Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 168/2014

{T 0/2}

Arrêt du 29 octobre 2014

IIe Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Zünd, Président,
Donzallaz et Kneubühler.
Greffière: Mme Thalmann.

Participants à la procédure
Administration fiscale cantonale du canton de Genève,
recourante,

contre

X.________, intimé.

Objet
Impôt à la source fédéral, cantonal et communal 2006 à 2009,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, du 7 janvier 2014.

Faits :

A.
Durant les années 2006 à 2009, X.________ (ci-après: le contribuable), domicilié en France, a exercé une activité lucrative dépendante à Genève soumise au régime de l'impôt à la source. Il est marié et père de trois enfants, nés respectivement en 1997, 1998 et 2005. Ces naissances étaient connues de la Centrale de compensation de la Caisse suisse de compensation, mais n'ont pas été portées à la connaissance de l'Office cantonal de la population du canton de Genève (devenu, depuis lors, l'Office cantonal de la population et des migrations du canton de Genève).

L'employeur de X.________ a rempli des attestations-quittances concernant l'impôt à la source pour les années 2006, 2007, 2008 et 2009. L'attestation-quittance remise le 31 janvier 2008 pour la période d'assujettissement du 1er mai 2007 au 31 juillet 2007 et du 10 septembre 2007 au 31 décembre 2007 mentionnait l'application du barème B7 (applicable aux contribuables avec trois enfants à charge), mais indiquait que l'intéressé n'avait pas d'enfants. Une deuxième attestation-quittance du 30 janvier 2008 pour la période d'assujettissement du 1er au 31 août 2007 mentionnait l'utilisation du barème B8 (également applicable aux contribuables avec trois enfants à charge) et indiquait que X.________ avait trois enfants.

A la suite de demandes de déduction formulées par le contribuable, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) lui a notifié quatre décisions de rectification de l'impôt à la source, le 27 octobre 2008 pour les années 2006 et 2007, le 26 janvier 2010 pour l'année 2008 et le 19 octobre 2010 pour l'année 2009. Ces décisions mentionnaient le barème d'imposition B5 (applicable aux contribuables avec deux enfants à charge) et indiquaient "charge (s) admise (s) : 2".

B.

B.a. Le 1er septembre 2011, par pli déposé au guichet de l'Administration fiscale cantonale, X.________ a demandé à l'Administration fiscale cantonale de rectifier son imposition pour les années 2006 à 2009, dans la mesure où il n'avait pas été tenu compte du fait qu'il avait trois enfants à charge et non deux. La réclamation était motivée comme suit: "Afin de justifier ma demande tardive et hors délai légal de réclamation, je vous informe que je ne prêtais jusqu'à cette année pas attention au détail du courrier et je me contentais de payer les bordereaux joints en faisant confiance au calcul de vos services."
Par trois décisions datées du 18 novembre 2011, l'Administration fiscale cantonale a déclaré que les réclamations du recourant étaient irrecevables, car tardives, ces dernières n'ayant pas été présentées dans le délai légal de trente jours dès réception des bordereaux prévu à l'art. 39 de la loi genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale (LPFisc/GE; RSGE D 3 17).

B.b. Par trois actes du 22 décembre 2011, X.________ a recouru contre ces décisions auprès du Tribunal administratif de première instance de Genève (ci-après: le Tribunal administratif). Par jugement du 26 novembre 2012, le Tribunal administratif a rejeté les recours, au motif que la réclamation du contribuable n'avait pas été formulée dans le délai légal fixé à l'art. 23 al. 2 let. a de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales (LISP/GE; RSGE D 3 20).

B.c. Saisi d'un recours de X.________, la Chambre administrative de la Cour de Justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de Justice) l'a admis, par arrêt du 7 janvier 2014. Elle a annulé le jugement du Tribunal administratif ainsi que les décisions sur réclamation de l'Administration fiscale cantonale et renvoyé la cause à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle calcule l'impôt à restituer ainsi que les intérêts rémunératoires y associés. La Cour de Justice a retenu, en substance, que la demande du contribuable du 1er septembre 2011 était une demande de restitution au sens des art. 138 al. 2
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 138 Pagamento degli arretrati e restituzione - 1 Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
1    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
2    Se ha operato una trattenuta troppo elevata, il debitore della prestazione imponibile deve restituire la differenza al contribuente.
3    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta e non è possibile procedere a una riscossione posticipata presso il medesimo, l'autorità di tassazione può obbligare il contribuente a pagare gli arretrati dell'imposta alla fonte dovuta.238
LIFD et 21 al. 4 LISP/GE et qu'elle avait été déposée en temps utile, à savoir dans les cinq ans à compter de la connaissance par le contribuable du motif de la restitution et dans les dix ans après la fin des années où le paiement a eu lieu (art. 32 al. 2 de la loi genevoise du 26 juin 2008 relative à la perception et aux garanties des impôts des personnes physiques et morales [LPGIP/GE; RSGE D 3 18] appliqué par analogie).

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de Justice du 7 janvier 2014, de confirmer ses décisions sur réclamation du 18 novembre 2011 et les bordereaux rectificatifs d'imposition à la source 2006 du 27 octobre 2008, 2007 du 27 octobre 2008, 2008 du 26 janvier 2010 et 2009 du 19 octobre 2010.

Le contribuable ne s'est pas déterminé. La Cour de justice n'a pas formulé d'observations, s'en remettant à justice quant à la recevabilité du recours et persistant dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours.

Considérant en droit :

1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (cf. art. 29 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 29 Esame - 1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza.
1    Il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza.
2    In caso di dubbio, procede a uno scambio di opinioni con l'autorità che presume competente.
LTF) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 136 II 101 consid. 1 p. 103).

1.1. L'arrêt attaqué admet le recours du contribuable, déclare les réclamations de celui-ci recevables et renvoie la cause à l'Administration fiscale cantonale. Dans cette mesure, il s'agit d'une décision incidente, qui est susceptible d'un recours devant le Tribunal fédéral notamment si elle peut causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 93 Altre decisioni pregiudiziali e incidentali - 1 Il ricorso è ammissibile contro altre decisioni pregiudiziali e incidentali notificate separatamente se:
1    Il ricorso è ammissibile contro altre decisioni pregiudiziali e incidentali notificate separatamente se:
a  esse possono causare un pregiudizio irreparabile; o
b  l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa.
2    Le decisioni pregiudiziali e incidentali nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e nel campo dell'asilo non sono impugnabili.86 Rimangono salvi i ricorsi contro le decisioni sulla carcerazione in vista d'estradizione come anche sul sequestro di beni e valori, sempreché siano adempiute le condizioni di cui al capoverso 1.
3    Se il ricorso in virtù dei capoversi 1 e 2 non è ammissibile o non è stato interposto, le decisioni pregiudiziali e incidentali possono essere impugnate mediante ricorso contro la decisione finale in quanto influiscano sul contenuto della stessa.
LTF). Selon la jurisprudence, est réputée subir un préjudice irréparable, au sens de cette disposition, l'autorité qui devrait, à la suite d'une décision de renvoi, rendre une nouvelle décision qui, de son point de vue, serait contraire au droit, sans pouvoir par la suite la remettre en cause devant l'instance supérieure (cf. arrêt 2C 805/2013 du 21 mars 2014 consid. 1.1, non publié in ATF 140 II 202; ATF 134 II 124 consid. 1.3 p. 128). Tel est le cas en l'espèce, de sorte que l'arrêt attaqué peut faire séparément l'objet d'un recours au Tribunal fédéral.

1.2. C'est en application des art. 139 al. 2
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 139 Rimedi giuridici - 1 Contro una decisione in materia d'imposta alla fonte, l'interessato può presentare reclamo secondo l'articolo 132.
1    Contro una decisione in materia d'imposta alla fonte, l'interessato può presentare reclamo secondo l'articolo 132.
2    Se la ritenuta alla fonte su cui verte il litigio è fondata sul diritto federale e su quello cantonale, il diritto cantonale può prevedere nelle sue disposizioni d'esecuzione che la procedura di reclamo e quella di ricorso alla commissione cantonale di ricorso siano disciplinate giusta le disposizioni della procedura cantonale determinanti per l'impugnazione e il riesame di una decisione relativa all'imposta cantonale riscossa alla fonte.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), 17 LISP/GE, ainsi que 6 et 7 LPFisc/GE que l'instance précédente n'a rendu qu'une décision comprenant l'impôt à la source fédéral, cantonal et communal. Il n'y a pas lieu de distinguer, en matière d'imposition à la source, comme l'exige la jurisprudence en matière d'impôt direct ordinaire (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264; 130 II 509 consid. 8.3 p. 511), l'examen de l'impôt fédéral direct de celui de l'impôt cantonal et communal harmonisé, le recours en matière de droit public étant ouvert dans les deux cas pour violation du droit fédéral; l'art. 73
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 73 Ricorsi - 1 Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
1    Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
2    Legittimati a ricorrere sono il contribuente, l'autorità competente secondo il diritto cantonale e l'Amministrazione federale delle contribuzioni.
3    ...259
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) ne revêt plus de portée propre en l'espèce (cf. arrêts 2C 236/2010 du 14 octobre 2010 consid. 1.2; 2C 215/2009 du 1er octobre 2009 consid. 1.3 in RDAF 2010 II 451).

1.3. La qualité pour recourir de l'Administration fiscale cantonale doit être admise (art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF en relation avec l'art. 73 al. 1
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 73 Ricorsi - 1 Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
1    Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
2    Legittimati a ricorrere sono il contribuente, l'autorità competente secondo il diritto cantonale e l'Amministrazione federale delle contribuzioni.
3    ...259
et 2
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 73 Ricorsi - 1 Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
1    Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
2    Legittimati a ricorrere sono il contribuente, l'autorità competente secondo il diritto cantonale e l'Amministrazione federale delle contribuzioni.
3    ...259
LHID). Pour le surplus, le recours est dirigé contre un arrêt rendu par une autorité judiciaire supérieure, ayant statué en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
LTF) qui ne tombe pas sous le coup des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 83 Eccezioni - Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di naturalizzazione ordinaria;
c  le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti:
c1  l'entrata in Svizzera,
c2  i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto,
c3  l'ammissione provvisoria,
c4  l'espulsione fondata sull'articolo 121 capoverso 2 della Costituzione federale e l'allontanamento,
c5  le deroghe alle condizioni d'ammissione,
c6  la proroga del permesso per frontalieri, il cambiamento di Cantone, il cambiamento d'impiego del titolare di un permesso per frontalieri, nonché il rilascio di documenti di viaggio a stranieri privi di documenti;
d  le decisioni in materia d'asilo pronunciate:
d1  dal Tribunale amministrativo federale, salvo quelle che concernono persone contro le quali è pendente una domanda d'estradizione presentata dallo Stato che hanno abbandonato in cerca di protezione,
d2  da un'autorità cantonale inferiore e concernenti un permesso o un'autorizzazione al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto;
e  le decisioni concernenti il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente contro membri di autorità o contro agenti della Confederazione;
f  le decisioni in materia di appalti pubblici se:
fbis  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti decisioni secondo l'articolo 32i della legge del 20 marzo 200963 sul trasporto di viaggiatori;
f1  non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale; sono fatti salvi i ricorsi contro gli appalti del Tribunale amministrativo federale, del Tribunale penale federale, del Tribunale federale dei brevetti, del Ministero pubblico della Confederazione e delle autorità giudiziarie cantonali superiori, o
f2  il valore stimato della commessa non raggiunge il valore soglia determinante secondo l'articolo 52 capoverso 1 in combinato disposto con l'allegato 4 numero 2 della legge federale del 21 giugno 201961 sugli appalti pubblici;
g  le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi;
h  le decisioni concernenti l'assistenza amministrativa internazionale, eccettuata l'assistenza amministrativa in materia fiscale;
i  le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile;
j  le decisioni in materia di approvvigionamento economico del Paese adottate in situazioni di grave penuria;
k  le decisioni concernenti i sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto;
l  le decisioni concernenti l'imposizione di dazi operata in base alla classificazione tariffaria o al peso delle merci;
m  le decisioni concernenti il condono o la dilazione del pagamento di tributi; in deroga alla presente disposizione, il ricorso è ammissibile contro le decisioni concernenti il condono dell'imposta federale diretta o dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o se si tratta per altri motivi di un caso particolarmente importante;
n  le decisioni in materia di energia nucleare concernenti:
n1  l'esigenza di un nulla osta o la modifica di un'autorizzazione o di una decisione,
n2  l'approvazione di un piano d'accantonamenti per le spese di smaltimento antecedenti lo spegnimento di un impianto nucleare,
n3  i nulla osta;
o  le decisioni in materia di circolazione stradale concernenti l'omologazione del tipo di veicoli;
p  le decisioni del Tribunale amministrativo federale in materia di traffico delle telecomunicazioni, radiotelevisione e poste concernenti:68
p1  concessioni oggetto di una pubblica gara,
p2  controversie secondo l'articolo 11a della legge del 30 aprile 199769 sulle telecomunicazioni;
p3  controversie secondo l'articolo 8 della legge del 17 dicembre 201071 sulle poste;
q  le decisioni in materia di medicina dei trapianti concernenti:
q1  l'iscrizione nella lista d'attesa,
q2  l'attribuzione di organi;
r  le decisioni in materia di assicurazione malattie pronunciate dal Tribunale amministrativo federale in virtù dell'articolo 3472 della legge del 17 giugno 200573 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF);
s  le decisioni in materia di agricoltura concernenti:
s1  ...
s2  la delimitazione delle zone nell'ambito del catasto della produzione;
t  le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, della formazione continua e dell'esercizio della professione;
u  le decisioni in materia di offerte pubbliche di acquisto (art. 125-141 della L del 19 giu. 201577 sull'infrastruttura finanziaria);
v  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti divergenze d'opinione tra autorità in materia di assistenza amministrativa o giudiziaria a livello nazionale;
w  le decisioni in materia di diritto dell'elettricità concernenti l'approvazione dei piani di impianti elettrici a corrente forte e di impianti elettrici a corrente debole e l'espropriazione dei diritti necessari per la costruzione o l'esercizio di siffatti impianti, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale;
x  le decisioni concernenti la concessione di contributi di solidarietà ai sensi della legge federale del 30 settembre 201681 sulle misure coercitive a scopo assistenziale e i collocamenti extrafamiliari prima del 1981, tranne se si pone una questione di diritto di importanza fondamentale o si tratta di un caso particolarmente importante per altri motivi;
y  le decisioni pronunciate dal Tribunale amministrativo federale nelle procedure amichevoli per evitare un'imposizione non conforme alla convenzione internazionale applicabile in ambito fiscale;
z  le decisioni concernenti le autorizzazioni edilizie di impianti eolici d'interesse nazionale secondo l'articolo 71c capoverso 1 lettera b della legge federale del 30 settembre 201684 sull'energia e le autorizzazioni di competenza cantonale a esse necessariamente connesse, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale.
LTF. Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
1    Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
2    Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
b  nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
c  in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198090 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198091 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
d  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195493 sui brevetti.
3    Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
b  dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
4    Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
5    Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
6    ...94
7    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
LTF) et dans les formes prescrites par la loi (art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF), le recours est donc recevable.

2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine d'office le droit fédéral (cf. art. 95 let. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
et 106 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF), ainsi que le droit cantonal harmonisé (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 210; arrêts 2C 291/2013 et 2C 292/2013 du 26 novembre 2013 consid. 2.3, non publié in ATF 140 II 88 mais in RDAF 2014 II p. 212). Il fonde son raisonnement juridique sur les faits retenus par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitraire (ATF 135 III 397 consid. 1.5 p. 401) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
LTF (cf. art 105 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF).

3.
Le litige porte sur la question de savoir si la réclamation déposée par le contribuable le 1er septembre 2011, par laquelle celui-ci a indiqué à l'Administration fiscale cantonale que deux charges de famille avaient été prises en compte au lieu de trois, était ou non tardive.
La recourante soutient que c'est à tort que la Cour de Justice a appliqué les art. 23 al. 2 LISP/GE, 137 et 138 LIFD et que celle-ci a violé les art. 39 LPFisc/GE et 132 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 132 Presupposti - 1 Contro la decisione di tassazione il contribuente può reclamare per scritto all'autorità di tassazione, entro 30 giorni dalla notificazione.
1    Contro la decisione di tassazione il contribuente può reclamare per scritto all'autorità di tassazione, entro 30 giorni dalla notificazione.
2    Il reclamo presentato contro una decisione di tassazione già esaustivamente motivata può essere trasmessa come ricorso, con il consenso del reclamante e degli altri proponenti (art. 103 cpv. 1 lett. b e 104 cpv. 1), alla commissione cantonale di ricorso in materia di imposte.
3    Il contribuente può impugnare la tassazione operata d'ufficio soltanto con il motivo che essa è manifestamente inesatta. Il reclamo dev'essere motivato e indicare eventuali mezzi di prova.
LIFD. Elle considère notamment qu'en application de l'art. 139
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 139 Rimedi giuridici - 1 Contro una decisione in materia d'imposta alla fonte, l'interessato può presentare reclamo secondo l'articolo 132.
1    Contro una decisione in materia d'imposta alla fonte, l'interessato può presentare reclamo secondo l'articolo 132.
2    Se la ritenuta alla fonte su cui verte il litigio è fondata sul diritto federale e su quello cantonale, il diritto cantonale può prevedere nelle sue disposizioni d'esecuzione che la procedura di reclamo e quella di ricorso alla commissione cantonale di ricorso siano disciplinate giusta le disposizioni della procedura cantonale determinanti per l'impugnazione e il riesame di una decisione relativa all'imposta cantonale riscossa alla fonte.
LIFD, le contribuable aurait dû présenter une réclamation contre les bordereaux rectificatifs dans le délai de trente jours prévu à l'art. 132
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 132 Presupposti - 1 Contro la decisione di tassazione il contribuente può reclamare per scritto all'autorità di tassazione, entro 30 giorni dalla notificazione.
1    Contro la decisione di tassazione il contribuente può reclamare per scritto all'autorità di tassazione, entro 30 giorni dalla notificazione.
2    Il reclamo presentato contro una decisione di tassazione già esaustivamente motivata può essere trasmessa come ricorso, con il consenso del reclamante e degli altri proponenti (art. 103 cpv. 1 lett. b e 104 cpv. 1), alla commissione cantonale di ricorso in materia di imposte.
3    Il contribuente può impugnare la tassazione operata d'ufficio soltanto con il motivo che essa è manifestamente inesatta. Il reclamo dev'essere motivato e indicare eventuali mezzi di prova.
LIFD. A cet égard, elle invoque notamment le fait que les bordereaux rectificatifs indiquaient que toute réclamation au sujet des impôts réclamés devaient être faites dans le délai de trente jours dès la remise du bordereau et le fait que le contribuable lui-même a reconnu qu'il avait fait preuve de négligence.

4.
Dans l'arrêt attaqué, pour arriver à la conclusion que la procédure de restitution de l'impôt au sens de l'art. 138
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 138 Pagamento degli arretrati e restituzione - 1 Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
1    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
2    Se ha operato una trattenuta troppo elevata, il debitore della prestazione imponibile deve restituire la differenza al contribuente.
3    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta e non è possibile procedere a una riscossione posticipata presso il medesimo, l'autorità di tassazione può obbligare il contribuente a pagare gli arretrati dell'imposta alla fonte dovuta.238
LIFD est applicable au contribuable, la Cour de justice se réfère notamment à deux arrêts du Tribunal fédéral - ATF 135 II 274 et arrêt 2C 601/2010 du 21 décembre 2010 - qui concernent notamment les art. 137
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 137 Decisione - 1 Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
1    Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
a  contesta la ritenuta d'imposta alla fonte indicata nell'attestazione di cui all'articolo 88 o 100; o
b  non ha ricevuto dal datore di lavoro l'attestazione di cui all'articolo 88 o 100.
2    Il debitore della prestazione imponibile può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento.
3    Egli è tenuto ad operare la ritenuta d'imposta alla fonte sino a quando la decisione è cresciuta in giudicato.
et 138
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 138 Pagamento degli arretrati e restituzione - 1 Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
1    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
2    Se ha operato una trattenuta troppo elevata, il debitore della prestazione imponibile deve restituire la differenza al contribuente.
3    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta e non è possibile procedere a una riscossione posticipata presso il medesimo, l'autorità di tassazione può obbligare il contribuente a pagare gli arretrati dell'imposta alla fonte dovuta.238
LIFD.

4.1. L'art. 137 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 137 Decisione - 1 Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
1    Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
a  contesta la ritenuta d'imposta alla fonte indicata nell'attestazione di cui all'articolo 88 o 100; o
b  non ha ricevuto dal datore di lavoro l'attestazione di cui all'articolo 88 o 100.
2    Il debitore della prestazione imponibile può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento.
3    Egli è tenuto ad operare la ritenuta d'imposta alla fonte sino a quando la decisione è cresciuta in giudicato.
LIFD prévoit que, lorsque le contribuable ou le débiteur d'une prestation imposable conteste le principe même ou le montant de la retenue d'impôt, il peut, jusqu'à la fin mars de l'année qui suit l'échéance de la prestation, exiger que l'autorité de taxation rende une décision relative à l'existence et l'étendue de l'assujettissement. Aux termes de l'art. 138 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 138 Pagamento degli arretrati e restituzione - 1 Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
1    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
2    Se ha operato una trattenuta troppo elevata, il debitore della prestazione imponibile deve restituire la differenza al contribuente.
3    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta e non è possibile procedere a una riscossione posticipata presso il medesimo, l'autorità di tassazione può obbligare il contribuente a pagare gli arretrati dell'imposta alla fonte dovuta.238
LIFD, lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé. L'al. 2 prévoit que lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable. Des dispositions similaires sont prévues par le droit cantonal genevois (cf. art. 21 al. 3 et 4 et 23 LISP/GE) et par l'art. 49
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 49 Procedura di riscossione dell'imposta alla fonte - 1 Il contribuente e il debitore della prestazione imponibile devono fornire a richiesta informazioni sugli elementi determinanti ai fini della riscossione dell'imposta alla fonte.
1    Il contribuente e il debitore della prestazione imponibile devono fornire a richiesta informazioni sugli elementi determinanti ai fini della riscossione dell'imposta alla fonte.
2    Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
a  contesta la ritenuta d'imposta alla fonte indicata nell'attestazione di cui all'articolo 37; o
b  non ha ricevuto dal datore di lavoro l'attestazione di cui all'articolo 37.194
2bis    Il debitore della prestazione imponibile può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento.195
2ter    Il debitore della prestazione imponibile è tenuto ad operare la ritenuta d'imposta alla fonte sino a quando la decisione è cresciuta in giudicato.196
3    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
4    Se ha operato una ritenuta d'imposta troppo elevata, il debitore della prestazione imponibile deve restituire la differenza al contribuente.
5    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta e non è possibile procedere a una riscossione posticipata presso il medesimo, l'autorità di tassazione può obbligare il contribuente a pagare gli arretrati dell'imposta alla fonte dovuta.197
LHID.

4.2. Dans l'ATF 135 II 274, le Tribunal fédéral a examiné le rapport entre les art. 137
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 137 Decisione - 1 Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
1    Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
a  contesta la ritenuta d'imposta alla fonte indicata nell'attestazione di cui all'articolo 88 o 100; o
b  non ha ricevuto dal datore di lavoro l'attestazione di cui all'articolo 88 o 100.
2    Il debitore della prestazione imponibile può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento.
3    Egli è tenuto ad operare la ritenuta d'imposta alla fonte sino a quando la decisione è cresciuta in giudicato.
et 138
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 138 Pagamento degli arretrati e restituzione - 1 Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
1    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
2    Se ha operato una trattenuta troppo elevata, il debitore della prestazione imponibile deve restituire la differenza al contribuente.
3    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta e non è possibile procedere a una riscossione posticipata presso il medesimo, l'autorità di tassazione può obbligare il contribuente a pagare gli arretrati dell'imposta alla fonte dovuta.238
LIFD. L'affaire concernait un travailleur italien dont l'employeur avait appliqué un taux d'imposition erroné, ce que le contribuable n'avait contesté qu'après le délai d'échéance fixé à l'art. 137 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 137 Decisione - 1 Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
1    Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
a  contesta la ritenuta d'imposta alla fonte indicata nell'attestazione di cui all'articolo 88 o 100; o
b  non ha ricevuto dal datore di lavoro l'attestazione di cui all'articolo 88 o 100.
2    Il debitore della prestazione imponibile può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento.
3    Egli è tenuto ad operare la ritenuta d'imposta alla fonte sino a quando la decisione è cresciuta in giudicato.
LIFD. La requête du contribuable avait été rejetée, au motif qu'elle était tardive. Le Tribunal fédéral a d'abord relevé que lorsqu'une décision selon l'art. 137 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 137 Decisione - 1 Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
1    Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
a  contesta la ritenuta d'imposta alla fonte indicata nell'attestazione di cui all'articolo 88 o 100; o
b  non ha ricevuto dal datore di lavoro l'attestazione di cui all'articolo 88 o 100.
2    Il debitore della prestazione imponibile può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento.
3    Egli è tenuto ad operare la ritenuta d'imposta alla fonte sino a quando la decisione è cresciuta in giudicato.
LIFD a été requise dans les délais, le prononcé y relatif, dans la mesure où il n'est pas attaqué, entre en force (ATF 135 II 274 consid. 5.1. p. 279, in RDAF 2010 II p. 168). Une telle décision peut concerner le principe même ou le montant de l'assujettissement (ATF 135 II 274 consid. 5.1. p. 279, in RDAF 2010 II p. 168). En revanche, lorsque le contribuable ou le débiteur de la prestation imposable n'ont pas demandé de décision dans le délai prescrit, les conséquences en sont "moins évidentes" (cf. arrêt 2C 684/2012 du 5 mars 2013 consid. 5.2). En effet, l'auto-taxation n'est en principe pas une décision en soi, car ni le contribuable ni le débiteur n'ont autorité pour rendre des décisions (ATF 135 II 274 consid. 5.3.1 p. 172, in RDAF 2010 II p. 168). Il n'est dès lors
pas justifié d'assimiler l'auto-taxation à une décision entrée en force et il n'est pas possible de déduire de l'art. 137
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 137 Decisione - 1 Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
1    Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
a  contesta la ritenuta d'imposta alla fonte indicata nell'attestazione di cui all'articolo 88 o 100; o
b  non ha ricevuto dal datore di lavoro l'attestazione di cui all'articolo 88 o 100.
2    Il debitore della prestazione imponibile può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento.
3    Egli è tenuto ad operare la ritenuta d'imposta alla fonte sino a quando la decisione è cresciuta in giudicato.
LIFD qu'à la fin du mois de mars de chaque année, la retenue d'impôt de l'année précédente entre en force, même sans décision formelle (cf. ATF 135 II 274 consid. 5.3.3 et 5.4 p. 282, in RDAF 2010 II p. 168). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a dès lors jugé qu'après l'échéance du délai à fin mars prévu à l'art. 137
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 137 Decisione - 1 Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
1    Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
a  contesta la ritenuta d'imposta alla fonte indicata nell'attestazione di cui all'articolo 88 o 100; o
b  non ha ricevuto dal datore di lavoro l'attestazione di cui all'articolo 88 o 100.
2    Il debitore della prestazione imponibile può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento.
3    Egli è tenuto ad operare la ritenuta d'imposta alla fonte sino a quando la decisione è cresciuta in giudicato.
LIFD, il n'est plus possible de soulever des contestations sur le principe de l'assujettissement fiscal, mais la possibilité demeure non seulement pour l'autorité de taxation d'exiger un éventuel paiement complémentaire au sens de l'art. 138 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 138 Pagamento degli arretrati e restituzione - 1 Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
1    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
2    Se ha operato una trattenuta troppo elevata, il debitore della prestazione imponibile deve restituire la differenza al contribuente.
3    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta e non è possibile procedere a una riscossione posticipata presso il medesimo, l'autorità di tassazione può obbligare il contribuente a pagare gli arretrati dell'imposta alla fonte dovuta.238
LIFD, mais également pour le débiteur de la prestation imposable de réclamer la restitution de l'impôt payé en trop.

4.3. Dans l'arrêt 2C 601/2010, le Tribunal fédéral a admis le recours d'une contribuable étrangère exerçant une activité lucrative soumise au régime de l'impôt à la source qui s'était vue appliquer un barème erroné par son employeur et qui n'avait obtenu des autorités judiciaires ni décision d'irrecevabilité, ni décision sur le fond au sujet de son imposition, les autorités se contentant de statuer sur l'imposition du mari uniquement (cf. arrêt 2C 601/2010 du 21 décembre 2010). En se fondant sur l'ATF 135 II 274, le Tribunal fédéral a conclu que la contribuable avait droit à ce que sa situation soit examinée.

4.4. Force est de constater que, contrairement à ce que soutient la Cour de Justice, les faits des deux arrêts précités se distinguent de ceux de la présente affaire. En effet, contrairement au cas d'espèce, dans les deux affaires précitées, le contribuable avait uniquement fait l'objet d'une retenue d'impôt dans le cadre de la procédure d'auto-taxation. Aucune décision de rectification d'imposition n'avait été notifiée par l'administration fiscale. Or, en l'espèce, l'intimé a précisément reçu des décisions de l'Administration fiscale cantonale. C'est dès lors à tort que la Cour de Justice s'est basée sur ces arrêts pour conclure que la procédure de restitution prévue aux art. 138 al. 2
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 138 Pagamento degli arretrati e restituzione - 1 Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
1    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
2    Se ha operato una trattenuta troppo elevata, il debitore della prestazione imponibile deve restituire la differenza al contribuente.
3    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta e non è possibile procedere a una riscossione posticipata presso il medesimo, l'autorità di tassazione può obbligare il contribuente a pagare gli arretrati dell'imposta alla fonte dovuta.238
LIFD et 21 al. 3 et 4 LISP était applicable au contribuable.
Il s'agit encore de déterminer si la réclamation déposée par le contribuable le 1er septembre 2011 l'a été en temps utile.

5.

5.1. L'art. 139 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 139 Rimedi giuridici - 1 Contro una decisione in materia d'imposta alla fonte, l'interessato può presentare reclamo secondo l'articolo 132.
1    Contro una decisione in materia d'imposta alla fonte, l'interessato può presentare reclamo secondo l'articolo 132.
2    Se la ritenuta alla fonte su cui verte il litigio è fondata sul diritto federale e su quello cantonale, il diritto cantonale può prevedere nelle sue disposizioni d'esecuzione che la procedura di reclamo e quella di ricorso alla commissione cantonale di ricorso siano disciplinate giusta le disposizioni della procedura cantonale determinanti per l'impugnazione e il riesame di una decisione relativa all'imposta cantonale riscossa alla fonte.
LIFD prévoit que l'intéressé peut s'opposer à une décision en matière d'imposition à la source en présentant une réclamation selon l'art. 132
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 132 Presupposti - 1 Contro la decisione di tassazione il contribuente può reclamare per scritto all'autorità di tassazione, entro 30 giorni dalla notificazione.
1    Contro la decisione di tassazione il contribuente può reclamare per scritto all'autorità di tassazione, entro 30 giorni dalla notificazione.
2    Il reclamo presentato contro una decisione di tassazione già esaustivamente motivata può essere trasmessa come ricorso, con il consenso del reclamante e degli altri proponenti (art. 103 cpv. 1 lett. b e 104 cpv. 1), alla commissione cantonale di ricorso in materia di imposte.
3    Il contribuente può impugnare la tassazione operata d'ufficio soltanto con il motivo che essa è manifestamente inesatta. Il reclamo dev'essere motivato e indicare eventuali mezzi di prova.
LIFD, soit dans un délai de trente jours à compter de la notification d'une décision au sens de l'art. 137
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 137 Decisione - 1 Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
1    Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
a  contesta la ritenuta d'imposta alla fonte indicata nell'attestazione di cui all'articolo 88 o 100; o
b  non ha ricevuto dal datore di lavoro l'attestazione di cui all'articolo 88 o 100.
2    Il debitore della prestazione imponibile può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento.
3    Egli è tenuto ad operare la ritenuta d'imposta alla fonte sino a quando la decisione è cresciuta in giudicato.
LIFD (cf. ANDREA PEDROLI, in Commentaire romand de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2008, n° 1 ad art 139
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 139 Rimedi giuridici - 1 Contro una decisione in materia d'imposta alla fonte, l'interessato può presentare reclamo secondo l'articolo 132.
1    Contro una decisione in materia d'imposta alla fonte, l'interessato può presentare reclamo secondo l'articolo 132.
2    Se la ritenuta alla fonte su cui verte il litigio è fondata sul diritto federale e su quello cantonale, il diritto cantonale può prevedere nelle sue disposizioni d'esecuzione che la procedura di reclamo e quella di ricorso alla commissione cantonale di ricorso siano disciplinate giusta le disposizioni della procedura cantonale determinanti per l'impugnazione e il riesame di una decisione relativa all'imposta cantonale riscossa alla fonte.
LIFD). Le droit cantonal contient une disposition similaire. En effet, aux termes de l'art. 39 al. 1 LPFisc/GE, le contribuable peut adresser au département une réclamation écrite contre la décision de taxation, dans les trente jours qui suivent sa notification.

5.2. En l'espèce, à la suite des demandes du contribuable à bénéficier de déductions, l'Administration fiscale cantonale lui a notifié quatre bordereaux rectificatifs, qui mentionnaient que les charges d'enfants admises étaient au nombre de deux. Ces décisions de l'Administration fiscale cantonale, qui indiquaient expressément le droit pour tout contribuable qui souhaite contester sa taxation d'adresser une réclamation dans les trente jours dès la notification du bordereau, constituent des décisions en matière d'imposition à la source au sens de l'art. 139
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 139 Rimedi giuridici - 1 Contro una decisione in materia d'imposta alla fonte, l'interessato può presentare reclamo secondo l'articolo 132.
1    Contro una decisione in materia d'imposta alla fonte, l'interessato può presentare reclamo secondo l'articolo 132.
2    Se la ritenuta alla fonte su cui verte il litigio è fondata sul diritto federale e su quello cantonale, il diritto cantonale può prevedere nelle sue disposizioni d'esecuzione che la procedura di reclamo e quella di ricorso alla commissione cantonale di ricorso siano disciplinate giusta le disposizioni della procedura cantonale determinanti per l'impugnazione e il riesame di una decisione relativa all'imposta cantonale riscossa alla fonte.
LIFD. Elles auraient dû - comme les décisions de taxation ordinaire - être attaquées par le contribuable dans le délai de trente jours prévu à l'art. 132 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 132 Presupposti - 1 Contro la decisione di tassazione il contribuente può reclamare per scritto all'autorità di tassazione, entro 30 giorni dalla notificazione.
1    Contro la decisione di tassazione il contribuente può reclamare per scritto all'autorità di tassazione, entro 30 giorni dalla notificazione.
2    Il reclamo presentato contro una decisione di tassazione già esaustivamente motivata può essere trasmessa come ricorso, con il consenso del reclamante e degli altri proponenti (art. 103 cpv. 1 lett. b e 104 cpv. 1), alla commissione cantonale di ricorso in materia di imposte.
3    Il contribuente può impugnare la tassazione operata d'ufficio soltanto con il motivo che essa è manifestamente inesatta. Il reclamo dev'essere motivato e indicare eventuali mezzi di prova.
LIFD. En effet, sur ce point, rien ne justifie de distinguer la situation des personnes assujetties à l'impôt à la source de celles soumises à la taxation ordinaire.
Dans la mesure où elles n'ont pas été attaquées dans le délai légal, les décisions de l'Administration fiscale cantonale sont entrées en force. Il reste à examiner si le contribuable se trouvait dans une situation telle que l'inobservation du délai était excusable.

5.3. Aux termes de l'art. 133 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 133 Termini - 1 Il termine decorre dal giorno successivo alla notificazione. È reputato osservato se l'opposizione perviene all'autorità di tassazione o è consegnata a un ufficio postale svizzero ovvero a una rappresentanza diplomatica o consolare svizzera all'estero il giorno della scadenza. Se questo giorno è un sabato, una domenica o un giorno riconosciuto festivo dallo Stato, il termine scade il primo giorno feriale seguente.
1    Il termine decorre dal giorno successivo alla notificazione. È reputato osservato se l'opposizione perviene all'autorità di tassazione o è consegnata a un ufficio postale svizzero ovvero a una rappresentanza diplomatica o consolare svizzera all'estero il giorno della scadenza. Se questo giorno è un sabato, una domenica o un giorno riconosciuto festivo dallo Stato, il termine scade il primo giorno feriale seguente.
2    Il reclamo presentato a un ufficio incompetente dev'essere trasmesso senza indugio all'autorità di tassazione competente. Il termine di presentazione del reclamo è reputato osservato se quest'ultimo è giunto all'ufficio incompetente o è consegnato a un ufficio postale svizzero il giorno della scadenza.
3    L'autorità entra nel merito di opposizioni tardive soltanto se il contribuente prova che, per servizio militare o servizio civile, malattia, assenza dal Paese o altri motivi rilevanti, è stato impedito di presentarle in tempo o di averle inoltrate entro 30 giorni dal momento in cui gli impedimenti sono cessati.235
LIFD, une réclamation tardive n'est recevable que si le contribuable établit que par suite de service militaire, de service civil, de maladie, d'absence du pays ou pour d'autres motifs sérieux, il a été empêché de présenter sa réclamation en temps utile et qu'il l'a déposée dans les trente jours après la fin de l'empêchement. L'art. 41 al. 3 LPFisc/GE a la même teneur. La restitution du délai de réclamation suppose que le contribuable n'a pas respecté le délai légal en raison d'un empêchement imprévisible dont la survenance ne lui est pas imputable à faute (cf. arrêts 2P.259/2006 du 18 avril 2007 consid. 3.2; 2A.248/2003 du 8 août 2003, consid. 3 et les références citées). En l'espèce, le contribuable n'a allégué d'empêchement de cette nature ni en procédure cantonale ni devant le Tribunal fédéral. Au contraire, il a lui-même reconnu dans sa réclamation qu'il avait commis une erreur et que sa demande tardive était due à son inattention, ce qui ne constitue pas un motif de restitution (cf. HUGO CASANOVA, in Commentaire romand LIFD, 2008, n o 13 ad art. 133
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 133 Termini - 1 Il termine decorre dal giorno successivo alla notificazione. È reputato osservato se l'opposizione perviene all'autorità di tassazione o è consegnata a un ufficio postale svizzero ovvero a una rappresentanza diplomatica o consolare svizzera all'estero il giorno della scadenza. Se questo giorno è un sabato, una domenica o un giorno riconosciuto festivo dallo Stato, il termine scade il primo giorno feriale seguente.
1    Il termine decorre dal giorno successivo alla notificazione. È reputato osservato se l'opposizione perviene all'autorità di tassazione o è consegnata a un ufficio postale svizzero ovvero a una rappresentanza diplomatica o consolare svizzera all'estero il giorno della scadenza. Se questo giorno è un sabato, una domenica o un giorno riconosciuto festivo dallo Stato, il termine scade il primo giorno feriale seguente.
2    Il reclamo presentato a un ufficio incompetente dev'essere trasmesso senza indugio all'autorità di tassazione competente. Il termine di presentazione del reclamo è reputato osservato se quest'ultimo è giunto all'ufficio incompetente o è consegnato a un ufficio postale svizzero il giorno della scadenza.
3    L'autorità entra nel merito di opposizioni tardive soltanto se il contribuente prova che, per servizio militare o servizio civile, malattia, assenza dal Paese o altri motivi rilevanti, è stato impedito di presentarle in tempo o di averle inoltrate entro 30 giorni dal momento in cui gli impedimenti sono cessati.235
LIFD et la référence citée). Les conditions d'une réclamation tardive prévues à l'art. 133 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 133 Termini - 1 Il termine decorre dal giorno successivo alla notificazione. È reputato osservato se l'opposizione perviene all'autorità di tassazione o è consegnata a un ufficio postale svizzero ovvero a una rappresentanza diplomatica o consolare svizzera all'estero il giorno della scadenza. Se questo giorno è un sabato, una domenica o un giorno riconosciuto festivo dallo Stato, il termine scade il primo giorno feriale seguente.
1    Il termine decorre dal giorno successivo alla notificazione. È reputato osservato se l'opposizione perviene all'autorità di tassazione o è consegnata a un ufficio postale svizzero ovvero a una rappresentanza diplomatica o consolare svizzera all'estero il giorno della scadenza. Se questo giorno è un sabato, una domenica o un giorno riconosciuto festivo dallo Stato, il termine scade il primo giorno feriale seguente.
2    Il reclamo presentato a un ufficio incompetente dev'essere trasmesso senza indugio all'autorità di tassazione competente. Il termine di presentazione del reclamo è reputato osservato se quest'ultimo è giunto all'ufficio incompetente o è consegnato a un ufficio postale svizzero il giorno della scadenza.
3    L'autorità entra nel merito di opposizioni tardive soltanto se il contribuente prova che, per servizio militare o servizio civile, malattia, assenza dal Paese o altri motivi rilevanti, è stato impedito di presentarle in tempo o di averle inoltrate entro 30 giorni dal momento in cui gli impedimenti sono cessati.235
LIFD, respectivement à l'art. 41 al. 3
LPFisc/GE, ne sont par conséquent pas remplies.

5.4. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours et à l'annulation de l'arrêt attaqué.

Succombant, l'intimé doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
LTF). Il y a lieu de rappeler qu'une partie intimée qui, invitée à présenter ses conclusions, ne formule aucune conclusion devant le Tribunal fédéral est réputée succomber (arrêt 2C 785/2013 du 28 mai 2014 consid. 6; cf. également BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, no 38 ad art. 66
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
LTF). Il n'est pas alloué de dépens à l'Administration fiscale cantonale (art. 68 al. 3
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF).

La Cour de céans ne fera pas usage de la faculté prévue à l'art. 67
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 67 Spese del procedimento anteriore - Se modifica la decisione impugnata, il Tribunale federale può ripartire diversamente le spese del procedimento anteriore.
LTF et la cause sera renvoyée à la Cour de justice, afin qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est admis.

2.
L'arrêt de la Cour de Justice du canton de Genève du 7 janvier 2014 est annulé et les décisions sur réclamation de l'Administration fiscale cantonale genevoise du 18 novembre 2011 sont confirmées.

3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.

4.
La cause est renvoyée à la Cour de Justice du canton de Genève pour qu'elle statue sur les frais et dépens de la procédure cantonale.

5.
Le présent arrêt est communiqué à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à X.________, à la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève, 1ère section, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 29 octobre 2014
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Zünd

La Greffière : Thalmann