Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
{T 0/2}
2C 637/2012
2C 638/2012
Arrêt du 4 octobre 2012
IIe Cour de droit public
Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Président,
Seiler et Aubry Girardin.
Greffière: Mme Beti.
Participants à la procédure
X.________ SA,
recourante,
contre
Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, route de Berne 46, 1014 Lausanne,
intimée.
Objet
2C 637/2012
Impôts cantonal et communal 1999,
2C 638/2012
Impôt fédéral direct 1999,
recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal du canton
de Vaud, Cour de droit administratif et public, du 29 mai 2012.
Faits:
A.
A.a La société X.________ SA (ci-après la société contribuable), précédemment dénommée A.________ SA, a pour but le conseil et les services dans le domaine notamment de la distribution et de l'organisation de la vente de marchandises. La société a déplacé son siège social de B.________ à Zoug le 17 décembre 2000. C.________ en était l'actionnaire et l'administrateur.
La société D.________ SA, à E.________, avait pour but la maintenance de lignes électriques et téléphoniques. C.________ en était l'administrateur. D.________ SA a été radiée du registre du commerce en 2008.
La société F.________ SA, à Zoug, détenait la société D.________ SA et s'occupait de sa restructuration. C.________ en était l'actionnaire et l'administrateur. F.________ SA a été déclarée en faillite le 3 janvier 2007 et se trouve en liquidation.
A.b Au cours de l'exercice 1998, la société contribuable a repris une partie de l'exploitation de la société F.________ SA, en particulier les travaux en cours réalisés par celle-ci en faveur de D.________ SA. Se substituant à F.________ SA, la société contribuable a accordé à D.________ SA des prestations sous forme de travail administratif et fiduciaire.
Au 31 décembre 1998, la créance de la société contribuable à l'égard de D.________ SA se montait à CHF 199'024.70. Au 31 décembre 1999, cette créance s'élevait à CHF 494'642.85. Pour la même année 1999, la société contribuable a constitué des provisions à hauteur de CHF 300'000.- sur cette créance. Le 31 mars 2000, la société contribuable a postposé ses créances contre D.________ SA au profit des autres créanciers de la société.
A.c La société contribuable a déposé sa déclaration d'impôt pour l'année 1999 le 29 septembre 2000, en présentant un bénéfice imposable nul et un capital imposable dans le canton de Vaud de CHF 50'000.-. Par décisions de taxation en matière d'impôts fédéral, cantonal et communal datées du 10 octobre 2002, l'Office d'impôt des personnes morales (ci-après l'Office cantonal) a fixé le bénéfice imposable à zéro franc et le capital imposable dans le canton à CHF 260'000.-.
Le 8 novembre 2002, l'Office cantonal a rendu de nouvelles décisions de taxation, portant le bénéfice imposable à CHF 298'400.- et le capital imposable dans le canton à CHF 325'000.-. Il précisait que ces décisions remplaçaient celles du 10 octobre 2002 et qu'elles prenaient en compte le refus de la provision de CHF 300'000.- sur la créance contre D.________ SA.
La société contribuable a formé réclamation contre ces nouvelles décisions de taxation le 7 décembre 2002 auprès de l'Administration cantonale des impôts (ci-après l'Administration cantonale). Le 4 avril 2011, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation.
B.
La société contribuable a recouru le 4 mai 2011 contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après le Tribunal cantonal). Par arrêt du 29 mai 2012, celui-ci a rejeté le recours. Il a retenu en substance que les décisions du 8 novembre 2002 avaient valablement remplacé celles du 10 octobre 2002, que la créance fiscale relative aux impôts cantonal et communal n'était pas prescrite et le serait au plus tôt à fin 2012, et que la provision constituée sur la créance contre D.________ SA n'était pas justifiée par l'usage commercial, les prestations consenties par la société contribuable en faveur de cette société ne s'expliquant que parce qu'elles étaient décidées par l'actionnaire commun, C.________.
C.
Par acte du 29 juin 2012, X.________ SA dépose un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du Tribunal cantonal du 29 mai 2012, sous suite de frais et dépens.
L'Administration cantonale propose le rejet du recours en ce qui concerne l'impôt fédéral direct, et son irrecevabilité, subsidiairement son rejet, en ce qui concerne les impôts cantonal et communal.
Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et s'en remet à justice s'agissant des impôts cantonal et communal.
La recourante a déposé d'ultimes observations le 1er octobre 2012.
Considérant en droit:
I. Recevabilité
1.
Le présent litige porte sur la détermination du bénéfice imposable de la recourante pour la période fiscale 1999, tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en ce qui concerne les impôts cantonal et communal. Le Tribunal cantonal a rendu une seule décision valant pour les deux catégories d'impôts ce qui est admissible (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours devant le Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt fédéral direct (2C 638/2012), l'autre les impôts cantonal et communal (2C 637/2012). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent en partie, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. art. 71
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 71 - Lorsque la présente loi ne contient pas de dispositions de procédure, les dispositions de la PCF31 sont applicables par analogie. |
2.
Le recours est dirigé contre une décision rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours: |
|
a | contre les décisions rendues dans des causes de droit public; |
b | contre les actes normatifs cantonaux; |
c | qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions: |
|
1 | Le recours est recevable contre les décisions: |
a | du Tribunal administratif fédéral; |
b | du Tribunal pénal fédéral; |
c | de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision; |
d | des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert. |
2 | Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral. |
3 | Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre: |
|
a | les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal; |
b | les décisions relatives à la naturalisation ordinaire; |
c | les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent: |
c1 | l'entrée en Suisse, |
c2 | une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit, |
c3 | l'admission provisoire, |
c4 | l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi, |
c5 | les dérogations aux conditions d'admission, |
c6 | la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation; |
d | les décisions en matière d'asile qui ont été rendues: |
d1 | par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger, |
d2 | par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit; |
e | les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération; |
f | les décisions en matière de marchés publics: |
fbis | les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65; |
f1 | si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou |
f2 | si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63; |
g | les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes; |
h | les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale; |
i | les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile; |
j | les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave; |
k | les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit; |
l | les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises; |
m | les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs; |
n | les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent: |
n1 | l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision, |
n2 | l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire, |
n3 | les permis d'exécution; |
o | les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules; |
p | les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70 |
p1 | une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public, |
p2 | un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71; |
p3 | un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73; |
q | les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent: |
q1 | l'inscription sur la liste d'attente, |
q2 | l'attribution d'organes; |
r | les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75; |
s | les décisions en matière d'agriculture qui concernent: |
s1 | ... |
s2 | la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production; |
t | les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession; |
u | les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79); |
v | les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national; |
w | les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe. |
x | les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs; |
y | les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal; |
z | les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque: |
|
1 | A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque: |
a | a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire; |
b | est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et |
c | a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. |
2 | Ont aussi qualité pour recourir: |
a | la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions; |
b | l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération; |
c | les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale; |
d | les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours. |
3 | En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète. |
|
1 | Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète. |
2 | Le délai de recours est de dix jours contre: |
a | les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite; |
b | les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale; |
c | les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93. |
d | les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95. |
3 | Le délai de recours est de cinq jours contre: |
a | les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change; |
b | les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales. |
4 | Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national. |
5 | En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral. |
6 | ...96 |
7 | Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps. |
Les conclusions de la recourante portent uniquement sur l'annulation de l'arrêt attaqué. Des conclusions purement cassatoires ne sont en principe pas suffisantes (art. 107 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties. |
|
1 | Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties. |
2 | Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance. |
3 | Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100 |
4 | Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102 |
Il convient donc d'entrer en matière.
3.
3.1 Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés. |
|
1 | Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés. |
2 | Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16 |
3 | Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision. |
4 | En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement: |
a | le format du mémoire et des pièces jointes; |
b | les modalités de la transmission; |
c | les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18 |
5 | Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération. |
6 | Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération. |
7 | Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés. |
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1 | Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés. |
2 | Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16 |
3 | Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision. |
4 | En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement: |
a | le format du mémoire et des pièces jointes; |
b | les modalités de la transmission; |
c | les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18 |
5 | Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération. |
6 | Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération. |
7 | Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable. |
3.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation: |
|
a | du droit fédéral; |
b | du droit international; |
c | de droits constitutionnels cantonaux; |
d | de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires; |
e | du droit intercantonal. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 96 Droit étranger - Le recours peut être formé pour: |
|
a | inapplication du droit étranger désigné par le droit international privé suisse; |
b | application erronée du droit étranger désigné par le droit international privé suisse, pour autant qu'il s'agisse d'une affaire non pécuniaire. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
|
1 | Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
2 | Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation: |
|
a | du droit fédéral; |
b | du droit international; |
c | de droits constitutionnels cantonaux; |
d | de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires; |
e | du droit intercantonal. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation: |
|
a | du droit fédéral; |
b | du droit international; |
c | de droits constitutionnels cantonaux; |
d | de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires; |
e | du droit intercantonal. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
|
1 | Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
2 | Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. |
3.3 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. |
|
1 | Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. |
2 | Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95. |
3 | Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99 |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation: |
|
a | du droit fédéral; |
b | du droit international; |
c | de droits constitutionnels cantonaux; |
d | de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires; |
e | du droit intercantonal. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. |
|
1 | Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. |
2 | Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95. |
3 | Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99 |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. |
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1 | Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. |
2 | Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95. |
3 | Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99 |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause. |
|
1 | Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause. |
2 | Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89 |
II. Impôt fédéral direct
4.
Compte tenu de l'écoulement du temps, il convient d'examiner si le droit de taxer la recourante en matière d'impôt fédéral direct pour la période 1999 n'est pas atteint par la prescription absolue. S'agissant de droit fédéral, le Tribunal fédéral examine ce point d'office (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.2 et 3.3 p. 171 s.).
Selon l'art. 120 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés. |
|
1 | Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés. |
2 | La prescription ne court pas ou est suspendue: |
a | pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision; |
b | aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné; |
c | aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour. |
3 | Un nouveau délai de prescription commence à courir: |
a | lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt; |
b | lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt; |
c | lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée; |
d | lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal. |
4 | La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale. |
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés. |
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1 | Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés. |
2 | La prescription ne court pas ou est suspendue: |
a | pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision; |
b | aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné; |
c | aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour. |
3 | Un nouveau délai de prescription commence à courir: |
a | lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt; |
b | lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt; |
c | lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée; |
d | lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal. |
4 | La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale. |
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés. |
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1 | Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés. |
2 | La prescription ne court pas ou est suspendue: |
a | pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision; |
b | aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné; |
c | aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour. |
3 | Un nouveau délai de prescription commence à courir: |
a | lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt; |
b | lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt; |
c | lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée; |
d | lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal. |
4 | La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale. |
En l'espèce, le litige porte sur la période fiscale 1999. La prescription du droit de procéder à la taxation est suspendue depuis le 7 décembre 2002, date du dépôt de la réclamation qui est à l'origine de la présente procédure, soit moins de trois ans après la fin de la période fiscale en cause. Quant au droit absolu de procéder à la taxation, il ne parviendra à échéance que le 31 décembre 2014. La prescription n'est par conséquent pas acquise en matière d'impôt fédéral direct.
5.
La recourante allègue que la décision de taxation du 8 novembre 2002 n'a pas été notifiée en temps utile pour valablement annuler la décision de taxation du 10 octobre 2002.
5.1 En matière d'impôt fédéral direct, il est admis que l'autorité fiscale peut revenir sur une décision de taxation jusqu'à l'échéance du délai de réclamation ou de recours, sans être soumise à des conditions particulières, et rectifier la taxation au désavantage du contribuable (cf. ATF 121 II 273 consid. 1a/bb p. 278; confirmé récemment in arrêts 2C 653/2012 du 28 août 2012 consid. 4.2.3 et 2C 156/2010 du 7 juin 2011 consid. 3.1).
Le délai pour déposer une réclamation à l'encontre d'une décision de taxation est de trente jours dès la notification (cf. art. 132 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 132 Conditions - 1 Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification. |
|
1 | Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification. |
2 | La réclamation déposée contre une décision de taxation déjà motivée peut être considérée comme un recours et transmise à la commission cantonale de recours en matière d'impôt si le contribuable et les autres ayants droit y consentent (art. 103, al. 1, let. b, et 104, al. 1). |
3 | Le contribuable qui a été taxé d'office peut déposer une réclamation contre cette taxation uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte. La réclamation doit être motivée et indiquer, le cas échéant, les moyens de preuve. |
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 133 Délais - 1 Le délai commence à courir le lendemain de la notification. Il est considéré comme respecté si la réclamation a été remise à l'autorité de taxation, à un office de poste suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse à l'étranger le dernier jour ouvrable du délai au plus tard. Lorsque le dernier jour du délai tombe un samedi, un dimanche ou un jour férié officiel, le délai expire le premier jour ouvrable qui suit. |
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1 | Le délai commence à courir le lendemain de la notification. Il est considéré comme respecté si la réclamation a été remise à l'autorité de taxation, à un office de poste suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse à l'étranger le dernier jour ouvrable du délai au plus tard. Lorsque le dernier jour du délai tombe un samedi, un dimanche ou un jour férié officiel, le délai expire le premier jour ouvrable qui suit. |
2 | La réclamation adressée à une autorité incompétente doit être transmise sans retard à l'autorité de taxation compétente. Le délai de réclamation est considéré comme respecté lorsque la réclamation a été remise à une autorité incompétente ou à un office de poste suisse le dernier jour ouvrable du délai au plus tard. |
3 | Passé le délai de 30 jours, une réclamation n'est recevable que si le contribuable établit que par suite de service militaire, de service civil, de maladie, d'absence du pays ou pour d'autres motifs sérieux, il a été empêché de présenter sa réclamation en temps utile et qu'il l'a déposée dans les 30 jours après la fin de l'empêchement.234 |
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 133 Délais - 1 Le délai commence à courir le lendemain de la notification. Il est considéré comme respecté si la réclamation a été remise à l'autorité de taxation, à un office de poste suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse à l'étranger le dernier jour ouvrable du délai au plus tard. Lorsque le dernier jour du délai tombe un samedi, un dimanche ou un jour férié officiel, le délai expire le premier jour ouvrable qui suit. |
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1 | Le délai commence à courir le lendemain de la notification. Il est considéré comme respecté si la réclamation a été remise à l'autorité de taxation, à un office de poste suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse à l'étranger le dernier jour ouvrable du délai au plus tard. Lorsque le dernier jour du délai tombe un samedi, un dimanche ou un jour férié officiel, le délai expire le premier jour ouvrable qui suit. |
2 | La réclamation adressée à une autorité incompétente doit être transmise sans retard à l'autorité de taxation compétente. Le délai de réclamation est considéré comme respecté lorsque la réclamation a été remise à une autorité incompétente ou à un office de poste suisse le dernier jour ouvrable du délai au plus tard. |
3 | Passé le délai de 30 jours, une réclamation n'est recevable que si le contribuable établit que par suite de service militaire, de service civil, de maladie, d'absence du pays ou pour d'autres motifs sérieux, il a été empêché de présenter sa réclamation en temps utile et qu'il l'a déposée dans les 30 jours après la fin de l'empêchement.234 |
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 133 Délais - 1 Le délai commence à courir le lendemain de la notification. Il est considéré comme respecté si la réclamation a été remise à l'autorité de taxation, à un office de poste suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse à l'étranger le dernier jour ouvrable du délai au plus tard. Lorsque le dernier jour du délai tombe un samedi, un dimanche ou un jour férié officiel, le délai expire le premier jour ouvrable qui suit. |
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1 | Le délai commence à courir le lendemain de la notification. Il est considéré comme respecté si la réclamation a été remise à l'autorité de taxation, à un office de poste suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse à l'étranger le dernier jour ouvrable du délai au plus tard. Lorsque le dernier jour du délai tombe un samedi, un dimanche ou un jour férié officiel, le délai expire le premier jour ouvrable qui suit. |
2 | La réclamation adressée à une autorité incompétente doit être transmise sans retard à l'autorité de taxation compétente. Le délai de réclamation est considéré comme respecté lorsque la réclamation a été remise à une autorité incompétente ou à un office de poste suisse le dernier jour ouvrable du délai au plus tard. |
3 | Passé le délai de 30 jours, une réclamation n'est recevable que si le contribuable établit que par suite de service militaire, de service civil, de maladie, d'absence du pays ou pour d'autres motifs sérieux, il a été empêché de présenter sa réclamation en temps utile et qu'il l'a déposée dans les 30 jours après la fin de l'empêchement.234 |
Le délai dont dispose l'autorité de taxation pour revoir sa décision doit obéir aux mêmes principes. Il suffit qu'elle rende et expédie une nouvelle décision le dernier jour du délai de réclamation. Le moment auquel le contribuable en prend connaissance n'est ainsi pas déterminant pour qu'elle remplace valablement la première décision. Seule la notification au contribuable fait en revanche partir le délai dont celui-ci dispose pour déposer une réclamation à l'encontre de la nouvelle décision (cf. LYDIA MASMEJAN-FEY, in DANIELLE YERSIN/YVES NOËL (ÉD.), Commentaire romand de l'impôt fédéral direct, 2008, n° 17 ad art. 116
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 116 Notification - 1 Les décisions et les prononcés sont notifiés au contribuable par écrit et doivent indiquer les voies de droit. |
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1 | Les décisions et les prononcés sont notifiés au contribuable par écrit et doivent indiquer les voies de droit. |
2 | Lorsque le contribuable n'a pas de domicile connu ou qu'il se trouve à l'étranger, sans avoir de représentant en Suisse, les décisions et prononcés peuvent lui être notifiés valablement par publication dans la Feuille officielle du canton. |
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 116 Notification - 1 Les décisions et les prononcés sont notifiés au contribuable par écrit et doivent indiquer les voies de droit. |
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1 | Les décisions et les prononcés sont notifiés au contribuable par écrit et doivent indiquer les voies de droit. |
2 | Lorsque le contribuable n'a pas de domicile connu ou qu'il se trouve à l'étranger, sans avoir de représentant en Suisse, les décisions et prononcés peuvent lui être notifiés valablement par publication dans la Feuille officielle du canton. |
5.2 En l'espèce, la première décision de taxation porte la date du 10 octobre 2002. Devant la Cour de céans, la recourante ne fait plus valoir qu'elle aurait été postdatée et notifiée le 9 octobre 2002 déjà. Mais même si l'on devait admettre cette date de notification, le délai de réclamation serait arrivé à échéance le 8 novembre 2002. Dans cette hypothèse également, la décision de taxation pouvait par conséquent encore être modifiée le 8 novembre 2002 au plus tard. La nouvelle décision a été rendue et expédiée à cette date. Le délai de réclamation de trente jours de l'art. 132 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 132 Conditions - 1 Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification. |
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1 | Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification. |
2 | La réclamation déposée contre une décision de taxation déjà motivée peut être considérée comme un recours et transmise à la commission cantonale de recours en matière d'impôt si le contribuable et les autres ayants droit y consentent (art. 103, al. 1, let. b, et 104, al. 1). |
3 | Le contribuable qui a été taxé d'office peut déposer une réclamation contre cette taxation uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte. La réclamation doit être motivée et indiquer, le cas échéant, les moyens de preuve. |
6.
Sur le fond, la recourante allègue que les provisions auxquelles elle a procédé en raison de ses créances ouvertes à l'encontre de la société D.________ SA devaient être portées en déduction lors du calcul de son bénéfice imposable.
6.1 Selon l'art. 58 al. 1 let. b
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend: |
|
1 | Le bénéfice net imposable comprend: |
a | le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent; |
b | tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que: |
c | les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133 |
2 | Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie. |
3 | Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence. |
jamais accordées à des tiers dans des relations d'affaires normales, ce qui donne à l'opération un caractère insolite reconnaissable pour ses organes, il faut en tenir compte sur le plan fiscal (cf. arrêt 2C 788/2010 du 18 mai 2011 consid. 4.2). Savoir si l'on est en présence d'une provision justifiée par l'usage commercial dépend donc des faits de la cause.
6.2 Selon les faits constatés par le Tribunal cantonal, les prestations effectuées par la recourante en faveur de la société D.________ SA ont été consenties sans garantie et dans une situation financière obérée. En concluant qu'elles n'auraient pas été effectuées par un tiers et ne s'expliquent que par le fait que D.________ SA et la recourante étaient des sociétés s?urs en mains d'un même actionnaire, de sorte qu'elle ne sont pas justifiées par l'usage commercial, le Tribunal cantonal n'a pas violé le droit fédéral. Partant, c'est à juste titre que les autorités cantonales n'ont pas tenu compte, sur le plan fiscal, des provisions y relatives.
Pour toute motivation, la recourante se contente de présenter une version des faits qui s'écarte des constatations de l'instance cantonale, sans alléguer ni a fortiori démontrer en quoi les faits figurant dans l'arrêt attaqué seraient manifestement inexacts ou arbitraires, ce qui n'est pas admissible (cf. supra consid. 3.3.).
Le recours doit par conséquent être rejeté en ce qui concerne l'impôt fédéral direct.
III. Impôts cantonal et communal
7.
En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause (cf. arrêt 2P.291/2000 du 23 novembre 2001 consid. 5b, RDAF 2002 II 89; DANIELLE YERSIN, in DANIELLE YERSIN/YVES NOËL (ÉD.), Commentaire romand de l'impôt fédéral direct, 2008, n° 104 ad Remarques préliminaires; ERNST BLUMENTSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 2002, p. 162).
Le présent litige porte sur la période fiscale 1999. Aux termes de l'art. 72 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 72 Adaptation des législations cantonales - 1 Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223 |
|
1 | Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223 |
2 | Une fois entrées en vigueur, les dispositions de la présente loi sont d'application directe si le droit fiscal cantonal s'en écarte.224 |
3 | Le gouvernement cantonal édicte les dispositions provisoires nécessaires. |
L'imposition de la recourante en matière d'impôts cantonal et communal pour l'année 1999 se fonde par conséquent exclusivement sur le droit cantonal.
8.
La recourante fait valoir qu'en ce qui concerne les impôts cantonal et communal pour l'année 1999, la prescription absolue du droit de taxer est acquise depuis le 31 décembre 2011.
La recourante allègue une mauvaise application des dispositions cantonales. Elle n'invoque toutefois la violation d'aucun droit constitutionnel et ne prétend pas que l'arrêt attaqué serait contraire au droit fédéral ou arbitraire. Dans ces conditions, faute d'une motivation suffisante, son recours est irrecevable sur ce point (cf. supra consid. 3.2).
Au demeurant, on relèvera que le délai de prescription absolue prévu par l'art. 98a al. 4 aLI (applicable à l'impôt communal par renvoi de l'art. 42 LICom), à savoir douze ans après la fin de la période de taxation, arrivera à échéance le 31 décembre 2012, dès lors que présent litige porte sur l'exercice 1999, qui fait l'objet de la période de taxation qui se terminait le 31 décembre 2000 (cf. art. 73 al. 2 et 3 aLI, applicable à l'impôt communal par renvoi de l'art. 5 LICom).
9.
9.1 En matière d'impôts cantonal et communal également, la recourante allègue que la décision de taxation du 8 novembre 2002 n'a pas été notifiée en temps utile pour valablement annuler la décision de taxation du 10 octobre 2002. Elle n'invoque toutefois aucune disposition de droit cantonal qui aurait été appliquée arbitrairement et ne présente aucune motivation à l'appui de son grief qui se distingue des critiques formulées en matière d'impôt fédéral direct. Son recours est donc irrecevable sur ce point (cf. supra consid. 3.2).
9.2 Il en va de même en ce qui concerne le refus de prendre en compte les provisions constituées sur ses créances envers la société D.________ SA. La recourante ne se plaignant d'aucune violation du droit cantonal, son grief est irrecevable (cf. supra consid. 3.2).
Par conséquent, le recours est irrecevable en ce qui concerne les impôts cantonal et communal.
IV. Frais et dépens
10.
Succombant en tous points, la recourante supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties. |
|
1 | En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties. |
2 | Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis. |
3 | Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés. |
4 | En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours. |
5 | Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe. |
|
1 | Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe. |
2 | En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige. |
3 | En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles. |
4 | L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie. |
5 | Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe. |
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1 | Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe. |
2 | En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige. |
3 | En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles. |
4 | L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie. |
5 | Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer. |
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Les causes 2C 637/2012 et 2C 638/2012 sont jointes.
2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
3.
Le recours est irrecevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à CHF 3'500.-, sont mis à la charge de la recourante.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 4 octobre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Beti