Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}

1C 427/2016

Arrêt du 19 mai 2017

Ire Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Karlen, Juge présidant,
Fonjallaz et Chaix.
Greffier : M. Kurz.

Participants à la procédure
A.________ SA, représentée par Me Hubert Theurillat, avocat,
recourante,

contre

Office de l'environnement de la République et canton du Jura, chemin du Bel'Oiseau 12, case postale 69, 2882 St-Ursanne.

Objet
protection de l'environnement; prise en charge des frais d'investigation et d'assainissement d'un site pollué,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Cour administrative,
du 20 juillet 2016.

Faits :

A.
La parcelle n° 803 de la commune de Bassecourt (Haute-Sorne) abrite l'ancienne usine Piquerez où étaient fabriquées des pièces de montres jusqu'en 2003. Le 17 novembre 2004, la propriétaire de l'époque a été informée que la parcelle serait inscrite au cadastre des sites pollués en tant que site pollué pour lequel on ne s'attend à aucune atteinte nuisible ou incommodante. A.________ SA, société sise à Glovelier et active dans le domaine de la promotion immobilière, a acquis la parcelle en novembre 2005 lors d'une enchère publique de l'Office des poursuites et des faillites de Delémont, pour un prix de 820'000 fr.
Dans le cadre d'une procédure d'autorisation de construire, A.________ SA a effectué en 2006 des travaux d'investigation et d'assainissement. Elle a requis en vain de la part de l'Office de l'environnement du canton du Jura (ci-après: l'office) une prise en charge d'une partie de ces frais.

B.
Les investigations ont démontré l'existence d'une pollution par des solvants chlorés sous l'ancienne fosse d'eaux résiduaires. De nouvelles investigations étaient nécessaires afin de déterminer l'impact de cette pollution sur les eaux souterraines et de statuer sur le besoin d'assainissement. Par décision du 13 mai 2013, l'office a réparti les coûts d'investigation et d'assainissement à raison de 80% pour les précédents occupants du site (perturbateurs par comportement), à charge du canton, et de 20% pour A.________ SA (perturbateur par situation). Cette décision a été confirmée le 3 décembre 2015 sur opposition; même si l'Office des faillites ne l'avait pas renseignée sur l'existence d'une pollution, A.________ SA connaissait le passé industriel du site et pouvait se douter qu'il existait un risque. Elle allait aussi bénéficier des mesures d'investigation qui permettraient une mise en valeur, de sorte que la mise à sa charge d'une partie des frais d'investigation était justifiée.

C.
Par arrêt du 20 juillet 2016, la Cour administrative du Tribunal cantonal jurassien a rejeté le recours formé par A.________ SA. Les conditions de vente de l'Office des poursuites et des faillites mentionnaient que le site était considéré comme pollué. La problématique des sites pollués était largement médiatisée et la recourante, active dans le domaine immobilier, connaissait l'affectation précédente du site. Elle ne pouvait ignorer que celui-ci était pollué. L'immeuble avait été acheté pour 820'000 fr. alors que sa valeur vénale était estimée à 2'370'000 fr. La part des frais d'assainissement mise à la charge de la recourante se situait entre 20'000 et 100'000 fr. Un assainissement permettrait de vendre à des conditions favorables.

D.
A.________ SA forme un recours en matière de droit public contre ce dernier arrêt; elle en demande l'annulation ainsi que le renvoi de la cause à l'instance précédente. Subsidiairement, elle demande que sa participation aux coûts d'assainissement soit ramenée à 10%.
La cour cantonale conclut au rejet du recours, sans formuler d'observations. L'office conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Invité à se déterminer, l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) s'est prononcé dans le sens du rejet du recours. Dans ses dernières observations, la recourante persiste en substance dans ses conclusions.

Considérant en droit :

1.
Le recours est formé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
LTF) dans une cause relevant du droit de la protection de l'environnement (art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF). Il est en principe recevable comme recours en matière de droit public, aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF n'étant réalisée.
La recourante, qui a pris part à la procédure devant l'instance cantonale, est particulièrement atteinte par l'arrêt attaqué et dispose d'un intérêt digne de protection à sa modification, celui-ci confirmant la mise à sa charge d'une partie des frais d'investigation et d'assainissement. Elle a ainsi qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF.

2.
Invoquant son droit d'être entendue - grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier -, la recourante estime que la cour cantonale n'aurait nullement expliqué en quoi un taux de participation de 20% se justifierait alors que la jurisprudence du Tribunal fédéral considère un taux de 10% excessif à l'égard d'un perturbateur par situation, en l'absence de circonstances particulières.
La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu (art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst.) un devoir minimum pour l'autorité d'examiner et de traiter les questions pertinentes; ce devoir est violé lorsque le juge ne prend pas en considération des allégués, arguments, preuves et offres de preuve présentés par l'une des parties et importants pour la décision à rendre. L'autorité n'est pas tenue de prendre position sur tous les arguments des parties; elle doit statuer sur les griefs soulevés mais, dans ce cadre, elle peut se limiter aux questions décisives. Il suffit en somme que les parties puissent se rendre compte de la portée de la décision prise à leur égard et, le cas échéant, recourir contre elle en connaissance de cause (ATF 129 I 232 consid. 3.2 p. 236; 126 I 15 consid. 2a/aa p. 17, 97 consid. 2b p. 102; 124 II 146 consid. 2a p. 149 et les arrêts cités).
L'arrêt attaqué rappelle la jurisprudence selon laquelle, en l'absence de circonstances particulières, il est excessif d'exiger une participation de plus de 10% de la part du détenteur du site qui n'a pas causé la pollution (ATF 139 II 106). Peut notamment constituer une telle circonstance le fait que le détenteur retire un avantage économique de la pollution et/ou de l'assainissement. La cour cantonale a ainsi recherché si la recourante avait retiré un tel avantage, consacrant le considérant 4 de son arrêt à cette question. Une telle motivation est suffisante du point de vue formel et la recourante se trouve à même de la contester en toute connaissance de cause. Il n'y a dès lors pas de violation de l'obligation de motiver.

3.
Sur le fond, la recourante renonce à contester qu'elle avait connaissance de la pollution lors de l'acquisition du bien-fonds. Elle estime en revanche que le taux de participation aux frais d'investigation et d'assainissement violerait l'art. 32d al. 1
SR 814.01 Loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (Loi sur la protection de l'environnement, LPE) - Loi sur la protection de l'environnement
LPE Art. 32d Prise en charge des frais - 1 Celui qui est à l'origine des mesures nécessaires assume les frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement du site pollué.
1    Celui qui est à l'origine des mesures nécessaires assume les frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement du site pollué.
2    Si plusieurs personnes sont impliquées, elles assument les frais de l'assainissement proportionnellement à leur part de responsabilité. Assume en premier lieu les frais celle qui a rendu nécessaires les mesures par son comportement. Celle qui n'est impliquée qu'en tant que détenteur du site n'assume pas de frais si, même en appliquant le devoir de diligence, elle n'a pas pu avoir connaissance de la pollution.
3    La collectivité publique compétente prend à sa charge la part de frais due par les personnes à l'origine des mesures, qui ne peuvent être identifiées ou qui sont insolvables.
4    L'autorité prend une décision sur la répartition des coûts lorsqu'une personne concernée l'exige ou qu'une autorité prend les mesures elle-même.
5    Si l'investigation révèle qu'un site inscrit ou susceptible d'être inscrit au cadastre (art. 32c, al. 2) n'est pas pollué, la collectivité publique compétente prend à sa charge les frais des mesures d'investigation nécessaires.
LPE. Elle prétend ne retirer aucun bénéfice économique de l'assainissement. Le prix d'achat ne s'expliquerait nullement par l'existence d'une pollution (l'expert ayant établi la valeur vénale avait affirmé l'inexistence d'un risque écologique), mais par le fait que les prix pratiqués lors d'enchères publiques dans le cadre d'une exécution forcée sont systématiquement inférieurs aux prix du marché. Le calcul effectué par la Cour administrative serait également arbitraire. La recourante relève qu'elle a investi 7'000'000 fr. pour rénover l'immeuble, montant qui, additionné au prix d'achat, serait déjà supérieur à la valeur incendie. La simple allégation selon laquelle la valeur de l'immeuble sera supérieure après assainissement ne reposerait sur aucune preuve. Le fait de pouvoir aliéner l'immeuble aux conditions de l'art. 32d
SR 814.01 Loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (Loi sur la protection de l'environnement, LPE) - Loi sur la protection de l'environnement
LPE Art. 32d Prise en charge des frais - 1 Celui qui est à l'origine des mesures nécessaires assume les frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement du site pollué.
1    Celui qui est à l'origine des mesures nécessaires assume les frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement du site pollué.
2    Si plusieurs personnes sont impliquées, elles assument les frais de l'assainissement proportionnellement à leur part de responsabilité. Assume en premier lieu les frais celle qui a rendu nécessaires les mesures par son comportement. Celle qui n'est impliquée qu'en tant que détenteur du site n'assume pas de frais si, même en appliquant le devoir de diligence, elle n'a pas pu avoir connaissance de la pollution.
3    La collectivité publique compétente prend à sa charge la part de frais due par les personnes à l'origine des mesures, qui ne peuvent être identifiées ou qui sont insolvables.
4    L'autorité prend une décision sur la répartition des coûts lorsqu'une personne concernée l'exige ou qu'une autorité prend les mesures elle-même.
5    Si l'investigation révèle qu'un site inscrit ou susceptible d'être inscrit au cadastre (art. 32c, al. 2) n'est pas pollué, la collectivité publique compétente prend à sa charge les frais des mesures d'investigation nécessaires.
bis al. 3 LPE ne constituerait pas non plus un avantage.

3.1. L'art. 32d
SR 814.01 Loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (Loi sur la protection de l'environnement, LPE) - Loi sur la protection de l'environnement
LPE Art. 32d Prise en charge des frais - 1 Celui qui est à l'origine des mesures nécessaires assume les frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement du site pollué.
1    Celui qui est à l'origine des mesures nécessaires assume les frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement du site pollué.
2    Si plusieurs personnes sont impliquées, elles assument les frais de l'assainissement proportionnellement à leur part de responsabilité. Assume en premier lieu les frais celle qui a rendu nécessaires les mesures par son comportement. Celle qui n'est impliquée qu'en tant que détenteur du site n'assume pas de frais si, même en appliquant le devoir de diligence, elle n'a pas pu avoir connaissance de la pollution.
3    La collectivité publique compétente prend à sa charge la part de frais due par les personnes à l'origine des mesures, qui ne peuvent être identifiées ou qui sont insolvables.
4    L'autorité prend une décision sur la répartition des coûts lorsqu'une personne concernée l'exige ou qu'une autorité prend les mesures elle-même.
5    Si l'investigation révèle qu'un site inscrit ou susceptible d'être inscrit au cadastre (art. 32c, al. 2) n'est pas pollué, la collectivité publique compétente prend à sa charge les frais des mesures d'investigation nécessaires.
LPE a la teneur suivante:
Art. 32d Prise en charge des frais
1 Celui qui est à l'origine des mesures nécessaires assume les frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement du site pollué.
2 Si plusieurs personnes sont impliquées, elles assument les frais de l'assainissement proportionnellement à leur part de responsabilité. Assume en premier lieu les frais celle qui a rendu nécessaires les mesures par son comportement. Celle qui n'est impliquée qu'en tant que détenteur du site n'assume pas de frais si, même en appliquant le devoir de diligence, elle n'a pas pu avoir connaissance de la pollution.
3 La collectivité publique compétente prend à sa charge la part de frais due par les personnes à l'origine des mesures, qui ne peuvent être identifiées ou qui sont insolvables.
4 L'autorité prend une décision sur la répartition des coûts lorsqu'une personne concernée l'exige ou qu'une autorité prend les mesures elle-même.
(...)

L'art. 32d al. 2 3ème phrase vient confirmer que le détenteur d'un site déjà pollué peut se voir imputer une partie des frais d'investigation en tant que perturbateur par situation (ATF 139 II 106 consid. 3 p. 109 ss). L'autorité chargée d'établir la répartition des frais dispose d'un large pouvoir d'appréciation et doit tenir compte de l'ensemble des circonstances pertinentes. S'agissant du perturbateur par situation, il s'agit notamment de rechercher si celui-ci peut assumer une part de responsabilité (reprise de ses prédécesseurs ou découlant de sa propre attitude) et s'il tire ou non un avantage économique de la pollution, respectivement de l'assainissement (ATF 139 II 106 consid. 5.5.2 et 5.6 p. 118). De ce point de vue, il peut suffire que les opérations d'assainissement (ou d'investigation et de surveillance) ait pour effet de permettre un aménagement du bien-fonds conforme à l'affectation prévue (arrêt 1C 524/2014 du 24 février 2016 consid. 7). L'ampleur de l'avantage économique et le caractère supportable des frais mis à charge doivent également être pris en compte.

3.2. L'arrêt attaqué retient que la recourante ne pouvait ignorer l'existence d'une pollution du site; elle connaissait son affectation industrielle durant plusieurs décennies, alors que la problématique des sites pollués était déjà largement connue à l'époque, et était active "dans le cadre industriel et horloger". En outre, les conditions de vente font également mention d'un site pollué. La recourante a expressément renoncé à contester ces considérations de fait, compte tenu du pouvoir d'examen du Tribunal fédéral à ce propos. Elle ne saurait dès lors prétendre avoir ignoré l'existence d'un risque de pollution lors de l'achat de la parcelle. La cour cantonale pouvait dès lors retenir que si la recourante avait acquis la parcelle à un prix inférieur de 65,4% à la valeur vénale, cela était dû, tout au moins dans une certaine mesure, au risque de pollution que pouvait présenter le bien-fonds. La recourante ne conteste d'ailleurs pas que le prix d'achat apparaissait particulièrement avantageux. Un tel avantage ne saurait résulter du seul fait qu'il s'agit d'une acquisition aux enchères publiques dans le cadre d'une réalisation forcée. Il est certes malaisé d'évaluer précisément dans quelle mesure le risque de pollution a pu influer
sur le prix. Toutefois, compte tenu d'une part de la différence entre le prix payé et la valeur vénale estimée par l'expert (près de trois fois supérieure), et d'autre part du montant de la participation aux frais (entre 20'000 et 100'000 fr.), la fixation de la participation à 20% ne procède pas d'un abus du pouvoir d'appréciation, ni d'une violation du droit fédéral. Le fait que la recourante a, de son propre chef, consenti à d'importants investissements pour mettre en valeur son bien, ne change rien à l'avantage qu'elle a pu retirer du prix initialement payé pour l'acquisition.

4.
Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté. Conformément à l'art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.

3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Office de l'environnement de la République et canton du Jura, au Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Cour administrative, et à l'Office fédéral de l'environnement.

Lausanne, le 19 mai 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Juge présidant : Karlen

Le Greffier : Kurz