Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 176/2008
{T 0/2}

Arrêt du 26 août 2008
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Merkli, Président,
Hungerbühler, Müller, Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffière: Mme Mabillard.

Parties
X.________ SA, recourante,
représentée par Me Pierre-Marie Glauser, avocat,

contre

Service des contributions du canton de Neuchâtel, rue du Docteur-Coullery 5, case postale 69, 2301 La Chaux-de-Fonds.

Objet
Impôt cantonal et communal et impôt fédéral direct 2003,

recours contre l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Neuchâtel du 24 janvier 2008.

Faits:

A.
Le 5 mai 2004, lors la remise de sa déclaration d'impôts 2003, la société X.________ SA, avec siège social à Neuchâtel (ci-après: la société ou la recourante), a informé le Service des contributions du canton de Neuchâtel (ci-après: le Service des contributions) qu'elle avait cédé le 30 novembre 2003 à sa filiale Y.________ BV, sise aux Pays-Bas et dont elle détient l'entier du capital, un certain nombre d'actifs. Parmi ceux-ci figurait notamment la participation (100 %) qu'elle détenait dans la société Z.________ SA, sise à Neuchâtel, transférée à sa valeur vénale de 1'066'236 fr. 30 (valeur comptable de 100'000 fr.). La société avait ainsi comptabilisé, dans ses produits, 966'236 fr. 30 à titre de réévaluation de participations cédées et créé, dans les charges, une réserve du même montant. L'intéressée a ensuite précisé que la société Z.________ SA était entrée en liquidation le 8 mai 2003 et que sa radiation au registre du commerce avait eu lieu le 18 octobre 2004. Le gain sur cession de participation de 966'236 fr. 30 devait donc être qualifié d'excédent de liquidation et bénéficier de la réduction pour participation.

Le 21 décembre 2004, le Service des contributions a notifié à X.________ SA la taxation pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2003. Il a notamment inclus dans le bénéfice imposable le montant de la réévaluation de la participation cédée, non réduite. Le 26 janvier 2005, ledit Service a rejeté la réclamation de l'intéressée contre la décision précitée.

Par jugement du 30 avril 2007, le Tribunal fiscal du canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal fiscal) a très partiellement admis le recours de X.________ SA contre la décision du Service des contributions du 21 décembre 2004. Il a retenu en substance que l'intéressée détenait l'intégralité du capital-actions de Z.________ SA avant le 1er janvier 1997 et qu'elle avait cédé cette participation avant le 1er janvier 2007. Le bénéfice en capital généré par cette opération était devenu imposable dès le moment où Z.________ SA avait été liquidée. L'intéressée ne pouvait au demeurant tirer aucun avantage de la théorie du manteau d'actions.

B.
Saisi d'un recours de X.________ SA contre le jugement du Tribunal fiscal du 30 avril 2007, le Tribunal administratif du canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal administratif) l'a rejeté par arrêt du 24 janvier 2008. Il a considéré pour l'essentiel que l'une des conditions permettant d'admettre l'existence de la vente d'un manteau d'actions n'était pas réalisée en l'espèce. Il n'y avait en effet pas eu un véritable changement du détenteur des actions en cause: si la société X.________ SA avait bien cédé à Y.________ BV l'entier de ses actifs d'exploitation, qui comprenaient notamment sa participation à Z.________ SA, elle était devenue parallèlement actionnaire unique de la cessionnaire, conservant ainsi entre ses mains la participation cédée. Par ailleurs, l'art. 207a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 207a Übergangsbestimmung zur Änderung vom 10. Oktober 1997 - 1 Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
1    Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
2    Für Beteiligungen, die vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren, gelten die Gewinnsteuerwerte zu Beginn des Geschäftsjahres, das im Kalenderjahr 1997 endet, als Gestehungskosten (Art. 62 Abs. 4 und Art. 70 Abs. 4 Bst. a).
3    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital anderer Gesellschaften, die vor dem 1. Januar 1997 in ihrem Besitze war, auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung zum steuerbaren Reingewinn gerechnet. In diesem Fall gehören die betreffenden Beteiligungen weiterhin zum Bestand der vor dem 1. Januar 1997 gehaltenen Beteiligungen. Gleichzeitig ist die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft berechtigt, in der Höhe dieser Differenz eine unbesteuerte Reserve zu bilden. Diese Reserve ist steuerlich wirksam aufzulösen, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird. Die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft hat jeder Steuererklärung ein
4    Sofern das Geschäftsjahr nach dem Inkrafttreten der Änderung vom 10. Oktober 1997 endet, wird die Gewinnsteuer für dieses Geschäftsjahr nach neuem Recht festgesetzt.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD ou la loi sur l'impôt fédéral direct; RS 642.11), respectivement l'art. 288 de la loi neuchâteloise du 21 mars 2000 sur les contributions directes (ci-après: LCdir/NE; RSN 631.0), s'appliquaient au cas d'espèce, dans la mesure où l'intéressée détenait la participation litigieuse avant le 1er janvier 1997, respectivement le 1er janvier 2000, et avait réalisé son bénéfice avant le 1er janvier
2007. Le recours était donc mal fondé.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X.________ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 24 janvier 2008, de dire que le revenu de 966'236 fr. 30, réalisé en 2003, est qualifié d'excédent de liquidation en application de la théorie du manteau d'actions et bénéficie ainsi de la réduction pour participation, et de renvoyer le dossier à l'autorité de première instance pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante fait valoir que l'autorité intimée a violé le droit fédéral en refusant l'application de la réduction pour participations, ce qui entraînait une charge fiscale indue de 200'000 fr. A l'appui de ses griefs, elle invoque les art. 69
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 69 Ermässigung - Die Gewinnsteuer einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft ermässigt sich im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn, wenn die Gesellschaft oder Genossenschaft:
a  zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Gesellschaft beteiligt ist;
b  zu mindestens 10 Prozent am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt ist; oder
c  Beteiligungsrechte im Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hält.
et 207a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 207a Übergangsbestimmung zur Änderung vom 10. Oktober 1997 - 1 Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
1    Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
2    Für Beteiligungen, die vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren, gelten die Gewinnsteuerwerte zu Beginn des Geschäftsjahres, das im Kalenderjahr 1997 endet, als Gestehungskosten (Art. 62 Abs. 4 und Art. 70 Abs. 4 Bst. a).
3    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital anderer Gesellschaften, die vor dem 1. Januar 1997 in ihrem Besitze war, auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung zum steuerbaren Reingewinn gerechnet. In diesem Fall gehören die betreffenden Beteiligungen weiterhin zum Bestand der vor dem 1. Januar 1997 gehaltenen Beteiligungen. Gleichzeitig ist die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft berechtigt, in der Höhe dieser Differenz eine unbesteuerte Reserve zu bilden. Diese Reserve ist steuerlich wirksam aufzulösen, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird. Die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft hat jeder Steuererklärung ein
4    Sofern das Geschäftsjahr nach dem Inkrafttreten der Änderung vom 10. Oktober 1997 endet, wird die Gewinnsteuer für dieses Geschäftsjahr nach neuem Recht festgesetzt.
LIFD ainsi que 28 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID ou la loi fédérale d'harmonisation; RS 642.14).

Le Tribunal administratif n'a formulé aucune observation sur le recours, dont il demande le rejet, et le Service cantonal ne s'est pas prononcé.

L'Administration fédérale des contributions propose le rejet du recours, sous suite de frais.

Considérant en droit:

1.
1.1 L'arrêt attaqué concerne aussi bien l'impôt fédéral direct que l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2003. Dirigé contre une décision rendue dans une cause de droit public (art. 82
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
lettre a LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
lettre d LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF ne soit réalisée, le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public en vertu des art. 82 ss
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF. De plus, comme il porte sur la réduction de l'impôt sur le bénéfice des sociétés de participations, question réglée au titre 3ème de la loi fédérale d'harmonisation, soit l'une les matières harmonisées visées par l'art. 73 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
LHID, il est dès lors également recevable comme recours en matière de droit public en vertu de cette dernière disposition (sur le rapport entre la loi sur le Tribunal fédéral et l'art. 73 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
LHID, cf. ATF 134 II 186 consid. 1.3 p. 189).

1.2 Les tribunaux cantonaux doivent en principe rendre deux décisions - qui peuvent toutefois figurer dans un seul acte - , l'une pour l'impôt fédéral direct et l'autre pour les impôts cantonal et communal, avec des motivations séparées - ce qui n'exclut pas des renvois - et des dispositifs distincts ou du moins un dispositif qui distingue expressément les deux impôts (ATF 130 II 509 consid. 8.3 p. 511). Cette exigence, valable sous l'empire de l'ancienne loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (OJ; RO 3 521), garde toute sa justification depuis l'entrée en vigueur de la loi sur le Tribunal fédéral, quand bien même les conditions du recours en matière de droit public sont désormais identiques pour les deux impôts (cf. ATF 134 II 186 consid. 1.5 p. 190 ss). Il n'en demeure effectivement pas moins que l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal sont des impôts distincts, qui reviennent à des collectivités différentes et font l'objet de taxations séparées.

En l'espèce, comme la recourante n'a pas distingué, dans son recours, l'impôt fédéral direct des impôts cantonal et communal, il est douteux que celui-ci remplisse les conditions de l'art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF. Le Tribunal administratif a toutefois suscité la confusion, en rendant une seule décision pour l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal et en confondant les motivations, de sorte qu'il y a lieu de ne pas être trop sévère, sur ce point, quant à la forme du recours.

1.3 Dans ses conclusions, la recourante demande notamment au Tribunal fédéral de "dire que le revenu de 966'236 fr. 30 réalisé en 2003 [est] qualifié d'excédent de liquidation en application de la théorie du manteau d'actions et qu'il bénéficie ainsi de la réduction pour participation". En réalité, il ne s'agit pas d'une conclusion constatatoire, mais plutôt d'une conclusion "préparatoire" ou "préjudicielle", à savoir d'un grief qui pourrait constituer un motif d'annulation de l'arrêt entrepris (cf. consid. 5 ci-après; sur la notion de conclusion "préjudicielle", cf. Jean-François Poudret/Suzette Sandoz-Monod, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, vol. 2, Berne 1990, n. 1.2 ad art. 44
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
OJ, p. 198). Au demeurant, considérée comme une conclusion en constatation, cette requête serait irrecevable, du moment que l'autorité intimée a rendu une décision formatrice.

1.4 Au surplus, le recours ayant été déposé en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF) et dans les formes prescrites par la loi (art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF), il y a lieu d'entrer en matière.

I Impôt fédéral direct

2.
2.1 Les personnes morales sont soumises à un impôt sur le bénéfice net (art. 57
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 57 - Gegenstand der Gewinnsteuer ist der Reingewinn.
LIFD). Le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultat, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent (art. 58 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
lettre a LIFD), ainsi que les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation (art. 58 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
lettre c LIFD).

L'impôt sur le bénéfice des sociétés de capitaux est de 8,5 % du bénéfice net (art. 68
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 68 - Die Gewinnsteuer der Kapitalgesellschaften und Genossenschaften beträgt 8,5 Prozent des Reingewinns.
LIFD). Les sociétés de capitaux détenant des participations dans d'autres sociétés (sociétés de participations) peuvent cependant bénéficier de la réduction pour participations, à condition qu'elles possèdent 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou une participation représentant une valeur vénale d'au moins 2 millions de francs; l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net de ces participations et le bénéfice net total (art. 69
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 69 Ermässigung - Die Gewinnsteuer einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft ermässigt sich im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn, wenn die Gesellschaft oder Genossenschaft:
a  zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Gesellschaft beteiligt ist;
b  zu mindestens 10 Prozent am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt ist; oder
c  Beteiligungsrechte im Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hält.
LIFD). Aux termes de l'art. 70 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
LIFD, "le rendement net des participations au sens de l'art. 69 correspond au revenu de ces participations, diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de cinq pour cent destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Font également partie du revenu des participations les bénéfices en capital provenant de participations ainsi que le produit de la vente de droits de souscription y relatifs. L'art. 207a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 207a Übergangsbestimmung zur Änderung vom 10. Oktober 1997 - 1 Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
1    Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
2    Für Beteiligungen, die vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren, gelten die Gewinnsteuerwerte zu Beginn des Geschäftsjahres, das im Kalenderjahr 1997 endet, als Gestehungskosten (Art. 62 Abs. 4 und Art. 70 Abs. 4 Bst. a).
3    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital anderer Gesellschaften, die vor dem 1. Januar 1997 in ihrem Besitze war, auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung zum steuerbaren Reingewinn gerechnet. In diesem Fall gehören die betreffenden Beteiligungen weiterhin zum Bestand der vor dem 1. Januar 1997 gehaltenen Beteiligungen. Gleichzeitig ist die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft berechtigt, in der Höhe dieser Differenz eine unbesteuerte Reserve zu bilden. Diese Reserve ist steuerlich wirksam aufzulösen, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird. Die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft hat jeder Steuererklärung ein
4    Sofern das Geschäftsjahr nach dem Inkrafttreten der Änderung vom 10. Oktober 1997 endet, wird die Gewinnsteuer für dieses Geschäftsjahr nach neuem Recht festgesetzt.
est réservé".

Les rendements de participations - qui ne sont pas définis par la loi (cf. art. 70 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
LIFD a contrario) - comprennent les versements opérés en faveur du détenteur qui ne proviennent pas de l'aliénation de sa participation, mais uniquement de distributions de bénéfice opérées directement par la société détenue. Ils englobent ainsi, entre autres, les distributions ordinaires de bénéfice (dividendes, revenus de parts sociales, etc.) et les distributions extraordinaires de bénéfice (bonus, excédents de liquidation, etc.) (cf. circulaire no 9 de l'Administration fiscale fédérale du 9 juillet 1998 sur les conséquences de la loi fédérale sur la réforme 1997 de l'imposition des sociétés relative à la réduction d'impôt sur les rendements des participations des sociétés de capitaux et des coopératives, ch. 2.4; ci-après: la circulaire no 9; Marco Duss/Jürg Altdorfer, in Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2a, DBG, 2ème éd. Bâle 2008, n. 4 ss ad art. 70
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
LIFD, p. 1144 ss; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 3ème éd. Bâle 2007, p. 232). Quant au bénéfice en capital, il correspond au bénéfice réalisé lors de l'aliénation d'une participation par son détenteur. Les notions de rendement de participations
et de bénéfice en capital, qui entrent toutes deux dans la composition du bénéfice net imposable (cf. art. 58
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
LIFD), ne se recoupent donc pas et leur traitement fiscal est différencié (cf. art. 70 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
et 4
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
LIFD; cf. également circulaire no 9 ch. 2.4.1 et 2.4.2).

Les art. 69
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 69 Ermässigung - Die Gewinnsteuer einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft ermässigt sich im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn, wenn die Gesellschaft oder Genossenschaft:
a  zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Gesellschaft beteiligt ist;
b  zu mindestens 10 Prozent am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt ist; oder
c  Beteiligungsrechte im Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hält.
et 70
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
LIFD, modifiés par la loi fédérale du 10 octobre 1997 sur la réforme de l'imposition des sociétés, sont entrés en vigueur le 1er janvier 1998 (RO 1998 669 ss). Les bénéfices en capital sur les participations déterminantes font désormais partie du rendement des participations - dont ils constituent ainsi une catégorie particulière - et sont donc indirectement exonérés de l'impôt, ce qui n'était pas le cas auparavant (cf. art. 70 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
lettre c LIFD dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 1997, RO 1991 1211). C'est pourquoi, d'après le nouveau droit, le transfert de participations à des sociétés du groupe à l'étranger n'entraîne plus de réalisation pour des raisons de systématique fiscale (cf. circulaire no 10 de l'Administration fiscale fédérale du 10 juillet 1998 relative au transfert de participations à des sociétés du groupe à l'étranger, ch. 1; ci-après: la circulaire no 10). Une réglementation transitoire s'applique cependant jusqu'au 31 décembre 2006 (cf. art. 207a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 207a Übergangsbestimmung zur Änderung vom 10. Oktober 1997 - 1 Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
1    Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
2    Für Beteiligungen, die vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren, gelten die Gewinnsteuerwerte zu Beginn des Geschäftsjahres, das im Kalenderjahr 1997 endet, als Gestehungskosten (Art. 62 Abs. 4 und Art. 70 Abs. 4 Bst. a).
3    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital anderer Gesellschaften, die vor dem 1. Januar 1997 in ihrem Besitze war, auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung zum steuerbaren Reingewinn gerechnet. In diesem Fall gehören die betreffenden Beteiligungen weiterhin zum Bestand der vor dem 1. Januar 1997 gehaltenen Beteiligungen. Gleichzeitig ist die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft berechtigt, in der Höhe dieser Differenz eine unbesteuerte Reserve zu bilden. Diese Reserve ist steuerlich wirksam aufzulösen, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird. Die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft hat jeder Steuererklärung ein
4    Sofern das Geschäftsjahr nach dem Inkrafttreten der Änderung vom 10. Oktober 1997 endet, wird die Gewinnsteuer für dieses Geschäftsjahr nach neuem Recht festgesetzt.
LIFD).

2.2 L'art. 207a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 207a Übergangsbestimmung zur Änderung vom 10. Oktober 1997 - 1 Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
1    Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
2    Für Beteiligungen, die vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren, gelten die Gewinnsteuerwerte zu Beginn des Geschäftsjahres, das im Kalenderjahr 1997 endet, als Gestehungskosten (Art. 62 Abs. 4 und Art. 70 Abs. 4 Bst. a).
3    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital anderer Gesellschaften, die vor dem 1. Januar 1997 in ihrem Besitze war, auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung zum steuerbaren Reingewinn gerechnet. In diesem Fall gehören die betreffenden Beteiligungen weiterhin zum Bestand der vor dem 1. Januar 1997 gehaltenen Beteiligungen. Gleichzeitig ist die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft berechtigt, in der Höhe dieser Differenz eine unbesteuerte Reserve zu bilden. Diese Reserve ist steuerlich wirksam aufzulösen, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird. Die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft hat jeder Steuererklärung ein
4    Sofern das Geschäftsjahr nach dem Inkrafttreten der Änderung vom 10. Oktober 1997 endet, wird die Gewinnsteuer für dieses Geschäftsjahr nach neuem Recht festgesetzt.
LIFD a la teneur suivante:
1. Les bénéfices en capital provenant de participations ainsi que le produit de la vente de droits de souscription y relatifs n'entrent pas dans le calcul du rendement net au sens de l'art. 70, al. 1, si la société de capitaux ou la société coopérative détenait les participations concernées avant le 1er janvier 1997 et réalise ces bénéfices avant le 1er janvier 2007.

2. [...]

3. Si une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation qu'elle détenait avant le 1er janvier 1997 à une société du même groupe sise à l'étranger et que cette participation est égale à 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société, la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de cette participation est ajoutée au bénéfice net imposable. Dans ce cas, les participations en cause sont considérées comme ayant été acquises avant le 1er janvier 1997. Simultanément, la société de capitaux ou la société coopérative peut constituer une réserve non imposée égale à cette différence. Cette réserve sera dissoute et imposée si la participation est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée. La société de capitaux ou la société coopérative joindra à sa déclaration d'impôt une liste des participations qui font l'objet d'une réserve non imposée au sens du présent article. La réserve non imposée est dissoute sans incidence fiscale le 31 décembre 2006.

4. [...]
L'art. 207a al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 207a Übergangsbestimmung zur Änderung vom 10. Oktober 1997 - 1 Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
1    Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
2    Für Beteiligungen, die vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren, gelten die Gewinnsteuerwerte zu Beginn des Geschäftsjahres, das im Kalenderjahr 1997 endet, als Gestehungskosten (Art. 62 Abs. 4 und Art. 70 Abs. 4 Bst. a).
3    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital anderer Gesellschaften, die vor dem 1. Januar 1997 in ihrem Besitze war, auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung zum steuerbaren Reingewinn gerechnet. In diesem Fall gehören die betreffenden Beteiligungen weiterhin zum Bestand der vor dem 1. Januar 1997 gehaltenen Beteiligungen. Gleichzeitig ist die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft berechtigt, in der Höhe dieser Differenz eine unbesteuerte Reserve zu bilden. Diese Reserve ist steuerlich wirksam aufzulösen, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird. Die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft hat jeder Steuererklärung ein
4    Sofern das Geschäftsjahr nach dem Inkrafttreten der Änderung vom 10. Oktober 1997 endet, wird die Gewinnsteuer für dieses Geschäftsjahr nach neuem Recht festgesetzt.
LIFD prévoit une période de blocage pour les "anciennes participations", c'est-à-dire pour celles qui ont été acquises avant le 1er janvier 1997; si ces participations sont réalisées avant le 1er janvier 2007, le bénéfice en capital n'est pas pris en compte pour le calcul du rendement net des participations (cf. art. 70 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
LIFD) et est alors imposé en tant que tel. Le but de ce délai transitoire était d'éviter que les dispositions des art. 69
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 69 Ermässigung - Die Gewinnsteuer einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft ermässigt sich im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn, wenn die Gesellschaft oder Genossenschaft:
a  zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Gesellschaft beteiligt ist;
b  zu mindestens 10 Prozent am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt ist; oder
c  Beteiligungsrechte im Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hält.
et 70
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
LIFD conduisent à un exode des sociétés de participations vers l'étranger (cf. Message du 26 mars 1997 concernant la réforme 1997 de l'imposition des sociétés, FF 1997 II 1058, p. 1070; Denis Berdoz, in Commentaire romand de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct, Bâle 2008, n. 2 ad art. 207a, p. 1629; Marco Duss/Jürg Altdorfer, in Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2b, DBG, 2ème éd. Bâle 2008, n. 2 ad art. 207a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 207a Übergangsbestimmung zur Änderung vom 10. Oktober 1997 - 1 Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
1    Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
2    Für Beteiligungen, die vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren, gelten die Gewinnsteuerwerte zu Beginn des Geschäftsjahres, das im Kalenderjahr 1997 endet, als Gestehungskosten (Art. 62 Abs. 4 und Art. 70 Abs. 4 Bst. a).
3    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital anderer Gesellschaften, die vor dem 1. Januar 1997 in ihrem Besitze war, auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung zum steuerbaren Reingewinn gerechnet. In diesem Fall gehören die betreffenden Beteiligungen weiterhin zum Bestand der vor dem 1. Januar 1997 gehaltenen Beteiligungen. Gleichzeitig ist die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft berechtigt, in der Höhe dieser Differenz eine unbesteuerte Reserve zu bilden. Diese Reserve ist steuerlich wirksam aufzulösen, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird. Die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft hat jeder Steuererklärung ein
4    Sofern das Geschäftsjahr nach dem Inkrafttreten der Änderung vom 10. Oktober 1997 endet, wird die Gewinnsteuer für dieses Geschäftsjahr nach neuem Recht festgesetzt.
LIFD, p. 989).

En outre, selon l'art. 207a al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 207a Übergangsbestimmung zur Änderung vom 10. Oktober 1997 - 1 Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
1    Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
2    Für Beteiligungen, die vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren, gelten die Gewinnsteuerwerte zu Beginn des Geschäftsjahres, das im Kalenderjahr 1997 endet, als Gestehungskosten (Art. 62 Abs. 4 und Art. 70 Abs. 4 Bst. a).
3    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital anderer Gesellschaften, die vor dem 1. Januar 1997 in ihrem Besitze war, auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung zum steuerbaren Reingewinn gerechnet. In diesem Fall gehören die betreffenden Beteiligungen weiterhin zum Bestand der vor dem 1. Januar 1997 gehaltenen Beteiligungen. Gleichzeitig ist die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft berechtigt, in der Höhe dieser Differenz eine unbesteuerte Reserve zu bilden. Diese Reserve ist steuerlich wirksam aufzulösen, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird. Die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft hat jeder Steuererklärung ein
4    Sofern das Geschäftsjahr nach dem Inkrafttreten der Änderung vom 10. Oktober 1997 endet, wird die Gewinnsteuer für dieses Geschäftsjahr nach neuem Recht festgesetzt.
LIFD, une réglementation transitoire particulière s'applique au transfert des anciennes participations déterminantes à une société du groupe à l'étranger: la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale d'une telle participation (réserve latente non imposée) sera ajoutée au bénéfice net imposable (réalisation pour des raisons de systématique fiscale du fait du transfert du groupe à l'étranger). La société de participations peut toutefois constituer, à la charge du bénéfice imposable, une réserve non imposée égale à cette différence (report de l'imposition) qui permet de neutraliser le bénéfice en capital. Ce report est cependant révoqué notamment si la société dont les participations ont été transférées est liquidée pendant le délai qui dure jusqu'au 31 décembre 2006 (cf. circulaire no 10, ch. 2).

3.
En l'espèce, le litige porte sur l'imposition du produit de 966'236 fr. 30 correspondant à la différence entre le montant de la participation à Z.________ SA (1'066'235 fr. 30), cédée le 30 novembre 2003 par la recourante à sa filiale Y.________ BV, sise aux Pays-Bas, et la valeur inscrite au bilan le 31 décembre 2002 (100'000 fr.). L'autorité intimée a retenu qu'en cédant sa participation Z.________ SA à Y.________ BV, la recourante avait réalisé un bénéfice en capital qui ne pouvait pas bénéficier d'une réduction de l'impôt au sens de l'art. 69
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 69 Ermässigung - Die Gewinnsteuer einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft ermässigt sich im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn, wenn die Gesellschaft oder Genossenschaft:
a  zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Gesellschaft beteiligt ist;
b  zu mindestens 10 Prozent am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt ist; oder
c  Beteiligungsrechte im Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hält.
LIFD, dans la mesure où l'intéressée détenait cette participation avant le 1er janvier 1997 et avait réalisé son bénéfice avant le 1er janvier 2007. La recourante, quant à elle, estime que le bénéfice en capital doit être "requalifié" d'excédent de liquidation par l'application de la théorie du manteau d'actions et pouvoir ainsi bénéficier de la réduction pour participations.

4.
La société a transféré, le 30 novembre 2003, l'ensemble de ses actifs et passifs - dont sa participation à la société Z.________ SA, dissoute le 6 mai 2003 - à sa filiale Y.________ BV. Les modalités exactes de la transaction ne ressortent pas clairement du dossier: on ne peut pas déterminer s'il y a eu apport des actifs (réévalués) et passifs en échange d'actions ou aliénation ordinaire de la participation à sa valeur vénale. Toujours est-il que la recourante a procédé à une "réévaluation des participations cédées" de 966'236 fr. 30, en créant simultanément dans les charges une réserve du même montant. Elle a ainsi soit réévalué la participation avant de la céder, générant un bénéfice de réévaluation, soit elle l'a aliénée à sa valeur vénale, générant un bénéfice d'aliénation ou de réalisation. Quelle que soit la dénomination exacte de ce produit, il constitue un bénéfice en capital et représente un revenu imposable (cf. art. 58 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
lettres a et c LIFD).

4.1 L'intéressée ne conteste pas que sa participation à Z.________ SA est une ancienne participation, puisqu'elle la détenait avant le 1er janvier 1997 (cf. mémoire de recours p. 3, ch. 1). Le bénéfice provenant de la cession de ladite participation a été réalisé en 2003, soit avant le 1er janvier 2007, si bien qu'il ne peut en principe bénéficier de la réduction pour participations de l'art. 69
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 69 Ermässigung - Die Gewinnsteuer einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft ermässigt sich im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn, wenn die Gesellschaft oder Genossenschaft:
a  zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Gesellschaft beteiligt ist;
b  zu mindestens 10 Prozent am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt ist; oder
c  Beteiligungsrechte im Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hält.
LIFD (cf. art. 207a al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 207a Übergangsbestimmung zur Änderung vom 10. Oktober 1997 - 1 Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
1    Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
2    Für Beteiligungen, die vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren, gelten die Gewinnsteuerwerte zu Beginn des Geschäftsjahres, das im Kalenderjahr 1997 endet, als Gestehungskosten (Art. 62 Abs. 4 und Art. 70 Abs. 4 Bst. a).
3    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital anderer Gesellschaften, die vor dem 1. Januar 1997 in ihrem Besitze war, auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung zum steuerbaren Reingewinn gerechnet. In diesem Fall gehören die betreffenden Beteiligungen weiterhin zum Bestand der vor dem 1. Januar 1997 gehaltenen Beteiligungen. Gleichzeitig ist die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft berechtigt, in der Höhe dieser Differenz eine unbesteuerte Reserve zu bilden. Diese Reserve ist steuerlich wirksam aufzulösen, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird. Die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft hat jeder Steuererklärung ein
4    Sofern das Geschäftsjahr nach dem Inkrafttreten der Änderung vom 10. Oktober 1997 endet, wird die Gewinnsteuer für dieses Geschäftsjahr nach neuem Recht festgesetzt.
LIFD).

4.2 Par ailleurs, la recourante a neutralisé le bénéfice imposable en constituant une provision, conformément à l'art. 207a al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 207a Übergangsbestimmung zur Änderung vom 10. Oktober 1997 - 1 Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
1    Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
2    Für Beteiligungen, die vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren, gelten die Gewinnsteuerwerte zu Beginn des Geschäftsjahres, das im Kalenderjahr 1997 endet, als Gestehungskosten (Art. 62 Abs. 4 und Art. 70 Abs. 4 Bst. a).
3    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital anderer Gesellschaften, die vor dem 1. Januar 1997 in ihrem Besitze war, auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung zum steuerbaren Reingewinn gerechnet. In diesem Fall gehören die betreffenden Beteiligungen weiterhin zum Bestand der vor dem 1. Januar 1997 gehaltenen Beteiligungen. Gleichzeitig ist die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft berechtigt, in der Höhe dieser Differenz eine unbesteuerte Reserve zu bilden. Diese Reserve ist steuerlich wirksam aufzulösen, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird. Die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft hat jeder Steuererklärung ein
4    Sofern das Geschäftsjahr nach dem Inkrafttreten der Änderung vom 10. Oktober 1997 endet, wird die Gewinnsteuer für dieses Geschäftsjahr nach neuem Recht festgesetzt.
LIFD. Or, lors du transfert de la participation, le 30 novembre 2003, la société Z.________ SA était déjà formellement entrée en liquidation; elle a été ultérieurement liquidée et radiée du registre du commerce en octobre 2004, soit durant le délai de blocage de l'art. 207a al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 207a Übergangsbestimmung zur Änderung vom 10. Oktober 1997 - 1 Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
1    Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
2    Für Beteiligungen, die vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren, gelten die Gewinnsteuerwerte zu Beginn des Geschäftsjahres, das im Kalenderjahr 1997 endet, als Gestehungskosten (Art. 62 Abs. 4 und Art. 70 Abs. 4 Bst. a).
3    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital anderer Gesellschaften, die vor dem 1. Januar 1997 in ihrem Besitze war, auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung zum steuerbaren Reingewinn gerechnet. In diesem Fall gehören die betreffenden Beteiligungen weiterhin zum Bestand der vor dem 1. Januar 1997 gehaltenen Beteiligungen. Gleichzeitig ist die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft berechtigt, in der Höhe dieser Differenz eine unbesteuerte Reserve zu bilden. Diese Reserve ist steuerlich wirksam aufzulösen, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird. Die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft hat jeder Steuererklärung ein
4    Sofern das Geschäftsjahr nach dem Inkrafttreten der Änderung vom 10. Oktober 1997 endet, wird die Gewinnsteuer für dieses Geschäftsjahr nach neuem Recht festgesetzt.
LIFD. Ainsi, la réserve constituée doit être dissoute et imposée, et le rendement issu de cette liquidation ne peut être pris en compte dans le cadre du calcul du rendement net des participations selon l'art. 70
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
LIFD. Cette conséquence résulte du texte même de l'art. 207a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 207a Übergangsbestimmung zur Änderung vom 10. Oktober 1997 - 1 Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
1    Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
2    Für Beteiligungen, die vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren, gelten die Gewinnsteuerwerte zu Beginn des Geschäftsjahres, das im Kalenderjahr 1997 endet, als Gestehungskosten (Art. 62 Abs. 4 und Art. 70 Abs. 4 Bst. a).
3    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital anderer Gesellschaften, die vor dem 1. Januar 1997 in ihrem Besitze war, auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung zum steuerbaren Reingewinn gerechnet. In diesem Fall gehören die betreffenden Beteiligungen weiterhin zum Bestand der vor dem 1. Januar 1997 gehaltenen Beteiligungen. Gleichzeitig ist die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft berechtigt, in der Höhe dieser Differenz eine unbesteuerte Reserve zu bilden. Diese Reserve ist steuerlich wirksam aufzulösen, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird. Die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft hat jeder Steuererklärung ein
4    Sofern das Geschäftsjahr nach dem Inkrafttreten der Änderung vom 10. Oktober 1997 endet, wird die Gewinnsteuer für dieses Geschäftsjahr nach neuem Recht festgesetzt.
LIFD, qui est clair. Contrairement à ce que soutient la recourante, le Tribunal fédéral ne peut donc s'écarter de l'interprétation littérale de cette disposition (cf. ATF 130 II 49 consid. 3.2.1 p. 53). Comme l'a relevé l'Administration fédérale des contributions dans ses observations, l'opération litigieuse relève d'un échange transfrontalier d'une ancienne participation, ce qui constitue un cas de réalisation selon la systématique fiscale et déclenche l'imposition. Par conséquent, c'est à juste titre que l'autorité intimée a confirmé que le bénéfice en
capital de 966'236 fr. 30 devait être imposé au taux ordinaire.

5.
La recourante se prévaut de la théorie du manteau d'actions pour qualifier le produit litigieux d'excédent de liquidation. Dans cette hypothèse, il s'agirait d'un rendement de participations qui bénéficierait de la réduction de l'art. 69
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 69 Ermässigung - Die Gewinnsteuer einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft ermässigt sich im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn, wenn die Gesellschaft oder Genossenschaft:
a  zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Gesellschaft beteiligt ist;
b  zu mindestens 10 Prozent am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt ist; oder
c  Beteiligungsrechte im Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hält.
LIFD - et la période transitoire de l'art. 207a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 207a Übergangsbestimmung zur Änderung vom 10. Oktober 1997 - 1 Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
1    Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
2    Für Beteiligungen, die vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren, gelten die Gewinnsteuerwerte zu Beginn des Geschäftsjahres, das im Kalenderjahr 1997 endet, als Gestehungskosten (Art. 62 Abs. 4 und Art. 70 Abs. 4 Bst. a).
3    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital anderer Gesellschaften, die vor dem 1. Januar 1997 in ihrem Besitze war, auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung zum steuerbaren Reingewinn gerechnet. In diesem Fall gehören die betreffenden Beteiligungen weiterhin zum Bestand der vor dem 1. Januar 1997 gehaltenen Beteiligungen. Gleichzeitig ist die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft berechtigt, in der Höhe dieser Differenz eine unbesteuerte Reserve zu bilden. Diese Reserve ist steuerlich wirksam aufzulösen, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird. Die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft hat jeder Steuererklärung ein
4    Sofern das Geschäftsjahr nach dem Inkrafttreten der Änderung vom 10. Oktober 1997 endet, wird die Gewinnsteuer für dieses Geschäftsjahr nach neuem Recht festgesetzt.
LIFD, instaurée pour les bénéfices en capital, ne trouverait pas application.

5.1 Le transfert d'un cadre (ou d'un manteau) d'actions consiste en une vente de droits de participation permettant à leur acquéreur de disposer d'une société non encore dissoute juridiquement, mais économiquement liquidée, alors même qu'elle peut avoir conservé au bilan certains actifs en liquide (argent comptant, avoirs en banques, titres cotés) déterminant la valeur vénale des actions. Cette opération est assimilée à une liquidation de société, suivie d'une nouvelle création, car elle présente les caractéristiques de l'abus de droit. En effet, le vendeur de ces actions cherche, en principe, à éviter les frais et les impôts liés à une dissolution de la société, alors que l'acquéreur souhaite éluder le droit de timbre d'émission et les frais liés à la fondation d'une nouvelle société. Dans de telles circonstances, le montant perçu par l'actionnaire doit donc être assimilé à un bénéfice de liquidation assujetti à l'impôt anticipé, déduction faite de sa part au capital-actions; même si ce montant ne lui est pas alloué par la société mais reste en possession de celle-ci sous forme de liquidités, il entre en effet dans le prix qui lui est versé par l'acquéreur du cadre d'actions et est assimilé, d'un point de vue économique, à un
excédent de liquidation (arrêt 2A.107/1999 du 23 septembre 1999, RDAF 2000 II 227, consid. 4b et les références). Pour être qualifiée de transfert d'un cadre d'actions, une vente doit aboutir économiquement au même résultat que la liquidation d'une ancienne et la fondation d'une nouvelle société. Divers indices permettent de retenir l'existence d'un tel transfert, notamment des changements au sein du conseil d'administration ou la modification du siège, du but ou de la raison sociale (arrêt 2A.107/1999 précité, consid. 4c et les références). Enfin, pour pouvoir imposer la vente d'un cadre d'actions au titre de l'impôt anticipé ou du droit de timbre d'émission, deux conditions cumulatives doivent être réunies: d'une part, la majorité du capital-actions doit avoir changé de mains, en un ou plusieurs paquets; d'autre part, la société doit être économiquement liquidée ou ses actifs avoir été rendus liquides (cf. arrêt 2A.107/1999 précité, consid. 4b et 4c).

5.2 En l'occurrence, le Tribunal administratif n'a mis en évidence aucun des indices permettant de retenir l'existence d'un transfert d'un cadre d'actions au sens de la jurisprudence précitée. L'arrêt attaqué ne contient notamment aucune indication relative à un changement au sein du conseil d'administration, à la modification du siège, du but ou de la raison sociale de la société. Dans la mesure où la théorie du manteau d'actions devrait être susceptible de s'appliquer à l'impôt sur le bénéfice des personnes morales - ce qui peut rester indécis en l'espèce - aucun élément de fait retenu par l'autorité intimée, de manière à lier le Tribunal fédéral (cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF), ne saurait établir le transfert même du cadre d'actions. Il incombait en conséquence à la recourante de se plaindre d'un établissement inexact des faits (cf. art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF), respectivement de montrer que ces derniers auraient été établis de manière arbitraire, en motivant ce grief de manière conforme aux exigences de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF.

5.3 Quoi qu'il en soit, il apparaît que l'on n'est pas en présence d'un transfert d'un manteau d'actions. Le fait que la société Z.________ SA ait été radiée du registre du commerce quelques mois après le transfert de ses actions à Y.________ BV est en effet un élément qui démontre que l'opération en cause ne peut être assimilée ni à la liquidation d'une ancienne, ni à la fondation d'une nouvelle société. Par ailleurs, si l'opération d'apport ou de vente de participations à la société Y.________ BV devait être qualifiée de transfert d'un manteau d'actions, Z.________ SA aurait dû déclarer et prélever l'impôt anticipé sur l'excédent de liquidation. La recourante, actionnaire de Z.________ SA et bénéficiaire de l'excédent au moment du transfert des actions, aurait alors pu prétendre au remboursement de l'impôt anticipé prélevé. Or, celle-ci n'a jamais déposé de demande de remboursement de l'impôt anticipé dû sur l'excédent de liquidation. Et finalement, on peut relever qu'il est surprenant que la recourante tente de tirer parti de la théorie du manteau d'actions, soit d'une construction juridique tendent à empêcher un abus de droit, afin d'obtenir une réduction des impôts dus en application de la loi sur l'impôt fédéral direct.

Partant, la recourante ne peut rien déduire de la théorie du cadre d'actions et le bénéfice litigieux ne saurait être qualifié d'excédent de liquidation.

6.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.

II Impôt cantonal et communal

7.
Comme la loi sur l'impôt fédéral direct, la loi fédérale d'harmonisation prévoit que les sociétés de participations peuvent bénéficier d'une réduction pour les rendements de participations (art. 28 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 28 Besondere Fälle - 1 Ist eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital oder am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt oder haben ihre Beteiligungsrechte einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken, so ermässigt sich die Gewinnsteuer im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn.142 Der Nettoertrag entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist.143
1    Ist eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital oder am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt oder haben ihre Beteiligungsrechte einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken, so ermässigt sich die Gewinnsteuer im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn.142 Der Nettoertrag entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist.143
1bis    Die Kantone können die Ermässigung auf Kapitalgewinne aus Beteiligungen sowie auf Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten ausdehnen, wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war. Fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur gewährt werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.144
1ter    Bei der Berechnung der Ermässigung wird der Veräusserungserlös nur so weit berücksichtigt, als er die Gestehungskosten übersteigt. Wertberichtigungen sowie Abschreibungen auf den Gestehungskosten von Beteiligungen von mindestens 10 Prozent werden dem steuerbaren Gewinn zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind.145
1quater    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934146 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.147
6    Andere Ausnahmen von der ordentlichen Steuerberechnung gemäss Artikel 27 sind nicht zulässig.
LHID). En vigueur depuis le 1er janvier 1998, l'art. 28 al. 1bis
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 28 Besondere Fälle - 1 Ist eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital oder am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt oder haben ihre Beteiligungsrechte einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken, so ermässigt sich die Gewinnsteuer im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn.142 Der Nettoertrag entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist.143
1    Ist eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital oder am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt oder haben ihre Beteiligungsrechte einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken, so ermässigt sich die Gewinnsteuer im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn.142 Der Nettoertrag entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist.143
1bis    Die Kantone können die Ermässigung auf Kapitalgewinne aus Beteiligungen sowie auf Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten ausdehnen, wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war. Fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur gewährt werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.144
1ter    Bei der Berechnung der Ermässigung wird der Veräusserungserlös nur so weit berücksichtigt, als er die Gestehungskosten übersteigt. Wertberichtigungen sowie Abschreibungen auf den Gestehungskosten von Beteiligungen von mindestens 10 Prozent werden dem steuerbaren Gewinn zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind.145
1quater    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934146 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.147
6    Andere Ausnahmen von der ordentlichen Steuerberechnung gemäss Artikel 27 sind nicht zulässig.
LHID donne aux cantons la possibilité d'étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs. Dans la mesure où la loi fédérale d'harmonisation ne contient pas de disposition transitoire restreignant jusqu'au 1er janvier 2007 l'application de la nouvelle réglementation relative aux bénéfices en capital, les cantons sont libres d'adopter ou non la solution de la loi sur l'impôt fédéral direct.

Les art. 95 et 96 LCdir/NE reprennent mot pour mot les termes des art. 69
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 69 Ermässigung - Die Gewinnsteuer einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft ermässigt sich im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn, wenn die Gesellschaft oder Genossenschaft:
a  zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Gesellschaft beteiligt ist;
b  zu mindestens 10 Prozent am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt ist; oder
c  Beteiligungsrechte im Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hält.
et 70
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
LIFD. Dans le canton de Neuchâtel, les bénéfices en capital peuvent ainsi également profiter de la réduction pour participations. L'art. 96 al. 1 in fine LCdir/NE réserve l'art. 288 LCdir/NE; cette disposition a une teneur identique à l'art. 207a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 207a Übergangsbestimmung zur Änderung vom 10. Oktober 1997 - 1 Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
1    Kapitalgewinne auf Beteiligungen sowie der Erlös aus dem Verkauf von zugehörigen Bezugsrechten werden bei der Berechnung des Nettoertrages nach Artikel 70 Absatz 1 nicht berücksichtigt, wenn die betreffenden Beteiligungen schon vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren und die erwähnten Gewinne vor dem 1. Januar 2007 erzielt werden.
2    Für Beteiligungen, die vor dem 1. Januar 1997 im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft waren, gelten die Gewinnsteuerwerte zu Beginn des Geschäftsjahres, das im Kalenderjahr 1997 endet, als Gestehungskosten (Art. 62 Abs. 4 und Art. 70 Abs. 4 Bst. a).
3    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital anderer Gesellschaften, die vor dem 1. Januar 1997 in ihrem Besitze war, auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung zum steuerbaren Reingewinn gerechnet. In diesem Fall gehören die betreffenden Beteiligungen weiterhin zum Bestand der vor dem 1. Januar 1997 gehaltenen Beteiligungen. Gleichzeitig ist die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft berechtigt, in der Höhe dieser Differenz eine unbesteuerte Reserve zu bilden. Diese Reserve ist steuerlich wirksam aufzulösen, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird. Die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft hat jeder Steuererklärung ein
4    Sofern das Geschäftsjahr nach dem Inkrafttreten der Änderung vom 10. Oktober 1997 endet, wird die Gewinnsteuer für dieses Geschäftsjahr nach neuem Recht festgesetzt.
LIFD, à la seule différence qu'elle prévoit un délai transitoire plus bref, soit du 1er janvier 2000 (au lieu du 1er janvier 1997 de l'art. 207a al. 1 LFID) au 1er janvier 2007. Les dispositions cantonales topiques sont ainsi conformes à l'art. 28 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 28 Besondere Fälle - 1 Ist eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital oder am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt oder haben ihre Beteiligungsrechte einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken, so ermässigt sich die Gewinnsteuer im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn.142 Der Nettoertrag entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist.143
1    Ist eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital oder am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt oder haben ihre Beteiligungsrechte einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken, so ermässigt sich die Gewinnsteuer im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn.142 Der Nettoertrag entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist.143
1bis    Die Kantone können die Ermässigung auf Kapitalgewinne aus Beteiligungen sowie auf Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten ausdehnen, wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war. Fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur gewährt werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.144
1ter    Bei der Berechnung der Ermässigung wird der Veräusserungserlös nur so weit berücksichtigt, als er die Gestehungskosten übersteigt. Wertberichtigungen sowie Abschreibungen auf den Gestehungskosten von Beteiligungen von mindestens 10 Prozent werden dem steuerbaren Gewinn zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind.145
1quater    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934146 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.147
6    Andere Ausnahmen von der ordentlichen Steuerberechnung gemäss Artikel 27 sind nicht zulässig.
et 1bis
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 28 Besondere Fälle - 1 Ist eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital oder am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt oder haben ihre Beteiligungsrechte einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken, so ermässigt sich die Gewinnsteuer im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn.142 Der Nettoertrag entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist.143
1    Ist eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital oder am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt oder haben ihre Beteiligungsrechte einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken, so ermässigt sich die Gewinnsteuer im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn.142 Der Nettoertrag entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist.143
1bis    Die Kantone können die Ermässigung auf Kapitalgewinne aus Beteiligungen sowie auf Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten ausdehnen, wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war. Fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur gewährt werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.144
1ter    Bei der Berechnung der Ermässigung wird der Veräusserungserlös nur so weit berücksichtigt, als er die Gestehungskosten übersteigt. Wertberichtigungen sowie Abschreibungen auf den Gestehungskosten von Beteiligungen von mindestens 10 Prozent werden dem steuerbaren Gewinn zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind.145
1quater    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934146 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.147
6    Andere Ausnahmen von der ordentlichen Steuerberechnung gemäss Artikel 27 sind nicht zulässig.
LHID.

Il s'ensuit que les considérations développées ci-dessus relatives à la réduction de l'impôt pour participations en matière d'impôt fédéral direct s'appliquent mutatis mutandis aux impôts cantonal et communal. En particulier, la participation concernée est également une "ancienne participation" selon le droit cantonal, puisque la société la détenait avant le 1er janvier 2000 (cf. consid. 4.1 ci-dessus). Par conséquent, le recours est également infondé en ce qui concerne les impôts cantonal et communal.

8.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable, tant en matière d'impôt fédéral direct que d'impôts cantonal et communal. Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 65
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 65 Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
1    Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
2    Die Gerichtsgebühr richtet sich nach Streitwert, Umfang und Schwierigkeit der Sache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien.
3    Sie beträgt in der Regel:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 200-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 200-100 000 Franken.
4    Sie beträgt 200-1000 Franken und wird nicht nach dem Streitwert bemessen in Streitigkeiten:
a  über Sozialversicherungsleistungen;
b  über Diskriminierungen auf Grund des Geschlechts;
c  aus einem Arbeitsverhältnis mit einem Streitwert bis zu 30 000 Franken;
d  nach den Artikeln 7 und 8 des Behindertengleichstellungsgesetzes vom 13. Dezember 200223.
5    Wenn besondere Gründe es rechtfertigen, kann das Bundesgericht bei der Bestimmung der Gerichtsgebühr über die Höchstbeträge hinausgehen, jedoch höchstens bis zum doppelten Betrag in den Fällen von Absatz 3 und bis zu 10 000 Franken in den Fällen von Absatz 4.
et 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF) et n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.

2.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.

3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.

4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service des contributions et au Tribunal administratif du canton de Neuchâtel ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.

Lausanne, le 26 août 2008

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:

Merkli Mabillard