Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
9C 264/2009

Arrêt du 22 avril 2010
IIe Cour de droit social

Composition
MM. et Mme les Juges U. Meyer, Président,
Borella et Pfiffner Rauber.
Greffière: Mme Fretz.

Participants à la procédure
Fondation institution supplétive LPP, Agence régionale de la Suisse romande,
passage St-François 12, 1003 Lausanne,
représentée par Me Simone Emmel, avocate,
recourante,

contre

X.________ Sàrl,
intimé.

Objet
Prévoyance professionnelle,

recours contre le jugement du Tribunal administratif fédéral, Cour III, du 24 février 2009.

Faits:

A.
Par courrier du 24 avril 2007, la Société d'assurance Y.________ a résilié avec effet au 31 mai 2007 le contrat d'adhésion la liant à X.________ Sàrl (ci-après: X.________). Par courrier du 2 juillet 2007, la Société d'assurance Y.________ a avisé la Fondation institution supplétive LPP, Contrôle de la réaffiliation, sise à Zürich (ci-après: la Fondation institution supplétive à Zürich) de cette résiliation d'un contrat d'affiliation.

Par lettre recommandée du 8 août 2007, la Fondation institution supplétive à Zürich a sommé X.________ de se réaffilier à une institution inscrite au registre de la prévoyance professionnelle et de lui adresser une copie de la convention d'affiliation portant les signatures valides, sous peine de se voir affilier d'office auprès d'elle et facturer des frais. Un délai au 20 octobre 2007 a été imparti à X.________ pour se conformer à l'injonction précitée. Par lettre du 18 octobre 2007, la Fondation institution supplétive à Zürich a dénoncé le défaut de réaffiliation de X.________ à la Fondation institution supplétive LPP, Agence régionale de la Suisse romande, sise à Lausanne (ci-après: Fondation institution supplétive à Lausanne). Cette dernière a à son tour sommé X.________, par lettre recommandée du 12 novembre 2007, de se réaffilier à une institution de prévoyance en lui fixant un ultime délai au 12 décembre 2007.

Le 17 décembre 2007, agissant au nom de X.________, F.________ a demandé à la Société d'assurance Y.________ de maintenir son contrat d'affiliation. Par lettre du 21 décembre 2007, la Société d'assurance Y.________ lui a répondu qu'elle maintenait l'annulation du contrat d'affiliation.

X.________ n'ayant pas apporté la preuve de son affiliation auprès d'une nouvelle institution de prévoyance dans les délais impartis, la Fondation institution supplétive à Lausanne l'a réaffilié d'office avec effet rétroactif au 1er juin 2007, par décision du 13 février 2008. Le coût de cette décision, s'élevant à 825 fr., a été mis à la charge de l'employeur.

B.
X.________ a recouru contre cette décision, contestant la partie de son dispositif (point 2) mettant 825 fr. de taxes et frais à sa charge.
Par arrêt du 24 février 2009, le Tribunal administratif fédéral a admis le recours interjeté par X.________, en ce sens qu'il a mis les frais de la décision litigieuse à la charge de la Fondation institution supplétive à Lausanne.

C.
La Fondation institution supplétive à Lausanne interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Sous suite de frais et dépens, elle conclut à la confirmation du point 2 de sa décision du 13 février 2008 concernant le prise en charge des frais.

X.________ n'a pas répondu au recours bien qu'il y ait été invité. L'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas non plus déterminé.

Considérant en droit:

1.
Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
et 96
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 96 Droit étranger - Le recours peut être formé pour:
a  inapplication du droit étranger désigné par le droit international privé suisse;
b  application erronée du droit étranger désigné par le droit international privé suisse, pour autant qu'il s'agisse d'une affaire non pécuniaire.
LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF), sans être limité par les arguments du recourant ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF).

2.
La juridiction de première instance a constaté que les deux sommations ayant été notifiées à l'intimé avaient été le fait, respectivement de la Fondation institution supplétive LPP, Contrôle de la réaffiliation, à Zürich et de la Fondation institution supplétive LPP, Agence régionale de la Suisse romande, à Lausanne. En revanche, aucune sommation n'avait été adressée à l'intimé par la caisse de compensation de l'AVS. Aussi, dans la mesure où dite caisse de compensation n'avait pas respecté l'art. 11 al. 5
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 11 Affiliation à une institution de prévoyance - 1 Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Si l'employeur n'est pas encore affilié à une institution de prévoyance, il en choisira une après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs.27
3    L'affiliation a lieu avec effet rétroactif.
3bis    La résiliation de l'affiliation et la réaffiliation à une nouvelle institution de prévoyance par l'employeur s'effectuent après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs. L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive (art. 60).28 29
3ter    Faute d'entente dans les cas cités aux al. 2 et 3bis, la décision sera prise par un arbitre neutre désigné soit d'un commun accord, soit, à défaut, par l'autorité de surveillance.30
4    La caisse de compensation de l'AVS s'assure que les employeurs qui dépendent d'elle sont affiliés à une institution de prévoyance enregistrée.31
5    La caisse de compensation de l'AVS somme les employeurs qui ne remplissent pas l'obligation prévue à l'al. 1 de s'affilier dans les deux mois à une institution de prévoyance enregistrée.32
6    Si l'employeur ne se soumet pas à la mise en demeure de la caisse de compensation de l'AVS dans le délai imparti, celle-ci l'annonce à l'institution supplétive (art. 60) pour affiliation rétroactive.33
7    L'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Les frais non recouvrables sont pris en charge par le fonds de garantie (art. 56, al. 1, let. d et h).34
LPP, les taxes et frais relatifs à la réaffiliation ne pouvaient être mis à la charge de l'intimé.

3.
A l'appui de son recours, la recourante invoque une violation du droit fédéral, plus particulièrement la non-application par l'autorité judiciaire de première instance de l'art. 11
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 11 Affiliation à une institution de prévoyance - 1 Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Si l'employeur n'est pas encore affilié à une institution de prévoyance, il en choisira une après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs.27
3    L'affiliation a lieu avec effet rétroactif.
3bis    La résiliation de l'affiliation et la réaffiliation à une nouvelle institution de prévoyance par l'employeur s'effectuent après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs. L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive (art. 60).28 29
3ter    Faute d'entente dans les cas cités aux al. 2 et 3bis, la décision sera prise par un arbitre neutre désigné soit d'un commun accord, soit, à défaut, par l'autorité de surveillance.30
4    La caisse de compensation de l'AVS s'assure que les employeurs qui dépendent d'elle sont affiliés à une institution de prévoyance enregistrée.31
5    La caisse de compensation de l'AVS somme les employeurs qui ne remplissent pas l'obligation prévue à l'al. 1 de s'affilier dans les deux mois à une institution de prévoyance enregistrée.32
6    Si l'employeur ne se soumet pas à la mise en demeure de la caisse de compensation de l'AVS dans le délai imparti, celle-ci l'annonce à l'institution supplétive (art. 60) pour affiliation rétroactive.33
7    L'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Les frais non recouvrables sont pris en charge par le fonds de garantie (art. 56, al. 1, let. d et h).34
, al. 3bis, 2ème phrase LPP.

4.
Faisant partie du chapitre deux "Obligations de l'employeur en matière de prévoyance" et intitulé "Affiliation à une institution de prévoyance", l'art. 11
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 11 Affiliation à une institution de prévoyance - 1 Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Si l'employeur n'est pas encore affilié à une institution de prévoyance, il en choisira une après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs.27
3    L'affiliation a lieu avec effet rétroactif.
3bis    La résiliation de l'affiliation et la réaffiliation à une nouvelle institution de prévoyance par l'employeur s'effectuent après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs. L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive (art. 60).28 29
3ter    Faute d'entente dans les cas cités aux al. 2 et 3bis, la décision sera prise par un arbitre neutre désigné soit d'un commun accord, soit, à défaut, par l'autorité de surveillance.30
4    La caisse de compensation de l'AVS s'assure que les employeurs qui dépendent d'elle sont affiliés à une institution de prévoyance enregistrée.31
5    La caisse de compensation de l'AVS somme les employeurs qui ne remplissent pas l'obligation prévue à l'al. 1 de s'affilier dans les deux mois à une institution de prévoyance enregistrée.32
6    Si l'employeur ne se soumet pas à la mise en demeure de la caisse de compensation de l'AVS dans le délai imparti, celle-ci l'annonce à l'institution supplétive (art. 60) pour affiliation rétroactive.33
7    L'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Les frais non recouvrables sont pris en charge par le fonds de garantie (art. 56, al. 1, let. d et h).34
de la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP; RS 831.40) dispose ce qui suit:
"1 Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2 [...]
3 [...]
3bis La résiliation de l'affiliation et la réaffiliation à une nouvelle institution de prévoyance par l'employeur s'effectuent après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs. L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive (art. 60).
3ter [...]
4 La caisse de compensation de l'AVS s'assure que les employeurs qui dépendent d'elle sont affiliés à une institution de prévoyance enregistrée.
5 La caisse de compensation de l'AVS somme les employeurs qui ne remplissent pas l'obligation prévue par l'al. 1 de s'affilier dans les deux mois à une institution de prévoyance enregistrée.
6 Si l'employeur ne se soumet pas à la mise en demeure de la caisse de compensation de l'AVS dans le délai imparti, celle-ci l'annonce à l'institution supplétive (art. 60) pour affiliation rétroactive.
7 L'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Les frais non recouvrables sont pris en charge par le fonds de garantie (art. 56
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 56 Tâches - 1 Le fonds de garantie assume les tâches suivantes:
1    Le fonds de garantie assume les tâches suivantes:
a  il verse des subsides aux institutions de prévoyance dont la structure d'âge est défavorable;
b  il garantit les prestations légales dues par des institutions de prévoyance devenues insolvables ou, lorsqu'il s'agit d'avoirs oubliés, par des institutions liquidées;
c  il garantit les prestations réglementaires qui vont au-delà des prestations légales et qui sont dues par des institutions de prévoyance devenues insolvables, pour autant que ces prestations reposent sur des rapports de prévoyance auxquels la LFLP220 est applicable;
d  il dédommage l'institution supplétive des frais dus aux activités exercées conformément aux art. 11, al. 3bis et 60, al. 2, de la présente loi et 4, al. 2, LFLP qui ne peuvent être répercutés sur l'auteur du dommage;
e  il couvre, en cas de liquidation totale ou partielle survenant pendant les cinq années qui suivent l'entrée en vigueur de la LFLP, le défaut de capital de couverture qui résulte de l'application de cette loi;
f  il fait office de Centrale du 2e pilier pour la coordination, la transmission et le stockage d'informations relatives aux avoirs de prévoyance, conformément aux art. 24a à 24f LFLP;
fbis  il fait office de Centrale du 2e pilier pour la coordination et la transmission d'informations relatives aux données personnelles des rentiers conformément à l'art. 58a;
g  il est, pour l'application de l'art. 89a, l'organisme de liaison dans les relations avec les États membres de la Communauté européenne225 et de l'Association européenne de libre-échange; le Conseil fédéral édicte les dispositions d'exécution;
h  il dédommage la caisse de compensation de l'AVS des frais dus aux activités exercées en vertu de l'art. 11 et qui ne peuvent être répercutés sur l'em-ployeur responsable;
i  il prélève auprès des institutions de prévoyance la taxe annuelle visée à l'art. 64c, al. 1, let. a, qui est perçue pour la surveillance du système et la haute surveillance exercée sur les autorités de surveillance, et la transfère, après déduction de ses frais, à la Commission de haute surveillance.
2    La garantie visée à l'al. 1, let. c, couvre au plus les prestations calculées sur la base d'un salaire déterminant au sens de la LAVS228 égal à une fois et demie le montant-limite supérieur prévu à l'art. 8, al. 1, de la présente loi.
3    Lorsque plusieurs employeurs sans lien économique ou financier étroit entre eux ou plusieurs associations sont affiliés à une même institution de prévoyance, la caisse de pensions insolvable de chaque employeur ou association est traitée en règle générale de la même manière que les institutions de prévoyance insolvables. Il convient d'évaluer séparément l'insolvabilité des caisses de pensions affiliées. Le Conseil fédéral fixe les modalités d'application.229
4    Le Conseil fédéral définit les conditions préalables auxquelles est subordonné le versement des prestations.
5    En cas d'abus, le fonds de garantie n'assure aucune garantie des prestations.
6    Le fonds de garantie tient des comptes séparés pour chacune de ses tâches.
, al. 1, let. d et h)."

5.
5.1 A l'occasion de la 1ère révision de la LPP, le Parlement avait décidé qu'en cas de résiliation par une entreprise de son affiliation à une institution de prévoyance, cette dernière serait tenue d'annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à la caisse de compensation AVS compétente (art. 11
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 11 Affiliation à une institution de prévoyance - 1 Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Si l'employeur n'est pas encore affilié à une institution de prévoyance, il en choisira une après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs.27
3    L'affiliation a lieu avec effet rétroactif.
3bis    La résiliation de l'affiliation et la réaffiliation à une nouvelle institution de prévoyance par l'employeur s'effectuent après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs. L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive (art. 60).28 29
3ter    Faute d'entente dans les cas cités aux al. 2 et 3bis, la décision sera prise par un arbitre neutre désigné soit d'un commun accord, soit, à défaut, par l'autorité de surveillance.30
4    La caisse de compensation de l'AVS s'assure que les employeurs qui dépendent d'elle sont affiliés à une institution de prévoyance enregistrée.31
5    La caisse de compensation de l'AVS somme les employeurs qui ne remplissent pas l'obligation prévue à l'al. 1 de s'affilier dans les deux mois à une institution de prévoyance enregistrée.32
6    Si l'employeur ne se soumet pas à la mise en demeure de la caisse de compensation de l'AVS dans le délai imparti, celle-ci l'annonce à l'institution supplétive (art. 60) pour affiliation rétroactive.33
7    L'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Les frais non recouvrables sont pris en charge par le fonds de garantie (art. 56, al. 1, let. d et h).34
, al. 3bis, 2ème phrase LPP dans sa teneur en vigueur depuis le 1er avril 2004).

En 2004, l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) a établi des directives en collaboration avec les représentants des caisses de compensation et de l'institution supplétive. Alors que le contrôle de l'affiliation en tant que tel était réglé conformément au texte de loi, il s'est avéré que ce texte créait des problèmes pratiques lors du contrôle de la réaffiliation. En effet, l'institution de prévoyance ne connaissait souvent pas la caisse de compensation à laquelle l'employeur était affilié et devait au préalable se renseigner auprès de la caisse de compensation du canton dans lequel l'employeur avait son siège. Ce n'est que lorsque l'institution de prévoyance savait quelle caisse de compensation était compétente qu'elle pouvait faire son annonce à cette dernière. L'annonce de la résiliation du contrat d'affiliation revêtait une grande importance surtout dans le cas des institutions collectives et communes. Afin d'éviter cette charge administrative et les coûts afférents, le contrôle de réaffiliation a été délégué à l'institution supplétive. Dans ses "Directives sur le contrôle de l'affiliation des employeurs à une institution de prévoyance professionnelle conformément à l'article 11
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 11 Affiliation à une institution de prévoyance - 1 Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Si l'employeur n'est pas encore affilié à une institution de prévoyance, il en choisira une après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs.27
3    L'affiliation a lieu avec effet rétroactif.
3bis    La résiliation de l'affiliation et la réaffiliation à une nouvelle institution de prévoyance par l'employeur s'effectuent après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs. L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive (art. 60).28 29
3ter    Faute d'entente dans les cas cités aux al. 2 et 3bis, la décision sera prise par un arbitre neutre désigné soit d'un commun accord, soit, à défaut, par l'autorité de surveillance.30
4    La caisse de compensation de l'AVS s'assure que les employeurs qui dépendent d'elle sont affiliés à une institution de prévoyance enregistrée.31
5    La caisse de compensation de l'AVS somme les employeurs qui ne remplissent pas l'obligation prévue à l'al. 1 de s'affilier dans les deux mois à une institution de prévoyance enregistrée.32
6    Si l'employeur ne se soumet pas à la mise en demeure de la caisse de compensation de l'AVS dans le délai imparti, celle-ci l'annonce à l'institution supplétive (art. 60) pour affiliation rétroactive.33
7    L'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Les frais non recouvrables sont pris en charge par le fonds de garantie (art. 56, al. 1, let. d et h).34
LPP" (CAIP), l'OFAS a prévu ce qui suit:
"Le contrôle de réaffiliation est exécuté par l'IS [institution supplétive] au nom des caisses de compensation" (n° 2050). "Lorsque l'IS est informée de la résiliation d'un contrat d'affiliation liant un employeur à une IP [institution de prévoyance] conformément à l'art. 11 al. 3bis
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 11 Affiliation à une institution de prévoyance - 1 Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Si l'employeur n'est pas encore affilié à une institution de prévoyance, il en choisira une après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs.27
3    L'affiliation a lieu avec effet rétroactif.
3bis    La résiliation de l'affiliation et la réaffiliation à une nouvelle institution de prévoyance par l'employeur s'effectuent après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs. L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive (art. 60).28 29
3ter    Faute d'entente dans les cas cités aux al. 2 et 3bis, la décision sera prise par un arbitre neutre désigné soit d'un commun accord, soit, à défaut, par l'autorité de surveillance.30
4    La caisse de compensation de l'AVS s'assure que les employeurs qui dépendent d'elle sont affiliés à une institution de prévoyance enregistrée.31
5    La caisse de compensation de l'AVS somme les employeurs qui ne remplissent pas l'obligation prévue à l'al. 1 de s'affilier dans les deux mois à une institution de prévoyance enregistrée.32
6    Si l'employeur ne se soumet pas à la mise en demeure de la caisse de compensation de l'AVS dans le délai imparti, celle-ci l'annonce à l'institution supplétive (art. 60) pour affiliation rétroactive.33
7    L'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Les frais non recouvrables sont pris en charge par le fonds de garantie (art. 56, al. 1, let. d et h).34
LPP, elle examine sur la base de l'annonce de la résiliation du contrat d'affiliation si l'employeur occupe du personnel assujetti à la LPP. Si l'employeur n'a aucun personnel assujetti à la prévoyance professionnelle, le cas est classé. Si l'employeur occupe des salariés qui devraient être assujettis à la prévoyance professionnelle obligatoire, l'IS somme l'employeur de s'affilier dans les deux mois à une IP " (n° 2051).

5.2 Le 9 juin 2005, le Conseiller national Toni Bortoluzzi a déposé une interpellation intitulée "OFAS. Directives contraires à la loi", dans laquelle il dénonçait les directives précitées, plus particulièrement la délégation manifestement abusive du contrôle de la réaffiliation (prescrit par l'art. 11 al. 3bis
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 11 Affiliation à une institution de prévoyance - 1 Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Si l'employeur n'est pas encore affilié à une institution de prévoyance, il en choisira une après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs.27
3    L'affiliation a lieu avec effet rétroactif.
3bis    La résiliation de l'affiliation et la réaffiliation à une nouvelle institution de prévoyance par l'employeur s'effectuent après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs. L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive (art. 60).28 29
3ter    Faute d'entente dans les cas cités aux al. 2 et 3bis, la décision sera prise par un arbitre neutre désigné soit d'un commun accord, soit, à défaut, par l'autorité de surveillance.30
4    La caisse de compensation de l'AVS s'assure que les employeurs qui dépendent d'elle sont affiliés à une institution de prévoyance enregistrée.31
5    La caisse de compensation de l'AVS somme les employeurs qui ne remplissent pas l'obligation prévue à l'al. 1 de s'affilier dans les deux mois à une institution de prévoyance enregistrée.32
6    Si l'employeur ne se soumet pas à la mise en demeure de la caisse de compensation de l'AVS dans le délai imparti, celle-ci l'annonce à l'institution supplétive (art. 60) pour affiliation rétroactive.33
7    L'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Les frais non recouvrables sont pris en charge par le fonds de garantie (art. 56, al. 1, let. d et h).34
LPP), qui passait des caisses de compensation de l'AVS à l'institution supplétive. Dans sa réponse du 31 août 2005, le Conseil fédéral a reconnu que ces directives étaient en contradiction avec le texte de la loi. Dans la mesure où la solution prévue par les directives permettait de simplifier la procédure, le Conseil fédéral a laissé entrevoir une adaptation du droit dans le cadre des débats sur l'initiative parlementaire "Changement d'institution de prévoyance". C'est ainsi que dans son avis relatif au changement d'institution de prévoyance, du 23 septembre 2005 (cf. FF 2005 5586 s. ch. 2.3), le Conseil fédéral a proposé de modifier la formulation de l'art. 11
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 11 Affiliation à une institution de prévoyance - 1 Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Si l'employeur n'est pas encore affilié à une institution de prévoyance, il en choisira une après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs.27
3    L'affiliation a lieu avec effet rétroactif.
3bis    La résiliation de l'affiliation et la réaffiliation à une nouvelle institution de prévoyance par l'employeur s'effectuent après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs. L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive (art. 60).28 29
3ter    Faute d'entente dans les cas cités aux al. 2 et 3bis, la décision sera prise par un arbitre neutre désigné soit d'un commun accord, soit, à défaut, par l'autorité de surveillance.30
4    La caisse de compensation de l'AVS s'assure que les employeurs qui dépendent d'elle sont affiliés à une institution de prévoyance enregistrée.31
5    La caisse de compensation de l'AVS somme les employeurs qui ne remplissent pas l'obligation prévue à l'al. 1 de s'affilier dans les deux mois à une institution de prévoyance enregistrée.32
6    Si l'employeur ne se soumet pas à la mise en demeure de la caisse de compensation de l'AVS dans le délai imparti, celle-ci l'annonce à l'institution supplétive (art. 60) pour affiliation rétroactive.33
7    L'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Les frais non recouvrables sont pris en charge par le fonds de garantie (art. 56, al. 1, let. d et h).34
, al. 3bis, 2ème phrase LPP comme suit: "L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive". Cette nouvelle teneur de l'art. 11
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 11 Affiliation à une institution de prévoyance - 1 Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Si l'employeur n'est pas encore affilié à une institution de prévoyance, il en choisira une après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs.27
3    L'affiliation a lieu avec effet rétroactif.
3bis    La résiliation de l'affiliation et la réaffiliation à une nouvelle institution de prévoyance par l'employeur s'effectuent après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs. L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive (art. 60).28 29
3ter    Faute d'entente dans les cas cités aux al. 2 et 3bis, la décision sera prise par un arbitre neutre désigné soit d'un commun accord, soit, à défaut, par l'autorité de surveillance.30
4    La caisse de compensation de l'AVS s'assure que les employeurs qui dépendent d'elle sont affiliés à une institution de prévoyance enregistrée.31
5    La caisse de compensation de l'AVS somme les employeurs qui ne remplissent pas l'obligation prévue à l'al. 1 de s'affilier dans les deux mois à une institution de prévoyance enregistrée.32
6    Si l'employeur ne se soumet pas à la mise en demeure de la caisse de compensation de l'AVS dans le délai imparti, celle-ci l'annonce à l'institution supplétive (art. 60) pour affiliation rétroactive.33
7    L'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Les frais non recouvrables sont pris en charge par le fonds de garantie (art. 56, al. 1, let. d et h).34
, al. 3bis, 2ème phrase LPP est entrée en vigueur le 1er mai 2007 (RO 2007 1803
1805).

5.3 Il résulte des explications qui précèdent que depuis la modification de l'art. 11
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 11 Affiliation à une institution de prévoyance - 1 Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Si l'employeur n'est pas encore affilié à une institution de prévoyance, il en choisira une après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs.27
3    L'affiliation a lieu avec effet rétroactif.
3bis    La résiliation de l'affiliation et la réaffiliation à une nouvelle institution de prévoyance par l'employeur s'effectuent après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs. L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive (art. 60).28 29
3ter    Faute d'entente dans les cas cités aux al. 2 et 3bis, la décision sera prise par un arbitre neutre désigné soit d'un commun accord, soit, à défaut, par l'autorité de surveillance.30
4    La caisse de compensation de l'AVS s'assure que les employeurs qui dépendent d'elle sont affiliés à une institution de prévoyance enregistrée.31
5    La caisse de compensation de l'AVS somme les employeurs qui ne remplissent pas l'obligation prévue à l'al. 1 de s'affilier dans les deux mois à une institution de prévoyance enregistrée.32
6    Si l'employeur ne se soumet pas à la mise en demeure de la caisse de compensation de l'AVS dans le délai imparti, celle-ci l'annonce à l'institution supplétive (art. 60) pour affiliation rétroactive.33
7    L'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Les frais non recouvrables sont pris en charge par le fonds de garantie (art. 56, al. 1, let. d et h).34
, al. 3bis, 2ème phrase LPP, il y a lieu de distinguer entre la procédure d'affiliation et la procédure de réaffiliation d'un employeur à une institution de prévoyance.

Avant l'adaptation de l'art. 11
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 11 Affiliation à une institution de prévoyance - 1 Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Si l'employeur n'est pas encore affilié à une institution de prévoyance, il en choisira une après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs.27
3    L'affiliation a lieu avec effet rétroactif.
3bis    La résiliation de l'affiliation et la réaffiliation à une nouvelle institution de prévoyance par l'employeur s'effectuent après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs. L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive (art. 60).28 29
3ter    Faute d'entente dans les cas cités aux al. 2 et 3bis, la décision sera prise par un arbitre neutre désigné soit d'un commun accord, soit, à défaut, par l'autorité de surveillance.30
4    La caisse de compensation de l'AVS s'assure que les employeurs qui dépendent d'elle sont affiliés à une institution de prévoyance enregistrée.31
5    La caisse de compensation de l'AVS somme les employeurs qui ne remplissent pas l'obligation prévue à l'al. 1 de s'affilier dans les deux mois à une institution de prévoyance enregistrée.32
6    Si l'employeur ne se soumet pas à la mise en demeure de la caisse de compensation de l'AVS dans le délai imparti, celle-ci l'annonce à l'institution supplétive (art. 60) pour affiliation rétroactive.33
7    L'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Les frais non recouvrables sont pris en charge par le fonds de garantie (art. 56, al. 1, let. d et h).34
, al. 3bis, 2ème phrase LPP, l'institution de prévoyance devait, en cas de réaffiliation, annoncer toute résiliation du contrat d'affiliation à la caisse de compensation compétente. On a vu cependant que la mise en oeuvre de cette disposition s'était révélée peu praticable car coûteuse et prenant beaucoup de temps (cf. consid. 5.1 supra). De plus, la raison pour laquelle les caisses de compensation avaient été chargées du contrôle de l'affiliation ne se justifie plus en cas de réaffiliation puisque dans ce dernier cas, il faut s'assurer qu'un employeur dont les salariés continuent d'être assurés à l'assurance obligatoire s'est affilié à une nouvelle institution de prévoyance. Dans la mesure où l'art. 11
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 11 Affiliation à une institution de prévoyance - 1 Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Si l'employeur n'est pas encore affilié à une institution de prévoyance, il en choisira une après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs.27
3    L'affiliation a lieu avec effet rétroactif.
3bis    La résiliation de l'affiliation et la réaffiliation à une nouvelle institution de prévoyance par l'employeur s'effectuent après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs. L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive (art. 60).28 29
3ter    Faute d'entente dans les cas cités aux al. 2 et 3bis, la décision sera prise par un arbitre neutre désigné soit d'un commun accord, soit, à défaut, par l'autorité de surveillance.30
4    La caisse de compensation de l'AVS s'assure que les employeurs qui dépendent d'elle sont affiliés à une institution de prévoyance enregistrée.31
5    La caisse de compensation de l'AVS somme les employeurs qui ne remplissent pas l'obligation prévue à l'al. 1 de s'affilier dans les deux mois à une institution de prévoyance enregistrée.32
6    Si l'employeur ne se soumet pas à la mise en demeure de la caisse de compensation de l'AVS dans le délai imparti, celle-ci l'annonce à l'institution supplétive (art. 60) pour affiliation rétroactive.33
7    L'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Les frais non recouvrables sont pris en charge par le fonds de garantie (art. 56, al. 1, let. d et h).34
, al. 3bis, 2ème phrase LPP, dans sa teneur en vigueur depuis le 1er mai 2007, prévoit que l'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive et non plus à la caisse de compensation compétente, il serait inutile et contraire à la volonté du législateur d'inclure à nouveau les caisses de compensation dans le contrôle de la réaffiliation en les obligeant à procéder à la sommation de l'employeur qui ne se conformerait pas à son obligation de
réaffiliation.

5.4 En l'espèce, la juridiction de première instance a retenu que ni la Fondation institution supplétive LPP à Zürich, ni la Fondation institution supplétive LPP à Lausanne ne pouvaient agir valablement pour le compte de la caisse de compensation AVS en matière de contrôle de la réaffiliation de l'intimé. Ce faisant, elle a d'une part fait une application erronée de l'art. 11 al. 5
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 11 Affiliation à une institution de prévoyance - 1 Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Si l'employeur n'est pas encore affilié à une institution de prévoyance, il en choisira une après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs.27
3    L'affiliation a lieu avec effet rétroactif.
3bis    La résiliation de l'affiliation et la réaffiliation à une nouvelle institution de prévoyance par l'employeur s'effectuent après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs. L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive (art. 60).28 29
3ter    Faute d'entente dans les cas cités aux al. 2 et 3bis, la décision sera prise par un arbitre neutre désigné soit d'un commun accord, soit, à défaut, par l'autorité de surveillance.30
4    La caisse de compensation de l'AVS s'assure que les employeurs qui dépendent d'elle sont affiliés à une institution de prévoyance enregistrée.31
5    La caisse de compensation de l'AVS somme les employeurs qui ne remplissent pas l'obligation prévue à l'al. 1 de s'affilier dans les deux mois à une institution de prévoyance enregistrée.32
6    Si l'employeur ne se soumet pas à la mise en demeure de la caisse de compensation de l'AVS dans le délai imparti, celle-ci l'annonce à l'institution supplétive (art. 60) pour affiliation rétroactive.33
7    L'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Les frais non recouvrables sont pris en charge par le fonds de garantie (art. 56, al. 1, let. d et h).34
LPP, applicable à la procédure d'affiliation initiale d'un employeur et, d'autre part, a omis d'appliquer l'art. 11
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
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1    Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Si l'employeur n'est pas encore affilié à une institution de prévoyance, il en choisira une après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs.27
3    L'affiliation a lieu avec effet rétroactif.
3bis    La résiliation de l'affiliation et la réaffiliation à une nouvelle institution de prévoyance par l'employeur s'effectuent après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs. L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive (art. 60).28 29
3ter    Faute d'entente dans les cas cités aux al. 2 et 3bis, la décision sera prise par un arbitre neutre désigné soit d'un commun accord, soit, à défaut, par l'autorité de surveillance.30
4    La caisse de compensation de l'AVS s'assure que les employeurs qui dépendent d'elle sont affiliés à une institution de prévoyance enregistrée.31
5    La caisse de compensation de l'AVS somme les employeurs qui ne remplissent pas l'obligation prévue à l'al. 1 de s'affilier dans les deux mois à une institution de prévoyance enregistrée.32
6    Si l'employeur ne se soumet pas à la mise en demeure de la caisse de compensation de l'AVS dans le délai imparti, celle-ci l'annonce à l'institution supplétive (art. 60) pour affiliation rétroactive.33
7    L'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Les frais non recouvrables sont pris en charge par le fonds de garantie (art. 56, al. 1, let. d et h).34
, al. 3bis, 2ème phrase LPP, norme dont le but est d'exclure l'intervention des caisses de compensation dans la procédure de réaffiliation. Par conséquent, en concluant que la caisse de compensation de l'AVS devait sommer elle-même l'intimé, les premiers juges ont violé le droit fédéral.

5.5 Reste à examiner la question des taxes et frais relatifs à la réaffiliation de l'intimé. Selon l'art. 11
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 11 Affiliation à une institution de prévoyance - 1 Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Si l'employeur n'est pas encore affilié à une institution de prévoyance, il en choisira une après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs.27
3    L'affiliation a lieu avec effet rétroactif.
3bis    La résiliation de l'affiliation et la réaffiliation à une nouvelle institution de prévoyance par l'employeur s'effectuent après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs. L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive (art. 60).28 29
3ter    Faute d'entente dans les cas cités aux al. 2 et 3bis, la décision sera prise par un arbitre neutre désigné soit d'un commun accord, soit, à défaut, par l'autorité de surveillance.30
4    La caisse de compensation de l'AVS s'assure que les employeurs qui dépendent d'elle sont affiliés à une institution de prévoyance enregistrée.31
5    La caisse de compensation de l'AVS somme les employeurs qui ne remplissent pas l'obligation prévue à l'al. 1 de s'affilier dans les deux mois à une institution de prévoyance enregistrée.32
6    Si l'employeur ne se soumet pas à la mise en demeure de la caisse de compensation de l'AVS dans le délai imparti, celle-ci l'annonce à l'institution supplétive (art. 60) pour affiliation rétroactive.33
7    L'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Les frais non recouvrables sont pris en charge par le fonds de garantie (art. 56, al. 1, let. d et h).34
, al. 7, 1ère phrase LPP, l'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Cette disposition a été concrétisée, en ce qui concerne l'institution supplétive, à l'art. 3 al. 4 de l'ordonnance du 28 août 1985 sur les droits de l'institution supplétive en matière de prévoyance professionnelle (RS 831.434), dont la teneur est la suivante: "L'employeur doit dédommager l'institution supplétive de tous les frais résultant de son affiliation". Se fondant sur cette dernière disposition, la recourante a édicté le Règlement relatif aux frais de la Fondation institution supplétive LPP destinés à couvrir les travaux administratifs extraordinaires. Les taxes et frais facturés à l'intimé, d'un montant total de 825 fr., dont 450 fr. de taxes liées à une décision relative à une affiliation d'office et 375 fr. de frais pour affiliation d'office, sont en tous points conformes au Règlement précité.

6.
Le recours doit ainsi être admis, la décision attaquée annulée et celle de la recourante confirmée. Les frais sont mis à la charge de l'intimé qui succombe (art. 66
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
, al. 1, 1ère phrase LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à la recourante, qui est une institution chargée de tâches de droit public au sens de l'art. 68 al. 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF (ATF 128 V 124 consid. 5b p. 133; arrêt 2A.576/2002 du 4 novembre 2003 consid. 5).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est admis et la décision du Tribunal administratif fédéral, Cour III, du 24 février 2009 est annulée.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.

3.
Il n'est pas alloué de dépens.

4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour III, et à l'Office fédéral des assurances sociales.

Lucerne, le 22 avril 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:

Meyer Fretz