Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C_620/2012

Arrêt du 14 février 2013
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Président,
Aubry Girardin et Kneubühler.
Greffière: Mme Beti.

Participants à la procédure
Administration fiscale cantonale genevoise, rue du Stand 26, 1204 Genève,
recourante,

contre

A.________,
représenté par Me Michel Bergmann, avocat,
intimé.

Objet
Impôt cantonal et communal 1999-2003,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, du 15 mai 2012.

Faits:

A.
A.________, né en 1957, célibataire sans enfants, travaille depuis 1982 pour la société B.________ à Genève. Pour les périodes fiscales 1999, 2000, 2001-B, 2002 et 2003, il a fait l'objet de taxations ordinaires dans le canton de Genève.
Par courrier du 30 juin 2004, l'Administration fiscale cantonale (ci-après l'Administration cantonale) a ouvert une procédure de rappel d'impôt contre A.________ pour les périodes fiscales 1999-2003 tant pour les impôts cantonal et communal (ci-après ICC) que pour l'impôt fédéral direct (ci-après IFD). Cette procédure était motivée par la découverte d'une activité d'accompagnateur et de moniteur de plongée qui ne pouvait être considérée comme un hobby, et de comptes bancaires qui n'avaient pas été déclarés.
Les bordereaux rectificatifs ont été notifiés au contribuable le 23 décembre 2004. L'Administration cantonale ayant maintenu les taxations dans ses décisions sur réclamation du 28 février 2005, deux procédures de recours ont été ouvertes, l'une auprès de la Commission cantonale de recours de l'impôt fédéral direct (ci-après la Commission IFD), l'autre auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôt (ci-après la Commission ICC), remplacée depuis le 1er janvier 2009 par la Commission cantonale de recours en matière administrative, et, depuis le 1er janvier 2011, par le Tribunal administratif de première instance (ci-après le TAPI).
La Commission IFD a rejeté le recours le 26 septembre 2007. Sur recours, le Tribunal administratif, devenu depuis le 1er janvier 2011 la Chambre administrative de la Cour de justice (ci-après la Cour de justice), a annulé la décision de la Commission IFD par arrêt du 8 juin 2010. Il a été retenu que l'organisation des croisières par le contribuable ne pouvait être qualifiée d'activité lucrative indépendante et que le produit de la vente de ses titres n'était pas imposable. L'Administration cantonale a renoncé à recourir contre cet arrêt.

B.
La procédure devant la Commission ICC, suspendue jusqu'à droit connu sur le recours relatif à l'IFD, a été reprise en septembre 2010. L'Administration cantonale, en se fondant sur des déclarations du contribuable lors de la comparution personnelle qui avait eu lieu dans le cadre de la procédure devant l'ancien Tribunal administratif, a conclu à une reformatio in pejus relative à la fortune non déclarée et aux revenus y relatifs.
Par jugement du 31 janvier 2011, le TAPI a annulé la décision sur réclamation du 28 février 2005 relative aux taxations ICC pour les années 1999-2003. En ce qui concerne l'imposition du revenu, le TAPI a retenu que les conclusions de l'arrêt du 8 juin 2010 relatif à l'IFD s'appliquaient également en matière d'ICC et admis le recours. En ce qui concerne l'imposition de la fortune du contribuable, il a en revanche considéré que la fortune imposable de ce dernier devait être augmentée de CHF 200'000.- pour les taxations ICC 1999, 2000 et 2001-B, de CHF 354'147.- pour celle de 2002, et de CHF 456'250.- pour celle de 2003.
L'Administration cantonale a recouru contre ce jugement. Elle demandait qu'une amende soit prononcée à l'encontre du contribuable, que l'état de sa fortune soit complété et que les reprises de revenu soient augmentées des revenus de la fortune mobilière non déclarée de A.________.
Par arrêt du 15 mai 2012, la Cour de justice a partiellement admis le recours de l'Administration cantonale, annulé le jugement du TAPI du 31 janvier 2011, renvoyé le dossier au TAPI afin qu'il statue sur la question de l'amende dans le sens des considérants, et renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour qu'elle établisse de nouveaux bordereaux rectificatifs dans le sens des considérants. Dans ces derniers, elle a notamment retenu qu'il y avait lieu de comptabiliser au titre de revenu du contribuable les rendements nets de sa fortune non déclarée, les rendements bruts ayant déjà fait l'objet d'un impôt anticipé, à savoir des rendements de CHF 461.66 en 1998, CHF 1'732.55 en 1999, CHF 2'045.53 en 2000, CHF 2'903.04 en 2001, CHF 3'027.50 en 2002 et CHF 568.83 en 2003.

C.
Par acte du 22 juin 2012, l'Administration cantonale dépose un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral à l'encontre de l'arrêt du 15 mai 2012. Elle conclut, sous suite de frais, à ce que l'arrêt attaqué soit annulé en tant qu'il n'impose les revenus de la fortune mobilière de A.________ qu'à concurrence de 65 %, soit sans tenir compte des 35 % d'impôt anticipé prélevés, à ce qu'il soit dit qu'il y a lieu de prendre en considération les rendements bruts de la fortune mobilière déclarée et non déclarée, à savoir CHF 1'874.30 pour la période fiscale 1999, CHF 3'510.85 pour celle de 2000, CHF 5'148.73 pour la période fiscale 2001-B, CHF 5'400.91 pour celle 2002 et CHF 1'471.84 pour celle de 2003, et à ce que l'arrêt attaqué soit confirmé pour le surplus.
L'intimé a répondu par acte du 4 septembre 2012. Il conclut au rejet du recours, sous suite de frais et dépens.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions se rallie aux conclusions formulées par l'Administration cantonale.

Considérant en droit:

1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (cf. art. 29 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 29 Prüfung - 1 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit von Amtes wegen.
1    Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit von Amtes wegen.
2    Bestehen Zweifel, ob das Bundesgericht oder eine andere Behörde zuständig ist, so führt das Gericht mit dieser Behörde einen Meinungsaustausch.
LTF). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 136 II 101 consid. 1 p. 103).

1.1 Le litige concerne une procédure de rappel d'impôt ouverte par l'Administration cantonale à l'encontre de l'intimé et porte désormais sur la détermination du revenu de ce dernier en matière d'ICC. L'imposition du revenu des personnes physiques relève du droit public et ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte sur la base de l'art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF. L'art. 73 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) confirme du reste expressément cette voie de droit, l'imposition du revenu étant une matière harmonisée (cf. art. 7 ss
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 7 Grundsatz - 1 Der Einkommenssteuer unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte, insbesondere solche aus unselbständiger und selbständiger Erwerbstätigkeit, aus Vermögensertrag, eingeschlossen die Eigennutzung von Grundstücken, aus Vorsorgeeinrichtungen sowie aus Leibrenten. Die vom Arbeitgeber getragenen Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung16, einschliesslich Umschulungskosten, stellen unabhängig von deren Höhe keine steuerbaren Einkünfte dar. Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Aktien, Anteilen an Gesellschaften mit beschränkter Haftung, Genossenschaftsanteilen und Partizipationsscheinen (einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen u. dgl.) sind im Umfang von 50 Prozent steuerbar, wenn diese Beteiligungsrechte mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft darstellen.17 Die Kantone können eine höhere Besteuerung vorsehen.18 19
1    Der Einkommenssteuer unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte, insbesondere solche aus unselbständiger und selbständiger Erwerbstätigkeit, aus Vermögensertrag, eingeschlossen die Eigennutzung von Grundstücken, aus Vorsorgeeinrichtungen sowie aus Leibrenten. Die vom Arbeitgeber getragenen Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung16, einschliesslich Umschulungskosten, stellen unabhängig von deren Höhe keine steuerbaren Einkünfte dar. Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Aktien, Anteilen an Gesellschaften mit beschränkter Haftung, Genossenschaftsanteilen und Partizipationsscheinen (einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen u. dgl.) sind im Umfang von 50 Prozent steuerbar, wenn diese Beteiligungsrechte mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft darstellen.17 Die Kantone können eine höhere Besteuerung vorsehen.18 19
1bis    Ein bei der Rückgabe von Beteiligungsrechten im Sinne von Artikel 4a des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 196520 über die Verrechnungssteuer an die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft erzielter Vermögensertrag gilt in dem Jahr als realisiert, in welchem die Verrechnungssteuerforderung entsteht (Art. 12 Abs. 1 und 1bis des BG vom 13. Okt. 1965 über die Verrechnungssteuer).21
1ter    Erträge aus rückkaufsfähigen Kapitalversicherungen mit Einmalprämie sind im Erlebensfall oder bei Rückkauf steuerbar, ausser wenn diese Kapitalversicherungen der Vorsorge dienen. Als der Vorsorge dienend gilt die Auszahlung der Versicherungsleistung ab dem vollendeten 60. Altersjahr des Versicherten auf Grund eines mindestens fünfjährigen Vertragsverhältnisses, das vor Vollendung des 66. Altersjahres begründet wurde. In diesem Fall ist die Leistung steuerfrei.22
2    Leibrenten sowie Einkünfte aus Verpfründung sind zu 40 Prozent steuerbar.23
3    Einkünfte aus Anteilen an kollektiven Kapitalanlagen gemäss Kollektivanlagengesetz vom 23. Juni 200624 (KAG) werden den Anlegern anteilsmässig zugerechnet; Einkünfte aus Anteilen an kollektiven Kapitalanlagen mit direktem Grundbesitz sind nur steuerbar, soweit die Gesamterträge die Erträge aus direktem Grundbesitz übersteigen.25
4    Steuerfrei sind nur:
a  der Erlös aus Bezugsrechten, sofern die Vermögensrechte zum Privatvermögen gehören;
b  Kapitalgewinne auf beweglichem Privatvermögen; vorbehalten bleibt Artikel 12 Absatz 2 Buchstaben a und d;
c  Vermögensanfall infolge Erbschaft, Vermächtnis, Schenkung oder güterrechtlicher Auseinandersetzung;
d  der Vermögensanfall aus rückkaufsfähiger privater Kapitalversicherung, ausgenommen aus Freizügigkeitspolicen. Absatz 1ter bleibt vorbehalten;
e  Kapitalzahlungen, die bei Stellenwechsel vom Arbeitgeber oder von Einrichtungen der beruflichen Vorsorge ausgerichtet werden, wenn sie der Empfänger innert Jahresfrist zum Einkauf in eine Einrichtung der beruflichen Vorsorge oder zum Erwerb einer Freizügigkeitspolice verwendet;
f  Unterstützungen aus öffentlichen oder privaten Mitteln;
g  Leistungen in Erfüllung familienrechtlicher Verpflichtungen, ausgenommen die vom geschiedenen, gerichtlich oder tatsächlich getrennt lebenden Ehegatten erhaltenen Unterhaltsbeiträge sowie die Unterhaltsbeiträge, die ein Elternteil für die unter seiner elterlichen Sorge stehenden Kinder erhält;
h  der Sold für Militär- und Schutzdienst sowie das Taschengeld für Zivildienst;
hbis  der Sold der Milizfeuerwehrleute bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten jährlichen Betrag für Dienstleistungen im Zusammenhang mit der Erfüllung der Kernaufgaben der Feuerwehr (Übungen, Pikettdienste, Kurse, Inspektionen und Ernstfalleinsätze zur Rettung, Brandbekämpfung, allgemeinen Schadenwehr, Elementarschadenbewältigung und dergleichen); ausgenommen sind Pauschalzulagen für Kader, Funktionszulagen sowie Entschädigungen für administrative Arbeiten und für Dienstleistungen, welche die Feuerwehr freiwillig erbringt;
i  Zahlungen von Genugtuungssummen;
k  Einkünfte aufgrund der Bundesgesetzgebung über Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung;
l  die Gewinne, die in Spielbanken mit Spielbankenspielen erzielt werden, die nach dem Geldspielgesetz vom 29. September 201730 (BGS) zugelassen sind, sofern diese Gewinne nicht aus selbstständiger Erwerbstätigkeit stammen;
lbis  die einzelnen Gewinne bis zu einem Betrag von 1 Million Franken oder zu einem nach kantonalem Recht bestimmten höheren Betrag aus der Teilnahme an Grossspielen, die nach dem BGS zugelassen sind, und aus der Online-Teilnahme an Spielbankenspielen, die nach dem BGS zugelassen sind;
lter  die Gewinne aus Kleinspielen, die nach dem BGS zugelassen sind;
m  die einzelnen Gewinne aus Lotterien und Geschicklichkeitsspielen zur Verkaufsförderung, die nach Artikel 1 Absatz 2 Buchstaben d und e BGS diesem nicht unterstehen, sofern die nach kantonalem Recht bestimmte Grenze nicht überschritten wird;
n  Einkünfte aufgrund des Bundesgesetzes vom 19. Juni 202035 über Überbrückungsleistungen für ältere Arbeitslose.
LHID).

1.2 Le présent litige concerne les périodes fiscales 1999 à 2003. Aux termes de l'art. 72 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 72 Anpassung der kantonalen Gesetzgebungen - 1 Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
1    Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
2    Nach ihrem Inkrafttreten finden die Bestimmungen dieses Gesetzes direkt Anwendung, wenn ihnen das kantonale Steuerrecht widerspricht. 223
3    Die Kantonsregierung erlässt die erforderlichen vorläufigen Vorschriften.
LHID, les cantons devaient adapter leur législation à la loi sur l'harmonisation fiscale dans les huit ans qui suivaient l'entrée en vigueur de cette loi, soit jusqu'au 1er janvier 2001, puisque la LHID est entrée en vigueur le 1er janvier 1993. Le canton de Genève a adapté sa législation avec effet au 1er janvier 2001. Il convient d'examiner l'incidence de ce changement de législation sur la qualité pour recourir de l'Administration cantonale.
1.2.1 La qualité pour recourir des collectivités publiques est visée en premier lieu par l'art. 89 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF. Selon cette disposition, ont en particulier qualité pour recourir les autorités auxquelles une loi fédérale accorde un droit de recours (cf. art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF). Aux termes de l'art. 73 al. 2
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
LHID, l'administration fiscale cantonale a le droit de recourir contre les décisions fondées sur le droit harmonisé (cf. art. 73 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
LHID). En application de cette disposition, l'Administration cantonale est par conséquent habilitée à recourir en ce qui concerne les périodes fiscales postérieures à la date à laquelle le canton de Genève a adapté sa législation à la LHID, soit en l'espèce les années 2001 à 2003 (cf. ATF 134 II 186 consid. 1.1 et 1.4 p. 188 ss; 134 II 124 consid. 2.3 et 2.6.3 p. 128 ss).
1.2.2 En revanche, la qualité pour recourir fondée sur l'art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF fait défaut à l'Administration cantonale en ce qui concerne les périodes fiscales antérieures au 1er janvier 2001. En effet, la qualité pour recourir prévue à l'art. 73 al. 2
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
LHID se rapporte exclusivement à la période postérieure à cette date (cf. ATF 134 II 124 consid. 2.5 et 2.6.3 p. 129 ss; 123 II 588 consid. 2d p. 592 s.). Par ailleurs, aucune autre disposition de droit fédéral n'accorde un droit de recours au canton en matière d'imposition du revenu. Reste à savoir si l'Administration cantonale peut recourir sur la base d'une autre disposition de la LTF.
1.2.3 Selon l'art. 89 al. 2 let. c
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF, la qualité pour recourir est par ailleurs reconnue aux collectivités publiques qui invoquent la violation de garanties constitutionnelles. Cette disposition s'applique avant tout aux communes qui ont qualité pour les plaindre d'une violation de leur autonomie (cf. ATF 131 I 91 consid. 1 p. 93). Un canton ne peut en revanche pas invoquer cette disposition pour attaquer une décision de son propre tribunal administratif (cf. ATF 133 II 400 consid. 2.4.1 p. 405 s.).
1.2.4 Il convient donc d'examiner dans quelle mesure l'Administration cantonale peut fonder sa qualité pour recourir sur l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF. En application de cette disposition, la qualité pour recourir peut être reconnue, de manière restrictive cependant, à une collectivité publique lorsqu'elle est touchée dans ses prérogatives de puissance publique et dispose d'un intérêt public propre digne de protection à l'annulation ou à la modification de l'acte attaqué (cf. ATF 136 I 265 consid. 1.4 p. 268 s.; 135 I 43 consid. 1.3 p. 46 s.). Dans les affaires fiscales, en particulier dans le domaine harmonisé des impôts directs, le législateur a déjà fait en sorte, en établissant la liste des autorités ayant qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF, que les collectivités puissent si nécessaire faire respecter leur point de vue par les voies de droit (cf. supra consid. 1.2.1). La qualité pour recourir de la collectivité publique fondée sur la clause générale de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF apparaît dans ces cas-là comme inutile et doit en règle générale être écartée (cf. ATF 136 II 274 consid. 4.2 p. 278 ss).
Au vu de ce qui précède, la qualité pour recourir fait défaut à l'Administration cantonale en ce qui concerne les périodes fiscales antérieures à la date à laquelle les cantons devaient adapter leur législation à la LHID. Le recours est par conséquent irrecevable en tant qu'il porte sur les périodes fiscales 1999 et 2000.

1.3 D'après l'art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
LTF, le recours est recevable contre les décisions finales, à savoir celles qui mettent fin à la procédure. En ce qui concerne les arrêts de renvoi, ils sont qualifiés de décisions incidentes contre lesquelles le recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral n'est ouvert qu'aux conditions des art. 92
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 92 Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und den Ausstand
1    Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren ist die Beschwerde zulässig.
2    Diese Entscheide können später nicht mehr angefochten werden.
et 93
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 93 Andere Vor- und Zwischenentscheide - 1 Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
1    Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
a  wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können; oder
b  wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde.
2    Auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und dem Gebiet des Asyls sind Vor- und Zwischenentscheide nicht anfechtbar.85 Vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Entscheide über die Auslieferungshaft sowie über die Beschlagnahme von Vermögenswerten und Wertgegenständen, sofern die Voraussetzungen von Absatz 1 erfüllt sind.
3    Ist die Beschwerde nach den Absätzen 1 und 2 nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, so sind die betreffenden Vor- und Zwischenentscheide durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken.
LTF. Toutefois lorsque l'autorité précédente à qui est renvoyée la cause ne dispose plus d'aucune marge d'appréciation et que le renvoi n'a pour objet plus que la mise en oeuvre d'un calcul exigé par l'autorité de recours, la décision équivaut à une décision finale (cf. ATF 134 II 124 consid. 1.3 p. 127 s.).
En l'espèce, la Cour de justice a renvoyé la cause au TAPI pour qu'il statue sur la question de l'amende et à l'Administration cantonale pour qu'elle établisse de nouveaux bordereaux rectificatifs en comptabilisant les rendements nets et non les rendements bruts de la fortune non déclarée du contribuable. Sur ce dernier point, l'arrêt attaqué constitue une décision partielle au sens de l'art. 91 al. 1 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 91 Teilentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen einen Entscheid, der:
a  nur einen Teil der gestellten Begehren behandelt, wenn diese Begehren unabhängig von den anderen beurteilt werden können;
b  das Verfahren nur für einen Teil der Streitgenossen und Streitgenossinnen abschliesst.
LTF, car son sort est indépendant de celui de l'amende pour soustraction fiscale, question que l'arrêt attaqué renvoie du reste à une autre autorité. L'Administration cantonale ne dispose plus d'aucune marge de man?uvre, puisqu'elle doit établir les nouveaux bordereaux rectificatifs selon la méthode de calcul décidée par la Cour de justice, soit sur la base du rendement net. Il s'agit donc, pour l'Administration cantonale, d'une décision finale partielle, contre laquelle elle peut recourir auprès du Tribunal fédéral.

1.4 Le recours est par ailleurs dirigé contre une décision rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
et al. 2 LTF). Il a en outre été déposé en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF) et dans les formes requises (art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF). Sous les réserves précitées, il convient donc d'entrer en matière.

2.
D'après l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Cependant, lorsque les dispositions de la LHID laissent une marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal est limité à l'arbitraire (cf. ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.), dont la violation doit être motivée conformément aux exigences accrues de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF.

3.
Le recours porte exclusivement sur la question de savoir si, dans le cadre d'une procédure de rappel d'impôt en matière d'ICC, les rendements de la fortune mobilière non déclarée du contribuable doivent être pris en compte à raison de leur montant brut ou net, à savoir avec ou sans prise en considération de l'impôt anticipé de 35 % retenu.

3.1 En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause (cf. arrêt 2A.209/2005 du 3 novembre 2005 consid. 3.2). Le rappel d'impôt relevant du droit matériel, le droit applicable obéit aux mêmes règles (cf. arrêt 2P.411/1998 du 31 janvier 2000 consid. 10a et 10d/aa).
En l'espèce, les périodes fiscales 2001 à 2003 sont soumises à la LHID ainsi qu'aux lois genevoises suivantes: loi sur l'imposition des personnes physiques - Objet de l'impôt - Assujettissement à l'impôt du 22 septembre 2000 (aLIPP-I; RS-GE D 3 11), loi sur l'imposition dans le temps des personnes physiques du 31 août 2000 (aLIPP-II; RS-GE D 3 12), loi sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur le revenu du 22 septembre 2000 (aLIPP-IV; RS-GE D 3 14) et loi sur l'imposition des personnes physiques - Détermination du revenu net - Calcul de l'impôt et rabais d'impôt - Compensation des effets de la progression à froid du 22 septembre 2000 (aLIPP-V; RS-GE D 3 16). Aux termes de l'art. 72 al. 1 de la loi genevoise sur l'imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 (LIPP; RS-GE D 3 08), la LIPP s'applique en effet pour la première fois pour la période fiscale 2010, les impôts relatifs aux périodes fiscales antérieures demeurant régis par les dispositions de l'ancien droit.

3.2 Aux termes de l'art. 7 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 7 Grundsatz - 1 Der Einkommenssteuer unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte, insbesondere solche aus unselbständiger und selbständiger Erwerbstätigkeit, aus Vermögensertrag, eingeschlossen die Eigennutzung von Grundstücken, aus Vorsorgeeinrichtungen sowie aus Leibrenten. Die vom Arbeitgeber getragenen Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung16, einschliesslich Umschulungskosten, stellen unabhängig von deren Höhe keine steuerbaren Einkünfte dar. Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Aktien, Anteilen an Gesellschaften mit beschränkter Haftung, Genossenschaftsanteilen und Partizipationsscheinen (einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen u. dgl.) sind im Umfang von 50 Prozent steuerbar, wenn diese Beteiligungsrechte mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft darstellen.17 Die Kantone können eine höhere Besteuerung vorsehen.18 19
1    Der Einkommenssteuer unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte, insbesondere solche aus unselbständiger und selbständiger Erwerbstätigkeit, aus Vermögensertrag, eingeschlossen die Eigennutzung von Grundstücken, aus Vorsorgeeinrichtungen sowie aus Leibrenten. Die vom Arbeitgeber getragenen Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung16, einschliesslich Umschulungskosten, stellen unabhängig von deren Höhe keine steuerbaren Einkünfte dar. Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Aktien, Anteilen an Gesellschaften mit beschränkter Haftung, Genossenschaftsanteilen und Partizipationsscheinen (einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen u. dgl.) sind im Umfang von 50 Prozent steuerbar, wenn diese Beteiligungsrechte mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft darstellen.17 Die Kantone können eine höhere Besteuerung vorsehen.18 19
1bis    Ein bei der Rückgabe von Beteiligungsrechten im Sinne von Artikel 4a des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 196520 über die Verrechnungssteuer an die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft erzielter Vermögensertrag gilt in dem Jahr als realisiert, in welchem die Verrechnungssteuerforderung entsteht (Art. 12 Abs. 1 und 1bis des BG vom 13. Okt. 1965 über die Verrechnungssteuer).21
1ter    Erträge aus rückkaufsfähigen Kapitalversicherungen mit Einmalprämie sind im Erlebensfall oder bei Rückkauf steuerbar, ausser wenn diese Kapitalversicherungen der Vorsorge dienen. Als der Vorsorge dienend gilt die Auszahlung der Versicherungsleistung ab dem vollendeten 60. Altersjahr des Versicherten auf Grund eines mindestens fünfjährigen Vertragsverhältnisses, das vor Vollendung des 66. Altersjahres begründet wurde. In diesem Fall ist die Leistung steuerfrei.22
2    Leibrenten sowie Einkünfte aus Verpfründung sind zu 40 Prozent steuerbar.23
3    Einkünfte aus Anteilen an kollektiven Kapitalanlagen gemäss Kollektivanlagengesetz vom 23. Juni 200624 (KAG) werden den Anlegern anteilsmässig zugerechnet; Einkünfte aus Anteilen an kollektiven Kapitalanlagen mit direktem Grundbesitz sind nur steuerbar, soweit die Gesamterträge die Erträge aus direktem Grundbesitz übersteigen.25
4    Steuerfrei sind nur:
a  der Erlös aus Bezugsrechten, sofern die Vermögensrechte zum Privatvermögen gehören;
b  Kapitalgewinne auf beweglichem Privatvermögen; vorbehalten bleibt Artikel 12 Absatz 2 Buchstaben a und d;
c  Vermögensanfall infolge Erbschaft, Vermächtnis, Schenkung oder güterrechtlicher Auseinandersetzung;
d  der Vermögensanfall aus rückkaufsfähiger privater Kapitalversicherung, ausgenommen aus Freizügigkeitspolicen. Absatz 1ter bleibt vorbehalten;
e  Kapitalzahlungen, die bei Stellenwechsel vom Arbeitgeber oder von Einrichtungen der beruflichen Vorsorge ausgerichtet werden, wenn sie der Empfänger innert Jahresfrist zum Einkauf in eine Einrichtung der beruflichen Vorsorge oder zum Erwerb einer Freizügigkeitspolice verwendet;
f  Unterstützungen aus öffentlichen oder privaten Mitteln;
g  Leistungen in Erfüllung familienrechtlicher Verpflichtungen, ausgenommen die vom geschiedenen, gerichtlich oder tatsächlich getrennt lebenden Ehegatten erhaltenen Unterhaltsbeiträge sowie die Unterhaltsbeiträge, die ein Elternteil für die unter seiner elterlichen Sorge stehenden Kinder erhält;
h  der Sold für Militär- und Schutzdienst sowie das Taschengeld für Zivildienst;
hbis  der Sold der Milizfeuerwehrleute bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten jährlichen Betrag für Dienstleistungen im Zusammenhang mit der Erfüllung der Kernaufgaben der Feuerwehr (Übungen, Pikettdienste, Kurse, Inspektionen und Ernstfalleinsätze zur Rettung, Brandbekämpfung, allgemeinen Schadenwehr, Elementarschadenbewältigung und dergleichen); ausgenommen sind Pauschalzulagen für Kader, Funktionszulagen sowie Entschädigungen für administrative Arbeiten und für Dienstleistungen, welche die Feuerwehr freiwillig erbringt;
i  Zahlungen von Genugtuungssummen;
k  Einkünfte aufgrund der Bundesgesetzgebung über Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung;
l  die Gewinne, die in Spielbanken mit Spielbankenspielen erzielt werden, die nach dem Geldspielgesetz vom 29. September 201730 (BGS) zugelassen sind, sofern diese Gewinne nicht aus selbstständiger Erwerbstätigkeit stammen;
lbis  die einzelnen Gewinne bis zu einem Betrag von 1 Million Franken oder zu einem nach kantonalem Recht bestimmten höheren Betrag aus der Teilnahme an Grossspielen, die nach dem BGS zugelassen sind, und aus der Online-Teilnahme an Spielbankenspielen, die nach dem BGS zugelassen sind;
lter  die Gewinne aus Kleinspielen, die nach dem BGS zugelassen sind;
m  die einzelnen Gewinne aus Lotterien und Geschicklichkeitsspielen zur Verkaufsförderung, die nach Artikel 1 Absatz 2 Buchstaben d und e BGS diesem nicht unterstehen, sofern die nach kantonalem Recht bestimmte Grenze nicht überschritten wird;
n  Einkünfte aufgrund des Bundesgesetzes vom 19. Juni 202035 über Überbrückungsleistungen für ältere Arbeitslose.
LHID, l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques, en particulier le produit d'une activité lucrative dépendante ou indépendante, le rendement de la fortune y compris la valeur locative de l'habitation du contribuable dans son propre immeuble, les prestations d'institutions de prévoyance professionnelle ainsi que les rentes viagères. Par ailleurs, les dépenses nécessaires à l'acquisition du revenu et les déductions générales sont défalquées de l'ensemble des revenus imposables (art. 9
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 9 Allgemeines - 1 Von den gesamten steuerbaren Einkünften werden die zu ihrer Erzielung notwendigen Aufwendungen und die allgemeinen Abzüge abgezogen. Für die notwendigen Kosten für Fahrten zwischen Wohn- und Arbeitsstätte kann ein Maximalbetrag festgesetzt werden.55
1    Von den gesamten steuerbaren Einkünften werden die zu ihrer Erzielung notwendigen Aufwendungen und die allgemeinen Abzüge abgezogen. Für die notwendigen Kosten für Fahrten zwischen Wohn- und Arbeitsstätte kann ein Maximalbetrag festgesetzt werden.55
2    Allgemeine Abzüge sind:
a  die privaten Schuldzinsen im Umfang des nach den Artikeln 7 und 7a steuerbaren Vermögensertrages und weiterer 50 000 Franken;
b  die dauernden Lasten sowie 40 Prozent der bezahlten Leibrenten;
c  die Unterhaltsbeiträge an den geschiedenen, gerichtlich oder tatsächlich getrenntlebenden Ehegatten sowie die Unterhaltsbeiträge an einen Elternteil für die unter dessen elterlichen Sorge stehenden Kinder, nicht jedoch Leistungen in Erfüllung anderer familienrechtlicher Unterhalts- oder Unterstützungspflichten;
d  die gemäss Gesetz, Statut oder Reglement geleisteten Einlagen, Prämien und Beiträge an die Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung und an Einrichtungen der beruflichen Vorsorge;
e  Einlagen, Prämien und Beiträge zum Erwerb von vertraglichen Ansprüchen aus anerkannten Formen der gebundenen Selbstvorsorge, bis zu einem bestimmten Betrag;
f  die Prämien und Beiträge für die Erwerbsersatzordnung, die Arbeitslosenversicherung und für die obligatorische Unfallversicherung;
g  die Einlagen, Prämien und Beiträge für die Lebens-, die Kranken- und die nicht unter Buchstabe f fallende Unfallversicherung sowie die Zinsen von Sparkapitalien des Steuerpflichtigen und der von ihm unterhaltenen Personen, bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten Betrag, der pauschaliert werden kann;
h  die Krankheits- und Unfallkosten des Steuerpflichtigen und der von ihm unterhaltenen Personen, soweit der Steuerpflichtige die Kosten selber trägt und diese einen vom kantonalen Recht bestimmten Selbstbehalt übersteigen;
hbis  die behinderungsbedingten Kosten des Steuerpflichtigen oder der von ihm unterhaltenen Personen mit Behinderungen im Sinne des Behindertengleichstellungsgesetzes vom 13. Dezember 200261, soweit der Steuerpflichtige die Kosten selber trägt;
i  die freiwilligen Leistungen von Geld und übrigen Vermögenswerten bis zu dem nach kantonalem Recht bestimmten Ausmass an juristische Personen mit Sitz in der Schweiz, die im Hinblick auf ihre öffentlichen oder gemeinnützigen Zwecke von der Steuerpflicht befreit sind (Art. 23 Abs. 1 Bst. f), sowie an Bund, Kantone, Gemeinden und deren Anstalten (Art. 23 Abs. 1 Bst. a-c);
k  ein Abzug vom Erwerbseinkommen, das ein Ehegatte unabhängig vom Beruf, Geschäft oder Gewerbe des andern Ehegatten erzielt, bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten Betrag; ein gleichartiger Abzug ist zulässig bei erheblicher Mitarbeit eines Ehegatten im Beruf, Geschäft oder Gewerbe des andern Ehegatten;
l  die Mitgliederbeiträge und Zuwendungen bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten Betrag an politische Parteien, die:
l1  im Parteienregister nach Artikel 76a des Bundesgesetzes vom 17. Dezember 197664 über die politischen Rechte eingetragen sind,
l2  in einem kantonalen Parlament vertreten sind, oder
l3  in einem Kanton bei den letzten Wahlen des kantonalen Parlaments mindestens 3 Prozent der Stimmen erreicht haben;
m  die nachgewiesenen Kosten, bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten Betrag, für die Drittbetreuung jedes Kindes, das das 14. Altersjahr noch nicht vollendet hat und mit der steuerpflichtigen Person, die für seinen Unterhalt sorgt, im gleichen Haushalt lebt, soweit diese Kosten in direktem kausalem Zusammenhang mit der Erwerbstätigkeit, Ausbildung oder Erwerbsunfähigkeit der steuerpflichtigen Person stehen;
n  die Einsatzkosten in der Höhe eines nach kantonalem Recht bestimmten Prozentbetrags der einzelnen Gewinne aus Geldspielen, welche nicht nach Artikel 7 Absatz 4 Buchstaben l-m steuerfrei sind; die Kantone können einen Höchstbetrag für den Abzug vorsehen;
o  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich der Umschulungskosten, bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten Betrag, sofern:
o1  ein erster Abschluss auf der Sekundarstufe II vorliegt, oder
o2  das 20. Lebensjahr vollendet ist und es sich nicht um die Ausbildungskosten bis zum ersten Abschluss auf der Sekundarstufe II handelt.
3    Bei Liegenschaften im Privatvermögen können die Unterhaltskosten, die Kosten der Instandstellung von neu erworbenen Liegenschaften, die Versicherungsprämien und die Kosten der Verwaltung durch Dritte abgezogen werden. Zudem können die Kantone Abzüge für Umweltschutz, Energiesparen und Denkmalpflege vorsehen. Bei den drei letztgenannten Abzügen gilt folgende Regelung:68
a  Bei den Investitionen, die dem Energiesparen und dem Umweltschutz dienen, bestimmt das Eidgenössische Finanzdepartement in Zusammenarbeit mit den Kantonen, welche Investitionen den Unterhaltskosten gleichgestellt werden können; den Unterhaltskosten gleichgestellt sind auch die Rückbaukosten im Hinblick auf den Ersatzneubau.
b  Die nicht durch Subventionen gedeckten Kosten denkmalpflegerischer Arbeiten sind abziehbar, sofern der Steuerpflichtige solche Massnahmen aufgrund gesetzlicher Vorschriften, im Einvernehmen mit den Behörden oder auf deren Anordnung hin vorgenommen hat.
3bis    Investitionen und Rückbaukosten im Hinblick auf einen Ersatzneubau nach Absatz 3 Buchstabe a sind in den zwei nachfolgenden Steuerperioden abziehbar, soweit sie in der laufenden Steuerperiode, in welcher die Aufwendungen angefallen sind, steuerlich nicht vollständig berücksichtigt werden können.70
4    Andere Abzüge sind nicht zulässig. Vorbehalten sind die Kinderabzüge und andere Sozialabzüge des kantonalen Rechts.
al. 1LHID). Les déductions générales admises sont énumérées exhaustivement à l'art. 9 al. 2
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 9 Allgemeines - 1 Von den gesamten steuerbaren Einkünften werden die zu ihrer Erzielung notwendigen Aufwendungen und die allgemeinen Abzüge abgezogen. Für die notwendigen Kosten für Fahrten zwischen Wohn- und Arbeitsstätte kann ein Maximalbetrag festgesetzt werden.55
1    Von den gesamten steuerbaren Einkünften werden die zu ihrer Erzielung notwendigen Aufwendungen und die allgemeinen Abzüge abgezogen. Für die notwendigen Kosten für Fahrten zwischen Wohn- und Arbeitsstätte kann ein Maximalbetrag festgesetzt werden.55
2    Allgemeine Abzüge sind:
a  die privaten Schuldzinsen im Umfang des nach den Artikeln 7 und 7a steuerbaren Vermögensertrages und weiterer 50 000 Franken;
b  die dauernden Lasten sowie 40 Prozent der bezahlten Leibrenten;
c  die Unterhaltsbeiträge an den geschiedenen, gerichtlich oder tatsächlich getrenntlebenden Ehegatten sowie die Unterhaltsbeiträge an einen Elternteil für die unter dessen elterlichen Sorge stehenden Kinder, nicht jedoch Leistungen in Erfüllung anderer familienrechtlicher Unterhalts- oder Unterstützungspflichten;
d  die gemäss Gesetz, Statut oder Reglement geleisteten Einlagen, Prämien und Beiträge an die Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung und an Einrichtungen der beruflichen Vorsorge;
e  Einlagen, Prämien und Beiträge zum Erwerb von vertraglichen Ansprüchen aus anerkannten Formen der gebundenen Selbstvorsorge, bis zu einem bestimmten Betrag;
f  die Prämien und Beiträge für die Erwerbsersatzordnung, die Arbeitslosenversicherung und für die obligatorische Unfallversicherung;
g  die Einlagen, Prämien und Beiträge für die Lebens-, die Kranken- und die nicht unter Buchstabe f fallende Unfallversicherung sowie die Zinsen von Sparkapitalien des Steuerpflichtigen und der von ihm unterhaltenen Personen, bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten Betrag, der pauschaliert werden kann;
h  die Krankheits- und Unfallkosten des Steuerpflichtigen und der von ihm unterhaltenen Personen, soweit der Steuerpflichtige die Kosten selber trägt und diese einen vom kantonalen Recht bestimmten Selbstbehalt übersteigen;
hbis  die behinderungsbedingten Kosten des Steuerpflichtigen oder der von ihm unterhaltenen Personen mit Behinderungen im Sinne des Behindertengleichstellungsgesetzes vom 13. Dezember 200261, soweit der Steuerpflichtige die Kosten selber trägt;
i  die freiwilligen Leistungen von Geld und übrigen Vermögenswerten bis zu dem nach kantonalem Recht bestimmten Ausmass an juristische Personen mit Sitz in der Schweiz, die im Hinblick auf ihre öffentlichen oder gemeinnützigen Zwecke von der Steuerpflicht befreit sind (Art. 23 Abs. 1 Bst. f), sowie an Bund, Kantone, Gemeinden und deren Anstalten (Art. 23 Abs. 1 Bst. a-c);
k  ein Abzug vom Erwerbseinkommen, das ein Ehegatte unabhängig vom Beruf, Geschäft oder Gewerbe des andern Ehegatten erzielt, bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten Betrag; ein gleichartiger Abzug ist zulässig bei erheblicher Mitarbeit eines Ehegatten im Beruf, Geschäft oder Gewerbe des andern Ehegatten;
l  die Mitgliederbeiträge und Zuwendungen bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten Betrag an politische Parteien, die:
l1  im Parteienregister nach Artikel 76a des Bundesgesetzes vom 17. Dezember 197664 über die politischen Rechte eingetragen sind,
l2  in einem kantonalen Parlament vertreten sind, oder
l3  in einem Kanton bei den letzten Wahlen des kantonalen Parlaments mindestens 3 Prozent der Stimmen erreicht haben;
m  die nachgewiesenen Kosten, bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten Betrag, für die Drittbetreuung jedes Kindes, das das 14. Altersjahr noch nicht vollendet hat und mit der steuerpflichtigen Person, die für seinen Unterhalt sorgt, im gleichen Haushalt lebt, soweit diese Kosten in direktem kausalem Zusammenhang mit der Erwerbstätigkeit, Ausbildung oder Erwerbsunfähigkeit der steuerpflichtigen Person stehen;
n  die Einsatzkosten in der Höhe eines nach kantonalem Recht bestimmten Prozentbetrags der einzelnen Gewinne aus Geldspielen, welche nicht nach Artikel 7 Absatz 4 Buchstaben l-m steuerfrei sind; die Kantone können einen Höchstbetrag für den Abzug vorsehen;
o  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich der Umschulungskosten, bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten Betrag, sofern:
o1  ein erster Abschluss auf der Sekundarstufe II vorliegt, oder
o2  das 20. Lebensjahr vollendet ist und es sich nicht um die Ausbildungskosten bis zum ersten Abschluss auf der Sekundarstufe II handelt.
3    Bei Liegenschaften im Privatvermögen können die Unterhaltskosten, die Kosten der Instandstellung von neu erworbenen Liegenschaften, die Versicherungsprämien und die Kosten der Verwaltung durch Dritte abgezogen werden. Zudem können die Kantone Abzüge für Umweltschutz, Energiesparen und Denkmalpflege vorsehen. Bei den drei letztgenannten Abzügen gilt folgende Regelung:68
a  Bei den Investitionen, die dem Energiesparen und dem Umweltschutz dienen, bestimmt das Eidgenössische Finanzdepartement in Zusammenarbeit mit den Kantonen, welche Investitionen den Unterhaltskosten gleichgestellt werden können; den Unterhaltskosten gleichgestellt sind auch die Rückbaukosten im Hinblick auf den Ersatzneubau.
b  Die nicht durch Subventionen gedeckten Kosten denkmalpflegerischer Arbeiten sind abziehbar, sofern der Steuerpflichtige solche Massnahmen aufgrund gesetzlicher Vorschriften, im Einvernehmen mit den Behörden oder auf deren Anordnung hin vorgenommen hat.
3bis    Investitionen und Rückbaukosten im Hinblick auf einen Ersatzneubau nach Absatz 3 Buchstabe a sind in den zwei nachfolgenden Steuerperioden abziehbar, soweit sie in der laufenden Steuerperiode, in welcher die Aufwendungen angefallen sind, steuerlich nicht vollständig berücksichtigt werden können.70
4    Andere Abzüge sind nicht zulässig. Vorbehalten sind die Kinderabzüge und andere Sozialabzüge des kantonalen Rechts.
LHID (cf. art. 9 al. 4
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 9 Allgemeines - 1 Von den gesamten steuerbaren Einkünften werden die zu ihrer Erzielung notwendigen Aufwendungen und die allgemeinen Abzüge abgezogen. Für die notwendigen Kosten für Fahrten zwischen Wohn- und Arbeitsstätte kann ein Maximalbetrag festgesetzt werden.55
1    Von den gesamten steuerbaren Einkünften werden die zu ihrer Erzielung notwendigen Aufwendungen und die allgemeinen Abzüge abgezogen. Für die notwendigen Kosten für Fahrten zwischen Wohn- und Arbeitsstätte kann ein Maximalbetrag festgesetzt werden.55
2    Allgemeine Abzüge sind:
a  die privaten Schuldzinsen im Umfang des nach den Artikeln 7 und 7a steuerbaren Vermögensertrages und weiterer 50 000 Franken;
b  die dauernden Lasten sowie 40 Prozent der bezahlten Leibrenten;
c  die Unterhaltsbeiträge an den geschiedenen, gerichtlich oder tatsächlich getrenntlebenden Ehegatten sowie die Unterhaltsbeiträge an einen Elternteil für die unter dessen elterlichen Sorge stehenden Kinder, nicht jedoch Leistungen in Erfüllung anderer familienrechtlicher Unterhalts- oder Unterstützungspflichten;
d  die gemäss Gesetz, Statut oder Reglement geleisteten Einlagen, Prämien und Beiträge an die Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung und an Einrichtungen der beruflichen Vorsorge;
e  Einlagen, Prämien und Beiträge zum Erwerb von vertraglichen Ansprüchen aus anerkannten Formen der gebundenen Selbstvorsorge, bis zu einem bestimmten Betrag;
f  die Prämien und Beiträge für die Erwerbsersatzordnung, die Arbeitslosenversicherung und für die obligatorische Unfallversicherung;
g  die Einlagen, Prämien und Beiträge für die Lebens-, die Kranken- und die nicht unter Buchstabe f fallende Unfallversicherung sowie die Zinsen von Sparkapitalien des Steuerpflichtigen und der von ihm unterhaltenen Personen, bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten Betrag, der pauschaliert werden kann;
h  die Krankheits- und Unfallkosten des Steuerpflichtigen und der von ihm unterhaltenen Personen, soweit der Steuerpflichtige die Kosten selber trägt und diese einen vom kantonalen Recht bestimmten Selbstbehalt übersteigen;
hbis  die behinderungsbedingten Kosten des Steuerpflichtigen oder der von ihm unterhaltenen Personen mit Behinderungen im Sinne des Behindertengleichstellungsgesetzes vom 13. Dezember 200261, soweit der Steuerpflichtige die Kosten selber trägt;
i  die freiwilligen Leistungen von Geld und übrigen Vermögenswerten bis zu dem nach kantonalem Recht bestimmten Ausmass an juristische Personen mit Sitz in der Schweiz, die im Hinblick auf ihre öffentlichen oder gemeinnützigen Zwecke von der Steuerpflicht befreit sind (Art. 23 Abs. 1 Bst. f), sowie an Bund, Kantone, Gemeinden und deren Anstalten (Art. 23 Abs. 1 Bst. a-c);
k  ein Abzug vom Erwerbseinkommen, das ein Ehegatte unabhängig vom Beruf, Geschäft oder Gewerbe des andern Ehegatten erzielt, bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten Betrag; ein gleichartiger Abzug ist zulässig bei erheblicher Mitarbeit eines Ehegatten im Beruf, Geschäft oder Gewerbe des andern Ehegatten;
l  die Mitgliederbeiträge und Zuwendungen bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten Betrag an politische Parteien, die:
l1  im Parteienregister nach Artikel 76a des Bundesgesetzes vom 17. Dezember 197664 über die politischen Rechte eingetragen sind,
l2  in einem kantonalen Parlament vertreten sind, oder
l3  in einem Kanton bei den letzten Wahlen des kantonalen Parlaments mindestens 3 Prozent der Stimmen erreicht haben;
m  die nachgewiesenen Kosten, bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten Betrag, für die Drittbetreuung jedes Kindes, das das 14. Altersjahr noch nicht vollendet hat und mit der steuerpflichtigen Person, die für seinen Unterhalt sorgt, im gleichen Haushalt lebt, soweit diese Kosten in direktem kausalem Zusammenhang mit der Erwerbstätigkeit, Ausbildung oder Erwerbsunfähigkeit der steuerpflichtigen Person stehen;
n  die Einsatzkosten in der Höhe eines nach kantonalem Recht bestimmten Prozentbetrags der einzelnen Gewinne aus Geldspielen, welche nicht nach Artikel 7 Absatz 4 Buchstaben l-m steuerfrei sind; die Kantone können einen Höchstbetrag für den Abzug vorsehen;
o  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich der Umschulungskosten, bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten Betrag, sofern:
o1  ein erster Abschluss auf der Sekundarstufe II vorliegt, oder
o2  das 20. Lebensjahr vollendet ist und es sich nicht um die Ausbildungskosten bis zum ersten Abschluss auf der Sekundarstufe II handelt.
3    Bei Liegenschaften im Privatvermögen können die Unterhaltskosten, die Kosten der Instandstellung von neu erworbenen Liegenschaften, die Versicherungsprämien und die Kosten der Verwaltung durch Dritte abgezogen werden. Zudem können die Kantone Abzüge für Umweltschutz, Energiesparen und Denkmalpflege vorsehen. Bei den drei letztgenannten Abzügen gilt folgende Regelung:68
a  Bei den Investitionen, die dem Energiesparen und dem Umweltschutz dienen, bestimmt das Eidgenössische Finanzdepartement in Zusammenarbeit mit den Kantonen, welche Investitionen den Unterhaltskosten gleichgestellt werden können; den Unterhaltskosten gleichgestellt sind auch die Rückbaukosten im Hinblick auf den Ersatzneubau.
b  Die nicht durch Subventionen gedeckten Kosten denkmalpflegerischer Arbeiten sind abziehbar, sofern der Steuerpflichtige solche Massnahmen aufgrund gesetzlicher Vorschriften, im Einvernehmen mit den Behörden oder auf deren Anordnung hin vorgenommen hat.
3bis    Investitionen und Rückbaukosten im Hinblick auf einen Ersatzneubau nach Absatz 3 Buchstabe a sind in den zwei nachfolgenden Steuerperioden abziehbar, soweit sie in der laufenden Steuerperiode, in welcher die Aufwendungen angefallen sind, steuerlich nicht vollständig berücksichtigt werden können.70
4    Andere Abzüge sind nicht zulässig. Vorbehalten sind die Kinderabzüge und andere Sozialabzüge des kantonalen Rechts.
LHID). La LHID ne définit en revanche pas ce qu'il faut entendre par le rendement de la fortune mobilière.
L'art. 1 aLIPP-IV prévoit que l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus, prestations et avantages du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques, en espèces ou en nature et quelle qu'en soit l'origine, avant déductions. Selon l'art. 6 al. 1 aLIPP-IV, est imposable le rendement de la fortune mobilière, en particulier les intérêts d'avoirs, créances, obligations, dépôts d'argent payés par le débiteur de la prestation (let. a). Les art. 2
SR 414.110.12 Übereinkunft vom 1./31. März 1909 zwischen dem Schweizerischen Bundesrat und dem zürcherischen Regierungsrat betreffend die Ausscheidung der gemeinsamen paläontologischen Sammlungsobjekte
Art. 2 - Alle übrigen Objekte der gemeinsamen paläontologischen Sammlungen gehen in das Eigentum des Polytechnikums über.
à 8
SR 414.110.12 Übereinkunft vom 1./31. März 1909 zwischen dem Schweizerischen Bundesrat und dem zürcherischen Regierungsrat betreffend die Ausscheidung der gemeinsamen paläontologischen Sammlungsobjekte
Art. 2 - Alle übrigen Objekte der gemeinsamen paläontologischen Sammlungen gehen in das Eigentum des Polytechnikums über.
aLIPP-V précisent les déductions qui peuvent être opérées. Selon l'art. 6 al. 3 aLIPP-V en particulier, sont déduits du revenu les frais effectifs d'administration de la fortune mobilière imposable, ainsi que les impôts à la source étrangers qui ne peuvent être ni remboursés ni imputés. Le droit cantonal applicable correspond ainsi à la LHID. Sauf à préciser que les intérêts d'avoirs, créances, obligations, dépôts d'argent payés par le débiteur de la prestation constituent des rendements de la fortune mobilière imposables, il ne donne pas plus de précisions que la LHID sur ce qu'il faut entendre par ce terme.

3.3 Lorsque la LHID est muette sur un sujet, son silence ne saurait, à lui seul, être compris comme conférant une marge d'autonomie aux cantons, en particulier lorsqu'il porte sur un point relevant d'un domaine dont l'harmonisation est expressément prévue par la Constitution fédérale (ATF 130 II 65 consid. 4.1 p. 70 s.). L'art. 129
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 129 Steuerharmonisierung - 1 Der Bund legt Grundsätze fest über die Harmonisierung der direkten Steuern von Bund, Kantonen und Gemeinden; er berücksichtigt die Harmonisierungsbestrebungen der Kantone.
1    Der Bund legt Grundsätze fest über die Harmonisierung der direkten Steuern von Bund, Kantonen und Gemeinden; er berücksichtigt die Harmonisierungsbestrebungen der Kantone.
2    Die Harmonisierung erstreckt sich auf Steuerpflicht, Gegenstand und zeitliche Bemessung der Steuern, Verfahrensrecht und Steuerstrafrecht. Von der Harmonisierung ausgenommen bleiben insbesondere die Steuertarife, die Steuersätze und die Steuerfreibeträge.
3    Der Bund kann Vorschriften gegen ungerechtfertigte steuerliche Vergünstigungen erlassen.
Cst. consacre le principe de l'harmonisation fiscale. Le constituant a prévu une harmonisation tant sur le plan horizontal (entre les cantons) que sur le plan vertical (entre la Confédération et les cantons; cf. ATF 130 II 65 consid. 5.2 p. 71 ss; arrêt 2C_809/2011 du 29 juillet 2012 consid. 2.2). Le respect de l'harmonisation verticale implique d'assurer une concordance entre les impôts directs de la Confédération et des cantons. La LIFD constitue ainsi un élément important dans l'interprétation du droit cantonal harmonisé. Il n'est en effet pas concevable que le même revenu soit imposé en droit fédéral selon des principes différents du droit cantonal (cf. arrêts 2C_545/2009 du 27 avril 2010 consid. 5.3; 2A.100/2005 du 20 septembre 2005 consid. 2.2).
Selon l'art. 16 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 16 - 1 Der Einkommenssteuer unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte.
1    Der Einkommenssteuer unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte.
2    Als Einkommen gelten auch Naturalbezüge jeder Art, insbesondere freie Verpflegung und Unterkunft sowie der Wert selbstverbrauchter Erzeugnisse und Waren des eigenen Betriebes; sie werden nach ihrem Marktwert bemessen.
3    Die Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen sind steuerfrei.
LIFD, l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques. Le rendement de la fortune mobilière est imposable, en particulier les intérêts d'avoirs (art. 20 al. 1 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 20 - 1 Steuerbar sind die Erträge aus beweglichem Vermögen, insbesondere:
1    Steuerbar sind die Erträge aus beweglichem Vermögen, insbesondere:
a  Zinsen aus Guthaben, einschliesslich ausbezahlter Erträge aus rückkaufsfähigen Kapitalversicherungen mit Einmalprämie im Erlebensfall oder bei Rückkauf, ausser wenn diese Kapitalversicherungen der Vorsorge dienen. Als der Vorsorge dienend gilt die Auszahlung der Versicherungsleistung ab dem vollendeten 60. Altersjahr des Versicherten auf Grund eines mindestens fünfjährigen Vertragsverhältnisses, das vor Vollendung des 66. Altersjahres begründet wurde. In diesem Fall ist die Leistung steuerfrei;
b  Einkünfte aus der Veräusserung oder Rückzahlung von Obligationen mit überwiegender Einmalverzinsung (globalverzinsliche Obligationen, Diskont-Obligationen), die dem Inhaber anfallen;
c  Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art (einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen u. dgl.). Ein bei der Rückgabe von Beteiligungsrechten im Sinne von Artikel 4a des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 196541 über die Verrechnungssteuer (VStG) an die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft erzielter Liquidationsüberschuss gilt in dem Jahre als realisiert, in welchem die Verrechnungssteuerforderung entsteht (Art. 12 Abs. 1 und 1bis VStG); Absatz 1bis bleibt vorbehalten;
d  Einkünfte aus Vermietung, Verpachtung, Nutzniessung oder sonstiger Nutzung beweglicher Sachen oder nutzbarer Rechte;
e  Einkünfte aus Anteilen an kollektiven Kapitalanlagen, soweit die Gesamterträge die Erträge aus direktem Grundbesitz übersteigen;
f  Einkünfte aus immateriellen Gütern.
1bis    Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Aktien, Anteilen an Gesellschaften mit beschränkter Haftung, Genossenschaftsanteilen und Partizipationsscheinen (einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen u. dgl.) sind im Umfang von 70 Prozent steuerbar, wenn diese Beteiligungsrechte mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft darstellen.43
2    Der Erlös aus Bezugsrechten gilt nicht als Vermögensertrag, sofern sie zum Privatvermögen des Steuerpflichtigen gehören.
3    Die Rückzahlung von Einlagen, Aufgeldern und Zuschüssen (Reserven aus Kapitaleinlagen), die von den Inhabern der Beteiligungsrechte nach dem 31. Dezember 1996 geleistet worden sind, wird gleich behandelt wie die Rückzahlung von Grund- oder Stammkapital. Absatz 4 bleibt vorbehalten.44
4    Schüttet eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, die an einer schweizerischen Börse kotiert ist, bei der Rückzahlung von Reserven aus Kapitaleinlagen nach Absatz 3 nicht mindestens im gleichen Umfang übrige Reserven aus, so ist die Rückzahlung im Umfang der halben Differenz zwischen der Rückzahlung und der Ausschüttung der übrigen Reserven steuerbar, höchstens aber im Umfang der in der Gesellschaft vorhandenen, handelsrechtlich ausschüttungsfähigen übrigen Reserven.45
5    Absatz 4 ist nicht anwendbar auf Reserven aus Kapitaleinlagen:
a  die bei fusionsähnlichen Zusammenschlüssen durch Einbringen von Beteiligungs- und Mitgliedschaftsrechten an einer ausländischen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft nach Artikel 61 Absatz 1 Buchstabe c oder durch eine grenzüberschreitende Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Artikel 61 Absatz 1 Buchstabe d nach dem 24. Februar 2008 entstanden sind;
b  die im Zeitpunkt einer grenzüberschreitenden Fusion oder Umstrukturierung nach Artikel 61 Absatz 1 Buchstabe b und Absatz 3 oder der Verlegung des Sitzes oder der tatsächlichen Verwaltung nach dem 24. Februar 2008 bereits in einer ausländischen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft vorhanden waren;
c  im Falle der Liquidation der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft.46
6    Die Absätze 4 und 5 gelten sinngemäss auch für Reserven aus Kapitaleinlagen, die für die Ausgabe von Gratisaktien oder für Gratisnennwerterhöhungen verwendet werden.47
7    Entspricht bei der Rückgabe von Beteiligungsrechten an einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, die an einer schweizerischen Börse kotiert ist, die Rückzahlung der Reserven aus Kapitaleinlagen nicht mindestens der Hälfte des erhaltenen Liquidationsüberschusses, so vermindert sich der steuerbare Anteil dieses Liquidationsüberschusses um die halbe Differenz zwischen diesem Anteil und der Rückzahlung, höchstens aber im Umfang der in der Gesellschaft vorhandenen Reserven aus Kapitaleinlagen, die auf diese Beteiligungsrechte entfallen.48
8    Absatz 3 gilt für Einlagen und Aufgelder, die während eines Kapitalbands nach den Artikeln 653s ff. des Obligationenrechts (OR)49 geleistet werden, nur soweit sie die Rückzahlungen von Reserven im Rahmen dieses Kapitalbands übersteigen.50
LIFD). Le revenu net se calcule en défalquant du total des revenus imposables les déductions générales et les frais admis par la loi (art. 25
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 25 - Zur Ermittlung des Reineinkommens werden von den gesamten steuerbaren Einkünften die Aufwendungen und allgemeinen Abzüge nach den Artikeln 26-33a abgezogen.
LIFD). Enfin, selon l'art. 32 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 32 - 1 Bei beweglichem Privatvermögen können die Kosten der Verwaltung durch Dritte und die weder rückforderbaren noch anrechenbaren ausländischen Quellensteuern abgezogen werden.
1    Bei beweglichem Privatvermögen können die Kosten der Verwaltung durch Dritte und die weder rückforderbaren noch anrechenbaren ausländischen Quellensteuern abgezogen werden.
2    Bei Liegenschaften im Privatvermögen können die Unterhaltskosten, die Kosten der Instandstellung von neu erworbenen Liegenschaften, die Versicherungsprämien und die Kosten der Verwaltung durch Dritte abgezogen werden.78 Das EFD bestimmt, welche Investitionen, die dem Energiesparen und dem Umweltschutz dienen, den Unterhaltskosten gleichgestellt werden können.79 Den Unterhaltskosten gleichgestellt sind auch die Rückbaukosten im Hinblick auf den Ersatzneubau.80
2bis    Investitionskosten nach Absatz 2 zweiter Satz und Rückbaukosten im Hinblick auf einen Ersatzneubau sind in den zwei nachfolgenden Steuerperioden abziehbar, soweit sie in der laufenden Steuerperiode, in welcher die Aufwendungen angefallen sind, steuerlich nicht vollständig berücksichtigt werden können.81
3    Abziehbar sind ferner die Kosten denkmalpflegerischer Arbeiten, die der Steuerpflichtige aufgrund gesetzlicher Vorschriften, im Einvernehmen mit den Behörden oder auf deren Anordnung hin vorgenommen hat, soweit diese Arbeiten nicht subventioniert sind.
4    Der Steuerpflichtige kann für Grundstücke des Privatvermögens anstelle der tatsächlichen Kosten und Prämien einen Pauschalabzug geltend machen. Der Bundesrat regelt diesen Pauschalabzug.
LIFD, le contribuable qui possède une fortune mobilière privée peut déduire les frais d'administration par des tiers et les impôts à la source étrangers qui ne peuvent être ni remboursés ni imputés. La LIFD contient ainsi des règles comparables à la LHID et au droit genevois, de sorte que l'on peut s'inspirer de leur interprétation dans l'application du droit cantonal harmonisé.

3.4 Le revenu n'est imposable que s'il est réalisé. Cette condition essentielle constitue le fait générateur de l'imposition du revenu (cf. XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4e éd. 2012, § 7 n° 12). La réalisation détermine le point d'entrée de l'avantage économique dans la sphère fiscale du contribuable. Tant que l'avantage économique n'est pas réalisé, il demeure une expectative non - encore - imposable (cf. YVES NOËL, in YERSIN/NOËL (ÉD.), Commentaire romand de la LIFD, 2008, n°s 27 et 28 ad art. 16
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 16 - 1 Der Einkommenssteuer unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte.
1    Der Einkommenssteuer unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte.
2    Als Einkommen gelten auch Naturalbezüge jeder Art, insbesondere freie Verpflegung und Unterkunft sowie der Wert selbstverbrauchter Erzeugnisse und Waren des eigenen Betriebes; sie werden nach ihrem Marktwert bemessen.
3    Die Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen sind steuerfrei.
LIFD). Selon la jurisprudence, un revenu est réalisé lorsqu'une prestation est faite au contribuable ou que ce dernier acquiert une prétention ferme sur laquelle il a effectivement un pouvoir de disposition. En règle générale, l'acquisition d'une prétention est déjà considérée comme un revenu dans la mesure où son exécution ne paraît pas incertaine. Ce n'est que si cette exécution paraît d'emblée peu probable que le moment de la perception réelle de la prestation est pris en considération (cf. ATF 113 Ib 23 consid. 2e p. 26; arrêts 2C_351/2010 du 6 juillet 2011 consid. 3; 2C_640/2010 du 11 décembre 2010 consid. 4.1). Le caractère certain de l'exécution de la prestation ne saurait en revanche dépendre de la seule volonté du
contribuable (cf. arrêt 2C_116/2010 du 21 juin 2010 consid. 2.3). Pour les revenus provenant d'un capital, il faut en principe se placer au moment où la prestation est échue (cf. arrêts 2C_94/2010 du 10 février 2011 consid. 3.1; 2A.114/2001 du 10 juillet 2001 consid. 3), soit le moment où le contribuable peut obtenir le remboursement de l'impôt anticipé en vertu de l'art. 21 al. 1 let. a
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 21 - 1 Ein nach den Artikeln 22-28 Berechtigter hat Anspruch auf Rückerstattung der ihm vom Schuldner abgezogenen Verrechnungssteuer:
1    Ein nach den Artikeln 22-28 Berechtigter hat Anspruch auf Rückerstattung der ihm vom Schuldner abgezogenen Verrechnungssteuer:
a  auf Kapitalerträgen: wenn er bei Fälligkeit der steuerbaren Leistung das Recht zur Nutzung des den steuerbaren Ertrag abwerfenden Vermögenswertes besass;
b  auf Gewinnen aus Geldspielen, die nicht nach Artikel 24 Buchstaben i-iter DBG72 steuerfrei sind, und aus Lotterien und Geschicklichkeitsspielen zur Verkaufsförderung, die nicht nach Artikel 24 Buchstabe j DBG steuerfrei sind: wenn er bei der Ziehung Eigentümer des Loses war oder gewinnberechtigter Teilnehmer ist.
2    Die Rückerstattung ist in allen Fällen unzulässig, in denen sie zu einer Steuerumgehung führen würde.
3    Wo besondere Verhältnisse es rechtfertigen (Börsengeschäfte u. dgl.), kann die Verordnung die Anspruchsberechtigung abweichend von Absatz 1 regeln.
de la loi fédérale sur l'impôt anticipé du 13 octobre 1965 (LIA; RS 642.21; cf. arrêt 2A.341/1993 du 6 novembre 1995 consid. 3b/bb).

3.5 L'impôt sur le revenu frappe le revenu net, après déduction des frais d'acquisition, des déductions générales et des déductions sociales (cf. NOËL, op. cit., n° 5 ad art. 25
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 25 - Zur Ermittlung des Reineinkommens werden von den gesamten steuerbaren Einkünften die Aufwendungen und allgemeinen Abzüge nach den Artikeln 26-33a abgezogen.
LIFD). Sont des frais d'acquisition du revenu les frais que le contribuable ne peut raisonnablement éviter et qui sont essentiellement occasionnés par la réalisation du revenu. En d'autres termes, il faut que la dépense soit économiquement nécessaire à l'obtention du revenu et que l'on ne puisse exiger du contribuable d'y renoncer (cf. ATF 124 II 29 consid. 3a p. 32; arrêt 477/2009 du 8 janvier 2010 consid. 3.2). Il s'agit de déduire de chaque catégorie de revenu brut les frais qui ont permis sa réalisation. Ces dépenses doivent donc être en lien de causalité directe avec l'acquisition du revenu concerné (cf. NOËL, op. cit., n° 10 ad art. 25
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 25 - Zur Ermittlung des Reineinkommens werden von den gesamten steuerbaren Einkünften die Aufwendungen und allgemeinen Abzüge nach den Artikeln 26-33a abgezogen.
LIFD).

3.6 En matière de rendement de la fortune mobilière, ce sont les intérêts bruts qui sont soumis à l'impôt sur le revenu dans la taxation ordinaire (cf. MARKUS REICH, in ZWEIFEL/ATHANAS, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2a, 2e éd. 2008, n° 13 ad art. 20
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 20 - 1 Steuerbar sind die Erträge aus beweglichem Vermögen, insbesondere:
1    Steuerbar sind die Erträge aus beweglichem Vermögen, insbesondere:
a  Zinsen aus Guthaben, einschliesslich ausbezahlter Erträge aus rückkaufsfähigen Kapitalversicherungen mit Einmalprämie im Erlebensfall oder bei Rückkauf, ausser wenn diese Kapitalversicherungen der Vorsorge dienen. Als der Vorsorge dienend gilt die Auszahlung der Versicherungsleistung ab dem vollendeten 60. Altersjahr des Versicherten auf Grund eines mindestens fünfjährigen Vertragsverhältnisses, das vor Vollendung des 66. Altersjahres begründet wurde. In diesem Fall ist die Leistung steuerfrei;
b  Einkünfte aus der Veräusserung oder Rückzahlung von Obligationen mit überwiegender Einmalverzinsung (globalverzinsliche Obligationen, Diskont-Obligationen), die dem Inhaber anfallen;
c  Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art (einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen u. dgl.). Ein bei der Rückgabe von Beteiligungsrechten im Sinne von Artikel 4a des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 196541 über die Verrechnungssteuer (VStG) an die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft erzielter Liquidationsüberschuss gilt in dem Jahre als realisiert, in welchem die Verrechnungssteuerforderung entsteht (Art. 12 Abs. 1 und 1bis VStG); Absatz 1bis bleibt vorbehalten;
d  Einkünfte aus Vermietung, Verpachtung, Nutzniessung oder sonstiger Nutzung beweglicher Sachen oder nutzbarer Rechte;
e  Einkünfte aus Anteilen an kollektiven Kapitalanlagen, soweit die Gesamterträge die Erträge aus direktem Grundbesitz übersteigen;
f  Einkünfte aus immateriellen Gütern.
1bis    Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Aktien, Anteilen an Gesellschaften mit beschränkter Haftung, Genossenschaftsanteilen und Partizipationsscheinen (einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen u. dgl.) sind im Umfang von 70 Prozent steuerbar, wenn diese Beteiligungsrechte mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft darstellen.43
2    Der Erlös aus Bezugsrechten gilt nicht als Vermögensertrag, sofern sie zum Privatvermögen des Steuerpflichtigen gehören.
3    Die Rückzahlung von Einlagen, Aufgeldern und Zuschüssen (Reserven aus Kapitaleinlagen), die von den Inhabern der Beteiligungsrechte nach dem 31. Dezember 1996 geleistet worden sind, wird gleich behandelt wie die Rückzahlung von Grund- oder Stammkapital. Absatz 4 bleibt vorbehalten.44
4    Schüttet eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, die an einer schweizerischen Börse kotiert ist, bei der Rückzahlung von Reserven aus Kapitaleinlagen nach Absatz 3 nicht mindestens im gleichen Umfang übrige Reserven aus, so ist die Rückzahlung im Umfang der halben Differenz zwischen der Rückzahlung und der Ausschüttung der übrigen Reserven steuerbar, höchstens aber im Umfang der in der Gesellschaft vorhandenen, handelsrechtlich ausschüttungsfähigen übrigen Reserven.45
5    Absatz 4 ist nicht anwendbar auf Reserven aus Kapitaleinlagen:
a  die bei fusionsähnlichen Zusammenschlüssen durch Einbringen von Beteiligungs- und Mitgliedschaftsrechten an einer ausländischen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft nach Artikel 61 Absatz 1 Buchstabe c oder durch eine grenzüberschreitende Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Artikel 61 Absatz 1 Buchstabe d nach dem 24. Februar 2008 entstanden sind;
b  die im Zeitpunkt einer grenzüberschreitenden Fusion oder Umstrukturierung nach Artikel 61 Absatz 1 Buchstabe b und Absatz 3 oder der Verlegung des Sitzes oder der tatsächlichen Verwaltung nach dem 24. Februar 2008 bereits in einer ausländischen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft vorhanden waren;
c  im Falle der Liquidation der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft.46
6    Die Absätze 4 und 5 gelten sinngemäss auch für Reserven aus Kapitaleinlagen, die für die Ausgabe von Gratisaktien oder für Gratisnennwerterhöhungen verwendet werden.47
7    Entspricht bei der Rückgabe von Beteiligungsrechten an einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, die an einer schweizerischen Börse kotiert ist, die Rückzahlung der Reserven aus Kapitaleinlagen nicht mindestens der Hälfte des erhaltenen Liquidationsüberschusses, so vermindert sich der steuerbare Anteil dieses Liquidationsüberschusses um die halbe Differenz zwischen diesem Anteil und der Rückzahlung, höchstens aber im Umfang der in der Gesellschaft vorhandenen Reserven aus Kapitaleinlagen, die auf diese Beteiligungsrechte entfallen.48
8    Absatz 3 gilt für Einlagen und Aufgelder, die während eines Kapitalbands nach den Artikeln 653s ff. des Obligationenrechts (OR)49 geleistet werden, nur soweit sie die Rückzahlungen von Reserven im Rahmen dieses Kapitalbands übersteigen.50
LIFD; FELIX RICHNER/WALTER FREI/ STEFAN KAUFMANN/ HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2e éd. 2009, n° 22 ad art. 20
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 20 - 1 Steuerbar sind die Erträge aus beweglichem Vermögen, insbesondere:
1    Steuerbar sind die Erträge aus beweglichem Vermögen, insbesondere:
a  Zinsen aus Guthaben, einschliesslich ausbezahlter Erträge aus rückkaufsfähigen Kapitalversicherungen mit Einmalprämie im Erlebensfall oder bei Rückkauf, ausser wenn diese Kapitalversicherungen der Vorsorge dienen. Als der Vorsorge dienend gilt die Auszahlung der Versicherungsleistung ab dem vollendeten 60. Altersjahr des Versicherten auf Grund eines mindestens fünfjährigen Vertragsverhältnisses, das vor Vollendung des 66. Altersjahres begründet wurde. In diesem Fall ist die Leistung steuerfrei;
b  Einkünfte aus der Veräusserung oder Rückzahlung von Obligationen mit überwiegender Einmalverzinsung (globalverzinsliche Obligationen, Diskont-Obligationen), die dem Inhaber anfallen;
c  Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art (einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen u. dgl.). Ein bei der Rückgabe von Beteiligungsrechten im Sinne von Artikel 4a des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 196541 über die Verrechnungssteuer (VStG) an die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft erzielter Liquidationsüberschuss gilt in dem Jahre als realisiert, in welchem die Verrechnungssteuerforderung entsteht (Art. 12 Abs. 1 und 1bis VStG); Absatz 1bis bleibt vorbehalten;
d  Einkünfte aus Vermietung, Verpachtung, Nutzniessung oder sonstiger Nutzung beweglicher Sachen oder nutzbarer Rechte;
e  Einkünfte aus Anteilen an kollektiven Kapitalanlagen, soweit die Gesamterträge die Erträge aus direktem Grundbesitz übersteigen;
f  Einkünfte aus immateriellen Gütern.
1bis    Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Aktien, Anteilen an Gesellschaften mit beschränkter Haftung, Genossenschaftsanteilen und Partizipationsscheinen (einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen u. dgl.) sind im Umfang von 70 Prozent steuerbar, wenn diese Beteiligungsrechte mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft darstellen.43
2    Der Erlös aus Bezugsrechten gilt nicht als Vermögensertrag, sofern sie zum Privatvermögen des Steuerpflichtigen gehören.
3    Die Rückzahlung von Einlagen, Aufgeldern und Zuschüssen (Reserven aus Kapitaleinlagen), die von den Inhabern der Beteiligungsrechte nach dem 31. Dezember 1996 geleistet worden sind, wird gleich behandelt wie die Rückzahlung von Grund- oder Stammkapital. Absatz 4 bleibt vorbehalten.44
4    Schüttet eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, die an einer schweizerischen Börse kotiert ist, bei der Rückzahlung von Reserven aus Kapitaleinlagen nach Absatz 3 nicht mindestens im gleichen Umfang übrige Reserven aus, so ist die Rückzahlung im Umfang der halben Differenz zwischen der Rückzahlung und der Ausschüttung der übrigen Reserven steuerbar, höchstens aber im Umfang der in der Gesellschaft vorhandenen, handelsrechtlich ausschüttungsfähigen übrigen Reserven.45
5    Absatz 4 ist nicht anwendbar auf Reserven aus Kapitaleinlagen:
a  die bei fusionsähnlichen Zusammenschlüssen durch Einbringen von Beteiligungs- und Mitgliedschaftsrechten an einer ausländischen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft nach Artikel 61 Absatz 1 Buchstabe c oder durch eine grenzüberschreitende Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Artikel 61 Absatz 1 Buchstabe d nach dem 24. Februar 2008 entstanden sind;
b  die im Zeitpunkt einer grenzüberschreitenden Fusion oder Umstrukturierung nach Artikel 61 Absatz 1 Buchstabe b und Absatz 3 oder der Verlegung des Sitzes oder der tatsächlichen Verwaltung nach dem 24. Februar 2008 bereits in einer ausländischen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft vorhanden waren;
c  im Falle der Liquidation der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft.46
6    Die Absätze 4 und 5 gelten sinngemäss auch für Reserven aus Kapitaleinlagen, die für die Ausgabe von Gratisaktien oder für Gratisnennwerterhöhungen verwendet werden.47
7    Entspricht bei der Rückgabe von Beteiligungsrechten an einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, die an einer schweizerischen Börse kotiert ist, die Rückzahlung der Reserven aus Kapitaleinlagen nicht mindestens der Hälfte des erhaltenen Liquidationsüberschusses, so vermindert sich der steuerbare Anteil dieses Liquidationsüberschusses um die halbe Differenz zwischen diesem Anteil und der Rückzahlung, höchstens aber im Umfang der in der Gesellschaft vorhandenen Reserven aus Kapitaleinlagen, die auf diese Beteiligungsrechte entfallen.48
8    Absatz 3 gilt für Einlagen und Aufgelder, die während eines Kapitalbands nach den Artikeln 653s ff. des Obligationenrechts (OR)49 geleistet werden, nur soweit sie die Rückzahlungen von Reserven im Rahmen dieses Kapitalbands übersteigen.50
LIFD). Seuls les impôts à la source étrangers qui ne peuvent être ni remboursés ni imputés peuvent être déduits (art. 6 al. 3 aLIPP-V et art. 32 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 32 - 1 Bei beweglichem Privatvermögen können die Kosten der Verwaltung durch Dritte und die weder rückforderbaren noch anrechenbaren ausländischen Quellensteuern abgezogen werden.
1    Bei beweglichem Privatvermögen können die Kosten der Verwaltung durch Dritte und die weder rückforderbaren noch anrechenbaren ausländischen Quellensteuern abgezogen werden.
2    Bei Liegenschaften im Privatvermögen können die Unterhaltskosten, die Kosten der Instandstellung von neu erworbenen Liegenschaften, die Versicherungsprämien und die Kosten der Verwaltung durch Dritte abgezogen werden.78 Das EFD bestimmt, welche Investitionen, die dem Energiesparen und dem Umweltschutz dienen, den Unterhaltskosten gleichgestellt werden können.79 Den Unterhaltskosten gleichgestellt sind auch die Rückbaukosten im Hinblick auf den Ersatzneubau.80
2bis    Investitionskosten nach Absatz 2 zweiter Satz und Rückbaukosten im Hinblick auf einen Ersatzneubau sind in den zwei nachfolgenden Steuerperioden abziehbar, soweit sie in der laufenden Steuerperiode, in welcher die Aufwendungen angefallen sind, steuerlich nicht vollständig berücksichtigt werden können.81
3    Abziehbar sind ferner die Kosten denkmalpflegerischer Arbeiten, die der Steuerpflichtige aufgrund gesetzlicher Vorschriften, im Einvernehmen mit den Behörden oder auf deren Anordnung hin vorgenommen hat, soweit diese Arbeiten nicht subventioniert sind.
4    Der Steuerpflichtige kann für Grundstücke des Privatvermögens anstelle der tatsächlichen Kosten und Prämien einen Pauschalabzug geltend machen. Der Bundesrat regelt diesen Pauschalabzug.
LIFD). En relation avec les impôts à la source étrangers, la doctrine relève que la déduction n'est pas inconditionnelle et qu'il appartient au contribuable de faire le nécessaire pour obtenir le remboursement ou l'imputation de l'impôt à la source étranger. A défaut, la déduction est perdue (cf. NICOLAS MERLINO, in YERSIN/NOËL (ÉD.), Commentaire romand de la LIFD, 2008, n° 7 ad art. 32
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 32 - 1 Bei beweglichem Privatvermögen können die Kosten der Verwaltung durch Dritte und die weder rückforderbaren noch anrechenbaren ausländischen Quellensteuern abgezogen werden.
1    Bei beweglichem Privatvermögen können die Kosten der Verwaltung durch Dritte und die weder rückforderbaren noch anrechenbaren ausländischen Quellensteuern abgezogen werden.
2    Bei Liegenschaften im Privatvermögen können die Unterhaltskosten, die Kosten der Instandstellung von neu erworbenen Liegenschaften, die Versicherungsprämien und die Kosten der Verwaltung durch Dritte abgezogen werden.78 Das EFD bestimmt, welche Investitionen, die dem Energiesparen und dem Umweltschutz dienen, den Unterhaltskosten gleichgestellt werden können.79 Den Unterhaltskosten gleichgestellt sind auch die Rückbaukosten im Hinblick auf den Ersatzneubau.80
2bis    Investitionskosten nach Absatz 2 zweiter Satz und Rückbaukosten im Hinblick auf einen Ersatzneubau sind in den zwei nachfolgenden Steuerperioden abziehbar, soweit sie in der laufenden Steuerperiode, in welcher die Aufwendungen angefallen sind, steuerlich nicht vollständig berücksichtigt werden können.81
3    Abziehbar sind ferner die Kosten denkmalpflegerischer Arbeiten, die der Steuerpflichtige aufgrund gesetzlicher Vorschriften, im Einvernehmen mit den Behörden oder auf deren Anordnung hin vorgenommen hat, soweit diese Arbeiten nicht subventioniert sind.
4    Der Steuerpflichtige kann für Grundstücke des Privatvermögens anstelle der tatsächlichen Kosten und Prämien einen Pauschalabzug geltend machen. Der Bundesrat regelt diesen Pauschalabzug.
LIFD; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, op. cit., n° 22 ad art. 32
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 32 - 1 Bei beweglichem Privatvermögen können die Kosten der Verwaltung durch Dritte und die weder rückforderbaren noch anrechenbaren ausländischen Quellensteuern abgezogen werden.
1    Bei beweglichem Privatvermögen können die Kosten der Verwaltung durch Dritte und die weder rückforderbaren noch anrechenbaren ausländischen Quellensteuern abgezogen werden.
2    Bei Liegenschaften im Privatvermögen können die Unterhaltskosten, die Kosten der Instandstellung von neu erworbenen Liegenschaften, die Versicherungsprämien und die Kosten der Verwaltung durch Dritte abgezogen werden.78 Das EFD bestimmt, welche Investitionen, die dem Energiesparen und dem Umweltschutz dienen, den Unterhaltskosten gleichgestellt werden können.79 Den Unterhaltskosten gleichgestellt sind auch die Rückbaukosten im Hinblick auf den Ersatzneubau.80
2bis    Investitionskosten nach Absatz 2 zweiter Satz und Rückbaukosten im Hinblick auf einen Ersatzneubau sind in den zwei nachfolgenden Steuerperioden abziehbar, soweit sie in der laufenden Steuerperiode, in welcher die Aufwendungen angefallen sind, steuerlich nicht vollständig berücksichtigt werden können.81
3    Abziehbar sind ferner die Kosten denkmalpflegerischer Arbeiten, die der Steuerpflichtige aufgrund gesetzlicher Vorschriften, im Einvernehmen mit den Behörden oder auf deren Anordnung hin vorgenommen hat, soweit diese Arbeiten nicht subventioniert sind.
4    Der Steuerpflichtige kann für Grundstücke des Privatvermögens anstelle der tatsächlichen Kosten und Prämien einen Pauschalabzug geltend machen. Der Bundesrat regelt diesen Pauschalabzug.
LIFD; BERNHARD ZWAHLEN, in ZWEIFEL/ATHANAS, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2a, 2e éd. 2008, n° 6 ad art. 32
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 32 - 1 Bei beweglichem Privatvermögen können die Kosten der Verwaltung durch Dritte und die weder rückforderbaren noch anrechenbaren ausländischen Quellensteuern abgezogen werden.
1    Bei beweglichem Privatvermögen können die Kosten der Verwaltung durch Dritte und die weder rückforderbaren noch anrechenbaren ausländischen Quellensteuern abgezogen werden.
2    Bei Liegenschaften im Privatvermögen können die Unterhaltskosten, die Kosten der Instandstellung von neu erworbenen Liegenschaften, die Versicherungsprämien und die Kosten der Verwaltung durch Dritte abgezogen werden.78 Das EFD bestimmt, welche Investitionen, die dem Energiesparen und dem Umweltschutz dienen, den Unterhaltskosten gleichgestellt werden können.79 Den Unterhaltskosten gleichgestellt sind auch die Rückbaukosten im Hinblick auf den Ersatzneubau.80
2bis    Investitionskosten nach Absatz 2 zweiter Satz und Rückbaukosten im Hinblick auf einen Ersatzneubau sind in den zwei nachfolgenden Steuerperioden abziehbar, soweit sie in der laufenden Steuerperiode, in welcher die Aufwendungen angefallen sind, steuerlich nicht vollständig berücksichtigt werden können.81
3    Abziehbar sind ferner die Kosten denkmalpflegerischer Arbeiten, die der Steuerpflichtige aufgrund gesetzlicher Vorschriften, im Einvernehmen mit den Behörden oder auf deren Anordnung hin vorgenommen hat, soweit diese Arbeiten nicht subventioniert sind.
4    Der Steuerpflichtige kann für Grundstücke des Privatvermögens anstelle der tatsächlichen Kosten und Prämien einen Pauschalabzug geltend machen. Der Bundesrat regelt diesen Pauschalabzug.
LIFD).
Aucune réglementation expresse n'est en revanche prévue ni en droit genevois, ni dans la LHID ou la LIFD, en ce qui concerne l'éventuelle déduction, dans une procédure de rappel d'impôt, de l'impôt anticipé de droit suisse qui n'a pas été remboursé.

3.7 La Confédération perçoit un impôt anticipé sur les revenus de capitaux mobiliers (art. 132 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 132 Stempelsteuer und Verrechnungssteuer - 1 Der Bund kann auf Wertpapieren, auf Quittungen von Versicherungsprämien und auf anderen Urkunden des Handelsverkehrs eine Stempelsteuer erheben; ausgenommen von der Stempelsteuer sind Urkunden des Grundstück- und Grundpfandverkehrs.
1    Der Bund kann auf Wertpapieren, auf Quittungen von Versicherungsprämien und auf anderen Urkunden des Handelsverkehrs eine Stempelsteuer erheben; ausgenommen von der Stempelsteuer sind Urkunden des Grundstück- und Grundpfandverkehrs.
2    Der Bund kann auf dem Ertrag von beweglichem Kapitalvermögen, auf Lotteriegewinnen und auf Versicherungsleistungen eine Verrechnungssteuer erheben. Vom Steuerertrag fallen 10 Prozent den Kantonen zu.114
Cst.; art. 1 al. 1
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 1 - 1 Der Bund erhebt eine Verrechnungssteuer auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens, auf Gewinnen aus Geldspielen im Sinne des Geldspielgesetzes vom 29. September 20175 (BGS), auf Gewinnen aus Lotterien und Geschicklichkeitsspielen zur Verkaufsförderung, die nach Artikel 1 Absatz 2 Buchstaben d und e BGS diesem nicht unterstehen, und auf Versicherungsleistungen; wo es das Gesetz vorsieht, tritt anstelle der Steuerentrichtung die Meldung der steuerbaren Leistung.6
1    Der Bund erhebt eine Verrechnungssteuer auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens, auf Gewinnen aus Geldspielen im Sinne des Geldspielgesetzes vom 29. September 20175 (BGS), auf Gewinnen aus Lotterien und Geschicklichkeitsspielen zur Verkaufsförderung, die nach Artikel 1 Absatz 2 Buchstaben d und e BGS diesem nicht unterstehen, und auf Versicherungsleistungen; wo es das Gesetz vorsieht, tritt anstelle der Steuerentrichtung die Meldung der steuerbaren Leistung.6
2    Die Verrechnungssteuer wird dem Empfänger der um die Steuer gekürzten Leistung nach Massgabe dieses Gesetzes vom Bund oder vom Kanton zu Lasten des Bundes zurückerstattet.
LIA). L'obligation fiscale incombe au débiteur de la prestation imposable (art. 10 al. 1
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 10 - 1 Steuerpflichtig ist der Schuldner der steuerbaren Leistung.
1    Steuerpflichtig ist der Schuldner der steuerbaren Leistung.
2    Bei kollektiven Kapitalanlagen gemäss KAG47 sind die Fondsleitung, die Investmentgesellschaft mit variablem Kapital, die Investmentgesellschaft mit festem Kapital und die Kommanditgesellschaft steuerpflichtig. Haben eine Mehrheit der unbeschränkt haftenden Gesellschafter einer Kommanditgesellschaft für kollektive Kapitalanlagen ihren Wohnsitz im Ausland oder handelt es sich bei den unbeschränkt haftenden Gesellschaftern um juristische Personen, an denen eine Mehrheit von Personen mit Wohnsitz oder Sitz im Ausland beteiligt sind, haftet die Depotbank der Kommanditgesellschaft solidarisch für die Steuer auf den ausbezahlten Erträgen.48
LIA). Pour les revenus de capitaux mobiliers, la créance fiscale prend naissance au moment où échoit la prestation imposable (art. 12 al. 1
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 12 - 1 Bei Kapitalerträgen und bei Gewinnen aus Geldspielen, die nicht nach Artikel 24 Buchstaben i-iter DBG52 steuerfrei sind, sowie bei Gewinnen aus Lotterien und Geschicklichkeitsspielen zur Verkaufsförderung, die nicht nach Artikel 24 Buchstabe j DBG steuerfrei sind, entsteht die Steuerforderung im Zeitpunkt, in dem die steuerbare Leistung fällig wird.53 Werden Zinsen kapitalisiert oder wird eine Sitzverlegung ins Ausland (Art. 4 Abs. 2) beschlossen, so bewirkt dies die Entstehung der Steuerforderung.
1    Bei Kapitalerträgen und bei Gewinnen aus Geldspielen, die nicht nach Artikel 24 Buchstaben i-iter DBG52 steuerfrei sind, sowie bei Gewinnen aus Lotterien und Geschicklichkeitsspielen zur Verkaufsförderung, die nicht nach Artikel 24 Buchstabe j DBG steuerfrei sind, entsteht die Steuerforderung im Zeitpunkt, in dem die steuerbare Leistung fällig wird.53 Werden Zinsen kapitalisiert oder wird eine Sitzverlegung ins Ausland (Art. 4 Abs. 2) beschlossen, so bewirkt dies die Entstehung der Steuerforderung.
1bis    Im Falle des Erwerbs eigener Beteiligungsrechte nach Artikel 4a Absatz 2 entsteht die Steuerforderung mit Ablauf der dort geregelten Frist.54
1ter    Bei Thesaurierungsfonds entsteht die Steuerforderung im Zeitpunkt der Gutschrift des steuerbaren Ertrages (Art. 4 Abs. 1 Bst. c).55
2    Bei Versicherungsleistungen entsteht die Steuerforderung mit der Erbringung der Leistung.
3    Ist der Schuldner aus einem in seiner Person liegenden Grunde ausserstande, die steuerbare Leistung bei ihrer Fälligkeit zu erbringen, so entsteht die Steuerforderung erst im Zeitpunkt, auf den die Leistung oder eine an ihre Stelle tretende Leistung zahlbar gestellt, in jedem Falle aber, wenn sie tatsächlich erbracht wird.
LIA). Les personnes physiques ont droit au remboursement de l'impôt anticipé si elles étaient domiciliées en Suisse à l'échéance de la prestation imposable (art. 22 al. 1
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 22 - 1 Natürliche Personen haben Anspruch auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer, wenn sie bei Fälligkeit der steuerbaren Leistung im Inland Wohnsitz hatten.
1    Natürliche Personen haben Anspruch auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer, wenn sie bei Fälligkeit der steuerbaren Leistung im Inland Wohnsitz hatten.
2    Die Verordnung regelt den Rückerstattungsanspruch natürlicher Personen, die infolge blossen Aufenthalts zur Entrichtung von Einkommens- oder Vermögenssteuern des Bundes, eines Kantons oder einer Gemeinde verpflichtet sind; sie kann, wo besondere Verhältnisse es rechtfertigen, die Rückerstattung auch für andere Fälle vorsehen.
LIA). Cependant, celui qui, contrairement aux prescriptions légales, n'indique pas aux autorités fiscales compétentes un revenu grevé de l'impôt anticipé ou de la fortune d'où provient ce revenu, perd le droit au remboursement de l'impôt anticipé déduit de ce revenu (art. 23
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 23 - 1 Wer mit der Verrechnungssteuer belastete Einkünfte oder Vermögen, woraus solche Einkünfte fliessen, entgegen gesetzlicher Vorschrift der zuständigen Steuerbehörde nicht angibt, verwirkt den Anspruch auf Rückerstattung der von diesen Einkünften abgezogenen Verrechnungssteuer.
1    Wer mit der Verrechnungssteuer belastete Einkünfte oder Vermögen, woraus solche Einkünfte fliessen, entgegen gesetzlicher Vorschrift der zuständigen Steuerbehörde nicht angibt, verwirkt den Anspruch auf Rückerstattung der von diesen Einkünften abgezogenen Verrechnungssteuer.
2    Die Verwirkung tritt nicht ein, wenn die Einkünfte oder Vermögen in der Steuererklärung fahrlässig nicht angegeben wurden und in einem noch nicht rechtskräftig abgeschlossenen Veranlagungs-, Revisions- oder Nachsteuerverfahren:
a  nachträglich angegeben werden; oder
b  von der Steuerbehörde aus eigener Feststellung zu den Einkünften oder Vermögen hinzugerechnet werden.
LIA).
L'impôt anticipé, de par son mécanisme de prélèvement, a une fonction de garantie. Dans la mesure où il est remboursé aux contribuables qui déclarent correctement les rendements (bruts) frappés de l'impôt, sa perception poursuit donc un objectif de lutte contre la fraude fiscale. Les contribuables qui ne déclarent pas ces revenus sont privés, définitivement, du montant de l'impôt anticipé, bien qu'il ne s'agisse pas d'un prélèvement libératoire (cf. OBERSON, op. cit., § 14 n° 5). L'impôt anticipé devient ainsi un impôt véritable pour le contribuable qui n'a pas rempli correctement ses devoirs de déclaration (cf. MAJA BAUER-BALMELLI/MARKUS REICH, in ZWEIFEL/BEUSCH/BAUER-BALMELLI (ÉD.), Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht - Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, 2e éd. 2012, n° 55 ad Vorbemerkungen; W. ROBERT PFUND, Die eidgenössische Verrechnungssteuer, vol. I, 1971, n° 8 ad Einleitung). En tant que charge définitive, l'impôt anticipé touche ainsi aussi bien le fraudeur chanceux que celui dont la tentative de soustraction fiscale a été découverte (cf. MAJA BAUER-BALMELLI, Der Sicherungszweck der Verrechnungssteuer, 2000, p. 185).
La prétention au remboursement de l'impôt anticipé naît au moment de l'échéance de la prestation imposable (cf. W. ROBERT PFUND/BERNHARD ZWAHLEN, Die eidgenössische Verrechnungssteuer, vol. II, 1985, n° 2.15 ad art. 21
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 21 - 1 Ein nach den Artikeln 22-28 Berechtigter hat Anspruch auf Rückerstattung der ihm vom Schuldner abgezogenen Verrechnungssteuer:
1    Ein nach den Artikeln 22-28 Berechtigter hat Anspruch auf Rückerstattung der ihm vom Schuldner abgezogenen Verrechnungssteuer:
a  auf Kapitalerträgen: wenn er bei Fälligkeit der steuerbaren Leistung das Recht zur Nutzung des den steuerbaren Ertrag abwerfenden Vermögenswertes besass;
b  auf Gewinnen aus Geldspielen, die nicht nach Artikel 24 Buchstaben i-iter DBG72 steuerfrei sind, und aus Lotterien und Geschicklichkeitsspielen zur Verkaufsförderung, die nicht nach Artikel 24 Buchstabe j DBG steuerfrei sind: wenn er bei der Ziehung Eigentümer des Loses war oder gewinnberechtigter Teilnehmer ist.
2    Die Rückerstattung ist in allen Fällen unzulässig, in denen sie zu einer Steuerumgehung führen würde.
3    Wo besondere Verhältnisse es rechtfertigen (Börsengeschäfte u. dgl.), kann die Verordnung die Anspruchsberechtigung abweichend von Absatz 1 regeln.
LIA). La créance en restitution de l'impôt est de même nature que celle d'impôt: elle relève également du droit public et est étroitement liée à la créance d'impôt. La créance en restitution existe donc sitôt que les faits générateurs prévus par la loi surviennent. Les opérations d'ordre formel qui doivent encore être réalisées pour que le montant à restituer soit fixé et que son paiement puisse être exigé n'ont aucune incidence sur l'existence de la créance. Quant au fait que le créancier perd ses droits au remboursement de l'impôt anticipé s'il ne présente pas sa demande de remboursement dans les délais fixés par la loi ou s'il ne produit pas les pièces justificatives, il n'a pas non plus d'effet sur l'existence de la créance jusqu'à ce moment. La même conséquence est souvent prévue par les lois fiscales pour l'impôt; si l'autorité ne procède pas à la taxation du contribuable dans certains délais, le fisc perd sa créance, sans que cela mette en cause le principe que, jusqu'au moment de la péremption du droit de
taxer, la créance a existé (cf. ATF 107 Ib 376 consid. 3 p. 378 s. et les références citées; arrêt 2C_116/2010 du 21 juin 2010 consid. 2.2).
Partant, le contribuable qui s'abstient de déclarer en temps utile le rendement frappé de l'impôt anticipé, renonce ainsi à réclamer le remboursement d'une prétention à laquelle il a droit. Le contribuable doit alors en supporter la conséquence, à savoir la double charge de l'impôt anticipé et des impôts directs. Même si celle-ci peut s'avérer lourde, elle ne viole aucune norme de droit fédéral (cf. arrêt du Tribunal fédéral du 25 janvier 1952 publié in ASA 21 447 ss, spéc. p. 450). Le législateur n'a prévu, à cet égard, aucune mesure de clémence pour le contribuable repenti qui remplit ses obligations tardivement. L'impôt anticipé, dont la charge devient pour lui définitive, ne saurait se substituer aux impôts directs (cf. arrêts 2C_601/2008 du 25 novembre 2008 consid. 4; 2A.152/1988 du 28 avril 1989 consid. 3d).
Dans ces conditions, il y a lieu de retenir que le contribuable reçoit, en qualité de revenu, l'intégralité du rendement brut de sa fortune mobilière, y compris la part qui correspond à l'impôt anticipé perçu. C'est donc ce montant qui doit être pris en compte dans la détermination du revenu imposable, et non le montant net, après déduction de l'impôt anticipé définitivement perdu. Il doit en aller de même lors de la taxation effectuée dans une procédure de rappel d'impôt (cf. BERNHARD ZWAHLEN, in MARTIN ZWEIFEL/MICHAEL BEUSCH/MAJA BAUER-BALMELLI (ÉD.), Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht - Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, 2e éd. 2012, n° 9 ad art. 23
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 23 - 1 Wer mit der Verrechnungssteuer belastete Einkünfte oder Vermögen, woraus solche Einkünfte fliessen, entgegen gesetzlicher Vorschrift der zuständigen Steuerbehörde nicht angibt, verwirkt den Anspruch auf Rückerstattung der von diesen Einkünften abgezogenen Verrechnungssteuer.
1    Wer mit der Verrechnungssteuer belastete Einkünfte oder Vermögen, woraus solche Einkünfte fliessen, entgegen gesetzlicher Vorschrift der zuständigen Steuerbehörde nicht angibt, verwirkt den Anspruch auf Rückerstattung der von diesen Einkünften abgezogenen Verrechnungssteuer.
2    Die Verwirkung tritt nicht ein, wenn die Einkünfte oder Vermögen in der Steuererklärung fahrlässig nicht angegeben wurden und in einem noch nicht rechtskräftig abgeschlossenen Veranlagungs-, Revisions- oder Nachsteuerverfahren:
a  nachträglich angegeben werden; oder
b  von der Steuerbehörde aus eigener Feststellung zu den Einkünften oder Vermögen hinzugerechnet werden.
LIA; PFUND/ZWAHLEN, op. cit., n° 3.5 ad art. 23
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 23 - 1 Wer mit der Verrechnungssteuer belastete Einkünfte oder Vermögen, woraus solche Einkünfte fliessen, entgegen gesetzlicher Vorschrift der zuständigen Steuerbehörde nicht angibt, verwirkt den Anspruch auf Rückerstattung der von diesen Einkünften abgezogenen Verrechnungssteuer.
1    Wer mit der Verrechnungssteuer belastete Einkünfte oder Vermögen, woraus solche Einkünfte fliessen, entgegen gesetzlicher Vorschrift der zuständigen Steuerbehörde nicht angibt, verwirkt den Anspruch auf Rückerstattung der von diesen Einkünften abgezogenen Verrechnungssteuer.
2    Die Verwirkung tritt nicht ein, wenn die Einkünfte oder Vermögen in der Steuererklärung fahrlässig nicht angegeben wurden und in einem noch nicht rechtskräftig abgeschlossenen Veranlagungs-, Revisions- oder Nachsteuerverfahren:
a  nachträglich angegeben werden; oder
b  von der Steuerbehörde aus eigener Feststellung zu den Einkünften oder Vermögen hinzugerechnet werden.
LIA; arrêt de la Commission de recours administrative du canton de St. Gall du 18 août 2004, in Revue fiscale 2005 p. 214 ss, spéc. p. 219). La double charge qui en résulte pour le contribuable a été voulue par le législateur (cf. ATF 2A.503/1995 du 4 décembre 1996 consid. 3e).

3.8 En l'espèce, l'intimé a obtenu le revenu correspondant au montant brut des intérêts de la fortune mobilière à la date de l'échéance de ces intérêts, lorsqu'ils ont été portés à son compte par leur débiteur, soit au 31 décembre de chaque année (cf. arrêt 2A.114/2001 du 10 juillet 2001 consid. 3). Au même moment, l'impôt anticipé a été perçu et la prétention au remboursement de cet impôt a pris naissance. En outre, il ne dépendait que de l'intimé de réclamer en temps utile le remboursement de l'impôt anticipé. Qu'il y ait renoncé ne change rien au fait que le débiteur des intérêts lui devait l'ensemble du montant brut et que c'est donc sur ce montant qu'il doit acquitter l'impôt sur le revenu.

3.9 Le recours doit par conséquent être admis dans la mesure où il est recevable et l'arrêt attaqué partiellement annulé en tant qu'il prend en compte les rendements nets de la fortune mobilière non déclarée de l'intimé pour le calcul du revenu imposable des périodes fiscales 2001 à 2003. La cause sera renvoyée à l'Administration cantonale pour qu'elle établisse de nouveaux bordereaux de taxation qui tiendront compte des rendements bruts de la fortune mobilière non déclarée de l'intimé pour ces périodes fiscales. Dans ce contexte, il y a lieu de relever que les conclusions de la recourante portent en particulier sur les rendements du compte xxx auprès de la banque C.________, alors que ceux-ci ont été régulièrement déclarés par leur montant brut par l'intimé. Une nouvelle prise en compte - brute ou nette - reviendrait donc à les comptabiliser deux fois, ce qui n'est pas admissible. Il convient donc de ne pas compter ces rendements une seconde fois.

4.
L'Administration cantonale a recouru pour les périodes fiscales 1999 à 2003. Elle a obtenu gain de cause pour les périodes fiscales 2001 à 2003, mais son recours est irrecevable en ce qui concerne les années 1999 et 2000 (cf. supra consid. 1.2 in fine). Compte tenu de cette issue du litige, l'intimé supportera la moitié des frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
et 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). Le canton de Genève, dont l'intérêt pécuniaire est en cause (cf. arrêt 2C_482/2011 du 25 juillet 2012 consid. 6 non publié aux ATF 138 I 297), supportera l'autre moitié des frais judiciaires (art. 66 al. 4
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF) et versera à l'intimé une indemnité réduite à titre de dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF). Agissant dans l'exercice de ses attributions officielles, l'Administration cantonale ne peut prétendre à des dépens (art. 68 al. 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).
Dès lors que le recours ne portait que sur une question accessoire d'une faible valeur litigieuse en comparaison des montants en jeu devant la Cour de justice, il n'y a pas lieu de modifier la répartition des frais et dépens devant cette instance (cf. art. 67
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 67 Kosten der Vorinstanz - Wird der angefochtene Entscheid geändert, so kann das Bundesgericht die Kosten des vorangegangenen Verfahrens anders verteilen.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est admis dans la mesure où il est recevable. L'arrêt de la Cour de justice du 15 mai 2012 est partiellement annulé en tant qu'il prend en compte les rendements nets de la fortune mobilière non déclarée de l'intimé pour les périodes fiscales 2001 à 2003. La cause est renvoyée à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle établisse de nouveaux bordereaux de taxation en tenant compte des rendements bruts de la fortune mobilière de l'intimé.

2.
Les frais judiciaires, fixés à CHF 1'000.-, sont mis à la charge de l'intimé pour moitié et à la charge du canton de Genève pour l'autre moitié.

3.
Le canton de Genève versera à l'intimé une indemnité réduite de CHF 500.- à titre de dépens.

4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 14 février 2013

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Zünd

La Greffière: Beti
Decision information   •   DEFRITEN
Document : 2C_620/2012
Date : 14. Februar 2013
Published : 25. März 2013
Source : Bundesgericht
Status : Unpubliziert
Subject area : Öffentliche Finanzen und Abgaberecht
Subject : Impôt cantonal et communal 1999 -2003


Legislation register
BGG: 29  42  66  67  68  82  83  86  89  90  91  92  93  100  106
BV: 129  132
DBG: 16  20  25  32
SR 414.110.12: 2  8
StHG: 7  9  72  73
VStG: 1  10  12  21  22  23
BGE-register
107-IB-376 • 113-IB-23 • 123-II-588 • 124-II-29 • 130-II-65 • 131-I-91 • 133-II-400 • 134-II-124 • 134-II-186 • 134-II-207 • 135-I-43 • 136-I-265 • 136-II-101 • 136-II-274 • 138-I-297
Weitere Urteile ab 2000
2A.100/2005 • 2A.114/2001 • 2A.152/1988 • 2A.209/2005 • 2A.341/1993 • 2A.503/1995 • 2C_116/2010 • 2C_351/2010 • 2C_482/2011 • 2C_545/2009 • 2C_601/2008 • 2C_620/2012 • 2C_640/2010 • 2C_809/2011 • 2C_94/2010 • 2P.411/1998
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