Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 674/2016

2C 675/2016

Arrêt du 5 décembre 2017

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Seiler, Président,
Zünd, Aubry Girardin, Donzallaz et Stadelmann.
Greffier : M. Ermotti.

Participants à la procédure
X.________,
représenté par Thierry De Mitri,
recourant,

contre

Administration fiscale cantonale du canton de Genève.

Objet
2C 674/2016
Impôt cantonal et communal 2006-2009,

2C 675/2016
Impôt fédéral direct 2006-2009,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, du 14 juin 2016.

Faits :

A.

A.a. X.________ SA, dont le siège est à Y.________ (GE), est une Société anonyme ayant pour but l'exploitation d'une entreprise de menuiserie-charpente. Son capital-actions est constitué de 1'000 actions au porteur d'une valeur de 100 fr. X.________ est l'administrateur avec signature individuelle de X.________ SA.
Z.________ SA, dont le siège est également à Y.________, est une Société anonyme ayant pour but l'acquisition, la gestion et la vente de biens immobiliers ou mobiliers. Son capital-actions est réparti en 200 actions au porteur d'une valeur de 1'000 fr. X.________ est l'administrateur avec signature individuelle de Z.________ SA.

A.b. Dans ses déclarations fiscales 2006 à 2009, X.________ a indiqué, dans l'état des titres, 1'000 actions de X.________ SA et 200 actions de Z.________ SA, représentant l'entier du capital-actions de ces sociétés. En outre, il a notamment mentionné les dettes suivantes:

- un prêt sans intérêt de 200'000 fr. octroyé par X.________ SA, augmenté à 250'000 fr. en 2008 et à 300'000 fr. en 2009;
- trois "avances à terme", d'un montant respectif de 170'000 fr., 154'700 fr. et 50'000 fr., octroyées par un créancier domicilié à Genève dont le nom n'était pas indiqué;
- une "avance à terme" de 417'200 fr. en 2006, 425'341 fr. en 2007, 433'481 fr. en 2008 et 441'622 fr. en 2009, accordée par un créancier domicilié à Genève dont l'identité n'était pas mentionnée.
Le contribuable a également déduit de son revenu imposable des intérêts relatifs à ces prêts, correspondant à 19'798 fr. en 2006, 16'135 fr. en 2007, 16'135 fr. en 2008 et 17'560 fr. en 2009.

A.c. Le 13 avril 2007, dans le cadre de la procédure de taxation de X.________ SA, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale) a requis des informations au sujet des postes suivants du bilan de la société au 31 décembre 2005: le poste actif "avances à des tiers" (794'240 fr. 35), le poste actif "immobilisations financières" (986'954 fr. 50) et le poste passif "ducroire et provisions" (293'315 fr. 35). Le 30 avril 2007, X.________ SA a indiqué à l'Administration cantonale que les "avances à des tiers" à hauteur de 794'240 fr. 35 étaient constituées de prêts en faveur de Z.________ SA, que les "immobilisations financières" à hauteur de 986'954 fr. 50 concernaient divers prêts octroyés à X.________ et que la provision de 293'315 fr. 35 avait été décidée en relation avec un prêt accordé à Z.________ SA en raison du risque de non-recouvrement de ce dernier (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF).
Par décision du 27 août 2007, confirmée sur réclamation le 4 juin 2009, l'Administration cantonale a constaté que la provision de 293'315 fr. 35 n'était pas justifiée par l'usage commercial. En outre, cette autorité a déduit du bénéfice imposable de X.________ SA les intérêts déclarés par cette dernière sur les prêts octroyés à X.________ et à Z.________ SA. La décision sur réclamation n'a pas été contestée par X.________ SA.

A.d. Les 29 juin et 1er juillet 2009, le 2 février 2010 et le 25 juillet 2011, l'Administration cantonale a notifié à X.________ les bordereaux de taxation pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) et les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) pour les années 2006 à 2009, en admettant la totalité des dettes et des déductions relatives aux intérêts tels que déclarées par le contribuable.

B.

B.a. Le 11 janvier 2013, l'Administration cantonale a informé X.________ de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et en soustraction d'impôt à son encontre pour les périodes fiscales 2006 à 2009. Une procédure parallèle avait également été ouverte pour l'année fiscale 2005 contre les époux X.________, séparés puis divorcés depuis lors.
Le 22 octobre 2013, l'Administration cantonale a notifié à X.________ des décisions de rappel d'impôt ainsi que des amendes pour soustraction d'impôt concernant l'ICC et l'IFD 2006 à 2009. Cette autorité a retenu que les prêts octroyés par X.________ SA à X.________ et à Z.________ SA étaient simulés, ce qui avait été constaté dans la procédure parallèle relative à l'année 2005. Sur cette base, elle a procédé aux reprises suivantes:



Année fiscale_ Dettes non admises en déduction de la fortune_ Intérêts non admis en déduction du revenu_

___________2006 991'900 fr._ 19'792 fr._

___________2007 1'041'000 fr._ 16'135 fr._

___________2008 1'058'181 fr._ 16'135 fr._

___________2009 1'066'322 fr._ 17'559 fr._

Les bordereaux de rappels d'impôts portaient sur les suppléments d'impôt suivants:



Année fiscale_ Supplément IFD_ Supplément ICC_

___________2006 100 fr. 85_ __ 11'751 fr. 15_ _

___________2007 74 fr. 65_ ___ 11'877 fr. 40_ _

___________2008 1'416 fr. 80_ 18'011 fr. 55_ _

___________2009 1'284 fr. 80_ 14'227 fr. 10_ _

Les amendes pour soustraction d'impôt par négligence infligées au contribuable correspondaient à la moitié des droits repris.
Le 21 novembre 2013, X.________ a formé réclamation contre les bordereaux de reprise et d'amende du 22 octobre 2013. Par décisions sur réclamation du 17 février 2014, l'Administration cantonale a maintenu inchangés les bordereaux querellés ainsi que les amendes.

B.b. Le 19 mars 2014, le contribuable a recouru contre ces décisions devant le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le TAPI). Le 4 mai 2015, après avoir implicitement joint les causes, le TAPI a rejeté le recours.
Saisie d'un recours contre le jugement du TAPI, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) l'a rejeté le 14 juin 2016. Les juges cantonaux ont retenu, en substance, que les conditions pour l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt étaient remplies, faute de négligence grave imputable à l'autorité fiscale, que les reprises effectuées dans les périodes fiscales 2006 à 2009 en relation avec les prêts octroyés par X.________ SA à X.________ et à Z.________ SA étaient justifiées, que les amendes infligées étaient fondées et que le montant de celles-ci n'était pas disproportionné.

C.
A l'encontre de la décision du 14 juin 2016, X.________ dépose un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral. Il demande à la Cour de céans, sous suite de frais et dépens, d'admettre que les conditions du rappel d'impôt ne sont en l'occurrence pas réalisées et, subsidiairement, de constater que les prêts litigieux ne peuvent pas être considérés comme des prestations appréciables en argent, de sorte que ceux-ci constituent des dettes déductibles de sa fortune et que les intérêts y relatifs doivent être déduits de ses revenus pour les périodes fiscales 2006 à 2009. Le contribuable conclut également à l'annulation de "la décision de fixation des amendes pour les périodes fiscales 2006 à 2009" et, plus subsidiairement encore, à la réduction de l'amende à un tiers de l'impôt soustrait.
L'Administration cantonale formule des observations et conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions dépose une réponse et propose également le rejet du recours, alors que la Cour de justice renonce à transmettre des observations et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.

Considérant en droit :

I. Recevabilité et pouvoir d'examen

1.
L'arrêt attaqué porte sur l'ICC et l'IFD du recourant pour les années 2006 à 2009. La Cour de justice a rendu une seule décision pour les deux catégories d'impôts. Le Tribunal fédéral a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant les impôts cantonal et communal (2C 674/2016), l'autre l'impôt fédéral direct (2C 675/2016). Il se justifie de joindre les causes.

2.

2.1. L'arrêt entrepris concerne une procédure en rappel d'impôt et en soustraction d'impôt dirigée à l'encontre du recourant. Comme ces domaines relèvent du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF. L'art. 146
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste l'existence de cette voie de droit pour l'IFD. S'agissant de l'ICC, le rappel d'impôt, la notion de revenu imposable et la soustraction d'impôt étant des matières harmonisées aux art. 7
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 7 Principe - 1 L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques, en particulier le produit d'une activité lucrative dépendante ou indépendante, le rendement de la fortune y compris la valeur locative de l'habitation du contribuable dans son propre immeuble, les prestations d'institutions de prévoyance professionnelle ainsi que les rentes viagères. Quel que soit leur montant, les frais de formation et de formation continue15 à des fins professionnelles assumés par l'employeur, frais de reconversion compris, ne constituent pas des revenus imposables. Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.) sont imposables à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative.16 Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée.17 18
1    L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques, en particulier le produit d'une activité lucrative dépendante ou indépendante, le rendement de la fortune y compris la valeur locative de l'habitation du contribuable dans son propre immeuble, les prestations d'institutions de prévoyance professionnelle ainsi que les rentes viagères. Quel que soit leur montant, les frais de formation et de formation continue15 à des fins professionnelles assumés par l'employeur, frais de reconversion compris, ne constituent pas des revenus imposables. Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.) sont imposables à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participatio
1bis    En cas de vente de droits de participation, au sens de l'art. 4a de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé19, à la société de capitaux ou à la société coopérative qui les a émis, le revenu de la fortune est considéré comme étant réalisé dans l'année pendant laquelle la créance d'impôt prend naissance (art. 12, al. 1 et 1bis, de la LF du 13 oct. 1965 sur l'impôt anticipé).20
1ter    Les rendements versés, en cas de vie ou de rachat, d'assurances de capitaux susceptibles de rachat et acquittées au moyen d'une prime unique sont imposables, sauf si ces assurances servent à la prévoyance. La prestation d'assurance est réputée servir à la prévoyance lorsqu'elle est versée à un assuré de 60 ans révolus, en vertu d'un contrat qui a duré au moins cinq ans et qui a été conclu avant le 66e anniversaire de ce dernier. Dans ce cas, la prestation est exonérée.21
2    Les rentes viagères et les revenus provenant de contrats d'entretien viager sont imposables à raison de 40 %.22
3    Chacun des investisseurs ajoute à ses propres éléments imposables sa part du revenu de placements collectifs au sens de la loi du 23 juin 2006 sur les placements collectifs (LPCC)23; le revenu des parts de placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe est uniquement imposable lorsque l'ensemble des revenus du placement excède le rendement de ces immeubles.24
4    Sont seuls exonérés de l'impôt:
a  le produit de l'aliénation des droits de souscription, lorsque les droits patrimoniaux font partie de la fortune privée du contribuable;
b  les gains en capital réalisés sur des éléments de la fortune privée du contribuable. L'art. 12, al. 2, let. a et d, est réservé;
c  les dévolutions de fortune ensuite d'une succession, d'un legs, d'une donation ou de la liquidation du régime matrimonial;
d  les versements provenant d'assurances de capitaux privées susceptibles de rachat, à l'exception des polices de libre-passage. L'al. 1ter est réservé;
e  les prestations en capital versées par l'employeur ou par une institution de prévoyance professionnelle lors d'un changement d'emploi, lorsque le bénéficiaire les réinvesti dans le délai d'un an dans une institution de prévoyance professionnelle ou les utilise pour acquérir une police de libre-passage;
f  les subsides provenant de fonds publics ou privés;
g  les prestations versées en exécution d'une obligation fondée sur le droit de la famille, à l'exception de la pension alimentaire que le conjoint divorcé, séparé judiciairement ou de fait obtient pour lui-même et des contributions d'entretien que l'un des parents reçoit pour les enfants sur lesquels il a l'autorité parentale;
h  la solde du service militaire et l'indemnité de fonction pour service de protection civile, ainsi que l'argent de poche des personnes astreintes au service civil;
hbis  la solde des sapeurs-pompiers de milice, jusqu'à concurrence d'un montant annuel déterminé par le droit cantonal, pour les activités liées à l'accomplissement de leurs tâches essentielles (exercices, services de piquet, cours, inspections et interventions, notamment pour le sauvetage, la lutte contre le feu, la lutte contre les sinistres en général et la lutte contre les sinistres causés par les éléments naturels); les indemnités supplémentaires forfaitaires pour les cadres, les indemnités supplémentaires de fonction, les indemnités pour les travaux administratifs et les indemnités pour les prestations fournies volontairement ne sont pas exonérées;
i  les versements à titre de réparation du tort moral;
k  les revenus perçus en vertu de la législation fédérale sur les prestations complémentaires à l'assurance-vieillesse, survivants et invalidité;
l  les gains provenant des jeux de casino exploités dans les maisons de jeu et autorisés par la loi fédérale du 29 septembre 2017 sur les jeux d'argent (LJAr)29, pour autant que ces gains ne soient pas issus d'une activité lucrative indépendante;
lbis  les gains unitaires jusqu'à concurrence d'un montant d'un million de francs ou du montant supérieur fixé dans le droit cantonal provenant de la participation à un jeu de grande envergure autorisé par la LJAr et de la participation en ligne à des jeux de casino autorisés par la LJAr;
lter  les gains provenant d'un jeu de petite envergure autorisé par la LJAr;
m  les gains unitaires jusqu'au seuil fixé dans le droit cantonal provenant de jeux d'adresse ou de loteries destinés à promouvoir les ventes qui ne sont pas soumis à la LJAr selon l'art. 1, al. 2, let. d et e, de cette loi.
n  les revenus perçus en vertu de la loi fédérale du 19 juin 2020 sur les prestations transitoires pour les chômeurs âgés34.
, 53
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
et 56
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 56 Soustraction d'impôt - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, aura fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, aura fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1bis    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer les éléments de la fortune et du revenu soustraits;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.200
1ter    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 1bis sont remplies.201
2    Celui qui aura tenté de se soustraire à l'impôt sera puni d'une amende correspondant aux deux tiers de celle qui lui aurait été infligée en cas d'infraction consommée.
3    Celui qui aura incité à une soustraction d'impôt, y aura prêté son assistance, l'aura commise intentionnellement en qualité de représentant du contribuable ou y aura participé sera puni d'une amende fixée indépendamment de la peine encourue par le contribuable. L'amende se montera à 10 000 francs au plus; dans les cas graves et en cas de récidive, elle sera de 50 000 francs au plus. En outre, l'autorité fiscale pourra exiger de lui le paiement solidaire de l'impôt soustrait.
3bis    Lorsqu'une personne visée à l'al. 3 se dénonce spontanément et pour la première fois et que les conditions prévues à l'al. 1bis, let. a et b, sont remplies, il est renoncé à la poursuite pénale et la responsabilité solidaire est supprimée.202
4    Celui qui aura dissimulé ou distrait des biens successoraux dont il était tenu d'annoncer l'existence dans la procédure d'inventaire, dans le dessein de les soustraire à l'inventaire,
5    Lorsque une personne au sens de l'al. 4 se dénonce spontanément et pour la première fois, il est renoncé à la poursuite pénale pour dissimulation ou distraction de biens successoraux dans la procédure d'inventaire et pour les autres infractions commises dans le cadre de la procédure d'inventaire (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'ait connaissance de l'infraction;
b  que la personne concernée collabore sans réserve avec l'administration pour corriger l'inventaire.204
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), la voie du recours en matière de droit public est aussi réservée par l'art. 73 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
LHID.

2.2. Au surplus, déposé en temps utile, compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. b
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 46 Suspension - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
1    Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
a  du septième jour avant Pâques au septième jour après Pâques inclus;
b  du 15 juillet au 15 août inclus;
c  du 18 décembre au 2 janvier inclus.
2    L'al. 1 ne s'applique pas:
a  aux procédures concernant l'octroi de l'effet suspensif ou d'autres mesures provisionnelles;
b  à la poursuite pour effets de change;
c  aux questions relatives aux droits politiques (art. 82, let. c);
d  à l'entraide pénale internationale ni à l'assistance administrative internationale en matière fiscale;
e  aux marchés publics.19
et 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF), et dans les formes requises (art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF), le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) rendue en dernière instance cantonale par une autorité judiciaire supérieure (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
et al. 2 LTF). Par ailleurs, il a été interjeté par le contribuable destinataire de la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF). Le présent recours est donc recevable, sous réserve de ce qui suit.

2.3. En raison de l'effet dévolutif complet du recours déposé auprès de la Cour de justice (cf. ATF 136 II 101 consid. 1.2 p. 104), la conclusion du recourant tendant à l'annulation de la "décision de fixation des amendes pour les périodes fiscales 2006 à 2009" est irrecevable.

3.

3.1. D'après l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID (arrêt 2C 826/2015 du 5 janvier 2017 consid. 2, non publié in ATF 143 I 73).

Conformément à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF et en dérogation à l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, à savoir exposé de manière claire et détaillée (arrêts 2C 1133/2015 du 11 novembre 2016 consid. 2.1 et 2C 941/2015 du 9 août 2016 consid. 2.1). Il en va de même lorsque la loi sur l'harmonisation fiscale laisse une certaine marge de manoeuvre aux cantons ou lorsque l'on est en présence d'impôts purement cantonaux, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (cf. art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF; ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.).

3.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été constatés de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 136 II 304 consid. 2.4 p. 313 s.) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF (art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF seraient réalisées. A défaut d'une telle motivation, il n'est pas possible de prendre en considération un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée, ni des faits qui n'y sont pas constatés (arrêt 2C 777/2015 du 26 mai 2016 consid. 2, non publié in ATF 142 I 152).
Dans la mesure où le recourant présente une argumentation partiellement appellatoire, en complétant librement l'état de fait retenu dans l'arrêt entrepris, sans invoquer ni l'arbitraire, ni une constatation manifestement inexacte des faits, le Tribunal fédéral ne peut pas en tenir compte. Il statuera donc sur la base des faits tels qu'ils ressortent de l'arrêt attaqué.

II. Impôt fédéral direct

4.
Le recourant soutient en premier lieu que les conditions du rappel d'impôt n'étaient pas réunies en 2013, parce que les autorités fiscales étaient au courant de l'existence des prêts litigieux depuis 2007. L'intéressé relève à ce sujet que, dans le cadre de la procédure de taxation de X.________ SA, le Service des personnes morales de l'Administration cantonale avait déjà traité lesdits prêts comme fictifs dans sa décision du 27 août 2007, confirmée sur réclamation le 4 juin 2009 (cf. supra let. A.c in fine). Selon le recourant, entre le 29 juin 2009 et le 25 juillet 2011, lorsque l'Administration cantonale a établi successivement ses bordereaux de taxation pour les périodes fiscales 2006 à 2009, cette autorité disposait donc de tous les éléments nécessaires pour imposer les prêts en question à titre de distribution dissimulée de bénéfice, de sorte que la procédure en rappel d'impôt entamée en 2013 n'était pas justifiée.

4.1. Aux termes de l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Il y a ainsi motif à rappel d'impôt lorsque l'autorité fiscale découvre des faits ou des moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont elle disposait au moment de la taxation (cf. arrêts 2C 662/2014 du 25 avril 2015 consid. 6.3, in RDAF 2015 II 267, et 2C 724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 8.1, in RDAF 2012 II 37).
Selon la jurisprudence, l'autorité fiscale peut, en principe, considérer que la déclaration d'impôt est exacte et complète et elle n'est pas tenue, à défaut d'indices correspondants, de rechercher des informations complémentaires. En raison de la maxime inquisitoire, l'autorité doit cependant procéder à une analyse plus approfondie, lorsqu'il ressort manifestement du dossier que les faits déterminants sont incomplets ou peu clairs. Lorsque l'autorité fiscale aurait dû se rendre compte de l'état de fait incomplet ou inexact, le rapport de causalité adéquate entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante ou incomplète est interrompu et les conditions pour procéder ultérieurement à un rappel d'impôt font défaut (cf. arrêts 2C 632/2012 du 28 juin 2013 consid. 3.4; 2C 1225/2012 du 7 juin 2013 consid. 3.1; 2C 104/2008 du 20 juin 2008 consid. 3.3 et les références citées). Cette rupture du lien de causalité est soumise à des exigences sévères, à savoir une négligence grave imputable à l'autorité fiscale (arrêts 2C 1023/2013 du 8 juillet 2014 consid. 3.2, traduit in RDAF 2015 II 254; 2C 1225/2012 du 7 juin 2013 consid. 3.1; 2C 123/2012 du 8 août 2012 consid. 5.3.4). Dans ce contexte, il ne saurait être retenu de négligence
grave à l'encontre de l'autorité de taxation qui ne tient pas compte d'informations à disposition d'un autre secteur de l'administration fiscale, sauf s'il est établi que ces informations lui ont effectivement été communiquées. Tel peut être par exemple le cas lorsque le fonctionnaire du service de taxation des personnes physiques, en charge du dossier d'un contribuable actionnaire d'une société, a reçu de la part de son homologue du service de taxation des personnes morales une communication des pièces qui figurent dans le dossier de ladite société et qui concernent l'actionnaire. Si cette communication n'a pas eu lieu, on ne saurait imputer au fonctionnaire en question les connaissances du service des personnes morales (cf. arrêts 2C 898/2015 du 12 octobre 2016 consid. 3.7; 2C 1023/2013 du 8 juillet 2014 consid. 3.2, traduit in RDAF 2015 II 254; 2C 1225/2012 du 7 juin 2013 consid. 3.2 et les références citées; voir aussi CASANOVA/DUBEY, in NOËL/AUBRY GIRARDIN [éd.], Commentaire romand - Impôt fédéral direct, 2e éd., 2017, n. 11 ad art. 151
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD p. 1813; MARTIN E. LOOSER, in ZWEIFEL/BEUSCH [éd.], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht - Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, 3e éd., 2017, n. 14 ad art. 151
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD p. 2514
s.).

4.2. En l'espèce, il ressort des faits retenus dans l'arrêt attaqué, qui lient le Tribunal fédéral (cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF; supra consid. 3.2), qu'en 2007, dans le cadre de la taxation de X.________ SA, le service de taxation des personnes morales avait été informé du fait que les prêts litigieux avaient été octroyés au contribuable et à Z.________ SA par X.________ SA. La Cour de justice a aussi constaté que ledit service avait déduit du bénéfice imposable de X.________ SA les intérêts déclarés en tant que produits par cette dernière sur les prêts octroyés à X.________ et à Z.________ SA (cf. supra let. A.c).
Dans ces circonstances, force est de constater que le service de taxation des personnes morales était au courant, depuis 2007, de tous les éléments nécessaires pour qualifier les prêts en question de prestations appréciables en argent. L'arrêt entrepris retient également que, par la suite, ces éléments ont été communiqués au service de taxation des personnes physiques, ce qui a donné lieu à la procédure en rappel d'impôt ouverte à l'encontre du contribuable le 11 janvier 2013. Conformément à la jurisprudence exposée ci-dessus (cf. supra consid. 4.1), la question de savoir à quel moment ces informations ont été transmises au service de taxation des personnes physiques est cruciale pour juger si les conditions du rappel d'impôt étaient en l'occurrence remplies. En effet, si cette transmission a eu lieu avant le moment de la taxation IFD pour l'année 2006, 2007, 2008 ou 2009, dont les bordereaux ont été notifiés au contribuable respectivement les 29 juin 2009, 1er juillet 2009, 2 février 2010 et 25 juillet 2011, l'autorité de taxation aurait disposé à ce moment-là de tous les éléments nécessaires pour retenir des prestations appréciables en argent en défaveur de l'intéressé dans le cadre de la taxation ordinaire pour l'année en
question (cf. CASANOVA/DUBEY, op. cit., n. 9 ad art. 151
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD p. 1812 et n. 4 ad art. 153
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 153 Procédure - 1 Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
1    Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
1bis    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.246
2    Lorsqu'au décès du contribuable, la procédure n'est pas encore introduite ou qu'elle n'est pas terminée, elle peut être ouverte ou continuée contre les héritiers.
3    Au surplus, les dispositions concernant les principes généraux de procédure, les procédures de taxation et de recours s'appliquent par analogie.
LIFD p. 1819), de sorte que, faute de faits ou moyens de preuve "jusque-là inconnus de l'autorité fiscale" (art. 151 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD), tout rappel d'impôt serait exclu pour l'année fiscale concernée et les années ultérieures. En revanche, si les informations ont été transmises au service de taxation des personnes physiques après la taxation en question, un rappel d'impôt serait envisageable, les connaissances du service des personnes morales ne pouvant pas être imputées au services des personnes physiques (cf. supra consid. 4.1).

4.3. L'arrêt entrepris ne fournit aucune précision concernant le moment auquel les informations permettant de fonder l'imposition ont été transmises et se limite à relever que "le service des personnes morales avait indiqué au service des personnes physiques que X.________ avait effectué des prestations appréciables en argent" (arrêt attaqué, p. 3). Les pièces du dossier, notamment l'arrêt du TAPI du 4 mai 2015, les décisions sur réclamation de l'Administration cantonale du 17 février 2014, les décisions de rappel d'impôt du 22 octobre 2013 et la lettre de l'Administration cantonale du 11 janvier 2013 informant le contribuable de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, ne contiennent aucun élément susceptible de fournir une réponse à cette question (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). En particulier, la lettre du 11 janvier 2013 indique ce qui suit: "En effet, nous avons été informés par le service des personnes morales que vous avez bénéficié de prestations appréciables en argent en 2005 [...]".
Dans ces circonstances, le Tribunal fédéral ne dispose pas des éléments nécessaires pour se prononcer sur la question de savoir si c'est à juste titre que la Cour de justice a retenu que les conditions du rappel d'impôt étaient réalisées en l'espèce pour chacune des années fiscales en cause. Il découle de ce qui précède que tel ne serait pas le cas si l'information déterminante avait été communiquée au service de taxation des personnes physiques avant la taxation IFD 2006, 2007, 2008 ou 2009 du contribuable. Il convient de préciser que la charge de la preuve appartient sur ce point à l'Administration cantonale, s'agissant d'un fait dont dépend le bien-fondé de la procédure de rappel d'impôt (cf. arrêts 2C 109/2015 du 1er septembre 2015 consid. 4.1, in RDAF 2015 II 421, et 2C 476/2014 du 21 novembre 2014 consid. 8.1).

4.4. Il ressort des considérants qui précèdent que le recours, en tant qu'il porte sur l'impôt fédéral direct pour les années fiscales 2006 à 2009, doit être admis et l'arrêt entrepris annulé. La cause est renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle examine le moment où le service de taxation des personnes physiques a été informé des faits justifiant le rappel d'impôt litigieux et, en fonction des éléments à sa disposition, qu'elle rende une nouvelle décision.

III. Impôts cantonal et communal

5.
Concernant les conditions du rappel d'impôt, conformément à l'art. 53
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
LHID, les art. 59 ss de la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001 (LPFisc/GE; RS/GE D 3 17) correspondent aux art. 151 ss
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD.
Par conséquent, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct s'appliquent aussi à l'impôt cantonal et communal pour les périodes fiscales sous examen. Le recours doit donc également être admis s'agissant des impôts cantonal et communal pour les années fiscales 2006 à 2009 et la cause renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle procède au même examen qu'en matière d'IFD, puis rende une nouvelle décision.

IV. Conclusion, frais et dépens

6.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours, dans la mesure où il est recevable, et à l'annulation de l'arrêt attaqué tant en ce qui concerne l'IFD 2006 à 2009 que l'ICC 2006 à 2009 du contribuable. La cause est renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Les frais judiciaires sont mis à la charge du canton de Genève, qui succombe et dont l'intérêt patrimonial est en cause (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
et 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Ayant obtenu gain de cause avec l'aide d'un représentant professionnel (cf. art. 9 du règlement du 31 mars 2006 sur les dépens alloués à la partie adverse et sur l'indemnité pour la représentation d'office dans les causes portées devant le Tribunal fédéral [RS 173.110.210.3]; BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2e éd., 2014, n. 17 ad art. 68
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF p. 577), le recourant a droit à des dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
et 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF), à charge du canton de Genève.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Les causes 2C 674/2016 et 2C 675/2016 sont jointes.

2.
Le recours est admis, dans la mesure où il est recevable, en ce qui concerne l'impôt fédéral direct 2006 à 2009.

3.
Le recours est admis, dans la mesure où il est recevable, en ce qui concerne les impôts cantonal et communal 2006 à 2009.

4.
L'arrêt rendu le 14 juin 2016 par la Cour de justice est annulé. La cause est renvoyée à cette autorité pour nouvelle décision dans le sens des considérants.

5.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge du canton de Genève.

6.
Le canton de Genève versera au recourant une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.

7.
Le présent arrêt est communiqué au représentant du recourant, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 5 décembre 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Seiler

Le Greffier : Ermotti
Information de décision   •   DEFRITEN
Document : 2C_674/2016
Date : 05 décembre 2017
Publié : 27 décembre 2017
Source : Tribunal fédéral
Statut : Non publié
Domaine : Finances publiques et droit fiscal
Objet : Impôt cantonal et communal 2006-2009


Répertoire des lois
LHID: 7 
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 7 Principe - 1 L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques, en particulier le produit d'une activité lucrative dépendante ou indépendante, le rendement de la fortune y compris la valeur locative de l'habitation du contribuable dans son propre immeuble, les prestations d'institutions de prévoyance professionnelle ainsi que les rentes viagères. Quel que soit leur montant, les frais de formation et de formation continue15 à des fins professionnelles assumés par l'employeur, frais de reconversion compris, ne constituent pas des revenus imposables. Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.) sont imposables à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative.16 Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée.17 18
1    L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques, en particulier le produit d'une activité lucrative dépendante ou indépendante, le rendement de la fortune y compris la valeur locative de l'habitation du contribuable dans son propre immeuble, les prestations d'institutions de prévoyance professionnelle ainsi que les rentes viagères. Quel que soit leur montant, les frais de formation et de formation continue15 à des fins professionnelles assumés par l'employeur, frais de reconversion compris, ne constituent pas des revenus imposables. Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.) sont imposables à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participatio
1bis    En cas de vente de droits de participation, au sens de l'art. 4a de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé19, à la société de capitaux ou à la société coopérative qui les a émis, le revenu de la fortune est considéré comme étant réalisé dans l'année pendant laquelle la créance d'impôt prend naissance (art. 12, al. 1 et 1bis, de la LF du 13 oct. 1965 sur l'impôt anticipé).20
1ter    Les rendements versés, en cas de vie ou de rachat, d'assurances de capitaux susceptibles de rachat et acquittées au moyen d'une prime unique sont imposables, sauf si ces assurances servent à la prévoyance. La prestation d'assurance est réputée servir à la prévoyance lorsqu'elle est versée à un assuré de 60 ans révolus, en vertu d'un contrat qui a duré au moins cinq ans et qui a été conclu avant le 66e anniversaire de ce dernier. Dans ce cas, la prestation est exonérée.21
2    Les rentes viagères et les revenus provenant de contrats d'entretien viager sont imposables à raison de 40 %.22
3    Chacun des investisseurs ajoute à ses propres éléments imposables sa part du revenu de placements collectifs au sens de la loi du 23 juin 2006 sur les placements collectifs (LPCC)23; le revenu des parts de placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe est uniquement imposable lorsque l'ensemble des revenus du placement excède le rendement de ces immeubles.24
4    Sont seuls exonérés de l'impôt:
a  le produit de l'aliénation des droits de souscription, lorsque les droits patrimoniaux font partie de la fortune privée du contribuable;
b  les gains en capital réalisés sur des éléments de la fortune privée du contribuable. L'art. 12, al. 2, let. a et d, est réservé;
c  les dévolutions de fortune ensuite d'une succession, d'un legs, d'une donation ou de la liquidation du régime matrimonial;
d  les versements provenant d'assurances de capitaux privées susceptibles de rachat, à l'exception des polices de libre-passage. L'al. 1ter est réservé;
e  les prestations en capital versées par l'employeur ou par une institution de prévoyance professionnelle lors d'un changement d'emploi, lorsque le bénéficiaire les réinvesti dans le délai d'un an dans une institution de prévoyance professionnelle ou les utilise pour acquérir une police de libre-passage;
f  les subsides provenant de fonds publics ou privés;
g  les prestations versées en exécution d'une obligation fondée sur le droit de la famille, à l'exception de la pension alimentaire que le conjoint divorcé, séparé judiciairement ou de fait obtient pour lui-même et des contributions d'entretien que l'un des parents reçoit pour les enfants sur lesquels il a l'autorité parentale;
h  la solde du service militaire et l'indemnité de fonction pour service de protection civile, ainsi que l'argent de poche des personnes astreintes au service civil;
hbis  la solde des sapeurs-pompiers de milice, jusqu'à concurrence d'un montant annuel déterminé par le droit cantonal, pour les activités liées à l'accomplissement de leurs tâches essentielles (exercices, services de piquet, cours, inspections et interventions, notamment pour le sauvetage, la lutte contre le feu, la lutte contre les sinistres en général et la lutte contre les sinistres causés par les éléments naturels); les indemnités supplémentaires forfaitaires pour les cadres, les indemnités supplémentaires de fonction, les indemnités pour les travaux administratifs et les indemnités pour les prestations fournies volontairement ne sont pas exonérées;
i  les versements à titre de réparation du tort moral;
k  les revenus perçus en vertu de la législation fédérale sur les prestations complémentaires à l'assurance-vieillesse, survivants et invalidité;
l  les gains provenant des jeux de casino exploités dans les maisons de jeu et autorisés par la loi fédérale du 29 septembre 2017 sur les jeux d'argent (LJAr)29, pour autant que ces gains ne soient pas issus d'une activité lucrative indépendante;
lbis  les gains unitaires jusqu'à concurrence d'un montant d'un million de francs ou du montant supérieur fixé dans le droit cantonal provenant de la participation à un jeu de grande envergure autorisé par la LJAr et de la participation en ligne à des jeux de casino autorisés par la LJAr;
lter  les gains provenant d'un jeu de petite envergure autorisé par la LJAr;
m  les gains unitaires jusqu'au seuil fixé dans le droit cantonal provenant de jeux d'adresse ou de loteries destinés à promouvoir les ventes qui ne sont pas soumis à la LJAr selon l'art. 1, al. 2, let. d et e, de cette loi.
n  les revenus perçus en vertu de la loi fédérale du 19 juin 2020 sur les prestations transitoires pour les chômeurs âgés34.
53 
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
56 
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 56 Soustraction d'impôt - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, aura fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, aura fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1bis    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer les éléments de la fortune et du revenu soustraits;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.200
1ter    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 1bis sont remplies.201
2    Celui qui aura tenté de se soustraire à l'impôt sera puni d'une amende correspondant aux deux tiers de celle qui lui aurait été infligée en cas d'infraction consommée.
3    Celui qui aura incité à une soustraction d'impôt, y aura prêté son assistance, l'aura commise intentionnellement en qualité de représentant du contribuable ou y aura participé sera puni d'une amende fixée indépendamment de la peine encourue par le contribuable. L'amende se montera à 10 000 francs au plus; dans les cas graves et en cas de récidive, elle sera de 50 000 francs au plus. En outre, l'autorité fiscale pourra exiger de lui le paiement solidaire de l'impôt soustrait.
3bis    Lorsqu'une personne visée à l'al. 3 se dénonce spontanément et pour la première fois et que les conditions prévues à l'al. 1bis, let. a et b, sont remplies, il est renoncé à la poursuite pénale et la responsabilité solidaire est supprimée.202
4    Celui qui aura dissimulé ou distrait des biens successoraux dont il était tenu d'annoncer l'existence dans la procédure d'inventaire, dans le dessein de les soustraire à l'inventaire,
5    Lorsque une personne au sens de l'al. 4 se dénonce spontanément et pour la première fois, il est renoncé à la poursuite pénale pour dissimulation ou distraction de biens successoraux dans la procédure d'inventaire et pour les autres infractions commises dans le cadre de la procédure d'inventaire (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'ait connaissance de l'infraction;
b  que la personne concernée collabore sans réserve avec l'administration pour corriger l'inventaire.204
73
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
LIFD: 146 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
151 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
153
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 153 Procédure - 1 Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
1    Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
1bis    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.246
2    Lorsqu'au décès du contribuable, la procédure n'est pas encore introduite ou qu'elle n'est pas terminée, elle peut être ouverte ou continuée contre les héritiers.
3    Au surplus, les dispositions concernant les principes généraux de procédure, les procédures de taxation et de recours s'appliquent par analogie.
LTF: 42 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
46 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 46 Suspension - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
1    Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
a  du septième jour avant Pâques au septième jour après Pâques inclus;
b  du 15 juillet au 15 août inclus;
c  du 18 décembre au 2 janvier inclus.
2    L'al. 1 ne s'applique pas:
a  aux procédures concernant l'octroi de l'effet suspensif ou d'autres mesures provisionnelles;
b  à la poursuite pour effets de change;
c  aux questions relatives aux droits politiques (art. 82, let. c);
d  à l'entraide pénale internationale ni à l'assistance administrative internationale en matière fiscale;
e  aux marchés publics.19
66 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
68 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
82 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
83 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
86 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
89 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
90 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
95 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
97 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
100 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
105 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
106
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
Répertoire ATF
134-II-207 • 136-II-101 • 136-II-304 • 142-I-152 • 143-I-73
Weitere Urteile ab 2000
2C_1023/2013 • 2C_104/2008 • 2C_109/2015 • 2C_1133/2015 • 2C_1225/2012 • 2C_123/2012 • 2C_476/2014 • 2C_632/2012 • 2C_662/2014 • 2C_674/2016 • 2C_675/2016 • 2C_724/2010 • 2C_777/2015 • 2C_826/2015 • 2C_898/2015 • 2C_941/2015
Répertoire de mots-clés
Trié par fréquence ou alphabet
tribunal fédéral • autorité fiscale • impôt fédéral direct • personne morale • personne physique • impôt cantonal et communal • prestation appréciable en argent • soustraction d'impôt • recours en matière de droit public • droit public • moyen de preuve • capital-actions • droit cantonal • examinateur • société anonyme • procédure de taxation • frais judiciaires • lf sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes • greffier • action au porteur
... Les montrer tous
RDAF
2012 II 37 • 2015 II 254 • 2015 II 267 • 2015 II 421