Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I
A-8480/2007
{T 1/2}

Arrêt du 6 juillet 2009

Composition
Claudia Pasqualetto Péquignot (présidente du collège), André Moser, Kathrin Dietrich, juges;
Emilien Gigandet, greffier.

Parties
TRN SA Transports régionaux neuchâtelois, allée des Défricheurs 3, 2300 La Chaux-de-Fonds,
représentée par Maître Pierre Bauer, avenue Léopold Robert 88, case postale 221, 2301 La Chaux-de-Fonds,
recourante,

contre

Office fédéral des transports OFT,
Palais fédéral Nord, 3003 Berne,
autorité inférieure.

Objet
Renouvellement d'une concession pour des transports réguliers de voyageurs effectués à titre professionnel.

Faits :

A.
Depuis 1994, les Transports régionaux neuchâtelois (TRN SA) - respectivement l'entreprise à laquelle celle-ci a succédé - est au bénéfice de la concession N° 619 (qui portait alors un autre numéro), modifiée pour la dernière fois le 5 août 2005, relative aux transports réguliers de voyageurs effectués à titre professionnel par autobus sur la ligne N° 60/61 entre La Chaux-de-Fonds et Le Locle (n° de cadre actuel 21.060).

Cette concession de ligne entre La Chaux-de-Fonds et Le Locle était valable jusqu'au changement d'horaire de décembre 2007.

B.
Par lettre du 13 mars 2007, TRN SA a demandé le renouvellement de la concession N° 619 pour la ligne 60/61 La Chaux-de-Fonds - Le Locle pour une durée de 10 ans, soit jusqu'au changement d'horaire de décembre 2017.

Le 19 mars 2007, l'Office fédéral des transports (OFT) a ouvert la procédure de consultation prescrite, et a invité, notamment, l'Office des transports du canton de Neuchâtel à donner son avis jusqu'au 27 avril 2007.

Le 30 avril 2007, l'Office neuchâtelois des transports a préavisé favorablement la demande de renouvellement de la concession, en proposant toutefois de limiter la prolongation des droits de transport à une durée de 5 ans, en précisant que le canton de Neuchâtel entend définir une nouvelle stratégie cantonale pour l'ouverture des lignes aux appels d'offres publics, conformément au plan directeur des transports. Un renouvellement jusqu'en 2012 permettrait ainsi de constituer une harmonisation des durées de validité des concessions.

C.
Par décision du 20 novembre 2007, l'OFT a prolongé la concession N° 619 jusqu'au changement d'horaire de décembre 2012 pour la ligne 60/61, se ralliant ainsi aux considérations de l'Office cantonal.

D.
Par mémoire du 14 décembre 2007, TRN SA (ci-après la recourante) a recouru auprès du Tribunal administratif fédéral contre la décision de l'OFT (ci-après l'autorité inférieure) du 20 novembre 2007. EIle conclut à l'annulation de la décision attaquée, au prononcé du renouvellement de la concession pour une durée de 10 ans, soit jusqu'au changement d'horaire de décembre 2017, sous suite de frais et dépens. En substance, elle allègue que les motifs avancés par l'autorité inférieure ne sont pas suffisants pour déroger au fait que généralement, les concessions sont renouvelées pour une période de 10 ans et qu'une durée plus courte, telle que celle qui a été décidée, la prive de la possibilité d'amortir ses investissements de manière adéquate. Elle se plaint également d'une inégalité de traitement, dès lors qu'en 2006, des concessions de lignes exploitées sur le littoral neuchâtelois par un autre prestataire de services ont été renouvelées pour 10 ans.

Invitée à répondre par ordonnance du 16 janvier 2008, l'autorité inférieure a confirmé intégralement la décision attaquée, au motif que la requête de l'Office des transports du canton de Neuchâtel - prolonger la concession d'uniquement 5 ans - se basait sur une stratégie d'appel d'offres dont la planification était suffisamment précise et avancée pour qu'il puisse lui être donné suite.

E.
Invité par ordonnance du 23 janvier 2009 à compléter sa prise de position à l'OFT du 30 avril 2007, l'Office cantonal des transports du canton de Neuchâtel s'est déterminé sur la nécessité de coordination temporelle des concessions, a indiqué la durée des concessions actuellement en cours, et précisé les objectifs du plan directeur des transports en matière de rapprochement entre les opérateurs.

Il affirme que l'objectif de la planification des transports du canton est de fusionner les deux entreprises cantonales de transports, les Transports Publics du Littoral Neuchâtelois SA (ci-après TN) et TRN. Par ce fait, le canton vise à améliorer la qualité de l'offre en transport public sur son territoire, veut élaborer des conventions d'objectif avec les entreprises et mettre au concours les lignes dont les objectifs n'ont pas été atteints. L'échéance des concessions devrait permettre, en cas de non respect des objectifs conventionnés, de lancer un appel d'offre.

F.
La recourante et l'autorité de première instance ont eu l'occasion, par ordonnance du 12 mars 2009, de déposer d'éventuelles observations; elles n'ont pas fait usage de cette possibilité.

G.
Les autres éléments de fait seront repris en tant que besoin dans les considérants qui suivent.

Droit :

1.
1.1 La décision attaquée est une décision au sens de l'art. 5
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 5 - 1 Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
1    Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
a  la costituzione, la modificazione o l'annullamento di diritti o di obblighi;
b  l'accertamento dell'esistenza, dell'inesistenza o dell'estensione di diritti o di obblighi;
c  il rigetto o la dichiarazione d'inammissibilità d'istanze dirette alla costituzione, alla modificazione, all'annullamento o all'accertamento di diritti o di obblighi.
2    Sono decisioni anche quelle in materia d'esecuzione (art. 41 cpv. 1 lett. a e b), le decisioni incidentali (art. 45 e 46), le decisioni su opposizione (art. 30 cpv. 2 lett. b e 74), le decisioni su ricorso (art. 61), le decisioni in sede di revisione (art. 68) e l'interpretazione (art. 69).24
3    Le dichiarazioni di un'autorità che rifiuta o solleva pretese da far valere mediante azione non sono considerate decisioni.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021). Selon l'art. 31
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 31 Principio - Il Tribunale amministrativo federale giudica i ricorsi contro le decisioni ai sensi dell'articolo 5 della legge federale del 20 dicembre 196819 sulla procedura amministrativa (PA).
de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 5 - 1 Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
1    Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
a  la costituzione, la modificazione o l'annullamento di diritti o di obblighi;
b  l'accertamento dell'esistenza, dell'inesistenza o dell'estensione di diritti o di obblighi;
c  il rigetto o la dichiarazione d'inammissibilità d'istanze dirette alla costituzione, alla modificazione, all'annullamento o all'accertamento di diritti o di obblighi.
2    Sono decisioni anche quelle in materia d'esecuzione (art. 41 cpv. 1 lett. a e b), le decisioni incidentali (art. 45 e 46), le decisioni su opposizione (art. 30 cpv. 2 lett. b e 74), le decisioni su ricorso (art. 61), le decisioni in sede di revisione (art. 68) e l'interpretazione (art. 69).24
3    Le dichiarazioni di un'autorità che rifiuta o solleva pretese da far valere mediante azione non sono considerate decisioni.
PA. L'OFT fait partie de la liste des autorités dont les décisions sont susceptibles de recours au sens de l'art. 33
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorità inferiori - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Consiglio federale e degli organi dell'Assemblea federale in materia di rapporti di lavoro del personale federale, compreso il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente;
b  del Consiglio federale concernenti:
b1  la destituzione di un membro del Consiglio della banca o della direzione generale o di un loro supplente secondo la legge del 3 ottobre 200325 sulla Banca nazionale,
b10  la revoca di un membro del consiglio d'amministrazione del Servizio svizzero di assegnazione delle tracce o l'approvazione della risoluzione del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio d'amministrazione secondo la legge federale del 20 dicembre 195743 sulle ferrovie;
b2  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'Autorità federale di vigilanza sui mercati finanziari o l'approvazione dello scioglimento del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio di amministrazione secondo la legge del 22 giugno 200726 sulla vigilanza dei mercati finanziari,
b3  il blocco di valori patrimoniali secondo la legge del 18 dicembre 201528 sui valori patrimoniali di provenienza illecita,
b4  il divieto di determinate attività secondo la LAIn30,
b4bis  il divieto di organizzazioni secondo la LAIn,
b5  la revoca di un membro del Consiglio d'istituto dell'Istituto federale di metrologia secondo la legge federale del 17 giugno 201133 sull'Istituto federale di metrologia,
b6  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'Autorità federale di sorveglianza dei revisori o l'approvazione dello scioglimento del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio di amministrazione secondo la legge del 16 dicembre 200535 sui revisori,
b7  la revoca di un membro del Consiglio dell'Istituto svizzero per gli agenti terapeutici secondo la legge del 15 dicembre 200037 sugli agenti terapeutici,
b8  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'istituto secondo la legge del 16 giugno 201739 sui fondi di compensazione,
b9  la revoca di un membro del consiglio d'Istituto dell'Istituto svizzero di diritto comparato secondo la legge federale del 28 settembre 201841 sull'Istituto svizzero di diritto comparato,
c  del Tribunale penale federale in materia di rapporti di lavoro dei suoi giudici e del suo personale;
cbis  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rapporti di lavoro dei suoi giudici e del suo personale;
cquater  del procuratore generale della Confederazione in materia di rapporti di lavoro dei procuratori pubblici federali da lui nominati e del personale del Ministero pubblico della Confederazione;
cquinquies  dell'autorità di vigilanza sul Ministero pubblico della Confederazione in materia di rapporti di lavoro del personale della sua segreteria;
cter  dell'autorità di vigilanza sul Ministero pubblico della Confederazione in materia di rapporti di lavoro dei membri del Ministero pubblico della Confederazione eletti dall'Assemblea federale plenaria;
d  della Cancelleria federale, dei dipartimenti e dei servizi dell'Amministrazione federale loro subordinati o aggregati amministrativamente;
e  degli stabilimenti e delle aziende della Confederazione;
f  delle commissioni federali;
g  dei tribunali arbitrali costituiti in virtù di contratti di diritto pubblico sottoscritti dalla Confederazione, dai suoi stabilimenti o dalle sue aziende;
h  delle autorità o organizzazioni indipendenti dall'Amministrazione federale che decidono nell'adempimento di compiti di diritto pubblico loro affidati dalla Confederazione;
i  delle autorità cantonali, in quanto una legge federale preveda che le loro decisioni sono impugnabili mediante ricorso dinanzi al Tribunale amministrativo federale.
LTAF et n'entre pas dans le champ d'exclusion de l'art. 32
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 32 Eccezioni - 1 Il ricorso è inammissibile contro:
1    Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale pubblico non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di diritto di voto dei cittadini nonché di elezioni e votazioni popolari;
c  le decisioni in materia di salario al merito del personale federale, in quanto non concernano la parità dei sessi;
d  ...
e  le decisioni nel settore dell'energia nucleare concernenti:
e1  le autorizzazioni di massima per impianti nucleari,
e2  l'approvazione del programma di smaltimento,
e3  la chiusura di depositi geologici in profondità,
e4  la prova dello smaltimento;
f  le decisioni in materia di rilascio o estensione di concessioni di infrastrutture ferroviarie;
g  le decisioni dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
h  le decisioni in materia di rilascio di concessioni per case da gioco;
i  le decisioni in materia di rilascio, modifica o rinnovo della concessione della Società svizzera di radiotelevisione (SSR);
j  le decisioni in materia di diritto ai sussidi di una scuola universitaria o di un altro istituto accademico.
2    Il ricorso è inoltre inammissibile contro:
a  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante opposizione o ricorso dinanzi a un'autorità ai sensi dell'articolo 33 lettere c-f;
b  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante ricorso dinanzi a un'autorità cantonale.
de la LTAF. Cela étant, le Tribunal administratif fédéral est compétent pour connaître du litige.

1.2 Déposé en temps utile par la destinataire de la décision attaquée (cf. art. 22 ss
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 22 - 1 Il termine stabilito dalla legge non può essere prorogato.
1    Il termine stabilito dalla legge non può essere prorogato.
2    Il termine stabilito dall'autorità può essere prorogato per motivi sufficienti, se la parte ne fa domanda prima della scadenza.
, 48
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 48 - 1 Ha diritto di ricorrere chi:
1    Ha diritto di ricorrere chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione impugnata; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modificazione della stessa.
2    Ha inoltre diritto di ricorrere ogni persona, organizzazione o autorità cui un'altra legge federale riconosce tale diritto.
et 50
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 50 - 1 Il ricorso dev'essere depositato entro 30 giorni dalla notificazione della decisione.
1    Il ricorso dev'essere depositato entro 30 giorni dalla notificazione della decisione.
2    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
PA), le présent recours répond aux exigences de forme prévues à l'art. 52
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 52 - 1 L'atto di ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi, l'indicazione dei mezzi di prova e la firma del ricorrente o del suo rappresentante; devono essere allegati la decisione impugnata e i documenti indicati come mezzi di prova, se sono in possesso del ricorrente.
1    L'atto di ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi, l'indicazione dei mezzi di prova e la firma del ricorrente o del suo rappresentante; devono essere allegati la decisione impugnata e i documenti indicati come mezzi di prova, se sono in possesso del ricorrente.
2    Se il ricorso non soddisfa a questi requisiti o se le conclusioni o i motivi del ricorrente non sono sufficientemente chiari, e il ricorso non sembra manifestamente inammissibile, l'autorità di ricorso assegna al ricorrente un breve termine suppletorio per rimediarvi.
3    Essa gli assegna questo termine con la comminatoria che, decorrendo infruttuoso, deciderà secondo l'inserto o, qualora manchino le conclusioni, i motivi oppure la firma, non entrerà nel merito del ricorso.
PA. Il est donc recevable.

2.
Le Tribunal administratif fédéral examine la décision attaquée avec un plein pouvoir de cognition (art. 49
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 49 - Il ricorrente può far valere:
a  la violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento;
b  l'accertamento inesatto o incompleto di fatti giuridicamente rilevanti;
c  l'inadeguatezza; questa censura non è ammissibile quando un'autorità cantonale ha giudicato come autorità di ricorso.
PA). Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (art. 49 let. a
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 49 - Il ricorrente può far valere:
a  la violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento;
b  l'accertamento inesatto o incompleto di fatti giuridicamente rilevanti;
c  l'inadeguatezza; questa censura non è ammissibile quando un'autorità cantonale ha giudicato come autorità di ricorso.
PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (art. 49 let. b
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 49 - Il ricorrente può far valere:
a  la violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento;
b  l'accertamento inesatto o incompleto di fatti giuridicamente rilevanti;
c  l'inadeguatezza; questa censura non è ammissibile quando un'autorità cantonale ha giudicato come autorità di ricorso.
PA) ou l'inopportunité (art. 49 let. c
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 49 - Il ricorrente può far valere:
a  la violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento;
b  l'accertamento inesatto o incompleto di fatti giuridicamente rilevanti;
c  l'inadeguatezza; questa censura non è ammissibile quando un'autorità cantonale ha giudicato come autorità di ricorso.
PA; ANDRÉ MOSER / MICHAEL BEUSCH / LORENZ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Lausanne, Zurich et Berne, n. marg. 2.149ss; ULRICH HÄFELIN / GEORG MÜLLER / FELIX UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5e éd., Zurich / Bâle / Genève 2006, n. marg. 1632ss). Le Tribunal administratif fédéral peut constater les faits et appliquer le droit d'office. Il n'est pas lié par les motifs invoqués à l'appui du recours (art. 62 al. 4
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 62 - 1 L'autorità di ricorso può modificare la decisione impugnata a vantaggio di una parte.
1    L'autorità di ricorso può modificare la decisione impugnata a vantaggio di una parte.
2    Essa può modificare a pregiudizio di una parte la decisione impugnata quando questa violi il diritto federale o poggi su un accertamento inesatto o incompleto dei fatti; per inadeguatezza, la decisione impugnata non può essere modificata a pregiudizio di una parte, a meno che la modificazione giovi ad una controparte.
3    L'autorità di ricorso che intenda modificare la decisione impugnata a pregiudizio di una parte deve informarla della sua intenzione e darle la possibilità di esprimersi.
4    L'autorità di ricorso non è vincolata in nessun caso dai motivi del ricorso.
PA), ni par l'argumentation développée dans la décision entreprise (PIERRE MOOR, Droit administratif, Vol. II, Les actes administratifs et leur contrôle, Berne 2002, n. 2.2.6.5, p. 264).
Le Tribunal apprécie librement l'opportunité d'une décision (cf. consid. 2 ci-dessus). Néanmoins, il fait preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son libre pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales, lorsqu'il s'agit de circonstances locales que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux ou encore lorsqu'il s'agit d'apprécier des prestations ou un comportement personnel (ATF 130 II 449, consid. 4.1 et les références citées, ATF 129 II 331, consid. 3.2, ATF 119 Ib 33 consid. 3b p. 40; BENOÎT BOVAY, Procédure administrative, Berne 2000, p. 396 et suivantes; ANDRÉ MOSER in: ANDRÉ MOSER / MICHAEL BEUSCH / LORENZ KNEUBÜHLER, op. cit, n. marg. 2.149ss, spéc. 2.154 ; Alfred Kölz / Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2eme éd. Zurich 1998 n° 644 et 645). Le Tribunal n'intervient dans ces cas que si l'autorité inférieure a excédé ou abusé de son pouvoir d'appréciation. Tel est notamment le cas si la décision attaquée s'appuie sur des faits qui, dans le cas particulier, ne devaient jouer aucun rôle ou lorsqu'elle ignore des éléments qui auraient absolument dû être pris en considération; le Tribunal redresse en outre les décisions rendues en vertu d'un large pouvoir d'appréciation lorsqu'elles aboutissent à un résultat manifestement injuste ou à une iniquité choquante (ATF 132 III 49 consid. 2.1 p. 51, ATF 132 III 109 consid. 2.1 et les références citées).

3.
3.1 La recourante fait valoir premièrement un grief de nature formelle, à savoir la violation de son droit d'être entendu dans la mesure où la décision attaquée contiendrait une motivation insuffisante. La recourante reproche à l'autorité inférieure de ne pas avoir suffisamment expliqué les raisons qui l'ont poussée à limiter la prolongation de la concession à 5 ans au lieu de la prolongation de 10 ans demandée. Dès lors que le droit d'être entendu a un caractère formel et que sa violation entraîne l'admission du recours ainsi que l'annulation de la décision attaquée indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (ATF 126 V 130 consid. 2b; ATF 125 I 113 consid. 3), il sied en premier lieu d'examiner ce grief.

3.2 Le droit d'être entendu est garanti par l'art. 29
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 29 Garanzie procedurali generali - 1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
1    In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
2    Le parti hanno diritto d'essere sentite.
3    Chi non dispone dei mezzi necessari ha diritto alla gratuità della procedura se la sua causa non sembra priva di probabilità di successo. Ha inoltre diritto al patrocinio gratuito qualora la presenza di un legale sia necessaria per tutelare i suoi diritti.
de la Constitution fédérale du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101) et par l'art. 28
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 28 - L'atto il cui esame è stato negato alla parte può essere adoperato contro di essa soltanto qualora l'autorità gliene abbia comunicato oralmente o per scritto il contenuto essenziale quanto alla contestazione e, inoltre, le abbia dato la possibilità di pronunciarsi e indicare prove contrarie.
PA. Il comprend en particulier le droit pour l'intéressé d'obtenir une décision motivée. Cette exigence est capitale puisqu'elle permet au destinataire de la décision de connaître les raisons pour lesquelles la décision est prise et peut dès lors se déterminer en connaissance de cause sur l'opportunité d'un recours. La motivation doit porter sur tous les points nécessaires, se prononcer sur tous les arguments pertinents soulevés par les parties, soit tous ceux qui sont de nature à influencer de manière déterminante sur le contenu de la décision (Pierre Moor, Droit administratif, vol. II, 2e éd., Berne 2002, ch. 2.2.8.2, p. 299s; Lorenz Kneubühler, Die Begründungspflicht, Eine Untersuchung über die Pflicht der Behörden zur Begründung ihrer Entscheide, Berne Stuttgart, Vienne, 1998, chap. 3.3, p. 26s).

3.3 En l'espèce et s'agissant en particulier de la durée de la concession octroyée, la décision attaquée mentionne que la concession n'est renouvelée que pour une période de 5 ans suite à la demande du canton de Neuchâtel, lequel souhaiterait - durant ces 5 ans - définir une nouvelle stratégie cantonale pour l'ouverture des lignes aux appels d'offres publics, conformément au plan directeur des transports. L'OFT expose en outre que le renouvellement de la concession d'autres lignes régionales sera traité de manière analogue, ceci dans le but d'harmoniser les durées de validité des concessions en faveur des entreprises de transport en exercice sur le territoire du canton de Neuchâtel.

Indépendamment du bien-fondé de la décision, question qui sera examinée ci-après, les motifs qui ont conduit l'autorité inférieure à limiter la durée de la concession sont clairement explicités et la recourante les mentionne bien à propos, même si c'est pour les contester. Vu ce qui précède, le grief de la violation du droit d'être entendu du fait d'une motivation insuffisante est mal fondé et doit être rejeté.

4.
L'OFT motive sa décision par la nécessité dans laquelle se trouve le canton de Neuchâtel d'uniformiser la durée des concessions - divisées en lots - de manière à pouvoir procéder aux appels d'offre pour la procédure de commande des transports publics. Il expose en bref que la durée de la concession telle qu'elle a été fixée permettrait au canton de Neuchâtel d'harmoniser de manière optimale sa politique en matière de commande de prestations de transport du trafic régional dans la mesure où le canton pourrait procéder aux appels d'offres de manière simultanée pour des lots régionaux prédéfinis.
Quant à la recourante, elle soutient que les motifs invoqués par l'autorité inférieure pour limiter à 5 ans la période de reconduction de la concession ne sont pas pertinents. En effet, l'art. 14
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 28 - L'atto il cui esame è stato negato alla parte può essere adoperato contro di essa soltanto qualora l'autorità gliene abbia comunicato oralmente o per scritto il contenuto essenziale quanto alla contestazione e, inoltre, le abbia dato la possibilità di pronunciarsi e indicare prove contrarie.
de l'ordonnance du 25 novembre 1998 sur les concessions pour le transport des voyageurs (OCTV, RS 744.11) met en évidence le lien qui existe entre la durée de la concession et l'amortissement des moyens d'exploitation, puisque cet article prévoit que si l'amortissement des dits moyens dure plus que 10 ans, la concession peut être octroyée pour une durée allant jusqu'à 25 ans. La décision ne tenant pas compte de la durée d'amortissement du matériel roulant doit donc être annulée.
Au vu de la motivation adoptée par l'autorité de première instance, il sied en premier lieu de rappeler le système prévu et mis en place par le législateur.

5.
5.1 La loi sur le transport de voyageurs du 18 juin 1993 (LTV, RS 744.10) fixe en son article 2 le principe selon lequel la Confédération a le droit exclusif d'assurer le transport régulier de voyageurs. Après avoir entendu les cantons concernés, le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC) peut octroyer des concessions pour le transport régulier de personnes effectué à titre professionnel (art. 4 al. 1
SR 745.1 Legge federale del 20 marzo 2009 sul trasporto di viaggiatori (Legge sul trasporto di viaggiatori, LTV) - Legge sul trasporto di viaggiatori
LTV Art. 4 Principio - La Confederazione detiene l'esclusiva sul trasporto regolare e professionale di viaggiatori, in quanto questo diritto non sia limitato da altri atti normativi o da trattati internazionali.
LTV). La concession donne le droit exclusif à l'entreprise de transport qui en bénéficie d'effectuer des transports de personnes sur les trajets ou les lignes concernés (voir à ce sujet FELIX UHLMANN / REGULA HINDERLING, in Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht, Vol. IV, Verkehrsrecht, éd. par Georg Müller, Bâle, 2008, p. 77ss). Aux termes du message du 13 novembre 1996 à l'appui de la réforme du droit des chemins de fer, modification qui a également eu des conséquences sur la LTV, l'instrument de la concession a pour but d'assurer un service public des transports efficace et couvrant au mieux le territoire suisse (FF 1997 I 853ss, spéc. 860s, 875s). L'entreprise requérante doit être en possession des concessions et des autorisations nécessaires pour emprunter les voies de communications et prouver que la prestation de transport devant être fournie en vertu de la concession peut l'être de façon appropriée et économique et qu'il n'y a pas création de concurrence au détriment de l'offre actuelle des autres entreprises de transports publics (art. 4 al. 2 let. a
SR 745.1 Legge federale del 20 marzo 2009 sul trasporto di viaggiatori (Legge sul trasporto di viaggiatori, LTV) - Legge sul trasporto di viaggiatori
LTV Art. 4 Principio - La Confederazione detiene l'esclusiva sul trasporto regolare e professionale di viaggiatori, in quanto questo diritto non sia limitato da altri atti normativi o da trattati internazionali.
et b LTV). La concession peut être modifiée et renouvelée (art. 4 al. 5
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LTV Art. 4 Principio - La Confederazione detiene l'esclusiva sul trasporto regolare e professionale di viaggiatori, in quanto questo diritto non sia limitato da altri atti normativi o da trattati internazionali.
LTV), ce pour quoi l'autorité inférieure est compétente (art. 31 al. 1 let. b
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LTV Art. 4 Principio - La Confederazione detiene l'esclusiva sul trasporto regolare e professionale di viaggiatori, in quanto questo diritto non sia limitato da altri atti normativi o da trattati internazionali.
OCTV).

5.2 Selon l'article 4 al. 4
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LTV Art. 4 Principio - La Confederazione detiene l'esclusiva sul trasporto regolare e professionale di viaggiatori, in quanto questo diritto non sia limitato da altri atti normativi o da trattati internazionali.
LTV, l'autorité qui a octroyé la concession peut aussi l'annuler si l'entreprise manque gravement aux obligations prévues par la loi et la concession (let. a) ou si des intérêts publics prépondérants le justifient, notamment lorsqu'il s'agit de répondre de manière économique et appropriée aux besoins en matière de transports; l'entreprise doit recevoir une indemnité appropriée (let. b). Les alinéas 2 et 3 de l'article 18
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LTV Art. 4 Principio - La Confederazione detiene l'esclusiva sul trasporto regolare e professionale di viaggiatori, in quanto questo diritto non sia limitato da altri atti normativi o da trattati internazionali.
OCTV précisent encore que l'intérêt public est important notamment lorsqu'il s'agit de satisfaire les besoins de transport de manière appropriée et économique, par exemple en transférant une ligne à une autre entreprise dans le cadre de la procédure de commande prévue par l'ordonnance du 18 décembre 1995 sur les indemnités ou d'une procédure équivalente, ou en créant des entreprises de transport régionales. Lorsqu'une concession est retirée pour des motifs non imputables à l'intéressé, la Confédération verse une indemnité appropriée pour les dommages attestés. Elle peut se retourner contre les tiers à l'origine du retrait.

5.3 A teneur de l'article 15
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LTV Art. 4 Principio - La Confederazione detiene l'esclusiva sul trasporto regolare e professionale di viaggiatori, in quanto questo diritto non sia limitato da altri atti normativi o da trattati internazionali.
OCTV, la concession peut, sur demande et avec l'accord écrit de l'entreprise concessionnaire, être transférée à un tiers. Selon l'alinéa 2 de la disposition précitée, les droits et obligations, en particulier l'exécution des courses, peuvent être transférés à un tiers par un contrat d'exploitation. L'entreprise concessionnaire continue de répondre envers la Confédération de l'exécution des obligations; ces contrats d'exploitation doivent par ailleurs être envoyés à l'OFT pour son information (al. 3).

5.4 La concession est octroyée pour une durée maximale de 25 ans (art. 4 al. 5
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LTV Art. 4 Principio - La Confederazione detiene l'esclusiva sul trasporto regolare e professionale di viaggiatori, in quanto questo diritto non sia limitato da altri atti normativi o da trattati internazionali.
LTV). Cette durée de validité correspond à la durée d'amortissement du matériel roulant (Message précité, FF 1997 I 853ss, spéc. 902). L'article 14
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 28 - L'atto il cui esame è stato negato alla parte può essere adoperato contro di essa soltanto qualora l'autorità gliene abbia comunicato oralmente o per scritto il contenuto essenziale quanto alla contestazione e, inoltre, le abbia dato la possibilità di pronunciarsi e indicare prove contrarie.
OCTV précise quant à lui que la concession est généralement octroyée pour dix ans. Si l'amortissement des moyens d'exploitation dure plus longtemps, elle peut être octroyée pour une plus longue durée, mais 25 ans au maximum.
Il découle donc de la volonté exprimée par le législateur et rappelée ci-dessus que la durée de la concession doit permettre l'amortissement du matériel roulant. Les articles 4 al. 5
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LTV Art. 4 Principio - La Confederazione detiene l'esclusiva sul trasporto regolare e professionale di viaggiatori, in quanto questo diritto non sia limitato da altri atti normativi o da trattati internazionali.
LTV et 14 OCTV, laissent une grande marge d'appréciation à l'autorité inférieure et il n'y figure en particulier aucun autre élément permettant de définir des critères propres à fixer la durée des concessions.
L'ordonnance du DETEC concernant la comptabilité des entreprises concessionnaires du 18 décembre 1995 (ORCO, RS 742.221) va dans le même sens en prévoyant, en son article 11, que la durée minimale d'amortissement des autocars est de 10 ans.

5.5 La durée d'amortissement comme critère de fixation de la durée de renouvellement d'une concession de ligne a par ailleurs été confirmé par la Tribunal de céans en date du 12 juillet 2007 et il a été considéré que malgré son large pouvoir d'appréciation, l'OFT devait tenir compte de ce que la législation prévoit en principe une durée de 10 ans, des durées plus courtes étant l'exception (Arrêt du Tribunal administratif fédéral, du 12 juillet 2007, dans la cause A-330/2007, consid. 4.9)

Selon l'arrêt précité, l'autorité inférieure peut déroger à ce principe lorsqu'un appel d'offre est envisagé. Dans ce cas, il convient néanmoins de produire une décision du gouvernement ou tout autre document constituant un indice sérieux traduisant cette volonté.

6.
6.1 La procédure de commande de transport public, quant à elle, est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF, RS 742.101), plus particulièrement par les articles 49
SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr)
Lferr Art. 49 Principi - 1 Fatto salvo l'articolo 9b, la Confederazione assume l'onere principale del finanziamento dell'infrastruttura.
1    Fatto salvo l'articolo 9b, la Confederazione assume l'onere principale del finanziamento dell'infrastruttura.
2    I Cantoni partecipano al finanziamento dell'infrastruttura.
3    Fatte salve le prestazioni di cui all'articolo 59, dalle prestazioni federali ai sensi della presente legge sono escluse le tratte che:
a  assicurano il collegamento capillare;
b  collegano località che non sono abitate tutto l'anno;
c  non servono per il trasporto di consistenti quantità di merci.
et suivants LCdF, dispositions applicables en vertu de l'article 95 al. 2
SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr)
Lferr Art. 95 Applicazione della legislazione sulle ferrovie ad altre imprese - Se appare opportuno per ottenere basi giuridiche unitarie per diversi tipi di imprese di trasporto, il Consiglio federale è autorizzato a estendere l'applicazione delle disposizioni della presente e di altre leggi sulle ferrovie ai servizi di trasporto esercitati a complemento o in luogo della ferrovia dalla ferrovia stessa o da altre imprese.
de cette même loi. L'article 49
SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr)
Lferr Art. 49 Principi - 1 Fatto salvo l'articolo 9b, la Confederazione assume l'onere principale del finanziamento dell'infrastruttura.
1    Fatto salvo l'articolo 9b, la Confederazione assume l'onere principale del finanziamento dell'infrastruttura.
2    I Cantoni partecipano al finanziamento dell'infrastruttura.
3    Fatte salve le prestazioni di cui all'articolo 59, dalle prestazioni federali ai sensi della presente legge sono escluse le tratte che:
a  assicurano il collegamento capillare;
b  collegano località che non sono abitate tutto l'anno;
c  non servono per il trasporto di consistenti quantità di merci.
LCdF prescrit que pour l'offre de transport qu'ils commandent conjointement, la Confédération et les cantons indemnisent les entreprises de transport des coûts non couverts planifiés. L'article 51
SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr)
Lferr Art. 51 Convenzioni sulle prestazioni - 1 La Confederazione, rappresentata dall'UFT, e le imprese ferroviarie concludono convenzioni sulle prestazioni ogni quattro anni. In tali convenzioni sono anticipatamente convenuti l'offerta di prestazioni nonché le indennità e i mutui previsti nel settore dell'infrastruttura sulla scorta delle priorità in materia di politica dei trasporti della Confederazione e dei conti di previsione delle imprese.
1    La Confederazione, rappresentata dall'UFT, e le imprese ferroviarie concludono convenzioni sulle prestazioni ogni quattro anni. In tali convenzioni sono anticipatamente convenuti l'offerta di prestazioni nonché le indennità e i mutui previsti nel settore dell'infrastruttura sulla scorta delle priorità in materia di politica dei trasporti della Confederazione e dei conti di previsione delle imprese.
2    Se il mantenimento della qualità necessita di misure di ampliamento subordinate, anche queste sono stabilite nella convenzione sulle prestazioni.
3    Le indennità e i mutui servono in primo luogo a mantenere l'infrastruttura in buono stato e ad adeguarla alle esigenze del traffico e allo stato della tecnica. In tale contesto sono in particolare considerati:
a  i collegamenti basilari adeguati;
b  gli imperativi della politica regionale, in particolare i bisogni inerenti allo sviluppo economico delle regioni sfavorite;
c  gli imperativi della politica di assetto del territorio e d'agglomerato;
d  gli imperativi della protezione dell'ambiente.
LCdF, quant à lui, précise notamment que la procédure de commande est réglée par le Conseil fédéral. Ce dernier a exécuté ce mandat dans l'Ordonnance du 18 décembre 1995 sur les indemnités, les prêts et les aides financières selon la loi sur les chemins de fer (Ordonnance sur les indemnités; OIPAF, RS 742.101.1). A teneur des articles 6
SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr)
Lferr Art. 51 Convenzioni sulle prestazioni - 1 La Confederazione, rappresentata dall'UFT, e le imprese ferroviarie concludono convenzioni sulle prestazioni ogni quattro anni. In tali convenzioni sono anticipatamente convenuti l'offerta di prestazioni nonché le indennità e i mutui previsti nel settore dell'infrastruttura sulla scorta delle priorità in materia di politica dei trasporti della Confederazione e dei conti di previsione delle imprese.
1    La Confederazione, rappresentata dall'UFT, e le imprese ferroviarie concludono convenzioni sulle prestazioni ogni quattro anni. In tali convenzioni sono anticipatamente convenuti l'offerta di prestazioni nonché le indennità e i mutui previsti nel settore dell'infrastruttura sulla scorta delle priorità in materia di politica dei trasporti della Confederazione e dei conti di previsione delle imprese.
2    Se il mantenimento della qualità necessita di misure di ampliamento subordinate, anche queste sono stabilite nella convenzione sulle prestazioni.
3    Le indennità e i mutui servono in primo luogo a mantenere l'infrastruttura in buono stato e ad adeguarla alle esigenze del traffico e allo stato della tecnica. In tale contesto sono in particolare considerati:
a  i collegamenti basilari adeguati;
b  gli imperativi della politica regionale, in particolare i bisogni inerenti allo sviluppo economico delle regioni sfavorite;
c  gli imperativi della politica di assetto del territorio e d'agglomerato;
d  gli imperativi della protezione dell'ambiente.
et 10
SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr)
Lferr Art. 51 Convenzioni sulle prestazioni - 1 La Confederazione, rappresentata dall'UFT, e le imprese ferroviarie concludono convenzioni sulle prestazioni ogni quattro anni. In tali convenzioni sono anticipatamente convenuti l'offerta di prestazioni nonché le indennità e i mutui previsti nel settore dell'infrastruttura sulla scorta delle priorità in materia di politica dei trasporti della Confederazione e dei conti di previsione delle imprese.
1    La Confederazione, rappresentata dall'UFT, e le imprese ferroviarie concludono convenzioni sulle prestazioni ogni quattro anni. In tali convenzioni sono anticipatamente convenuti l'offerta di prestazioni nonché le indennità e i mutui previsti nel settore dell'infrastruttura sulla scorta delle priorità in materia di politica dei trasporti della Confederazione e dei conti di previsione delle imprese.
2    Se il mantenimento della qualità necessita di misure di ampliamento subordinate, anche queste sono stabilite nella convenzione sulle prestazioni.
3    Le indennità e i mutui servono in primo luogo a mantenere l'infrastruttura in buono stato e ad adeguarla alle esigenze del traffico e allo stato della tecnica. In tale contesto sono in particolare considerati:
a  i collegamenti basilari adeguati;
b  gli imperativi della politica regionale, in particolare i bisogni inerenti allo sviluppo economico delle regioni sfavorite;
c  gli imperativi della politica di assetto del territorio e d'agglomerato;
d  gli imperativi della protezione dell'ambiente.
OIPAF, la Confédération et les cantons commandent chaque année l'offre du transport régional des voyageurs en se fondant sur la demande, la procédure étant régie par la procédure ordinaire pour la première année d'horaire et par une procédure simplifiée les années suivantes. L'offre de transport sera présentée par une entreprise de transport, soit sur demande de la Confédération ou d'un canton, soit sur initiative spontanée de l'entreprise de transport (art. 14 al. 1
SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr)
Lferr Art. 51 Convenzioni sulle prestazioni - 1 La Confederazione, rappresentata dall'UFT, e le imprese ferroviarie concludono convenzioni sulle prestazioni ogni quattro anni. In tali convenzioni sono anticipatamente convenuti l'offerta di prestazioni nonché le indennità e i mutui previsti nel settore dell'infrastruttura sulla scorta delle priorità in materia di politica dei trasporti della Confederazione e dei conti di previsione delle imprese.
1    La Confederazione, rappresentata dall'UFT, e le imprese ferroviarie concludono convenzioni sulle prestazioni ogni quattro anni. In tali convenzioni sono anticipatamente convenuti l'offerta di prestazioni nonché le indennità e i mutui previsti nel settore dell'infrastruttura sulla scorta delle priorità in materia di politica dei trasporti della Confederazione e dei conti di previsione delle imprese.
2    Se il mantenimento della qualità necessita di misure di ampliamento subordinate, anche queste sono stabilite nella convenzione sulle prestazioni.
3    Le indennità e i mutui servono in primo luogo a mantenere l'infrastruttura in buono stato e ad adeguarla alle esigenze del traffico e allo stato della tecnica. In tale contesto sono in particolare considerati:
a  i collegamenti basilari adeguati;
b  gli imperativi della politica regionale, in particolare i bisogni inerenti allo sviluppo economico delle regioni sfavorite;
c  gli imperativi della politica di assetto del territorio e d'agglomerato;
d  gli imperativi della protezione dell'ambiente.
et 3
SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr)
Lferr Art. 51 Convenzioni sulle prestazioni - 1 La Confederazione, rappresentata dall'UFT, e le imprese ferroviarie concludono convenzioni sulle prestazioni ogni quattro anni. In tali convenzioni sono anticipatamente convenuti l'offerta di prestazioni nonché le indennità e i mutui previsti nel settore dell'infrastruttura sulla scorta delle priorità in materia di politica dei trasporti della Confederazione e dei conti di previsione delle imprese.
1    La Confederazione, rappresentata dall'UFT, e le imprese ferroviarie concludono convenzioni sulle prestazioni ogni quattro anni. In tali convenzioni sono anticipatamente convenuti l'offerta di prestazioni nonché le indennità e i mutui previsti nel settore dell'infrastruttura sulla scorta delle priorità in materia di politica dei trasporti della Confederazione e dei conti di previsione delle imprese.
2    Se il mantenimento della qualità necessita di misure di ampliamento subordinate, anche queste sono stabilite nella convenzione sulle prestazioni.
3    Le indennità e i mutui servono in primo luogo a mantenere l'infrastruttura in buono stato e ad adeguarla alle esigenze del traffico e allo stato della tecnica. In tale contesto sono in particolare considerati:
a  i collegamenti basilari adeguati;
b  gli imperativi della politica regionale, in particolare i bisogni inerenti allo sviluppo economico delle regioni sfavorite;
c  gli imperativi della politica di assetto del territorio e d'agglomerato;
d  gli imperativi della protezione dell'ambiente.
OIPAF). Si les commanditaires acceptent une offre, ils concluent avec l'entreprise de transport une convention ad hoc et lui confirment le montant de l'indemnité pour les coûts non couverts (art. 20
SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr)
Lferr Art. 51 Convenzioni sulle prestazioni - 1 La Confederazione, rappresentata dall'UFT, e le imprese ferroviarie concludono convenzioni sulle prestazioni ogni quattro anni. In tali convenzioni sono anticipatamente convenuti l'offerta di prestazioni nonché le indennità e i mutui previsti nel settore dell'infrastruttura sulla scorta delle priorità in materia di politica dei trasporti della Confederazione e dei conti di previsione delle imprese.
1    La Confederazione, rappresentata dall'UFT, e le imprese ferroviarie concludono convenzioni sulle prestazioni ogni quattro anni. In tali convenzioni sono anticipatamente convenuti l'offerta di prestazioni nonché le indennità e i mutui previsti nel settore dell'infrastruttura sulla scorta delle priorità in materia di politica dei trasporti della Confederazione e dei conti di previsione delle imprese.
2    Se il mantenimento della qualità necessita di misure di ampliamento subordinate, anche queste sono stabilite nella convenzione sulle prestazioni.
3    Le indennità e i mutui servono in primo luogo a mantenere l'infrastruttura in buono stato e ad adeguarla alle esigenze del traffico e allo stato della tecnica. In tale contesto sono in particolare considerati:
a  i collegamenti basilari adeguati;
b  gli imperativi della politica regionale, in particolare i bisogni inerenti allo sviluppo economico delle regioni sfavorite;
c  gli imperativi della politica di assetto del territorio e d'agglomerato;
d  gli imperativi della protezione dell'ambiente.
OIPAF).
A côté des prescriptions susmentionnées, l'article 15
SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr)
Lferr Art. 51 Convenzioni sulle prestazioni - 1 La Confederazione, rappresentata dall'UFT, e le imprese ferroviarie concludono convenzioni sulle prestazioni ogni quattro anni. In tali convenzioni sono anticipatamente convenuti l'offerta di prestazioni nonché le indennità e i mutui previsti nel settore dell'infrastruttura sulla scorta delle priorità in materia di politica dei trasporti della Confederazione e dei conti di previsione delle imprese.
1    La Confederazione, rappresentata dall'UFT, e le imprese ferroviarie concludono convenzioni sulle prestazioni ogni quattro anni. In tali convenzioni sono anticipatamente convenuti l'offerta di prestazioni nonché le indennità e i mutui previsti nel settore dell'infrastruttura sulla scorta delle priorità in materia di politica dei trasporti della Confederazione e dei conti di previsione delle imprese.
2    Se il mantenimento della qualità necessita di misure di ampliamento subordinate, anche queste sono stabilite nella convenzione sulle prestazioni.
3    Le indennità e i mutui servono in primo luogo a mantenere l'infrastruttura in buono stato e ad adeguarla alle esigenze del traffico e allo stato della tecnica. In tale contesto sono in particolare considerati:
a  i collegamenti basilari adeguati;
b  gli imperativi della politica regionale, in particolare i bisogni inerenti allo sviluppo economico delle regioni sfavorite;
c  gli imperativi della politica di assetto del territorio e d'agglomerato;
d  gli imperativi della protezione dell'ambiente.
OIPAF prévoit encore que certaines prestations de transport peuvent faire l'objet d'un appel d'offre parmi les entreprises de transport appropriées lorsqu'il est prévu de réaliser d'importantes modifications qui concernent plusieurs lignes ou lorsque les offres de transport ne sont pas satisfaisantes (al. 1); par ailleurs, les prestations de transport peuvent faire l'objet d'un appel d'offre à des intervalles que le canton prévoit (al. 2).

6.2 S'agissant des dispositions prises par le canton de Neuchâtel elles sont les suivantes : la loi cantonale du 1er octobre 1996 sur le transport public (LTP, RS NE 765.1) renvoie aux dispositions fédérales précitées s'agissant des offres et commandes de prestations; d'éventuelles dispositions supplémentaires sur les appels d'offres au sens de l'OIPAF n'existent pas. Le Grand Conseil neuchâtelois a également adopté, en date du 2 octobre 2000 une conception directrice des transports collectifs ; ce document contient des objectifs d'amélioration des transports sur le territoire cantonal, mais rien de déterminant pour la présente cause. Enfin, le Conseil d'Etat a adopté, en octobre 2007, un Plan directeur des transports. On peut y lire que l'objectif du canton serait de limiter le nombre d'opérateurs en transports publics de la compétence du canton - nombre jugé actuellement trop élevé au vu de la taille du territoire - à un voire deux opérateurs (plan directeur cantonal, p. 31); une planche illustrant le propos présente un objectif de trois opérateurs, un premier opérateur pour les lignes de bus et chemins de fer à voie étroite, catégorie déterminante dans le cas d'espèce, un second opérateur pour les chemins de fer à voie normale (trains régionaux) et un troisième opérateur assurant la liaison entre le canton de Neuchâtel et celui du Jura, soit les Chemins de fer du Jura (CJ). Le but de cette réduction, qui pourrait aussi être obtenue par la fusion de certaines des entreprises de transport actives dans le canton, serait « de mieux exploiter les synergies, atteindre une taille critique suffisante pour affronter la libéralisation du marché des transports publics, harmoniser la politique tarifaire et faciliter la promotion du transport public, etc. ». Le Tribunal de céans constate qu'hormis ces objectifs, rien de plus précis ne vient définir une politique plus clairement définie dans le cadre de la gestion des concession ou d'une planification des procédures de commande en transport régional soumise à l'OIPAF.

6.3 Des considérants qui précèdent, il résulte que le législateur fédéral a voulu d'un côté que les entreprises de transport disposent de concessions de manière à protéger, durant la période de validité des dites concessions, les investissements consentis et de l'autre, que les entreprises soient soumises à une certaine pression de la concurrence, et ce plus spécifiquement dans le domaine des transports régionaux, transports qui font l'objet du versement d'indemnités en cas de déficit dûment attestés dans une convention à l'issue de la procédure de commande prévue par les articles 49ss LCDF et l'OIPAF. A côté de cela, les concessions peuvent être transférées avec l'accord des entreprises concernées, modifiées ou retirées - notamment lorsque d'importants intérêt publics le justifient (ce qui est le cas lorsqu'il s'agit de satisfaire les besoins de transport de manière appropriée et économique, par exemple en transférant une ligne à une autre entreprise dans le cadre de la procédure de commande de l'OIPAF, ou en créant une entreprise de transport régionale) (art. 16
SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr)
Lferr Art. 51 Convenzioni sulle prestazioni - 1 La Confederazione, rappresentata dall'UFT, e le imprese ferroviarie concludono convenzioni sulle prestazioni ogni quattro anni. In tali convenzioni sono anticipatamente convenuti l'offerta di prestazioni nonché le indennità e i mutui previsti nel settore dell'infrastruttura sulla scorta delle priorità in materia di politica dei trasporti della Confederazione e dei conti di previsione delle imprese.
1    La Confederazione, rappresentata dall'UFT, e le imprese ferroviarie concludono convenzioni sulle prestazioni ogni quattro anni. In tali convenzioni sono anticipatamente convenuti l'offerta di prestazioni nonché le indennità e i mutui previsti nel settore dell'infrastruttura sulla scorta delle priorità in materia di politica dei trasporti della Confederazione e dei conti di previsione delle imprese.
2    Se il mantenimento della qualità necessita di misure di ampliamento subordinate, anche queste sono stabilite nella convenzione sulle prestazioni.
3    Le indennità e i mutui servono in primo luogo a mantenere l'infrastruttura in buono stato e ad adeguarla alle esigenze del traffico e allo stato della tecnica. In tale contesto sono in particolare considerati:
a  i collegamenti basilari adeguati;
b  gli imperativi della politica regionale, in particolare i bisogni inerenti allo sviluppo economico delle regioni sfavorite;
c  gli imperativi della politica di assetto del territorio e d'agglomerato;
d  gli imperativi della protezione dell'ambiente.
et 18
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LTV Art. 4 Principio - La Confederazione detiene l'esclusiva sul trasporto regolare e professionale di viaggiatori, in quanto questo diritto non sia limitato da altri atti normativi o da trattati internazionali.
OCTV) ; par ailleurs, l'exploitation des lignes peut faire l'objet de contrats d'exploitation entre entreprises de transports (art. 15
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LTV Art. 4 Principio - La Confederazione detiene l'esclusiva sul trasporto regolare e professionale di viaggiatori, in quanto questo diritto non sia limitato da altri atti normativi o da trattati internazionali.
OCTV). Enfin, il est à noter qu'un appel d'offre peut être lancé en même temps pour des transports relevant du transport régional de personnes soumis à indemnisation de la part des cantons et de la Confédération et pour des transports qui ne sont pas au bénéfice de l'indemnisation; par exemple, pour autant que la loi cantonale le prévoie - car c'est elle qui régit les transports qui ne relèvent pas des articles 49 ss
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Lferr Art. 49 Principi - 1 Fatto salvo l'articolo 9b, la Confederazione assume l'onere principale del finanziamento dell'infrastruttura.
1    Fatto salvo l'articolo 9b, la Confederazione assume l'onere principale del finanziamento dell'infrastruttura.
2    I Cantoni partecipano al finanziamento dell'infrastruttura.
3    Fatte salve le prestazioni di cui all'articolo 59, dalle prestazioni federali ai sensi della presente legge sono escluse le tratte che:
a  assicurano il collegamento capillare;
b  collegano località che non sono abitate tutto l'anno;
c  non servono per il trasporto di consistenti quantità di merci.
LCdF et de l'OIPAF - un appel d'offre pourrait être lancé pour plusieurs lignes de transports régional et local ou de tourisme.

6.4 Le système mis en place devrait, si l'on suit le sens de la législation, assurer au mieux les droits des entreprises de transport et des collectivités publiques qui les financent - par exemple en évitant, grâce à la concession et le droit exclusif qu'elle garantit, que des entreprises concurrentes ne viennent également exploiter les tronçons profitables d'un réseau, ce qui aurait pour effet d'aggraver d'autant les déficits liés à une zone de desserte dans son ensemble (Message précité p. 853ss, spéc. 875 et arrêt précité A-330/2007, consid. 4.8 et les références citées). De l'autre côté, le système mis en place en matière de procédure de commande vise à obtenir, pour les collectivités publiques qui devront financer le déficit éventuel, les meilleures conditions possibles en trafic régional (efficacité, taux de couverture et économicité). Le législateur a pensé utiliser le moyen de la concurrence entre entreprises pour y parvenir.
Il s'ensuit que pour le transport régional régulier de personnes, l'entreprise doit disposer non seulement d'une concession pour le transport de personnes (à côté d'autres autorisations éventuellement nécessaires), mais aussi d'une convention de commande conclue à l'issue de la procédure d'appel d'offre. Ces deux instruments s'influencent mutuellement. Ils ne sont cependant pas liés indissociablement l'un à l'autre dans les faits et encore moins juridiquement (arrêt du Tribunal fédéral, du 26 avril 2005, dans la cause 2P.315/2004, consid. 2.3 et arrêt précité A-330/2007, consid. 4.7 et arrêt du Tribunal administratif fédéral du 23 juillet 2008 dans la cause A-7822/2007, consid. 5 et suivants). Il s'ensuit que la durée des concessions ne devrait pas nécessairement être coordonnée dans le temps avec l'ouverture de procédures d'appel d'offre de commande en transport régional.

6.5 L'instance inférieure a codifié sa pratique de renouvellement des concessions dans l'optique d'un appel d'offre ultérieur dans le "Guide de l'appel d'offre pour les prestations des transports publics (secteur des bus)", version de juillet 2007 (disponible sur le site www.bav.admin.ch). L'autorité de première instance décrit elle-même cet écrit comme un document n'ayant pas de caractère normatif, mais uniquement comme une aide à l'interprétation des dispositions légales (Guide, ch. 1.1, p. 1). Ce Guide prévoit qu'en cas normal, une prestation de transport n'est mise au concours qu'au moment de l'expiration de la concession pour le transport des voyageurs. On peut parler de cas normal lorsque le titulaire de la concession respecte ses obligations et maintient la qualité de ses prestations. Si plusieurs lignes ayant des durées de concession différentes sont mises au concours, il faut attendre que la concession ayant la plus longue durée ait expiré. Dans ce cas, les concessions de ligne parvenant à expiration avant les autres sont renouvelées jusqu'à la date d'expiration de la dernière concession. Cela signifie qu'une mise au concours doit être planifiée de manière à ce que le début de l'exploitation pour le nouvel opérateur corresponde à l'échéance de la concession (Guide, ch. 2.1.4, p. 6 et 7).
Cette définition de la pratique est à première vue plus restrictive que le système mis en place par le législateur. Elle a toutefois aussi pour but de protéger la Confédération des éventuelles conséquences d'une application de l'article 18 al. 3
SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr)
Lferr Art. 49 Principi - 1 Fatto salvo l'articolo 9b, la Confederazione assume l'onere principale del finanziamento dell'infrastruttura.
1    Fatto salvo l'articolo 9b, la Confederazione assume l'onere principale del finanziamento dell'infrastruttura.
2    I Cantoni partecipano al finanziamento dell'infrastruttura.
3    Fatte salve le prestazioni di cui all'articolo 59, dalle prestazioni federali ai sensi della presente legge sono escluse le tratte che:
a  assicurano il collegamento capillare;
b  collegano località che non sono abitate tutto l'anno;
c  non servono per il trasporto di consistenti quantità di merci.
OCTV, lequel prévoit que "lorsqu'une concession est retirée pour des motifs non imputables à l'intéressé, la Confédération verse une indemnité appropriée pour les dommages attestés". Le Guide susmentionné précise du reste que dans l'hypothèse où un retrait de concession serait nécessaire à l'adjudication d'une offre pour laquelle le soumissionnaire ne dispose pas de la concession concernée, il y aurait lieu de prendre en compte le montant éventuel des dommages-intérêts en question dans le calcul des coûts de l'offre, ce qui a du reste pour conséquence que l'offre la plus intéressante n'est pas nécessairement celle que l'on pourrait croire (Guide précité p. 10 à11).
S'agissant de la durée des concessions, l'OFT confirme également le principe de l'article 14
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 28 - L'atto il cui esame è stato negato alla parte può essere adoperato contro di essa soltanto qualora l'autorità gliene abbia comunicato oralmente o per scritto il contenuto essenziale quanto alla contestazione e, inoltre, le abbia dato la possibilità di pronunciarsi e indicare prove contrarie.
OCTV, soit une validité qui devra généralement être de dix ans (Guide, ch. 2.1.3, p. 5). Il tempère toutefois le principe en mentionnant qu'il convient, au moment de la fixation de la durée de la concession, "tenir compte du fait que la concession ne peut être révoquée que dans des cas exceptionnels dûment fondés".

6.6 Le Tribunal de céans, compte tenu de la retenue qu'il devra appliquer dans l'exercice de son pouvoir d'appréciation surtout dans des questions qui, comme celle-là sont également d'ordre politique (cf. consid. 2 ci-dessus), constate que le Guide susmentionné va dans le sens voulu par le législateur tout en ordonnançant quelque peu le système qui résulte des dispositions légales applicables. La restriction pertinente en l'espèce est celle consistant à conseiller aux autorités compétentes de ne procéder aux appels d'offres que lorsque la concession ayant l'échéance la plus lointaine arrive à son terme. Compte tenu du but poursuivi par l'ensemble de la législation susmentionnée et rappelée ci-dessus, cette règle est pertinente et ne viole pas le droit fédéral.
L'article 14
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 28 - L'atto il cui esame è stato negato alla parte può essere adoperato contro di essa soltanto qualora l'autorità gliene abbia comunicato oralmente o per scritto il contenuto essenziale quanto alla contestazione e, inoltre, le abbia dato la possibilità di pronunciarsi e indicare prove contrarie.
OCTV contient cependant déjà une relativisation de la durée des concessions dans la mesure où comme rappelé ci-dessus (consid. ), il prévoit "en général" une durée de 10 ans. Le Tribunal de céans a justement précisé que l'un des motifs de renouvellement pour une durée plus courte est la nécessité de faire coïncider la durée d'une concession avec une procédure d'appel d'offre de commande de trafic régional (arrêt précité, consid. 4.9). Si l'on considère les développements qui précèdent sur les multiples possibilités laissées aux commanditaires par l'OIPAF d'une part et la marge de manoeuvre somme toute relativement grande laissée aux autorités concédantes, et ce plus particulièrement s'agissant des motifs qui permettraient d'aller jusqu'à la révocation d'une concession (art. 18
SR 745.1 Legge federale del 20 marzo 2009 sul trasporto di viaggiatori (Legge sul trasporto di viaggiatori, LTV) - Legge sul trasporto di viaggiatori
LTV Art. 4 Principio - La Confederazione detiene l'esclusiva sul trasporto regolare e professionale di viaggiatori, in quanto questo diritto non sia limitato da altri atti normativi o da trattati internazionali.
OCTV et consid. 6 et suivants ci-dessus), il y a lieu de retenir qu'un renouvellement de concession pour une durée inférieure à 10 ans n'est pas contraire à la loi. Dès lors que la problématique qui se pose en l'espèce n'est pas le retrait d'une concession, mais la question de la durée de renouvellement d'une concession, laquelle peut être elle aussi inférieure à 10 ans, le fait de renouveler une concession pour une durée plus courte est non seulement conforme à la marge de manoeuvre laissée par l'article 14
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 28 - L'atto il cui esame è stato negato alla parte può essere adoperato contro di essa soltanto qualora l'autorità gliene abbia comunicato oralmente o per scritto il contenuto essenziale quanto alla contestazione e, inoltre, le abbia dato la possibilità di pronunciarsi e indicare prove contrarie.
OCTV, mais aussi à l'OIPAF. Une durée plus courte du renouvellement est également conforme aux buts d'efficacité, de desserte optimale du territoire et d'économicité prescrits par le législateur aux articles 49 ss
SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr)
Lferr Art. 49 Principi - 1 Fatto salvo l'articolo 9b, la Confederazione assume l'onere principale del finanziamento dell'infrastruttura.
1    Fatto salvo l'articolo 9b, la Confederazione assume l'onere principale del finanziamento dell'infrastruttura.
2    I Cantoni partecipano al finanziamento dell'infrastruttura.
3    Fatte salve le prestazioni di cui all'articolo 59, dalle prestazioni federali ai sensi della presente legge sono escluse le tratte che:
a  assicurano il collegamento capillare;
b  collegano località che non sono abitate tutto l'anno;
c  non servono per il trasporto di consistenti quantità di merci.
LCdF. Il découle de ce qui précède que le Guide ne contient aucune interprétation violant la loi et que la jurisprudence du Tribunal de céans doit être confirmée.

7.
Selon l'arrêt rendu dans la cause A-330/2007 précité et comme considéré ci-dessus, donc, la durée d'une concession peut être inférieure à 10 ans lorsqu'il y a lieu de considérer qu'il y a une nécessité de faire coïncider la date d'un appel d'offre de commande avec l'échéance des concessions concernées (arrêt précité, consid. 4.9). Cette nécessité doit résulter d'un indice sérieux traduisant la volonté du ou des commanditaires de procéder à un appel d'offre qui engloberait la concession concernée.

7.1 Dans le Guide précité, l'OFT recommande aux cantons de faire le choix d'un réseau approprié d'un seul tenant du point de vue de l'exploitation, ceci afin de favoriser au mieux des effets de synergie avec d'autres offres. Il est donc recommandé aux cantons de définir des lots qui peuvent être délimités judicieusement sur le plan du marché et de l'économie d'entreprise. Cette recommandation est également conforme au droit fédéral et propre à permettre d'atteindre les buts qui y sont fixés.

7.2 Dans le cas d'espèce, mais non sans peine si l'on se réfère aux pièces du dossier, l'OFT a obtenu de la part du canton de Neuchâtel des indications sur la stratégie d'appels d'offres qu'il comptait mettre en oeuvre pour le prochain changement d'horaire de 2012. Il résulte ainsi des actes au dossier que le canton de Neuchâtel prévoit la constitution de lots distincts en fonction de subdivisions du territoire cantonal. Les lots ici en cause concernent les lignes de bus suivantes :
Lot 1 : Montagnes neuchâteloises et Val-de-Travers (soit Fleurier - La Brévine; Le Locle - La Brévine - y c. Publicar La Brévine; Les Bayards - La Brévine; Le Locle - La Tourne - Neuchâtel; Colombier - Les Grattes; Buttes - La Côte-aux-Fées - Sainte-Croix; La Chaux-de-Fonds - Les Planchettes - Biaufond; La Chaux-de-Fonds - Le Locle; Couvet - Fleurier - Saint-Sulpice - Les Bayards - Les Verrières - Meudon);
Lot 2 : Bus urbains La Chaux-de-Fonds Le Locle et ligne La Chaux-de-Fonds - La Vue-des-Alpes - Tête de Ran.
Le lot 1 comprend la liaison régionale entre La Chaux-de-Fonds et Le Locle, ici en cause; comme considéré ci-dessus, cette ligne est soumise à la procédure de commande d'offre en trafic régional. Le lot 2, quant à lui, comprend les transports publics à l'intérieur des villes de La Chaux-de-Fonds et du Locle (transports pour lesquels les TRN disposent également d'une concession valable jusqu'en décembre 2012) et la ligne touristique La Chaux-de-Fonds - La Vue-des Alpes - Tête-de-Ran; ces lignes ne sont pas des lignes soumises à la procédure de commande de l'OIPAF.
Dans sa réponse, l'autorité de première instance a souligné que les deux lignes du lot 2 pourraient aussi être intégrées dans l'appel d'offres prévu par le canton dès lors qu'elles sont intégrées dans la concession N° 619 attribuée aux TRN (annexe à la décision attaquée) et qu'elles ont la même échéance que la ligne La Chaux-de-Fonds - Le Locle ici en cause.
Compte tenu des considérants qui précèdent, rien n'exclut en effet qu'un ensemble de lignes soient l'objet d'un appel d'offre même si certaines d'entre elles ne sont pas soumises à l'OIPAF (consid. 6.3 ci-dessus). Le Tribunal de céans constate que les concessions des lignes en question ont été attribuées à la recourante et sont valables jusqu'au 31 décembre 2012. Toutefois, dès lors que le canton n'a pas affirmé avec certitude que le lot 2 serait intégré dans le lot 1, il ne saurait en être tenu compte pour juger de la présente cause.

7.3 Il y a lieu en revanche de considérer que le lot 1, quant à lui, comprend des concessions qui arrivent toutes à échéance au 31 décembre 2012, à l'exception d'une ligne (Couvet - Fleurier - Saint-Sulpice - Les Bayards - Les Verrières - Meudon) pour laquelle la concession arrive à échéance le 31 décembre 2009. Toutes ces concessions, à l'exception de la concession litigieuse et de la ligne Couvet - Fleurier - Saint-Sulpice - Les Bayards - Les Verrières - Meudon, sont par ailleurs en mains de Car Postal Suisse SA (cf. observations de l'OFT et décision du DETEC, du 11 janvier 2008, annexe 16 aux observations).
Les explications de l'OFT s'agissant des intentions du canton de Neuchâtel ne sont pas critiquables et le Tribunal de céans doit admettre avec l'autorité de première instance que la condition de l'indice sérieux exigé par la jurisprudence comme critère permettant de considérer qu'une planification d'appels d'offres est prévue et sera appliquée est réalisée. Il y a donc lieu de retenir que le canton de Neuchâtel procédera pour l'horizon 2012 à un appel d'offres à tout le moins pour le lot 2 pour le transport régulier de personnes régional tel que défini aux articles 49 ss
SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr)
Lferr Art. 49 Principi - 1 Fatto salvo l'articolo 9b, la Confederazione assume l'onere principale del finanziamento dell'infrastruttura.
1    Fatto salvo l'articolo 9b, la Confederazione assume l'onere principale del finanziamento dell'infrastruttura.
2    I Cantoni partecipano al finanziamento dell'infrastruttura.
3    Fatte salve le prestazioni di cui all'articolo 59, dalle prestazioni federali ai sensi della presente legge sono escluse le tratte che:
a  assicurano il collegamento capillare;
b  collegano località che non sono abitate tutto l'anno;
c  non servono per il trasporto di consistenti quantità di merci.
LCdF et dans l'OIPAF.

7.4 Il découle de ce qui précède que la durée de concession de la ligne litigieuse, de même que celles qui font l'objet de la décision du DETEC, du 8 janvier 2008, en faveur de Car postal SA, auraient pu, au moment de la décision attaquée, être arrêtées au 31 décembre 2009, ceci pour respecter le concept de l'alignement des durées de concession dans un même lot. Toutes ont cependant été renouvelées au 31 décembre 2012 dans la mesure où une échéance au 31 décembre 2009 a été considérée comme trop brève et sans doute aussi pour tenir compte, justement, de la date arrêtée par le canton de Neuchâtel pour les appels d'offres qu'il compte organiser.
Compte tenu de tout ce qui précède, la durée de renouvellement de la concession litigieuse a été fixée en fonction d'une correcte appréciation des faits et en tenant compte équitablement des intérêts en présence. La décision de l'OFT, du 20 novembre 2007 doit dès lors être confirmée sur ce point.

8.
La recourante fait également grief à la décision entreprise de violer le principe d'égalité de traitement. Elle expose en bref qu'en 2006, l'OFT a renouvelé pour 10 ans, soit jusqu'au 31 décembre 2016, des concessions de lignes - qu'elle énumère - en faveur des TN. Elle expose que le canton de Neuchâtel ne dispose que de deux compagnies de transport opérant dans le bas du canton et que les concessions renouvelées en 2006 concernent elles aussi des lignes exclusivement cantonales.
Quant à l'autorité de première instance, elle conteste le grief et expose que les motifs à l'appui d'un renouvellement de 10 ans des concessions sur le littoral Neuchâtelois tiennent au fait que la planification cantonale en matière d'appels d'offres n'était pas encore établie au moment de la décision et que par conséquent une limitation de la durée de renouvellement n'aurait pas été envisageable.

8.1 L'article 8
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 8 Uguaglianza giuridica - 1 Tutti sono uguali davanti alla legge.
1    Tutti sono uguali davanti alla legge.
2    Nessuno può essere discriminato, in particolare a causa dell'origine, della razza, del sesso, dell'età, della lingua, della posizione sociale, del modo di vita, delle convinzioni religiose, filosofiche o politiche, e di menomazioni fisiche, mentali o psichiche.
3    Uomo e donna hanno uguali diritti. La legge ne assicura l'uguaglianza, di diritto e di fatto, in particolare per quanto concerne la famiglia, l'istruzione e il lavoro. Uomo e donna hanno diritto a un salario uguale per un lavoro di uguale valore.
4    La legge prevede provvedimenti per eliminare svantaggi esistenti nei confronti dei disabili.
de la Constitution fédérale de la Confédération Suisse du 18 avril 1999 (Cst, RS 101) prescrit en son alinéa 1 que tous les êtres humains sont égaux devant la loi. Cette disposition, qui concerne aussi bien les personnes physiques que morales, implique "qu'une décision ou un arrêté viole le principe de l'égalité de traitement lorsqu'il établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'il omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et lorsque ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente" (ATF 118 Ia 1; Jean-François Aubert / Pascal Mahon, Petit Commentaire de la Constitution fédérale de la Confédération Suisse du 18 avril 1999, Zurich, Bâle, Genève, 2003, ad art. 8
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 8 Uguaglianza giuridica - 1 Tutti sono uguali davanti alla legge.
1    Tutti sono uguali davanti alla legge.
2    Nessuno può essere discriminato, in particolare a causa dell'origine, della razza, del sesso, dell'età, della lingua, della posizione sociale, del modo di vita, delle convinzioni religiose, filosofiche o politiche, e di menomazioni fisiche, mentali o psichiche.
3    Uomo e donna hanno uguali diritti. La legge ne assicura l'uguaglianza, di diritto e di fatto, in particolare per quanto concerne la famiglia, l'istruzione e il lavoro. Uomo e donna hanno diritto a un salario uguale per un lavoro di uguale valore.
4    La legge prevede provvedimenti per eliminare svantaggi esistenti nei confronti dei disabili.
Cst, n.m. 9, p. 75).

8.2 S'agissant premièrement de l'état de fait et au vu des considérants qui précèdent, il y a lieu de retenir que l'état de fait qui régissait le renouvellement des concessions en 2006 d'une part et en 2007 de l'autre, n'est justement pas le même, dès lors qu'il n'y avait pas, en 2006, de planification cantonale des appels d'offres à un état suffisamment avancé pour que l'OFT puisse la prendre en considération pour fixer la durée de renouvellement des concessions du Littoral neuchâtelois. Dès lors, on ne saurait considérer que deux situations semblables auraient été traitées différemment en violation de l'article 8
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 8 Uguaglianza giuridica - 1 Tutti sono uguali davanti alla legge.
1    Tutti sono uguali davanti alla legge.
2    Nessuno può essere discriminato, in particolare a causa dell'origine, della razza, del sesso, dell'età, della lingua, della posizione sociale, del modo di vita, delle convinzioni religiose, filosofiche o politiche, e di menomazioni fisiche, mentali o psichiche.
3    Uomo e donna hanno uguali diritti. La legge ne assicura l'uguaglianza, di diritto e di fatto, in particolare per quanto concerne la famiglia, l'istruzione e il lavoro. Uomo e donna hanno diritto a un salario uguale per un lavoro di uguale valore.
4    La legge prevede provvedimenti per eliminare svantaggi esistenti nei confronti dei disabili.
Cst.
Par ailleurs, et dès lors qu'il y a lieu de tenir compte de la planification cantonale en matière d'appels d'offres pour la procédure de commande des transports régionaux, s'agissant en particulier de la formation de lots, le Tribunal de céans, sur la base des faits exposés ci-dessus, constate que toutes les concessions des lignes du lot 1 - à l'exception d'une seule - arriveront à échéance le 31 décembre 2012. Le fait que l'une des concessions de lignes arrive à échéance plus tôt (au 31 décembre 2009) ne saurait être pris en considération: la recourante n'aurait guère d'intérêt à se prévaloir d'une inégalité de traitement par rapport à cette concession-là, puisque le grief de l'inégalité de traitement, s'il était retenu, aboutirait à fixer une durée de concession plus courte que celle qui est ici contestée.
Le grief tiré de l'article 8
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 8 Uguaglianza giuridica - 1 Tutti sono uguali davanti alla legge.
1    Tutti sono uguali davanti alla legge.
2    Nessuno può essere discriminato, in particolare a causa dell'origine, della razza, del sesso, dell'età, della lingua, della posizione sociale, del modo di vita, delle convinzioni religiose, filosofiche o politiche, e di menomazioni fisiche, mentali o psichiche.
3    Uomo e donna hanno uguali diritti. La legge ne assicura l'uguaglianza, di diritto e di fatto, in particolare per quanto concerne la famiglia, l'istruzione e il lavoro. Uomo e donna hanno diritto a un salario uguale per un lavoro di uguale valore.
4    La legge prevede provvedimenti per eliminare svantaggi esistenti nei confronti dei disabili.
Cst doit donc également être rejeté.

9.
Au vu des considérants qui précèdent, le présent recours se révèle mal fondé et doit être rejeté.
En application des art. 63 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 63 - 1 L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
1    L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
2    Nessuna spesa processuale è messa a carico dell'autorità inferiore ne delle autorità federali, che promuovano il ricorso e soccombano; se l'autorità ricorrente, che soccombe, non è un'autorità federale, le spese processuali le sono addossate in quanto la causa concerna interessi pecuniari di enti o d'istituti autonomi.
3    Alla parte vincente possono essere addossate solo le spese processuali che abbia cagionato violando le regole di procedura.
4    L'autorità di ricorso, il suo presidente o il giudice dell'istruzione esige dal ricorrente un anticipo equivalente alle presunte spese processuali. Stabilisce un congruo termine per il pagamento con la comminatoria che altrimenti non entrerà nel merito. Se sussistono motivi particolari, può rinunciare interamente o in parte a esigere l'anticipo.100
4bis    La tassa di decisione è stabilita in funzione dell'ampiezza e della difficoltà della causa, del modo di condotta processuale e della situazione finanziaria delle parti. Il suo importo oscilla:
a  da 100 a 5000 franchi nelle controversie senza interesse pecuniario;
b  da 100 a 50 000 franchi nelle altre controversie.101
5    Il Consiglio federale disciplina i dettagli relativi alla determinazione delle tasse.102 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005103 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010104 sull'organizzazione delle autorità penali.105
PA et 4 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, arrêtés à 1'500 francs, sont mis à la charge de la recourante. Il sont compensés par l'avance de frais du même montant déjà versée.

Dans la mesure où la recourante succombe, il n'y a pas lieu de lui allouer une indemnité au titre de dépens (cf. art. 64 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 64 - 1 L'autorità di ricorso, se ammette il ricorso in tutto o in parte, può, d'ufficio o a domanda, assegnare al ricorrente una indennità per le spese indispensabili e relativamente elevate che ha sopportato.
1    L'autorità di ricorso, se ammette il ricorso in tutto o in parte, può, d'ufficio o a domanda, assegnare al ricorrente una indennità per le spese indispensabili e relativamente elevate che ha sopportato.
2    Il dispositivo indica l'ammontare dell'indennità e l'addossa all'ente o all'istituto autonomo, nel cui nome l'autorità inferiore ha deciso, in quanto non possa essere messa a carico di una controparte soccombente.
3    Se una controparte soccombente ha presentato conclusioni indipendenti, l'indennità può essere messa a suo carico, secondo la propria solvenza.
4    L'ente o l'istituto autonomo, nel cui nome l'autorità inferiore ha deciso, risponde dell'indennità addossata a una controparte soccombente, in quanto non possa essere riscossa.
5    Il Consiglio federale disciplina la determinazione delle spese ripetibili.106 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005107 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010108 sull'organizzazione delle autorità penali.109
PA et 7 al. 1 FITAF a contrario).

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais de procédure, d'un montant de 1'500 francs sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais du même montant déjà versée.

3.
Il n'est pas alloué de dépens.

4.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (recommandé)
au Département de la gestion du territoire, Office des transports, rue de Tivoli 5, case postale 24, 2003 Neuchâtel (pour information, courrier A)
au Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC) (acte judiciaire)

L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.

La présidente du collège : Le greffier :

Claudia Pasqualetto Péquignot Emilien Gigandet

Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
, 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Conformément à l'article 46 al. 1 let. b
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 46 Sospensione - 1 I termini stabiliti in giorni dalla legge o dal giudice sono sospesi:
1    I termini stabiliti in giorni dalla legge o dal giudice sono sospesi:
a  dal settimo giorno precedente la Pasqua al settimo giorno successivo alla Pasqua incluso;
b  dal 15 luglio al 15 agosto incluso;
c  dal 18 dicembre al 2 gennaio incluso.
2    Il capoverso 1 non si applica nei procedimenti concernenti:
a  l'effetto sospensivo e altre misure provvisionali;
b  l'esecuzione cambiaria;
c  i diritti politici (art. 82 lett. c);
d  l'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e l'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
e  gli appalti pubblici.18
LTF, les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas du 15 juillet au 15 août inclusivement. Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF).
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