Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 574/2009
{T 0/2}

Arrêt du 21 avril 2010
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Zünd, Président,
Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffier: M. Dubey.

Participants à la procédure
X.________,
représenté par la Fiduciaire Christian Loche,
recourant,

contre

Intendance des impôts du canton de Berne, Brünnenstrasse 66, case postale 8334, 3018 Berne,
Commission des recours en matière fiscale du canton de Berne, Sägemattstrasse 2, case postale 54, 3097 Liebefeld.

Objet
Impôt cantonal et fédéral direct 2001,

recours contre le jugement du Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française, du 10 août 2009.

Faits:

A.
X.________ a été domicilié à A.________ durant l'année 2001. Durant cette année-là, il a travaillé en qualité de responsable marketing auprès de B.________ SA à Lausanne. Il a effectué les déplacements entre son domicile et son lieu de travail en voiture privée. Il a demandé la déduction de 26'565 fr. (230 j. x 210 km x 0.55) pour le transport depuis son domicile ainsi que 3'000 fr. de frais de repas pris à l'extérieur.

Par décision du 10 avril 2003, l'Intendance des impôts du canton de Berne a taxé l'intéressé sur un revenu de 74'492 fr. pour l'impôt cantonal et communal et sur un revenu de 81'668 fr. pour l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2001, retenant un montant de 25'410 fr. (220 j. x 210 km x 0.55) au titre de frais de déplacement duquel elle a retranché 21'730 fr. versés, selon certificat de salaire, par l'employeur à titre de "frais d'auto" (18'730 fr.) et "autres frais" (3'000 fr.). Seul un montant de 3'680 fr. a finalement été admis en déduction à titre de frais de déplacement.

Par décisions du 19 février 2008 et du 14 octobre 2008, l'Intendance des impôts puis la Commission des recours en matière fiscale du canton de Berne ont confirmé la décision de taxation, l'intéressé n'ayant pas apporté la preuve que l'indemnité versée par son employeur ne servait qu'à couvrir ses frais de déplacement entre Lausanne et les diverses agences de B.________ SA et non pas aussi les frais de déplacement entre son domicile et Lausanne.

Par arrêt du 10 août 2009, le Juge unique du Tribunal administratif du canton de Berne (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours de l'intéressé contre la décision rendue le 14 octobre 2008 par la Commission des recours en matière fiscale pour les mêmes motifs que cette dernière.

B.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X.________ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 10 août 2009 par le Tribunal administratif et de lui accorder une déduction au titre de frais de déplacement d'un montant de 26'565 fr., subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants et enfin plus subsidiairement de lui accorder une déduction de 13'000 fr. au titre de frais de déplacement.

Le Tribunal administratif et l'Intendance des impôts du canton de Berne ainsi que l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. La Commission des recours en matière fiscale a renoncé à déposer des observations.

X.________ a présenté des contre-observations non sollicitées en date du 19 février 2010.

C.
Par ordonnance du 17 septembre 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté la demande d'octroi de l'effet suspensif au recours déposée par l'intéressé.

Considérant en droit:

1.
L'arrêt attaqué constitue une décision finale rendue dans une cause de droit public par une autorité supérieure de dernière instance cantonale qui concerne à la fois l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal harmonisé, ce qui est admissible du moment que la notion de "frais de déplacement nécessaires entre le domicile et le lieu de travail" est identique pour les deux catégories d'impôts (ATF 135 II 260 ss). Par conséquent, déposé en temps utile par le destinataire de l'arrêt attaqué, qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci, le présent recours en matière de droit public est en principe recevable en vertu des art. 82 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF, 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 73 al. 1 de la loi du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts cantonaux et communaux (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14). Il est aussi conforme à la jurisprudence qui autorise le dépôt d'un seul acte de recours, lorsqu'il ressort clairement du mémoire (cf. mémoire de recours, p. 6) que le recourant s'en prend aux deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 ss).

2.
2.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
et 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF.

2.2 Le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). La partie recourante ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause. (art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF). La constatation manifestement inexacte des faits en instance précédente constitue un cas particulier d'arbitraire (ATF 135 II 145 consid. 8.1 p. 153; 135 III 127 consid. 1.5 p. 130; 134 V 53 consid. 4.3 p. 62), tandis que l'établissement des faits en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF est retenu lorsque l'autorité précédente n'a pas respecté une règle de droit fédéral sur la preuve et l'administration des preuves, ou appliqué arbitrairement une règle cantonale sur ce point (cf. arrêt 4A 280/2009 du 31 juillet 2009 consid. 1.4).

2.3 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
LTF).

Le recourant produit un grand nombre de pièces nouvelles et invoque des faits nouveaux qui sont par conséquent irrecevables. Il en va notamment ainsi du document daté du 8 septembre 2009 et de son contenu.

3.
Le recourant reproche au Tribunal administratif d'avoir apprécié de façon manifestement inexacte les preuves produites à l'appui de son recours (mémoire de recours, p. 8 et 9).

3.1 En matière d'appréciation des preuves et de constatations de fait, le Tribunal fédéral n'intervient, pour violation de l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans motif sérieux, de tenir compte d'un moyen de preuve pertinent ou encore s'il a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (cf. ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398).

3.2 Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a retenu que l'attestation établie le 18 mars 2008 par l'employeur du recourant "se limite à préciser que les déplacements privés du recourant ne sont pas indemnisés". Le recourant reproche au Tribunal administratif "une appréciation totalement à l'opposé d'attestations claires de son employeur". Il est vrai que le certificat de salaire établit l'absence de prestations spéciales de l'employeur en particulier l'absence de transport gratuit entre le domicile et le lieu de travail. Il est vrai aussi que l'attestation semble distinguer les frais de déplacements "privés" des frais de déplace- ments destinés aux "visites de clients". Toutefois eu égard aux déclarations du recourant lui-même, qui affirme avoir parcouru une moyenne de 50'000 km en 2001, dont 46'200 devraient correspondre aux trajets entre A.________ et Lausanne, un doute subsiste sur le sens réel de l'attestation. Les déclarations du recourant contredisent en effet le contenu de la pièce, de sorte que l'on ne saurait reprocher au Tribunal administratif une appréciation arbitraire des pièces figurant au dossier.

Le grief doit par conséquent être rejeté.
I. Impôt fédéral direct

4.
Invoquant également l'art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF, le recourant soutient que le Tribunal administratif a établi les faits en violation du droit fédéral, c'est-à-dire en violation des art. 123
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 123 - 1 Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
1    Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
2    Elles peuvent en particulier ordonner des expertises, procéder à des inspections et examiner sur place les comptes et les pièces justificatives. Tout ou partie des frais entraînés par ces mesures d'instruction peuvent être mis à la charge du contribuable ou de toute autre personne astreinte à fournir des renseignements, lorsque ceux-ci les ont rendus nécessaires par un manquement coupable à leurs obligations de procédure.
LIFD ainsi que 29 al. 1 Cst. A son avis, les autorités auraient dû rechercher elles-même certains renseignements auprès de l'Office de la circulation et auraient dû agir plus rapidement afin d'éviter qu'il ne se sépare de certaines preuves.

4.1 Dans une procédure judiciaire ou administrative, l'art. 29 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. confère à toute personne le droit à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.

4.2 Selon l'art. 123 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 123 - 1 Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
1    Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
2    Elles peuvent en particulier ordonner des expertises, procéder à des inspections et examiner sur place les comptes et les pièces justificatives. Tout ou partie des frais entraînés par ces mesures d'instruction peuvent être mis à la charge du contribuable ou de toute autre personne astreinte à fournir des renseignements, lorsque ceux-ci les ont rendus nécessaires par un manquement coupable à leurs obligations de procédure.
LIFD, les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable. La procédure de taxation est ainsi caractérisée par la collaboration réciproque de l'autorité fiscale et du contribuable (procédure de taxation mixte). Le contribuable est tenu de faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (art. 126 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 126 Collaboration ultérieure - 1 Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
1    Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
2    Sur demande de l'autorité de taxation, il doit notamment fournir des renseignements oraux ou écrits, présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires.
3    Les personnes physiques qui exercent une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent conserver pendant dix ans les livres ou les relevés prévus à l'art. 125, al. 2, ainsi que les pièces justificatives en relation avec leur activité. Le mode de tenue et de conservation de ces documents est régi par les art. 957 à 958f CO227.228 229
LIFD). Il doit en particulier remplir la déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète (art. 124 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 124 Déclaration d'impôt - 1 L'autorité fiscale compétente invite les contribuables à déposer la déclaration d'impôt par publication officielle, par communication personnelle ou par l'envoi de la formule. Les contribuables qui n'ont reçu ni communication personnelle ni formule doivent eux aussi déposer une déclaration d'impôt.220
1    L'autorité fiscale compétente invite les contribuables à déposer la déclaration d'impôt par publication officielle, par communication personnelle ou par l'envoi de la formule. Les contribuables qui n'ont reçu ni communication personnelle ni formule doivent eux aussi déposer une déclaration d'impôt.220
2    Le contribuable doit remplir la déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète; il doit la signer personnellement et la remettre à l'autorité fiscale compétente avec les annexes prescrites, dans le délai qui lui est imparti.221
3    Le contribuable qui omet de déposer la déclaration d'impôt ou qui dépose une déclaration incomplète est invité à remédier à l'omission dans un délai raisonnable.222
4    Le contribuable qui dépasse le délai imparti pour remettre sa déclaration ou la retourner lorsqu'elle lui a été renvoyée pour qu'il la complète est excusé s'il établit que, par suite de service militaire, de service civil, d'absence du pays, de maladie ou pour d'autres motifs sérieux, il a été empêché de remplir cette obligation en temps utile et qu'il s'en est acquitté dans les 30 jours après la fin de l'empêchement.223
LIFD) et fournir les documents nécessaires (art. 125
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 125 Annexes - 1 Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
1    Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
a  les certificats de salaire concernant tous les revenus provenant d'une activité lucrative dépendante;
b  les attestations concernant les prestations que le contribuable a obtenues en sa qualité de membre de l'administration ou d'un autre organe d'une personne morale;
c  l'état complet des titres et des créances, ainsi que celui des dettes.
2    Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration:
a  les comptes annuels signés (bilan, compte de résultats) concernant la période fiscale, ou
b  en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO224: un relevé des recettes et des dépenses, de l'état de la fortune ainsi que des prélèvements et apports privés concernant la période fiscale.225
3    Pour la taxation de l'impôt sur le bénéfice, les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives doivent en outre indiquer, à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement, le montant de leur capital propre. Ce capital propre comprend le capital-actions ou le capital social libéré, les réserves issues d'apports de capital visées à l'art. 20, al. 3 à 7, portées au bilan commercial, les réserves ouvertes et les réserves latentes constituées au moyen de bénéfices imposés ainsi que la part des fonds étrangers qui est économiquement assimilable au capital propre.226
LIFD). A la demande de l'autorité de taxation, il est tenu de fournir tout renseignement écrit ou oral, spécialement lorsque, au vu de la déclaration d'impôt, des questions surgissent à propos des revenus, des frais d'acquisition, de l'évolution de la fortune, etc. (cf. art. 126 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 126 Collaboration ultérieure - 1 Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
1    Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
2    Sur demande de l'autorité de taxation, il doit notamment fournir des renseignements oraux ou écrits, présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires.
3    Les personnes physiques qui exercent une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent conserver pendant dix ans les livres ou les relevés prévus à l'art. 125, al. 2, ainsi que les pièces justificatives en relation avec leur activité. Le mode de tenue et de conservation de ces documents est régi par les art. 957 à 958f CO227.228 229
LIFD) Le contribuable porte ainsi la responsabilité de l'exactitude de sa déclaration (arrêt 2C 47/2009 du 26 mai 2009 in RDAF 2009 II 408 consid. 5 et les références citées).

La taxation incombe à l'autorité, laquelle contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires (art. 130 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 130 Exécution - 1 L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
1    L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
2    Elle effectue la taxation d'office sur la base d'une appréciation consciencieuse si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou que les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue en l'absence de données suffisantes. Elle peut prendre en considération les coefficients expérimentaux, l'évolution de fortune et le train de vie du contribuable.
LIFD). En procédure de taxation, la maxime inquisitoire prévaut: l'autorité n'est pas liée par les éléments imposables reconnus ou déclarés par le contribuable. L'autorité de taxation doit apprécier les preuves avec soin et conscience. Sous cette réserve, elle forme librement sa conviction en analysant la force probante des preuves administrées, en choisissant entre les preuves contradictoires ou les indices contraires qu'elle a recueillis. Cette liberté d'appréciation, qui doit s'exercer dans le cadre de la loi, n'est limitée que par l'interdiction de l'arbitraire. Il n'est pas indispensable que la conviction de l'autorité de taxation confine à une certitude absolue qui exclurait toute autre possibilité; il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et du bon sens et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs (arrêt 2C 47/2009 du 26 mai 2009 in RDAF 2009 II 408 consid. 5 et les références citées).

Il peut arriver que, même après l'instruction menée par l'autorité, un fait déterminant pour la taxation reste incertain. Ce sont alors les règles générales du fardeau de la preuve qui s'appliquent pour déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un tel fait. En matière fiscale, ce principe veut que l'autorité fiscale établisse les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment. Par ailleurs, le contribuable doit prouver l'exactitude de sa déclaration d'impôt et de ses explications ultérieures; on ne peut pas demander au contribuable de prouver un fait négatif, par exemple qu'il n'a pas d'autres revenus que ceux annoncés. Il incombe en effet à l'autorité fiscale d'apporter la preuve de l'existence d'éléments imposables qui n'ont pas été annoncés. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale apportent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération. Ces règles s'appliquent également à
la procédure devant les autorités de recours en matière fiscale (art. 142 al. 4
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 142 Procédure - 1 La commission cantonale de recours invite l'autorité de taxation à se déterminer et à lui faire parvenir le dossier. Elle demande aussi le préavis de l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et de l'AFC.
1    La commission cantonale de recours invite l'autorité de taxation à se déterminer et à lui faire parvenir le dossier. Elle demande aussi le préavis de l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et de l'AFC.
2    Lorsque le recours est interjeté par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct ou par l'AFC, la commission cantonale de recours invite le contribuable à s'exprimer.
3    Lorsque l'avis présenté par l'autorité en réponse au recours du contribuable contient de nouveaux arguments de fait ou de droit, la commission cantonale de recours invite le contribuable à s'exprimer également sur ceux-ci.
4    Dans la procédure de recours, la commission cantonale de recours a les mêmes compétences que l'autorité de taxation dans la procédure de taxation.
5    Le droit du contribuable de consulter le dossier est régi par l'art. 114.
LIFD), comme l'a récemment jugé le Tribunal fédéral (arrêt 2C 47/2009 du 26 mai 2009 in RDAF 2009 II 408 consid. 5 et les références citées).

4.3 Le recourant soutient en vain que le Tribunal administratif, aurait dû opérer des vérifications auprès de l'Office cantonal de la circulation routière et constater qu'il disposait de deux véhicules en 2001, comme le démontrerait le document établi le 8 septembre 2009. Il perd de vue que ce document est irrecevable (cf. consid. 2.2 ci-dessus) et surtout qu'il lui appartenait de donner toutes les précisions nécessaires sur ses frais d'acquisition du revenu lorsque les autorités fiscales lui ont refusé la déduction des frais de transport entre A.________ et Lausanne, à tout le moins, au plus tard, lorsqu'elles lui ont demandé à deux reprises de produire les pièces justificatives. Il n'y a pas répondu. Par conséquent, il est malvenu de se plaindre de la violation de l'art. 123
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 123 - 1 Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
1    Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
2    Elles peuvent en particulier ordonner des expertises, procéder à des inspections et examiner sur place les comptes et les pièces justificatives. Tout ou partie des frais entraînés par ces mesures d'instruction peuvent être mis à la charge du contribuable ou de toute autre personne astreinte à fournir des renseignements, lorsque ceux-ci les ont rendus nécessaires par un manquement coupable à leurs obligations de procédure.
LIFD.

Il ne peut davantage faire état d'une violation de l'art. 29 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. Le recourant savait en effet dès le dépôt de sa réclamation qu'il devrait être en mesure de prouver la réalité et le montant de ses frais de déplacement et par conséquent, qu'il devrait conserver les preuves à cet effet. Le temps qui s'est écoulé entre le dépôt de la réclamation et les demandes de précisions de l'Intendance des impôts n'y changeait rien.

Ce grief doit également être rejeté.

5.
5.1 Selon l'art. 26 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 26 - 1 Les frais professionnels qui peuvent être déduits sont:
1    Les frais professionnels qui peuvent être déduits sont:
a  les frais de déplacement nécessaires entre le domicile et le lieu de travail jusqu'à concurrence de 3200 francs;
b  les frais supplémentaires résultant des repas pris hors du domicile et du travail par équipes;
c  les autres frais indispensables à l'exercice de la profession; l'art. 33, al. 1, let. j, est réservé;
d  ...
2    Les frais professionnels mentionnés à l'al. 1, let. b et c, sont estimés forfaitairement; dans les cas visés à l'al. 1, let. c, le contribuable peut justifier des frais plus élevés.68
LIFD, le contribuable exerçant une activité lucrative dépendante peut déduire les frais de déplacement nécessaires entre le domicile et le lieu de travail. Les frais d'entretien du contribuable et de sa famille, y compris les dépenses privées résultant de sa situation professionnelle, ne peuvent toutefois pas être déduits (art. 34 let. a
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 34 - Ne peuvent être déduits les autres frais et dépenses, en particulier:
a  les frais d'entretien du contribuable et de sa famille, y compris les dépenses privées résultant de sa situation professionnelle;
b  ...
c  les dépenses affectées au remboursement des dettes;
d  les frais d'acquisition, de production ou d'amélioration d'éléments de fortune;
e  les impôts de la Confédération, des cantons et des communes sur le revenu, sur les gains immobiliers et sur la fortune, ainsi que les impôts étrangers analogues.
LIFD).

Selon l'art. 26 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 26 - 1 Les frais professionnels qui peuvent être déduits sont:
1    Les frais professionnels qui peuvent être déduits sont:
a  les frais de déplacement nécessaires entre le domicile et le lieu de travail jusqu'à concurrence de 3200 francs;
b  les frais supplémentaires résultant des repas pris hors du domicile et du travail par équipes;
c  les autres frais indispensables à l'exercice de la profession; l'art. 33, al. 1, let. j, est réservé;
d  ...
2    Les frais professionnels mentionnés à l'al. 1, let. b et c, sont estimés forfaitairement; dans les cas visés à l'al. 1, let. c, le contribuable peut justifier des frais plus élevés.68
LIFD, les frais de déplacement sont estimés forfaitairement; le contribuable peut néanmoins justifier de frais de déplacement plus élevés. La réglementation de l'art. 26
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 26 - 1 Les frais professionnels qui peuvent être déduits sont:
1    Les frais professionnels qui peuvent être déduits sont:
a  les frais de déplacement nécessaires entre le domicile et le lieu de travail jusqu'à concurrence de 3200 francs;
b  les frais supplémentaires résultant des repas pris hors du domicile et du travail par équipes;
c  les autres frais indispensables à l'exercice de la profession; l'art. 33, al. 1, let. j, est réservé;
d  ...
2    Les frais professionnels mentionnés à l'al. 1, let. b et c, sont estimés forfaitairement; dans les cas visés à l'al. 1, let. c, le contribuable peut justifier des frais plus élevés.68
LIFD est complétée par l'ordonnance du 10 février 1993 sur la déduction des frais professionnels des personnes exerçant une activité lucrative dépendante en matière d'impôt fédéral direct (ci-après: l'Ordonnance; RS 642.118.1), par l'Appendice des 22 juillet 2004 et 23 septembre 2005 à l'Ordonnance (ci-après: l'Appendice; RO 2004 3559 s. et 2005 4815 s.) et par la Circulaire de l'Administration fédérale des contributions du 22 septembre 1995: Déduction des frais professionnels des personnes exerçant une activité lucrative dépendante (Archives 64, p. 701 ss).

D'après l'art. 2 al. 2 de l'Ordonnance, les frais que l'employeur ou qu'un tiers a pris à sa charge et les dépenses privées résultant de la situation professionnelle du contribuable (dépenses privées dites de représentation), notamment, ne sont pas déductibles. Au sens de l'art. 5 de l'Ordonnance, le contribuable qui utilise les transports publics pour les déplacements entre le domicile et le lieu de travail peut déduire ses dépenses effectives. En cas d'utilisation d'un véhicule privé, il peut déduire les dépenses qu'il aurait eues en utilisant les transports publics. Exceptionnellement, si l'on ne peut raisonnablement exiger du contribuable qu'il utilise un moyen de transport public lorsqu'il établit qu'il ne dispose d'aucun moyen de transport public ou qu'il n'est pas en mesure de les utiliser, il peut déduire les frais d'utilisation d'un véhicule privé d'après les forfaits de l'art. 3 de l'Ordonnance ou justifier de frais professionnels plus élevés (art. 5 al. 3 de l'Ordonnance). Tel est notamment le cas lorsque le contribuable dépend d'un véhicule pour l'exercice de sa profession (arrêts 2C 441/2009 du 8 janvier 2010, consid. 4.3; 2C 445 du 26 novembre 2008, consid. 5.3 in RDAF 2008 II p. 528; 2A.479/1995 du 14 mai 1996,
consid. 2 et les références citées).

5.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a admis, sur la foi des déclarations du recourant, que ce dernier avait parcouru le même nombre de kilomètres en 2001 qu'au cours des années suivantes, c'est-à-dire en moyenne 50'000 km, comme cela ressortait d'ailleurs des carnets antipollution 2002 et 2003 produits. Il a par ailleurs retenu que le recourant avait son domicile à A.________ et son lieu de travail à Lausanne et que ce trajet correspondait à 46'200 km par année. Il en a déduit que l'indemnité de déplacement versée par l'employeur au recourant d'un montant de 18'730 fr., bien que présentée comme un remboursement de frais de transport entre Lausanne et les succursales de l'employeur, servait en réalité aussi à dédommager les trajets du recourant entre son domicile et Lausanne, faute de quoi le recourant aurait dû parcourir plus de 85'000 km par an, ce qu'il n'a pas démontré.

5.3 Le recourant soutient au moins implicitement que le Tribunal administratif ne pouvait pas confirmer la reprise des 3'000 fr. d'indemnité versée par son employeur au titre d'autres frais. Il est vrai que l'arrêt attaqué a confirmé que seuls 3'680 fr. (soit 25'410 - 21'730) pouvaient être déduits du revenu imposable du recourant. Le montant de 21'730 fr. comprend l'indemnité de transport de 18'730 fr. ainsi que celle de 3'000 fr. pour autres frais non compris dans le salaire. Cette reprise est justifiée. En effet, le recourant a obtenu une déduction de 3'000 fr. pour frais de repas pris à l'extérieur. Ces frais de repas ne sont déductibles du revenu imposable que s'ils ne sont pas pris en charge par l'employeur (art. 2 al. 2 de l'Ordonnance). Le certificat de salaire prouve que ces frais ont été pris en charge par l'employeur. Ils doivent par conséquent être repris, comme l'a jugé le Tribunal administratif.

Par conséquent, c'est à bon droit que le Tribunal administratif a confirmé que seuls 3'380 fr. pouvaient être déduits du revenu imposable du recourant pour calculer l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2001. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
II. Impôt cantonal et communal.

6.
6.1 Le recourant se plaint de l'établissement des faits en violation de l'art. 29 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. Contrairement à ce qu'il a écrit en matière d'impôt fédéral direct, il n'expose en revanche pas, comme il lui appartenait de la faire (art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF), en quoi des dispositions de procédure de droit cantonal, ayant un contenu similaire aux art. 123
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 123 - 1 Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
1    Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
2    Elles peuvent en particulier ordonner des expertises, procéder à des inspections et examiner sur place les comptes et les pièces justificatives. Tout ou partie des frais entraînés par ces mesures d'instruction peuvent être mis à la charge du contribuable ou de toute autre personne astreinte à fournir des renseignements, lorsque ceux-ci les ont rendus nécessaires par un manquement coupable à leurs obligations de procédure.
LIFD, auraient été appliquées de manière arbitraire. Le grief de violation de l'art. 29 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. peut quant à lui être rejeté pour les mêmes motifs que ceux qui ont été exposés ci-dessus.

6.2 D'après l'art. 9 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LIHD; RS 642.149), les dépenses nécessaires à l'acquisition du revenu et les déductions générales sont défalquées de l'ensemble des revenus imposables.

L'art. 31 al. 1 et 2 de la loi bernoise du 21 mai 2000 sur les impôts (LI/BE; RSBE 661.11) contient des dispositions conformes à l'art. 9
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 9 En général - 1 Les dépenses nécessaires à l'acquisition du revenu et les déductions générales sont défalquées de l'ensemble des revenus imposables. Un montant maximal peut être fixé pour les frais de déplacement nécessaires entre le domicile et le lieu de travail.54
1    Les dépenses nécessaires à l'acquisition du revenu et les déductions générales sont défalquées de l'ensemble des revenus imposables. Un montant maximal peut être fixé pour les frais de déplacement nécessaires entre le domicile et le lieu de travail.54
2    Les déductions générales sont:
a  les intérêts passifs privés à concurrence du rendement imposable de la fortune au sens des art. 7 et 7a, augmenté d'un montant de 50 000 francs;
b  les charges durables et 40 % des rentes viagères versées par le débirentier;
c  la pension alimentaire versée au conjoint divorcé, séparé judiciairement ou de fait, ainsi que les contributions d'entretien versées à l'un des parents pour les enfants sur lesquels il a l'autorité parentale, à l'exclusion toutefois des prestations versées en exécution d'une obligation d'entretien ou d'assistance fondée sur le droit de la famille;
d  les primes, cotisations et montants légaux, statutaires ou réglementaires versés à l'assurance-vieillesse et survivants, à l'assurance-invalidité et à des institutions de la prévoyance professionnelle;
e  les primes, cotisations et montants versés en vue de l'acquisition de droits contractuels dans des formes reconnues de la prévoyance individuelle liée, jusqu'à concurrence d'un montant déterminé;
f  les primes et cotisations versées en vertu de la réglementation sur les allocations pour perte de gain et des dispositions sur l'assurance-chômage et l'assurance-accidents obligatoire;
g  les versements, cotisations et primes d'assurances-vie, d'assurances-maladie et ceux d'assurances-accidents qui ne tombent pas sous le coup de la let. f ainsi que les intérêts des capitaux d'épargne du contribuable et des personnes à l'entretien desquelles il pourvoit, jusqu'à concurrence d'un montant déterminé par le droit cantonal; ce montant peut revêtir la forme d'un forfait;
h  les frais provoqués par la maladie et les accidents du contribuable ou d'une personne à l'entretien de laquelle il subvient, lorsque le contribuable supporte lui-même ces frais et que ceux-ci excèdent une franchise déterminée par le droit cantonal;
hbis  les frais liés au handicap du contribuable ou d'une personne à l'entretien de laquelle il subvient, lorsque le contribuable ou cette personne est handicapé au sens de la loi du 13 décembre 2002 sur l'égalité pour les handicapés60 et que le contribuable supporte lui-même les frais;
i  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence du montant prévu par le droit cantonal, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique (art. 23, al. 1, let. f) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 23, al. 1, let. a à c);
k  une déduction sur le produit du travail qu'obtient l'un des conjoints lorsque son activité est indépendante de la profession, du commerce ou de l'entreprise de l'autre, jusqu'à concurrence d'un montant déterminé par le droit cantonal; une déduction analogue est accordée lorsque l'un des conjoints seconde l'autre de manière importante dans sa profession, son commerce ou son entreprise;
l  les cotisations et les versements à concurrence d'un montant déterminé par le droit cantonal en faveur d'un parti politique, à l'une des conditions suivantes:
l1  être inscrit au registre des partis conformément à l'art. 76a de la loi fédérale du 17 décembre 1976 sur les droits politiques63,
l2  être représenté dans un parlement cantonal,
l3  avoir obtenu au moins 3 % des voix lors des dernières élections au parlement d'un canton;
m  un montant déterminé par le droit cantonal pour chaque enfant dont la garde est assurée par un tiers, si l'enfant a moins de 14 ans et vit dans le même ménage que le contribuable assurant son entretien et si les frais de garde, documentés, ont un lien de causalité direct avec l'activité lucrative, la formation ou l'incapacité de gain du contribuable;
n  les mises, à hauteur d'un pourcentage déterminé par le droit cantonal pour les gains de loterie ou d'opérations analogues; les cantons peuvent fixer le montant maximal de la déduction;
o  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles, frais de reconversion compris, jusqu'à concurrence d'un montant déterminé par le droit cantonal pour autant que le contribuable remplisse l'une des condistions suivantes:
o1  il est titulaire d'un diplôme du degré secondaire II,
o2  il a atteint l'âge de 20 ans et suit une formation visant à l'obtention d'un diplôme autre qu'un premier diplôme du degré secondaire II.
3    Le contribuable qui possède des immeubles privés peut déduire les frais nécessaires à leur entretien, les frais de remise en état d'immeubles acquis récemment, les primes d'assurances relatives à ces immeubles et les frais d'administration par des tiers. En outre, les cantons peuvent prévoir des déductions pour la protection de l'environnement, les mesures d'économie d'énergie et la restauration des monuments historiques. Ces trois dernières déductions sont soumises à la réglementation suivante:67
a  le Département fédéral des finances détermine en collaboration avec les cantons quels investissements destinés à économiser l'énergie et à ménager l'environnement peuvent être assimilés à des frais d'entretien; les frais de démolition en vue d'une construction de remplacement sont assimilés aux frais d'entretien.
b  pour autant qu'ils ne soient pas subventionnés, les frais occasionnés par des travaux de restauration de monuments historiques sont déductibles dans la mesure où le contribuable les a entrepris en vertu de dispositions légales, en accord avec les autorités ou sur ordre d'une autorité administrative.
3bis    Les coûts d'investissement et les frais de démolition en vue d'une construction de remplacement visés à l'al. 3, let. a, sont déductibles au cours des deux périodes fiscales suivantes, lorsqu'ils ne peuvent pas être entièrement pris en considération durant la période fiscale en cours, pendant laquelle les dépenses ont été effectuées.69
4    On n'admettra pas d'autres déductions. Les déductions pour enfants et autres déductions sociales de droit cantonal sont réservées.
LHID dont le contenu est similaire à celles de l'impôt fédéral direct, notamment en ce qui concerne les frais de déplacements entre le domicile et le lieu de travail et la possibilité d'en obtenir la déduction forfaitaire, le détail des forfaits admissibles étant précisé par l'ordonnance cantonale du 18 octobre 2000 sur les frais professionnels (OFrP; RSBE 661.312.56), comme l'a aussi constaté le Tribunal administratif (arrêt attaqué, consid. 2.4)
Dans ces conditions, les considérants qui ont été exposés en matière d'impôt fédéral direct trouvent également application en matière de droit cantonal. Le recours est donc rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal 2001.

7.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 66
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Il n'a pas droit à une indemnité à titre de dépens (art. 68
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2001.

2.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2001.

3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.

4.
Le présent arrêt est communiqué à la représentante du recourant, à l'Intendance des impôts, à la Commission des recours en matière fiscale et à la Cour des affaires de langue française du Tribunal administratif du canton de Berne, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 21 avril 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:

Zünd Dubey