Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
1C 124/2012

Arrêt du 19 novembre 2012
Ire Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Fonjallaz, Président, Aemisegger et Chaix.
Greffière: Mme Mabillard.

Participants à la procédure
A.X.________,
recourante,

contre

Y.________, représenté par Me Claude Jeannerat, avocat,
intimé,

Département de l'environnement et de l'équipement du canton du Jura, Section des permis de construire, rue des Moulins 2, 2800 Delémont.

Objet
Permis de construire une halle de stockage de fourrage avec place de compostage intercommunale en zone agricole,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal du canton du Jura, Cour administrative, du 12 janvier 2012.

Faits:

A.
Le 17 juin 2008, la Section des permis de construire du canton du Jura a délivré à Y.________, agriculteur à Fregiécourt, un permis portant sur:
- la construction d'une halle de stockage des fourrages comprenant une aire bétonnée pour le conditionnement des déchets verts et des engrais de ferme;
- l'aménagement d'une place groisée circulaire pour l'entreposage des déchets ligneux;
- l'aménagement d'une place bétonnée entre le bâtiment 4A et la halle de stockage;
- l'aménagement d'un accès groisé longeant le silo en tranchée existant;
- l'implantation de cinq arbres fruitiers le long de la façade ouest de la halle de stockage.

B.
A.X.________, propriétaire d'une maison d'habitation sise à environ 90 m de la construction projetée, a recouru auprès du Tribunal de première instance contre le permis de construire précité. Son recours a été déclaré irrecevable par jugement du 1er décembre 2008. L'intéressée a porté sa cause devant la Chambre administrative du Tribunal cantonal jurassien (actuellement la Cour administrative du Tribunal cantonal; ci-après: le Tribunal cantonal) qui, par arrêt du 24 mars 2009, a admis son recours, annulé le jugement précité et renvoyé l'affaire au Tribunal de première instance.

Après avoir procédé à divers compléments d'instruction, le Tribunal de première instance a rejeté le recours de A.X.________, le 8 mars 2010, et confirmé le permis de construire litigieux. La juge administrative a considéré en substance que les constructions et installations projetées étaient nécessaires à l'exploitation agricole de Y.________ et qu'il n'y avait pas d'autre emplacement plus judicieux à proximité des bâtiments d'exploitation de ce dernier. Le projet était pour le surplus conforme à la législation sous l'angle de la protection des eaux, de l'air et du bruit.

Par arrêt du 12 janvier 2012, le Tribunal cantonal a admis très partiellement le recours de A.X.________ contre le jugement précité. En modification partielle de la décision de la Section des permis de construire du 17 juin 2008 et du jugement du Tribunal de première instance du 8 mars 2010, il a octroyé le permis de construire sollicité par Y.________ aux conditions fixées par la Section des permis de construire, en ajoutant la condition supplémentaire suivante: le broyage des déchets ligneux devra être effectué de 8h00 à 19h00 - les éventuelles dispositions plus restrictives du règlement de la police locale demeurant réservées - à l'est de la halle de stockage et la mâchoire de la broyeuse devra être orientée en direction de l'est.

C.
Agissant par la voie du "recours de droit public" et du recours constitutionnel subsidiaire, A.X.________ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 12 janvier 2012. Elle requiert en outre l'effet suspensif et l'assistance judiciaire. Elle se plaint pour l'essentiel d'une mauvaise constatation des faits et d'une violation de son droit d'être entendue.

Le Tribunal cantonal conclut au rejet du recours et à la confirmation de son arrêt. La Section des permis de construire conclut au rejet du recours, et l'intimé également, dans la mesure où il est recevable. Invité à se déterminer, l'Office fédéral de l'environnement (ci-après: l'OFEV) estime que les immissions de bruit ont été calculées correctement et que, s'agissant de la protection de l'air, les distances minimales ont été respectées. L'Office fédéral du développement territorial a renoncé à s'exprimer. La recourante et l'intimé ont répliqué, respectivement dupliqué.

Par ordonnance du 23 mars 2012, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif contenue dans le recours.

Considérant en droit:

1.
1.1 La recourante a indiqué déposer un "recours de droit public" (selon la terminologie de l'ancienne loi fédérale d'organisation judiciaire [RS 3 521; OJ], abrogée le 31 décembre 2006) auprès du Tribunal fédéral. L'intitulé erroné du recours ne saurait préjuger de la voie ouverte, ni porter préjudice au recourant, pour autant que son écriture remplisse les conditions formelles de la voie de droit en cause (ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382 et les arrêts cités).

La voie du recours en matière de droit public est ouverte contre une décision rendue dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions, conformément aux art. 82 ss
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF. Aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF n'est réalisée.

Selon la jurisprudence, le voisin a qualité pour agir lorsque son terrain jouxte celui du constructeur ou se trouve à proximité immédiate de celui-ci (ATF 121 II 171 consid. 2b p. 174; 115 Ib 508 consid. 5c p. 511). Tel est le cas de la recourante, propriétaire d'une maison d'habitation sise à environ 90 m de la parcelle où l'intimé projette les constructions litigieuses.

Le recours en matière de droit public est dès lors en principe recevable.

1.2 La voie du recours en matière de droit public étant ouverte, le recours constitutionnel subsidiaire, déposé dans le même acte par la recourante, est irrecevable (art. 113
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 113 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Verfassungsbeschwerden gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen, soweit keine Beschwerde nach den Artikeln 72-89 zulässig ist.
LTF).

2.
Dans sa réplique du 31 août 2012, la recourante requiert diverses mesures d'instruction. Elle demande notamment l'audition de l'intimé, le "témoignage" de ses parents et une inspection locale. Elle sollicite également une "expertise et contrôle des mesures et implantation du projet sur place" ainsi que des expertises ornithologique et entomologique.

Ces réquisitions n'ont pas été formulées à l'appui du mémoire de recours, alors qu'elles auraient pu l'être. Elles sont donc irrecevables. En effet, en vertu de l'art. 42 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF, le mémoire de recours doit notamment indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve. Passé ce délai, le recourant ne peut en principe plus compléter ses conclusions et ses griefs (cf. ATF 132 I 42 consid. 3.3.4 p. 47; cf. FLORENCE AUBRY GIRARDIN, Commentaire LTF, n. 19 ad art. 42). Quoi qu'il en soit, ces requêtes auraient dû être rejetées, le Tribunal fédéral s'estimant suffisamment renseigné pour statuer en l'état du dossier.

3.
Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF). Il ne peut s'en écarter que si les constatations de ladite autorité ont été établies de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 136 II 304 consid. 2.4 p. 314) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF (art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF). S'il entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF sont réalisées.

Au début de son mémoire, la recourante présente sa propre version des faits et apporte de nombreuses précisions aux constatations des juges cantonaux. De même, dans sa réplique, elle s'appuie sur des faits qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué. Une telle argumentation, dans la mesure où elle s'écarte des faits établis dans l'arrêt attaqué ou les complète, sans qu'il soit indiqué que ceux-ci seraient manifestement inexacts ou arbitraires, est irrecevable, le Tribunal fédéral n'étant pas une instance d'appel (ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104 s.; 135 II 313 consid. 5.2.2 p. 322).

Le Tribunal fédéral est par conséquent lié par les faits retenus dans l'arrêt attaqué, conformément à l'art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF.

4.
La recourante se plaint à plusieurs titres d'une violation de son droit d'être entendue, de son droit d'être défendue et d'égalité devant la loi.

4.1 Elle reproche au Tribunal cantonal d'avoir renoncé à ordonner une expertise en matière de protection de l'air, au motif qu'elle n'avait pas fourni l'avance de frais requise.

En l'espèce, le Tribunal cantonal a constaté, par décision du 20 avril 2011, que la recourante était défaillante faute d'avoir fourni l'avance complémentaire de 3'000 fr. qui lui avait été demandée en vue de réaliser une expertise auprès du professeur S.________. destinée à vérifier le respect, par le projet prévu, de la législation sur la protection de l'air; en conséquence, le juge instructeur a renoncé à ordonner ladite expertise comme il l'avait prévu initialement dans une ordonnance du 11 février 2011.

La recourante ne nie pas qu'elle n'a pas fourni l'avance de frais, ni présenté une demande d'assistance judiciaire, dans le délai imparti. C'est dès lors en vain qu'elle conteste la tardiveté de sa requête du 11 avril 2011 visant à être mise au bénéfice de l'assistance judiciaire pour pouvoir être dispensée de l'avance de frais complémentaire. Il ressort en effet du dossier qu'un ultime délai lui a été imparti au 8 avril 2011. Elle ne fait en outre pas valoir que le Tribunal cantonal aurait appliqué de façon arbitraire les normes cantonales de procédure relatives à la restitution des délais. Au vu de ce qui précède, on ne décèle pas de violation du droit d'être entendu et le grief doit être écarté.

4.2 La recourante se plaint également d'une violation de son droit d'être entendue du fait qu'elle n'a pas pu assister à l'expertise du bureau Z.________. Il ressort toutefois du dossier qu'elle a été régulièrement convoquée, ainsi que son mandataire de l'époque, à la séance du 9 novembre 2010 organisée sur les lieux par le bureau Z.________. Elle n'a fait valoir aucune remarque, ni ne s'est prévalue d'une quelconque violation de ses droits de procédure, dans le délai de 10 jours qui lui a été imparti par le juge instructeur pour s'exprimer sur le rapport d'expertise du 29 novembre 2010. Son grief est dès lors tardif et, quoi qu'il en soit, apparaît infondé. Le recours doit également être rejeté sous cet angle.

4.3 Enfin, la recourante allègue en vain que le refus de la cour cantonale d'entendre les témoins B.X.________ et C.X.________ consacre une violation de son droit d'être entendue et de se défendre. En effet, par une appréciation anticipée des preuves dépourvue d'arbitraire (sur cette notion, voir ATF 131 I 153 consid. 3 p. 157 et les arrêts cités), les juges cantonaux ont renoncé à ordonner l'audition requise. Ils ont effectivement estimé que ce moyen de preuve ne permettrait pas de conduire à une appréciation différente des griefs examinés, motivation qui n'est pas critiquée par la recourante.

5.
La recourante critique l'"expertise" des nuisances effectuée par l'Office cantonal de l'environnement le 1er avril 2008 ainsi que l'expertise des nuisances sonores du bureau Z.________ à Delémont.

5.1 S'agissant de la note du 1er avril 2008 de l'Office de l'environnement, les remarques de la recourante sont plutôt confuses. Elle semble reprocher à l'autorité cantonale la méthode utilisée pour établir son rapport ainsi que son manque d'indépendance et de neutralité.

Tout d'abord, si la recourante avait un doute sur la partialité d'un membre de l'Office de l'environnement, qu'elle estimait prévenu dans cette affaire, elle aurait dû dénoncer immédiatement un tel vice. Elle allègue ensuite que cette autorité cantonale n'aurait pas pris en compte certains éléments essentiels (emplacement, régime des vents) et ne se serait pas rendue à proximité directe du bâtiment susceptible d'être incommodé. Elle ne dit toutefois pas quelles règles le service cantonal aurait méconnues lors de l'établissement de sa note, ni surtout ne fait valoir en quoi les calculs effectués seraient erronés. Or, d'après les déterminations de l'OFEV du 1er juin 2012, la méthode de calcul de la distance minimale exposée par les recommandations de la Station fédérale de recherche et d'économie d'entreprise et de génie rural "Distances minimales à observer pour les installations d'élevage d'animaux" (rapport FAT n° 476 de 1995) a été correctement appliquée. Les distances minimales sont ainsi respectées et l'OFEV ne voit pas d'autres mesures préventives à prendre. Les critiques de la recourante relatives à la note de l'Office de l'environnement sont dès lors dénuées de consistance et doivent être écartées.

5.2 La recourante s'en prend également à l'expertise Z.________. Elle allègue que les experts se sont basés uniquement sur les déclarations orientées de l'intimé, de la Section des permis de construire et du service de l'économie rurale, étant donné qu'elle n'était pas présente lors de la séance organisée sur place. Par ailleurs, l'expertise qualifierait à tort d'antibruits les murs et façades de la halle existante et de celle projetée. Contrairement aux affirmations de la recourante, l'expert ne s'est pas seulement appuyé sur les déclarations des parties présentes lors de la séance pour effectuer ses calculs. Il a également consulté les plans et surtout procédé à des mesurages de bruit in situ le 18 novembre 2010, sur la base desquels il a contrôlé le respect des valeurs limites. S'agissant des mesures de prévention préconisées, celles-ci ont été jugées suffisantes par l'OFEV, qui a également considéré que les immissions ont été calculées correctement, si bien que les vagues critiques de la recourante sont infondées et que son recours doit également être rejeté sous cet angle.

6.
La recourante conteste la nécessité de l'installation de compostage ainsi que la pesée des intérêts effectuée par les autorités cantonales. A son avis, "la clause de besoins agricoles" n'est nullement donnée, le projet de compostage ne sert que les intérêts privés de l'intimé et la situation financière favorable de ce dernier lui permet de "faire ce qu'il veut".

Le Tribunal cantonal a expliqué en détail pourquoi l'ensemble du projet litigieux répondait à une nécessité pour l'exploitation agricole de l'intimé et pour la commune de La Baroche, dès lors qu'il permettait d'une part de résoudre le problème de la gestion des déchets verts et d'autre part d'exploiter de manière plus rationnelle l'entreprise agricole de l'intimé. Il n'y a pas lieu de remettre en question la motivation de l'arrêt attaqué sur ce point, qui apparaît pertinente. La pesée des intérêts échappe également à la critique. La cour cantonale a en effet relevé que la recourante ne pouvait faire valoir un intérêt prépondérant à celui de l'intimé et de la commune de La Baroche, qui pourra bénéficier d'un lieu de compostage des déchets verts aisément accessible et conforme aux exigences légales. L'intéressée n'explique pas quel serait son intérêt prépondérant que les juges cantonaux n'auraient pas pris en compte; elle se contente d'affirmer qu'elle est propriétaire de son immeuble et que la situation financière de l'intimé est sans aucune mesure avec la sienne, ce dernier point n'ayant aucun lien avec l'objet de la contestation. Enfin, en tout état de cause, la recourante qui s'oppose au projet dans son principe ne fait
néanmoins pas valoir que les nuisances engendrées par celui-ci seraient supérieures aux normes admises en ce qui concerne le bruit et les odeurs. Il n'y a donc pas lieu de revenir sur l'arrêt cantonal qui, après un examen approfondi, a constaté que les nuisances sonores et olfactives respectaient les niveaux légaux, ce qui a au surplus été confirmé par l'OFEV.

7.
Enfin, la recourante invoque son droit de propriété, qu'elle conçoit comme "le droit de séjour[ner] dans un environnement serein en quelque lieu du territoire suisse." Elle ne fait toutefois pas valoir que l'atteinte alléguée à son droit de propriété ne reposerait pas sur une base légale, ne répondrait pas à un intérêt public suffisant ou serait disproportionnée (art. 36 al. 1
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 36 Einschränkungen von Grundrechten - 1 Einschränkungen von Grundrechten bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr.
1    Einschränkungen von Grundrechten bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr.
2    Einschränkungen von Grundrechten müssen durch ein öffentliches Interesse oder durch den Schutz von Grundrechten Dritter gerechtfertigt sein.
3    Einschränkungen von Grundrechten müssen verhältnismässig sein.
4    Der Kerngehalt der Grundrechte ist unantastbar.
à 3
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 36 Einschränkungen von Grundrechten - 1 Einschränkungen von Grundrechten bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr.
1    Einschränkungen von Grundrechten bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr.
2    Einschränkungen von Grundrechten müssen durch ein öffentliches Interesse oder durch den Schutz von Grundrechten Dritter gerechtfertigt sein.
3    Einschränkungen von Grundrechten müssen verhältnismässig sein.
4    Der Kerngehalt der Grundrechte ist unantastbar.
Cst.). La motivation de son recours ne répond ainsi manifestement pas aux exigences des art. 42 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
et 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF et est par conséquent irrecevable.

8.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire et au rejet du recours en matière de droit public, dans la mesure où il est recevable. Le recours était d'emblée dénué de chances de succès, de sorte que la demande d'assistance judiciaire est rejetée (cf. art. 64 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 64 Unentgeltliche Rechtspflege - 1 Das Bundesgericht befreit eine Partei, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, auf Antrag von der Bezahlung der Gerichtskosten und von der Sicherstellung der Parteientschädigung, sofern ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint.
1    Das Bundesgericht befreit eine Partei, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, auf Antrag von der Bezahlung der Gerichtskosten und von der Sicherstellung der Parteientschädigung, sofern ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint.
2    Wenn es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, bestellt das Bundesgericht der Partei einen Anwalt oder eine Anwältin. Der Anwalt oder die Anwältin hat Anspruch auf eine angemessene Entschädigung aus der Gerichtskasse, soweit der Aufwand für die Vertretung nicht aus einer zugesprochenen Parteientschädigung gedeckt werden kann.
3    Über das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege entscheidet die Abteilung in der Besetzung mit drei Richtern oder Richterinnen. Vorbehalten bleiben Fälle, die im vereinfachten Verfahren nach Artikel 108 behandelt werden. Der Instruktionsrichter oder die Instruktionsrichterin kann die unentgeltliche Rechtspflege selbst gewähren, wenn keine Zweifel bestehen, dass die Voraussetzungen erfüllt sind.
4    Die Partei hat der Gerichtskasse Ersatz zu leisten, wenn sie später dazu in der Lage ist.
LTF). La recourante, qui succombe, doit dès lors supporter les frais judiciaires, qui seront fixés compte tenu de sa situation financière (art. 65
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 65 Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
1    Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
2    Die Gerichtsgebühr richtet sich nach Streitwert, Umfang und Schwierigkeit der Sache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien.
3    Sie beträgt in der Regel:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 200-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 200-100 000 Franken.
4    Sie beträgt 200-1000 Franken und wird nicht nach dem Streitwert bemessen in Streitigkeiten:
a  über Sozialversicherungsleistungen;
b  über Diskriminierungen auf Grund des Geschlechts;
c  aus einem Arbeitsverhältnis mit einem Streitwert bis zu 30 000 Franken;
d  nach den Artikeln 7 und 8 des Behindertengleichstellungsgesetzes vom 13. Dezember 200223.
5    Wenn besondere Gründe es rechtfertigen, kann das Bundesgericht bei der Bestimmung der Gerichtsgebühr über die Höchstbeträge hinausgehen, jedoch höchstens bis zum doppelten Betrag in den Fällen von Absatz 3 und bis zu 10 000 Franken in den Fällen von Absatz 4.
et 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). Elle versera en outre une indemnité de dépens à l'intimé, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
et 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.

2.
Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.

3.
La requête d'assistance judiciaire est rejetée.

4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.

5.
Une indemnité de 1'500 fr. est allouée à l'intimé à titre de dépens, à la charge de la recourante.

6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Département de l'environnement et de l'équipement de la République et canton du Jura, Section des permis de construire, au Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Cour administrative, à l'Office fédéral de l'environnement, Division Droit, et à l'Office fédéral du développement territorial.

Lausanne, le 19 novembre 2012

Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Fonjallaz

La Greffière: Mabillard