2C_603/2012 - 2012-12-10 - Finanze pubbliche e diritto tributario

Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C 603/2012
2C 604/2012

Arrêt du 10 décembre 2012
IIe Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Zünd, Président,
Donzallaz et Kneubühler.
Greffier: M. Vianin.

Participants à la procédure
SI de la Fondation X.________ SA,
représentée par Mes Frédéric Cottier et
Roland Schweizer, avocats, Meyerlustenberger Lachenal,
recourante,

contre

Administration fiscale cantonale genevoise.

Objet
Impôt fédéral direct et impôts cantonal et communal 2006,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice du canton
de Genève, Chambre administrative, 1ère section,
du 8 mai 2012.

Faits:

A.
La société anonyme SI de la Fondation X.________ SA (ci-après: la société ou la recourante), constituée en 1947 et sise à A.________, a pour but de mettre à la disposition de la Fondation Y.________ (ci-après: la fondation), pour les besoins des activités de cette dernière, des locaux se trouvant dans les immeubles que la société possède à A.________.
Dans un courrier du 30 août 1990 adressé à la société, la direction de la division des personnes morales de l'Administration fiscale cantonale genevoise s'est référée à un accord conclu avec elle le 11 janvier 1977, en considérant que le maintien de celui-ci au taux actuel n'était pas satisfaisant. En effet, "compte tenu de l'accroissement régulier des charges et frais d'entretien ordinaires", cette convention ne permettait plus à l'administration "d'imposer un quelconque bénéfice" dans le chef de la société. La direction proposait dès lors d'appliquer, "à titre exceptionnel", les principes suivants en vue de la détermination du bénéfice imposable de la société:
Loyer: 5,5% de la valeur comptable de l'immeuble

.............
./.

Intérêts hypothécaires

.............

Intérêts théoriques admis

80% valeur comptable immeuble
.............

./. hypothèques
.............

solde
.............

au taux de 4,75%

.............

Frais généraux

.............

Impôts

.............
.............
Bénéfice imposable

.............

Il était précisé que le bénéfice imposable ne pourrait être inférieur à 20'000 fr. par an. Ces règles étaient applicables dès l'année fiscale 1990 s'agissant des impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) et à compter de la période 1989/1990 concernant l'impôt fédéral direct (IFD).
Dans un courrier du 10 octobre 1995 faisant suite à une demande de renouvellement du régime fiscal particulier accordé le 30 août 1990, la direction de la division des personnes morales a indiqué que celui-ci était maintenu à partir de la période fiscale 1995, tant pour les ICC que pour l'IFD. Toutefois, le bénéfice imposable ne pourrait être inférieur à celui ressortant du compte de pertes et profits de la société. L'arrangement était valable jusqu'au 31 décembre 1999 et pourrait être renouvelé "pour autant que les conditions de fait subsistent".
Par courrier du 8 avril 1999, le directeur de l'Administration fiscale cantonale a fait savoir à la société que l'"accord donné le 30 août 1990, valable jusqu'au 31 décembre 1994, est reconduit pour les années fiscales 1995 à 1998". A partir de l'année fiscale 1999, la société serait imposée "sans bénéfice d'un statut particulier, conformément aux dispositions légales". Cela signifiait que les comptes de celle-ci devraient enregistrer le loyer débité au compte de pertes et profits de la fondation, que ce loyer devrait représenter le prix du marché et que les règles relatives à la sous-capitalisation seraient appliquées.
Dans une écriture du 1er octobre 2001 adressée au mandataire de la société, la direction de la taxation des personnes morales de l'Administration fiscale cantonale a confirmé le traitement fiscal de celle-ci dans les termes suivants:
"Taxation annuelle à partir de la période fiscale 1999 (clôture 30 juin 1999)

La taxation ordinaire de la S.I. de la Fondation X.________ s'effectuera sur la base d'un bénéfice imposable fixé à 3% du 20% de la valeur comptable après amortissement de l'immeuble.
Dans le cas où cette solution ferait apparaître dans l'avenir une différence trop importante avec le bénéfice qui résulterait de l'obligation pour la Fondation Y.________ de prendre à bail des locaux analogues auprès d'un tiers, votre cliente reprendrait contact avec les administrations fiscales compétentes.
Enfin, si la société immobilière concernée venait à comptabiliser de nouveaux amortissements sur le bien immobilier, notre administration se réserve le droit de dénoncer le présent accord.
[...]".

B.
Dans sa déclaration d'impôt pour la période 2006 (exercice commercial allant du 1er juillet 2005 au 30 juin 2006), datée du 30 avril 2007, la société a fait état d'un bénéfice net imposable de 56'187 fr., alors que son bénéfice net total dans le canton de Genève était de 74'873 fr. Le montant de 56'187 fr. équivalait à 3% des 20% de la valeur comptable des immobilisations sous déduction des amortissements au 30 juin 2006 (12'091'681 fr. ./. amortissements de 2'727'170 fr. = valeur nette de 9'364'511 fr. dont les 3% des 20% = 56'187 fr.). Parmi les produits conduisant au résultat de 74'873 fr. figuraient notamment des loyers de 631'900 fr. versés par la fondation et, parmi les charges, des intérêts de 4,75% sur une dette de 8'730'101 fr. (solde au 30 juin 2005) à l'égard de la fondation, soit 414'680 fr.
Le 17 juillet 2007, l'Administration fiscale cantonale a notifié à la société les bordereaux pour l'IFD et les ICC de la période 2006. Le bénéfice imposable se montait à 195'300 fr. pour le premier et à 195'397 fr. pour les seconds. Ce dernier montant s'obtenait en ajoutant au bénéfice net de 74'873 fr. une somme de 120'524 fr., qui avait été reprise sur les intérêts de 414'680 fr. L'Administration fiscale cantonale avait calculé l'endettement maximal admissible sur la base d'une valeur déterminante des immeubles de 12'954'454 fr. Elle avait admis un taux de 3,375% sur les deux tiers de ce montant, soit 8'614'803 fr. Sur le solde de la dette, à savoir 77'862 fr. (= moyenne corrigée de 8'692'665 ./. 8'614'803), elle avait retenu un taux de 4,375%. Les intérêts totaux admissibles se montaient ainsi à 294'156 fr., de sorte qu'un montant de 120'524 fr. devait être repris (= 414'680 ./. 294'156).
A l'encontre de ces décisions, la société a formé réclamation. Elle s'est prévalue de l'accord du 1er octobre 2001, conformément auquel elle avait été taxée lors des périodes 2002 à 2004. En 2005, elle avait été imposée sur la base de son résultat comptable, plus élevé que le bénéfice déterminé selon l'accord, considéré par l'Administration fiscale cantonale comme un "bénéfice minimum". Elle avait (pour ainsi dire à bien plaire) accepté ce procédé, même s'il ne ressortait pas de ladite convention qu'il s'agissait d'un bénéfice minimum.
Dans un courrier du 29 février 2008, l'Administration fiscale cantonale a relevé ce qui suit à propos de l'accord en question:
"1. Bénéfice minimum imposable
La SI de la Fondation X.________ [...] a été mise au bénéfice d'un accord d'imposition en date du 1er octobre 2001 qui fixe forfaitairement son bénéfice imposable à concurrence de 3% du 20% de la valeur comptable de l'immeuble après amortissement.
Fondamentalement, les accords d'imposition fixant forfaitairement un bénéfice imposable s'inscrivent strictement dans une logique de fixation d'un prix de transfert qui est réputé être conforme au principe de pleine concurrence ("dealing at arm's length").
Dès lors que le bénéfice comptable résultant des états financiers statutaires [...] est supérieur au montant du prix de transfert déterminé de manière forfaitaire, c'est le bénéfice comptable supérieur qui doit être retenu comme base d'imposition.
Il serait en effet choquant qu'une quelconque économie d'impôts puisse résulter d'une situation visant à admettre que le bénéfice imposable soit inférieur au bénéfice comptable, dans la mesure où, parallèlement, la société affiliée qui a supporté le coût effectif de la prestation a normalement pu se prévaloir d'une charge justifiée par l'usage commercial qui est pleinement déductible sur le plan fiscal.
Dans le sens de ce qui précède, c'est bien le résultat comptable, supérieur au bénéfice fiscal résultant de l'application d'un prix de transfert déterminé de manière forfaitaire, qui doit être retenu".
Par décisions du 23 juin 2008, concernant l'une l'IFD et l'autre les ICC, l'Administration fiscale cantonale a rejeté les réclamations et réformé la taxation au détriment de la société, les intérêts repris étant portés à 163'987 fr. Elle a admis un taux de 2,875% (au lieu de 3,375%) sur les deux tiers du montant de 12'954'454 fr. et de 3,875% (au lieu de 4,375%) sur le solde de la dette. Les intérêts totaux admissibles se montaient ainsi à 250'693 fr., de sorte qu'un montant de 163'987 fr. devait être repris (= 414'680 ./. 250'693).
La société a déféré ces prononcés à la Commission cantonale de recours en matière d'IFD et à la Commission cantonale de recours en matière d'ICC du canton de Genève (intégrées par la suite dans la Commission cantonale de recours en matière administrative, dont les compétences ont été reprises par le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève).
Par jugement du 14 juin 2011, le Tribunal administratif de première instance a joint les procédures et admis les recours. Les dossiers étaient renvoyés à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle procède à une nouvelle taxation basée sur le bénéfice imposable déclaré par la société de 56'187 fr. Le Tribunal administratif de première instance a considéré que l'endettement de la société ne posait pas problème - celle-ci n'étant pas sous-capitalisée -, mais bien le taux d'intérêt de 4,75% sur la dette de la société à l'égard de la fondation - comme entité proche -, lequel n'était pas conforme au marché. En considérant comme admissible un taux de 2,875%, un montant de 163'689 fr. (soit 4,75 - 2,875% = 1,875% de 8'730'101 fr.) - au lieu de la somme de 163'987 fr. retenue dans les décisions sur réclamation - devait en soi être repris. Toutefois, la détermination du bénéfice net de la société, après déduction de toutes les charges, y compris celles des intérêts de la dette, avait fait l'objet de l'accord du 1er octobre 2001. Cette convention avait pour but de déterminer le bénéfice de la société compte tenu en particulier des loyers tirés de la location des locaux aménagés pour accueillir l'école exploitée par la fondation. Comme
il existait peu de loyers de comparaison sur le marché immobilier et que les règles servant à l'évaluation des surfaces commerciales ne pouvaient être appliquées, l'Administration fiscale cantonale était fondée à conclure l'accord en question. En application de celui-ci, le bénéfice imposable de la société correspondait à 3% de 20% de la valeur comptable après amortissement des immeubles de cette dernière, soit au montant de 56'187 fr. ressortant des comptes et de la déclaration d'impôt.
A l'encontre de ce prononcé, l'Administration fiscale cantonale a interjeté un recours que la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève a admis par arrêt du 8 juin 2012. Les juges cantonaux ont considéré que l'accord du 1er octobre 2001 était invalide, car il ne satisfaisait pas aux exigences auxquelles était soumise la conclusion de telles conventions. En effet, ni la détermination de la valeur du bâtiment, même utilisé par une école, ni celle du bénéfice de la société ne posait de problème majeur. Selon la Cour de justice, il était ainsi "regrettable" que l'Administration fiscale cantonale signe de tels accords. La société ne pouvait d'ailleurs se prévaloir de cette convention au titre du droit à la protection de la confiance légitime en les assurances reçues des autorités, car les conditions restrictives dont la jurisprudence fait dépendre ce droit n'étaient pas réunies en l'occurrence. Le montant de la reprise de 163'689 fr. calculé par le Tribunal administratif de première instance n'étant en lui-même pas contesté par les participants à la procédure, le dossier devait être retourné à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle procède à une nouvelle taxation sur la base de cette somme.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 8 mai 2012 et de renvoyer la cause à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelle taxation basée sur le bénéfice imposable déclaré de 56'187 fr. Elle dénonce une violation des principes de la légalité et de la protection de la bonne foi.
L'autorité précédente s'en remet à justice quant à la recevabilité du recours et persiste au surplus dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre, propose de rejeter le recours. L'Administration fiscale cantonale s'en remet à justice pour ce qui est de la recevabilité du recours et conclut à son rejet sur le fond.
La société a répliqué dans une écriture datée du 15 octobre 2012.

Considérant en droit:

1.
La Cour de justice a rendu une seule décision valant pour les deux catégories d'impôts (ICC et IFD), ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir, dans son recours au Tribunal fédéral, formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'IFD (2C 604/2012) et l'autre les ICC (2C 603/2012). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. art. 71 LTF et 24 PCF [RS 273]).

2.
2.1 L'arrêt attaqué concerne le bénéfice imposable de la période fiscale 2006. Comme ce domaine relève du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a LTF. L'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste l'existence de cette voie de droit pour l'IFD. S'agissant des ICC, l'imposition du bénéfice étant une matière harmonisée aux art. 24 ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), la voie du recours en matière de droit public est aussi réservée par l'art. 73 al. 1 LHID (cf. ATF 134 II 186 ss).

2.2 Pour le reste, déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre une décision considérée comme finale (cf. art. 90 LTF et ATF 138 I 143 consid. 1.2 p. 148; 134 II 124 consid. 1.3 p. 127) rendue par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il a en outre été interjeté par la contribuable destinataire de la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc en principe d'entrer en matière.

3.
3.1 Un accord ou un arrangement fiscal (Steuerabkommen, Steuerabmachung) est une convention entre l'autorité fiscale compétente et le contribuable, qui porte sur l'existence, l'étendue ou les modalités d'une obligation fiscale dans une situation concrète et qui s'écarte des dispositions légales (arrêt 2C 296/2009 du 11 février 2010 consid. 3.1, in RF 65/2010 p. 453, StE 2010 A 21.14 no 18 et la jurisprudence citée; Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., 2002, p. 320; Martin Zweifel/Hugo Casanova, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht Direkte Steuern, 2008, § 1 no 6; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 4e éd., 2012, § 25 no 33; Markus Reich, Steuerrecht, 2e éd., 2012, § 4 no 33). Il est largement admis qu'une telle convention constitue un contrat de droit administratif (Blumenstein/Locher, op. cit., p. 321; Oberson, op. cit., § 25 no 34; Reich, op. cit., § 4 no 33).
Eu égard aux principes de la légalité et de l'égalité, un accord fiscal doit être autorisé par la loi ou, du moins, ne pas être expressément exclu par celle-ci. Les conventions sans base légale, voire contraires à la loi, sont nulles et ne sauraient par conséquent avoir d'effet contraignant. La jurisprudence et la doctrine ne font exception à ce principe que si la règle applicable est incertaine et que l'autorité procède selon celle que le législateur aurait adoptée s'il avait voulu réglementer le cas particulier (arrêts 2A.306/1993 du 23 juin 1994 consid. 5a, in Archives 63 p. 661, JdT 1997 II 90; 2A.227/2006 du 10 octobre 2006 consid. 3.1, in Archives 76 p. 748, RDAF 2006 II p. 419, SJ 2007 I p. 224, Pra 2007 no 30 p. 183; 2C 164/2009 du 13 août 2009 consid. 8.1, in RDAF 2009 II p. 531; Danielle Yersin, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, Remarques préliminaires, nos 88 s.). Lorsque l'accord est nul, il n'est pas exclu que le contribuable puisse invoquer sa bonne foi, afin d'être (néanmoins) traité conformément aux dispositions de la convention. Il faut pour cela que les conditions auxquelles le principe de la bonne foi (art. 9 Cst.) protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il a mise dans les assurances
reçues des autorités soient réunies (arrêts précités 2C 164/2009 consid. 8.3; 2A.227/2006 consid. 3.3; arrêt 2A.53/1998 du 12 novembre 1998 consid. 8b, in RDAF 1999 II p. 97, RF 54/1999 p. 118, Pra 1999 no 108 p. 587).
Selon la jurisprudence plus ancienne, les vices - en particulier l'absence de base légale - affectant un contrat de droit administratif n'entraînaient pas sans autres considérations la nullité de la convention. Les conséquences du vice dépendaient d'une pesée d'intérêts, entre l'intérêt (public) à l'application du droit positif et l'intérêt (privé) à la protection de la bonne foi du contribuable (ATF 103 Ia 505 consid. 4 p. 514 s.; arrêt A.454/1987 du 25 août 1988 consid. 2d, in Archives 58 p. 210, RDAF 1991 p. 12, RF 44/1989 p. 432, StE 1989 A 21.14 no 9; dans le même sens Oberson, op. cit., § 25 no 38). Pour ce qui est des conventions accordant des avantages fiscaux, il était toutefois admis que l'intérêt à l'application du droit positif l'emportait généralement (ATF 103 Ia 505 consid. 4c p. 515 [où il ne s'agissait cependant pas d'une telle convention et où l'intérêt du contribuable à la protection de la bonne foi a été jugé prépondérant]; arrêt A.454/1987, précité, consid. 2e).
En l'absence de base légale dans la LIFD, des accords ne peuvent en principe être conclus en matière d'IFD (arrêts précités 2C 296/2009 consid. 3.1; 2A.227/2006 consid. 3.1; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 321; Yersin, op. cit., Remarques préliminaires, no 89). Pour ce qui est des ICC, les accords fiscaux sont de manière générale prohibés par le concordat intercantonal sur l'interdiction des arrangements fiscaux du 10 décembre 1948 (s'agissant du canton de Genève, cf. RS/GE D 3 60; ci-après: le concordat), auquel tous les cantons ont adhéré. Le concordat permet toutefois d'accorder certains allégements fiscaux (imposition d'après la dépense des personnes physiques, allégements en faveur d'entreprises industrielles nouvellement créées, ainsi que d'entreprises au capital desquelles une corporation de droit public participe ou qui sont affectées principalement à un but public ou d'utilité générale, cf. art. 1 al. 3 du concordat). Prévus par la législation, de tels régimes spéciaux ne constituent pas des accords fiscaux à proprement parler (Yersin, op. cit., Remarques préliminaires, no 90). Depuis l'entrée en vigueur de la LHID, le concordat a perdu une grande partie de son importance, du moment que nombre des limitations qu'il
prévoit sont également réglementées par cette loi fédérale (cf. not. art. 5 , 6 et 23 al. 3 LHID) qui l'emporte sur les dispositions du droit intercantonal (Oberson, op. cit., § 3 no 67; Reich, op. cit., § 4 no 36).

3.2 L'accord fiscal au sens ci-dessus doit être distingué de l'accord de procédure (Verständigung, Einigung), que l'autorité fiscale et le contribuable concluent durant la phase de la taxation, sans déroger à la loi, en vue de fixer des éléments de fait déterminants, dont l'établissement est difficile ou exigerait des mesures disproportionnées. Tel est le cas notamment lorsqu'il s'agit d'établir la valeur d'un immeuble et que la détermination ou l'estimation de celle-ci se heurte à d'importantes difficultés. Conforme au droit matériel, un accord de ce genre ne nécessite pas de base légale (ATF 119 Ib 431 consid. 4 p. 437 s.; arrêt 2C 296/2009, précité, consid. 3.1 et 3.2 et la jurisprudence citée; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 320; Zweifel/Casanova, op. cit., § 1 no 7; Oberson, op. cit., § 25 no 33).

4.
Découlant directement de l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration. Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que (a) le renseignement ait été donné sans réserve, (b) que l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, (c) qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et (d) que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore que celui-ci se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour (e) prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice, (f) que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée et que (g) l'intérêt à l'application du droit positif ne l'emporte pas sur la
protection de la confiance (ATF 137 II 182 consid. 3.6.2 p. 193 et les références citées).
Le principe de la bonne foi régit aussi les rapports entre les autorités fiscales et les contribuables. Le droit fiscal est toutefois dominé par le principe de la légalité, de telle sorte que le principe de la bonne foi ne saurait avoir qu'une influence limitée, surtout s'il vient à entrer en conflit avec le principe de la légalité (cf. art. 5 et 9 Cst.; ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 637; 118 Ib 312 consid. 3b p. 316; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 28). Ainsi, le contribuable ne peut bénéficier d'un traitement dérogeant à la loi que si les conditions mentionnées ci-dessus - qui doivent être interprétées de manière stricte - sont remplies de manière claire et sans équivoque (arrêt 2C 382/2007 du 23 novembre 2007 consid. 3 et la jurisprudence citée).
I. Impôt fédéral direct

5.
5.1 Aux termes de l'art. 57 LIFD, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultats (let. a), ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). Au nombre de ces prélèvements figurent les distributions dissimulées de bénéfice (let. b 5e tiret).
Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice, lorsqu'une personne morale fait à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près, sans contre-prestation équivalente, une prestation appréciable en argent, qu'elle n'aurait pas consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607). Encore faut-il que les organes de la société aient pu reconnaître le caractère insolite de cette prestation (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; arrêt 2C 421/2009 du 11 janvier 2010 consid. 3.1 et la jurisprudence citée).

5.2 Jusqu'en 2004, les sociétés de services, définies comme des "sociétés de capitaux chargées de surveiller du point de vue technique ou économique les affaires d'une entreprise", étaient soumises à un régime spécial. Dans une lettre-circulaire du 17 septembre 1997 (pub. in Archives 66 p. 300 s.), considérant que la libre formation des prix sur le marché est entravée lorsque ces sociétés fournissent leurs prestations à des entreprises auxquelles elles sont liées, l'Administration fédérale des contributions avait en effet maintenu la pratique établie par des circulaires antérieures (datant de 1959 et 1960), selon laquelle les sociétés en question "doivent être imposées au moins sur le rendement net qu'une société indépendante retirerait, dans des circonstances analogues, des mêmes prestations de services". Ces sociétés étaient dès lors imposées sur une marge bénéficiaire considérée comme un bénéfice minimal (cf. Peter Brülisauer/Flurin Poltera, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2e éd., 2008, no 105 ad art. 58 LIFD), qui était calculée d'après la méthode dite du prix de revient majoré ("cost plus") et qui équivalait, selon la circulaire en question, à 5% du total
des prix de revient ou 1/12 du total des salaires. Si la comparaison avec des tiers faisait apparaître des taux plus élevés, ces derniers étaient déterminants et devaient être appliqués.
Ce régime particulier devait permettre d'estimer, en l'absence de transactions comparables entre des personnes indépendantes (les sociétés en question fournissant leurs prestations principalement à des personnes proches à l'étranger), le bénéfice qui aurait été réalisé sur un marché de pleine concurrence (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2e éd., 2009, nos 60 s. ad art. 58 LIFD). Il était considéré comme une précision et une mesure de simplification de la loi (Yersin, op. cit., Remarques préliminaires, no 109; Robert Danon, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, op., cit., no 113 ad art. 57 -58 LIFD). Il a entre-temps été abandonné (sous réserve de cas exceptionnels), une nouvelle circulaire du 19 mars 2004 (pub. in Archives 72 p. 708) prévoyant, en se référant aux directives de l'OCDE en matière de prix de transfert, que la marge bénéficiaire imposable des sociétés de services doit être déterminée conformément au principe de pleine concurrence, sur la base de prestations comparables entre tiers.
Une autre mesure de simplification était la pratique 50/50, applicable aux sociétés de domicile et de facturation, selon laquelle, jusqu'à concurrence de 50% du bénéfice brut de la société, la justification commerciale des charges payées à des personnes proches à l'étranger était admise sans autres preuves (cf. circulaire no 9 de l'Administration fédérale des contributions du 19 décembre 2001, pub. in Archives 70 p. 520 ss; ATF 119 Ib 431 consid. 4 p. 437; Stephan Kuhn/ Peter Brülisauer, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2e éd., 2002, no 72 ad art. 24 LHID; Yersin, op. cit., Remarques préliminaires, no 109; Danon, op. cit., no 113 ad art. 57 -58 LIFD).
Dans l'affaire publiée aux ATF 119 Ib 431, l'Administration fédérale des contributions avait procédé à la taxation de l'impôt anticipé dû par une société en appliquant la pratique 50/50. Elle avait précisé que cette taxation était faite à bien plaire en vue d'un règlement à l'amiable et que cette proposition ne l'engageait qu'à la condition qu'elle soit acceptée par la société contribuable. Le Tribunal fédéral a considéré qu'il s'agissait là d'une offre de conclure un accord de procédure en vue d'estimer les éléments imposables, offre que la société avait déclinée en formant une opposition où elle contestait le principe même de l'imposition. Dans ces conditions, la pratique 50/50 n'était plus applicable en l'espèce (consid. 4 p. 437 s.; cf. aussi arrêt 2A.12/1994 du 7 novembre 1995 consid. 5, in Archives 65 p. 397, RDAF 1997 II p. 516; Kuhn/Brülisauer, op. cit., no 73 ad art. 24 LHID).
La Suisse a renoncé à la pratique 50/50 dans le cadre des discussions menées entre les pays membres de l'OCDE sur la concurrence fiscale dommageable (Danon, op. cit., no 113 ad art. 57 -58 LIFD). Désormais, les règles ordinaires sur la justification commerciale des charges comptabilisées sont applicables (cf. circulaire no 9 de l'Administration fédérale des contributions du 22 juin 2005, pub. in Archives 74 p. 205).

6.
6.1 La recourante fait valoir, à l'instar du Tribunal administratif de première instance, que, s'agissant des locaux abritant l'école exploitée par la fondation, l'estimation d'un loyer justifié par l'usage commercial est difficile sinon impossible en l'absence de données de comparaison sur le marché immobilier local. En se prévalant notamment de l'ATF 119 Ib 431, elle prétend que la convention du 1er octobre 2001 constitue ainsi un accord licite sur des éléments de fait, qui tend à simplifier l'application des dispositions légales sur la détermination du bénéfice net. En niant sa validité, l'autorité précédente aurait violé le principe de la légalité.
Implicitement, la recourante interprète l'accord en ce sens que le bénéfice imposable est dans tous les cas celui fixé forfaitairement (à 3% des 20% de la valeur comptable des immeubles), alors que l'Administration fiscale cantonale (dans sa détermination sur le recours devant le Tribunal de céans, comme déjà dans son courrier à la recourante du 29 février 2008) considère que le bénéfice fixé forfaitairement représente un bénéfice imposable minimal, le résultat comptable effectif devant être imposé s'il est supérieur.

6.2 Le contenu de l'accord du 1er octobre 2001 présente des similitudes avec la pratique qui consistait à déterminer le bénéfice imposable des sociétés de services sur la base d'un pourcentage du total des prix de revient ou des salaires: comme elle, il paraît s'expliquer par l'absence de données de comparaison permettant de s'assurer de la justification commerciale des transactions avec des personnes proches; il prévoit un mode de calcul forfaitaire du bénéfice imposable, censé correspondre à celui qui serait réalisé entre des personnes indépendantes; ce mode de calcul doit être adapté lorsque des données de comparaison, devenues disponibles, indiquent que le bénéfice forfaitaire n'équivaut pas à celui qui serait obtenu dans des conditions de pleine concurrence (cf. la phrase "[d]ans le cas où cette solution ferait apparaître dans l'avenir une différence trop importante avec le bénéfice qui résulterait de l'obligation pour la Fondation Y.________ de prendre à bail des locaux analogues auprès d'un tiers, votre cliente reprendrait contact avec les administrations fiscales compétentes [...]" dans le courrier du 1er octobre 2001).
En l'occurrence, il ne s'agit toutefois pas d'une pratique applicable à toute une catégorie de contribuables - le cas échéant moyennant l'accord de l'intéressé en procédure de taxation (cf. ATF 119 Ib 431 et consid. 5.2 ci-dessus) -, mais d'un arrangement réglant les obligations fiscales d'un contribuable particulier (qui n'a d'ailleurs pas été conclu dans le cadre d'une procédure de taxation). La conclusion d'un tel accord pose donc problème sous l'angle du principe d'égalité. En outre, l'arrangement en question n'est conciliable avec les art. 57 et 58 al. 1 let. b LIFD que s'il est interprété - comme le préconise l'Administration fiscale cantonale - en ce sens que le bénéfice fixé forfaitairement (à 3% des 20% de la valeur comptable des immeubles) représente un bénéfice imposable minimal, le résultat comptable effectif devant être imposé s'il est supérieur. Quoi qu'il en soit de son interprétation, au plan de l'IFD, l'accord en question ne saurait produire d'effets déjà pour le motif qu'il n'a pas été conclu par l'autorité compétente en la matière, à savoir l'Administration fédérale des contributions et que rien n'indique non plus que celle-ci ait "ratifié" la convention par la suite (cf. Yersin, op. cit., no 3 ad art. 2 LIFD,
selon qui, pour toutes les opérations et décisions en matière d'IFD qui touchent la situation juridique des contribuables, les cantons n'ont pas de réelle marge de manoeuvre, sauf dispositions légales ou réglementaires contraires).

6.3 La recourante invoque la protection de la bonne foi garantie par l'art. 9 Cst., en faisant valoir qu'en cas d'invalidité de la convention, cette disposition lui permet d'être (néanmoins) traitée conformément à celle-ci.
Indépendamment de la question de l'interprétation de l'accord, les conditions posées à la mise en oeuvre de l'art. 9 Cst. (cf. consid. 4 ci-dessus) ne sont pas réunies, même s'il est vrai que la recourante a bénéficié de plusieurs régimes spéciaux successifs sur une longue période, ce qui était de nature à renforcer l'apparence de validité de l'arrangement. En effet, la recourante, qui était représentée par un mandataire professionnel, ne pouvait de bonne foi considérer que l'Administration fiscale cantonale était compétente pour conclure un accord en matière d'IFD (cf. arrêt 2A.53/1998, précité, consid. 8c). Surtout, on ne voit pas quelles dispositions la recourante aurait prises au vu de l'accord en question, sur lesquelles elle ne saurait revenir sans subir de préjudice. Celle-ci fait tout au plus valoir qu'elle a "calculé des intérêts théoriques de 4.75% conformément à la méthode de calcul retenue dans son statut". Or, cet argument est inopérant déjà pour le motif que le taux en question n'est pas prévu par l'accord du 1er octobre 2001, mais par la convention du 30 août 1990.
Ainsi, la recourante ne peut valablement invoquer l'art. 9 Cst. aux fins d'être traitée conformément à l'accord.

7.
L'autorité précédente a confirmé la reprise de 163'689 fr. - montant ressortant de l'arrêt du Tribunal administratif de première instance du 14 juin 2011 -, somme qui venait s'ajouter au bénéfice net comptable de 74'873 fr.
Le Tribunal administratif de première instance a en effet estimé que le taux d'intérêt de 4,75% sur la dette de la recourante à l'égard de la fondation - comme entité proche - n'était pas conforme au marché. Il a retenu un taux admissible de 2,875% représentant la moyenne de 3% (= taux maximal applicable à un crédit immobilier égal à la première hypothèque, soit jusqu'à concurrence des 2/3 de la valeur vénale de l'immeuble, dans la branche de la construction de logements, selon la lettre-circulaire de l'Administration fédérale des contributions du 26 janvier 2005, intitulée "Taux d'intérêt 2005 déterminants pour le calcul des prestations appréciables en argent") et de 2,75% (= taux correspondant selon la lettre-circulaire du 26 janvier 2006 valant pour l'année 2006), compte tenu du fait que l'exercice commercial en cause, allant du 1er juillet 2005 au 30 juin 2006, est à cheval sur les deux années civiles. La différence entre ce taux moyen et celui de 4,75% appliqué par la recourante donne, en relation avec le montant de la dette de 8'730'101 fr., la somme de 163'689 fr.
On ne voit pas en quoi cette façon de procéder serait contraire aux règles du droit fédéral sur les prestations appréciables en argent. La recourante, à qui il incombe d'établir que la prestation constitue une charge justifiée par l'usage commercial - et non une distribution dissimulée de bénéfice - (cf. arrêt 2C 386/2012 du 16 novembre 2012 consid. 5 et la jurisprudence citée), n'évoque d'ailleurs pas une telle violation. Dans ces conditions, rien ne s'oppose à ce que la décision attaquée soit confirmée pour ce qui est de l'IFD.
II. Impôts cantonal et communal

8.
Les art. 11 et 12 let. a de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RS/GE D 3 15) correspondent à l'art. 24 al. 1 LHID et aux art. 57 et 58 al. 1 let. a LIFD. Selon l'art. 24 al. 1 let. a LHID, le bénéfice net imposable comprend les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats. Au nombre de celles-ci figurent les distributions dissimulées de bénéfice (cf. aussi art. 12 let. h LIPM). De manière générale, les pratiques cantonales relatives à cette dernière notion correspondent largement à la jurisprudence fédérale (Kuhn/ Brülisauer, op. cit., no 76 ad art. 24 LHID). Tel est le cas en l'espèce, où l'autorité précédente s'est référée à la jurisprudence du Tribunal de céans.
L'accord du 1er octobre 2001 n'est conciliable avec les dispositions précitées que s'il est interprété en ce sens que le bénéfice fixé forfaitairement représente un minimum imposable, le solde du compte de résultats devant être imposé s'il est supérieur. Si l'on suit au contraire l'interprétation préconisée par la recourante, selon laquelle le bénéfice imposable est dans tous les cas celui fixé forfaitairement, la convention déroge à ces dispositions et nécessite ainsi une base légale. L'exigence de base légale vaut d'ailleurs, quelle que soit l'interprétation faite de la convention, au regard du principe d'égalité (cf. consid. 6.2 ci-dessus). La conclusion d'un tel accord n'étant pas autorisée par la LHID, celui-ci est privé d'effets également en matière d'ICC. Par ailleurs, la recourante ne peut, pas plus que pour l'IFD, se prévaloir de l'art. 9 Cst. afin d'obtenir d'être tout de même traitée conformément à la convention.
Quant à la détermination par l'autorité précédente du bénéfice imposable de la recourante, compte tenu d'une reprise de 163'689 fr., il n'apparaît pas qu'elle serait contraire à la LHID. La recourante, à nouveau, ne fait rien valoir de tel. La décision entreprise peut ainsi être confirmée aussi en ce qui concerne les ICC.

9.
Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté tant s'agissant de l'IFD que des ICC.
Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (cf. art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (cf. art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Les causes 2C 603/2012 et 2C 604/2012 sont jointes.

2.
Le recours est rejeté en ce qui concerne l'impôt fédéral direct (cause 2C 604/2012).

3.
Le recours est rejeté en ce qui concerne les impôts cantonal et communal (cause 2C 603/2012).

4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.

5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative 1ère section, et à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre.

Lausanne, le 10 décembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Zünd

Le Greffier: Vianin

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 83 Eccezioni - Il ricorso è inammissibile contro:
^a	le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
^b	le decisioni in materia di naturalizzazione ordinaria;
^c	le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti:
^c1	l'entrata in Svizzera,
^c2	i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto,
^c3	l'ammissione provvisoria,
^c4	l'espulsione fondata sull'articolo 121 capoverso 2 della Costituzione federale e l'allontanamento,
^c5	le deroghe alle condizioni d'ammissione,
^c6	la proroga del permesso per frontalieri, il cambiamento di Cantone, il cambiamento d'impiego del titolare di un permesso per frontalieri, nonché il rilascio di documenti di viaggio a stranieri privi di documenti;
^d	le decisioni in materia d'asilo pronunciate:
^d1	dal Tribunale amministrativo federale, salvo quelle che concernono persone contro le quali è pendente una domanda d'estradizione presentata dallo Stato che hanno abbandonato in cerca di protezione,
^d2	da un'autorità cantonale inferiore e concernenti un permesso o un'autorizzazione al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto;
^e	le decisioni concernenti il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente contro membri di autorità o contro agenti della Confederazione;
^f	le decisioni in materia di appalti pubblici se:
^fbis	le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti decisioni secondo l'articolo 32i della legge del 20 marzo 200964 sul trasporto di viaggiatori;
^f1	non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale; sono fatti salvi i ricorsi contro gli appalti del Tribunale amministrativo federale, del Tribunale penale federale, del Tribunale federale dei brevetti, del Ministero pubblico della Confederazione e delle autorità giudiziarie cantonali superiori, o
^f2	il valore stimato della commessa non raggiunge il valore soglia determinante secondo l'articolo 52 capoverso 1 in combinato disposto con l'allegato 4 numero 2 della legge federale del 21 giugno 201962 sugli appalti pubblici;
^g	le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi;
^h	le decisioni concernenti l'assistenza amministrativa internazionale, eccettuata l'assistenza amministrativa in materia fiscale;
ⁱ	le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile;
^j	le decisioni in materia di approvvigionamento economico del Paese adottate in situazioni di grave penuria;
^k	le decisioni concernenti i sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto;
^l	le decisioni concernenti l'imposizione di dazi operata in base alla classificazione tariffaria o al peso delle merci;
^m	le decisioni concernenti il condono o la dilazione del pagamento di tributi; in deroga alla presente disposizione, il ricorso è ammissibile contro le decisioni concernenti il condono dell'imposta federale diretta o dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o se si tratta per altri motivi di un caso particolarmente importante;
ⁿ	le decisioni in materia di energia nucleare concernenti:
ⁿ¹	l'esigenza di un nulla osta o la modifica di un'autorizzazione o di una decisione,
ⁿ²	l'approvazione di un piano d'accantonamenti per le spese di smaltimento antecedenti lo spegnimento di un impianto nucleare,
ⁿ³	i nulla osta;
^o	le decisioni in materia di circolazione stradale concernenti l'omologazione del tipo di veicoli;
^p	le decisioni del Tribunale amministrativo federale in materia di traffico delle telecomunicazioni, radiotelevisione e poste concernenti:69
^p1	concessioni oggetto di una pubblica gara,
^p2	controversie secondo l'articolo 11a della legge del 30 aprile 199770 sulle telecomunicazioni;
^p3	controversie secondo l'articolo 8 della legge del 17 dicembre 201072 sulle poste;
^q	le decisioni in materia di medicina dei trapianti concernenti:
^q1	l'iscrizione nella lista d'attesa,
^q2	l'attribuzione di organi;
^r	le decisioni in materia di assicurazione malattie pronunciate dal Tribunale amministrativo federale in virtù dell'articolo 3473 della legge del 17 giugno 200574 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF);
^s	le decisioni in materia di agricoltura concernenti:
^s1	...
^s2	la delimitazione delle zone nell'ambito del catasto della produzione;
^t	le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, della formazione continua e dell'esercizio della professione;
^u	le decisioni in materia di offerte pubbliche di acquisto (art. 125-141 della L del 19 giu. 201578 sull'infrastruttura finanziaria);
^v	le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti divergenze d'opinione tra autorità in materia di assistenza amministrativa o giudiziaria a livello nazionale;
^w	le decisioni in materia di diritto dell'elettricità concernenti l'approvazione dei piani di impianti elettrici a corrente forte e di impianti elettrici a corrente debole e l'espropriazione dei diritti necessari per la costruzione o l'esercizio di siffatti impianti, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale;
^x	le decisioni concernenti la concessione di contributi di solidarietà ai sensi della legge federale del 30 settembre 201682 sulle misure coercitive a scopo assistenziale e i collocamenti extrafamiliari prima del 1981, tranne se si pone una questione di diritto di importanza fondamentale o si tratta di un caso particolarmente importante per altri motivi;
^y	le decisioni pronunciate dal Tribunale amministrativo federale nelle procedure amichevoli per evitare un'imposizione non conforme alla convenzione internazionale applicabile in ambito fiscale;
^z	le decisioni concernenti le autorizzazioni edilizie di impianti eolici d'interesse nazionale secondo l'articolo 71c capoverso 1 lettera b della legge federale del 30 settembre 201685 sull'energia e le autorizzazioni di competenza cantonale a esse necessariamente connesse, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale.

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
^a	contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
^b	contro gli atti normativi cantonali;
^c	concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.

SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID) LAID Art. 24 In generale - 1 L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto complessivo, compresi:
¹	L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto complessivo, compresi:
^a	le spese non giustificate dall'uso commerciale e addebitate al conto perdite e profitti;
^b	i prodotti, gli utili in capitale, di liquidazione e di rivalutazione che non sono stati accreditati a detto conto;
^c	gli interessi sul capitale proprio occulto (art. 29a).
²	Non costituiscono utile imponibile:
^a	gli apporti dei soci di società di capitali e di società cooperative, compresi l'aggio e le prestazioni a fondo perso;
^b	il trasferimento della sede, dell'amministrazione, di un'impresa commerciale o di uno stabilimento d'impresa in un altro Cantone, a condizione che non intervenga né alienazione né rivalutazione contabile;
^c	l'aumento di capitale derivante da eredità, legato o donazione.
³	Le riserve occulte di una persona giuridica non sono imponibili nell'ambito di ristrutturazioni, in particolare in caso di fusione, di scissione o di trasformazione, in quanto la persona giuridica rimanga assoggettata all'imposta in Svizzera e gli elementi fino ad allora determinanti per l'imposta sull'utile vengano ripresi:
^a	in caso di trasformazione in un'impresa di persone o in un'altra persona giuridica;
^b	in caso di divisione o di separazione di una persona giuridica, in quanto vengano trasferiti uno o più esercizi o rami d'attività e nella misura in cui le persone giuridiche che sussistono dopo la scissione continuino un esercizio o un ramo d'attività;
^c	in caso di scambio di diritti di partecipazione o societari a seguito di ristrutturazioni o di concentrazioni aventi carattere di fusione;
^d	in caso di trasferimento di esercizi o rami d'attività, nonché di immobilizzi aziendali, a una filiale svizzera. È considerata filiale una società di capitali o cooperativa al cui capitale azionario o sociale la società di capitali o cooperativa che procede al trasferimento partecipa nella misura di almeno il 20 per cento.113
^3bis	Qualora una società di capitali o una società cooperativa trasferisca una partecipazione a una società estera del medesimo gruppo, l'imposizione della differenza tra il valore determinante per l'imposta sull'utile e il valore venale della partecipazione è rinviata.114 Il rinvio dell'imposizione decade se la partecipazione trasferita è venduta a un terzo estraneo al gruppo o se la società i cui diritti di partecipazione sono stati trasferiti aliena una parte importante dei propri attivi e passivi o è liquidata.115
^3ter	In caso di trasferimento a una filiale secondo il capoverso 3 lettera d, le riserve occulte trasferite vengono tassate a posteriori secondo la procedura di cui all'articolo 53, nella misura in cui, nei cinque anni dopo la ristrutturazione, i beni trasferiti o i diritti di partecipazione o societari nella filiale vengano alienati; in tal caso la filiale può far valere corrispondenti riserve occulte già tassate come utili.116
^3quater	Partecipazioni dirette o indirette di almeno il 20 per cento al capitale azionario o sociale di un'altra società di capitali o società cooperativa, esercizi o rami di attività e immobilizzi aziendali possono essere trasferiti, al valore fino ad allora determinante per l'imposta sull'utile, tra società di capitali o cooperative svizzere che, nel contesto delle circostanze concrete, grazie alla detenzione della maggioranza dei voti o in altro modo sono riunite sotto la direzione unica di una società di capitali o cooperativa. Rimane salvo il trasferimento a una filiale svizzera secondo il capoverso 3 lettera d.117 118
^3quinquies	Se nei cinque anni seguenti un trasferimento ai sensi del capoverso 3quater i beni trasferiti sono alienati o la direzione unica è abbandonata, le riserve occulte trasferite sono tassate a posteriori secondo la procedura di cui all'articolo 53. La persona giuridica beneficiaria può in tal caso far valere corrispondenti riserve occulte già tassate come utili. Le società di capitali o cooperative svizzere riunite sotto direzione unica al momento della violazione del termine di blocco rispondono solidalmente del pagamento dell'imposta riscossa a posteriori.119
⁴	Si applicano per analogia le disposizioni relative ai beni sostitutivi (art. 8 cpv. 4), agli ammortamenti (art. 10 cpv. 1 lett. a), agli accantonamenti (art. 10 cpv. 1 lett. b) e alla deduzione delle perdite (art. 10 cpv. 1 lett. c).
^4bis	In caso di sostituzione di partecipazioni, le riserve occulte possono essere trasferite su una nuova partecipazione se la partecipazione alienata è pari almeno al 10 per cento del capitale azionario o sociale o almeno al 10 per cento degli utili e delle riserve dell'altra società e la società di capitali o la società cooperativa l'ha detenuta come tale per almeno un anno.120
⁵	Le prestazioni che imprese miste di interesse pubblico procurano in modo preponderante a persone a loro vicine devono essere stimate al valore di mercato, al loro prezzo di costo aumentato di un margine adeguato o al loro prezzo di vendita finale diminuito di un margine di utile adeguato; il risultato di ciascuna impresa è adattato di conseguenza.

SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID) LAID Art. 73 Ricorsi - 1 Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005264 sul Tribunale federale.265
¹	Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005264 sul Tribunale federale.265
²	Legittimati a ricorrere sono il contribuente, l'autorità competente secondo il diritto cantonale e l'Amministrazione federale delle contribuzioni.
³	...266

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
¹	Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
²	Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
^a	delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
^b	nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
^c	in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198091 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198092 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
^d	del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195494 sui brevetti.
³	Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
^a	delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
^b	dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
⁴	Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
⁵	Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
⁶	...95
⁷	Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
¹	Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
^a	del Tribunale amministrativo federale;
^b	del Tribunale penale federale;
^c	dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
^d	delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
²	I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
³	Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
¹	Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
^a	ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
^b	è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
^c	ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
²	Hanno inoltre diritto di ricorrere:
^a	la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
^b	in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
^c	i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
^d	le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
³	In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.

SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID) LAID Art. 6 Imposizione secondo il dispendio - 1 Il Cantone può concedere il diritto di pagare, invece dell'imposta sul reddito e sulla sostanza, un'imposta calcolata sul dispendio alle persone fisiche che:
¹	Il Cantone può concedere il diritto di pagare, invece dell'imposta sul reddito e sulla sostanza, un'imposta calcolata sul dispendio alle persone fisiche che:
^a	non hanno la cittadinanza svizzera;
^b	per la prima volta o dopo un'interruzione di almeno dieci anni sono assoggettati illimitatamente alle imposte (art. 3); e
^c	non esercitano un'attività lucrativa in Svizzera.
²	I coniugi che vivono in comunione domestica devono entrambi soddisfare le condizioni di cui al capoverso 1.
³	L'imposta che sostituisce l'imposta sul reddito è calcolata sulla base delle spese annuali corrispondenti al tenore di vita del contribuente e delle persone al cui sostentamento egli provvede, sostenute durante il periodo di calcolo in Svizzera e all'estero, ma almeno in base al più elevato degli importi seguenti:
^a	un importo minimo fissato dal Cantone;
^b	per i contribuenti che hanno un'economia domestica propria: un importo corrispondente al settuplo della pigione annua o del valore locativo fissato dall'autorità competente;
^c	per gli altri contribuenti: un importo corrispondente al triplo del prezzo di pensione annua per il vitto e l'alloggio al luogo di dimora ai sensi dell'articolo 3.
⁴	L'imposta è calcolata secondo la tariffa fiscale ordinaria.
⁵	I Cantoni determinano in che modo l'imposizione secondo il dispendio copre l'imposta sulla sostanza.
⁶	L'imposta secondo il dispendio deve essere almeno equivalente alla somma delle imposte sul reddito e sulla sostanza calcolate secondo le tariffe ordinarie sull'insieme degli elementi lordi seguenti:
^a	sostanza immobiliare situata in Svizzera e relativi proventi;
^b	beni mobili che si trovano in Svizzera e relativi proventi;
^c	capitale mobiliare collocato in Svizzera, inclusi i crediti garantiti da pegno immobiliare, e relativi proventi;
^d	diritti d'autore, brevetti e diritti analoghi esercitati in Svizzera e relativi proventi;
^e	assegni di quiescenza, rendite e pensioni di fonte svizzera;
^f	proventi per i quali il contribuente pretende uno sgravio totale o parziale da imposte estere in virtù di una convenzione conclusa dalla Svizzera per evitare la doppia imposizione.
⁷	In caso di proventi sgravati dalle imposte nello Stato dal quale essi provengono e imponibili in Svizzera, singolarmente o congiuntamente ad altri proventi, all'aliquota applicabile al reddito complessivo, l'imposta è calcolata non soltanto sui proventi di cui al capoverso 6, ma anche su tutti gli elementi del reddito proveniente dall'altro Stato, attribuiti alla Svizzera conformemente alla corrispondente convenzione in materia di doppia imposizione.

SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID) LAID Art. 23 Esenzione - 1 Sono esenti dall'imposta unicamente:
¹	Sono esenti dall'imposta unicamente:
^a	la Confederazione e i suoi stabilimenti, giusta il diritto federale;
^b	il Cantone e i suoi stabilimenti, giusta il diritto cantonale;
^c	i Comuni, le parrocchie e le altre collettività territoriali del Cantone e i loro stabilimenti, giusta il diritto cantonale;
^d	le istituzioni di previdenza professionale di imprese con domicilio, sede o stabilimento d'impresa in Svizzera o di imprese loro vicine, a condizione che le risorse di tali istituzioni siano durevolmente ed esclusivamente devolute alla previdenza del personale;
^e	le casse svizzere d'assicurazioni sociali e di compensazione, segnatamente le casse d'assicurazione contro la disoccupazione, le casse malattia, quelle di vecchiaia, invalidità e superstiti, eccettuate le società d'assicurazione concessionarie;
^f	le persone giuridiche, che perseguono uno scopo pubblico o di utilità pubblica, per quanto concerne l'utile e il capitale esclusivamente e irrevocabilmente destinati a tali fini. Scopi imprenditoriali non sono di norma considerati d'interesse pubblico. L'acquisizione e l'amministrazione di partecipazioni in capitale importanti a imprese sono di utilità pubblica quando l'interesse al mantenimento dell'impresa occupa una posizione subalterna rispetto allo scopo di utilità pubblica e quando non sono esercitate attività dirigenziali;
^g	le persone giuridiche che perseguono, sul piano cantonale o nazionale, fini di culto, per quanto riguarda l'utile e il capitale esclusivamente e irrevocabilmente destinati a tali fini;
^h	gli Stati esteri per quanto concerne i loro immobili situati in Svizzera e destinati esclusivamente all'uso diretto da parte delle loro rappresentanze diplomatiche e consolari, nonché i beneficiari istituzionali di esenzioni fiscali di cui all'articolo 2 capoverso 1 della legge del 22 giugno 2007107 sullo Stato ospite per gli immobili di cui sono proprietari e che sono occupati dai loro servizi;
ⁱ	gli investimenti collettivi di capitale con possesso fondiario diretto sempreché i loro investitori siano esclusivamente istituzioni di previdenza professionale esentate dall'imposta conformemente alla lettera d o casse svizzere d'assicurazioni sociali e di compensazione esentate dall'imposta conformemente alla lettera e;
^j	le imprese di trasporto e d'infrastruttura, titolari di una concessione federale, che ricevono un'indennità per la loro attività o, in base alla concessione, devono mantenere un'impresa annuale di importanza nazionale; sono altresì esenti gli utili liberamente disponibili provenienti dall'attività concessionaria; sono tuttavia eccettuati dall'esenzione dall'imposta le aziende accessorie e gli immobili che non hanno una relazione necessaria con l'attività concessionaria.
²	...110
³	I Cantoni possono prevedere, per via legislativa, sgravi di imposte a favore delle imprese neocostituite che servono gli interessi economici del Cantone, per l'anno di fondazione dell'impresa e per i nove anni seguenti. Un cambiamento essenziale dell'attività aziendale può essere equiparato a neocostituzione.
⁴	Le persone giuridiche menzionate nel capoverso 1 lettere d-g ed i sottostanno nondimeno in tutti i casi all'imposta sui guadagni immobiliari. Le disposizioni relative ai beni sostitutivi (art. 8 cpv. 4), agli ammortamenti (art. 10 cpv. 1 lett. a), agli accantonamenti (art. 10 cpv. 1 lett. b) e alla deduzione delle perdite (art. 10 cpv. 1 lett. c) si applicano per analogia.111

SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999 Cost. Art. 5 Stato di diritto - 1 Il diritto è fondamento e limite dell'attività dello Stato.
¹	Il diritto è fondamento e limite dell'attività dello Stato.
²	L'attività dello Stato deve rispondere al pubblico interesse ed essere proporzionata allo scopo.
³	Organi dello Stato, autorità e privati agiscono secondo il principio della buona fede.
⁴	La Confederazione e i Cantoni rispettano il diritto internazionale.

SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD) LIFD Art. 58 In generale - 1 Costituiscono utile netto imponibile:
¹	Costituiscono utile netto imponibile:
^a	il saldo del conto profitti e perdite, epurato dal riporto dell'anno precedente;
^b	tutti i prelevamenti fatti prima del calcolo del saldo del conto profitti e perdite e non destinati alla copertura di spese riconosciute dall'uso commerciale, in particolare:
^c	i ricavi non accreditati al conto profitti e perdite, compresi gli utili in capitale, di liquidazione e di rivalutazione, fatto salvo l'articolo 64. ...139
²	L'utile netto imponibile delle persone giuridiche che non tengono un conto profitti e perdite è determinato applicando per analogia il capoverso 1.
³	Le prestazioni che imprese miste di interesse pubblico procurano in modo preponderante a persone a loro vicine devono essere stimate al valore di mercato, al loro prezzo di costo aumentato di un margine adeguato o al loro prezzo di vendita finale diminuito di un margine di utile adeguato; il risultato di ciascuna impresa è adattato di conseguenza.

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
¹	Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
²	In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
³	Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
⁴	Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
⁵	Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
¹	Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
²	La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
³	Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
⁴	Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
⁵	Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.