Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C_319/2012

Urteil vom 17. Oktober 2012
II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Zünd, Präsident,
Bundesrichterin Aubry Girardin,
Bundesrichter Stadelmann,
Gerichtsschreiberin Genner.

Verfahrensbeteiligte
X.________,
Beschwerdeführer, vertreten durch Dr. Daniel Schär, Rechtsanwalt, und Barbara Stötzer, Rechtsanwältin,

gegen

Kantonales Steueramt Zürich, Dienstabteilung Spezialdienste, Bändliweg 21, Postfach, 8090 Zürich.

Gegenstand
Nachsteuer (Direkte Bundessteuer 2001-2003),

Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 2. Kammer, vom 1. Februar 2012.

Sachverhalt:

A.
X.________ ist bei der Y.________ AG als Direktor angestellt, Mitglied des Verwaltungsrates und an der Gesellschaft massgeblich beteiligt. Für die direkten Bundessteuern 2001 bis 2003 wurde er mit steuerbaren Einkommen von Fr. 195'900.-- (2001), Fr. 186'600.-- (2002) und Fr. 160'000.-- (2003) rechtskräftig veranlagt.

B.
Mit Schreiben vom 10. Mai 2010 leitete das Kantonale Steueramt Zürich (nachfolgend: Steueramt) für die Steuerperioden 2001 bis 2003 ein Nachsteuer- und Bussenverfahren betreffend die Staats- und Gemeindesteuern sowie die direkte Bundessteuer ein. Zur Begründung führte das Steueramt aus, es bestehe der Verdacht auf Unterbesteuerung von Einkommen bzw. auf Steuerverkürzung durch eine Pflichtverletzung im Einschätzungsverfahren.
Am 13. Juli 2011 auferlegte das Steueramt X.________ u.a. betreffend die direkte Bundessteuer eine Nachsteuer von Fr. 21'067.20 sowie eine Busse von Fr. 12'266.10.

C.
Mit Sprungbeschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich vom 19. August 2011 focht X.________ die Verfügung vom 13. Juli 2011 betreffend die direkte Bundessteuer an. Das Verwaltungsgericht hiess die Beschwerde teilweise gut, indem es - aufgrund der Anwendung eines anderen Tarifs und entsprechend dem Antrag des Steueramtes - die Nachsteuer samt Zins auf Fr. 20'832.55 herabsetzte.

D.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 5. April 2012 beantragt X.________ vor Bundesgericht, für die Steuerperioden 2001 bis 2003 keine Nachbesteuerung vorzunehmen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Steueramt und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:

1.
1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen, verfahrensabschliessenden Entscheid über die direkte Bundessteuer. Dagegen steht gemäss Art. 82 lit. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
, Art. 86 Abs. 1 lit. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
und Art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
BGG in Verbindung mit Art. 146
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 146 - Gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen kann nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005241 beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden. Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist auch die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer berechtigt.
des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Der Beschwerdeführer ist gemäss Art. 89 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
BGG zur Beschwerde legitimiert. Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist daher einzutreten.

1.2 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
und 96
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 96 Ausländisches Recht - Mit der Beschwerde kann gerügt werden:
a  ausländisches Recht sei nicht angewendet worden, wie es das schweizerische internationale Privatrecht vorschreibt;
b  das nach dem schweizerischen internationalen Privatrecht massgebende ausländische Recht sei nicht richtig angewendet worden, sofern der Entscheid keine vermögensrechtliche Sache betrifft.
BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
BGG). Dabei prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
und 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
BGG), nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 135 II 384 E. 2.2.1 S. 389). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht prüft es hingegen nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
BGG).

1.3 Der Beurteilung von Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
. BGG) liegt der Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
BGG). Diesen kann das Bundesgericht von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn er offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinn von Art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
BGG beruht (Art. 105 Abs. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
BGG). Zu den Rechtsverletzungen im Sinn von Art. 95 lit. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
BGG gehört auch die unvollständige Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen (Urteile 9C_53/2008 vom 18. Februar 2009 E. 1.3; 9C_40/2007 vom 31. Juli 2007 E. 1; ULRICH MEYER/JOHANNA DORMANN, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 25, 36 und 59 zu Art. 105; SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007, N. 24 zu Art. 97
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
BGG) und die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes als einer wesentlichen Verfahrensvorschrift (MEYER/DORMANN, a.a.O., N. 60 zu Art. 105
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
BGG; Urteile 9C_53/2008 vom 18. Februar 2009 E. 1.3; 8C_364/2007 vom 19. November 2007 E. 3.3). Die Rüge, der Sachverhalt sei offensichtlich unrichtig bzw. unvollständig festgestellt worden (vgl. Art. 97 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
BGG), ist gleichzusetzen mit der Willkürrüge (BGE 138 I 49 E. 7.1 S. 51; 137 I 58 E. 4.1.2 S. 62; 133
II 249
E. 1.2.2 S. 252).

2.
2.1 Nach Art. 151
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 151 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
2    Hat der Steuerpflichtige Einkommen, Vermögen und Reingewinn in seiner Steuererklärung vollständig und genau angegeben und das Eigenkapital zutreffend ausgewiesen und haben die Steuerbehörden die Bewertung anerkannt, so kann keine Nachsteuer erhoben werden, selbst wenn die Bewertung ungenügend war.245
DBG wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert, falls sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, ergibt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist oder eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen ist (Abs. 1). Hat der Steuerpflichtige Einkommen, Vermögen und Reingewinn in seiner Steuererklärung vollständig und genau angegeben und das Eigenkapital zutreffend ausgewiesen und haben die Steuerbehörden die Bewertung anerkannt, so kann keine Nachsteuer erhoben werden, selbst wenn die Bewertung ungenügend war (Abs. 2).

2.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, es fehle an der Voraussetzung für die Vornahme einer Nachsteuerveranlagung, weil keine neuen Tatsachen im Sinn von Art. 151 Abs. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 151 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
2    Hat der Steuerpflichtige Einkommen, Vermögen und Reingewinn in seiner Steuererklärung vollständig und genau angegeben und das Eigenkapital zutreffend ausgewiesen und haben die Steuerbehörden die Bewertung anerkannt, so kann keine Nachsteuer erhoben werden, selbst wenn die Bewertung ungenügend war.245
DBG vorgelegen hätten. Die Steuerbehörden hätten lediglich eine neue rechtliche Beurteilung betreffend den Zuflusszeitpunkt der Boni vorgenommen.
Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden. Zwar stellt die Festlegung des Zuflusszeitpunktes von Boni effektiv eine Rechtsfrage dar. Die Beurteilung dieser Rechtsfrage setzt jedoch ein Tatsachenfundament voraus, hier konkret welche Boni wann und in welcher Weise gutgesprochen wurden bzw. wie der Anspruch auf die fraglichen Boni entstanden war. Vorliegend ist diesbezüglich die Feststellung der Vorinstanz relevant, dass die jeweiligen Boni von der Arbeitgeberin in den Lohnausweis integriert (bzw. nicht separat ausgewiesen) wurden. Daraus ergibt sich, dass für das Steueramt weder ersichtlich war, dass Boni deklariert wurden, noch um welche Boni es sich handelte und wie der Anspruch darauf entstanden war. Die Vorinstanz hat daher im Ergebnis zu Recht festgehalten, dass die diesbezüglichen Informationen neue Tatsachen im Sinn von Art. 151 Abs. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 151 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
2    Hat der Steuerpflichtige Einkommen, Vermögen und Reingewinn in seiner Steuererklärung vollständig und genau angegeben und das Eigenkapital zutreffend ausgewiesen und haben die Steuerbehörden die Bewertung anerkannt, so kann keine Nachsteuer erhoben werden, selbst wenn die Bewertung ungenügend war.245
DBG darstellten. Das Steueramt durfte somit ein Nachsteuerverfahren einleiten, um zu prüfen, ob eine Nachsteuer aufzuerlegen war.

2.3 Der Beschwerdeführer bringt im Weiteren vor, er habe die zur Diskussion stehenden Boni zum richtigen Zeitpunkt deklariert und versteuert. Die Vorinstanz und die Beschwerdegegnerin würden zur Beantwortung dieser Rechtsfrage zu Unrecht nur auf den Zeitpunkt der Auszahlung bzw. der Bestätigung der Bonusabrechnung im Verwaltungsratsbeschluss abstellen. Er stellt damit den Realisationszeitpunkt der fraglichen Einkünfte zur Diskussion.
2.3.1 Nach Art. 17 Abs. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 17 - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus privatrechtlichem oder öffentlich-rechtlichem Arbeitsverhältnis mit Einschluss der Nebeneinkünfte wie Entschädigungen für Sonderleistungen, Provisionen, Zulagen, Dienstalters- und Jubiläumsgeschenke, Gratifikationen, Trinkgelder, Tantiemen, geldwerte Vorteile aus Mitarbeiterbeteiligungen und andere geldwerte Vorteile.24
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus privatrechtlichem oder öffentlich-rechtlichem Arbeitsverhältnis mit Einschluss der Nebeneinkünfte wie Entschädigungen für Sonderleistungen, Provisionen, Zulagen, Dienstalters- und Jubiläumsgeschenke, Gratifikationen, Trinkgelder, Tantiemen, geldwerte Vorteile aus Mitarbeiterbeteiligungen und andere geldwerte Vorteile.24
1bis    Die vom Arbeitgeber getragenen Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung einschliesslich Umschulungskosten, stellen unabhängig von deren Höhe keinen anderen geldwerten Vorteil im Sinne von Absatz 1 dar.25
2    Kapitalabfindungen aus einer mit dem Arbeitsverhältnis verbundenen Vorsorgeeinrichtung oder gleichartige Kapitalabfindungen des Arbeitgebers werden nach Artikel 38 besteuert.
DBG sind steuerbar alle Einkünfte aus privatrechtlichem oder öffentlich-rechtlichem Arbeitsverhältnis mit Einschluss der Nebeneinkünfte wie Entschädigungen für Sonderleistungen, Provisionen, Zulagen, Dienstalters- und Jubiläumsgeschenke, Gratifikationen, Trinkgelder, Tantiemen und andere geldwerte Vorteile. Grundsätzlich ist für die Einkommensbesteuerung der Zeitpunkt entscheidend, in welchem die steuerpflichtige Person eine Leistung vereinnahmt oder einen festen Rechtsanspruch darauf erwirbt, über den sie tatsächlich verfügen kann. Voraussetzung des steuerauslösenden Zuflusses ist demnach ein abgeschlossener Erwerbsvorgang, welcher Forderungs- oder Eigentumserwerb sein kann (MARKUS REICH, Steuerrecht, 2. Aufl. 2012, S. 222 f. Rz. 51). Nicht massgebend ist der Forderungserwerb, wenn die Befriedigung des Anspruchs unsicher ist; diesfalls ist mit der Besteuerung bis zur tatsächlichen Erfüllung zuzuwarten (BGE 105 Ib 238 E. 4a S. 242 mit Hinweisen). Abzustellen ist demnach auf den Zeitpunkt, in dem der Steuerpflichtige eine rechtlich und tatsächlich durchsetzbare Forderung auf die einkommensbildende Leistung erworben hat. Es muss dabei sowohl hinsichtlich des Bestands als auch hinsichtlich des Umfangs der
Forderung Gewissheit bestehen, wobei es genügt, wenn die Höhe der Forderung nach objektiven Kriterien bestimmbar ist (vgl. REICH, a.a.O., S. 223 f. Rz. 53).
2.3.2 Vorliegend hat die Vorinstanz sachverhaltsmässig - und damit für das Bundesgericht verbindlich - festgestellt, die zur Diskussion stehenden Boni seien Mitte Dezember des jeweiligen Geschäftsjahres grundsätzlich bestimmbar gewesen. Im Sinn der vorstehenden Ausführungen (vgl. E. 2.3.1) bestand demnach in diesem Zeitpunkt hinsichtlich des Umfangs der Forderung die notwendige Gewissheit.
2.3.3 Was die Gewissheit über den Bestand der Forderungen anbelangt, stellte die Vorinstanz sodann fest, in allen streitbetroffenen Kalenderjahren habe der hierfür zuständige Verwaltungsrat erst im Folgejahr, anlässlich seiner ersten Sitzung (Ende Januar oder Anfang Februar), Beschluss über die Höhe der Bonuszahlungen an die Geschäftsleitung gefasst. Sie schliesst daraus, dass dem Beschwerdeführer die fraglichen Boni erst mit diesem Beschluss, somit jeweils im auf das entsprechende Geschäftsjahr folgenden Kalenderjahr, zugeflossen seien.
Der Beschwerdeführer bringt dagegen vor, er habe bereits aufgrund des Arbeitsvertrags für seine Leistungen in jedem Geschäftsjahr Anspruch auf Bonus, und verweist auf den Arbeitsvertrag zwischen ihm und der Y.________ AG, vom 4. November 1986. Vertraglich sei genau festgelegt worden, wie sich der Bonus des Steuerpflichtigen berechne. Damit bestehe für jedes Jahr ein Rechtsanspruch, der privatrechtlich durchsetzbar sei. Ferner legt der Beschwerdeführer dar, für das Vorliegen einer den Zufluss aufschiebenden Unsicherheit der Bonusforderung gebe es keinerlei Anhaltspunkte. Der Bonus sei stets in der beantragten Höhe genehmigt und zeitnah ausbezahlt worden. Weiter sei der Bonus jeweils im Lohnausweis für das fragliche Kalenderjahr bestätigt worden. Ergänzend führt er aus, selbst wenn es keine vertragliche Bonusregelung gäbe, wäre festzustellen, dass er über viele Jahre hinweg stets einen Bonus erhalten habe und dass sich dieser nach konstanten Grundsätzen bestimmte. Nach herrschender Lehre und Rechtsprechung im Arbeitsrecht genüge die ununterbrochene, über mehrere Jahre erfolgende Ausrichtung eines freiwilligen Bonus zur Annahme, dass ein Bonus vertraglich geschuldet sei; ein Rechtsanspruch auf Zahlung von Boni bestehe bereits nach
dreimaliger Auszahlung in den Vorjahren. Hinsichtlich der Höhe des so erworbenen Bonusanspruchs stehe nach Lehre und Rechtsprechung fest, dass der Arbeitnehmer die Ausrichtung nach denselben Kriterien verlangen könne, wenn sich der ausbezahlte Bonus über die Jahre hinweg einigermassen proportional nach dem Geschäftsergebnis richte.
Das angefochtene Urteil enthält bezüglich dieser Ausführungen des Beschwerdeführers keine sachverhaltlichen Feststellungen, weil sich die Vorinstanz lediglich auf den Beschluss des Verwaltungsrates konzentriert und daraus ihre Schlussfolgerungen gezogen hat. Der Beschwerdeführer hat jedoch bereits vor der Vorinstanz geltend gemacht, er habe seit dem Jahr 1987 die für die Festlegung der jährlichen Bonuszahlungen massgebenden Berechnungen jeweils Mitte Dezember eines jeden Jahres erstellt. Eine jährliche Bonuszahlung an eine seit Jahren unverändert gebliebene Anzahl Funktionsträger sei von der Arbeitgeberin schon seit Jahren vor Eintritt des Beschwerdeführers in die Firma ausbezahlt worden. Dabei seien die Berechnungsparameter seit Jahren unverändert geblieben und dann vom Beschwerdeführer ab dem Jahr 1987 auch in gleicher Art und Weise übernommen und jährlich gemäss Zwischenstand per Mitte Dezember anhand des vorbestehenden Berechnungsschemas (Vereinbarung für die Bonusregelung vom 10. Juni 1998) aktualisiert worden. Anlässlich der ersten Verwaltungsratssitzung eines jeden Geschäftsjahres im Januar oder Anfang Februar sei dann die Höhe der vom Beschwerdeführer Mitte Dezember errechneten Bonuszahlungen vom Verwaltungsrat abgesegnet
worden. Wie schon bei den Bonusberechnungen durch seinen Vorgänger in den Vorjahren sei es auch bei denjenigen durch den Beschwerdeführer nie vorgekommen, dass die Mitte Dezember errechnete Höhe der Bonuszahlungen vom Verwaltungsrat abgeändert worden sei.
Die vom Beschwerdeführer dem Bundesgericht in diesem Zusammenhang vorgelegten Dokumente (Arbeitsvertrag zwischen ihm und der Y.________ AG, vom 4. November 1986; Vereinbarung für die Bonusregelung zwischen ihm und einem anderen Verwaltungsratsmitglied vom 10. Juni 1998) stellen neue Beweismittel dar. Diese dürfen gemäss Art. 99 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 99 - 1 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt.
1    Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt.
2    Neue Begehren sind unzulässig.
BGG vor Bundesgericht nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Im vorliegenden Fall hätten die genannten Dokumente bereits der Vorinstanz vorgelegt werden können, weshalb sie als Beweismittel im bundesgerichtlichen Verfahren grundsätzlich unzulässig sind (vgl. Urteil 5A_115/2012 vom 20. April 2012 E. 4.2.2; BGE 136 III 123 E. 4.4.3 S. 128 f.).
Es ergibt sich jedoch auch ohne Berücksichtigung dieser Beweismittel, dass über den Bestand der Bonusforderung bereits bei deren Berechnung Mitte Dezember grundsätzlich Gewissheit bestand. Aufgrund des langjährigen Arbeitsverhältnisses und der regelmässigen Ausrichtung der Boni verfügte der Beschwerdeführer über einen Rechtsanspruch auf Ausrichtung von Boni als Arbeitsentgelt. Indem die Gesellschaft diese in den Lohnausweis für das entsprechende Kalenderjahr integrierte, dokumentierte sie ihren Willen, dass der entsprechende Anspruch per Ende Geschäftsjahr zu anerkennen sei. Dass der formelle Beschluss durch den Verwaltungsrat jeweils erst im darauf folgenden Kalenderjahr im Januar oder Anfang Februar erfolgte, ist daher, entgegen der Auffassung der Vorinstanz, bei der vorliegenden Sachlage nicht entscheidend.
2.3.4 Damit steht fest, dass bezüglich der fraglichen Boni am Ende des jeweiligen Kalenderjahres, für welches sie ausbezahlt wurden, sowohl hinsichtlich ihres Bestands als auch hinsichtlich ihres Umfangs Gewissheit bestand. Dementsprechend ist von einem festen Rechtsanspruch des Beschwerdeführers zu diesem Zeitpunkt auszugehen, und die Boni wurden jeweils im Kalenderjahr realisiert, für welches sie ausgerichtet wurden.

2.4 Zusammengefasst ist die vom Beschwerdeführer vorgenommene Deklaration der Boni für die vorliegend relevanten Steuerperioden 2001 bis 2003 nicht zu beanstanden und die Steuerbehörden haben zu Unrecht eine Nachbesteuerung vorgenommen. Dementsprechend entfällt auch die Basis für die Busse wegen Steuerhinterziehung.
Bei diesem Ergebnis erübrigt es sich, auf die weiteren Rügen des Beschwerdeführers einzugehen.

3.
3.1 Die Beschwerde ist demnach gutzuheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 1. Februar 2012 ist aufzuheben.

3.2 Dem Verfahrensausgang entsprechend sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 e
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
contrario und Art. 66 Abs. 4
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
BGG). Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
BGG). Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wird über die Kostenverteilung für das kantonale Verfahren neu zu befinden haben.

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 1. Februar 2012 wird aufgehoben.

2.
Es werden keine Kosten erhoben.

3.
Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.

4.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.

5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 17. Oktober 2012

Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts

Der Präsident: Zünd

Die Gerichtsschreiberin: Genner