Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 299/2009
{T 0/2}

Arrêt du 28 juin 2010
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Zünd, Président,
Merkli, Karlen, Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffier: M. Vianin.

Participants à la procédure
A.X.________ SA, B.X.________ SA, C.X.________ SA et D.X.________ SA,
représentées par Maîtres Pierre-Marie Glauser et Anne Tissot Benedetto, avocats,
recourantes,

contre

Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne.

Objet
TVA (1er trimestre 1995 au 4ème trimestre 1999); transactions portant sur des futures,

recours contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, Cour I, du 19 mars 2009.

Faits:

A.
Les sociétés A.X.________ SA, C.X.________ SA, D.X.________ SA et B.X.________ SA (ci-après: les assujetties ou les recourantes), sises à Genève, constituées respectivement en 1972, 1986, 1991 et 1992, font partie du groupe international X.________. Selon les inscriptions au registre du commerce, leurs buts sont respectivement les suivants:

- l'achat, la distribution et la vente de combustibles, de produits pétroliers raffinés et de produits semblables (A.X.________ SA);

- le commerce, la production, la transformation, le stockage et le transport de produits générateurs d'énergie et en particulier de produits pétroliers et de dérivés de produits pétroliers (C.X.________ SA);

- le commerce et la fourniture de prestations de services et conseils dans le domaine des métaux, minéraux, minerais et tous produits dérivés, ainsi que le commerce de produits pétroliers (D.________ SA);

- l'importation, l'exportation et le commerce en général, y compris sur le marché à terme, de sucre et autres produits et matières premières (B.X.________ SA).

Les sociétés précitées sont immatriculées dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) depuis le 1er janvier 1995.

A la suite de contrôles effectués dans le courant des années 1998 à 2001, l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: l'Administration fédérale ou l'intimée) a établi, pour les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 1999, les décomptes complémentaires suivants:

- no 115'486 du 1er décembre 2000, d'un montant de 418'564 fr., concernant A.X.________ SA;

- no 115'487 du 1er décembre 2000, d'un montant de 6'659 fr., concernant C.X.________ SA;

- no 115'502 du 26 février 2001, d'un montant de 45'586 fr., concernant B.X.________ SA;

- no 115'503 du 26 février 2001, d'un montant de 282'770 fr., concernant D.________ SA.

Ces reprises étaient motivées pour l'essentiel comme suit:

- les assujetties avaient omis de soumettre à l'impôt des prestations de services acquises de l'étranger;

- les assujetties effectuaient, à des fins de couverture des risques liés à leurs autres opérations, des transactions portant sur des "futures", qui n'aboutissaient pas à la livraison des valeurs sous-jacentes; ces transactions constituant des opérations exclues du champ de l'impôt (exonération au sens impropre, sans droit à la déduction de l'impôt préalable), les assujetties auraient dû procéder à une réduction de la déduction de l'impôt préalable, ce qu'elles n'avaient pas fait.

Les assujetties ayant contesté ces reprises, l'Administration fédérale les a confirmées par décisions du 15 octobre 2001.

B.
Ces prononcés ont été contestés par les assujetties.

Par décomptes complémentaires nos 115'935 et 115'931 du 1er décembre 2005, l'Administration fédérale a augmenté les reprises concernant B.X.________ SA et D.________ SA de respectivement 8'393 fr. et 2'933 fr. Par avis de crédit nos 115'225 et 115'226 de la même date, les reprises afférentes à A.X.________ SA et C.X.________ SA ont été réduites de respectivement 90'468 fr. et 2'109 fr. Ces modifications étaient liées à de nouveaux calculs de la réduction de la déduction de l'impôt préalable.

Par décisions du 18 septembre 2006, l'Administration fédérale a rejeté la réclamation formée par B.X.________ SA et partiellement admis celles interjetées par D.________ SA, A.X.________ SA et C.X.________ SA. Les montants dus par ces sociétés pour les périodes fiscales en cause ont été fixés à respectivement 53'979 fr., 266'181 fr. 68, 328'096 fr. et 4'460 fr. 10.

A l'encontre de ces décisions, les assujetties ont recouru à la Commission fédérale de recours en matière de contributions, à laquelle a succédé, le 1er janvier 2007, le Tribunal administratif fédéral. Par arrêt du 19 mars 2009, ce dernier a rejeté les recours après avoir joint les causes. Suivant la position de l'Administration fédérale dans les déci- sions attaquées, il a estimé que les transactions portant sur les "futures" étaient des opérations exclues du champ de l'impôt (exonération au sens impropre). Il a par ailleurs confirmé que les prestations de services que les assujetties acquéraient de leurs succursales à l'étranger étaient imposables en Suisse. L'exonération au sens impropre des transactions portant sur les "futures" entraînait une réduction de la déduction de l'impôt préalable grevant les opérations préalables - dont les prestations acquises de l'étranger, puisque celles-ci s'avéraient imposables.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les assujetties demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 19 mars 2009 en disant que les contrats à terme sur marchandises ("futures") ne constituent pas des opérations exclues du champ de l'impôt, mais des "non-opérations" n'entrant pas dans le champ d'application de la TVA, et qu'elles ont un droit intégral à la déduction de l'impôt préalable. Elles ne contestent en revanche plus l'imposition des prestations de services acquises de l'étranger.

L'autorité précédente a renoncé à se déterminer sur le recours.

Par courrier du 22 juin 2009, l'Administration fédérale a indiqué qu'elle n'était pas en mesure de se prononcer sur le recours. Elle était en effet sur le point d'adopter une nouvelle pratique relative au traitement fiscal des "futures" "ayant pour seule finalité de se prémunir contre les risques de fluctuation défavorable des cours des marchandises ('hedging')", telles que le café, le sucre, le thé, le pétrole, les métaux et les minéraux. L'état du dossier de la cause ne lui permettait pas de se prononcer sur les effets que cette modification de la pratique pourrait avoir sur l'issue de la présente procédure. Des mesures d'instruction complémentaires étaient nécessaires: il fallait soit que le Tribunal de céans invite les recourantes à produire les documents établissant les résultats (profits ou pertes) des opérations litigieuses portant sur des "futures" liquidés ou revendus avant l'échéance, soit qu'elle puisse effectuer un nouveau contrôle sur place.

Il a été décidé de procéder à un second échange d'écritures.

Par courrier du 23 septembre 2009, les recourantes ont relevé que, selon les contacts qu'elles avaient eus avec l'Administration fédérale, celle-ci avait abandonné, dans l'élaboration de sa nouvelle pratique, le critère qui justifiait sa demande de complément d'instruction. Les conditions qui demeuraient posées pour que les opérations portant sur des "futures" n'entraînent pas de réduction de l'impôt préalable déductible étaient au demeurant remplies, de sorte que le recours devait être admis.

Dans une écriture du 20 octobre 2009, l'Administration fédérale a exposé sa nouvelle pratique relative au traitement fiscal des opérations de couverture au moyen de "futures", qu'elle applique à partir du 1er octobre 2009 à tous les cas pendants. Cette pratique pose quatre conditions qui doivent cumulativement être remplies pour qu'un négociant en matières premières puisse être considéré comme effectuant exclusivement des transactions sur "futures" liées à des livraisons physiques et ne donnant dès lors pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable. Dans le cas particulier, il ressortirait "à l'évidence" du dossier que les quatre conditions posées étaient réunies. L'Administration fédérale a par conséquent conclu à l'admission du recours. Elle a en outre demandé que l'indemnité de dépens qui serait éventuellement mise à sa charge soit réduite, pour tenir compte du fait que la nouvelle pratique a été introduite après le dépôt du recours au Tribunal de céans.

Par courrier du 23 décembre 2009, les mandataires des recourantes ont produit une liste résumant les opérations accomplies pour la défense de leurs intérêts en procédure fédérale.

Considérant en droit:

1.
1.1 Dirigé contre un jugement final (cf. art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) rendu dans une cause de droit public (cf. art. 82
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
lettre a LTF) par le Tribunal administratif fédéral (cf. art. 86 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
lettre a LTF), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public. Interjeté par des parties directement touchées par la décision attaquée et qui ont un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF), il a, en effet, été déposé dans le délai - compte tenu des féries - (cf. art. 46 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 46 Suspension - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
1    Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
a  du septième jour avant Pâques au septième jour après Pâques inclus;
b  du 15 juillet au 15 août inclus;
c  du 18 décembre au 2 janvier inclus.
2    L'al. 1 ne s'applique pas:
a  aux procédures concernant l'octroi de l'effet suspensif ou d'autres mesures provisionnelles;
b  à la poursuite pour effets de change;
c  aux questions relatives aux droits politiques (art. 82, let. c);
d  à l'entraide pénale internationale ni à l'assistance administrative internationale en matière fiscale;
e  aux marchés publics.19
lettre a et art. 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF) et la forme (cf. art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF) prévus par la loi et ne tombe sous aucun des cas d'exceptions mentionnés à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF.

1.2 En vertu de l'art. 99 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
LTF, toute conclusion nouvelle est irrecevable. Une conclusion est nouvelle dès lors qu'elle n'a pas été soumise à l'autorité précédente et qu'elle tend à élargir l'objet du litige. Il est en revanche possible aux parties de réduire leurs prétentions (cf. arrêts 4A 9/2009 du 7 avril 2009 consid. 1.4 non publié aux ATF 135 III 410; 1C 323/2008 du 27 mars 2009 consid. 2.2).

En l'espèce, le litige ne porte plus que sur les reprises découlant de la réduction de la déduction de l'impôt préalable. Devant le Tribunal administratif fédéral, les recourantes ont conclu à l'annulation des décisions sur réclamation du 18 septembre 2006 - notamment en tant qu'elles portaient sur les reprises en question - et à ce qu'il soit dit que les contrats à terme sur marchandises ("futures") ne sont pas des transactions exclues du champ de l'impôt au sens de l'art. 14 de l'ordonnance fédérale du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (RO 1994 II 1464 et les modifications ultérieures; en vigueur du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000; ci-après: aOTVA). Dès lors, dans la présente procédure, les recourantes peuvent demander que le Tribunal fédéral annule l'arrêt du 19 mars 2009 - en tant qu'il porte sur les reprises en cause - en disant qu'elles ont le droit de déduire intégralement l'impôt préalable. En revanche, elles ne peuvent conclure à ce que le Tribunal de céans dise au surplus que les contrats à terme sur marchandises ("futures") ne sont pas des transactions exclues du champ de l'impôt au sens de l'art. 14 aOTVA, mais des "non-opérations" TVA, car cela représente une conclusion nouvelle tendant à
élargir l'objet du litige. En outre, cette conclusion porte sur les motifs. Or, l'intérêt des recourantes est suffisamment protégé dès lors que la reprise est annulée, sans qu'elles puissent au surplus exiger que les autorités fiscales procèdent de la sorte pour un motif déterminé.

Ainsi, dans la mesure où les recourantes demandent que le Tribunal fédéral se prononce en outre sur la qualification de "non-opérations" TVA des transactions portant sur les "futures", leurs conclusions sont irrecevables.

1.3 L'Administration fédérale ayant conclu à l'admission du recours, il convient de déterminer ce que cela implique pour l'examen de la cause par le Tribunal de céans.
1.3.1 Sous le régime de l'ancienne loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (OJ; RS 3 521 et les modifications ultérieures; en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006), s'agissant du recours de droit administratif (art. 97 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
OJ), l'art. 114 al. 1 posait le principe selon lequel le Tribunal fédéral ne pouvait aller au-delà des conclusions des parties, à l'avantage ou au détriment de celles-ci (cf. aussi art. 63 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
1ère phrase OJ en ce qui concerne le recours en réforme). Une exception était faite en matière de contributions publiques: dans ce domaine, le Tribunal fédéral était habilité à aller au-delà des conclusions des parties, lorsque la décision attaquée était entachée d'une violation du droit fédéral ou d'une constatation inexacte ou incomplète des faits. La faculté de s'écarter des conclusions des parties devait permettre d'effectuer la taxation qui était objectivement justifiée dans le cas particulier (cf. Patrick M. Müller, Aspekte der Verwaltungsrechtspflege, 2006, p. 305). En pratique, le Tribunal fédéral ne faisait usage de cette faculté que si l'arrêt attaqué était manifestement inexact et que la correction revêtait une importance notable (arrêt 2A.618/1998 du 7 février 2000 consid. 4b/bb, in Archives 69
p. 811, RDAF 2000 II p. 235). En faisant prévaloir la maxime d'office en matière de contributions publiques, l'art. 114 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
OJ permettait en outre de continuer à mener la procédure nonobstant le retrait du recours (arrêt 2A.408/2002 du 13 février 2004 consid. 1.4, in Archives 75 p. 159, StE 2004 B 96.12 no 14).
1.3.2 Dans le nouveau droit, l'art. 107 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF, qui fait partie des dispositions générales régissant la procédure (unifiée) de recours, prévoit que le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties. Cette règle vaut également dans les causes de nature fiscale, le nouveau droit n'ayant pas repris l'exception de l'art. 114 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
OJ. Selon le Message - datant d'avant l'arrêt 2A.408/2002 précité -, il ne se justifiait pas de maintenir la faculté de réformer la décision attaquée au détriment du recourant, du moment que celui-ci pouvait empêcher le Tribunal fédéral de statuer de la sorte en faisant usage de son droit de retirer le recours. Le Message réserve au surplus les cas où une autre loi fédérale permet aux autorités judiciaires de statuer librement, sans être liées par les conclusions des parties (Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 4142).

Le nouveau droit a par ailleurs introduit une disposition qui habilite le juge instructeur à statuer comme juge unique "sur la radiation du rôle des procédures devenues sans objet ou achevées par un retrait ou une transaction judiciaire" (art. 32 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 32 Juge instructeur - 1 Le président de la cour ou un juge désigné par lui dirige la procédure au titre de juge instructeur jusqu'au prononcé de l'arrêt.
1    Le président de la cour ou un juge désigné par lui dirige la procédure au titre de juge instructeur jusqu'au prononcé de l'arrêt.
2    Le juge instructeur statue comme juge unique sur la radiation du rôle des procédures devenues sans objet ou achevées par un retrait ou une transaction judiciaire.
3    Les décisions du juge instructeur ne sont pas sujettes à recours.
LTF). Cette disposition ne mentionne pas l'acquiescement de l'intimé. Selon un auteur, il s'agirait là d'un silence qualifié. En cas d'acquiescement, il ne serait ainsi pas possible de rendre un arrêt de classement. Le Tribunal fédéral, qui applique le droit d'office (art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF), devrait examiner le bien-fondé du recours et rendre un arrêt sur le fond (Matthias Härri, in Commentaire bâlois, Bundesgerichtsgesetz, 2008, no 18 ad art. 32
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 32 Juge instructeur - 1 Le président de la cour ou un juge désigné par lui dirige la procédure au titre de juge instructeur jusqu'au prononcé de l'arrêt.
1    Le président de la cour ou un juge désigné par lui dirige la procédure au titre de juge instructeur jusqu'au prononcé de l'arrêt.
2    Le juge instructeur statue comme juge unique sur la radiation du rôle des procédures devenues sans objet ou achevées par un retrait ou une transaction judiciaire.
3    Les décisions du juge instructeur ne sont pas sujettes à recours.
LTF).
1.3.3 Dans la doctrine relative à la procédure administrative, certains auteurs considèrent l'acquiescement (ou passé-expédient: Benoît Bovay, Procédure administrative, 2000, p. 429 s.) comme une forme de transaction et distinguent - tout au moins en procédure de recours, à l'exclusion de l'action de droit administratif - l'acquiescement et la transaction, d'une part, du retrait du recours et des cas où la procédure devient sans objet, d'autre part: alors que, dans ces dernières hypothèses, l'autorité judiciaire peut rendre une décision formelle de classement, elle doit, en présence d'une transaction ou d'un acquiescement, rendre une décision sur le fond, laquelle peut toutefois être sommairement motivée. Cette distinction est justifiée notamment par le fait que le prononcé d'une décision de classement laisse subsister et entrer en force la décision attaquée, ce qui n'est voulu qu'en cas de retrait du recours (Kölz/Bosshart/Röhl, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2e éd., 1999, no 7 ad § 28, nos 4 s. ad § 63, qui se réfèrent à la pratique du Tribunal administratif du canton de Zurich). Ces mêmes auteurs relèvent que, lorsque c'est l'autorité de première instance qui propose d'admettre le recours,
celle-ci a fréquemment la faculté de reconsidérer sa décision; elle rend alors une nouvelle décision qui se substitue à la première et au vu de laquelle l'autorité de recours classe la procédure comme étant sans objet (Kölz/Bosshart/Röhl, op. cit., no 26 ad § 28, no 6 ad § 63). D'autres auteurs ne font pas la distinction mentionnée ci-dessus (voir les références in Kölz/Bosshart/Röhl, op. cit., no 7 ad § 28). Parmi ceux-ci, Merkli/Aeschlimann/Herzog relèvent que le désistement ou l'acquiescement ne sont admissibles et ne lient l'autorité judiciaire - laquelle rend une décision formelle de classement - que dans la mesure où les parties peuvent disposer de l'objet du litige (Merkli/ Aeschlimann/Herzog, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, 1997, no 6 ad art. 39).
1.3.4 En l'occurrence, l'Administration fédérale propose d'admettre le recours au vu de sa nouvelle pratique. Devant le Tribunal fédéral, elle ne dispose pas de la faculté de rendre une nouvelle décision jusqu'à l'envoi de sa détermination, comme elle le peut dans le cadre de la procédure devant l'autorité précédente (art. 58
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 58 - 1 L'autorité inférieure peut, jusqu'à l'envoi de sa réponse, procéder à un nouvel examen de la décision attaquée.
1    L'autorité inférieure peut, jusqu'à l'envoi de sa réponse, procéder à un nouvel examen de la décision attaquée.
2    Elle notifie sans délai une nouvelle décision aux parties et en donne connaissance à l'autorité de recours.
3    L'autorité de recours continue à traiter le recours, dans la mesure où la nouvelle décision de l'autorité inférieure ne l'a pas rendu sans objet; l'art. 57 est applicable lorsque la nouvelle décision repose sur un état de fait notablement modifié ou crée une situation juridique sensiblement différente.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA; RS 172.021], applicable en vertu de l'art. 37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA57, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF; RS 173.32]). Dans ces conditions, il n'est pas possible de rendre une décision de classement et de rayer la cause du rôle, car cela reviendrait à laisser subsister l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, ce qui ne saurait correspondre à la volonté des parties. Pour ce motif déjà, il convient de rendre une décision sur le fond.

S'agissant de l'art. 107 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF, la nouvelle loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (loi sur la TVA, LTVA; entrée en vigueur le 1er janvier 2010; RS 641.20), dont les dispositions de procédure s'appliquent à toutes les procédures pendantes lors de son entrée en vigueur (art. 113 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA), ne contient pas de règle qui autoriserait le Tribunal fédéral à s'écarter des conclusions des parties, en dérogation à cette disposition.

Toutefois, dès lors que l'Administration fédérale n'est pas en droit de rendre une nouvelle décision dans la procédure devant le Tribunal fédéral, ses conclusions tendant à l'admission du recours ne dispensent pas le Tribunal de céans d'examiner la cause au fond. Admettre le contraire reviendrait en effet à réintroduire cette faculté d'une manière détournée. En outre, le cas d'espèce a ceci de particulier que l'acquiescement de l'Administration fédérale est lié au développement d'une nouvelle pratique. Or, il existe un intérêt public à ce que le Tribunal de céans n'entérine pas, sans autre examen, cette nouvelle pratique - qui ne lie pas les autorités judiciaires (cf. consid. 3.5 ci-après) -, mais vérifie si elle est conforme au droit fédéral. Par conséquent, l'Administration fédérale ne saurait en l'occurrence disposer de l'objet du litige et soustraire la cause à l'examen du Tribunal fédéral. Il se justifie donc d'examiner le bien-fondé du recours à la lumière de la nouvelle pratique, en rendant une décision sur le fond (cf. également arrêt 2C 229/2008 du 13 octobre 2008 consid. 2, rés. in RF 64/2009 p. 600).

2.
L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée a été remplacée par la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée, du 2 septembre 1999 (RO 2000 1300 et les modifications ultérieures; ci-après: aLTVA), entrée en vigueur le 1er janvier 2001, qui a elle-même été abrogée avec effet au 31 décembre 2009 par la nouvelle loi sur la TVA. Selon l'art. 93 al. 1 aLTVA, les dispositions abrogées et leurs dispositions d'exécution restent applicables, sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée s'applique dès lors au présent litige, qui porte sur les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 1999.

3.
La question litigieuse revient à déterminer si les transactions à terme sur marchandises ("futures") sont ou non exclues du champ de l'impôt au sens de l'art. 14 aOTVA.

3.1 L'art. 14 aOTVA contient la liste des opérations exclues du champ de l'impôt, qui ne sont pas imposables, mais ne donnent pas non plus droit à la déduction de l'impôt préalable (cf. art. 13 aOTVA; exonération au sens impropre).

L'art. 14 ch. 15 aOTVA exclut du champ de l'impôt certaines opérations réalisées dans les domaines du marché monétaire et des capitaux. Selon la lettre e de cette disposition, cela vaut pour
"les opérations "(au comptant et à terme), y compris la négociation, portant sur les papiers-valeurs, sur les droits-valeurs et dérivés ainsi que sur des parts de sociétés et d'autres associations; sont toutefois imposables la garde et la gestion de papiers-valeurs, de droits-valeurs et dérivés, ainsi que la garde et la gestion de parts (dépôts, etc.), y compris les placements fiduciaires".
Sous réserve de divergences d'ordre purement rédactionnel, les art. 18 ch. 19
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 18 Principe - 1 Sont soumises à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse les prestations fournies sur le territoire suisse par des assujettis moyennant une contre-prestation; ces prestations sont imposables pour autant que la présente loi ne l'exclue pas.
1    Sont soumises à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse les prestations fournies sur le territoire suisse par des assujettis moyennant une contre-prestation; ces prestations sont imposables pour autant que la présente loi ne l'exclue pas.
2    En l'absence de prestation, les éléments suivants, notamment, ne font pas partie de la contre-prestation:
a  les subventions et autres contributions de droit public, même si elles sont versées en vertu d'un mandat de prestations ou d'une convention-programme au sens de l'art. 46, al. 2, Cst.;
b  les recettes provenant exclusivement de taxes touristiques de droit public engagées par les offices du tourisme et les sociétés de développement touristique en faveur de la communauté, sur mandat d'une collectivité publique;
c  les contributions cantonales versées par les fonds pour l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets aux établissements qui assurent ces tâches;
d  les dons;
e  les apports faits à une entreprise, notamment les prêts sans intérêts, les contributions d'assainissement et l'abandon de créances;
f  les dividendes et autres parts de bénéfices;
g  les indemnités compensatoires versées aux acteurs économiques d'une branche en vertu de dispositions légales ou contractuelles par une unité d'organisation, notamment par un fonds;
h  les consignes, notamment sur les emballages;
i  les montants versés à titre de dommages-intérêts ou de réparation morale ainsi que les indemnités de même genre;
j  les indemnités versées pour une activité exercée à titre salarié telles que les honoraires de membre d'un conseil d'administration ou d'un conseil de fondation, les indemnités versées par des autorités ou la solde;
k  les remboursements, les contributions et les aides financières reçus pour la livraison de biens à l'étranger, exonérée en vertu de l'art. 23, al. 2, ch. 1;
l  les émoluments, les contributions et autres montants encaissés pour des activités relevant de la puissance publique.
lettre e aLTVA et 21 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 21 Prestations exclues du champ de l'impôt - 1 Une prestation exclue du champ de l'impôt n'est pas imposable si l'assujetti n'a pas opté pour son imposition en vertu de l'art. 22.
1    Une prestation exclue du champ de l'impôt n'est pas imposable si l'assujetti n'a pas opté pour son imposition en vertu de l'art. 22.
2    Sont exclus du champ de l'impôt:
1  le transport de biens qui relève des services réservés visés à l'art. 3 de la loi du 30 avril 1997 sur la poste25;
10  les prestations étroitement liées à la promotion de la culture et de la formation des jeunes fournies par des organisations d'utilité publique d'échanges de jeunes; on entend par jeunes au sens de la présente disposition les personnes de moins de 25 ans;
11  les prestations suivantes fournies dans le domaine de l'éducation et de la formation:29
11a  les prestations fournies dans le domaine de l'éducation des enfants et des jeunes, de l'enseignement, de l'instruction, de la formation continue et du recyclage professionnel, y compris l'enseignement dispensé par des professeurs privés ou des écoles privées,
11b  les cours, conférences et autres manifestations à caractère scientifique ou didactique; l'activité des conférenciers est exclue du champ de l'impôt, que les honoraires soient versés aux conférenciers ou à leur employeur,
11c  les examens organisés dans le domaine de la formation,
11d  les prestations de services d'ordre organisationnel (y compris les prestations accessoires qui y sont liées) que les membres d'une institution réalisant des opérations exclues du champ de l'impôt en vertu des let. a à c fournissent à cette institution,
11e  les prestations de services d'ordre organisationnel (y compris les prestations accessoires qui y sont liées) fournies aux services de la Confédération, des cantons et des communes qui réalisent, à titre onéreux ou à titre gratuit, des opérations exclues du champ de l'impôt en vertu des let. a à c;
12  la location de services assurée par des institutions religieuses ou philosophiques sans but lucratif à des fins relevant des soins aux malades, de l'aide et de la sécurité sociales, de la protection de l'enfance et de la jeunesse, de l'éducation et de la formation, ou encore à des fins ecclésiales, caritatives ou d'utilité publique;
13  les prestations que des organismes sans but lucratif, poursuivant des objectifs de nature politique, syndicale, économique, religieuse, patriotique, philosophique, philanthropique, écologique, sportive, culturelle ou civique, fournissent à leurs membres, moyennant une cotisation fixée statutairement;
14  les prestations de services culturelles ci-après fournies directement en présence du public ou, si elles ne sont pas fournies directement en présence du public, les prestations de services culturelles ci-après que le public peut percevoir lors de la représentation:30
14a  manifestations théâtrales, musicales, chorégraphiques et cinématographiques,
14b  représentations d'acteurs, de musiciens, de danseurs et d'autres artistes exécutants et prestations des personnes qui participent sur le plan artistique à de telles représentations, ainsi que les prestations de forains, y compris les jeux d'adresse exploités par ces derniers,
14c  visites de musées, de galeries, de monuments, de sites historiques ou de jardins botaniques et zoologiques,
14d  prestations de services des bibliothèques, services d'archives et autres centres de documentation, notamment la possibilité de consulter des supports de données dans leurs locaux; par contre, la livraison de biens (y compris la mise à la disposition de tiers) est imposable;
15  les contre-prestations demandées pour les manifestations sportives, y compris celles qui sont exigées des participants (notamment les finances d'inscription), et les prestations accessoires incluses;
16  les prestations de services culturelles et la livraison, par leur créateur, d'oeuvres culturelles réalisées par des artistes tels que les écrivains, les compositeurs, les cinéastes, les artistes-peintres ou les sculpteurs, ainsi que les prestations de services fournies par les éditeurs et les sociétés de perception en vue de la diffusion de ces oeuvres; cette disposition s'applique également aux oeuvres dérivées au sens de l'art. 3 de la loi du 9 octobre 1992 sur le droit d'auteur33 qui ont un caractère culturel;
17  les prestations fournies lors de manifestations telles que des ventes de bienfaisance, des marchés aux puces ou des tombolas par des institutions qui exercent des activités exclues du champ de l'impôt dans le domaine du sport et de la création culturelle sans but lucratif, dans le domaine des soins aux malades, de l'aide et de la sécurité sociales et de la protection de l'enfance et de la jeunesse, ou par des organisations d'utilité publique d'aide et de soins à domicile (Spitex), des maisons de retraite, des homes médicalisés et des organismes exploitant des appartements protégés, pour autant que ces manifestations soient organisées à leur seul profit dans le but de les soutenir financièrement; les prestations fournies dans le cadre de brocantes organisées par des institutions d'aide et de sécurité sociales, exclusivement pour leurs besoins propres;
18  dans le domaine des assurances:
18a  les prestations d'assurance et de réassurance,
18b  les prestations d'assurance sociale,
18c  les prestations suivantes fournies dans le domaine des assurances sociales et de la prévention:
18d  les prestations fournies dans le cadre de l'activité des intermédiaires d'assurance et des courtiers en assurance;
19  les opérations suivantes réalisées dans les domaines du marché monétaire et du marché des capitaux:
19a  l'octroi et la négociation de crédits, ainsi que la gestion de crédits par celui qui les a octroyés,
19b  la négociation et la prise en charge d'engagements, de cautionnements et d'autres sûretés et garanties, ainsi que la gestion de garanties de crédits par celui qui les a octroyés,
19c  les opérations sur les dépôts de fonds, comptes courants, paiements, virements, créances d'argent, chèques et autres effets de commerce, y compris leur négociation; est par contre imposable le recouvrement de créances sur mandat du créancier (opérations d'encaissement),
19d  les opérations portant sur les moyens de paiement légaux (valeurs suisses et étrangères telles que les devises, les billets de banque ou les monnaies), y compris leur négociation; sont par contre imposables les pièces de collection (billets et monnaies) qui ne sont pas normalement utilisées comme moyen de paiement légal,
19e  les opérations (au comptant et à terme), y compris la négociation, portant sur les papiers-valeurs, sur les droits-valeurs et les dérivés ainsi que sur des parts de sociétés et d'autres associations; sont par contre imposables la garde et la gestion de papiers-valeurs, de droits-valeurs et dérivés et de parts (notamment les dépôts), y compris les placements fiduciaires,
19f  l'offre de parts de placements collectifs au sens de la loi du 23 juin 2006 sur les placements collectifs (LPCC)37 et la gestion de placements collectifs au sens de la LPCC par des personnes qui les administrent ou qui les gardent, par les directions de fonds, par les banques dépositaires ainsi que par leurs mandataires; sont considérées comme mandataires toutes les personnes physiques ou morales auxquelles ces placements collectifs au sens de la LPCC ou de la loi fédérale du 15 juin 2018 sur les établissements financiers38 peuvent déléguer des tâches; l'offre de parts et l'administration de sociétés d'investissement à capital fixe au sens de l'art. 110 LPCC sont régies par la let. e;
2  les soins et les traitements médicaux dispensés dans le domaine de la médecine humaine, y compris les prestations qui leur sont étroitement liées, fournis dans des hôpitaux ou d'autres centres de diagnostic et de traitement médicaux; en revanche, la livraison d'appareils orthopédiques et de prothèses fabriqués par l'assujetti ou acquis par celui-ci est imposable;
20  le transfert et la constitution de droits réels sur des immeubles ainsi que les prestations fournies par les communautés de copropriétaires par étages à leurs membres, pour autant que ces prestations consistent en la mise à leur disposition de la propriété commune à des fins d'usage, en son entretien, sa remise en état, en d'autres opérations de gestion ou en la livraison de chaleur et de biens analogues;
21  la mise à la disposition de tiers, à des fins d'usage ou de jouissance, d'immeubles ou de parts d'immeubles; sont par contre imposables:
21a  la location d'appartements et de chambres pour l'hébergement d'hôtes ainsi que la location de salles dans le secteur de l'hôtellerie et de la restauration,
21b  la location de places de camping,
21c  la location de places de parc n'appartenant pas au domaine public, pour le stationnement de véhicules, sauf s'il s'agit d'une prestation accessoire à une location d'immeuble exclue du champ de l'impôt,
21d  la location et l'affermage de dispositifs et de machines fixés à demeure et faisant partie intégrante d'une installation autre que sportive,
21e  la location de casiers et de compartiments dans des chambres fortes,
21f  la location de surfaces de stands de foires ou d'exposition et celle de locaux destinés à des foires ou des congrès;
22  la livraison, au maximum à leur valeur faciale, de timbres-poste ayant valeur d'affranchissement sur le territoire suisse et d'autres timbres officiels;
23  les opérations réalisées dans le domaine des jeux d'argent, pour autant que le produit brut des jeux soit soumis à l'impôt sur les maisons de jeu visé à l'art. 119 de la loi fédérale du 29 septembre 2017 sur les jeux d'argent40 ou que les bénéfices nets réalisés sur l'exploitation de ces jeux soient affectés intégralement à des buts d'utilité publique au sens de l'art. 125 de la loi précitée;
24  la livraison de biens mobiliers d'occasion qui ont été utilisés uniquement dans le cadre d'une des activités que le présent article exclut du champ de l'impôt;
25  ...
26  la vente par les agriculteurs, les sylviculteurs et les horticulteurs des produits agricoles, sylvicoles et horticoles cultivés dans leur propre exploitation, la vente de bétail par les marchands de bétail et la vente de lait aux transformateurs de lait par les centres de collecte;
27  les prestations d'organisations d'utilité publique visant à promouvoir l'image de tiers et les prestations de tiers visant à promouvoir l'image d'organisations d'utilité publique;
28  les prestations fournies:
28bis  la mise à disposition de personnel entre collectivités publiques;
28a  entre des unités organisationnelles de la même collectivité publique,
28b  entre des sociétés de droit privé ou de droit public détenues uniquement par des collectivités publiques et les collectivités publiques qui les détiennent, ou leurs unités organisationnelles,
28c  entre des établissements ou fondations fondés exclusivement par des collectivités publiques et les collectivités publiques qui ont participé à leur fondation, ou leurs unités organisationnelles;
29  l'exercice de fonctions d'arbitrage;
3  les traitements médicaux dans le domaine de la médecine humaine dispensés par des médecins, des médecins-dentistes, des psychothérapeutes, des chiropraticiens, des physiothérapeutes, des naturopathes, des sages-femmes, des infirmiers ou des membres de professions analogues du secteur de la santé, si les prestataires de ces services sont détenteurs d'une autorisation de pratiquer; le Conseil fédéral règle les modalités; en revanche, la livraison d'appareils orthopédiques ou de prothèses fabriqués par l'assujetti ou acquis par celui-ci est imposable;
30  les prestations que se fournissent entre elles des institutions de formation et de recherche participant à une coopération dans le domaine de la formation et de la recherche, dans la mesure où les prestations sont fournies dans le cadre de la coopération, que cette coopération soit assujettie à la TVA ou non.
4  les autres prestations de soins fournies par des infirmiers ou par des organisations d'aide et de soins à domicile ainsi que dans des homes, pour autant qu'elles soient prescrites par un médecin;
5  la livraison d'organes humains par des institutions médicales reconnues ou des hôpitaux, ainsi que la livraison de sang humain complet par les titulaires de l'autorisation exigée à cette fin;
6  les prestations de services de groupements dont les membres exercent les professions énumérées au ch. 3, pour autant qu'elles leur soient facturées au prorata et au prix coûtant, dans l'exercice direct de leurs activités;
7  le transport de personnes malades, blessées ou handicapées à l'aide de moyens de transport spécialement aménagés à cet effet;
8  les prestations fournies par des institutions d'aide et de sécurité sociales, par des organisations d'utilité publique d'aide et de soins à domicile (Spitex) et par des maisons de retraite, des homes médicalisés et des organismes exploitant des appartements protégés;
9  les prestations liées à la protection de l'enfance et de la jeunesse fournies par des institutions aménagées à cet effet;
3    Sous réserve de l'al. 4, l'exclusion d'une prestation mentionnée à l'al. 2 est déterminée exclusivement en fonction de son contenu, sans considération des qualités du prestataire ou du destinataire.
4    Si une prestation relevant de l'al. 2 est exclue du champ de l'impôt en raison des qualités du prestataire ou du destinataire, l'exclusion ne vaut que pour les prestations fournies ou reçues par une personne ayant ces qualités.
5    Le Conseil fédéral précise les prestations exclues du champ de l'impôt en tenant compte du principe de la neutralité de la concurrence.
6    Sont réputées unités organisationnelles d'une collectivité publique au sens de l'al. 2, ch. 28, les services de cette collectivité, ses sociétés de droit privé ou de droit public, pour autant qu'aucune autre collectivité publique ni aucun autre tiers ne détienne de participation dans la société, ainsi que ses établissements et fondations, pour autant que la collectivité publique les ait fondés sans la participation d'autres collectivités publiques ni d'autres tiers.45
7    Le Conseil fédéral détermine les institutions de formation et de recherche visées à l'al. 2, ch. 30.46
ch. 19 lettre e LTVA ont la même teneur. La règle a donc été reprise dans les législations qui ont remplacé l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée.

L'exonération par l'art. 14 ch. 15 aOTVA de la plupart des opérations dans les domaines du marché monétaire et du marché des capitaux était conforme à la réglementation des Etats membres de l'Union européenne. S'agissant en particulier de l'émission de papiers-valeurs et des transactions qui leur sont associées, l'exonération se justifiait en outre par le fait que de telles opérations étaient déjà soumises au droit de timbre (Département fédéral des finances, Commentaire de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994, FF 1994 III 534 ss, ad art. 14 ch. 15).

En ce qui concerne la notion de "dérivés", le texte de l'art. 18 ch. 19 lettre e aLTVA - comme celui de l'art. 14 ch. 15 lettre e aOTVA - n'indique pas si celle-ci englobe l'ensemble des produits dérivés ou seulement ceux qui ont pour sous-jacents des papiers-valeurs ou des parts de sociétés etc. La question se pose en particulier pour les dérivés portant sur des marchandises ou de l'énergie, dont la livraison constitue une opération imposable. En doctrine, certains auteurs ont ainsi proposé que les opérations portant sur les dérivés suivent en principe le même sort que celles ayant pour objet la valeur de base. Ils ont toutefois réservé les cas où les dérivés sont utilisés comme de purs produits financiers, en étant entièrement découplés des opérations de base portant sur le sous-jacent (Philip Robinson/Cristina Oberheid, in Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, 2000, no 55 ad art. 18 ch. 19 aLTVA).

3.2 L'Administration fédérale a exposé sa pratique dans la brochure no 14 "Finance", valable à partir de l'entrée en vigueur de la loi sur la TVA le 1er janvier 2001, dont le chiffre 5.8 traite des opérations de couverture au moyen d'"options" et de "futures" (hedging). Les brochures applicables sous le régime de l'ordonnance régissant la TVA (brochure no 3 "Banques et sociétés financières", éditée en mai 1995, et brochure no 3a, éditée en mai 1998, constituant un supplément se rapportant aux changements de pratique intervenus au 1er janvier 1997 et au 1er juillet 1998) ne contenaient apparemment pas de réglementation relative à ce type d'opérations.

Selon le chiffre 5.8 de la brochure no 14, les opérations de couverture des risques propres au secteur financier (not. fluctuation des cours de bourse) ne posent pas de problèmes spécifiques du point de vue de la TVA. En effet, tant le négoce de droits-valeurs/dérivés ("options" et "futures") que celui de leurs sous-jacents (p. ex. actions, devises) constituent des opérations exclues du champ de l'impôt. Peu importe dès lors que la mise en oeuvre des droits-valeurs/dérivés aboutisse à la livraison des sous-jacents ou que les "options" ou "futures" soient "revendus" ou liquidés avant l'échéance.

D'après la brochure précitée, la situation est différente lorsque les sous-jacents des droits-valeurs/dérivés ("options", "futures") sont des marchandises comme le pétrole, le thé, le café, dont la livraison représente des chiffres d'affaires imposables. Il faut alors distinguer selon que la mise en oeuvre des droits-valeurs/dérivés aboutit à des livraisons physiques des marchandises en question ou que les droits-valeurs/dérivés sont vendus ou liquidés avant l'échéance, les transactions étant exclues du champ de l'impôt seulement dans ce second cas. Le chiffre d'affaires exclu du champ de l'impôt doit alors être estimé selon une formule mentionnée dans la brochure (cf. à ce sujet Olivier Straub/Thibaut de Haller, TVA et Futures, Les incertitudes de la détermination du chiffre d'affaires exclu, L'Expert-comptable suisse 2007 p. 911 ss). Ces règles valent aussi lorsque, dans la branche considérée, les risques liés à la fluctuation des cours sont tels qu'ils imposent de recourir à des instruments de couverture (ch. 5.8).

Au vu des liens étroits existant entre le commerce physique des marchandises et celui des dérivés, il n'est pratiquement pas possible d'attribuer, aux fins de procéder à la réduction de la déduction de l'impôt préalable, les opérations préalables grevées d'impôt à l'une ou l'autre des deux catégories de transactions. Par conséquent, l'Administration fédérale a développé deux méthodes spéciales de réduction de la déduction de l'impôt préalable, qui l'emportent sur les méthodes générales de réduction pour double affectation de l'art. 32 aOTVA (voir à ce sujet Olivier Straub/Thibaut de Haller, TVA et Futures, Le choix de la méthode de réduction de la déduction de l'impôt préalable, L'Expert-comptable suisse 2007 p. 950 ss).

3.3 La pratique relative aux opérations servant à la couverture des risques dans les transactions physiques sur marchandises, décrite ci-avant (consid. 3.2), a été modifiée avec effet au 1er octobre 2009 et la brochure no 14 adaptée en conséquence.
3.3.1 Selon le nouveau chiffre 5.8.2 de la brochure en question, le traitement fiscal des opérations de couverture dépend du point de savoir si le droit-valeur/dérivé est lié à une livraison physique ou que, ayant été acquis dans un but purement spéculatif, il est détaché de toute livraison physique: alors que dans le premier cas les produits issus du droit-valeur/dérivé ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable, cette conséquence se produit dans le second cas.

L'Administration fédérale admet, selon cette nouvelle pratique, qu'un négociant en matières premières effectue exclusivement des transactions sur droits-valeurs/dérivés liés à des livraisons physiques - ne donnant pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable - lorsque les quatre conditions cumulatives suivantes sont remplies:

- le négociant opère pour son propre compte ou pour le compte d'autres sociétés du groupe;

- il opère au moyen de dérivés portant sur des marchandises principalement à des fins de couverture (le cas échéant à l'échelle du groupe);

- il n'opère pas principalement dans le secteur financier, que le négociant soit envisagé pour lui-même ou en fonction de son rôle au sein du groupe;

- lorsque des organismes de clearing réglementés sont affiliés à la bourse, le négociant conclut ses opérations en bourse par leur intermédiaire.

Une condition supplémentaire, à savoir que les produits issus des opérations sur "options" et "futures" "revendus" ou liquidés avant l'échéance ne doivent pas représenter plus de 5% du chiffre d'affaires annuel total, a été abandonnée selon "rectificatif" du 20 août 2009.
3.3.2 Les règles sur la réduction de la déduction de l'impôt préalable ont également été modifiées (cf. ch. 5.8.3 de la brochure). Elles s'appliquent lorsque - les conditions ci-dessus n'étant pas remplies - le négociant effectue des transactions portant à la fois sur des droits-valeurs/dérivés liés à des livraisons physiques et sur d'autres qui en sont détachés.

3.4 Dans la mesure où elle prévoit que certaines opérations sur dérivés - celles portant sur des dérivés dont le sous-jacent est constitué par des marchandises, lorsqu'il existe un lien entre les opérations sur dérivés et celles sur marchandises - ne tombent pas sous le coup de l'art. 18 ch. 19 lettre e aLTVA, la pratique de l'Administration fédérale consacre une interprétation nuancée, dès lors que cette disposition envisage les opérations sur dérivés, sans faire de distinction. L'exception introduite par la pratique est motivée par le lien existant entre les opérations sur dérivés et les opérations sur marchandises, lorsque les premières ne sont pas effectuées pour elles-mêmes dans un but purement spéculatif, mais qu'il s'agit d'opérations de couverture ayant pour but de limiter les risques liés aux secondes. Les opérations sur dérivés sont alors traitées fiscalement de la même manière que les opérations sur marchandises en ce qui concerne le droit de déduire l'impôt préalable. La modification de la pratique décidée avec effet au 1er octobre 2009 a établi des critères (conditions) permettant de déterminer si les opérations sur dérivés sont effectuées pour elles-mêmes, dans un but spéculatif, ou si elles sont liées aux opérations
sur marchandises, dont elles doivent couvrir les risques. La réalisation des quatre conditions cumulatives conduit à admettre que les opérations sur dérivés effectuées dans ces circonstances poursuivent un but de couverture, sont liées aux opérations sur marchandises et ne donnent pas lieu à une réduction de l'impôt préalable déductible. Il est en effet généralement admis que les sociétés de négoce de matières premières recourent à des produits dérivés - notamment à des "futures" (cf. Straub/de Haller, TVA et Futures, Les incertitudes de la détermination du chiffre d'affaires exclu, op. cit., p. 911) - dans le but de couvrir les risques liés au commerce de ces marchandises. Dès lors, l'on peut considérer que les transactions portant sur des dérivés sont économiquement si étroitement liées aux opérations sur marchandises qu'il y a lieu d'admettre entre elles l'existence d'une unité (principe de l'unité de la prestation) ou que les premières sont accessoires aux secondes - en ce sens qu'elles conduisent à en diminuer les risques. Compte tenu de ce lien, il paraît justifié d'admettre, à l'instar de la doctrine, la possibilité de les traiter de la même manière en ce qui concerne le droit à la déduction de l'impôt préalable (sur le
rôle du principe de l'unité de la prestation et du principe selon lequel l'accessoire suit le principal dans l'interprétation des règles sur les exonérations, cf. Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, Traité TVA, 2009, chap. 2 nos 342 ss). Le maintien du droit à la déduction intégrale de l'impôt préalable, résultant d'une interprétation nuancée des art. 14 ch. 15 lettre e aOTVA et 18 ch. 19 lettre e aLTVA, peut en outre s'appuyer sur le principe selon lequel les règles sur les exonérations improprement dites doivent être interprétées de manière plutôt restrictive (cf. Robinson/Oberheid, loc. cit.), dans la mesure notamment où ces règles peuvent aboutir à des distorsions de concurrence ainsi qu'à des taxes occultes (cf. ATF 124 II 372 consid. 6 p. 377, 193 consid. 5e p. 202; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., chap. 2 nos 336 s.).

Il apparaît ainsi que la nouvelle pratique n'est pas contraire aux art. 14 ch. 15 lettre e aOTVA et 18 ch. 19 lettre e aLTVA.

3.5 Selon la jurisprudence, les brochures et autres instructions édictées par l'Administration fédérale constituent des ordonnances administratives indiquant l'interprétation généralement donnée à certaines dispositions légales (ATF 133 II 305 consid. 8.1 p. 315). Ne contenant aucune règle de droit au sens strict, elles sont en principe applicables dans le temps de la même manière que les dispositions qu'elles interprètent (arrêt 2A.555/1999 du 15 mai 2000 consid. 5b, Archives 70 p. 589, RDAF 2000 II p. 300, RF 55/2000 p. 584, SJ 2000 I p. 620). En outre, lors d'un contrôle, l'Administration fédérale accepte généralement d'appliquer une nouvelle pratique à des périodes fiscales antérieures à son entrée en vigueur, lorsque celle-ci est en faveur du contribuable (cf. Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., chap. 6 no 9).

La pratique en cause ici a été développée sous le régime de l'ancienne loi fédérale régissant la TVA, du 2 septembre 1999, alors que le cas d'espèce est encore régi par l'ordonnance antérieure. Les art. 14 ch. 15 lettre e aOTVA et 18 ch. 19 lettre e aLTVA étant en substance identiques (cf. consid. 3.1 ci-dessus), cette pratique peut aussi valoir dans le cas particulier. Cela se justifie d'autant plus qu'elle est plus favorable aux recourantes, dans la mesure où elle admet, aux conditions indiquées ci-dessus, que les transactions sur dérivés servent à couvrir les risques liés aux opérations sur marchandises et ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable.

3.6 En l'occurrence, l'Administration fédérale admet expressément que les recourantes remplissent "à l'évidence" les conditions que la nouvelle pratique a posées pour que les transactions portant sur des dérivés soient considérées comme liées à des opérations sur marchandises et traitées fiscalement comme ces dernières. Il s'ensuit qu'en application de cette nouvelle pratique les transactions portant sur des "futures" effectuées par les recourantes ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable.

4.
Vu ce qui précède, le recours doit être admis dans la mesure où il est recevable. La décision attaquée doit être partiellement annulée en tant qu'elle porte sur les reprises découlant de la réduction de la déduction de l'impôt préalable liée aux transactions portant sur des "futures" et la cause doit être renvoyée à l'Administration fédérale pour qu'elle fixe à nouveau, sur la base de sa nouvelle pratique, les montants dus par les recourantes pour les périodes fiscales en cause. L'arrêt attaqué est entré en force en ce qui concerne l'imposition des prestations de services acquises de l'étranger, point qui n'est pas contesté dans la présente procédure.

L'Administration fédérale, dont l'intérêt pécuniaire est en cause (cf. art. 66 al. 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF), doit supporter les frais judiciaires en vertu de l'art. 66 al. 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF. Il n'y a au surplus pas lieu de les réduire, comme le demande l'Administration fédérale, dès lors que le changement de pratique n'a pas dispensé le Tribunal fédéral saisi d'examiner la cause sur le fond.

L'Administration fédérale versera en outre des dépens aux recourantes, créancières solidaires (cf. art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
et 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF). Il s'agit uniquement des frais nécessaires causés par le litige, qui sont fixés selon le règlement du Tribunal fédéral sur les dépens, du 31 mars 2006 (RS 173.100.210.3), sur la base d'une évaluation (cf. art. 68 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF). Dans ce cadre, le Tribunal fédéral ne prend en considération que les opérations habituelles liées au dépôt du recours, en fonction des critères posés par ledit règlement.

Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la possibilité offerte par l'art. 67
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 67 Frais de la procédure antérieure - Si le Tribunal fédéral modifie la décision attaquée, il peut répartir autrement les frais de la procédure antérieure.
LTF et renverra la cause au Tribunal administratif fédéral pour qu'il statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant lui.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est admis dans la mesure où il est recevable. La décision attaquée est partiellement annulée en tant qu'elle porte sur les reprises découlant de la réduction de la déduction de l'impôt préalable en raison des transactions portant sur des "futures" et la cause est renvoyée à l'Administration fédérale pour qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants du présent arrêt.

2.
Des frais judiciaires de 10'000 fr. sont mis à la charge de l'Administration fédérale.

3.
L'Administration fédérale versera aux recourantes, créancières solidaires, une indemnité de dépens de 10'000 fr.

4.
La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour qu'il statue sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant lui.

5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourantes, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.

Lausanne, le 28 juin 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:

Zünd Vianin