Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I
A-140/2008/dec
{T 0/2}

Arrêt du 30 octobre 2009

Composition
Pascal Mollard (président du collège),
Markus Metz, André Moser, juges,
Chantal Schiesser-Degottex, greffière.

Parties
X._______,
représenté par Tax Alliance SA, case postale 1493, 1701 Fribourg,
recourant,

contre

Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.

Objet
TVA (LTVA); assujettissement rétroactif; taxation par estimation (1er semestre 2001 - 2e semestre 2004).

Faits :

A.
X._______ exploite à A._______ une entreprise d'installations sanitaires et de chauffage. Afin de déterminer si cette activité entraînait son immatriculation en tant qu'assujetti au sens de la loi sur la TVA du 2 septembre 1999 (LTVA, RS 641.20), l'AFC procéda à un contrôle sur place les 24 février et 3 mars 2005. Il est apparu que la comptabilité présentée par X._______ était lacunaire, ce qui a amené l'AFC à procéder par estimation et à reconstituer le chiffre d'affaires réalisé par X._______ au cours de la période allant du 1er semestre 2001 au 2e semestre 2004.

B.
Compte tenu des résultats de l'estimation effectuée, X._______ fut inscrit au registre des contribuables de l'AFC en tant qu'assujetti obligatoire, avec effet rétroactif au 1er janvier 2001. Par la même occasion, l'autorité fiscale lui accorda l'autorisation de remettre ses décomptes selon la méthode du taux de la dette fiscale nette (ci-après: TDFN).
Pour la période contrôlée, il en est résulté un montant d'impôt dû sur le chiffre d'affaires de Fr. 33'456.-, plus intérêt moratoire dès le 31 août 2003 (décompte complémentaire [DC] n° _______ du 3 mars 2005).

C.
X._______ contesta la reprise d'impôt par lettres des 31 mars, 20 et 30 juin 2005. L'AFC rendit, par acte du 4 juillet 2005, une décision formelle dans laquelle elle confirma son rappel d'impôt de Fr. 33'456.-, plus intérêt moratoire dès le 31 août 2003.

D.
En date du 5 septembre 2005, X._______ déposa une réclamation contre la décision précitée, en contestant l'estimation des chiffres d'affaires effectuée par l'AFC et en lui demandant de reconsidérer la date de son assujettissement.

E.
Par courrier du 14 mai 2007, l'AFC accorda un délai à X._______, afin qu'il produise divers documents en relation avec les exercices comptables 2000 et 2001. Après deux prolongations de délais, X._______ répondit par envoi recommandé du 31 août 2007, dans lequel il conclu à son assujettissement à partir du 1er janvier 2003 et à la fixation de sa dette fiscale pour le montant de Fr. 12'696.25 pour les années 2003 et 2004.

F.
L'AFC rendit une décision sur réclamation le 30 novembre 2007, par laquelle elle admet partiellement la réclamation en confirmant l'inscription de X._______ au registre des assujettis TVA avec effet au 1er janvier 2001 et en réclamant la somme de Fr. 33'146.- (Fr. 33'456.- moins l'avis de crédit n° _______ de Fr. 310.-) pour les périodes allant du 1er semestre 2001 au 2e semestre 2004, plus intérêt moratoire, étant entendu que les versements déjà effectués, pour un montant total de Fr. 12'500.-, sont portés en déduction du montant ci-dessus.

G.
Par envoi recommandé du 11 janvier 2008, X._______ (ci-après: le recourant), par l'intermédiaire de son mandataire, a interjeté un recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre la décision sur réclamation de l'AFC du 30 novembre 2007. Il conclut à son assujettissement à partir du 1er janvier 2002 et à la fixation de la dette fiscale pour le montant de Fr. 21'828.75 pour les années 2002 à 2004.

H.
Invitée à présenter une réponse, l'AFC a répondu, par courrier du 11 mars 2008. Elle estime que le recourant étant dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'AFC ne correspond manifestement pas à la réalité, il lui revient dès lors d'en supporter les désavantages. L'autorité inférieure conclut au rejet du recours, avec suite de frais.

I.
Par ordonnance du 26 mai 2009, le Tribunal administratif fédéral a accordé à l'autorité inférieure un délai pour se déterminer quant à l'application du TDFN en matière d'assujettissement. L'autorité inférieure a répondu en date du 15 juin 2009.
Les autres faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.

Le Tribunal administratif fédéral considère :

1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 32 Ausnahmen
1    Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Verfügungen auf dem Gebiet der inneren und äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Verfügungen betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie Volkswahlen und -abstimmungen;
c  Verfügungen über leistungsabhängige Lohnanteile des Bundespersonals, soweit sie nicht die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
d  ...
e  Verfügungen auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
e1  Rahmenbewilligungen von Kernanlagen,
e2  die Genehmigung des Entsorgungsprogramms,
e3  den Verschluss von geologischen Tiefenlagern,
e4  den Entsorgungsnachweis;
f  Verfügungen über die Erteilung oder Ausdehnung von Infrastrukturkonzessionen für Eisenbahnen;
g  Verfügungen der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
h  Verfügungen über die Erteilung von Konzessionen für Spielbanken;
i  Verfügungen über die Erteilung, Änderung oder Erneuerung der Konzession für die Schweizerische Radio- und Fernsehgesellschaft (SRG);
j  Verfügungen über die Beitragsberechtigung einer Hochschule oder einer anderen Institution des Hochschulbereichs.
2    Die Beschwerde ist auch unzulässig gegen:
a  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Einsprache oder durch Beschwerde an eine Behörde im Sinne von Artikel 33 Buchstaben c-f anfechtbar sind;
b  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Beschwerde an eine kantonale Behörde anfechtbar sind.
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 31 Grundsatz - Das Bundesverwaltungsgericht beurteilt Beschwerden gegen Verfügungen nach Artikel 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 196819 über das Verwaltungsverfahren (VwVG).
LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 5
1    Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
a  Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
b  Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
c  Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
2    Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69).25
3    Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées aux art. 33
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 33 Vorinstanzen - Die Beschwerde ist zulässig gegen Verfügungen:
a  des Bundesrates und der Organe der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals einschliesslich der Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung;
b  des Bundesrates betreffend:
b1  die Amtsenthebung eines Mitgliedes des Bankrats, des Direktoriums oder eines Stellvertreters oder einer Stellvertreterin nach dem Nationalbankgesetz vom 3. Oktober 200325,
b10  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Schweizerischen Trassenvergabestelle oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Geschäftsführerin oder des Geschäftsführers durch den Verwaltungsrat nach dem Eisenbahngesetz vom 20. Dezember 195743;
b2  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitgliedes der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Finanzmarktaufsichtsgesetz vom 22. Juni 200726,
b3  die Sperrung von Vermögenswerten gestützt auf das Bundesgesetz vom 18. Dezember 201528 über die Sperrung und die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte ausländischer politisch exponierter Personen,
b4  das Verbot von Tätigkeiten nach dem NDG30,
b5bis  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Eidgenössischen Instituts für Metrologie nach dem Bundesgesetz vom 17. Juni 201133 über das Eidgenössische Institut für Metrologie,
b6  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Revisionsaufsichtsgesetz vom 16. Dezember 200535,
b7  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Heilmittelinstituts nach dem Heilmittelgesetz vom 15. Dezember 200037,
b8  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Anstalt nach dem Ausgleichsfondsgesetz vom 16. Juni 201739,
b9  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Instituts für Rechtsvergleichung nach dem Bundesgesetz vom 28. September 201841 über das Schweizerische Institut für Rechtsvergleichung,
c  des Bundesstrafgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cbis  des Bundespatentgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cter  der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von der Vereinigten Bundesversammlung gewählten Mitglieder der Bundesanwaltschaft;
dquinquies  der Bundeskanzlei, der Departemente und der ihnen unterstellten oder administrativ zugeordneten Dienststellen der Bundesverwaltung;
e  der Anstalten und Betriebe des Bundes;
f  der eidgenössischen Kommissionen;
g  der Schiedsgerichte auf Grund öffentlich-rechtlicher Verträge des Bundes, seiner Anstalten und Betriebe;
h  der Instanzen oder Organisationen ausserhalb der Bundesverwaltung, die in Erfüllung ihnen übertragener öffentlich-rechtlicher Aufgaben des Bundes verfügen;
i  kantonaler Instanzen, soweit ein Bundesgesetz gegen ihre Verfügungen die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht vorsieht.
et 34
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 34
LTAF. En particulier, les décisions rendues par l'administration fédérale des contributions peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral, conformément à l'art. 33 let. d
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 33 Vorinstanzen - Die Beschwerde ist zulässig gegen Verfügungen:
a  des Bundesrates und der Organe der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals einschliesslich der Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung;
b  des Bundesrates betreffend:
b1  die Amtsenthebung eines Mitgliedes des Bankrats, des Direktoriums oder eines Stellvertreters oder einer Stellvertreterin nach dem Nationalbankgesetz vom 3. Oktober 200325,
b10  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Schweizerischen Trassenvergabestelle oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Geschäftsführerin oder des Geschäftsführers durch den Verwaltungsrat nach dem Eisenbahngesetz vom 20. Dezember 195743;
b2  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitgliedes der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Finanzmarktaufsichtsgesetz vom 22. Juni 200726,
b3  die Sperrung von Vermögenswerten gestützt auf das Bundesgesetz vom 18. Dezember 201528 über die Sperrung und die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte ausländischer politisch exponierter Personen,
b4  das Verbot von Tätigkeiten nach dem NDG30,
b5bis  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Eidgenössischen Instituts für Metrologie nach dem Bundesgesetz vom 17. Juni 201133 über das Eidgenössische Institut für Metrologie,
b6  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Revisionsaufsichtsgesetz vom 16. Dezember 200535,
b7  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Heilmittelinstituts nach dem Heilmittelgesetz vom 15. Dezember 200037,
b8  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Anstalt nach dem Ausgleichsfondsgesetz vom 16. Juni 201739,
b9  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Instituts für Rechtsvergleichung nach dem Bundesgesetz vom 28. September 201841 über das Schweizerische Institut für Rechtsvergleichung,
c  des Bundesstrafgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cbis  des Bundespatentgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cter  der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von der Vereinigten Bundesversammlung gewählten Mitglieder der Bundesanwaltschaft;
dquinquies  der Bundeskanzlei, der Departemente und der ihnen unterstellten oder administrativ zugeordneten Dienststellen der Bundesverwaltung;
e  der Anstalten und Betriebe des Bundes;
f  der eidgenössischen Kommissionen;
g  der Schiedsgerichte auf Grund öffentlich-rechtlicher Verträge des Bundes, seiner Anstalten und Betriebe;
h  der Instanzen oder Organisationen ausserhalb der Bundesverwaltung, die in Erfüllung ihnen übertragener öffentlich-rechtlicher Aufgaben des Bundes verfügen;
i  kantonaler Instanzen, soweit ein Bundesgesetz gegen ihre Verfügungen die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht vorsieht.
LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 37 Grundsatz - Das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht richtet sich nach dem VwVG56, soweit dieses Gesetz nichts anderes bestimmt.
LTAF).

1.2 En l'occurrence, la décision de l'autorité inférieure a été rendue le 30 novembre 2007 et a été notifiée le 4 décembre 2007 au recourant. Le recours a été adressé au Tribunal administratif fédéral le 11 janvier 2008. Il est ainsi intervenu dans le délai légal prescrit par l'art. 50
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 50
1    Die Beschwerde ist innerhalb von 30 Tagen nach Eröffnung der Verfügung einzureichen.
2    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern einer Verfügung kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
PA (en relation avec l'art. 22a al. 1 let. c
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 22a
1    Gesetzliche oder behördliche Fristen, die nach Tagen bestimmt sind, stehen still:
a  vom siebten Tag vor Ostern bis und mit dem siebten Tag nach Ostern;
b  vom 15. Juli bis und mit 15. August;
c  vom 18. Dezember bis und mit dem 2. Januar.
2    Absatz 1 gilt nicht in Verfahren betreffend:
a  die aufschiebende Wirkung und andere vorsorgliche Massnahmen;
b  die öffentlichen Beschaffungen.62
PA). En outre, le recours satisfait aux exigences posées à l'art. 52
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
PA. Il est par conséquent recevable et il convient d'entrer en matière.

2.
2.1 En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (art. 46
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 46 Steuerbemessung und Steuersätze - Für die Steuerbemessung und die Steuersätze gelten die Bestimmungen der Artikel 24 und 25.
LTVA ; cf. Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 421ss). Cela signifie que l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC et qu'il doit verser à celle-ci l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte. En d'autres termes, l'administration n'a pas à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER, Manuel du nouvel impôt sur la taxe à la valeur ajoutée [TVA] destiné aux entreprises et conseillers fiscaux, Ed. française par Marco Molino, Berne 1996, p. 270). L'assujetti doit ainsi établir lui-même la créance fiscale le concernant; il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable (cf. Commentaire du Département fédéral des finances de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 ?Commentaire DFF?, p. 38; arrêt du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4072/2007 du 11 mars 2009 consid. 2.1 et A-6150/2007 du 26 février 2008 consid. 2.4). Enfin, il incombe à l'assujetti lui-même d'examiner et de contrôler s'il remplit les conditions d'assujettissement (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1619/2006 du 7 avril 2009 consid. 2.2 et A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.1 à 3.3).

2.2 Aux termes de l'art. 21
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 21 Von der Steuer ausgenommene Leistungen - 1 Eine Leistung, die von der Steuer ausgenommen ist und für deren Versteuerung nicht nach Artikel 22 optiert wird, ist nicht steuerbar.
1    Eine Leistung, die von der Steuer ausgenommen ist und für deren Versteuerung nicht nach Artikel 22 optiert wird, ist nicht steuerbar.
2    Von der Steuer ausgenommen sind:
1  die Beförderung von Gegenständen, die unter die reservierten Dienste nach Artikel 3 des Postgesetzes vom 30. April 199724 fällt;
10  die mit der Kultur- und Bildungsförderung von Jugendlichen eng verbundenen Leistungen von gemeinnützigen Jugendaustauschorganisationen; Jugendliche im Sinne dieser Bestimmung sind Personen bis zum vollendeten 25. Altersjahr;
11  die folgenden Leistungen im Bereich der Erziehung und Bildung:26
11a  die Leistungen im Bereich der Erziehung von Kindern und Jugendlichen, des Unterrichts, der Ausbildung, der Fortbildung und der beruflichen Umschulung einschliesslich des von Privatlehrern und Privatlehrerinnen oder an Privatschulen erteilten Unterrichts,
11b  Kurse, Vorträge und andere Veranstaltungen wissenschaftlicher oder bildender Art; die Referententätigkeit ist von der Steuer ausgenommen, unabhängig davon, ob das Honorar der unterrichtenden Person oder ihrem Arbeitgeber ausgerichtet wird,
11c  im Bildungsbereich durchgeführte Prüfungen,
11d  Organisationsdienstleistungen (mit Einschluss der damit zusammenhängenden Nebenleistungen) der Mitglieder einer Einrichtung, die von der Steuer ausgenommene Leistungen nach den Buchstaben a-c erbringt, an diese Einrichtung,
11e  Organisationsdienstleistungen (mit Einschluss der damit zusammenhängenden Nebenleistungen) an Dienststellen von Bund, Kantonen und Gemeinden, die von der Steuer ausgenommene Leistungen nach den Buchstaben a-c entgeltlich oder unentgeltlich erbringen;
12  das Zurverfügungstellen von Personal durch religiöse oder weltanschauliche, nichtgewinnstrebige Einrichtungen für Zwecke der Krankenbehandlung, der Sozialhilfe und der sozialen Sicherheit, der Kinder- und Jugendbetreuung, der Erziehung und Bildung sowie für kirchliche, karitative und gemeinnützige Zwecke;
13  die Leistungen, die nichtgewinnstrebige Einrichtungen mit politischer, gewerkschaftlicher, wirtschaftlicher, religiöser, patriotischer, weltanschaulicher, philanthropischer, ökologischer, sportlicher, kultureller oder staatsbürgerlicher Zielsetzung ihren Mitgliedern gegen einen statutarisch festgesetzten Beitrag erbringen;
14  dem Publikum unmittelbar erbrachte oder, sofern nicht unmittelbar erbracht, von diesem unmittelbar wahrnehmbare kulturelle Dienstleistungen der nachstehend aufgeführten Arten:27
14a  Theater-, musikalische und choreographische Aufführungen sowie Filmvorführungen,
14b  Darbietungen von Schauspielern und Schauspielerinnen, Musikern und Musikerinnen, Tänzern und Tänzerinnen und anderen ausübenden Künstlern und Künstlerinnen, Leistungen von Personen, die an solchen Darbietungen künstlerisch mitwirken, sowie Leistungen von Schaustellern und Schaustellerinnen, einschliesslich der von diesen angebotenen Geschicklichkeitsspiele,
14c  Besuche von Museen, Galerien, Denkmälern, historischen Stätten sowie botanischen und zoologischen Gärten,
14d  Dienstleistungen von Bibliotheken, Archiven und Dokumentationsstellen, namentlich die Einsichtgewährung in Text-, Ton- und Bildträger in ihren Räumlichkeiten; steuerbar ist jedoch die Lieferung von Gegenständen (einschliesslich Gebrauchsüberlassung) solcher Institutionen;
15  für sportliche Anlässe verlangte Entgelte einschliesslich derjenigen für die Zulassung zur Teilnahme an solchen Anlässen (z. B. Startgelder) samt den darin eingeschlossenen Nebenleistungen;
16  kulturelle Dienstleistungen, die Lieferung von Werken kultureller Natur durch deren Urheber und Urheberinnen wie Schriftsteller und Schriftstellerinnen, Komponisten und Komponistinnen, Filmschaffende, Kunstmaler und Kunstmalerinnen, Bildhauer und Bildhauerinnen sowie Dienstleistungen, die von den Verlegern und Verlegerinnen und den Verwertungsgesellschaften zur Verbreitung dieser Werke erbracht werden; dies gilt auch für Werke zweiter Hand nach Artikel 3 des Urheberrechtsgesetzes vom 9. Oktober 199230, die kultureller Natur sind;
17  die Leistungen bei Veranstaltungen wie Basaren, Flohmärkten und Tombolas von Einrichtungen, die von der Steuer ausgenommene Tätigkeiten auf dem Gebiet des nichtgewinnstrebigen Sports und Kulturschaffens, auf dem Gebiet der Krankenbehandlung, der Sozialhilfe und der sozialen Sicherheit und der Kinder- und Jugendbetreuung ausüben, sowie von gemeinnützigen Organisationen der Krankenpflege und der Hilfe zu Hause (Spitex) und von Alters-, Wohn- und Pflegeheimen, sofern die Veranstaltungen dazu bestimmt sind, diesen Einrichtungen eine finanzielle Unterstützung zu verschaffen, und ausschliesslich zu ihrem Nutzen durchgeführt werden; Leistungen von Einrichtungen der Sozialhilfe und der sozialen Sicherheit, die diese mittels Brockenhäusern ausschliesslich zu ihrem Nutzen erbringen;
18  im Versicherungsbereich:
18a  Versicherungs- und Rückversicherungsleistungen,
18b  Sozialversicherungsleistungen,
18c  die folgenden Leistungen im Bereich der Sozialversicherungen und Prävention:
18d  Leistungen im Rahmen der Tätigkeit als Versicherungsvertreter oder Versicherungsvertreterin, als Versicherungsmakler oder Versicherungsmaklerin;
19  die folgenden Umsätze im Bereich des Geld- und Kapitalverkehrs:
19a  die Gewährung und die Vermittlung von Krediten und die Verwaltung von Krediten durch die Kreditgeber und Kreditgeberinnen,
19b  die Vermittlung und die Übernahme von Verbindlichkeiten, Bürgschaften und anderen Sicherheiten und Garantien sowie die Verwaltung von Kreditsicherheiten durch die Kreditgeber und Kreditgeberinnen,
19c  die Umsätze, einschliesslich Vermittlung, im Einlagengeschäft und Kontokorrentverkehr, im Zahlungs- und Überweisungsverkehr, im Geschäft mit Geldforderungen, Checks und anderen Handelspapieren; steuerbar ist jedoch die Einziehung von Forderungen im Auftrag des Gläubigers (Inkassogeschäft),
19d  die Umsätze, einschliesslich Vermittlung, die sich auf gesetzliche Zahlungsmittel (in- und ausländische Valuten wie Devisen, Banknoten, Münzen) beziehen; steuerbar sind jedoch Sammlerstücke (Banknoten und Münzen), die normalerweise nicht als gesetzliches Zahlungsmittel verwendet werden,
19e  die Umsätze (Kassa- und Termingeschäfte), einschliesslich Vermittlung, von Wertpapieren, Wertrechten und Derivaten sowie von Anteilen an Gesellschaften und anderen Vereinigungen; steuerbar sind jedoch die Verwahrung und die Verwaltung von Wertpapieren, Wertrechten und Derivaten sowie von Anteilen (namentlich Depotgeschäft) einschliesslich Treuhandanlagen,
19f  dem Anbieten von Anteilen an kollektiven Kapitalanlagen gemäss Kollektivanlagengesetz vom 23. Juni 200634 (KAG) und die Verwaltung von kollektiven Kapitalanlagen nach dem KAG durch Personen, die diese verwalten oder aufbewahren, die Fondsleitungen, die Depotbanken und deren Beauftragte; als Beauftragte werden alle natürlichen oder juristischen Personen betrachtet, denen die kollektiven Kapitalanlagen nach dem KAG oder dem Finanzinstitutsgesetz vom 15. Juni 201835 Aufgaben delegieren können; das Anbieten von Anteilen und die Verwaltung von Investmentgesellschaften mit festem Kapital nach Artikel 110 KAG richtet sich nach Buchstabe e;
2  die Spitalbehandlung und die ärztliche Heilbehandlung in Spitälern im Bereich der Humanmedizin einschliesslich der damit eng verbundenen Leistungen, die von Spitälern sowie Zentren für ärztliche Heilbehandlung und Diagnostik erbracht werden. Die Abgabe von selbst hergestellten oder zugekauften Prothesen und orthopädischen Apparaten gilt als steuerbare Lieferung;
20  die Übertragung und die Bestellung von dinglichen Rechten an Grundstücken sowie die Leistungen von Stockwerkeigentümergemeinschaften an die Stockwerkeigentümer und Stockwerkeigentümerinnen, soweit die Leistungen in der Überlassung des gemeinschaftlichen Eigentums zum Gebrauch, seinem Unterhalt, seiner Instandsetzung und sonstigen Verwaltung sowie der Lieferung von Wärme und ähnlichen Gegenständen bestehen;
21  die Überlassung von Grundstücken und Grundstücksteilen zum Gebrauch oder zur Nutzung; steuerbar sind jedoch:
21a  die Vermietung von Wohn- und Schlafräumen zur Beherbergung von Gästen sowie die Vermietung von Sälen im Hotel- und Gastgewerbe,
21b  die Vermietung von Campingplätzen,
21c  die Vermietung von nicht im Gemeingebrauch stehenden Plätzen für das Abstellen von Fahrzeugen, ausser es handle sich um eine unselbstständige Nebenleistung zu einer von der Steuer ausgenommenen Immobilienvermietung,
21d  die Vermietung und Verpachtung von fest eingebauten Vorrichtungen und Maschinen, die zu einer Betriebsanlage, nicht jedoch zu einer Sportanlage gehören,
21e  die Vermietung von Schliessfächern,
21f  die Vermietung von Messestandflächen und einzelner Räume in Messe- und Kongressgebäuden;
22  die Lieferung von im Inland gültigen Postwertzeichen und sonstigen amtlichen Wertzeichen höchstens zum aufgedruckten Wert;
23  die Umsätze bei Geldspielen, soweit die Bruttospielerträge der Spielbankenabgabe nach Artikel 119 des Geldspielgesetzes vom 29. September 201737 unterliegen oder der damit erzielte Reingewinn vollumfänglich für gemeinnützige Zwecke im Sinne von Artikel 125 des genannten Gesetzes verwendet wird;
24  die Lieferung gebrauchter beweglicher Gegenstände, die ausschliesslich zur Erbringung von nach diesem Artikel von der Steuer ausgenommenen Leistungen verwendet wurden;
25  ...
26  die Veräusserung von im eigenen Betrieb gewonnenen Erzeugnissen der Landwirtschaft, der Forstwirtschaft sowie der Gärtnerei durch Landwirte und Landwirtinnen, Forstwirte und Forstwirtinnen oder Gärtner und Gärtnerinnen sowie der Verkauf von Vieh durch Viehhändler und Viehhändlerinnen und der Verkauf von Milch durch Milchsammelstellen an milchverarbeitende Betriebe;
27  Bekanntmachungsleistungen, die gemeinnützige Organisationen zugunsten Dritter oder Dritte zugunsten gemeinnütziger Organisationen erbringen;
28  Leistungen:
28bis  das Zurverfügungstellen von Personal durch Gemeinwesen an andere Gemeinwesen;
28a  zwischen den Organisationseinheiten des gleichen Gemeinwesens,
28b  zwischen privat- oder öffentlich-rechtlichen Gesellschaften, an denen ausschliesslich Gemeinwesen beteiligt sind, und den an der Gesellschaft beteiligten Gemeinwesen und deren Organisationseinheiten,
28c  zwischen Anstalten oder Stiftungen, die ausschliesslich von Gemeinwesen gegründet wurden, und den an der Gründung beteiligten Gemeinwesen und deren Organisationseinheiten;
29  die Ausübung von Funktionen der Schiedsgerichtsbarkeit;
3  die von Ärzten und Ärztinnen, Zahnärzten und Zahnärztinnen, Psychotherapeuten und Psychotherapeutinnen, Chiropraktoren und Chiropraktorinnen, Physiotherapeuten und Physiotherapeutinnen, Naturärzten und Naturärztinnen, Entbindungspflegern und Hebammen, Pflegefachmännern und Pflegefachfrauen oder Angehörigen ähnlicher Heil- und Pflegeberufe erbrachten Heilbehandlungen im Bereich der Humanmedizin, soweit die Leistungserbringer und Leistungserbringerinnen über eine Berufsausübungsbewilligung verfügen; der Bundesrat bestimmt die Einzelheiten. Die Abgabe von selbst hergestellten oder zugekauften Prothesen und orthopädischen Apparaten gilt als steuerbare Lieferung;
30  Leistungen zwischen Bildungs- und Forschungsinstitutionen, die an einer Bildungs- und Forschungskooperation beteiligt sind, sofern sie im Rahmen der Kooperation erfolgen, unabhängig davon, ob die Bildungs- und Forschungskooperation als Mehrwertsteuersubjekt auftritt.
4  die von Krankenpflegepersonen, Organisationen der Krankenpflege und der Hilfe zu Hause (Spitex) oder in Heimen erbrachten Pflegeleistungen, sofern sie ärztlich verordnet sind;
5  die Lieferung von menschlichen Organen durch medizinisch anerkannte Institutionen und Spitäler sowie von menschlichem Vollblut durch Inhaber und Inhaberinnen einer hiezu erforderlichen Bewilligung;
6  die Dienstleistungen von Gemeinschaften, deren Mitglieder Angehörige der in Ziffer 3 aufgeführten Berufe sind, soweit diese Dienstleistungen anteilsmässig zu Selbstkosten an die Mitglieder für die unmittelbare Ausübung ihrer Tätigkeiten erbracht werden;
7  die Beförderung von kranken oder verletzten Personen oder Personen mit Behinderungen in dafür besonders eingerichteten Transportmitteln;
8  Leistungen von Einrichtungen der Sozialhilfe und der sozialen Sicherheit, von gemeinnützigen Organisationen der Krankenpflege und der Hilfe zu Hause (Spitex) und von Alters-, Wohn- und Pflegeheimen;
9  die mit der Kinder- und Jugendbetreuung verbundenen Leistungen durch dafür eingerichtete Institutionen;
3    Ob eine in Absatz 2 genannte Leistung von der Steuer ausgenommen ist, bestimmt sich unter Vorbehalt von Absatz 4 ausschliesslich nach deren Gehalt und unabhängig davon, wer die Leistung erbringt oder empfängt.
4    Ist eine Leistung in Absatz 2 entweder aufgrund von Eigenschaften des Leistungserbringers beziehungsweise der Leistungserbringerin oder des Leistungsempfängers beziehungsweise der Leistungsempfängerin von der Steuer ausgenommen, so gilt die Ausnahme nur für Leistungen, die von einer Person mit diesen Eigenschaften erbracht oder empfangen werden.
5    Der Bundesrat bestimmt die von der Steuer ausgenommenen Leistungen näher; dabei beachtet er das Gebot der Wettbewerbsneutralität.
6    Organisationseinheiten eines Gemeinwesens nach Absatz 2 Ziffer 28 sind dessen Dienststellen, dessen privat- und öffentlich-rechtliche Gesellschaften, sofern weder andere Gemeinwesen noch andere Dritte daran beteiligt sind, sowie dessen Anstalten und Stiftungen, sofern das Gemeinwesen sie ohne Beteiligung anderer Gemeinwesen oder anderer Dritter gegründet hat.42
7    Der Bundesrat legt fest, welche Institutionen als Bildungs- und Forschungsinstitutionen nach Absatz 2 Ziffer 30 gelten.43
LTVA, est assujetti subjectivement celui qui exerce de manière indépendante une activité commerciale ou professionnelle, même s'il manque l'intention de faire des bénéfices, pour autant que le montant des livraisons, des prestations de services et des prestations à soi-même dépassent annuellement Fr. 75'000.- (Arrêt du Tribunal fédéral du 10 février 1999, publié in Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 68 p. 669; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1652/2006 du 22 juin 2009 consid. 2.1 et A-1578/2006 du 2 octobre 2008 consid. 2.2). Demeure réservée la limitation de l'art. 25 al. 1 let. a
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 25 Steuersätze - 1 Die Steuer beträgt 8,1 Prozent (Normalsatz); vorbehalten bleiben die Absätze 2
1    Die Steuer beträgt 8,1 Prozent (Normalsatz); vorbehalten bleiben die Absätze 2
2    Der reduzierte Steuersatz von 2,6 Prozent findet Anwendung:54
a  auf der Lieferung folgender Gegenstände:
abis  auf elektronische Zeitungen, Zeitschriften und Bücher ohne Reklamecharakter der vom Bundesrat zu bestimmenden Arten;
a1  Wasser in Leitungen,
a2  Lebensmittel nach dem Lebensmittelgesetz vom 20. Juni 201456, mit Ausnahme alkoholischer Getränke,
a3  Vieh, Geflügel, Fische,
a4  Getreide,
a5  Sämereien, Setzknollen und -zwiebeln, lebende Pflanzen, Stecklinge, Pfropfreiser sowie Schnittblumen und Zweige, auch zu Arrangements, Sträussen, Kränzen und dergleichen veredelt; gesonderte Rechnungsstellung vorausgesetzt, unterliegt die Lieferung dieser Gegenstände auch dann dem reduzierten Steuersatz, wenn sie in Kombination mit einer zum Normalsatz steuerbaren Leistung erbracht wird,
a6  Futtermittel, Silagesäuren, Streumittel für Tiere,
a7  Dünger, Pflanzenschutzmittel, Mulch und anderes pflanzliches Abdeckmaterial,
a8  Medikamente,
a9  Zeitungen, Zeitschriften, Bücher und andere Druckerzeugnisse ohne Reklamecharakter der vom Bundesrat zu bestimmenden Arten;
b  auf den Dienstleistungen der Radio- und Fernsehgesellschaften, mit Ausnahme der Dienstleistungen mit gewerblichem Charakter;
c  auf den Leistungen nach Artikel 21 Absatz 2 Ziffern 14-16;
d  auf den Leistungen im Bereich der Landwirtschaft, die in einer mit der Urproduktion in unmittelbarem Zusammenhang stehenden Bearbeitung des Bodens oder Bearbeitung von mit dem Boden verbundenen Erzeugnissen der Urproduktion bestehen.
3    Für Lebensmittel, die im Rahmen von gastgewerblichen Leistungen abgegeben werden, gilt der Normalsatz. Als gastgewerbliche Leistung gilt die Abgabe von Lebensmitteln, wenn die steuerpflichtige Person sie beim Kunden oder bei der Kundin zubereitet beziehungsweise serviert oder wenn sie für deren Konsum an Ort und Stelle besondere Vorrichtungen bereithält. Sind Lebensmittel, mit Ausnahme alkoholischer Getränke, zum Mitnehmen oder zur Auslieferung bestimmt, so findet der reduzierte Steuersatz Anwendung, sofern geeignete organisatorische Massnahmen zur Abgrenzung dieser Leistungen von den gastgewerblichen Leistungen getroffen worden sind; andernfalls gilt der Normalsatz. Werden Lebensmittel, mit Ausnahme alkoholischer Getränke, in Verpflegungsautomaten angeboten, so findet der reduzierte Steuersatz Anwendung.58
4    Die Steuer auf Beherbergungsleistungen beträgt 3,8 Prozent (Sondersatz).59 Der Sondersatz gilt bis zum 31. Dezember 2020 oder, sofern die Frist nach Artikel 196 Ziffer 14 Absatz 1 Bundesverfassung verlängert wird, bis längstens zum 31. Dezember 2027. Als Beherbergungsleistung gilt die Gewährung von Unterkunft einschliesslich der Abgabe eines Frühstücks, auch wenn dieses separat berechnet wird.60
5    Der Bundesrat bestimmt die in Absatz 2 bezeichneten Gegenstände und Dienstleistungen näher; dabei beachtet er das Gebot der Wettbewerbsneutralität.
LTVA, selon laquelle ne sont pas assujettis les entrepreneurs dont la dette fiscale nette s'élève à moins de Fr. 4'000.- en présence d'un chiffre d'affaires entre Fr. 75'000.- et Fr. 250'000.-.

2.3 Selon l'art. 28 al. 1
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 28 Grundsatz - 1 Die steuerpflichtige Person kann im Rahmen ihrer unternehmerischen Tätigkeit, unter Vorbehalt der Artikel 29 und 33, die folgenden Vorsteuern abziehen:
1    Die steuerpflichtige Person kann im Rahmen ihrer unternehmerischen Tätigkeit, unter Vorbehalt der Artikel 29 und 33, die folgenden Vorsteuern abziehen:
a  die ihr in Rechnung gestellte Inlandsteuer;
b  die von ihr deklarierte Bezugsteuer (Art. 45-49);
c  die von ihr entrichtete oder zu entrichtende Einfuhrsteuer, die mit unbedingter Forderung veranlagt wurde oder die mit bedingter Forderung veranlagt wurde und fällig geworden ist, sowie die von ihr für die Einfuhr von Gegenständen deklarierte Steuer (Art. 52 und 63).
2    Hat die steuerpflichtige Person bei nicht steuerpflichtigen Landwirten und Landwirtinnen, Forstwirten und Forstwirtinnen, Gärtnern und Gärtnerinnen, Viehhändlern und Viehhändlerinnen und Milchsammelstellen Erzeugnisse der Landwirtschaft, der Forstwirtschaft, der Gärtnerei, Vieh oder Milch im Rahmen ihrer zum Vorsteuerabzug berechtigenden unternehmerischen Tätigkeit bezogen, so kann sie als Vorsteuer 2,6 Prozent des ihr in Rechnung gestellten Betrags abziehen.64
3    Der Abzug der Vorsteuer nach Absatz 1 ist zulässig, wenn die steuerpflichtige Person nachweist, dass sie die Vorsteuer bezahlt hat.65
LTVA, le début matériel de l'assujettissement commence à l'expiration de l'année civile au cours de laquelle le chiffre d'affaires déterminant a été atteint (JEAN-MARC RIVIER/ANNIE ROCHAT PAUCHARD, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Lausanne 2000, p. 108 ss). Cette règle est en soi contraire au principe de la neutralité TVA et de l'égalité de traitement, mais il est ainsi tenu compte du principe du transfert et du principe de la sécurité du droit (Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 63.76 consid. 3b/bb). Au sens de l'art. 28 al. 3
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 28 Grundsatz - 1 Die steuerpflichtige Person kann im Rahmen ihrer unternehmerischen Tätigkeit, unter Vorbehalt der Artikel 29 und 33, die folgenden Vorsteuern abziehen:
1    Die steuerpflichtige Person kann im Rahmen ihrer unternehmerischen Tätigkeit, unter Vorbehalt der Artikel 29 und 33, die folgenden Vorsteuern abziehen:
a  die ihr in Rechnung gestellte Inlandsteuer;
b  die von ihr deklarierte Bezugsteuer (Art. 45-49);
c  die von ihr entrichtete oder zu entrichtende Einfuhrsteuer, die mit unbedingter Forderung veranlagt wurde oder die mit bedingter Forderung veranlagt wurde und fällig geworden ist, sowie die von ihr für die Einfuhr von Gegenständen deklarierte Steuer (Art. 52 und 63).
2    Hat die steuerpflichtige Person bei nicht steuerpflichtigen Landwirten und Landwirtinnen, Forstwirten und Forstwirtinnen, Gärtnern und Gärtnerinnen, Viehhändlern und Viehhändlerinnen und Milchsammelstellen Erzeugnisse der Landwirtschaft, der Forstwirtschaft, der Gärtnerei, Vieh oder Milch im Rahmen ihrer zum Vorsteuerabzug berechtigenden unternehmerischen Tätigkeit bezogen, so kann sie als Vorsteuer 2,6 Prozent des ihr in Rechnung gestellten Betrags abziehen.64
3    Der Abzug der Vorsteuer nach Absatz 1 ist zulässig, wenn die steuerpflichtige Person nachweist, dass sie die Vorsteuer bezahlt hat.65
LTVA, quiconque est exempté de l'assujettissement conformément à l'art. 25 al. 1 let. a
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 25 Steuersätze - 1 Die Steuer beträgt 8,1 Prozent (Normalsatz); vorbehalten bleiben die Absätze 2
1    Die Steuer beträgt 8,1 Prozent (Normalsatz); vorbehalten bleiben die Absätze 2
2    Der reduzierte Steuersatz von 2,6 Prozent findet Anwendung:54
a  auf der Lieferung folgender Gegenstände:
abis  auf elektronische Zeitungen, Zeitschriften und Bücher ohne Reklamecharakter der vom Bundesrat zu bestimmenden Arten;
a1  Wasser in Leitungen,
a2  Lebensmittel nach dem Lebensmittelgesetz vom 20. Juni 201456, mit Ausnahme alkoholischer Getränke,
a3  Vieh, Geflügel, Fische,
a4  Getreide,
a5  Sämereien, Setzknollen und -zwiebeln, lebende Pflanzen, Stecklinge, Pfropfreiser sowie Schnittblumen und Zweige, auch zu Arrangements, Sträussen, Kränzen und dergleichen veredelt; gesonderte Rechnungsstellung vorausgesetzt, unterliegt die Lieferung dieser Gegenstände auch dann dem reduzierten Steuersatz, wenn sie in Kombination mit einer zum Normalsatz steuerbaren Leistung erbracht wird,
a6  Futtermittel, Silagesäuren, Streumittel für Tiere,
a7  Dünger, Pflanzenschutzmittel, Mulch und anderes pflanzliches Abdeckmaterial,
a8  Medikamente,
a9  Zeitungen, Zeitschriften, Bücher und andere Druckerzeugnisse ohne Reklamecharakter der vom Bundesrat zu bestimmenden Arten;
b  auf den Dienstleistungen der Radio- und Fernsehgesellschaften, mit Ausnahme der Dienstleistungen mit gewerblichem Charakter;
c  auf den Leistungen nach Artikel 21 Absatz 2 Ziffern 14-16;
d  auf den Leistungen im Bereich der Landwirtschaft, die in einer mit der Urproduktion in unmittelbarem Zusammenhang stehenden Bearbeitung des Bodens oder Bearbeitung von mit dem Boden verbundenen Erzeugnissen der Urproduktion bestehen.
3    Für Lebensmittel, die im Rahmen von gastgewerblichen Leistungen abgegeben werden, gilt der Normalsatz. Als gastgewerbliche Leistung gilt die Abgabe von Lebensmitteln, wenn die steuerpflichtige Person sie beim Kunden oder bei der Kundin zubereitet beziehungsweise serviert oder wenn sie für deren Konsum an Ort und Stelle besondere Vorrichtungen bereithält. Sind Lebensmittel, mit Ausnahme alkoholischer Getränke, zum Mitnehmen oder zur Auslieferung bestimmt, so findet der reduzierte Steuersatz Anwendung, sofern geeignete organisatorische Massnahmen zur Abgrenzung dieser Leistungen von den gastgewerblichen Leistungen getroffen worden sind; andernfalls gilt der Normalsatz. Werden Lebensmittel, mit Ausnahme alkoholischer Getränke, in Verpflegungsautomaten angeboten, so findet der reduzierte Steuersatz Anwendung.58
4    Die Steuer auf Beherbergungsleistungen beträgt 3,8 Prozent (Sondersatz).59 Der Sondersatz gilt bis zum 31. Dezember 2020 oder, sofern die Frist nach Artikel 196 Ziffer 14 Absatz 1 Bundesverfassung verlängert wird, bis längstens zum 31. Dezember 2027. Als Beherbergungsleistung gilt die Gewährung von Unterkunft einschliesslich der Abgabe eines Frühstücks, auch wenn dieses separat berechnet wird.60
5    Der Bundesrat bestimmt die in Absatz 2 bezeichneten Gegenstände und Dienstleistungen näher; dabei beachtet er das Gebot der Wettbewerbsneutralität.
LTVA, est assujetti dès la fin de l'année civile au cours de laquelle le chiffre d'affaires déterminant l'assujettissement a dépassé Fr. 250'000.-, ou au cours de laquelle l'impôt dû après déduction de l'impôt préalable a dépassé Fr. 4'000.- (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1619/2006 du 7 avril 2009 consid. 2.1, A-1618/2006 du 27 août 2008 consid. 2.2).

3.
3.1 Selon l'art. 58 al. 1
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 58 Ausnahmen von der Verzugszinspflicht - Kein Verzugszins wird erhoben, wenn:
a  die Einfuhrsteuerschuld durch Barhinterlage sichergestellt wurde;
b  in den zollrechtlich freien Verkehr übergeführte Gegenstände (Art. 48 ZG99) vorerst provisorisch veranlagt werden (Art. 39 ZG) und der Importeur oder die Importeurin im Zeitpunkt der Annahme der Zollanmeldung im Inland als steuerpflichtige Person eingetragen war;
c  bedingt veranlagte Gegenstände (Art. 49, 51 Abs. 2 Bst. b, 58 und 59 ZG) unter Abschluss des Zollverfahrens:
cbis  bei bedingt veranlagten Gegenständen der Importeur oder die Importeurin im Zeitpunkt der Annahme der Zollanmeldung im Inland als steuerpflichtige Person eingetragen war;
c1  wieder ausgeführt werden, oder
c2  in ein anderes Zollverfahren übergeführt werden (Art. 47 ZG);
d  ...
e  die Gegenstände periodisch zum Zollveranlagungsverfahren anzumelden sind (Art. 42 Abs. 1 Bst. c ZG) oder aufgrund eines vereinfachten Zollveranlagungsverfahrens nachträglich veranlagt werden (Art. 42 Abs. 2 ZG) und der Importeur oder die Importeurin im Zeitpunkt der Einfuhr im Inland als steuerpflichtige Person eingetragen war.
LTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement ainsi que pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable puissent y être constatés aisément et de manière sûre. L'AFC peut rédiger des prescriptions spéciales à ce sujet, ce qu'elle a fait avec l'édition des Instructions 2001 sur la TVA (Instructions 2001), rédigées suite à l'adoption de la LTVA (cf. ch. 881 ss; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 in Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008 II p. 20 ss consid. 3.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.5). Elles reprennent les mêmes principes que ceux établi lors de l'adoption de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures) et contenus dans les « Instructions à l'usage des assujettis TVA » de l'automne 1994 et du printemps 1997 (Instructions, ch. 870ss), respectivement de la brochure « TVA Organisation comptable » de février 1994. Ainsi, l'assujetti était déjà rendu attentif au fait que le suivi des opérations commerciales, à partir de la pièce justificative jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité (et vice-versa), doit pouvoir être garanti sans perte de temps importante (art. 47 al. 1
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 47 Leistungen an das Personal - (Art. 24 MWSTG)
1    Bei entgeltlichen Leistungen an das Personal ist die Steuer vom tatsächlich
2    Leistungen des Arbeitgebers an das Personal, die im Lohnausweis zu deklarieren sind, gelten als entgeltlich erbracht. Die Steuer ist von dem Betrag zu berechnen, der auch für die direkten Steuern massgebend ist.
3    Leistungen, die im Lohnausweis nicht zu deklarieren sind, gelten als nicht entgeltlich erbracht und es wird vermutet, dass ein unternehmerischer Grund besteht.
4    Soweit bei den direkten Steuern Pauschalen für die Ermittlung von Lohnanteilen zulässig sind, die auch für die Bemessung der Mehrwertsteuer dienlich sind, können diese für die Mehrwertsteuer ebenfalls angewendet werden.
5    Für die Anwendung der Absätze 2-4 ist nicht erheblich, ob es sich dabei um eng verbundene Personen nach Artikel 3 Buchstabe h MWSTG handelt.41
OTVA en relation avec le ch. 882 des Instructions, respectivement la brochure TVA « Organisation comptable », p. 11; Archives vol. 66 p. 67 consid. 2a ; JAAC 64.83 consid. 2, 63.94 consid. 4a, 63.25 consid. 3a; TVA-Journal 4/98, p. 168 ss, consid. 6a/a). En substance, l'AFC attire l'attention de l'intéressé sur le fait qu'une comptabilité qui n'est pas tenue correctement, de même que l'absence de bouclements, de documents et de pièces justificatives peuvent, notamment en cas de contrôle fiscal, avoir des répercussions préjudiciables et entraîner un calcul de la TVA par approximation (ch. 881 des Instructions, repris au ch. 892 des Instructions 2001). Concernant les pièces justificatives, un contribuable ne peut ignorer que, si ses livres doivent servir de base de calcul à un impôt, ils doivent être contrôlables, ce qui implique qu'ils soient complets et détaillés. Dès lors, il est évident que le contribuable doit étayer toute écriture figurant dans les livres comptables par une pièce justificative qui doit au surplus être conservée (Archives vol. 48 p. 429 consid. 2a).

3.2 Conformément à l'art. 58 al. 2
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 58 Ausnahmen von der Verzugszinspflicht - Kein Verzugszins wird erhoben, wenn:
a  die Einfuhrsteuerschuld durch Barhinterlage sichergestellt wurde;
b  in den zollrechtlich freien Verkehr übergeführte Gegenstände (Art. 48 ZG99) vorerst provisorisch veranlagt werden (Art. 39 ZG) und der Importeur oder die Importeurin im Zeitpunkt der Annahme der Zollanmeldung im Inland als steuerpflichtige Person eingetragen war;
c  bedingt veranlagte Gegenstände (Art. 49, 51 Abs. 2 Bst. b, 58 und 59 ZG) unter Abschluss des Zollverfahrens:
cbis  bei bedingt veranlagten Gegenständen der Importeur oder die Importeurin im Zeitpunkt der Annahme der Zollanmeldung im Inland als steuerpflichtige Person eingetragen war;
c1  wieder ausgeführt werden, oder
c2  in ein anderes Zollverfahren übergeführt werden (Art. 47 ZG);
d  ...
e  die Gegenstände periodisch zum Zollveranlagungsverfahren anzumelden sind (Art. 42 Abs. 1 Bst. c ZG) oder aufgrund eines vereinfachten Zollveranlagungsverfahrens nachträglich veranlagt werden (Art. 42 Abs. 2 ZG) und der Importeur oder die Importeurin im Zeitpunkt der Einfuhr im Inland als steuerpflichtige Person eingetragen war.
LTVA, l'assujetti doit conserver en bon ordre pendant dix ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. Il est également précisé que lorsque, au terme du délai de conservation, la créance fiscale à laquelle se rapportent les pièces précitées n'est pas encore prescrite, cette obligation subsiste jusqu'à la survenance de la prescription (art. 58 al. 2
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 58 Ausnahmen von der Verzugszinspflicht - Kein Verzugszins wird erhoben, wenn:
a  die Einfuhrsteuerschuld durch Barhinterlage sichergestellt wurde;
b  in den zollrechtlich freien Verkehr übergeführte Gegenstände (Art. 48 ZG99) vorerst provisorisch veranlagt werden (Art. 39 ZG) und der Importeur oder die Importeurin im Zeitpunkt der Annahme der Zollanmeldung im Inland als steuerpflichtige Person eingetragen war;
c  bedingt veranlagte Gegenstände (Art. 49, 51 Abs. 2 Bst. b, 58 und 59 ZG) unter Abschluss des Zollverfahrens:
cbis  bei bedingt veranlagten Gegenständen der Importeur oder die Importeurin im Zeitpunkt der Annahme der Zollanmeldung im Inland als steuerpflichtige Person eingetragen war;
c1  wieder ausgeführt werden, oder
c2  in ein anderes Zollverfahren übergeführt werden (Art. 47 ZG);
d  ...
e  die Gegenstände periodisch zum Zollveranlagungsverfahren anzumelden sind (Art. 42 Abs. 1 Bst. c ZG) oder aufgrund eines vereinfachten Zollveranlagungsverfahrens nachträglich veranlagt werden (Art. 42 Abs. 2 ZG) und der Importeur oder die Importeurin im Zeitpunkt der Einfuhr im Inland als steuerpflichtige Person eingetragen war.
in fine LTVA ; cf. également les ch. 943 ss. des Instructions 2001; Willi Leutenegger, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, n. 3 ad art. 58
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 58 Ausnahmen von der Verzugszinspflicht - Kein Verzugszins wird erhoben, wenn:
a  die Einfuhrsteuerschuld durch Barhinterlage sichergestellt wurde;
b  in den zollrechtlich freien Verkehr übergeführte Gegenstände (Art. 48 ZG99) vorerst provisorisch veranlagt werden (Art. 39 ZG) und der Importeur oder die Importeurin im Zeitpunkt der Annahme der Zollanmeldung im Inland als steuerpflichtige Person eingetragen war;
c  bedingt veranlagte Gegenstände (Art. 49, 51 Abs. 2 Bst. b, 58 und 59 ZG) unter Abschluss des Zollverfahrens:
cbis  bei bedingt veranlagten Gegenständen der Importeur oder die Importeurin im Zeitpunkt der Annahme der Zollanmeldung im Inland als steuerpflichtige Person eingetragen war;
c1  wieder ausgeführt werden, oder
c2  in ein anderes Zollverfahren übergeführt werden (Art. 47 ZG);
d  ...
e  die Gegenstände periodisch zum Zollveranlagungsverfahren anzumelden sind (Art. 42 Abs. 1 Bst. c ZG) oder aufgrund eines vereinfachten Zollveranlagungsverfahrens nachträglich veranlagt werden (Art. 42 Abs. 2 ZG) und der Importeur oder die Importeurin im Zeitpunkt der Einfuhr im Inland als steuerpflichtige Person eingetragen war.
LTVA).

4.
4.1 Aux termes de l'art. 60
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 60 Rückerstattung wegen Wiederausfuhr - 1 Die bei der Einfuhr erhobene Steuer wird auf Antrag zurückerstattet, wenn die Voraussetzungen für den Vorsteuerabzug nach Artikel 28 fehlen und:
1    Die bei der Einfuhr erhobene Steuer wird auf Antrag zurückerstattet, wenn die Voraussetzungen für den Vorsteuerabzug nach Artikel 28 fehlen und:
a  die Gegenstände ohne vorherige Übergabe an eine Drittperson im Rahmen einer Lieferung im Inland und ohne vorherige Ingebrauchnahme unverändert wieder ausgeführt werden; oder
b  die Gegenstände im Inland in Gebrauch genommen wurden, aber wegen Rückgängigmachung der Lieferung wieder ausgeführt werden; in diesem Fall wird die Rückerstattung gekürzt um den Betrag, welcher der Steuer auf dem Entgelt für den Gebrauch der Gegenstände oder auf der durch den Gebrauch eingetretenen Wertverminderung sowie auf den nicht zurückerstatteten Einfuhrzollabgaben und Abgaben nach nichtzollrechtlichen Bundesgesetzen entspricht.
2    Die Steuer wird nur zurückerstattet, wenn:
a  die Wiederausfuhr innert fünf Jahren nach Ablauf des Kalenderjahres erfolgt, in dem die Steuer erhoben worden ist; und
b  die Identität der ausgeführten mit den seinerzeit eingeführten Gegenständen nachgewiesen ist.
3    Die Rückerstattung kann im Einzelfall von der ordnungsgemässen Anmeldung im Einfuhrland abhängig gemacht werden.
4    Die Anträge auf Rückerstattung sind bei der Anmeldung zum Ausfuhrverfahren zu stellen. Nachträgliche Rückerstattungsanträge können berücksichtigt werden, wenn sie innert 60 Tagen seit Ausstellung des Ausfuhrdokuments, mit dem die Gegenstände nach dem Ausfuhrverfahren (Art. 61 ZG104) veranlagt worden sind, schriftlich beim BAZG eingereicht werden.
LTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (arrêts du Tribunal fédéral 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4 et 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1634/2006 du 31 mars 2006 consid. 3.6 et A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.3). La taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes de la comptabilité. La taxation par estimation peut être soit interne, soit externe. La taxation interne, sans et sous réserve d'un contrôle sur place, survient à la suite d'une non-remise de décomptes, tandis que la taxation externe est exécutée à la suite d'un contrôle sur place (sur cette distinction, cf. Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in : Archives vol. 69, p. 520ss ; concernant la LTVA, cf. JAAC 68.23 consid. 2b).

4.2 Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause (cf. les arrêts récents du Tribunal administratif fédéral A-4360/2007 du 3 juillet 2009 consid. 4.1 et A-6552/2007 du 19 mai 2009 consid. 5.2.4; JAAC 67.23 consid. 4a, 64.83 consid. 3a, 63.27 consid. 4a et b ; Mollard, op. cit., p. 550 ss). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (arrêts du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1600/2006 du 27 novembre 2007 consid. 5.4; Nicolas Schaller/Yves Sudan/Pierre Scheuner/Pascal Huguenot, TVA annotée, Genève-Zurich-Bâle 2005, ad art. 60
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 60 Rückerstattung wegen Wiederausfuhr - 1 Die bei der Einfuhr erhobene Steuer wird auf Antrag zurückerstattet, wenn die Voraussetzungen für den Vorsteuerabzug nach Artikel 28 fehlen und:
1    Die bei der Einfuhr erhobene Steuer wird auf Antrag zurückerstattet, wenn die Voraussetzungen für den Vorsteuerabzug nach Artikel 28 fehlen und:
a  die Gegenstände ohne vorherige Übergabe an eine Drittperson im Rahmen einer Lieferung im Inland und ohne vorherige Ingebrauchnahme unverändert wieder ausgeführt werden; oder
b  die Gegenstände im Inland in Gebrauch genommen wurden, aber wegen Rückgängigmachung der Lieferung wieder ausgeführt werden; in diesem Fall wird die Rückerstattung gekürzt um den Betrag, welcher der Steuer auf dem Entgelt für den Gebrauch der Gegenstände oder auf der durch den Gebrauch eingetretenen Wertverminderung sowie auf den nicht zurückerstatteten Einfuhrzollabgaben und Abgaben nach nichtzollrechtlichen Bundesgesetzen entspricht.
2    Die Steuer wird nur zurückerstattet, wenn:
a  die Wiederausfuhr innert fünf Jahren nach Ablauf des Kalenderjahres erfolgt, in dem die Steuer erhoben worden ist; und
b  die Identität der ausgeführten mit den seinerzeit eingeführten Gegenständen nachgewiesen ist.
3    Die Rückerstattung kann im Einzelfall von der ordnungsgemässen Anmeldung im Einfuhrland abhängig gemacht werden.
4    Die Anträge auf Rückerstattung sind bei der Anmeldung zum Ausfuhrverfahren zu stellen. Nachträgliche Rückerstattungsanträge können berücksichtigt werden, wenn sie innert 60 Tagen seit Ausstellung des Ausfuhrdokuments, mit dem die Gegenstände nach dem Ausfuhrverfahren (Art. 61 ZG104) veranlagt worden sind, schriftlich beim BAZG eingereicht werden.
LTVA ch. 2.3 p. 270 et les références citées). S'agissant de la méthode par extrapolation, il y a lieu de se souvenir que l'AFC ne peut l'appliquer de manière arbitraire et qu'elle est soumise à certaines conditions que l'autorité doit respecter. Ainsi, cette méthode est admissible pour autant que les défauts constatés et les circonstances déterminantes (notamment la marche des affaires et la politique de l'entreprise) prévalant pour la courte période contrôlée se retrouvent également au cours des périodes sujettes à extrapolation, afin que le résultat obtenu apparaît vraiment représentatif (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1596/2006 du 2 avril 2009 consid. 2.5, A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.4 et 5.3, ainsi que A-1484/2006 du 19 juin 2007 consid. 7.4, confirmé par l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 6.2).
Enfin, il importe de rappeler que la taxation par estimation ne doit pas être considérée comme une sanction visant un comportement répréhensible, mais comme une mesure qui intervient lorsque le fisc ne parvient pas à élucider tous les faits pertinents pour établir la créance fiscale (Mollard, op. cit., p. 524 ; Rivier/Rochat, op. cit., p. 169).

4.3 Dans la procédure de recours, l'assujetti peut contester et remettre en cause, d'une part la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle. Rappelons que le Tribunal administratif fédéral examine librement si les conditions de l'estimation sont remplies, alors qu'il s'impose une certaine réserve, s'agissant du bien-fondé de l'estimation elle-même (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 6.1 et 6.2 ainsi que A-3678/2007 et A-3680/2007 du 18 août 2009 consid. 5). Cela dit, le recourant a la possibilité de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement erroné de l'estimation effectuée par l'administration. Si les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est à lui qu'il revient d'apporter la preuve du caractère manifestement inexact de l'estimation (arrêt du Tribunal fédéral 2A.580/1999 du 21 juin 2000; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1429/2006 du 29 août 2007 consid. 2.4 et A-1721/2006 du 6 mars 2007 consid. 4.1; JAAC 64.47 consid. 5b in RDAF 2000 II p. 350). Dans la mesure où l'AFC a le droit et le devoir de rectifier le montant dû par voie d'estimation, il appartient au contribuable, qui a présenté une comptabilité inexacte et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine; JAAC 67.82 consid. 4a/cc). Ce n'est qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente.

5.
En l'espèce, sans contester en tant que tel le principe de la taxation par estimation à laquelle il a été soumis, le recourant attaque l'estimation telle qu'effectuée par l'AFC, considérant que cette dernière s'est trompée dans l'application des méthodes choisies pour effectuer l'estimation du chiffre d'affaires imposable du recourant. Il estime qu'il n'a dépassé les seuils déterminants d'assujettissement qu'au cours de l'exercice 2001, ce qui doit entraîner son inscription au registre TVA qu'à compter du 1er janvier 2002. En l'état, il y a d'abord lieu d'examiner si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies (consid. 5.1). Le cas échéant, il s'imposera de vérifier la pertinence de l'estimation effectuée par l'AFC (consid. 5.2), avant de contrôler l'exactitude du moment du début de l'assujettissement du recourant ayant conduit à une immatriculation rétroactive, ainsi que la justesse du montant de l'impôt dû (consid. 5.3).

5.1 Il ressort du dossier que l'autorité fiscale a procédé à juste titre à une estimation du chiffre d'affaires de l'activité du recourant dans les limites de son pouvoir d'appréciation, puisque la comptabilité de celui-ci n'était pas complète. Il convient de rappeler à cet égard qu'il découle du principe d'auto-taxation développé ci-dessus (consid. 2.1) que c'est à l'assujetti lui-même d'établir la créance fiscale le concernant et qu'il est ainsi seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables, l'AFC n'intervenant que s'il ne remplit pas ses obligations. Seul un examen de l'ensemble des livres permet de s'assurer que la totalité des mouvements de marchandises et des opérations imposables a bien été régulièrement passé en compte (Archives 58 p. 380 et 35 p. 49s).
En raison d'importantes lacunes constatées dans la comptabilité du recourant, précisément en l'absence de documents comptables ou pièces permettant de justifier les chiffres d'affaires et mouvements de comptes déclarés par le recourant, l'AFC était contrainte de déterminer par estimation le chiffre d'affaires réalisé par celui-ci au cours de la période contrôlée, afin de pouvoir vérifier si son assujettissement devait avoir lieu ou non. En effet, la jurisprudence en la matière confirme que l'AFC peut procéder à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation lorsque les pièces sont incomplètes ou font défaut ou lorsque les résultats qui ont été annoncés par le déclarant ne correspondent manifestement pas aux faits (arrêts du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 4.2 et 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 3.2 [dont les nombreuses références citées] et 3.3). Précisément, le recourant a certes produit les bilans et mouvements de comptes des exercices 2000 à 2004, de même que la plupart des factures pour 2000 et 2001, mais sans autres pièces justificatives comme les livres de caisse, les relevés des espèces en caisse, l'inventaire des marchandises en stock, les créances ouvertes, les factures fournisseurs ainsi que les relevés des travaux en cours (voir le consid. 3.1 ci-dessus). Par conséquent, les conditions d'une estimation par l'AFC étaient dès lors réalisées sur le principe.

5.2 S'agissant de l'estimation proprement dite des chiffres d'affaires du recourant, nécessaire non seulement pour déterminer si ce dernier est assujetti, mais également pour calculer l'impôt dû, l'autorité inférieure s'est référée à l'année 2000, le recourant ne contestant pas que les conditions d'assujettissement sont remplies durant 2001. L'année 2000 est ainsi l'année de référence de l'AFC pour examiner si les limites déterminantes pour l'assujettissement sont dépassées, précisément pour savoir si le recourant est assujetti à la TVA dès le 1er janvier 2001. Pour ce faire, afin de pouvoir évaluer le chiffre d'affaires réalisé dans le cadre de son activité de manière aussi proche que possible de la réalité, l'autorité fiscale s'est basée sur la totalité du mouvement du compte de marchandises au 31 décembre 2000, soit Fr. 115'053.85. Puis, à l'aide de la méthode par extrapolation, elle a procédé à des corrections en raison des lacunes grevant le solde des achats de marchandises. Pour les années suivantes, l'AFC a procédé de même, en se fondant sur les achats de marchandises comptabilisés pour les exercices 2001 à 2003 et sur les achats tels qu'ils ressortaient des factures pour l'exercice 2004. Puis, comme pour l'exercice 2000, elle a ajouté un complément annuel, à savoir la moitié des encaissements non comptabilisés constatés. L'AFC a alors retenu, à l'aide de la méthode des chiffres d'expérience, que les achats représentaient le 60% du chiffre d'affaires estimé, soit pour une marge de 40%.
5.2.1 L'AFC a ainsi utilisé la méthode par extrapolation dans l'estimation des chiffres d'affaires de l'activité du recourant. Précisément, l'AFC s'est basée sur les achats non comptabilisés en 2002 et 2003, sans prendre en compte les factures respectives de chaque année (en 2002: Fr. 850.-, Fr. 25'415.95 et Fr. 5'677.10; en 2003: Fr. 10'401.55), mais en additionnant les factures des deux années (total de Fr. 42'344.60) et en les ajoutant, à concurrence de 50% sans TVA, à chaque exercice faisant l'objet d'une reprise, soit pour le montant total de Fr. 19'600.- (montant arrondi de 50% de Fr. 39'126.42 [Fr. 42'344.60 - Fr. 3'218.18 de TVA à 7.6%]). L'AFC estime que ce montant doit être ajouté aux achats de l'exercice 2000, ceux-ci n'étant pas complets.
Pour sa part, bien que durant les années 2002 et 2003, le recourant confirme qu'il a encaissé des recettes qui n'ont pas été comptabilisées en raison d'une inattention, il déplore que l'AFC considère que ce soit le cas pour 2000. Il fait valoir que la méthode par extrapolation n'est admissible que pour autant que les défauts constatés se retrouvent également au cours des périodes sujettes à extrapolation.
Pourtant, le recourant conteste lui-même certains montants qui n'auraient pas été pris en compte dans l'exercice 2000, donc déterminants dans le calcul de son chiffre d'affaires et dès lors pour le début de son assujettissement. Le recourant estime que des lacunes peuvent être constatées, précisément à propos des achats. Il considère en effet que l'extourne de Fr. 17'075.40 concernant les achats aurait du être prise en compte, de même que la mise à jour des stocks, soit Fr. 5'000.-. Néanmoins, le recourant ne produit aucune pièce qui pourrait justifier ses dires. Ces affirmations ne sont donc pas vérifiables, l'extourne n'étant attestée par aucun document et la mise à jour des stocks n'étant pas non plus confirmée. D'une manière générale, les arguments que le recourant développe quant à l'établissement des chiffres d'affaires de son activité ne sont confirmés par aucune pièce justificative, aucun nouveau document n'ayant d'ailleurs - comme on l'a vu précédemment - été produit lors du recours. Dans le cadre de son recours, l'occasion lui a pourtant été donnée d'apporter les preuves et pièces comptables nécessaires afin d'établir au plus près de la réalité l'estimation de ses chiffres d'affaires. Toutefois, il ne l'a pas saisie, les documents comptables n'étant produit qu'en partie. En effet, les pièces comptables à disposition sont formellement insuffisantes et ne permettent pas, comme on l'a vu, d'établir de manière fiable les opérations déterminantes pour le calcul de la TVA, ce qui contraint le Tribunal de céans à se rallier à l'avis de l'autorité inférieure. Par ailleurs, il est certain qu'une estimation effectuée par l'AFC ne reflète pas précisément la situation du recourant. Néanmoins, en omettant de tenir ses livres conformément aux exigences légales, le recourant est lui-même responsable des quelques incertitudes qui peuvent encore subsister.
Le Tribunal de céans constate ainsi que les achats ne sont également pas complets pour les exercices 2000 et 2001, le recourant affirmant que certains montants de 2001 devant être considérés en 2000, et certaines corrections de compte n'étant pas vérifiables, les différentes pièces justificatives faisant défaut. Dès lors, il était justifié, de la part de l'AFC, d'appliquer la méthode par extrapolation pour les achats non comptabilisés, d'autant plus qu'il est tout à fait envisageable qu'elle puisse se faire pour un seul poste, alors même que les autres font l'objet d'une autre méthode ou sont tout simplement acceptés (cf. Mollard, op. cit., p. 552s.).
5.2.2 Lorsqu'elle procède à une estimation, l'AFC peut aussi se baser sur des coefficients expérimentaux ou chiffres d'expérience, afin de se rapprocher le plus possible de la réalité. Le fait que l'AFC se base sur les moyennes en vigueur dans la branche ne signifie toutefois pas que tous les concernés sont obligés de moduler leurs prix de manière à obtenir une marge brute conforme à la moyenne. Il est toutefois nécessaire que l'assujetti qui présente une structure de coûts inhabituelle par rapport à la moyenne puisse l'expliquer par des pièces justificatives. La jurisprudence et la doctrine ont même admis que des résultats comptables formellement corrects pouvaient justifier une taxation par estimation en cas de disproportion manifeste entre les résultats comptabilisés et le chiffre d'affaires qui aurait pu être obtenu selon l'expérience, si cette divergence ne peut pas être expliquée de manière plausible (voir l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_171/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4.3 in fine; voir également Mollard, op. cit., p. 544 et les nombreuses références de jurisprudence citées).
En l'occurrence, bien que déplorant la méthode des chiffres d'expérience, le recourant n'avance en soi pourtant aucun argument à son encontre et sur le fait que l'AFC a retenu que les achats représentaient le 60% du chiffre d'affaires estimé, soit pour une marge de 40%, ce taux étant supérieur à celui qui ressort des chiffres d'expérience de l'AFC, donc favorable au recourant.
5.2.3 Certes, l'application de la méthode extrapolative est à la limite, surtout si l'on tient compte de la jurisprudence récente du Tribunal administratif fédéral (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.4 et 5.3). On pourrait en effet constater une légère contradiction, mais en l'occurrence, la situation n'est pas tout à fait la même. De plus, pour l'application de la méthode extrapolative, des indices peuvent suffire et il ne faut pas des défauts constatés en tant que tels (la terminologie allemande parle de "nachgewiesene Einzelfälle"). Comme on l'a vu (cf. consid. 5.2.1 ci-dessus), des indices similaires peuvent en tout cas être constatés dans les différentes périodes litigieuses, reflétant ainsi des circonstances déterminantes pour procéder à une estimation. A ce sujet, au ch. 6 de son recours, l'assujetti allègue que la méthode extrapolative n'est admissible que pour autant que les défauts constatés se retrouvent également au cours des périodes sujettes à extrapolation. Pourtant, il confirme également que des lacunes peuvent être constatées en 2000 à propos des achats, ces montants n'étant pas vérifiables en raison de l'absence de pièces justificatives (cf. le § 3 du consid. 5.2.1). Le Tribunal n'a ainsi pas de raison de remettre en cause les chiffres retenus par l'autorité inférieure, des indices similaires se retrouvant dans les différents exercices comptables en cause. Quoiqu'il en soit, on se trouve de toute façon dans une incertitude que le fardeau de la preuve doit combler. Mais dès lors que le recourant ne fait que des allégations et ne prouve rien, on ne peut demander à l'AFC d'apporter la preuve du contraire ("Beweisnotstand") (voir l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1550/2006 du 16 mai 2008 consid. 9.3.2).
En résumé, le recourant ne pouvant pas fournir la preuve nécessaire que l'AFC s'est prêtée à des erreurs d'estimation considérables et évidentes lors de l'estimation des chiffres d'affaires, il doit supporter les conséquences de son manque de collaboration et d'apport de preuves de sa part (voir les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1597/2006 et A-1598/2006 du 17 août 2009 consid. 4.1 et 4.3 ainsi que A-1550/2006 du 16 mai 2008 consid. 9.3.2).

5.3 Les chiffres d'affaires et dettes d'impôt retenu par l'autorité fiscale sont les suivants:
- 2000: CA Fr. 184'400.- Impôt dû: Fr. 4'144.40
- 2001: CA Fr. 288'376.- Impôt dû: Fr. 10'093.15
- 2002: CA Fr. 269'459.- Impôt dû: Fr. 9'431.15
- 2003: CA Fr. 231'360.- Impôt dû: Fr. 8'097.60
- 2004: CA Fr. 166'704.- Impôt dû: Fr. 5'834.65
5.3.1 L'activité du recourant remplit les conditions d'assujettissement au sens de l'art. 28 al. 3
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 28 Grundsatz - 1 Die steuerpflichtige Person kann im Rahmen ihrer unternehmerischen Tätigkeit, unter Vorbehalt der Artikel 29 und 33, die folgenden Vorsteuern abziehen:
1    Die steuerpflichtige Person kann im Rahmen ihrer unternehmerischen Tätigkeit, unter Vorbehalt der Artikel 29 und 33, die folgenden Vorsteuern abziehen:
a  die ihr in Rechnung gestellte Inlandsteuer;
b  die von ihr deklarierte Bezugsteuer (Art. 45-49);
c  die von ihr entrichtete oder zu entrichtende Einfuhrsteuer, die mit unbedingter Forderung veranlagt wurde oder die mit bedingter Forderung veranlagt wurde und fällig geworden ist, sowie die von ihr für die Einfuhr von Gegenständen deklarierte Steuer (Art. 52 und 63).
2    Hat die steuerpflichtige Person bei nicht steuerpflichtigen Landwirten und Landwirtinnen, Forstwirten und Forstwirtinnen, Gärtnern und Gärtnerinnen, Viehhändlern und Viehhändlerinnen und Milchsammelstellen Erzeugnisse der Landwirtschaft, der Forstwirtschaft, der Gärtnerei, Vieh oder Milch im Rahmen ihrer zum Vorsteuerabzug berechtigenden unternehmerischen Tätigkeit bezogen, so kann sie als Vorsteuer 2,6 Prozent des ihr in Rechnung gestellten Betrags abziehen.64
3    Der Abzug der Vorsteuer nach Absatz 1 ist zulässig, wenn die steuerpflichtige Person nachweist, dass sie die Vorsteuer bezahlt hat.65
LTVA (art. 25 al. 1 let. a
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 25 Steuersätze - 1 Die Steuer beträgt 8,1 Prozent (Normalsatz); vorbehalten bleiben die Absätze 2
1    Die Steuer beträgt 8,1 Prozent (Normalsatz); vorbehalten bleiben die Absätze 2
2    Der reduzierte Steuersatz von 2,6 Prozent findet Anwendung:54
a  auf der Lieferung folgender Gegenstände:
abis  auf elektronische Zeitungen, Zeitschriften und Bücher ohne Reklamecharakter der vom Bundesrat zu bestimmenden Arten;
a1  Wasser in Leitungen,
a2  Lebensmittel nach dem Lebensmittelgesetz vom 20. Juni 201456, mit Ausnahme alkoholischer Getränke,
a3  Vieh, Geflügel, Fische,
a4  Getreide,
a5  Sämereien, Setzknollen und -zwiebeln, lebende Pflanzen, Stecklinge, Pfropfreiser sowie Schnittblumen und Zweige, auch zu Arrangements, Sträussen, Kränzen und dergleichen veredelt; gesonderte Rechnungsstellung vorausgesetzt, unterliegt die Lieferung dieser Gegenstände auch dann dem reduzierten Steuersatz, wenn sie in Kombination mit einer zum Normalsatz steuerbaren Leistung erbracht wird,
a6  Futtermittel, Silagesäuren, Streumittel für Tiere,
a7  Dünger, Pflanzenschutzmittel, Mulch und anderes pflanzliches Abdeckmaterial,
a8  Medikamente,
a9  Zeitungen, Zeitschriften, Bücher und andere Druckerzeugnisse ohne Reklamecharakter der vom Bundesrat zu bestimmenden Arten;
b  auf den Dienstleistungen der Radio- und Fernsehgesellschaften, mit Ausnahme der Dienstleistungen mit gewerblichem Charakter;
c  auf den Leistungen nach Artikel 21 Absatz 2 Ziffern 14-16;
d  auf den Leistungen im Bereich der Landwirtschaft, die in einer mit der Urproduktion in unmittelbarem Zusammenhang stehenden Bearbeitung des Bodens oder Bearbeitung von mit dem Boden verbundenen Erzeugnissen der Urproduktion bestehen.
3    Für Lebensmittel, die im Rahmen von gastgewerblichen Leistungen abgegeben werden, gilt der Normalsatz. Als gastgewerbliche Leistung gilt die Abgabe von Lebensmitteln, wenn die steuerpflichtige Person sie beim Kunden oder bei der Kundin zubereitet beziehungsweise serviert oder wenn sie für deren Konsum an Ort und Stelle besondere Vorrichtungen bereithält. Sind Lebensmittel, mit Ausnahme alkoholischer Getränke, zum Mitnehmen oder zur Auslieferung bestimmt, so findet der reduzierte Steuersatz Anwendung, sofern geeignete organisatorische Massnahmen zur Abgrenzung dieser Leistungen von den gastgewerblichen Leistungen getroffen worden sind; andernfalls gilt der Normalsatz. Werden Lebensmittel, mit Ausnahme alkoholischer Getränke, in Verpflegungsautomaten angeboten, so findet der reduzierte Steuersatz Anwendung.58
4    Die Steuer auf Beherbergungsleistungen beträgt 3,8 Prozent (Sondersatz).59 Der Sondersatz gilt bis zum 31. Dezember 2020 oder, sofern die Frist nach Artikel 196 Ziffer 14 Absatz 1 Bundesverfassung verlängert wird, bis längstens zum 31. Dezember 2027. Als Beherbergungsleistung gilt die Gewährung von Unterkunft einschliesslich der Abgabe eines Frühstücks, auch wenn dieses separat berechnet wird.60
5    Der Bundesrat bestimmt die in Absatz 2 bezeichneten Gegenstände und Dienstleistungen näher; dabei beachtet er das Gebot der Wettbewerbsneutralität.
LTVA a contrario) durant l'année 2000, son chiffre d'affaires annuelle ne dépassant pas Fr. 250'000.- et sa dette fiscale étant supérieure à Fr. 4'000.-. Par conséquent, il sied de confirmer la date de l'immatriculation rétroactive à la lumière de l'estimation effectuée. Bien que le recourant s'en prend à la date du début de son assujettissement, estimant qu'il n'est assujetti qu'à partir du 1er janvier 2002 (dans son courrier du 31 août 2007, soit antérieur à son recours, qu'à partir du 1er janvier 2003), il convient de constater qu'au vu de l'estimation effectuée pour les différents exercices comptables, les montants déterminants pour l'assujettissement ont été dépassés au cours de l'année 2000. Le Tribunal de céans rappelle qu'une telle estimation sert en effet aussi bien à déterminer la date du début de l'assujettissement que l'impôt dû, ce que le recourant ne conteste d'ailleurs pas. C'est donc à juste titre que le recourant a été assujetti à la TVA à partir du 1er janvier 2001.
5.3.2 L'AFC a estimé que le chiffre d'affaires brut total imposable, pour la période s'étalant du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2004, se montait à Fr. 955'899.-, pour un montant d'impôt dû de Fr. 33'456.-. Prenant en compte l'avis de crédit de Fr. 310.-, la dette fiscale totale s'élève à Fr. 33'146.-. L'AFC a clairement exposé les différentes étapes de son calcul du chiffre d'affaires brut estimé, ainsi que de l'impôt dû correspondant calculé en appliquant la méthode simplifiée, à savoir du taux de dette fiscale nette, nécessaire pour fixer l'impôt préalable à valoir sur les dépenses de marchandise et de matériel, ainsi que sur les investissements et les frais généraux qui est ainsi pris en compte de manière forfaitaire. Le Tribunal de céans n'a pas de raison de remettre en cause, en l'occurrence, l'estimation des chiffres d'affaires, ni l'application du TDFN, même si cette manière de faire ne va pas sans poser certains problèmes de légalité et de rétroactivité (voir la brochure spéciale n° 02 de l'AFC, ch. 2.4.1, appliquée dès le 1er janvier 2008; voir aussi l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1614/2006 du 1er octobre 2008). Dans ces circonstances, le Tribunal administratif fédéral confirme l'estimation telle qu'effectuée par l'AFC.

6.
Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours. Vu l'issue de la cause, en application de l'art. 63 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 63
1    Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
2    Keine Verfahrenskosten werden Vorinstanzen oder beschwerdeführenden und unterliegenden Bundesbehörden auferlegt; anderen als Bundesbehörden, die Beschwerde führen und unterliegen, werden Verfahrenskosten auferlegt, soweit sich der Streit um vermögensrechtliche Interessen von Körperschaften oder autonomen Anstalten dreht.
3    Einer obsiegenden Partei dürfen nur Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat.
4    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter erhebt vom Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten. Zu dessen Leistung ist dem Beschwerdeführer eine angemessene Frist anzusetzen unter Androhung des Nichteintretens. Wenn besondere Gründe vorliegen, kann auf die Erhebung des Kostenvorschusses ganz oder teilweise verzichtet werden.102
4bis    Die Spruchgebühr richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Streitsache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien. Sie beträgt:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 100-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 100-50 000 Franken.103
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühren im Einzelnen.104 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005105 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010106.107
PA et de l'art. 1 ss
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 1 Verfahrenskosten
1    Die Kosten der Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht (Gericht) setzen sich zusammen aus der Gerichtsgebühr und den Auslagen.
2    Mit der Gerichtsgebühr sind die Kosten für das Kopieren von Rechtsschriften und der für Dienstleistungen normalerweise anfallende Verwaltungsaufwand wie Personal-, Raum- und Materialkosten sowie Post-, Telefon- und Telefaxspesen abgegolten.
3    Auslagen sind insbesondere die Kosten für Übersetzungen und für die Beweiserhebung. Die Kosten für Übersetzungen werden nicht verrechnet, wenn es sich um Übersetzungen zwischen Amtssprachen handelt.
du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, par Fr. 2'100.-, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge du recourant qui succombe. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée au recourant (art. 64 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 64
1    Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
2    Die Entschädigung wird in der Entscheidungsformel beziffert und der Körperschaft oder autonomen Anstalt auferlegt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, soweit sie nicht einer unterliegenden Gegenpartei auferlegt werden kann.
3    Einer unterliegenden Gegenpartei kann sie je nach deren Leistungsfähigkeit auferlegt werden, wenn sich die Partei mit selbständigen Begehren am Verfahren beteiligt hat.
4    Die Körperschaft oder autonome Anstalt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, haftet für die einer unterliegenden Gegenpartei auferlegte Entschädigung, soweit sich diese als uneinbringlich herausstellt.
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Entschädigung.108 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005109 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010110.111
PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
FITAF a contrario).

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais de procédure, par Fr. 2'100.-, sont mis à la charge du recourant et imputés sur l'avance de frais déjà versée du même montant.

3.
Il n'est pas alloué de dépens.

4.
Le présent arrêt est adressé :
au recourant (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. _______ ; Acte judiciaire)

Le président du collège : La greffière :

Pascal Mollard Chantal Schiesser-Degottex

Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
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SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF).
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