Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C 637/2012
2C 638/2012

Arrêt du 4 octobre 2012
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Président,
Seiler et Aubry Girardin.
Greffière: Mme Beti.

Participants à la procédure
X.________ SA,
recourante,

contre

Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, route de Berne 46, 1014 Lausanne,
intimée.

Objet
2C 637/2012
Impôts cantonal et communal 1999,

2C 638/2012
Impôt fédéral direct 1999,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal du canton
de Vaud, Cour de droit administratif et public, du 29 mai 2012.

Faits:

A.
A.a La société X.________ SA (ci-après la société contribuable), précédemment dénommée A.________ SA, a pour but le conseil et les services dans le domaine notamment de la distribution et de l'organisation de la vente de marchandises. La société a déplacé son siège social de B.________ à Zoug le 17 décembre 2000. C.________ en était l'actionnaire et l'administrateur.
La société D.________ SA, à E.________, avait pour but la maintenance de lignes électriques et téléphoniques. C.________ en était l'administrateur. D.________ SA a été radiée du registre du commerce en 2008.
La société F.________ SA, à Zoug, détenait la société D.________ SA et s'occupait de sa restructuration. C.________ en était l'actionnaire et l'administrateur. F.________ SA a été déclarée en faillite le 3 janvier 2007 et se trouve en liquidation.
A.b Au cours de l'exercice 1998, la société contribuable a repris une partie de l'exploitation de la société F.________ SA, en particulier les travaux en cours réalisés par celle-ci en faveur de D.________ SA. Se substituant à F.________ SA, la société contribuable a accordé à D.________ SA des prestations sous forme de travail administratif et fiduciaire.
Au 31 décembre 1998, la créance de la société contribuable à l'égard de D.________ SA se montait à CHF 199'024.70. Au 31 décembre 1999, cette créance s'élevait à CHF 494'642.85. Pour la même année 1999, la société contribuable a constitué des provisions à hauteur de CHF 300'000.- sur cette créance. Le 31 mars 2000, la société contribuable a postposé ses créances contre D.________ SA au profit des autres créanciers de la société.
A.c La société contribuable a déposé sa déclaration d'impôt pour l'année 1999 le 29 septembre 2000, en présentant un bénéfice imposable nul et un capital imposable dans le canton de Vaud de CHF 50'000.-. Par décisions de taxation en matière d'impôts fédéral, cantonal et communal datées du 10 octobre 2002, l'Office d'impôt des personnes morales (ci-après l'Office cantonal) a fixé le bénéfice imposable à zéro franc et le capital imposable dans le canton à CHF 260'000.-.
Le 8 novembre 2002, l'Office cantonal a rendu de nouvelles décisions de taxation, portant le bénéfice imposable à CHF 298'400.- et le capital imposable dans le canton à CHF 325'000.-. Il précisait que ces décisions remplaçaient celles du 10 octobre 2002 et qu'elles prenaient en compte le refus de la provision de CHF 300'000.- sur la créance contre D.________ SA.
La société contribuable a formé réclamation contre ces nouvelles décisions de taxation le 7 décembre 2002 auprès de l'Administration cantonale des impôts (ci-après l'Administration cantonale). Le 4 avril 2011, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation.

B.
La société contribuable a recouru le 4 mai 2011 contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après le Tribunal cantonal). Par arrêt du 29 mai 2012, celui-ci a rejeté le recours. Il a retenu en substance que les décisions du 8 novembre 2002 avaient valablement remplacé celles du 10 octobre 2002, que la créance fiscale relative aux impôts cantonal et communal n'était pas prescrite et le serait au plus tôt à fin 2012, et que la provision constituée sur la créance contre D.________ SA n'était pas justifiée par l'usage commercial, les prestations consenties par la société contribuable en faveur de cette société ne s'expliquant que parce qu'elles étaient décidées par l'actionnaire commun, C.________.

C.
Par acte du 29 juin 2012, X.________ SA dépose un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du Tribunal cantonal du 29 mai 2012, sous suite de frais et dépens.
L'Administration cantonale propose le rejet du recours en ce qui concerne l'impôt fédéral direct, et son irrecevabilité, subsidiairement son rejet, en ce qui concerne les impôts cantonal et communal.
Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et s'en remet à justice s'agissant des impôts cantonal et communal.
La recourante a déposé d'ultimes observations le 1er octobre 2012.

Considérant en droit:
I. Recevabilité

1.
Le présent litige porte sur la détermination du bénéfice imposable de la recourante pour la période fiscale 1999, tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en ce qui concerne les impôts cantonal et communal. Le Tribunal cantonal a rendu une seule décision valant pour les deux catégories d'impôts ce qui est admissible (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours devant le Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt fédéral direct (2C 638/2012), l'autre les impôts cantonal et communal (2C 637/2012). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent en partie, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. art. 71
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 71 - Wo dieses Gesetz keine besonderen Bestimmungen über das Verfahren enthält, sind die Vorschriften des BZP30 sinngemäss anwendbar.
LTF et 24 PCF [RS 273]).

2.
Le recours est dirigé contre une décision rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF), par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
et al. 2 LTF) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est ouverte. La recourante a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF). Le recours a en outre été déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF).
Les conclusions de la recourante portent uniquement sur l'annulation de l'arrêt attaqué. Des conclusions purement cassatoires ne sont en principe pas suffisantes (art. 107 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 107 Entscheid - 1 Das Bundesgericht darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen.
1    Das Bundesgericht darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen.
2    Heisst das Bundesgericht die Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück. Es kann die Sache auch an die Behörde zurückweisen, die als erste Instanz entschieden hat.
3    Erachtet das Bundesgericht eine Beschwerde auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen oder der internationalen Amtshilfe in Steuersachen als unzulässig, so fällt es den Nichteintretensentscheid innert 15 Tagen seit Abschluss eines allfälligen Schriftenwechsels. Auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen ist es nicht an diese Frist gebunden, wenn das Auslieferungsverfahren eine Person betrifft, gegen deren Asylgesuch noch kein rechtskräftiger Endentscheid vorliegt.96
4    Über Beschwerden gegen Entscheide des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195497 entscheidet das Bundesgericht innerhalb eines Monats nach Anhebung der Beschwerde.98
LTF). Dès lors que l'on comprend sans peine qu'en concluant à l'annulation de l'arrêt attaqué, la recourante requiert également la réforme de l'arrêt attaqué dans le sens de la prise en compte de la provision de CHF 300'000.- lors du calcul de son bénéfice imposable, il convient de ne pas se montrer trop formaliste, d'autant plus que la recourante n'est pas représentée par un mandataire professionnel (ATF 133 Il 409 consid. 1.4 p. 414 s.).
Il convient donc d'entrer en matière.

3.
3.1 Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
et 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (cf. ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400 s.). A cet égard, le recourant doit se déterminer au moins brièvement par rapport aux considérants de l'arrêt entrepris et exposer, ne serait-ce que succinctement, en quoi l'autorité cantonale supérieure viole le droit fédéral (cf. ATF 134 II 244 consid. 2.1 p. 245 s.).

3.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
et 96
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 96 Ausländisches Recht - Mit der Beschwerde kann gerügt werden:
a  ausländisches Recht sei nicht angewendet worden, wie es das schweizerische internationale Privatrecht vorschreibt;
b  das nach dem schweizerischen internationalen Privatrecht massgebende ausländische Recht sei nicht richtig angewendet worden, sofern der Entscheid keine vermögensrechtliche Sache betrifft.
LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF). Sous réserve de cas non réalisés en l'espèce (cf. art. 95 let. c
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
et d LTF), le Tribunal fédéral ne revoit pas le droit cantonal en tant que tel, à moins que son application se révèle contraire au droit fédéral, qui comprend le droit constitutionnel (cf. art. 95 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF). Le Tribunal fédéral n'examine toutefois pas cette question d'office, mais uniquement si le grief est soulevé et dûment motivé par le recourant (cf. art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF). Celui-ci doit énoncer le droit ou principe constitutionnel violé et exposer de manière claire et circonstanciée en quoi consiste la violation (cf. ATF 134 II 244 consid. 2.2. p. 246).

3.3 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte, à savoir arbitrairement (cf. ATF 136 II 304 consid. 2.4 p. 313 s.), ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF). A ce défaut, un état de fait divergent de celui de la décision attaquée ne peut être pris en compte. En particulier, l'autorité de céans n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 135 II 313 consid. 5.2.2 p. 322).
II. Impôt fédéral direct

4.
Compte tenu de l'écoulement du temps, il convient d'examiner si le droit de taxer la recourante en matière d'impôt fédéral direct pour la période 1999 n'est pas atteint par la prescription absolue. S'agissant de droit fédéral, le Tribunal fédéral examine ce point d'office (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.2 et 3.3 p. 171 s.).
Selon l'art. 120 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD (RS 642.11), le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. La prescription ne court cependant pas ou est suspendue pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision (art. 120 al. 2 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD). Enfin, la prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale (art. 120 al. 4
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD).
En l'espèce, le litige porte sur la période fiscale 1999. La prescription du droit de procéder à la taxation est suspendue depuis le 7 décembre 2002, date du dépôt de la réclamation qui est à l'origine de la présente procédure, soit moins de trois ans après la fin de la période fiscale en cause. Quant au droit absolu de procéder à la taxation, il ne parviendra à échéance que le 31 décembre 2014. La prescription n'est par conséquent pas acquise en matière d'impôt fédéral direct.

5.
La recourante allègue que la décision de taxation du 8 novembre 2002 n'a pas été notifiée en temps utile pour valablement annuler la décision de taxation du 10 octobre 2002.

5.1 En matière d'impôt fédéral direct, il est admis que l'autorité fiscale peut revenir sur une décision de taxation jusqu'à l'échéance du délai de réclamation ou de recours, sans être soumise à des conditions particulières, et rectifier la taxation au désavantage du contribuable (cf. ATF 121 II 273 consid. 1a/bb p. 278; confirmé récemment in arrêts 2C 653/2012 du 28 août 2012 consid. 4.2.3 et 2C 156/2010 du 7 juin 2011 consid. 3.1).
Le délai pour déposer une réclamation à l'encontre d'une décision de taxation est de trente jours dès la notification (cf. art. 132 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 132 Voraussetzungen - 1 Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
1    Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
2    Richtet sich die Einsprache gegen eine einlässlich begründete Veranlagungsverfügung, so kann sie mit Zustimmung des Einsprechers und der übrigen Antragsteller (Art. 103 Abs. 1 Bst. b und 104 Abs. 1) als Beschwerde an die kantonale Steuerrekurskommission weitergeleitet werden.
3    Eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen.
LIFD). Le délai de réclamation court jusqu'au dernier jour à minuit (cf. HUGO CASANOVA, in DANIELLE YERSIN/YVES NOËL (ÉD.), Commentaire romand de l'impôt fédéral direct, 2008, n° 7 ad art. 133
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 133 Fristen - 1 Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
1    Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
2    Eine unzuständige Amtsstelle überweist die bei ihr eingereichte Einsprache ohne Verzug der zuständigen Veranlagungsbehörde. Die Frist zur Einreichung der Einsprache gilt als eingehalten, wenn diese am letzten Tag der Frist bei der unzuständigen Amtsstelle eingelangt ist oder den schweizerischen PTT-Betrieben234 übergeben wurde.
3    Auf verspätete Einsprachen wird nur eingetreten, wenn der Steuerpflichtige nachweist, dass er durch Militär- oder Zivildienst, Krankheit, Landesabwesenheit oder andere erhebliche Gründe an der rechtzeitigen Einreichung verhindert war und dass die Einsprache innert 30 Tagen nach Wegfall der Hinderungsgründe eingereicht wurde.235
LIFD; MARTIN ZWEIFEL, in MARTIN ZWEIFEL/PETER ATHANAS (ÉD.), Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2b, 2e éd. 2008, n° 10 ad art. 133
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 133 Fristen - 1 Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
1    Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
2    Eine unzuständige Amtsstelle überweist die bei ihr eingereichte Einsprache ohne Verzug der zuständigen Veranlagungsbehörde. Die Frist zur Einreichung der Einsprache gilt als eingehalten, wenn diese am letzten Tag der Frist bei der unzuständigen Amtsstelle eingelangt ist oder den schweizerischen PTT-Betrieben234 übergeben wurde.
3    Auf verspätete Einsprachen wird nur eingetreten, wenn der Steuerpflichtige nachweist, dass er durch Militär- oder Zivildienst, Krankheit, Landesabwesenheit oder andere erhebliche Gründe an der rechtzeitigen Einreichung verhindert war und dass die Einsprache innert 30 Tagen nach Wegfall der Hinderungsgründe eingereicht wurde.235
LIFD). Le délai est considéré comme respecté si la réclamation a été remise à l'autorité de taxation ou à un office de poste suisse le dernier jour du délai (cf. art. 133 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 133 Fristen - 1 Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
1    Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
2    Eine unzuständige Amtsstelle überweist die bei ihr eingereichte Einsprache ohne Verzug der zuständigen Veranlagungsbehörde. Die Frist zur Einreichung der Einsprache gilt als eingehalten, wenn diese am letzten Tag der Frist bei der unzuständigen Amtsstelle eingelangt ist oder den schweizerischen PTT-Betrieben234 übergeben wurde.
3    Auf verspätete Einsprachen wird nur eingetreten, wenn der Steuerpflichtige nachweist, dass er durch Militär- oder Zivildienst, Krankheit, Landesabwesenheit oder andere erhebliche Gründe an der rechtzeitigen Einreichung verhindert war und dass die Einsprache innert 30 Tagen nach Wegfall der Hinderungsgründe eingereicht wurde.235
LIFD). Il importe peu de savoir à quel moment cette réclamation est effectivement reçue par l'autorité compétente.
Le délai dont dispose l'autorité de taxation pour revoir sa décision doit obéir aux mêmes principes. Il suffit qu'elle rende et expédie une nouvelle décision le dernier jour du délai de réclamation. Le moment auquel le contribuable en prend connaissance n'est ainsi pas déterminant pour qu'elle remplace valablement la première décision. Seule la notification au contribuable fait en revanche partir le délai dont celui-ci dispose pour déposer une réclamation à l'encontre de la nouvelle décision (cf. LYDIA MASMEJAN-FEY, in DANIELLE YERSIN/YVES NOËL (ÉD.), Commentaire romand de l'impôt fédéral direct, 2008, n° 17 ad art. 116
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 116 Eröffnung - 1 Verfügungen und Entscheide werden dem Steuerpflichtigen schriftlich eröffnet und müssen eine Rechtsmittelbelehrung enthalten.
1    Verfügungen und Entscheide werden dem Steuerpflichtigen schriftlich eröffnet und müssen eine Rechtsmittelbelehrung enthalten.
2    Ist der Aufenthalt eines Steuerpflichtigen unbekannt oder befindet er sich im Ausland, ohne in der Schweiz einen Vertreter zu haben, so kann ihm eine Verfügung oder ein Entscheid rechtswirksam durch Publikation im kantonalen Amtsblatt eröffnet werden.
LIFD; ZWEIFEL, op. cit., n° 20 ad art. 116
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 116 Eröffnung - 1 Verfügungen und Entscheide werden dem Steuerpflichtigen schriftlich eröffnet und müssen eine Rechtsmittelbelehrung enthalten.
1    Verfügungen und Entscheide werden dem Steuerpflichtigen schriftlich eröffnet und müssen eine Rechtsmittelbelehrung enthalten.
2    Ist der Aufenthalt eines Steuerpflichtigen unbekannt oder befindet er sich im Ausland, ohne in der Schweiz einen Vertreter zu haben, so kann ihm eine Verfügung oder ein Entscheid rechtswirksam durch Publikation im kantonalen Amtsblatt eröffnet werden.
LIFD).

5.2 En l'espèce, la première décision de taxation porte la date du 10 octobre 2002. Devant la Cour de céans, la recourante ne fait plus valoir qu'elle aurait été postdatée et notifiée le 9 octobre 2002 déjà. Mais même si l'on devait admettre cette date de notification, le délai de réclamation serait arrivé à échéance le 8 novembre 2002. Dans cette hypothèse également, la décision de taxation pouvait par conséquent encore être modifiée le 8 novembre 2002 au plus tard. La nouvelle décision a été rendue et expédiée à cette date. Le délai de réclamation de trente jours de l'art. 132 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 132 Voraussetzungen - 1 Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
1    Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
2    Richtet sich die Einsprache gegen eine einlässlich begründete Veranlagungsverfügung, so kann sie mit Zustimmung des Einsprechers und der übrigen Antragsteller (Art. 103 Abs. 1 Bst. b und 104 Abs. 1) als Beschwerde an die kantonale Steuerrekurskommission weitergeleitet werden.
3    Eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen.
LIFD a donc été respecté. Le fait que la recourante n'ait pris connaissance de cet envoi que le 16 novembre 2002 n'est pas pertinent. Au moment où il a rendu sa nouvelle décision, l'Office cantonal était encore en droit de revenir sur la première taxation. La décision du 8 novembre 2002 a par conséquent valablement remplacé celle du 10 octobre 2002. Le grief de la recourante relatif à l'invalidité de la nouvelle décision doit dès lors être rejeté.

6.
Sur le fond, la recourante allègue que les provisions auxquelles elle a procédé en raison de ses créances ouvertes à l'encontre de la société D.________ SA devaient être portées en déduction lors du calcul de son bénéfice imposable.

6.1 Selon l'art. 58 al. 1 let. b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
LIFD, le bénéfice net imposable comprend les provisions qui ne sont pas justifiées par l'usage commercial. Des provisions sont justifiées par l'usage commercial lorsqu'elles répondent aux exigences de l'économie d'entreprise. Avec une provision, on met à charge du compte de résultat de l'exercice commercial en cours un engagement qui deviendra une dépense commerciale, qui existe ou du moins est vraisemblable à la clôture du bilan, mais dont le montant exact ne sera connu que lors du ou des prochains exercices commerciaux. Les faits qui sont à l'origine de la perte effective ou vraisemblable doivent avoir lieu durant l'exercice commercial en cours (cf. arrêt 2C 392/2009 du 23 août 2010 consid. 2.2, in RDAF 2011 II 70). Si les transactions interviennent au sein d'un groupe d'entreprises ou entre deux sociétés ayant des liens étroits, la société créancière peut en principe opérer des corrections de valeur découlant des difficultés financières de la société qui lui est liée. En revanche, dès qu'il apparaît que la société créancière a fait des attributions à la société en difficulté appartenant au même groupe, sans contre-prestation équivalente, en raison des liens les unissant, et qu'elle ne les aurait
jamais accordées à des tiers dans des relations d'affaires normales, ce qui donne à l'opération un caractère insolite reconnaissable pour ses organes, il faut en tenir compte sur le plan fiscal (cf. arrêt 2C 788/2010 du 18 mai 2011 consid. 4.2). Savoir si l'on est en présence d'une provision justifiée par l'usage commercial dépend donc des faits de la cause.

6.2 Selon les faits constatés par le Tribunal cantonal, les prestations effectuées par la recourante en faveur de la société D.________ SA ont été consenties sans garantie et dans une situation financière obérée. En concluant qu'elles n'auraient pas été effectuées par un tiers et ne s'expliquent que par le fait que D.________ SA et la recourante étaient des sociétés s?urs en mains d'un même actionnaire, de sorte qu'elle ne sont pas justifiées par l'usage commercial, le Tribunal cantonal n'a pas violé le droit fédéral. Partant, c'est à juste titre que les autorités cantonales n'ont pas tenu compte, sur le plan fiscal, des provisions y relatives.
Pour toute motivation, la recourante se contente de présenter une version des faits qui s'écarte des constatations de l'instance cantonale, sans alléguer ni a fortiori démontrer en quoi les faits figurant dans l'arrêt attaqué seraient manifestement inexacts ou arbitraires, ce qui n'est pas admissible (cf. supra consid. 3.3.).
Le recours doit par conséquent être rejeté en ce qui concerne l'impôt fédéral direct.
III. Impôts cantonal et communal

7.
En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause (cf. arrêt 2P.291/2000 du 23 novembre 2001 consid. 5b, RDAF 2002 II 89; DANIELLE YERSIN, in DANIELLE YERSIN/YVES NOËL (ÉD.), Commentaire romand de l'impôt fédéral direct, 2008, n° 104 ad Remarques préliminaires; ERNST BLUMENTSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 2002, p. 162).
Le présent litige porte sur la période fiscale 1999. Aux termes de l'art. 72 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 72 Anpassung der kantonalen Gesetzgebungen - 1 Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
1    Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
2    Nach ihrem Inkrafttreten finden die Bestimmungen dieses Gesetzes direkt Anwendung, wenn ihnen das kantonale Steuerrecht widerspricht. 223
3    Die Kantonsregierung erlässt die erforderlichen vorläufigen Vorschriften.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), les cantons devaient adapter leur législation à la loi sur l'harmonisation fiscale dans les huit ans qui suivaient l'entrée en vigueur de cette loi, soit jusqu'au 1er janvier 2001 puisque la LHID est entrée en vigueur le 1er janvier 1993. La loi vaudoise sur les impôts directs cantonaux du 4 juillet 2000 (LI; RS-VD 642.11) est entrée en vigueur le 1er janvier 2001. En l'occurrence, les impôts cantonal et communal pour l'année 1999 restent dès lors soumis à la loi vaudoise sur les impôts directs cantonaux du 26 novembre 1956 (aLI), applicable à l'impôt communal par renvoi de l'art. 5 de la loi vaudoise du 5 décembre 1956 sur les impôts communaux (LICom; RS-VD 650.11).
L'imposition de la recourante en matière d'impôts cantonal et communal pour l'année 1999 se fonde par conséquent exclusivement sur le droit cantonal.

8.
La recourante fait valoir qu'en ce qui concerne les impôts cantonal et communal pour l'année 1999, la prescription absolue du droit de taxer est acquise depuis le 31 décembre 2011.
La recourante allègue une mauvaise application des dispositions cantonales. Elle n'invoque toutefois la violation d'aucun droit constitutionnel et ne prétend pas que l'arrêt attaqué serait contraire au droit fédéral ou arbitraire. Dans ces conditions, faute d'une motivation suffisante, son recours est irrecevable sur ce point (cf. supra consid. 3.2).
Au demeurant, on relèvera que le délai de prescription absolue prévu par l'art. 98a al. 4 aLI (applicable à l'impôt communal par renvoi de l'art. 42 LICom), à savoir douze ans après la fin de la période de taxation, arrivera à échéance le 31 décembre 2012, dès lors que présent litige porte sur l'exercice 1999, qui fait l'objet de la période de taxation qui se terminait le 31 décembre 2000 (cf. art. 73 al. 2 et 3 aLI, applicable à l'impôt communal par renvoi de l'art. 5 LICom).

9.
9.1 En matière d'impôts cantonal et communal également, la recourante allègue que la décision de taxation du 8 novembre 2002 n'a pas été notifiée en temps utile pour valablement annuler la décision de taxation du 10 octobre 2002. Elle n'invoque toutefois aucune disposition de droit cantonal qui aurait été appliquée arbitrairement et ne présente aucune motivation à l'appui de son grief qui se distingue des critiques formulées en matière d'impôt fédéral direct. Son recours est donc irrecevable sur ce point (cf. supra consid. 3.2).

9.2 Il en va de même en ce qui concerne le refus de prendre en compte les provisions constituées sur ses créances envers la société D.________ SA. La recourante ne se plaignant d'aucune violation du droit cantonal, son grief est irrecevable (cf. supra consid. 3.2).
Par conséquent, le recours est irrecevable en ce qui concerne les impôts cantonal et communal.
IV. Frais et dépens

10.
Succombant en tous points, la recourante supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
et 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Les causes 2C 637/2012 et 2C 638/2012 sont jointes.

2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.

3.
Le recours est irrecevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.

4.
Les frais judiciaires, arrêtés à CHF 3'500.-, sont mis à la charge de la recourante.

5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 4 octobre 2012

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Zünd

La Greffière: Beti