Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C_168/2014

{T 0/2}

Arrêt du 29 octobre 2014

IIe Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Zünd, Président,
Donzallaz et Kneubühler.
Greffière: Mme Thalmann.

Participants à la procédure
Administration fiscale cantonale du canton de Genève,
recourante,

contre

X.________, intimé.

Objet
Impôt à la source fédéral, cantonal et communal 2006 à 2009,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, du 7 janvier 2014.

Faits :

A.
Durant les années 2006 à 2009, X.________ (ci-après: le contribuable), domicilié en France, a exercé une activité lucrative dépendante à Genève soumise au régime de l'impôt à la source. Il est marié et père de trois enfants, nés respectivement en 1997, 1998 et 2005. Ces naissances étaient connues de la Centrale de compensation de la Caisse suisse de compensation, mais n'ont pas été portées à la connaissance de l'Office cantonal de la population du canton de Genève (devenu, depuis lors, l'Office cantonal de la population et des migrations du canton de Genève).

L'employeur de X.________ a rempli des attestations-quittances concernant l'impôt à la source pour les années 2006, 2007, 2008 et 2009. L'attestation-quittance remise le 31 janvier 2008 pour la période d'assujettissement du 1er mai 2007 au 31 juillet 2007 et du 10 septembre 2007 au 31 décembre 2007 mentionnait l'application du barème B7 (applicable aux contribuables avec trois enfants à charge), mais indiquait que l'intéressé n'avait pas d'enfants. Une deuxième attestation-quittance du 30 janvier 2008 pour la période d'assujettissement du 1er au 31 août 2007 mentionnait l'utilisation du barème B8 (également applicable aux contribuables avec trois enfants à charge) et indiquait que X.________ avait trois enfants.

A la suite de demandes de déduction formulées par le contribuable, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) lui a notifié quatre décisions de rectification de l'impôt à la source, le 27 octobre 2008 pour les années 2006 et 2007, le 26 janvier 2010 pour l'année 2008 et le 19 octobre 2010 pour l'année 2009. Ces décisions mentionnaient le barème d'imposition B5 (applicable aux contribuables avec deux enfants à charge) et indiquaient "charge (s) admise (s) : 2".

B.

B.a. Le 1er septembre 2011, par pli déposé au guichet de l'Administration fiscale cantonale, X.________ a demandé à l'Administration fiscale cantonale de rectifier son imposition pour les années 2006 à 2009, dans la mesure où il n'avait pas été tenu compte du fait qu'il avait trois enfants à charge et non deux. La réclamation était motivée comme suit: "Afin de justifier ma demande tardive et hors délai légal de réclamation, je vous informe que je ne prêtais jusqu'à cette année pas attention au détail du courrier et je me contentais de payer les bordereaux joints en faisant confiance au calcul de vos services."
Par trois décisions datées du 18 novembre 2011, l'Administration fiscale cantonale a déclaré que les réclamations du recourant étaient irrecevables, car tardives, ces dernières n'ayant pas été présentées dans le délai légal de trente jours dès réception des bordereaux prévu à l'art. 39 de la loi genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale (LPFisc/GE; RSGE D 3 17).

B.b. Par trois actes du 22 décembre 2011, X.________ a recouru contre ces décisions auprès du Tribunal administratif de première instance de Genève (ci-après: le Tribunal administratif). Par jugement du 26 novembre 2012, le Tribunal administratif a rejeté les recours, au motif que la réclamation du contribuable n'avait pas été formulée dans le délai légal fixé à l'art. 23 al. 2 let. a de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales (LISP/GE; RSGE D 3 20).

B.c. Saisi d'un recours de X.________, la Chambre administrative de la Cour de Justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de Justice) l'a admis, par arrêt du 7 janvier 2014. Elle a annulé le jugement du Tribunal administratif ainsi que les décisions sur réclamation de l'Administration fiscale cantonale et renvoyé la cause à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle calcule l'impôt à restituer ainsi que les intérêts rémunératoires y associés. La Cour de Justice a retenu, en substance, que la demande du contribuable du 1er septembre 2011 était une demande de restitution au sens des art. 138 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 138 Nachforderung und Rückerstattung - 1 Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung den Steuerabzug nicht oder ungenügend vorgenommen, so verpflichtet ihn die Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung. Der Rückgriff des Schuldners auf den Steuerpflichtigen bleibt vorbehalten.
1    Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung den Steuerabzug nicht oder ungenügend vorgenommen, so verpflichtet ihn die Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung. Der Rückgriff des Schuldners auf den Steuerpflichtigen bleibt vorbehalten.
2    Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung einen zu hohen Steuerabzug vorgenommen, so muss er dem Steuerpflichtigen die Differenz zurückzahlen.
3    Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung der von ihr geschuldeten Quellensteuer verpflichtet werden, wenn die ausbezahlte steuerbare Leistung nicht oder nicht vollständig um die Quellensteuer gekürzt wurde und ein Nachbezug beim Schuldner der steuerbaren Leistung nicht möglich ist.238
LIFD et 21 al. 4 LISP/GE et qu'elle avait été déposée en temps utile, à savoir dans les cinq ans à compter de la connaissance par le contribuable du motif de la restitution et dans les dix ans après la fin des années où le paiement a eu lieu (art. 32 al. 2 de la loi genevoise du 26 juin 2008 relative à la perception et aux garanties des impôts des personnes physiques et morales [LPGIP/GE; RSGE D 3 18] appliqué par analogie).

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de Justice du 7 janvier 2014, de confirmer ses décisions sur réclamation du 18 novembre 2011 et les bordereaux rectificatifs d'imposition à la source 2006 du 27 octobre 2008, 2007 du 27 octobre 2008, 2008 du 26 janvier 2010 et 2009 du 19 octobre 2010.

Le contribuable ne s'est pas déterminé. La Cour de justice n'a pas formulé d'observations, s'en remettant à justice quant à la recevabilité du recours et persistant dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours.

Considérant en droit :

1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (cf. art. 29 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 29 Prüfung - 1 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit von Amtes wegen.
1    Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit von Amtes wegen.
2    Bestehen Zweifel, ob das Bundesgericht oder eine andere Behörde zuständig ist, so führt das Gericht mit dieser Behörde einen Meinungsaustausch.
LTF) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 136 II 101 consid. 1 p. 103).

1.1. L'arrêt attaqué admet le recours du contribuable, déclare les réclamations de celui-ci recevables et renvoie la cause à l'Administration fiscale cantonale. Dans cette mesure, il s'agit d'une décision incidente, qui est susceptible d'un recours devant le Tribunal fédéral notamment si elle peut causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 93 Andere Vor- und Zwischenentscheide - 1 Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
1    Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
a  wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können; oder
b  wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde.
2    Auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und dem Gebiet des Asyls sind Vor- und Zwischenentscheide nicht anfechtbar.85 Vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Entscheide über die Auslieferungshaft sowie über die Beschlagnahme von Vermögenswerten und Wertgegenständen, sofern die Voraussetzungen von Absatz 1 erfüllt sind.
3    Ist die Beschwerde nach den Absätzen 1 und 2 nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, so sind die betreffenden Vor- und Zwischenentscheide durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken.
LTF). Selon la jurisprudence, est réputée subir un préjudice irréparable, au sens de cette disposition, l'autorité qui devrait, à la suite d'une décision de renvoi, rendre une nouvelle décision qui, de son point de vue, serait contraire au droit, sans pouvoir par la suite la remettre en cause devant l'instance supérieure (cf. arrêt 2C_805/2013 du 21 mars 2014 consid. 1.1, non publié in ATF 140 II 202; ATF 134 II 124 consid. 1.3 p. 128). Tel est le cas en l'espèce, de sorte que l'arrêt attaqué peut faire séparément l'objet d'un recours au Tribunal fédéral.

1.2. C'est en application des art. 139 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 139 Rechtsmittel - 1 Gegen eine Verfügung über die Quellensteuer kann der Betroffene Einsprache nach Artikel 132 erheben.
1    Gegen eine Verfügung über die Quellensteuer kann der Betroffene Einsprache nach Artikel 132 erheben.
2    Das kantonale Recht kann in seinen Vollzugsvorschriften bestimmen, dass sich das Einspracheverfahren und das Verfahren vor der kantonalen Rekurskommission nach den für die Anfechtung und Überprüfung eines Entscheides über kantonalrechtliche Quellensteuern massgebenden kantonalen Verfahrensvorschriften richtet, wenn der streitige Quellensteuerabzug sowohl auf Bundesrecht wie auf kantonalem Recht beruht.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), 17 LISP/GE, ainsi que 6 et 7 LPFisc/GE que l'instance précédente n'a rendu qu'une décision comprenant l'impôt à la source fédéral, cantonal et communal. Il n'y a pas lieu de distinguer, en matière d'imposition à la source, comme l'exige la jurisprudence en matière d'impôt direct ordinaire (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264; 130 II 509 consid. 8.3 p. 511), l'examen de l'impôt fédéral direct de celui de l'impôt cantonal et communal harmonisé, le recours en matière de droit public étant ouvert dans les deux cas pour violation du droit fédéral; l'art. 73
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) ne revêt plus de portée propre en l'espèce (cf. arrêts 2C_236/2010 du 14 octobre 2010 consid. 1.2; 2C_215/2009 du 1er octobre 2009 consid. 1.3 in RDAF 2010 II 451).

1.3. La qualité pour recourir de l'Administration fiscale cantonale doit être admise (art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF en relation avec l'art. 73 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
et 2
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
LHID). Pour le surplus, le recours est dirigé contre un arrêt rendu par une autorité judiciaire supérieure, ayant statué en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF) qui ne tombe pas sous le coup des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF. Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF) et dans les formes prescrites par la loi (art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF), le recours est donc recevable.

2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine d'office le droit fédéral (cf. art. 95 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
et 106 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF), ainsi que le droit cantonal harmonisé (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 210; arrêts 2C_291/2013 et 2C_292/2013 du 26 novembre 2013 consid. 2.3, non publié in ATF 140 II 88 mais in RDAF 2014 II p. 212). Il fonde son raisonnement juridique sur les faits retenus par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitraire (ATF 135 III 397 consid. 1.5 p. 401) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF (cf. art 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF).

3.
Le litige porte sur la question de savoir si la réclamation déposée par le contribuable le 1er septembre 2011, par laquelle celui-ci a indiqué à l'Administration fiscale cantonale que deux charges de famille avaient été prises en compte au lieu de trois, était ou non tardive.
La recourante soutient que c'est à tort que la Cour de Justice a appliqué les art. 23 al. 2 LISP/GE, 137 et 138 LIFD et que celle-ci a violé les art. 39 LPFisc/GE et 132 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 132 Voraussetzungen - 1 Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
1    Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
2    Richtet sich die Einsprache gegen eine einlässlich begründete Veranlagungsverfügung, so kann sie mit Zustimmung des Einsprechers und der übrigen Antragsteller (Art. 103 Abs. 1 Bst. b und 104 Abs. 1) als Beschwerde an die kantonale Steuerrekurskommission weitergeleitet werden.
3    Eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen.
LIFD. Elle considère notamment qu'en application de l'art. 139
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 139 Rechtsmittel - 1 Gegen eine Verfügung über die Quellensteuer kann der Betroffene Einsprache nach Artikel 132 erheben.
1    Gegen eine Verfügung über die Quellensteuer kann der Betroffene Einsprache nach Artikel 132 erheben.
2    Das kantonale Recht kann in seinen Vollzugsvorschriften bestimmen, dass sich das Einspracheverfahren und das Verfahren vor der kantonalen Rekurskommission nach den für die Anfechtung und Überprüfung eines Entscheides über kantonalrechtliche Quellensteuern massgebenden kantonalen Verfahrensvorschriften richtet, wenn der streitige Quellensteuerabzug sowohl auf Bundesrecht wie auf kantonalem Recht beruht.
LIFD, le contribuable aurait dû présenter une réclamation contre les bordereaux rectificatifs dans le délai de trente jours prévu à l'art. 132
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 132 Voraussetzungen - 1 Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
1    Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
2    Richtet sich die Einsprache gegen eine einlässlich begründete Veranlagungsverfügung, so kann sie mit Zustimmung des Einsprechers und der übrigen Antragsteller (Art. 103 Abs. 1 Bst. b und 104 Abs. 1) als Beschwerde an die kantonale Steuerrekurskommission weitergeleitet werden.
3    Eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen.
LIFD. A cet égard, elle invoque notamment le fait que les bordereaux rectificatifs indiquaient que toute réclamation au sujet des impôts réclamés devaient être faites dans le délai de trente jours dès la remise du bordereau et le fait que le contribuable lui-même a reconnu qu'il avait fait preuve de négligence.

4.
Dans l'arrêt attaqué, pour arriver à la conclusion que la procédure de restitution de l'impôt au sens de l'art. 138
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 138 Nachforderung und Rückerstattung - 1 Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung den Steuerabzug nicht oder ungenügend vorgenommen, so verpflichtet ihn die Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung. Der Rückgriff des Schuldners auf den Steuerpflichtigen bleibt vorbehalten.
1    Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung den Steuerabzug nicht oder ungenügend vorgenommen, so verpflichtet ihn die Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung. Der Rückgriff des Schuldners auf den Steuerpflichtigen bleibt vorbehalten.
2    Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung einen zu hohen Steuerabzug vorgenommen, so muss er dem Steuerpflichtigen die Differenz zurückzahlen.
3    Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung der von ihr geschuldeten Quellensteuer verpflichtet werden, wenn die ausbezahlte steuerbare Leistung nicht oder nicht vollständig um die Quellensteuer gekürzt wurde und ein Nachbezug beim Schuldner der steuerbaren Leistung nicht möglich ist.238
LIFD est applicable au contribuable, la Cour de justice se réfère notamment à deux arrêts du Tribunal fédéral - ATF 135 II 274 et arrêt 2C_601/2010 du 21 décembre 2010 - qui concernent notamment les art. 137
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 137 Verfügung - 1 Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen, wenn sie:
1    Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen, wenn sie:
a  mit dem Quellensteuerabzug gemäss Bescheinigung nach Artikel 88 oder 100 nicht einverstanden ist; oder
b  die Bescheinigung nach Artikel 88 oder 100 vom Arbeitgeber nicht erhalten hat.
2    Der Schuldner der steuerbaren Leistung kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen.
3    Er bleibt bis zum rechtskräftigen Entscheid verpflichtet, die Quellensteuer zu erheben.
et 138
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 138 Nachforderung und Rückerstattung - 1 Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung den Steuerabzug nicht oder ungenügend vorgenommen, so verpflichtet ihn die Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung. Der Rückgriff des Schuldners auf den Steuerpflichtigen bleibt vorbehalten.
1    Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung den Steuerabzug nicht oder ungenügend vorgenommen, so verpflichtet ihn die Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung. Der Rückgriff des Schuldners auf den Steuerpflichtigen bleibt vorbehalten.
2    Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung einen zu hohen Steuerabzug vorgenommen, so muss er dem Steuerpflichtigen die Differenz zurückzahlen.
3    Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung der von ihr geschuldeten Quellensteuer verpflichtet werden, wenn die ausbezahlte steuerbare Leistung nicht oder nicht vollständig um die Quellensteuer gekürzt wurde und ein Nachbezug beim Schuldner der steuerbaren Leistung nicht möglich ist.238
LIFD.

4.1. L'art. 137 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 137 Verfügung - 1 Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen, wenn sie:
1    Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen, wenn sie:
a  mit dem Quellensteuerabzug gemäss Bescheinigung nach Artikel 88 oder 100 nicht einverstanden ist; oder
b  die Bescheinigung nach Artikel 88 oder 100 vom Arbeitgeber nicht erhalten hat.
2    Der Schuldner der steuerbaren Leistung kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen.
3    Er bleibt bis zum rechtskräftigen Entscheid verpflichtet, die Quellensteuer zu erheben.
LIFD prévoit que, lorsque le contribuable ou le débiteur d'une prestation imposable conteste le principe même ou le montant de la retenue d'impôt, il peut, jusqu'à la fin mars de l'année qui suit l'échéance de la prestation, exiger que l'autorité de taxation rende une décision relative à l'existence et l'étendue de l'assujettissement. Aux termes de l'art. 138 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 138 Nachforderung und Rückerstattung - 1 Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung den Steuerabzug nicht oder ungenügend vorgenommen, so verpflichtet ihn die Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung. Der Rückgriff des Schuldners auf den Steuerpflichtigen bleibt vorbehalten.
1    Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung den Steuerabzug nicht oder ungenügend vorgenommen, so verpflichtet ihn die Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung. Der Rückgriff des Schuldners auf den Steuerpflichtigen bleibt vorbehalten.
2    Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung einen zu hohen Steuerabzug vorgenommen, so muss er dem Steuerpflichtigen die Differenz zurückzahlen.
3    Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung der von ihr geschuldeten Quellensteuer verpflichtet werden, wenn die ausbezahlte steuerbare Leistung nicht oder nicht vollständig um die Quellensteuer gekürzt wurde und ein Nachbezug beim Schuldner der steuerbaren Leistung nicht möglich ist.238
LIFD, lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé. L'al. 2 prévoit que lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable. Des dispositions similaires sont prévues par le droit cantonal genevois (cf. art. 21 al. 3 et 4 et 23 LISP/GE) et par l'art. 49
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 49 Verfahren bei Erhebung der Quellensteuer - 1 Der Steuerpflichtige und der Schuldner der steuerbaren Leistung müssen auf Verlangen über die für die Erhebung der Quellensteuer massgebenden Verhältnisse Auskunft erteilen.
1    Der Steuerpflichtige und der Schuldner der steuerbaren Leistung müssen auf Verlangen über die für die Erhebung der Quellensteuer massgebenden Verhältnisse Auskunft erteilen.
2    Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen, wenn sie:
a  mit dem Quellensteuerabzug gemäss Bescheinigung nach Artikel 37 nicht einverstanden ist; oder
b  die Bescheinigung nach Artikel 37 vom Arbeitgeber nicht erhalten hat.191
2bis    Der Schuldner der steuerbaren Leistung kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen.192
2ter    Er bleibt bis zum rechtskräftigen Entscheid verpflichtet, die Quellensteuer zu erheben.193
3    Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung den Steuerabzug nicht oder ungenügend vorgenommen, so verpflichtet ihn die Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung. Der Rückgriff des Schuldners auf den Steuerpflichtigen bleibt vorbehalten.
4    Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung einen zu hohen Steuerabzug vorgenommen, so muss er dem Steuerpflichtigen die Differenz zurückzahlen.
5    Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung der von ihr geschuldeten Quellensteuer verpflichtet werden, wenn die ausbezahlte steuerbare Leistung nicht oder nicht vollständig um die Quellensteuer gekürzt wurde und ein Nachbezug beim Schuldner der steuerbaren Leistung nicht möglich ist.194
LHID.

4.2. Dans l'ATF 135 II 274, le Tribunal fédéral a examiné le rapport entre les art. 137
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 137 Verfügung - 1 Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen, wenn sie:
1    Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen, wenn sie:
a  mit dem Quellensteuerabzug gemäss Bescheinigung nach Artikel 88 oder 100 nicht einverstanden ist; oder
b  die Bescheinigung nach Artikel 88 oder 100 vom Arbeitgeber nicht erhalten hat.
2    Der Schuldner der steuerbaren Leistung kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen.
3    Er bleibt bis zum rechtskräftigen Entscheid verpflichtet, die Quellensteuer zu erheben.
et 138
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 138 Nachforderung und Rückerstattung - 1 Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung den Steuerabzug nicht oder ungenügend vorgenommen, so verpflichtet ihn die Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung. Der Rückgriff des Schuldners auf den Steuerpflichtigen bleibt vorbehalten.
1    Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung den Steuerabzug nicht oder ungenügend vorgenommen, so verpflichtet ihn die Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung. Der Rückgriff des Schuldners auf den Steuerpflichtigen bleibt vorbehalten.
2    Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung einen zu hohen Steuerabzug vorgenommen, so muss er dem Steuerpflichtigen die Differenz zurückzahlen.
3    Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung der von ihr geschuldeten Quellensteuer verpflichtet werden, wenn die ausbezahlte steuerbare Leistung nicht oder nicht vollständig um die Quellensteuer gekürzt wurde und ein Nachbezug beim Schuldner der steuerbaren Leistung nicht möglich ist.238
LIFD. L'affaire concernait un travailleur italien dont l'employeur avait appliqué un taux d'imposition erroné, ce que le contribuable n'avait contesté qu'après le délai d'échéance fixé à l'art. 137 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 137 Verfügung - 1 Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen, wenn sie:
1    Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen, wenn sie:
a  mit dem Quellensteuerabzug gemäss Bescheinigung nach Artikel 88 oder 100 nicht einverstanden ist; oder
b  die Bescheinigung nach Artikel 88 oder 100 vom Arbeitgeber nicht erhalten hat.
2    Der Schuldner der steuerbaren Leistung kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen.
3    Er bleibt bis zum rechtskräftigen Entscheid verpflichtet, die Quellensteuer zu erheben.
LIFD. La requête du contribuable avait été rejetée, au motif qu'elle était tardive. Le Tribunal fédéral a d'abord relevé que lorsqu'une décision selon l'art. 137 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 137 Verfügung - 1 Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen, wenn sie:
1    Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen, wenn sie:
a  mit dem Quellensteuerabzug gemäss Bescheinigung nach Artikel 88 oder 100 nicht einverstanden ist; oder
b  die Bescheinigung nach Artikel 88 oder 100 vom Arbeitgeber nicht erhalten hat.
2    Der Schuldner der steuerbaren Leistung kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen.
3    Er bleibt bis zum rechtskräftigen Entscheid verpflichtet, die Quellensteuer zu erheben.
LIFD a été requise dans les délais, le prononcé y relatif, dans la mesure où il n'est pas attaqué, entre en force (ATF 135 II 274 consid. 5.1. p. 279, in RDAF 2010 II p. 168). Une telle décision peut concerner le principe même ou le montant de l'assujettissement (ATF 135 II 274 consid. 5.1. p. 279, in RDAF 2010 II p. 168). En revanche, lorsque le contribuable ou le débiteur de la prestation imposable n'ont pas demandé de décision dans le délai prescrit, les conséquences en sont "moins évidentes" (cf. arrêt 2C_684/2012 du 5 mars 2013 consid. 5.2). En effet, l'auto-taxation n'est en principe pas une décision en soi, car ni le contribuable ni le débiteur n'ont autorité pour rendre des décisions (ATF 135 II 274 consid. 5.3.1 p. 172, in RDAF 2010 II p. 168). Il n'est dès lors
pas justifié d'assimiler l'auto-taxation à une décision entrée en force et il n'est pas possible de déduire de l'art. 137
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 137 Verfügung - 1 Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen, wenn sie:
1    Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen, wenn sie:
a  mit dem Quellensteuerabzug gemäss Bescheinigung nach Artikel 88 oder 100 nicht einverstanden ist; oder
b  die Bescheinigung nach Artikel 88 oder 100 vom Arbeitgeber nicht erhalten hat.
2    Der Schuldner der steuerbaren Leistung kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen.
3    Er bleibt bis zum rechtskräftigen Entscheid verpflichtet, die Quellensteuer zu erheben.
LIFD qu'à la fin du mois de mars de chaque année, la retenue d'impôt de l'année précédente entre en force, même sans décision formelle (cf. ATF 135 II 274 consid. 5.3.3 et 5.4 p. 282, in RDAF 2010 II p. 168). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a dès lors jugé qu'après l'échéance du délai à fin mars prévu à l'art. 137
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 137 Verfügung - 1 Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen, wenn sie:
1    Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen, wenn sie:
a  mit dem Quellensteuerabzug gemäss Bescheinigung nach Artikel 88 oder 100 nicht einverstanden ist; oder
b  die Bescheinigung nach Artikel 88 oder 100 vom Arbeitgeber nicht erhalten hat.
2    Der Schuldner der steuerbaren Leistung kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen.
3    Er bleibt bis zum rechtskräftigen Entscheid verpflichtet, die Quellensteuer zu erheben.
LIFD, il n'est plus possible de soulever des contestations sur le principe de l'assujettissement fiscal, mais la possibilité demeure non seulement pour l'autorité de taxation d'exiger un éventuel paiement complémentaire au sens de l'art. 138 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 138 Nachforderung und Rückerstattung - 1 Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung den Steuerabzug nicht oder ungenügend vorgenommen, so verpflichtet ihn die Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung. Der Rückgriff des Schuldners auf den Steuerpflichtigen bleibt vorbehalten.
1    Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung den Steuerabzug nicht oder ungenügend vorgenommen, so verpflichtet ihn die Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung. Der Rückgriff des Schuldners auf den Steuerpflichtigen bleibt vorbehalten.
2    Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung einen zu hohen Steuerabzug vorgenommen, so muss er dem Steuerpflichtigen die Differenz zurückzahlen.
3    Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung der von ihr geschuldeten Quellensteuer verpflichtet werden, wenn die ausbezahlte steuerbare Leistung nicht oder nicht vollständig um die Quellensteuer gekürzt wurde und ein Nachbezug beim Schuldner der steuerbaren Leistung nicht möglich ist.238
LIFD, mais également pour le débiteur de la prestation imposable de réclamer la restitution de l'impôt payé en trop.

4.3. Dans l'arrêt 2C_601/2010, le Tribunal fédéral a admis le recours d'une contribuable étrangère exerçant une activité lucrative soumise au régime de l'impôt à la source qui s'était vue appliquer un barème erroné par son employeur et qui n'avait obtenu des autorités judiciaires ni décision d'irrecevabilité, ni décision sur le fond au sujet de son imposition, les autorités se contentant de statuer sur l'imposition du mari uniquement (cf. arrêt 2C_601/2010 du 21 décembre 2010). En se fondant sur l'ATF 135 II 274, le Tribunal fédéral a conclu que la contribuable avait droit à ce que sa situation soit examinée.

4.4. Force est de constater que, contrairement à ce que soutient la Cour de Justice, les faits des deux arrêts précités se distinguent de ceux de la présente affaire. En effet, contrairement au cas d'espèce, dans les deux affaires précitées, le contribuable avait uniquement fait l'objet d'une retenue d'impôt dans le cadre de la procédure d'auto-taxation. Aucune décision de rectification d'imposition n'avait été notifiée par l'administration fiscale. Or, en l'espèce, l'intimé a précisément reçu des décisions de l'Administration fiscale cantonale. C'est dès lors à tort que la Cour de Justice s'est basée sur ces arrêts pour conclure que la procédure de restitution prévue aux art. 138 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 138 Nachforderung und Rückerstattung - 1 Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung den Steuerabzug nicht oder ungenügend vorgenommen, so verpflichtet ihn die Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung. Der Rückgriff des Schuldners auf den Steuerpflichtigen bleibt vorbehalten.
1    Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung den Steuerabzug nicht oder ungenügend vorgenommen, so verpflichtet ihn die Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung. Der Rückgriff des Schuldners auf den Steuerpflichtigen bleibt vorbehalten.
2    Hat der Schuldner der steuerbaren Leistung einen zu hohen Steuerabzug vorgenommen, so muss er dem Steuerpflichtigen die Differenz zurückzahlen.
3    Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde zur Nachzahlung der von ihr geschuldeten Quellensteuer verpflichtet werden, wenn die ausbezahlte steuerbare Leistung nicht oder nicht vollständig um die Quellensteuer gekürzt wurde und ein Nachbezug beim Schuldner der steuerbaren Leistung nicht möglich ist.238
LIFD et 21 al. 3 et 4 LISP était applicable au contribuable.
Il s'agit encore de déterminer si la réclamation déposée par le contribuable le 1er septembre 2011 l'a été en temps utile.

5.

5.1. L'art. 139 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 139 Rechtsmittel - 1 Gegen eine Verfügung über die Quellensteuer kann der Betroffene Einsprache nach Artikel 132 erheben.
1    Gegen eine Verfügung über die Quellensteuer kann der Betroffene Einsprache nach Artikel 132 erheben.
2    Das kantonale Recht kann in seinen Vollzugsvorschriften bestimmen, dass sich das Einspracheverfahren und das Verfahren vor der kantonalen Rekurskommission nach den für die Anfechtung und Überprüfung eines Entscheides über kantonalrechtliche Quellensteuern massgebenden kantonalen Verfahrensvorschriften richtet, wenn der streitige Quellensteuerabzug sowohl auf Bundesrecht wie auf kantonalem Recht beruht.
LIFD prévoit que l'intéressé peut s'opposer à une décision en matière d'imposition à la source en présentant une réclamation selon l'art. 132
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 132 Voraussetzungen - 1 Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
1    Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
2    Richtet sich die Einsprache gegen eine einlässlich begründete Veranlagungsverfügung, so kann sie mit Zustimmung des Einsprechers und der übrigen Antragsteller (Art. 103 Abs. 1 Bst. b und 104 Abs. 1) als Beschwerde an die kantonale Steuerrekurskommission weitergeleitet werden.
3    Eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen.
LIFD, soit dans un délai de trente jours à compter de la notification d'une décision au sens de l'art. 137
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 137 Verfügung - 1 Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen, wenn sie:
1    Die steuerpflichtige Person kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen, wenn sie:
a  mit dem Quellensteuerabzug gemäss Bescheinigung nach Artikel 88 oder 100 nicht einverstanden ist; oder
b  die Bescheinigung nach Artikel 88 oder 100 vom Arbeitgeber nicht erhalten hat.
2    Der Schuldner der steuerbaren Leistung kann von der Veranlagungsbehörde bis am 31. März des auf die Fälligkeit der Leistung folgenden Steuerjahres eine Verfügung über Bestand und Umfang der Steuerpflicht verlangen.
3    Er bleibt bis zum rechtskräftigen Entscheid verpflichtet, die Quellensteuer zu erheben.
LIFD (cf. ANDREA PEDROLI, in Commentaire romand de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2008, n° 1 ad art 139
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 139 Rechtsmittel - 1 Gegen eine Verfügung über die Quellensteuer kann der Betroffene Einsprache nach Artikel 132 erheben.
1    Gegen eine Verfügung über die Quellensteuer kann der Betroffene Einsprache nach Artikel 132 erheben.
2    Das kantonale Recht kann in seinen Vollzugsvorschriften bestimmen, dass sich das Einspracheverfahren und das Verfahren vor der kantonalen Rekurskommission nach den für die Anfechtung und Überprüfung eines Entscheides über kantonalrechtliche Quellensteuern massgebenden kantonalen Verfahrensvorschriften richtet, wenn der streitige Quellensteuerabzug sowohl auf Bundesrecht wie auf kantonalem Recht beruht.
LIFD). Le droit cantonal contient une disposition similaire. En effet, aux termes de l'art. 39 al. 1 LPFisc/GE, le contribuable peut adresser au département une réclamation écrite contre la décision de taxation, dans les trente jours qui suivent sa notification.

5.2. En l'espèce, à la suite des demandes du contribuable à bénéficier de déductions, l'Administration fiscale cantonale lui a notifié quatre bordereaux rectificatifs, qui mentionnaient que les charges d'enfants admises étaient au nombre de deux. Ces décisions de l'Administration fiscale cantonale, qui indiquaient expressément le droit pour tout contribuable qui souhaite contester sa taxation d'adresser une réclamation dans les trente jours dès la notification du bordereau, constituent des décisions en matière d'imposition à la source au sens de l'art. 139
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 139 Rechtsmittel - 1 Gegen eine Verfügung über die Quellensteuer kann der Betroffene Einsprache nach Artikel 132 erheben.
1    Gegen eine Verfügung über die Quellensteuer kann der Betroffene Einsprache nach Artikel 132 erheben.
2    Das kantonale Recht kann in seinen Vollzugsvorschriften bestimmen, dass sich das Einspracheverfahren und das Verfahren vor der kantonalen Rekurskommission nach den für die Anfechtung und Überprüfung eines Entscheides über kantonalrechtliche Quellensteuern massgebenden kantonalen Verfahrensvorschriften richtet, wenn der streitige Quellensteuerabzug sowohl auf Bundesrecht wie auf kantonalem Recht beruht.
LIFD. Elles auraient dû - comme les décisions de taxation ordinaire - être attaquées par le contribuable dans le délai de trente jours prévu à l'art. 132 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 132 Voraussetzungen - 1 Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
1    Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
2    Richtet sich die Einsprache gegen eine einlässlich begründete Veranlagungsverfügung, so kann sie mit Zustimmung des Einsprechers und der übrigen Antragsteller (Art. 103 Abs. 1 Bst. b und 104 Abs. 1) als Beschwerde an die kantonale Steuerrekurskommission weitergeleitet werden.
3    Eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen.
LIFD. En effet, sur ce point, rien ne justifie de distinguer la situation des personnes assujetties à l'impôt à la source de celles soumises à la taxation ordinaire.
Dans la mesure où elles n'ont pas été attaquées dans le délai légal, les décisions de l'Administration fiscale cantonale sont entrées en force. Il reste à examiner si le contribuable se trouvait dans une situation telle que l'inobservation du délai était excusable.

5.3. Aux termes de l'art. 133 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 133 Fristen - 1 Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
1    Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
2    Eine unzuständige Amtsstelle überweist die bei ihr eingereichte Einsprache ohne Verzug der zuständigen Veranlagungsbehörde. Die Frist zur Einreichung der Einsprache gilt als eingehalten, wenn diese am letzten Tag der Frist bei der unzuständigen Amtsstelle eingelangt ist oder den schweizerischen PTT-Betrieben234 übergeben wurde.
3    Auf verspätete Einsprachen wird nur eingetreten, wenn der Steuerpflichtige nachweist, dass er durch Militär- oder Zivildienst, Krankheit, Landesabwesenheit oder andere erhebliche Gründe an der rechtzeitigen Einreichung verhindert war und dass die Einsprache innert 30 Tagen nach Wegfall der Hinderungsgründe eingereicht wurde.235
LIFD, une réclamation tardive n'est recevable que si le contribuable établit que par suite de service militaire, de service civil, de maladie, d'absence du pays ou pour d'autres motifs sérieux, il a été empêché de présenter sa réclamation en temps utile et qu'il l'a déposée dans les trente jours après la fin de l'empêchement. L'art. 41 al. 3 LPFisc/GE a la même teneur. La restitution du délai de réclamation suppose que le contribuable n'a pas respecté le délai légal en raison d'un empêchement imprévisible dont la survenance ne lui est pas imputable à faute (cf. arrêts 2P.259/2006 du 18 avril 2007 consid. 3.2; 2A.248/2003 du 8 août 2003, consid. 3 et les références citées). En l'espèce, le contribuable n'a allégué d'empêchement de cette nature ni en procédure cantonale ni devant le Tribunal fédéral. Au contraire, il a lui-même reconnu dans sa réclamation qu'il avait commis une erreur et que sa demande tardive était due à son inattention, ce qui ne constitue pas un motif de restitution (cf. HUGO CASANOVA, in Commentaire romand LIFD, 2008, n o 13 ad art. 133
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 133 Fristen - 1 Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
1    Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
2    Eine unzuständige Amtsstelle überweist die bei ihr eingereichte Einsprache ohne Verzug der zuständigen Veranlagungsbehörde. Die Frist zur Einreichung der Einsprache gilt als eingehalten, wenn diese am letzten Tag der Frist bei der unzuständigen Amtsstelle eingelangt ist oder den schweizerischen PTT-Betrieben234 übergeben wurde.
3    Auf verspätete Einsprachen wird nur eingetreten, wenn der Steuerpflichtige nachweist, dass er durch Militär- oder Zivildienst, Krankheit, Landesabwesenheit oder andere erhebliche Gründe an der rechtzeitigen Einreichung verhindert war und dass die Einsprache innert 30 Tagen nach Wegfall der Hinderungsgründe eingereicht wurde.235
LIFD et la référence citée). Les conditions d'une réclamation tardive prévues à l'art. 133 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 133 Fristen - 1 Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
1    Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
2    Eine unzuständige Amtsstelle überweist die bei ihr eingereichte Einsprache ohne Verzug der zuständigen Veranlagungsbehörde. Die Frist zur Einreichung der Einsprache gilt als eingehalten, wenn diese am letzten Tag der Frist bei der unzuständigen Amtsstelle eingelangt ist oder den schweizerischen PTT-Betrieben234 übergeben wurde.
3    Auf verspätete Einsprachen wird nur eingetreten, wenn der Steuerpflichtige nachweist, dass er durch Militär- oder Zivildienst, Krankheit, Landesabwesenheit oder andere erhebliche Gründe an der rechtzeitigen Einreichung verhindert war und dass die Einsprache innert 30 Tagen nach Wegfall der Hinderungsgründe eingereicht wurde.235
LIFD, respectivement à l'art. 41 al. 3
LPFisc/GE, ne sont par conséquent pas remplies.

5.4. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours et à l'annulation de l'arrêt attaqué.

Succombant, l'intimé doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). Il y a lieu de rappeler qu'une partie intimée qui, invitée à présenter ses conclusions, ne formule aucune conclusion devant le Tribunal fédéral est réputée succomber (arrêt 2C_785/2013 du 28 mai 2014 consid. 6; cf. également BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, no 38 ad art. 66
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). Il n'est pas alloué de dépens à l'Administration fiscale cantonale (art. 68 al. 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).

La Cour de céans ne fera pas usage de la faculté prévue à l'art. 67
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 67 Kosten der Vorinstanz - Wird der angefochtene Entscheid geändert, so kann das Bundesgericht die Kosten des vorangegangenen Verfahrens anders verteilen.
LTF et la cause sera renvoyée à la Cour de justice, afin qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est admis.

2.
L'arrêt de la Cour de Justice du canton de Genève du 7 janvier 2014 est annulé et les décisions sur réclamation de l'Administration fiscale cantonale genevoise du 18 novembre 2011 sont confirmées.

3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.

4.
La cause est renvoyée à la Cour de Justice du canton de Genève pour qu'elle statue sur les frais et dépens de la procédure cantonale.

5.
Le présent arrêt est communiqué à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à X.________, à la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève, 1ère section, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 29 octobre 2014
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Zünd

La Greffière : Thalmann