2A.658/2005

Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2A.658/2005 /viz

Arrêt du 28 juin 2006
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Merkli, Président,
Hungerbühler, Wurzburger, Müller et Yersin.
Greffière: Mme Dupraz.

Parties
Commission de recours interne des Ecoles polytechniques fédérales, Marktgasse 32,
case postale 6061, 3001 Berne, recourante,
Ecole polytechnique fédérale de Lausanne,
1015 Lausanne, recourante, représentée
par Me Alain Thévenaz, avocat,

contre

A.________,
représenté par Me Jean-François Dumoulin, avocat,
Commission fédérale de recours en matière de personnel fédéral, avenue Tissot 8, 1006 Lausanne.

Objet
Engagement d'un chargé de cours (droit applicable),

recours de droit administratif contre la décision de la Commission fédérale de recours en matière de personnel fédéral du 10 octobre 2005.

Faits:
A.
A partir de l'année académique 1980/1981, A.________ a été chargé de cours à l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL) et il a exercé son activité dans le Cours de mathématiques spéciales. Au début, il a enseigné la chimie et la physique à raison de 5 heures de cours et 2 heures d'exercices par semaine pour une rémunération de 26'640 fr. Dès l'année académique 1996/1997, son enseignement a consisté, chaque semestre, en 42 heures de cours et 28 heures d'exercices, pour la physique, ainsi qu'en 28 heures de cours, pour la chimie. La charge de A.________ a été renouvelée à 24 reprises jusqu'à la fin de l'année académique 2003/2004; de 1980 à 2001, elle a été attribuée annuellement, puis semestriellement. La dernière rémunération de l'intéressé était de 50'700 fr. par an. Initialement, les formules de renouvellement de charge indiquaient sous la rubrique "Employeur": "EPFL" puis, dès l'année académique 1987/1988, "Indépendant". A.________ n'était pas affilié à une institution de prévoyance. Son lieu de travail était l'EPFL. C'était l'EPFL qui fixait son horaire et le programme des cours. L'EPFL retenait sur la rémunération versée à A.________ les charges sociales d'un employeur.
B.
Le 10 mai 2004, l'EPFL a informé A.________ que sa charge ne serait pas reconduite pour l'année académique 2004/2005. Il existait un conflit d'intérêts entre sa fonction de chargé de cours et ses activités au sein de l'institut X.________, un institut préparant notamment aux examens d'admission à l'EPFL. Précédemment, l'EPFL n'avait pas émis d'objection à cette activité; au contraire, l'institut X.________ était même recommandé aux candidats à l'immatriculation astreints à un examen d'admission. Le 4 juin 2004, A.________ a fait savoir à l'EPFL qu'il se plierait à ses instructions, mais qu'il resterait à la disposition de l'EPFL à son domicile.
C.
A.________ a alors saisi la Commission de recours interne des Ecoles polytechniques fédérales (ci-après: la Commission des EPF) en demandant notamment qu'il soit constaté qu'il était au bénéfice d'un contrat de durée indéterminée et occupait une fonction d'employé permanent et qu'il soit ordonné à l'EPFL de le nommer employé permanent avec effet rétroactif au 1er octobre 1980, avec réintégration dans toutes les prestations sociales et dans tous les droits liés au statut de membre du personnel permanent de l'EPFL. La Commission des EPF l'a débouté par décision du 5 avril 2005.
D.
A.________ a alors porté sa cause devant la Commission fédérale de recours en matière de personnel fédéral (ci-après: la Commission fédérale de recours) qui, par décision du 10 octobre 2005, a admis le recours, annulé la décision de la Commission des EPF du 5 avril 2005 et renvoyé la cause à cette autorité pour "nouvelle décision au sens des considérants". La Commission fédérale de recours a estimé que le droit applicable était la loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (ci-après: loi sur le personnel ou LPers; RS 172.220.1). Il n'y avait pas entre l'EPFL et A.________ un contrat de mandat (de droit privé). L'activité de A.________ à l'EPFL était une activité dépendante soumise à la loi sur le personnel, notamment à l'art. 9 al. 2
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 9 Durée - 1 Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
1    Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
2    Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions.
LPers. Aucune disposition ne permettait d'y déroger en l'espèce. Dès lors, A.________, comptant plus de cinq ans d'activité, devait être mis au bénéfice d'un contrat de droit public de durée indéterminée au sens de la loi sur le personnel.
E.
Agissant par la voie du recours de droit administratif, la Commission des EPF et l'EPFL demandent au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, principalement que la décision de la Commission fédérale de recours du 10 octobre 2005 soit réformée en ce sens que le recours déposé par A.________ contre la décision de la Commission des EPF du 5 avril 2005 est rejeté; subsidiairement, les recourantes concluent à l'annulation de la décision de la Commission fédérale de recours du 10 octobre 2005, le dossier de la cause étant renvoyé à cette autorité "pour nouvelle instruction et nouvelle décision, dans le sens des considérants de l'arrêt fédéral à intervenir". Les recourantes font valoir que A.________ et l'EPFL ont été liés par un mandat de droit public selon l'art. 11 de l'ordonnance du Conseil des EPF du 13 novembre 2003 sur les Ecoles polytechniques fédérales de Zurich et de Lausanne (ordonnance sur l'EPFZ et l'EPFL; RS 414.110.37). La loi sur le personnel n'était donc pas applicable. Compte tenu de leur autonomie, les Ecoles polytechniques fédérales (EPF) pouvaient faire appel à des chargés de cours liés par des mandats de droit public. Le procédé était nécessaire à la bonne marche des EPF, compte tenu de la flexibilité requise par les
changements de circonstances. Les recourantes relèvent qu'il y a à l'EPFZ (le recours indique EPFL, probablement par erreur) 350 professeurs et 1300 chargés de cours, alors que l'EPFL compte 170 professeurs et 500 chargés de cours.
La Commission fédérale de recours a renoncé à présenter des observations sur le recours.

A.________ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement de déclarer irrecevable le recours de la Commission des EPF et de rejeter le recours de l'EPFL dans la mesure où il serait recevable; subsidiairement, il conclut au rejet des recours formés par la Commission des EPF et par l'EPFL.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1.
1.1 Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 131 II 58 consid. 1 p. 60).
1.2 Selon l'art. 103
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 9 Durée - 1 Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
1    Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
2    Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions.
OJ, a qualité pour recourir (a) quiconque est atteint par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à ce qu'elle soit annulée ou modifiée, (b) le département compétent ou, lorsque le droit fédéral le prévoit, la division compétente de l'administration fédérale, s'il s'agit de décisions émanant de commissions fédérales de recours ou d'arbitrage ou de décisions prises en dernière instance cantonale ou rendue par un organisme visé à l'art. 98
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 9 Durée - 1 Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
1    Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
2    Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions.
lettre h OJ et (c) toute autre personne, organisation ou autorité à laquelle la législation fédérale accorde le droit de recours.

Par ailleurs, l'art. 28 al. 1 de l'ordonnance du 3 février 1993 concernant l'organisation et la procédure des commissions fédérales de recours et d'arbitrage (ci-après: l'Ordonnance; RS 173.31) dispose que la Chancellerie fédérale, le Secrétariat général de l'Assemblée fédérale et les organes de dernière instance des établissements ou des entreprises autonomes de la Confédération sont habilités à former des recours de droit administratif contre les décisions des commissions lorsqu'ils ont statué en qualité d'autorité inférieure d'une commission de recours ou qu'ils ont participé à une procédure devant une commission d'arbitrage. L'art. 28 al. 2
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 9 Durée - 1 Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
1    Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
2    Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions.
de l'Ordonnance précise qu'au demeurant, l'art. 103
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 9 Durée - 1 Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
1    Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
2    Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions.
OJ est applicable.
1.2.1 La Commission des EPF ne remplit pas les conditions d'application de l'art. 28 al. 1
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 9 Durée - 1 Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
1    Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
2    Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions.
de l'Ordonnance et ne se trouve dans aucune des situations envisagées à l'art. 103
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 9 Durée - 1 Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
1    Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
2    Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions.
OJ. Elle n'a donc pas qualité pour recourir. Par conséquent le recours est irrecevable dans la mesure où il émane d'elle.
1.2.2 En revanche, il convient de reconnaître la qualité pour recourir à l'EPFL. Certes, pris à la lettre, l'art. 37 al. 3
SR 414.110 Loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les écoles polytechniques fédérales (Loi sur les EPF) - Loi sur les EPF
Loi-sur-les-EPF Art. 37 Voies de recours - 1 La procédure de recours est régie par les dispositions générales de la procédure fédérale, à moins que la présente loi n'en dispose autrement.
de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les Ecoles polytechniques fédérales (ci-après: loi sur les EPF ou LEPF; RS 414.110) ne donne aux EPF qualité pour recourir qu'à l'encontre des décisions de la Commission de recours interne des EPF. Toutefois, à vrai dire sans discuter expressément la question, le Tribunal fédéral est déjà entré en matière sur un recours de l'EPFL contre une décision du Président de la Commission fédérale de recours en matière de résiliation des rapports de travail (arrêt 2A.409/ 2004 du 22 juillet 2004). Il y a lieu de confirmer cette jurisprudence: en tant qu'établissement autonome de droit public de la Confédération jouissant de la personnalité juridique (art. 5 LEPF), l'EPFL a la qualité pour recourir au regard de l'art. 103
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 9 Durée - 1 Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
1    Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
2    Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions.
lettre a OJ (cf. ATF 127 II 32 consid. 2f p. 39 et les références).
1.3 Le recours de droit administratif au Tribunal fédéral n'est recevable que dans les limites de l'art. 100 al. 1
SR 414.110 Loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les écoles polytechniques fédérales (Loi sur les EPF) - Loi sur les EPF
Loi-sur-les-EPF Art. 37 Voies de recours - 1 La procédure de recours est régie par les dispositions générales de la procédure fédérale, à moins que la présente loi n'en dispose autrement.
lettre e OJ en matière de rapports de service du personnel fédéral; en l'espèce, le Tribunal fédéral peut être saisi dans la mesure où le litige porte à la base sur une décision relative à la résiliation des rapports de travail - et, à titre préliminaire, sur la qualification même des relations entre l'EPFL et A.________ comme rapports de travail.
2.
Il y a tout d'abord lieu d'établir si A.________ est lié à l'EPFL par un rapport de travail qui, comme tel, est soumis à la loi sur le personnel ou par un contrat de mandat de droit public (ou éventuellement de droit privé). Il convient ici de rappeler les notions de contrat de travail et de contrat de mandat.
2.1 Par le contrat individuel de travail, le travailleur s'engage, pour une durée déterminée ou indéterminée, à travailler au service de l'employeur et celui-ci à payer un salaire fixé d'après le temps ou le travail fourni (art. 319 al. 1
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 319 - 1 Par le contrat individuel de travail, le travailleur s'engage, pour une durée déterminée ou indéterminée, à travailler au service de l'employeur et celui-ci à payer un salaire fixé d'après le temps ou le travail fourni (salaire aux pièces ou à la tâche).
CO). Les éléments caractéristiques de ce contrat sont donc une prestation de travail, un rapport de subordination, un élément de durée et une rémunération (Gabriel Aubert, Commentaire romand, n. 1 ad art. 319
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 319 - 1 Par le contrat individuel de travail, le travailleur s'engage, pour une durée déterminée ou indéterminée, à travailler au service de l'employeur et celui-ci à payer un salaire fixé d'après le temps ou le travail fourni (salaire aux pièces ou à la tâche).
CO; Christiane Brunner/Jean-Michel Bühler/ Jean-Bernard Waeber/ Christian Bruchez, Commentaire du contrat de travail, 3e éd., Lausanne 2004, n. 1 ad art. 319
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 319 - 1 Par le contrat individuel de travail, le travailleur s'engage, pour une durée déterminée ou indéterminée, à travailler au service de l'employeur et celui-ci à payer un salaire fixé d'après le temps ou le travail fourni (salaire aux pièces ou à la tâche).
CO). Le contrat de mandat se distingue avant tout du contrat de travail par l'absence du lien de subordination juridique qui place le travailleur dans la dépendance de l'employeur sous l'angle personnel, organisationnel et temporel (ATF 121 I 259 consid. 3a p. 262; 107 II 430 consid. 1 p. 432; 95 I 21 consid. 5b p. 25). Le mandataire doit certes suivre les instructions du mandant, mais il agit indépendamment et sous sa seule responsabilité (Pierre Tercier, Les contrats spéciaux, 3e éd., Zurich 2003, n. 4585, p. 662), alors que le travailleur se trouve au service de l'employeur (Gabriel Aubert, op. cit., n. 13 ad art. 319
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 319 - 1 Par le contrat individuel de travail, le travailleur s'engage, pour une durée déterminée ou indéterminée, à travailler au service de l'employeur et celui-ci à payer un salaire fixé d'après le temps ou le travail fourni (salaire aux pièces ou à la tâche).
CO; Manfred
Rehbinder/Wolfgang Portmann, Commentaire bâlois, 3e éd., n. 13 ad art. 319
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 319 - 1 Par le contrat individuel de travail, le travailleur s'engage, pour une durée déterminée ou indéterminée, à travailler au service de l'employeur et celui-ci à payer un salaire fixé d'après le temps ou le travail fourni (salaire aux pièces ou à la tâche).
CO; Jean-Louis Duc/Olivier Subilia, Commentaire du contrat individuel de travail, Lausanne 1998, n. 18 ad art. 319
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 319 - 1 Par le contrat individuel de travail, le travailleur s'engage, pour une durée déterminée ou indéterminée, à travailler au service de l'employeur et celui-ci à payer un salaire fixé d'après le temps ou le travail fourni (salaire aux pièces ou à la tâche).
CO). D'autres indices complémentaires peuvent également aider à faire la distinction, tel l'élément de durée propre au contrat de travail, alors que le mandat peut aussi n'être qu'occasionnel (Pierre Tercier, op. cit., n. 4587, p. 663; Ullin Streiff/Adrian von Kaenel, Arbeitsvertrag, 6e éd. Zurich 2006, n. 6 ad art. 319
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 319 - 1 Par le contrat individuel de travail, le travailleur s'engage, pour une durée déterminée ou indéterminée, à travailler au service de l'employeur et celui-ci à payer un salaire fixé d'après le temps ou le travail fourni (salaire aux pièces ou à la tâche).
CO; cf. arrêt 4P.337/2005 du 21 mars 2006, consid. 3.3.2).
2.2 La loi sur les EPF reconnaît aux EPF une large autonomie (cf. notamment art. 4, 5 et 27 LEPF). Toutefois, cette autonomie n'existe que dans le cadre de la loi (cf. en particulier art. 4 al. 1 LEPF). Est dès lors déterminant en l'espèce l'art. 17 al. 2 LEPF selon lequel les rapports de travail du personnel sont régis par la loi sur le personnel pour autant que la loi sur les EPF n'en dispose pas autrement. En d'autres termes, il faut une base légale pour déroger à ce principe (voir consid. 3, ci-dessous).

L'EPFL soutient que A.________ n'est pas lié à elle par un rapport de travail, mais par un contrat de mandat de droit public. Cette thèse ne saurait être suivie. Le contrat de travail implique un rapport de subordination (cf. consid. 2.1, ci-dessus) sur les plans organisationnel, temporel et personnel. Telle est bien la situation de A.________. Celui-ci doit travailler à l'EPFL, son horaire et le programme des cours sont fixés par l'EPFL. La liberté académique prévue à l'art. 14 al. 1 LEPF n'y change rien. Elle vaut du reste pour tous les membres du corps enseignant, y compris pour ceux dont le statut d'employé lié par un contrat de travail n'est pas contesté; or, comme chargé de cours, A.________ fait partie du corps enseignant (art. 13 al. 1 lettre a LEPF). En outre, quand l'art. 14 al. 1 LEPF parle de mandat d'enseignement, il s'agit d'un terme qui n'est pas pris dans son sens technique de contrat de mandat, mais comme notion générale de charge ou fonction d'enseignement; à l'art. 14 al. 1 LEPF, comme indiqué ci-dessus, la loi sur les EPF parle du reste de mandat d'enseignement pour tout le corps enseignant, y compris pour les personnes incontestablement liées à l'EPFL par un contrat de travail.

Enfin, le fait que les contrats d'engagement portent la mention "Indépendant" depuis l'année académique 1987/1988 ne saurait prévaloir sur la réalité des relations nouées entre l'EPFL et A.________, d'autant que les premiers de ces contrats désignaient l'EPFL comme "Employeur".
3.
Dès lors que la loi sur le personnel est en principe applicable en l'espèce, il y a lieu de déterminer si l'EPFL peut soustraire les relations de travail à la loi sur le personnel, notamment à l'art. 9 al. 2
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 9 Durée - 1 Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
1    Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
2    Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions.
LPers qui a la teneur suivante:

"Le contrat de durée déterminée est conclu pour cinq ans au plus; au-delà de cinq ans, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré cinq ans. Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions."

Plusieurs dispositions prévoient des règles spéciales en la matière, mais aucune d'elles ne permet de déroger à l'application de la loi sur le personnel aux chargés de cours.

On peut mentionner l'art. 14 al. 3 LEPF. Toutefois, il se rapporte uniquement aux professeurs assistants.

A certaines conditions, l'art. 17 al. 3 LEPF permet au Conseil des EPF d'édicter, dans le cadre de l'art. 6 al. 5
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 6 Droit applicable - 1 Le personnel a les droits et les obligations définis dans la Constitution et dans la législation.
1    Le personnel a les droits et les obligations définis dans la Constitution et dans la législation.
2    Si la présente loi et d'autres lois fédérales n'en disposent pas autrement, les dispositions pertinentes du code des obligations (CO)31 s'appliquent par analogie aux rapports de travail.32
3    Les dispositions d'exécution (art. 37), en particulier la convention collective de travail (art. 38) et le contrat de travail (art. 8), réglementent en détail les rapports de travail dans les limites de l'al. 2.
4    S'il y a contradiction entre les dispositions d'exécution et le contrat de travail ou entre la convention collective de travail et le contrat de travail, la disposition la plus favorable à l'employé est applicable.
5    Le Conseil fédéral peut soumettre au CO certaines catégories de personnel, notamment le personnel auxiliaire et les stagiaires, lorsque cette mesure se justifie. Il peut édicter des règles minimales applicables à ces rapports de travail.33
6    Dans des cas particuliers dûment justifiés, l'employeur peut soumettre des employés au CO.
7    En cas de litige découlant des rapports de travail du personnel soumis au CO, les tribunaux civils sont compétents.
LPers, des dispositions particulières relatives à l'engagement de professeurs sur la base d'un contrat de droit privé, dispositions qui ne visent pas les chargés de cours (cf., pour l'application, l'ordonnance du Conseil des EPF du 18 septembre 2003 sur le corps professoral des écoles polytechniques fédérales [ordonnance sur le corps professoral des EPF; RS 172.220.113.40]).

Selon l'art. 6 al. 5
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 6 Droit applicable - 1 Le personnel a les droits et les obligations définis dans la Constitution et dans la législation.
1    Le personnel a les droits et les obligations définis dans la Constitution et dans la législation.
2    Si la présente loi et d'autres lois fédérales n'en disposent pas autrement, les dispositions pertinentes du code des obligations (CO)31 s'appliquent par analogie aux rapports de travail.32
3    Les dispositions d'exécution (art. 37), en particulier la convention collective de travail (art. 38) et le contrat de travail (art. 8), réglementent en détail les rapports de travail dans les limites de l'al. 2.
4    S'il y a contradiction entre les dispositions d'exécution et le contrat de travail ou entre la convention collective de travail et le contrat de travail, la disposition la plus favorable à l'employé est applicable.
5    Le Conseil fédéral peut soumettre au CO certaines catégories de personnel, notamment le personnel auxiliaire et les stagiaires, lorsque cette mesure se justifie. Il peut édicter des règles minimales applicables à ces rapports de travail.33
6    Dans des cas particuliers dûment justifiés, l'employeur peut soumettre des employés au CO.
7    En cas de litige découlant des rapports de travail du personnel soumis au CO, les tribunaux civils sont compétents.
LPers, le Conseil fédéral peut soumettre au code des obligations certaines catégories de personnel lorsque cette mesure se justifie, notamment le personnel auxiliaire et les stagiaires, ainsi que le personnel recruté et engagé à l'étranger. Selon l'art. 6 al. 6
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 6 Droit applicable - 1 Le personnel a les droits et les obligations définis dans la Constitution et dans la législation.
1    Le personnel a les droits et les obligations définis dans la Constitution et dans la législation.
2    Si la présente loi et d'autres lois fédérales n'en disposent pas autrement, les dispositions pertinentes du code des obligations (CO)31 s'appliquent par analogie aux rapports de travail.32
3    Les dispositions d'exécution (art. 37), en particulier la convention collective de travail (art. 38) et le contrat de travail (art. 8), réglementent en détail les rapports de travail dans les limites de l'al. 2.
4    S'il y a contradiction entre les dispositions d'exécution et le contrat de travail ou entre la convention collective de travail et le contrat de travail, la disposition la plus favorable à l'employé est applicable.
5    Le Conseil fédéral peut soumettre au CO certaines catégories de personnel, notamment le personnel auxiliaire et les stagiaires, lorsque cette mesure se justifie. Il peut édicter des règles minimales applicables à ces rapports de travail.33
6    Dans des cas particuliers dûment justifiés, l'employeur peut soumettre des employés au CO.
7    En cas de litige découlant des rapports de travail du personnel soumis au CO, les tribunaux civils sont compétents.
LPers, dans des cas particuliers dûment justifiés, l'employeur peut soumettre des employés au code des obligations. Ces dispositions, dont l'application est réglementée par l'art. 5
SR 172.220.11 Ordonnance-cadre du 20 décembre 2000 relative à la loi sur le personnel de la Confédération (Ordonnance-cadre LPers) - Ordonnance-cadre LPers
Ordonnance-cadre-LPers Art. 5 Personnel soumis au droit des obligations - (art. 6, al. 5 et 6, LPers)
1    Les employeurs peuvent soumettre leurs stagiaires, leurs doctorants, leurs post-doctorants, leur personnel auxiliaire et leurs travailleurs à domicile au droit des obligations19.20
2    ...21
3    Pour le personnel soumis au droit des obligations, les CFF conviennent avec les associations du personnel des exigences minimales à respecter en matière de règles sociales et de droit du travail. Ces exigences ne s'appliquent pas aux cadres du plus haut niveau hiérarchique. Le Conseil des EPF, quant à lui, fixe ces exigences minimales dans les dispositions d'exécution visées à l'art. 2, al. 2 et 3. Le reporting est régi par l'art. 4.22
3bis    Les CFF peuvent notamment soumettre le personnel suivant au code des obligations:23
a  cadres du plus haut niveau hiérarchique;
b  cadres supérieurs;
c  cadres moyens pour autant que cela se justifie dans l'optique de l'influence sur le résultat financier, de la responsabilité de gestion et de la responsabilité technique;
d  personnes appelées à satisfaire à des exigences spéciales, notamment dans l'informatique et dans d'autres secteurs clés.24
3ter    Ils définissent les conditions d'engagement de ce personnel en tenant compte du marché de l'emploi. Ils impliquent les associations du personnel représentant les employés visés à l'al. 3bis, let. b, c et d, dans la définition des conditions d'engagement de ces catégories de personnel.25
4    ...26
de l'ordonnance-cadre du 20 décembre 2000 relative à la loi sur le personnel de la Confédération (ordonnance-cadre LPers; RS 172.220.11), ne visent pas les chargés de cours. De plus, les personnes concernées par ces dispositions bénéficient alors d'un contrat de travail.

Enfin, selon l'art. 9 al. 2
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 9 Durée - 1 Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
1    Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
2    Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions.
LPers, le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions à la règle selon laquelle, au-delà de cinq ans, les contrats de durée déterminée sont réputés de durée indéterminée. L'art. 6 al. 1
SR 172.220.11 Ordonnance-cadre du 20 décembre 2000 relative à la loi sur le personnel de la Confédération (Ordonnance-cadre LPers) - Ordonnance-cadre LPers
Ordonnance-cadre-LPers Art. 6 Contrats de durée déterminée - (art. 9 LPers)27
1    L'art. 9 LPers sur les contrats de durée déterminée ne vaut pas pour28:
a  les assistants et les maîtres-assistants des EPF ni pour les autres employés des EPF exerçant des fonctions similaires;
abis  les assistants de l'Académie militaire (ACAMIL) à l'EPF de Zurich; le contrat de durée déterminée peut être prolongé pour une durée maximale de cinq ans;
b  les employés engagés dans des projets d'enseignement ou de recherche et les personnes travaillant à des projets financés par des tiers;
bbis  les employés engagés dans des projets dont le financement est de durée limitée;
c  les membres du détachement d'exploration de l'armée: le contrat de durée déterminée peut être prolongé pour une durée maximale de dix ans;
cbis  les remplaçants des commandants des divisions territoriales de l'armée; le contrat de durée déterminée peut être prolongé pour une durée maximale de cinq ans;
d  les militaires contractuels; le contrat de durée déterminée peut être prolongé pour une durée maximale de cinq ans;
e  les militaires contractuels dans la fonction de sportif d'élite; le contrat de durée déterminée peut être prolongé pour une durée maximale de dix ans;
f  le personnel affecté à la promotion de la paix, au renforcement des droits de l'homme, à l'aide humanitaire et à la formation de troupes étrangères à l'étranger; le contrat de durée déterminée peut être prolongé pour une durée maximale de dix ans;
g  le reste du personnel des départements et de la Chancellerie fédérale affecté à l'étranger; le contrat de durée déterminée peut être prolongé pour une durée maximale de cinq ans.
2    Les employeurs établissent une liste des contrats de travail relevant de l'al. 1. Ils rendent compte de ces contrats conformément à l'art. 4.
de l'ordonnance-cadre LPers exclut du bénéfice de l'art. 9 al. 2
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 9 Durée - 1 Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
1    Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
2    Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions.
LPers les assistants et les maîtres-assistants des EPF et les autres employés des EPF exerçant des fonctions similaires (lettre a), de même que les employés engagés dans des projets d'enseignement ou de recherche et les personnes travaillant à des projets financés par des tiers (lettre b). Les chargés de cours ne rentrent pas dans ces catégories. De plus, les personnes visées par ces dispositions n'en restent pas moins liées par un contrat de travail.

Au demeurant, l'ordonnance sur l'EPFZ et l'EPFL ne saurait déroger aux règles qui précèdent faute de base légale. Dès lors, dans la mesure où les art. 11 al. 3
SR 414.110.37 Ordonnance du Conseil des EPF du 13 novembre 2003 sur les écoles polytechniques fédérales de Zurich et de Lausanne (Ordonnance sur l'EPFZ et l'EPFL) - Ordonnance sur l'EPFZ et l'EPFL
Art. 11 Chargés de cours - 1 Des chargés de cours peuvent être appelés à participer à l'enseignement.
1    Des chargés de cours peuvent être appelés à participer à l'enseignement.
2    Les écoles délivrent les charges de cours pour chaque semestre.
3    ...5
et 13
SR 414.110.37 Ordonnance du Conseil des EPF du 13 novembre 2003 sur les écoles polytechniques fédérales de Zurich et de Lausanne (Ordonnance sur l'EPFZ et l'EPFL) - Ordonnance sur l'EPFZ et l'EPFL
Art. 13
de l'ordonnance sur l'EPFZ et l'EPFL voudraient soustraire les chargés de cours à la loi sur le personnel et, en particulier, à l'art. 9 al. 2
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 9 Durée - 1 Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
1    Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
2    Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions.
LPers, pareille dérogation ne serait pas valable.
4.
En conclusion, la loi sur le personnel - en particulier l'art. 9 al. 2
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 9 Durée - 1 Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
1    Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
2    Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions.
LPers - s'applique à la charge d'enseignement de chargé de cours de A.________. Comme l'a reconnu la décision attaquée, l'engagement de l'intéressé ayant duré plus de cinq ans, ce dernier doit être mis au bénéfice d'un contrat de durée indéterminée, dans le respect des règles régissant les assurances sociales. Si les EPF ne pouvaient s'accommoder d'une telle situation, il conviendrait de demander à l'Assemblée fédérale de modifier les dispositions applicables en la matière.
5.
Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Bien qu'elles succombent, les recourantes n'ont pas à supporter les frais judiciaires (art. 156 al. 2
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 9 Durée - 1 Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
1    Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
2    Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions.
OJ).

A.________ a droit à des dépens (art. 159 al. 1
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 9 Durée - 1 Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
1    Le contrat de durée déterminée est conclu pour trois ans au plus; au-delà, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré trois ans.
2    Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions.
OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Il n'est pas perçu d'émolument judiciaire.
3.
Les recourantes, débitrices solidaires, verseront à A.________ une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties, à la Commission de recours interne des Ecoles polytechniques fédérales, à Berne, et à la Commission fédérale de recours en matière de personnel fédéral.
Lausanne, le 28 juin 2006
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: