Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 299/2009
{T 0/2}

Arrêt du 28 juin 2010
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Zünd, Président,
Merkli, Karlen, Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffier: M. Vianin.

Participants à la procédure
A.X.________ SA, B.X.________ SA, C.X.________ SA et D.X.________ SA,
représentées par Maîtres Pierre-Marie Glauser et Anne Tissot Benedetto, avocats,
recourantes,

contre

Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne.

Objet
TVA (1er trimestre 1995 au 4ème trimestre 1999); transactions portant sur des futures,

recours contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, Cour I, du 19 mars 2009.

Faits:

A.
Les sociétés A.X.________ SA, C.X.________ SA, D.X.________ SA et B.X.________ SA (ci-après: les assujetties ou les recourantes), sises à Genève, constituées respectivement en 1972, 1986, 1991 et 1992, font partie du groupe international X.________. Selon les inscriptions au registre du commerce, leurs buts sont respectivement les suivants:

- l'achat, la distribution et la vente de combustibles, de produits pétroliers raffinés et de produits semblables (A.X.________ SA);

- le commerce, la production, la transformation, le stockage et le transport de produits générateurs d'énergie et en particulier de produits pétroliers et de dérivés de produits pétroliers (C.X.________ SA);

- le commerce et la fourniture de prestations de services et conseils dans le domaine des métaux, minéraux, minerais et tous produits dérivés, ainsi que le commerce de produits pétroliers (D.________ SA);

- l'importation, l'exportation et le commerce en général, y compris sur le marché à terme, de sucre et autres produits et matières premières (B.X.________ SA).

Les sociétés précitées sont immatriculées dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) depuis le 1er janvier 1995.

A la suite de contrôles effectués dans le courant des années 1998 à 2001, l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: l'Administration fédérale ou l'intimée) a établi, pour les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 1999, les décomptes complémentaires suivants:

- no 115'486 du 1er décembre 2000, d'un montant de 418'564 fr., concernant A.X.________ SA;

- no 115'487 du 1er décembre 2000, d'un montant de 6'659 fr., concernant C.X.________ SA;

- no 115'502 du 26 février 2001, d'un montant de 45'586 fr., concernant B.X.________ SA;

- no 115'503 du 26 février 2001, d'un montant de 282'770 fr., concernant D.________ SA.

Ces reprises étaient motivées pour l'essentiel comme suit:

- les assujetties avaient omis de soumettre à l'impôt des prestations de services acquises de l'étranger;

- les assujetties effectuaient, à des fins de couverture des risques liés à leurs autres opérations, des transactions portant sur des "futures", qui n'aboutissaient pas à la livraison des valeurs sous-jacentes; ces transactions constituant des opérations exclues du champ de l'impôt (exonération au sens impropre, sans droit à la déduction de l'impôt préalable), les assujetties auraient dû procéder à une réduction de la déduction de l'impôt préalable, ce qu'elles n'avaient pas fait.

Les assujetties ayant contesté ces reprises, l'Administration fédérale les a confirmées par décisions du 15 octobre 2001.

B.
Ces prononcés ont été contestés par les assujetties.

Par décomptes complémentaires nos 115'935 et 115'931 du 1er décembre 2005, l'Administration fédérale a augmenté les reprises concernant B.X.________ SA et D.________ SA de respectivement 8'393 fr. et 2'933 fr. Par avis de crédit nos 115'225 et 115'226 de la même date, les reprises afférentes à A.X.________ SA et C.X.________ SA ont été réduites de respectivement 90'468 fr. et 2'109 fr. Ces modifications étaient liées à de nouveaux calculs de la réduction de la déduction de l'impôt préalable.

Par décisions du 18 septembre 2006, l'Administration fédérale a rejeté la réclamation formée par B.X.________ SA et partiellement admis celles interjetées par D.________ SA, A.X.________ SA et C.X.________ SA. Les montants dus par ces sociétés pour les périodes fiscales en cause ont été fixés à respectivement 53'979 fr., 266'181 fr. 68, 328'096 fr. et 4'460 fr. 10.

A l'encontre de ces décisions, les assujetties ont recouru à la Commission fédérale de recours en matière de contributions, à laquelle a succédé, le 1er janvier 2007, le Tribunal administratif fédéral. Par arrêt du 19 mars 2009, ce dernier a rejeté les recours après avoir joint les causes. Suivant la position de l'Administration fédérale dans les déci- sions attaquées, il a estimé que les transactions portant sur les "futures" étaient des opérations exclues du champ de l'impôt (exonération au sens impropre). Il a par ailleurs confirmé que les prestations de services que les assujetties acquéraient de leurs succursales à l'étranger étaient imposables en Suisse. L'exonération au sens impropre des transactions portant sur les "futures" entraînait une réduction de la déduction de l'impôt préalable grevant les opérations préalables - dont les prestations acquises de l'étranger, puisque celles-ci s'avéraient imposables.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les assujetties demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 19 mars 2009 en disant que les contrats à terme sur marchandises ("futures") ne constituent pas des opérations exclues du champ de l'impôt, mais des "non-opérations" n'entrant pas dans le champ d'application de la TVA, et qu'elles ont un droit intégral à la déduction de l'impôt préalable. Elles ne contestent en revanche plus l'imposition des prestations de services acquises de l'étranger.

L'autorité précédente a renoncé à se déterminer sur le recours.

Par courrier du 22 juin 2009, l'Administration fédérale a indiqué qu'elle n'était pas en mesure de se prononcer sur le recours. Elle était en effet sur le point d'adopter une nouvelle pratique relative au traitement fiscal des "futures" "ayant pour seule finalité de se prémunir contre les risques de fluctuation défavorable des cours des marchandises ('hedging')", telles que le café, le sucre, le thé, le pétrole, les métaux et les minéraux. L'état du dossier de la cause ne lui permettait pas de se prononcer sur les effets que cette modification de la pratique pourrait avoir sur l'issue de la présente procédure. Des mesures d'instruction complémentaires étaient nécessaires: il fallait soit que le Tribunal de céans invite les recourantes à produire les documents établissant les résultats (profits ou pertes) des opérations litigieuses portant sur des "futures" liquidés ou revendus avant l'échéance, soit qu'elle puisse effectuer un nouveau contrôle sur place.

Il a été décidé de procéder à un second échange d'écritures.

Par courrier du 23 septembre 2009, les recourantes ont relevé que, selon les contacts qu'elles avaient eus avec l'Administration fédérale, celle-ci avait abandonné, dans l'élaboration de sa nouvelle pratique, le critère qui justifiait sa demande de complément d'instruction. Les conditions qui demeuraient posées pour que les opérations portant sur des "futures" n'entraînent pas de réduction de l'impôt préalable déductible étaient au demeurant remplies, de sorte que le recours devait être admis.

Dans une écriture du 20 octobre 2009, l'Administration fédérale a exposé sa nouvelle pratique relative au traitement fiscal des opérations de couverture au moyen de "futures", qu'elle applique à partir du 1er octobre 2009 à tous les cas pendants. Cette pratique pose quatre conditions qui doivent cumulativement être remplies pour qu'un négociant en matières premières puisse être considéré comme effectuant exclusivement des transactions sur "futures" liées à des livraisons physiques et ne donnant dès lors pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable. Dans le cas particulier, il ressortirait "à l'évidence" du dossier que les quatre conditions posées étaient réunies. L'Administration fédérale a par conséquent conclu à l'admission du recours. Elle a en outre demandé que l'indemnité de dépens qui serait éventuellement mise à sa charge soit réduite, pour tenir compte du fait que la nouvelle pratique a été introduite après le dépôt du recours au Tribunal de céans.

Par courrier du 23 décembre 2009, les mandataires des recourantes ont produit une liste résumant les opérations accomplies pour la défense de leurs intérêts en procédure fédérale.

Considérant en droit:

1.
1.1 Dirigé contre un jugement final (cf. art. 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
LTF) rendu dans une cause de droit public (cf. art. 82
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
lettre a LTF) par le Tribunal administratif fédéral (cf. art. 86 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
lettre a LTF), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public. Interjeté par des parties directement touchées par la décision attaquée et qui ont un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF), il a, en effet, été déposé dans le délai - compte tenu des féries - (cf. art. 46 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 46 Sospensione - 1 I termini stabiliti in giorni dalla legge o dal giudice sono sospesi:
1    I termini stabiliti in giorni dalla legge o dal giudice sono sospesi:
a  dal settimo giorno precedente la Pasqua al settimo giorno successivo alla Pasqua incluso;
b  dal 15 luglio al 15 agosto incluso;
c  dal 18 dicembre al 2 gennaio incluso.
2    Il capoverso 1 non si applica nei procedimenti concernenti:
a  l'effetto sospensivo e altre misure provvisionali;
b  l'esecuzione cambiaria;
c  i diritti politici (art. 82 lett. c);
d  l'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e l'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
e  gli appalti pubblici.18
lettre a et art. 100 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
1    Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
2    Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
b  nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
c  in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198090 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198091 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
d  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195493 sui brevetti.
3    Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
b  dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
4    Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
5    Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
6    ...94
7    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
LTF) et la forme (cf. art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF) prévus par la loi et ne tombe sous aucun des cas d'exceptions mentionnés à l'art. 83
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 83 Eccezioni - Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di naturalizzazione ordinaria;
c  le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti:
c1  l'entrata in Svizzera,
c2  i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto,
c3  l'ammissione provvisoria,
c4  l'espulsione fondata sull'articolo 121 capoverso 2 della Costituzione federale e l'allontanamento,
c5  le deroghe alle condizioni d'ammissione,
c6  la proroga del permesso per frontalieri, il cambiamento di Cantone, il cambiamento d'impiego del titolare di un permesso per frontalieri, nonché il rilascio di documenti di viaggio a stranieri privi di documenti;
d  le decisioni in materia d'asilo pronunciate:
d1  dal Tribunale amministrativo federale, salvo quelle che concernono persone contro le quali è pendente una domanda d'estradizione presentata dallo Stato che hanno abbandonato in cerca di protezione,
d2  da un'autorità cantonale inferiore e concernenti un permesso o un'autorizzazione al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto;
e  le decisioni concernenti il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente contro membri di autorità o contro agenti della Confederazione;
f  le decisioni in materia di appalti pubblici se:
fbis  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti decisioni secondo l'articolo 32i della legge del 20 marzo 200963 sul trasporto di viaggiatori;
f1  non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale; sono fatti salvi i ricorsi contro gli appalti del Tribunale amministrativo federale, del Tribunale penale federale, del Tribunale federale dei brevetti, del Ministero pubblico della Confederazione e delle autorità giudiziarie cantonali superiori, o
f2  il valore stimato della commessa non raggiunge il valore soglia determinante secondo l'articolo 52 capoverso 1 in combinato disposto con l'allegato 4 numero 2 della legge federale del 21 giugno 201961 sugli appalti pubblici;
g  le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi;
h  le decisioni concernenti l'assistenza amministrativa internazionale, eccettuata l'assistenza amministrativa in materia fiscale;
i  le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile;
j  le decisioni in materia di approvvigionamento economico del Paese adottate in situazioni di grave penuria;
k  le decisioni concernenti i sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto;
l  le decisioni concernenti l'imposizione di dazi operata in base alla classificazione tariffaria o al peso delle merci;
m  le decisioni concernenti il condono o la dilazione del pagamento di tributi; in deroga alla presente disposizione, il ricorso è ammissibile contro le decisioni concernenti il condono dell'imposta federale diretta o dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o se si tratta per altri motivi di un caso particolarmente importante;
n  le decisioni in materia di energia nucleare concernenti:
n1  l'esigenza di un nulla osta o la modifica di un'autorizzazione o di una decisione,
n2  l'approvazione di un piano d'accantonamenti per le spese di smaltimento antecedenti lo spegnimento di un impianto nucleare,
n3  i nulla osta;
o  le decisioni in materia di circolazione stradale concernenti l'omologazione del tipo di veicoli;
p  le decisioni del Tribunale amministrativo federale in materia di traffico delle telecomunicazioni, radiotelevisione e poste concernenti:68
p1  concessioni oggetto di una pubblica gara,
p2  controversie secondo l'articolo 11a della legge del 30 aprile 199769 sulle telecomunicazioni;
p3  controversie secondo l'articolo 8 della legge del 17 dicembre 201071 sulle poste;
q  le decisioni in materia di medicina dei trapianti concernenti:
q1  l'iscrizione nella lista d'attesa,
q2  l'attribuzione di organi;
r  le decisioni in materia di assicurazione malattie pronunciate dal Tribunale amministrativo federale in virtù dell'articolo 3472 della legge del 17 giugno 200573 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF);
s  le decisioni in materia di agricoltura concernenti:
s1  ...
s2  la delimitazione delle zone nell'ambito del catasto della produzione;
t  le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, della formazione continua e dell'esercizio della professione;
u  le decisioni in materia di offerte pubbliche di acquisto (art. 125-141 della L del 19 giu. 201577 sull'infrastruttura finanziaria);
v  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti divergenze d'opinione tra autorità in materia di assistenza amministrativa o giudiziaria a livello nazionale;
w  le decisioni in materia di diritto dell'elettricità concernenti l'approvazione dei piani di impianti elettrici a corrente forte e di impianti elettrici a corrente debole e l'espropriazione dei diritti necessari per la costruzione o l'esercizio di siffatti impianti, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale;
x  le decisioni concernenti la concessione di contributi di solidarietà ai sensi della legge federale del 30 settembre 201681 sulle misure coercitive a scopo assistenziale e i collocamenti extrafamiliari prima del 1981, tranne se si pone una questione di diritto di importanza fondamentale o si tratta di un caso particolarmente importante per altri motivi;
y  le decisioni pronunciate dal Tribunale amministrativo federale nelle procedure amichevoli per evitare un'imposizione non conforme alla convenzione internazionale applicabile in ambito fiscale;
z  le decisioni concernenti le autorizzazioni edilizie di impianti eolici d'interesse nazionale secondo l'articolo 71c capoverso 1 lettera b della legge federale del 30 settembre 201684 sull'energia e le autorizzazioni di competenza cantonale a esse necessariamente connesse, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale.
LTF.

1.2 En vertu de l'art. 99 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 99 - 1 Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
1    Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
2    Non sono ammissibili nuove conclusioni.
LTF, toute conclusion nouvelle est irrecevable. Une conclusion est nouvelle dès lors qu'elle n'a pas été soumise à l'autorité précédente et qu'elle tend à élargir l'objet du litige. Il est en revanche possible aux parties de réduire leurs prétentions (cf. arrêts 4A 9/2009 du 7 avril 2009 consid. 1.4 non publié aux ATF 135 III 410; 1C 323/2008 du 27 mars 2009 consid. 2.2).

En l'espèce, le litige ne porte plus que sur les reprises découlant de la réduction de la déduction de l'impôt préalable. Devant le Tribunal administratif fédéral, les recourantes ont conclu à l'annulation des décisions sur réclamation du 18 septembre 2006 - notamment en tant qu'elles portaient sur les reprises en question - et à ce qu'il soit dit que les contrats à terme sur marchandises ("futures") ne sont pas des transactions exclues du champ de l'impôt au sens de l'art. 14 de l'ordonnance fédérale du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (RO 1994 II 1464 et les modifications ultérieures; en vigueur du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000; ci-après: aOTVA). Dès lors, dans la présente procédure, les recourantes peuvent demander que le Tribunal fédéral annule l'arrêt du 19 mars 2009 - en tant qu'il porte sur les reprises en cause - en disant qu'elles ont le droit de déduire intégralement l'impôt préalable. En revanche, elles ne peuvent conclure à ce que le Tribunal de céans dise au surplus que les contrats à terme sur marchandises ("futures") ne sont pas des transactions exclues du champ de l'impôt au sens de l'art. 14 aOTVA, mais des "non-opérations" TVA, car cela représente une conclusion nouvelle tendant à
élargir l'objet du litige. En outre, cette conclusion porte sur les motifs. Or, l'intérêt des recourantes est suffisamment protégé dès lors que la reprise est annulée, sans qu'elles puissent au surplus exiger que les autorités fiscales procèdent de la sorte pour un motif déterminé.

Ainsi, dans la mesure où les recourantes demandent que le Tribunal fédéral se prononce en outre sur la qualification de "non-opérations" TVA des transactions portant sur les "futures", leurs conclusions sont irrecevables.

1.3 L'Administration fédérale ayant conclu à l'admission du recours, il convient de déterminer ce que cela implique pour l'examen de la cause par le Tribunal de céans.
1.3.1 Sous le régime de l'ancienne loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (OJ; RS 3 521 et les modifications ultérieures; en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006), s'agissant du recours de droit administratif (art. 97 ss
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 99 - 1 Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
1    Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
2    Non sono ammissibili nuove conclusioni.
OJ), l'art. 114 al. 1 posait le principe selon lequel le Tribunal fédéral ne pouvait aller au-delà des conclusions des parties, à l'avantage ou au détriment de celles-ci (cf. aussi art. 63 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 99 - 1 Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
1    Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
2    Non sono ammissibili nuove conclusioni.
1ère phrase OJ en ce qui concerne le recours en réforme). Une exception était faite en matière de contributions publiques: dans ce domaine, le Tribunal fédéral était habilité à aller au-delà des conclusions des parties, lorsque la décision attaquée était entachée d'une violation du droit fédéral ou d'une constatation inexacte ou incomplète des faits. La faculté de s'écarter des conclusions des parties devait permettre d'effectuer la taxation qui était objectivement justifiée dans le cas particulier (cf. Patrick M. Müller, Aspekte der Verwaltungsrechtspflege, 2006, p. 305). En pratique, le Tribunal fédéral ne faisait usage de cette faculté que si l'arrêt attaqué était manifestement inexact et que la correction revêtait une importance notable (arrêt 2A.618/1998 du 7 février 2000 consid. 4b/bb, in Archives 69
p. 811, RDAF 2000 II p. 235). En faisant prévaloir la maxime d'office en matière de contributions publiques, l'art. 114 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 99 - 1 Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
1    Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
2    Non sono ammissibili nuove conclusioni.
OJ permettait en outre de continuer à mener la procédure nonobstant le retrait du recours (arrêt 2A.408/2002 du 13 février 2004 consid. 1.4, in Archives 75 p. 159, StE 2004 B 96.12 no 14).
1.3.2 Dans le nouveau droit, l'art. 107 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 107 Sentenza - 1 Il Tribunale federale non può andare oltre le conclusioni delle parti.
1    Il Tribunale federale non può andare oltre le conclusioni delle parti.
2    Se accoglie il ricorso, giudica esso stesso nel merito o rinvia la causa all'autorità inferiore affinché pronunci una nuova decisione. Può anche rinviare la causa all'autorità che ha deciso in prima istanza.
3    Se ritiene inammissibile un ricorso interposto nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale o dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale, il Tribunale federale prende la decisione di non entrare nel merito entro 15 giorni dalla chiusura di un eventuale scambio di scritti. Nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale non è tenuto a rispettare tale termine se la procedura d'estradizione concerne una persona sulla cui domanda d'asilo non è ancora stata pronunciata una decisione finale passata in giudicato.97
4    Sui ricorsi interposti contro le decisioni del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195419 sui brevetti, il Tribunale federale decide entro un mese dalla presentazione del ricorso.98
LTF, qui fait partie des dispositions générales régissant la procédure (unifiée) de recours, prévoit que le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties. Cette règle vaut également dans les causes de nature fiscale, le nouveau droit n'ayant pas repris l'exception de l'art. 114 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 99 - 1 Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
1    Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
2    Non sono ammissibili nuove conclusioni.
OJ. Selon le Message - datant d'avant l'arrêt 2A.408/2002 précité -, il ne se justifiait pas de maintenir la faculté de réformer la décision attaquée au détriment du recourant, du moment que celui-ci pouvait empêcher le Tribunal fédéral de statuer de la sorte en faisant usage de son droit de retirer le recours. Le Message réserve au surplus les cas où une autre loi fédérale permet aux autorités judiciaires de statuer librement, sans être liées par les conclusions des parties (Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 4142).

Le nouveau droit a par ailleurs introduit une disposition qui habilite le juge instructeur à statuer comme juge unique "sur la radiation du rôle des procédures devenues sans objet ou achevées par un retrait ou une transaction judiciaire" (art. 32 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 32 Giudice dell'istruzione - 1 Il presidente della corte dirige il procedimento quale giudice dell'istruzione sino alla pronuncia della sentenza; può delegare questo compito a un altro giudice.
1    Il presidente della corte dirige il procedimento quale giudice dell'istruzione sino alla pronuncia della sentenza; può delegare questo compito a un altro giudice.
2    Il giudice dell'istruzione decide quale giudice unico circa lo stralcio dal ruolo delle cause divenute prive di oggetto, ritirate o risolte tramite transazione.
3    Le decisioni del giudice dell'istruzione non sono impugnabili.
LTF). Cette disposition ne mentionne pas l'acquiescement de l'intimé. Selon un auteur, il s'agirait là d'un silence qualifié. En cas d'acquiescement, il ne serait ainsi pas possible de rendre un arrêt de classement. Le Tribunal fédéral, qui applique le droit d'office (art. 106 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF), devrait examiner le bien-fondé du recours et rendre un arrêt sur le fond (Matthias Härri, in Commentaire bâlois, Bundesgerichtsgesetz, 2008, no 18 ad art. 32
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 32 Giudice dell'istruzione - 1 Il presidente della corte dirige il procedimento quale giudice dell'istruzione sino alla pronuncia della sentenza; può delegare questo compito a un altro giudice.
1    Il presidente della corte dirige il procedimento quale giudice dell'istruzione sino alla pronuncia della sentenza; può delegare questo compito a un altro giudice.
2    Il giudice dell'istruzione decide quale giudice unico circa lo stralcio dal ruolo delle cause divenute prive di oggetto, ritirate o risolte tramite transazione.
3    Le decisioni del giudice dell'istruzione non sono impugnabili.
LTF).
1.3.3 Dans la doctrine relative à la procédure administrative, certains auteurs considèrent l'acquiescement (ou passé-expédient: Benoît Bovay, Procédure administrative, 2000, p. 429 s.) comme une forme de transaction et distinguent - tout au moins en procédure de recours, à l'exclusion de l'action de droit administratif - l'acquiescement et la transaction, d'une part, du retrait du recours et des cas où la procédure devient sans objet, d'autre part: alors que, dans ces dernières hypothèses, l'autorité judiciaire peut rendre une décision formelle de classement, elle doit, en présence d'une transaction ou d'un acquiescement, rendre une décision sur le fond, laquelle peut toutefois être sommairement motivée. Cette distinction est justifiée notamment par le fait que le prononcé d'une décision de classement laisse subsister et entrer en force la décision attaquée, ce qui n'est voulu qu'en cas de retrait du recours (Kölz/Bosshart/Röhl, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2e éd., 1999, no 7 ad § 28, nos 4 s. ad § 63, qui se réfèrent à la pratique du Tribunal administratif du canton de Zurich). Ces mêmes auteurs relèvent que, lorsque c'est l'autorité de première instance qui propose d'admettre le recours,
celle-ci a fréquemment la faculté de reconsidérer sa décision; elle rend alors une nouvelle décision qui se substitue à la première et au vu de laquelle l'autorité de recours classe la procédure comme étant sans objet (Kölz/Bosshart/Röhl, op. cit., no 26 ad § 28, no 6 ad § 63). D'autres auteurs ne font pas la distinction mentionnée ci-dessus (voir les références in Kölz/Bosshart/Röhl, op. cit., no 7 ad § 28). Parmi ceux-ci, Merkli/Aeschlimann/Herzog relèvent que le désistement ou l'acquiescement ne sont admissibles et ne lient l'autorité judiciaire - laquelle rend une décision formelle de classement - que dans la mesure où les parties peuvent disposer de l'objet du litige (Merkli/ Aeschlimann/Herzog, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, 1997, no 6 ad art. 39).
1.3.4 En l'occurrence, l'Administration fédérale propose d'admettre le recours au vu de sa nouvelle pratique. Devant le Tribunal fédéral, elle ne dispose pas de la faculté de rendre une nouvelle décision jusqu'à l'envoi de sa détermination, comme elle le peut dans le cadre de la procédure devant l'autorité précédente (art. 58
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 58 - 1 L'autorità inferiore può, fino all'invio della sua risposta, riesaminare la decisione impugnata.
1    L'autorità inferiore può, fino all'invio della sua risposta, riesaminare la decisione impugnata.
2    Essa notifica immediatamente una nuova decisione alle parti e la comunica all'autorità di ricorso.
3    Quest'ultima continua la trattazione del ricorso in quanto non sia divenuto senza oggetto per effetto di una nuova decisione; l'articolo 57 è applicabile, se la nuova decisione si fonda su fatti notevolmente differenti o cagiona una situazione giuridica notevolmente differente.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA; RS 172.021], applicable en vertu de l'art. 37
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 37 Principio - La procedura dinanzi al Tribunale amministrativo federale è retta dalla PA56, in quanto la presente legge non disponga altrimenti.
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF; RS 173.32]). Dans ces conditions, il n'est pas possible de rendre une décision de classement et de rayer la cause du rôle, car cela reviendrait à laisser subsister l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, ce qui ne saurait correspondre à la volonté des parties. Pour ce motif déjà, il convient de rendre une décision sur le fond.

S'agissant de l'art. 107 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 107 Sentenza - 1 Il Tribunale federale non può andare oltre le conclusioni delle parti.
1    Il Tribunale federale non può andare oltre le conclusioni delle parti.
2    Se accoglie il ricorso, giudica esso stesso nel merito o rinvia la causa all'autorità inferiore affinché pronunci una nuova decisione. Può anche rinviare la causa all'autorità che ha deciso in prima istanza.
3    Se ritiene inammissibile un ricorso interposto nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale o dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale, il Tribunale federale prende la decisione di non entrare nel merito entro 15 giorni dalla chiusura di un eventuale scambio di scritti. Nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale non è tenuto a rispettare tale termine se la procedura d'estradizione concerne una persona sulla cui domanda d'asilo non è ancora stata pronunciata una decisione finale passata in giudicato.97
4    Sui ricorsi interposti contro le decisioni del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195419 sui brevetti, il Tribunale federale decide entro un mese dalla presentazione del ricorso.98
LTF, la nouvelle loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (loi sur la TVA, LTVA; entrée en vigueur le 1er janvier 2010; RS 641.20), dont les dispositions de procédure s'appliquent à toutes les procédures pendantes lors de son entrée en vigueur (art. 113 al. 3
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 113 Applicazione del nuovo diritto - 1 Per determinare se le condizioni dell'esenzione dall'assoggettamento ai sensi dell'articolo 10 capoverso 2 sono adempite all'entrata in vigore della presente legge, il nuovo diritto si applica alle prestazioni imponibili in virtù della presente legge effettuate nel corso dei 12 mesi precedenti.
1    Per determinare se le condizioni dell'esenzione dall'assoggettamento ai sensi dell'articolo 10 capoverso 2 sono adempite all'entrata in vigore della presente legge, il nuovo diritto si applica alle prestazioni imponibili in virtù della presente legge effettuate nel corso dei 12 mesi precedenti.
2    Le disposizioni sullo sgravio fiscale successivo di cui all'articolo 32 si applicano anche alle prestazioni per le quali non era dato il diritto alla deduzione dell'imposta precedente prima dell'entrata in vigore del nuovo diritto.
3    Fatto salvo l'articolo 91, il nuovo diritto procedurale è applicabile a tutti i procedimenti pendenti al momento della sua entrata in vigore.
LTVA), ne contient pas de règle qui autoriserait le Tribunal fédéral à s'écarter des conclusions des parties, en dérogation à cette disposition.

Toutefois, dès lors que l'Administration fédérale n'est pas en droit de rendre une nouvelle décision dans la procédure devant le Tribunal fédéral, ses conclusions tendant à l'admission du recours ne dispensent pas le Tribunal de céans d'examiner la cause au fond. Admettre le contraire reviendrait en effet à réintroduire cette faculté d'une manière détournée. En outre, le cas d'espèce a ceci de particulier que l'acquiescement de l'Administration fédérale est lié au développement d'une nouvelle pratique. Or, il existe un intérêt public à ce que le Tribunal de céans n'entérine pas, sans autre examen, cette nouvelle pratique - qui ne lie pas les autorités judiciaires (cf. consid. 3.5 ci-après) -, mais vérifie si elle est conforme au droit fédéral. Par conséquent, l'Administration fédérale ne saurait en l'occurrence disposer de l'objet du litige et soustraire la cause à l'examen du Tribunal fédéral. Il se justifie donc d'examiner le bien-fondé du recours à la lumière de la nouvelle pratique, en rendant une décision sur le fond (cf. également arrêt 2C 229/2008 du 13 octobre 2008 consid. 2, rés. in RF 64/2009 p. 600).

2.
L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée a été remplacée par la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée, du 2 septembre 1999 (RO 2000 1300 et les modifications ultérieures; ci-après: aLTVA), entrée en vigueur le 1er janvier 2001, qui a elle-même été abrogée avec effet au 31 décembre 2009 par la nouvelle loi sur la TVA. Selon l'art. 93 al. 1 aLTVA, les dispositions abrogées et leurs dispositions d'exécution restent applicables, sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée s'applique dès lors au présent litige, qui porte sur les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 1999.

3.
La question litigieuse revient à déterminer si les transactions à terme sur marchandises ("futures") sont ou non exclues du champ de l'impôt au sens de l'art. 14 aOTVA.

3.1 L'art. 14 aOTVA contient la liste des opérations exclues du champ de l'impôt, qui ne sont pas imposables, mais ne donnent pas non plus droit à la déduction de l'impôt préalable (cf. art. 13 aOTVA; exonération au sens impropre).

L'art. 14 ch. 15 aOTVA exclut du champ de l'impôt certaines opérations réalisées dans les domaines du marché monétaire et des capitaux. Selon la lettre e de cette disposition, cela vaut pour
"les opérations "(au comptant et à terme), y compris la négociation, portant sur les papiers-valeurs, sur les droits-valeurs et dérivés ainsi que sur des parts de sociétés et d'autres associations; sont toutefois imposables la garde et la gestion de papiers-valeurs, de droits-valeurs et dérivés, ainsi que la garde et la gestion de parts (dépôts, etc.), y compris les placements fiduciaires".
Sous réserve de divergences d'ordre purement rédactionnel, les art. 18 ch. 19
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 18 Principio - 1 Soggiacciono all'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero le prestazioni effettuate sul territorio svizzero da contribuenti dietro controprestazione; tali prestazioni sono imponibili nella misura in cui la presente legge non preveda eccezioni.
1    Soggiacciono all'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero le prestazioni effettuate sul territorio svizzero da contribuenti dietro controprestazione; tali prestazioni sono imponibili nella misura in cui la presente legge non preveda eccezioni.
2    In mancanza di prestazione, non sono segnatamente considerati controprestazione:
a  i sussidi e gli altri contributi di diritto pubblico, anche se sono versati in virtù di un mandato di prestazioni o di un accordo di programma ai sensi dell'articolo 46 capoverso 2 della Costituzione federale;
b  i fondi provenienti esclusivamente da tasse turistiche di diritto pubblico e impiegati a favore della comunità, su incarico delle collettività pubbliche, dagli uffici turistici e dalle società di sviluppo turistico;
c  i contributi versati dai fondi cantonali di approvvigionamento idrico, di trattamento delle acque di scarico o di smaltimento dei rifiuti alle aziende di smaltimento dei rifiuti e alle aziende fornitrici d'acqua;
d  i doni;
e  i conferimenti alle imprese, in particolare i mutui senza interessi, i contributi di risanamento e le rinunce a crediti;
f  i dividendi e altre quote di utili;
g  i pagamenti compensativi dei costi versati agli attori economici di una branca da un'unità organizzativa, segnatamente da un fondo, in virtù di disposizioni legali o contrattuali;
h  gli importi versati per il deposito, segnatamente di imballaggi;
i  gli importi versati a titolo di risarcimento dei danni, riparazione morale e simili;
j  le indennità per attività svolte a titolo dipendente, quali gli onorari di membri di un consiglio di amministrazione o di un consiglio di fondazione, le indennità versate da autorità o il soldo;
k  i rimborsi, i contributi e gli aiuti finanziari ricevuti per la fornitura di beni all'estero esente dall'imposta in virtù dell'articolo 23 capoverso 2 numero 1;
l  gli emolumenti, i contributi o altri pagamenti ricevuti per attività sovrane.
lettre e aLTVA et 21 al. 2
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 21 Prestazioni escluse dall'imposta - 1 Una prestazione esclusa dall'imposta non è imponibile se non si è optato per la sua imposizione secondo l'articolo 22.
1    Una prestazione esclusa dall'imposta non è imponibile se non si è optato per la sua imposizione secondo l'articolo 22.
2    Sono esclusi dall'imposta:
1  il trasporto di beni che sottostanno ai servizi riservati secondo l'articolo 3 della legge del 30 aprile 199727 sulle poste;
10  le prestazioni strettamente vincolate al promovimento della cultura e della formazione dei giovani fornite da istituzioni di utilità pubblica nell'ambito di scambi di giovani; sono giovani ai sensi di questa disposizione tutte le persone sino al compimento dei 25 anni di età;
11  le seguenti prestazioni nell'ambito dell'educazione e della formazione:30
11a  le prestazioni nell'ambito dell'educazione dell'infanzia e della gioventù, dell'insegnamento, della formazione, del perfezionamento e della riqualificazione professionale, compreso l'insegnamento impartito da insegnanti privati e scuole private,
11b  i corsi, le conferenze e le altre manifestazioni di natura scientifica o istruttiva; l'attività di conferenziere non sottostà all'imposta, indipendentemente dal fatto che l'onorario sia versato al conferenziere o al suo datore di lavoro,
11c  gli esami nell'ambito della formazione,
11d  le prestazioni di servizi di natura organizzativa (comprese le relative prestazioni accessorie) in favore di un'istituzione le cui prestazioni sono escluse dall'imposta in virtù delle lettere a-c, sempre che siano fornite da membri dell'istituzione,
11e  le prestazioni di servizi di natura organizzativa (comprese le relative prestazioni accessorie) in favore di servizi della Confederazione, dei Cantoni e dei Comuni che forniscono, gratuitamente o a pagamento, prestazioni escluse dall'imposta in virtù delle lettere a-c;
12  la messa a disposizione di personale da parte di istituzioni religiose o filosofiche senza scopo lucrativo, per la cura dei malati, l'aiuto e la sicurezza sociali, l'assistenza all'infanzia e alla gioventù, l'educazione e l'istruzione, nonché per il culto, la beneficenza e scopi di utilità pubblica;
13  le prestazioni fornite ai propri membri, contro pagamento di contributi stabiliti in conformità degli statuti, da parte di istituzioni senza scopo lucrativo che perseguono obiettivi di natura politica, sindacale, economica, religiosa, patriottica, filosofica, filantropica, ecologica, sportiva, culturale o civica;
14  le prestazioni di servizi culturali rese direttamente al pubblico o, se non rese direttamente, da quest'ultimo fruibili direttamente nei seguenti settori:31
14a  rappresentazioni teatrali, musicali e coreografiche, nonché proiezioni cinematografiche,
14b  spettacoli di attori, musicisti, ballerini e altri artisti esecutori, prestazioni di persone che partecipano sul piano artistico a tali spettacoli, nonché prestazioni di baracconisti, compresi i giochi d'abilità che essi propongono,32
14c  visite di musei, gallerie, monumenti, luoghi storici, nonché di giardini botanici e zoologici,
14d  prestazioni di servizi da parte di biblioteche, archivi e altri centri di documentazione, segnatamente la consultazione di testi, registrazioni di suoni e di immagini nei loro locali; sono tuttavia imponibili le forniture di beni (compresa la messa a disposizione) di simili istituzioni;
15  le controprestazioni richieste in caso di manifestazioni sportive, compresi i diritti di partecipazione a dette manifestazioni (p. es. la tassa di iscrizione) e le prestazioni accessorie;
16  le prestazioni di servizi culturali e la fornitura di opere d'arte di natura culturale da parte degli autori, come scrittori, compositori, cineasti, pittori e scultori, nonché le prestazioni di servizi degli editori e delle società di riscossione per la diffusione di queste opere; questa disposizione si applica anche alle opere di seconda mano di cui all'articolo 3 della legge del 9 ottobre 199234 sul diritto d'autore che sono di natura culturale;
17  le prestazioni in caso di manifestazioni come vendite di beneficenza, mercatini dell'usato e tombole effettuate da istituzioni che svolgono attività escluse dall'imposta nel settore dello sport e della cultura senza scopo lucrativo, nei settori della cura ai malati, dell'aiuto e della sicurezza sociali, dell'assistenza all'infanzia e alla gioventù, da organizzazioni di utilità pubblica di cure ai malati e di aiuto a domicilio (Spitex) e da case per anziani, case di riposo e case di cura, purché tali manifestazioni siano intese a procurare un aiuto finanziario a dette istituzioni e siano effettuate a loro esclusivo profitto; le prestazioni eseguite a loro esclusivo profitto in negozi di seconda mano da istituzioni di aiuto e sicurezza sociali;
18  nel settore assicurativo:
18a  le prestazioni di assicurazione e di riassicurazione,
18b  le prestazioni delle assicurazioni sociali,
18c  le seguenti prestazioni nell'ambito delle assicurazioni sociali e della prevenzione:
18d  le prestazioni relative all'attività di agente o di intermediario d'assicurazione;
19  le seguenti operazioni nel settore del mercato monetario e dei capitali:
19a  la concessione e la mediazione di crediti, nonché la gestione di crediti da parte di chi li ha concessi,
19b  la mediazione e l'assunzione di impegni, fideiussioni e altre cauzioni e garanzie, nonché la gestione di garanzie di crediti da parte di chi li ha concessi,
19c  le operazioni, compresa la mediazione, relative al deposito di fondi, ai conti correnti, ai pagamenti, alle girate, ai crediti pecuniari, agli assegni e ad altri effetti commerciali; è invece imponibile il ricupero di crediti su ordine del creditore (operazioni d'incasso),
19d  le operazioni, compresa la mediazione, relative ai mezzi legali di pagamento (valute svizzere ed estere quali divise, banconote e monete); sono invece imponibili i pezzi da collezione (banconote e monete) che normalmente non vengono utilizzati come mezzo legale di pagamento,
19e  le operazioni (operazioni in contanti e operazioni a termine), compresa la mediazione, relative a cartevalori, diritti-valore e derivati, nonché a quote di società e di altre associazioni; sono invece imponibili la custodia e la gestione di cartevalori, diritti-valore e derivati nonché di quote (depositi ecc.), compresi i collocamenti fiduciari,
19f  l'offerta di quote a investimenti collettivi di capitale ai sensi della legge del 23 giugno 200638 sugli investimenti collettivi (LICol) e la gestione di investimenti collettivi di capitale ai sensi della LICol da parte di persone che li gestiscono o li custodiscono, nonché da parte delle direzioni dei fondi, delle banche depositarie e dei loro mandatari; si considerano mandatari tutte le persone fisiche o giuridiche alle quali gli investimenti collettivi di capitale possono delegare compiti conformemente alla LICol o alla legge del 15 giugno 201839 sugli istituti finanziari; l'offerta di quote e la gestione delle società di investimento a capitale fisso ai sensi dell'articolo 110 LICol sono disciplinate dalla lettera e;
2  le cure ospedaliere e le cure mediche in ospedali nell'ambito della medicina umana, comprese le prestazioni a esse strettamente connesse, fornite da ospedali come pure da centri medici e diagnostici; la fornitura di protesi e di apparecchi ortopedici fabbricati in proprio o acquistati è considerata fornitura imponibile;
20  il trasferimento e la costituzione di diritti reali su fondi, nonché le prestazioni effettuate da comunioni di comproprietari di proprietà per piani ai propri membri, nella misura in cui tali prestazioni consistano nella messa a disposizione per l'uso della proprietà comune, nella sua manutenzione, nelle sue riparazioni e in qualsiasi altro atto di gestione, come pure nella fornitura di calore e di beni simili;
21  la messa a disposizione per l'uso o il godimento di fondi e parti di fondi; sono invece imponibili:
21a  la locazione d'appartamenti e camere per l'alloggio di ospiti, nonché la locazione di sale nel settore alberghiero e della ristorazione,
21b  la locazione di aree di campeggio,
21c  la locazione, per il parcheggio di veicoli, di aree non destinate all'uso comune, salvo se si tratta di una prestazione accessoria a una locazione di immobili esclusa dall'imposta,
21d  la locazione e l'affitto di attrezzature e macchine installate durevolmente e facenti parte di un impianto, non però di impianti sportivi,
21e  la locazione di cassette di sicurezza,
21f  la locazione di stand di esposizione e di singoli locali in edifici espositivi e congressuali;
22  le forniture, al massimo al loro valore facciale, di francobolli valevoli per l'affrancatura sul territorio svizzero e di altri valori di bollo ufficiali;
23  le operazioni concernenti giochi in denaro, purché il prodotto lordo dei giochi sia assoggettato alla tassa sulle case da gioco secondo l'articolo 119 della legge federale del 29 settembre 201742 sui giochi in denaro (LGD) o l'utile netto realizzato sia destinato interamente a scopi d'utilità pubblica ai sensi dell'articolo 125 LGD;
24  le forniture di beni mobili usati, che sono stati utilizzati unicamente per prestazioni escluse dall'imposta secondo il presente articolo;
25  ...
26  la vendita, da parte degli agricoltori, dei selvicoltori e degli orticoltori, di prodotti agricoli, forestali e orticoli della propria azienda, la vendita di bestiame da parte dei commercianti di bestiame e la vendita di latte alle aziende di trasformazione da parte dei centri di raccolta del latte;
27  le prestazioni di organizzazioni di utilità pubblica volte a promuovere l'immagine di terzi e le prestazioni di terzi volte a promuovere l'immagine di organizzazioni di utilità pubblica;
28  le prestazioni effettuate:
28bis  la messa a disposizione di personale da parte di collettività pubbliche ad altre collettività pubbliche;
28a  tra le unità organizzative della medesima collettività pubblica,
28b  tra le società di diritto privato o pubblico alle quali partecipano esclusivamente collettività pubbliche e le collettività pubbliche partecipanti a tali società o le loro unità organizzative,
28c  tra gli istituti o le fondazioni fondati esclusivamente da collettività pubbliche e le collettività pubbliche che hanno partecipato alla loro fondazione o le loro unità organizzative;
29  l'esercizio di funzioni d'arbitrato;
3  le cure mediche nell'ambito della medicina umana prestate da medici, medici-dentisti, psicoterapeuti, chiropratici, fisioterapisti, naturopati, levatrici, infermieri o da persone che esercitano professioni analoghe, purché chi presta i servizi disponga della relativa autorizzazione; il Consiglio federale disciplina i dettagli.28 La fornitura di protesi e di apparecchi ortopedici fabbricati in proprio o acquistati è considerata fornitura imponibile;
30  le prestazioni eseguite tra istituti di formazione e di ricerca che partecipano a una cooperazione in materia di istruzione e di ricerca, se effettuate nell'ambito della cooperazione, a prescindere dal fatto che la cooperazione in materia di istruzione e di ricerca si presenti quale soggetto fiscale.
4  le prestazioni di cura fornite da infermieri, organizzazioni Spitex o case di cura, purché siano state prescritte da un medico;
5  le forniture di organi umani da parte di istituzioni riconosciute a livello medico e da ospedali, nonché la fornitura di sangue umano intero da parte di titolari dell'apposita licenza;
6  le prestazioni di servizi da parte di associazioni i cui membri esercitano le professioni menzionate nel numero 3, purché tali prestazioni siano fornite proporzionalmente e al prezzo di costo ai membri, per consentire loro l'immediato esercizio della propria attività;
7  il trasporto di persone malate, ferite o disabili in mezzi di trasporto appositamente attrezzati;
8  le prestazioni delle istituzioni di aiuto e sicurezza sociali, delle organizzazioni di utilità pubblica di cure ai malati e di aiuto a domicilio (Spitex) e delle case per anziani, case di riposo e case di cura;
9  le prestazioni di assistenza all'infanzia e alla gioventù fornite da istituzioni appositamente attrezzate;
3    Fatto salvo il capoverso 4, l'esclusione dall'imposta di una prestazione menzionata nel capoverso 2 si determina esclusivamente in funzione del contenuto della stessa, a prescindere da chi la fornisce o la riceve.
4    Se una prestazione menzionata nel capoverso 2 è esclusa dall'imposta a causa delle caratteristiche del suo fornitore o destinatario, l'esclusione si applica soltanto alle prestazioni fornite o ricevute da persone che presentano tali caratteristiche.47
5    Il Consiglio federale definisce in dettaglio le prestazioni escluse dall'imposta; a tal proposito osserva il principio della neutralità concorrenziale.
6    Le unità organizzative di una collettività pubblica secondo il capoverso 2 numero 28 sono i suoi servizi, le sue società di diritto privato o pubblico, purché non vi partecipino né altre collettività pubbliche né altri terzi, nonché i suoi istituti e le sue fondazioni, purché la collettività pubblica li abbia fondati senza la partecipazione di altre collettività pubbliche o di altri terzi.48
ch. 19 lettre e LTVA ont la même teneur. La règle a donc été reprise dans les législations qui ont remplacé l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée.

L'exonération par l'art. 14 ch. 15 aOTVA de la plupart des opérations dans les domaines du marché monétaire et du marché des capitaux était conforme à la réglementation des Etats membres de l'Union européenne. S'agissant en particulier de l'émission de papiers-valeurs et des transactions qui leur sont associées, l'exonération se justifiait en outre par le fait que de telles opérations étaient déjà soumises au droit de timbre (Département fédéral des finances, Commentaire de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994, FF 1994 III 534 ss, ad art. 14 ch. 15).

En ce qui concerne la notion de "dérivés", le texte de l'art. 18 ch. 19 lettre e aLTVA - comme celui de l'art. 14 ch. 15 lettre e aOTVA - n'indique pas si celle-ci englobe l'ensemble des produits dérivés ou seulement ceux qui ont pour sous-jacents des papiers-valeurs ou des parts de sociétés etc. La question se pose en particulier pour les dérivés portant sur des marchandises ou de l'énergie, dont la livraison constitue une opération imposable. En doctrine, certains auteurs ont ainsi proposé que les opérations portant sur les dérivés suivent en principe le même sort que celles ayant pour objet la valeur de base. Ils ont toutefois réservé les cas où les dérivés sont utilisés comme de purs produits financiers, en étant entièrement découplés des opérations de base portant sur le sous-jacent (Philip Robinson/Cristina Oberheid, in Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, 2000, no 55 ad art. 18 ch. 19 aLTVA).

3.2 L'Administration fédérale a exposé sa pratique dans la brochure no 14 "Finance", valable à partir de l'entrée en vigueur de la loi sur la TVA le 1er janvier 2001, dont le chiffre 5.8 traite des opérations de couverture au moyen d'"options" et de "futures" (hedging). Les brochures applicables sous le régime de l'ordonnance régissant la TVA (brochure no 3 "Banques et sociétés financières", éditée en mai 1995, et brochure no 3a, éditée en mai 1998, constituant un supplément se rapportant aux changements de pratique intervenus au 1er janvier 1997 et au 1er juillet 1998) ne contenaient apparemment pas de réglementation relative à ce type d'opérations.

Selon le chiffre 5.8 de la brochure no 14, les opérations de couverture des risques propres au secteur financier (not. fluctuation des cours de bourse) ne posent pas de problèmes spécifiques du point de vue de la TVA. En effet, tant le négoce de droits-valeurs/dérivés ("options" et "futures") que celui de leurs sous-jacents (p. ex. actions, devises) constituent des opérations exclues du champ de l'impôt. Peu importe dès lors que la mise en oeuvre des droits-valeurs/dérivés aboutisse à la livraison des sous-jacents ou que les "options" ou "futures" soient "revendus" ou liquidés avant l'échéance.

D'après la brochure précitée, la situation est différente lorsque les sous-jacents des droits-valeurs/dérivés ("options", "futures") sont des marchandises comme le pétrole, le thé, le café, dont la livraison représente des chiffres d'affaires imposables. Il faut alors distinguer selon que la mise en oeuvre des droits-valeurs/dérivés aboutit à des livraisons physiques des marchandises en question ou que les droits-valeurs/dérivés sont vendus ou liquidés avant l'échéance, les transactions étant exclues du champ de l'impôt seulement dans ce second cas. Le chiffre d'affaires exclu du champ de l'impôt doit alors être estimé selon une formule mentionnée dans la brochure (cf. à ce sujet Olivier Straub/Thibaut de Haller, TVA et Futures, Les incertitudes de la détermination du chiffre d'affaires exclu, L'Expert-comptable suisse 2007 p. 911 ss). Ces règles valent aussi lorsque, dans la branche considérée, les risques liés à la fluctuation des cours sont tels qu'ils imposent de recourir à des instruments de couverture (ch. 5.8).

Au vu des liens étroits existant entre le commerce physique des marchandises et celui des dérivés, il n'est pratiquement pas possible d'attribuer, aux fins de procéder à la réduction de la déduction de l'impôt préalable, les opérations préalables grevées d'impôt à l'une ou l'autre des deux catégories de transactions. Par conséquent, l'Administration fédérale a développé deux méthodes spéciales de réduction de la déduction de l'impôt préalable, qui l'emportent sur les méthodes générales de réduction pour double affectation de l'art. 32 aOTVA (voir à ce sujet Olivier Straub/Thibaut de Haller, TVA et Futures, Le choix de la méthode de réduction de la déduction de l'impôt préalable, L'Expert-comptable suisse 2007 p. 950 ss).

3.3 La pratique relative aux opérations servant à la couverture des risques dans les transactions physiques sur marchandises, décrite ci-avant (consid. 3.2), a été modifiée avec effet au 1er octobre 2009 et la brochure no 14 adaptée en conséquence.
3.3.1 Selon le nouveau chiffre 5.8.2 de la brochure en question, le traitement fiscal des opérations de couverture dépend du point de savoir si le droit-valeur/dérivé est lié à une livraison physique ou que, ayant été acquis dans un but purement spéculatif, il est détaché de toute livraison physique: alors que dans le premier cas les produits issus du droit-valeur/dérivé ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable, cette conséquence se produit dans le second cas.

L'Administration fédérale admet, selon cette nouvelle pratique, qu'un négociant en matières premières effectue exclusivement des transactions sur droits-valeurs/dérivés liés à des livraisons physiques - ne donnant pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable - lorsque les quatre conditions cumulatives suivantes sont remplies:

- le négociant opère pour son propre compte ou pour le compte d'autres sociétés du groupe;

- il opère au moyen de dérivés portant sur des marchandises principalement à des fins de couverture (le cas échéant à l'échelle du groupe);

- il n'opère pas principalement dans le secteur financier, que le négociant soit envisagé pour lui-même ou en fonction de son rôle au sein du groupe;

- lorsque des organismes de clearing réglementés sont affiliés à la bourse, le négociant conclut ses opérations en bourse par leur intermédiaire.

Une condition supplémentaire, à savoir que les produits issus des opérations sur "options" et "futures" "revendus" ou liquidés avant l'échéance ne doivent pas représenter plus de 5% du chiffre d'affaires annuel total, a été abandonnée selon "rectificatif" du 20 août 2009.
3.3.2 Les règles sur la réduction de la déduction de l'impôt préalable ont également été modifiées (cf. ch. 5.8.3 de la brochure). Elles s'appliquent lorsque - les conditions ci-dessus n'étant pas remplies - le négociant effectue des transactions portant à la fois sur des droits-valeurs/dérivés liés à des livraisons physiques et sur d'autres qui en sont détachés.

3.4 Dans la mesure où elle prévoit que certaines opérations sur dérivés - celles portant sur des dérivés dont le sous-jacent est constitué par des marchandises, lorsqu'il existe un lien entre les opérations sur dérivés et celles sur marchandises - ne tombent pas sous le coup de l'art. 18 ch. 19 lettre e aLTVA, la pratique de l'Administration fédérale consacre une interprétation nuancée, dès lors que cette disposition envisage les opérations sur dérivés, sans faire de distinction. L'exception introduite par la pratique est motivée par le lien existant entre les opérations sur dérivés et les opérations sur marchandises, lorsque les premières ne sont pas effectuées pour elles-mêmes dans un but purement spéculatif, mais qu'il s'agit d'opérations de couverture ayant pour but de limiter les risques liés aux secondes. Les opérations sur dérivés sont alors traitées fiscalement de la même manière que les opérations sur marchandises en ce qui concerne le droit de déduire l'impôt préalable. La modification de la pratique décidée avec effet au 1er octobre 2009 a établi des critères (conditions) permettant de déterminer si les opérations sur dérivés sont effectuées pour elles-mêmes, dans un but spéculatif, ou si elles sont liées aux opérations
sur marchandises, dont elles doivent couvrir les risques. La réalisation des quatre conditions cumulatives conduit à admettre que les opérations sur dérivés effectuées dans ces circonstances poursuivent un but de couverture, sont liées aux opérations sur marchandises et ne donnent pas lieu à une réduction de l'impôt préalable déductible. Il est en effet généralement admis que les sociétés de négoce de matières premières recourent à des produits dérivés - notamment à des "futures" (cf. Straub/de Haller, TVA et Futures, Les incertitudes de la détermination du chiffre d'affaires exclu, op. cit., p. 911) - dans le but de couvrir les risques liés au commerce de ces marchandises. Dès lors, l'on peut considérer que les transactions portant sur des dérivés sont économiquement si étroitement liées aux opérations sur marchandises qu'il y a lieu d'admettre entre elles l'existence d'une unité (principe de l'unité de la prestation) ou que les premières sont accessoires aux secondes - en ce sens qu'elles conduisent à en diminuer les risques. Compte tenu de ce lien, il paraît justifié d'admettre, à l'instar de la doctrine, la possibilité de les traiter de la même manière en ce qui concerne le droit à la déduction de l'impôt préalable (sur le
rôle du principe de l'unité de la prestation et du principe selon lequel l'accessoire suit le principal dans l'interprétation des règles sur les exonérations, cf. Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, Traité TVA, 2009, chap. 2 nos 342 ss). Le maintien du droit à la déduction intégrale de l'impôt préalable, résultant d'une interprétation nuancée des art. 14 ch. 15 lettre e aOTVA et 18 ch. 19 lettre e aLTVA, peut en outre s'appuyer sur le principe selon lequel les règles sur les exonérations improprement dites doivent être interprétées de manière plutôt restrictive (cf. Robinson/Oberheid, loc. cit.), dans la mesure notamment où ces règles peuvent aboutir à des distorsions de concurrence ainsi qu'à des taxes occultes (cf. ATF 124 II 372 consid. 6 p. 377, 193 consid. 5e p. 202; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., chap. 2 nos 336 s.).

Il apparaît ainsi que la nouvelle pratique n'est pas contraire aux art. 14 ch. 15 lettre e aOTVA et 18 ch. 19 lettre e aLTVA.

3.5 Selon la jurisprudence, les brochures et autres instructions édictées par l'Administration fédérale constituent des ordonnances administratives indiquant l'interprétation généralement donnée à certaines dispositions légales (ATF 133 II 305 consid. 8.1 p. 315). Ne contenant aucune règle de droit au sens strict, elles sont en principe applicables dans le temps de la même manière que les dispositions qu'elles interprètent (arrêt 2A.555/1999 du 15 mai 2000 consid. 5b, Archives 70 p. 589, RDAF 2000 II p. 300, RF 55/2000 p. 584, SJ 2000 I p. 620). En outre, lors d'un contrôle, l'Administration fédérale accepte généralement d'appliquer une nouvelle pratique à des périodes fiscales antérieures à son entrée en vigueur, lorsque celle-ci est en faveur du contribuable (cf. Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., chap. 6 no 9).

La pratique en cause ici a été développée sous le régime de l'ancienne loi fédérale régissant la TVA, du 2 septembre 1999, alors que le cas d'espèce est encore régi par l'ordonnance antérieure. Les art. 14 ch. 15 lettre e aOTVA et 18 ch. 19 lettre e aLTVA étant en substance identiques (cf. consid. 3.1 ci-dessus), cette pratique peut aussi valoir dans le cas particulier. Cela se justifie d'autant plus qu'elle est plus favorable aux recourantes, dans la mesure où elle admet, aux conditions indiquées ci-dessus, que les transactions sur dérivés servent à couvrir les risques liés aux opérations sur marchandises et ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable.

3.6 En l'occurrence, l'Administration fédérale admet expressément que les recourantes remplissent "à l'évidence" les conditions que la nouvelle pratique a posées pour que les transactions portant sur des dérivés soient considérées comme liées à des opérations sur marchandises et traitées fiscalement comme ces dernières. Il s'ensuit qu'en application de cette nouvelle pratique les transactions portant sur des "futures" effectuées par les recourantes ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable.

4.
Vu ce qui précède, le recours doit être admis dans la mesure où il est recevable. La décision attaquée doit être partiellement annulée en tant qu'elle porte sur les reprises découlant de la réduction de la déduction de l'impôt préalable liée aux transactions portant sur des "futures" et la cause doit être renvoyée à l'Administration fédérale pour qu'elle fixe à nouveau, sur la base de sa nouvelle pratique, les montants dus par les recourantes pour les périodes fiscales en cause. L'arrêt attaqué est entré en force en ce qui concerne l'imposition des prestations de services acquises de l'étranger, point qui n'est pas contesté dans la présente procédure.

L'Administration fédérale, dont l'intérêt pécuniaire est en cause (cf. art. 66 al. 4
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
LTF), doit supporter les frais judiciaires en vertu de l'art. 66 al. 3
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
LTF. Il n'y a au surplus pas lieu de les réduire, comme le demande l'Administration fédérale, dès lors que le changement de pratique n'a pas dispensé le Tribunal fédéral saisi d'examiner la cause sur le fond.

L'Administration fédérale versera en outre des dépens aux recourantes, créancières solidaires (cf. art. 68 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
et 3
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF). Il s'agit uniquement des frais nécessaires causés par le litige, qui sont fixés selon le règlement du Tribunal fédéral sur les dépens, du 31 mars 2006 (RS 173.100.210.3), sur la base d'une évaluation (cf. art. 68 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF). Dans ce cadre, le Tribunal fédéral ne prend en considération que les opérations habituelles liées au dépôt du recours, en fonction des critères posés par ledit règlement.

Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la possibilité offerte par l'art. 67
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 67 Spese del procedimento anteriore - Se modifica la decisione impugnata, il Tribunale federale può ripartire diversamente le spese del procedimento anteriore.
LTF et renverra la cause au Tribunal administratif fédéral pour qu'il statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant lui.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est admis dans la mesure où il est recevable. La décision attaquée est partiellement annulée en tant qu'elle porte sur les reprises découlant de la réduction de la déduction de l'impôt préalable en raison des transactions portant sur des "futures" et la cause est renvoyée à l'Administration fédérale pour qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants du présent arrêt.

2.
Des frais judiciaires de 10'000 fr. sont mis à la charge de l'Administration fédérale.

3.
L'Administration fédérale versera aux recourantes, créancières solidaires, une indemnité de dépens de 10'000 fr.

4.
La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour qu'il statue sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant lui.

5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourantes, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.

Lausanne, le 28 juin 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:

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