Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C_297/2012, 2C_300/2012

Urteil vom 17. Oktober 2012
II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Zünd, Präsident,
Bundesrichter Kneubühler,
nebenamtlicher Bundesrichter Locher,
Gerichtsschreiber Winiger.

Verfahrensbeteiligte
2C_297/2012
Kantonales Steueramt Zürich,
Dienstabteilung Recht, Postfach, 8090 Zürich,
Beschwerdeführer,

gegen

X.________,
Beschwerdegegnerin, vertreten durch KPMG AG,

und

2C_300/2012
X.________,
Beschwerdeführerin, vertreten durch KPMG AG,

gegen

Kantonales Steueramt Zürich,
Dienstabteilung Recht, Postfach, 8090 Zürich, Beschwerdegegner.
Gegenstand
Direkte Bundessteuer 2005,

Beschwerden gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 2. Kammer, vom 15. Februar 2012.

Sachverhalt:

A.
Der 1995 verstorbene Y.________ war Alleinaktionär der Bauunternehmung Y.________ AG und der Y.________ Immobilien AG. Daneben handelte er mit Liegenschaften, weshalb er für einen 1979 erfolgten Grundstücksverkauf als selbständiger Liegenschaftenhändler behandelt wurde. Nach seinem Tode im Februar 1995 übernahm die Ehefrau, X.________, die Aktien der Y.________ Immobilien AG. Diese verkaufte sie am 17. Februar 2005 (bei einem Nominalwert der Aktien von Fr. 200'000.--) zum Preis von Fr. 14'500'000.--.

B.
In der Veranlagungsverfügung vom 1. Februar 2008 für die Steuerperiode 2005 wurde X.________ die Differenz zwischen dem Verkaufspreis und dem Nominalwert der Aktien, abzüglich der darauf geschuldeten AHV-Beiträge in der Höhe von Fr. 1'366'651.--, d.h. Fr. 12'933'349.-- bei der direkten Bundessteuer als Einkommen aufgerechnet. Daraus ergab sich ein steuerbares Einkommen von Fr. 14'418'000.--; das Kantonale Steueramt bestätigte die Veranlagung mit Entscheid vom 3. Oktober 2008.

Die dagegen erhobene Beschwerde von X.________ wies die damalige Steuerrekurskommission II (heute: Steuerrekursgericht) am 6. März 2009 ab. Das daraufhin angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess die Beschwerde von X.________ am 30. September 2009 teilweise gut und wies die Sache zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid im Sinne der Erwägungen an die Steuerrekurskommission II zurück. Auf eine dagegen gerichtete Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten der Steuerpflichtigen trat das Bundesgericht am 6. April 2010 nicht ein (Urteil 2C_814/2009). Am 1. Juni 2010 hiess die Steuerrekurskommission II (im 2. Rechtsgang) die Beschwerde teilweise gut und wies die Sache zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid im Sinne der Erwägungen des Verwaltungsgerichts an das Kantonale Steueramt zurück. Eine dagegen erhobene Beschwerde des Kantonalen Steueramts hiess das Verwaltungsgericht am 17. November 2010 gut und wies die Sache an die Steuerrekurskommission zurück mit der Weisung, die Untersuchungen selber durchzuführen. Mit Entscheid vom 29. Juni 2011 hiess das Steuerrekursgericht (im 3. Rechtsgang) die Beschwerde teilweise gut und nahm - weisungsgemäss - die Überführung der fraglichen Aktien ins
Geschäftsvermögen des Liegenschaftshandels erst per 1979 an. Sie ging von einem geschätzten Überführungswert von Fr. 3'400'000.-- aus und ermittelte einen leicht reduzierten Gewinn aus Aktienverkauf von Fr. 11'100'000.-- (Fr. 14'500'000.-- ./. Fr. 3'400'000.--) bzw. nach Berücksichtigung der AHV-Beiträge von Fr. 9'990'000.-- (statt Fr. 12'933'349.--). Entsprechend setzte sie das steuerbare Einkommen von X.________ für die Steuerperiode 2005 neu auf Fr. 11'474'657.-- fest. Soweit es darauf eintrat, wies das Verwaltungsgericht mit Urteil vom 15. Februar 2012 Beschwerden des Kantonalen Steueramtes einerseits und von X.________ andererseits hiergegen ab.

C.
Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 15. Februar 2012 führen sowohl das Kantonale Steueramt (Verfahren 2C_297/2012) als auch X.________ (Verfahren 2C_300/2012) mit Eingaben vom 27. bzw. 28. März 2012 Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Das Kantonale Steueramt beantragt, das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und der Einspracheentscheid des Steueramts vom 3. Oktober 2008 sei zu bestätigen (2C_297/2012). X.________ beantragt, das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass die Beteiligung an der Y.________ Immobilien AG dem Privatvermögen von X.________ angehöre und der aus dem Verkauf dieser Aktien erzielte Gewinn bei ihr deshalb nicht steuerbar sei (2C_300/2012). Eventualiter beantragt sie, die Sache sei an das Kantonale Steueramt Zürich zurückzuweisen zur Erfassung der Differenz zwischen dem Überführungswert der Aktien per Ende 1992 von Fr. 9'327'190.-- und dem Verkaufserlös unter Berücksichtigung der AHV-Beiträge.

D.
Während X.________ und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen, die Beschwerde des Kantonalen Steueramtes Zürich sei abzuweisen, schliesst die Eidgenössische Steuerverwaltung auf deren Gutheissung; demgegenüber beantragen sämtliche zur Vernehmlassung aufgeforderten Instanzen, nämlich das Kantonale Steueramt Zürich, das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung, die Beschwerde von X.________ sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.

E.
Mit Verfügung vom 3. April 2012 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch von X.________ um aufschiebende Wirkung (im Verfahren 2C_300/2012) abgewiesen.

Erwägungen:

1.
1.1 Die vorliegenden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien, richten sich gegen denselben Entscheid und werfen identische Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 71 - Wo dieses Gesetz keine besonderen Bestimmungen über das Verfahren enthält, sind die Vorschriften des BZP30 sinngemäss anwendbar.
BGG in Verbindung mit Art. 24
SR 273 Bundesgesetz vom 4. Dezember 1947 über den Bundeszivilprozess
BZP Art. 24
1    Mehrere Ansprüche des Klägers gegen denselben Beklagten können in der gleichen Klage geltend gemacht werden, wenn das Bundesgericht für jeden einzelnen Anspruch zuständig ist. Dieses Erfordernis gilt nicht für Nebenansprüche.
2    Mehrere Personen können in der gleichen Klage als Kläger auftreten oder als Beklagte belangt werden:
a  wenn sie mit Rücksicht auf den Streitgegenstand in Rechtsgemeinschaft stehen oder aus dem gleichen tatsächlichen und rechtlichen Grunde berechtigt oder verpflichtet sind. Der Richter kann einen Dritten, der in der Rechtsgemeinschaft steht, zum Streite beiladen. Der Beigeladene wird Partei.
b  wenn gleichartige, auf einem im Wesentlichen gleichartigen tatsächlichen und rechtlichen Grunde beruhende Ansprüche den Streitgegenstand bilden und die Zuständigkeit des Bundesgerichts für jeden einzelnen Anspruch begründet ist.
3    Der Richter kann jederzeit verbundene Klagen trennen, wenn er es für zweckmässig hält.
BZP; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).

1.2 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid über die direkten Steuern des Bundes. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
. BGG in Verbindung mit Art. 146
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 146 - Gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen kann nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005241 beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden. Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist auch die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer berechtigt.
des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Auf die form- und fristgerecht eingereichten Beschwerden der gemäss Art. 89 Abs. 2 lit. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
BGG (Verfahren 2C_297/2012) bzw. Art. 89 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
BGG (Verfahren 2C_300/2012) legitimierten Beschwerdeführer ist grundsätzlich einzutreten. Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde 2C_300/2012 insoweit, als neben dem Antrag auf Nichtbesteuerung des Gewinns aus dem Verkauf der Aktien noch ein Feststellungsbegehren gestellt wird, besteht doch hierfür kein schutzwürdiges Interesse (vgl. BGE 126 II 300 E. 2c S. 303 f.).

1.3 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
BGG (Art. 105 Abs. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
bzw. Art. 97 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
BGG).

1.4 Gemäss Art. 42 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Diesen Begründungsanforderungen genügt die Beschwerdeschrift im Verfahren 2C_300/2012 nur teilweise, indem sie sich weitgehend in appellatorischer Kritik am vorinstanzlichen Urteil erschöpft. Soweit die Begründungsanforderungen nicht erfüllt sind, kann auf die Beschwerde 2C_300/2012 nicht eingetreten werden.

2.
Es rechtfertigt sich, das Hauptbegehren der Beschwerde 2C_300/2012 der steuerpflichtigen Person, die einen steuerbaren Kapitalgewinn nach Art. 18 Abs. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
DBG grundsätzlich verneint, vorab (vgl. E. 3 und 4 hiernach) zu behandeln. Sollte diese Beschwerde gutzuheissen sein, würde sich die Beschwerde 2C_297/2012 des Kantonalen Steueramtes Zürich, die sich mit der Bemessung dieses Kapitalgewinns befasst, als gegenstandslos erweisen. Zusammen mit der letztgenannten Beschwerde 2C_297/2012 kann sodann (vgl. E. 5 hiernach) der Eventualantrag der Beschwerde 2C_300/2012 behandelt werden, wo es ebenfalls um Bemessungsfragen geht.

3.
3.1 Gemäss Art. 16
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 16 - 1 Der Einkommenssteuer unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte.
1    Der Einkommenssteuer unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte.
2    Als Einkommen gelten auch Naturalbezüge jeder Art, insbesondere freie Verpflegung und Unterkunft sowie der Wert selbstverbrauchter Erzeugnisse und Waren des eigenen Betriebes; sie werden nach ihrem Marktwert bemessen.
3    Die Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen sind steuerfrei.
DBG unterliegen der Einkommenssteuer alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte mit Ausnahme der Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen. Art. 18 Abs. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
DBG bestimmt, dass alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- oder Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit steuerbar sind. Zu den Einkünften aus selbständiger Erwerbstätigkeit gehören nach Art. 18 Abs. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
DBG auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Als Geschäftsvermögen gelten gemäss Art. 18 Abs. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
Satz 3 DBG alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit dienen. Ob ein Vermögensgegenstand dem Privat- oder Geschäftsvermögen zuzuordnen ist, ist aufgrund einer Würdigung aller in Betracht kommenden tatsächlichen Umstände zu entscheiden (BGE 125 II 113 E. 5b S. 120 f.; 122 II 446 E. 5a S. 452 f.; Urteile 2C_47/2012 und 2C_48/2012 vom 28. Juni 2012 E. 4.2; 2C_1023/2011 und 2C_1024/2011 vom 10. Mai 2012 E. 6.1; 2C_385/2011 vom 12. September 2011 E. 2.1, in: StE 2011 B 23.1 Nr. 72; je mit Hinweisen). Dabei ändert die Qualifikation eines Vermögensgegenstandes zum Geschäfts-
oder Privatvermögen durch den Erbgang allein nicht (Urteile 2A.698/2004 vom 8. Mai 2006 E. 3.3, in: StE 2006 B 23.2 Nr. 33; 2A.52/2003 vom 23. Januar 2004 E. 3.1 mit Hinweisen, in: ASA 74 S. 737).

3.2 Umstritten ist hier, ob mit dem Verkauf sämtlicher Aktien der Y.________ Immobilien AG ein Kapitalgewinn auf beweglichem Geschäftsvermögen gemäss Art. 18 Abs. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
DBG realisiert wurde, indem diese Beteiligungsrechte zum Geschäftsvermögen der Einzelfirma des verstorbenen Y.________ bzw. dessen Rechtsnachfolgerin gehörten. Bei einem Alternativgut, das sowohl in Beziehung zur Geschäftstätigkeit der steuerpflichtigen Person stehen als auch ausschliesslich privat verwendet werden kann, ist massgebend, welchem Bereich der Vermögensgegenstand in Anbetracht seiner technisch-wirtschaftlichen Funktion tatsächlich dient (vgl. PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, Rz. 145 zu Art. 18
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
DBG; YVES NOËL, in: Commentaire romand de l'impôt fédéral direct, 2008, N. 71 zu Art. 18
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
DBG; MARKUS REICH, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/2a, 2. Aufl. 2008, N. 48 zu Art. 18
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
DBG; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, Rz. 97 zu Art. 18
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
DBG).

Im Urteil 2A.431/2000 vom 9. April 2001 E. 4c, in: ASA 71 S. 288, präzisierte das Bundesgericht seine Praxis zur Zuordnung von Beteiligungen in Fällen, in denen die steuerpflichtigen Personen nebenher noch einen geschäftlichen Betrieb führen. Dabei bezog es sich auf zwei frühere, nicht amtlich publizierte Entscheide (Urteile 2A.17/1989 vom 28. Juni 1989 E. 4a; 2A.110/1989 vom 17. November 1989 E. 2c). Im jüngeren der beiden Präjudizien hat das Bundesgericht festgehalten, welche wirtschaftlichen Aspekte für die Zuordnungsfrage relevant sind: Eine wirtschaftliche Beziehung zwischen der Beteiligung und dem Geschäft des Steuerpflichtigen ist insbesondere dann anzunehmen, wenn der Erwerb der Beteiligung der Einzelunternehmung erlaubt, auf eine in einem verwandten Gebiet tätige Unternehmung einen beherrschenden Einfluss auszuüben. Mit einer solchen Beteiligung erweitert der Steuerpflichtige sein Geschäft. Es muss deshalb angenommen werden, der Steuerpflichtige habe eine solche Beteiligung zum Zwecke der Gewinnerzielung in seinem Geschäft erworben, weshalb sie zu seinem Geschäftsvermögen zu rechnen ist. Indes genügt zur Annahme von Geschäftsvermögen in einem solchen Falle nicht, dass zwischen dem in Form der Einzelfirma und dem von der
Aktiengesellschaft geführten Betrieb enge wirtschaftliche Beziehungen bestehen. Erforderlich ist in dem Falle der - in den tatsächlichen Verhältnissen zum Ausdruck gebrachte und verwirklichte - Wille des Steuerpflichtigen, die Beteiligung der Gewinnerzielung in seinem Betrieb zu widmen (Urteil 2A.110/1989 vom 17. November 1989 E. 2c).
Entsprechend führte das Bundesgericht im erwähnten Urteil 2A.431/2000 in E. 4c aus, dass eine wirtschaftliche Verflechtung zwischen dem Unternehmen des Steuerpflichtigen und der Aktiengesellschaft, an der er beteiligt ist, noch nicht für eine Zuordnung der Aktien zu seinem Vermögen genügt. Massgebendes Kriterium ist der Wille des Betreffenden, seine Beteiligungsrechte konkret dazu zu nutzen, um das Geschäftsergebnis seines eigenen Unternehmens zu verbessern. Die neuere bundesgerichtliche Praxis zu dieser Problematik (Urteile 2C_47/2012 und 2C_48/2012 vom 28. Juni 2012 E. 4.2; 2C_1023/2011 und 2C_1024/2011 vom 10. Mai 2012 E. 6.2; 2C_361/2011 und 2C_364/2011 vom 8. November 2011 E. 2.4.2; 2C_349/2009 vom 16. November 2009 E. 4.2.2) bezieht sich durchwegs auf dieses Grundsatzurteil.

4.
4.1 Hier hat die Vorinstanz in für das Bundesgericht bindender Weise (vgl. E. 1.3 hiervor) festgestellt, zwischen der selbständigen Erwerbstätigkeit von Y.________ als Liegenschaftenhändler und der Y.________ Immobilien AG habe eine enge wirtschaftliche Beziehung bestanden. Er habe massgebenden Einfluss auf die Y.________ AG und die Y.________ Immobilien AG gehabt und sie in seinem Gesamtgefüge der Immobilientätigkeit nach seinem Willen so einsetzen können, dass er das Geschäftsergebnis aller Gesellschaften (d.h. auch des Liegenschaftshandelsbetriebs) zu verbessern in der Lage war (vgl. angefochtener Entscheid E. 2.2.2). Im Übrigen anerkennt selbst die Steuerpflichtige in Ziff. 60 f. ihrer Beschwerdeschrift, dass sich die enge wirtschaftliche Beziehung tatsächlich (d.h. zu einem bestimmten Zeitpunkt) im erforderlichen Ausmass manifestierte. Damit liegt die Zugehörigkeit der Aktien der Y.________ Immobilien AG zum Geschäftsvermögen des Liegenschaftshandelsbetriebs auf der Hand. Daran vermag weder der Übergang dieser Aktien von Todes wegen auf die steuerpflichtige Person noch der Umstand, dass für den Liegenschaftshandelsbetrieb gar keine Bücher geführt wurden, etwas zu ändern.

4.2 Was die Steuerpflichtige dagegen einwendet, überzeugt - abgesehen davon, dass sich ihre Vorbringen weitgehend in appellatorischer Kritik am vorinstanzlichen Urteil (vgl. E. 1.4 hiervor) erschöpfen - nicht: Sie hält dafür, die Aktien der Y.________ Immobilien AG hätten mit dem Vermögensübergang von Todes wegen auf die steuerpflichtige Person zu Privatvermögen mutiert, was wie bereits erwähnt (vgl. E. 3.1 in fine hiervor) nicht zutrifft. Im Übrigen kann ein Vermögensgegenstand im Geschäftsvermögen durch blossen Zeitablauf nicht in das Privatvermögen übergehen (BGE 125 II 113 E. 6c/bb S. 127; vgl. auch Urteile 2C_948/2010 vom 31. Oktober 2011 E. 4.1; 2C_16/2009 vom 26. August 2009 E. 3.1.2).

Auch das Vorbringen, die Steuerbehörde habe die Deklaration als Privatvermögen stets anerkannt und nie eine Buchhaltung verlangt, dringt nicht durch: Gemäss Praxis spielt der Umstand, dass die fraglichen Aktien von der steuerpflichtigen Person als Privatvermögen eingestuft wurden und die Steuerbehörden diese Qualifikation nicht beanstandet hatten, keine entscheidende Rolle (Urteil 2C_361/2011 und 2C_364/2011 vom 8. November 2011 E. 3.3). Auch der Übergang vom Bundessteuerbeschluss auf das DBG ist in dieser Hinsicht nicht relevant (vgl. Urteil 2A.698/2004 vom 8. Mai 2006 E. 3.3, in: StE 2006 B 23.2 Nr. 33), zumal die neue Präponderanzmethode vor allem für Liegenschaften gilt. Im Übrigen ist es nicht Aufgabe der Steuerbehörde, nach dem 1. Januar 1995 verbindlich und aus eigenem Antrieb für jeden Vermögensgegenstand die Zugehörigkeit zum Privat- oder Geschäftsvermögen bekanntzugeben. Ohne eine entsprechende Meinungsäusserung der Steuerbehörde besteht aber keine irgendwie geartete Vertrauensgrundlage, womit auch kein Verstoss gegen Treu und Glauben vorliegen kann. Das von der Steuerpflichtigen mehrfach zitierte Urteil 2A.384/1999 vom 29. Mai 2000 ist im vorliegenden Zusammenhang ebenso wenig relevant, weil hier eine ("vererbte")
selbständige Erwerbstätigkeit vorliegt, deren (Weiter)Existenz von der steuerpflichtigen Person zu Unrecht in Abrede gestellt wird.

Damit steht als erstes Ergebnis fest, dass die veräusserten Aktien der Y.________ Immobilien AG zum Geschäftsvermögen des Liegenschaftshandelsbetriebs gehörten.

5.
5.1 Somit stellt sich noch die Frage der Bemessung des steuerbaren Kapitalgewinns (vgl. E. 2 hiervor). Grundsätzlich bemisst sich ein steuerbarer Kapitalgewinn auf Geschäftsvermögen nach der Differenz zwischen Buchwert und Erlös des veräusserten Vermögensgegenstands (Urteil 2A.425/1995 vom 23. Oktober 1996 E. 5b, in: ASA 66 S. 232 E. 5b; LOCHER, a.a.O., Rz. 85 zu Art. 18
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
DBG). Sofern nicht ein konkreter "Einbringungswert" zu einem bestimmten Zeitpunkt nachgewiesen werden kann, ist auf den Nominalwert der Aktien der Y.________ Immobilien AG abzustellen. Demgegenüber bezieht sich die Vorinstanz im Urteil vom 30. September 2009 auf die Rechtsprechung zum gewerbsmässigen Liegenschaftshandel, wo der durch Wertzuwachs erzielte Gewinn eines Liegenschaftenhändlers nur insoweit mit der Einkommenssteuer erfasst werden darf, als dieser Wertzuwachs in den Zeitraum nach dem Zeitpunkt der Aufnahme der Erwerbstätigkeit bzw. des Liegenschaftenhandels fällt (Urteil 2C_598/2007 vom 2. Juli 2008 E. 4.2, in: StR 63/2008 S. 864). Diese Rechtsprechung ist freilich nur für ordentliche Einkünfte nach Art. 18 Abs. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
DBG, nicht aber für ausserordentliche Kapitalgewinne nach Art. 18 Abs. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
DBG massgebend. Schon allein aus diesem Grund erweist sich die
Beschwerde des Kantonalen Steueramts (2C_297/2012) als begründet und ist gutzuheissen.

5.2 Selbst wenn man der Argumentation der Vorinstanz folgen würde, hätte Y.________ die selbständige Erwerbstätigkeit nicht erst 1979/80 mit dem Beginn der Verkaufstätigkeit von Liegenschaften, sondern schon viel früher aufgenommen. In der Aktennotiz vom 3. Oktober 1983 einer Besprechung vom 30. September 1983 mit dem zuständigen Steuerkommissär wird der Beginn dieser selbständigen Erwerbstätigkeit nicht näher umschrieben und insbesondere nicht zeitlich fixiert. Der im Eventualbegehren der Beschwerde 2C_300/2012 beantragte Beginn der selbständigen Erwerbstätigkeit per Dezember 1992 überzeugt ebenso wenig: Wohl traten damals "engere wirtschaftliche Beziehungen zwischen der Beteiligung an der Kapitalgesellschaft und dem Geschäft von Y.________ sel." zutage (Ziff. 61 der Beschwerdeschrift). Die Vorinstanzen gingen aber zu Recht schon für einen Zeitraum lange vorher von intensiven "Synergien" zwischen sämtlichen Gesellschaften des Unternehmers aus. Mangels einer anderen massgebenden Ausgangsgrösse ist damit auf den Nominalwert der Aktien der Y.________ Immobilien AG abzustellen.

6.
Damit erweist sich die Beschwerde des Kantonalen Steueramtes Zürich (2C_297/2012) als begründet und ist gutzuheissen, das angefochtene Urteil aufzuheben und das steuerbare Einkommen der Beschwerdegegnerin für die direkte Bundessteuer 2005 auf Fr. 14'418'000.-- festzusetzen. Demgegenüber ist die Beschwerde der Steuerpflichtigen (2C_300/2012) abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.

7.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind der Steuerpflichtigen aufzuerlegen (Art. 65 f
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 65 Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
1    Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
2    Die Gerichtsgebühr richtet sich nach Streitwert, Umfang und Schwierigkeit der Sache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien.
3    Sie beträgt in der Regel:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 200-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 200-100 000 Franken.
4    Sie beträgt 200-1000 Franken und wird nicht nach dem Streitwert bemessen in Streitigkeiten:
a  über Sozialversicherungsleistungen;
b  über Diskriminierungen auf Grund des Geschlechts;
c  aus einem Arbeitsverhältnis mit einem Streitwert bis zu 30 000 Franken;
d  nach den Artikeln 7 und 8 des Behindertengleichstellungsgesetzes vom 13. Dezember 200223.
5    Wenn besondere Gründe es rechtfertigen, kann das Bundesgericht bei der Bestimmung der Gerichtsgebühr über die Höchstbeträge hinausgehen, jedoch höchstens bis zum doppelten Betrag in den Fällen von Absatz 3 und bis zu 10 000 Franken in den Fällen von Absatz 4.
. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.
Die Verfahren 2C_297/2012 und 2C_300/2012 werden vereinigt.

2.
Die Beschwerde des Kantonalen Steueramtes Zürich (2C_297/2012) wird gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 15. Februar 2012 aufgehoben und das steuerbare Einkommen für die direkte Bundessteuer 2005 auf Fr. 14'418'000.-- festgesetzt.

3.
Die Beschwerde der Steuerpflichtigen (2C_300/2012) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.

4.
Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden der Steuerpflichtigen auferlegt.

5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 17. Oktober 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts

Der Präsident: Zünd

Der Gerichtsschreiber: Winiger