Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 1/2}
1C 205/2012

Arrêt du 6 novembre 2012
Ire Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Fonjallaz, Président, Aemisegger et Chaix.
Greffière: Mme Mabillard.

Participants à la procédure
Genevoise Compagnie Immobilière SA, représentée par Me Jean-François Marti, avocat,
recourante,

contre

Conseil d'Etat du canton de Genève, p.a. Chancellerie d'Etat, case postale 3964, 1211 Genève 3, agissant par le Département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève, place de la Taconnerie 7, 1204 Genève.

Objet
Classement,

recours contre le jugement de la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, du 28 février 2012.

Faits:

A.
La Genevoise compagnie immobilière SA (ci-après: la Genevoise) est propriétaire du bâtiment H86, sis sur la parcelle 4138, feuille 6, de la commune de Genève, à l'adresse 49 rue du Rhône et 30 quai du Général-Guisan.
Depuis 1982, l'entreprise Relais de l'Entrecôte SA exploite au rez-de-chaussée de l'immeuble précité le restaurant à l'enseigne "Le Relais de l'Entrecôte".
Selon le plan de site de la rade, établi le 17 avril 1991 et adopté par le Conseil d'Etat les 25 novembre 1992 et 4 octobre 1993, l'immeuble de la Genevoise est considéré comme bâtiment maintenu. Le règlement du plan de site précise qu'en cas de rénovation ou de transformation, les structures porteuses, de même que, en règle générale, les éléments architecturaux caractéristiques, notamment les verrières, les décors intérieurs et extérieurs, les terrasses entre les bâtiments et la rue, doivent être sauvegardés (art. 4 al. 2). Les rez-de-chaussée des bâtiments sont, en règle générale, destinés aux activités commerciales ouvertes au public et compatibles avec le quartier, à l'exclusion des activités administratives et d'autres activités qui ne s'intègrent pas au caractère des lieux. Ceux des bâtiments affectés à des activités qui contribuent directement à l'animation des espaces publics, tels que boutiques, restaurants, cafés ou autre commerces, conservent cette destination (art. 8 al. 1).

B.
Lors de sa séance du 27 novembre 2007 et faisant suite au recensement des établissements publics (cafés et restaurants) établi en 2005 par Madame Isabelle Brunier, historienne de l'art, la commission des monuments, de la nature et des sites du canton de Genève (la CMNS) a formulé une résolution concernant les cafés et restaurants historiques de Genève, dont fait partie Le Relais de l'Entrecôte.
Le 17 mars 2008, le conseil municipal de la Ville de Genève (ci-après : le conseil municipal) a adopté une motion intitulée «Pour le classement de l'ancienne brasserie Bavaria, actuellement Relais de l'Entrecôte». Au terme de ce document, il demandait au conseil administratif d'engager une procédure de classement. Le conseil administratif a répondu à cette motion le 9 septembre 2009. Il a considéré que la protection offerte par le plan de site ne suffisait effectivement pas pour conserver l'aménagement intérieur et l'affectation des locaux, de sorte qu'il convenait de les classer. Le même jour, il a formé une demande de classement auprès du département cantonal des constructions et des technologies de l'information (ci-après: le département) pour ces locaux.

C.
Par arrêt du 23 mars 2010 rendu en matière de baux et loyers, le Tribunal fédéral a retenu que le congé signifié le 4 mai 2006 par la Genevoise au Relais de l'Entrecôte était valable, accordant une prolongation unique jusqu'au 30 avril 2013 au restaurateur (cause 4A 557/2009).

D.
Le 25 mai 2011, le Conseil d'Etat a prononcé le classement des locaux du rez-de-chaussée de l'immeuble de la Genevoise. Il en a été de même de l'extérieur de ceux-ci situé côté rue du Rhône 49 et côté quai du Général-Guisan, ainsi que de leur intérieur, y compris le mobilier (chaises d'origine, pieds des tables).
La Genevoise a porté sa cause devant la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Chambre administrative), qui, après avoir procédé à un transport sur place en présence des parties, a rejeté le recours par arrêt du 28 février 2012. Les juges cantonaux ont considéré en substance que la protection offerte par le plan de site était insuffisante pour préserver les caractéristiques internes de l'établissement. La mesure de classement contestée était par ailleurs compatible avec les libertés constitutionnelles de la Genevoise et n'avait pas pour conséquence de l'obliger à poursuivre une activité économique déficitaire.

E.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Genevoise demande au Tribunal fédéral de constater la nullité de l'arrêté du Conseil d'Etat du 25 mai 2011 et de l'arrêt de la Chambre administrative du 28 février 2012. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et de la décision de classement. La recourante se plaint pour l'essentiel d'une constatation incomplète des faits et d'une violation arbitraire du droit cantonal.
La chambre administrative s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Conseil d'Etat s'en rapporte également à justice quant à la recevabilité du recours; il conclut à son rejet ainsi qu'à la confirmation de l'arrêt attaqué et, en tant que de besoin, de la décision de classement. La recourante a répliqué le 28 juin 2012, persistant dans les conclusions de son recours.
Par ordonnance du 2 mai 2012, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif de la recourante.

Considérant en droit:

1.
Dirigé contre une décision rendue dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF n'étant réalisée. En tant que propriétaire de l'immeuble concerné par la mesure de classement litigieuse, la recourante est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué et peut ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a dès lors qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF.

2.
Dans un premier grief relatif à l'établissement des faits, la recourante reproche à la Chambre administrative de n'avoir pas instruit la question de la propriété des pieds de tables et des chaises. Elle fait valoir que ces objets ne lui appartiennent pas et qu'elle ignore qui en est propriétaire. La décision de classement serait nulle puisque le propriétaire du mobilier n'a pas pu participer à la procédure.

2.1 La procédure administrative est régie certes essentiellement par la maxime inquisitoire, selon laquelle l'autorité définit les faits pertinents et les preuves nécessaires, qu'elle ordonne et apprécie d'office. Cette maxime doit cependant être relativisée par son corollaire, à savoir le devoir des parties de collaborer à l'établissement des faits (ATF 128 II 139 consid. 2b p. 142; 120 V 357 consid. 1a p. 360). Conformément au principe général de procédure consacré à l'art. 8
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 8 - Chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit.
CC, il incombe en effet à l'administré d'établir les faits qui sont de nature à lui procurer un avantage, spécialement lorsqu'il s'agit d'élucider des faits qu'il est le mieux à même de connaître, telle sa situation patrimoniale (arrêt 1B 152/2008 du 30 juin 2008 consid. 3.2; voir aussi ATF 125 IV 161 consid. 4 p. 164; 120 Ia 179 consid. 3a p. 181).
En l'espèce, la recourante n'a pas soulevé la moindre remarque, en cours de procédure, sur les objets mobiliers touchés par le classement, en particulier quant à leur appartenance. La chambre administrative pouvait dès lors partir du principe qu'ils étaient également propriété de la Genevoise (cf. art. 644 al. 2
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 644 - 1 Tout acte de disposition relatif à la chose principale s'étend aux accessoires, si le contraire n'a été réservé.
1    Tout acte de disposition relatif à la chose principale s'étend aux accessoires, si le contraire n'a été réservé.
2    Sont des accessoires les objets mobiliers qui, d'après l'usage local ou la volonté clairement manifestée du propriétaire de la chose principale, sont affectés d'une manière durable à l'exploitation, à la jouissance ou à la garde de celle-ci et qu'il y a joints, adaptés ou rattachés pour le service de la chose.
3    Les accessoires ne perdent pas leur qualité lorsqu'ils sont séparés temporairement de la chose principale.
CC). La maxime inquisitoire n'imposait pas d'instruire d'office une question qui n'était pas litigieuse et l'on ne voit pas en quoi les juges cantonaux auraient établi les faits de façon manifestement inexacte ou incomplète. En tout état de cause, le fait que la recourante ne serait pas propriétaire du mobilier est allégué pour la première fois en procédure fédérale et a valeur de nova; il ne peut dès lors être pris en considération (cf. art. 99 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
LTF). Partant, le grief doit être rejeté sur ce point.

2.2 En arguant qu'elle n'est pas propriétaire des pieds de table et des chaises de l'établissement, ce qui rendrait nulle la décision de classement, la recourante présente une argumentation nouvelle. L'art. 99
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
LTF n'interdit pas de présenter, pour la première fois devant le Tribunal fédéral, une nouvelle argumentation juridique, à la condition toutefois que celle-ci repose entièrement sur l'état de fait qui lie le Tribunal fédéral, puisqu'il n'est pas admis de présenter des faits nouveaux ou des moyens de preuve nouveaux (art. 99 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
LTF; ATF 134 III 643 consid. 5.3.2 p. 651). En l'occurrence, cette nouvelle motivation de la recourante se base sur des nova; elle est par conséquent irrecevable.

2.3 Au surplus, en tant qu'elle invoque les droits de partie ainsi que le droit d'être entendu de l'éventuel propriétaire du mobilier classé, la recourante agit dans l'intérêt d'un tiers, ce qu'elle n'est pas habilitée à faire (art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF).

3.
Au fond, la recourante se plaint d'une violation du principe de la proportionnalité. Elle estime que le plan de site protège suffisamment le bâtiment et qu'une mesure de classement ne serait par conséquent pas nécessaire.
Il est en l'espèce douteux que la motivation du grief, rédigé dans un style appellatoire, réponde aux exigences accrues de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF. Quoi qu'il en soit, la critique est mal fondée. La chambre administrative a en effet expliqué de façon convaincante que la protection du bâtiment par le plan de site n'était pas aussi efficace que celle découlant d'un classement, notamment car elle ne permettait pas d'empêcher des interventions fondamentales à l'intérieur de l'édifice. En particulier, le plan de site est insuffisant pour préserver les caractéristiques internes de l'établissement, soit in casu les boiseries et le mobilier, qui présentent un intérêt historique et patrimonial indéniable, reconnu par les spécialistes. La mesure de classement litigieuse ne contrevient dès lors pas au principe de la proportionnalité.

4.
Enfin, la recourante affirme en vain que la mesure de classement serait arbitraire, car détournée de son but. Le classement constituerait selon elle une nouvelle tentative d'imposer au bailleur le maintien de l'activité du "Relais de l'Entrecôte". Or, il ressort de l'arrêt attaqué que la mesure litigieuse ne saurait chercher à imposer l'exploitation des locaux par une personne déterminée, rapports relevant exclusivement du droit privé, ce que ne conteste pas la recourante. A cela s'ajoute que, comme l'a rappelé le Conseil d'Etat dans sa réponse du 1er juin 2012, l'objectif du classement visait exclusivement la sauvegarde d'un patrimoine architectural dont la pérennité ne pouvait être garantie durablement par les seules prescriptions du plan de site de la rade. Le présent grief s'avère également mal fondé et doit être rejeté.

5.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais de la recourante qui succombe (art. 65
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 65 Frais judiciaires - 1 Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
1    Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
2    L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière.
3    Son montant est fixé en règle générale:
a  entre 200 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 200 et 100 000 francs dans les autres contestations.
4    Il est fixé entre 200 et 1000 francs, indépendamment de la valeur litigieuse, dans les affaires qui concernent:
a  des prestations d'assurance sociale;
b  des discriminations à raison du sexe;
c  des litiges résultant de rapports de travail, pour autant que la valeur litigieuse ne dépasse pas 30 000 francs;
d  des litiges concernant les art. 7 et 8 de la loi du 13 décembre 2002 sur l'égalité pour les handicapés24.
5    Si des motifs particuliers le justifient, le Tribunal fédéral peut majorer ces montants jusqu'au double dans les cas visés à l'al. 3 et jusqu'à 10 000 francs dans les cas visés à l'al. 4.
et 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.

2.
Les frais judiciaires, fixés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.

3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Conseil d'Etat et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative.

Lausanne, le 6 novembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Fonjallaz

La Greffière: Mabillard