Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C 1027/2011
2C 1028/2011

Arrêt du 14 juin 2012
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Zünd, Président,
Aubry Girardin et Stadelmann.
Greffière: Mme Beti.

Participants à la procédure
X.________ SA,
représentée par Me Dominique Morand, avocat,
recourante,

contre

Service cantonal des contributions du canton du Valais, avenue de la Gare 35, 1950 Sion,
intimé.

Objet
2C 1027/2011
Impôts cantonal et communal 2004 et 2005,

2C 1028/2011
Impôt fédéral direct 2004 et 2005,

recours contre la décision de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais du 19 janvier 2011.

Faits:

A.
La société A.________ SA, fondée en 1993 et ayant son siège social à B.________, avait pour but l'exploitation d'un commerce de quincaillerie, d'articles ménagers, d'articles de loisir, de vente d'armes et d'explosifs ainsi que de tous autres articles à usage domestique et de consommation courante. Son capital-actions, entièrement libéré, était de CHF 300'000.- et ses actionnaires étaient C.________ pour 245 actions et D.________ pour 55 actions. A fin 2003, le montant des pertes reportées liées à l'exploitation de A.________ SA et admises par le fisc vaudois s'élevait à CHF 1'092'436.-. Le principal créancier de la société A.________ SA était son actionnaire principal C.________.
Selon modification de ses statuts du 1er décembre 2003, A.________ SA a changé sa raison sociale en X.________ SA, transféré son siège social de B.________ à E.________, commune de E.________, et transformé son but qui est devenu l'exploitation d'une pharmacie à E.________. La société a par ailleurs repris, à la valeur comptable, les actifs et les passifs de la raison individuelle Z.________, propriété de C.________. Le montant du capital-actions et sa répartition n'ont pas été modifiés.
Dans ses déclarations d'impôts cantonal et communal ainsi que d'impôt fédéral direct 2004 et 2005, X.________ SA a indiqué un bénéfice d'exploitation de CHF 285'411.- pour 2004 et de CHF 289'992.- pour 2005. Elle a aussi fait valoir des pertes fiscales reportées à concurrence de CHF 1'092'436.- et déclaré un résultat négatif de respectivement CHF 807'025.- en 2004 et CHF 517'033.- en 2005.
Par décisions de taxation du 15 décembre 2006, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après le Service cantonal) a refusé la déduction des pertes reportées et fixé le bénéfice imposable à CHF 285'411.- pour l'année 2004 et à CHF 289'992.- pour l'année 2005.
A la suite des réclamations élevées le 11 janvier 2007 par X.________ SA, la Commission d'impôt des personnes morales du canton du Valais a confirmé, par décisions du 6 février 2007, les taxations litigieuses. Elle a considéré que les pertes reportées découlant de l'activité de la quincaillerie, exploitée jusqu'au printemps 2003, ne pouvaient pas être reportées sur les résultats provenant de l'activité de X.________ SA. En effet, A.________ SA était liquidée de fait, ou économiquement, lorsqu'elle avait repris l'exploitation de la pharmacie, de sorte que la reprise de ses dettes était constitutive d'évasion fiscale.

B.
X.________ SA a recouru contre les décisions du 6 février 2007. Statuant par décision unique du 23 septembre 2009, la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après la Commission cantonale de recours) a partiellement admis les recours. Autorisant le report des pertes des exercices 1997 à 2003 à concurrence de CHF 1'092'436.- en 2004 et CHF 807'025.- en 2005, elle a fixé le bénéfice net imposable à zéro franc pour chacune des années fiscales considérées. Elle a retenu, en substance, qu'à l'occasion d'un entretien téléphonique du 22 mai 2003 entre D.________ et un collaborateur du Service cantonal, celui-ci avait donné l'assurance à son interlocuteur que les pertes reportées pouvaient être prises en considération, de sorte que toutes les conditions du droit à la protection de la bonne foi étaient réalisées.
Le Service cantonal et l'Administration fédérale des contributions ont recouru au Tribunal fédéral contre la décision du 23 septembre 2009 de la Commission cantonale de recours. Par arrêt du 6 septembre 2010 (causes 2C 99/2010 et 2C 107/2010), le Tribunal fédéral a annulé partiellement la décision attaquée, les conditions liées à l'exercice du droit à la protection de la bonne foi n'étant pas réunies, et renvoyé la cause à la Commission cantonale de recours afin qu'elle se prononce sur la déductibilité des pertes invoquées par X.________ SA pour les périodes fiscales 2004 et 2005 en relation avec l'éventuelle existence d'un cas d'évasion fiscale.
Par décision complémentaire du 19 janvier 2011, notifiée le 9 novembre 2011, la Commission cantonale de recours a admis partiellement le recours de X.________ SA et fixé le bénéfice net imposable en matière d'impôts cantonal et communal et d'impôt fédéral direct à CHF 225'411.- pour l'année 2004 et à CHF 229'992.- pour l'année 2005. Elle a retenu en substance l'existence d'un cas d'évasion fiscale, mais a admis à titre de provisions pour impôt la déduction des charges fiscales générées par les bénéfices.

C.
Par acte du 12 décembre 2011, X.________ SA dépose un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral à l'encontre de la décision de la Commission cantonale de recours du 19 janvier 2011. Elle requiert l'annulation de la décision précitée et le renvoi de la cause à la Commission cantonale de recours pour qu'elle réforme sa décision dans le sens des considérants, subsidiairement au Service cantonal pour qu'il établisse de nouveaux bordereaux de taxation dans le sens des considérants, le tout sous suite de frais et dépens.
La Commission cantonale de recours a renoncé à déposer des observations et conclu au rejet du recours. Le Service cantonal ne s'est pas déterminé sur le recours. L'Administration fédérale des contributions a conclu au rejet du recours.
La recourante a déposé d'ultimes observations le 21 mai 2012.

Considérant en droit:
I. Recevabilité

1.
La Commission cantonale de recours a rendu une seule décision valant pour les deux catégories d'impôts (impôts cantonal et communal [ICC] et impôt fédéral direct [IFD]), ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours devant le Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'IFD (2C 1028/2011), l'autre l'ICC (2C 1027/2011). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. art. 71
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 71 - Wo dieses Gesetz keine besonderen Bestimmungen über das Verfahren enthält, sind die Vorschriften des BZP30 sinngemäss anwendbar.
LTF et 24 PCF [RS 273]).

2.
Le recours est dirigé contre une décision rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF), par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
et al. 2 LTF; art. 150 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 [LF/VS; RS-VS 642.1]) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte (cf. aussi art. 73
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). La recourante a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF). Déposé en temps utile et dans les formes requises (cf. art. 42 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
et 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
et art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF), le recours est par conséquent recevable.

3.
D'après l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Cependant, lorsque les dispositions de la LHID laissent une marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal est limité à l'arbitraire (cf. ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.), dont la violation doit être motivée conformément aux exigences accrues de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF.
II. Impôt fédéral direct

4.
4.1 Conformément à l'art. 67 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 67 Verluste - 1 Vom Reingewinn der Steuerperiode können Verluste aus sieben der Steuerperiode (Art. 79) vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinnes dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.
1    Vom Reingewinn der Steuerperiode können Verluste aus sieben der Steuerperiode (Art. 79) vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinnes dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.
2    Mit Leistungen zum Ausgleich einer Unterbilanz im Rahmen einer Sanierung, die nicht Kapitaleinlagen nach Artikel 60 Buchstabe a sind, können auch Verluste verrechnet werden, die in früheren Geschäftsjahren entstanden und noch nicht mit Gewinnen verrechnet werden konnten.
LIFD (RS 642.11), les pertes des sept exercices précédant la période fiscale peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années. En l'espèce, les comptes de la société A.________ SA faisaient état d'une perte reportée de CHF 1'035'599.- au 31 décembre 2003. Cette perte a été admise par les autorités fiscales vaudoises et n'est pas contestée par les parties à la présente procédure. Les parties divergent en revanche sur la question de savoir dans quelle mesure cette perte peut être reportée sur les comptes de la recourante des années 2004 et 2005 après l'absorption des actifs et des passifs de la raison individuelle Z.________. Le Service cantonal et la Commission cantonale de recours refusent en effet de procéder à cette opération au motif qu'elle serait constitutive d'une évasion fiscale, alors que la recourante allègue qu'elle n'a rien d'insolite et doit être admise.

4.2 Selon la jurisprudence constante du Tribunal fédéral (cf. notamment ATF 131 II 627 consid. 5.2 p. 635 s.; arrêt 2C 240/2010 du 5 novembre 2010 consid. 7.1), il y a évasion fiscale: a) lorsque la forme juridique choisie par le contribuable apparaît comme insolite, inappropriée ou étrange, en tout cas inadaptée au but économique poursuivi, b) lorsqu'il y a lieu d'admettre que ce choix a été arbitrairement exercé uniquement dans le but d'économiser des impôts qui seraient dus si les rapports de droit étaient aménagés de façon appropriée, et c) lorsque le procédé choisi conduirait effectivement à une notable économie d'impôt dans la mesure où il serait accepté par l'autorité fiscale. Lorsque l'évasion fiscale est retenue, l'imposition doit être fondée non pas sur la forme choisie par le contribuable, mais sur la situation qui aurait été l'expression appropriée au but économique poursuivi par les intéressés.
Lors de l'examen de l'admissibilité du report des pertes en cas de restructuration, il convient de distinguer selon que la société qui dispose de pertes reportées est la société reprenante - comme en l'espèce - ou l'entreprise reprise. Selon la jurisprudence, une société devrait être admise à substituer une activité non rentable par une nouvelle sans craindre de subir d'inconvénient fiscal de ce fait (cf. arrêt 2A.129/2007 du 17 mai 2008 consid. 4.2). Cependant, lorsque le changement d'activité se couple avec un transfert ou une reprise d'entreprise, le Tribunal fédéral a jugé, en relation avec le report des pertes, qu'il ne correspond pas aux pratiques commerciales usuelles, pour une entreprise économiquement saine et rentable, de transférer l'ensemble de ses valeurs d'exploitation dans une société tierce inactive et surendettée sans qu'une telle mesure soit dictée par d'importants motifs d'ordre économique tels que la reprise d'une clientèle ou d'un équipement industriel (cf. arrêt 2A.148/1991 du 30 novembre 1992 consid. 4, publié in ASA 63 218). Quant à la jurisprudence citée par la recourante (cf. arrêts 2A.583/2003 du 31 janvier 2004, publié in StE 2005 B 72.15.2 n° 7, et 2C 351/2011 du 4 janvier 2012, publié in StE 2012 B
72.15.2 n° 9), elle ne saurait lui être d'aucune utilité puisqu'elle se rapporte à des affaires où une société saine reprenait une entreprise déficitaire, alors qu'en l'occurrence, on se trouve dans la situation inverse.
La doctrine adopte aussi une position nuancée. Pour certains auteurs, exclure le report des pertes lorsqu'une société substitue une activité non rentable par une nouvelle est problématique, à tout le moins si les relations de propriété ne changent pas (cf. FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2e éd. 2009, n° 9 ad art. 67
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 67 Verluste - 1 Vom Reingewinn der Steuerperiode können Verluste aus sieben der Steuerperiode (Art. 79) vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinnes dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.
1    Vom Reingewinn der Steuerperiode können Verluste aus sieben der Steuerperiode (Art. 79) vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinnes dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.
2    Mit Leistungen zum Ausgleich einer Unterbilanz im Rahmen einer Sanierung, die nicht Kapitaleinlagen nach Artikel 60 Buchstabe a sind, können auch Verluste verrechnet werden, die in früheren Geschäftsjahren entstanden und noch nicht mit Gewinnen verrechnet werden konnten.
LIFD). La doctrine majoritaire estime cependant que le report des pertes ne doit pas être admis en cas de reprise d'une entreprise saine par une société déficitaire inactive lorsque les conditions de l'évasion fiscale sont concrètement réalisées (cf. ROBERT DANON, in Commentaire romand de l'impôt fédéral direct, 2008, n° 14 ad art. 67
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 67 Verluste - 1 Vom Reingewinn der Steuerperiode können Verluste aus sieben der Steuerperiode (Art. 79) vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinnes dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.
1    Vom Reingewinn der Steuerperiode können Verluste aus sieben der Steuerperiode (Art. 79) vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinnes dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.
2    Mit Leistungen zum Ausgleich einer Unterbilanz im Rahmen einer Sanierung, die nicht Kapitaleinlagen nach Artikel 60 Buchstabe a sind, können auch Verluste verrechnet werden, die in früheren Geschäftsjahren entstanden und noch nicht mit Gewinnen verrechnet werden konnten.
LIFD; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, IIe partie, 2004, n° 41 ad art. 61
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 61 Umstrukturierungen - 1 Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
1    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.
2    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 1 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach den Artikeln 151-153 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.
3    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Die Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Artikel 61 Absatz 1 Buchstabe d bleibt vorbehalten.
4    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3 während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach den Artikeln 151-153 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.
5    Entsteht durch die Übernahme der Aktiven und Passiven einer Kapitalgesellschaft oder einer Genossenschaft, deren Beteiligungsrechte der übernehmenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft gehören, ein Buchverlust auf der Beteiligung, so kann dieser steuerlich nicht abgezogen werden; ein allfälliger Buchgewinn auf der Beteiligung wird besteuert.
LIFD; FRANK LAMPERT, Die Verlustverrechnung von juristischen Personen im Schweizer Steuerrecht, 2000, p. 100 s.; ERNST HÖHN/ROBERT WALDBURGER, Steuerrecht, vol. II, 9e éd. 2002, n° 193 ad § 48 p. 544; EVELINE SAUPPER/MARKUS WEIDMANN, in Basler Kommentar zum Fusionsgesetz, n° 83 ad vor Art. 3, p. 66). Quand aux controverses doctrinales portant sur l'admissibilité du report des pertes lorsqu'une entreprise saine reprend une société déficitaire, point n'est besoin de
les examiner ici dès lors que, comme déjà rappelé, la présente affaire porte sur le cas d'une société déficitaire, la recourante, qui reprend les actifs et passifs d'une entreprise saine, soit une pharmacie exploitée jusqu'alors en raison individuelle.

4.3 Il convient donc de se demander si c'est à juste titre que la Commission cantonale de recours a admis les conditions d'une évasion fiscale compte tenu des circonstances concrètes du cas d'espèce.
4.3.1 Selon l'état de fait retenu par l'instance précédente de manière à lier le Tribunal fédéral, la société A.________ SA, qui avait pour but l'exploitation d'un commerce de quincaillerie, était la propriété de C.________ à raison de 81 %, le solde des actions étant détenues par D.________. A fin 2003, le montant des pertes reportées liées à l'exploitation de A.________ SA s'élevait à CHF 1'092'436.-, le principal créancier de la société A.________ SA étant son actionnaire principal C.________. A.________ SA a changé sa raison sociale en X.________ SA et transformé son but, qui est devenu l'exploitation d'une pharmacie. Le montant du capital-actions et sa répartition n'ont pas été modifiés. X.________ SA a en outre repris, à la valeur comptable, les actifs et les passifs de la raison individuelle Z.________, également propriété de C.________.
On est ainsi en présence de deux opérations qui se superposent. D'une part, une société, surendettée, cesse l'exercice d'une activité non rentable, une quincaillerie, pour reprendre une activité bénéficiaire, une pharmacie. D'autre part, une pharmacie gérée en raison individuelle, cède l'ensemble de ses actifs et passifs à une société déficitaire. D'un point de vue économique, une telle construction revient à mettre à la portée des créanciers de la société anonyme déficitaire les avoirs résultant de l'activité bénéficiaire exercée en raison individuelle, jusque-là détenus directement par l'actionnaire de ladite société. Or, de manière générale, un commerçant cherchera plutôt à protéger les éléments de son patrimoine personnel et le résultat de l'activité qu'il exerce en raison individuelle de la mainmise des créanciers de la société anonyme dont il est parallèlement l'actionnaire majoritaire. Une construction qui aboutit à l'effet inverse est ainsi un non-sens économique. Le fait que, comme l'allègue la recourante, l'actionnaire majoritaire était aussi le créancier principal de la société anonyme pour 95.5 % des engagements de cette dernière, de sorte que le risque de mettre des biens à disposition de créanciers de la
quincaillerie était inexistant, renforce encore le caractère insolite de l'opération. La construction juridique et comptable établie par la recourante et son actionnaire n'aurait en effet jamais été réalisée entre des parties indépendantes.
Les arguments avancés par la recourante à l'appui du caractère prétendument habituel de la construction choisie ne convainquent guère. Celle-ci envisage chacune des deux opérations isolément et apporte des justifications relatives à la transformation d'une entreprise individuelle en société commerciale, d'une part, et à la reprise d'une activité bénéficiaire par une société déficitaire, d'autre part. Ainsi, il est certes exact que la transformation d'une raison individuelle en société anonyme n'est pas insolite en elle-même. En effet, une telle modification juridique permet de limiter la responsabilité de l'entrepreneur. En outre, il est courant que l'on utilise dans ce contexte des structures inactives existantes pour économiser des frais. L'intégration de l'activité d'une pharmacie dans une société anonyme exploitant précédemment un autre commerce n'est ainsi pas insolite en elle-même. Elle le devient en revanche si on considère l'opération dans sa globalité, en particulier le fait que la société anonyme n'était pas une structure inactive mais une société surendettée qui, selon les allégations de la recourante elle-même, n'a pu éviter de déposer son bilan que grâce à la postposition de la créance de son actionnaire principal.
4.3.2 Nonobstant ce que prétend la recourante, la construction décrite ne peut avoir été choisie que dans le but d'économiser des impôts qui auraient été dus si les rapports de droit étaient aménagés de façon appropriée. Ainsi que la Commission cantonale de recours l'a relevé, aucune justification objective d'ordre économique ne peut entrer en considération. En effet, comme on l'a vu, les justifications avancées, si elles font sens prises individuellement, ne méritent plus cette qualification lorsqu'on les examine dans leur contexte global. Ainsi, l'opération de transformation de la raison individuelle de la pharmacie en société anonyme permettait certes de limiter la responsabilité de l'entrepreneur et de poursuivre des objectifs d'ordre successoral. Mais ces buts sont sans lien avec la reprise des actifs de la pharmacie par une société anonyme surendettée qui aurait dû entrer en liquidation. En ce qui concerne l'argument selon lequel cette reprise des actifs permettait d'éviter la liquidation de la société anonyme et d'honorer ses dettes, il ne tient pas. En effet, c'est perdre de vue que le créancier principal sinon exclusif de la quincaillerie était son actionnaire principal, également détenteur de la raison individuelle de la
pharmacie. Partant, l'opération ne devenait avantageuse qu'en raison de ses conséquences fiscales, la perte reportée de la quincaillerie permettant d'éviter pendant plusieurs années la taxation du bénéfice réalisé par la pharmacie.
4.3.3 La dernière condition pour affirmer l'existence d'une évasion fiscale, à savoir l'existence d'une économie fiscale effective, n'est par ailleurs pas contestée. En effet, grâce au report de pertes d'un montant de CHF 1'092'436.-, le bénéfice de la pharmacie se serait transformé en résultat nul pendant plusieurs années. Ainsi, pour 2004 et 2005, la recourante entendait déclarer un résultat négatif de respectivement CHF 807'025.- en 2004 et CHF 517'033.- en 2005 alors que son bénéfice d'exploitation était de CHF 285'411.- pour 2004 et de CHF 289'992.- pour 2005. Compte tenu du solde des pertes reportées restant à fin 2005, cette opération aurait vraisemblablement encore pu se répéter pendant une à deux années supplémentaires.

4.4 Au vu de ce qui précède, force est de constater que la restructuration effectuée par le propriétaire de la recourante est bien constitutive d'une évasion fiscale. Dans ces conditions, c'est à juste titre que l'instance précédente lui a refusé le report des pertes prévu par l'art. 67 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 67 Verluste - 1 Vom Reingewinn der Steuerperiode können Verluste aus sieben der Steuerperiode (Art. 79) vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinnes dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.
1    Vom Reingewinn der Steuerperiode können Verluste aus sieben der Steuerperiode (Art. 79) vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinnes dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.
2    Mit Leistungen zum Ausgleich einer Unterbilanz im Rahmen einer Sanierung, die nicht Kapitaleinlagen nach Artikel 60 Buchstabe a sind, können auch Verluste verrechnet werden, die in früheren Geschäftsjahren entstanden und noch nicht mit Gewinnen verrechnet werden konnten.
LIFD et l'arrêt attaqué doit être confirmé sur ce point.

III. Impôts cantonal et communal

5.
Dans le cadre du droit fiscal harmonisé qui régit l'imposition directe aux niveaux cantonal et communal (cf. supra consid. 1), la notion de report des pertes de l'art. 67 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 67 Verluste - 1 Vom Reingewinn der Steuerperiode können Verluste aus sieben der Steuerperiode (Art. 79) vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinnes dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.
1    Vom Reingewinn der Steuerperiode können Verluste aus sieben der Steuerperiode (Art. 79) vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinnes dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.
2    Mit Leistungen zum Ausgleich einer Unterbilanz im Rahmen einer Sanierung, die nicht Kapitaleinlagen nach Artikel 60 Buchstabe a sind, können auch Verluste verrechnet werden, die in früheren Geschäftsjahren entstanden und noch nicht mit Gewinnen verrechnet werden konnten.
LIFD est identique à celle prévue à l'art. 25 al. 2
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 25 Aufwand - 1 Zum geschäftsmässig begründeten Aufwand gehören auch:
1    Zum geschäftsmässig begründeten Aufwand gehören auch:
a  die eidgenössischen, kantonalen und kommunalen Steuern;
b  die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist;
c  die freiwilligen Leistungen von Geld und übrigen Vermögenswerten bis zu dem nach kantonalem Recht bestimmten Ausmass an juristische Personen mit Sitz in der Schweiz, die im Hinblick auf ihre öffentlichen oder gemeinnützigen Zwecke von der Steuerpflicht befreit sind (Art. 23 Abs. 1 Bst. f), sowie an Bund, Kantone, Gemeinden und deren Anstalten (Art. 23 Abs. 1 Bst. a-c);
d  die Rabatte, Skonti, Umsatzbonifikationen und Rückvergütungen auf dem Entgelt für Lieferungen und Leistungen sowie zur Verteilung an die Versicherten bestimmte Überschüsse von Versicherungsgesellschaften;
e  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich Umschulungskosten, des eigenen Personals;
f  gewinnabschöpfende Sanktionen, soweit sie keinen Strafzweck haben.
1bis    Nicht zum geschäftsmässig begründeten Aufwand gehören insbesondere:
a  Zahlungen von Bestechungsgeldern im Sinne des schweizerischen Strafrechts;
b  Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder als Gegenleistung für die Begehung von Straftaten;
c  Bussen;
d  finanzielle Verwaltungssanktionen, soweit sie einen Strafzweck haben.131
1ter    Sind Sanktionen nach Absatz 1bis Buchstaben c und d von einer ausländischen Straf- oder Verwaltungsbehörde verhängt worden, so sind sie abziehbar, wenn:
a  die Sanktion gegen den schweizerischen Ordre public verstösst; oder
b  die steuerpflichtige Person glaubhaft darlegt, dass sie alles Zumutbare unternommen hat, um sich rechtskonform zu verhalten.132
2    Vom Reingewinn der Steuerperiode werden die Verluste aus den sieben der Steuerperiode (Art. 31 Abs. 2) vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.133
3    Mit Leistungen zum Ausgleich einer Unterbilanz im Rahmen einer Sanierung, die nicht Kapitaleinlagen im Sinne von Artikel 24 Absatz 2 Buchstabe a sind, können auch Verluste verrechnet werden, die in früheren Geschäftsperioden entstanden und noch nicht mit Gewinnen verrechnet werden konnten.
4    Die Absätze 2 und 3 gelten auch bei Verlegung des Sitzes oder der tatsächlichen Verwaltung innerhalb der Schweiz.134
LHID, elle-même reprise à l'art. 88 al. 1 LF/VS. Partant, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct trouvent à s'appliquer aux impôts cantonal et communal relatifs à la période fiscale sous examen (cf. arrêt 2C 376/2011 du 27 avril 2012 consid. 7 et les références citées).
Il suffit donc de renvoyer, s'agissant de l'ICC, aux considérants relatifs à l'IFD, Partant, il y a lieu de rejeter également le recours en ce qu'il concerne les impôts cantonal et communal pour la période 2004 et 2005.
IV. Frais et dépens

6.
Succombant en tous points, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Les causes 2C 1027/2011 et 2C 1028/2011 sont jointes.

2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.

3.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.

4.
Les frais judiciaires, arrêtés à CHF 3'000.-, sont mis à la charge de la recourante.

5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, l'impôt anticipé, des droits de timbre.

Lausanne, le 14 juin 2012

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Zünd

La Greffière: Beti