Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 97/2019

Arrêt du 20 février 2020

IIe Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Seiler, Président,
Donzallaz et Stadelmann.
Greffière: Mme Jolidon.

Participants à la procédure
A.A.________,
représentée par Me Alexandre Faltin et Me Dominique Gay, avocats,
recourante,

contre

Administration fiscale cantonale du canton de Genève,
intimée.

Objet
Impôts cantonal et communal et impôt fédéral direct 2009,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, du 4 décembre 2018 (ATA/1318/2018).

Faits :

A.

A.a. A.A.________ est l'actionnaire unique de X.________ SA (ci-après: la société), actuellement en liquidation, dont le but social était l'achat, la vente, le courtage et la régie d'immeubles, ainsi qu'accessoirement la gestion de fortunes, l'exploitation d'un portefeuille d'assurances et la "remise des commerces". Son époux, B.A.________, était l'unique administrateur de la société, avec signature individuelle, depuis sa fondation en 1996, et en est devenu le liquidateur unique depuis le 1er juin 2010. A.A.________ et B.A.________ vivent séparés depuis le 15 novembre 1990.

Par décision de taxation du 28 janvier 2011, l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a fixé, pour la période fiscale 2009 et compte tenu de la répartition internationale, les impôts cantonaux et communaux sur le revenu et la fortune (ci-après: ICC) de A.A.________ à 116'682 fr. sur la base d'un revenu et d'une fortune imposables de respectivement 102'798 fr. et 8'814'833 fr.; l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) se montait à 7'958 fr. pour un revenu imposable de 148'600 fr.

A.A.________ a contesté la valeur des actions de X.________ SA arrêtée à 2'988'000 fr. dans les décisions de taxation susmentionnées; selon elle, la société était insolvable et la valeur des actions était nulle. L'Administration fiscale cantonale a alors constaté que X.________ SA (ci-après: la société) avait amorti dans ses comptes 2009 un prêt de 3'948'254 fr. en faveur de B.A.________ qu'elle a considéré comme un proche. Elle a estimé que ce prêt simulé constituait une prestation appréciable en argent imposable auprès de l'actionnaire A.A.________, ce qui a abouti à la reprise d'un rendement de participation s'élevant à 2'368'952 fr. (montant représentant le 60% de la prestation, compte tenu de la réduction pour participation) intégré dans le revenu imposable de celle-ci. En conséquence, les décisions sur réclamation du 17 novembre 2014, tout en fixant la valeur des actions de la société à 0 fr., faisaient état d'un montant total pour les ICC de la période fiscale 2009 de 847'185 fr. correspondant à un revenu et une fortune imposables de respectivement 2'472'118 fr. et 5'837'122 fr. L'IFD de la même période était arrêté à 289'558 fr. sur la base d'un revenu imposable de 2'517'900 fr.

A.b. Le 12 octobre 2015, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève a rejeté le recours de A.A.________.

La Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a fait de même, dans un arrêt du 28 mars 2017. Elle a en substance jugé que l'opération en cause avait été possible uniquement en raison des liens qui unissaient celle-ci et son époux; cet élément justifiait une imposition en application de la théorie du triangle.

A.c. Par arrêt du 6 mars 2018, le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours de A.A.________ en tant qu'il concernait l'IFD et les ICC de la période fiscale 2009. Il a annulé l'arrêt du 28 mars 2017 de la Cour de justice et lui a renvoyé la cause, afin qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants. Ladite cour n'ayant pas eu à examiner la qualification de prestation appréciable en argent du prêt en cause contestée devant le Tribunal fédéral, l'arrêt attaqué ne contenait que peu de renseignements au sujet de la comptabilisation du prêt: il incombait à la Cour de justice de les établir et de se prononcer sur la question de la prestation appréciable en argent. Si la Cour de justice arrivait à la conclusion qu'il y avait bel et bien eu prestation appréciable en argent, la théorie du triangle devait s'appliquer et la somme en cause, à savoir 2'368'952 fr., devait être intégrée dans le revenu imposable de A.A.________.

B.
Après avoir auditionné l'intéressée et entendu en qualité de témoin C.________, réviseur de X.________ SA, la Cour de justice a rejeté le recours de celle-ci, par arrêt du 4 décembre 2018. Elle a jugé que le prêt litigieux devait être qualifié de prestation appréciable en argent; celui-ci figurait dans les comptes en 2000 pour un montant de 11'649 fr. et avait augmenté au cours des années pour atteindre 3'948'254 fr. en 2008; il était passé à 0 fr. en 2009. A.A.________, en qualité d'actionnaire unique, avait le devoir d'approuver les comptes annuels et de donner décharge au conseil d'administration; si elle ne s'était pas désintéressée de ses affaires, elle aurait constaté que son mari s'était octroyé un prêt qu'il n'avait pas l'intention de rembourser; elle devait assumer le fait d'avoir laissé son mari gérer la société et les conséquences de la confiance aveugle qu'elle avait manifesté à son égard; elle ne pouvait se dédouaner en prétendant n'avoir été qu'un prêt-nom.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.A.________ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt du 4 décembre 2018 de la Cour de justice en ce sens que le montant de 3'948'254 fr. doit être retranché de son revenu imposable tant au titre de l'IFD que des ICC pour la période fiscale 2009 et de renvoyer, en tant que besoin, la cause à l'autorité de taxation pour une nouvelle décision de taxation; subsidiairement, d'annuler l'arrêt attaqué et de renvoyer la cause à l'autorité inférieure, voire auprès de l'Administration fiscale cantonale, pour un complément éventuel et une nouvelle décision dans le sens des considérants.

L'Administration fiscale cantonale, ainsi que l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours, sous suite de frais. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.

A.A.________ s'est encore prononcée par écriture du 9 mai 2019.

Considérant en droit :

1.
La voie du recours en matière de droit public est ouverte (art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF; cf. également art. 146
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
LIFD [RS 642.11] et 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14], la détermination du revenu imposable étant une matière harmonisée à l'art. 7
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 7 Principe - 1 L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques, en particulier le produit d'une activité lucrative dépendante ou indépendante, le rendement de la fortune y compris la valeur locative de l'habitation du contribuable dans son propre immeuble, les prestations d'institutions de prévoyance professionnelle ainsi que les rentes viagères. Quel que soit leur montant, les frais de formation et de formation continue15 à des fins professionnelles assumés par l'employeur, frais de reconversion compris, ne constituent pas des revenus imposables. Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.) sont imposables à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative.16 Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée.17 18
1    L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques, en particulier le produit d'une activité lucrative dépendante ou indépendante, le rendement de la fortune y compris la valeur locative de l'habitation du contribuable dans son propre immeuble, les prestations d'institutions de prévoyance professionnelle ainsi que les rentes viagères. Quel que soit leur montant, les frais de formation et de formation continue15 à des fins professionnelles assumés par l'employeur, frais de reconversion compris, ne constituent pas des revenus imposables. Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.) sont imposables à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participatio
1bis    En cas de vente de droits de participation, au sens de l'art. 4a de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé19, à la société de capitaux ou à la société coopérative qui les a émis, le revenu de la fortune est considéré comme étant réalisé dans l'année pendant laquelle la créance d'impôt prend naissance (art. 12, al. 1 et 1bis, de la LF du 13 oct. 1965 sur l'impôt anticipé).20
1ter    Les rendements versés, en cas de vie ou de rachat, d'assurances de capitaux susceptibles de rachat et acquittées au moyen d'une prime unique sont imposables, sauf si ces assurances servent à la prévoyance. La prestation d'assurance est réputée servir à la prévoyance lorsqu'elle est versée à un assuré de 60 ans révolus, en vertu d'un contrat qui a duré au moins cinq ans et qui a été conclu avant le 66e anniversaire de ce dernier. Dans ce cas, la prestation est exonérée.21
2    Les rentes viagères et les revenus provenant de contrats d'entretien viager sont imposables à raison de 40 %.22
3    Chacun des investisseurs ajoute à ses propres éléments imposables sa part du revenu de placements collectifs au sens de la loi du 23 juin 2006 sur les placements collectifs (LPCC)23; le revenu des parts de placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe est uniquement imposable lorsque l'ensemble des revenus du placement excède le rendement de ces immeubles.24
4    Sont seuls exonérés de l'impôt:
a  le produit de l'aliénation des droits de souscription, lorsque les droits patrimoniaux font partie de la fortune privée du contribuable;
b  les gains en capital réalisés sur des éléments de la fortune privée du contribuable. L'art. 12, al. 2, let. a et d, est réservé;
c  les dévolutions de fortune ensuite d'une succession, d'un legs, d'une donation ou de la liquidation du régime matrimonial;
d  les versements provenant d'assurances de capitaux privées susceptibles de rachat, à l'exception des polices de libre-passage. L'al. 1ter est réservé;
e  les prestations en capital versées par l'employeur ou par une institution de prévoyance professionnelle lors d'un changement d'emploi, lorsque le bénéficiaire les réinvesti dans le délai d'un an dans une institution de prévoyance professionnelle ou les utilise pour acquérir une police de libre-passage;
f  les subsides provenant de fonds publics ou privés;
g  les prestations versées en exécution d'une obligation fondée sur le droit de la famille, à l'exception de la pension alimentaire que le conjoint divorcé, séparé judiciairement ou de fait obtient pour lui-même et des contributions d'entretien que l'un des parents reçoit pour les enfants sur lesquels il a l'autorité parentale;
h  la solde du service militaire et l'indemnité de fonction pour service de protection civile, ainsi que l'argent de poche des personnes astreintes au service civil;
hbis  la solde des sapeurs-pompiers de milice, jusqu'à concurrence d'un montant annuel déterminé par le droit cantonal, pour les activités liées à l'accomplissement de leurs tâches essentielles (exercices, services de piquet, cours, inspections et interventions, notamment pour le sauvetage, la lutte contre le feu, la lutte contre les sinistres en général et la lutte contre les sinistres causés par les éléments naturels); les indemnités supplémentaires forfaitaires pour les cadres, les indemnités supplémentaires de fonction, les indemnités pour les travaux administratifs et les indemnités pour les prestations fournies volontairement ne sont pas exonérées;
i  les versements à titre de réparation du tort moral;
k  les revenus perçus en vertu de la législation fédérale sur les prestations complémentaires à l'assurance-vieillesse, survivants et invalidité;
l  les gains provenant des jeux de casino exploités dans les maisons de jeu et autorisés par la loi fédérale du 29 septembre 2017 sur les jeux d'argent (LJAr)29, pour autant que ces gains ne soient pas issus d'une activité lucrative indépendante;
lbis  les gains unitaires jusqu'à concurrence d'un montant d'un million de francs ou du montant supérieur fixé dans le droit cantonal provenant de la participation à un jeu de grande envergure autorisé par la LJAr et de la participation en ligne à des jeux de casino autorisés par la LJAr;
lter  les gains provenant d'un jeu de petite envergure autorisé par la LJAr;
m  les gains unitaires jusqu'au seuil fixé dans le droit cantonal provenant de jeux d'adresse ou de loteries destinés à promouvoir les ventes qui ne sont pas soumis à la LJAr selon l'art. 1, al. 2, let. d et e, de cette loi.
n  les revenus perçus en vertu de la loi fédérale du 19 juin 2020 sur les prestations transitoires pour les chômeurs âgés34.
LHID). Déposé en temps utile (art. 100
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF) et en la forme prévue (art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF) à l'encontre d'un arrêt final, rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
LTF), par l'intéressée qui a la qualité pour recourir (art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF), le recours en matière de droit public est recevable (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF).

2.
Le point litigieux porte sur le prêt de 3'948'254 fr. octroyé, en faveur de B.A.________, par la société X.________ SA qui l'a totalement amorti lors de l'exercice comptable 2009. La recourante conteste que celui-ci constitue une prestation appréciable en argent.

I. Impôt fédéral direct

3.

3.1. L'autorité précédente a exposé le droit applicable (art. 20 al. 1 let. c
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 20 - 1 Est imposable le rendement de la fortune mobilière, en particulier:
1    Est imposable le rendement de la fortune mobilière, en particulier:
a  les intérêts d'avoirs, y compris les rendements versés, en cas de vie ou de rachat, d'assurances de capitaux susceptibles de rachat et acquittées au moyen d'une prime unique, sauf si ces assurances servent à la prévoyance. La prestation d'assurance est réputée servir à la prévoyance lorsqu'elle est versée à un assuré de 60 ans révolus en vertu d'un contrat qui a duré au moins cinq ans et qui a été conclu avant le 66e anniversaire de ce dernier. Dans ce cas, la prestation est exonérée;
b  les revenus résultant de l'aliénation ou du remboursement d'obligations à intérêt unique prédominant (obligations à intérêt global, obligations à coupon zéro) qui échoient au porteur;
c  les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.). Lorsque des droits de participation sont vendus conformément à l'art. 4a de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)41, à la société de capitaux ou à la société coopérative qui les a émis, l'excédent de liquidation est considéré comme étant réalisé dans l'année pendant laquelle la créance de l'impôt anticipé prend naissance (art. 12, al. 1 et 1bis, LIA); l'al. 1bis est réservé;
d  les revenus provenant de la location, de l'affermage, de l'usufruit ou d'autres droits de jouissance portant sur des choses mobilières ou sur des droits;
e  le revenu des parts de placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où l'ensemble des revenus du placement excède le rendement de ces immeubles;
f  les revenus de biens immatériels.
1bis    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.) sont imposables à hauteur de 70 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative.43
2    Le produit de la vente de droits de souscription ne fait pas partie du rendement de la fortune, à condition que les droits patrimoniaux appartiennent à la fortune privée du contribuable.
3    Le remboursement d'apports, d'agios et de versements supplémentaires (réserves issues d'apports de capital) effectués par les détenteurs des droits de participation après le 31 décembre 1996 est traité de la même manière que le remboursement du capital-actions ou du capital social. L'al. 4 est réservé.44
4    Si, lors du remboursement de réserves issues d'apports de capital conformément à l'al. 3, une société de capitaux ou une société coopérative cotée dans une bourse suisse ne distribue pas d'autres réserves au moins pour un montant équivalent, le remboursement est imposable à hauteur de la moitié de la différence entre le remboursement et la distribution des autres réserves, mais au plus à hauteur du montant des autres réserves pouvant être distribuées en vertu du droit commercial qui sont disponibles dans la société.45
5    L'al. 4 ne s'applique pas aux réserves issues d'apports de capital:
a  qui ont été constituées après le 24 février 2008 dans le cadre de concentrations équivalant économiquement à des fusions, par l'apport de droits de participation ou de droits de sociétariat dans une société de capitaux ou une société coopérative étrangère au sens de l'art. 61, al. 1, let. c, ou lors d'un transfert transfrontalier dans une société de capitaux suisse selon l'art. 61, al. 1, let. d;
b  qui existaient déjà au sein d'une société de capitaux ou d'une société coopérative étrangère au moment d'une fusion ou restructuration transfrontalière au sens de l'art. 61, al. 1, let. b, et al. 3, ou du déplacement du siège ou de l'administration effective après le 24 février 2008;
c  en cas de liquidation de la société de capitaux ou de la société coopérative.46
6    Les al. 4 et 5 s'appliquent par analogie en cas d'utilisation de réserves issues d'apports de capital pour l'émission d'actions gratuites ou l'augmentation gratuite de la valeur nominale.47
7    Si, lors de la vente de droits de participation à une société de capitaux ou une société coopérative qui est cotée dans une bourse suisse et qui les a émis, le remboursement des réserves issues d'apports de capital ne correspond pas au moins à la moitié de l'excédent de liquidation obtenu, la part de cet excédent de liquidation imposable est réduite d'un montant correspondant à la moitié de la différence entre cette part et le remboursement, mais au plus du montant des réserves qui sont imputables à ces droits de participation et qui sont disponibles dans la société.48
8    L'al. 3 ne s'applique aux apports et aux agios qui sont versés pendant la durée d'une marge de fluctuation du capital au sens des art. 653s ss du code des obligations (CO)49 que dans la mesure où ils dépassent les remboursements de réserves dans le cadre de ladite marge de fluctuation du capital.50
LIFD), dont la notion de prestation appréciable en argent et la jurisprudence y relative (ATF 143 IV 228 consid. 4.1 p. 231; 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 et les arrêts cités), de façon correcte, de sorte qu'il y est renvoyé.

3.2. A la suite de l'arrêt de renvoi du 6 mars 2018 du tribunal de céans, les juges précédents devaient établir si la recourante pouvait effectivement ignorer que son mari s'était octroyé un prêt. Ils ont procédé à des actes d'instruction relativement à la comptabilisation du prêt de 3'948'254 fr. Ils ont relevé que les auditions de témoins n'avaient apporté aucun élément nouveau permettant de remettre en question la qualification de prestation appréciable en argent. Le prêt avait été comptabilisé sous la dénomination "C/C débiteurs" et avait augmenté de 11'649 fr. en 2000 à 3'948'254 fr. en 2008, pour passer à 0 fr. en 2009. Selon lesdits juges, si la recourante ne s'était pas désintéressée de sa société, elle aurait dû constater que son époux s'était octroyé un prêt qu'il n'avait pas l'intention de rembourser (cf. infra consid. 4).

La Cour de justice devait aussi établir dans quelle mesure la recourante avait la possibilité de mener la société à intenter action en enrichissement illégitime pour absence de cause à l'encontre de son époux. L'arrêt attaqué ne dit rien à ce sujet (cf. infra consid. 5).

4.
La recourante ne conteste pas l'existence du prêt mais elle soutient qu'elle en ignorait l'existence. Elle prétend n'avoir en aucune manière participé aux décisions de la société "dont elle n'était pas réellement l'actionnaire": son mari la gérait seul. Elle n'avait jamais participé aux assemblées générales et elle n'aurait pas non plus eu "la possibilité de conduire" ces assemblées. On ne pouvait dès lors lui reprocher de n'avoir pas eu connaissance du prêt en cause. Au regard de son absence d'implication, les conditions d'une prestation appréciable en argent ne seraient pas remplies.

4.1. Il convient de tout d'abord relever que le mari de la recourante doit être considéré comme une personne proche de l'actionnaire. En effet, bien qu'ils soient séparés depuis 1990, les intéressés ont fondé de concert la société X.________ SA en 1996, la recourante en étant l'actionnaire unique et son époux l'administrateur unique. Il ressort, en outre, de l'audition de l'intéressée devant l'instance précédente, que celle-ci, prétendant n'avoir été qu'un prête-nom, a laissé son époux gérer la société comme il l'entendait. De plus, non seulement celui-ci en est resté l'administrateur jusqu'à sa dissolution, mais il a ensuite endossé la qualité de liquidateur, malgré les malversations dont se plaint la recourante. Une telle constellation ne s'explique que par le fait que l'unique membre du conseil d'administration était un proche de la recourante.

4.2. Il est ensuite rappelé que l'assemblée générale des actionnaires possède le droit intransmissible d'approuver les comptes annuels, qui se composent du bilan, du compte de résultat et de l'annexe (art. 958 al. 2
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 958 - 1 Les comptes doivent présenter la situation économique de l'entreprise de façon qu'un tiers puisse s'en faire une opinion fondée.
1    Les comptes doivent présenter la situation économique de l'entreprise de façon qu'un tiers puisse s'en faire une opinion fondée.
2    Les comptes sont présentés dans le rapport de gestion. Ce dernier contient les comptes annuels individuels (comptes annuels) qui se composent du bilan, du compte de résultat et de l'annexe. Les dispositions applicables aux grandes entreprises et aux groupes sont réservées.
3    Le rapport de gestion est établi et soumis dans les six mois qui suivent la fin de l'exercice à l'organe ou aux personnes qui ont la compétence de l'approuver. Il est signé par le président de l'organe supérieur de direction ou d'administration et par la personne qui répond de l'établissement des comptes au sein de l'entreprise.
CO), ainsi que de déterminer l'emploi du bénéfice résultant du bilan (art. 698 al. 2 ch. 4
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 698 - 1 L'assemblée générale des actionnaires est le pouvoir suprême de la société.
1    L'assemblée générale des actionnaires est le pouvoir suprême de la société.
2    Elle a le droit intransmissible:528
1  d'adopter et de modifier les statuts;
2  de nommer les membres du conseil d'administration et de l'organe de révision;
3  d'approuver le rapport annuel et les comptes consolidés;
4  d'approuver les comptes annuels et de déterminer l'emploi du bénéfice résultant du bilan, en particulier de fixer le dividende et les tantièmes;
5  de fixer le dividende intermédiaire et d'approuver les comptes intermédiaires nécessaires à cet effet;
6  de décider du remboursement de la réserve légale issue du capital;
7  de donner décharge aux membres du conseil d'administration;
8  de procéder à la décotation des titres de participation de la société;
9  de prendre toutes les décisions qui lui sont réservées par la loi ou les statuts.535
3    Lorsque les actions de la société sont cotées en bourse, l'assemblée générale a en outre le droit intransmissible:
1  d'élire le président du conseil d'administration;
2  d'élire les membres du comité de rémunération;
3  d'élire le représentant indépendant;
4  de voter les rémunérations du conseil d'administration, de la direction et du conseil consultatif.536
CO). Elle détient également le droit intransmissible de donner décharge aux membres du conseil d'administration (art. 698 al. 2 ch. 5
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 698 - 1 L'assemblée générale des actionnaires est le pouvoir suprême de la société.
1    L'assemblée générale des actionnaires est le pouvoir suprême de la société.
2    Elle a le droit intransmissible:528
1  d'adopter et de modifier les statuts;
2  de nommer les membres du conseil d'administration et de l'organe de révision;
3  d'approuver le rapport annuel et les comptes consolidés;
4  d'approuver les comptes annuels et de déterminer l'emploi du bénéfice résultant du bilan, en particulier de fixer le dividende et les tantièmes;
5  de fixer le dividende intermédiaire et d'approuver les comptes intermédiaires nécessaires à cet effet;
6  de décider du remboursement de la réserve légale issue du capital;
7  de donner décharge aux membres du conseil d'administration;
8  de procéder à la décotation des titres de participation de la société;
9  de prendre toutes les décisions qui lui sont réservées par la loi ou les statuts.535
3    Lorsque les actions de la société sont cotées en bourse, l'assemblée générale a en outre le droit intransmissible:
1  d'élire le président du conseil d'administration;
2  d'élire les membres du comité de rémunération;
3  d'élire le représentant indépendant;
4  de voter les rémunérations du conseil d'administration, de la direction et du conseil consultatif.536
CO). Ces droits sont inaliénables; cette caractéristique doit être comprise comme excluant toute délégation, en particulier en faveur du conseil d'administration; il s'agit d'un principe impératif du droit de la SA qu'est la séparation des pouvoirs entre l'assemblée générale et le conseil d'administration; en d'autres termes, la décision relative à la décharge doit impérativement et matériellement être prise par l'assemblée générale (HENRY PETER/FRANCESCA CAVADINI, Commentaire romand, Code des obligations II, 2e éd., 2017, n° 2 et 10 ad art. 698
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 698 - 1 L'assemblée générale des actionnaires est le pouvoir suprême de la société.
1    L'assemblée générale des actionnaires est le pouvoir suprême de la société.
2    Elle a le droit intransmissible:528
1  d'adopter et de modifier les statuts;
2  de nommer les membres du conseil d'administration et de l'organe de révision;
3  d'approuver le rapport annuel et les comptes consolidés;
4  d'approuver les comptes annuels et de déterminer l'emploi du bénéfice résultant du bilan, en particulier de fixer le dividende et les tantièmes;
5  de fixer le dividende intermédiaire et d'approuver les comptes intermédiaires nécessaires à cet effet;
6  de décider du remboursement de la réserve légale issue du capital;
7  de donner décharge aux membres du conseil d'administration;
8  de procéder à la décotation des titres de participation de la société;
9  de prendre toutes les décisions qui lui sont réservées par la loi ou les statuts.535
3    Lorsque les actions de la société sont cotées en bourse, l'assemblée générale a en outre le droit intransmissible:
1  d'élire le président du conseil d'administration;
2  d'élire les membres du comité de rémunération;
3  d'élire le représentant indépendant;
4  de voter les rémunérations du conseil d'administration, de la direction et du conseil consultatif.536
CO; cf. également DIETER DUBS/ROLAND TRUFFER, Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 5e éd, n° 4 et 8 ss ad art. 698
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 698 - 1 L'assemblée générale des actionnaires est le pouvoir suprême de la société.
1    L'assemblée générale des actionnaires est le pouvoir suprême de la société.
2    Elle a le droit intransmissible:528
1  d'adopter et de modifier les statuts;
2  de nommer les membres du conseil d'administration et de l'organe de révision;
3  d'approuver le rapport annuel et les comptes consolidés;
4  d'approuver les comptes annuels et de déterminer l'emploi du bénéfice résultant du bilan, en particulier de fixer le dividende et les tantièmes;
5  de fixer le dividende intermédiaire et d'approuver les comptes intermédiaires nécessaires à cet effet;
6  de décider du remboursement de la réserve légale issue du capital;
7  de donner décharge aux membres du conseil d'administration;
8  de procéder à la décotation des titres de participation de la société;
9  de prendre toutes les décisions qui lui sont réservées par la loi ou les statuts.535
3    Lorsque les actions de la société sont cotées en bourse, l'assemblée générale a en outre le droit intransmissible:
1  d'élire le président du conseil d'administration;
2  d'élire les membres du comité de rémunération;
3  d'élire le représentant indépendant;
4  de voter les rémunérations du conseil d'administration, de la direction et du conseil consultatif.536
).

En outre, si l'actionnaire peut se faire représenter à l'assemblée générale (art. 689 al. 2
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 689 - 1 Au sein de l'assemblée générale, l'actionnaire exerce ses droits, notamment ceux qui concernent la désignation des organes, l'approbation du rapport de gestion et la décision concernant l'emploi du bénéfice.
1    Au sein de l'assemblée générale, l'actionnaire exerce ses droits, notamment ceux qui concernent la désignation des organes, l'approbation du rapport de gestion et la décision concernant l'emploi du bénéfice.
2    ...489
et 689c
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 689c - 1 Si les actions de la société sont cotées en bourse, l'assemblée générale élit le représentant indépendant. La durée des fonctions s'achève à la fin de l'assemblée générale ordinaire suivante. La réélection est possible.
1    Si les actions de la société sont cotées en bourse, l'assemblée générale élit le représentant indépendant. La durée des fonctions s'achève à la fin de l'assemblée générale ordinaire suivante. La réélection est possible.
2    L'assemblée générale peut révoquer le représentant indépendant pour la fin de l'assemblée générale.
3    Lorsque l'assemblée générale n'a pas désigné de représentant indépendant, le conseil d'administration en désigne un en vue de l'assemblée générale suivante. Les statuts peuvent prévoir d'autres dispositions afin de remédier à cette carence dans l'organisation.
4    Le conseil d'administration s'assure que les actionnaires ont notamment la possibilité d'octroyer au représentant indépendant:
1  des instructions sur toute proposition mentionnée dans la convocation et relative aux objets portés à l'ordre du jour;
2  des instructions générales sur toute proposition non annoncée relative aux objets portés à l'ordre du jour et sur tout nouvel objet au sens de l'art. 704b.
5    Le représentant indépendant traite les instructions de chaque actionnaire de manière confidentielle jusqu'à l'assemblée générale. Il peut fournir à la société des renseignements généraux sur les instructions reçues. Il n'est pas autorisé à fournir les renseignements plus de trois jours ouvrables avant l'assemblée générale et doit indiquer, lors de l'assemblée générale, quelles informations il a fournies à la société.
6    Les pouvoirs et les instructions ne peuvent être octroyés que pour l'assemblée générale à venir. Ils peuvent être octroyés par voie électronique.
CO), il ne peut pas s'y faire représenter par l'administrateur lorsque cette assemblée doit se prononcer sur la décharge à donner au conseil d'administration, et ce même si celui-ci représente les voix d'un actionnaire qui n'a pas coopéré à la gestion de la société (cf. art. 695 al. 1
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 695 - 1 Les personnes qui ont coopéré d'une manière quelconque à la gestion des affaires sociales ne peuvent prendre part aux décisions qui donnent ou refusent décharge au conseil d'administration.
1    Les personnes qui ont coopéré d'une manière quelconque à la gestion des affaires sociales ne peuvent prendre part aux décisions qui donnent ou refusent décharge au conseil d'administration.
2    ...507
CO; ATF 128 III 142 consid. 3 p. 143); cet exclusion du droit de vote prévue à l'art. 695 al. 1
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 695 - 1 Les personnes qui ont coopéré d'une manière quelconque à la gestion des affaires sociales ne peuvent prendre part aux décisions qui donnent ou refusent décharge au conseil d'administration.
1    Les personnes qui ont coopéré d'une manière quelconque à la gestion des affaires sociales ne peuvent prendre part aux décisions qui donnent ou refusent décharge au conseil d'administration.
2    ...507
CO tend notamment à éviter les conflits d'intérêts dans le but de sauvegarder la capacité de fonctionner de la société et de protéger la minorité (ATF 128 III 142 consid. 3b p. 145). Les décisions de décharge auxquelles ont participé des personnes sans droit de vote sont donc attaquables au sens de l'art. 706
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 706 - 1 Le conseil d'administration et chaque actionnaire peuvent attaquer en justice les décisions de l'assemblée générale qui violent la loi ou les statuts; l'action est dirigée contre la société.
1    Le conseil d'administration et chaque actionnaire peuvent attaquer en justice les décisions de l'assemblée générale qui violent la loi ou les statuts; l'action est dirigée contre la société.
2    Sont en particulier annulables les décisions qui:
1  suppriment ou limitent les droits des actionnaires en violation de la loi ou des statuts;
2  suppriment ou limitent les droits des actionnaires d'une manière non fondée;
3  entraînent pour les actionnaires une inégalité de traitement ou un préjudice non justifiés par le but de la société;
4  suppriment le but lucratif de la société sans l'accord de tous les actionnaires.564
3    et 4 ...565
5    Le jugement qui annule une décision de l'assemblée générale est opposable à tous les actionnaires, et chacun d'eux peut s'en prévaloir.
CO (arrêt du 29 juin 2005 4C.107/2005 consid. 2.2).

4.3. Il ressort de l'instruction menée par la Cour de justice que le prêt en cause figurait dans les comptes depuis 2000. Il y était comptabilisé dans les actifs, sous "C/C débiteurs"; il a augmenté au cours des ans pour passer de 11'649 fr. en 2000 à 3'948'254 fr. en 2008, ce qui représentait alors le 99,8% des actifs de la société, pour finalement être totalement amorti en 2009. Par conséquent, la recourante, actionnaire unique qui devait approuver les comptes de la société, tel que le lui impose la loi, pouvait constater l'existence de ce poste dans la comptabilité. Elle ne saurait, en conséquence, exciper du fait qu'elle n'était pas au courant des agissements de son mari, en particulier du prêt qu'il s'était accordé. En outre, un actionnaire qui remplit correctement son devoir légal et constate la présence d'un tel actif n'aurait pas approuvé les comptes ni donné décharge au conseil d'administration. Ce d'autant plus que la décharge peut avoir pour effet d'éteindre d'éventuelles prétentions en dommages et intérêts de la société à l'égard des personnes à qui elle est accordée pour le dommage causé à celle-ci (HENRY PETER/FRANCESCA CAVADINI, op. cit., n° 30 ad art. 698
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 698 - 1 L'assemblée générale des actionnaires est le pouvoir suprême de la société.
1    L'assemblée générale des actionnaires est le pouvoir suprême de la société.
2    Elle a le droit intransmissible:528
1  d'adopter et de modifier les statuts;
2  de nommer les membres du conseil d'administration et de l'organe de révision;
3  d'approuver le rapport annuel et les comptes consolidés;
4  d'approuver les comptes annuels et de déterminer l'emploi du bénéfice résultant du bilan, en particulier de fixer le dividende et les tantièmes;
5  de fixer le dividende intermédiaire et d'approuver les comptes intermédiaires nécessaires à cet effet;
6  de décider du remboursement de la réserve légale issue du capital;
7  de donner décharge aux membres du conseil d'administration;
8  de procéder à la décotation des titres de participation de la société;
9  de prendre toutes les décisions qui lui sont réservées par la loi ou les statuts.535
3    Lorsque les actions de la société sont cotées en bourse, l'assemblée générale a en outre le droit intransmissible:
1  d'élire le président du conseil d'administration;
2  d'élire les membres du comité de rémunération;
3  d'élire le représentant indépendant;
4  de voter les rémunérations du conseil d'administration, de la direction et du conseil consultatif.536
CO).

De plus, au regard du principe de la séparation des pouvoirs entre l'assemblée générale et le conseil d'administration, la recourante ne pouvait pas abandonner le devoir d'approuver les comptes et de donner décharge à l'administrateur, à celui-ci. Elle ne pouvait pas non plus se faire représenter par lui à l'assemblée générale qui décidait cette décharge (cf. consid. 4.2) : B.A.________, administrateur unique, n'était pas en droit de participer, en tant que représentant de l'actionnaire unique, à la décision de l'assemblée générale lui donnant décharge.

4.4. En ce qui concerne la société, sous l'angle du droit fiscal, lorsqu'un organe se fait verser ou fait verser à un tiers des prestations appréciables en argent, ces actes sont imputables à celle-ci (art. 55
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 55 - 1 La volonté d'une personne morale s'exprime par ses organes.
1    La volonté d'une personne morale s'exprime par ses organes.
2    Ceux-ci obligent la personne morale par leurs actes juridiques et par tous autres faits.
3    Les fautes commises engagent, au surplus, la responsabilité personnelle de leurs auteurs.
CC), indépendamment de leur licéité et du point de savoir s'ils ont été effectués avec ou sans la volonté des autres organes ou des actionnaires (arrêts 2C 245/2018 c. 6.6.1; 2A.305/1993 in StE 1996 B 24.4 Nr. 40, traduit in RDAF 1997 II 594). A l'instar de ce qui vaut pour la société, il faut considérer que l'actionnaire qui abandonne ses droits intransmissibles à un membre unique du conseil d'administration, qui est un proche, doit se laisser imputer les décisions et les agissements de celui-ci. Dès lors, il ne saurait tirer argument de son ignorance et de son absence de volonté de retirer la totalité de la substance de la société. Il faut, ainsi, conclure de ces éléments que le prêt en cause repose sur le rapport de participation (causa societatis).

5.
Quant à la possibilité pour la recourante d'intenter action en enrichissement illégitime pour absence de cause à l'encontre de son époux, il est relevé ce qui suit.

Est en cause un dommage subi par la société (et seulement indirectement par l'actionnaire dont les actions ne valent plus rien). S'il fallait considérer, in casu, qu'il en découlait des prétentions hors faillite, l'art. 756
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 756 - 1 Pour le dommage causé à la société, la société et chaque actionnaire ont le droit d'intenter action. Les actionnaires ne peuvent agir qu'en paiement de dommages-intérêts à la société.
1    Pour le dommage causé à la société, la société et chaque actionnaire ont le droit d'intenter action. Les actionnaires ne peuvent agir qu'en paiement de dommages-intérêts à la société.
2    L'assemblée générale peut décider que la société intente l'action. Elle peut charger le conseil d'administration ou un représentant de conduire le procès.655
CO octroie la légitimation active pour intenter action, non seulement à la société, mais également à l'actionnaire (qui ne peut agir qu'en paiement de dommages-intérêts à la société). En pratique, les actionnaires agissent lorsque les administrateurs omettent de le faire (HARALD BÄRTSCHI, in Jung/Kunz/Bärtschi, Gesellschaftsrecht, 2e éd., n° 347, p. 516; PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4e éd., n° 225 s, p. 2446; CORBOZ/AUBRY GIRARDIN, Commentaire romand, n° 5 ss ad art. 756
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 756 - 1 Pour le dommage causé à la société, la société et chaque actionnaire ont le droit d'intenter action. Les actionnaires ne peuvent agir qu'en paiement de dommages-intérêts à la société.
1    Pour le dommage causé à la société, la société et chaque actionnaire ont le droit d'intenter action. Les actionnaires ne peuvent agir qu'en paiement de dommages-intérêts à la société.
2    L'assemblée générale peut décider que la société intente l'action. Elle peut charger le conseil d'administration ou un représentant de conduire le procès.655
CO p. 1452; GERICKE/ WALLER, Basler Kommentar, n° 5 ss ad art. 756
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 756 - 1 Pour le dommage causé à la société, la société et chaque actionnaire ont le droit d'intenter action. Les actionnaires ne peuvent agir qu'en paiement de dommages-intérêts à la société.
1    Pour le dommage causé à la société, la société et chaque actionnaire ont le droit d'intenter action. Les actionnaires ne peuvent agir qu'en paiement de dommages-intérêts à la société.
2    L'assemblée générale peut décider que la société intente l'action. Elle peut charger le conseil d'administration ou un représentant de conduire le procès.655
CO). S'il s'agissait de prétentions dans la faillite, l'art. 757 al. 2
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 757 - 1 Dans la faillite de la société lésée, les créanciers sociaux ont aussi le droit de demander le paiement à la société de dommages-intérêts. Toutefois, les droits des actionnaires et des créanciers sociaux sont exercés en premier lieu par l'administration de la faillite.
1    Dans la faillite de la société lésée, les créanciers sociaux ont aussi le droit de demander le paiement à la société de dommages-intérêts. Toutefois, les droits des actionnaires et des créanciers sociaux sont exercés en premier lieu par l'administration de la faillite.
2    Si l'administration de la faillite renonce à exercer ces droits, tout actionnaire ou créancier social peut le faire. Le produit sert d'abord à couvrir les créances des créanciers demandeurs, conformément aux dispositions de la loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite657. Les actionnaires demandeurs participent à l'excédent dans la mesure de leur participation à la société; le reste tombe dans la masse.
3    Est réservée la cession de créance de la société, conformément à l'art. 260 de la loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite.
4    Les créances des créanciers sociaux qui ont accepté qu'elles soient placées à un rang inférieur à celui de toutes les autres créances ne sont pas prises en compte dans le calcul du dommage de la société.658
CO prévoit également la compétence de l'actionnaire, dans la mesure où l'administration de la faillite renonce à exercer le droit de demander le paiement à la société de dommages-intérêts. Partant, dès lors qu'in casu l'administrateur unique n'allait pas intenter action en enrichissement illégitime pour absence de cause à son propre égard, la recourante, actionnaire unique, pouvait agir. Peu importe
les raisons pour lesquelles la recourante n'a pas procédé devant la justice; seul est relevant en l'espèce, en ce qui concerne la prestation appréciable en argent, le fait qu'elle se soit abstenue de poursuivre son époux. Une décision inverse ouvrirait la porte à tous les abus.

6.
Finalement, contrairement à ce que soutient la recourante, le caractère insolite du prêt était manifeste. Le prêt se montait à 3'948'254 fr. au 31 décembre 2008, ce qui représentait le 99,8% des actifs de la société. N'importe quel actionnaire unique qui doit approuver les comptes aurait demandé des explications sur un tel actif, ainsi que des pièces justificatives. La recourante aurait alors appris que le débiteur de ce prêt était son époux et que ce prêt n'avait pas fait l'objet d'un contrat avec des modalités de remboursement, ni de garantie. Le prêt a été totalement amorti en 2009 ce qui le rendait pour le moins insolite, puisqu'il a entraîné la liquidation de la société.

7.
Au regard de ce qui précède, les conditions d'une prestation appréciable en argent sont remplies. Partant, c'est à bon droit que le prêt accordé par la société à un proche de l'actionnaire unique a été repris et intégré dans le revenu imposable de cet actionnaire, à savoir la recourante, pour un montant de 2'368'952 fr. (somme représentant le 60% de la prestation, compte tenu de la réduction pour participation). Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'IFD.

II. Impôts cantonal et communal

8.
La notion d'avantage appréciable en argent de l'art. 6 al. 1 let. c de l'ancienne loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personne physiques / Objet de l'impôt - Assujettissement à l'impôt (aLIPP-I), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009, et applicable à la présente affaire qui se rapporte à une période fiscale antérieure à 2010 (cf. art. 72 al. 1 de la loi genevoise du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques [LIPP; RS/GE D 3 08]), est identique à celle prévue à l'art. 20 al. 1 let. c
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 20 - 1 Est imposable le rendement de la fortune mobilière, en particulier:
1    Est imposable le rendement de la fortune mobilière, en particulier:
a  les intérêts d'avoirs, y compris les rendements versés, en cas de vie ou de rachat, d'assurances de capitaux susceptibles de rachat et acquittées au moyen d'une prime unique, sauf si ces assurances servent à la prévoyance. La prestation d'assurance est réputée servir à la prévoyance lorsqu'elle est versée à un assuré de 60 ans révolus en vertu d'un contrat qui a duré au moins cinq ans et qui a été conclu avant le 66e anniversaire de ce dernier. Dans ce cas, la prestation est exonérée;
b  les revenus résultant de l'aliénation ou du remboursement d'obligations à intérêt unique prédominant (obligations à intérêt global, obligations à coupon zéro) qui échoient au porteur;
c  les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.). Lorsque des droits de participation sont vendus conformément à l'art. 4a de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)41, à la société de capitaux ou à la société coopérative qui les a émis, l'excédent de liquidation est considéré comme étant réalisé dans l'année pendant laquelle la créance de l'impôt anticipé prend naissance (art. 12, al. 1 et 1bis, LIA); l'al. 1bis est réservé;
d  les revenus provenant de la location, de l'affermage, de l'usufruit ou d'autres droits de jouissance portant sur des choses mobilières ou sur des droits;
e  le revenu des parts de placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où l'ensemble des revenus du placement excède le rendement de ces immeubles;
f  les revenus de biens immatériels.
1bis    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.) sont imposables à hauteur de 70 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative.43
2    Le produit de la vente de droits de souscription ne fait pas partie du rendement de la fortune, à condition que les droits patrimoniaux appartiennent à la fortune privée du contribuable.
3    Le remboursement d'apports, d'agios et de versements supplémentaires (réserves issues d'apports de capital) effectués par les détenteurs des droits de participation après le 31 décembre 1996 est traité de la même manière que le remboursement du capital-actions ou du capital social. L'al. 4 est réservé.44
4    Si, lors du remboursement de réserves issues d'apports de capital conformément à l'al. 3, une société de capitaux ou une société coopérative cotée dans une bourse suisse ne distribue pas d'autres réserves au moins pour un montant équivalent, le remboursement est imposable à hauteur de la moitié de la différence entre le remboursement et la distribution des autres réserves, mais au plus à hauteur du montant des autres réserves pouvant être distribuées en vertu du droit commercial qui sont disponibles dans la société.45
5    L'al. 4 ne s'applique pas aux réserves issues d'apports de capital:
a  qui ont été constituées après le 24 février 2008 dans le cadre de concentrations équivalant économiquement à des fusions, par l'apport de droits de participation ou de droits de sociétariat dans une société de capitaux ou une société coopérative étrangère au sens de l'art. 61, al. 1, let. c, ou lors d'un transfert transfrontalier dans une société de capitaux suisse selon l'art. 61, al. 1, let. d;
b  qui existaient déjà au sein d'une société de capitaux ou d'une société coopérative étrangère au moment d'une fusion ou restructuration transfrontalière au sens de l'art. 61, al. 1, let. b, et al. 3, ou du déplacement du siège ou de l'administration effective après le 24 février 2008;
c  en cas de liquidation de la société de capitaux ou de la société coopérative.46
6    Les al. 4 et 5 s'appliquent par analogie en cas d'utilisation de réserves issues d'apports de capital pour l'émission d'actions gratuites ou l'augmentation gratuite de la valeur nominale.47
7    Si, lors de la vente de droits de participation à une société de capitaux ou une société coopérative qui est cotée dans une bourse suisse et qui les a émis, le remboursement des réserves issues d'apports de capital ne correspond pas au moins à la moitié de l'excédent de liquidation obtenu, la part de cet excédent de liquidation imposable est réduite d'un montant correspondant à la moitié de la différence entre cette part et le remboursement, mais au plus du montant des réserves qui sont imputables à ces droits de participation et qui sont disponibles dans la société.48
8    L'al. 3 ne s'applique aux apports et aux agios qui sont versés pendant la durée d'une marge de fluctuation du capital au sens des art. 653s ss du code des obligations (CO)49 que dans la mesure où ils dépassent les remboursements de réserves dans le cadre de ladite marge de fluctuation du capital.50
LIFD et est conforme à l'art. 7 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 7 Principe - 1 L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques, en particulier le produit d'une activité lucrative dépendante ou indépendante, le rendement de la fortune y compris la valeur locative de l'habitation du contribuable dans son propre immeuble, les prestations d'institutions de prévoyance professionnelle ainsi que les rentes viagères. Quel que soit leur montant, les frais de formation et de formation continue15 à des fins professionnelles assumés par l'employeur, frais de reconversion compris, ne constituent pas des revenus imposables. Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.) sont imposables à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative.16 Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée.17 18
1    L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques, en particulier le produit d'une activité lucrative dépendante ou indépendante, le rendement de la fortune y compris la valeur locative de l'habitation du contribuable dans son propre immeuble, les prestations d'institutions de prévoyance professionnelle ainsi que les rentes viagères. Quel que soit leur montant, les frais de formation et de formation continue15 à des fins professionnelles assumés par l'employeur, frais de reconversion compris, ne constituent pas des revenus imposables. Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.) sont imposables à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participatio
1bis    En cas de vente de droits de participation, au sens de l'art. 4a de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé19, à la société de capitaux ou à la société coopérative qui les a émis, le revenu de la fortune est considéré comme étant réalisé dans l'année pendant laquelle la créance d'impôt prend naissance (art. 12, al. 1 et 1bis, de la LF du 13 oct. 1965 sur l'impôt anticipé).20
1ter    Les rendements versés, en cas de vie ou de rachat, d'assurances de capitaux susceptibles de rachat et acquittées au moyen d'une prime unique sont imposables, sauf si ces assurances servent à la prévoyance. La prestation d'assurance est réputée servir à la prévoyance lorsqu'elle est versée à un assuré de 60 ans révolus, en vertu d'un contrat qui a duré au moins cinq ans et qui a été conclu avant le 66e anniversaire de ce dernier. Dans ce cas, la prestation est exonérée.21
2    Les rentes viagères et les revenus provenant de contrats d'entretien viager sont imposables à raison de 40 %.22
3    Chacun des investisseurs ajoute à ses propres éléments imposables sa part du revenu de placements collectifs au sens de la loi du 23 juin 2006 sur les placements collectifs (LPCC)23; le revenu des parts de placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe est uniquement imposable lorsque l'ensemble des revenus du placement excède le rendement de ces immeubles.24
4    Sont seuls exonérés de l'impôt:
a  le produit de l'aliénation des droits de souscription, lorsque les droits patrimoniaux font partie de la fortune privée du contribuable;
b  les gains en capital réalisés sur des éléments de la fortune privée du contribuable. L'art. 12, al. 2, let. a et d, est réservé;
c  les dévolutions de fortune ensuite d'une succession, d'un legs, d'une donation ou de la liquidation du régime matrimonial;
d  les versements provenant d'assurances de capitaux privées susceptibles de rachat, à l'exception des polices de libre-passage. L'al. 1ter est réservé;
e  les prestations en capital versées par l'employeur ou par une institution de prévoyance professionnelle lors d'un changement d'emploi, lorsque le bénéficiaire les réinvesti dans le délai d'un an dans une institution de prévoyance professionnelle ou les utilise pour acquérir une police de libre-passage;
f  les subsides provenant de fonds publics ou privés;
g  les prestations versées en exécution d'une obligation fondée sur le droit de la famille, à l'exception de la pension alimentaire que le conjoint divorcé, séparé judiciairement ou de fait obtient pour lui-même et des contributions d'entretien que l'un des parents reçoit pour les enfants sur lesquels il a l'autorité parentale;
h  la solde du service militaire et l'indemnité de fonction pour service de protection civile, ainsi que l'argent de poche des personnes astreintes au service civil;
hbis  la solde des sapeurs-pompiers de milice, jusqu'à concurrence d'un montant annuel déterminé par le droit cantonal, pour les activités liées à l'accomplissement de leurs tâches essentielles (exercices, services de piquet, cours, inspections et interventions, notamment pour le sauvetage, la lutte contre le feu, la lutte contre les sinistres en général et la lutte contre les sinistres causés par les éléments naturels); les indemnités supplémentaires forfaitaires pour les cadres, les indemnités supplémentaires de fonction, les indemnités pour les travaux administratifs et les indemnités pour les prestations fournies volontairement ne sont pas exonérées;
i  les versements à titre de réparation du tort moral;
k  les revenus perçus en vertu de la législation fédérale sur les prestations complémentaires à l'assurance-vieillesse, survivants et invalidité;
l  les gains provenant des jeux de casino exploités dans les maisons de jeu et autorisés par la loi fédérale du 29 septembre 2017 sur les jeux d'argent (LJAr)29, pour autant que ces gains ne soient pas issus d'une activité lucrative indépendante;
lbis  les gains unitaires jusqu'à concurrence d'un montant d'un million de francs ou du montant supérieur fixé dans le droit cantonal provenant de la participation à un jeu de grande envergure autorisé par la LJAr et de la participation en ligne à des jeux de casino autorisés par la LJAr;
lter  les gains provenant d'un jeu de petite envergure autorisé par la LJAr;
m  les gains unitaires jusqu'au seuil fixé dans le droit cantonal provenant de jeux d'adresse ou de loteries destinés à promouvoir les ventes qui ne sont pas soumis à la LJAr selon l'art. 1, al. 2, let. d et e, de cette loi.
n  les revenus perçus en vertu de la loi fédérale du 19 juin 2020 sur les prestations transitoires pour les chômeurs âgés34.
LHID. En outre, en droit cantonal genevois, la notion de prestation appréciable en argent en matière d'impôts directs cantonal et communal est traitée de manière identique à celle qui prévaut en matière d'IFD, ce qui n'est pas remis en cause par la recourante. Partant, la motivation développée en matière d'IFD s'applique mutatis mutandis aux ICC de la période fiscale 2009.

En conséquence, le recours est également rejeté en ce qui concerne les ICC de ladite période.

9.
Il découle de ce qui précède que le recours est rejeté tant pour l'IFD que pour les ICC de la période fiscale 2009.

Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
et 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2009.

2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2009.

3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.

4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 20 février 2020
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Seiler

La Greffière : Jolidon