Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 420/2009
{T 0/2}

Arrêt du 4 décembre 2009
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Müller, Président,
Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffier: M. Vianin.

Parties
Administration fiscale cantonale du canton de Genève, rue du Stand 26, case postale 3937, 1211 Genève 3,
recourante,

contre

Société X.________ SA,
représentée par Mes Frédéric Vuilleumier et Bénédicte Mariéthoz Comoli, avocats,
intimée,

Commission cantonale de recours en matière administrative du canton de Genève, rue Ami-Lullin 4, 1207 Genève.

Objet
Impôt cantonal et communal 2002; imposition du bénéfice des sociétés auxiliaires,

recours contre l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Genève du 19 mai 2009.

Faits:

A.
La société X.________ SA, société anonyme sise à Genève, a été inscrite au registre du commerce le ****. Elle a pour but de déposer, maintenir en vigueur et exploiter des marques, des brevets, des inventions, des dessins et modèles industriels, des logiciels ainsi que toute autre forme de propriété intellectuelle.

Le 4 mai 1999, l'Administration fiscale cantonale genevoise (ci-après: l'Administration fiscale) a accordé à la société précitée le statut de société auxiliaire, au sens de l'art. 23 de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RS/GE D 3 15), pour une durée de cinq ans. Le 23 janvier 2004, ce régime fiscal a été renouvelé pour une nouvelle période de cinq ans.

Le 19 décembre 2003, l'Administration fiscale a notifié à la société X.________ SA un bordereau provisoire d'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 2002, qui avait été établi sur la base de la déclaration déposée par celle-ci. Le bénéfice imposable s'élevait à 400'979 fr. et le capital imposable à 14'211'602 fr.

Le 5 mars 2004, l'Administration fiscale a notifié à X.________ SA, pour la période fiscale précitée, un bordereau de taxation rectificatif d'un montant de 178'202 fr. 05. Il était basé sur un bénéfice de 507'693 fr. imposable au taux de 1'980'189 fr. et sur un capital imposable nul.

B.
A l'encontre de cette décision, X.________ SA a formé une réclamation. Elle a présenté ses résultats - après répartition des produits et charges - pour l'exercice en cause de la manière suivante:
Activité financière
Activité commerciale
Rés. fiscal
Total
Droit commun
15.00%
Total
Droit commun
20.00%

-1'144'320
-344'307
-800'013
3'124'509
220'224
2'904'825
1'980'189
100%
30,09%
69,91%
100%
7,05%
92,95%

Les revenus imposés selon le droit commun étaient ceux réalisés en Suisse; ceux qui étaient imposables à concurrence de respectivement 15% et 20% étaient les revenus de provenance étrangère.

La réclamation a été rejetée par prononcé du 30 novembre 2005.

Saisie d'un recours à l'encontre de ce prononcé, la Commission cantonale de recours en matière d'impôts - remplacée depuis lors par la Commission cantonale de recours en matière administrative - l'a rejeté par décision du 28 janvier 2008.

X.________ SA a déféré cette décision au Tribunal administratif du canton de Genève. Par arrêt du 19 mai 2009, cette autorité a admis le recours, annulé la décision de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts et rétabli le bordereau de taxation provisoire. Elle a considéré que l'Administration fiscale avait calculé le bénéfice imposable de ladite société en établissant des catégories qui n'étaient pas prévues par l'art. 23 al. 1 LIPM.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 19 mai 2009 et de rétablir la décision sur réclamation du 30 novembre 2005 ainsi que le bordereau rectificatif du 5 mars 2004. Elle soutient que la décision attaquée repose sur une interprétation arbitraire de l'art. 23 LIPM.

L'autorité précédente s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions propose d'admettre le recours. L'intimée conclut à son rejet, sous suite de frais et dépens. La Commission cantonale de recours en matière administrative renonce à se déterminer.

Considérant en droit:

1.
1.1 En vertu de l'art. 89 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
lettre d LTF en relation avec l'art. 73 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
et 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), l'administration fiscale cantonale a qualité pour contester par la voie du recours en matière de droit public une décision portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chapitre 1, de cette dernière loi. Peu importe à cet égard qu'il s'agisse d'une matière réglée exhaustivement par la loi fédérale sur l'harmonisation ou d'un domaine dans lequel les cantons bénéficient d'une certaine marge de manoeuvre (ATF 134 II 124 consid. 2 p. 128 ss, 186 consid. 1.4 p. 189 s.).

En l'occurrence, le litige porte sur le calcul de l'impôt sur le bénéfice d'une société auxiliaire au sens de l'art. 23 al. 1 LIPM (dans sa teneur en vigueur jusqu'au 15 décembre 2004, cf. consid. 2.2 ci-après), soit d'une société qui a en Suisse une activité administrative, mais pas d'activité commerciale. Le calcul de l'impôt sur le bénéfice de ce type de société est réglé à l'art. 28 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1bis    Les cantons peuvent étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une société et que la société de capitaux ou la société coopérative a détenu la participation pendant un an au moins. Si la participation est tombée au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice résultant d'une aliénation ultérieure que si la valeur vénale des droits de participation s'élevait à un million de francs au moins à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation.144
1ter    Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.145
1quater    En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)146, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.147
2    à 5 ...148
6    Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27.
et 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1bis    Les cantons peuvent étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une société et que la société de capitaux ou la société coopérative a détenu la participation pendant un an au moins. Si la participation est tombée au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice résultant d'une aliénation ultérieure que si la valeur vénale des droits de participation s'élevait à un million de francs au moins à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation.144
1ter    Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.145
1quater    En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)146, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.147
2    à 5 ...148
6    Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27.
LHID (cf. consid. 2.1 ci-dessous), disposition qui fait partie du titre 3 de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Par conséquent, l'Administration fiscale cantonale a qualité pour recourir.

1.2 S'agissant des motifs de recours, l'administration fiscale peut dénoncer la violation des droits constitutionnels, dont en particulier, comme elle le fait en l'espèce, l'interdiction de l'arbitraire ancrée à l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. (ATF 134 II 124 consid. 3 p. 131 ss).

1.3 L'Administration fiscale prend des conclusions qui ne sont pas purement cassatoires, puisqu'elle demande la confirmation de sa décision sur réclamation ainsi que du bordereau rectificatif. De telles conclusions sont recevables, l'art. 107 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF l'emportant sur l'art. 73 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
LHID (ATF 134 II 186 consid. 1.5 p. 190 ss).

1.4 Au surplus, le recours est dirigé contre un jugement final (cf. art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) rendu par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (cf. art. 86 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
lettre d et al. 2 LTF). Il est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai et la forme prévus par la loi (cf. art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
et 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF) et que l'on ne se trouve pas dans l'un des cas d'exceptions mentionnés par l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF (s'agissant par ailleurs de la portée de l'art. 73 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
LHID en relation avec la loi sur le Tribunal fédéral, cf. ATF 134 II 186 consid. 1.3 p. 189).

1.5 D'après l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Selon l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de dispositions de droit cantonal que si ces griefs ont été soulevés et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.).

2.
Le litige porte sur la compensation des pertes avec les bénéfices d'une société auxiliaire.

2.1 Conformément à son intitulé, l'art. 28
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1bis    Les cantons peuvent étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une société et que la société de capitaux ou la société coopérative a détenu la participation pendant un an au moins. Si la participation est tombée au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice résultant d'une aliénation ultérieure que si la valeur vénale des droits de participation s'élevait à un million de francs au moins à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation.144
1ter    Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.145
1quater    En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)146, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.147
2    à 5 ...148
6    Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27.
LHID règle le calcul de l'impôt sur le bénéfice des personnes morales dans certains cas particuliers.

Les alinéas 1 et 1bis (l'alinéa 1ter, introduit par la loi fédérale du 23 mars 2007 sur la réforme de l'imposition des entreprises II, n'est en vigueur que depuis le 1er janvier 2009) traitent de la réduction pour participations.

L'alinéa 2 décrit le régime des sociétés holding.

Les alinéas 3 et 4 réglementent le statut des sociétés de domicile, d'administration ou de base, appelées aussi sociétés auxiliaires. Ces sociétés se caractérisent par le fait qu'elles sont implantées en Suisse, où elles ont une activité essentiellement administrative, tandis que leur activité économique (commerciale) produit ses effets à l'étranger (Ryser/Rolli, Précis de droit fiscal suisse, 4e éd., 2002, p. 351 s.; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 3e éd., 2007, § 12 no 29). La teneur des alinéas en question est la suivante:
"3 Les sociétés de capitaux, les sociétés coopératives et les fondations qui ont en Suisse une activité administrative, mais pas d'activité commerciale, paient l'impôt sur le bénéfice comme suit:

a. le rendement des participations au sens de l'al. 1, ainsi que les bénéfices en capital et les bénéfices de réévaluation provenant de ces participations sont exonérés de l'impôt;
b. les autres recettes de source suisse sont imposées de façon ordinaire;
c. les autres recettes de source étrangère sont imposées de façon ordinaire en fonction de l'importance de l'activité administrative exercée en Suisse;
d. les charges justifiées par l'usage commercial, en relation économique avec des rendements et des recettes déterminés, doivent être déduites de ceux-ci en priorité. Les pertes subies sur des participations au sens de la let. a ne peuvent être compensées qu'avec les rendements mentionnés à la let. a.

4 Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives dont l'activité commerciale est essentiellement orientée vers l'étranger et qui n'exercent en Suisse qu'une activité subsidiaire, paient l'impôt sur le bénéfice conformément à l'al. 3. Les autres recettes de source étrangère, mentionnées à l'al. 3, let. c, sont imposées selon l'importance de l'activité commerciale exercée en Suisse."
La question de savoir s'il est possible de compenser des pertes avec des bénéfices appartenant à une autre catégorie est résolue par la négative à l'alinéa 3 lettre d 2ème phrase en ce qui concerne les pertes subies sur des participations au sens de la lettre a: celles-ci ne peuvent être compensées qu'avec les rendements mentionnés à la même lettre, lesquels sont exonérés de l'impôt. Pour le reste, les alinéas 3 et 4 ne règlent pas clairement la compensation d'un excédent de charges avec les recettes appartenant aux deux catégories imposables, à savoir les recettes (autres que les rendements des participations) de source suisse (lettre b) et celles de source étrangère (lettre c). La doctrine en déduit que les cantons disposent à cet égard d'une marge de manoeuvre (DUSS/VON AH/RUTISHAUSER, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2e éd., 2002, no 149 ad art. 28
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1bis    Les cantons peuvent étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une société et que la société de capitaux ou la société coopérative a détenu la participation pendant un an au moins. Si la participation est tombée au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice résultant d'une aliénation ultérieure que si la valeur vénale des droits de participation s'élevait à un million de francs au moins à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation.144
1ter    Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.145
1quater    En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)146, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.147
2    à 5 ...148
6    Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27.
LHID).

2.2 Faisant partie de la Section 2 "Calcul de l'impôt" du Chapitre II "Impôt sur le bénéfice" de la loi genevoise sur l'imposition des personnes morales, l'art. 21 est consacré à la "réduction pour participations ayant une influence déterminante", l'art. 22 aux sociétés holding et l'art. 23 aux sociétés auxiliaires. Dans sa teneur en vigueur jusqu'au 15 décembre 2004, cette dernière norme disposait ce qui suit (Recueil authentique des lois et actes du gouvernement de la République et canton de Genève 1994 p. 344 ss):
"1 Les sociétés de capitaux, les sociétés coopératives et les fondations qui ont en Suisse une activité administrative, mais pas d'activité commerciale, paient l'impôt sur le bénéfice comme suit:

a) le rendement des participations de l'article 21, ainsi que les bénéfices en capital et les bénéfices de réévaluation provenant de ces participations sont exonérés de l'impôt;
b) les autres recettes de source suisse sont imposées selon le barème ordinaire;
c) les autres recettes de source étrangère sont imposées selon le barème ordinaire, en fonction de l'importance de l'activité administrative exercée en Suisse.

2 Des comptes distincts seront tenus pour chaque catégorie de revenus à laquelle doivent être imputés les frais d'acquisition qui lui sont directement liés.

3 Si les frais ne peuvent être imputés à une catégorie particulière de revenus, les charges financières sont réparties proportionnellement à la valeur comptable des participations et des autres actifs; les frais généraux, après déduction des charges financières, sont répartis proportionnellement aux recettes de source suisse et étrangère.

4 Les pertes subies sur des participations au sens de l'alinéa 1, lettre a, ne peuvent être compensées qu'avec les rendements mentionnés dans cette disposition."
Dans un document du 12 décembre 1994, intitulé "Information no 4/94" et adressé aux associations professionnelles, l'Administration fiscale a émis des directives sur le traitement fiscal des sociétés holding et des sociétés auxiliaires, au sens des art. 22 et suivant LIPM. S'agissant de l'impôt sur le bénéfice des sociétés auxiliaires, ces directives distinguent entre les revenus de source suisse, ceux de source étrangère, les dividendes ainsi que les plus-values et moins-values. Parmi les revenus de source étrangère, elle établit deux sous-catégories: d'une part, les revenus commerciaux, taxés à hauteur de 20% et, d'autre part, les revenus financiers, imposés à concurrence de 15% lorsqu'il s'agit d'intérêts provenant de créances contre des tiers résidant à l'étranger et à hauteur de 2,5% quand les intérêts proviennent de créances contre des sociétés apparentées.

3.
3.1 Afin de déterminer le bénéfice imposable de l'intimée, l'Administration fiscale a d'abord établi le résultat de son activité financière - en Suisse et à l'étranger -, ce qui aboutissait à une perte de 1'144'320 fr. (= -800'013 - 344'307). Cette perte a été compensée avec les bénéfices de l'activité commerciale en Suisse et à l'étranger, proportionnellement à leur importance respective: les bénéfices de l'activité commerciale en Suisse et à l'étranger représentant respectivement 7,05% et 92,95% (montants arrondis) du total, ils ont été compensés avec une part correspondante - soit respectivement 80'655 fr. et 1'063'668 fr. - de la perte en question. Il en résultait un solde de 139'569 fr. (= 220'224 - 80'655) pour l'activité commerciale en Suisse et de 1'840'617 fr. (= 2'904'285 - 1'063'668) pour la même activité à l'étranger. Ce dernier montant étant imposable à concurrence de 20% (= 368'123), le bénéfice imposable était de 507'693 fr. (= 139'569 + 368'123 [montants arrondis]).

3.2 L'autorité précédente a considéré que ce mode de calcul était erroné dans la mesure où il créait des catégories qui n'étaient pas prévues par l'art. 23 al. 1 LIPM.

Selon le Tribunal administratif, il faut d'abord compenser les pertes avec les bénéfices de source suisse, ce qui conduit à une perte globale de 124'083 fr. (= 220'224 - 344'307). Cette perte, ajoutée à celle résultant de l'activité financière à l'étranger, soit au total 924'096 fr. (= -124'083 - 800'013), doit ensuite être compensée avec les revenus commerciaux de source étrangère, ce qui donne 1'980'189 fr. (= 2'904'285 - 924'096). Ce montant étant imposable à concurrence de 20%, le bénéfice imposable est de 396'038 fr. (= 20% de 1'980'189).

3.3 L'Administration fiscale fait grief à l'autorité précédente d'avoir arbitrairement considéré qu'en vertu de l'art. 23 LIPM les pertes financières subies par l'intimée devaient être réparties selon la méthode objective, qui prévoit l'attribution des éléments en fonction de leur provenance, plutôt que d'après la méthode proportionnelle. De l'avis de la recourante, l'art. 23 al. 1 LIPM règle uniquement l'imposition du bénéfice des sociétés auxiliaires en distinguant trois catégories de revenus; cette disposition ne traite en revanche pas de la question - litigieuse en l'espèce - de la compensation des pertes comptables nettes, de sorte que les catégories précitées ne sont pas déterminantes à cet égard. Le problème de la compensation des pertes n'est envisagé qu'à l'alinéa 4 pour l'une de ces catégories, à savoir les rendements des participations. Le législateur n'a en revanche pas réglé la question pour les autres catégories. La loi étant muette sur ce point, le problème devrait être résolu en se basant sur les catégories de revenus établies par l'Information aux associations professionnelles no 4/94, en considérant que "le régime de société auxiliaire auquel [l'intimée] est soumis[e] lui impose des catégories imposables qui
devraient toutes pouvoir être compensées proportionnellement entre elles, en vertu du principe reconnu selon lequel il ne peut pas être considéré qu'une activité ait une attraction particulière sur les résultats déficitaires d'une autre". La compensation des pertes ne pourrait s'effectuer selon la seule méthode objective, qui est exclue par l'art. 23 al. 4 LIPM. Cette méthode ne serait d'ailleurs pas non plus utilisée de manière exclusive dans d'autres domaines de la fiscalité. Ainsi, s'agissant de l'imposition des personnes physiques, lorsqu'il y a lieu d'effectuer une répartition intercantonale, celle-ci se fait de manière objective pour certains éléments et de façon proportionnelle pour d'autres.

4.
La question de la compensation d'un excédent de charges avec des recettes appartenant à une autre catégorie de revenus imposables n'étant pas réglée par la loi fédérale sur l'harmonisation, qui laisse à cet égard une marge de manoeuvre aux cantons (cf. consid. 2.1 ci-dessus), le Tribunal fédéral limite son examen de l'interprétation du droit cantonal à l'arbitraire (cf. consid. 1.5 ci-dessus).

4.1 Une décision est arbitraire lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. De plus, il ne suffit pas que les motifs de l'arrêt attaqué soient insoutenables, encore faut-il que ce dernier soit arbitraire dans son résultat, ce qu'il appartient aux recourants de démontrer en vertu de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF. Il n'y a en outre pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle de l'autorité précédente paraît concevable, voire préférable (ATF 134 I 263 consid. 1 p. 265;134 II 124 consid. 4.1 p. 133; 134 I 140 consid. 5.4 p. 148).

4.2 La recourante admet elle-même que l'art. 23 LIPM ne règle pas la compensation d'un excédent de charges avec des bénéfices appartenant à une autre catégorie, hormis le cas des pertes sur participations (al. 4), qui n'est pas pertinent en l'espèce. Par conséquent, la décision attaquée ne saurait être entachée d'arbitraire en ce sens qu'elle violerait gravement cette disposition. Le mode de calcul appliqué par l'autorité intimée, consistant à compenser d'abord les pertes de source suisse avec les bénéfices de même provenance, n'apparaît pas non plus insoutenable. Il présente au contraire l'avantage de compenser, dans un premier temps, des résultats dont le traitement fiscal est identique - provenant de source suisse, ils sont imposables selon le barème ordinaire - , alors que c'est le mélange de substrats dont le traitement fiscal est différent - les recettes de source suisse étant imposables en plein et celles provenant de l'étranger seulement partiellement - qui conduit à des résultats aléatoires et peu satisfaisants (Duss/von Ah/Rutishauser, op. cit., no 153 ad art. 28
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1bis    Les cantons peuvent étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une société et que la société de capitaux ou la société coopérative a détenu la participation pendant un an au moins. Si la participation est tombée au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice résultant d'une aliénation ultérieure que si la valeur vénale des droits de participation s'élevait à un million de francs au moins à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation.144
1ter    Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.145
1quater    En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)146, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.147
2    à 5 ...148
6    Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27.
LHID). Il semble du reste que de nombreux cantons permettent la compensation entre les résultats de l'activité en Suisse et ceux réalisés à l'étranger (cf.
Duss/von Ah/Rutishauser, op. cit., nos 149 et 151 ad art. 28
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1bis    Les cantons peuvent étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une société et que la société de capitaux ou la société coopérative a détenu la participation pendant un an au moins. Si la participation est tombée au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice résultant d'une aliénation ultérieure que si la valeur vénale des droits de participation s'élevait à un million de francs au moins à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation.144
1ter    Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.145
1quater    En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)146, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.147
2    à 5 ...148
6    Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27.
LHID), en se servant des deux catégories "revenus de source suisse" et "revenus de source étrangère". On ne saurait dire ainsi que la solution de l'autorité précédente a été adoptée sans motifs objectifs. En outre, on ne voit pas que l'on puisse reprocher, sous l'angle de l'arbitraire, aux juges cantonaux de s'être écartés de l'Information no 4/94 établie par la recourante. Ce texte, qui a valeur d'ordonnance administrative (cf. arrêt 2C 653/2008 du 24 février 2009 consid. 6.3), n'est pas contraignant à l'égard des tribunaux (cf. ATF 133 V 346 consid. 5.4.2 p. 352), de sorte que l'interprétation donnée à l'art. 23 LIPM par les juges cantonaux ne saurait être qualifiée d'insoutenable pour le motif qu'elle privilégie une solution différente, ce d'autant moins qu'elle repose sur des motifs objectifs, ainsi qu'il a été dit. La recourante ne démontre du reste pas - comme cela lui incombe - en quoi le résultat auquel le mode de calcul retenu dans la décision attaquée conduit serait arbitraire.

5.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté.

Succombant, la recourante - dont l'intérêt patrimonial est en cause - supporte les frais judiciaires (cf. art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
et 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF).

L'intimée a droit à des dépens (cf. art. 68 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF), qu'il convient de mettre à la charge du canton de Genève.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté.

2.
Des frais judiciaires de 2'000 fr. sont mis à la charge du canton de Genève.

3.
Le canton de Genève versera à l'intimée une indemnité de dépens de 2'000 fr.

4.
Le présent arrêt est communiqué à la recourante, aux mandataires de l'intimée, à la Commission cantonale de recours en matière administrative et au Tribunal administratif du canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 4 décembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:

Müller Vianin