Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C_797/2009
{T 0/2}

Arrêt du 20 juillet 2010
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Zünd, Président,
Aubry Girardin, Donzallaz, Stadelmann et Berthoud, Juge suppléant.
Greffier: M. Dubey.

Participants à la procédure
X.________,
représenté par Me Pierre Gillioz, avocat,
recourant,

contre

Administration fiscale cantonale du canton de Genève, rue du Stand 26, case postale 3937, 1211 Genève 3.

Objet
Impôt sur les gains immobiliers,

recours contre l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Genève, 1ère section, du 27 octobre 2009.

Faits:

A.
X.________ a acquis la propriété de la parcelle no **** de la commune de A.________ dans le cadre de la succession de son grand-père, décédé le en 1999. Celui-ci avait acheté cet immeuble en 1958 pour le prix de 192'704 fr.

Le 4 septembre 2007, le Service des immeubles de l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a arrêté la valeur de l'immeuble au jour du décès à 5 millions de francs et fixé les droits de succession à 319'194 fr.

Le 26 octobre 2007, X.________ a vendu le bien immobilier en cause pour un montant de 20 millions de francs. Le 21 décembre 2007, il a déclaré un gain immobilier de 19'161'696 fr. Il a soutenu que l'art. 12 al. 3 let. a
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14) était applicable et qu'il convenait d'appliquer un taux d'imposition de 0%, correspondant à une durée de possession de plus de 25 ans depuis l'acquisition de l'immeuble par le de cujus en 1958, conformément à l'art. 84 al. 1 let. g de la loi générale du canton de Genève sur les contributions publiques du 9 novembre 1887 (LCP/GE; RSGE D 3 05).

Par bordereau du 25 janvier 2008, l'Administration fiscale cantonale a arrêté le gain immobilier à 14'035'806 fr., correspondant au prix de vente du 26 octobre 2007 (20 millions), diminué de la valeur d'acquisition en 1999 (5 millions), des droits de succession (319'194 fr.) et des commissions de vente (645'000 fr.). Elle a fait application du taux de 15% correspondant à une durée de possession de plus de 8 ans mais de moins de 10 ans au sens de l'art. 84 al. 1 let. e LCP/GE, soit celle courue du 9 septembre 1999 au 26 octobre 2007. L'impôt a été fixé à 2'105'280 fr. 90.

B.
Le 15 février 2008, X.________ a déposé une réclamation contre la décision du 25 janvier 2008 en concluant à son annulation et à la fixation d'un impôt sur le gain immobilier nul. Il a derechef invoqué une durée de possession de plus de 25 ans. L'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation le 8 avril 2008 aux motifs que la loi sur l'harmonisation fiscale n'avait pas d'effet rétroactif, que le fait générateur déterminant la nature de l'impôt était survenu le 9 septembre 1999, soit avant le délai au 1er janvier 2001 fixé par la loi sur l'harmonisation fiscale pour l'adaptation des législations cantonales au droit harmonisé et que le gain immobilier réalisé lors de la dévolution successorale avait été exonéré au sens de l'art. 81 al. 3 let. c LCP/GE et non pas différé au sens de l'art. 12 al. 3 let. a
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
LHID.

Le 30 avril 2008, X.________ a déféré cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève, devenue depuis le 1er janvier 2009, la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après: la Commission cantonale de recours), qui a rejeté le recours par décision du 8 juin 2009.

C.
Statuant sur le recours interjeté le 10 juillet 2009 par X.________ contre la décision rendue le 8 juin 2009 par la Commission cantonale de recours, le Tribunal administratif l'a rejeté par arrêt du 27 octobre 2009. En substance, la loi sur l'harmonisation fiscale prévoyait bien que la dévolution successorale ne faisait que différer l'imposition immobilière en cas de vente ultérieure, l'impôt étant calculé en tenant compte de la durée séparant la vente de l'acquisition de l'immeuble par le de cujus - et non pas de l'acquisition par voie de succession comme le prévoyait le droit cantonal genevois. Toutefois, l'art. 12 al. 3 let. a
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
LHID n'avait aucun effet rétroactif.

D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X.________ demande au Tribunal fédéral, avec suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 27 octobre 2009 par le Tribunal administratif, la décision rendue le 8 juin 2009 par la Commission cantonale de recours et le bordereau d'impôt du 25 janvier 2008, de renvoyer le dossier à l'Administration fiscale cantonale pour émission d'un nouveau bordereau fixant un impôt sur le gain immobilier égal à zéro et de renvoyer le dossier au Tribunal administratif pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale. Il se plaint de la violation des art. 12 al. 3 let. a
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
et 72
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 72 Anpassung der kantonalen Gesetzgebungen - 1 Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
1    Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
2    Nach ihrem Inkrafttreten finden die Bestimmungen dieses Gesetzes direkt Anwendung, wenn ihnen das kantonale Steuerrecht widerspricht. 223
3    Die Kantonsregierung erlässt die erforderlichen vorläufigen Vorschriften.
LHID ainsi que d'une application erronée du principe de la rétroactivité de la loi fiscale.

Le Tribunal administratif renonce à déposer des observations et persiste dans les considérants et le dispositif de l'arrêt entrepris. L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours.

Considérant en droit:

1.
1.1 Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS 173.110]) rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF) par une autorité cantonale judiciaire supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF ne soit réalisée, de sorte que, sous réserve des exigences légales de motivation, la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte.

1.2 Les conclusions tendant à l'annulation des décisions des instances précédant le Tribunal administratif sont toutefois irrecevables en raison de l'effet dévolutif du recours déposé auprès de ce dernier (art. 54 de la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001, LPFisc; RSGE D 3 17).

1.3 D'après l'art, 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Par conséquent, il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Il n'est limité ni par les arguments des parties ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut ainsi admettre un recours pour un autre motif que ceux invoqués devant lui ou rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de l'autorité attaquée (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.1 p. 254; 132 II 257 consid. 2.5 p. 262; 130 III 136 consid. 1.4 p.140).

2.
2.1 D'après l'art. 12 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
LHID, l'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses). L'art. 12 al. 2
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
LHID définit les aliénations imposables.

Selon l'art. 12 al. 3 let. a
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
LHID, l'imposition est différée notamment en cas de transfert de propriété par succession (dévolution d'hérédité, partage successoral, legs), avancement d'hoirie ou donation. L'art. 12
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
LHID contraint les cantons à percevoir un impôt sur les gains immobiliers. Bien qu'il demeure vague sur l'aménagement de cet impôt, en particulier sur la durée de la possession (ATF 134 II 124 consid. 3.2 p. 132), il ne leur laisse aucune liberté pour décider des cas dans lesquels l'imposition doit être différée (arrêt 2C_164/2005 du 13 août 2009 in RDAF 2009 II 531, consid. 6.1; F. Zuppinger, Grundstückgewinn- und Vermögenssteuer, in Archives 61, 309 ss, p. 318). Ils sont en revanche libres d'adopter le barème de l'impôt sur les gains immobiliers (art. 1 al. 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 1 Zweck und Geltungsbereich - 1 Dieses Gesetz bestimmt die von den Kantonen zu erhebenden direkten Steuern und legt die Grundsätze fest, nach denen die kantonale Gesetzgebung zu gestalten ist.
1    Dieses Gesetz bestimmt die von den Kantonen zu erhebenden direkten Steuern und legt die Grundsätze fest, nach denen die kantonale Gesetzgebung zu gestalten ist.
2    Das Gesetz gilt auch für die Gemeinden, soweit ihnen das kantonale Recht die Steuerhoheit für vorgeschriebene Steuern der Kantone gemäss Artikel 2 Absatz 1 einräumt.
3    Soweit es keine Regelung enthält, gilt für die Ausgestaltung der Kantons- und Gemeindesteuern das kantonale Recht. Sache der Kantone bleibt insbesondere die Bestimmung der Steuertarife, Steuersätze und Steuerfreibeträge.
LHID) sous réserve d'imposer plus lourdement les bénéfices réalisés à court terme (art. 12 al. 5
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
LHID).

2.2 Dans le canton de Genève, l'impôt sur les bénéfices et gains immobiliers a pour objet le bénéfice net provenant de l'aliénation d'immeubles ou de parts d'immeubles sis dans le canton, ainsi que certains gains que ces immeubles procurent sans aliénation (art. 80 al. 1 LCP).

D'après l'art. 81 al. 1 let. b LCP, l'imposition est prorogée en cas d'aliénation notamment en raison d'avancement d'hoirie ou de donation, ce qui est conforme à l'art. 12 al. 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
LHID, tandis que d'après l'art. 81 al. 3 let. c LCP, l'impôt n'est pas perçu (dans le sens d'une exonération) en cas de succession ou de partage successoral. Cette dernière disposition s'écarte de l'art. 12 al. 3 let. a
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
LHID.

La loi sur l'harmonisation fiscale ne définissant pas précisément l'objet de l'impôt, les cantons disposent d'une certaine marge de manoeuvre dans la manière de calculer le bénéfice (F. Zuppinger, op. cit., p. 321). Dans le canton de Genève, le bénéfice ou gain imposable est constitué par la différence entre la valeur d'aliénation et la valeur d'acquisition (art. 82 al. 1 LCP). La valeur d'acquisition est égale au prix payé pour l'acquisition du bien, augmentée des impenses, ou, à défaut de prix, à sa valeur vénale (art. 82 al. 2 LCP). Lors de l'aliénation d'un immeuble acquis par un transfert justifiant la prorogation de l'imposition, le prix d'acquisition est celui de la dernière aliénation soumise à l'impôt qui est aussi déterminante pour fixer la durée de possession (art. 82 al. 3 LCP).

D'après l'art. 84 al. 1 LCP, l'impôt est perçu de l'aliénateur ou du bénéficiaire du gain sur le montant global du bénéfice ou du gain nets aux taux suivants: a) 50% lorsqu'il a été propriétaire des biens ou actifs immobiliers, ou titulaire des droits immobiliers (réels ou personnels) pendant moins de 2 ans; b) 40% lorsqu'il l'a été pendant 2 ans au moins, mais moins de 4 ans; c) 30% lorsqu'il l'a été pendant 4 ans au moins, mais moins de 6 ans; d) 20% lorsqu'il l'a été pendant 6 ans au moins, mais moins de 8 ans; e) 15% lorsqu'il l'a été pendant 8 ans au moins, mais moins de 10 ans; f) 10% lorsqu'il l'a été pendant 10 ans au moins, mais moins de 25 ans; g) 0% lorsqu'il l'a été pendant 25 ans et plus.

2.3 La prorogation de l'imposition signifie qu'un transfert constituant en soi un acte d'aliénation n'est cependant pas soumis à imposition. Tout se passe, sous l'angle de l'impôt sur les gains immobiliers, comme si le transfert n'avait pas eu lieu ou, en d'autres termes, comme s'il n'y avait pas eu réalisation d'un gain (ATF 100 Ia 209 consid. 2c p. 212). La prorogation n'implique toutefois pas une exemption définitive, qui serait d'ailleurs contraire à l'art. 12
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
LHID (Bernhard Zwahlen, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2e éd., 2002, n° 61 art. 12
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
LHID; F. Zuppinger, op. cit., p. 318). L'augmentation de valeur qui s'est produite entre la dernière aliénation imposable et l'acte prorogeant l'imposition n'est provisoirement pas taxée; l'imposition est simplement différée jusqu'à nouvelle aliénation imposable, comme le prévoit l'art. 82 al. 3 LCP dans le canton de Genève. A contrario, dans un cas d'exonération, le prix d'acquisition est celui de l'aliénation exonérée qui est aussi déterminante pour fixer la durée de la possession.

2.4 Les art. 76 ss
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 76 Leistungen aus Militärversicherung - Artikel 47 Absatz 2 des Bundesgesetzes vom 20. September 1949258 über die Militärversicherung ist hinsichtlich der Renten und Kapitalleistungen, die nach Inkrafttreten dieses Gesetzes zu laufen beginnen oder fällig werden, nicht anwendbar.
LHID ne contiennent pas de dispositions transitoires générales. Seules certaines questions particulières font l'objet d'une réglementation expresse, qui ne concerne pas l'impôt sur les gains immobiliers. Comme l'a déjà jugé le Tribunal fédéral pour une affaire concernant l'imposition des rentes viagères, le silence de la loi ne peut être compris comme autorisant d'emblée les cantons à instaurer eux-mêmes des dispositions transitoires dans cette matière, ni d'ailleurs dans les domaines soumis à la loi fédérale d'harmonisation, afin d'éviter que le terme expressément fixé à l'art. 72
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 72 Anpassung der kantonalen Gesetzgebungen - 1 Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
1    Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
2    Nach ihrem Inkrafttreten finden die Bestimmungen dieses Gesetzes direkt Anwendung, wenn ihnen das kantonale Steuerrecht widerspricht. 223
3    Die Kantonsregierung erlässt die erforderlichen vorläufigen Vorschriften.
LHID ne soit éludé (arrêt 2P.170/2003 du 13 février 2004 in Archives 74, 161 et RDAF 2004 II 76, consid. 8).

3.
3.1 Selon le recourant, la vente immobilière du 26 octobre 2007, considérée comme le fait générateur de l'imposition cantonale litigieuse, ayant eu lieu durant une période fiscale postérieure au 1er janvier 2001, soit après l'échéance du délai de huit ans prévu par l'art. 72 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 72 Anpassung der kantonalen Gesetzgebungen - 1 Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
1    Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
2    Nach ihrem Inkrafttreten finden die Bestimmungen dieses Gesetzes direkt Anwendung, wenn ihnen das kantonale Steuerrecht widerspricht. 223
3    Die Kantonsregierung erlässt die erforderlichen vorläufigen Vorschriften.
LHID durant lequel les cantons devaient adopter leur droit cantonal aux dispositions des titres deuxième et sixième de la loi, l'art. 12 al. 3 let. a
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
LHID serait directement applicable, puisque l'art. 81 al. 3 LCP s'en écarte (art. 72 al. 2
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 72 Anpassung der kantonalen Gesetzgebungen - 1 Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
1    Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
2    Nach ihrem Inkrafttreten finden die Bestimmungen dieses Gesetzes direkt Anwendung, wenn ihnen das kantonale Steuerrecht widerspricht. 223
3    Die Kantonsregierung erlässt die erforderlichen vorläufigen Vorschriften.
LHID). Il soutient ensuite que l'application de l'art. 12 al. 3 let. a
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
LHID à la dévolution successorale est un cas de rétroactivité improprement dite admissible puisqu'elle constitue uniquement un élément déterminant pour le calcul de l'impôt.

L'Administration fiscale cantonale fait valoir en revanche que l'application de la loi sur l'harmonisation fiscale à la dévolution aurait pour effet de remplacer le système cantonal d'exonération de l'impôt sur le gain immobilier en cas d'acquisition par succession, en vigueur en 1999 (art. 81 al. 3 LCP), par celui de la prorogation de l'imposition prévu par l'art. 12 al. 3 let. a
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
LHID, ce qui constituerait un cas d'effet rétroactif prohibé.

3.2 Les parties ont par conséquent des opinions divergentes sur la portée dans le temps de l'art. 12 al. 3 let. a
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
LHID. Si cette disposition s'applique à la dévolution pour cause de mort du 9 septembre 1999, l'imposition du gain immobilier résultant de la dévolution est prorogée: dans ce cas, la durée de possession déterminante est de 49 ans et conduit à une imposition nulle (art. 84 al. 1 let. g LCP/GE). Si, en revanche, elle ne s'y applique pas, le gain immobilier est simplement exonéré: dans ce cas, la durée de possession est de 8 ans et 46 jours et entraîne une imposition du gain immobilier au taux de 15% (art. 84 al. 1 let. e LCP/GE).

4.
4.1 L'interdiction de la rétroactivité des lois (fiscales) n'est pas un droit fondamental, mais un principe constitutionnel (ATF 102 Ia 69 consid. 2 p. 70 s.; D. Yersin, Commentaire romand de la LIFD, Remarques préliminaires, n° 101; X. Oberson, Droit fiscal suisse, 2007, p. 29 s.; E. Grisel, op. cit., p. 73). Comme le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit fédéral en général (art. 95 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF), il est possible d'invoquer ce principe, comme d'ailleurs celui de la proportionnalité, directement et indépendamment d'un droit fondamental (cf. à ce sujet: ATF 134 I 153 consid. 4.1 p. 156 s. et les références).

Liée aux principes de sécurité du droit et de prévisibilité, l'interdiction de la rétroactivité des lois (fiscales) résulte du droit à l'égalité de l'art. 8
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 8 Rechtsgleichheit - 1 Alle Menschen sind vor dem Gesetz gleich.
1    Alle Menschen sind vor dem Gesetz gleich.
2    Niemand darf diskriminiert werden, namentlich nicht wegen der Herkunft, der Rasse, des Geschlechts, des Alters, der Sprache, der sozialen Stellung, der Lebensform, der religiösen, weltanschaulichen oder politischen Überzeugung oder wegen einer körperlichen, geistigen oder psychischen Behinderung.
3    Mann und Frau sind gleichberechtigt. Das Gesetz sorgt für ihre rechtliche und tatsächliche Gleichstellung, vor allem in Familie, Ausbildung und Arbeit. Mann und Frau haben Anspruch auf gleichen Lohn für gleichwertige Arbeit.
4    Das Gesetz sieht Massnahmen zur Beseitigung von Benachteiligungen der Behinderten vor.
Cst., de l'interdiction de l'arbitraire et de la protection de la bonne foi garanties par l'art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst. (arrêt 2P.194/2005 du 8 février 2006, consid. 3.1 et les références citées; K. Klett, Der Gleichheitssatz im Steuerrecht, RDS 1992, 1 ss, p. 47 ss; E. Grisel, Egalité, Les garanties de la Constitution fédérale du 18 avril 1999, Berne 2009, p. 71 s.).

L'interdiction de la rétroactivité des lois (fiscales) fait obstacle à l'application d'une norme à des faits entièrement révolus avant son entrée en vigueur (ATF 104 Ib 205 consid. 6 p. 219; 102 Ia 31 consid. 3a p. 32 s.). Sous certaines conditions, il est possible de déroger à l'interdiction de la rétroactivité: il faut que la rétroactivité soit expressément prévue par la loi, qu'elle soit raisonnablement limitée dans le temps, qu'elle ne conduise pas à des inégalités choquantes, qu'elle se justifie par des motifs pertinents, c'est-à-dire qu'elle réponde à un intérêt public plus digne d'être protégé que les intérêts privés en jeu et, enfin, qu'elle respecte les droits acquis (ATF 125 I 182 consid. 2b.cc p. 186; 119 Ib 103 consid. 5 p. 109 s.; 102 Ia 69 consid. 3 p. 72; arrêt 2A.228/2005 du 23 novembre 2005, consid. 2.3 et les références).

Il n'y a toutefois pas de rétroactivité proprement dite lorsque le législateur entend réglementer un état de chose qui, bien qu'ayant pris naissance dans le passé, se prolonge au moment de l'entrée en vigueur du nouveau droit. Cette rétroactivité improprement dite est en principe admise, sous réserve du respect des droits acquis (ATF 122 II 113 consid. 3b p. 124, 122 V 405 consid. 3b p. 408 s., 6 consid. 3a p. 8). De même, il n'y a pas de rétroactivité proprement dite lorsque des faits antérieurs à l'entrée en vigueur de nouvelles dispositions fiscales sont pris en considération en tant qu'éléments servant au calcul de l'impôt, à moins qu'ils ne constituent eux-mêmes l'objet fiscal (par exemple: un gain en capital) frappé après coup d'un impôt spécial (Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, Zurich, 2002 p. 162 et les nombreuses références citées, notamment ATF 102 Ia 31 consid. 3 p. 32 ss).

4.2 En l'espèce, le traitement en droit cantonal genevois de la dévolution successorale intervenue avant le 1er janvier 2001 ne peut pas être assimilé à un simple élément de fait utile à la fixation de la quotité de l'impôt. Le nombre d'années de possession de l'immeuble a certes une influence sur le calcul de l'impôt, mais il est déterminé, pour les acquisitions d'immeubles par voie successorale avant le 1er janvier 2001, par la législation cantonale. Selon le système de l'exonération, la valeur d'acquisition de l'immeuble est fixée à la date de la dévolution successorale, donc à un montant généralement supérieur au prix d'acquisition versé par le de cujus, ce qui entraîne une diminution du gain imposable en cas de revente ultérieure. En contrepartie, la durée de possession est réduite et le taux de l'impôt plus élevé. Selon le système de la prorogation de l'imposition prévu par la loi sur l'harmonisation fiscale, la valeur d'acquisition déterminant le gain immobilier correspond au prix payé par le de cujus; en cas de revente postérieure à la dévolution successorale, le gain immobilier imposable est généralement plus élevé mais la durée de possession est plus longue et le taux plus bas. L'application directe, avant le 1er janvier
2001, du système de la prorogation de l'imposition reviendrait donc à requalifier le mode d'imposition cantonal du gain immobilier pour une période antérieure à l'application obligatoire des dispositions de la loi sur l'harmonisation. Il ne s'agirait donc pas seulement de prendre en compte un élément factuel antérieur à l'entrée en vigueur de la loi qui déploierait ses effets au-delà de cette date ou qui ne servirait qu'à déterminer l'ampleur de l'imposition mais d'appliquer avec effet rétroactif un mode d'imposition nouveau, inconnu de la législation cantonale avant le 1er janvier 2001.

C'est donc à juste titre que l'Administration fiscale cantonale s'oppose à la rétroactivité de l'art. 12 al. 3 let. a
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
LHID.

4.3 Le recourant invoque deux arrêts du Tribunal fédéral à l'appui de la thèse selon laquelle il s'agirait en l'espèce d'un cas de rétroactivité improprement dite.

Il se réfère en premier lieu à un arrêt du 21 février 2005 (arrêt 2A.9/2004) dans lequel le Tribunal fédéral, appelé à se prononcer sur le caractère mixte d'une donation immobilière inscrite au registre foncier de la commune de Dürnten (ZH) devant déterminer le prix d'acquisition d'un immeuble aliéné en 2001, avait considéré que les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale, en particulier l'art. 12 al. 3 let. a, étaient applicables. Or, le canton de Zurich - contrairement au canton de Genève - avait transposé les dispositions harmonisées dans sa loi fiscale avant le 1er janvier 2001, en prévoyant lui aussi la prorogation de l'imposition du gain immobilier. Le recourant ne saurait dès lors se prévaloir utilement de cet arrêt.

Le recourant mentionne également l'arrêt du 3 juin 2008 (arrêt 2C_761/2007) traitant du report des pertes en cas de transfert du siège d'une société à l'intérieur de la Suisse dans lequel le Tribunal fédéral a été amené à examiner la question de l'application dans le temps de l'art. 25 al. 4
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 25 Aufwand - 1 Zum geschäftsmässig begründeten Aufwand gehören auch:
1    Zum geschäftsmässig begründeten Aufwand gehören auch:
a  die eidgenössischen, kantonalen und kommunalen Steuern;
b  die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist;
c  die freiwilligen Leistungen von Geld und übrigen Vermögenswerten bis zu dem nach kantonalem Recht bestimmten Ausmass an juristische Personen mit Sitz in der Schweiz, die im Hinblick auf ihre öffentlichen oder gemeinnützigen Zwecke von der Steuerpflicht befreit sind (Art. 23 Abs. 1 Bst. f), sowie an Bund, Kantone, Gemeinden und deren Anstalten (Art. 23 Abs. 1 Bst. a-c);
d  die Rabatte, Skonti, Umsatzbonifikationen und Rückvergütungen auf dem Entgelt für Lieferungen und Leistungen sowie zur Verteilung an die Versicherten bestimmte Überschüsse von Versicherungsgesellschaften;
e  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich Umschulungskosten, des eigenen Personals;
f  gewinnabschöpfende Sanktionen, soweit sie keinen Strafzweck haben.
1bis    Nicht zum geschäftsmässig begründeten Aufwand gehören insbesondere:
a  Zahlungen von Bestechungsgeldern im Sinne des schweizerischen Strafrechts;
b  Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder als Gegenleistung für die Begehung von Straftaten;
c  Bussen;
d  finanzielle Verwaltungssanktionen, soweit sie einen Strafzweck haben.131
1ter    Sind Sanktionen nach Absatz 1bis Buchstaben c und d von einer ausländischen Straf- oder Verwaltungsbehörde verhängt worden, so sind sie abziehbar, wenn:
a  die Sanktion gegen den schweizerischen Ordre public verstösst; oder
b  die steuerpflichtige Person glaubhaft darlegt, dass sie alles Zumutbare unternommen hat, um sich rechtskonform zu verhalten.132
2    Vom Reingewinn der Steuerperiode werden die Verluste aus den sieben der Steuerperiode (Art. 31 Abs. 2) vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.133
3    Mit Leistungen zum Ausgleich einer Unterbilanz im Rahmen einer Sanierung, die nicht Kapitaleinlagen im Sinne von Artikel 24 Absatz 2 Buchstabe a sind, können auch Verluste verrechnet werden, die in früheren Geschäftsperioden entstanden und noch nicht mit Gewinnen verrechnet werden konnten.
4    Die Absätze 2 und 3 gelten auch bei Verlegung des Sitzes oder der tatsächlichen Verwaltung innerhalb der Schweiz.134
LHID. Se fondant sur la genèse et l'interprétation des dispositions concernant la coordination et la simplification des procédures de taxation des impôts directs dans les rapports intercantonaux, le Tribunal fédéral a considéré que l'art. 25 al. 4
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 25 Aufwand - 1 Zum geschäftsmässig begründeten Aufwand gehören auch:
1    Zum geschäftsmässig begründeten Aufwand gehören auch:
a  die eidgenössischen, kantonalen und kommunalen Steuern;
b  die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist;
c  die freiwilligen Leistungen von Geld und übrigen Vermögenswerten bis zu dem nach kantonalem Recht bestimmten Ausmass an juristische Personen mit Sitz in der Schweiz, die im Hinblick auf ihre öffentlichen oder gemeinnützigen Zwecke von der Steuerpflicht befreit sind (Art. 23 Abs. 1 Bst. f), sowie an Bund, Kantone, Gemeinden und deren Anstalten (Art. 23 Abs. 1 Bst. a-c);
d  die Rabatte, Skonti, Umsatzbonifikationen und Rückvergütungen auf dem Entgelt für Lieferungen und Leistungen sowie zur Verteilung an die Versicherten bestimmte Überschüsse von Versicherungsgesellschaften;
e  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich Umschulungskosten, des eigenen Personals;
f  gewinnabschöpfende Sanktionen, soweit sie keinen Strafzweck haben.
1bis    Nicht zum geschäftsmässig begründeten Aufwand gehören insbesondere:
a  Zahlungen von Bestechungsgeldern im Sinne des schweizerischen Strafrechts;
b  Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder als Gegenleistung für die Begehung von Straftaten;
c  Bussen;
d  finanzielle Verwaltungssanktionen, soweit sie einen Strafzweck haben.131
1ter    Sind Sanktionen nach Absatz 1bis Buchstaben c und d von einer ausländischen Straf- oder Verwaltungsbehörde verhängt worden, so sind sie abziehbar, wenn:
a  die Sanktion gegen den schweizerischen Ordre public verstösst; oder
b  die steuerpflichtige Person glaubhaft darlegt, dass sie alles Zumutbare unternommen hat, um sich rechtskonform zu verhalten.132
2    Vom Reingewinn der Steuerperiode werden die Verluste aus den sieben der Steuerperiode (Art. 31 Abs. 2) vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.133
3    Mit Leistungen zum Ausgleich einer Unterbilanz im Rahmen einer Sanierung, die nicht Kapitaleinlagen im Sinne von Artikel 24 Absatz 2 Buchstabe a sind, können auch Verluste verrechnet werden, die in früheren Geschäftsperioden entstanden und noch nicht mit Gewinnen verrechnet werden konnten.
4    Die Absätze 2 und 3 gelten auch bei Verlegung des Sitzes oder der tatsächlichen Verwaltung innerhalb der Schweiz.134
LHID trouvait application dès le 1er janvier 2001, nonobstant l'existence de dispositions légales cantonales contraires, dans l'hypothèse d'un transfert du siège avant le 1er janvier 2001. Comme le souligne le recourant, le transfert du siège constituait un élément de fait ponctuel, uniquement pris en compte pour les besoins du calcul de l'impôt. A ce titre, il pouvait être pris en considération au sens de la définition de la rétroactivité improprement dite de la loi. Le même raisonnement ne peut cependant pas s'appliquer à la dévolution successorale antérieure au 1er janvier 2001. En effet, comme on l'a vu ci-dessus (cf. consid. 4.2), il n'est pas question, en l'espèce, de prendre en compte un
simple élément de fait, mais de requalifier les conséquences juridiques attachées à l'acquisition par voie de succession, en transformant l'exonération de l'imposition en une prorogation d'imposition. L'arrêt invoqué par le recourant ne permet donc pas de retenir, en l'espèce, l'hypothèse d'une rétroactivité improprement dite de la loi.

4.4 Enfin, le recourant soutient en vain que l'application du système de l'exonération de l'imposition au sens de l'art. 81 al. 3 let. c LCP/GE au-delà du 1er janvier 2001 pour tous les propriétaires ayant acquis un immeuble par voie successorale avant le 1er janvier 2001 constituerait une disposition transitoire contraire au droit fédéral, introduite par voie jurisprudentielle.

En effet, la solution exposée ci-dessus (cf. consid. 4.2) respecte le délai de l'art. 72
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 72 Anpassung der kantonalen Gesetzgebungen - 1 Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
1    Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
2    Nach ihrem Inkrafttreten finden die Bestimmungen dieses Gesetzes direkt Anwendung, wenn ihnen das kantonale Steuerrecht widerspricht. 223
3    Die Kantonsregierung erlässt die erforderlichen vorläufigen Vorschriften.
LHID pour la mise en oeuvre de la loi sur l'harmonisation fiscale, du moment que les gains immobiliers réalisés après le 1er janvier 2001 sont imposés conformément aux dispositions de l'art. 12
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12 - 1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 197984, sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches86) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3quater genannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
LHID. Comme cela a été exposé ci-dessus, ce dernier est toutefois appliqué dans le respect de l'interdiction de rétroactivité des lois fiscales telle que développée par la jurisprudence.

5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable.

Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 65
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 65 Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
1    Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
2    Die Gerichtsgebühr richtet sich nach Streitwert, Umfang und Schwierigkeit der Sache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien.
3    Sie beträgt in der Regel:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 200-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 200-100 000 Franken.
4    Sie beträgt 200-1000 Franken und wird nicht nach dem Streitwert bemessen in Streitigkeiten:
a  über Sozialversicherungsleistungen;
b  über Diskriminierungen auf Grund des Geschlechts;
c  aus einem Arbeitsverhältnis mit einem Streitwert bis zu 30 000 Franken;
d  nach den Artikeln 7 und 8 des Behindertengleichstellungsgesetzes vom 13. Dezember 200223.
5    Wenn besondere Gründe es rechtfertigen, kann das Bundesgericht bei der Bestimmung der Gerichtsgebühr über die Höchstbeträge hinausgehen, jedoch höchstens bis zum doppelten Betrag in den Fällen von Absatz 3 und bis zu 10 000 Franken in den Fällen von Absatz 4.
et 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF) et n'a pas droit à des dépens (art. 68
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge du recourant.

3.
Le présent arrêt est communiqué aux participants à la procédure et au Tribunal administratif du canton de Genève, 1ère section.

Lausanne, le 20 juillet 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:

Zünd Dubey