Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
1C 88/2009

Arrêt du 31 août 2009
Ire Cour de droit public

Composition
MM. les Juges Féraud, Président, Aemisegger et Fonjallaz.
Greffier: M. Rittener.

Parties
Chemins de fer fédéraux SA (CFF), 1001 Lausanne,
Etat de Genève,
recourants, tous les deux représentés par Me Bernard Ziegler,

contre

A.________ et consorts,
B.________,
C.________,
D.________,
intimés,

Copropriétaires E.________, intimés, représentés par Me Pascal Pétroz, avocat,

Copropriétaires F.________
Succession G.________,
H.________,

Association I.________,
J.________,
Hoirie K.________,
L.________,
M.________,
Copropriétaires N.________,
O.________,
Masse en faillite P.________,
R.________,
S.________,
T.________,
U.________,
V.________,
W.________,
X.________, Y.________, Z.________ et AA.________, ,
Société Immobilière BB.________,
CC.________,
Société immobilière DD.________,
EE.________,
FF.________,
GG.________,
intimés, tous représentés par Me Jean-Marc Siegrist, avocat,

II.________,
JJ.________,
KK.________,
intimés, tous représentés par Me Denis Mathey, avocat,

La Société Immobilière HH.________,
LL.________,
intimées, représentées par Me Lucien Lazzarotto, avocat,

MM.________ et consorts,
NN.________ et consorts,
OO.________,
PP.________ et consorts,
Copropriétaires QQ.________,
Copropriétaires RR.________,
Copropriétaires SS.________,
TT.________,
UU.________,
VV.________,
WW.________,
XX.________,
YY.________,
ZZ.________,
AAA.________
EE.________,
intimés, tous représentés par Me François Bellanger,
BBB.________,
CCC.________,
DDD.________,
EEE.________,
FFF.________,
GGG.________,
intimés, tous représentés par Me Mauro Poggia, avocat,

Communauté des copropriétaires par étages HHH.________,
Fondation de prévoyance III.________,
JJJ.________ et consorts,
KKK.________,
intimés, tous représentés par Me Pascal Marti, avocat,

Office fédéral des transports, 3003 Berne.

Objet
approbation de plans ferroviaires (CEVA), effet suspensif,

recours contre la décision du Tribunal administratif fédéral du 23 janvier 2009.

Faits:

A.
Le 6 mars 2006, le canton de Genève et les Chemins de fer fédéraux (ci-après: les CFF) ont requis de l'Office fédéral des transports l'approbation des plans de la nouvelle ligne ferroviaire Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse (CEVA). Ce projet consiste en substance à construire une ligne de chemin de fer à double voie de 14 kilomètres environ entre la gare de Cornavin et la frontière franco-suisse, avec une nouvelle gare aux Eaux-Vives, quatre stations et plusieurs ouvrages d'art. Les CFF ont la qualité de maître d'ouvrage. Ce projet a été mis à l'enquête publique dans les communes concernées du 11 septembre au 10 octobre 2006 selon la procédure ordinaire d'approbation des plans prévue aux art. 18 ss
SR 742.101 Eisenbahngesetz vom 20. Dezember 1957 (EBG)
EBG Art. 18 Grundsatz - 1 Bauten und Anlagen, die ganz oder überwiegend dem Bau und Betrieb einer Eisenbahn dienen (Eisenbahnanlagen), dürfen nur mit einer Plangenehmigung erstellt oder geändert werden.
1    Bauten und Anlagen, die ganz oder überwiegend dem Bau und Betrieb einer Eisenbahn dienen (Eisenbahnanlagen), dürfen nur mit einer Plangenehmigung erstellt oder geändert werden.
1bis    Als Änderung einer Eisenbahnanlage gilt auch der Einbau bahnfremder Bauten und Anlagen in eine Eisenbahnanlage, sofern diese weiterhin überwiegend dem Bau oder dem Betrieb der Eisenbahn dient.102
2    Genehmigungsbehörde ist das BAV.103
3    Mit der Plangenehmigung werden sämtliche nach Bundesrecht erforderlichen Bewilligungen erteilt.
4    Kantonale Bewilligungen und Pläne sind nicht erforderlich. Das kantonale Recht ist zu berücksichtigen, soweit es das Eisenbahnunternehmen in der Erfüllung seiner Aufgaben nicht unverhältnismässig einschränkt.
5    Die Plangenehmigung für Vorhaben, die sich erheblich auf Raum und Umwelt auswirken, setzt grundsätzlich einen Sachplan nach dem Bundesgesetz vom 22. Juni 1979104 über die Raumplanung voraus.
6    Zur Eisenbahnanlage gehören auch die mit dem Bau und dem Betrieb zusammenhängenden Erschliessungsanlagen und Installationsplätze sowie die Standorte für die Verwertung und Ablagerung von Ausbruch- und Aushubmaterial, die in einem engen räumlichen und funktionalen Zusammenhang mit der geplanten Anlage stehen.
de la loi fédérale sur les chemins de fer (LCdF; RS 742.101). Le projet a suscité plus de 1'700 oppositions.
Le 5 mai 2008, l'Office fédéral des transports a rendu une décision d'approbation des plans au sens des art. 18 ss
SR 742.101 Eisenbahngesetz vom 20. Dezember 1957 (EBG)
EBG Art. 18 Grundsatz - 1 Bauten und Anlagen, die ganz oder überwiegend dem Bau und Betrieb einer Eisenbahn dienen (Eisenbahnanlagen), dürfen nur mit einer Plangenehmigung erstellt oder geändert werden.
1    Bauten und Anlagen, die ganz oder überwiegend dem Bau und Betrieb einer Eisenbahn dienen (Eisenbahnanlagen), dürfen nur mit einer Plangenehmigung erstellt oder geändert werden.
1bis    Als Änderung einer Eisenbahnanlage gilt auch der Einbau bahnfremder Bauten und Anlagen in eine Eisenbahnanlage, sofern diese weiterhin überwiegend dem Bau oder dem Betrieb der Eisenbahn dient.102
2    Genehmigungsbehörde ist das BAV.103
3    Mit der Plangenehmigung werden sämtliche nach Bundesrecht erforderlichen Bewilligungen erteilt.
4    Kantonale Bewilligungen und Pläne sind nicht erforderlich. Das kantonale Recht ist zu berücksichtigen, soweit es das Eisenbahnunternehmen in der Erfüllung seiner Aufgaben nicht unverhältnismässig einschränkt.
5    Die Plangenehmigung für Vorhaben, die sich erheblich auf Raum und Umwelt auswirken, setzt grundsätzlich einen Sachplan nach dem Bundesgesetz vom 22. Juni 1979104 über die Raumplanung voraus.
6    Zur Eisenbahnanlage gehören auch die mit dem Bau und dem Betrieb zusammenhängenden Erschliessungsanlagen und Installationsplätze sowie die Standorte für die Verwertung und Ablagerung von Ausbruch- und Aushubmaterial, die in einem engen räumlichen und funktionalen Zusammenhang mit der geplanten Anlage stehen.
LCdF pour la construction de la liaison ferroviaire Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse (CEVA) et elle a déclaré irrecevables, rejeté ou partiellement admis les oppositions suscitées par le projet. La décision d'approbation des plans est assortie de très nombreuses charges, dont certaines exigent la production de documents (études, projets de détail, etc.) à l'Office fédéral des transports, pour approbation ou pour information, dans des délais de six à douze mois avant le début des travaux.

B.
Des opposants, parmi lesquels figurent les intimés mentionnés en en-tête du présent arrêt, ont recouru contre la décision d'approbation des plans auprès du Tribunal administratif fédéral. Le 24 juillet 2008, les CFF et l'Etat de Genève ont requis la levée partielle de l'effet suspensif des recours. Ils demandent la levée de l'effet suspensif pour les projets partiels nos 12 (km 60.630 - 63.720), 22 (km 63.720 - 65.535), 23 (km 65.535 - 65.800), 24 (km 67.887 - 68.393), 26 (km 70.050 - 70.750), 27 (km 70.750 - 72.260) et 37 (km 72.260 - 74.390).
Par décision du 23 janvier 2009, le Tribunal administratif fédéral a rejeté la requête de retrait de l'effet suspensif. En substance, il a considéré que les charges assortissant la décision d'approbation du 5 mai 2008 subsistaient malgré les recours formés contre cette décision et qu'elles devaient par conséquent être exécutées, ce qui relativisait nettement l'urgence invoquée par les CFF et l'Etat de Genève. De manière générale, le Tribunal administratif fédéral a considéré que l'urgence n'était pas établie dans les cas où les documents demandés par l'Office fédéral des transports étaient susceptibles de concerner des travaux invoqués à l'appui de la requête de retrait de l'effet suspensif. Il a également relevé que les CFF et l'Etat de Genève n'avaient pas présenté les éléments nécessaires pour apprécier l'urgence invoquée, qu'ils avaient omis de préciser quels travaux étaient urgents et qu'ils n'avaient pas tenu compte des charges et des délais imposés par celles-ci.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les CFF et l'Etat de Genève demandent au Tribunal fédéral d'annuler cette décision, de retirer partiellement l'effet suspensif et de les autoriser à entreprendre les travaux afférents aux projets partiels susmentionnés, subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision.
C.________ et D.________ ont présenté des observations. II.________, JJ.________ et KK.________ en ont fait de même; ils concluent au rejet de la requête de retrait de l'effet suspensif du 24 juillet 2008. La Communauté des copropriétaires par étages HHH.________, JJJ.________ et consorts, la Fondation de prévoyance III.________ et KKK.________ "s'en rapportent à justice tant en ce qui concerne la recevabilité du recours [...] que par rapport à la confirmation de la décision incidente [...]". BBB.________, CCC.________, DDD.________, EEE.________, FFF.________, GGG.________ ont présenté des observations; ils concluent à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. Au terme de leurs déterminations, les Copropriétaires QQ.________, les Copropriétaires RR.________, les Copropriétaires SS._______, YY.________, MM.________ et consorts, NN.________ et consorts, OO.________, PP.________ et consorts, TT.________, UU.________, WW.________, XX.________, ZZ.________, LLL.________ et EE.________ prennent les mêmes conclusions. Les Copropriétaires F.________ la Succession G.________, H.________, l'Association I.________, J.________, l'Hoirie K.________, L.________, M.________ SA, les Copropriétaires N.________, O.________, la
Masse en faillite P.________, R.________, S.________, T.________, U.________, V.________, W.________, X.________, Y.________, Z.________ et AA.________, la Société Immobilière BB.________, CC.________, la Société immobilière DD.________, EE.________, FF.________ et GG.________ se sont déterminés; ils concluent à la confirmation de la décision attaquée. Au terme de ses observations, la Société Immobilière HH.________ prend la même conclusion. LL.________ "s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours [...]" et "quant à l'octroi d'une levée partielle de l'effet suspensif [...]". A.________ et consorts concluent à la confirmation de la décision attaquée. L'Office fédéral des transports, les Copropriétaires E.________, B.________, VV.________ ont expressément renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:

1.
La voie du recours en matière de droit public est ouverte en l'espèce, la décision attaquée ayant été rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF). Aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF n'est réalisée. Le recours a été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF) et dans les formes prescrites (art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF). Compte tenu du préjudice financier allégué et de l'implication des recourants dans le projet litigieux, on peut admettre qu'ils ont la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF.

2.
La décision attaquée, qui rejette une requête visant à retirer l'effet suspensif à des recours contre une décision d'approbation des plans est à l'évidence une décision incidente. Conformément à l'art. 93 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 93 Andere Vor- und Zwischenentscheide - 1 Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
1    Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
a  wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können; oder
b  wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde.
2    Auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und dem Gebiet des Asyls sind Vor- und Zwischenentscheide nicht anfechtbar.85 Vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Entscheide über die Auslieferungshaft sowie über die Beschlagnahme von Vermögenswerten und Wertgegenständen, sofern die Voraussetzungen von Absatz 1 erfüllt sind.
3    Ist die Beschwerde nach den Absätzen 1 und 2 nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, so sind die betreffenden Vor- und Zwischenentscheide durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken.
LTF, le recours n'est ouvert contre une telle décision que si celle-ci peut causer un préjudice irréparable (let. a) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b). Les recourants ne se prévalent pas de cette dernière condition, qui n'entre pas en considération en l'espèce. S'agissant de la condition prévue à l'art. 93 al. 1 let. a, il appartient au recourant d'alléguer et d'établir que la décision préjudicielle ou incidente lui cause un préjudice irréparable, à moins que celui-ci ne fasse d'emblée aucun doute (ATF 133 III 629 consid. 2.3.1 p. 632). Le Tribunal fédéral a considéré que le préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 93 Andere Vor- und Zwischenentscheide - 1 Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
1    Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
a  wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können; oder
b  wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde.
2    Auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und dem Gebiet des Asyls sind Vor- und Zwischenentscheide nicht anfechtbar.85 Vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Entscheide über die Auslieferungshaft sowie über die Beschlagnahme von Vermögenswerten und Wertgegenständen, sofern die Voraussetzungen von Absatz 1 erfüllt sind.
3    Ist die Beschwerde nach den Absätzen 1 und 2 nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, so sind die betreffenden Vor- und Zwischenentscheide durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken.
LTF devait en principe être de nature juridique, comme sous l'empire de l'art. 87 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 93 Andere Vor- und Zwischenentscheide - 1 Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
1    Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
a  wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können; oder
b  wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde.
2    Auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und dem Gebiet des Asyls sind Vor- und Zwischenentscheide nicht anfechtbar.85 Vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Entscheide über die Auslieferungshaft sowie über die Beschlagnahme von Vermögenswerten und Wertgegenständen, sofern die Voraussetzungen von Absatz 1 erfüllt sind.
3    Ist die Beschwerde nach den Absätzen 1 und 2 nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, so sind die betreffenden Vor- und Zwischenentscheide durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken.
OJ (ATF 134 III 188 consid. 2.1 p. 190; 133 IV 288 consid. 3.1 p. 291; 133 V 645 consid. 2.1 et les références). En matière administrative, il n'est cependant pas exclu qu'un préjudice de pur
fait soit suffisant, en particulier lorsque cela découle du droit administratif matériel (ATF 135 II 30 consid. 1.3.4 p. 36 et les références).
En l'espèce, les recourants allèguent que la décision litigieuse, qui maintient l'effet suspensif, leur cause un préjudice économique considérable, le coût de renchérissement du projet CEVA s'élevant selon eux à 31'563'000 fr. par an. On peut se demander si le renchérissement du projet constitue un préjudice irréparable au sens de la jurisprudence. De plus, les recourants omettent de prendre en considération que la décision d'approbation des plans est assortie de nombreuses charges, qui devraient être exécutées dans des délais de six mois à un an avant le début des travaux. Or, ces charges n'ayant pas encore été exécutées, on ne voit pas d'emblée quel préjudice les recourants subiraient dans l'intervalle du fait de l'effet suspensif. Ces questions peuvent cependant demeurer indécises, dans la mesure où il découle des considérants suivants que le recours doit être rejeté sur le fond.

3.
Les recourants font grief au Tribunal administratif fédéral d'avoir violé l'art. 55
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 55 - 1 Die Beschwerde hat aufschiebende Wirkung.
1    Die Beschwerde hat aufschiebende Wirkung.
2    Hat die Verfügung nicht eine Geldleistung zum Gegenstand, so kann die Vorinstanz darin einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung entziehen; dieselbe Befugnis steht der Beschwerdeinstanz, ihrem Vorsitzenden oder dem Instruktionsrichter nach Einreichung der Beschwerde zu.96
3    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter kann die von der Vorinstanz entzogene aufschiebende Wirkung wiederherstellen; über ein Begehren um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ist ohne Verzug zu entscheiden.97
4    Wird die aufschiebende Wirkung willkürlich entzogen oder einem Begehren um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung willkürlich nicht oder verspätet entsprochen, so haftet für den daraus erwachsenden Schaden die Körperschaft oder autonome Anstalt, in deren Namen die Behörde verfügt hat.
5    Vorbehalten bleiben die Bestimmungen anderer Bundesgesetze, nach denen eine Beschwerde keine aufschiebende Wirkung hat.98
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA; RS 172.021). Ils estiment en substance que les conditions étaient réunies pour que l'effet suspensif des recours formés par les opposants au projet soit retiré.

3.1 L'art. 55
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 55 - 1 Die Beschwerde hat aufschiebende Wirkung.
1    Die Beschwerde hat aufschiebende Wirkung.
2    Hat die Verfügung nicht eine Geldleistung zum Gegenstand, so kann die Vorinstanz darin einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung entziehen; dieselbe Befugnis steht der Beschwerdeinstanz, ihrem Vorsitzenden oder dem Instruktionsrichter nach Einreichung der Beschwerde zu.96
3    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter kann die von der Vorinstanz entzogene aufschiebende Wirkung wiederherstellen; über ein Begehren um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ist ohne Verzug zu entscheiden.97
4    Wird die aufschiebende Wirkung willkürlich entzogen oder einem Begehren um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung willkürlich nicht oder verspätet entsprochen, so haftet für den daraus erwachsenden Schaden die Körperschaft oder autonome Anstalt, in deren Namen die Behörde verfügt hat.
5    Vorbehalten bleiben die Bestimmungen anderer Bundesgesetze, nach denen eine Beschwerde keine aufschiebende Wirkung hat.98
PA est applicable aux procédures ouvertes devant le Tribunal administratif fédéral en vertu du renvoi général de l'art. 37
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 37 Grundsatz - Das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht richtet sich nach dem VwVG56, soweit dieses Gesetz nichts anderes bestimmt.
LTAF (ATF 133 II 130 consid. 3.1 p. 131). Aux termes de l'art. 55 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 55 - 1 Die Beschwerde hat aufschiebende Wirkung.
1    Die Beschwerde hat aufschiebende Wirkung.
2    Hat die Verfügung nicht eine Geldleistung zum Gegenstand, so kann die Vorinstanz darin einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung entziehen; dieselbe Befugnis steht der Beschwerdeinstanz, ihrem Vorsitzenden oder dem Instruktionsrichter nach Einreichung der Beschwerde zu.96
3    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter kann die von der Vorinstanz entzogene aufschiebende Wirkung wiederherstellen; über ein Begehren um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ist ohne Verzug zu entscheiden.97
4    Wird die aufschiebende Wirkung willkürlich entzogen oder einem Begehren um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung willkürlich nicht oder verspätet entsprochen, so haftet für den daraus erwachsenden Schaden die Körperschaft oder autonome Anstalt, in deren Namen die Behörde verfügt hat.
5    Vorbehalten bleiben die Bestimmungen anderer Bundesgesetze, nach denen eine Beschwerde keine aufschiebende Wirkung hat.98
PA, le recours a effet suspensif. Sauf si la décision porte sur une prestation pécuniaire, l'effet suspensif peut être retiré par l'autorité de recours, son président ou le juge instructeur (art. 55 al. 2
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 55 - 1 Die Beschwerde hat aufschiebende Wirkung.
1    Die Beschwerde hat aufschiebende Wirkung.
2    Hat die Verfügung nicht eine Geldleistung zum Gegenstand, so kann die Vorinstanz darin einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung entziehen; dieselbe Befugnis steht der Beschwerdeinstanz, ihrem Vorsitzenden oder dem Instruktionsrichter nach Einreichung der Beschwerde zu.96
3    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter kann die von der Vorinstanz entzogene aufschiebende Wirkung wiederherstellen; über ein Begehren um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ist ohne Verzug zu entscheiden.97
4    Wird die aufschiebende Wirkung willkürlich entzogen oder einem Begehren um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung willkürlich nicht oder verspätet entsprochen, so haftet für den daraus erwachsenden Schaden die Körperschaft oder autonome Anstalt, in deren Namen die Behörde verfügt hat.
5    Vorbehalten bleiben die Bestimmungen anderer Bundesgesetze, nach denen eine Beschwerde keine aufschiebende Wirkung hat.98
PA). Le législateur a donc fait du retrait de l'effet suspensif une règle exceptionnelle en procédure administrative fédérale. Selon la jurisprudence, une telle décision doit reposer sur des motifs clairs et convaincants, résultant d'une pesée des intérêts publics et privés en présence. Dans ce cadre, on peut tenir compte de l'issue probable du procès au fond, mais seulement si elle paraît manifeste (ATF 117 V 185 consid. 2b p. 191; 110 V 40 consid. 5b p. 44; 106 Ib 115 consid. 2a p. 116). Le juge compétent effectue à ce stade une pesée des intérêts prima facie et dispose d'un important pouvoir d'appréciation. Le Tribunal fédéral n'annulera la décision de première instance que si la prise en considération d'intérêts essentiels a été omise, si de tels intérêts ont été appréciés de manière manifestement fausse, ou encore si la
solution adoptée aboutit à préjuger de manière inadmissible du sort de la cause, ce qui empêcherait une bonne application du droit fédéral (ATF 129 Il 286 consid. 3 p. 289).

3.2 En l'occurrence, il n'y a pas de tels motifs pour annuler la décision attaquée. Le Tribunal administratif fédéral a estimé qu'il n'était pas possible de formuler un pronostic sur l'issue de la cause, ce qui ne prête guère le flanc à la critique compte tenu de la nature de l'affaire, des nombreux recours pendants et du stade de la procédure. Il a ensuite considéré qu'il n'y avait pas de raisons suffisantes pour ordonner la levée de l'effet suspensif, en particulier parce que les constructeurs n'avaient pas rendu vraisemblable qu'il était urgent de débuter les travaux. Les recourants lui reprochent de fonder son raisonnement sur le critère de l'urgence, mais ils n'allèguent pas d'autres motifs qui justifieraient de lever l'effet suspensif. Ils se limitent en effet à rappeler que le projet litigieux répond à un intérêt public, ce qui n'est pas contesté. L'effet suspensif est pourtant la règle pour les recours déposés auprès du Tribunal administratif fédéral (art. 55 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 55 - 1 Die Beschwerde hat aufschiebende Wirkung.
1    Die Beschwerde hat aufschiebende Wirkung.
2    Hat die Verfügung nicht eine Geldleistung zum Gegenstand, so kann die Vorinstanz darin einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung entziehen; dieselbe Befugnis steht der Beschwerdeinstanz, ihrem Vorsitzenden oder dem Instruktionsrichter nach Einreichung der Beschwerde zu.96
3    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter kann die von der Vorinstanz entzogene aufschiebende Wirkung wiederherstellen; über ein Begehren um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ist ohne Verzug zu entscheiden.97
4    Wird die aufschiebende Wirkung willkürlich entzogen oder einem Begehren um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung willkürlich nicht oder verspätet entsprochen, so haftet für den daraus erwachsenden Schaden die Körperschaft oder autonome Anstalt, in deren Namen die Behörde verfügt hat.
5    Vorbehalten bleiben die Bestimmungen anderer Bundesgesetze, nach denen eine Beschwerde keine aufschiebende Wirkung hat.98
PA) - contrairement à ce qui prévaut devant le Tribunal fédéral (art. 103 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 103 Aufschiebende Wirkung - 1 Die Beschwerde hat in der Regel keine aufschiebende Wirkung.
1    Die Beschwerde hat in der Regel keine aufschiebende Wirkung.
2    Die Beschwerde hat im Umfang der Begehren aufschiebende Wirkung:
a  in Zivilsachen, wenn sie sich gegen ein Gestaltungsurteil richtet;
b  in Strafsachen, wenn sie sich gegen einen Entscheid richtet, der eine unbedingte Freiheitsstrafe oder eine freiheitsentziehende Massnahme ausspricht; die aufschiebende Wirkung erstreckt sich nicht auf den Entscheid über Zivilansprüche;
c  in Verfahren auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen, wenn sie sich gegen eine Schlussverfügung oder gegen jede andere Verfügung richtet, welche die Übermittlung von Auskünften aus dem Geheimbereich oder die Herausgabe von Gegenständen oder Vermögenswerten bewilligt;
d  in Verfahren auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe in Steuersachen.
3    Der Instruktionsrichter oder die Instruktionsrichterin kann über die aufschiebende Wirkung von Amtes wegen oder auf Antrag einer Partei eine andere Anordnung treffen.
LTF) - de sorte qu'il appartenait aux intéressés d'établir les circonstances qui permettraient d'y déroger.
C'est au demeurant à juste titre que le Tribunal administratif fédéral a relevé que la décision d'approbation des plans du 5 mai 2008 est assortie de nombreuses charges, qui exigent la production de documents (études, projets de détail, etc.) auprès de l'Office fédéral des transports, le plus souvent "pour information au moins six mois avant le début des travaux" ou "pour approbation au moins douze mois avant le début des travaux". Ces charges s'étendent à de nombreux secteurs du trajet prévu; elles concernent notamment toutes les gares et haltes à construire (Lancy-Pont-Rouge, Carouge-Bachet, Champel-Hôpital, Genève-Eaux-Vives et Chêne-Bourg), les tunnels à creuser (tunnels de Pinchat et de Champel), les ponts (viaduc de la Jonction, pont sur l'Arve, pont sur la Seymaz) ainsi que les tranchées couvertes. Il apparaît donc qu'une grande partie des travaux pour lesquels la levée de l'effet suspensif est demandée ne peut pas débuter à cause des charges susmentionnées et les recourants n'allèguent pas que certains travaux pourraient être entrepris nonobstant ces charges. Ils ne parviennent donc pas à démontrer l'intérêt de lever l'effet suspensif à ce stade, avant que les charges n'aient été exécutées. Pour le surplus, les recourants
n'établissent pas que des intérêts essentiels ont été omis ou appréciés de manière manifestement fausse, ni que la solution adoptée aboutit à préjuger du sort de la cause. Il y a donc lieu de constater que l'art. 55
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 55 - 1 Die Beschwerde hat aufschiebende Wirkung.
1    Die Beschwerde hat aufschiebende Wirkung.
2    Hat die Verfügung nicht eine Geldleistung zum Gegenstand, so kann die Vorinstanz darin einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung entziehen; dieselbe Befugnis steht der Beschwerdeinstanz, ihrem Vorsitzenden oder dem Instruktionsrichter nach Einreichung der Beschwerde zu.96
3    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter kann die von der Vorinstanz entzogene aufschiebende Wirkung wiederherstellen; über ein Begehren um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ist ohne Verzug zu entscheiden.97
4    Wird die aufschiebende Wirkung willkürlich entzogen oder einem Begehren um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung willkürlich nicht oder verspätet entsprochen, so haftet für den daraus erwachsenden Schaden die Körperschaft oder autonome Anstalt, in deren Namen die Behörde verfügt hat.
5    Vorbehalten bleiben die Bestimmungen anderer Bundesgesetze, nach denen eine Beschwerde keine aufschiebende Wirkung hat.98
PA n'a pas été violé.

4.
Les recourants soutiennent en outre que l'effet dévolutif de l'art. 54
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 54 - Die Behandlung der Sache, die Gegenstand der mit Beschwerde angefochtenen Verfügung bildet, geht mit Einreichung der Beschwerde auf die Beschwerdeinstanz über.
PA ferait obstacle à l'exécution des charges, au motif que l'Office fédéral des transports perdrait la compétence d'approuver les documents demandés. Les charges n'ayant pas été exécutées, cette question est prématurée et elle n'est pas pertinente pour juger de la requête de retrait de l'effet suspensif actuellement litigieuse. Enfin, les recourants présentent encore un bref grief relatif au principe d'égalité. Ils soutiennent en substance que les chances de succès des recours des opposants ne pouvaient pas toutes être examinées de la même manière. Dès lors que le Tribunal administratif fédéral pouvait se dispenser de faire un pronostic à cet égard (cf. supra consid. 3.2), ce grief doit lui aussi être rejeté.

5.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. L'Etat de Genève s'adresse au Tribunal fédéral dans le cadre de ses attributions officielles et les CFF font partie des organisations chargées de tâches de droit public pouvant être exonérées de frais conformément à l'art. 66 al. 4
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF (cf. Corboz et al., Commentaire de la LTF, 2009, n. 26 ad art. 66
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF; Thomas Geiser, in Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2008, n. 27 ad art. 66
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF et les références). Compte tenu des intérêts publics poursuivis par le projet litigieux, il y a lieu de considérer que l'intérêt patrimonial des recourants passe au second plan, si bien que ceux-ci peuvent être dispensés de frais sur la base de la disposition précitée. Les recourants verseront néanmoins une indemnité à titre de dépens aux intimés qui ont obtenu gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF). Il s'agit des intimés qui ont conclu au rejet du recours ou à son irrecevabilité, soit les parties représentées par Me Denis Mathey, Me Mauro Poggia, Me François Bellanger - sauf VV.________ qui ont renoncé à se déterminer - Me Jean-Marc Siegrist et Me A.________, ainsi que la Société Immobilière HH.________, représentée par Me Lucien
Lazzarotto. En revanche, il n'est pas alloué de dépens à C.________ et D.________, qui ont agi sans l'assistance d'un mandataire.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.

2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.

3.
Les recourants verseront, solidairement entre eux, les indemnités suivantes à titre de dépens:
- 1'000 fr. aux intimés représentés par Me Denis Mathey, créanciers solidaires,
- 1'500 fr. aux intimés représentés par Me Mauro Poggia, créanciers solidaires,
- 3'000 fr. aux intimés représentés par Me François Bellanger (sauf VV.________), créanciers solidaires,
- 3'000 fr. aux intimés représentés par Me Jean-Marc Siegrist, créanciers solidaires,
- 1'000 fr. aux intimés représentés par Me A.________, créanciers solidaires,
- 2'000 fr. à la Société Immobilière HH.________.

4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office fédéral des transports et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.

Lausanne, le 31 août 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:

Féraud Rittener