Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I
A-7976/2008
{T 0/2}

Arrêt du 13 janvier 2010

Composition
Jérôme Candrian, président du collège, Claudia Pasqualetto Péquignot,
Marianne Ryter Sauvant, juges,
Gilles Simon, greffier.

Parties
Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL), représentée par Me Alain Thévenaz,
recourante et intimée,

contre

A._______,
représenté par Me Jean-François Dumoulin,
recourant et intimé,

Commission de recours interne des EPF,
autorité inférieure.

Objet
Conséquences financières de la transformation des rapports de travail en contrat de durée indéterminée.

Faits :

A.
A partir de l'année académique 1980/1981, A._______ a été chargé de cours à l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL) au sein du Cours de mathématiques spéciales. Initialement, il a enseigné à raison de cinq heures de cours et de deux heures d'exercices par semaine pour une rémunération de 26'640 francs par année. Le premier contrat fut renouvelé à 24 reprises jusqu'à la fin de l'année académique 2003/2004. La charge de cours est restée identique, mais la rémunération a été régulièrement adaptée pour atteindre, en 1995/1996, 38'328 francs. En 1996/1997, la répartition des cours a été redéfinie, et A._______ a été chargé de donner 70 heures de cours et 28 heures d'exercices par semestre. Pour son enseignement durant l'année 2003/2004, son salaire a été de 50'700 francs. En dehors de son activité à l'EPFL, A._______ était également directeur d'un institut de préparation à l'admission à l'EPFL, à savoir l'Institut X._______ à Lausanne.

B.
B.a Le 10 mai 2004, l'EPFL a informé A._______ que sa charge de cours ne serait pas reconduite pour l'année académique 2004/2005, au motif qu'il existait un conflit d'intérêts entre sa fonction de chargé de cours à l'EPFL et son activité en tant que directeur de l'Institut X._______.
B.b Par décision du 14 décembre 2006, après une procédure devant la Commission fédérale de recours en matière de personnel fédéral et devant le Tribunal fédéral, la Commission de recours interne des EPF (CRIEPF) a constaté que les parties étaient liées par un contrat de travail soumis à la loi fédérale du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers, RS 172.220.1), et a invité l'EPFL a statuer sur les conséquences financières, notamment sous l'angle des assurances sociales, d'un tel contrat.
B.c Le 29 janvier 2007, l'EPFL a résilié le contrat de travail de A._______, avec effet au 31 juillet 2007. L'intéressé a recouru contre cette décision auprès de la CRIEPF, recours qui a été déclaré sans objet le 24 juin 2008 suite à la nouvelle décision rendue par l'EPFL le 27 novembre 2007 (consid. B.d ci-après).
B.d Le 27 novembre 2007, l'EPFL a en effet rendu une nouvelle décision, par laquelle elle annulait sa décision du 29 janvier 2007 et constatait que le contrat de travail la liant à A._______ prendrait fin le 30 avril 2008 ; elle libérait par ailleurs celui-ci de l'obligation de travailler jusqu'à cette date et elle fixait son droit au salaire brut à 2'925 francs du 1er octobre 2004 au 30 septembre 2005, servi 13 fois par année, à 1'950 francs, servi 13 fois l'an, pour la période du 1er octobre 2005 au 30 septembre 2006, et à 978 francs, servi 13 fois l'an, pour la période du 1er octobre 2006 au 30 avril 2008. Dans cette décision, l'EPFL constatait également que, puisque A._______ était au bénéfice d'un contrat de durée indéterminée depuis le 1er octobre 1980, il aurait en principe dû être affilié à une caisse de pensions depuis cette date. L'EPFL a cependant considéré qu'il appartenait à la Caisse fédérale de pensions Publica (ci-après: Publica) d'examiner formellement cette question, raison pour laquelle elle a décidé de lui transmettre le dossier de A._______. Enfin, l'EPFL a décidé qu'elle pourrait compenser les cotisations dues par l'employeur au titre de la législation sur la prévoyance professionnelle vieillesse avec les salaires dus pour les périodes du 1er octobre 2004 au 30 avril 2008.

C.
Par mémoire du 11 janvier 2008, A._______ a formé recours contre cette décision auprès de la CRIEPF. Celle-ci s'est prononcée par décision du 4 novembre 2008, admettant partiellement le recours.

D.
Le 12 décembre 2008, l'EPFL a recouru contre la décision du 4 novembre 2008 de la CRIEPF (ci-après également l'autorité inférieure) auprès du Tribunal administratif fédéral.
Ce recours ne porte que sur le chiffre 4 du dispositif de la décision attaquée. Ce chiffre a la teneur suivante : « L'Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne est condamnée à verser à A._______ le montant des salaires dus selon son réel statut pour la période du 1er octobre 2004 au 30 avril 2008, avec intérêts légaux à 5% l'an, sur la base du salaire de référence de CHF 50'700 par année, déduction faite de la part accrue du salaire reçue de la part de l'Institut X._______ par rapport à l'année 2004, dans le sens des calculs établis au considérant. 4 »
L'EPFL estime, en substance, que deux des calculs figurant au considérant 4 de la décision (en l'occurrence ceux concernant les années 2004 et 2008) comportent des erreurs. Concernant l'année 2004, l'EPFL considère que l'autorité inférieure a octroyé à tort trois mois de salaire plus un treizième salaire complet, soit 4 x 3'900 francs. En effet, A._______ ayant été payé jusqu'au 30 septembre 2004 sur une base annuelle de 50'700 francs bruts, et les versements incluant déjà une part de treizième salaire, il n'aurait droit qu'à trois mois de salaire plus la part de treizième salaire équivalant aux trois derniers mois de l'année, soit un quart de 3'900 francs. Ainsi, en lieu et place des 15'600 francs (4 x 3'900) octroyés, A._______ aurait droit à 12'675 francs (3 x 3'900 + 975). Et, concernant l'année 2008, le solde dû par l'EPFL serait de 5'300 francs bruts, et non pas de 12'200 francs comme retenu par l'autorité inférieure.

E.
Egalement le 12 décembre 2008, A._______ a lui aussi interjeté recours devant le Tribunal administratif fédéral contre la décision de la CRIEPF du 4 novembre 2008.
Son recours ne porte que sur le chiffre 7 du dispositif de la décision attaquée, lequel a la teneur suivante : « A._______ est affilié à la Caisse fédérale de pensions Publica qui doit se prononcer sur le caractère éventuellement rétroactif de l'affiliation. Les cotisations dues par l'employeur ne peuvent pas être déduites de l'arriéré de salaire dû en vertu du point 4 du présent dispositif. Les cotisations dues par l'employé peuvent être déduites de l'arriéré de salaire dû. »
Selon A._______, la CRIEPF aurait dû statuer elle-même sur sa date d'affiliation à la caisse de pensions et n'aurait pas dû déléguer cette tâche à Publica. Il conclut à ce que le Tribunal administratif fédéral ordonne son affiliation à Publica avec effet rétroactif au 1er octobre 1980, subsidiairement à ce que le dossier soit renvoyé à l'autorité inférieure.

F.
Par ordonnance du Tribunal administratif fédéral du 15 janvier 2009, la procédure ouverte par le recours de l'EPFL (A-7976/2008) et celle ouverte par le recours de A._______ (A-7980/2008) ont été jointes et poursuivies sous le numéro désormais commun A-7976/2008.

G.
L'autorité inférieure a répondu aux deux recours par écriture du 12 février 2009.
En ce qui concerne le recours de l'EPFL, la CRIEPF admet avoir commis une erreur de calcul pour l'année 2008 et que le solde à verser à A._______ est bien de 5'300 francs, et non de 12'200 francs comme retenu à tort dans la décision attaquée. En ce qui concerne l'année 2004, la CRIEPF admet également les affirmations de l'EPFL, ceci néanmoins uniquement « s'il est avéré que la part de salaire payée à A._______ jusqu'au 30 septembre 2004 contenait déjà chaque mois une part du treizième salaire et que ce dernier n'était pas versé intégralement à la fin de l'année ».
Quant au recours de A._______, la CRIEPF conclut à son rejet. Elle renvoie au considérant 7 de la décision attaquée pour le surplus.

H.
Le 13 février 2009, A._______ a répondu au recours de l'EPFL, considérant que celui-ci n'appelait « aucune observation » de sa part et concluant à son rejet.
Le 13 mars 2009, l'EPFL a répondu au recours de A._______, concluant à son rejet, et maintenant sa position selon laquelle il appartient à Publica de se prononcer sur l'affiliation de celui-ci.

I.
Publica s'est déterminée sur le recours de A._______ le 2 avril 2009. Elle considère qu'il n'appartient pas au Tribunal administratif fédéral de « se prononcer sur les conditions d'une affiliation à la Caisse fédérale de pensions (d'assurance), celles-ci étant à fixer, hors contentieux, par la Caisse elle-même ». La conclusion principale de A._______ consistant justement à demander au Tribunal administratif fédéral d'ordonner une telle affiliation, Publica la considère comme irrecevable.

J.
Par écriture du 8 juin 2009, A._______ a réagi à la détermination de Publica. Il affirme que ce ne sont ni l'affiliation ni, à proprement parler, les conditions d'affiliation qui sont en jeu dans le cadre de son recours, mais uniquement la date à partir de laquelle cette affiliation doit prendre effet.
Selon A._______, l'objet de son recours est donc de demander au Tribunal administratif fédéral « de fixer - à la place de l'autorité inférieure qui s'y est refusé - la date à partir de laquelle l'affiliation doit prendre effet ».

K.
Par ordonnance du 7 octobre 2009, le Tribunal administratif fédéral a notamment demandé à l'EPFL de lui faire parvenir les fiches de salaire de A._______ concernant l'année 2004. Le Tribunal a également offert la possibilité aux parties de déposer des observations.
Publica a fait part de ses observations par écriture du 29 octobre 2009, réitérant le point de vue qu'elle avait exprimé dans son courrier du 2 avril 2009 quant à l'incompétence du Tribunal administratif fédéral dans la présente affaire.
La CRIEPF a fait savoir par courrier du 29 octobre 2009 qu'elle renonçait à déposer des observations complémentaires.
Enfin, par courrier du 20 novembre 2009, l'EPFL a transmis les fiches de salaires de A._______ demandées. Seuls deux décomptes de salaires ont été remis, cela en raison du fait que les chargés de cours n'étaient payés que deux fois par année ; les décomptes déposés sont datés de février et juin 2004 et portent chacun sur une somme de 25'350 francs bruts, correspondant à un salaire annuel de 50'700 francs.

L.
Par ordonnance du 26 novembre 2009, le Tribunal administratif fédéral a transmis ces écritures et documents aux parties, leur laissant la possibilité de déposer des observations finales, ce dont elles se sont abstenues. La cause a été gardée à juger le 15 décembre 2009.

M.
Les autres faits et arguments des parties seront repris, en tant que besoin, dans les considérants en droit ci-après.

Droit :

1.
1.1 Aux termes des art. 31
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 31 Principe - Le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)23.
et 33
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
let. f et h de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), le recours lui est recevable contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 5 - 1 Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
1    Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a  de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b  de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c  de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
2    Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
3    Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), rendues par des commissions fédérales, ainsi que par des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées.
La CRIEPF doit être qualifiée de commission fédérale ou, à tout le moins, d'autorité statuant dans l'accomplissement de tâches de droit public, si bien qu'il s'agit de toute façon d'une autorité précédente au sens des dispositions de l'art. 33
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
LTAF (let. f et h) précitées (cf. Message du Conseil fédéral du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale [FF 2001 IV 4226]). En outre, l'acte dont est recours satisfait aux conditions prévalant à la reconnaissance d'une décision au sens de l'art. 5
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 5 - 1 Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
1    Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a  de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b  de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c  de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
2    Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
3    Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
PA, et ne rentre pas dans le champ d'exclusion de l'art. 32
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre:
LTAF. Au demeurant, les décisions rendues par la CRIEPF concernant le droit du personnel fédéral peuvent, conformément à l'art. 36 al. 1
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 36 Instances judiciaires de recours - 1 Un recours peut être formé auprès du Tribunal administratif fédéral contre les décisions prises par l'employeur.117
1    Un recours peut être formé auprès du Tribunal administratif fédéral contre les décisions prises par l'employeur.117
2    Les décisions qui concernent un rapport de travail au sein du Tribunal fédéral peuvent faire l'objet d'un recours devant une commission de recours composée des présidents des tribunaux administratifs des cantons de Vaud, de Lucerne et du Tessin. En cas d'empêchement, le remplacement est régi par les règles applicables au tribunal administratif dans lequel le membre concerné travaille. La procédure est régie par la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral118. La commission est présidée par le membre dont la langue de travail est celle dans laquelle la procédure se déroule.
3    Les décisions qui concernent un rapport de travail au sein du Tribunal pénal fédéral peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral.
4    Les décisions qui concernent les rapports de travail au sein du Tribunal administratif fédéral peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal pénal fédéral.
LPers, être contestées devant le Tribunal administratif fédéral.
Cela étant, le Tribunal de céans est compétent pour connaître du litige. Par ailleurs, la procédure est régie par la PA pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA62, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
LTAF).

1.2 Les autres conditions posées par la loi à la recevabilité tant du recours de l'EPFL que de celui de A._______ (art. 48 ss
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 48 - 1 A qualité pour recourir quiconque:
1    A qualité pour recourir quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est spécialement atteint par la décision attaquée, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    A également qualité pour recourir toute personne, organisation ou autorité qu'une autre loi fédérale autorise à recourir.
PA) étant remplies en l'espèce, il convient d'entrer en matière.

2.
Le recours de l'EPFL ne porte que sur le chiffre 4 du dispositif de la décision attaquée (cf. consid. D en faits ci-avant). Ce chiffre 4 condamne l'EPFL à verser à A._______ le montant des salaires dus selon son statut réel pour la période du 1er octobre 2004 au 30 avril 2008 et renvoie, pour le détail des calculs de chaque salaire, au considérant 4 de sa décision. Ce sont les calculs relatifs aux années 2004 et 2008 qui sont mis en cause par l'EPFL.

2.1 Concernant d'abord l'année 2008, et comme cela a été relevé précédemment (cf. consid. G en faits), l'autorité inférieure a consenti à la conclusion de l'EPFL, en ce sens que le solde de salaire à verser à A._______ pour cette année-là serait bien de 5'300 francs, et non de 12'200 francs comme retenu dans la décision qu'elle a rendue.

2.1.1 A cet égard, il convient de relever que, selon le chiffre 4 du dispositif de la décision attaquée, le salaire dû à A._______ pour la période du 1er octobre 2004 au 30 avril 2008 doit être calculé sur la base du salaire de référence (année 2004) de 50'700 francs par année, déduction faite de la part accrue du salaire reçue de l'Institut X._______ par rapport à l'année 2004 ; et il résulte de la décision attaquée (consid. 4 ch. 10) que le salaire perçu par A._______ de l'Institut X._______ s'est élevé à 25'200 francs en 2004, et que, par la suite, celui-ci s'est élevé à 36'000 francs en 2005, à 42'000 francs en 2006, à 60'000 francs en 2007 et à 20'000 francs pour les quatre premiers mois de 2008.
Or, il appert sur ce vu que l'autorité inférieure a bel et bien commis une erreur de calcul concernant l'année 2008, comme elle l'explique d'ailleurs elle-même dans sa réponse du 12 février 2009 au recours : « Nous reconnaissons une erreur de calcul concernant le montant dû au recourant pour les quatre premiers mois de 2008. En 2004, A._______ a gagné CHF 25'200 à l'Institut X._______ (soit 25'200 /3 = CHF 8'400 pour les quatre premiers mois). L'excédent de salaire venant de l'Institut X._______ pour la période de janvier à avril 2008 est donc de CHF 20'000 moins CHF 8'400, soit CHF 11'600. C'est cette somme qui doit être déduite du salaire de référence de 16'900 (CHF 50'700 /3 = 16'900) pour la même période, si bien qu'il reste CHF 5'300 à verser à A._______. »
2.1.2 Il s'ensuit que le recours de l'EPFL est bien fondé concernant l'année 2008, en ce sens que cette dernière doit verser à A._______ un montant de 5'300 francs au lieu de 12'200 francs.

2.2 Par ailleurs, l'autorité inférieure a également consenti à la conclusion de l'EPFL concernant l'année 2004 - soit le versement d'un montant de 12'675 francs au lieu de 15'600 francs -, sous réserve qu'il soit avéré que le salaire versé à A._______ jusqu'au 30 septembre 2004 incluait déjà le treizième salaire.
2.2.1 Il s'est avéré au cours de la présente procédure que le salaire était versé en deux versements de 25'350 francs bruts et non en treize versements mensuels (cf. courrier de l'EPFL du 20 novembre 2009 et les décomptes de salaires y annexés). C'est ainsi à juste titre que l'EPFL a conclu à ce que le salaire dû pour 2004 n'était pas de trois salaires plus un treizième salaire complet (soit 4 x 3'900 = 15'600), mais bien de trois salaires plus un quart du treizième salaire (soit 3 x 3'900 + 975 = 12'675).
2.2.2 Ainsi convient-il de juger le recours de l'EPFL également bien fondé s'agissant de l'année 2004, le montant dû étant de 12'675 francs au lieu de 15'600 francs.

2.3 Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours de l'EPFL. Le texte du chiffre 4 du dispositif de la décision attaquée sera donc annulé et remplacé par le texte suivant :
« L'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne est condamnée à verser à A._______ le montant des salaires dus selon son réel statut pour la période du 1er octobre 2004 au 30 avril 2008, avec intérêts légaux à 5 % l'an, sur la base du salaire de référence de CHF 50'700 par année, déduction faite de la part accrue du salaire reçue de la part de l'Institut X._______ par rapport à l'année 2004. Les salaires bruts suivants doivent être versés à A._______ :
- du 1er octobre 2004 au 31 décembre 2004 : CHF 12'675 ;
- du 1er janvier 2005 au 31 décembre 2005 : CHF 39'900 ;
- du 1er janvier 2006 au 31 décembre 2006 : CHF 33'900 ;
- du 1er janvier 2007 au 31 décembre 2007 : CHF 15'900 ;
- du 1er janvier 2008 au 30 avril 2008 : CHF 5'300. »

3.
Pour sa part, dans son recours, A._______, considérant que c'est à tort que la CRIEPF a laissé à Publica la compétence de se prononcer sur sa date d'affiliation à la Publica, a conclu à ce que le Tribunal administratif fédéral ordonne son affiliation avec effet rétroactif au 1er octobre 1980.

3.1 Le principe de l'affiliation de A._______ à Publica est chose acquise depuis l'arrêt 2A.658/2005 du 28 juin 2006 rendu par le Tribunal fédéral dans une procédure opposant les mêmes parties (cf. consid. B.b ci-avant).

3.1.1 Publica est un établissement de droit public de la Confédération doté de la personnalité juridique (art. 2 de la loi fédérale du 20 décembre 2006 régissant la Caisse fédérale de pensions [Loi relative à PUBLICA, LPUBLICA], RS 172.222.1). Conformément à l'art. 3 al. 1
SR 172.222.1 Loi fédérale du 20 décembre 2006 régissant la Caisse fédérale de pensions (Loi relative à PUBLICA, LPUBLICA) - Caisse fédérale d'assurance
LPUBLICA Art. 3 Tâches - 1 PUBLICA assure le personnel des employeurs qui lui sont affiliés contre les conséquences économiques de la vieillesse, de l'invalidité et du décès. Elle met en oeuvre la prévoyance selon la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)4 et la loi du 17 décembre 1993 sur le libre passage (LFLP)5. Elle est inscrite au registre de la prévoyance professionnelle.
1    PUBLICA assure le personnel des employeurs qui lui sont affiliés contre les conséquences économiques de la vieillesse, de l'invalidité et du décès. Elle met en oeuvre la prévoyance selon la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)4 et la loi du 17 décembre 1993 sur le libre passage (LFLP)5. Elle est inscrite au registre de la prévoyance professionnelle.
2    Le Conseil fédéral peut confier d'autres tâches à PUBLICA dans la mesure où elles ont un rapport objectif avec le champ d'activité défini par la présente loi. La Confédération prend à sa charge les frais qui en résultent.
LPUBLICA, elle assure le personnel des employeurs qui lui sont affiliés et, à ce titre, met en oeuvre la prévoyance selon la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP, RS 831.40).

Selon l'art. 17 al. 5
SR 414.110 Loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les écoles polytechniques fédérales (Loi sur les EPF) - Loi sur les EPF
Loi-sur-les-EPF Art. 17 Rapports de travail du personnel et des professeurs - 1 Les rapports de travail du personnel et des professeurs sont régis par la LPers41, à moins que la présente loi n'en dispose autrement. À l'égard du domaine des EPF, le Conseil des EPF est réputé employeur au sens de l'art. 3, al. 2, LPers.
de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les écoles polytechniques fédérales (Loi sur les EPF, RS 414.110), le personnel des EPF est assuré auprès de la Caisse fédérale de pensions. Or, le système tel que l'a prévu le législateur veut que les questions relatives à cette affiliation soient traitées par la caisse de pensions (cf. art. 4
SR 172.222.1 Loi fédérale du 20 décembre 2006 régissant la Caisse fédérale de pensions (Loi relative à PUBLICA, LPUBLICA) - Caisse fédérale d'assurance
LPUBLICA Art. 4 Affiliation - 1 Sont affiliés à PUBLICA les employeurs visés à l'art. 32b de la loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)6.
1    Sont affiliés à PUBLICA les employeurs visés à l'art. 32b de la loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)6.
2    Peuvent également s'affilier à PUBLICA les employeurs qui sont proches de la Confédération ou qui remplissent une tâche publique pour le compte de la Confédération, d'un canton ou d'une commune. PUBLICA statue sur l'affiliation.
3    L'affiliation s'effectue par la conclusion d'un contrat d'affiliation. Les règlements de prévoyance ainsi que la fixation des frais administratifs font partie intégrante de ce contrat.
LPUBLICA) et, en cas de conflit, dans le cadre de la procédure prévue par l'art. 73
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 73 - 1 Chaque canton désigne un tribunal qui connaît, en dernière instance cantonale, des contestations opposant institutions de prévoyance, employeurs et ayants droit. Ce tribunal est également compétent:
1    Chaque canton désigne un tribunal qui connaît, en dernière instance cantonale, des contestations opposant institutions de prévoyance, employeurs et ayants droit. Ce tribunal est également compétent:
a  pour les contestations avec des institutions assurant le maintien de la prévoyance au sens des art. 4, al. 1, et 26, al. 1, LFLP304;
b  pour les contestations avec des institutions lorsque ces contestations résultent de l'application de l'art. 82, al. 2;
c  pour les prétentions en matière de responsabilité selon l'art. 52;
d  pour le droit de recours selon l'art. 56a, al. 1.305
2    Les cantons doivent prévoir une procédure simple, rapide et, en principe, gratuite; le juge constatera les faits d'office.
3    Le for est au siège ou domicile suisse du défendeur ou au lieu de l'exploitation dans laquelle l'assuré a été engagé.
4    ...306
LPP (voir aussi ATF 127 V 29 consid. 2). Cette disposition stipule, en son alinéa 1er, que "[c]haque canton désigne un tribunal qui connaît, en dernière instance cantonale, des contestations opposant institutions de prévoyance, employeurs et ayants droit" (cf. art. 48 ss
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 48 - 1 Les institutions de prévoyance qui entendent participer à l'application du régime de l'assurance obligatoire se feront inscrire dans le registre de la prévoyance professionnelle auprès de l'autorité de surveillance dont elles relèvent (art. 61).
1    Les institutions de prévoyance qui entendent participer à l'application du régime de l'assurance obligatoire se feront inscrire dans le registre de la prévoyance professionnelle auprès de l'autorité de surveillance dont elles relèvent (art. 61).
2    Les institutions de prévoyance enregistrées doivent revêtir la forme d'une fondation ou être une institution de droit public dotée de la personnalité juridique.142 Elles doivent allouer des prestations répondant aux prescriptions sur l'assurance obligatoire et être organisées, financées et administrées conformément à la présente loi.
3    Une institution de prévoyance est radiée du registre:
a  lorsqu'elle ne remplit plus les conditions légales pour être enregistrée et qu'elle ne procède pas aux adaptations nécessaires dans le délai fixé par l'autorité de surveillance;
b  lorsqu'elle renonce à son enregistrement.143
4    Les institutions de prévoyance enregistrées qui contribuent à l'application de la prévoyance professionnelle, de même que les tiers impliqués, sont habilités à utiliser systématiquement le numéro AVS144 pour l'accomplissement de leurs tâches légales, conformément aux dispositions de la LAVS145.146
LPP, ainsi que le Message du Conseil fédéral du 19 décembre 1975 à l'appui d'un projet de loi sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité [FF 1976 I 117, 179 ss]). Or, tant l'EPFL, dans sa décision du 27 novembre 2007 (cf. supra consid. B.d.), que l'autorité inférieure dans la décision attaquée, ont respecté ce système, puisqu'elles ont toutes deux réservé la compétence de Publica eu égard aux conditions d'affiliation de A._______.
3.1.2 Il convient donc de reconnaître qu'il appartient à Publica de se prononcer sur la date d'affiliation de A._______. Et c'est en vain que celui-ci craint que Publica n'ait pas les moyens de contraindre l'EPFL à fournir les renseignements nécessaires (cf. observations du 8 juin 2009). En effet, sans entrer dans le détail des moyens à disposition de Publica, il suffit de relever ici que toute contestation pourra être portée devant l'autorité cantonale prévue par l'art. 73
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 73 - 1 Chaque canton désigne un tribunal qui connaît, en dernière instance cantonale, des contestations opposant institutions de prévoyance, employeurs et ayants droit. Ce tribunal est également compétent:
1    Chaque canton désigne un tribunal qui connaît, en dernière instance cantonale, des contestations opposant institutions de prévoyance, employeurs et ayants droit. Ce tribunal est également compétent:
a  pour les contestations avec des institutions assurant le maintien de la prévoyance au sens des art. 4, al. 1, et 26, al. 1, LFLP304;
b  pour les contestations avec des institutions lorsque ces contestations résultent de l'application de l'art. 82, al. 2;
c  pour les prétentions en matière de responsabilité selon l'art. 52;
d  pour le droit de recours selon l'art. 56a, al. 1.305
2    Les cantons doivent prévoir une procédure simple, rapide et, en principe, gratuite; le juge constatera les faits d'office.
3    Le for est au siège ou domicile suisse du défendeur ou au lieu de l'exploitation dans laquelle l'assuré a été engagé.
4    ...306
LPP.

3.2 Au vu de ce qui précède, le recours de A._______ doit être rejeté et le chiffre 7 du dispositif de la décision attaquée confirmé.

4.
4.1 Le recours de l'EPFL étant admis, il y a lieu de considérer que cette dernière a gain de cause, en qualité de recourante, et que A._______ y succombe, en qualité d'intimé.

Par ailleurs, le recours de A._______ étant rejeté, il en résulte que l'EPFL y obtient gain de cause en qualité d'intimée.

4.2 A._______ succombe donc dans les deux causes, en qualité d'intimé et de recourant. Cela étant, l'art. 34 al. 2
SR 172.220.1 Loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers)
LPers Art. 34 Litiges liés aux rapports de travail - 1 Si, lors de litiges liés aux rapports de travail, aucun accord n'intervient, l'employeur rend une décision.
1    Si, lors de litiges liés aux rapports de travail, aucun accord n'intervient, l'employeur rend une décision.
1bis    Les décisions portant sur le transfert d'employés et les autres instructions de service adressées aux personnes soumises à la discipline des transferts en vertu de l'art. 21, al. 1, let. a et cbis, ne constituent pas des décisions susceptibles de recours.107
2    La procédure de première instance et la procédure de recours visées à l'art. 36 sont gratuites, sauf en cas de recours téméraire.108
3    Les personnes dont la candidature à un poste a été rejetée ne peuvent exiger qu'une décision susceptible de recours soit rendue.109
LPers, applicable en tant que lex specialis par rapport à l'art. 63 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
PA, prévoit que la procédure de recours en matière de droit du personnel est gratuite. Aucun frais ne sera donc mis à sa charge.

4.3 Par ailleurs, A._______ n'a pas droit à des dépens (art. 7 al. 1
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2] a contrario). Quant à l'EPFL, elle n'a pas droit à des dépens en sa qualité d'autorité (art. 7 al. 3
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
FITAF).

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours de l'EPFL est admis.

2.
Le texte du chiffre 4 du dispositif de la décision du 4 novembre 2008 de la CRIEPF est annulé et remplacé par le texte suivant :
« L'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne est condamnée à verser à A._______ le montant des salaires dus selon son réel statut pour la période du 1er octobre 2004 au 30 avril 2008, avec intérêts légaux à 5 % l'an, sur la base du salaire de référence de CHF 50'700 par année, déduction faite de la part accrue du salaire reçue de la part de l'Institut X._______ par rapport à l'année 2004. Les salaires bruts suivants doivent être versés à A._______ :
- du 1er octobre 2004 au 31 décembre 2004 : CHF 12'675 ;
- du 1er janvier 2005 au 31 décembre 2005 : CHF 39'900 ;
- du 1er janvier 2006 au 31 décembre 2006 : CHF 33'900 ;
- du 1er janvier 2007 au 31 décembre 2007 : CHF 15'900 ;
- du 1er janvier 2008 au 30 avril 2008 : CHF 5'300. »

3.
Le recours de A._______ est rejeté.

4.
Il n'est pas perçu de frais de procédure.

5.
Il n'est pas alloué de dépens.

6.
Le présent arrêt est adressé :
à A._______ (Acte judiciaire)
à l'EPFL (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. 0208 ; Recommandé)
au Secrétariat général du Département fédéral de l'intérieur (DFI) (Acte judiciaire)

Le président du collège : Le greffier :

Jérôme Candrian Gilles Simon

Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
, 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1bis    Lorsqu'une procédure en matière civile a été menée en anglais devant l'autorité précédente, les mémoires peuvent être rédigés en anglais.15
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.16 17
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique18. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.19
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF).
Expédition :