Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
1C 448/2012

Arrêt du 16 avril 2013
Ire Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Fonjallaz, Président,
Aemisegger et Merkli.
Greffière: Mme Mabillard.

Participants à la procédure
A.________, représentée par Me Olivier Wehrli, avocat,
recourante,

contre

CFF - Droits fonciers, case postale 345, 1001 Lausanne,
intimés,

Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement, par son président Jean-Marc Strubin, c/o Cour de justice, case postale 3108, 1211 Genève 3.

Objet
Expropriation (envoi en possession anticipé),

recours contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, Cour I, du 31 juillet 2012.

Faits:

A.
Le 5 mai 2008, l'Office fédéral des transports a approuvé les plans du projet ferroviaire Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse (ci-après: le CEVA). Ce projet, d'une longueur totale de 13,760 km, s'étend sur les communes de Genève, Lancy, Carouge, Veyrier, Cologny, Chêne-Bougeries, Chêne-Bourg et Thônex. La décision d'approbation accorde aux Chemins de fer fédéraux suisses (CFF) et à l'Etat de Genève le droit d'exproprier les propriétaires concernés selon les plans d'emprise et les tableaux des droits à exproprier. Elle prévoit en outre que les demandes d'indemnités présentées au cours de la mise à l'enquête seront transmises à la Commission fédérale d'estimation.
Par arrêt du 15 juin 2011, le Tribunal administratif fédéral a rejeté tous les recours dirigés contre la décision d'approbation précitée. Quelques opposants déboutés ont déféré cet arrêt au Tribunal fédéral et requis l'effet suspensif. Par ordonnance du 22 septembre 2011, le président de la Ire Cour de droit public du Tribunal fédéral a admis les requêtes d'effet suspensif en ce sens qu'aucuns travaux de gros oeuvre du tunnel de Champel (projet partiel 25, km 68.393 à 70.024) ne pouvaient être exécutés avant la décision finale. Les autres travaux liés à la construction du CEVA, en particulier ceux prévus dans le secteur de Thônex, pouvaient par conséquent être lancés. Ces travaux ont d'ailleurs débuté à la suite de l'ordonnance susmentionnée du Tribunal fédéral. Par quatre arrêts rendus le 15 mars 2012 (1C 342/2011, 1C 343/2011, 1C 344/2011 et 1C 348/2011), le Tribunal fédéral a finalement rejeté tous les recours interjetés contre l'arrêt précité du Tribunal administratif fédéral du 15 juin 2011.

B.
Par requêtes du 2 février 2012, les CFF ont sollicité l'envoi en possession anticipé des droits sur les parcelles 1562 et 1594 de la commune de Thônex, propriétés de A.________. Les CFF ont fait valoir que le chantier du CEVA devait impérativement débuter le 1er juin 2012 et que le non-respect de cette échéance aurait des conséquences considérables sur le calendrier des travaux et compromettrait les chances de mise en service de l'installation dans les délais impartis, ainsi que des conséquences désastreuses sur les plans financiers et opérationnels.
La Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement (ci-après: la Commission d'estimation) a organisé une audience de conciliation et de comparution personnelle le 21 mars 2012, au cours de laquelle les CFF ont persisté dans leurs requêtes. A.________ n'a pas comparu ni ne s'est faite représenter à cette audience. Aucun transport sur place, ni le concours des autres membres de la commission n'ont été sollicités.
Le 26 mars 2012, la Commission d'estimation a autorisé les CFF à prendre possession de façon anticipée des droits sur les bien-fonds 1562 (emprise définitive : 35 m2; emprise temporaire : 521 m2, 3 ans) et 1594 (emprise définitive: 84 m2; emprise temporaire: 3466 m2, 3 ans), à compter du 1er juin 2012, tout en réservant les droits éventuels des expropriés et des tiers intéressés à une indemnité du fait de l'envoi en possession anticipé.

C.
Par arrêt du 31 juillet 2012, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours de A.________ contre la décision de la Commission d'estimation et autorisé l'envoi en possession anticipée des droits sur les parcelles 1562 et 1594 de la commune de Thônex à compter du 31 août 2012. Il a considéré en substance que les CFF avaient suffisamment établi l'existence d'un préjudice sérieux en cas de refus de l'envoi en possession anticipée. La violation du droit d'être entendu de la recourante n'exigeait au demeurant pas un renvoi de la cause à l'autorité précédente, pour des motifs d'économie de procédure.

D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 31 juillet 2012 ainsi que les décisions de la Commission d'estimation et de rejeter les requêtes de prise de possession anticipée concernant ses parcelles. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation des décisions attaquées et au renvoi de la cause au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante se plaint pour l'essentiel d'une constatation inexacte des faits ainsi que d'une mauvaise application de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx; RS 711).
Le Tribunal administratif fédéral renonce à se déterminer. Les CFF concluent au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué. La recourante n'a pas répliqué.
Par ordonnance du 11 octobre 2012, le Président de la Ire Cour de droit public du Tribunal fédéral a admis la requête d'effet suspensif.

Considérant en droit:

1.
L'arrêt du Tribunal administratif fédéral statuant sur un envoi en possession anticipée peut faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral (art. 87
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 87 - 1 Les décisions du Tribunal administratif fédéral peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral97.
2    La qualité pour recourir est régie par l'art. 78, al. 1. Au surplus, la procédure est régie par la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral.
LEx). La recourante, propriétaire des bien-fonds visés, a qualité pour recourir (art. 78 al. 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 78 - 1 Ont qualité pour recourir les parties principales, ainsi que les titulaires de droits de gage, de charges foncières et d'usufruits, dans la mesure où la décision de la commission d'estimation leur fait subir une perte.
1    Ont qualité pour recourir les parties principales, ainsi que les titulaires de droits de gage, de charges foncières et d'usufruits, dans la mesure où la décision de la commission d'estimation leur fait subir une perte.
2    La partie adverse peut, dans le délai de dix jours à compter de la réception du recours par le Tribunal administratif fédéral, se joindre à ce recours et prendre des conclusions comme si elle avait formé un recours indépendant.91 Ces conclusions doivent être motivées. Lorsque le recours principal est retiré ou qu'il est déclaré irrecevable, le recours joint devient caduc.92
LEx).

2.
La recourante se plaint d'une constatation incomplète des faits.

2.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). Le recourant ne peut critiquer ceux-ci que s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. (ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF (art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF), ce qu'il lui appartient d'exposer et de démontrer de manière claire et circonstanciée. La correction du vice soulevé doit en outre être susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF).

2.2 En l'espèce, la recourante soutient en vain que l'arrêt entrepris ne mentionne pas que les convocations pour l'audience du 21 mars 2012 lui ont été adressées par courrier A: ce fait a en effet été relevé et pris en compte au consid. 2 de l'arrêt attaqué.
L'intéressée fait ensuite valoir que l'arrêt attaqué ne signale pas qu'elle est née le 3 août 1921 et que les convocations omettaient de préciser qu'une absence injustifiée entraînait le défaut. Elle n'explique toutefois pas en quoi un éventuel complément de l'état de fait sur ces points permettrait d'arriver à une solution différente. Quoi qu'il en soit, il apparaît que ces précisions n'ont pas d'incidence sur l'issue du recours (cf. consid. 3.2 et 4 ci-après).
Mal fondé, le grief doit être rejeté et le Tribunal fédéral est lié par les faits retenus dans l'arrêt attaqué, conformément à l'art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF.

3.
Selon la recourante, le Tribunal administratif fédéral aurait mal appliqué les art. 45
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 45 - Le président de la commission d'estimation compétente ouvre la procédure de conciliation à la demande écrite de l'expropriant, d'un exproprié ou d'un co-intéressé.
et 109
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 109 - Les publications sont faites dans les organes de publication officiels des cantons et des communes dont le territoire est concerné. Les délais se calculent à compter de la publication dans l'organe officiel du canton.
LEx. Elle allègue que les convocations à la séance de conciliation du 21 mars 2012, envoyées en courrier A, étaient irrégulières. Elle ne devait au demeurant pas s'attendre à recevoir une telle convocation, raison pour laquelle on ne pouvait lui reprocher une négligence fautive. Dans ces conditions, le Président de la Commission d'estimation ne pouvait renoncer à la conciliation.

3.1 En vertu de l'art. 45
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 45 - Le président de la commission d'estimation compétente ouvre la procédure de conciliation à la demande écrite de l'expropriant, d'un exproprié ou d'un co-intéressé.
LEx, le président de la commission informe l'expropriant de la réception du dossier et le cite avec les expropriés, par voie de publication et autant que possible d'avis personnels, à comparaître à une audience ensemble ou par groupes (al. 2). Si l'expropriant ne donne pas suite à la citation, le président fixe une nouvelle audience. Lorsque des expropriés font défaut, la procédure de conciliation n'a pas lieu en ce qui les concerne, à moins que le président n'estime qu'une seconde audience est nécessaire (al. 3). L'art. 109 al. 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 109 - Les publications sont faites dans les organes de publication officiels des cantons et des communes dont le territoire est concerné. Les délais se calculent à compter de la publication dans l'organe officiel du canton.
, 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 109 - Les publications sont faites dans les organes de publication officiels des cantons et des communes dont le territoire est concerné. Les délais se calculent à compter de la publication dans l'organe officiel du canton.
ère phrase, LEx précise que les notifications et communications officielles prescrites par la loi ont lieu par lettre recommandée ou par l'intermédiaire de l'autorité compétente.
Conformément à un principe général du droit administratif (cf art. 38
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 38 - Une notification irrégulière ne peut entraîner aucun préjudice pour les parties.
PA et 49 LTF), une notification irrégulière ne doit entraîner aucun préjudice pour les parties. Cependant, la jurisprudence n'attache pas nécessairement la nullité à l'existence de vices dans la notification: la protection des parties est suffisamment garantie lorsque la notification irrégulière atteint son but malgré cette irrégularité. Il y a donc lieu d'examiner, d'après les circonstances du cas concret, si la partie intéressée a réellement été induite en erreur par l'irrégularité de la notification et a, de ce fait, subi un préjudice. Il s'impose de s'en tenir aux règles de la bonne foi, qui imposent une limite à l'invocation d'un vice de forme (ATF 122 I 97 consid. 3a/aa p. 99 et les références).

3.2 En l'espèce, il n'est pas contesté que la convocation de la recourante à l'audience de conciliation du 21 mars 2012 a été notifiée de manière irrégulière, puisqu'elle aurait dû être adressée par lettre recommandée. Le Tribunal administratif fédéral a néanmoins considéré que ce vice de forme n'avait entraîné aucun préjudice pour l'intéressée puisque cette dernière avait bien reçu la convocation du 6 mars, qui lui avait été envoyée par courrier A.
La recourante ne partage pas ce point de vue. Elle allègue que tous les autres courriers de la Commission d'estimation étaient envoyés sous pli recommandé, qu'elle n'avait pas de raison particulière de s'attendre à une notification et qu'elle n'avait pris connaissance des convocations que le 31 mars 2012. L'intéressée n'ignorait cependant pas qu'une procédure d'expropriation était ouverte puisque les CFF avaient obtenu le droit d'exproprier ses parcelles par décision de l'Office fédéral des transports du 5 mai 2008, confirmée par le Tribunal fédéral le 15 mars 2012. Elle devait donc, selon le principe de la bonne foi, escompter recevoir des notifications dans cette affaire. Par ailleurs, elle ne pouvait négliger les écritures reçues par courrier A au motif que celles-ci n'étaient pas importantes. Comme l'a relevé le Tribunal administratif fédéral, il s'agit d'une négligence fautive de sa part puisque la prise de connaissance de la convocation ne dépendait plus que d'elle, ce qu'elle aurait pu faire à temps si elle avait valablement organisé ses affaires. L'intéressée ne s'est d'ailleurs prévalu d'aucun motif qui justifierait un quelconque empêchement, le simple fait qu'elle soit âgée de 91 ans n'étant pas déterminant à cet égard.
Partant, la recourante a été valablement convoquée à l'audience de conciliation du 21 mars 2012, malgré l'irrégularité de la notification.
Dans ces conditions, le Président de la Commission d'estimation pouvait, comme le lui permet l'art. 45 al. 3
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 45 - Le président de la commission d'estimation compétente ouvre la procédure de conciliation à la demande écrite de l'expropriant, d'un exproprié ou d'un co-intéressé.
LEx, considérer la recourante comme défaillante et poursuivre la procédure, sans fixer une nouvelle audience de conciliation. La recourante se plaint sans succès de l'absence de motivation de l'arrêt attaqué sur ce point. En effet, les juges ont abordé cette question au consid. 2 de leur arrêt où ils ont expliqué, de manière suffisante sous l'angle du droit d'être entendu, pourquoi ils estimaient le grief mal fondé.
Il résulte de ce qui précède que l'arrêt attaqué a correctement appliqué les art. 45
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 45 - Le président de la commission d'estimation compétente ouvre la procédure de conciliation à la demande écrite de l'expropriant, d'un exproprié ou d'un co-intéressé.
et 109
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 109 - Les publications sont faites dans les organes de publication officiels des cantons et des communes dont le territoire est concerné. Les délais se calculent à compter de la publication dans l'organe officiel du canton.
LEx. Le grief doit donc être rejeté.

4.
La recourante dénonce une violation de l'art. 23
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 23 - L'autorité qui impartit un délai signale en même temps les conséquences de l'inobservation du délai: en cas d'inobservation, seules ces conséquences entrent en ligne de compte.
PA, dans la mesure où la citation qui lui était adressée ne mentionnait pas qu'en cas d'absence le défaut pourrait être prononcé et une décision sur le fond rendue sans conciliation.
L'art. 23
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 23 - L'autorité qui impartit un délai signale en même temps les conséquences de l'inobservation du délai: en cas d'inobservation, seules ces conséquences entrent en ligne de compte.
PA prévoit que l'autorité qui impartit un délai signale en même temps aux intéressés les conséquences de l'inobservation du délai. Il est patent que cette disposition ne trouve pas application dans le cas d'espèce: l'avis de citation du 6 mars 2012 convoque les parties à une audience, à une date déterminée, mais ne leur fixe pas un délai dans lequel elles auraient été invitées à agir. Il ne saurait dès lors être question d'observation ou d'inobservation d'un délai (art. 20 ss
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 20 - 1 Si le délai compté par jours doit être communiqué aux parties, il commence à courir le lendemain de la communication.
1    Si le délai compté par jours doit être communiqué aux parties, il commence à courir le lendemain de la communication.
2    S'il ne doit pas être communiqué aux parties, il commence à courir le lendemain de l'événement qui le déclenche.
2bis    Une communication qui n'est remise que contre la signature du destinataire ou d'un tiers habilité est réputée reçue au plus tard sept jours après la première tentative infructueuse de distribution.50
3    Lorsque le délai échoit un samedi, un dimanche ou un jour férié selon le droit fédéral ou cantonal, son terme est reporté au premier jour ouvrable qui suit. Le droit cantonal déterminant est celui du canton où la partie ou son mandataire a son domicile ou son siège.51
PA).
Quoi qu'il en soit, ainsi que l'a souligné le Tribunal administratif fédéral, la recourante ne saurait se prévaloir de ce qu'elle ne connaissait pas le droit applicable. Quand bien même l'avis de citation du 6 mars 2012 ne mentionnait pas expressément l'art. 45 al. 3
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 45 - Le président de la commission d'estimation compétente ouvre la procédure de conciliation à la demande écrite de l'expropriant, d'un exproprié ou d'un co-intéressé.
LEx, la recourante devait se laisser opposer le fait que la Commission d'estimation tiendrait l'audience en son absence et, à moins qu'elle n'estime une seconde audience nécessaire, poursuivrait la procédure sans conciliation.
Mal fondé, le grief doit être écarté.

5.
Au fond, la recourante soutient que l'arrêt attaqué consacre une violation de l'art. 76
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 76 - 1 L'expropriant peut demander en tout temps d'être autorisé à prendre possession du droit ou à exercer celui-ci déjà avant le paiement de l'indemnité s'il prouve qu'à défaut l'entreprise serait exposée à un sérieux préjudice. Si le droit à exproprier est déjà exercé dans les faits sur un ouvrage existant, cette prise de possession anticipée est autorisée par la loi.82
1    L'expropriant peut demander en tout temps d'être autorisé à prendre possession du droit ou à exercer celui-ci déjà avant le paiement de l'indemnité s'il prouve qu'à défaut l'entreprise serait exposée à un sérieux préjudice. Si le droit à exproprier est déjà exercé dans les faits sur un ouvrage existant, cette prise de possession anticipée est autorisée par la loi.82
2    Le président de la commission d'estimation statue sur la demande au plus tôt lorsque le titre d'expropriation devient exécutoire, en tout cas après avoir entendu l'exproprié et, s'il le faut, après une inspection spéciale des lieux.83 Il s'assure le concours de membres de la commission d'estimation s'il le juge nécessaire ou si leur participation est exigée par l'une des parties.
3    Dans la procédure devant le Tribunal administratif fédéral et devant le Tribunal fédéral, le juge instructeur statue sur la demande.84
4    L'autorisation doit être accordée, à moins que la prise de possession ne rende l'examen de la demande d'indemnité impossible ou que cet examen ne puisse être assuré par des mesures de la commission telles que prise de photographies, d'esquisses. ...85
5    L'exproprié peut demander que l'expropriant soit astreint à fournir préalablement des sûretés d'un montant convenable ou à verser des acomptes, ou à l'une et l'autre de ces prestations simultanément. Le président de la commission d'estimation statue sur la demande, seul ou en faisant appel aux membres de la commission d'estimation. Les acomptes sont répartis conformément à l'art. 94. Dans tous les cas, l'indemnité définitive porte intérêt au taux fixé par le Tribunal administratif fédéral dès le jour de la prise de possession et l'exproprié est indemnisé de tout autre dommage résultant de la prise de possession anticipée.86
6    ...87
LEx en retenant à tort que les conditions d'un envoi en possession anticipée étaient réalisées.

5.1 La jurisprudence relative à l'art. 76
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 76 - 1 L'expropriant peut demander en tout temps d'être autorisé à prendre possession du droit ou à exercer celui-ci déjà avant le paiement de l'indemnité s'il prouve qu'à défaut l'entreprise serait exposée à un sérieux préjudice. Si le droit à exproprier est déjà exercé dans les faits sur un ouvrage existant, cette prise de possession anticipée est autorisée par la loi.82
1    L'expropriant peut demander en tout temps d'être autorisé à prendre possession du droit ou à exercer celui-ci déjà avant le paiement de l'indemnité s'il prouve qu'à défaut l'entreprise serait exposée à un sérieux préjudice. Si le droit à exproprier est déjà exercé dans les faits sur un ouvrage existant, cette prise de possession anticipée est autorisée par la loi.82
2    Le président de la commission d'estimation statue sur la demande au plus tôt lorsque le titre d'expropriation devient exécutoire, en tout cas après avoir entendu l'exproprié et, s'il le faut, après une inspection spéciale des lieux.83 Il s'assure le concours de membres de la commission d'estimation s'il le juge nécessaire ou si leur participation est exigée par l'une des parties.
3    Dans la procédure devant le Tribunal administratif fédéral et devant le Tribunal fédéral, le juge instructeur statue sur la demande.84
4    L'autorisation doit être accordée, à moins que la prise de possession ne rende l'examen de la demande d'indemnité impossible ou que cet examen ne puisse être assuré par des mesures de la commission telles que prise de photographies, d'esquisses. ...85
5    L'exproprié peut demander que l'expropriant soit astreint à fournir préalablement des sûretés d'un montant convenable ou à verser des acomptes, ou à l'une et l'autre de ces prestations simultanément. Le président de la commission d'estimation statue sur la demande, seul ou en faisant appel aux membres de la commission d'estimation. Les acomptes sont répartis conformément à l'art. 94. Dans tous les cas, l'indemnité définitive porte intérêt au taux fixé par le Tribunal administratif fédéral dès le jour de la prise de possession et l'exproprié est indemnisé de tout autre dommage résultant de la prise de possession anticipée.86
6    ...87
LEx rappelle deux conditions formelles auxquelles l'envoi en possession anticipé est soumis: l'absence d'obstacle au commencement des travaux au regard du droit de l'aménagement du territoire et des constructions, et l'octroi du droit d'expropriation à celui qui réalise les travaux. Il n'est donc pas nécessaire d'attendre une décision définitive, et partant l'issue des procédures de recours, au sujet des oppositions à l'expropriation (cf. ATF 121 II 121 consid. 1 p. 123; 115 Ib 13 consid. 5a p. 23, 94, 424 consid. 4d p. 434). Il apparaît qu'en l'état, l'expropriante peut se fonder sur la décision d'approbation des plans de l'Office fédéral des transports du 15 juin 2011, entrée en force. Rien n'empêche donc, d'un point de vue formel, l'envoi en possession anticipé dans le cas particulier.

5.2 Il faut ensuite qu'à défaut d'envoi en possession anticipée, l'entreprise de l'expropriant soit exposée à un sérieux préjudice (art. 76 al. 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 76 - 1 L'expropriant peut demander en tout temps d'être autorisé à prendre possession du droit ou à exercer celui-ci déjà avant le paiement de l'indemnité s'il prouve qu'à défaut l'entreprise serait exposée à un sérieux préjudice. Si le droit à exproprier est déjà exercé dans les faits sur un ouvrage existant, cette prise de possession anticipée est autorisée par la loi.82
1    L'expropriant peut demander en tout temps d'être autorisé à prendre possession du droit ou à exercer celui-ci déjà avant le paiement de l'indemnité s'il prouve qu'à défaut l'entreprise serait exposée à un sérieux préjudice. Si le droit à exproprier est déjà exercé dans les faits sur un ouvrage existant, cette prise de possession anticipée est autorisée par la loi.82
2    Le président de la commission d'estimation statue sur la demande au plus tôt lorsque le titre d'expropriation devient exécutoire, en tout cas après avoir entendu l'exproprié et, s'il le faut, après une inspection spéciale des lieux.83 Il s'assure le concours de membres de la commission d'estimation s'il le juge nécessaire ou si leur participation est exigée par l'une des parties.
3    Dans la procédure devant le Tribunal administratif fédéral et devant le Tribunal fédéral, le juge instructeur statue sur la demande.84
4    L'autorisation doit être accordée, à moins que la prise de possession ne rende l'examen de la demande d'indemnité impossible ou que cet examen ne puisse être assuré par des mesures de la commission telles que prise de photographies, d'esquisses. ...85
5    L'exproprié peut demander que l'expropriant soit astreint à fournir préalablement des sûretés d'un montant convenable ou à verser des acomptes, ou à l'une et l'autre de ces prestations simultanément. Le président de la commission d'estimation statue sur la demande, seul ou en faisant appel aux membres de la commission d'estimation. Les acomptes sont répartis conformément à l'art. 94. Dans tous les cas, l'indemnité définitive porte intérêt au taux fixé par le Tribunal administratif fédéral dès le jour de la prise de possession et l'exproprié est indemnisé de tout autre dommage résultant de la prise de possession anticipée.86
6    ...87
LEx). L'art. 76 al. 4
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 76 - 1 L'expropriant peut demander en tout temps d'être autorisé à prendre possession du droit ou à exercer celui-ci déjà avant le paiement de l'indemnité s'il prouve qu'à défaut l'entreprise serait exposée à un sérieux préjudice. Si le droit à exproprier est déjà exercé dans les faits sur un ouvrage existant, cette prise de possession anticipée est autorisée par la loi.82
1    L'expropriant peut demander en tout temps d'être autorisé à prendre possession du droit ou à exercer celui-ci déjà avant le paiement de l'indemnité s'il prouve qu'à défaut l'entreprise serait exposée à un sérieux préjudice. Si le droit à exproprier est déjà exercé dans les faits sur un ouvrage existant, cette prise de possession anticipée est autorisée par la loi.82
2    Le président de la commission d'estimation statue sur la demande au plus tôt lorsque le titre d'expropriation devient exécutoire, en tout cas après avoir entendu l'exproprié et, s'il le faut, après une inspection spéciale des lieux.83 Il s'assure le concours de membres de la commission d'estimation s'il le juge nécessaire ou si leur participation est exigée par l'une des parties.
3    Dans la procédure devant le Tribunal administratif fédéral et devant le Tribunal fédéral, le juge instructeur statue sur la demande.84
4    L'autorisation doit être accordée, à moins que la prise de possession ne rende l'examen de la demande d'indemnité impossible ou que cet examen ne puisse être assuré par des mesures de la commission telles que prise de photographies, d'esquisses. ...85
5    L'exproprié peut demander que l'expropriant soit astreint à fournir préalablement des sûretés d'un montant convenable ou à verser des acomptes, ou à l'une et l'autre de ces prestations simultanément. Le président de la commission d'estimation statue sur la demande, seul ou en faisant appel aux membres de la commission d'estimation. Les acomptes sont répartis conformément à l'art. 94. Dans tous les cas, l'indemnité définitive porte intérêt au taux fixé par le Tribunal administratif fédéral dès le jour de la prise de possession et l'exproprié est indemnisé de tout autre dommage résultant de la prise de possession anticipée.86
6    ...87
LEx prescrit une pesée des intérêts: en substance, l'envoi en possession anticipé doit être accordé à moins que cela ne rende impossible l'examen de la demande d'indemnité; aussi longtemps qu'il n'a pas été statué par une décision passée en force sur les oppositions à l'expropriation, l'autorisation ne doit être accordée que dans la mesure où il ne se produit pas de dommages qui ne pourraient être réparés en cas d'acceptation ultérieure des oppositions. En outre, l'art. 18k al. 3
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18k - 1 Après clôture de la procédure d'approbation des plans, des procédures de conciliation et d'estimation sont ouvertes, au besoin, devant la commission fédérale d'estimation (commission d'estimation), conformément à la LEx129.130
1    Après clôture de la procédure d'approbation des plans, des procédures de conciliation et d'estimation sont ouvertes, au besoin, devant la commission fédérale d'estimation (commission d'estimation), conformément à la LEx129.130
2    ...131
3    Le président de la commission d'estimation peut autoriser l'envoi en possession anticipé lorsque la décision d'approbation des plans est exécutoire. L'expropriant est présumé subir un préjudice sérieux s'il ne bénéficie pas de l'entrée en possession anticipée. Au surplus, l'art. 76 LEx est applicable.
de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF; RS 742.101), qui permet cette mesure lorsque la décision d'approbation des plans est exécutoire, pose la présomption d'un préjudice sérieux pour l'expropriant s'il ne bénéficie pas de l'entrée en possession anticipée.
En l'espèce, on ne trouve dans l'argumentation du recours aucun motif de renverser la présomption de l'art. 18k al. 3
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18k - 1 Après clôture de la procédure d'approbation des plans, des procédures de conciliation et d'estimation sont ouvertes, au besoin, devant la commission fédérale d'estimation (commission d'estimation), conformément à la LEx129.130
1    Après clôture de la procédure d'approbation des plans, des procédures de conciliation et d'estimation sont ouvertes, au besoin, devant la commission fédérale d'estimation (commission d'estimation), conformément à la LEx129.130
2    ...131
3    Le président de la commission d'estimation peut autoriser l'envoi en possession anticipé lorsque la décision d'approbation des plans est exécutoire. L'expropriant est présumé subir un préjudice sérieux s'il ne bénéficie pas de l'entrée en possession anticipée. Au surplus, l'art. 76 LEx est applicable.
LCdF. La recourante n'établit pas non plus qu'elle serait exposée elle-même à un dommage irréparable au sens de l'art. 76 al. 4
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 76 - 1 L'expropriant peut demander en tout temps d'être autorisé à prendre possession du droit ou à exercer celui-ci déjà avant le paiement de l'indemnité s'il prouve qu'à défaut l'entreprise serait exposée à un sérieux préjudice. Si le droit à exproprier est déjà exercé dans les faits sur un ouvrage existant, cette prise de possession anticipée est autorisée par la loi.82
1    L'expropriant peut demander en tout temps d'être autorisé à prendre possession du droit ou à exercer celui-ci déjà avant le paiement de l'indemnité s'il prouve qu'à défaut l'entreprise serait exposée à un sérieux préjudice. Si le droit à exproprier est déjà exercé dans les faits sur un ouvrage existant, cette prise de possession anticipée est autorisée par la loi.82
2    Le président de la commission d'estimation statue sur la demande au plus tôt lorsque le titre d'expropriation devient exécutoire, en tout cas après avoir entendu l'exproprié et, s'il le faut, après une inspection spéciale des lieux.83 Il s'assure le concours de membres de la commission d'estimation s'il le juge nécessaire ou si leur participation est exigée par l'une des parties.
3    Dans la procédure devant le Tribunal administratif fédéral et devant le Tribunal fédéral, le juge instructeur statue sur la demande.84
4    L'autorisation doit être accordée, à moins que la prise de possession ne rende l'examen de la demande d'indemnité impossible ou que cet examen ne puisse être assuré par des mesures de la commission telles que prise de photographies, d'esquisses. ...85
5    L'exproprié peut demander que l'expropriant soit astreint à fournir préalablement des sûretés d'un montant convenable ou à verser des acomptes, ou à l'une et l'autre de ces prestations simultanément. Le président de la commission d'estimation statue sur la demande, seul ou en faisant appel aux membres de la commission d'estimation. Les acomptes sont répartis conformément à l'art. 94. Dans tous les cas, l'indemnité définitive porte intérêt au taux fixé par le Tribunal administratif fédéral dès le jour de la prise de possession et l'exproprié est indemnisé de tout autre dommage résultant de la prise de possession anticipée.86
6    ...87
LEx en cas d'envoi en possession anticipée. Elle se contente d'alléguer que des modifications de plans sont en cours, qui n'auraient pas encore été approuvées, et que l'expertise provisoire contiendrait nombre de lacunes et d'erreurs. Elle n'indique toutefois pas en quoi ces éléments compromettraient l'examen de l'indemnisation, ce qui n'apparaît de toute façon manifestement pas être le cas. C'est donc à bon droit que le Tribunal administratif fédéral a confirmé l'envoi en possession anticipé accordée aux intimés par la Commission d'estimation.

6.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante qui succombe (art. 116 al. 3
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 116 - 1 Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
1    Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
2    Dans les cas énumérés à l'art. 114, al. 3, les frais doivent être répartis selon les règles générales de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947122.
3    Dans la procédure devant le Tribunal fédéral, la répartition des frais est régie par la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral123.124
LEx, art. 65
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 65 Frais judiciaires - 1 Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
1    Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
2    L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière.
3    Son montant est fixé en règle générale:
a  entre 200 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 200 et 100 000 francs dans les autres contestations.
4    Il est fixé entre 200 et 1000 francs, indépendamment de la valeur litigieuse, dans les affaires qui concernent:
a  des prestations d'assurance sociale;
b  des discriminations à raison du sexe;
c  des litiges résultant de rapports de travail, pour autant que la valeur litigieuse ne dépasse pas 30 000 francs;
d  des litiges concernant les art. 7 et 8 de la loi du 13 décembre 2002 sur l'égalité pour les handicapés24.
5    Si des motifs particuliers le justifient, le Tribunal fédéral peut majorer ces montants jusqu'au double dans les cas visés à l'al. 3 et jusqu'à 10 000 francs dans les cas visés à l'al. 4.
et 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). En vertu de l'art. 68 al. 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF, les intimés n'ont pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais judiciaires, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.

3.
Il n'est pas alloué de dépens.

4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.

Lausanne, le 16 avril 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Fonjallaz

La Greffière: Mabillard