Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}

2C 842/2013

Arrêt du 18 février 2014

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Président,
Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffière: Mme Vuadens.

Participants à la procédure
A.________ SA,
représentée par B.________ SA,
recourante,

contre

Administration fiscale cantonale
du canton de Genève.

Objet
Impôt cantonal et communal 2007,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice
de la République et canton de Genève,
Chambre administrative, 1ère section,
du 30 juillet 2013.

Faits:

A.
La société A.________ SA (ci-après: la société) était imposée depuis 1997 comme société holding dans le canton de Genève. L'Administration fiscale cantonale genevoise (ci-après: l'Administration fiscale) a renouvelé ce statut dans un courrier du 20 juillet 2004, qui en détaille le régime fiscal. En 2006, la société a sollicité de l'Administration fiscale d'être imposée selon le régime applicable aux sociétés de services à compter de la période fiscale 2007.

L'autorité a accepté ce changement de statut par courrier 23 novembre 2006, précisant que les pertes fiscales de la société ne seraient pas reportables dans le cadre de l'activité de services pour l'impôt cantonal et communal.

Dans sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2007, la société a reporté la plus-value réalisée en 2007 sur la vente de titres (ci-après: les titres) acquis alors qu'elle bénéficiait du régime holding. Elle a également fait valoir le report des pertes qu'elle avait encourues au cours des exercices 2002 et 2006, représentant plusieurs millions de francs. Il en découlait une absence de bénéfice imposable.

B.
Dans le bordereau d'impôt notifié à la société le 20 avril 2009 en matière d'impôt cantonal et communal 2007, l'Administration fiscale a refusé de prendre en compte les pertes reportées des exercices 2002 et 2006.

Le 19 mai 2009, la société a élevé réclamation contre ce bordereau, alléguant que les pertes encourues en 2002 et 2006 devaient être déduites de son bénéfice 2007. Relevant par ailleurs que la plus-value latente sur les titres s'élevait à 2'480'144 fr. à la fin de l'exercice 2006, elle a fait valoir que le bénéfice - légèrement inférieur au montant précité - réalisé lors de leur vente en 2007 se rapportait à son activité de société holding et qu'il devait en conséquence être exonéré de l'impôt.

L'Administration fiscale a rejeté la réclamation par décision sur réclamation du 11 novembre 2010. Une société passant du régime fiscal privilégié de holding à une imposition ordinaire ne pouvait se prévaloir du report des pertes en matière d'impôt cantonal et communal. En outre, seule une réévaluation des titres dans les comptes de l'exercice 2006 aurait pu neutraliser la plus-value latente engendrée par leur réalisation en 2007.

Le 15 décembre 2010, la société a recouru contre la décision sur réclamation du 11 novembre 2010 auprès de la Commission cantonale de recours en matière administrative (devenue depuis lors le Tribunal administratif de première instance, ci-après : le TAPI), qui a admis son recours par jugement du 10 octobre 2011.

Le 16 novembre 2011, l'Administration fiscale a recouru contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la Cour de justice) en concluant à son annulation et à la confirmation de sa décision sur réclamation du 11 novembre 2010.

Par arrêt du 30 juillet 2013, la Cour de justice a admis le recours de l'Administration fiscale, annulé le jugement du TAPI du 10 octobre 2011 et confirmé la décision sur réclamation de l'Administration fiscale du 11 novembre 2010 ainsi que le bordereau d'impôt du 20 avril 2009.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 30 juillet 2013 de la Cour de justice, subsidiairement d'annuler cet arrêt et de renvoyer la cause à la Cour de justice pour instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants.

La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale conclut au rejet du recours, de même que l'Administration fédérale des contributions.

Le 6 janvier 2014, la société a adressé au Tribunal fédéral des observations finales.

Considérant en droit:

1.
Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
LTF) rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
LTF), par une autorité judiciaire cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
et al. 2 LTF) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 83 Eccezioni - Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di naturalizzazione ordinaria;
c  le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti:
c1  l'entrata in Svizzera,
c2  i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto,
c3  l'ammissione provvisoria,
c4  l'espulsione fondata sull'articolo 121 capoverso 2 della Costituzione federale e l'allontanamento,
c5  le deroghe alle condizioni d'ammissione,
c6  la proroga del permesso per frontalieri, il cambiamento di Cantone, il cambiamento d'impiego del titolare di un permesso per frontalieri, nonché il rilascio di documenti di viaggio a stranieri privi di documenti;
d  le decisioni in materia d'asilo pronunciate:
d1  dal Tribunale amministrativo federale, salvo quelle che concernono persone contro le quali è pendente una domanda d'estradizione presentata dallo Stato che hanno abbandonato in cerca di protezione,
d2  da un'autorità cantonale inferiore e concernenti un permesso o un'autorizzazione al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto;
e  le decisioni concernenti il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente contro membri di autorità o contro agenti della Confederazione;
f  le decisioni in materia di appalti pubblici se:
fbis  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti decisioni secondo l'articolo 32i della legge del 20 marzo 200963 sul trasporto di viaggiatori;
f1  non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale; sono fatti salvi i ricorsi contro gli appalti del Tribunale amministrativo federale, del Tribunale penale federale, del Tribunale federale dei brevetti, del Ministero pubblico della Confederazione e delle autorità giudiziarie cantonali superiori, o
f2  il valore stimato della commessa non raggiunge il valore soglia determinante secondo l'articolo 52 capoverso 1 in combinato disposto con l'allegato 4 numero 2 della legge federale del 21 giugno 201961 sugli appalti pubblici;
g  le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi;
h  le decisioni concernenti l'assistenza amministrativa internazionale, eccettuata l'assistenza amministrativa in materia fiscale;
i  le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile;
j  le decisioni in materia di approvvigionamento economico del Paese adottate in situazioni di grave penuria;
k  le decisioni concernenti i sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto;
l  le decisioni concernenti l'imposizione di dazi operata in base alla classificazione tariffaria o al peso delle merci;
m  le decisioni concernenti il condono o la dilazione del pagamento di tributi; in deroga alla presente disposizione, il ricorso è ammissibile contro le decisioni concernenti il condono dell'imposta federale diretta o dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o se si tratta per altri motivi di un caso particolarmente importante;
n  le decisioni in materia di energia nucleare concernenti:
n1  l'esigenza di un nulla osta o la modifica di un'autorizzazione o di una decisione,
n2  l'approvazione di un piano d'accantonamenti per le spese di smaltimento antecedenti lo spegnimento di un impianto nucleare,
n3  i nulla osta;
o  le decisioni in materia di circolazione stradale concernenti l'omologazione del tipo di veicoli;
p  le decisioni del Tribunale amministrativo federale in materia di traffico delle telecomunicazioni, radiotelevisione e poste concernenti:68
p1  concessioni oggetto di una pubblica gara,
p2  controversie secondo l'articolo 11a della legge del 30 aprile 199769 sulle telecomunicazioni;
p3  controversie secondo l'articolo 8 della legge del 17 dicembre 201071 sulle poste;
q  le decisioni in materia di medicina dei trapianti concernenti:
q1  l'iscrizione nella lista d'attesa,
q2  l'attribuzione di organi;
r  le decisioni in materia di assicurazione malattie pronunciate dal Tribunale amministrativo federale in virtù dell'articolo 3472 della legge del 17 giugno 200573 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF);
s  le decisioni in materia di agricoltura concernenti:
s1  ...
s2  la delimitazione delle zone nell'ambito del catasto della produzione;
t  le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, della formazione continua e dell'esercizio della professione;
u  le decisioni in materia di offerte pubbliche di acquisto (art. 125-141 della L del 19 giu. 201577 sull'infrastruttura finanziaria);
v  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti divergenze d'opinione tra autorità in materia di assistenza amministrativa o giudiziaria a livello nazionale;
w  le decisioni in materia di diritto dell'elettricità concernenti l'approvazione dei piani di impianti elettrici a corrente forte e di impianti elettrici a corrente debole e l'espropriazione dei diritti necessari per la costruzione o l'esercizio di siffatti impianti, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale;
x  le decisioni concernenti la concessione di contributi di solidarietà ai sensi della legge federale del 30 settembre 201681 sulle misure coercitive a scopo assistenziale e i collocamenti extrafamiliari prima del 1981, tranne se si pone una questione di diritto di importanza fondamentale o si tratta di un caso particolarmente importante per altri motivi;
y  le decisioni pronunciate dal Tribunale amministrativo federale nelle procedure amichevoli per evitare un'imposizione non conforme alla convenzione internazionale applicabile in ambito fiscale;
z  le decisioni concernenti le autorizzazioni edilizie di impianti eolici d'interesse nazionale secondo l'articolo 71c capoverso 1 lettera b della legge federale del 30 settembre 201684 sull'energia e le autorizzazioni di competenza cantonale a esse necessariamente connesse, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale.
LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte (cf. également l'art. 73
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 73 Ricorsi - 1 Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
1    Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
2    Legittimati a ricorrere sono il contribuente, l'autorità competente secondo il diritto cantonale e l'Amministrazione federale delle contribuzioni.
3    ...259
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). Il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
1    Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
2    Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
b  nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
c  in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198090 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198091 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
d  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195493 sui brevetti.
3    Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
b  dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
4    Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
5    Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
6    ...94
7    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
LTF) et la forme (art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF) prévus par la loi par la contribuable ayant qualité pour recourir (art. 89 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF). La recourante a pris à titre principal une conclusion purement cassatoire et, à titre subsidiaire, une conclusion en renvoi, alors qu'elle aurait aussi pu conclure sur le fond, dès lors que l'art. 107 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 107 Sentenza - 1 Il Tribunale federale non può andare oltre le conclusioni delle parti.
1    Il Tribunale federale non può andare oltre le conclusioni delle parti.
2    Se accoglie il ricorso, giudica esso stesso nel merito o rinvia la causa all'autorità inferiore affinché pronunci una nuova decisione. Può anche rinviare la causa all'autorità che ha deciso in prima istanza.
3    Se ritiene inammissibile un ricorso interposto nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale o dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale, il Tribunale federale prende la decisione di non entrare nel merito entro 15 giorni dalla chiusura di un eventuale scambio di scritti. Nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale non è tenuto a rispettare tale termine se la procedura d'estradizione concerne una persona sulla cui domanda d'asilo non è ancora stata pronunciata una decisione finale passata in giudicato.97
4    Sui ricorsi interposti contro le decisioni del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195419 sui brevetti, il Tribunale federale decide entro un mese dalla presentazione del ricorso.98
LTF l'emporte sur l'art. 73 al. 3
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 73 Ricorsi - 1 Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
1    Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
2    Legittimati a ricorrere sono il contribuente, l'autorità competente secondo il diritto cantonale e l'Amministrazione federale delle contribuzioni.
3    ...259
LHID (ATF 134 II 186 consid. 1.5.3 p. 191 s., confirmé in ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263). De telles conclusions restent toutefois admissibles dans le cadre d'un recours en matière de droit public (cf. ATF 133 II 409 consid. 1.4.1 p. 414; arrêt 2C 583/2013 du 23 décembre 2013 consid. 1). Au
surplus, déposé en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
1    Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
2    Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
b  nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
c  in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198090 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198091 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
d  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195493 sui brevetti.
3    Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
b  dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
4    Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
5    Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
6    ...94
7    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
LTF), le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
LTF) rendue par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
et al. 2 LTF). Par ailleurs, il a été interjeté par la contribuable destinataire de la décision attaquée, qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 89 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF). Il convient donc d'entrer en matière.

2.

2.1. D'après l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Cependant, lorsque les dispositions de la LHID laissent une marge de manoeuvre aux cantons, le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral se limite à l'arbitraire, dont la violation doit être motivée conformément aux exigences accrues de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF (cf. ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.; arrêts 2C 180/2013 du 5 novembre 2013 consid. 3; 2C 77/2013 du 6 mai 2013 consid. 1.4 et les références citées). Le litige porte en l'espèce sur les conséquences de la fin du régime du privilège holding, domaine dans lequel les cantons jouissent d'une marge d'appréciation (arrêt 2C 645/2011 du 12 mars 2012 consid. 1.5, in RF 67/2012, p. 436; StE 2012 B 72.19 Nr. 15; RDAF 2012 II 266). Par conséquent, le Tribunal fédéral ne peut examiner que sous l'angle de l'arbitraire les conséquences de la fin de ce régime tranchées par la Cour de justice.

2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF), sous réserve des cas prévus par l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF. Il ne peut s'en écarter que si les constatations de ladite autorité ont été établies de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 9 Protezione dall'arbitrio e tutela della buona fede - Ognuno ha diritto d'essere trattato senza arbitrio e secondo il principio della buona fede da parte degli organi dello Stato.
Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
LTF (art. 105 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 97 Accertamento inesatto dei fatti - 1 Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
1    Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
2    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti.87
LTF). En outre, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 99 - 1 Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
1    Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
2    Non sono ammissibili nuove conclusioni.
LTF). En application de ces règles, le Tribunal fédéral ne prendra pas en considération la pièce nouvelle produite par la recourante ni les faits qu'elle allègue et qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué.

3.
La Cour de justice a jugé que la plus-value réalisée par la vente des titres en 2007 était imposable en 2007 en vertu des règles sur la réalisation fiscale, ce que la recourante ne conteste plus directement. Le litige concerne uniquement la possibilité du report des pertes encourues par la recourante alors qu'elle bénéficiait du régime holding.

En droit fiscal genevois, la question du report des pertes est réglée à l'art. 19 al. 1 de la loi du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RSG D 3 15). Cette disposition, qui reprend la teneur de l'art. 25 al. 2
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 25 Oneri - 1 Gli oneri giustificati dall'uso commerciale comprendono anche:128
1    Gli oneri giustificati dall'uso commerciale comprendono anche:128
a  le imposte federali, cantonali e comunali;
b  i versamenti a istituzioni di previdenza in favore del personale, in quanto sia esclusa ogni utilizzazione contraria allo scopo;
c  le prestazioni volontarie in contanti e in altri beni, entro i limiti determinati dal diritto cantonale, a persone giuridiche con sede in Svizzera che sono esentate dall'imposta in virtù del loro scopo pubblico o di utilità pubblica (art. 23 cpv. 1 lett. f) nonché alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e ai loro stabilimenti (art. 23 cpv. 1 lett. a-c);
d  i ribassi, gli sconti, gli abbuoni e i rimborsi sulla rimunerazione di forniture e prestazioni, nonché le eccedenze che le società d'assicurazione destinano alla distribuzione agli assicurati;
e  le spese di formazione e formazione continua professionali del personale, comprese le spese di riqualificazione;
f  le sanzioni finalizzate al prelievo dell'utile illecito, nella misura in cui non abbiano carattere penale.
1bis    Gli oneri giustificati dall'uso commerciale non comprendono segnatamente:
a  i versamenti di retribuzioni corruttive ai sensi del diritto penale svizzero;
b  le spese finalizzate a rendere possibili reati o che costituiscono la controprestazione per la commissione di reati;
c  le multe;
d  le sanzioni pecuniarie amministrative, nella misura in cui abbiano carattere penale.133
1ter    Se pronunciate da autorità penali o amministrative estere, le sanzioni di cui al capoverso 1bis lettere c e d sono deducibili se:
a  sono contrarie all'ordine pubblico svizzero; o
b  il contribuente dimostra in modo plausibile di aver intrapreso tutto quanto si poteva ragionevolmente pretendere per conformarsi alla legge.134
2    Dall'utile netto del periodo fiscale sono dedotte le perdite dei sette esercizi commerciali che precedono il periodo fiscale (art. 31 cpv. 2), sempreché non se ne sia potuto tenere conto per il calcolo dell'utile netto imponibile di tali anni.135
3    Le perdite degli esercizi commerciali anteriori che non abbiano ancora potuto essere dedotte dagli utili possono essere compensate con le prestazioni che sono destinate a equilibrare un bilancio deficitario nell'ambito di un risanamento e che non costituiscono apporti ai sensi dell'articolo 24 capoverso 2 lettera a.
4    I capoversi 2 e 3 si applicano anche in caso di trasferimento della sede o dell'amministrazione effettiva all'interno della Svizzera.136
LHID, prévoit que les pertes des sept exercices précédant la période fiscale peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années. Comme la plupart des cantons suisses (sauf les cantons de Jura et de Zoug; cf. arrêt 2C 645/2011 du 12 mars 2012 consid. 3.2 in fine et 3.3, in RF 67/2012 p. 436; StE 2012 B 72.19 Nr. 15; RDAF 2012 II 266, commenté par FELIX RICHNER/WALTER FREI/HANS ULRICH MEUTER, in ZStP 2012, p. 161; NATASSIA MARTINEZ, Report des pertes après la perte du statut holding, Push-Service Entscheide, 3 juillet 2012, WALDO STÄHLIN/ANNA KREBS, in Der Schweizer Treuhänder, 86/2012, p. 777; THIERRY OBRIST ET LINO HÄNNI, Report de pertes, continuité économique et rattachement des facteurs fiscaux. Evolution de la jurisprudence du Tribunal fédéral en matière de report de pertes, in RDAF 2012 II 387, p. 396; ROBERT WALDBURGER, Verlustverrechnung nach dem Übergang von der
Holding- zur ordentlichen Besteuerung, in IFF Forum für Steuerrecht 2012, p. 289; STEFAN OESTERHELT, Steuerrechtliche Entwicklungen (insbesondere im Jahr 2012), in SZW, 2013, p. 87), le canton de Genève n'a pas expressément réglé dans la loi les conséquences de la fin du régime holding en matière de report de pertes.

4.
En l'espèce, la Cour de justice a constaté que la pratique de l'Administration fiscale consistait à refuser le report des pertes tout en autorisant la société holding à porter les réserves latentes au bilan fiscal de la période précédant le passage à l'imposition ordinaire sans conséquence sur le résultat. Elle a approuvé cette solution, non seulement car elle aboutit à un traitement parallèle des gains et des pertes holding sous la forme d'une absence de prise en considération des uns et des autres, mais également car elle permet d'éviter une baisse artificielle du bénéfice réalisé par la société sous le régime ordinaire, ce qui serait le résultat d'une admission du report des pertes. La Cour de justice en a conclu que la recourante n'avait pas droit au report des pertes engendrées sous le régime holding et que cette solution était conforme aux art. 19 al. 1 LIPM et 25 al. 2
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 25 Oneri - 1 Gli oneri giustificati dall'uso commerciale comprendono anche:128
1    Gli oneri giustificati dall'uso commerciale comprendono anche:128
a  le imposte federali, cantonali e comunali;
b  i versamenti a istituzioni di previdenza in favore del personale, in quanto sia esclusa ogni utilizzazione contraria allo scopo;
c  le prestazioni volontarie in contanti e in altri beni, entro i limiti determinati dal diritto cantonale, a persone giuridiche con sede in Svizzera che sono esentate dall'imposta in virtù del loro scopo pubblico o di utilità pubblica (art. 23 cpv. 1 lett. f) nonché alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e ai loro stabilimenti (art. 23 cpv. 1 lett. a-c);
d  i ribassi, gli sconti, gli abbuoni e i rimborsi sulla rimunerazione di forniture e prestazioni, nonché le eccedenze che le società d'assicurazione destinano alla distribuzione agli assicurati;
e  le spese di formazione e formazione continua professionali del personale, comprese le spese di riqualificazione;
f  le sanzioni finalizzate al prelievo dell'utile illecito, nella misura in cui non abbiano carattere penale.
1bis    Gli oneri giustificati dall'uso commerciale non comprendono segnatamente:
a  i versamenti di retribuzioni corruttive ai sensi del diritto penale svizzero;
b  le spese finalizzate a rendere possibili reati o che costituiscono la controprestazione per la commissione di reati;
c  le multe;
d  le sanzioni pecuniarie amministrative, nella misura in cui abbiano carattere penale.133
1ter    Se pronunciate da autorità penali o amministrative estere, le sanzioni di cui al capoverso 1bis lettere c e d sono deducibili se:
a  sono contrarie all'ordine pubblico svizzero; o
b  il contribuente dimostra in modo plausibile di aver intrapreso tutto quanto si poteva ragionevolmente pretendere per conformarsi alla legge.134
2    Dall'utile netto del periodo fiscale sono dedotte le perdite dei sette esercizi commerciali che precedono il periodo fiscale (art. 31 cpv. 2), sempreché non se ne sia potuto tenere conto per il calcolo dell'utile netto imponibile di tali anni.135
3    Le perdite degli esercizi commerciali anteriori che non abbiano ancora potuto essere dedotte dagli utili possono essere compensate con le prestazioni che sono destinate a equilibrare un bilancio deficitario nell'ambito di un risanamento e che non costituiscono apporti ai sensi dell'articolo 24 capoverso 2 lettera a.
4    I capoversi 2 e 3 si applicano anche in caso di trasferimento della sede o dell'amministrazione effettiva all'interno della Svizzera.136
LHID, les pertes alléguées devant être présumées avoir été " prises en considération " au sens de ces dispositions.

5.
La recourante allègue que la Cour de justice serait tombée dans l'arbitraire en lui refusant le report des pertes encourues sous le régime holding tout en admettant l'imposition d'une plus-value trouvant son origine sous ce même régime. Ce refus aurait comme résultat choquant que cette plus-value serait imposée du simple fait qu'elle a été réalisée quelques semaines après la fin de ce régime holding, alors qu'elle présenterait un lien économique évident avec celui-ci. Elle allègue par ailleurs que, dans son cas, un tel report n'aboutirait pas à une baisse artificielle de son bénéfice imposable en 2007, puisqu'elle ne demande une compensation de ses pertes qu'avec la plus-value générée par la vente des titres.

5.1. Une décision est arbitraire lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. S'agissant de l'application du droit cantonal, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité de dernière instance cantonale que si la décision attaquée apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain (ATF 139 I 57 consid. 5.2 p. 61). Ainsi, pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; il faut encore que cette décision soit arbitraire dans son résultat (ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51 et les arrêts cités).

5.2. Le Tribunal fédéral a reconnu que les cantons avaient un pouvoir d'appréciation concernant la portée à donner au droit au report des pertes dans le contexte du passage d'un régime privilégié de société holding à un régime d'imposition ordinaire (cf. arrêt 2C 645/2011 précité consid. 1.5). Il a considéré que la pratique cantonale consistant à admettre le report des pertes était admissible sous l'angle de l'arbitraire si la société holding n'avait pas - ou pas entièrement - la possibilité de porter au bilan fiscal précédant le passage à l'imposition ordinaire les réserves latentes accumulées sous le régime holding sans incidence sur le résultat; à l'inverse, il a estimé qu'il était également admissible, toujours sous l'angle de l'arbitraire, de refuser le report des pertes si la pratique cantonale autorisait une telle opération comptable sur les réserves latentes, les deux cas de figure aboutissant à un traitement parallèle des gains et des pertes engendrés sous le régime holding (arrêt précité 2C 645/2011 consid.3.3).

5.3. La recourante avait la possibilité, conformément à la pratique genevoise telle que décrite dans l'arrêt attaqué (cf. supra consid. 4), de porter à son bilan fiscal 2006 les réserves latentes afférentes aux titres, de sorte que le refus de lui accorder le report des pertes encourues sous le régime holding n'est pas arbitraire sur le principe.

Il est vrai qu'en l'espèce, la recourante n'a pas bénéficié d'un traitement parallèle des gains et des pertes encourues sous le régime holding. Cela ne signifie pas qu'elle puisse s'en plaindre sous l'angle de l'arbitraire.

Il incombait en effet à la recourante, qui a volontairement décidé de changer de statut fiscal, de procéder à la constitution de réserves latentes à son bilan fiscal 2006 (ou, comme le mentionne également l'Administration fiscale dans sa réponse au recours, à une réévaluation comptable des titres audit bilan sans incidence sur le résultat), comme l'admet la pratique cantonale. Dûment représentée par un mandataire fiscal professionnel à l'époque déjà, elle devait d'autant plus s'inquiéter des conséquences de la fin du régime holding sur le sort de ses réserves latentes que l'Administration fiscale lui avait expressément précisé, dans son courrier du 23 novembre 2006, que le report des pertes ne serait pas accepté. Une telle planification s'imposait également étant donné le montant relativement élevé de ces réserves latentes. En pareilles circonstances, il n'est pas arbitraire d'avoir refusé à la recourante le report des pertes, puisque celle-ci avait la possibilité de neutraliser les conséquences fiscales afférentes à la réalisation des titres. Ne pas avoir fait usage de cette possibilité ne justifie pas de lui ouvrir le droit au report des pertes en dérogation à la pratique cantonale.

Ce refus n'est pas non plus choquant dans son résultat. Accorder à la recourante le droit de reporter ses pertes reviendrait à la favoriser de manière injustifiée par rapport aux sociétés holding qui, avant leur passage sous le régime d'imposition ordinaire, ont procédé à la comptabilisation des réserves latentes dans leur bilan fiscal conformément à la pratique genevoise. La recourante pourrait en effet reporter ses pertes durant plusieurs années, dans les limites temporelles de l'art. 19 al. 1 LIPM, et être ainsi traitée de manière plus favorable que les sociétés holding genevoises qui ont respecté la pratique de l'Administration fiscale et qui n'ont pas cette possibilité. La recourante fait valoir en vain qu'elle ne requiert la compensation des pertes qu'avec la plus-value engendrée par la vente des titres, le report des pertes ne visant pas à compenser un certain type de bénéfice, mais le " bénéfice net " (art. 19 al. 1 LIPM) réalisé par une société dans son ensemble au cours de la période fiscale considérée (cf. MADELEINE SIMONEK, Ausgewählte Probleme der steuerliche Behandlung von Verlusten, in Archives 67, p. 516).

La Cour de justice n'a pas non plus " dérogé " arbitrairement à l'art. 19 al. 1 LIPM au détriment de la recourante, contrairement à ce qu'elle soutient, étant donné l'existence d'un pouvoir d'appréciation des cantons concernant les conséquences de la fin du régime holding (cf. ci-dessus consid. 4). Au surplus, la recourante relève également à tort que la réévaluation comptable des titres n'aurait pas suffi à absorber la totalité de ses pertes reportables. Elle perd ici de vue que le but d'une telle réévaluation, admise par la pratique cantonale genevoise et par le Tribunal fédéral (cf. supra consid. 5.2), ne consiste pas à absorber la totalité des pertes, mais à assurer un traitement parallèle des bénéfices et des pertes encourues sous le régime holding par une absence de prise en considération des uns et des autres.

Finalement, l'imposition de la plus-value des titres découle de l'application des règles impératives sur la réalisation fiscale. Un tel résultat ne saurait donc être qualifié d'arbitraire du simple fait que cette réalisation n'est intervenue que quelques semaines après la fin du régime holding.

Il découle de ce qui précède que le grief d'arbitraire, infondé, doit être rejeté.

6.
La recourante soutient également que le refus du report de ses pertes consacrerait une inégalité de traitement des sociétés holding, qui seraient pénalisées à la fin de ce régime fiscal par rapport aux sociétés imposées ordinairement. La recourante ne motive pas en quoi les conditions de la violation de l'égalité de traitement seraient remplies, de sorte que la recevabilité de son grief est douteuse au regard des exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF. Ce point peut toutefois rester incertain, car le grief est de toute manière infondé. En effet, la recourante perd de vue que les sociétés holding genevoises ont, parallèlement au refus du report de pertes, la possibilité de porter leurs réserves latentes au bilan fiscal ou de procéder à une réévaluation comptable sans incidence sur leur résultat, possibilité qui n'est pas ouverte aux sociétés imposées selon le régime ordinaire. En outre, étant soumises à un autre régime, les sociétés holding qui reviennent à un système ordinaire se trouvent dans une autre situation que les sociétés soumises de façon permanente au système ordinaire. Le grief de violation de l'égalité de traitement (sur cette notion, cf. ATF 137 V 334 consid. 6.2.1 p. 348; arrêt 2C 330/2013 du 10
septembre 2013 consid. 4.1) doit en conséquence être rejeté.

7.
La recourante reproche finalement à la Cour de justice d'avoir méconnu le principe de la bonne foi au motif que l'information que lui a fournie l'Administration fiscale aurait été insuffisante et trompeuse s'agissant des conséquences de la fin du régime holding. Elle soutient que l'Administration fiscale aurait dû l'avertir en 1997 et en 2004 que les pertes encourues sous le régime holding ne seraient pas reportables à la fin dudit régime. Elle allègue également que lorsque l'Administration fiscale l'a informée par courrier du 23 novembre 2006 que ses pertes ne seraient pas déductibles dans le cadre de ses activités de services, elle aurait dû ajouter que la recourante pouvait procéder à une réévaluation comptable de ses titres sans incidence sur son résultat; l'information contenue dans ce courrier serait en outre trompeuse, car la recourante pouvait légitimement en retirer que seuls les bénéfices découlant de son activité de services étaient concernés par la limitation du report de pertes, et non pas les éventuels bénéfices liés à sa précédente activité de société holding.

7.1. Les informations que la recourante a obtenues de l'Administration fiscale en 1997 puis en 2006 sont contenues dans ce que la pratique appelle des " statuts fiscaux " ou des " rulings ", que l'on peut définir, en reprenant la proposition de GANI, comme une approbation anticipée par l'autorité fiscale compétente d'un traitement proposé par le contribuable en référence à une opération envisagée à l'avenir ( RAPHAËL GANI, Ruling fiscal: un contrat de confiance?, in PHILIPPE MEIER/ALAIN PAPAUX (éd.), Risque (s) et droit, 2010, p. 125). Lorsqu'elle accorde un ruling, l'autorité fiscale ne joue toutefois pas un rôle de conseiller juridique (cf. ATF 126 II 514 consid. 3e p. 520). Il ne lui appartient donc pas de rendre attentif un contribuable sur les conséquences possibles de l'opération envisagée qui ne sont pas objet de la demande de ruling.

7.2. Les rulings ne constituent pas des décisions; ils ont néanmoins des conséquences juridiques pour l'autorité fiscale en vertu du principe de la bonne foi et de la protection de la confiance (ATF 126 II 514 consid. 3e p. 520).

Découlant directement de l'art. 9
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 9 Protezione dall'arbitrio e tutela della buona fede - Ognuno ha diritto d'essere trattato senza arbitrio e secondo il principio della buona fede da parte degli organi dello Stato.
Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration. Le principe de la bonne foi protège ainsi les administrés en cas de renseignement erroné fourni par l'autorité (sur les conditions de la bonne foi, cf. notamment ATF 137 II 182 consid. 3.6.2 p. 193 et les références citées; arrêt 2C 603/2012 du 10 décembre 2012 consid. 4).

7.3. En l'espèce, la recourante se limite à reprocher à l'autorité fiscale de lui avoir fourni une information insuffisante et trompeuse, sans faire valoir ni a fortiori démontrer qu'elle aurait reçu un renseignement erroné de sa part.

Au demeurant, on ne discerne aucune violation du principe de la bonne foi. En effet, l'Administration fiscale n'avait pas l'obligation de fournir spontanément des renseignements sur les conséquences de la fin du régime holding. Dans son courrier du 23 novembre 2006, elle a toutefois expressément attiré l'attention de la recourante qu'elle n'accepterait pas le report des pertes encourues sous le régime holding dans le cadre de ses activités de services. Il ne s'agit à l'évidence pas là d'un renseignement erroné.

Finalement, la recourante ne saurait faire valoir que cette information était trompeuse et qu'elle pouvait être comprise comme une admission du report de pertes en relation avec la plus-value générée pas la vente des titres, une telle interprétation étant contraire aux règles sur le report de pertes qui visent à compenser le bénéfice net (cf. ci-dessus consid. 5.3), ce que la recourante, dûment représentée par un mandataire professionnel, devait savoir.

8.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Les frais judiciaires seront mis à la charge de la recourante (art. 66 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
LTF). Le canton n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 3
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.

3. Le présent arrêt est communiqué au représentant de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 18 février 2014

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Zünd

La Greffière: Vuadens