Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-5745/2015
Arrêt du 13 juin 2016
Pascal Mollard (président du collège),
Composition Daniel Riedo, Jürg Steiger, juges,
Cédric Ballenegger, greffier.
Fondation A._______,
représentée par Maîtres
Parties
Pierre-Marie Glauser et Anne Tissot Benedetto,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée,
autorité inférieure.
Objet Taxe sur la valeur ajoutée ; 1ertrimestre 2002 au
4etrimestre 2008.
Faits :
A.
La Fondation A._______ (ci-après : la Fondation ou l'institution recourante) est une fondation de droit privé qui a pour but .... Elle est inscrite au registre des assujettis à la TVA depuis le 1er janvier 1995.
B.
...
C.
...
D.
...
E.
...
F.
...
G.
...
H.
...
I.
En décembre 2007, l'AFC a entamé un contrôle fiscal auprès de la Fondation. Celui-ci a toutefois été suspendu pour permettre à cette dernière de réunir certaines pièces et de faire part de son analyse de la situation à l'AFC. Le 14 décembre 2007, l'AFC a remis à l'institution recourante un courrier ayant pour but d'interrompre la prescription pour toutes prestations imposables à la TVA qui n'auraient pas été décomptées correctement par la Fondation pour les exercices 2002 et suivantes.
J.
Le 19 septembre 2008, la Fondation a fait parvenir à l'AFC diverses pièces ainsi que sa prise de position relative à la TVA, considérant en substance qu'il n'existait aucun échange de prestations entre elle et [l'hôpital public qui lui est lié ; ci-après : l'Hôpital public], mais que le financement qu'elle avait obtenu par ce dernier devait être qualifié de subvention. Les parties ont ensuite échangé divers courriers dans lesquels elles ont chaque fois maintenu leur position.
K.
Le contrôle a finalement été mené à chef les 7 et 8 janvier 2010. Il porte sur les périodes allant du 1er trimestre 2002 au 4e trimestre 2008. Le 26 août 2010, la Fondation a demandé que l'AFC lui notifie d'emblée une décision suffisamment motivée afin qu'elle puisse recourir directement auprès du Tribunal administratif fédéral. Le 9 septembre 2010, l'AFC a adressé à l'institution recourante deux notifications d'estimation, n° ... en ce qui concerne les périodes fiscales allant du 1er trimestre 2002 au 4e trimestre 2003 et n° ... pour ce qui a trait aux périodes fiscales allant du 1er trimestre 2004 au 4e trimestre 2008. La première des deux notifications porte sur une correction d'impôt de Fr. 31'710.-, la seconde sur un montant de Fr. 566'105.-, en faveur de l'AFC. Les deux notifications d'estimation ont également été qualifiées de décisions au sens formel. L'AFC y retient en particulier que l'institution recourante a omis d'imposer les prestations administratives, celles de logistique et celles de restauration fournies à l'Hôpital public durant la période examinée.
L.
Par réclamation du 11 octobre 2010, l'institution recourante s'est opposée aux décisions du 9 septembre 2010. Elle a fait valoir, en substance, que les prestations qu'elle avait fournies à l'Hôpital public ne résultaient pas d'un échange de prestations et qu'elles n'étaient par conséquent pas imposables ; elles devaient au contraire être tenues pour des subventions. Elle sollicitait en outre que sa réclamation fût transmise directement au Tribunal administratif fédéral à titre de recours. Par décision incidente du 14 juin 2011, l'AFC a rejeté cette demande. Par décision sur réclamation du 17 août 2015, l'AFC a également confirmé ses deux premières décisions.
M.
L'institution recourante a porté l'affaire devant le Tribunal administratif fédéral par acte du 16 septembre 2015. Elle conclut à l'annulation de la décision attaquée. L'autorité inférieure a conclu au rejet du recours par réponse du 9 décembre 2015. Le 10 février 2016, la recourante a encore déposé une brève écriture spontanée.
Les autres faits seront repris, en tant que de besoin, dans la partie en droit du présent arrêt.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32

SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF) LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre: |

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 5 - 1 Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet: |
|
1 | Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet: |
a | de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations; |
b | de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations; |
c | de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations. |
2 | Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25 |
3 | Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision. |

SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF) LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions: |

SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF) LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA59, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement. |

SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF) LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions: |

SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF) LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre: |
1.2
S'agissant de la compétence fonctionnelle de la Cour de céans, il convient de mentionner un élément particulier. Par courrier du 26 août 2010, l'institution recourante a annoncé qu'elle contestait le résultat du contrôle opéré par l'AFC (cf. pièce 12 de l'AFC). Elle n'avait encore pas reçu de notification d'estimation à ce moment-là. Dès lors, c'est à bon droit que l'AFC a joint à sa notification d'estimation une décision au sens formel, alors même que ce procédé n'est pas conforme à la loi en temps normal (cf. art. 43 al. 1 let. a

SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA LTVA Art. 43 Entrée en force de la créance fiscale - 1 La créance fiscale entre en force: |

SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA LTVA Art. 78 Contrôle - 1 L'AFC peut effectuer des contrôles auprès des assujettis dans la mesure nécessaire à l'établissement des faits. À cette fin, les assujettis doivent lui donner accès à leur comptabilité ainsi qu'aux pièces justificatives qui s'y rapportent. Cette obligation s'applique aussi aux tiers tenus de fournir des renseignements en vertu de l'art. 73, al. 2. |

SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA LTVA Art. 82 Décisions de l'AFC - 1 L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants: |
1.3
Posté le 16 septembre 2015, alors que la décision attaquée, datée du 17 août 2015, a été notifiée le lendemain au plus tôt, le mémoire de recours a été déposé dans le délai légal de trente jours (art. 50 al. 1

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 50 - 1 Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision. |
|
1 | Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision. |
2 | Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps. |

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains. |
|
1 | Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains. |
2 | Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours. |
3 | Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable. |
Il y a dès lors lieu d'entrer en matière.
2.
2.1 La LTVA est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. S'agissant du droit applicable, il y a lieu de distinguer ce qui a trait au fond de ce qui concerne la procédure. Sur le plan du droit matériel, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1

SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA LTVA Art. 112 Application de l'ancien droit - 1 Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit. |

SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA LTVA Art. 93 Sûretés - 1 L'AFC peut demander dans les cas suivants des sûretés pour l'impôt, les intérêts ou les frais, même lorsqu'ils ne sont pas fixés et entrés en force ni exigibles: |

SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA LTVA Art. 94 Autres mesures relatives aux sûretés - 1 Un excédent en faveur de l'assujetti résultant du décompte de l'impôt ou de la différence entre acomptes payés et créance fiscale peut être utilisé aux fins suivantes:207 |

SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent. |
2.2 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (cf. art. 49 let. a

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 49 - Le recourant peut invoquer: |
|
a | la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation; |
b | la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents; |
c | l'inopportunité: ce grief ne peut être invoqué lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours. |

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 49 - Le recourant peut invoquer: |
|
a | la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation; |
b | la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents; |
c | l'inopportunité: ce grief ne peut être invoqué lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours. |

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 49 - Le recourant peut invoquer: |
|
a | la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation; |
b | la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents; |
c | l'inopportunité: ce grief ne peut être invoqué lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours. |

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 62 - 1 L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie. |
|
1 | L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie. |
2 | Elle peut modifier au détriment d'une partie la décision attaquée, lorsque celle-ci viole le droit fédéral ou repose sur une constatation inexacte ou incomplète des faits: pour inopportunité, la décision attaquée ne peut être modifiée au détriment d'une partie, sauf si la modification profite à la partie adverse. |
3 | Si l'autorité de recours envisage de modifier, au détriment d'une partie, la décision attaquée, elle l'informe de son intention et lui donne l'occasion de s'exprimer. |
4 | Les motifs invoqués à l'appui du recours ne lient en aucun cas l'autorité de recours. |
2.3 Avant d'examiner le cas présent, il convient de rappeler les règles applicables à l'assujettissement des collectivités publiques d'une part (cf. consid. 3 ci-dessous) et celles qui régissent l'imposition des subventions d'autre part (cf. consid. 4 ci-dessous).
3.
3.1 L'assujettissement des collectivités publiques à la TVA était régi, sous l'ancien droit, par l'art. 23 aLTVA. Celui-ci prévoyait que (cf. art. 23 al. 1, 1ère phrase, aLTVA) :
Les services autonomes de la Confédération, des cantons et des communes, de même que les autres institutions de droit public ainsi que les personnes et les organismes chargés de tâches de droit public sont assujettis si leurs prestations commerciales dépassent la limite du chiffre d'affaires minimal déterminant et si le chiffre d'affaires des prestations imposables fournies à des tiers autres que des collectivités publiques excède le montant de 25'000 francs par année. (...)
3.2 En outre, une réglementation spécifique était prévue au sujet de l'imposition des prestations effectuées par les services autonomes (cf. art. 23 al. 3 aLTVA) :
Si un service autonome remplit les conditions de l'assujettissement à l'impôt visées à l'al. 1, il doit imposer les prestations fournies à des tiers autres que des collectivités publiques, les prestations analogues fournies à d'autres collectivités publiques ou à des groupements de collectivités publiques et les prestations analogues fournies à d'autres services de la même collectivité publique ; ces dernières ne doivent toutefois être imposées que si le service autonome fournit des prestations analogues principalement à des tiers autres que des collectivités publiques.
Cette exception ne vise que les services autonomes assujettis. Il ne s'agit donc pas d'y voir une exception pour les autres institutions de droit public qui fournissent des prestations. En ce sens, l'exception de l'art. 23 al. 3

SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA LTVA Art. 23 Prestations exonérées de l'impôt - 1 L'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse n'est pas dû sur les prestations exonérées en vertu du présent article. |

SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA LTVA Art. 23 Prestations exonérées de l'impôt - 1 L'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse n'est pas dû sur les prestations exonérées en vertu du présent article. |
La réglementation prévue à l'art. 23 al. 3 aLTVA s'explique parce que l'assujettissement des services autonomes constitue une exception au regard des principes généraux de la TVA. Selon les règles ordinaires sur l'assujettissement, c'est la collectivité tout entière qui devrait être assujettie (principe de l'unité de l'entreprise ; cf. Mollard et al., op. cit., p. 431 s. ch. 50 ss). Dès lors, les prestations faites entre services ne seraient pas imposables. Cependant, par exception, les collectivités ne sont pas assujetties en tant que telles, mais par service autonome. Il se justifie donc, sous réserve de certaines limites, d'exonérer les prestations fournies entre les services autonomes d'une même collectivité, afin d'éviter un trop grand décalage avec les principes généraux de la TVA. Ainsi, pour que l'exception de l'art. 23 al. 3 aLTVA puisse s'appliquer, trois conditions doivent être remplies : a) le fournisseur doit être un service autonome d'une collectivité publique ; b) les prestations qu'il fournit doivent être effectuées en faveur de la collectivité publique dont il dépend ; c) le service autonome ne doit pas fournir de prestations du même genre à des tiers autres que des collectivités publiques à titre principal (cf. Mollard et al., op. cit., p. 524 ch. 376 s.).
4.
4.1 Aux termes de l'art. 5 al. 1 let. a et b aLTVA, sont soumises à l'impôt, pour autant qu'elles ne soient pas expressément "exclues de son champ" (c'est-à-dire exonérées au sens impropre, cf. arrêt du TF 2C_979/2011 du 12 juin 2012 consid. 4), les livraisons de biens et les prestations de services fournies à titre onéreux sur le territoire suisse.
4.2 Une transaction est effectuée à titre onéreux, soit contre rémunération, s'il y a échange d'une prestation et d'une contre-prestation entre lesquelles existe un rapport économique étroit (ATF 132 II 353 consid. 4.1, 126 II 249 consid. 4a; arrêt du TF 2C_892/2010 du 26 avril 2011 consid. 2.2; arrêt du TAF A-1933/2011 du 29 mai 2012 consid. 4.2.1; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, 1999, ch. 6, p. 223 ss, en particulier ch. 6.4.2, p. 239 ss; cf. également la note de bas de page n° 211 p. 62).
Seul l'échange de prestations permet de conclure à une opération imposable. Un tel échange suppose l'existence d'un lien économique entre la prestation et la contre-prestation. La prestation et la contre-prestation doivent être directement liées par le but même de l'opération réalisée (cf. ATF 126 II 443 consid. 6a, 126 II 249 consid. 4a; ATAF 2008/63 consid. 2.1; arrêt du TAF A-1933/2011 du 29 mai 2012 consid. 4.2.2). En revanche, l'existence d'un rapport contractuel n'est pas requise. Il faut et il suffit que la prestation et la contre-prestation soient liées de façon telle que la prestation déclenche la contre-prestation (ATF 126 II 249 consid. 4a).
4.3 Pour déterminer l'existence, ainsi que l'étendue d'une prestation soumise à la TVA, il y a lieu considérer les choses d'un point de vue économique. Les rapports de droit privé qui peuvent être à la base des prestations ont en principe seulement une valeur d'indices et ne peuvent à eux seuls justifier une qualification fiscale (cf. arrêt du TF 2A.502/2004 du 28 avril 2005 consid. 5.1 et les nombreuses références citées; arrêts du TAF A-1933/2011 du 29 mai 2012 consid. 4.3.1, A-1107/2008 et A 1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.3.1). Dans ce cadre, il faut tenir compte des faits tels qu'ils se sont produits et non pas des faits tels qu'ils auraient pu se produire. Cela vaut en particulier à l'égard des formes juridiques choisies par les parties (cf. arrêts du TAF A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 2.3.2 medio; A-1689/2006 du 13 août 2007 consid. 2.4).
4.4 Les versements d'argent d'une partie à une autre ne constituent pas toujours des contre-prestations. Selon les circonstances, ils peuvent également apparaître comme des subventions ou des dons. Cette problématique apparaît plus particulièrement dans les relations tripartites.
4.4.1 Le texte légal ne définit pas ce qu'il faut entendre par don ou par subvention. L'art. 33 al. 6 let. b aLTVA prévoit uniquement que les subventions ne font pas partie de la contre-prestation. Il est dès lors nécessaire de préciser le sens de cette notion et d'examiner sa place dans le système de la TVA.
C'est principalement l'art. 8 al. 2 aOLTVA qui fournit une définition plus précise de la notion de subvention (cf. arrêt du TF 2C_196/2012 du 10 décembre 2012 consid. 2.6) :
Il n'y a pas d'échange de prestations si celui qui verse la contribution n'exige aucune contrepartie déterminée du bénéficiaire, mais verse les contributions uniquement dans le but d'inciter le bénéficiaire à adopter un comportement déterminé qui serve les intérêts de la politique économique, scientifique et sociale ou analogues de celui qui verse la contribution. L'octroi de la contribution peut être lié à des conditions et à des objectifs à remplir dans le cadre de mandats de prestations et peut comporter pour le bénéficiaire l'obligation de rendre des comptes sur son activité. Il n'y a pas échange de prestations, notamment :
[...]
b. si celui qui verse la contribution la destine uniquement à diminuer ou à compenser des charges financières découlant de l'exécution de tâches de droit public ; [...]
4.4.2 Peut ainsi être envisagé comme une subvention au sens de la TVA tout versement ou contribution appréciable en argent des pouvoirs publics, qu'il prenne la forme de contribution à fonds perdu, de couverture de déficit, de prêt, de compensation, de rabais, d'avantage en nature, de prime, d'allocation, de subside, etc. Le terme de "subvention", dans ce contexte, s'entend au sens large et se réfère à l'origine étatique de la contribution appréciable en argent, s'opposant, dans cette perspective, au don, de provenance privée. Sont des subventions les versements des pouvoirs publics qui visent à inciter leur bénéficiaire à adopter une certaine attitude ou à effectuer certaines tâches dans un but d'intérêt public. Hormis le comportement attendu de leur bénéficiaire, ces montants sont toutefois alloués « gratuitement », c'est-à-dire sans contrepartie économique équivalente en faveur de la collectivité qui les verse (ATF 141 II 182 consid. 3.5, 126 II 443 consid. 6c; arrêts du TF 2C_196/2012 du 10 décembre 2012 consid. 2.5, 2A.547/2002 du 26 mai 2004 consid. 2.3 ; arrêts du TAF A 2599/2015 du 19 octobre 2015 consid. 3.1.3, A-3044/2009 du 21 décembre 2011 consid. 3.1.1). Cette « gratuité » explique pourquoi ils ne peuvent être assimilés à des contre-prestations imposables (arrêt du TAF A 162/2010 du 8 août 2012 consid. 5.2.2 ; décision de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2b).
4.4.3 En revanche, même si un versement prend l'apparence formelle d'une subvention, il y a échange de prestations, et donc opération à caractère onéreux au sens de la TVA, quand la somme versée constitue la contre-prestation d'une prestation de l'assujetti effectuée en faveur de la collectivité publique. La condition est que la collectivité publique en retire une utilité directe de consommateur. Les pouvoirs publics sont alors consommateurs de la prestation (cf. ATF 141 II 182 consid. 3.5 ; décisions de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2d, CRC 1999-001 du 26 avril 2000, publiée dans TVA/MWST/VAT - Journal 3/2000, p. 129 ss, consid. 3b/bb; Riedo, op. cit., p. 236). De même, lorsque l'Etat verse un montant qui correspond directement à une part du prix de la prestation fournie à un tiers, le montant versé s'analyse comme un complément de prix, et non comme une subvention. Dans ce cas, même si l'Etat n'est pas le bénéficiaire direct de la prestation, mais que le montant qu'il alloue au prestataire se trouve en lien direct avec celle-ci, il existe un rapport d'échange et l'opération entre dans le champ de la TVA (cf. arrêt du TAF A-162/2010 du 8 août 2012 consid. 5.2.4). Le critère déterminant se situe donc dans le rapport qui unit le montant versé par l'Etat et la prestation fournie par le récipiendaire. Si ce rapport apparaît comme direct, on ne se trouve plus en présence d'une subvention, mais bien d'une contre-prestation versée en échange d'une prestation.
Dans les cas décrits ci-dessus, la subvention des pouvoirs publics est parfois qualifiée de "fausse" subvention (cf. décisions de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2d, CRC 1999-001 du 26 avril 2000, consid. 3b/bb; Riedo, op. cit., p. 236). En tant que contre-prestation ou part de la contre-prestation, elle est ajoutée au chiffre d'affaires imposable de l'assujetti qui la reçoit et elle fait partie de la base d'imposition (cf. arrêt du TAF A-162/2010 du 8 août 2012 consid. 5.2.4 ; JAAC 69.8 consid. 2b/bb; décisions de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2d, CRC 1999-001 du 26 avril 2000, consid. 3b/bb).
5.
5.1 En l'espèce, le litige porte sur l'imposition de certaines des prestations fournies par l'institution recourante à l'Hôpital public sur la base des conventions passées entre ces deux entités. Les prestations en question portent les services suivants :
- en ce qui concerne les années 2002 et 2003 : prestations administratives et techniques fournies à l'Hôpital public et à deux fondations (cf. notification d'estimation/décision ...) ; les prestations fournies à ces deux dernières fondations n'ayant pas été mentionnées par l'institution recourante dans ses écritures, on retiendra que l'imposition de celles-ci n'est pas contestée et que seule celle des prestations fournies à l'Hôpital public doit être examinée (cf. consid. 2.2 ci-dessus) ;
- en ce qui concerne les années 2004 à 2008 : prestations administratives, techniques (surveillance, économat, nettoyage, maintenance, etc.) et de restauration fournies à l'Hôpital public (cf. notification d'estimation/décision ...).
Les autres services fournis à l'Hôpital public par l'institution recourante n'ont pas été imposés, tous ayant bénéficié d'une exonération au sens impropre (en tant que mise à disposition de personnel médical ou de loyer ; cf. art. 18 ch. 12 et 21 aLTVA). De manière générale, les faits ne sont pas contestés. Seul reste donc à dire si l'autorité inférieure a procédé à juste titre à une reprise de TVA sur les prestations litigieuses.
Il s'agit dès lors d'abord de savoir si les règles spécifiques relatives à l'assujettissement des collectivités publiques trouvent à s'appliquer à l'institution recourante (cf. consid. 5.2 ci-dessous). Il conviendra ensuite d'examiner si les montants qui lui ont été versés par l'Hôpital public constituent des subventions ou des contre-prestations imposables (cf. consid. 5.3 ci-dessous).
5.2 L'art. 23 al. 1, 1ère phrase, aLTVA prévoit des règles spécifiques au sujet des services autonomes de la Confédération, des cantons et des communes de même qu'à l'égard des autres institutions de droit public ainsi que des personnes et des organisations chargées de tâches de droit public. Les entités qui entrent dans le champ d'application de cette disposition sont soumises à des règles spéciales relativement à leur assujettissement (cf. consid. 3.1 ci-dessus). Or, en l'occurrence, il n'est pas contesté que l'institution recourante est assujettie à la TVA. Elle l'est d'ailleurs depuis le 1er janvier 1995, soit depuis l'instauration de cet impôt. Elle ne prétend nullement et n'a jamais prétendu qu'elle devait être radiée de la liste des assujettis à la TVA. L'art. 23 al. 1, 1ère phrase, aLTVA n'est dès lors d'aucun secours ici.
De même, l'art. 23 al. 3 aLTVA invoqué par l'institution recourante vise les prestations fournies par les services autonomes des collectivités publiques (cf. consid. 3.2 ci-dessus). L'institution recourante étant une fondation, soit une personne morale indépendante, elle ne saurait être assimilée à un service autonome. L'art. 23 al. 2 aLTVA ayant précisément pour but de délimiter les prestations qui doivent être attribuées à un service autonome de celle qui relèvent du reste d'une collectivité publique, il n'est d'aucune utilité ici, puisque l'institution recourante est, par son existence même comme personne morale, clairement délimitée du reste de la collectivité publique formée par le canton .... Cette constatation serait valable même si l'on considérait la recourante comme une institution publique. L'élément essentiel ici est que celle-ci est organisée sous la forme d'une personne morale indépendante et qu'elle n'entre dès lors pas dans le champ d'application de l'art. 23 al. 3 aLTVA.
En d'autres termes, si les montants versés par l'Hôpital public à l'institution recourante doivent être soustraits à la TVA, cela ne peut tenir qu'à leur nature propre et non à celle de l'institution recourante. Il convient donc de dire si ces montants constituent des subventions ou non.
5.3 Pour qu'un versement puisse être qualifié de subvention, il doit viser à ce que son bénéficiaire adopte une certaine attitude ou effectue certaines tâches dans un but d'intérêt public. Toutefois, ce montant doit être alloué "gratuitement", c'est-à-dire sans contrepartie économique équivalente en faveur de la collectivité qui le verse (cf. consid. 4.4.2 ci-dessus). Il apparaît d'emblée que les montants versés par l'Hôpital public à l'institution recourante ne remplissent pas les conditions susmentionnées. Dans le cas présent, il s'agit au contraire de prestations précises (assistance administrative, soutien technique, surveillance, économat, nettoyage, maintenance, etc.) effectuées en faveur de l'Hôpital public directement en échange d'une contre-prestation qui est censée correspondre à la valeur de ces prestations. Les accords passés entre l'Hôpital public et la Fondation ne visent pas à soutenir l'activité hospitalière de celle-ci. Ils visent à créer une association étroite entre un service étatique et une fondation privée ayant tous deux comme but de soigner ....
L'activité hospitalière de l'institution recourante a disparu depuis l'année ..., sans que les contre-prestations en question aient été supprimées. Cette évolution montre bien que les montants reçus par la Fondation servent à rémunérer les services que celle-ci s'est engagée à fournir à l'Hôpital public, et non à soutenir « gratuitement » la réalisation de leur but commun, soit les soins .... Il appartient à l'Hôpital public d'effectuer ensuite les prestations en faveur des patients. Autrement dit, l'institution publique, soit l'Hôpital public, acquiert ici des prestations provenant de l'institution recourante comme il pourrait en acquérir de n'importe quel tiers. Or rien ne permet d'exonérer des prestations de la TVA du simple fait qu'elles sont fournies à une institution étatique dans un but idéal. Bien au contraire, l'Etat, lorsqu'il agit comme un consommateur ordinaire est soumis à la TVA comme n'importe qui. La nature des prestations litigieuses montre également que celles-ci n'ont aucun caractère particulier qui justifierait qu'elles bénéficiassent d'une subvention. Il s'agit de prestations qui pourraient être fournies de manière économiquement viable par n'importe quel acteur de l'économie dans le domaine (mise à disposition de locaux, fourniture de services techniques, prestations de restauration).
5.4 La nature des prestations fournies par l'institution recourante ressort encore plus quand on tient compte du fait qu'il s'agit d'une relation purement bipartite. Souvent, une subvention a pour objectif de permettre à une entité de fournir des prestations à tiers que ceux-ci n'acquerraient pas à leur prix de revient effectif, comme des places de spectacle, des services d'aide ou des activités d'enseignement. Dès lors, l'Etat verse tout ou partie des fonds nécessaires et le bénéficiaire de la subvention peut ensuite mettre sur pied les prestations attendues et en faire profiter la population. Certes, il peut arriver qu'il n'y ait pas de tiers acquéreur d'une prestation, quand les activités subventionnées ont pour but la promotion d'une idée, la préservation du patrimoine ou la protection de la nature, par exemple, mais il n'en reste pas moins que le bénéficiaire direct de l'activité exercée n'est pas l'Etat lui-même. Dans le domaine médical, les subventions ont pour but de permettre à un prestataire de prodiguer des soins aux malades sans que ceux-ci aient à supporter un coût trop élevé de ce fait, ne serait-ce que par l'intermédiaire de primes d'assurance-maladie excessives.
Ici, les prestations litigieuses consistent en un soutien logistique aux services de l'Etat. L'institution recourante n'effectue pas elle-même une activité en faveur de tiers, du moins en relation avec les prestations litigieuses. L'institution recourante reçoit également des subventions, en lien avec .... Toutefois, celles-ci ne sont pas concernées par la présente procédure. Pour ce qui a trait aux prestations litigieuses, personne d'autre n'en profite que l'Etat. C'est celui-ci qui, ensuite, utilise ces services pour pouvoir soigner .... Autrement dit, on se trouve en présence d'une situation inversée par rapport à celle dans laquelle un processus de subventionnement peut apparaître.
5.5 Les éléments qui précèdent apparaissent clairement pour les années ... et suivantes, lorsque la Fondation a renoncé à avoir des patients propres (sous réserve de ce qui concerne ..., dont le financement n'est toutefois pas concerné par la présente procédure). La situation devient même évidente à partir de l'année ..., alors que la Fondation n'exploite plus d'hôpital. En ce qui concerne les années ... et ..., il semble en revanche que l'institution recourante ait continué d'avoir des patients propres. Les parties ont toutefois donné peu d'indications sur ce point et la Convention ... ne permet pas de connaître exactement le régime qui leur était appliqué. Néanmoins, cela ne change rien à ce qui précède. Dès le moment que l'Etat s'associe avec un tiers pour fournir en commun avec lui un service précis, pour lequel il passe commande et qu'il rétribue en tant que tel, on ne saurait plus parler de subvention.
Dans le cadre du ..., les parties à la Convention ... ont mis en commun leurs compétences en matière de médecine .... Le service n'a par conséquent qu'une seule direction (art. 3 Convention ...), nommée par l'Etat en association avec l'institution recourante (art. 8 Convention ...). Celle-ci n'exerce donc plus librement une activité, pour laquelle elle requiert un soutien financier. Elle est liée à un service étatique, auquel elle doit fournir les prestations dont il a besoin, selon ses directives. L'essence même de la collaboration mise en place avec l'Hôpital public réside dans la création de ce cadre unique et cohérent pour la médecine .... L'engagement pris par l'institution recourante envers le l'Hôpital public correspond à celui que l'on trouve dans n'importe quel contrat bilatéral, et la rémunération aussi, qui doit couvrir l'intégralité des frais.
Si l'on reprend les critères indiqués dans l'art. 8 aOLTVA (cf. consid. 4.4.1), on voit que l'engagement de l'institution recourante va plus loin que le seul fait de devoir remplir des objectifs particuliers ou de devoir rendre des comptes sur son activité. De même, les fonctions prises en charge par la Fondation ne sont pas en tant que telles des tâches de droit public. Il s'agit au contraire de prestations administratives et logistiques fournies en faveur de l'Hôpital public, qui lui effectue une tâche de droit public. La définition des subventions contenue à l'art. 8 aOLTVA ne correspond donc pas aux services fournis par la Fondation.
5.6 Il est parfaitement envisageable que l'institution recourante ait bénéficié de véritables subventions du temps où elle gérait et dirigeait encore elle-même son hôpital. Toutefois, à partir du moment où elle a décidé de confier cette mission à l'Hôpital public, soit à l'Etat, et de se faire rétribuer par celui-ci en fonction des prestations qu'elle lui fournissait, la situation a changé. De ce point de vue, le Tribunal ne peut suivre le raisonnement de la recourante, qui souhaiterait en substance que les montants qui lui sont versés continuent à être traités comme des subventions en considération du fait que, à l'origine, elle assurait elle-même les soins et que le bien-être des ... demeure le but de son action. Les prestations litigieuses doivent être analysées pour elles-mêmes et non à raison des motifs qui poussent l'institution recourante à les fournir. Il en résulterait sinon une distorsion de concurrence vis-à-vis des autres prestataires potentiels. De surcroît, l'analyse des motifs profonds qui poussent un assujetti effectuer telle ou telle opération serait impossible. D'ailleurs, poursuivre un but de bienfaisance ne permet pas, en soi, d'obtenir une exemption de la TVA.
5.7 Le texte des contrats passés par l'institution recourante souligne également cet état de fait. Ces conventions décrivent successivement les prestations effectuées par celle-ci en faveur l'Hôpital public et celles qui sont fournies par l'Hôpital public à l'institution recourante. On y trouve maintes fois le terme de prestation et, concomitamment, celui de rémunération. Certes, comme l'institution recourante le relève à juste titre, les termes employés dans un contrat ne sont pas seuls déterminants pour l'analyse des opérations soumises à la TVA. Toutefois, dans le cas présent, ceux-ci reflètent parfaitement la situation réelle. Deux parties s'engagent dans une convention bilatérale à se fournir réciproquement certaines prestations et à en payer chacune le prix. Le montant des contre-prestations à verser par l'Hôpital public est calculé de manière à ce que l'institution puisse couvrir l'intégralité des charges y relatives. Comme cela a déjà été mentionné, le cas présent se distingue donc clairement de la situation dans laquelle l'Etat verse un montant à un établissement hospitalier pour que celui-ci ne reporte pas l'intégralité de ses charges sur les patients.
5.8 Les prestations litigieuses n'étant pas des subventions et la recourante ne jouissant d'aucune exemption, le Tribunal de céans ne voit pas d'autre motif qui justifierait que la TVA ne soit pas perçue sur les montants payés par l'Hôpital public. Les montants perçus par l'institution recourante doivent donc être inclus dans le calcul de l'impôt.
6.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. En conséquence, conformément à l'art. 63 al. 1

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis. |
|
1 | En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis. |
2 | Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes. |
3 | Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure. |
4 | L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101 |
4bis | L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé: |
a | entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires; |
b | entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102 |
5 | Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106 |

SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF) FITAF Art. 1 Frais de procédure - 1 Les frais de procédure devant le Tribunal administratif fédéral (tribunal) comprennent l'émolument judiciaire et les débours. |
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1 | Les frais de procédure devant le Tribunal administratif fédéral (tribunal) comprennent l'émolument judiciaire et les débours. |
2 | L'émolument judiciaire couvre les frais de photocopie des mémoires et les frais administratifs normaux, tels que les frais pour le personnel, les locaux et le matériel ainsi que les frais postaux, téléphoniques et de télécopie. |
3 | Les débours comprennent notamment les frais de traduction et les frais occasionnés par l'administration des preuves. Les frais de traduction ne sont pas facturés lorsqu'il s'agit de la traduction d'une langue officielle à une autre. |
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais de la cause, par Fr. 12'500.- (douze mille cinq cents francs), sont mis à la charge de la recourante et imputés sur l'avance de frais du même montant déjà versée.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. ... ; Acte judiciaire)
Le président du collège : Le greffier :
Pascal Mollard Cédric Ballenegger
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours: |
|
a | contre les décisions rendues dans des causes de droit public; |
b | contre les actes normatifs cantonaux; |
c | qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires. |

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure. |

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés. |
|
1 | Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés. |
1bis | Lorsqu'une procédure en matière civile a été menée en anglais devant l'autorité précédente, les mémoires peuvent être rédigés en anglais.15 |
2 | Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.16 17 |
3 | Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision. |
4 | En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique18. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement: |
a | le format du mémoire et des pièces jointes; |
b | les modalités de la transmission; |
c | les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.19 |
5 | Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération. |
6 | Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération. |
7 | Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable. |
Expédition :