Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C 278/2012
2C 279/2012

Urteil vom 1. Oktober 2012
II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Zünd, Präsident,
Bundesrichterin Aubry Girardin,
Bundesrichter Stadelmann,
Gerichtsschreiberin Genner.

Verfahrensbeteiligte
X.________ GmbH,
Beschwerdeführerin,

gegen

Steuerverwaltung des Kantons Thurgau.

Gegenstand
Direkte Bundessteuer 2009 sowie Staats- und Gemeindesteuern 2009,

Beschwerde gegen den Entscheid vom 25. Januar 2012 des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau.

Sachverhalt:

A.
Die X.________ GmbH mit Sitz in Wagenhausen (nachfolgend: Gesellschaft) wurde am 24. April 2009 in das Handelsregister des Kantons Thurgau eingetragen. Ihre Stammanteile werden von der einzigen Gesellschafterin und Geschäftsführerin Y.________ gehalten. Rückwirkend per 1. Januar 2009 übernahm die Gesellschaft von Y.________ das Geschäft deren bislang im Handelsregister eingetragenen, am 24. April 2009 gelöschten Einzelunternehmung, ohne die Geschäftsliegenschaft.

B.
Für die Steuerperiode 2009 deklarierte die Gesellschaft gemäss Erfolgsrechnung einen Reingewinn von Fr. 26'597.--, dem u.a. ein verbuchter Mietaufwand für die Geschäftsliegenschaft im Betrag von Fr. 30'660.-- zugrunde lag.
Am 8. März 2011 veranlagte die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau (nachfolgend: Steuerverwaltung) die Gesellschaft für die Steuerperiode 2009 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 59'562.--, wobei sie u.a. Fr. 16'260.-- für übersetzte Mietzinsen aufrechnete.
Die von der Gesellschaft gegen die Veranlagung erhobene Einsprache wies die Steuerverwaltung am 19. April 2011 ab, sowohl betreffend die direkte Bundessteuer wie auch betreffend die Staats- und Gemeindesteuern. Die gegen die Einspracheentscheide erhobenen Rechtsmittel, in welchen die Gesellschaft u.a. beantragte, auf die Aufrechnung von Fr. 16'260.-- für übersetzte Mietzinszahlungen sei zu verzichten, wies die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau am 26. September 2011 ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau bestätigte diese Entscheide auf Beschwerde hin mit Urteil vom 25. Januar 2012.

C.
Mit Beschwerde vom 23. März 2012 beantragt die Gesellschaft vor Bundesgericht, die Entscheide der Vorinstanzen seien aufzuheben, die Beschwerde sei gutzuheissen und der in Abzug gebrachte Mietzins sei zu akzeptieren, wobei aus der Begründung hervorgeht, dass sie die vollumfängliche Anerkennung des verbuchten Mietaufwands verlangt.
Die Steuerverwaltung, das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde.
Die Beschwerdeführerin lässt sich mit Replik vom 3. Juli 2012 vernehmen.

Erwägungen:

1.
1.1 Angefochten ist das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
BGG fällt und daher mit Beschwerde an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
BGG in Verbindung mit Art. 146
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 146 - Gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen kann nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005241 beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden. Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist auch die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer berechtigt.
des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] sowie Art. 73
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert; auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist grundsätzlich einzutreten. Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde, soweit damit auch die Entscheide der unteren Instanzen angefochten werden; diese sind durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gelten als inhaltlich mitangefochten (BGE 134 II 142 E. 1.4 S. 144).

1.2 Stehen sowohl die direkte Bundessteuer als auch die Kantons- und Gemeindesteuern zur Diskussion, so hat das Verwaltungsgericht grundsätzlich zwei Entscheidungen zu treffen, wobei beide im gleichen Akt ergehen können (vgl. BGE 135 II 260 E. 1.3.1 S. 262, auch zum Folgenden). Die steuerpflichtige Person hat ihrerseits grundsätzlich zwei Beschwerden an das Bundesgericht einzureichen, welche jedoch wiederum beide in der gleichen Rechtsschrift enthalten sein können, mit allfällig an die jeweilige Steuer angepassten Folgerungen.
Vorliegend hat die Beschwerdeführerin lediglich eine Beschwerde eingereicht, in welcher sie nicht zwischen der direkten Bundessteuer und den kantonalen Steuern unterscheidet und für beide Steuern die gleichen Folgerungen zieht. Das Bundesgericht tritt dennoch auf die Beschwerde ein, wurde doch die Vermischung durch den angefochtenen Entscheid verursacht, welcher seinerseits die beiden Steuern weder im Dispositiv noch in den Erwägungen auseinanderhält (vgl. BGE 135 II 260 E. 1.3.3 S. 264).
Das Bundesgericht hat - nachdem sowohl die Veranlagung der direkten Bundessteuer als auch diejenige der Staats- und Gemeindesteuern zur Diskussion steht - zwei Dossiers angelegt. Da beide Steuerarten auf demselben Sachverhalt beruhen und sich dieselben Rechtsfragen stellen, sind die beiden Verfahren zu vereinigen und die Beschwerde ist in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 71 - Wo dieses Gesetz keine besonderen Bestimmungen über das Verfahren enthält, sind die Vorschriften des BZP30 sinngemäss anwendbar.
BGG in Verbindung mit Art. 24
SR 273 Bundesgesetz vom 4. Dezember 1947 über den Bundeszivilprozess
BZP Art. 24 - 1 Mehrere Ansprüche des Klägers gegen denselben Beklagten können in der gleichen Klage geltend gemacht werden, wenn das Bundesgericht für jeden einzelnen Anspruch zuständig ist. Dieses Erfordernis gilt nicht für Nebenansprüche.
1    Mehrere Ansprüche des Klägers gegen denselben Beklagten können in der gleichen Klage geltend gemacht werden, wenn das Bundesgericht für jeden einzelnen Anspruch zuständig ist. Dieses Erfordernis gilt nicht für Nebenansprüche.
2    Mehrere Personen können in der gleichen Klage als Kläger auftreten oder als Beklagte belangt werden:
a  wenn sie mit Rücksicht auf den Streitgegenstand in Rechtsgemeinschaft stehen oder aus dem gleichen tatsächlichen und rechtlichen Grunde berechtigt oder verpflichtet sind. Der Richter kann einen Dritten, der in der Rechtsgemeinschaft steht, zum Streite beiladen. Der Beigeladene wird Partei.
b  wenn gleichartige, auf einem im Wesentlichen gleichartigen tatsächlichen und rechtlichen Grunde beruhende Ansprüche den Streitgegenstand bilden und die Zuständigkeit des Bundesgerichts für jeden einzelnen Anspruch begründet ist.
3    Der Richter kann jederzeit verbundene Klagen trennen, wenn er es für zweckmässig hält.
BZP; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis, vgl. auch Urteile 2C 47/2012 vom 28. Juni 2012 E. 1; 2C 1027/2011 vom 14. Juni 2012 E. 1).

1.3 Mit der Beschwerde kann namentlich eine Rechtsverletzung nach Art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
BGG).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinn von Art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
BGG beruht (Art. 105 Abs. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
BGG).
I. Direkte Bundessteuer

2.
2.1 Der steuerbare Reingewinn der juristischen Personen setzt sich gemäss Art. 58
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
DBG zusammen aus dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres (lit. a), allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden (lit. b) sowie den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne (lit. c). Zum steuerbaren Reingewinn gehören namentlich Zuwendungen der Gesellschaft an die Anteilsinhaber oder ihnen nahestehende Dritte, die einem Aussenstehenden nicht oder zumindest nicht im gleichen Masse gewährt würden. Solche geldwerte Leistungen sind nach der Rechtsprechung immer dann anzunehmen, wenn (a) die Gesellschaft keine oder keine gleichwertige Gegenleistung erhält, (b) der Aktionär direkt oder indirekt (z.B. über eine ihm nahestehende Person oder Unternehmung) einen Vorteil erhält, der einem Dritten unter gleichen Bedingungen nicht zugebilligt worden wäre, die Leistung also insofern ungewöhnlich ist, und (c) der Charakter dieser Leistung für die Gesellschaftsorgane erkennbar war (BGE 131 II 593 E. 5.1 S. 607;
Urteile 2C 265/2009 vom 1. September 2009 E. 2.1, in: StR 64/2009 S. 915; 2A.204/2006 vom 22. Juni 2007 E. 6, in: RtiD 2008 I pag. 946, je mit Hinweisen).
2.1.1 Bei den geldwerten Leistungen geht es um Zuwendungen an Inhaber von Kapitalanteilen oder an solche Nichtbeteiligte, die der Gesellschaft und/oder den Inhabern der gesellschaftlichen Beteiligungsrechte nahestehen. Solche Leistungen, die ihren Rechtsgrund im Beteiligungsverhältnis haben, sind beim steuerbaren Ertrag der Gesellschaft aufzurechnen, soweit sie einem unbeteiligten Dritten unter gleichen Umständen nicht oder nicht im gleichen Ausmass eingeräumt würden und auch keine Kapitalrückzahlung darstellen. Diese Regel des sog. Drittvergleichs (oder Prinzips des "dealing at arm's length") verlangt also, dass selbst Rechtsgeschäfte mit Beteiligungsinhabern zu den gleichen Bedingungen abzuwickeln sind, wie sie mit aussenstehenden Dritten zu Wettbewerbs- und Marktbedingungen vereinbart würden (vgl. insb. BGE 131 II 593 E. 5 S. 607 ff.; 119 Ib 116 E. 2 S. 119 f.; 119 Ib 431 E. 2b S. 435; 115 Ib 111 E. 5 S. 116 f., 274 E. 9b S. 279; 113 Ib 23 E. 2 S. 24 f.).
2.1.2 Im Bereich der geldwerten Leistungen gilt die Grundregel, dass die Steuerbehörde die Beweislast für steuerbegründende und -erhöhende Tatsachen trägt, die steuerpflichtige Gesellschaft dagegen diejenige für all das, was die Steuer aufhebt oder mindert. Der Behörde obliegt insbesondere der Nachweis dafür, dass die Gesellschaft eine Leistung erbracht hat und dieser keine oder keine angemessene Gegenleistung gegenübersteht. Hat die Behörde ein solches Missverhältnis zwischen Leistung und Gegenleistung dargetan, so ist es Sache der steuerpflichtigen Gesellschaft, die damit begründete Vermutung zu entkräften. Gelingt ihr dies nicht, trägt sie die Folgen der Beweislosigkeit (Urteil 2C 88/2011 vom 3. Oktober 2011 E. 2.1.2).

3.
Vorliegend steht fest, dass die Beschwerdeführerin ihrer einzigen Gesellschafterin und Geschäftsführerin für die Miete der Geschäftsliegenschaft, welche sich im Eigentum der Gesellschafterin befindet, im Jahr 2009 einen Jahresmietzins von Fr. 30'660.-- entrichtete. Umstritten ist, ob dieser Mietzins marktkonform ist oder ob er übersetzt ist und teilweise als geldwerte Leistung der Beschwerdeführerin an die Gesellschafterin qualifiziert werden muss.

3.1 Die Vorinstanz stützt sich in ihrem Entscheid auf die amtliche Grundstückschätzung vom 20. Dezember 2007. Mit Verweis auf den Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau geht sie davon aus, beim dannzumal geschätzten Mietwert von Fr. 14'400.-- handle es sich um den Marktmietwert. Bei dieser Jahresmiete resultiere in Bezug auf den geschätzten Realwert der Liegenschaft von Fr. 252'574.-- ein Bruttomietertrag von 5,7%. Dies entspreche angesichts der Referenzzinssätze im Jahr 2009 (3,5 bis 3,0%) einem marktüblichen Mietertrag. Aufgrund der erheblichen Differenz zwischen dem Mietwert gemäss amtlicher Schätzung (Fr. 14'400.--) und der deklarierten, der Gesellschafterin ausbezahlten Geschäftsmiete von Fr. 30'660.-- sei auf ein offensichtliches Missverhältnis zwischen Leistung und Gegenleistung und damit auf eine verdeckte Gewinnausschüttung zu schliessen. Daher hätte die Beschwerdeführerin den Gegenbeweis dafür erbringen müssen, dass nicht von einer verdeckten Gewinnausschüttung auszugehen sei.
Die Beschwerdeführerin hat demgegenüber vor der Vorinstanz eine von ihr in Auftrag gegebene Verkehrswertschätzung der Liegenschaft mit Stichtag 29. Oktober 2011 aufgelegt, wonach der Verkehrswert der Liegenschaft Fr. 440'000.-- beträgt und der Mietwert p.a. Fr. 31'960.--. Vor Bundesgericht rügt die Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe die Liegenschaft nicht marktgerecht bewertet. Zudem seien die Estrichfläche von 60 m2, der Lager- und Packraum von 52 m2 sowie die acht Aussenparkplätze von der Vorinstanz in willkürlicher Weise nicht berücksichtigt worden.

3.2 Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (BGE 138 I 49 E. 7.1 S. 51; 137 I 1 E. 2.4 S. 5).

3.3 Die von der Beschwerdeführerin aufgelegte Verkehrswertschätzung vom 29. Oktober 2011 weist eine Mietfläche von total 268 m2 aus. Die Vorinstanz äussert sich nicht zu den vermieteten bzw. vermietbaren Flächen, stellt jedoch nicht in Frage, dass die Beschwerdeführerin die ganze Liegenschaft nutzt. Die Steuerverwaltung berücksichtigt in ihrer Vernehmlassung nur Büroflächen von 52 m2 und Verkaufsflächen von 104 m2, insgesamt 156 m2. Die Vorinstanz legt nicht dar, ob oder warum der Mietzinsberechnung eine andere Quadratmeterfläche zugrunde zu legen sei als jene, welche die Beschwerdeführerin unter Bezugnahme auf das Gutachten angibt.
Bei Berücksichtigung der Gesamtfläche von 268 m2 ergibt sich gemäss Gutachten vom 29. Oktober 2011 ein durchschnittlicher Quadratmeterpreis von Fr. 119.25. Wird die Dachgeschossfläche von 60 m2, welche im Gutachten mit einem Mietwert von Fr. 1'800.-- angegeben ist, nicht berücksichtigt, so ergibt sich ein durchschnittlicher Quadratmeterpreis von Fr. 145.-- (Fr. 30'160.-- ./. 208 m2). Geht man dagegen vom Mietwert gemäss der amtlichen Schätzung vom 20. Dezember 2007 aus, resultiert ein Quadratmeterpreis von Fr. 53.75 bzw. Fr. 69.25 (ohne Dachgeschoss).

3.4 Die Vorinstanz verwirft die Verkehrswertschätzung vom 29. Oktober 2011 pauschal, ohne auf die (teilweise enormen) Divergenzen konkret einzugehen. Der angefochtene Entscheid enthält weder eine Erklärung zur Frage der abzugsberechtigten Mietfläche, noch begründet er die Abweichungen von den geltend gemachten Quadratmeterpreisen in nachvollziehbarer Weise. Auch durch den Umstand, dass der von der Beschwerdeführerin beauftragte Schätzer offensichtlich die fragliche Liegenschaft bereits im Jahr 2007 einmal geschätzt hatte, werden die Berechnungen der aufgelegten Verkehrswertschätzung nicht per se entkräftet. Schliesslich vermag die Vorinstanz die erheblichen Unterschiede der Kubikmeterpreise zwischen der Schätzung der Thurgauer Gebäudeversicherung vom 23. Oktober 2007 und der amtlichen Schätzung der Steuerverwaltung vom 20. Dezember 2007 nicht plausibel zu erklären.
Angesichts dieser Divergenzen ist der Schluss der Vorinstanz willkürlich, wonach die Beschwerdeführerin in für die Gesellschaftsorgane erkennbarer Weise ihrer Gesellschafterin einen überhöhten Mietzins bezahlt haben soll. Entgegen der Feststellung der Vorinstanz haben die Steuerbehörden nicht nachgewiesen, dass ein offensichtliches Missverhältnis zwischen der Mietpreiszahlung der Beschwerdeführerin und dem Mietwert der Liegenschaft bestand. Angesichts der Rechtslage, wonach die Aufrechnung einer geldwerten Leistung dann vorgenommen werden kann, wenn u.a. die Gesellschaft für ihre Leistung keine gleichwertige Gegenleistung erhält und insbesondere dieser Umstand für die Gesellschaftsorgane erkennbar war, hätten sich die Steuerbehörden mit der vorliegenden Verkehrswertschätzung detaillierter auseinandersetzen und aufzeigen müssen, inwiefern die dortigen Berechnungen falsch und auch für die Gesellschaftsorgane unmassgeblich sind. Mit einer Vermutung, eine Schätzung aus dem Jahr 2007 könnte erheblich tiefer gewesen sein, kommen sie auf jeden Fall diesen Anforderungen nicht nach.

3.5 Weil die Vorinstanz sich in willkürlicher Weise nicht mit den Vorbringen der Beschwerdeführerin zum Sachverhalt auseinandergesetzt hat, ist die Aufrechnung der fraglichen geldwerten Leistung bundesrechtswidrig; eine substituierte Begründung durch das Bundesgericht ist nicht möglich. Es obliegt der Vorinstanz abzuklären, welche Flächen der Liegenschaft als vermietet gelten können und welcher Quadratmeterpreis für die jeweiligen Flächen auf dem Markt im Jahr 2009 erzielt werden konnte. Gestützt darauf ist der anrechenbare Mietaufwand der Beschwerdeführerin neu festzusetzen und die direkte Bundessteuer 2009 zu berechnen.

3.6 Aus dem Gesagten ergibt sich, dass die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer 2009 gutzuheissen ist, soweit darauf einzutreten ist. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und die Sache ist zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
II. Kantons- und Gemeindesteuern

4.
4.1 Der steuerbare Reingewinn der juristischen Personen setzt sich gemäss § 76 des Thurgauer Gesetzes über die Staats- und Gemeindesteuern vom 14. September 1992 (Steuergesetz; RB 640.1) zusammen aus dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrags des Vorjahres (Ziff. 1), allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden (Ziff. 2), wie insbesondere offenen und verdeckten Gewinnausschüttungen und geschäftsmässig nicht begründeten Zuwendungen an Dritte (lit. e). Diese Bestimmungen entsprechen Art. 58 Abs. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
DBG bzw. Art. 24 Abs. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines - 1 Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.109
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.110 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.111
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.112
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.113 114
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.115
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.116
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
StHG. Das zum DBG Festgestellte gilt damit ebenfalls für die kantonalen Steuern.

4.2 Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 2009 ist damit ebenfalls gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und die Sache ist zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
III. Kosten und Entschädigung

5.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind dem Kanton Thurgau, der Vermögensinteressen verfolgt, aufzuerlegen (Art. 65 f
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 65 Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
1    Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
2    Die Gerichtsgebühr richtet sich nach Streitwert, Umfang und Schwierigkeit der Sache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien.
3    Sie beträgt in der Regel:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 200-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 200-100 000 Franken.
4    Sie beträgt 200-1000 Franken und wird nicht nach dem Streitwert bemessen in Streitigkeiten:
a  über Sozialversicherungsleistungen;
b  über Diskriminierungen auf Grund des Geschlechts;
c  aus einem Arbeitsverhältnis mit einem Streitwert bis zu 30 000 Franken;
d  nach den Artikeln 7 und 8 des Behindertengleichstellungsgesetzes vom 13. Dezember 200223.
5    Wenn besondere Gründe es rechtfertigen, kann das Bundesgericht bei der Bestimmung der Gerichtsgebühr über die Höchstbeträge hinausgehen, jedoch höchstens bis zum doppelten Betrag in den Fällen von Absatz 3 und bis zu 10 000 Franken in den Fällen von Absatz 4.
. BGG). Der nicht anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.
Die Verfahren 2C 278/2012 und 2C 279/2012 werden vereinigt.

2.
Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer (2C 278/2012) wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der angefochtene Entscheid wird aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.

3.
Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern (2C 279/2012) wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der angefochtene Entscheid wird aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.

4.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Kanton Thurgau auferlegt.

5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 1. Oktober 2012

Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts

Der Präsident: Zünd

Die Gerichtsschreiberin: Genner