Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}

1C 1/2015

Arrêt du 10 août 2015

Ire Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Merkli, Juge présidant,
Chaix et Kneubühler.
Greffière : Mme Tornay Schaller.

Participants à la procédure
A.________ SA, représentée par Me Christophe A. Gal, avocat,
recourante,

contre

Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie du canton de Genève, Office de l'urbanisme, Service des affaires juridiques, case postale 224, 1211 Genève 8.

Objet
Remise en état,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, du 11 novembre 2014.

Faits :

A.
Un immeuble de six étages (plus un attique) a été construit sur la parcelle n o 2'683 du registre foncier de la commune de Genève, au 5 chemin des Crêts-de-Champel, en 1966. Le 23 août 1983, un géomètre officiel a dressé le cahier de répartition des locaux de la propriété par étages (PPE) de cet immeuble et a inscrit que le 6ème étage comportait deux appartements de quatre pièces, chacun de 106,70 m2 et avec un balcon. Ledit cahier de répartition a été visé par le registre foncier, le cadastre et la centrale des autorisations de construire.
Le 21 février 1985, une réquisition d'inscription de mise en PPE de l'immeuble concerné a été déposée au registre foncier par le notaire mandaté par la société immobilière propriétaire de l'immeuble. Cette réquisition indiquait notamment que deux appartements de quatre pièces avec balcon se trouvaient au 6ème étage, sous les lots n° 9.01 et 9.02.
Un nouveau cahier de répartition des locaux relatif à la PPE de l'immeuble érigé sur la parcelle n° 2'683, remplaçant celui déposé au registre foncier en 1985, a été établi par un géomètre officiel, signé le 28 novembre 2005 et enregistré au registre foncier le 22 décembre 2005. Le plan et le tableau de répartition des locaux rectifiés prévoyaient désormais, pour le 6ème étage, un seul appartement de huit pièces d'une surface de 213 m2 avec balcon valant 142 o/oo, sous lot n° 9.02, le n° 9.01 correspondant à l'escalier et à la partie de l'étage extérieure à l'appartement.
Par décision du 4 décembre 2009, le Département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève (devenu le Département de l'urbanisme, puis le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie [ci-après : le Département]), a donné une suite favorable à une demande définitive d'autorisation de construire portant sur la surélévation de deux étages en attique de l'immeuble précité, déposée le 23 septembre 2009 par la PPE B.________, représentée par C.________ SA.
Le 17 février 2011, A.________ SA est devenue propriétaire de l'appartement de huit pièces du 6ème étage susmentionné, pour la somme de 2'450'000 francs.

B.
Le 27 mars 2012, le Département a écrit à A.________ SA que, à la suite du dépôt de la demande d'autorisation de construire précitée et après vérification sur place, il avait constaté que l'appartement propriété de A.________ SA résultait de la réunion de deux appartements, soit les lots n° 9.01 et 9.02; une telle réunion en un seul logement n'était autorisable que si elle était destinée au propriétaire ayant l'intention de l'occuper au titre d'habitation principale; n'ayant été saisi d'aucune requête en autorisation concernant la réunion litigieuse, A.________ SA devait lui fournir, dans un délai de quinze jours dès réception dudit courrier, toutes les explications utiles, précisant que "toutes mesures et/ou sanction restaient réservées". Par courrier du 5 avril 2012, A.________ SA a répondu qu'elle n'avait pas procédé à la réunification des lots n° 9.01 et 9.02; cette société avait acquis l'appartement en question en un seul lot, le n° 9.02; depuis plus de vingt-cinq ans, il n'y avait qu'un appartement de huit pièces au 6ème étage de l'immeuble en cause.
Par décision du 7 mai 2012, le Département a ordonné à A.________ SA de rétablir une situation conforme au droit en procédant à la remise en état des deux appartements de quatre pièces situés au 6ème étage de l'immeuble, au motif que la situation constituait une infraction aux art. 1 de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI; RSG L 5 05) et 1 à 4 de la loi genevoise sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (mesures de soutien en faveur des locataires et de l'emploi) du 25 janvier 1996 (LDTR; RSG L 5 20); cette mesure ferait l'objet de l'inscription d'une restriction du droit de propriété, par voie de mention, au registre foncier conformément à l'art. 153 de la loi sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI; RSG L 5 05); lors de la mise en PPE de l'immeuble concerné en février 1985, il y avait deux logements de quatre pièces au 6ème étage, soit les lots n° 9.01 et 9.02, comme mentionné sur le cahier de répartition des locaux enregistré au registre foncier; or, le Département n'avait été saisi d'aucune requête en autorisation pour la réunion de ces deux appartements.
A.________ SA a interjeté un recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève. Après avoir procédé à une inspection locale le 9 octobre 2012, celui-ci a rejeté le recours, par jugement du 29 octobre 2012. Par arrêt du 11 novembre 2014, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté le recours déposé par A.________ SA contre ce jugement. Elle a considéré en substance que le délai de trente ans de péremption n'était pas échu au jour du prononcé de la décision du Département du 7 mai 2012, que l'ordre de remise en état ne violait pas le principe de la bonne foi et respectait le principe de la proportionnalité.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ SA demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué et la décision du 7 mai 2012, de constater que le 6 ème étage de l'immeuble sis au chemin des Crêts-de-Champel 5 à Genève distribue un unique appartement de huit pièces, que la remise en état des deux appartements de quatre pièces ne peut pas être ordonnée, que l'inscription de la mention ordonnée au sens de l'art. 153 LCI est sans objet et qu'aucune infraction à la LDTR et à la LCI n'a été commise par A.________ SA. Elle conclut subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Elle se réfère notamment à un jugement du Tribunal administratif de première instance du 10 octobre 2013, dans lequel il a été admis que la réunion de deux appartements au 3 ème étage du même immeuble remontait à plus de trente ans, alors que le cahier de répartition des locaux de 1983 et la réquisition d'inscription au registre foncier de 1985 indiquaient deux appartements de quatre pièces.
Invitée à se déterminer, la Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie conclut au rejet du recours. La recourante a renoncé à répliquer par courrier du 2 mars 2015.

Considérant en droit :

1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF), le recours de droit public est en principe recevable, aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure de recours devant la Cour de justice. En tant que propriétaire de l'appartement dont est ordonnée la remise en état, elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué et peut ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à son annulation. Elle a donc qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF.
Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.

2.
Dans un premier argument d'ordre formel, la recourante fait grief à l'instance précédente d'avoir refusé d'entendre deux témoins, D.________ dont la famille aurait vécu dans l'appartement litigieux de 1976 à 2002 et E.________, ancien propriétaire de l'immeuble en cause. Elle considère que leurs témoignages auraient permis d'établir que les deux appartements ont été réunis il y a plus de trente ans et que par conséquent le délai de péremption de 30 ans pour exiger une remise en état est atteint.
A cet égard, la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst.). Elle fait aussi valoir l'arbitraire dans l'application du droit cantonal de procédure (art. 19
SR 455 Loi fédérale du 16 décembre 2005 sur la protection des animaux (LPA)
LPA Art. 19 Exigences - 1 Le Conseil fédéral fixe les exigences auxquelles doivent satisfaire les instituts et les laboratoires autorisés à pratiquer l'expérimentation animale, les exigences relatives à la formation et la formation continue du personnel et celles que les établissements détenant ou élevant des animaux destinés à l'expérimentation, ou en faisant le commerce, doivent remplir pour obtenir une autorisation.
1    Le Conseil fédéral fixe les exigences auxquelles doivent satisfaire les instituts et les laboratoires autorisés à pratiquer l'expérimentation animale, les exigences relatives à la formation et la formation continue du personnel et celles que les établissements détenant ou élevant des animaux destinés à l'expérimentation, ou en faisant le commerce, doivent remplir pour obtenir une autorisation.
2    Le Conseil fédéral fixe les critères permettant de déterminer quelles expériences sont indispensables au sens de l'art. 17.
3    Le Conseil fédéral peut déclarer certains buts d'expérience illicites.
4    Les expériences sur les animaux sont notamment illicites lorsque les douleurs, les maux, les dommages ou l'état d'anxiété causés à l'animal sont disproportionnés par rapport au bénéfice escompté en termes de connaissances.
et 20
SR 455 Loi fédérale du 16 décembre 2005 sur la protection des animaux (LPA)
LPA Art. 20 Exécution des expériences - 1 Des douleurs, des maux, des dommages ou un état d'anxiété ne peuvent être imposés à un animal que si le but de l'expérience ne peut être atteint d'une autre manière.
1    Des douleurs, des maux, des dommages ou un état d'anxiété ne peuvent être imposés à un animal que si le but de l'expérience ne peut être atteint d'une autre manière.
2    Des expériences ne peuvent être exécutées sur des animaux d'un rang élevé du point de vue de l'évolution que s'il n'est pas possible d'atteindre le but visé avec des animaux d'un rang moins élevé, et pour autant qu'il n'existe pas de méthode de substitution appropriée.
3    Le Conseil fédéral fixe les autres exigences relatives à l'exécution des expériences.
de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative [LPA-GE; RSG E 5 10]). Ces deux griefs se confondent, de sorte qu'il y a lieu de les examiner ensemble.

2.1. Garanti à l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé d'offrir des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes et de participer à l'administration des preuves essentielles lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 99 et les références citées). Toutefois, le droit d'être entendu ne peut être exercé que sur les éléments qui sont déterminants pour décider de l'issue du litige. Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes, lorsque le fait dont les parties veulent rapporter l'authenticité n'est pas important pour la solution du cas, lorsque les preuves résultent déjà de constatations versées au dossier ou lorsque le juge parvient à la conclusion qu'elles ne sont pas décisives pour la solution du litige ou qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion. Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 99 et les références citées).
Les art. 19
SR 455 Loi fédérale du 16 décembre 2005 sur la protection des animaux (LPA)
LPA Art. 19 Exigences - 1 Le Conseil fédéral fixe les exigences auxquelles doivent satisfaire les instituts et les laboratoires autorisés à pratiquer l'expérimentation animale, les exigences relatives à la formation et la formation continue du personnel et celles que les établissements détenant ou élevant des animaux destinés à l'expérimentation, ou en faisant le commerce, doivent remplir pour obtenir une autorisation.
1    Le Conseil fédéral fixe les exigences auxquelles doivent satisfaire les instituts et les laboratoires autorisés à pratiquer l'expérimentation animale, les exigences relatives à la formation et la formation continue du personnel et celles que les établissements détenant ou élevant des animaux destinés à l'expérimentation, ou en faisant le commerce, doivent remplir pour obtenir une autorisation.
2    Le Conseil fédéral fixe les critères permettant de déterminer quelles expériences sont indispensables au sens de l'art. 17.
3    Le Conseil fédéral peut déclarer certains buts d'expérience illicites.
4    Les expériences sur les animaux sont notamment illicites lorsque les douleurs, les maux, les dommages ou l'état d'anxiété causés à l'animal sont disproportionnés par rapport au bénéfice escompté en termes de connaissances.
et 20
SR 455 Loi fédérale du 16 décembre 2005 sur la protection des animaux (LPA)
LPA Art. 20 Exécution des expériences - 1 Des douleurs, des maux, des dommages ou un état d'anxiété ne peuvent être imposés à un animal que si le but de l'expérience ne peut être atteint d'une autre manière.
1    Des douleurs, des maux, des dommages ou un état d'anxiété ne peuvent être imposés à un animal que si le but de l'expérience ne peut être atteint d'une autre manière.
2    Des expériences ne peuvent être exécutées sur des animaux d'un rang élevé du point de vue de l'évolution que s'il n'est pas possible d'atteindre le but visé avec des animaux d'un rang moins élevé, et pour autant qu'il n'existe pas de méthode de substitution appropriée.
3    Le Conseil fédéral fixe les autres exigences relatives à l'exécution des expériences.
LPA-GE n'offrent pas de garantie supplémentaire au justiciable. L'art. 19
SR 455 Loi fédérale du 16 décembre 2005 sur la protection des animaux (LPA)
LPA Art. 19 Exigences - 1 Le Conseil fédéral fixe les exigences auxquelles doivent satisfaire les instituts et les laboratoires autorisés à pratiquer l'expérimentation animale, les exigences relatives à la formation et la formation continue du personnel et celles que les établissements détenant ou élevant des animaux destinés à l'expérimentation, ou en faisant le commerce, doivent remplir pour obtenir une autorisation.
1    Le Conseil fédéral fixe les exigences auxquelles doivent satisfaire les instituts et les laboratoires autorisés à pratiquer l'expérimentation animale, les exigences relatives à la formation et la formation continue du personnel et celles que les établissements détenant ou élevant des animaux destinés à l'expérimentation, ou en faisant le commerce, doivent remplir pour obtenir une autorisation.
2    Le Conseil fédéral fixe les critères permettant de déterminer quelles expériences sont indispensables au sens de l'art. 17.
3    Le Conseil fédéral peut déclarer certains buts d'expérience illicites.
4    Les expériences sur les animaux sont notamment illicites lorsque les douleurs, les maux, les dommages ou l'état d'anxiété causés à l'animal sont disproportionnés par rapport au bénéfice escompté en termes de connaissances.
LPA-GE prévoit que l'autorité établit les faits d'office sans être liée par les allégués et offres de preuves des parties. L'art. 20
SR 455 Loi fédérale du 16 décembre 2005 sur la protection des animaux (LPA)
LPA Art. 20 Exécution des expériences - 1 Des douleurs, des maux, des dommages ou un état d'anxiété ne peuvent être imposés à un animal que si le but de l'expérience ne peut être atteint d'une autre manière.
1    Des douleurs, des maux, des dommages ou un état d'anxiété ne peuvent être imposés à un animal que si le but de l'expérience ne peut être atteint d'une autre manière.
2    Des expériences ne peuvent être exécutées sur des animaux d'un rang élevé du point de vue de l'évolution que s'il n'est pas possible d'atteindre le but visé avec des animaux d'un rang moins élevé, et pour autant qu'il n'existe pas de méthode de substitution appropriée.
3    Le Conseil fédéral fixe les autres exigences relatives à l'exécution des expériences.
LPA-GE précise que l'autorité réunit les renseignements et procède aux enquêtes nécessaires pour fonder sa décision, en recourant "s'il y a lieu" aux moyens de preuve que sont les documents, les interrogatoires et renseignements des parties, les témoignages et renseignements de tiers, l'examen par l'autorité et l'expertise.
Selon la maxime inquisitoire, qui prévaut en particulier en droit public, l'autorité définit les faits pertinents et ne tient pour existants que ceux qui sont dûment prouvés; elle oblige notamment les autorités compétentes à prendre en considération d'office l'ensemble des pièces pertinentes qui ont été versées au dossier. Elle ne dispense pas pour autant les parties de collaborer à l'établissement des faits; il leur incombe d'étayer leurs propres thèses, de renseigner le juge sur les faits de la cause et de lui indiquer les moyens de preuves disponibles, spécialement lorsqu'il s'agit d'élucider des faits qu'elles sont le mieux à même de connaître. En l'absence de collaboration de la partie concernée par de tels faits et d'éléments probants au dossier, l'autorité qui met fin à l'instruction du dossier en retenant qu'un fait ne peut être considéré comme établi, ne tombe ni dans l'arbitraire ni ne viole l'art. 8
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 8 - Chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit.
CC relatif au fardeau de la preuve (cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 298 s. et les références citées).

2.2. Selon la jurisprudence, la compétence d'exiger la démolition d'une installation pour rétablir une situation conforme au droit est soumise en principe à un délai de péremption de trente ans; exceptionnellement, cette compétence peut être exercée au-delà du délai en question si des motifs de police au sens strict imposent une telle mesure et, inversement, l'autorité peut en être déchue avant l'écoulement des trente ans lorsque le principe de la bonne foi le commande. Le délai de trente ans commence à courir seulement dès l'achèvement du bâtiment ou des parties litigieuses de celui-ci (ATF 136 II 359 consid. 8 p. 367 et les références citées).

2.3. En l'espèce, la cour cantonale a considéré que seuls le cahier de répartition des locaux de la PPE de l'immeuble établi en août 1983 et la réquisition d'inscription au registre foncier de février 1985 devaient être pris en compte. Elle a affirmé qu'aucun élément n'était propre à prouver la survenance d'une erreur lors de l'élaboration dudit cahier ou de ladite réquisition au registre foncier: même en prenant en compte le fait que la famille de D.________ a habité depuis 1976 au 6 ème étage dans un appartement de huit pièces et non de quatre, cela ne permettrait pas d'en conclure que ledit cahier et ladite réquisition au registre foncier seraient erronés sur ce point: "en effet, vu son importance et le fait qu'il portait sur l'un des six étages ajoutés à l'attique de l'immeuble, ce point ne pouvait manifestement pas échapper à l'attention du géomètre officiel et de la propriétaire; la réquisition du 21 décembre 2005 ne pouvait être comprise comme faisant état de modifications intervenues dans les appartements de quatre pièces du 6 ème étage après les inscriptions au registre foncier des mois d'août 1983 et de février 1985 et non d'une erreur à corriger". L'instance précédente ajoute encore que, quoi qu'il en soit, seule la
connaissance du Département doit être retenue, celui-ci n'ayant aucunement la possibilité de se rendre compte que l'information dont il disposait aurait pu ne pas correspondre à la réalité: or le Département ignorait jusqu'en mars 2012 que les deux appartements avaient été réunis. Dès lors, la cour cantonale a refusé d'entendre les témoins dont l'audition était requise au motif que de "tels actes d'instruction ne seraient pas de nature à influer sur l'issue du litige".
Partant, la Cour de justice n'a pas cherché à établir la date de la réunion des deux appartements; or cet élément est un fait important pour la solution du litige, dans la mesure où il fait partir le délai de péremption de 30 ans. L'instance précédente a au contraire pris en considération le fait que le Département n'avait pas eu connaissance de la réunion des appartements avant mars 2012. Cet élément est toutefois sans pertinence pour établir le point de départ du délai de péremption; seule est déterminante la date d'achèvement des travaux illicites (cf. supra consid. 2.2).
Afin de déterminer cette date, la recourante a allégué plusieurs éléments tendant à démontrer que la réunion des appartements avait déjà eu lieu en 1976. Elle a produit un relevé de loyers établi informatiquement par la régie F.________ SA, selon lequel le 6 ème étage de l'immeuble était occupé au 30 décembre 1988 par un appartement de huit pièces, dont le locataire était G.________ (père de D.________); elle a versé au dossier un état locatif au 24 novembre 2003 établi par la régie H.________ Cie, duquel il ressort que E.________ était propriétaire de l'immeuble en question, notamment d'un appartement de huit pièces au 6ème étage, habité par un locataire; elle a allégué qu'il n'existait qu'un seul compteur d'électricité au 6ème étage; elle a encore produit un courrier de D.________ daté du 1er février 2013, indiquant que sa famille avait été locataire de l'appartement en cause de 1976 à 2002 et que ledit appartement était le seul du 6ème étage, avec deux portes d'entrée, quatre chambres à coucher, deux salles de bain, deux WC, deux réduits, une cuisine, un salon et une salle à manger. La recourante a enfin requis l'audition de D.________ et de E.________, arguant que les auditions sollicitées permettraient de démontrer que ladite
réquisition d'inscription de 1985 ne correspondait pas à la réalité des faits.
La Cour de justice a ignoré les éléments avancés par la recourante et s'en est tenue au contenu du cahier de répartition des locaux de 1983 et à la réquisition d'inscription au registre foncier de 1985. Il existe certes une présomption d'exactitude de faits se trouvant dans un registre public (art. 9 al. 1
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 9 - 1 Les registres publics et les titres authentiques font foi des faits qu'ils constatent et dont l'inexactitude n'est pas prouvée.
1    Les registres publics et les titres authentiques font foi des faits qu'ils constatent et dont l'inexactitude n'est pas prouvée.
2    La preuve que ces faits sont inexacts n'est soumise à aucune forme particulière.
CC). Il est cependant possible de renverser cette présomption. En refusant de manière anticipée de prendre en compte les éléments avancés par la recourante au seul motif que "vu son importance et le fait qu'il portait sur l'un des six étages ajoutés à l'attique de l'immeuble, ce point ne pouvait manifestement pas échapper à l'attention du géomètre officiel et de la propriétaire", la cour cantonale a privé arbitrairement la recourante de tout moyen de preuve pour renverser la présomption d'exactitude de la réquisition d'inscription au registre foncier de 1985. L'offre de preuve requise était pertinente et l'appréciation anticipée des preuves à laquelle a procédé la cour cantonale est insoutenable. Cette appréciation anticipée des preuves est d'autant plus arbitraire qu'un jugement du Tribunal administratif de première instance du 10 octobre 2013 a admis que la réunion de deux appartements au 3ème étage du même immeuble remontait
à plus de trente ans, alors que le cahier de répartition des locaux de 1983 et la réquisition d'inscription au registre foncier de 1985 indiquaient deux appartements de quatre pièces.
De plus, cette violation du droit d'être entendu est renforcée par le devoir du juge, en droit public, d'établir les faits d'office (maxime inquisitoire ancrée notamment à l'art. 19
SR 455 Loi fédérale du 16 décembre 2005 sur la protection des animaux (LPA)
LPA Art. 19 Exigences - 1 Le Conseil fédéral fixe les exigences auxquelles doivent satisfaire les instituts et les laboratoires autorisés à pratiquer l'expérimentation animale, les exigences relatives à la formation et la formation continue du personnel et celles que les établissements détenant ou élevant des animaux destinés à l'expérimentation, ou en faisant le commerce, doivent remplir pour obtenir une autorisation.
1    Le Conseil fédéral fixe les exigences auxquelles doivent satisfaire les instituts et les laboratoires autorisés à pratiquer l'expérimentation animale, les exigences relatives à la formation et la formation continue du personnel et celles que les établissements détenant ou élevant des animaux destinés à l'expérimentation, ou en faisant le commerce, doivent remplir pour obtenir une autorisation.
2    Le Conseil fédéral fixe les critères permettant de déterminer quelles expériences sont indispensables au sens de l'art. 17.
3    Le Conseil fédéral peut déclarer certains buts d'expérience illicites.
4    Les expériences sur les animaux sont notamment illicites lorsque les douleurs, les maux, les dommages ou l'état d'anxiété causés à l'animal sont disproportionnés par rapport au bénéfice escompté en termes de connaissances.
LPA-GE).
Cette violation du droit d'être entendu ne peut pas être guérie dans la présente procédure de recours, ne serait-ce que parce que le Tribunal fédéral ne revoit pas librement les faits (art. 97
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
et 105
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF; ATF 133 I 201 consid. 2.2 p. 204 et les références citées). Le recours doit donc être admis pour ce motif, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres griefs soulevés par la recourante. Il appartiendra à la Cour de justice ou au Tribunal administratif de première instance si la cause lui est renvoyée, de procéder aux auditions requises.

3.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours et à l'annulation de l'arrêt attaqué. La cause est renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision au sens des considérants.
Il n'est pas perçu de frais pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 66 al. 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Ayant obtenu gain de cause avec l'aide d'un mandataire professionnel, la recourante a droit à des dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
et 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision au sens des considérants.

2.
Il n'est pas perçu des frais judiciaires.

3.
Une indemnité de dépens, arrêtée à 3'000 francs, est allouée à la recourante à la charge du canton de Genève.

4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie, et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative.

Lausanne, le 10 août 2015
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Juge présidant : Merkli

La Greffière : Tornay Schaller