Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour II

B-6903/2016

Arrêt du 3 septembre 2018

Pietro Angeli-Busi (président du collège),

Composition Ronald Flury, David Aschmann, juges,

Yann Grandjean, greffier.

1. X._______,

2. Y._______,

Parties 3. Z._______,

tous représentés parMaître Jean-Claude Perroud,

recourants,

contre

Société coopérative d'habitation A._______,

représentée par M.Thierry Zumbach

et/ou par Mme Laura Jaatinen Fernandez,

intimée,

Office fédéral du logement OFL,

autorité inférieure.

Objet Compétence de l'OFL.

Faits :

A.

A.a

A.a.a X._______ (ci-après : la requérante 1 ou la recourante 1) loue depuis le 1er septembre 1977 un appartement, sis au (...), à (...), appartenant à la Société coopérative d'habitation A._______ (ci-après : la coopérative ou l'intimée). La coopérative a le statut de coopérative d'habitation pour le logement du personnel de la Confédération.

A.a.b Y._______ et Z._______ (ci-après : les requérants 2 et 3 ou les recourants 2 et 3) louent quant à eux depuis le 1er octobre 1999 un appartement sis à la même adresse et appartenant également à l'intimée.

A.b

A.b.a Par acte du 15 décembre 2014 notifié le 16 décembre 2014, la requérante 1 s'est vu notifier une hausse de loyer de 869 à 1'142 francs.

A.b.b Dans les mêmes conditions, les requérants 2 et 3 se sont vu notifier une hausse de loyer de 845 à 1'118 francs.

A.c Le 18 décembre 2014, la requérante 1, d'une part, et les requérants 2 et 3, d'autre part, ont déposé une demande de contrôle de loyer auprès de l'Office fédéral du logement (ci-après : l'autorité inférieure). Les requérants ont expressément demandé à l'autorité inférieure de statuer sur sa compétence.

Les recourants ont indiqué vouloir saisir parallèlement la Commission de conciliation en matière de baux à loyer du district de (...).

A.d Invitée à se déterminer, l'intimée s'est prononcée en faveur de la compétence de l'autorité inférieure et, sur le fond, à la confirmation des hausses de loyer.

A.e Par deux décisions incidentes non datées, mais postées le 7 octobre 2016 et notifiées le 10 octobre 2016, l'autorité inférieure a tranché, dans le cas de l'intimée, en faveur de sa compétence en matière de contrôle des loyers des coopératives du personnel de la Confédération.

B.
Par actes séparés, mais déposés par le même représentant en date du 9 novembre 2016, la requérante 1 (cause B-6903/2016), d'une part, et les requérants 2 et 3 (cause B-6910/2016), d'autre part, ont déposé deux recours contre lesdites décisions incidentes auprès du Tribunal administratif fédéral (ci-après : le Tribunal ou le TAF). Ils concluent, avec suite de frais et dépens, à l'admission du recours et à ce qu'il soit constaté que l'autorité inférieure n'est pas compétente pour connaître du contrôle des loyers des coopératives d'habitation du personnel de la Confédération. Selon eux, c'est la juridiction civile qui serait compétente au regard du droit applicable.

C.
Par décision incidente du 24 mars 2017, le Tribunal a prononcé la jonction des causes B-6903/2016 et B-6910/2016 sous la référence B-6903/2016.

D.

D.a Par courrier du 4 mai 2017, l'autorité inférieure a renoncé à prendre position et renvoyé aux considérants des décisions incidentes attaquées.

D.b Par réponse du 9 juin 2017, l'intimée a conclu au rejet du recours et à la confirmation des décisions incidentes attaquées, se rangeant pour l'essentiel à l'argumentation de l'autorité inférieure.

E.
Dans leur réplique du 5 octobre 2017, les recourants ont développé leur argumentation et réitéré leurs conclusions précédentes.

E.a Par courrier du 3 novembre 2017, l'autorité inférieure a renoncé à déposer une duplique et renvoyé une nouvelle fois aux considérants des décisions incidentes attaquées.

E.b Par duplique du 4 décembre 2017, l'intimée a complété elle aussi son argumentation et réitéré ses conclusions précédentes avec suite de frais et dépens.

Les autres éléments du dossier et les arguments avancés par les parties au cours de la procédure seront repris plus loin dans la mesure nécessaire.

Droit :

1.

1.1 Le Tribunal est compétent pour statuer sur le présent recours (art. 31
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 31 Principe - Le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)20.
, 32
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre:
1    Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b  les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c  les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d  ...
e  les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:
e1  l'autorisation générale des installations nucléaires;
e2  l'approbation du programme de gestion des déchets;
e3  la fermeture de dépôts en profondeur;
e4  la preuve de l'évacuation des déchets.
f  les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g  les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h  les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i  les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j  les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
2    Le recours est également irrecevable contre:
a  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
et 33
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater  du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
let. d de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32] et art. 5 al. 2
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 5 - 1 Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
1    Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a  de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b  de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c  de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
2    Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
3    Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021]).

1.2 Selon l'art. 45
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 45 - 1 Les décisions incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation peuvent faire l'objet d'un recours.
1    Les décisions incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation peuvent faire l'objet d'un recours.
2    Ces décisions ne peuvent plus être attaquées ultérieurement.
PA, les décisions incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent comme en l'espèce sur la compétence peuvent faire l'objet d'un recours (al. 1). Ces décisions ne peuvent plus être attaquées ultérieurement (al. 2). Un préjudice irréparable (art. 46 al. 1 let. a
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 46 - 1 Les autres décisions incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
1    Les autres décisions incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
a  si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou
b  si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse.
2    Si le recours n'est pas recevable en vertu de l'al. 1 ou qu'il n'a pas été utilisé, les décisions incidentes en question peuvent être attaquées avec la décision finale dans la mesure où elles influent sur le contenu de celle-ci.
PA) n'est pas nécessaire dans ce cas (Uhlmann/Wälee-Bär, in : Praxiskommentar VwVG, 2e éd. 2016, art. 45
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 45 - 1 Les décisions incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation peuvent faire l'objet d'un recours.
1    Les décisions incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation peuvent faire l'objet d'un recours.
2    Ces décisions ne peuvent plus être attaquées ultérieurement.
PA no 1).

1.3 La qualité pour recourir doit être reconnue aux recourants dès lors qu'ils ont pris part à la procédure devant l'autorité inférieure et sont spécialement atteints par les décisions incidentes attaquées (art. 48 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 48 - 1 A qualité pour recourir quiconque:
1    A qualité pour recourir quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est spécialement atteint par la décision attaquée, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    A également qualité pour recourir toute personne, organisation ou autorité qu'une autre loi fédérale autorise à recourir.
PA).

1.4 Les dispositions relatives à la représentation, au délai de recours, à la forme et au contenu du mémoire de recours ainsi qu'à l'avance de frais (art. 11
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 11 - 1 Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
1    Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
2    L'autorité peut exiger du mandataire qu'il justifie de ses pouvoirs par une procuration écrite.
3    Tant que la partie ne révoque pas la procuration, l'autorité adresse ses communications au mandataire.
, 50 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 50 - 1 Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
1    Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
2    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
, 52 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
et 63 al. 4
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
PA) sont par ailleurs respectées.

1.5 Le recours est ainsi recevable.

2.
La question litigieuse est celle de savoir si l'autorité inférieure dispose d'une base légale suffisante pour contrôler les loyers fixés par l'intimée en sa qualité de coopérative d'habitation du personnel de la Confédération.

3.

3.1 Selon l'art. 253b al. 3 de la loi fédérale du 30 mars 1911 complétant le code civil suisse (Livre cinquième : Droit des obligations ; ci-après : le CO), les dispositions relatives à la contestation des loyers abusifs ne s'appliquent pas aux locaux d'habitation en faveur desquels des mesures d'encouragement ont été prises par les pouvoirs publics et dont le loyer est soumis au contrôle d'une autorité.

3.2 Le but de cette norme est d'empêcher un double contrôle des loyers et d'éviter des décisions contradictoires entre les juridictions civile et administrative (ATF 129 II 125 consid. 2.6.2).

3.3 Le Tribunal fédéral a eu l'occasion de préciser que l'art. 253b al. 3
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 253b - 1 Les dispositions sur la protection contre les loyers abusifs (art. 269 et s.) s'appliquent par analogie aux baux à ferme non agricoles et aux autres contrats qui visent principalement la cession à titre onéreux de l'usage d'habitations ou de locaux commerciaux.
1    Les dispositions sur la protection contre les loyers abusifs (art. 269 et s.) s'appliquent par analogie aux baux à ferme non agricoles et aux autres contrats qui visent principalement la cession à titre onéreux de l'usage d'habitations ou de locaux commerciaux.
2    Elles ne s'appliquent pas aux baux d'appartements et de maisons familiales de luxe comprenant six pièces ou plus (cuisine non comprise).
3    Les dispositions relatives à la contestation des loyers abusifs ne s'appliquent pas aux locaux d'habitation en faveur desquels des mesures d'encouragement ont été prises par les pouvoirs publics et dont le loyer est soumis au contrôle d'une autorité.
CO doit être vu comme une véritable norme de compétence (ATF 124 III 463 consid. 4b/dd ; voir aussi arrêt du TAF B-4258/2010 du 18 février 2011 consid. 2.5, confirmé par l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_261/2011 du 23 août 2011).

3.4 Selon la jurisprudence et la doctrine, pour qu'une coopérative d'habitation tombe sous le coup de cette disposition, il faut notamment qu'elle remplisse les deux conditions cumulatives que sont, d'une part, l'existence de mesures d'encouragement prises par les pouvoirs publics et, d'autre part, un loyer soumis au contrôle de l'autorité (ATF 134 III 159 consid. 5.2.5 ; Roger Weber, in : Basler Kommentar OR I, 6e éd. 2015, art. 253a
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 253a - 1 Les dispositions concernant les baux d'habitations et de locaux commerciaux s'appliquent aussi aux choses dont l'usage est cédé avec ces habitations ou locaux commerciaux.
1    Les dispositions concernant les baux d'habitations et de locaux commerciaux s'appliquent aussi aux choses dont l'usage est cédé avec ces habitations ou locaux commerciaux.
2    Elles ne sont pas applicables aux appartements de vacances loués pour trois mois ou moins.
3    Le Conseil fédéral édicte les dispositions d'exécution.
/253b
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 253b - 1 Les dispositions sur la protection contre les loyers abusifs (art. 269 et s.) s'appliquent par analogie aux baux à ferme non agricoles et aux autres contrats qui visent principalement la cession à titre onéreux de l'usage d'habitations ou de locaux commerciaux.
1    Les dispositions sur la protection contre les loyers abusifs (art. 269 et s.) s'appliquent par analogie aux baux à ferme non agricoles et aux autres contrats qui visent principalement la cession à titre onéreux de l'usage d'habitations ou de locaux commerciaux.
2    Elles ne s'appliquent pas aux baux d'appartements et de maisons familiales de luxe comprenant six pièces ou plus (cuisine non comprise).
3    Les dispositions relatives à la contestation des loyers abusifs ne s'appliquent pas aux locaux d'habitation en faveur desquels des mesures d'encouragement ont été prises par les pouvoirs publics et dont le loyer est soumis au contrôle d'une autorité.
CO no 9 ; David Lachat, in : Commentaire romand CO I, 2e éd. 2012, art. 253b
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 253b - 1 Les dispositions sur la protection contre les loyers abusifs (art. 269 et s.) s'appliquent par analogie aux baux à ferme non agricoles et aux autres contrats qui visent principalement la cession à titre onéreux de l'usage d'habitations ou de locaux commerciaux.
1    Les dispositions sur la protection contre les loyers abusifs (art. 269 et s.) s'appliquent par analogie aux baux à ferme non agricoles et aux autres contrats qui visent principalement la cession à titre onéreux de l'usage d'habitations ou de locaux commerciaux.
2    Elles ne s'appliquent pas aux baux d'appartements et de maisons familiales de luxe comprenant six pièces ou plus (cuisine non comprise).
3    Les dispositions relatives à la contestation des loyers abusifs ne s'appliquent pas aux locaux d'habitation en faveur desquels des mesures d'encouragement ont été prises par les pouvoirs publics et dont le loyer est soumis au contrôle d'une autorité.
CO no 7).

4.
Au vu de ce qui précède, le Tribunal va d'abord examiner si l'intimée a bénéficié de mesures d'encouragement prises par les pouvoirs publics.

4.1 L'art. 108
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 108 Encouragement de la construction de logements et de l'accession à la propriété - 1 La Confédération encourage la construction de logements ainsi que l'acquisition d'appartements et de maisons familiales destinés à l'usage personnel de particuliers et les activités des maîtres d'ouvrage et des organisations oeuvrant à la construction de logements d'utilité publique.
1    La Confédération encourage la construction de logements ainsi que l'acquisition d'appartements et de maisons familiales destinés à l'usage personnel de particuliers et les activités des maîtres d'ouvrage et des organisations oeuvrant à la construction de logements d'utilité publique.
2    Elle encourage en particulier l'acquisition et l'équipement de terrains en vue de la construction de logements, la rationalisation de la construction, l'abaissement de son coût et l'abaissement du coût du logement.
3    Elle peut légiférer sur l'équipement de terrains pour la construction de logements et sur la rationalisation de la construction.
4    Ce faisant, elle prend notamment en considération les intérêts des familles et des personnes âgées, handicapées ou dans le besoin.
de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101) dispose que la Confédération encourage la construction de logements ainsi que l'acquisition d'appartements et de maisons familiales destinés à l'usage personnel de particuliers et les activités des maîtres d'ouvrage et des organisations oeuvrant à la construction de logements d'utilité publique (al. 1). Elle encourage en particulier l'acquisition et l'équipement de terrains en vue de la construction de logements, la rationalisation de la construction, l'abaissement de son coût et l'abaissement du coût du logement (al. 2).

4.2

4.2.1 L'arrêté fédéral du 7 octobre 1947 tendant à encourager la construction de logements pour le personnel de la Confédération (aRS 10 936 ; ci-après : l'arrêt de 1947) constituait la base légale pour l'octroi de prêts en faveur de l'intimée.

Au moment où les droits de gage immobilier grevant l'immeuble de l'intimée ont été inscrits (consid. 4.2.2), l'art. 3 de l'arrêté de 1947 avait été modifié par l'arrêté fédéral du 27 janvier 1958 (RO 1958 8). Sa teneur était alors la suivante :

Art. 3

A l'effet d'aide des agents ou des groupes d'agents de la Confédération à trouver des appartements, le département fédéral des finances et des douanes est autorisé à accorder des prêts hypothécaires de second rang ou des prêts non garantis par gage, ainsi qu'à participer, au nom de la Confédération, à des institutions d'intérêt public ayant pour activité la construction de logements destinés au personnel fédéral.

Cet arrêté a été abrogé par le chiffre I.1 de l'arrêté fédéral du 3 mars 1994 sur les mesures d'assainissement 1993 (FF 1994 III 884).

4.2.2 Les parties ne contestent pas que les immeubles de l'intimée bénéficient de l'aide de la Confédération prévue par l'arrêté de 1947.

Au dossier figure d'ailleurs un décompte semestriel provisoire au 31 décembre 2016 (daté du 13 septembre 2016) faisant état d'un solde de la dette de l'intimée envers la Confédération de (...) francs et, s'agissant de l'immeuble en question à (...), de (...) francs. Cette dette correspond aux cinq droits de gage immobilier dont quatre cédules hypothécaires et une hypothèque inscrits en faveur de la Confédération entre 1972 et 1993 et qui figurent dans l'extrait pertinent du Registre foncier de (...) versé au dossier.

4.2.3 Force est de constater que l'intimée bénéficie encore actuellement d'une aide publique et que la première condition posée par l'art. 253b al. 3
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 253b - 1 Les dispositions sur la protection contre les loyers abusifs (art. 269 et s.) s'appliquent par analogie aux baux à ferme non agricoles et aux autres contrats qui visent principalement la cession à titre onéreux de l'usage d'habitations ou de locaux commerciaux.
1    Les dispositions sur la protection contre les loyers abusifs (art. 269 et s.) s'appliquent par analogie aux baux à ferme non agricoles et aux autres contrats qui visent principalement la cession à titre onéreux de l'usage d'habitations ou de locaux commerciaux.
2    Elles ne s'appliquent pas aux baux d'appartements et de maisons familiales de luxe comprenant six pièces ou plus (cuisine non comprise).
3    Les dispositions relatives à la contestation des loyers abusifs ne s'appliquent pas aux locaux d'habitation en faveur desquels des mesures d'encouragement ont été prises par les pouvoirs publics et dont le loyer est soumis au contrôle d'une autorité.
CO est donc remplie. La question de savoir si le contrôle doit perdurer une fois l'aide achevée peut ainsi rester ouverte en l'espèce (Weber, ibidem).

5.
Reste donc à examiner si le loyer est, dans le cas de l'intimée, soumis au contrôle d'une autorité.

5.1

5.1.1 La LOG a notamment pour but d'encourager l'offre de logements pour les ménages à revenu modeste ainsi que l'accession à la propriété (art. 1 al. 1
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 1 But - 1 La présente loi a pour but d'encourager l'offre de logements pour les ménages à revenu modeste ainsi que l'accession à la propriété.
1    La présente loi a pour but d'encourager l'offre de logements pour les ménages à revenu modeste ainsi que l'accession à la propriété.
2    Il est tenu compte en particulier des intérêts des familles, des familles monoparentales, des personnes handicapées, des personnes âgées dans le besoin et des personnes en formation.
LOG). Pour ce fait, la Confédération encourage la construction, la rénovation et l'acquisition de logements à loyer ou à prix modérés ainsi que l'activité d'organisations oeuvrant à la construction de logements d'utilité publique (art. 2 al. 1
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 2 Objet - 1 La Confédération encourage la construction, la rénovation et l'acquisition de logements à loyer ou à prix modérés ainsi que l'activité d'organisations oeuvrant à la construction de logements d'utilité publique.
1    La Confédération encourage la construction, la rénovation et l'acquisition de logements à loyer ou à prix modérés ainsi que l'activité d'organisations oeuvrant à la construction de logements d'utilité publique.
2    Elle soutient des formes novatrices de construction et d'habitation ainsi que la rénovation d'ensembles d'habitations.
LOG). La LOG s'applique à tous les types de logements, notamment aux appartements en location ou en propriété et aux maisons individuelles (art. 3 al. 1
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 3 Champ d'application - 1 La présente loi s'applique à tous les types de logements, notamment aux appartements en location ou en propriété et aux maisons individuelles.
1    La présente loi s'applique à tous les types de logements, notamment aux appartements en location ou en propriété et aux maisons individuelles.
2    Elle ne s'applique pas aux résidences secondaires ni aux résidences de vacances.
LOG). Sont des logements tous les espaces destinés durablement à l'habitation (art. 4 al. 1
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 4 Définitions - 1 Sont des logements tous les espaces destinés durablement à l'habitation.
1    Sont des logements tous les espaces destinés durablement à l'habitation.
2    Sont réputés organisations oeuvrant à la construction de logements d'utilité publique les maîtres d'ouvrage s'occupant de la construction de logements d'utilité publique, leurs organisations faîtières, les centrales d'émission ainsi que les établissements de cautionnement hypothécaire et d'autres institutions se consacrant à l'encouragement de l'offre de logements à loyer ou à prix modérés.
3    Est réputée d'utilité publique toute activité à but non lucratif qui sert à couvrir les besoins en logements à loyer ou à prix modérés.
LOG).

La section 2 de la LOG (art. 10 ss
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 10 Principe - La Confédération encourage l'offre de logements à loyer modéré destinés aux personnes économiquement ou socialement défavorisées.
LOG) est consacrée aux logements à loyer modéré. La Confédération encourage l'offre de logements à loyer modéré destinés aux personnes économiquement ou socialement défavorisées (art. 10
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 10 Principe - La Confédération encourage l'offre de logements à loyer modéré destinés aux personnes économiquement ou socialement défavorisées.
LOG). Les instruments mis en oeuvre au titre des mesures d'encouragement sont : a. les prêts sans intérêt ou à taux préférentiel ; b. les cautionnements (art. 11
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 11 Instruments - Les instruments mis en oeuvre au titre des mesures d'encouragement sont:
a  les prêts sans intérêt ou à taux préférentiel;
b  les cautionnements.
LOG). Les prêts doivent être garantis par gage immobilier (art. 12 al. 4
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 12 Prêts sans intérêt ou à taux préférentiel - 1 L'office peut accorder des prêts aux propriétaires de logements locatifs et aux titulaires d'un droit de superficie sur des logements locatifs si:
1    L'office peut accorder des prêts aux propriétaires de logements locatifs et aux titulaires d'un droit de superficie sur des logements locatifs si:
a  le propriétaire dispose d'un capital propre d'un certain montant;
b  les loyers sont, de manière générale, fixés sur la base des coûts pour tout l'immeuble.
2    Une exemption ou une réduction d'intérêts est consentie sur les prêts si:
a  le revenu et la fortune des locataires ne dépassent pas certaines limites;
b  les logements sont occupés de manière adéquate.
3    Le Conseil fédéral fixe:
a  le montant du capital propre requis;
b  les coûts immobiliers à prendre en compte;
c  les limites de revenu et de fortune déterminantes pour les locataires;
d  le nombre minimum d'occupants pour les différents types de logements.
4    Les prêts doivent être garantis par gage immobilier.
5    Ils doivent être amortis.
LOG).

5.1.2 L'art. 60
SR 842.1 Ordonnance du 26 novembre 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Ordonnance sur le logement, OLOG) - Ordonnance sur le logement
OLOG Art. 60 - 1 Le DEFR édicte des dispositions pour les coopératives de construction de logements qui ont bénéficié de prêts conformément à l'arrêté fédéral du 7 octobre 1947 tendant à encourager la construction de logements pour le personnel de la Confédération20. Il règle notamment la fixation et le contrôle des loyers.
1    Le DEFR édicte des dispositions pour les coopératives de construction de logements qui ont bénéficié de prêts conformément à l'arrêté fédéral du 7 octobre 1947 tendant à encourager la construction de logements pour le personnel de la Confédération20. Il règle notamment la fixation et le contrôle des loyers.
2    Afin de garantir le maintien de l'affectation pour les terrains faisant l'objet de l'aide fédérale, l'interdiction du changement d'affectation et la restriction du droit d'aliénation seront mentionnées au registre foncier comme restrictions de droit public à la propriété.
3    En cas de liquidation de la coopérative de construction de logements ou de vente d'un immeuble faisant l'objet de l'aide fédérale, le produit de la liquidation devra être affecté à la Confédération.
4    L'office règle dans le cadre d'un contrat avec la Caisse de pension de la Confédération (PUBLICA) la gestion des prêts hypothécaires accordés aux coopératives de construction de logements de la Confédération à partir des fonds de la Caisse fédérale d'assurance (CFA), aujourd'hui PUBLICA.
de l'ordonnance du 26 novembre 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (ordonnance sur le logement, OLOG, RS 842.1), prise sur le fondement de l'art. 46 al. 1
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 46 Compétences - 1 Le Conseil fédéral édicte les dispositions d'exécution.
1    Le Conseil fédéral édicte les dispositions d'exécution.
2    L'office est chargé de l'exécution de la présente loi.
3    Il en coordonne et harmonise l'exécution avec les cantons, les communes et les organisations oeuvrant à la construction de logements d'utilité publique.
LOG, dispose que le DEFR édicte des dispositions pour les coopératives de construction de logements qui ont bénéficié de prêts conformément à l'arrêté fédéral du 7 octobre 1947 tendant à encourager la construction de logements pour le personnel de la Confédération ; il règle notamment la fixation et le contrôle des loyers.

5.1.3 Sur ce fondement, le DEFR a édicté l'ordonnance sur les coopératives d'habitation du personnel de la Confédération du 19 mai 2004 (ci-après : l'O-DEFR, RS 842.18). L'art. 2 O-DEFR prévoit que cette ordonnance s'applique aux coopératives : a. qui ont obtenu des prêts en vertu de l'arrêté fédéral du 7 octobre 1947 tendant à encourager la construction de logements pour le personnel de la Confédération ou qui détiennent un contrat de superficie valable avec la Confédération, ou b. qui ont obtenu des prêts provenant des fonds de PUBLICA. L'autorité inférieure est chargée de gérer les prêts accordés aux coopératives selon l'art. 2 et d'administrer les affaires courantes avec celles-ci (art. 3 al. 1 O-DEFR). L'autorité inférieure est compétente en matière de contestation de loyer. Elle tente de guider les parties vers un accord. Si aucun accord n'est trouvé, elle prend une décision (art. 9 al. 1 O-DEFR).

5.1.4 Au dossier figure un document intitulé « Avenant no 5 au contrat de prêt [...] » daté du 1er septembre 2014 qui mentionne expressément que l'intimée est soumise à l'O-DEFR (chiffre 1).

5.2

5.2.1 Les recourants soutiennent que le dispositif formé par l'art. 60
SR 842.1 Ordonnance du 26 novembre 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Ordonnance sur le logement, OLOG) - Ordonnance sur le logement
OLOG Art. 60 - 1 Le DEFR édicte des dispositions pour les coopératives de construction de logements qui ont bénéficié de prêts conformément à l'arrêté fédéral du 7 octobre 1947 tendant à encourager la construction de logements pour le personnel de la Confédération20. Il règle notamment la fixation et le contrôle des loyers.
1    Le DEFR édicte des dispositions pour les coopératives de construction de logements qui ont bénéficié de prêts conformément à l'arrêté fédéral du 7 octobre 1947 tendant à encourager la construction de logements pour le personnel de la Confédération20. Il règle notamment la fixation et le contrôle des loyers.
2    Afin de garantir le maintien de l'affectation pour les terrains faisant l'objet de l'aide fédérale, l'interdiction du changement d'affectation et la restriction du droit d'aliénation seront mentionnées au registre foncier comme restrictions de droit public à la propriété.
3    En cas de liquidation de la coopérative de construction de logements ou de vente d'un immeuble faisant l'objet de l'aide fédérale, le produit de la liquidation devra être affecté à la Confédération.
4    L'office règle dans le cadre d'un contrat avec la Caisse de pension de la Confédération (PUBLICA) la gestion des prêts hypothécaires accordés aux coopératives de construction de logements de la Confédération à partir des fonds de la Caisse fédérale d'assurance (CFA), aujourd'hui PUBLICA.
OLOG et les dispositions précitées de l'O-DEFR serait contraire à la LOG et ne reposerait ainsi sur aucune base légale (art. 5 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 5 Principes de l'activité de l'État régi par le droit - 1 Le droit est la base et la limite de l'activité de l'État.
1    Le droit est la base et la limite de l'activité de l'État.
2    L'activité de l'État doit répondre à un intérêt public et être proportionnée au but visé.
3    Les organes de l'État et les particuliers doivent agir de manière conforme aux règles de la bonne foi.
4    La Confédération et les cantons respectent le droit international.
et 164
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 164 Législation - 1 Toutes les dispositions importantes qui fixent des règles de droit doivent être édictées sous la forme d'une loi fédérale. Appartiennent en particulier à cette catégorie les dispositions fondamentales relatives:
1    Toutes les dispositions importantes qui fixent des règles de droit doivent être édictées sous la forme d'une loi fédérale. Appartiennent en particulier à cette catégorie les dispositions fondamentales relatives:
a  à l'exercice des droits politiques;
b  à la restriction des droits constitutionnels;
c  aux droits et aux obligations des personnes;
d  à la qualité de contribuable, à l'objet des impôts et au calcul du montant des impôts;
e  aux tâches et aux prestations de la Confédération;
f  aux obligations des cantons lors de la mise en oeuvre et de l'exécution du droit fédéral;
g  à l'organisation et à la procédure des autorités fédérales.
2    Une loi fédérale peut prévoir une délégation de la compétence d'édicter des règles de droit, à moins que la Constitution ne l'exclue.
Cst.).

5.2.2 L'autorité inférieure et l'intimée estiment au contraire que l'art. 60
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 60 Prêts accordés en vertu de l'ancien droit - Dès l'entrée en vigueur de la présente loi, l'office gère les prêts accordés conformément à l'arrêté fédéral du 7 octobre 1947 tendant à encourager la construction de logements pour le personnel de la Confédération16.
LOG, en combinaison avec l'art. 54
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 54 Contrôle des loyers - 1 Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
1    Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
2    Les locataires peuvent demander un contrôle en tout temps. L'office tente d'obtenir un accord entre les deux parties. Si aucun accord ne peut être dégagé, il rend une décision.
3    La procédure devant l'office est gratuite; en cas de procédure abusive, la partie responsable peut être contrainte de prendre à sa charge tout ou partie des frais de procédure.
4    Les autorités de conciliation prévues par le code des obligations9 sont compétentes pour contrôler les frais accessoires.
LOG, constituerait un fondement légal suffisant pour un contrôle étatique des loyers de l'intimée.

5.3 Le Tribunal va examiner successivement les deux dispositions topiques de la LOG, à savoir les art. 60 et 54, pour voir si elles constituent une base légale suffisante pour le contrôle étatique des loyers de l'intimée.

Conformément à la jurisprudence constante, la loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations sont possibles, il convient de rechercher la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires (interprétation historique), du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique) ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (interprétation systématique). Le Tribunal fédéral ne privilégie aucune méthode d'interprétation, mais s'inspire d'un pluralisme pragmatique pour rechercher le sens véritable de la norme. Il ne s'écarte sur la compréhension littérale du texte que s'il en découle sans ambiguïté une solution matériellement juste (ATF 143 II 202 consid. 8.5, 142 II 80 consid. 4.1, 140 II 289 consid. 3.2 et 139 II 49 consid. 5.3.1).

5.4 L'art. 60
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 60 Prêts accordés en vertu de l'ancien droit - Dès l'entrée en vigueur de la présente loi, l'office gère les prêts accordés conformément à l'arrêté fédéral du 7 octobre 1947 tendant à encourager la construction de logements pour le personnel de la Confédération16.
LOG est ainsi rédigé :

Art. 60 Prêts accordés en vertu de l'ancien droit

Dès l'entrée en vigueur de cette loi, [l'autorité inférieure] gère les prêts accordés conformément à [l'arrêté de 1947].

5.4.1 D'un point de vue littéral, l'art. 60
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 60 Prêts accordés en vertu de l'ancien droit - Dès l'entrée en vigueur de la présente loi, l'office gère les prêts accordés conformément à l'arrêté fédéral du 7 octobre 1947 tendant à encourager la construction de logements pour le personnel de la Confédération16.
LOG dispose seulement que l'autorité « gère les prêts » octroyés sur le fondement de l'arrêt de 1947. Cette disposition ne dit rien à propos du contrôle des loyers.

Il faut cependant relever que la version allemande du texte utilise le verbe « verwalten » (administrer) et la version italienne « amministrare » (administrer) pour rendre le verbe français « gérer ». Le verbe « administrer » semble avoir une portée plus large que le verbe « gérer », sans que cela soit pour autant décisif.

5.4.2 Historiquement, il est vrai qu'à la lecture du message du Conseil fédéral du 27 février 2002, l'art. 60
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 60 Prêts accordés en vertu de l'ancien droit - Dès l'entrée en vigueur de la présente loi, l'office gère les prêts accordés conformément à l'arrêté fédéral du 7 octobre 1947 tendant à encourager la construction de logements pour le personnel de la Confédération16.
LOG apparaît comme la base légale pour le transfert de la compétence pour l'administration des prêts de l'Administration fédérale des finances AFF à l'autorité inférieure (FF 2002 2649 ss, 2651 et 2699 s.). Le message en revanche n'évoque pas non plus le contrôle des loyers liés à ces prêts.

5.4.3 Les arguments systématique et téléologique seront exposés sous l'angle de l'art. 54
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 54 Contrôle des loyers - 1 Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
1    Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
2    Les locataires peuvent demander un contrôle en tout temps. L'office tente d'obtenir un accord entre les deux parties. Si aucun accord ne peut être dégagé, il rend une décision.
3    La procédure devant l'office est gratuite; en cas de procédure abusive, la partie responsable peut être contrainte de prendre à sa charge tout ou partie des frais de procédure.
4    Les autorités de conciliation prévues par le code des obligations9 sont compétentes pour contrôler les frais accessoires.
LOG (consid. 5.5.2.2 et 5.5.4).

5.5 L'art. 54
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 54 Contrôle des loyers - 1 Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
1    Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
2    Les locataires peuvent demander un contrôle en tout temps. L'office tente d'obtenir un accord entre les deux parties. Si aucun accord ne peut être dégagé, il rend une décision.
3    La procédure devant l'office est gratuite; en cas de procédure abusive, la partie responsable peut être contrainte de prendre à sa charge tout ou partie des frais de procédure.
4    Les autorités de conciliation prévues par le code des obligations9 sont compétentes pour contrôler les frais accessoires.
LOG est ainsi libellé :

Art. 54 Contrôle des loyers

1 Pendant la durée de l'aide fédérale, [l'autorité inférieure] contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.

2 Les locataires peuvent demander un contrôle en tout temps. [L'autorité inférieure] tente d'obtenir un accord entre les deux parties. Si aucun accord ne peut être dégagé, [elle] rend une décision.

3 La procédure devant [l'autorité inférieure] est gratuite ; en cas de procédure abusive, la partie responsable peut être contrainte de prendre à sa charge tout ou partie des frais de procédure.

4 Les autorités de conciliation prévues par le code des obligations sont compétentes pour contrôler les frais accessoires.

5.5.1 Sous l'angle littéral, l'art. 54 al. 1
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 54 Contrôle des loyers - 1 Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
1    Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
2    Les locataires peuvent demander un contrôle en tout temps. L'office tente d'obtenir un accord entre les deux parties. Si aucun accord ne peut être dégagé, il rend une décision.
3    La procédure devant l'office est gratuite; en cas de procédure abusive, la partie responsable peut être contrainte de prendre à sa charge tout ou partie des frais de procédure.
4    Les autorités de conciliation prévues par le code des obligations9 sont compétentes pour contrôler les frais accessoires.
LOG soumet la conséquence qu'il contient à deux conditions. La conséquence est le contrôle des loyers par l'autorité inférieure. Les conditions posées à ce contrôle sont : le logement a fait l'objet d'une mesure d'encouragement au sens de la section 2 et l'aide fédérale dure encore (« Pendant la durée [...] »).

5.5.2 Sous l'angle systématique, il convient de s'intéresser aux dispositions finales de la LOG.

5.5.2.1 Selon l'art. 59 al. 1
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 59 Dispositions transitoires - 1 Les demandes d'aide fédérale qui ont été déposées en vertu de la loi fédérale du 4 octobre 1974 encourageant la construction et l'accession à la propriété de logements (LCAP)15 et qui n'ont pas fait l'objet d'une décision avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont traitées selon le nouveau droit.
1    Les demandes d'aide fédérale qui ont été déposées en vertu de la loi fédérale du 4 octobre 1974 encourageant la construction et l'accession à la propriété de logements (LCAP)15 et qui n'ont pas fait l'objet d'une décision avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont traitées selon le nouveau droit.
2    Sur présentation d'une demande, l'aide fédérale prévue par la présente loi peut être également accordée pour les logements dont les travaux ont commencé à partir du 1er janvier 2003.
3    Les mandats de recherche attribués avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont régis par la LCAP.
4    Dès l'entrée en vigueur de la présente loi, la Commission fédérale pour la construction de logements prévue à l'art. 55 LCAP est remplacée par la Commission fédérale du logement prévue à l'art. 49 de la présente loi.
5    Dès l'entrée en vigueur de la présente loi, les prescriptions sur le contrôle des loyers fixées à l'art. 54 s'appliquent aux litiges survenant dans le cadre de la LCAP. Les litiges portant sur les frais accessoires, qui sont déjà en cours de règlement à l'entrée en vigueur de la présente loi, sont réglés par l'office.
6    Dans le cadre de mesures d'assainissement financier, la Confédération peut honorer avant terme les cautionnements qu'elle a accordés pour des immeubles locatifs en vertu de la LCAP et renoncer à son droit de recours en tant que caution si:
a  cela permet de réduire globalement les risques qu'elle encourt;
b  les autres créanciers impliqués déclarent un abandon de créance substantiel;
c  le propriétaire investit de nouveaux moyens pour le financement.
LOG, les demandes d'aide fédérale qui ont été déposées en vertu de la loi fédérale du 4 octobre 1974 encourageant la construction et l'accession à la propriété de logements (LCAP) et qui n'ont pas fait l'objet d'une décision avant l'entrée en vigueur de ladite loi, c'est-à-dire le 1er octobre 2003, sont traitées selon le nouveau droit. En l'espèce, la LOG ne s'applique pas directement, car les prêts ont été accordés à l'intimée entre 1972 et 1993, c'est-à-dire avant l'entrée en vigueur de la LCAP (consid. 4.2.2 in fine ; arrêt du TF 2C_524/2014 du 25 février 2015 consid. 1.2).

Selon l'art. 59 al. 4
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 59 Dispositions transitoires - 1 Les demandes d'aide fédérale qui ont été déposées en vertu de la loi fédérale du 4 octobre 1974 encourageant la construction et l'accession à la propriété de logements (LCAP)15 et qui n'ont pas fait l'objet d'une décision avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont traitées selon le nouveau droit.
1    Les demandes d'aide fédérale qui ont été déposées en vertu de la loi fédérale du 4 octobre 1974 encourageant la construction et l'accession à la propriété de logements (LCAP)15 et qui n'ont pas fait l'objet d'une décision avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont traitées selon le nouveau droit.
2    Sur présentation d'une demande, l'aide fédérale prévue par la présente loi peut être également accordée pour les logements dont les travaux ont commencé à partir du 1er janvier 2003.
3    Les mandats de recherche attribués avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont régis par la LCAP.
4    Dès l'entrée en vigueur de la présente loi, la Commission fédérale pour la construction de logements prévue à l'art. 55 LCAP est remplacée par la Commission fédérale du logement prévue à l'art. 49 de la présente loi.
5    Dès l'entrée en vigueur de la présente loi, les prescriptions sur le contrôle des loyers fixées à l'art. 54 s'appliquent aux litiges survenant dans le cadre de la LCAP. Les litiges portant sur les frais accessoires, qui sont déjà en cours de règlement à l'entrée en vigueur de la présente loi, sont réglés par l'office.
6    Dans le cadre de mesures d'assainissement financier, la Confédération peut honorer avant terme les cautionnements qu'elle a accordés pour des immeubles locatifs en vertu de la LCAP et renoncer à son droit de recours en tant que caution si:
a  cela permet de réduire globalement les risques qu'elle encourt;
b  les autres créanciers impliqués déclarent un abandon de créance substantiel;
c  le propriétaire investit de nouveaux moyens pour le financement.
1ère phrase LOG, les prescriptions sur le contrôle des loyers fixées à l'art. 54
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 54 Contrôle des loyers - 1 Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
1    Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
2    Les locataires peuvent demander un contrôle en tout temps. L'office tente d'obtenir un accord entre les deux parties. Si aucun accord ne peut être dégagé, il rend une décision.
3    La procédure devant l'office est gratuite; en cas de procédure abusive, la partie responsable peut être contrainte de prendre à sa charge tout ou partie des frais de procédure.
4    Les autorités de conciliation prévues par le code des obligations9 sont compétentes pour contrôler les frais accessoires.
LOG s'appliquent aux litiges survenant dans le cadre de la LCAP. Force est de constater que le présent litige ne s'inscrit pas dans le cadre de la LCAP, mais de l'arrêté de 1947 auquel la LCAP ne renvoie nulle part.

5.5.2.2 L'art. 54 al. 1
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 54 Contrôle des loyers - 1 Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
1    Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
2    Les locataires peuvent demander un contrôle en tout temps. L'office tente d'obtenir un accord entre les deux parties. Si aucun accord ne peut être dégagé, il rend une décision.
3    La procédure devant l'office est gratuite; en cas de procédure abusive, la partie responsable peut être contrainte de prendre à sa charge tout ou partie des frais de procédure.
4    Les autorités de conciliation prévues par le code des obligations9 sont compétentes pour contrôler les frais accessoires.
LOG ne pouvant pas être lu en l'espèce en lien avec l'art. 59 al. 1
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 59 Dispositions transitoires - 1 Les demandes d'aide fédérale qui ont été déposées en vertu de la loi fédérale du 4 octobre 1974 encourageant la construction et l'accession à la propriété de logements (LCAP)15 et qui n'ont pas fait l'objet d'une décision avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont traitées selon le nouveau droit.
1    Les demandes d'aide fédérale qui ont été déposées en vertu de la loi fédérale du 4 octobre 1974 encourageant la construction et l'accession à la propriété de logements (LCAP)15 et qui n'ont pas fait l'objet d'une décision avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont traitées selon le nouveau droit.
2    Sur présentation d'une demande, l'aide fédérale prévue par la présente loi peut être également accordée pour les logements dont les travaux ont commencé à partir du 1er janvier 2003.
3    Les mandats de recherche attribués avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont régis par la LCAP.
4    Dès l'entrée en vigueur de la présente loi, la Commission fédérale pour la construction de logements prévue à l'art. 55 LCAP est remplacée par la Commission fédérale du logement prévue à l'art. 49 de la présente loi.
5    Dès l'entrée en vigueur de la présente loi, les prescriptions sur le contrôle des loyers fixées à l'art. 54 s'appliquent aux litiges survenant dans le cadre de la LCAP. Les litiges portant sur les frais accessoires, qui sont déjà en cours de règlement à l'entrée en vigueur de la présente loi, sont réglés par l'office.
6    Dans le cadre de mesures d'assainissement financier, la Confédération peut honorer avant terme les cautionnements qu'elle a accordés pour des immeubles locatifs en vertu de la LCAP et renoncer à son droit de recours en tant que caution si:
a  cela permet de réduire globalement les risques qu'elle encourt;
b  les autres créanciers impliqués déclarent un abandon de créance substantiel;
c  le propriétaire investit de nouveaux moyens pour le financement.
ou 4
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 59 Dispositions transitoires - 1 Les demandes d'aide fédérale qui ont été déposées en vertu de la loi fédérale du 4 octobre 1974 encourageant la construction et l'accession à la propriété de logements (LCAP)15 et qui n'ont pas fait l'objet d'une décision avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont traitées selon le nouveau droit.
1    Les demandes d'aide fédérale qui ont été déposées en vertu de la loi fédérale du 4 octobre 1974 encourageant la construction et l'accession à la propriété de logements (LCAP)15 et qui n'ont pas fait l'objet d'une décision avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont traitées selon le nouveau droit.
2    Sur présentation d'une demande, l'aide fédérale prévue par la présente loi peut être également accordée pour les logements dont les travaux ont commencé à partir du 1er janvier 2003.
3    Les mandats de recherche attribués avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont régis par la LCAP.
4    Dès l'entrée en vigueur de la présente loi, la Commission fédérale pour la construction de logements prévue à l'art. 55 LCAP est remplacée par la Commission fédérale du logement prévue à l'art. 49 de la présente loi.
5    Dès l'entrée en vigueur de la présente loi, les prescriptions sur le contrôle des loyers fixées à l'art. 54 s'appliquent aux litiges survenant dans le cadre de la LCAP. Les litiges portant sur les frais accessoires, qui sont déjà en cours de règlement à l'entrée en vigueur de la présente loi, sont réglés par l'office.
6    Dans le cadre de mesures d'assainissement financier, la Confédération peut honorer avant terme les cautionnements qu'elle a accordés pour des immeubles locatifs en vertu de la LCAP et renoncer à son droit de recours en tant que caution si:
a  cela permet de réduire globalement les risques qu'elle encourt;
b  les autres créanciers impliqués déclarent un abandon de créance substantiel;
c  le propriétaire investit de nouveaux moyens pour le financement.
LOG, il faut encore voir s'il peut l'être en lien avec l'art. 60
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 60 Prêts accordés en vertu de l'ancien droit - Dès l'entrée en vigueur de la présente loi, l'office gère les prêts accordés conformément à l'arrêté fédéral du 7 octobre 1947 tendant à encourager la construction de logements pour le personnel de la Confédération16.
LOG, c'est-à-dire sous l'angle de l'arrêté de 1947.

Pour rappel, l'art. 54 al. 1
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 54 Contrôle des loyers - 1 Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
1    Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
2    Les locataires peuvent demander un contrôle en tout temps. L'office tente d'obtenir un accord entre les deux parties. Si aucun accord ne peut être dégagé, il rend une décision.
3    La procédure devant l'office est gratuite; en cas de procédure abusive, la partie responsable peut être contrainte de prendre à sa charge tout ou partie des frais de procédure.
4    Les autorités de conciliation prévues par le code des obligations9 sont compétentes pour contrôler les frais accessoires.
LOG conditionne un contrôle étatique des loyers à l'existence de mesures d'encouragement selon la section 2 de la LOG (consid. 5.5.1). Ces mesures sont notamment les prêts sans intérêt ou à taux préférentiel (art. 11 al. 1 let. a
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 11 Instruments - Les instruments mis en oeuvre au titre des mesures d'encouragement sont:
a  les prêts sans intérêt ou à taux préférentiel;
b  les cautionnements.
LOG ; consid. 5.1.1 in fine).

Il faut donc se demander si les mesures prises en faveur de l'intimée sur le fondement de l'arrêté de 1947 doivent être vues comme des mesures d'encouragement au sens de la section 2 de la LOG. A ce titre, il faut relever que l'art. 3 de l'arrêté de 1947, tel qu'il a été modifié par l'arrêté fédéral du 27 janvier 1958 (RO 1958 8), prévoyait bien que la Confédération pouvait « accorder des prêts hypothécaires de second rang ou des prêts non garantis par gage » (consid. 4.2.1).

Il s'ensuit que la Confédération pouvait accorder des prêts garantis par gage immobilier sous le régime de l'arrêté de 1947 comme le prévoient les art. 11 al. 1 let. a
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 11 Instruments - Les instruments mis en oeuvre au titre des mesures d'encouragement sont:
a  les prêts sans intérêt ou à taux préférentiel;
b  les cautionnements.
et 12 al. 4
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 12 Prêts sans intérêt ou à taux préférentiel - 1 L'office peut accorder des prêts aux propriétaires de logements locatifs et aux titulaires d'un droit de superficie sur des logements locatifs si:
1    L'office peut accorder des prêts aux propriétaires de logements locatifs et aux titulaires d'un droit de superficie sur des logements locatifs si:
a  le propriétaire dispose d'un capital propre d'un certain montant;
b  les loyers sont, de manière générale, fixés sur la base des coûts pour tout l'immeuble.
2    Une exemption ou une réduction d'intérêts est consentie sur les prêts si:
a  le revenu et la fortune des locataires ne dépassent pas certaines limites;
b  les logements sont occupés de manière adéquate.
3    Le Conseil fédéral fixe:
a  le montant du capital propre requis;
b  les coûts immobiliers à prendre en compte;
c  les limites de revenu et de fortune déterminantes pour les locataires;
d  le nombre minimum d'occupants pour les différents types de logements.
4    Les prêts doivent être garantis par gage immobilier.
5    Ils doivent être amortis.
LOG. Autrement dit, les prêts accordés sous le régime de l'arrêté de 1947 doivent être vus comme une mesure d'encouragement prévue par la section 2 de la LOG (art. 10 ss
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 10 Principe - La Confédération encourage l'offre de logements à loyer modéré destinés aux personnes économiquement ou socialement défavorisées.
LOG). Peu importe que le Conseil fédéral ait actuellement renoncé à de telles mesures.

Dans la mesure où l'aide publique dure encore (consid. 4.2.3), toutes les conditions prévues par l'art. 54 al. 1
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 54 Contrôle des loyers - 1 Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
1    Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
2    Les locataires peuvent demander un contrôle en tout temps. L'office tente d'obtenir un accord entre les deux parties. Si aucun accord ne peut être dégagé, il rend une décision.
3    La procédure devant l'office est gratuite; en cas de procédure abusive, la partie responsable peut être contrainte de prendre à sa charge tout ou partie des frais de procédure.
4    Les autorités de conciliation prévues par le code des obligations9 sont compétentes pour contrôler les frais accessoires.
LOG sont donc remplies. Cette disposition permet déjà à l'autorité inférieure de contrôler les loyers fixés par l'intimée.

5.5.3 Selon l'argument historique, il ressort du message du Conseil fédéral à l'appui de la LOG que « si les prêts sont remboursés ou si la Confédération est libérée en tant que caution avant terme, l'aide fédérale peut, avec l'accord de l'office, exceptionnellement prendre fin plus tôt que prévu. Dans ce cas, les logements ne sont plus soumis aux dispositions concernant l'aide fédérale, mais à celles ayant trait aux logements non subventionnés, les loyers n'étant ainsi plus contrôlés » (FF 2002 2682).

Cela signifie a contrario que, dans l'esprit du législateur, tant que dure l'aide, c'est-à-dire tant que les prêts ne sont pas remboursés, le contrôle doit demeurer. L'art. 19 al. 1
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 19 Durée de l'aide fédérale - 1 L'aide fédérale est accordée pour 25 ans au maximum.
1    L'aide fédérale est accordée pour 25 ans au maximum.
2    Si la réduction d'intérêts consentie sur les prêts n'est plus demandée pendant un certain temps, l'office peut exiger que, dans un délai raisonnable, le mode de financement soit revu et l'aide fédérale supprimée.
3    Sur demande, l'aide fédérale peut prendre fin avant terme, avec l'accord de l'office, si les prêts ont été remboursés et que la Confédération, en tant que caution, a été libérée.
LOG prévoit certes que l'aide fédérale est accordée pour 25 ans au maximum. Cependant, cette disposition commande seulement de prévoir un amortissement sur 25 ans (FF 2002 2681 s.). En revanche, le législateur n'avait pas l'intention que le contrôle cesse systématiquement après 25 ans si l'aide dure encore.

Les dispositions topiques (notamment les art. 54
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 54 Contrôle des loyers - 1 Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
1    Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
2    Les locataires peuvent demander un contrôle en tout temps. L'office tente d'obtenir un accord entre les deux parties. Si aucun accord ne peut être dégagé, il rend une décision.
3    La procédure devant l'office est gratuite; en cas de procédure abusive, la partie responsable peut être contrainte de prendre à sa charge tout ou partie des frais de procédure.
4    Les autorités de conciliation prévues par le code des obligations9 sont compétentes pour contrôler les frais accessoires.
et 60
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 60 Prêts accordés en vertu de l'ancien droit - Dès l'entrée en vigueur de la présente loi, l'office gère les prêts accordés conformément à l'arrêté fédéral du 7 octobre 1947 tendant à encourager la construction de logements pour le personnel de la Confédération16.
LOG) n'ont pas fait l'objet de discussions particulières durant les travaux parlementaires ni d'aucune modification.

Il convient à ce stade de rappeler qu'un régime similaire de contrôle des loyers existait dans le cadre de la LCAP, même après l'entrée en vigueur de la LOG (consid. 5.5.2.1 in fine).

5.5.4 Pour ce qui est de l'argument téléologique, il faut commencer par rappeler que le contrôle des loyers par le juge civil ou administratif a pour but de lutter contre l'exercice débridé du droit de propriété par le bailleur en fixant une limite, au-delà de laquelle un loyer est qualifié d'abusif, et d'instaurer un mécanisme, à disposition du locataire mais dont ce dernier peut ne pas faire usage, permettant de ramener les loyers à cette limite (Daniel Kinzer, La surveillance et le contrôle des loyers dans le temps, in : Foëx/Hottelier [édit.], Imprescriptibilité, contrôle et responsabilité - Les effets du droit de propriété dans le temps, 2018, 79 ss, 81).

Le Tribunal fédéral, appuyé par la doctrine, explique que « [d]ans le cadre de sa politique sociale du logement, la collectivité publique peut accorder une aide financière à des propriétaires dans le but d'abaisser le montant des loyers et de répondre ainsi au besoin d'une partie de la population. Pour qu'elles puissent atteindre leur but, il est nécessaire que la collectivité publique ait la faculté d'exercer un contrôle sur la fixation des loyers ». L'aide financière versée au bailleur doit pouvoir atteindre son but et profiter aux locataires par une baisse du loyer (arrêt du Tribunal fédéral 4A_267/2009 du 7 août 2009 consid. 2.2 ; voir aussi : ATF 99 Ia 604 consid. 5a ; Kinzer, op. cit., 98 ; dans le même sens : arrêt du TAF B-4258/2010 du 18 février 2011 consid. 2.4 et 2.5).

Du reste, le Tribunal fédéral a bien expliqué, dans le cadre de la loi fédérale du 4 octobre 1974 encourageant la construction et l'accession à la propriété de logements (LCAP, RS 843), que l'aide pour le financement complémentaire est accordée au propriétaire qui s'engage, par un rapport contractuel de droit public, à rembourser le prêt selon le plan de financement et se soumet à la surveillance officielle des loyers jusqu'au remboursement complet des avances de la Confédération (arrêt du Tribunal fédéral 2C_524/2014 du 25 février 2015 consid. 4.3).

Il en résulte que le but de l'ensemble du dispositif législatif en matière de politique logement est de tisser un lien entre, d'une part, l'octroi de prêts ou d'autres aides et, d'autre part, le contrôle étatique.

5.6 Il est vrai que le texte de la loi aurait pu être plus clair et indiquer expressément que les loyers fixés par les coopératives d'habitation qui bénéficient des prêts prévus par l'arrêté de 1947 sont soumis à un contrôle étatique. Toutefois, au regard de ce qui précède, le législateur n'a pas pu vouloir que l'autorité inférieure gère ou administre des prêts (art. 60
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 60 Prêts accordés en vertu de l'ancien droit - Dès l'entrée en vigueur de la présente loi, l'office gère les prêts accordés conformément à l'arrêté fédéral du 7 octobre 1947 tendant à encourager la construction de logements pour le personnel de la Confédération16.
LOG) sans vouloir même implicitement que les loyers y relatifs soient soumis à un contrôle étatique (art. 54 al.1
SR 842 Loi fédérale du 21 mars 2003 encourageant le logement à loyer ou à prix modérés (Loi sur le logement, LOG) - Loi sur le logement
LOG Art. 54 Contrôle des loyers - 1 Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
1    Pendant la durée de l'aide fédérale, l'office contrôle les loyers des logements faisant l'objet de mesures d'encouragement relevant de la section 2.
2    Les locataires peuvent demander un contrôle en tout temps. L'office tente d'obtenir un accord entre les deux parties. Si aucun accord ne peut être dégagé, il rend une décision.
3    La procédure devant l'office est gratuite; en cas de procédure abusive, la partie responsable peut être contrainte de prendre à sa charge tout ou partie des frais de procédure.
4    Les autorités de conciliation prévues par le code des obligations9 sont compétentes pour contrôler les frais accessoires.
LOG). Autrement dit, la volonté du législateur était bien de soumettre les loyers ayant bénéficié de l'arrêté de 1947 à un contrôle étatique. Cette compétence se lit au croisement de ces deux dispositions.

Au final, force est de constater que la volonté reconnaissable du législateur était bien d'instituer, au moins depuis l'entrée en vigueur de la LOG, un contrôle étatique sur les loyers des immeubles bénéficiant d'une aide fédérale au sens de l'arrêté de 1947 ; ce contrôle s'étend en tout cas jusqu'à ce que le prêt soit remboursé. L'arrêt du Tribunal fédéral 4P.21/1995 du 13 octobre 1995 consid. 2b rendu au sujet de l'intimée est obsolète sur ce point.

6.
Au vu de l'ensemble de ce qui précède, le recours doit être rejeté et les décisions incidentes attaquées doivent être confirmées.

7.

7.1 Vu l'issue de la cause, les frais de procédure, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, doivent être mis à la charge des recourants qui succombent (art. 63 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
PA et art. 1 al. 1 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le TAF [FITAF, RS 173.320.2]). L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière (art. 2 al. 1
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 2 Calcul de l'émolument judiciaire - 1 L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière. Les modes de calcul des frais prévus par des lois spéciales sont réservés.
1    L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière. Les modes de calcul des frais prévus par des lois spéciales sont réservés.
2    Le tribunal peut fixer un émolument judiciaire dépassant les montants maximaux visés aux art. 3 et 4, si des motifs particuliers le justifient, notamment une procédure téméraire ou nécessitant un travail exceptionnel.2
3    S'agissant de décisions relatives à des mesures provisionnelles, à la récusation, à la restitution d'un délai, à la révision ou à l'interprétation d'une décision, ainsi que de recours formés contre des décisions incidentes, les frais peuvent être revus à la baisse compte tenu du travail réduit qui en découle. Les montants minimaux mentionnés aux art. 3 et 4 doivent être respectés.
1ère phrase et 4 FITAF).

7.2 Au regard de la difficulté de l'affaire limitée à la seule question de la compétence (art. 2 al. 3
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 2 Calcul de l'émolument judiciaire - 1 L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière. Les modes de calcul des frais prévus par des lois spéciales sont réservés.
1    L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière. Les modes de calcul des frais prévus par des lois spéciales sont réservés.
2    Le tribunal peut fixer un émolument judiciaire dépassant les montants maximaux visés aux art. 3 et 4, si des motifs particuliers le justifient, notamment une procédure téméraire ou nécessitant un travail exceptionnel.2
3    S'agissant de décisions relatives à des mesures provisionnelles, à la récusation, à la restitution d'un délai, à la révision ou à l'interprétation d'une décision, ainsi que de recours formés contre des décisions incidentes, les frais peuvent être revus à la baisse compte tenu du travail réduit qui en découle. Les montants minimaux mentionnés aux art. 3 et 4 doivent être respectés.
FITAF) et de la jonction des causes (décision incidente du 24 mars 2017), le Tribunal estime justifié de ne tenir compte qu'une seule fois de la valeur litigieuse, à savoir les hausses de loyers (art. 51 al. 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 51 Calcul - 1 La valeur litigieuse est déterminée:
1    La valeur litigieuse est déterminée:
a  en cas de recours contre une décision finale, par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente;
b  en cas de recours contre une décision partielle, par l'ensemble des conclusions qui étaient litigieuses devant l'autorité qui a rendu cette décision;
c  en cas de recours contre une décision préjudicielle ou incidente, par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité compétente sur le fond;
d  en cas d'action, par les conclusions de la demande.
2    Si les conclusions ne tendent pas au paiement d'une somme d'argent déterminée, le Tribunal fédéral fixe la valeur litigieuse selon son appréciation.
3    Les intérêts, les fruits, les frais judiciaires et les dépens qui sont réclamés comme droits accessoires, les droits réservés et les frais de publication du jugement n'entrent pas en ligne de compte dans la détermination de la valeur litigieuse.
4    Les revenus et les prestations périodiques ont la valeur du capital qu'ils représentent. Si leur durée est indéterminée ou illimitée, le capital est formé par le montant annuel du revenu ou de la prestation, multiplié par vingt, ou, s'il s'agit de rentes viagères, par la valeur actuelle du capital correspondant à la rente.
LTF, applicable par analogie selon l'ATAF 2010/14 consid. 8.1.2), d'arrêter les frais de procédure à 2'700 francs.

En l'espèce, la recourante 1, d'une part, et les recourants 2 et 3, d'autre part, ont déposé chacun un acte de recours et ont chacun payé une avance sur les frais de procédure présumés de 2'700 francs. Par conséquent, il convient de mettre ces frais pour moitié à la charge de la recourante 1 et pour moitié à la charge des recourants 2 et 3, c'est-à-dire 1'350 francs pour chacun, et de compenser les frais avec leurs avances respectives. Finalement, la recourante 1 supportera 1'350 francs de frais et se verra remboursée de 1'350 francs sur son avance de frais de 2'700 francs ; les recourants 2 et 3 supporteront 1'350 francs de frais et se verront remboursés de 1'350 francs sur leur avance de frais de 2'700 francs.

8.

8.1 Les dépens comprennent les frais de représentation et les éventuels autres frais de la partie (art. 8 al. 1
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 8 Dépens - 1 Les dépens comprennent les frais de représentation et les éventuels autres frais de la partie.
1    Les dépens comprennent les frais de représentation et les éventuels autres frais de la partie.
2    Les frais non nécessaires ne sont pas indemnisés.
FITAF).

8.2 Les recourants, ayant succombé, n'ont droit à aucun dépens (art. 7 al. 1 a
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
contrario FITAF), tout comme l'autorité inférieure (art. 7 al. 3
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
FITAF).

L'intimée en revanche a droit à des dépens (art. 7 al. 1
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
FITAF). Celle-ci n'ayant pas produit de note d'honoraires, le Tribunal estime justifié d'arrêter ex aequo et bono le montant des dépens à 3'000 francs et de le mettre à la charge de la recourante 1, d'un côté, et des recourants 2 et 3, de l'autre côté, à parts égales et solidairement (art. 6a
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 6a Consorts - Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
par renvoi de l'art. 7 al. 5
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
FITAF).

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté et les décisions incidentes attaquées sont confirmées.

2.

2.1 Les frais de procédure de 2'700 francs sont mis à la charge de la recourante 1 pour 1'350 francs et des recourants 2 et 3 pour 1'350 francs.

2.2 Pour la recourante 1, ce montant de 1'350 francs est compensé avec l'avance de frais de 2'700 francs qu'elle a versée durant l'instruction. Le solde lui est restitué une fois le présent arrêt entré en force.

2.3 Pour les recourants 2 et 3, ce montant de 1'350 francs est compensé avec l'avance de frais de 2'700 francs qu'ils ont versée durant l'instruction. Le solde leur est restitué une fois le présent arrêt entré en force.

3.
Il est alloué un montant de 3'000 francs à titre de dépens à l'intimée, à la charge de la recourante 1, d'un côté, et des recourants 2 et 3, de l'autre côté, à parts égales et solidairement.

4.
Le présent arrêt est adressé :

- aux recourants (acte judiciaire ; annexe : formulaire « Adresse de paiement »)

- à l'intimée (acte judiciaire)

- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; acte judiciaire)

- au Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche DEFR (acte judiciaire)

(L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.)

Le président du collège : Le greffier :

Pietro Angeli-Busi Yann Grandjean

Indication des voies de droit :

La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
, 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
ss et 100 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1bis    Lorsqu'une procédure en matière civile a été menée en anglais devant l'autorité précédente, les mémoires peuvent être rédigés en anglais.15
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.16 17
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique18. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.19
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF).

Expédition : 11 septembre 2018