Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 853/2021

Arrêt du 12 mai 2022

IIe Cour de droit public

Composition
Mme et MM. les Juges fédéraux
Aubry Girardin, Présidente, Donzallaz et Beusch.
Greffier : M. Dubey.

Participants à la procédure
A.________,
représenté par B.________ SA, Maîtres Dominique Morand et Alexandra Pillonel, avocats,
recourant,

contre

Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne.

Objet
Taxe sur la valeur ajoutée (2012 à 2016),

recours contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, Cour I, du 27 septembre 2021 (A-2953/2020).

Faits :

A.
A.________ est immatriculé en tant que contribuable assujetti en raison individuelle à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après : l'AFC) entre le 1 e r janvier 2012 et le 30 juin 2017. Par contrat de transfert de patrimoine du 30 mai 2017, il a transféré cette exploitation à la société anonyme « C.________ SA », à U.________. La raison individuelle a été radiée au 30 juin 2017. A.________ était propriétaire, jusqu'au transfert d'exploitation précité, de plusieurs immeubles en Valais, notamment de surfaces commerciales sises à V.________, à U.________ (« D.________ ») et à W.________. Ces locaux étaient loués à des tiers.
En 2012, il a adressé des factures de loyers mentionnant la TVA aux locataires des immeubles de U.________ et W.________. Après avoir changé de fiduciaire, il s'est rendu compte que la TVA qu'il facturait à ses locataires ne pouvait pas être récupérée par ces derniers, qui décomptaient pour la plupart selon la méthode des taux de la dette fiscale nette. En octobre 2015, son conseiller TVA lui a recommandé de corriger les factures concernant les locations des immeubles sis à U.________ et W.________, pour l'imposition desquelles il avait opté, selon lui, par erreur.
Durant le 1er semestre 2016, le contribuable a remis à l'AFC des décomptes rectificatifs pour les années 2012 à 2016. Au vu de ces décomptes et après ajustements arrêtés après treize échanges écrits et oraux entre le contribuable et l'AFC, les montants de TVA en cause ont été remboursés au contribuable. Fin 2016, ce dernier a informé les locataires des immeubles concernés de son erreur et a émis en leur faveur des notes de crédit pour le montant de TVA facturé selon lui « à tort » sur les loyers des années 2012 à 2015, dont la réception a été attestée par ces derniers.
A l'occasion d'un contrôle TVA effectué en 2017 et portant sur les périodes fiscales 2012 à 2016, l'AFC a constaté que le contribuable avait omis de soumettre à la TVA certains loyers commerciaux, dont les factures initiales mentionnaient dite taxe. Elle a considéré que le contribuable avait annulé l'option d'imposition des locations immobilières. L'effet rétroactif de cette annulation ne pouvait aller au-delà de l'année au cours de laquelle l'annulation avait eu lieu. Les corrections effectuées pour les années 2012 à 2015 aboutissaient donc à une absence indue d'imposition.
Le 10 décembre 2018, elle a adressé au contribuable une notification d'estimation (no 1), arrêtant, pour les années 2012 à 2016, la créance fiscale (à respectivement 120'793 fr., 1'419 fr., 14'015 fr., 117'797 fr. et 8'432 fr.) et la correction de l'impôt en faveur de l'État à 93'688 francs.
Par décision du 20 janvier 2020, l'AFC a confirmé la notification d'estimation et a refusé la correction du contribuable. Par décision sur réclamation du 12 mars 2020, I'AFC a rejeté la réclamation que le contribuable avait déposée le 20 février 2020 contre la notification d'estimation établie le 10 décembre 2018 par l'AFC.
Par recours du 8 mai 2020, le contribuable a demandé au Tribunal administratif fédéral d'annuler la décision du 12 mars 2020.

B.
Par arrêt du 27 septembre 2021, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours que le contribuable avait interjeté contre la décision sur réclamation rendue le 12 mars 2020 par I'AFC. Le contribuable avait fait figurer la TVA sur ses factures de loyers et dans ses décomptes trimestriels; il avait ainsi rempli valablement toutes les conditions pour l'imposition de prestations de location d'immeubles qui pouvaient faire l'objet d'une option d'imposition. Les conditions de restitution de la TVA prévues par l'art. 27 al. 2 de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la TVA (LTVA, RS 641.20, dans sa version en vigueur jusqu'au 1er janvier 2018) n'étaient pas réunies, le contribuable ayant opéré un choix conforme à la loi quand bien même il l'avait regretté ensuite. Enfin, il n'avait reçu aucune promesse de l'AFC l'autorisant à penser que la TVA pouvait lui être restituée.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, le contribuable demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 27 septembre 2021 par le Tribunal administratif fédéral et de dire qu'il n'est pas redevable de la TVA sur les loyers des immeubles de U.________ et W.________ pour la période 2012 à 2016. Il se plaint de la violation de l'art. 27
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 27 Mention inexacte ou indue de l'impôt - 1 Celui qui n'est pas inscrit au registre des assujettis ou qui recourt à la procédure de déclaration visée à l'art. 38 n'a pas le droit de faire figurer l'impôt sur les factures.
LTVA ainsi que de la violation de la bonne foi protégée par l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst.
Le Tribunal administratif fédéral n'a pas formulé d'observations sur le recours. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours sous suite de frais.

Considérant en droit :

1.
L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF), émanant du Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF) ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit59 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs66;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics64;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:71
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications72;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste74;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3475 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)76;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers80);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198184, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie87 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Déposé en temps (art. 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants93 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants94.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets96.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...97
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF) et dans les formes prescrites (art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1bis    Lorsqu'une procédure en matière civile a été menée en anglais devant l'autorité précédente, les mémoires peuvent être rédigés en anglais.15
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.16 17
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique18. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.19
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF) par le destinataire de l'acte attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF), le recours en matière de droit public est recevable.

2.
Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, au sens des art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
et 96
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 96 Droit étranger - Le recours peut être formé pour:
a  inapplication du droit étranger désigné par le droit international privé suisse;
b  application erronée du droit étranger désigné par le droit international privé suisse, pour autant qu'il s'agisse d'une affaire non pécuniaire.
LTF. Sous réserve de la violation de droits fondamentaux et de dispositions de droit cantonal et intercantonal, qui suppose un grief invoqué et motivé (cf. art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF).

3.
Le litige porte sur les périodes allant du 1er trimestre 2012 au 4 ème trimestre 2016. La première question qui se pose est celle de la prescription, qui doit, selon la jurisprudence, être examinée d'office lorsqu'elle joue en faveur du contribuable (ATF 138 II 169 consid. 3.2; 133 II 366 consid. 3.3; 73 I 125 consid. 1; cf. en matière de TVA: arrêt 2C 402/2021 du 10 novembre 2021 consid. 3).

3.1. En vertu de l'art. 42 al. 1 de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA; RS 641.20), le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née. Une déclaration écrite sujette à réception visant à fixer ou à corri
ger la créance fiscale, une décision, une décision sur réclamation ou un jugement interrompent la prescription, de même que l'annonce d'un contrôle ou le début d'un contrôle non annoncé selon l'art. 78 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 78 Contrôle - 1 L'AFC peut effectuer des contrôles auprès des assujettis dans la mesure nécessaire à l'établissement des faits. À cette fin, les assujettis doivent lui donner accès à leur comptabilité ainsi qu'aux pièces justificatives qui s'y rapportent. Cette obligation s'applique aussi aux tiers tenus de fournir des renseignements en vertu de l'art. 73, al. 2.
LTVA (art. 42 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 42 Prescription du droit de taxation - 1 Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
LTVA). Si la prescription est interrompue par l'AFC ou par une instance de recours, le délai recommence à courir. Le nouveau délai est de deux ans (art. 42 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 42 Prescription du droit de taxation - 1 Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
LTVA). Enfin, le droit de taxation se prescrit dans tous les cas par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née (art. 42 al. 6
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 42 Prescription du droit de taxation - 1 Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
LTVA).

3.2. En l'espèce, la prescription absolue de dix ans n'est atteinte pour aucune des périodes. La prescription relative de cinq ans ne l'est pas non plus : il ressort l'arrêt attaqué que le contrôle de l'AFC a eu lieu en 2017. La présente cause n'est donc pas prescrite.

4.
La LTVA et son ordonnance d'exécution du 27 novembre 2009 (OTVA, RS 641.201) sont entrées en vigueur le 1er janvier 2010. Les art. 22
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 22 Option pour l'imposition des prestations exclues du champ de l'impôt - 1 Sous réserve de l'al. 2, l'assujetti peut soumettre à l'impôt des prestations exclues du champ de l'impôt (option) pour autant qu'il l'indique clairement ou qu'il déclare l'imposition de ces prestations dans le décompte.69
et 27 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 27 Mention inexacte ou indue de l'impôt - 1 Celui qui n'est pas inscrit au registre des assujettis ou qui recourt à la procédure de déclaration visée à l'art. 38 n'a pas le droit de faire figurer l'impôt sur les factures.
let. b LTVA ont été révisés par le ch. I de la modification du 30 septembre 2016 de la LTVA, avec effet au 1 er janvier 2018 (RO 2017 3575 4857; FF 2015 2467). Le présent litige porte sur les périodes fiscales 2012 à 2016. Ce sont donc les dispositions de la LTVA et de l'OTVA dans leur teneur jusqu'au 31 décembre 2017 qui sont applicables en l'espèce (ci-après : LTVA 2009 et OTVA 2009).

5.
Le litige porte sur la correction par le recourant de la TVA facturée sur les loyers des immeubles de U.________ et W.________. Il convient de commencer par présenter le régime applicable à de telles prestations.

5.1. Sont soumises à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse les prestations fournies sur le territoire suisse par des assujettis moyennant une contre-prestation; ces prestations sont imposables pour autant que la présente loi ne l'exclue pas (art. 18 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 18 Principe - 1 Sont soumises à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse les prestations fournies sur le territoire suisse par des assujettis moyennant une contre-prestation; ces prestations sont imposables pour autant que la présente loi ne l'exclue pas.
LTVA). Sous réserve d'exceptions non pertinentes en l'espèce, la mise à la disposition de tiers, à des fins d'usage ou de jouissance, d'immeubles ou de parts d'immeubles est exclue du champ de l'impôt (art. 21 al. 2 ch. 21
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 21 Prestations exclues du champ de l'impôt - 1 Une prestation exclue du champ de l'impôt n'est pas imposable si l'assujetti n'a pas opté pour son imposition en vertu de l'art. 22.
LTVA). En vertu de l'art. 21 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 21 Prestations exclues du champ de l'impôt - 1 Une prestation exclue du champ de l'impôt n'est pas imposable si l'assujetti n'a pas opté pour son imposition en vertu de l'art. 22.
LTVA, une prestation exclue du champ de l'impôt n'est pas imposable si l'assujetti n'a pas opté pour son imposition en vertu de l'art. 22
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 22 Option pour l'imposition des prestations exclues du champ de l'impôt - 1 Sous réserve de l'al. 2, l'assujetti peut soumettre à l'impôt des prestations exclues du champ de l'impôt (option) pour autant qu'il l'indique clairement ou qu'il déclare l'imposition de ces prestations dans le décompte.69
LTVA. L'art. 22 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 22 Option pour l'imposition des prestations exclues du champ de l'impôt - 1 Sous réserve de l'al. 2, l'assujetti peut soumettre à l'impôt des prestations exclues du champ de l'impôt (option) pour autant qu'il l'indique clairement ou qu'il déclare l'imposition de ces prestations dans le décompte.69
LTVA prévoit que, sous réserve d'exceptions qui n'entrent pas en considération en l'occurrence (al. 2), l'assujetti peut soumettre à l'impôt des prestations exclues du champ de l'impôt (option) pour autant qu'il l'indique clairement ou qu'il déclare l'imposition de ces prestations dans le décompte. En application de l'art. 28 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 28 Principe - 1 Sous réserve des art. 29 et 33, l'assujetti peut déduire les impôts préalables suivants dans le cadre de son activité entrepreneuriale:
LTVA, l'assujetti peut, sous réserve des art. 29 et 33, déduire les impôts préalables qu'il a supportés dans le cadre de son activité entrepreneuriale. Ne donnent nommément pas droit à la déduction de l'impôt
préalable les prestations et l'importation de biens affectés à la fourniture de prestations qui sont de leur côté exclues du champ de l'impôt si l'assujetti n'a pas opté pour leur imposition (art. 29 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 29 Exclusion du droit à la déduction de l'impôt préalable - 1 Les prestations et l'importation de biens affectés à la fourniture de prestations exclues du champ de l'impôt ne donnent pas droit à la déduction de l'impôt préalable si l'assujetti n'a pas opté pour leur imposition.
LTVA).
L'instance précédente a correctement exposé la jurisprudence relative à l'art. 22 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 22 Option pour l'imposition des prestations exclues du champ de l'impôt - 1 Sous réserve de l'al. 2, l'assujetti peut soumettre à l'impôt des prestations exclues du champ de l'impôt (option) pour autant qu'il l'indique clairement ou qu'il déclare l'imposition de ces prestations dans le décompte.69
LTVA (ATF 140 II 495 consid. 3). Il en ressort que l'option exercée de manière juridiquement valable conduit immédiatement à l'imposition de la prestation et écarte l'exclusion, qui prend sinon place, du droit à la déduction de l'impôt préalable. L'exigence de la divulgation (« qu'il l'indique clairement », « offener Ausweis der Steuer », « lo indichi chiaramente ») est une prescription de validité qui est remplie lorsque la manifestation de volonté au sujet de l'existence de l'impôt et la déclaration de reconnaissance sur le montant de l'impôt sont exprimées par la mention de la TVA dans la facture au débiteur.

5.2. En l'espèce, il n'est pas contesté que le recourant a fait figurer la TVA sur ses factures de loyers et dans ses décomptes trimestriels et qu'il a ainsi rempli valablement toutes les conditions pour l'imposition de prestations qui pouvaient faire l'objet d'une option (mémoire de recours, p. 7 ch. 2.2.1).

5.3. Le recourant soutient qu'il n'a pas choisi de facturer la TVA. Il perd de vue le rôle central de la facture en matière de TVA : la facture (commerciale; art. 3 let. k
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 3 Définitions - Au sens de la présente loi, on entend par:
LTVA) ainsi que la mention de l'impôt revêtent depuis toujours une importance déterminante en droit de la TVA (art. 28
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 28 Détachement transfrontalier de collaborateurs dans le cadre d'un groupe d'entreprises - (art. 18 LTVA)
a  un employeur étranger détache un collaborateur dans un établissement appartenant au même groupe d'entreprises sur le territoire suisse ou un employeur domicilié sur le territoire suisse détache un collaborateur dans un établissement à l'étranger appartenant au même groupe d'entreprises;
b  le collaborateur fournit son travail à l'établissement en gardant toutefois son contrat de travail avec l'entreprise qui l'a détaché, et
c  le salaire, les charges sociales et les frais de l'employeur qui a détaché le collaborateur sont mis à la charge de l'établissement sans supplément.
de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée [OTVA 1994; RO 1994 1464] et l'art. 37
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 37 Décompte selon les méthodes des taux de la dette fiscale nette et des taux forfaitaires - 1 Tout assujetti dont le chiffre d'affaires annuel n'excède pas 5 024 000 francs provenant de prestations imposables et dont le montant d'impôt - calculé au taux de la dette fiscale nette déterminant pour lui - n'excède pas 108 000 francs pour la même période peut arrêter son décompte au moyen de la méthode des taux de la dette fiscale nette.109
de la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée [LTVA 1999; RO 2000 1300]; actuellement art. 26
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 26 Facture - 1 Si le destinataire de la prestation en fait la demande, le fournisseur lui délivre une facture répondant aux exigences des al. 2 et 3.
LTVA). Sur demande du destinataire de la prestation, le fournisseur assujetti doit établir une facture répondant aux exigences légales de l'art. 26 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 26 Facture - 1 Si le destinataire de la prestation en fait la demande, le fournisseur lui délivre une facture répondant aux exigences des al. 2 et 3.
et 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 26 Facture - 1 Si le destinataire de la prestation en fait la demande, le fournisseur lui délivre une facture répondant aux exigences des al. 2 et 3.
LTVA (art. 26 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 26 Facture - 1 Si le destinataire de la prestation en fait la demande, le fournisseur lui délivre une facture répondant aux exigences des al. 2 et 3.
LTVA; arrêts 2C 492/2020 du 25 février 2022 consid. 4.1; 2C 285/2008 du 29 août 2008 consid. 3.1 [sur l'art. 37 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 37 Décompte selon les méthodes des taux de la dette fiscale nette et des taux forfaitaires - 1 Tout assujetti dont le chiffre d'affaires annuel n'excède pas 5 024 000 francs provenant de prestations imposables et dont le montant d'impôt - calculé au taux de la dette fiscale nette déterminant pour lui - n'excède pas 108 000 francs pour la même période peut arrêter son décompte au moyen de la méthode des taux de la dette fiscale nette.109
LTVA 1999]; 4P.166/2006 du 9 novembre 2006 consid. 5.5 [sur l'art. 28 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 28 Détachement transfrontalier de collaborateurs dans le cadre d'un groupe d'entreprises - (art. 18 LTVA)
a  un employeur étranger détache un collaborateur dans un établissement appartenant au même groupe d'entreprises sur le territoire suisse ou un employeur domicilié sur le territoire suisse détache un collaborateur dans un établissement à l'étranger appartenant au même groupe d'entreprises;
b  le collaborateur fournit son travail à l'établissement en gardant toutefois son contrat de travail avec l'entreprise qui l'a détaché, et
c  le salaire, les charges sociales et les frais de l'employeur qui a détaché le collaborateur sont mis à la charge de l'établissement sans supplément.
OTVA 1994]). Comme la facture confère au destinataire de la prestation, lorsqu'elle satisfait aux exigences en matière de TVA et sous réserve des conditions de l'art. 28 al. 4
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 28 Principe - 1 Sous réserve des art. 29 et 33, l'assujetti peut déduire les impôts préalables suivants dans le cadre de son activité entrepreneuriale:
LTVA, une attestation pour la déduction de l'impôt préalable dans le cadre de son activité entrepreneuriale (art. 28 al. 1 let. a
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 28 Principe - 1 Sous réserve des art. 29 et 33, l'assujetti peut déduire les impôts préalables suivants dans le cadre de son activité entrepreneuriale:
LTVA), elle ne saurait voir son effet de
validité formelle affaibli par la prise en considération d'un éventuel défaut de volonté interne du fournisseur qui résulte uniquement de son for intérieur et n'est nullement perceptible par les tiers. Il n'importe par conséquent pas en l'espèce que le recourant ait involontairement indiqué la TVA sur les factures de loyers des immeubles de U.________ et W.________.

6.
Le recourant conteste être redevable de l'impôt. Il soutient qu'il était en droit de corriger les factures qui ont mentionné la TVA sur les loyers des immeubles de U.________ et W.________. Il est d'avis qu'il n'a pas commis d'erreur entre plusieurs régimes de TVA conformes à la loi ni regretté son choix.

6.1. Dans la version de la LTVA 2009 en vigueur jusqu'au 31 décembre 2017 applicable en l'espèce (supra consid. 4), l'art. 27 al. 2 était formulé de la manière suivante : « Celui qui fait figurer l'impôt dans une facture sans en avoir le droit ou mentionne un taux ou un montant d'impôt trop élevé est redevable de cet impôt, sauf s'il remplit une des conditions suivantes: a. il corrige sa facture conformément à l'al. 4; ou b. il prouve que la Confédération n'a subi aucun préjudice financier, ce qui est le cas notamment lorsque le destinataire de la facture n'a pas déduit l'impôt préalable ou que l'impôt préalable déduit a été remboursé ».

6.2. Si le texte légal est clair, c'est-à-dire indiscutable et sans équivoque, on ne doit s'en écarter que s'il existe des motifs sérieux de penser que ce texte ne correspond pas en tous points au « sens véritable » de la norme. De tels motifs peuvent résulter des travaux préparatoires de la disposition (méthode historique), de son but (méthode téléologique) ou de sa relation avec d'autres normes (méthode systématique). Si le texte légal n'est pas clair, respectivement pas absolument précis, et que plusieurs interprétations demeurent possibles, il faut rechercher la véritable portée de la norme. A cet effet, il convient de recourir à toutes les méthodes d'interprétation reconnues (pluralisme méthodologique pragmatique). Sont particulièrement importantes le but poursuivi par la réglementation, les appréciations qui sont à la base du texte, ainsi que le sens contextuel dans lequel s'inscrit la norme. Si, dans le cadre d'un texte légal pas clair, demeurent en fin de compte plusieurs interprétations possibles, il convient de choisir celle qui correspond le mieux à la Constitution. Une interprétation conforme à la Constitution trouve également cependant ses limites dans le libellé clair et le sens d'une disposition légale (ATF 143 IV
122
consid. 3.2.3).

6.3. C'est à juste titre que l'instance précédente retient que la première condition pour bénéficier de l'exception et ne pas être redevable de l'impôt ressort de la lettre claire de l'art. 27 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 27 Mention inexacte ou indue de l'impôt - 1 Celui qui n'est pas inscrit au registre des assujettis ou qui recourt à la procédure de déclaration visée à l'art. 38 n'a pas le droit de faire figurer l'impôt sur les factures.
LTVA. Il faut en effet avoir fait figurer l'impôt dans une facture sans en avoir le droit ou mentionné un taux ou un montant d'impôt trop élevé. La deuxième condition exige du contribuable qu' il corrige sa facture conformément à l'al. 4(cf. arrêt 2C 411/2014 du 15 septembre 2014 consid. 2.2.3).

6.4. En l'espèce, la mise à la disposition de tiers, à des fins d'usage ou de jouissance, d'immeubles ou de parts d'immeubles est exclue du champ de l'impôt (art. 21 al. 2 ch. 21
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 21 Prestations exclues du champ de l'impôt - 1 Une prestation exclue du champ de l'impôt n'est pas imposable si l'assujetti n'a pas opté pour son imposition en vertu de l'art. 22.
LTVA) et n'est pas imposable si l'assujetti n'a pas opté pour son imposition en vertu de l'art. 22
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 22 Option pour l'imposition des prestations exclues du champ de l'impôt - 1 Sous réserve de l'al. 2, l'assujetti peut soumettre à l'impôt des prestations exclues du champ de l'impôt (option) pour autant qu'il l'indique clairement ou qu'il déclare l'imposition de ces prestations dans le décompte.69
LTVA. Comme il a clairement indiqué la TVA sur les factures de location d'immeubles en cause, le recourant a dûment fait usage de l'option d'imposition prévue par l'art. 22
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 22 Option pour l'imposition des prestations exclues du champ de l'impôt - 1 Sous réserve de l'al. 2, l'assujetti peut soumettre à l'impôt des prestations exclues du champ de l'impôt (option) pour autant qu'il l'indique clairement ou qu'il déclare l'imposition de ces prestations dans le décompte.69
LTVA (cf. consid. 5 supra). L'impôt qui figure sur dites factures est par conséquent conforme à la LTVA qui autorise l'usage de l'option pour ce type de prestations. La première condition de l'art. 27 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 27 Mention inexacte ou indue de l'impôt - 1 Celui qui n'est pas inscrit au registre des assujettis ou qui recourt à la procédure de déclaration visée à l'art. 38 n'a pas le droit de faire figurer l'impôt sur les factures.
LTVA 2009, qui exige d'avoir fait figurer l'impôt dans une facture sans en avoir le droit ou d'avoir mentionné un taux ou un montant d'impôt trop élevé, n'est par conséquent pas remplie en l'espèce, comme l'a jugé à bon droit l'instance précédente. Sous l'angle de l'art. 27 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 27 Mention inexacte ou indue de l'impôt - 1 Celui qui n'est pas inscrit au registre des assujettis ou qui recourt à la procédure de déclaration visée à l'art. 38 n'a pas le droit de faire figurer l'impôt sur les factures.
LTVA, le recourant reste par conséquent redevable de l'impôt pour les périodes en cause.

7.

7.1. Le recourant est toutefois d'avis qu'il était en droit de renoncer rétroactivement à l'option d'imposition en corrigeant les factures mentionnant la TVA, afin de ne plus être redevable de l'impôt. Il semble penser qu'indépendamment des conditions de l'art. 27 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 27 Mention inexacte ou indue de l'impôt - 1 Celui qui n'est pas inscrit au registre des assujettis ou qui recourt à la procédure de déclaration visée à l'art. 38 n'a pas le droit de faire figurer l'impôt sur les factures.
LTVA, la suppression rétroactive de l'indication de l'impôt sur la facture conduirait, une fois la suppression de l'option effectuée, à constater qu'en tant que fournisseur de la prestation, il a valablement renoncé à opter pour l'imposition volontaire de la prestation pour toutes les périodes en cause, de sorte qu'aucun impôt ne serait dû.

7.2. Selon l'art. 27 al. 4
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 27 Mention inexacte ou indue de l'impôt - 1 Celui qui n'est pas inscrit au registre des assujettis ou qui recourt à la procédure de déclaration visée à l'art. 38 n'a pas le droit de faire figurer l'impôt sur les factures.
LTVA, la facture peut être corrigée ultérieurement, dans les limites admises par le droit commercial, par un document qui mentionne et annule la facture d'origine et dont la réception doit être attestée par le destinataire.
La lettre de cette disposition n'est pas univoque en ce que le terme « ultérieurement » ne précise pas dans quel délai la correction de la facture peut avoir lieu. Force est toutefois de constater que la correction de la facture ne peut avoir lieu que dans les cas prévus par l'art. 27 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 27 Mention inexacte ou indue de l'impôt - 1 Celui qui n'est pas inscrit au registre des assujettis ou qui recourt à la procédure de déclaration visée à l'art. 38 n'a pas le droit de faire figurer l'impôt sur les factures.
LTVA 2009, soit lorsque le contribuable fait figurer l'impôt dans une facture sans en avoir le droit ou mentionne un taux ou un montant d'impôt trop élevé. Il a été démontré ci-dessus que cette condition n'est pas réalisée en l'espèce.
Reste par conséquent seule litigieuse la question de savoir si le recourant pouvait renoncer à l'option d'imposition des loyers rétroactivement.

7.3. Dans l'ATF 140 II 495, le Tribunal fédéral fédéral a examiné la portée de l'art. 22
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 22 Option pour l'imposition des prestations exclues du champ de l'impôt - 1 Sous réserve de l'al. 2, l'assujetti peut soumettre à l'impôt des prestations exclues du champ de l'impôt (option) pour autant qu'il l'indique clairement ou qu'il déclare l'imposition de ces prestations dans le décompte.69
LTVA 2009 en matière d'option d'imposition. Il a relevé que, pendant le plénum du Conseil des États, la rapporteure de la commission, la Conseillère aux États Sommaruga, avait rapporté, le 2 juin 2009, que la commission considérait comme inadéquat qu'il puisse être opté rétroactivement pour l'imposition d'une prestation et proposait par conséquent un système très simple : celui qui fournit une prestation exclue du champ de l'impôt d'après la loi et qui indique clairement l'impôt dans la facture établie à l'attention de la cliente a opté pour l'imposition. La TVA facturée devait être versée à l'Administration fédérale et la déduction de l'impôt préalable pouvait être entreprise de manière correspondante. Grâce à ce système, il n'était plus nécessaire de réglementer la rétroactivité de l'option. Plus loin dans l'arrêt, le Tribunal fédéral a également relevé que, lors de la séance de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil des États (CER-E) du 27 avril 2009, l'Administration fédérale des contributions avait mentionné les difficultés administratives qui résulteraient en cas d'option rétroactive du fait que les pièces seraient «
établies de manière erronée ». (ATF 140 II 495 consid. 3.3.2 et 3.3.3 trad. in RDAF 2015 II 330). Il résulte de ce qui précède qu'en 2009 déjà, le législateur fédéral a expressément exclu le droit d'opter rétroactivement pour l'imposition. Pour les même motifs que ceux exprimés durant les travaux parlementaires, cette exclusion vaut également dans l'autre sens. En d'autres termes, il est exclu de révoquer à titre rétroactif l'option d'imposition exprimée antérieurement.
Ce constat a du reste pris corps dans le nouvel art. 39
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 39 impôt - (art. 22 LTVA)
OTVA 2016 qui précise qu'il n'est plus possible d'exercer l'option ou de renoncer à une option déjà exercée après l'écoulement du délai de finalisation défini à l'art. 72
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 72 Correction d'erreurs dans le décompte - 1 L'assujetti qui constate des erreurs dans son décompte lors de l'établissement de ses comptes annuels doit les corriger au plus tard dans le décompte établi pour la période pendant laquelle tombe le 180e jour qui suit la fin de l'exercice considéré.
, al. 1, LTVA. Cela ressort également de la Web-Info TVA 04 " objet de l'impôt ", publiée en 2018, qui indique que la facture initialement établie peut être corrigée avant l'écoulement du délai de finalisation (renonciation à l'option exercée ou exercice ultérieur de l'option (ch. 7.1). Cette novelle ainsi que le contenu de la Web-Info publiée en 2018, bien qu'ultérieurs aux périodes en cause en l'espèce, mettent en évidence ce que le législateur a expressément voulu dès l'entrée en vigueur de la LTVA 2009 et qui a été mis en lumière par l'examen des travaux parlementaires dans l'ATF 140 II 495.

7.4. En l'espèce, ce n'est qu'en 2016 que le recourant a communiqué à ses locataires qu'il renonçait à l'imposition des prestations de location et qu'il leur a remboursé les montants de TVA facturée. Il s'ensuit que seules les corrections pour l'année en cours, soit 2016, pouvaient être prises en considération, car elles n'avaient pas d'effet rétroactif.

7.5. C'est à bon droit, par conséquent, que l'instance précédente a jugé que le recourant ne pouvait pas corriger les factures émises et restait redevable de l'impôt pour les périodes fiscales 2012 à 2015.
Le recours est rejeté sur ce point.

8.
Invoquant l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. le recourant se plaint de ce qu'à aucun moment durant les échanges qu'il a tenus avec l'Administration fédérale des contributions, cette dernière ne l'a mis en garde sur l'impossibilité de corriger les factures. Il est d'avis que le silence de l'autorité intimée était de nature à faire croire que la correction des factures serait possible et admise.

8.1. Découlant directement de l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration. Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore qu'il se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice et que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée (ATF 146 I 105 consid. 5.1.1; 143 V 341 consid. 5.2.1; 141 I 161 consid. 3.1; 141 V 530 consid. 6.2 et références).

8.2. Est assimilée à un renseignement inexact l'omission d'un renseignement officiel qui était prescrit par la loi ou qui s'imposait au vu des circonstances du cas d'espèce (cf. ATF 143 V 341 consid. 5.2.1; 131 V 472 consid. 5; 96 I 617 consid. 2c). Certains auteurs parlent d'assurance (promesse) tacite (Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 8e éd. 2020, p. 154, n° 671), d'autres, de décision par acte concluant (P. Moor/E. Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., 2011, p. 347).
En matière de TVA, l'existence d'une assurance tacite a récemment été niée : le simple fait que l'autorité fiscale ne conteste pas un montage, sans pour autant faire des déclarations ou donner des assurances concrètes à l'assujetti quant au traitement fiscal futur du montage, ne fonde pas encore une confiance digne de protection dans le fait que ce montage ne sera pas remis en question à l'avenir. En décider autrement signifierait qu'un contrôle orienté vers le passé lierait davantage l'autorité fiscale qu'une taxation entrée en force. En effet, selon une pratique constante, les conditions de fait et de droit sur lesquelles se fonde une taxation entrée en force peuvent en soi être appréciées différemment au cours d'une période ultérieure (arrêt 2C 263/2020 du 10 décembre 2021 consid. 5.5.2 destiné à la publication aux ATF; ATF 147 II 155 consid. 10.5.1; 140 I 114 consid. 2.4.3; arrêt 2C 551/2018 du 11 juin 2019 consid. 2.2.5, in : StE 2019 B 23.45.1 no 6).

8.3. L'instance précédente a refusé d'accorder la protection de la bonne foi au recourant en substance pour les motifs suivants. Elle a d'abord constaté que le recourant n'avait reçu aucune assurance formelle de la part de l'autorité intimée quant à la licéité d'une correction des factures au sens de l'art. 27 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 27 Mention inexacte ou indue de l'impôt - 1 Celui qui n'est pas inscrit au registre des assujettis ou qui recourt à la procédure de déclaration visée à l'art. 38 n'a pas le droit de faire figurer l'impôt sur les factures.
LTVA. Elle affirme ensuite que l'autorisation donnée par l'autorité de procéder à ladite correction de l'impôt ne pouvait être considérée comme une assurance tacite de la conformité au droit du comportement adopté, d'une part, parce que l'art. 27
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 27 Mention inexacte ou indue de l'impôt - 1 Celui qui n'est pas inscrit au registre des assujettis ou qui recourt à la procédure de déclaration visée à l'art. 38 n'a pas le droit de faire figurer l'impôt sur les factures.
LTVA ne soumet pas cette opération au contrôle de l'autorité et, d'autre part, parce que cela viderait de sa substance le principe de l'auto-taxation, central en matière de TVA, selon lequel il appartient à l'assujetti d'établir les faits et d'appliquer le droit ainsi que d'évaluer les conséquences de ses choix. A suivre la position du recourant, l'autorité ne serait alors plus habilitée à procéder à aucun correctif de l'impôt postérieur à une déclaration fiscale, dans la mesure où l'absence de contrôle immédiat de la bonne exécution de l'opération imposable vaudrait promesse.

8.4. Il n'y a rien à reprocher à la position de l'instance précédente. L'autorité intimée a certes procédé à treize échanges écrits et oraux avec le recourant pour déterminer le montant des remboursements que demandait ce dernier. Force est toutefois de constater que le recourant n'a pas formellement demandé à l'autorité intimée si la correction des factures qu'il mettait en oeuvre était licite. A cela s'ajoute qu'aucune disposition légale, en particulier l'art. 27
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 27 Mention inexacte ou indue de l'impôt - 1 Celui qui n'est pas inscrit au registre des assujettis ou qui recourt à la procédure de déclaration visée à l'art. 38 n'a pas le droit de faire figurer l'impôt sur les factures.
LTVA 2009, n'obligeait l'autorité intimée à examiner le caractère licite de la correction des factures entreprise par le recourant. Par conséquent, non seulement les échanges n'ont porté que sur l'ajustement des montants à rembourser et non pas sur la licéité de la correction des factures, mais encore la procédure d'auto-taxation, à laquelle est soumis le recourant, n'avait pas encore pris fin : une vérification, comme en l'espèce, ne met pas fin à la procédure d'auto-taxation comme l'exposent les motifs de l'arrêt 2C 263/2020 du 10 décembre 2021 (consid. 5.5.2; destiné à la publication aux ATF), comme l'a jugé à bon droit l'instance précédente.
La première des conditions cumulatives conduisant à la protection de la bonne foi n'étant pas remplie, il n'est pas nécessaire d'examiner les suivantes.
En jugeant que le recourant ne pouvait pas se prévaloir de sa bonne foi, l'instance précédente n'a pas violé l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. Le recours est rejeté sur ce point également.

9.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
et 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.

3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires du recourant, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.

Lausanne, le 12 mai 2022

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

La Présidente : F. Aubry Girardin

Le Greffier : Dubey