Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 666/2015

{T 0/2}

Arrêt du 7 octobre 2016

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Seiler, Président,
Zünd, Aubry Girardin, Donzallaz et Stadelmann.
Greffier : M. Ermotti.

Participants à la procédure
X.________ SA,
représentée par Thierry De Mitri,
recourante,

contre

Administration cantonale des impôts
du canton de Vaud.

Objet
Impôt sur les gains immobiliers,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal du canton
de Vaud, Cour de droit administratif et public,
du 15 juin 2015.

Faits :

A.

A.a. Y.________ SA (ci-après: Y.________) est une Société anonyme inscrite depuis le 3 mai 2005 au registre du commerce du canton de Vaud et dont le but est le suivant: "opérations mobilières et immobilières". Au 31 décembre 2007, le bilan de Y.________ faisait état d'actifs pour un montant total de 13'044'831 fr. 96, dont 12'532'423 fr. 65 étaient constitués d'immeubles situés sur la commune de A.________, dans le canton de Vaud.
X.________ SA (ci-après: X.________ ou la Société) est une Société anonyme existant depuis 1998 et qui a notamment le but suivant: "achat et vente de placements et financement dans l'immobilier, le transport, le tourisme, l'hôtellerie, les loisirs, l'industrie et les services". Après avoir transféré son siège de Fribourg à Lucerne, elle s'est établie à B.________ et est inscrite au registre du commerce du canton de Schwytz depuis le 21 décembre 2012.

A.b. Entre le 17 mai 2005 et le 22 mars 2006, X.________ a acquis 51% du capital-actions de Y.________. Le 25 octobre 2007, la Société a revendu au prix de 1'500'000 fr. l'intégralité de ses participations au capital-actions de Y.________ à Z.________ SA, dont le siège est à Fribourg. Le 30 novembre 2007, Z.________ SA a acquis la totalité du capital-actions de Y.________.

A.c. Le 25 mars 2011, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale) a invité X.________ à lui retourner une déclaration du gain immobilier résultant de la cession des actions de Y.________. Le 6 février 2012, tout en contestant son assujettissement dans le canton, la Société a rempli la déclaration en question.

B.
Le 30 août 2012, l'Administration cantonale a rendu une décision de taxation à l'encontre de X.________, dans laquelle elle a arrêté à 15'470'585 fr. la "valeur de l'immeuble au moment de la vente" et à 12'532'423 fr. le "prix de revient". Sur cette base, elle a fixé à 1'498'462 fr. le gain immobilier imposable résultant de la vente de 51% du capital-actions de Y.________. Il en résultait un montant d'impôt total de 375'496 fr. 95 (art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF).
Le 26 février 2014, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation formée par X.________ contre la décision du 30 août 2012. Le 15 juin 2015, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours interjeté par la contribuable contre la décision du 26 février 2014. Les juges cantonaux ont retenu, en substance, que la vente par X.________ de 51% du capital-actions de Y.________, société immobilière détenant des immeubles dans le canton de Vaud, constituait un rattachement économique suffisant à créer un assujettissement limité dans ce canton. En outre, X.________ était une société holding possédant 10% au moins du capital-actions d'une autre société et bénéficiant de la réduction pour participations, ce qui soumettait également le gain réalisé lors de la vente des actions de Y.________ à l'impôt sur les gains immobiliers.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X.________ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt attaqué et de déclarer qu'elle "n'est pas assujettie de manière illimitée ou limitée aux impôts dans le canton de Vaud, faute d'avoir son siège ou son administration effective dans le canton de Vaud ou tout autre rattachement économique" et partant de dire qu'elle "n'est pas redevable de l'impôt sur les gains immobiliers dans le canton de Vaud du fait de la vente de 51% du capital de Y.________ SA".
L'Administration cantonale dépose des déterminations et conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions renonce à déposer des observations. Le Tribunal cantonal se réfère à son arrêt. La recourante a répliqué.
La IIe Cour de droit public a délibéré sur le présent recours en séance publique le 7 octobre 2016.

Considérant en droit :

1.

1.1. La décision attaquée porte sur les impôts cantonaux et communaux. Elle relève donc du droit public et aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF n'est réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF. L'art. 73 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) confirme du reste expressément cette voie de droit, l'impôt sur les gains immobiliers étant une matière harmonisée au titre 2, art. 12
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID (arrêt 2C 463/2015 du 20 avril 2016 consid. 1.1).

1.2. Déposé en temps utile, compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. b
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 46 Suspension - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
1    Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
a  du septième jour avant Pâques au septième jour après Pâques inclus;
b  du 15 juillet au 15 août inclus;
c  du 18 décembre au 2 janvier inclus.
2    L'al. 1 ne s'applique pas:
a  aux procédures concernant l'octroi de l'effet suspensif ou d'autres mesures provisionnelles;
b  à la poursuite pour effets de change;
c  aux questions relatives aux droits politiques (art. 82, let. c);
d  à l'entraide pénale internationale ni à l'assistance administrative internationale en matière fiscale;
e  aux marchés publics.19
et 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF), et dans les formes prescrites (cf. art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF), le recours est dirigé contre une décision finale (cf. art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (cf. art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
et al. 2 LTF). Par ailleurs, la recourante a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF). Par conséquent, le recours est recevable.

2.
D'après l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la LHID. Cependant, lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal est limité à l'arbitraire (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.; arrêt 2C 834/2012 du 19 avril 2013 consid. 2).

3.
Le litige porte sur la possibilité pour le canton de Vaud d'assujettir la recourante (dont le siège se trouve hors du canton) à l'impôt sur les gains immobiliers, à la suite de la vente par celle-ci de 51% du capital-actions de Y.________ survenue en 2007. Selon l'Administration cantonale, le fait que la contribuable détenait ces actions constituait un rattachement économique suffisant à fonder un assujettissement limité de celle-ci dans le canton de Vaud, Y.________ étant une société immobilière dont les actifs au 31 décembre 2007 étaient constitués presque uniquement d'immeubles situés sur la commune de A.________ (VD). Pour sa part, la Société soutient que, en l'absence de siège, d'administration effective ou d'établissement stable dans ce canton, elle ne saurait y être assujettie. En particulier, la détention et la vente des actions litigieuses ne suffiraient pas à son avis à fonder un rattachement économique dans le canton de Vaud.

4.
Il convient, dans un premier temps, d'analyser la situation de la recourante sur la base de l'art. 21 al. 1 let. c
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
1    Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie dans le canton;
b  elles exploitent un établissement stable dans le canton;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton.
2    Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
b  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID, qui pose un critère de rattachement général. Ensuite, si le Tribunal fédéral devait parvenir à la conclusion qu'un assujettissement limité de l'intéressée dans le canton de Vaud fondé sur ce seul article ne se justifie pas, il y aura lieu d'examiner si la recourante peut être assujettie dans ce canton à l'impôt sur les gains immobiliers sous l'angle de l'art. 12 al. 2 let. a
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID, disposition qui vise exclusivement cet impôt (cf. infra consid. 5).

4.1. En vertu de l'art. 21 al. 1 let. c
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
1    Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie dans le canton;
b  elles exploitent un établissement stable dans le canton;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton.
2    Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
b  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID, les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve - comme en l'espèce - hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsqu'elles "sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels". L'art. 86 al. 1 let. c de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RS/VD 642.11) a la même teneur que l'art. 21 al. 1 let. c
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
1    Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie dans le canton;
b  elles exploitent un établissement stable dans le canton;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton.
2    Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
b  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID. Il s'agit donc de droit cantonal harmonisé, dont le Tribunal fédéral examine librement l'application (cf. supra consid. 2).

4.2. Il n'est pas contesté que la recourante n'a pas son siège ou son administration effective dans le canton de Vaud et qu'elle n'est pas propriétaire des immeubles situés sur la commune de A.________, lesquels appartiennent à Y.________. Le point litigieux concerne donc le sens de la notion de "droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels" découlant des articles 21 al. 1 let. c
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
1    Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie dans le canton;
b  elles exploitent un établissement stable dans le canton;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton.
2    Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
b  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID et 86 al. 1 let. c LI/VD. Il faut en particulier déterminer si la détention par la contribuable de 51% du capital-actions de Y.________ a octroyé à celle-ci des "droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels" sur les immeubles appartenant à cette société.

4.3. Le texte des articles 21 al. 1 let. c
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
1    Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie dans le canton;
b  elles exploitent un établissement stable dans le canton;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton.
2    Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
b  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID et 86 al. 1 let. c LI/VD n'est pas clair sur le sens qu'il faut donner à la notion en question. Il y a donc lieu de l'interpréter. Ce faisant, il convient de s'inspirer de l'interprétation donnée aux articles 4 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 4 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour dans le canton sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsqu'elles y exploitent une entreprise ou un établissement stable, y possèdent des immeubles, en ont la jouissance ou font du commerce immobilier.5
1    Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour dans le canton sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsqu'elles y exploitent une entreprise ou un établissement stable, y possèdent des immeubles, en ont la jouissance ou font du commerce immobilier.5
2    Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour en Suisse sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsque:
a  elles exercent une activité lucrative dans le canton;
b  en leur qualité de membres de l'administration ou de la direction d'une personne morale qui a son siège ou un établissement stable dans le canton, elles reçoivent des tantièmes, jetons de présence, indemnités fixes, participations de collaborateur ou autres rémunérations;
c  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
d  ensuite d'une activité pour le compte d'autrui régie par le droit public, elles reçoivent des pensions, des retraites ou d'autres prestations d'un employeur ou d'une caisse de prévoyance qui a son siège dans le canton;
e  elles perçoivent des revenus provenant d'institutions suisses de droit privé ayant trait à la prévoyance professionnelle ou d'autres formes reconnues de prévoyance individuelle liée;
f  en raison de leur activité dans le trafic international à bord d'un bateau, d'un aéronef ou d'un véhicule de transports routiers, elles reçoivent un salaire ou d'autres rémunérations d'un employeur ayant son siège ou un établissement stable dans le canton; les marins travaillant à bord de navires de haute mer sont exemptés de cet impôt;
g  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID et 4 al. 1 LI/VD, qui concernent le rattachement économique pour les personnes physiques et qui ont, sur la question litigieuse, une teneur analogue à celle des articles 21 al. 1 let. c
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
1    Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie dans le canton;
b  elles exploitent un établissement stable dans le canton;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton.
2    Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
b  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID et 86 al. 1 let. c LI/VD (cf. DANIEL DE VRIES REILINGH, Le droit fiscal intercantonal et le droit fiscal international de la Suisse, 2011, n. 538 p. 221).

4.4. La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre. Si le texte n'est pas absolument clair et si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires, du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (ATF 137 II 164 consid. 4.1 p. 170).

4.5. Sur le plan historique, le message du Conseil fédéral concernant les lois fédérales sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes ainsi que sur l'impôt fédéral direct du 25 mai 1983 (FF 1983 III 1; ci-après: le message) ne contient aucune information sur la notion de "droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels"; il se limite à se référer au rattachement économique constitué par la "propriété immobilière" (message, p. 93 et 115). Les articles 4 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 4 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour dans le canton sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsqu'elles y exploitent une entreprise ou un établissement stable, y possèdent des immeubles, en ont la jouissance ou font du commerce immobilier.5
1    Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour dans le canton sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsqu'elles y exploitent une entreprise ou un établissement stable, y possèdent des immeubles, en ont la jouissance ou font du commerce immobilier.5
2    Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour en Suisse sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsque:
a  elles exercent une activité lucrative dans le canton;
b  en leur qualité de membres de l'administration ou de la direction d'une personne morale qui a son siège ou un établissement stable dans le canton, elles reçoivent des tantièmes, jetons de présence, indemnités fixes, participations de collaborateur ou autres rémunérations;
c  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
d  ensuite d'une activité pour le compte d'autrui régie par le droit public, elles reçoivent des pensions, des retraites ou d'autres prestations d'un employeur ou d'une caisse de prévoyance qui a son siège dans le canton;
e  elles perçoivent des revenus provenant d'institutions suisses de droit privé ayant trait à la prévoyance professionnelle ou d'autres formes reconnues de prévoyance individuelle liée;
f  en raison de leur activité dans le trafic international à bord d'un bateau, d'un aéronef ou d'un véhicule de transports routiers, elles reçoivent un salaire ou d'autres rémunérations d'un employeur ayant son siège ou un établissement stable dans le canton; les marins travaillant à bord de navires de haute mer sont exemptés de cet impôt;
g  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID et 21 al. 1 (à l'époque: 24 al. 1) LHID ont été adoptés sans débat au Conseil des Etats (cf. BO 1986 CE 130 et 147) et au Conseil national (cf. BO 1989 CN 27 s. et 73).

4.6. Sur le plan systématique, il sied de relever que, conformément aux articles 20 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 20 Assujettissement à raison du rattachement personnel - 1 Les sociétés de capitaux, les sociétés coopératives, les associations, les fondations et les autres personnes morales sont assujetties à l'impôt lorsqu'elles ont leur siège ou leur administration effective dans le canton. Les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe au sens de l'art. 58 ou 118a LPCC95 sont assimilés aux autres personnes morales.96 Les sociétés d'investissement à capital fixe au sens de l'art. 110 LPCC sont imposées comme des sociétés de capitaux.97
2    Les personnes morales, les sociétés commerciales et les communautés de personnes étrangères sont assimilées aux personnes morales suisses dont elles se rapprochent le plus par leur forme juridique ou leurs structures effectives.
LHID et 85 LI/VD, le bénéfice réalisé par une personne morale est en principe imposable dans le canton où elle a son siège ou son administration effective (cf. XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4e éd., 2012, §9 n. 14 p. 214). L'imposition dans un autre canton constitue donc une exception, dont les articles 21
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
1    Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie dans le canton;
b  elles exploitent un établissement stable dans le canton;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton.
2    Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
b  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID et 86 LI/VD (consacrés au rattachement économique) exposent les conditions. Partant, en présence d'une notion peu claire telle que celle de "droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels", ladite exception ne doit pas être appliquée de manière trop extensive. Il faut ainsi une situation extraordinaire pour pouvoir justifier une imposition dans le canton de situation des immeubles fondée sur cette notion indéterminée. A défaut d'une telle situation exceptionnelle, c'est le principe de l'imposition dans le canton du siège ou de l'administration effective de la société qui s'applique.

4.7. Le Tribunal fédéral a examiné le sens de la notion de "droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels" à deux reprises. Il a ainsi appliqué l'art. 21 al. 1 let. c
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
1    Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie dans le canton;
b  elles exploitent un établissement stable dans le canton;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton.
2    Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
b  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID au cas d'une société dont le siège se trouvait dans le canton d'Appenzell Rhodes-Intérieures, laquelle avait loué plusieurs immeubles dans le canton de Neuchâtel auprès de différents bailleurs et qui avait par la suite sous-loués ces immeubles. Selon le Tribunal fédéral, le droit de bail dont était titulaire la société constituait un droit personnel assimilable économiquement à des droits de jouissance réels sur les immeubles en question, puisqu'elle "bénéfici[ait] du revenu de la sous-location, comme un propriétaire dispose du revenu de la location". Les revenus provenant de la sous-location devaient donc être imposés dans le canton de situation des immeubles, soit le canton de Neuchâtel (arrêt 2C 41/2012 du 12 octobre 2012 consid. 3.3).
Récemment, le Tribunal fédéral a examiné, sous l'angle des articles 4 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 4 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour dans le canton sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsqu'elles y exploitent une entreprise ou un établissement stable, y possèdent des immeubles, en ont la jouissance ou font du commerce immobilier.5
1    Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour dans le canton sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsqu'elles y exploitent une entreprise ou un établissement stable, y possèdent des immeubles, en ont la jouissance ou font du commerce immobilier.5
2    Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour en Suisse sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsque:
a  elles exercent une activité lucrative dans le canton;
b  en leur qualité de membres de l'administration ou de la direction d'une personne morale qui a son siège ou un établissement stable dans le canton, elles reçoivent des tantièmes, jetons de présence, indemnités fixes, participations de collaborateur ou autres rémunérations;
c  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
d  ensuite d'une activité pour le compte d'autrui régie par le droit public, elles reçoivent des pensions, des retraites ou d'autres prestations d'un employeur ou d'une caisse de prévoyance qui a son siège dans le canton;
e  elles perçoivent des revenus provenant d'institutions suisses de droit privé ayant trait à la prévoyance professionnelle ou d'autres formes reconnues de prévoyance individuelle liée;
f  en raison de leur activité dans le trafic international à bord d'un bateau, d'un aéronef ou d'un véhicule de transports routiers, elles reçoivent un salaire ou d'autres rémunérations d'un employeur ayant son siège ou un établissement stable dans le canton; les marins travaillant à bord de navires de haute mer sont exemptés de cet impôt;
g  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID et 4 al. 1 let. c LI/VD (qui se réfère aux "droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels" appartenant à des personnes physiques), le cas d'un contribuable domicilié dans le canton de Zurich, qui formait une société simple avec une société anonyme. Le but de la société simple était l'acquisition et l'exploitation d'immeubles situés dans le canton de Vaud; seule la société anonyme avait été inscrite au registre foncier comme propriétaire des immeubles acquis. Selon le Tribunal fédéral, la participation du contribuable à la société simple constituait un droit personnel assimilable économiquement à des droits de jouissance réels sur les immeubles vaudois, car l'intéressé participait (selon le contrat de société simple) aux revenus provenant desdits immeubles, ainsi qu'à une éventuelle perte. Lors de la liquidation de la société simple et de la vente des immeubles en question, le contribuable avait touché un montant comme conséquence directe de cette vente. Dans ce cas particulier, le Tribunal fédéral a ainsi jugé que le bénéfice réalisé par l'intéressé devait être imposé dans le canton de situation des immeubles, soit le
canton de Vaud (arrêt 2C 228/2015 du 7 juin 2016 consid. 5.2.2).

4.8. Une partie importante de la doctrine consacrée à l'art. 21 al. 1 let. c
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
1    Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie dans le canton;
b  elles exploitent un établissement stable dans le canton;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton.
2    Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
b  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID analyse en général cet article de la même façon que l'art. 4 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 4 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour dans le canton sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsqu'elles y exploitent une entreprise ou un établissement stable, y possèdent des immeubles, en ont la jouissance ou font du commerce immobilier.5
1    Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour dans le canton sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsqu'elles y exploitent une entreprise ou un établissement stable, y possèdent des immeubles, en ont la jouissance ou font du commerce immobilier.5
2    Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour en Suisse sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsque:
a  elles exercent une activité lucrative dans le canton;
b  en leur qualité de membres de l'administration ou de la direction d'une personne morale qui a son siège ou un établissement stable dans le canton, elles reçoivent des tantièmes, jetons de présence, indemnités fixes, participations de collaborateur ou autres rémunérations;
c  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
d  ensuite d'une activité pour le compte d'autrui régie par le droit public, elles reçoivent des pensions, des retraites ou d'autres prestations d'un employeur ou d'une caisse de prévoyance qui a son siège dans le canton;
e  elles perçoivent des revenus provenant d'institutions suisses de droit privé ayant trait à la prévoyance professionnelle ou d'autres formes reconnues de prévoyance individuelle liée;
f  en raison de leur activité dans le trafic international à bord d'un bateau, d'un aéronef ou d'un véhicule de transports routiers, elles reçoivent un salaire ou d'autres rémunérations d'un employeur ayant son siège ou un établissement stable dans le canton; les marins travaillant à bord de navires de haute mer sont exemptés de cet impôt;
g  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID et, lorsqu'elle examine ce problème, exclut que la seule détention d'actions d'une société immobilière puisse sans circonstances additionnelles particulières fonder un assujettissement limité dans le canton de situation des immeubles appartenant à ladite société (cf. DANIEL DE VRIES REILINGH, La double imposition intercantonale, 2013, n. 407 p. 134 et n. 308 p. 103 a contrario; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4e éd., 2012, §9 n. 21 p. 216 et §6 n. 18 p. 80; DANIEL DE VRIES REILINGH, Le droit fiscal intercantonal et le droit fiscal international de la Suisse, 2011, n. 550 p. 227 s. a contrario; ATHANAS/WIDMER, ad art. 21
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
1    Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie dans le canton;
b  elles exploitent un établissement stable dans le canton;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton.
2    Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
b  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID, in ZWEIFEL/ATHANAS [éd.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/1, 2e éd., 2002, n. 19 p. 331). Une exception est évoquée pour le cas de l'actionnaire qui détient, par le biais d'une société holding, la totalité des actions d'une société immobilière dont les actifs sont constitués d'un seul immeuble que la société met à disposition de l'actionnaire et de sa famille (cf. DANIEL DE VRIES REILINGH, Le droit fiscal intercantonal et le droit fiscal
international de la Suisse, 2011, n. 550 p. 227 s.; DANIEL DE VRIES REILINGH, La double imposition intercantonale, 2013, n. 308 p. 103, qui considère que cela "devrait rester un cas exceptionnel").
Une autre partie de la doctrine soutient l'inverse considérant que la détention d'actions d'une société immobilière fonde un rattachement limité dans le canton de situation des immeubles (MASMEJAN-FEY/ MASMEJAN, Commentaire de la loi vaudoise sur les impôts directs cantonaux, 4e éd., 2005, n. 21 ad art. 86 LI/VD; HÖHN/MÄUSLI, Interkantonales Steuerrecht, 4e éd., 2000, §15 n. 13 p. 220; JACQUES-ANDRÉ REYMOND, L'assujettissement des personnes morales, in Archives 61 345, p. 350). Ces auteurs se réfèrent cependant tous à la jurisprudence antérieure à l'entrée en vigueur de la LHID.
Un auteur (ROMAN SIEBER, in ZWEIFEL/BEUSCH/MÄUSLI-ALLENSPACH [éd.], Interkantonales Steuerrecht, 2011) exclut de manière générale un assujettissement limité dans le canton de situation des immeubles fondé sur la participation à une société immobilière (§9 n. 32 p. 112), tout en admettant une imposition dans le canton en question des "bénéfices d'aliénation immobiliers" ( liegenschaftlichen Veräusserungsgewinnes) - notamment des gains immobiliers - réalisés lors de la vente de ladite participation (§9 n. 19 p. 108).

4.9. Dans le domaine de l'impôt fédéral direct, s'agissant de l'assujettissement à l'impôt en Suisse, l'art. 51 al. 1 let. c
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 51 Rattachement économique - 1 Les personnes morales qui n'ont ni leur siège ni leur administration effective en Suisse sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement économique, lorsque:
1    Les personnes morales qui n'ont ni leur siège ni leur administration effective en Suisse sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement économique, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie en Suisse;
b  elles exploitent un établissement stable en Suisse;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis en Suisse ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis en Suisse;
e  elles font le commerce d'immeubles sis en Suisse ou servent d'intermédiaires dans des opérations immobilières.
2    On entend par établissement stable toute installation fixe dans laquelle s'exerce tout ou partie de l'activité de l'entreprise. Sont notamment considérés comme établissements stables les succursales, usines, ateliers, comptoirs de vente, représentations permanentes, mines et autres lieux d'exploitation de ressources naturelles, ainsi que les chantiers de construction ou de montage d'une durée d'au moins douze mois.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), a une teneur identique à l'art. 21 al. 1 let. c
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
1    Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie dans le canton;
b  elles exploitent un établissement stable dans le canton;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton.
2    Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
b  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID et prévoit: "les personnes morales qui n'ont ni leur siège ni leur administration effective en Suisse sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement économique, lorsque (...) c. elles sont propriétaires d'un immeuble sis en Suisse ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels". La doctrine consacrée à cet article exclut, dans sa grande majorité, que la participation à une société immobilière qui possède des immeubles en Suisse puisse fonder un assujettissement limité dans notre pays (cf. DANIEL DE VRIES REILINGH, Le droit fiscal intercantonal et le droit fiscal international de la Suisse, 2011, n. 519 p. 211; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 3e éd., 2016, n. 1 ad art. 51
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 51 Rattachement économique - 1 Les personnes morales qui n'ont ni leur siège ni leur administration effective en Suisse sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement économique, lorsque:
1    Les personnes morales qui n'ont ni leur siège ni leur administration effective en Suisse sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement économique, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie en Suisse;
b  elles exploitent un établissement stable en Suisse;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis en Suisse ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis en Suisse;
e  elles font le commerce d'immeubles sis en Suisse ou servent d'intermédiaires dans des opérations immobilières.
2    On entend par établissement stable toute installation fixe dans laquelle s'exerce tout ou partie de l'activité de l'entreprise. Sont notamment considérés comme établissements stables les succursales, usines, ateliers, comptoirs de vente, représentations permanentes, mines et autres lieux d'exploitation de ressources naturelles, ainsi que les chantiers de construction ou de montage d'une durée d'au moins douze mois.
LIFD et n. 34 et 38 ad art. 4
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 4 Entreprises, établissements stables et immeubles - 1 Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour en Suisse sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsque:
1    Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour en Suisse sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsque:
a  elles sont propriétaires ou usufruitières d'une entreprise en Suisse ou y sont intéressées comme associées;
b  elles exploitent un établissement stable en Suisse;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis en Suisse ou qu'elles sont titulaires de droits de jouissance réels ou de droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels, portant sur un immeuble sis en Suisse;
d  elles font commerce d'immeubles sis en Suisse ou servent d'intermédiaires dans des opérations immobilières.
2    On entend par établissement stable toute installation fixe dans laquelle s'exerce tout ou partie de l'activité d'une entreprise ou d'une personne exerçant une profession libérale. Sont notamment considérés comme établissements stables les succursales, usines, ateliers, comptoirs de vente, représentations permanentes, mines et autres lieux d'exploitation de ressources naturelles, ainsi que les chantiers de construction ou de montage ouverts pendant douze mois au moins.
LIFD; ATHANAS/GIGLIO, ad art. 51
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 51 Rattachement économique - 1 Les personnes morales qui n'ont ni leur siège ni leur administration effective en Suisse sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement économique, lorsque:
1    Les personnes morales qui n'ont ni leur siège ni leur administration effective en Suisse sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement économique, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie en Suisse;
b  elles exploitent un établissement stable en Suisse;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis en Suisse ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis en Suisse;
e  elles font le commerce d'immeubles sis en Suisse ou servent d'intermédiaires dans des opérations immobilières.
2    On entend par établissement stable toute installation fixe dans laquelle s'exerce tout ou partie de l'activité de l'entreprise. Sont notamment considérés comme établissements stables les succursales, usines, ateliers, comptoirs de vente, représentations permanentes, mines et autres lieux d'exploitation de ressources naturelles, ainsi que les chantiers de construction ou de montage d'une durée d'au moins douze mois.
LIFD, in ZWEIFEL/ATHANAS [éd.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2a, 2e éd., 2008, n. 17 ad
art. 751; PETER LOCHER, ad art. 51
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 51 Rattachement économique - 1 Les personnes morales qui n'ont ni leur siège ni leur administration effective en Suisse sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement économique, lorsque:
1    Les personnes morales qui n'ont ni leur siège ni leur administration effective en Suisse sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement économique, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie en Suisse;
b  elles exploitent un établissement stable en Suisse;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis en Suisse ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis en Suisse;
e  elles font le commerce d'immeubles sis en Suisse ou servent d'intermédiaires dans des opérations immobilières.
2    On entend par établissement stable toute installation fixe dans laquelle s'exerce tout ou partie de l'activité de l'entreprise. Sont notamment considérés comme établissements stables les succursales, usines, ateliers, comptoirs de vente, représentations permanentes, mines et autres lieux d'exploitation de ressources naturelles, ainsi que les chantiers de construction ou de montage d'une durée d'au moins douze mois.
LIFD, in Kommentar zum DBG, vol. II, 2004, n. 34 p. 64; RAOUL OBERSON, L'immeuble et le droit fiscal, 1999, p. 12; contra : AGNER/JUNG/STEINMANN, ad. art. 4
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 4 Entreprises, établissements stables et immeubles - 1 Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour en Suisse sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsque:
1    Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour en Suisse sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsque:
a  elles sont propriétaires ou usufruitières d'une entreprise en Suisse ou y sont intéressées comme associées;
b  elles exploitent un établissement stable en Suisse;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis en Suisse ou qu'elles sont titulaires de droits de jouissance réels ou de droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels, portant sur un immeuble sis en Suisse;
d  elles font commerce d'immeubles sis en Suisse ou servent d'intermédiaires dans des opérations immobilières.
2    On entend par établissement stable toute installation fixe dans laquelle s'exerce tout ou partie de l'activité d'une entreprise ou d'une personne exerçant une profession libérale. Sont notamment considérés comme établissements stables les succursales, usines, ateliers, comptoirs de vente, représentations permanentes, mines et autres lieux d'exploitation de ressources naturelles, ainsi que les chantiers de construction ou de montage ouverts pendant douze mois au moins.
LIFD, in Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, 1995, n. 7 p. 19, concernant le rattachement économique des personnes physiques [art. 4 al. 1 let. c
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 4 Entreprises, établissements stables et immeubles - 1 Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour en Suisse sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsque:
1    Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour en Suisse sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsque:
a  elles sont propriétaires ou usufruitières d'une entreprise en Suisse ou y sont intéressées comme associées;
b  elles exploitent un établissement stable en Suisse;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis en Suisse ou qu'elles sont titulaires de droits de jouissance réels ou de droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels, portant sur un immeuble sis en Suisse;
d  elles font commerce d'immeubles sis en Suisse ou servent d'intermédiaires dans des opérations immobilières.
2    On entend par établissement stable toute installation fixe dans laquelle s'exerce tout ou partie de l'activité d'une entreprise ou d'une personne exerçant une profession libérale. Sont notamment considérés comme établissements stables les succursales, usines, ateliers, comptoirs de vente, représentations permanentes, mines et autres lieux d'exploitation de ressources naturelles, ainsi que les chantiers de construction ou de montage ouverts pendant douze mois au moins.
LIFD]; voir aussi JEAN-BLAISE PASCHOUD, Commentaire romand - Impôt fédéral direct, 2008, n. 22 ad art. 51
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 51 Rattachement économique - 1 Les personnes morales qui n'ont ni leur siège ni leur administration effective en Suisse sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement économique, lorsque:
1    Les personnes morales qui n'ont ni leur siège ni leur administration effective en Suisse sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement économique, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie en Suisse;
b  elles exploitent un établissement stable en Suisse;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis en Suisse ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis en Suisse;
e  elles font le commerce d'immeubles sis en Suisse ou servent d'intermédiaires dans des opérations immobilières.
2    On entend par établissement stable toute installation fixe dans laquelle s'exerce tout ou partie de l'activité de l'entreprise. Sont notamment considérés comme établissements stables les succursales, usines, ateliers, comptoirs de vente, représentations permanentes, mines et autres lieux d'exploitation de ressources naturelles, ainsi que les chantiers de construction ou de montage d'une durée d'au moins douze mois.
LIFD et n. 54 ad art. 4
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 4 Entreprises, établissements stables et immeubles - 1 Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour en Suisse sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsque:
1    Les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour en Suisse sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique lorsque:
a  elles sont propriétaires ou usufruitières d'une entreprise en Suisse ou y sont intéressées comme associées;
b  elles exploitent un établissement stable en Suisse;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis en Suisse ou qu'elles sont titulaires de droits de jouissance réels ou de droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels, portant sur un immeuble sis en Suisse;
d  elles font commerce d'immeubles sis en Suisse ou servent d'intermédiaires dans des opérations immobilières.
2    On entend par établissement stable toute installation fixe dans laquelle s'exerce tout ou partie de l'activité d'une entreprise ou d'une personne exerçant une profession libérale. Sont notamment considérés comme établissements stables les succursales, usines, ateliers, comptoirs de vente, représentations permanentes, mines et autres lieux d'exploitation de ressources naturelles, ainsi que les chantiers de construction ou de montage ouverts pendant douze mois au moins.
LIFD, qui opère une distinction selon que la participation à la société immobilière en question fait partie de la fortune privée ou du patrimoine commercial du contribuable). Même si le rattachement sur le plan international peut obéir à des considérations parfois différentes du rattachement intercantonal (cf. p. ex. arrêt 2C 924/2014 du 12 mai 2015 consid. 4.2, in RDAF 2015 II 283 en matière de domicile fiscal; ATF 139 II 78 consid. 3.1.2 p. 86 ss concernant la notion d'établissement stable), il est souhaitable, lorsqu'une disposition de droit fiscal fédéral est semblable à celle du droit harmonisé, de favoriser une harmonisation verticale (voir à ce sujet ATF 140 II 141 consid. 8 p. 156; 130 II 65 consid. 5.2 p. 72 ss) et, en l'absence de différence
justifiée par l'aspect international, d'interpréter cette dernière de la même manière que celle relative à l'impôt fédéral direct, dont elle reprend la teneur (cf. arrêts 2C 290/2015 du 24 avril 2015 consid. 5.1 et 2C 1066/2013 du 27 mai 2014 consid. 3.2; en ce sens, concernant spécifiquement les articles 21 al. 1 let. c
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
1    Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie dans le canton;
b  elles exploitent un établissement stable dans le canton;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton.
2    Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
b  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID et 51 al. 1 let. c LIFD, cf. DANIEL DE VRIES REILINGH, Le droit fiscal intercantonal et le droit fiscal international de la Suisse, 2011, n. 548 s. p. 225 s.). S'agissant de l'existence d'un critère de rattachement économique fondé sur des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels, on ne voit aucun élément justifiant de ne pas s'inspirer, en matière de LHID, de la conception doctrinale en lien avec l'art. 51 al. 1 let. c
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 51 Rattachement économique - 1 Les personnes morales qui n'ont ni leur siège ni leur administration effective en Suisse sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement économique, lorsque:
1    Les personnes morales qui n'ont ni leur siège ni leur administration effective en Suisse sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement économique, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie en Suisse;
b  elles exploitent un établissement stable en Suisse;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis en Suisse ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis en Suisse;
e  elles font le commerce d'immeubles sis en Suisse ou servent d'intermédiaires dans des opérations immobilières.
2    On entend par établissement stable toute installation fixe dans laquelle s'exerce tout ou partie de l'activité de l'entreprise. Sont notamment considérés comme établissements stables les succursales, usines, ateliers, comptoirs de vente, représentations permanentes, mines et autres lieux d'exploitation de ressources naturelles, ainsi que les chantiers de construction ou de montage d'une durée d'au moins douze mois.
LIFD.

4.10. En résumé, on peut déduire de la jurisprudence concernant la LHID, de la doctrine dominante rendue en matière de LHID et (dans un souci d'harmonisation verticale) de l'interprétation de la doctrine en lien avec l'art. 51 al. 1 let. c
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 51 Rattachement économique - 1 Les personnes morales qui n'ont ni leur siège ni leur administration effective en Suisse sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement économique, lorsque:
1    Les personnes morales qui n'ont ni leur siège ni leur administration effective en Suisse sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement économique, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie en Suisse;
b  elles exploitent un établissement stable en Suisse;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis en Suisse ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis en Suisse;
e  elles font le commerce d'immeubles sis en Suisse ou servent d'intermédiaires dans des opérations immobilières.
2    On entend par établissement stable toute installation fixe dans laquelle s'exerce tout ou partie de l'activité de l'entreprise. Sont notamment considérés comme établissements stables les succursales, usines, ateliers, comptoirs de vente, représentations permanentes, mines et autres lieux d'exploitation de ressources naturelles, ainsi que les chantiers de construction ou de montage d'une durée d'au moins douze mois.
LIFD, que la simple détention d'actions d'une société immobilière ne suffit pas à elle seule à créer un assujettissement limité dans le canton de situation des immeubles. Un assujettissement économique fondé sur la notion de "droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels" n'est toutefois pas exclu si une personne jouit "comme un propriétaire" des immeubles situés dans le canton, notamment parce qu'elle perçoit les loyers d'une sous-location, parce qu'elle participe directement aux revenus et à l'éventuelle perte provenant desdits immeubles, ou lorsqu'une personne détient la totalité des actions d'une société immobilière dont les actifs sont constitués d'immeubles et que l'actionnaire se trouve de facto dans la même situation qu'un propriétaire.

4.11. En l'espèce, la contribuable n'a jamais été domiciliée dans le canton de Vaud et elle n'a jamais été propriétaire des immeubles situés sur la commune de A.________, qui appartenaient à Y.________. Elle n'avait aucun lien direct avec ces immeubles. Le seul rapport qui existait entre la recourante et les immeubles litigieux était constitué par le fait que celle-ci détenait 51% du capital-actions de Y.________. Contrairement à la situation qui prévalait dans les arrêts 2C 41/2012 du 12 octobre 2012 et 2C 228/2015 du 7 juin 2016 précités (cf. supra consid. 4.7), elle ne participait pas directement aux revenus (et, dans le cas de l'arrêt 2C 228/2015, à l'éventuelle perte) provenant desdits immeubles. La situation n'était non plus comparable à celle de l'actionnaire unique d'une société immobilière dont les actifs sont constitués d'un seul immeuble que la société met à disposition de l'actionnaire et de sa famille (cf. supra consid. 4.8).
Dans ces circonstances, on ne se trouve pas dans une situation qui permettrait d'admettre, à titre exceptionnel, que la détention par la contribuable de 51% du capital-actions de Y.________ constituerait un "droit personnel assimilable économiquement à des droits de jouissance réels" sur les immeubles appartenant à cette société. Un assujettissement économique de la recourante dans le canton de Vaud fondé uniquement sur l'art. 21 al. 1 let. c
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
1    Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie dans le canton;
b  elles exploitent un établissement stable dans le canton;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton.
2    Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
b  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID est donc exclu en l'espèce.

5.
Il y a ainsi lieu d'examiner si un assujettissement de l'intéressée dans le canton de Vaud se justifie sur la base d'une application parallèle des articles 12 al. 2 let. a
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
et 21 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
1    Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie dans le canton;
b  elles exploitent un établissement stable dans le canton;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton.
2    Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
b  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
let. c LHID, étant précisé que, dans l'affirmative, ledit assujettissement serait limité à l'impôt sur les gains immobiliers, à l'exclusion de tout autre type d'imposition, notamment relative au rendement des immeubles, dès lors que l'art. 12 al. 2 let. a
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID se limite à cet impôt.

5.1. Selon l'art. 12
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID, l'impôt sur les gains immobiliers a notamment pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable (al. 1). En outre, toute aliénation d'immeubles est imposable; sont assimilés à une aliénation les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble (al. 2 let. a).
Pour interpréter cet article en parallèle avec l'art. 21 al. 1 let. c
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
1    Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie dans le canton;
b  elles exploitent un établissement stable dans le canton;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton.
2    Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
b  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID, c'est-à-dire du point de vue de la compétence intercantonale, il sied de s'inspirer de la jurisprudence rendue par le Tribunal fédéral en matière de double imposition.

5.2. Dans un ancien arrêt, le Tribunal fédéral avait considéré que le bénéfice réalisé lors de la vente de toutes les actions d'une société purement immobilière devait être imposé dans le canton de situation des immeubles appartenant à ladite société (ATF 85 I 91 consid. 3 p. 101 s.; cf. aussi ATF 95 I 26 consid. 2 p. 30). Par la suite, il a confirmé cette approche en cas de vente de la "grande majorité" ( überwiegende Mehrheit) des actions d'une telle société (ATF 98 Ia 86 consid. 3c p. 93), ainsi que dans le cadre de la vente de toutes les actions d'une société anonyme dont l'actif principal était un immeuble, car le prix des actions représentait entièrement ou dans sa majeur partie la contre-valeur de cet immeuble (ATF 91 I 467 consid. 2 p. 471 ss).
Cette jurisprudence constante a été récemment confirmée dans l'arrêt 2C 1044/2014 du 26 novembre 2015, dans lequel le Tribunal fédéral a notamment relevé que le but de l'art. 12 al. 2 let. a
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID, qui assimile à une aliénation d'immeubles les "actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble", était d'éviter le détournement manifeste de l'impôt (arrêt 2C 1044/2014 du 26 novembre 2015 consid. 2.1, in RDAF 2016 II 275). Les actes juridiques qu'il faut assimiler à une aliénation sont ceux par lesquels les parties essentielles de la propriété de l'immeuble (ou des immeubles) sont transférées, de sorte que l'acte en question produit le même effet qu'un transfert de propriété civile, aussi bien dans les faits qu'économiquement. Cela est le cas lorsque l'acheteur se trouve dans une position qui correspond en grande partie à celle d'un propriétaire au sens du droit civil et qu'il fait usage des pouvoirs qui y sont associés. Ce pouvoir de disposer renferme dans les faits le pouvoir de possession, l'utilisation, la possibilité de recueillir les fruits, la modification, la séparation, l'altération ou la destruction de l'immeuble ainsi que, sur le plan juridique, la vente, la
donation ou la possibilité de grever l'immeuble (arrêt 2C 1044/2014 précité, consid. 2.2). Le Tribunal fédéral a ainsi confirmé dans cet arrêt qu'un transfert de propriété économique au sens de l'art. 12 al. 2 let. a
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID était réalisé lorsque la totalité ou une grande majorité ( überwiegende Mehrheit) des actions d'une société immobilière étaient transférées à un acheteur, lequel, du point de vue économique, prenait donc une place comparable à celle du propriétaire des immeubles appartenant à ladite société (arrêt 2C 1044/2014 précité, consid. 2.3.2). En outre, le contrôle sur les immeubles d'une société immobilière est également transféré lorsque plusieurs actionnaires minoritaires vendent simultanément leurs actions à un acquéreur et lui transfèrent ainsi la grande majorité ( überwiegende Mehrheit) des actions de la société (arrêt 2C 1044/2014 précité, consid. 2.3.3). Finalement, le Tribunal fédéral a relevé que seule une interprétation restrictive de la notion de transfert de propriété économique fondée sur l'art. 12 al. 2 let. a
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID est propre à garantir que les effets fiscaux d'une transaction juridique soient prévisibles, comme l'exige le principe de la légalité de l'impôt prévu à l'art. 127 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
1    Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
2    Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
3    La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.
Cst. (arrêt 2C 1044/
2014 précité, consid. 2.4.2).

5.3. Il résulte de ce qui précède que le but de l'art. 12 al. 2 let. a
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID et l'objectif de la jurisprudence y relative, ainsi que de la jurisprudence en matière de double imposition rendue avant l'entrée en vigueur de la LHID, sont d'éviter que le contribuable puisse, notamment par le biais d'une construction juridique ad hoc, telle que la création d'une société immobilière, se soustraire abusivement au paiement de l'impôt sur les gains immobilier. Partant, pour qu'une application parallèle des articles 12 al. 2 let. a
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
et 21 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
1    Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie dans le canton;
b  elles exploitent un établissement stable dans le canton;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton.
2    Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
b  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
let. c LHID puisse justifier un assujettissement à l'impôt sur les gains immobiliers dans le lieu de situation des immeubles en cas de vente des actions d'une société immobilière, il faut être en présence de circonstances exceptionnelles, propres à fonder un risque d'abus. S'il faut ainsi admettre que la vente de la totalité des actions d'une société immobilière correspond au transfert du pouvoir de disposer des immeubles comme un propriétaire, il sied en revanche, en présence de l'aliénation d'une partie seulement des actions, d'examiner dans chaque cas concret si l'on est en présence d'une situation potentiellement abusive.

5.4. En l'espèce, en 2007 la recourante a vendu à Z.________ SA 51% du capital-actions de Y.________, société immobilière dont les actifs au 31 décembre 2007 étaient constitués presque uniquement d'immeubles situés dans le canton de Vaud. Conformément à ce qui vient d'être exposé, cette circonstance ne saurait à elle seule justifier un assujettissement de l'intéressée à l'impôt sur les gains immobiliers dans ledit canton, faute d'autres éléments propres à fonder une situation d'abus, étant rappelé que le bénéfice réalisé par une personne morale est en principe imposable dans le canton où elle a son siège ou son administration effective (cf. supra consid. 4.6). Le Tribunal cantonal n'a pas examiné si la situation entourant la vente des actions litigieuses apparaissait dans son ensemble comme potentiellement abusive, car il s'est fondé uniquement sur l'élément relatif au pourcentage (51%) du capital-actions vendu (arrêt attaqué, p. 15). En particulier, les juges précédents n'ont pas vérifié s'il y avait une relation entre la vente des actions par la recourante le 25 octobre 2007 et l'acquisition par Z.________ SA du reste du capital-actions de Y.________ environ un mois plus tard, le 30 novembre 2007. L'arrêt attaqué n'expose pas
les circonstances dans lesquelles s'est déroulée cette deuxième vente et relève seulement que "le 30 novembre 2007 [Z.________ SA] a acquis la totalité du capital-actions de Y.________". Or, cet élément est important, car un éventuel accord - relatif au transfert des actions - entre la recourante et la personne (physique ou morale) qui a vendu le reste du capital-actions à Z.________ SA le 30 novembre 2007, serait propre à fonder une situation d'abus, révélant en définitive un transfert coordonné entre les différents actionnaires de l'entier du capital-actions de la SI, ce qui équivaut à un transfert des immeubles détenus par cette dernière (cf. supra consid. 5.2 in fine).

Il convient de préciser que l'art. 61 al. 2 LI/VD, qui prévoit le prélèvement de l'impôt sur les gains immobiliers lors de l'aliénation d'une participation à une société immobilière qui bénéficie de la réduction pour participations, ne saurait créer un rattachement cantonal permettant d'assujettir la recourante à cet impôt dans le canton de Vaud, alors que le prélèvement d'un tel impôt ne pourrait se fonder sur la LHID.

5.5. En conclusion, le recours doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants.

6.
Succombant, le canton de Vaud, dont l'intérêt patrimonial est en cause, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
et art. 66 al. 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF a contrario). Ayant obtenu gain de cause avec l'aide d'un mandataire professionnel, la recourante a droit à une indemnité de partie à la charge du canton de Vaud (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour qu'il statue dans le sens des considérants.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 7'500 fr., sont mis à la charge du canton de Vaud.

3.
Une indemnité de partie, arrêtée à 7'500 fr., est allouée à la recourante, à la charge du canton de Vaud.

4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 7 octobre 2016
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Seiler

Le Greffier : Ermotti