Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 900/2008
2C 901/2008
{T 0/2}

Arrêt du 28 avril 2009
IIe Cour de droit public

Composition
MM. les Juges Müller, Président,
Merkli et Donzallaz.
Greffier: M. Dubey.

Parties
X.________, recourant,
représenté par Mes Pierre-Marie Glauser et Geneviève Page, avocats,

contre

Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, route de Berne 46, 1014 Lausanne.

Objet
Impôts fédéral, cantonal et communal 2001 et 2002,

recours contre l'arrêt de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud du 17 novembre 2008.

Faits:

A.
X.________, domicilié à Y.________, exerce une activité de promoteur immobilier en société simple avec un architecte qui conçoit des villas et des appartements en propriétés par étages. Il est principalement chargé de la commercialisation des biens immobiliers conçus par son associé.

Dans sa déclaration d'impôt 2001/2002bis, il a annoncé comme revenus provenant de son activité lucrative indépendante un montant de 216'217 fr. pour 2001 et de 802'798 fr. pour 2002.

Le 25 mars 2004, l'Office d'impôt du district de Lavaux a rendu deux décisions de taxation, imposant séparément les gains de l'intéressé au titre de revenus extraordinaires au sens des art. 218 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 82 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSV 642.11; en vigueur depuis le 1er janvier 2001, dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2002), ce que ce dernier a contesté en vain par la voie de la réclamation.

Le 5 septembre 2007, X.________ a interjeté recours contre la décision sur réclamation du 3 août 2007 auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Les gains qui avaient été réalisés entre 1999 et 2004 s''inscrivaient dans le développement ordinaire de ses affaires, de sorte qu'ils ne pouvaient être qualifiés d'extraordinaires.

B.
Par arrêt du 17 novembre 2008, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. Il a considéré en substance que les bénéfices en capital provenant de la vente d'immeuble par un commerçant professionnel dans le cadre de son activité commerciale ordinaire constituaient des bénéfices extraordinaires en raison de leur caractère fluctuant. Exceptionnellement, dans des circonstances très particulières, l'intéressé pouvait démontrer qu'il s'agissait d'un gain ordinaire. En l'espèce, les gains immobiliers réalisés entre 1999 et 2005 n'étaient pas réguliers. Ils fluctuaient entre 238'914 fr. en 2001 et 1'065'745 fr. en 2003. Au demeurant, la période au sein de laquelle l'intéressé établissait une comparaison était trop courte pour démontrer la régularité des gains justifiant de les qualifier de revenus ordinaires.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X.________ a déposé deux mémoires auprès du Tribunal fédéral. En matière d'impôt fédéral direct, il demande, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 17 novembre 2008, de dire que les gains immobiliers réalisés en 2001 et en 2002 sont des revenus ordinaires et de renvoyer la cause pour nouvelle décision dans le sens des considérants. En matière d'impôt cantonal, il demande, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 17 novembre 2008, de dire que les gains immobiliers réalisés en 2001 et en 2002 sont des revenus ordinaires et de renvoyer la cause pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il se plaint de la violation des art. 218 LIFD et 82 LI/VD, de la violation de son droit d'être entendu, de l'interdiction de l'arbitraire et de celle de la double imposition.

Le Tribunal cantonal renonce à déposer des observations. L'Administration cantonale des impôts et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet des recours dans la mesure où ils sont recevables.

Considérant en droit:

1.
Dirigés contre un même arrêt, les deux recours reposent sur le même état de fait, exposent une argumentation similaire et contiennent les mêmes conclusions. Il se justifie dès lors de joindre les causes par économie de procédure et de statuer sur les deux recours dans un seul arrêt (ATF 131 V 59 consid. 1 p. 60 s.).

2.
Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
LTF) rendue dans une cause de droit public (art. 82
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
lettre a de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS173.110]) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
lettre d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF ne soit réalisée, de sorte que, sous réserve des exigences légales de motivation et des motifs exposés ci-dessous (consid. 2), la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Le recourant étant destinataire de l'arrêt attaqué, il a qualité pour recourir (art. 89
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF).

3.
3.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF). La notion de "manifestement inexacte" de l'art. 97
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst. (ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398). Enfin, selon l'art. 99
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 99 - 1 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt.
1    Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt.
2    Neue Begehren sind unzulässig.
LTF, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.

3.2 D'après l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Par conséquent, il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale.

D'après l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ces griefs ont été invoqués et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.). Dans ces conditions, l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF exige que l'acte de recours contienne, à peine d'irrecevabilité, un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et précise en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (ATF 134 I 65 consid. 1.3 p. 67; 134 V 138 consid. 2.1 p. 143).
I. Impôt fédéral direct

4.
Le recourant se plaint de la violation de l'art. 218 LIFD. Il soulève également un grief tiré de l'interdiction de l'arbitraire, qui se confond en l'espèce avec la violation de l'art. 218 LIFD.

4.1 Selon l'art. 41
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 41 Bemessung des Einkommens - 1 Das steuerbare Einkommen bemisst sich nach den Einkünften in der Steuerperiode.
1    Das steuerbare Einkommen bemisst sich nach den Einkünften in der Steuerperiode.
2    Für die Ermittlung des Einkommens aus selbstständiger Erwerbstätigkeit ist das Ergebnis des in der Steuerperiode abgeschlossenen Geschäftsjahres massgebend.
3    Steuerpflichtige mit selbstständiger Erwerbstätigkeit müssen in jeder Steuerperiode einen Geschäftsabschluss erstellen.
LIFD, les cantons sont libres, en dérogation à l'art. 40
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 40 Steuerperiode - 1 Als Steuerperiode gilt das Kalenderjahr.
1    Als Steuerperiode gilt das Kalenderjahr.
2    Die Einkommenssteuer wird für jede Steuerperiode festgesetzt und erhoben.
3    Besteht die Steuerpflicht nur während eines Teils der Steuerperiode, so wird die Steuer auf den in diesem Zeitraum erzielten Einkünften erhoben. Dabei bestimmt sich der Steuersatz für regelmässig fliessende Einkünfte nach dem auf zwölf Monate berechneten Einkommen; nicht regelmässig fliessende Einkünfte unterliegen der vollen Jahressteuer, werden aber für die Satzbestimmung nicht in ein Jahreseinkommen umgerechnet. Artikel 38 bleibt vorbehalten.
LIFD, de fixer pour l'imposition dans le temps une période fiscale annuelle correspondant à une année civile. Sont alors valables les dispositions prévues au chapitre 3 (art. 208
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 40 Steuerperiode - 1 Als Steuerperiode gilt das Kalenderjahr.
1    Als Steuerperiode gilt das Kalenderjahr.
2    Die Einkommenssteuer wird für jede Steuerperiode festgesetzt und erhoben.
3    Besteht die Steuerpflicht nur während eines Teils der Steuerperiode, so wird die Steuer auf den in diesem Zeitraum erzielten Einkünften erhoben. Dabei bestimmt sich der Steuersatz für regelmässig fliessende Einkünfte nach dem auf zwölf Monate berechneten Einkommen; nicht regelmässig fliessende Einkünfte unterliegen der vollen Jahressteuer, werden aber für die Satzbestimmung nicht in ein Jahreseinkommen umgerechnet. Artikel 38 bleibt vorbehalten.
à 220
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 40 Steuerperiode - 1 Als Steuerperiode gilt das Kalenderjahr.
1    Als Steuerperiode gilt das Kalenderjahr.
2    Die Einkommenssteuer wird für jede Steuerperiode festgesetzt und erhoben.
3    Besteht die Steuerpflicht nur während eines Teils der Steuerperiode, so wird die Steuer auf den in diesem Zeitraum erzielten Einkünften erhoben. Dabei bestimmt sich der Steuersatz für regelmässig fliessende Einkünfte nach dem auf zwölf Monate berechneten Einkommen; nicht regelmässig fliessende Einkünfte unterliegen der vollen Jahressteuer, werden aber für die Satzbestimmung nicht in ein Jahreseinkommen umgerechnet. Artikel 38 bleibt vorbehalten.
LIFD) des dispositions transitoires. La loi fiscale vaudoise a introduit le système de taxation postnumerando annuelle, en remplacement du système de taxation praenumerando bisannuelle, pour les personnes physiques, dès la période fiscale 2003 (art. 271 et 272 de la loi fiscale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux [LIDC; RSV 642.11], dans sa version en vigueur depuis le 1er janvier 2003). Il s'ensuit que les deux années précédant ledit changement, soit 2001 et 2002, tombent dans la brèche de calcul pour l'imposition du revenu.

Selon l'art. 218 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 40 Steuerperiode - 1 Als Steuerperiode gilt das Kalenderjahr.
1    Als Steuerperiode gilt das Kalenderjahr.
2    Die Einkommenssteuer wird für jede Steuerperiode festgesetzt und erhoben.
3    Besteht die Steuerpflicht nur während eines Teils der Steuerperiode, so wird die Steuer auf den in diesem Zeitraum erzielten Einkünften erhoben. Dabei bestimmt sich der Steuersatz für regelmässig fliessende Einkünfte nach dem auf zwölf Monate berechneten Einkommen; nicht regelmässig fliessende Einkünfte unterliegen der vollen Jahressteuer, werden aber für die Satzbestimmung nicht in ein Jahreseinkommen umgerechnet. Artikel 38 bleibt vorbehalten.
LIFD, pour la première période fiscale suivant la modification mentionnée à l'art. 41
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 41 Bemessung des Einkommens - 1 Das steuerbare Einkommen bemisst sich nach den Einkünften in der Steuerperiode.
1    Das steuerbare Einkommen bemisst sich nach den Einkünften in der Steuerperiode.
2    Für die Ermittlung des Einkommens aus selbstständiger Erwerbstätigkeit ist das Ergebnis des in der Steuerperiode abgeschlossenen Geschäftsjahres massgebend.
3    Steuerpflichtige mit selbstständiger Erwerbstätigkeit müssen in jeder Steuerperiode einen Geschäftsabschluss erstellen.
LIFD, soit le passage au système annuel postnumerando, la taxation relative à l'impôt sur le revenu des personnes physiques est régie par le nouveau droit. L'art. 218 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 41 Bemessung des Einkommens - 1 Das steuerbare Einkommen bemisst sich nach den Einkünften in der Steuerperiode.
1    Das steuerbare Einkommen bemisst sich nach den Einkünften in der Steuerperiode.
2    Für die Ermittlung des Einkommens aus selbstständiger Erwerbstätigkeit ist das Ergebnis des in der Steuerperiode abgeschlossenen Geschäftsjahres massgebend.
3    Steuerpflichtige mit selbstständiger Erwerbstätigkeit müssen in jeder Steuerperiode einen Geschäftsabschluss erstellen.
LIFD prévoit que les revenus extraordinaires réalisés durant les deux années précédentes ou lors d'un exercice clos au cours de ces années et qui tombent ainsi dans la brèche de calcul sont soumis à un impôt annuel entier pour l'année fiscale où ils ont été acquis, au taux correspondant à ces seuls revenus. Sont en particulier considérés comme des revenus extraordinaires les prestations en capital, les revenus de fortune non périodiques, les gains de loterie et, par analogie avec l'art. 206 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 206
LIFD, les revenus extraordinaires provenant d'une activité lucrative indépendante (art. 218 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 206
LIFD).

4.2 Selon la jurisprudence, tous les gains en capital provenant de l'aliénation d'immeubles par un commerçant d'immeubles sont en principe des revenus extraordinaires soumis à l'impôt annuel de l'art. 218 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 41 Bemessung des Einkommens - 1 Das steuerbare Einkommen bemisst sich nach den Einkünften in der Steuerperiode.
1    Das steuerbare Einkommen bemisst sich nach den Einkünften in der Steuerperiode.
2    Für die Ermittlung des Einkommens aus selbstständiger Erwerbstätigkeit ist das Ergebnis des in der Steuerperiode abgeschlossenen Geschäftsjahres massgebend.
3    Steuerpflichtige mit selbstständiger Erwerbstätigkeit müssen in jeder Steuerperiode einen Geschäftsabschluss erstellen.
et 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 206
LIFD (en relation avec l'art. 206 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 206
LIFD). Le Tribunal fédéral l'a clairement montré dans un arrêt de principe 2A.87/2005 du 28 avril 2006 (consid. 2.5). S'écartant d'une jurisprudence plus ancienne (rendue en application de l'art. 41 al. 4
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 206
AIFD; cf. Archives 49 478), qui avait été à raison largement critiquée par la doctrine pour les avoir qualifiés de revenus ordinaires en cas de taxation intermédiaire, le Tribunal fédéral a constaté que les gains provenant du commerce d'immeubles sont, d'une manière générale, soumis à de fortes fluctuations dans le temps, de sorte qu'il n'est pas possible de tabler sur un résultat commercial régulier d'année en année. Etant par principe irréguliers et dépourvus de périodicité, de tels gains en capital sont extraordinaires. Dans certains cas, le commerce d'immeubles constitue au surplus pour le contribuable une activité accessoire ou n'est le fait que d'une occasion unique. Il n'est toutefois exceptionnellement pas exclu que, dans des circonstances spéciales, il puisse s'agir
d'un revenu ordinaire, ce que le contribuable doit démontrer.

4.3 Cette jurisprudence a été confirmée par un arrêt ultérieur 2A.679/2005 du 3 novembre 2006 (consid. 3.5, publ. in RF 62/2007, p. 119). Dans cette affaire, l'instance précédente avait jugé à tort, selon le Tribunal fédéral, que les revenus d'un installateur sanitaire provenant de la vente d'immeubles constituaient un revenu ordinaire, parce qu'il avait réalisé un revenu moyen annuel entre 1993 et 1997 de 72'204 fr. et qu'il avait réalisé en moyenne des revenus deux fois plus élevés (289'000 fr. en 2001 et 147'000 fr. en 2002) que ceux réalisés durant les années de la brèche 1999 et 2000 (58'976 fr. et 173'776 fr.). En effet, le revenu moyen pris en considération par l'instance précédente masquait de grandes fluctuations annuelles (1993: 295'447 fr.; 1994 et 1995: 0 fr.; 1996: 63'127 fr.; 1997: 2'447 fr.); inhérentes au commerce d'immeuble, ces dernières excluaient de qualifier les gains de revenus ordinaires. Les résultats des années 2001 et 2002, comparés aux résultats des années antérieures montraient uniquement que le contribuable s'était trouvé dans de bonnes années, ce qui n'infirmait en rien le caractère extraordinaire des gains des années 1999 et 2000.

5.
5.1 En l'espèce, le recourant est un promoteur immobilier indépendant qui exerce son activité en association avec un architecte. Il est par conséquent commerçant d'immeubles à titre principal. Le Tribunal cantonal a retenu que les gains réalisés par le recourant entre 1999 et 2005 ne sont pas réguliers. Ils avaient fluctué entre un minimum de 238'914 fr. en 2001 et un maximum de 1'065'745 fr. en 2003. Il a jugé à bon droit que les gains immobiliers réalisés par le recourant durant les années 2001 et 2002 constituaient des revenus extraordinaires soumis à un impôt annuel entier. En effet, l'important écart du simple au quadruple ainsi constaté entre 2001 et 2003 exclut d'emblée que de tels gains puissent être qualifiés d'ordinaires. Pour autant que l'on puisse s'y référer, les chiffres mis en exergue par le recourant dans son mémoire de recours confirment d'ailleurs cette conclusion. A supposer en effet que l'évolution du gain immobilier annuel moyen (en pour-cent) par rapport à la période de calcul 2001 et 2002 soit déterminante - ce qui est douteux du moment que, selon la jurisprudence, il convient en principe d'examiner les gains pour chaque année (cf. consid. 4.3 ci-dessus) - force est de constater que les gains du recourant,
contrairement à ce qu'il soutient, ont fortement fluctué, passant, par rapport à 2001-2002 (0,00%), de -6,92% pour 1999-2000 à 89,25% pour 2003, pour redescendre à 25,99% en 2004 et même à -8,38% en 2005. Les gains immobiliers réalisés en 2001 et 2002 devaient par conséquent être qualifiés d'extraordinaires au sens de l'art. 218 LIFD.

5.2 En ajoutant par surabondance de motivation que la période de comparaison qui lui était soumise en procédure cantonale était de toute manière trop courte, le Tribunal cantonal n'a pas violé le droit d'être entendu du recourant. En effet, même placées par hypothèse dans une comparaison des gains étendue sur un nombre plus élevé d'années que celle présentée au Tribunal cantonal, de telles variations ne pouvaient pas être gommées au point d'infirmer le caractère extraordinaire des gains réalisés par le recourant en 2001 et 2002. En outre, il n'appartenait pas à l'instance précédente d'informer à titre préalable le recourant - qui connaissait la jurisprudence particulièrement restrictive pour prouver que ses revenus devraient être qualifiés d'ordinaires - que sa démonstration n'entrait pas dans les circonstances exceptionnelles réservées par la jurisprudence, puisqu'il s'agissait d'une question de droit. Mal fondé sur ce point, le recours doit être rejeté.

5.3 Le recourant soutient en vain que les gains réalisés en 2001 et 2002 l'ont été dans le cadre de son activité principale, ce qui tendrait à prouver qu'ils doivent être qualifiés d'ordinaires. La qualification de "revenu extraordinaire" ne dépend en effet pas de la double condition que les gains immobiliers en cause soient irréguliers et obtenus dans le cadre d'une activité accessoire ou unique de commerce d'immeuble. Cette dernière circonstance ne joue qu'un rôle d'indice supplémentaire. Il suffit de constater en l'espèce que le développement "ordinaire" des activités principales de commerçant d'immeubles du recourant est soumis à de fortes fluctuations, qui conduisent à qualifier les gains réalisés en 2001 et 2002 de revenus extraordinaires au sens de l'art. 218 LIFD.

C'est aussi en vain qu'il objecte que seules des circonstances externes, en d'autres termes indépendantes de sa volonté, ont permis la vente des immeubles ayant produit les gains des années 2001 et 2002. Le recourant accorde en effet à tort à cette circonstance la même portée en matière de commerce d'immeubles qu'en matière de distribution de dividendes (cf. sur ce point arrêt 2A.736/2006 du 18 septembre 2007 in RF 63/2008 p. 51 et les nombreuses références). Il n'est certes pas exclu de constater qu'un commerçant d'immeubles cherche à profiter de la modification apportée à l'imposition dans le temps en déplaçant, selon son bon vouloir, la date de réalisation du revenu dans la brèche de calcul. Mais l'analogie s'arrête à cela. Les gains provenant de ventes d'immeubles étant par principe des revenus extraordinaires, il n'est en effet pas nécessaire de constater au surplus que le moment de la réalisation de l'objet a été déplacé en fonction de la brèche de calcul pour les qualifier d'extraordinaires, à l'inverse de ce qu'il convient de démontrer pour qualifier d'extraordinaires les dividendes, qui sont par principe des revenus ordinaires.

6.
Le recourant se plaint d'être imposé deux fois sur un même revenu réalisé durant la période fiscale 2001-2002, une fois pour la période fiscale 2001/2002 et une deuxième fois pour la période 2001/2002bis.

Dans la mesure où il ne se confond pas avec celui de violation de l'art. 218 LIFD, son grief est irrecevable, car ni l'arrêt attaqué ni le dossier en possession du Tribunal fédéral ne font état du contenu de la décision de taxation ordinaire 2001/2002, qui fait par conséquent figure de fait nouveau prohibé par l'art. 99
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 99 - 1 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt.
1    Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt.
2    Neue Begehren sind unzulässig.
LTF.

II. Impôts cantonal et communal

7.
Conformément à l'art. 73 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (ci-après: LHID ou la loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14), les décisions de dernière instance cantonale peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral lorsqu'elles portent sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chapitre 1er de la loi sur l'harmonisation fiscale (ATF 134 II 186 consid. 1.3 p. 188 s.) et concernent une période fiscale dès le 1er janvier 2001, soit dès l'échéance du délai laissé aux cantons pour adapter leur législation aux dispositions des titres 2 à 6 de cette loi (art. 72 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 72 Anpassung der kantonalen Gesetzgebungen - 1 Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
1    Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
2    Nach ihrem Inkrafttreten finden die Bestimmungen dieses Gesetzes direkt Anwendung, wenn ihnen das kantonale Steuerrecht widerspricht. 223
3    Die Kantonsregierung erlässt die erforderlichen vorläufigen Vorschriften.
LHID).

En l'occurrence, l'arrêt attaqué a été rendu en dernière instance par le Tribunal cantonal et porte sur une matière figurant à l'art. 69 al. 2
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 72 Anpassung der kantonalen Gesetzgebungen - 1 Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
1    Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
2    Nach ihrem Inkrafttreten finden die Bestimmungen dieses Gesetzes direkt Anwendung, wenn ihnen das kantonale Steuerrecht widerspricht. 223
3    Die Kantonsregierung erlässt die erforderlichen vorläufigen Vorschriften.
et 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 72 Anpassung der kantonalen Gesetzgebungen - 1 Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
1    Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
2    Nach ihrem Inkrafttreten finden die Bestimmungen dieses Gesetzes direkt Anwendung, wenn ihnen das kantonale Steuerrecht widerspricht. 223
3    Die Kantonsregierung erlässt die erforderlichen vorläufigen Vorschriften.
LHID. L'art. 69
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 72 Anpassung der kantonalen Gesetzgebungen - 1 Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
1    Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
2    Nach ihrem Inkrafttreten finden die Bestimmungen dieses Gesetzes direkt Anwendung, wenn ihnen das kantonale Steuerrecht widerspricht. 223
3    Die Kantonsregierung erlässt die erforderlichen vorläufigen Vorschriften.
LHID ne figure pas dans les titres 2 à 5 et 6, chapitre 1er de la loi sur l'harmonisation fiscale, mais dans le titre 7. Toutefois, selon la jurisprudence (RDAF 2004 II p. 22 consid. 1 p. 23 ss = StR 59/2004 p. 135 = StE 2004 B 65.4 No 15, 2A.439/2002), cette disposition, qui règle la transition de l'imposition dans le temps, est mentionnée à l'art. 16
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 16 Bemessung des Einkommens - 1 Das steuerbare Einkommen bemisst sich nach den Einkünften in der Steuerperiode.
1    Das steuerbare Einkommen bemisst sich nach den Einkünften in der Steuerperiode.
2    Für die Ermittlung des Einkommens aus selbstständiger Erwerbstätigkeit ist das Ergebnis des in der Steuerperiode abgeschlossenen Geschäftsjahres massgebend.
3    Steuerpflichtige mit selbstständiger Erwerbstätigkeit müssen in jeder Steuerperiode einen Geschäftsabschluss erstellen.
LHID concernant la période fiscale annuelle facultative, qui y renvoie et qui figure dans le titre 2. En raison de ce renvoi, elle concerne un domaine réglé par le titre 2 de la loi sur l'harmonisation fiscale et porte par conséquent sur une matière visée par l'art. 73
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
LHID. En outre, le présent recours concerne l'imposition du recourant pour les périodes fiscales 2001 et 2002, soit des périodes postérieures à l'échéance du délai de l'art. 72 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 72 Anpassung der kantonalen Gesetzgebungen - 1 Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
1    Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
2    Nach ihrem Inkrafttreten finden die Bestimmungen dieses Gesetzes direkt Anwendung, wenn ihnen das kantonale Steuerrecht widerspricht. 223
3    Die Kantonsregierung erlässt die erforderlichen vorläufigen Vorschriften.
LHID (ATF 123 II 588 consid. 2 p. 591 ss).

8.
L'art. 82 LIDC (dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2002) ainsi que l'art. 273 LIDC (dans version en vigueur depuis le 1er janvier 2003), qui ont pour objet les revenus extraordinaires réalisés durant les années 2001 et 2002 ont pratiquement la même teneur quant à la définition de revenus extraordinaires que l'art. 218 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 41 Bemessung des Einkommens - 1 Das steuerbare Einkommen bemisst sich nach den Einkünften in der Steuerperiode.
1    Das steuerbare Einkommen bemisst sich nach den Einkünften in der Steuerperiode.
2    Für die Ermittlung des Einkommens aus selbstständiger Erwerbstätigkeit ist das Ergebnis des in der Steuerperiode abgeschlossenen Geschäftsjahres massgebend.
3    Steuerpflichtige mit selbstständiger Erwerbstätigkeit müssen in jeder Steuerperiode einen Geschäftsabschluss erstellen.
et 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 206
LIFD, dont le contenu correspond également à celui de l'art. 69 al. 2
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 72 Anpassung der kantonalen Gesetzgebungen - 1 Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
1    Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
2    Nach ihrem Inkrafttreten finden die Bestimmungen dieses Gesetzes direkt Anwendung, wenn ihnen das kantonale Steuerrecht widerspricht. 223
3    Die Kantonsregierung erlässt die erforderlichen vorläufigen Vorschriften.
et 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 72 Anpassung der kantonalen Gesetzgebungen - 1 Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
1    Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
2    Nach ihrem Inkrafttreten finden die Bestimmungen dieses Gesetzes direkt Anwendung, wenn ihnen das kantonale Steuerrecht widerspricht. 223
3    Die Kantonsregierung erlässt die erforderlichen vorläufigen Vorschriften.
LHID (Archives 77, p. 169, consid. 4.1)

Dès lors, les gains immobiliers en cause ayant été considérés comme des revenus extraordinaires pour l'impôt fédéral direct, ils doivent également l'être pour les impôts cantonal et communal et les considérations développées ci-dessus s'appliquent également à ces derniers.

9.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours en matière d'impôt fédéral direct et du recours en matière d'impôts directs cantonal et communal, dans la mesure où ils sont recevables.

Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 65
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 65 Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
1    Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
2    Die Gerichtsgebühr richtet sich nach Streitwert, Umfang und Schwierigkeit der Sache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien.
3    Sie beträgt in der Regel:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 200-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 200-100 000 Franken.
4    Sie beträgt 200-1000 Franken und wird nicht nach dem Streitwert bemessen in Streitigkeiten:
a  über Sozialversicherungsleistungen;
b  über Diskriminierungen auf Grund des Geschlechts;
c  aus einem Arbeitsverhältnis mit einem Streitwert bis zu 30 000 Franken;
d  nach den Artikeln 7 und 8 des Behindertengleichstellungsgesetzes vom 13. Dezember 200223.
5    Wenn besondere Gründe es rechtfertigen, kann das Bundesgericht bei der Bestimmung der Gerichtsgebühr über die Höchstbeträge hinausgehen, jedoch höchstens bis zum doppelten Betrag in den Fällen von Absatz 3 und bis zu 10 000 Franken in den Fällen von Absatz 4.
et 66
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). Il n'a pas droit à des dépens (art. 68
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Les recours en matière de droit public 2C 900/2008 et 2C 901/2008 sont joints.

2.
Le recours en matière d'impôt fédéral direct est rejeté, dans la mesure où il est recevable.

3.
Le recours en matière d'impôts directs cantonal et communal est rejeté, dans la mesure où il est recevable.

4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr. (2C 901/2008) et 7'500 fr. (2C 900/2008), sont mis à la charge du recourant.

5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires du recourant, à l'Administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt direct, l'impôt anticipé, des droits de timbre.

Lausanne, le 28 avril 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:

Müller Dubey