A-7522/2006 - 2009-12-15 - Indirekte Steuern - Mehrwertsteuer (1. Quartal 2001 bis 1. Quartal 2004); Einlageentsteuerung

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal

Abteilung I
A-7522/2006
{T 0/2}

Urteil vom 15. Dezember 2009

Besetzung
Richter Pascal Mollard (Vorsitz), Richter Daniel Riedo, Richterin Salome Zimmermann,
Gerichtsschreiber Jürg Steiger.

Parteien
A._______AG,
Beschwerdeführerin,

gegen

Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV,
Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz.

Gegenstand
Mehrwertsteuer (1. Quartal 2001 bis 1. Quartal 2004); freiwillige Unterstellung unter die Steuerpflicht; Vorsteuerabzug, Einlageentsteuerung.

Sachverhalt:

A.
Die A._______AG mit Sitz in (...) bezweckt laut Handelsregisterauszug die Logistik und weitere Dienstleistungen für den Eisenbahngüterverkehr in Europa mit dem Ziel, diesen Verkehrssektor auf europäischem Gebiet effizient zu gestalten. Mit Schreiben vom 22. März 2004 an die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) ersuchte die A.______AG um freiwillige Unterstellung unter die Steuerpflicht rückwirkend auf den Zeitpunkt der Aufnahme ihrer Tätigkeit im Jahr 1999. Eventualiter sei sie per 2003 einzutragen. In diesem Jahr habe sie ihre ersten Umsätze erzielt. In der Beilage reichte sie den ausgefüllten Fragebogen zur Abklärung der Mehrwertsteuerpflicht ein. Für das Jahr 2003 gab sie einen Umsatz von Euro 90'000.-- an. Am 5. Juni 2003 habe sie erstmals Rechnung gestellt. Am 25. März 2004 reichte sie ein unterzeichnetes Optionsgesuch mit dem entsprechenden Formular der ESTV ein für die freiwillige Steuerpflicht nach Art. 27 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuerpflicht (MWSTG, SR 641.20).

B.
Am 18. Mai 2004 teilte die ESTV der A._______AG mit, eine freiwillige Unterstellung unter die Steuerpflicht sei erst auf den 1. Januar 2004 möglich. Im Weiteren handle es sich bei den in den Jahren 1999 bis 2003 bezogenen Management- und Marketingleistungen sowie Software-Entwicklungsleistungen um Bezüge gemäss Art. 9 der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV, AS 1994 1464) bzw. Art. 10 MWSTG. Diesbezüglich sei die Steuerpflicht im Sinn von Art. 18 MWSTV bzw. Art. 24 MWSTG gegeben und die auf den Bezügen entfallende Mehrwertsteuer sei nachzuentrichten.

Hinsichtlich der bezogenen Management- und Marketingleistungen stellte die ESTV am 19. Mai 2004 u.a. folgende Ergänzungsabrechnungen (EA):
EA Nr. 07924837 betreffend das 1. bis 4. Quartal 2001: Fr. 29'258.--
EA Nr. 07924838 betreffend das 1. bis 4. Quartal 2002: Fr. 22'795.--
EA Nr. 07924839 betreffend das 1. bis 4. Quartal 2003: Fr. 34'557.--
Fr. 86'610.--

Zudem forderte sie hinsichtlich der bezogenen Software-Entwicklungsleistungen nach:
EA Nr. 07924831 betreffend das 1. bis 4. Quartal 2000: Fr. 130'874.--
EA Nr. 07924832 betreffend das 1. bis 4. Quartal 2001: Fr. 47'127.--
EA Nr. 07924833 betreffend das 1. bis 4. Quartal 2002: Fr. 20'589.--
EA Nr. 07924834 betreffend das 1. bis 4. Quartal 2003: Fr. 41'726.--
Fr. 240'316.--
Gesamte Nachforderung: Fr. 326'926.--

C.
Am 18. Juni 2004 reichte die A._______AG die Abrechnung für das 1. Quartal 2004 ein. Darin machte sie die ihr für den Bezug der Software-Entwicklungsleistungen belastete Mehrwertsteuer im Umfang von insgesamt Fr. 240'316.-- als Vorsteuern im Rahmen der Einlageentsteuerung geltend. Die ESTV erachtete hingegen einen nachträglichen Vorsteuerabzug auf den bezogenen Software-Entwicklungsleistungen lediglich im Umfang von Fr. 90'760.-- als zulässig und belastete der A._______AG die Differenz von Fr. 149'556.-- mit der EA Nr. 555'842 zurück.

D.
Mit Schreiben vom 29. September 2004 verlangte die A._______AG einen anfechtbaren Entscheid. In der Folge erliess die ESTV am 1. Dezember 2004 einen Entscheid im Sinn von Art. 63 MWSTG. Für das 1. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2003 bestätigte sie die Nachforderungen aus den Bezügen von Management- und Marketingleistungen in der Höhe von Fr. 86'610.-- und aus den bezogenen Software-Entwicklungsleistungen von Fr. 109'442.--. Im Weiteren bestätigte sie betreffend das 1. Quartal 2004 die EA Nr. 555'842 im Betrag von Fr. 149'556.--. Gegen diesen Entscheid erhob die A._______AG am 14. Dezember 2004 Einsprache. Sie machte im Wesentlichen geltend, es sei nicht richtig, den Bezug von Dienstleistungen aus dem Ausland zu besteuern, den Vorsteuerabzug aber nicht bzw. nicht vollständig zuzulassen. Eventualiter beantragte sie die volle Einlageentsteuerung. Sie habe eine Software für die Koordination und Überwachung des Bahnverkehrs entwickeln lassen. Diese Software sei erst im Jahr 2003 genutzt worden. Im Weiteren machte sie ebenfalls die vollständige Einlageentsteuerung hinsichtlich der bezogenen Marketingleistungen geltend.

E.
Mit Einspracheentscheid vom 21. November 2006 wies die ESTV die Einsprache ab. Sie stellte fest, dass sie der A._______AG die Einlageentsteuerung zu Recht über den Betrag von Fr. 149'556.-- verweigert habe. Im Weiteren habe sie von der A._______AG zu Recht Fr. 196'052.-- (Fr. 86'610.-- zuzüglich Fr. 109'442.--) nachgefordert. Zur Begründung brachte sie im Wesentlichen vor, dass eine Unterstellung unter die freiwillige Steuerpflicht frühestens auf den Beginn des Quartals möglich sei, in dem sie schriftlich beantragt werde. Die A._______AG habe erstmals am 22. März 2004 ein Gesuch um freiwillige Unterstellung unter die Steuerpflicht gestellt. Sie sei deshalb per 1. Januar 2004 in das Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen worden. Vor diesem Zeitpunkt könne sie keine Vorsteuern geltend machen. Im Weiteren sei hinsichtlich der vor dem Jahr 2004 bezogenen Managementleistungen keine Einlageentsteuerung möglich, da eine solche nach der Praxis der ESTV nur vorgesehen sei, wenn die entsprechenden Dienstleistungen in der Bilanz aktiviert worden seien. Nicht aktivierte und insbesondere nicht aktivierbare Dienstleistungen würden als im Jahr des Bezugs als verbraucht gelten. Hinsichtlich der bezogenen Software-Entwicklungsleistungen sei zwar eine Aktivierung erfolgt, hier sei aber eine Einlageentsteuerung gemäss Art. 42 Abs. 3 MWSTG nur noch auf dem ungenutzten Teil möglich. Es habe eine lineare Abschreibung von jährlich mindestens 20% zu erfolgen. Die Abschreibung beginne mit dem Zeitpunkt des tatsächlichen Bezugs der jeweiligen Dienstleistung und ende spätestens nach Ablauf von fünf Jahren. Vorliegend habe sie deshalb zu Recht eine solche Abschreibung auf dem Bezug der Leistungen vorgenommen und (lediglich) eine Einlageentsteuerung von Fr. 90'760.-- gewährt.

F.
Die A._______AG (Beschwerdeführerin) führte am 22. Dezember 2006 Beschwerde gegen den Einspracheentscheid der ESTV vom 21. November 2006 an die Eidgenössische Steuerrekurskommission (SRK). Sie stellte sinngemäss die Anträge, der Einspracheentscheid sei aufzuheben und die ESTV habe ihr die auf den Dienstleistungsbezügen aus dem Ausland im Kalenderjahr 2003 bezahlte Mehrwertsteuer von Fr. 76'283.-- zurückzuerstatten. Eventualiter habe sie einen Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht und deshalb sei der genannte Betrag auf jeden Fall zurückzubezahlen. Im Weiteren sei betreffend die von ihr in den Jahren 2000-2002 bezogenen Softwareentwicklungsleistungen eine Einlageentsteuerung von Fr. 158'872.-- zu gewähren. Nach Abzug der von der ESTV bereits akzeptierten Einlageentsteuerung von Fr. 90'760.-- verbleibe eine Nettoforderung von Fr. 68'112.--. Im Übrigen erhob die Beschwerdeführerin ebenfalls Beschwerde gegen den Einspracheentscheid der ESTV vom 21. November 2006 betreffend das 1. Quartal 1999 bis 4. Quartal 2000 und verlangte die Vereinigung der beiden Beschwerdeverfahren. Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten der ESTV. Zur Begründung machte sie im Wesentlichen geltend, sie habe im Jahr 2003 erstmals Umsätze (in der Höhe von Fr. 135'000.--) erzielt. In diesem Jahr habe sie Dienstleistungen aus dem Ausland (Managementleistungen sowie Software-Entwicklungsleistungen) im Betrag von Fr. 1'003'737.-- bezogen. Die darauf entrichtete MWST habe gesamthaft Fr. 76'283.-- (Fr. 41'726.-- zuzüglich Fr. 34'557.--) betragen. Gestützt auf Art. 45a der Verordnung vom 29. März 2000 zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer (MWSTGV, SR 641.201) und die entsprechende Praxismitteilung der ESTV vom 27. Oktober 2006 habe sie einen Anspruch auf Rückerstattung bzw. Gewährung des Vorsteuerabzugs in der genannten Höhe von Fr. 76'283.--. Im Weiteren sei unbestritten, dass sie in den Jahren 1999 bis 2003 Software-Entwicklungsleistungen aus dem Ausland bezogen habe. Sie habe ab Aufnahme ihrer Tätigkeit eine Software entwickelt für die Koordination und Überwachung des Bahngüterverkehrs. Im Jahr 2003 seien mit der Software die ersten Umsätze erzielt worden. Während der Entwicklungszeit habe sie die Software nicht in Gebrauch genommen. Die fortlaufend bezogenen Entwicklungsleistungen seien in das angestrebte Produkt geflossen. Zur Bemessung der Einlageentsteuerung habe deshalb auf den bezogenen Software-Entwicklungsleistungen lediglich im Jahr 2003 eine Abschreibung von 20% zu erfolgen.

G.
Am 15. März 2007 schrieb das Bundesverwaltungsgericht das Beschwerdeverfahren der Beschwerdeführerin gegen den Einspracheentscheid der ESTV vom 21. November 2006 betreffend das 1. Quartal 1999 bis 4. Quartal 2000 infolge Rückzugs der Beschwerde ab (vgl. Abschreibungsentscheid des Bundesverwaltungsgerichts A-7791/2006 vom 15. März 2007).

H.
Die ESTV beantragte in ihrer Vernehmlassung vom 14. Juni 2007 sinngemäss die teilweise Gutheissung der Beschwerde. Es sei festzustellen, dass die ESTV zu Recht Fr. 141'210.80 Mehrwertsteuer nachgefordert habe und der Beschwerdeführerin seien Fr. 34'557.-- Mehrwertsteuer gutzuschreiben. Entsprechend sei die Verzugszinsberechnung zu korrigieren. Auf den zu viel entrichteten Beträgen sei der Beschwerdeführerin ein Vergütungszins auszurichten. Die Kosten des Verfahrens seien aufgrund der teilweisen Gutheissung verhältnismässig zu kürzen und es sei eine reduzierte Parteientschädigung auszurichten. Zur Begründung führte sie im Wesentlichen aus, betreffend das Jahr 2003 könne gestützt auf Art. 45a MWSTGV und ihrer Praxismitteilung vom 27. Oktober 2006 für die bezogenen Dienstleistungen der volle Vorsteuerabzug gewährt werden. Hinsichtlich der Software-Entwicklungsleistungen sei der Beschwerdeführerin für das Jahr 2003 Mehrwertsteuern in der Höhe von Fr. 41'726.-- nachbelastet worden. Unter Anrechnung des bereits teilweise zugestandenen Vorsteuerabzugs von Fr. 33'380.80 sei zu Gunsten der Beschwerdeführerin eine Differenz von Fr. 8'345.20 zu berücksichtigen. Betreffend die Management-Leistungen könne für das Jahr 2003 der Vorsteuerabzug in der Höhe von Fr. 34'557.-- gewährt werden. Bestritten sei demnach lediglich noch die Bemessung der Einlageentsteuerung für die bezogenen Software-Entwicklungsleistungen in den Jahren 2000-2002. Diese Leistungen seien entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin sehr wohl vor dem Jahr 2003 genutzt worden, denn damit habe sie ihr Software-Produkt entwickelt. Die ESTV habe deshalb bei der Bemessung der Einlageentsteuerung nach Art. 42 Abs. 3 MWSTG zu Recht eine Abschreibung von jährlich 20% seit dem jeweiligen Dienstleistungsbezug vorgenommen. Im Übrigen beginne nach der Praxis der ESTV bei Dienstleistungen die Abschreibung immer im Jahr des jeweiligen Bezuges. Die Nutzung einer Dienstleistung finde nicht erst im Zeitpunkt eines späteren damit bewirkten Umsatzes statt. Die Abschreibungspraxis der ESTV basiere insbesondere auf den gesetzlichen Vorgaben von Art. 42 Abs. 3 MWSTG. Die zulässige Einlageentsteuerung für die bezogenen Software-Entwicklungsleistungen in den Jahren 2000 bis 2002 betrage Fr. 57'378.20 und sei im bereits zugestandenen Vorsteuerabzug von Fr. 90'760.-- enthalten.

I.
Am 6. Juli 2007 reichte die Beschwerdeführerin dem Bundesverwaltungsgericht unaufgefordert eine Replik zur Vernehmlassung der ESTV vom 14. Juni 2007 ein. Sie begrüsse die von der ESTV beantragte Gutheissung der Beschwerde im Umfang von Fr. 42'902.--. Hinsichtlich der aus dem Ausland bezogenen Software-Entwicklungsleistungen in den Jahren 2000-2002 halte die ESTV aber zu Unrecht an ihrer Berechnung der Einlageentsteuerung mit einer jährlichen Abschreibung von 20% ab Bezug der Dienstleistung fest. Die ESTV verkenne, dass die verschiedenen Software-Entwicklungsleistungen in das angestrebte Produkt eingeflossen seien und nur als Gesamtlösung genutzt werden konnten. Die bezogenen Dienstleistungen seien deshalb erst 2003 im Sinn von Art. 42 Abs. 3 MWSTG genutzt worden.

In ihrer Duplik vom 17. September 2007 hielt die ESTV vollumfänglich an ihrer Vernehmlassung vom 14. Juni 2007 fest.

Auf die Eingaben der Parteien wird - soweit entscheidwesentlich - im Rahmen der nachfolgenden Erwägungen eingegangen.

Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:

1.
1.1 Gemäss Art. 31 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG, SR 173.32) beurteilt das Bundesverwaltungsgericht Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021), sofern keine Ausnahme nach Art. 32 VGG gegeben ist. Eine solche liegt nicht vor und die Vorinstanz ist eine Behörde im Sinne von Art. 33 VGG. Das Bundesverwaltungsgericht ist daher für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde zuständig. Es übernimmt die Beurteilung der Ende 2006 bei der SRK hängigen Rechtsmittel und wendet das neue Verfahrensrecht an (Art. 53 Abs. 2 VGG). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist demnach einzutreten. Aufgrund der Abschreibung des Beschwerdeverfahrens A-7791/2006 erübrigt sich hingegen der Antrag auf Vereinigung der Verfahren.

1.2 Das Bundesverwaltungsgericht kann den angefochtenen Einspracheentscheid grundsätzlich in vollem Umfang überprüfen. Im Beschwerdeverfahren gelten die Untersuchungsmaxime, wonach der Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen ist (Art. 12 VwVG), und der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen (Art. 62 Abs. 4 VwVG). Das Bundesverwaltungsgericht ist demzufolge verpflichtet, auf den festgestellten Sachverhalt die richtige Rechtsnorm anzuwenden, d.h. jenen Rechtssatz anzuwenden, den es als den zutreffenden erachtet, und ihm jene Auslegung zu geben, von der es überzeugt ist. Dies bedeutet, dass es eine Beschwerde auch aus einem anderen als den geltend gemachten Gründen (teilweise) gutheissen oder den angefochtenen Entscheid im Ergebnis mit einer Begründung bestätigen kann, die von jener der Vorinstanz abweicht (vgl. Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1561/2006 vom 5. Januar 2009 E. 1.3, A-1569/2006 vom 8. Oktober 2008 E. 1.2; BVGE 2007/41 E. 2 mit Hinweisen).

2.
2.1 Der Mehrwertsteuer unterliegen im Inland gegen Entgelt erbrachte Lieferungen von Gegenständen, im Inland gegen Entgelt erbrachte Dienstleistungen, der Eigenverbrauch sowie der Bezug von Dienstleistungen gegen Entgelt von Unternehmen mit Sitz im Ausland (Art. 5 Bst. a -d MWSTG). Als Dienstleistung gilt jede Leistung, die keine Lieferung eines Gegenstandes ist (Art. 7 Abs. 1 MWSTG; vgl. statt vieler: Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1572/2006 vom 21. August 2008 E. 2.1).
2.2
2.2.1 Die Voraussetzungen der subjektiven Steuerpflicht ergeben sich aus Art. 21 MWSTG. Demnach ist grundsätzlich steuerpflichtig, wer eine mit der Erzielung von Einnahmen verbundene gewerbliche oder berufliche Tätigkeit selbständig ausübt, sofern seine Lieferungen, seine Dienstleistungen und sein Eigenverbrauch im Inland jährlich gesamthaft Fr. 75'000.-- übersteigen (Art. 21 Abs. 1 MWSTG). Von der Steuerpflicht ausgenommen ist gemäss Art. 25 Abs. 1 Bst. a MWSTG ein Unternehmen mit einem Jahresumsatz nach Art. 21 Abs. 3 MWSTG bis zu Fr. 250'000.--, sofern die nach Abzug der Vorsteuer verbleibende Steuer (sogenannte Steuerzahllast) regelmässig nicht mehr als Fr. 4'000.-- im Jahr betragen würde (vgl. statt vieler: Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1652/2006 vom 22. Juni 2009 E. 2.1).
2.2.2 Steuerpflichtig ist nach Art. 24 MWSTG überdies, wer im Kalenderjahr unter den in Art. 10 MWSTG aufgestellten Voraussetzungen für mehr als Fr. 10'000.-- Dienstleistungen von Unternehmen mit Sitz im Ausland bezieht. Soweit der Bezüger nicht bereits nach Art. 21 Abs. 1 MWSTG steuerpflichtig ist, beschränkt sich die Steuerpflicht auf diese Bezüge. Für die nach Art. 21 Abs. 1 MWSTG steuerpflichtige Person gilt die Mindestgrenze von Fr. 10'000.-- im Kalenderjahr ebenfalls, doch hat sie jeden Bezug zu deklarieren (vgl. auch Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1444/2006 und A-1445/2006 vom 22. Juli 2008 E. 3.2). Die Grenze von Fr. 10'000.-- ist nicht als Freigrenze zu verstehen. Wird dieser Betrag überschritten, ist für den gesamten Bezug von Dienstleistungen von Unternehmen mit Sitz im Ausland die MWST geschuldet und nicht bloss für den die Fr. 10'000.-- übersteigenden Teil (Spezialbroschüre 02 "Steuerpflicht bei der Mehrwertsteuer", September 2000, Ziff. 5; DIETER METZGER, Kurzkommentar zum Mehrwertsteuergesetz, Bern 2000, Rz. 4).
2.2.3 Zur Wahrung der Wettbewerbsneutralität oder zur Vereinfachung der Steuererhebung kann die ESTV unter den von ihr festzusetzenden Bedingungen derjenigen Person, welche nach Art. 21 Abs. 1 MWSTG die gesetzlich festgelegte Mindestumsatzgrenze nicht erreicht oder nach Art. 25 Abs. 1 MWSTG von der Steuerpflicht ausgenommen ist, gestatten, sich der Steuerpflicht freiwillig zu unterstellen (Art. 27 Abs. 1 MWSTG; so genannte subjektive Option). Die von der Rechtsprechung als zulässig erachtete Verwaltungspraxis der ESTV verlangt, dass pro Jahr ein Mindestumsatz von Fr. 40'000.-- erzielt wird (vgl. Wegleitung 2001 zur Mehrwertsteuer, Rz. 688; Spezialbroschüre Nr. 02, a.a.O., Ziff. 4.2.1; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1652/2006 vom 22. Juni 2009 E. 2.2, A-12/2007 vom 28. Januar 2009 E. 2.2.1, A-1371/2006 vom 26. Juli 2007 E. 2.2.1; BVGE 2007/38 E. 4.1.2). Der Mindestumsatz von Fr. 40'000.-- kann insbesondere erzielt werden aus steuerbaren Leistungen an Steuerpflichtige im Inland bzw. vergütungsberechtigte ausländische Unternehmen und/oder Exporten oder Leistungen von inländischen Unternehmen im Ausland, die steuerbar wären, wenn sie im Inland erbracht würden (Spezialbroschüre Nr. 02, a.a.O., Ziff. 4.2.1).

Im Weiteren ist nach der Praxis der ESTV eine rückwirkende Eintragung grundsätzlich nicht möglich. Sie kann in der Regel frühestens auf den Beginn des laufenden Quartals, in welchem das Gesuch gestellt worden ist, erfolgen (vgl. Spezialbroschüre Nr. 02, a.a.O., Ziff. 4.1). Eine rückwirkende Option für die freiwillige subjektive Steuerpflicht ist somit grundsätzlich nicht möglich. Die ESTV hat diesbezüglich jedoch eine klare Toleranz eingeführt, indem sie eine Rückwirkung auch ohne formelles Gesuch und ohne Bewilligung zulässt, wenn der Steuerpflichtige sämtliche materiellen und formellen Voraussetzungen von Beginn weg erfüllt hat. Die SRK und auch das Bundesverwaltungsgericht haben diese Praxis mehrfach beobachtet und als rechtmässig bestätigt (BVGE 2007/38 E. 4.1.3, 4.2; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1411/2006 vom 14. Mai 2007 E. 4.2, 4.2.2, 4.2.3; Entscheid der SRK vom 4. November 2005, veröffentlicht in VPB 70.40 E. 4b/bb, vom 13. Juni 2003 [SRK 2002-081] E. 2c).

Mit Art. 27 Abs. 2 MWSTG besteht eine weitere Optionsmöglichkeit, die keinen bereits zu erreichenden Mindestumsatz vorsieht. Diese Bestimmung kann für diejenigen Unternehmen von Bedeutung sein, welche - infolge fehlender Voraussetzungen - nicht nach Art. 21 oder Art. 27 Abs. 1 MWSTG als Mehrwertsteuerpflichtige registriert werden können. Unternehmen, die eine Tätigkeit neu aufgenommen haben und die darauf ausgerichtet sind, spätestens innert fünf Jahren im Inland regelmässig steuerbare Jahresumsätze von mehr als Fr. 250'000.-- zu erzielen, wird ein Rechtsanspruch auf freiwillige Unterstellung unter die Steuerpflicht eingeräumt. Die Steuerpflicht beginnt dabei mit Aufnahme der Tätigkeit (Art. 27 Abs. 2 MWSTG; vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-12/2007 vom 28. Januar 2009 E. 2.2.2). In ihrem Merkblatt Nr. 17, Option nach Art. 27 Abs. 2 MWSTG, gültig ab 1. Januar 2001, hält die ESTV zudem in Ziff. 4 fest, dass der Optionsantrag grundsätzlich in demjenigen Quartal einzureichen sei, in dem die Tätigkeit aufgenommen wird. Bei verspäteter Anmeldung bestehe kein Anspruch auf Vergütungszins für geltend gemachte Vorsteuern für die rückliegende Zeit. Daraus zieht das Bundesverwaltungsgericht den Schluss, dass nach der Praxis der ESTV eine rückwirkende Option auch im Rahmen von Art. 27 Abs. 2 MWSTG möglich ist (vgl. dazu BVGE 2007/38 E. 4.1.3 in fine).
2.3
2.3.1 Verwendet die steuerpflichtige Person Gegenstände oder Dienstleistungen für steuerbare Ausgangsleistungen, so kann sie gemäss Art. 38 Abs. 1 Bst. b MWSTG in ihrer Steuerabrechnung u.a. die von ihr für den Bezug von Diensleistungen von Unternehmen mit Sitz im Ausland deklarierte Steuer abziehen.
2.3.2 Erste Voraussetzung eines Anspruchs auf Vorsteuerabzug ist demnach die subjektive Steuerpflicht, sei es von Gesetzes wegen (E. 2.2.1) oder aufgrund freiwilliger Unterstellung (E. 2.2.3). Vorsteuerabzugsberechtigt sind nur diejenigen Unternehmen, die der Mehrwertsteuerpflicht unterstehen und als solche registriert sind (BGE 123 II 303 E. 6; Urteil des Bundesgerichts 2A.349/2004 vom 1. Dezember 2004 E. 4.2; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-12/2007 vom 28. Januar 2009 E. 2.5.1 mit Hinweisen).
2.3.3 Die Vorsteuerabzugsberechtigung setzt gemäss Art. 38 Abs. 1 und 2 MWSTG zudem voraus, dass der Mehrwertsteuerpflichtige die vorsteuerbelastete Eingangsleistung für steuerbare Umsätze verwendet. Nach der Rechtsprechung bedarf es eines "objektiven wirtschaftlichen Zusammenhangs zwischen steuerbarer Eingangs- und Ausgangsleistung". Eine Verknüpfung zwischen den steuerbaren Eingangs- und Ausgangsumsätzen ist zwingend erforderlich, wobei neben der unmittelbaren, direkten Verwendung der Eingangsleistung für den Ausgangsumsatz auch eine mittelbare Verwendung genügt, bei welcher die Eingangsleistung nur indirekt in den Ausgangsumsatz einfliesst (BGE 132 II 353 E. 8.3, ferner E. 10; Urteile des Bundesgerichts 2A.650/2005 vom 16. August 2006 E. 3.4, 2A.175/2002 vom 23. Dezember 2002 E. 5.2 in fine; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-12/2007 vom 28. Januar 2009 E. 2.5.2, A-1418/2006 vom 14. Mai 2008 E. 6.1.2, A-1547/2006 vom 30. Januar 2008 E. 2.5).
2.4
2.4.1 Waren die Voraussetzungen des Vorsteuerabzugs beim Empfang der Lieferung oder der Dienstleistung nicht gegeben, treten sie jedoch später ein, so kann im Rahmen von Art. 42 Abs. 1 MWSTG der Vorsteuerabzug in der Abrechnung über diejenige Steuerperiode vorgenommen werden, in welcher die Voraussetzungen hiefür eingetreten sind (so genannte Einlageentsteuerung; vgl. zum Begriff TOBIAS FELIX ROHNER, Der nachträgliche Vorsteuerabzug [Einlageentsteuerung] im schweizerischen MWSTG und nach der 6. MwSt.-Richtlinie der EU, Bern 2007, S. 3 ff. mit Hinweisen; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1478/2006 vom 10. März 2008 E. 2.2.2). Wurde der Gegenstand in der Zeit zwischen dem Empfang der Lieferung und dem Eintritt der Voraussetzungen für den Vorsteuerabzug in Gebrauch genommen, so vermindert sich die abziehbare Vorsteuer für jedes in dieser Zeitspanne abgelaufene Jahr bei beweglichen Gegenständen linear um 1/5, bei unbeweglichen Gegenständen linear um 1/20 (Art. 42 Abs. 3 Satz 1 MWSTG). Bei Dienstleistungen, die vor dem Eintritt der Voraussetzungen für den Vorsteuerabzug teilweise genutzt wurden, berechnet sich die abziehbare Vorsteuer vom Wert des noch nicht genutzten Teils (Art. 42 Abs. 3 Satz 2 MWSTG; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1418/2006 vom 14. Mai 2008 E. 6.2.1, A-1597/2006 und A-1598/2006 vom 17. August 2009 E. 3.3). Gemäss der Übergangsregelung von Art. 94 Abs. 4 MWSTG gelten die Bestimmungen über die spätere Entstehung des Anspruchs auf Vorsteuerabzug nach Art. 42 MWSTG auch dann, wenn nach bisherigem Recht (d.h. nach der MWSTV) die Voraussetzungen des Vorsteuerabzugs nicht gegeben waren.
2.4.2 Art. 42 MWSTG entspricht dem Rechtscharakter der Mehrwertsteuer als Netto-Allphasensteuer und dem Sinn des Vorsteuerabzugs, der darin besteht - in Verwirklichung des Grundsatzes der Steuerneutralität - den Steuerpflichtigen von der Mehrwertsteuer zu entlasten, wenn und soweit Eingangsleistungen für steuerbare Zwecke verwendet werden (vgl. ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER/KLAUS A. VALLENDER, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], Bern 2003, 2. Aufl., Rz. 1496). Zur Bemessung der Einlageentsteuerung ist deshalb nach Art. 42 Abs. 3 MWSTG bei bezogenen Dienstleistungen derjenige Teil, der bereits vor dem Eintritt der Voraussetzungen für den Vorsteuerabzug genutzt worden ist, nicht zu entsteuern, da er als konsumiert gilt. Insoweit ist der Steuerpflichtige nämlich Endverbraucher des Vorbezugs und definitiver Träger der darauf lastenden Steuer (vgl. DANIEL RIEDO, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Bern 1999, S. 275). Bei demjenigen Teil der Eingangsleistung hingegen, der nach Eintritt der Möglichkeit zur Einlageentsteuerung direkt oder indirekt in steuerbare Ausgangsleistungen einfliesst, kann der nachträgliche Vorsteuerabzug vorgenommen werden. Es ist somit im Einzelfall aufgrund einer wirtschaftlichen Betrachtung zu prüfen, inwieweit die Eingangsleistung bereits genutzt worden ist (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1418/2006 vom 14. Mai 2008 E. 6.2.2). Wurde die bezogene Eingangsleistung (noch) nicht genutzt, besteht kein Anlass den Vorsteuerabzug einzuschränken und damit die "Nichtnutzung" endgültig zu belasten (ROHNER, a.a.O., S. 160). Massgebend ist, dass ein Steuerpflichtiger die Leistungseingänge überhaupt für steuerbare Zwecke nutzt, unabhängig davon, ob dies sofort oder erst zu einem späteren Zeitpunkt geschieht. Die Steuer auf einer Vorleistung, die in steuerbare Ausgangsleistungen eingeht, darf für den Steuerpflichtigen nicht zum Kostenfaktor werden (RIEDO, a.a.O., S. 275 f.).

Nicht entscheidend ist letztlich, ob der Leistungsbezug aktiviert worden bzw. in welchem Mass buchhalterisch eine Abschreibung erfolgt ist. Die buchhalterische Erfassung von Leistungen kann zwar ein Indiz für eine mehrwertsteuerrechtliche Qualifikation sein, vermag jedoch die wirtschaftliche Realität nicht zu ändern. Massgebend ist nicht die Sichtweise der Buchführung, sondern die wirtschaftliche Betrachtungsweise (Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1418/2006 vom 14. Mai 2008 E. 4.2, A-1378/2006 vom 27. März 2008 E. 3.4.6; Entscheid der SRK vom 13. Dezember 2004 [SRK 2003-098] E. 4b, bestätigt durch das Urteil des Bundesgerichts 2A.65/2005 vom 17. Oktober 2005).
2.4.3 Beim Instrument der Einlageentsteuerung handelt es sich lediglich um einen Sonderfall des Vorsteuerabzugsrechts, bei dem der Zeitpunkt der Anspruchentstehung auf Entsteuerung später entsteht oder wieder auflebt (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1478/2006 vom 10. März 2008 E. 2.2.2; ROHNER, a.a.O., S. 6; CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, a.a.O., Rz. 1501; MICHAELA MERZ, Mehrwertsteuer im Gemeinwesen - Ausgewählte Problemkreise, Der Schweizer Treuhänder [ST] 2003 S. 548; vgl. auch die Eingliederung von Art. 42 MWSTG unter das 4. Kapitel des 2. Titels, welches den Vorsteuerabzug regelt). Da es sich bei den Vorsteuern um steuermindernde Tatsachen handelt, obliegt der formgerechte Beweis für deren Vorliegen dem Steuerpflichtigen (statt vieler: Urteil des Bundesgerichts 2A.406/2002 vom 31. März 2004 E. 3.4; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1373/2006 vom 16. November 2007 E. 2.1; Entscheid der SRK vom 14. Januar 2005, veröffentlicht in Verwaltunspraxis der Bundesbehörden [VPB] 69.88 E. 3c/bb mit Hinweis).
2.5
2.5.1 Am 1. Juli 2006 sind Art. 15a und Art. 45a MWSTGV in Kraft getreten. Art. 45a MWSTGV hält allgemein fest, dass allein aufgrund von Formmängeln keine Steuernachforderung erhoben wird, wenn erkennbar ist oder die steuerpflichtige Person nachweist, dass durch die Nichteinhaltung einer Formvorschrift des Gesetzes oder dieser Verordnung für die Erstellung von Belegen für den Bund kein Steuerausfall entstanden ist (zu dieser neuen Bestimmungen und deren rückwirkenden Anwendung ausführlich: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1438/2006 vom 11. Juni 2007 E. 3.3, A-1476/2006 vom 26. April 2007 E. 4.2.3, A-1352/2006 vom 25. April 2007 E. 6, A-1455/2006 vom 25. April 2007 E. 5.4). In Ziff. 2.11 ihrer Praxismitteilung vom 27. Oktober 2006 zum neuen Verordnungsrecht hält die ESTV fest, dass Unternehmen, die für die freiwillige subjektive Steuerpflicht optieren, in der Vergangenheit getätigte Dienstleistungsbezüge aus dem Ausland in ihrer ersten Abrechnung, die auf das bewilligte Optionsgesuch folgt, nachdeklarieren und der Vorsteuerabzug vornehmen können, soweit die bezogenen Dienstleistungen für steuerbare Zwecke verwendet werden. Für sonstige in der rückliegenden Zeit angefallene Vorsteuern sei ein Abzug im Rahmen der Einlageentsteuerung möglich (vgl. Praxismitteilung der ESTV "Behandlung von Formmängeln" vom 27. Oktober 2006, Ziff. 2.11, S. 11).
2.5.2 Art. 45a MWSTGV ist aufgrund des klaren Wortlauts einzig bei Vorliegen von Formmängeln anwendbar. Formvorschriften in Gesetz, Verordnungen und Verwaltungspraxis sollen nicht überspitzt formalistisch, sondern pragmatisch angewendet werden. Es soll vermieden werden, dass das Nichteinhalten von Formvorschriften zu Steuernachbelastungen führt. Gesetzliche Vorschriften oder selbst die Verwaltungspraxis der ESTV werden dadurch, wie von der Rechtsprechung wiederholt festgestellt, nicht aufgehoben. Sie bleiben vielmehr gültig und sind von den Steuerpflichtigen zu beachten. Materiellrechtliche Vorschriften oder materiellrechtliche Mängel bleiben folglich von Art. 45a MWSTGV unberührt (statt vieler: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1596/2006 vom 2. April 2009 E. 5.3.3.1, A-1501/2006 vom 11. November 2008 E. 8.6.2, A-1438/2006 vom 11. Juni 2007 E. 3.3, A-1476/2006 vom 26. April 2007 E. 5.2.2, bestätigt durch das Urteil des Bundesgerichts 2C_263/2007 vom 24. August 2007 E. 5.2).

3.
Im vorliegenden Fall ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin in den Jahren 2000-2003 Dienstleistungen von Unternehmen mit Sitz im Ausland bezog. Nicht im Streit liegt ebenso, dass die ESTV die Mehrwertsteuer auf diesen Bezügen gemäss Art. 24 i.V.m. Art. 10 MWSTG rechtmässig nacherhoben hat, da sie mehr als Fr. 10'000.-- jährlich ausmachten (E. 2.2.2). Fraglich ist hingegen, ob die ESTV aufgrund des Optionsgesuchs vom 22. März 2004 zu Recht auf eine subjektive Steuerpflicht der Beschwerdeführerin ab dem 1. Januar 2004 erkannt bzw. diese ins Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen hat, obwohl sie eine rückwirkende Eintragung auf anfangs 1999 bzw. 2001 verlangt hatte (vgl. Schreiben der Beschwerdeführerin vom 22. März 2004 sowie vom 29. September 2004). Auch wenn die Beschwerdeführerin den Zeitpunkt der Unterstellung unter die Steuerpflicht in ihrer Beschwerde nicht mehr bestreitet, hat das Bundesverwaltungsgericht diese Frage vorab zu klären, da es das Recht von Amtes wegen anzuwenden hat (E. 1.2).
3.1
3.1.1 Die ESTV verweigerte eine freiwillige Unterstellung unter die Steuerpflicht vor dem Jahr 2004, da die Beschwerdeführerin das Optionsgesuch am 22. März 2004 gestellt habe und eine rückwirkende Eintragung nicht möglich sei. Nach der durch die Rechtsprechung bestätigten Praxis der ESTV kann dieser Auffassung nicht gefolgt werden. Eine freiwillige Unterstellung unter die Steuerpflicht wird dann rückwirkend bejaht, wenn zwar kein rechtzeitiges formelles Gesuch gestellt worden ist, die materiellen und (übrigen) formellen Voraussetzungen für die Option aber ab dem zurückliegenden Zeitpunkt gegeben waren (E. 2.2.3). Die Beschwerdeführerin hat nachgewiesen, dass sie im Jahr 2003 Beratungsleistungen in der Höhe von Euro 90'000.-- an Unternehmen im Ausland erbracht hat (vgl. Beschwerdebeilage Nr. 10). Die ESTV bestreitet dies nicht. Diese Leistungen wären steuerbar, wenn sie im Inland erbracht worden wären (vgl. E. 2.2.3). Die Mindestumsatzgrenze von Fr. 40'000.-- für eine freiwillige Unterstellung unter die Steuerpflicht im Jahr 2003 ist somit erfüllt. Die Weigerung der ESTV, die Beschwerdeführerin rückwirkend der freiwilligen Steuerpflicht zu unterstellen, war somit für das Jahr 2003 unrechtmässig. Eine frühere Unterstellung unter die Steuerpflicht war hingegen nicht möglich, da die Beschwerdeführerin vor 2003 keine Umsätze erzielte. Im Übrigen konnte auch keine (rückwirkende) Unterstellung nach Art. 27 Abs. 2 MWSTG erfolgen, da sie keine Umsätze im Inland von regelmässig über Fr. 250'000.-- innert fünf Jahren seit Aufnahme der Tätigkeit im Jahr 1999 nachgewiesen hat. Das von der Beschwerdeführerin eingereichte "License Agreement" vom 26./27. Februar 2004 (amtl. Akten Nr. 1b) kann dafür offensichtlich keinen Beweis erbringen, da sie sich darin zur Einräumungen von Lizenzen an eine Unternehmung in Deutschland verpflichtete. Es handelt sich somit nicht um Umsätze im Inland, sondern der Ort dieser Leistungen liegt gemäss Art. 14 Abs. 3 Bst. a MWSTG beim Empfänger und demnach im Ausland.
3.1.2 Nach dem Gesagten, hätte die ESTV die Beschwerdeführerin auf den 1. Januar 2003 der freiwilligen Steuerpflicht unterstellen müssen. Für die bezogenen Dienstleistungen im Jahr 2003 (Managementleistungen sowie Software-Entwicklungsleistungen) ist somit der volle Vorsteuerabzug zu gewähren. In der Folge kann offen bleiben, ob das verspätete Optionsgesuch im März 2004 - wie die ESTV in ihrer Vernehmlassung ausführt - als "Formmangel" im Sinn von Art. 45a MWSTGV betrachtet werden kann. Dem gemeinsamen Antrag der Beschwerdeführerin und der ESTV auf vollen Vorsteuerabzug für das Jahr 2003 im Betrage von Fr. 76'283.-- ist somit stattzugeben. Die Beschwerde ist in diesem Punkt gutzuheissen.

3.2 Hinsichtlich der zwischen den Jahren 2000 und 2002 aus dem Ausland bezogenen Software-Entwicklungsleistungen ist die Bemessung der Einlageentsteuerung strittig. Zu klären ist, ob und in welchem Ausmass die Dienstleistungen vor dem Einritt der Voraussetzungen für den Vorsteuerabzug im Sinn von Art. 42 Abs. 3 MWSTG "genutzt" worden sind. Massgebend ist somit, ob die bezogenen Dienstleistungen bereits vor Beginn der subjektiven Steuerpflicht, d.h. vor dem 1. Januar 2003, genutzt worden sind (vgl. E. 2.4.2).
3.2.1 Die Beschwerdeführerin erzielte erst im Jahr 2003 Umsätze. Auch liegen keine Anhaltspunkte vor, dass sie die bezogenen Software-Entwicklungsleistungen für private Zwecke genutzt hätte. Der Umstand, dass die Beschwerdeführerin diese Dienstleistungen vor dem Jahr 2003 für die Entwicklung ihres verkaufsfähigen Produktes verwendet hat, stellt - entgegen der Ansicht der ESTV - keine Nutzung im Sinn von Art. 42 Abs. 3 MWSTG dar. Massgebend ist, dass zwischen den bezogenen Entwicklungsleistungen und den Umsätzen ab dem Jahr 2003 ein objektiver wirtschaftlicher Zusammenhang besteht (E. 2.3.3). Ein solcher ist vorliegend gegeben, da die Entwicklungsleistungen mittelbar über die Herstellung der Software für diese Umsätze verwendet worden sind. Eine frühere Verwendung für Ausgangsleistungen liegt nicht vor. Damit ist auch kein Endverbrauch bzw. Konsum der bezogenen Entwicklungsleistungen vor dem Jahr 2003 gegeben (vgl. E. 2.4.2). Dem pauschalen Einwand der ESTV, dass für die Bemessung der Einlageentsteuerung die Dienstleistungen praxisgemäss immer ab dem Jahr des Bezugs abzuschreiben seien und spätestens innerhalb von fünf Jahren vollständig abgeschrieben sein müssten, kann das Bundesverwaltungsgericht hier nicht folgen. Eine solche Praxis verstösst vorliegend gegen den klaren Wortlaut von Art. 42 Abs. 3 MWSTG, der eine "Nutzung" voraussetzt sowie gegen den Sinn und Zweck der Einlageentsteuerung, dass die Steuer auf einer Vorleistung, die in steuerbare Ausgangsleistungen eingeht, für den Steuerpflichtigen nicht zum Kostenfaktor werden darf. Wurde wie hier die Eingangsleistung noch nicht genutzt, besteht kein Anlass den Vorsteuerabzug einzuschränken (vgl. 2.4.2). Im Weiteren ist auch die buchhalterische Behandlung der Dienstleistung für die Bemessung der Einlageentsteuerung nicht massgebend (E. 2.4.2 in fine). Es kann somit erst im Jahr 2003 von einer Nutzung der bezogenen Software-Entwicklungsleistungen gesprochen werden. Die Einlageentsteuerung erfolgt auf den Beginn der Steuerpflicht, am 1. Januar 2003. Da keine vorgängige Nutzung der Dienstleistungen vorliegt, ist keine Korrektur im Sinn von Art. 42 Abs. 3 MWSTG notwendig.
3.2.2 Demnach sind die gesamten Mehrwertsteuern auf den bezogenen Software-Entwicklungsleistungen für die Jahre 2000-2002, ausmachend Fr. 198'590.--, zu entsteuern. Obwohl die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde "bloss" eine Einlageentsteuerung von Fr. 158'872.-- verlangt hat (vgl. Rechtsbegehren Nr. 4), kann das Bundesverwaltungsgericht in Anwendung von Art. 62 Abs. 1 VwVG mehr zusprechen. Diese sog. reformatio in melius ist grundsätzlich in jedem Fall zulässig (vgl. ALFRED KÖLZ/ISABELLE HÄNER, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl., Zürich 1998, Rz. 688). Die Beschwerdeinstanz muss sich dabei allerdings an den Streitgegenstand halten (Urteile des Bundesgerichts 2C_653/2008 vom 24. Februar 2009 E. 3.1 und 2A.87/2005 vom 28. April 2006 E. 4.1). Diese Bedingung ist vorliegend eingehalten. Das Bundesverwaltungsgericht kann anstatt der von der Beschwerdeführerin teilweise beantragten Einlageentsteuerung, diese vollständig gewähren. Es verhilft damit dem Gesetz zum Durchbruch (vgl. THOMAS HÄBERLI, in: Waldmann/Weissenberger, Praxiskommentar VwVG, Zürich/Basel/ Genf 2009, Art. 62 N. 14). Die bereits von der ESTV gewährten Vorsteuern von Fr. 90'760.-- sind zu berücksichtigen.
3.2.3 Die Beschwerde ist somit gutzuheissen. Der Einspracheentscheid vom 21. November 2006 ist aufzuheben und die Sache an die ESTV zur neuen Berechnung im Sinn der Erwägungen (inkl. der Korrektur des Verzugszinses bzw. zur Berechnung des Vergütungszinses) an die ESTV zurückzuweisen.

4.
Die Beschwerdeführerin hat als obsiegende Partei keine Verfahrenskosten zu tragen. Der ESTV sind ebenfalls keine Verfahrenskosten aufzuerlegen (Art. 63 Abs. 1 und 2 VwVG). Der dem Bundesverwaltungsgericht einbezahlte Kostenvorschuss (Fr. 5'000.--) ist der Beschwerdeführerin nach Eintritt der Rechtskraft des vorliegenden Entscheides zurückzuerstatten. Die ESTV hat der obsiegenden Beschwerdeführerin die ihr erwachsenen notwendigen Kosten zu entschädigen (Art. 64 Abs. 1 und 2 VwVG; Art. 7 ff . des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht [VGKE, SR 173.320.2]). In ihrem Schreiben vom 6. Juli 2007 machte die Beschwerdeführerin Kosten für die Vertretung im Zusammenhang mit dem vorliegenden Beschwerdeverfahren von Fr. 19'895.-- geltend, ohne jedoch eine Kostennote einzureichen. Das Bundesverwaltungsgericht hat deshalb die Entschädigung auf Grund der Akten festzusetzen (Art. 14 Abs. 2 VGKE). Eine Verpflichtung des Bundesverwaltungsgerichts, die Beschwerdeführerin zur Einreichung der Kostennote aufzufordern, besteht angesichts des klaren Wortlauts der Bestimmung nicht (MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, A.A.O., RZ. 4.84). Die weiter von der Beschwerdeführerin aufgeführten Kosten für das Verfahren vor der ESTV können nicht berücksichtigt werden. Art. 68 Abs. 1 MWSTG sieht vor, dass im Veranlagungsverfahren und im Einspracheverfahren in der Regel keine Kosten erhoben und keine Parteientschädigung ausgerichtet wird. Wird vom Grundsatz der Kostenlosigkeit dann abgewichen, wenn der Steuerpflichtige das Verfahren schuldhaft verursacht hat, dann hat umgekehrt die ESTV eine Parteikostenentschädigung nur dann auszurichten, wenn ihr ebenfalls ein solches schuldhaftes Verhalten vorgeworfen werden kann (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1465/2006 vom 27. Juni 2007 E. 4). Das ist hier indes weder dargetan noch ersichtlich. Angesichts der Schwierigkeit der rechtlichen Fragestellungen und des Umfangs der Ausführungen der Beschwerdeführerin zu den relevanten Fragen wird die Parteientschädigung für das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht ermessensweise auf Fr. 8'000.-- (inkl. MWST) festgesetzt.

Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:

1.
Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen gutgeheissen. Der Einspracheentscheid der ESTV vom 21. November 2006 wird aufgehoben und die Sache zur neuen Berechnung im Sinne der Erwägungen an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurückgewiesen.

2.
Es werden keine Verfahrenskosten erhoben. Der Kostenvorschuss von Fr. 5'000.-- wird der Beschwerdeführerin bei Rechtskraft des vorliegenden Urteils zurückerstattet.

3.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 8'000.-- auszurichten.

4.
Dieses Urteil geht an:
die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
die Vorinstanz (Ref-Nr. ...; Gerichtsurkunde)

Der vorsitzende Richter: Der Gerichtsschreiber:

Pascal Mollard Jürg Steiger

Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff ., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizulegen (vgl. Art. 42 BGG).
Versand:

SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV) MWSTV Art. 9 Befreiung und Ende der Befreiung von der Steuerpflicht bei inländischen Unternehmen - (Art. 10 Abs. 2 Bst. a und c sowie 14 Abs. 1 Bst. a und 3 MWSTG)
¹	Unternehmen mit Sitz, Wohnsitz oder Betriebsstätte im Inland, die ihre Tätigkeit aufnehmen oder durch Geschäftsübernahme oder Eröffnung eines neuen Betriebszweiges ausweiten, sind von der Steuerpflicht befreit, wenn zu diesem Zeitpunkt nach den Umständen anzunehmen ist, dass innerhalb der folgenden zwölf Monate die Umsatzgrenze nach Artikel 10 Absatz 2 Buchstabe a oder c MWSTG aus Leistungen im In- und Ausland nicht erreicht wird. Kann zu diesem Zeitpunkt noch nicht beurteilt werden, ob die Umsatzgrenze erreicht wird, so ist spätestens nach drei Monaten eine erneute Beurteilung vorzunehmen.
²	Ist aufgrund der erneuten Beurteilung anzunehmen, dass die Umsatzgrenze erreicht wird, so endet die Befreiung von der Steuerpflicht wahlweise auf den Zeitpunkt:
^a	der Aufnahme oder der Ausweitung der Tätigkeit; oder
^b	der erneuten Beurteilung, spätestens aber mit Beginn des vierten Monats.
³	Bei bisher von der Steuerpflicht befreiten Unternehmen endet die Befreiung von der Steuerpflicht nach Ablauf des Geschäftsjahres, in dem die Umsatzgrenze erreicht wird. Wurde die für die Steuerpflicht massgebende Tätigkeit nicht während eines ganzen Jahres ausgeübt, so ist der Umsatz auf ein volles Jahr umzurechnen.

SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV) MWSTV Art. 18 Antrag auf Gruppenbesteuerung - (Art. 13, 65a Abs. 1 und 67 Abs. 2 MWSTG)
¹	Auf Antrag trägt die ESTV die Gruppe in das Register der steuerpflichtigen Personen (Mehrwertsteuerregister) ein.
²	Sind die Voraussetzungen nach Artikel 13 Absatz 1 MWSTG für die Gruppenbesteuerung auf Beginn der Steuerperiode erfüllt, so trägt die ESTV die Gruppe auf diesen Zeitpunkt ins Mehrwertsteuerregister ein, sofern:
^a	keiner der betroffenen Rechtsträger für diejenige Steuerperiode eine Abrechnung eingereicht hat, für welche die Gruppenbesteuerung beantragt wird; und
^b	die Frist zur Einreichung der Abrechnung nach Artikel 71 Absatz 1 MWSTG nicht verstrichen ist.
³	Sind die Voraussetzungen nach Artikel 13 Absatz 1 MWSTG für die Gruppenbesteuerung erst während der laufenden Steuerperiode erfüllt, so trägt die ESTV die Gruppe auf diesen Zeitpunkt ins Mehrwertsteuerregister ein, sofern:
^a	keiner der betroffenen Rechtsträger für diejenige Abrechnungsperiode eine Abrechnung eingereicht hat, in der die Voraussetzungen zur Anwendung der Gruppenbesteuerung eingetreten sind; und
^b	die Frist zur Einreichung der Abrechnung nach Artikel 71 Absatz 1 MWSTG nicht verstrichen ist.
⁴	Dem Antrag sind schriftliche Erklärungen der einzelnen Gruppenmitglieder beizulegen, in denen sich diese mit der Gruppenbesteuerung und deren Wirkungen sowie der gemeinsamen Vertretung durch das darin bestimmte Mitglied oder die darin bestimmte Person einverstanden erklären.

SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz VwVG Art. 5 - 1 Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
¹	Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
^a	Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
^b	Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
^c	Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
²	Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69).25
³	Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.

SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz VwVG Art. 12 - Die Behörde stellt den Sachverhalt von Amtes wegen fest und bedient sich nötigenfalls folgender Beweismittel:
^a	Urkunden;
^b	Auskünfte der Parteien;
^c	Auskünfte oder Zeugnis von Drittpersonen;
^d	Augenschein;
^e	Gutachten von Sachverständigen.

SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz VwVG Art. 62 - 1 Die Beschwerdeinstanz kann die angefochtene Verfügung zugunsten einer Partei ändern.
¹	Die Beschwerdeinstanz kann die angefochtene Verfügung zugunsten einer Partei ändern.
²	Zuungunsten einer Partei kann sie die angefochtene Verfügung ändern, soweit diese Bundesrecht verletzt oder auf einer unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des Sachverhaltes beruht; wegen Unangemessenheit darf die angefochtene Verfügung nicht zuungunsten einer Partei geändert werden, ausser im Falle der Änderung zugunsten einer Gegenpartei.
³	Beabsichtigt die Beschwerdeinstanz, die angefochtene Verfügung zuungunsten einer Partei zu ändern, so bringt sie der Partei diese Absicht zur Kenntnis und räumt ihr Gelegenheit zur Gegenäusserung ein.
⁴	Die Begründung der Begehren bindet die Beschwerdeinstanz in keinem Falle.

SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz VwVG Art. 63 - 1 Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
¹	Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
²	Keine Verfahrenskosten werden Vorinstanzen oder beschwerdeführenden und unterliegenden Bundesbehörden auferlegt; anderen als Bundesbehörden, die Beschwerde führen und unterliegen, werden Verfahrenskosten auferlegt, soweit sich der Streit um vermögensrechtliche Interessen von Körperschaften oder autonomen Anstalten dreht.
³	Einer obsiegenden Partei dürfen nur Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat.
⁴	Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter erhebt vom Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten. Zu dessen Leistung ist dem Beschwerdeführer eine angemessene Frist anzusetzen unter Androhung des Nichteintretens. Wenn besondere Gründe vorliegen, kann auf die Erhebung des Kostenvorschusses ganz oder teilweise verzichtet werden.102
^4bis	Die Spruchgebühr richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Streitsache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien. Sie beträgt:
^a	in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 100-5000 Franken;
^b	in den übrigen Streitigkeiten 100-50 000 Franken.103
⁵	Der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühren im Einzelnen.104 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005105 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010106.107

SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz VwVG Art. 64 - 1 Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
¹	Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
²	Die Entschädigung wird in der Entscheidungsformel beziffert und der Körperschaft oder autonomen Anstalt auferlegt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, soweit sie nicht einer unterliegenden Gegenpartei auferlegt werden kann.
³	Einer unterliegenden Gegenpartei kann sie je nach deren Leistungsfähigkeit auferlegt werden, wenn sich die Partei mit selbständigen Begehren am Verfahren beteiligt hat.
⁴	Die Körperschaft oder autonome Anstalt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, haftet für die einer unterliegenden Gegenpartei auferlegte Entschädigung, soweit sich diese als uneinbringlich herausstellt.
⁵	Der Bundesrat regelt die Bemessung der Entschädigung.108 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005109 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010110.111

SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE) VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
¹	Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
²	Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
³	Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
⁴	Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
⁵	Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7

SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE) VGKE Art. 14 Festsetzung der Parteientschädigung - 1 Die Parteien, die Anspruch auf Parteientschädigung erheben, und die amtlich bestellten Anwälte und Anwältinnen haben dem Gericht vor dem Entscheid eine detaillierte Kostennote einzureichen.
¹	Die Parteien, die Anspruch auf Parteientschädigung erheben, und die amtlich bestellten Anwälte und Anwältinnen haben dem Gericht vor dem Entscheid eine detaillierte Kostennote einzureichen.
²	Das Gericht setzt die Parteientschädigung und die Entschädigung für die amtlich bestellten Anwälte und Anwältinnen auf Grund der Kostennote fest. Wird keine Kostennote eingereicht, so setzt das Gericht die Entschädigung auf Grund der Akten fest.

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
^a	gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
^b	gegen kantonale Erlasse;
^c	betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
¹	Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
^1bis	Wurde in einer Zivilsache das Verfahren vor der Vorinstanz in englischer Sprache geführt, so können Rechtsschriften in dieser Sprache abgefasst werden.14
²	In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 15 16
³	Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
⁴	Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201617 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
^a	das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
^b	die Art und Weise der Übermittlung;
^c	die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.18
⁵	Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
⁶	Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
⁷	Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.