Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 797/2015

{T 0/2}

Arrêt du 2 septembre 2016

IIe Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Seiler, Président,
Zünd et Donzallaz.
Greffier : M. Dubey.

Participants à la procédure
X.________,
représenté par Me Alexandre Reil, avocat,
recourant,

contre

Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée,
intimée.

Objet
Taxation par voie d'estimation sur la valeur ajoutée (TVA); 1er trimestre 2010 au 4e trimestre 2011 et 1er trimestre 2007 au 4e trimestre 2009,

recours contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, Cour I, du 28 juillet 2015.

Faits :

A.
X.________ exploite une entreprise individuelle de ferblanterie et couverture. La raison individuelle est inscrite au registre du commerce du canton de Vaud et immatriculée au registre de la taxe sur la valeur ajoutée de l'Administration fédérale des contributions depuis le 1er janvier 2000.

En juillet 2012, X.________ a fait l'objet d'un contrôle pour les périodes fiscales du 1er trimestre 2007 au 4ème trimestre 2011. L'Administration fédérale des contributions a constaté qu'il ne tenait aucun livre de caisse ni inventaire, que des recettes encaissées au comptant n'avaient pas été comptabilisées ni déclarées et que la marge sur le prix de revient d'achat s'écartait des coefficients d'expérience pour la branche ferblanterie et couverture.

Le 11 septembre 2012, l'Administration fédérale des contributions a adressé deux notifications d'estimation de taxation de la taxe sur la valeur ajoutée, l'une pour la période fiscale du 1er janvier 2007 au 31 décembre 2009, arrêtant une correction de taxe sur la valeur ajoutée en sa faveur d'un montant de 14'860 fr. et l'autre pour la période fiscale du 1er janvier 2010 au 31 décembre 2011 arrêtant une correction de taxe sur la valeur ajoutée en sa faveur d'un montant de 9'626 fr.

Le 25 février 2014, l'Administration fédérale des contributions a rejeté les réclamations de X.________ dirigées contre les notifications d'estimation du 11 septembre 2012.

Le 28 mars 2014, X.________ a déposé un recours contre les deux décisions du 25 février 2014 de l'Administration fédérale des contributions.

Par arrêt du 28 juillet 2015, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours. Le principe de la taxation par estimation, l'estimation du chiffre d'affaires au moyen des coefficients d'expérience et les corrections de taxe étaient confirmés.

B.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X.________ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt rendu le 28 juillet 2015 par le Tribunal administratif fédéral en ce sens que la correction de taxe sur la valeur ajoutée en faveur de l'Administration fédérale des contributions est arrêtée à 3'103 fr. 20 pour la période du 1er janvier 2007 au 31 décembre 2009 et à 814 fr. 80 pour la période du 1er janvier 2010 au 31 décembre 2011, subsidiairement à 12'124 fr. pour la période du 1er janvier 2007 au 31 décembre 2009 et 7'754 fr. pour la période du 1er janvier 2010 au 31 décembre 2011.

L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours.

Considérant en droit :

1.
Dirigé par le contribuable directement touché par la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF) contre un jugement final (cf. art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) rendu dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF) par le Tribunal administratif fédéral (cf. art. 86 al. 1 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
LTF) qui ne tombe sous aucun des cas d'exceptions mentionnés à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF, le présent recours intitulé de manière erronée "de droit public" est en principe recevable comme recours en matière de droit public. Le recourant ne se prévaut pas de ce que la notification d'estimation ne constituait pas une décision attaquable par la voie de la réclamation (cf. ATF 140 II 202) et l'instance précédente a considéré, sans être contredite sur ce point par le recourant, qu'elle était saisie d'un recours "omisso medio". Il n'y a par conséquent pas lieu de corriger cette manière de procéder.

2.

2.1. La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. En vertu de l'art. 112 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 112 Application de l'ancien droit - 1 Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
1    Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
2    L'ancien droit est applicable aux prestations fournies avant l'entrée en vigueur de la présente loi ainsi qu'aux importations de biens pour lesquelles la dette au titre de l'impôt sur les importations est née avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    Les prestations fournies en partie avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément à l'ancien droit pour cette partie. Les prestations fournies en partie après l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément au nouveau droit pour cette partie.
LTVA, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. En l'espèce, le litige porte sur les périodes fiscales allant du 1er janvier 2005 au 31 décembre 2008 (1er trimestre 2005 au 4ème trimestre 2008). La période du 1er janvier 2007 au 31 décembre 2009 doit dès lors être examinée au regard des dispositions de la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aLTVA; RO 2000 1300 et les modifications ultérieures; en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009), tandis que celle du 1er janvier 2010 au 31 décembre 2011 est soumise aux dispositions de la loi fédérale du 12 juin 2009. Pour le surplus, les nouvelles règles de procédure s'appliquent dès leur entrée en vigueur aux causes encore pendantes (arrêt 2C 842/2014 du 17 février 2015 consid. 3.2 in Archives 84 233).

2.2. Dans le système de la taxe sur la valeur ajoutée prévaut le principe de l'auto-taxation : la taxation et le paiement de l'impôt sont en principe assurés par l'assujetti lui-même. Celui-ci doit décompter de manière spontanée vis-à-vis de l'Administration fédérale des contributions dans le délai légal prévu, et en la forme prescrite, l'impôt ainsi que l'impôt préalable (art. 46
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 46 Calcul de l'impôt et taux de l'impôt - Les art. 24 et 25 s'appliquent au calcul et aux taux de l'impôt.
aLTVA), respectivement la créance fiscale (art. 71 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 71 Remise du décompte - 1 L'assujetti est tenu de remettre spontanément le décompte de la créance fiscale à l'AFC, en la forme prescrite, dans les 60 jours qui suivent l'expiration de la période de décompte.
1    L'assujetti est tenu de remettre spontanément le décompte de la créance fiscale à l'AFC, en la forme prescrite, dans les 60 jours qui suivent l'expiration de la période de décompte.
2    Si l'assujettissement prend fin, le délai commence à courir à partir de ce moment.
LTVA). Il doit tenir ses livres comptables de manière à ce que tous les faits importants pour la détermination de l'assujettissement, le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable déductible puissent y être constatés aisément et de manière sûre (art. 58 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 58 Exceptions à l'obligation de payer un intérêt moratoire - Aucun intérêt moratoire n'est perçu dans les cas suivants:
a  la dette fiscale est garantie par un dépôt en espèces;
b  les biens mis en libre pratique (art. 48 LD103) ont été taxés provisoirement (art. 39 LD) et l'importateur était inscrit au registre des assujettis sur le territoire suisse au moment de l'acceptation de la déclaration en douane;
c  des biens taxés avec obligation de paiement conditionnelle (art. 49, 51, al. 2, let. b, 58 et 59 LD) ont été, moyennant apurement du régime douanier:
cbis  l'importateur de biens taxés avec obligation de paiement conditionnelle était inscrit au registre des assujettis sur le territoire suisse au moment de l'acceptation de la déclaration en douane;
c1  réexportés, ou
c2  placés sous un autre régime douanier (art. 47 LD);
d  ...
e  les biens sont taxés au moyen d'une déclaration collective périodique en vue de la procédure douanière (art. 42, al. 1, let. c, LD) ou après coup sur la base d'une procédure douanière simplifiée (art. 42, al. 2, LD) et l'importateur était inscrit au registre des assujettis sur le territoire suisse au moment de leur importation.
aLTVA et art. 70 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 70 Comptabilité et conservation des pièces - 1 L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
1    L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
2    L'assujetti doit conserver dûment ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents pertinents jusqu'à l'expiration de la prescription absolue de la créance fiscale (art. 42, al. 6). L'art. 958f du code des obligations117 est réservé.118
3    Les documents commerciaux nécessaires au calcul des prestations à soi-même ou du montant du dégrèvement ultérieur de l'impôt sur les biens immobiliers doivent être conservés pendant 20 ans (art. 31, al. 3, et 32, al. 2).
4    Le Conseil fédéral règle les conditions auxquelles les pièces nécessaires à l'exécution de l'impôt en vertu de la présente loi peuvent être transmises et conservées sans support papier.
LTVA).

2.3. Selon l'art. 60
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 60 Remboursement pour cause de réexportation - 1 Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
1    Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
a  les biens non modifiés sont réexportés sans avoir été préalablement remis à un tiers dans le cadre d'une livraison sur le territoire suisse et sans avoir été utilisés auparavant;
b  les biens ont été utilisés sur le territoire suisse mais sont réexportés en raison de l'annulation de la livraison; dans ce cas, le remboursement ne comprend ni l'impôt calculé sur la contre-prestation due pour l'utilisation des biens ou sur la perte de valeur subie du fait de leur utilisation, ni l'impôt sur le montant non remboursé des droits de douane à l'importation et des redevances dues en vertu de lois fédérales autres que douanières.
2    L'impôt est remboursé uniquement aux conditions suivantes:
a  la réexportation a lieu dans les cinq ans à compter de la fin de l'année civile pendant laquelle l'impôt a été perçu;
b  il est prouvé que le bien réexporté est celui qui avait été importé.
3    Dans certains cas, le remboursement peut dépendre d'une déclaration faite en bonne et due forme dans le pays étranger où le bien a été importé.
4    Les demandes de remboursement doivent être présentées lorsque les biens sont déclarés pour le régime de l'exportation. Les demandes de remboursement ultérieures peuvent être prises en considération si elles sont remises par écrit à l'OFDF dans les 60 jours qui suivent l'établissement du document d'exportation avec lequel les biens ont été taxés selon le régime de l'exportation (art. 61 LD108).
aLTVA, dont la teneur est la même que celle de l'art. 79 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA (arrêt 2C 1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2 in Archives 83 57 et RDAF 2015 II 171), si les documents comptables font défaut ou sont incomplets, ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'Administration fédérale procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.

L'Administration fédérale des contributions a le droit et le devoir de procéder à une estimation des chiffres d'affaires ainsi que de l'impôt et de l'impôt préalable dans le cadre de son pouvoir d'appréciation (appelée taxation par voie d'estimation) dans deux hypothèses : premièrement, lorsque la personne assujettie n'a pas observé son devoir d'enregistrer et de conserver les pièces ou lorsque les éléments nécessaires à la taxation ne ressortent pas de ses livres comptables et documents ou lorsque la comptabilité pour d'autres raisons (formelles) n'offre aucune garantie quant à sa véracité et deuxièmement lorsque les résultats découlant de la comptabilité même tenue correctement du point de vue formel ne correspondent manifestement pas à la réalité (arrêt 2C 1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2.2 in Archives 83 57 et RDAF 2015 II 171).

2.4. Lorsqu'elle procède à une estimation du chiffre d'affaires, l'autorité de taxation doit tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause; elle doit s'appuyer sur des données plausibles et aboutir à un résultat s'approchant le plus possible de la réalité, comme le prescrivent les art. 60
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 60 Remboursement pour cause de réexportation - 1 Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
1    Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
a  les biens non modifiés sont réexportés sans avoir été préalablement remis à un tiers dans le cadre d'une livraison sur le territoire suisse et sans avoir été utilisés auparavant;
b  les biens ont été utilisés sur le territoire suisse mais sont réexportés en raison de l'annulation de la livraison; dans ce cas, le remboursement ne comprend ni l'impôt calculé sur la contre-prestation due pour l'utilisation des biens ou sur la perte de valeur subie du fait de leur utilisation, ni l'impôt sur le montant non remboursé des droits de douane à l'importation et des redevances dues en vertu de lois fédérales autres que douanières.
2    L'impôt est remboursé uniquement aux conditions suivantes:
a  la réexportation a lieu dans les cinq ans à compter de la fin de l'année civile pendant laquelle l'impôt a été perçu;
b  il est prouvé que le bien réexporté est celui qui avait été importé.
3    Dans certains cas, le remboursement peut dépendre d'une déclaration faite en bonne et due forme dans le pays étranger où le bien a été importé.
4    Les demandes de remboursement doivent être présentées lorsque les biens sont déclarés pour le régime de l'exportation. Les demandes de remboursement ultérieures peuvent être prises en considération si elles sont remises par écrit à l'OFDF dans les 60 jours qui suivent l'établissement du document d'exportation avec lequel les biens ont été taxés selon le régime de l'exportation (art. 61 LD108).
aLTVA et 79 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA en exigeant que l'Administration fédérale procède " dans les limites de son pouvoir d'appréciation ". Elle doit tenir compte de toutes les circonstances dont elle a connaissance. En ce sens elle doit certes procéder à une estimation prudente, mais n'est cependant pas tenue, en cas de doute, de retenir les hypothèses les plus favorables à l'assujetti. Au contraire, il s'agit d'éviter que l'assujetti qui a rempli son devoir de collaboration ne soit tenu de payer des impôts plus élevés que celui dont un contrôle ultérieur de la comptabilité est impossible pour des motifs qui lui sont imputables. La violation de devoirs de procédure ne doit pas être récompensée (arrêt 2C 1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2.3 in Archives 83 57 et RDAF 2015 II 171).

2.5. Lorsque les conditions d'une taxation par voie d'estimation sont remplies, le Tribunal fédéral limite son pouvoir d'examen en ce qu'il n'intervient qu'en cas de fautes ou d'erreurs manifestes; c'est à la partie recourante qu'il revient de prouver le caractère manifestement inexact de l'estimation (arrêt 2C 1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2.5 in Archives 83 57 et RDAF 2015 II 171).

3.

3.1. C'est à bon droit que l'instance précédente a confirmé que les conditions pour procéder à une taxation par estimation étaient réunies en l'espèce. En effet, le recourant n'a jamais tenu, à la fin de chaque exercice comptable, de livres de caisse ni d'inventaires relatifs aux travaux en cours ou à ses stocks, ce qui constitue une violation de l'obligation de tenir ses livres comptables de manière à ce que tous les faits importants pour la détermination de l'assujettissement, le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable déductible puissent y être constatés aisément et de manière sûre (art. 58 al. 1 aLTVA; art. 70 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 70 Comptabilité et conservation des pièces - 1 L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
1    L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
2    L'assujetti doit conserver dûment ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents pertinents jusqu'à l'expiration de la prescription absolue de la créance fiscale (art. 42, al. 6). L'art. 958f du code des obligations117 est réservé.118
3    Les documents commerciaux nécessaires au calcul des prestations à soi-même ou du montant du dégrèvement ultérieur de l'impôt sur les biens immobiliers doivent être conservés pendant 20 ans (art. 31, al. 3, et 32, al. 2).
4    Le Conseil fédéral règle les conditions auxquelles les pièces nécessaires à l'exécution de l'impôt en vertu de la présente loi peuvent être transmises et conservées sans support papier.
LTVA).

3.2. Le recourant s'en prend à la méthode d'estimation confirmée par l'instance précédente. Au vu de la jurisprudence rappelée ci-dessus, c'est toutefois à tort qu'il est d'avis qu'une méthode plus avantageuse pour lui aurait dû être privilégiée. De même, il ne ressort pas de la jurisprudence que la procédure de taxation par estimation n'est autorisée par la loi que si les résultats comptables s'écartent "sensiblement" des résultats obtenus aux moyens des coefficients expérimentaux. Au demeurant, la taxation par estimation a été provoquée en l'espèce par le constat que la comptabilité du recourant n'était pas probante et non pas parce que, bien que formellement correcte, celle-ci s'écartait indûment de la réalité (cf. consid. 2.3 ci-dessus). Il n'y a dès lors pas lieu de procéder à la comparaison des coefficients comme le demande le recourant ni d'examiner si l'écart est sensible, ou non.

Enfin, le recourant fait référence au chiffre 9 de la réponse de l'autorité intimée du 14 avril 2014 adressée à l'instance précédente. Il fait valoir que cette dernière aurait admis que la différence annuelle du chiffre d'affaires devait s'élever à 48'000 fr. au lieu de 60'000 fr. Ce grief doit être écarté car il ne tient pas compte du contenu complet de l'écriture en cause. Il ressort de la réponse du 14 avril 2014 que la prise en compte des factures d'outillage réduirait certes la différence annuelle de chiffre d'affaires mais serait plus que compensée par l'application d'un coefficient expérimental ressortant d'un échantillon plus précis, demandé par le recourant lui-même, soit 66% au lieu de 65%, de sorte que la différence annuelle de chiffre d'affaires serait portée à 60'972 fr. au lieu de 60'000 fr.; l'autorité intimée a constaté dans sa réponse du 14 avril 2014 que cela représenterait moins de 80 fr. de TVA par année, de sorte qu'elle renonçait à demander une reformatio in pejus.

Au vu du contenu complet de la réponse du 14 avril 2014, admettre que les factures d'outillage doivent être prises en considération impliquerait de corriger simultanément le coefficient expérimental et procéder à une reformatio in pejus. Comme l'art. 107 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF ne permet pas au Tribunal fédéral d'aller au-delà des conclusions des parties, il y a lieu en l'espèce de confirmer le résultat de l'arrêt attaqué.

4.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, le recourant doit supporter les frais de justice (art. 66
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais de justice, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge du recourant.

3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée et au Tribunal administratif fédéral, Cour I

Lausanne, le 2 septembre 2016
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Seiler

Le Greffier : Dubey