabilität oder Veränderungen in den Beteiligungen, Intensität der Konzernleitung - nicht in gleichem Mass, ausgeübt werden müssen. Diese Feststellung genügt aber nicht zum Beweis, dass die Beschwerdeführerin diese Leistungen erbracht hat, zumal diese vorliegend geltend macht, dass soweit überhaupt ein Bedarf an solchen Tätigkeiten bestand, diese vom Verwaltungsrat übernommen wurden.
6.5.2 Im Folgenden ist betreffend die einzelnen von der Pauschale erfassten Leistungen zu prüfen, ob die Erbringung durch die Beschwerdeführerin erstellt ist.
6.5.2.1 Die Beschwerdeführerin macht einerseits geltend, die Holding verfolge keine eigentliche Konzernstrategie und habe deswegen keinen Bedarf für Leistungen im Bereich der einheitlichen Strategie. Sollte dennoch eine einheitliche Strategie bejaht werden, so würde sie durch den Verwaltungsrat der Holding bzw. Herrn B. bestimmt. Es sei nicht einsichtig, weswegen die strategische Führung an die Beschwerdeführerin delegiert werden sollte, zumal Herr B. im Verwaltungsrat jeder Tochtergesellschaft die massgebliche Person darstelle und er so direkt Einfluss nehmen könne.
Zu den Shareholder Activities und - falls von einer Tochtergesellschaft erbacht - zu den unter die 3 Promill-Pauschale fallenden Leistungen zählt auch die Konzernleitung, soweit sie unentgeltliche, nicht weiterfakturierbare Tätigkeit beinhaltet (oben E. 3.3.2). Soweit der Verwaltungsrat der Muttergesellschaft selbst die Konzernleitung wahrnimmt, kann keine Leistung einer Tochtergesellschaft vorliegen und die Pauschale nicht zum Tragen kommen (E. 3.3.2).
Wie oben festgehalten (E. 6.4), ist zwar entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin von einer gewissen einheitlichen Leitung auszugehen. Hingegen kann unter den vorliegenden Umständen als glaubhaft gelten, dass diese durch den Verwaltungsrat der Holding ausgeübt wurde. Dies entspricht vorab schon der aktienrechtlichen Zuständigkeitsordnung. Abgesehen von der gemäss Art. 716a Abs. 1
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 716a - 1 Le conseil d'administration a les attributions intransmissibles et inaliénables suivantes:
1    Le conseil d'administration a les attributions intransmissibles et inaliénables suivantes:
1  exercer la haute direction de la société et établir les instructions nécessaires;
2  fixer l'organisation;
3  fixer les principes de la comptabilité et du contrôle financier ainsi que le plan financier pour autant que celui-ci soit nécessaire à la gestion de la société;
4  nommer et révoquer les personnes chargées de la gestion et de la représentation;
5  exercer la haute surveillance sur les personnes chargées de la gestion pour s'assurer notamment qu'elles observent la loi, les statuts, les règlements et les instructions données;
6  établir le rapport de gestion590, préparer l'assemblée générale et exécuter ses décisions;
7  déposer la demande de sursis concordataire et aviser le tribunal en cas de surendettement;
8  lorsque les actions de la société sont cotées en bourse, établir le rapport de rémunération.
2    Le conseil d'administration peut répartir entre ses membres, pris individuellement ou groupés en comités, la charge de préparer et d'exécuter ses décisions ou de surveiller certaines affaires. Il veille à ce que ses membres soient convenablement informés.
OR zwingend vom Verwaltungsrat der Muttergesellschaft auszuübenden Konzernoberleitung ist dieser, sofern keine Delegation erfolgte, auch für die darüberhinausgehenden Aufgaben im Bereich Konzernleitung zuständig (Art. 716
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 716 - 1 Le conseil d'administration peut prendre des décisions sur toutes les affaires qui ne sont pas attribuées à l'assemblée générale par la loi ou les statuts.
1    Le conseil d'administration peut prendre des décisions sur toutes les affaires qui ne sont pas attribuées à l'assemblée générale par la loi ou les statuts.
2    Il gère les affaires de la société dans la mesure où il n'en a pas délégué la gestion.
OR, Art. 716b
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 716b - 1 Si les statuts n'en disposent pas autrement, le conseil d'administration peut déléguer tout ou partie de la gestion à un ou plusieurs de ses membres ou à des tiers (direction) sur la base d'un règlement d'organisation.
1    Si les statuts n'en disposent pas autrement, le conseil d'administration peut déléguer tout ou partie de la gestion à un ou plusieurs de ses membres ou à des tiers (direction) sur la base d'un règlement d'organisation.
2    Pour les sociétés cotées en bourse, la gestion peut être déléguée à un ou plusieurs membres du conseil d'administration ou à d'autres personnes physiques. La gestion de fortune peut également être déléguée à une personne morale.
3    Le règlement d'organisation fixe les modalités de la gestion, détermine les postes nécessaires, en définit les attributions et règle en particulier l'obligation de faire rapport.
4    À la requête d'actionnaires ou de créanciers de la société qui rendent vraisemblable l'existence d'un intérêt digne de protection, le conseil d'administration les informe par écrit ou par voie électronique sur l'organisation de la gestion.
5    Lorsque la gestion n'a pas été déléguée, elle est exercée conjointement par tous les membres du conseil d'administration.
OR; vorn E. 4.2). Die ESTV geht von einer Delegation von Konzernleitungsbefugnissen aus. Dabei geht ihr Hinweis auf Art. 716a Abs. 2
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 716a - 1 Le conseil d'administration a les attributions intransmissibles et inaliénables suivantes:
1    Le conseil d'administration a les attributions intransmissibles et inaliénables suivantes:
1  exercer la haute direction de la société et établir les instructions nécessaires;
2  fixer l'organisation;
3  fixer les principes de la comptabilité et du contrôle financier ainsi que le plan financier pour autant que celui-ci soit nécessaire à la gestion de la société;
4  nommer et révoquer les personnes chargées de la gestion et de la représentation;
5  exercer la haute surveillance sur les personnes chargées de la gestion pour s'assurer notamment qu'elles observent la loi, les statuts, les règlements et les instructions données;
6  établir le rapport de gestion590, préparer l'assemblée générale et exécuter ses décisions;
7  déposer la demande de sursis concordataire et aviser le tribunal en cas de surendettement;
8  lorsque les actions de la société sont cotées en bourse, établir le rapport de rémunération.
2    Le conseil d'administration peut répartir entre ses membres, pris individuellement ou groupés en comités, la charge de préparer et d'exécuter ses décisions ou de surveiller certaines affaires. Il veille à ce que ses membres soient convenablement informés.
OR fehl, da dort die Delegation unter Verwaltungsratsmitgliedern geregelt wird. Weiter stützt die ESTV ihre Annahme auf Vermutungen aufgrund der Erfahrung, dass bei Holdingstrukturen praktisch immer eine Delegation stattfinde, da der Verwaltungsrat personell, zeit- und materialmässig nicht in der Lage sei, alle Aufgaben selber auszuführen (Einspracheentscheide S. 11; Vernehmlassung S. 5). Auch wenn dies in anderen Konzernen häufig der Fall sein mag, kann dem vorliegend nicht zugestimmt werden. Dass Herr B. als Verwaltungsrat der Holding die Konzernleitung alleine wahrnahm, ist angesichts der beschränkten Zahl und der Stabilität der Beteiligungen glaubhaft. Die Y. Holding AG hielt in den Jahren 1998 bis 2001 unverändert vier Mehrheits- und eine Minderheitsbeteiligung. Einzig im Jahr 2002 kam eine weitere Beteiligung hinzu (siehe Beilagen in act. 5). Unterbeteiligungen scheinen nach Angaben der Parteien keine zu bestehen. Dass die im Zusammenhang mit der von der Pauschale erfassten "Verwaltung von Beteiligungen" und der Konzernstrategie stehenden erforderlichen Entscheide von Herrn B. nicht nur gefällt (was weitgehend, nämlich bei Entscheiden betreffend Konzernoberleitung, sowieso nicht delegierbar wäre, E. 4.2), sondern auch (was delegierbar wäre) vorbereitet und umgesetzt wurden und er überdies auch allfällige untergeordnete, administrative Arbeiten erledigte, wurde von der Beschwerdeführerin nachvollziehbar erläutert und ist bei diesen Gegebenheiten glaubwürdig. Inwiefern von ihr noch Leistungen im Bereich Konzernleitung hätten erbracht werden sollen, wurde von der (für den Bestand von steuerbaren Leistungen beweisbelasteten, vgl. E. 5) ESTV nicht belegt und ist nicht ersichtlich.
Im Übrigen ist plausibel und ergibt sich auch aus der erläuterten (wenn auch teilweise dispositiven) handelsrechtlichen Kompetenzverteilung, dass Herr B. diese Tätigkeiten in seiner Funktion als Verwaltungsrat der Holding ausübte und nicht etwa in seiner Stellung als Verwaltungsrat oder Geschäftsleiter der Beschwerdeführerin. Dass Herr B. von der Holding keine Entschädigung bezieht und von der Beschwerdeführerin eine ansehnliche Lohnzahlung erhält, vermag entgegen der Ansicht der ESTV daran nichts zu ändern. Herr B. kann als (zusammen mit seiner Ehefrau) Alleinaktionär der Holding anderweitige wirtschaftliche Vorteile erzielen. Dass er für seine Tätigkeit für die Beschwerdeführerin (eine Betriebsgesellschaft), einen Lohn erhält, ist nicht weiter ungewöhnlich und erlaubt keinen Schluss auf seine Tätigkeit für die Holding.
6.5.2.2 Von der Pauschale erfasst sind weiter Vermögensverwaltungsleistungen im (engeren) Sinn der Wertschriftenverwaltung und -verwahrung bzw. der Vermögensanlage (oben E. 3.3.3). Die Holding besitzt jedoch neben den Beteiligungen keine Vermögenswerte, die einen bedeutenden Verwaltungs- oder Anlageaufwand hätten hervorrufen können, namentlich weist sie in ihrem Umlaufvermögen keine Wertschriften aus (act. 11 f., act. 24 f.; E. 6.1). Dies unterscheidet die Situation bei der Y. Holding AG massgeblich von jener anderer Holdinggesellschaften, die häufig neben den Beteiligungen über beträchtliche Vermögenswerte (namentlich Wertschriften) verfügen, die (was von der Pauschale berücksichtigt wird) zu verwalten und anzulegen sind.
Weitere für den Betrieb der Holding selbst erforderliche Leistungen liegen etwa in der Organisation der Generalversammlung, in den Beziehungen zu den Aktionären und in den Veröffentlichungspflichten (oben E. 3.3.2/3). Diesbezüglich konnten nur geringe Aufwände anfallen, da (nach unwidersprochenen Angaben der Beschwerdeführerin) das Ehepaar B. alle Aktien hielt und gleichzeitig den Verwaltungsrat bildete. Auch hier ist nachvollziehbar, dass die nötigen Arbeiten vom Verwaltungsrat der Holding erledigt wurden.
6.5.3 Insgesamt ist nicht ersichtlich und wurde von der zum Nachweis eines Leistungsaustauschs und der Leistungserbringung durch die Beschwerdeführerin beweisbelasteten ESTV (E. 5) weder bewiesen noch nachvollziehbar dargelegt, dass die Beschwerdeführerin der Holding neben den Buchhaltungsarbeiten (hierzu sogleich) weitere unter die Pauschale fallende Leistungen erbracht hat. Demgegenüber sind die Ausführungen der Beschwerdeführerin, mit welchen sie illustriert, weswegen die Holding solche Leistungen gar nicht zu beziehen brauchte, nämlich weil der Verwaltungsrat der Holding sie selbst erbrachte, plausibel. Die Beweiswürdigung ergibt, dass (abgesehen von der Buchführung) keine Leistungen der Beschwerdeführerin im Sinn der 3 Promill Pauschale erstellt sind. Die Anwendung der Pauschale (nur für die Buchhaltung) war damit nicht gerechtfertigt.

6.6 Zu besteuern waren damit bei der Beschwerdeführerin nur die Buchhaltungsleistungen.
Bereits mit den ersten beiden vorliegend nicht mehr strittigen EA Nr. 237'491/2 waren Buchhaltungsleistungen der Beschwerdeführerin Gegenstand einer Aufrechnung, wobei der Wert der Leistungen (offenbar nach Besprechung mit Herrn B.) auf Fr. ....-- pro Jahr geschätzt wurde. Es fragt sich, ob die Buchführungsleistungen neben der Aufrechnung mit den ersten EA noch Anlass für eine weitere Steuernachforderung bieten.
Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, mit den ersten beiden EA seien ihre Buchhaltungsarbeiten genügend erfasst worden. Weitere Buchhaltungsleistungen habe zudem Herr B. erledigt (nämlich Ablage, Kontierung der Belege, Zahlungen usw.). Hierzu nimmt die ESTV nicht Stellung und diese Darstellung kann auch nicht als unglaubwürdig bezeichnet werden angesichts der relativ einfachen Verhältnisse bei der Holding (siehe E. 6.1). Gewisse Arbeiten scheint überdies das Treuhandbüro erledigt zu haben (Beiblatt zum Kontollbericht, act. 1 und Kontoauszüge betr. "Verwaltungsaufwand", act. 20).
Die Angaben der ESTV betreffend die erbrachten Leistungen sind wie bemerkt widersprüchlich (oben E. 6.4.1). Während nach den Ausführungen in den Entscheiden vom 17. November 2003 die Buchführungsleistungen (und nur sie) noch Gegenstand der späteren EA Nr. 237'508/9 waren, ergibt sich solches weder aus diesen EA selbst, noch aus den Einspracheentscheiden, wo die ESTV die zusätzlichen Steuernachforderungen mit der - wie erläutert unzutreffenden - Annahme begründete, dass generell Leistungen im Sinn der 3 Promill Pauschale erbracht worden seien.
Entscheidend ist jedenfalls, dass die ESTV nicht erläutert hat, inwiefern die Buchhaltungsleistungen in den ersten EA (quantitativ oder qualitativ) ungenügend geschätzt worden sein sollten. Es kann damit davon ausgegangen werden, dass die Buchführungsarbeiten mit den ersten beiden EA vollumfänglich sowie wertmässig genügend besteuert wurden. Es bestehen somit keine weiteren Leistungen, die im Rahmen der zweiten EA Nr. 237'508/9 noch einer Besteuerung zu unterwerfen gewesen wären. Diese Aufrechnungen waren unzulässig. Die Beschwerde ist vollumfänglich gutzuheissen.

7.
7.1 Weiter wird eine Verletzung des rechtlichen Gehörs gerügt, weil die ESTV in den Einspracheentscheiden mit keinem Wort darauf eingegangen sei, dass die Beschwerdeführerin in der Einsprache geltend gemacht hatte, nicht alle Akten zur Einsicht erhalten zu haben und eine allfällige Ergänzung der Einsprache verlangt habe.
Die ESTV gibt in den Vernehmlassungen an, es sei Akteneinsicht gemäss dem Aktenverzeichnis in act. 14 gewährt worden. Daraus ist ersichtlich, dass die Beschwerdeführerin sämtliche Akten, die auch dem Bundesverwaltungsgericht vorliegen und soweit sie nicht ohnehin von ihr selbst stammen, zur Einsicht erhalten hat. Die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs ist damit unbegründet.

7.2 Weiter beantragt die Beschwerdeführerin (wenn auch nicht formell) die Einvernahme von Herrn B. und führt aus, sofern an der Auffassung der ESTV betreffend die angeblichen Leistungen an die Holding festgehalten würde, würde eine Ablehnung des Zeugenbeweises eine Verletzung des Anspruchs auf rechtlichen Gehörs darstellen. Nach dem vorstehenden Ergebnis wurde der Standpunkt der ESTV gerade nicht gestützt, womit schon nach der Ansicht der Beschwerdeführerin ohne Verletzung des rechtlichen Gehörs eine Zeugeneinvernahme unterbleiben konnte. Zudem konnte in antizipierter Beweiswürdigung ohnehin auf die Abnahme dieses Beweises verzichtet werden.

8.
Dem Gesagten zufolge ist die Beschwerde gutzuheissen und die Einspracheentscheide der ESTV sind aufzuheben.

8.1 Die von der Beschwerdeführerin unter Vorbehalt bezahlten Steuerforderungen im vorliegend noch strittigen Umfang von Fr. ... für die Zeit vom 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 und Fr. ... für die Perioden 1. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2002 sind von der ESTV zurückzuerstatten. Die ESTV hat für die Zeit ab der Zahlung der zu Unrecht eingeforderten Steuer bis zur Auszahlung einen Vergütungszins zu 5% auszurichten (Art. 48 Abs. 4
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 48 Naissance de la dette fiscale et prescription du droit de taxation - 1 La dette fiscale naît:
1    La dette fiscale naît:
a  au règlement de la contre-prestation;
b  pour les assujettis relevant de l'art. 45, al. 2, let. a, qui arrêtent leur décompte selon les contre-prestations convenues (art. 40, al. 1): à la réception de la facture ou, si les prestations ne sont pas facturées, au règlement de la contre-prestation.
2    Les art. 42 et 43 s'appliquent à la prescription du droit de taxation et à l'entrée en force de la dette fiscale.
letzter Satz MWSTG bzw. Art. 39 Abs. 4
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 39 impôt - (art. 22 LTVA)
letzter Satz MWSTV i.V.m. Art. 1 Abs. 3 der Verordnung des EFD vom 20. Juni 2000 über die Verzugs- und Vergütungszinssätze [SR 641.201.49]).

8.2 Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die Beschwerdeführerin nach Art. 63 Abs. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
VwVG keine Verfahrenskosten zu tragen. Die geleisteten Kostenvorschüsse von total Fr. 1'700.-- werden ihr zurückerstattet. Die Vorinstanz hat der obsiegenden Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 64 Abs. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 64 - 1 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
1    L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
2    Le dispositif indique le montant des dépens alloués qui, lorsqu'ils ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
3    Lorsque la partie adverse déboutée avait pris des conclusions indépendantes, les dépens alloués peuvent être mis à sa charge, dans la mesure de ses moyens.
4    La collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué répond des dépens mis à la charge de la partie adverse déboutée en tant qu'ils se révéleraient irrécouvrables.
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des dépens.107 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral108 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales109 sont réservés.110
und 2
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 64 - 1 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
1    L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
2    Le dispositif indique le montant des dépens alloués qui, lorsqu'ils ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
3    Lorsque la partie adverse déboutée avait pris des conclusions indépendantes, les dépens alloués peuvent être mis à sa charge, dans la mesure de ses moyens.
4    La collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué répond des dépens mis à la charge de la partie adverse déboutée en tant qu'ils se révéleraient irrécouvrables.
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des dépens.107 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral108 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales109 sont réservés.110
VwVG; Art. 7 ff
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
. des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht [VGKE, SR 173.320.2]). Die Parteientschädigung ist anhand der eingereichten detaillierten Kostennote festzusetzen (Art. 14
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 14 Calcul des dépens - 1 Les parties qui ont droit aux dépens et les avocats commis d'office doivent faire parvenir avant le prononcé un décompte de leurs prestations au tribunal.
1    Les parties qui ont droit aux dépens et les avocats commis d'office doivent faire parvenir avant le prononcé un décompte de leurs prestations au tribunal.
2    Le tribunal fixe les dépens et l'indemnité des avocats commis d'office sur la base du décompte. A défaut de décompte, le tribunal fixe l'indemnité sur la base du dossier.
VGKE), wobei auch hier nur der notwendige Zeitaufwand zu entschädigen ist (Art. 10
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 10 Honoraires d'avocat et indemnité du mandataire professionnel n'exerçant pas la profession d'avocat - 1 Les honoraires d'avocat et l'indemnité du mandataire professionnel n'exerçant pas la profession d'avocat sont calculés en fonction du temps nécessaire à la défense de la partie représentée.
1    Les honoraires d'avocat et l'indemnité du mandataire professionnel n'exerçant pas la profession d'avocat sont calculés en fonction du temps nécessaire à la défense de la partie représentée.
2    Le tarif horaire des avocats est de 200 francs au moins et de 400 francs au plus, pour les mandataires professionnels n'exerçant pas la profession d'avocat, il est de 100 francs au moins et de 300 francs au plus. Ces tarifs s'entendent hors TVA.
3    En cas de contestations pécuniaires, les honoraires d'avocat ou l'indemnité du mandataire professionnel n'exerçant pas la profession d'avocat peuvent être augmentés dans une mesure appropriée.
VGKE). Der in der Kostennote ausgewiesene anwaltliche Aufwand von 32.20 Stunden (davon 15.20 Stunden des verfahrensführenden Anwalts) umfasst auch Arbeiten betreffend das vorinstanzliche Verfahren, welche im vorliegenden Verfahren keinen Anspruch auf Parteientschädigung geben (vgl. Urteil des BVGer A-651/2008 vom 29. Mai 2008). Unter Abzug des entsprechenden nicht entschädigungsberechtigten Aufwands bis zum Erlass der Einspracheentscheide von 10.50 Stunden (des verfahrensführenden Anwalts) ergibt sich eine Reduktion des mit der Honorarnote geltenden gemachten Betrags von Fr. 9'349.35 um Fr. 3'250.-- (10.50 Stunden à Fr. 300.--). Unter Reduktion des Aufwandes gemäss Kostennote auf das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht kann folglich ein Betrag von Fr. 6'096.35 (Auslagen und MWST inklusive) als Parteientschädigung zugesprochen werden.

Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:

1.
Die Verfahren A-1576/2006 und A-1577/2006 werden vereinigt.

2.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Die ESTV hat der Beschwerdeführerin die Beträge von Fr. ....-- und Fr. ....--, je inklusive eines Vergütungszinses von 5%, zurückzuerstatten.

3.
Es werden keine Verfahrenskosten erhoben. Die geleisteten Kostenvorschüsse von total Fr. 1'700.-- werden nach Eintritt der Rechtskraft des vorliegenden Urteils zurückerstattet.

4.
Die Vorinstanz hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 6'096.35 auszurichten.

5.
Dieses Urteil geht an:
die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
die Vorinstanz (Ref-Nr. ESTV ...; Gerichtsurkunde)

Der vorsitzende Richter: Die Gerichtsschreiberin:

Markus Metz Sonja Bossart

Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizulegen (vgl. Art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
BGG).
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